Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Une nécessaire révision des coraux plocoïdes jurassiques en morphologie, morphométrie, systématique et en nomenclature a été réalisée grâce à des spécimens-types, du matériel de collection, ou issu de la littérature. Des structures dont une nouvelle muraille, l'étallonothèque et des types d'auricules ont été identifiés. Un stade initial ontogénique tétraméral a été observé pour la première fois chez Heliocoenia et Pseudocoenia. Ceci est en désaccord avec la définition traditionnelle sur le développement fondamentalement hexaméral chez les Scleractinia. L'étude systématique aboutit à une réorganisation des familles, des genres et de leurs synonymies. Des espèces sont décrites avec des limites encore parfois ambigües nécessitant une approche morphométrique plus approfondie pour être reproductible. Les positions systématiques prises sont traduites dans le sens de la préservation de la stabilité de l'usage des noms, des actes nomenclaturaux sont proposés dans ce sens. Deux méthodes morphométriques ont été appliquées aux contours 2D des sections de polypiérites. L'analyse de Fourrier Elliptique a été utilisée sur des coupes transversales théoriques et réelles. Les résultats montrent les différentes symétries et certains genres distingués par cette méthode. L'analyse des dimensions fractales de modèles théoriques, des coupes étudiées, ou issues de la littérature ont été analysées. Les formes étudiées se placent selon un gradient de complexité croissante du contour correspondant à la maximisation de l'interface squelette-porosité. Le long de ce gradient, les différents taxons se répartissent, leur distinction restant souvent délicate par suite d'un léger recouvrement / A review of Jurassic plocoid corals in morphology, morphometry, systematics and in nomenclature was necessary. This study was realized with collection materials, type specimens and material from the literature. The morphological study enables identifying structures such as a new type of wall, the etallonotheca and some new types of auricles. A tetrameral initial ontogenetic stage was observed for the first time in Heliocoenia and Pseudocoenia. This is in disagreement with the traditional definition of the septal development supposed to be fundamentally hexameral in Scleractinia. The systematic study led to a significant reorganization of families, genera and their synonyms. Species are described but their limits are still ambiguous and so still require more detailed morphometric approaches to be reproducible. The systematic positions chosen here are translated in terms of nomenclature in order to preserve the stability of names. This requires in various cases nomenclatural acts. Two morphometric methods were applied on 2D contours of calices sections. Elliptical Fourier analysis was used on theoretical and real transversal sections. The results show that the different symmetries and some genera can be distinguished by this method. Analysis of fractal dimensions has also been applied. Theoretical models and the sections studied in this work or issued from the literature were analyzed. The studied forms are placed according to an increasing complexity gradient of the contour corresponding to the maximization of the interface skeleton-porosity. The different taxa are distributed along this gradient, due to their small overlaps; their true distinction often remains difficult

Durant de nombreuses décennies, la faune phlébotomienne (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) Malgaches est demeurée très peu explorée. Deux Grassomyia avaient été signalés puis une espèce décrite sous le nom de Sergentomyia berentiensis. A partir des années 2000, la faune de Madagascar a révélé une richesse et une diversité non soupçonnées jusqu'alors avec la description de plusieurs espèces nouvelles et d'un sous-genre nouveau : Vattieromyia. Cette thèse est une contribution à la connaissance des Phlébotomes de Madagascar et des îles voisines des Seychelles et des Comores.Notre approche a été qualitative et non quantitative. Les phlébotomes collectés à Madagascar, aux Comores et aux Seychelles ont été étudiés morphologiquement puis, pour certains d'entre eux, par biologie moléculaire à diverses fins : associations mâles-femelles et systématique évolutive. Dans ce dernier cas, différents marqueurs ribosomiques, mitochondriaux et nucléaires ont été séquencés selon les problématiques.A Madagascar, les Phlebotomus forment un groupe monophylétique. Nous suggérons, sur des arguments morphologiques et moléculaires, de les individualiser dans un sous-genre nouveau étant donnée la mise en évidence de la paraphylie du sous-genre Anaphlebotomus dans lequel ont été classées les espèces malgaches.Nos travaux révèlent que P. fertei possède une aire de distribution qui couvre la presque totalité du pays. Les séquences de cytochrome b individualisent de nombreuses populations selon leurs origines géographiques mais nous n'avons pas pu individualiser ces populations sur le plan morphologique et morphométrique. Les séquences de l'ITS2 n'individualisent pas ces populations et nous critiquons l'utilisation du cytochrome b, et plus largement des marqueurs mitochondriaux, pour la systématique des Phlébotomes.En ce qui concerne les autres espèces de Phlebotomus, elles possèdent toutes une distribution étroite, réduite à leur lieu de capture. Nous avons décrit deux espèces nouvelles durant cette thèse : P. vaomalalae et P. vincenti. Les études moléculaires et morphologiques révèlent l'existence d'au moins trois espèces nouvelles : deux sympatriques à Andranoilovy (dont une espèce commune avec Berenty) et une à Ankililaoka.Enfin, nous proposons le rattachement de P. huberti au genre Sergentomyia. Cette espèce ne possède pas de soies mésanepisternales et le mâle que nous décrivons dans ce travail possède les caractères génitaux des Sergentomyia. De plus, nous décrivons sur une la seule femelle, une espèce nouvelle proche de S. huberti. Une étude moléculaire menée avec d'autres espèces supposées proches (appartenant au sous-genre Sintonius) nous conduit à proposer la création d'un nouveau sous-genre pour classer ces espèces malgaches.Nous analysons la paléobiogéographie des Phlébotomes de Madagascar et envisageons au moins deux épisodes de peuplement : l'un très ancien (environ 120 millions d'années), « africain » datant de la fragmentation du Gondwana et le second, plus récent (65 millions d'années), provenant d'Asie via un pont formé par le plateau des Seychelles.D'un point de vue épidémiologique, la recherche d'ADN leishmanien s'est révélée négative sur tous les phlébotomes testés.Dans l'archipel des Comores, aucun phlébotome n'avait été rapporté. Au cours de trois campagnes de piégeage menées en 2003, 2007 et 2011, nous rapportons la première mention de phlébotomes dans ces îles et décrivons deux taxons nouveaux S. pessoni et S. goodmani comorensis.Aux Seychelles, nous avons identifié S. clydei à Aldabra. Cette population possède des séquences mitochondriales très différentes des nombreuses populations continentales étudiées. L'origine du peuplement de cette île volcanique demeure mystérieuse, sans adéquation avec les données relatives à l'horloge moléculaire du cytochrome b dont nous doutons de la fiabilité. / During the last century, the Phlebotomine sand fly fauna (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) of Madagascar remained largely unexplored. Two Grassomyia were recorded and a species has been described as Sergentomyia berentiensis. From the 2000s, this fauna revealed a richness hitherto unsuspected: it included the description of several new species for Science and of a new subgenus (Vattieromyia). The present study is a contribution to the knowledge of Phlebotomine sand flies from Madagascar and the neighboring archipelagos of the Seychelles and the Comoros.The sand flies collected in Madagascar, the Comoros and the Seychelles were studied morphologically and, for some of them, by molecular biology in order to associate males with females and also to perform molecular systematics. Several molecular ribosomal, nuclear, and mitochondrial markers have been combined.In Madagascar, the Phlebotomus are grouped in a clade. Based on morphological characters and molecular studies, we suggest their individualization in a new subgenus because we show subgenus Anaphlebotomus where the Malagasy Phlebotomus were classified, is paraphyletic.P. fertei exhibits a wide distribution all over country. Sequences of cytochrome b individualize many populations linked to their geographical origins. However, it is not possible to individualize these populations based on morphological and morphometric characters. The sequences of ITS2 do not individualize these populations and we criticize the use of cytochrome b and other mitochondrial markers for the systematics of Phlebotomine sand flies.Regarding the other Malgaches Phlebotomus, all of them have a narrow distribution, reduced to their place of capture. We described two new species for Science: P. vaomalalae and P. vincenti. Moreover, molecular and morphological studies support the existence of at least three new species: two in sympatry in Andranoilovy (probably also recorded in Berenty) and one in Ankililaoka.Finally, we propose that P. huberti belongs to the genus Sergentomyia and not to the genus Phlebotomus. It does not have mesanepisternal setae and the male that we describe here exhibits Sergentomyia's genital characters. Moreover, we described on a female belonging to a new species close to S. huberti. We carried out a molecular study including continental species supposed closely related (belonging to the subgenus Sintonius). It individualizes the Malagasy specimens and consequently, considering their typical pharyngeal armature, we propose the creation of a new subgenus to classify them.We analyze the paleobiogeography of Malagasy sand flies. In agreement with generalized tracks, the settlement of Madagascar followed two routes at different times: one very old (about 120 million years ago), from "Africa" dating from the Gondwana fragmentation and the second, more recent (65 million years), from Asia using a bridge formed by the Seychelles plateau.From an epidemiological point of view, the search of Leishmania DNA was negative in all sandflies processed.In the Comoros Archipelago, no sand fly had been reported in the past. During three field works carried out in 2003, 2007 and 2011, we report the first record of sandflies in these islands and we describe two new taxa: S. pessoni and S. goodmani comorensis.In the Seychelles, we identified S. clydei in Aldabra. This population has mitochondrial sequences highly differing from those of many continental populations processed. The settlement of this volcanic island remains mysterious. They are not in agreement with molecular clock of cytochrome b sequences which seems of doubtful use.

Les Ecdysozoaires sont des organismes caractérisés par une croissance discontinue composée de plusieurs stades morphologiques séparés par des mues. Parmi eux, certains groupes présentent un intérêt épidémiologique important en santé humaine et/ou animale, notamment les nématodes parasites gastro-intestinaux des ruminants et les phlébotomes vecteurs de leishmanies, qui font l’objet de ce travail. L’étude de la systématique de tels organismes constitue un élément de base essentiel à toute recherche appliquée à la biodiversité, l’écologie et la physiologie, ainsi qu’à leurs relations avec les autres acteurs de leur cycle biologique. Pourtant, l’identification morphologique de certaines espèces s’avère délicate voire impossible étant donnés les stades de croissance, le dimorphisme sexuel et l’existence de morphes, de complexes d’espèces, d’espèces jumelles et d’hybrides, ne concordant pas toujours avec la définition biologique de l’espèce. L’essor de la biologie moléculaire offre un panel d’outils performants au service de la systématique par l’étude de la variabilité génétique. L’objectif de la thèse est de répondre à des problématiques rencontrées en systématique (phylogénie, taxonomie, histoire évolutive d’une espèce) en étudiant la variabilité génétique de ces organismes, à l’aide d’outils moléculaires appropriés. Ce travail a permis la résolution de cas d’études concrets tels que l’inférence d’une phylogénie, l’identification d’espèces proches et l’étude de la variabilité génétique intraspécifique, pour suivre les flux de gènes et en déduire la structure génétique de populations, afin de mieux appréhender l’espèce, son histoire et son évolution dans son environnement. / Ecdysozoans are organisms characterized by discontinuous growth composed of several morphological stages separated by moults. Among them, some groups have a significant epidemiological interest in human and/or animal health, including the gastrointestinal nematodes, parasites of ruminants and phlebotomine sandflies, vectors of Leishmania, which which we focus on. The study of the systematics of such organisms is an essential basic element of any research applied to biodiversity, ecology and physiology, as well as to their relationships with other actors in their life cycle. However, the morphological identification of some species is difficult or even impossible given the stages of growth, sexual dimorphism and the existence of morphs, species complexes, sibling species and hybrids, not concordant always with the biological definition of the species. The rise of molecular biology offers a range of powerful tools for systematics by studying genetic variability. The aim of the thesis is to answer the problems encountered in systematics (phylogeny, taxonomy, evolutionary history of a species) by studying the genetic variability of these organisms, using appropriate molecular tools. This work allowed the resolution of concrete case studies such as the inference of a phylogeny, the identification of closely related species and the study of intraspecific genetic variability, to follow gene flow and deduce the structure population genetics, to better understand the species, its history and its evolution in its environment.

Les érymides sont des crustacés décapodes marins ayant une morphologie comparable à celle des homards actuels. Ils sont regroupés au sein d’une unique famille, les Erymidae Van Straelen, 1925, caractérisée par la présence d’une plaque intercalaire dorsale. Ces crustacés sont présents dès la fin du Permien. Ils se sont diversifiés et répandus dans le monde entier au Jurassique et ont perduré jusqu’au Paléocène. Ils sont particulièrement abondants au Jurassique, fossilisés dans des dépôts issus d’environnements variés : de faible profondeur – comme les calcaires lithographiques de Solnhofen (Allemagne) –, très profonds – comme La Voulte (France) –, ou encore dans différents milieux de plate-forme – comme le Terrain à Chailles (France). Depuis les premières descriptions d’érymides, au début du XIXe siècle, de nombreux auteurs se sont attachés à décrire de nouvelles formes et à tenter d’élucider les affinités phylogénétiques de ces crustacés éteints. Ces nombreux travaux ont abouti à l’installation et à la propagation de confusions rendant douteuse la systématique des érymides tant au niveau des genres que des espèces. Ces problèmes taxinomiques particulièrement marqués chez les érymides — on parle d’ailleurs de « problème érymidien » — sont accompagnés d’un débat sur leur classification au sein des Pleocyemata. Jusqu’au début du XXIe siècle, la majorité des auteurs les classaient dans l’infraordre des Astacidea mais de récentes analyses phylogénétiques suggèrent l’intégration des érymides au sein des Glypheidea. Une autre étude a même abouti à la remise en cause du statut éteint des érymides. En effet, Schram & Dixon (2004) ont observé la plaque intercalaire sur l’actuel Enoplometopus A. Milne Edwards, 1862. Leur analyse a ensuite conduit au regroupement de cette forme actuelle avec les érymides au sein d’un même clade nommé Erymida. Les objectifs de cette thèse sont donc de remédier aux problèmes taxinomiques des érymides, d’élucider leurs affinités phylogénétiques et d’apporter des éléments permettant de mieux comprendre leur mode de vie et leur succès évolutif. Pour ce faire, une révision systématique aussi exhaustive que possible, appuyée sur l’étude de plus d’un millier de spécimens, a été réalisée. Elle a permis d’homogénéiser la description des 6 genres et des 75 espèces reconnues et d’identifier les caractères nécessaires à l’étude phylogénétique. L’arbre obtenu montre clairement que les érymides constituent un groupe particulier d’Astacidea auquel Enoplometopus n’appartient pas. De plus, la topologie de l’arbre de strict consensus soutient une refondation complète de la systématique du groupe. D’une unique famille, les érymides se retrouvent désormais répartis dans deux familles, distinguées par la présence/absence de la zone post-orbitaire : les Enoploclytidae n. fam. et les Erymidae. Cette dernière est d’ailleurs elle-même divisée en sous-familles, Eryminae Van Straelen, 1925 et Tethysastacinae n. s.–fam., en raison de l’architecture très simple des sillons de la carapace de Tethysastacus Devillez et al., 2016 comparée à celle des autres genres. Cette étude a aussi été l’occasion de formuler des hypothèses paléobiogéographiques qui demeurent, hélas, en grande partie spéculatives et incomplètes du fait des importantes discontinuités géographiques et stratigraphiques du registre fossile. Les observations de stades larvaires, des yeux, de la morphologie des pinces, de pores cuticulaires et de la variabilité intraspécifique chez certains spécimens ont également permis, en s’appuyant sur les formes actuelles, d’émettre des hypothèses sur le mode de vie de ces crustacés disparus. Enfin, la grande tolérance environnementale déduite des différentes formations géologiques ayant livré des érymides fossiles est probablement une des clés de leur succès au Mésozoïque et soulève la question des raisons de leur extinction. / Erymids are marine decapod crustaceans with a morphology close to that of extant lobsters. They are grouped within an unique family, Erymidae Van Straelen, 1925, based on the presence of a characteristic intercalated plate. These crustaceans were already present in the Permian, have become diversified and widespread during the Jurassic and have lasted until the Paleocene. The erymids are abundant during the Jurassic. They fossilized in deposits from various paleoenvironments: shallow water environments – like lithographic limestones from Solnhofen (Germany) –, from deep environments – like in La Voulte (France) –, and also from different platform environments – like the Terrain à Chailles (France). Since the first descriptions of erymids in the first part of the XIXth century, numerous authors have described new species and have attempted to establish the phylogenetic affinities of these extinct crustaceans. This high number of studies resulted with the apparition and propagation of confusions. So, the systematics of the erymids has become doubtful at both generic and specific levels. These taxonomic problems strongly affecting the erymids — the so called « erymidian problem » — are increased by their uncertain phylogenetic relationships among the Pleocyemata. Until the XXIst century, most of the authors classified the erymids within the infraorder Astacidea but recent phylogenetic analyses suggest an integration within Glypheidea. Moreover, a study has led to question the extinct status of the erymids. Indeed, Schram & Dixon (2004) have observed an intercalated plate in the extant Enoplometopus A. Milne Edwards, 1862. Their analysis has resulted with the clustering of this extant lobster together with the erymids within a same clade named Erymida. So, the purposes of this thesis are to rectify the taxonomic problems of the erymids, to elucidate their phylogenetic affinities and to provide observations which enable a better comprehension of their lifestyles and their evolutionary success. To reach these goals, a systematic review, supported by the examination of more than a thousand specimens, has been done. It has resulted in a homogenisation of the descriptions of the 6 genera and 75 species herein recognized and in the identification of useful characters for the phylogenetic study. The phylogenetic tree obtained clearly shows that erymids form a particular group of Astacidea and that Enoplometopus does not belong to this group. Moreover, the topology of the strict consensus tree supports a new systematic building of the group. From a unique family, the erymids are now spread into two families supported by the absence/presence of a post-orbital area: Enoploclytidae n. fam. and Erymidae. The last is also divided in subfamilies, Eryminae Van Straelen, 1925 and Tethysastacinae n. s.-fam., based on the very simple carapace groove pattern of Tethysastacus Devillez et al., 2016. This new study on the erymids was also an occasion to provide some paleobiogeographic hypotheses. But, unfortunately, they remain speculative and incomplete due to geographic and stratigraphic discontinuities of the fossil record. Observations of larval stages, of eyes, of P1 chela morphologies, of cuticular pores, and of intraspecific variability on some specimens have also enabled comparisons with extant forms. These observations led to provide hypotheses on the lifestyle of these extinct lobsters. Finally, the strong environmental tolerance was probably one of the keys of the success of the erymids during the Mesozoic but raised interrogations about the reasons of their extinction.

L'arrivée des technologies de séquençage d’ADN à haut-débit a représenté une révolution dans le domaine de la génomique personnalisée, en raison de leur résolution et leur faible coût. Toutefois, ces nouvelles technologies présentent un taux d’erreur élevé, qui varie entre 0,1% et 1% pour les séquenceurs de seconde génération. Cette valeur est problématique dans le cadre de la recherche de variants de faible ratio allélique, comme ce qui est observé dans le cas des tumeurs hétérogènes. En effet, un tel taux d’erreur peut mener à des milliers de faux positifs. Chaque région de l’ADN étudié doit donc être séquencée plusieurs fois, et les variants sont alors filtrés en fonction de critères basés sur leur profondeur. Malgré ces filtres, le nombre d’artefacts reste important, montrant la limite des approches conventionnelles et indiquant que certains artefacts de séquençage ne sont pas aléatoires.Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un algorithme exact de recherche des motifs d’ADN dégénérés sur-représentés en amont des erreurs de séquençage non aléatoires et donc potentiellement liés à leur apparition. Cet algorithme a été mis en oeuvre dans un logiciel appelé DiNAMO, qui a été testé sur des données de séquençage issues des technologies IonTorrent et Illumina.Les résultats expérimentaux ont mis en évidence plusieurs motifs, spécifiques à chacune de ces deux technologies. Nous avons ensuite montré que la prise en compte de ces motifs dans l’analyse, réduisait considérablement le taux de faux positifs. DiNAMO peut donc être utilisé en aval de chaque analyse, comme un filtre supplémentaire permettant d’améliorer l’identification des variants, en particulier des variants à faible ratio allélique. / The advent of Next Generation DNA Sequencing technologies has revolutionized the field of personalized genomics through their resolution and low cost. However, these new technologies are associated with a relatively high error rate, which varies between 0.1% and 1% for second-generation sequencers. This value is problematic when searching for low allelic ratio variants, as observed in the case of heterogeneous tumors. Indeed, such error rate can lead to thousands of false positives. Each region of the studied DNA must therefore be sequenced several times, and the variants are then filtered according to criteria based on their depth. Despite these filters, the number of errors remains significant, showing the limit of conventional approaches and indicating that some sequencing errors are not random.In the context of this thesis, we have developed an exact algorithm for over-represented degenerate DNA motifs discovery on the upstream of non-random sequencing errors and thus potentially linked to their appearance. This algorithm was implemented in a software called DiNAMO, which was tested on sequencing data from IonTorrent and Illumina technologies.The experimental results revealed several motifs, specific to each of these two technologies. We then showed that taking these motifs into account in the analysis reduced significantly the false-positive rate. DiNAMO can therefore be used downstream of each analysis, as an additional filter to improve the identification of variants, especially, variants with low allelic ratio.

Cette étude aborde les problèmes de spéciation et d'évolution chez les Dacryoconarides à partir des espèces du genre Nowakia du Praguien de la coupe de Cerna rokle (Dévonien inférieur, République Tchèque). Une -analyse biométrique est mise au point pour ce groupe fossile afin de préciser la notion d'espèce. Des mesures morphométriques sont effectuées sur près de 3000 individus de No wa kia, répartis dans 38 populations issues chacune d'un niveau stratigraphique bien défini. L'étude statistique des donné.es (analyses univariées, bivariées, factorielles) permet d'identifier et de caractériser mOfphométriquement les espèces du genre Nowakia. La méthodologie utilisée s'avère applicable . à d'autres populations de No wa kia , mais aussi à d'autres Dacryoconarides. Six espèces appartenant au 'genre Nowakia sont identifiées dans la succession de Cerna rokle. Trois nouvelles espèces sont nommées formellement (N. fa ta, N. muftiannufata, N. ampfa) et une quatrième (N. acuaria s.str;) est restreinte à' un champ de variabilité plus limité. La distribution verticale de ces espèces conduit à proposer, de la plus ancienne à la plus récente, les biozones d'intervalle à kabyfica, à pragensis, à acuaria s.str., à fa ta, à muftiannufata, à ampfa. L'influence des facteurs paléoenvironnementaux sur la dynamique des populations de Dacryoconarides et sur la spéciation du genre Nowakia est appréhendée à partir d'une étude de microfaciès et d'analyses isotopiques des carbonates contenant cette faune. Les variations dans la fréquence et la distribution des espèces, au cours du temps fournissent une estimation de la diversité spécifique et de la vitesse d'évolution des Dacryoconarides. Les fluctuations des rapports isotopiques du carbone et de l'oxygène sont des marqueurs potentiels des variations du paléoenvironnement. Le rôle de ces facteurs extrinsèques apparaît toutefois secondaire par rapport aux facteurs intrinsèques relevant directement de processus biologiques. Les contraintes environnementales ne semblent pas avoir joué le rôle de facteur déclenchant qu'on. leur attribue parfois vis à vis de la spéciation; tout au plus, dans certains cas, ont-elles favorisé la prolifération temporaire de certaines espèces. Les modalités et le rythme de spéciation chez les Nowakia du Praguien sont discutés. Le retard ou la précocité de l'apparition de certains caractères morphologiques et des différences dans leur vitesse de développement sont interprétés en termes d'hétérochronies de développement. La lignée phylogénétique des Nowakia montre différentes tendances morphologiques illustrées par des espèces qui coexistent ou se succèdent au cours du temps. L'apparition des espèces est soudaine et la séparation au sein de lignées, point fondamental du modèle des équilibres ponctués, paraît remplie par les espèces du Praguien de Cerna rokle. Après leur apparition, les espèces de Nowakia montrent une stabilité morphologique au cours du temps. Le modèle évolutif de type gradualisme phylétique rend moins bien compte des observations effectuées.

La Nouvelle-Calédonie est considérée comme une zone prioritaire pour la préservation de la biodiversité à l'échelle mondiale en raison de sa flore riche, originale et menacée. Pour mieux comprendre l'histoire de cette flore, une étude a été menée sur la famille des Cunoniaceae, qui compte dans l'archipel 88 espèces et 7 genres d'arbres et d'arbustes, dont le « faux-tamanou » et le « chêne rouge ». Quatre nouvelles espèces dans le genre Codia et deux dans le genre Cunonia ont été mises en évidence. Une phylogénie moléculaire des genres Acsmithia et Spiraeanthemum suggère qu'ils devraient être considérés comme un seul genre : Spiraeanthemum, car le genre Acsmithia est paraphylétique. Sur un plan biogéographique, les affinités des Cunoniaceae et de la flore de Nouvelle-Calédonie sont plus fortes avec l'Australie. Néanmoins, une analyse comparative globale à l'échelle de l'ensemble des plantes à fleurs montre que certaines lignées sont surreprésentées en Nouvelle-Calédonie, et d'autres sont sous-représentées, et ceci ne peut pas être entièrement expliqué par la biogéographie. Il semblerait que certaines lignées possèderaient une exaptation (« pré-adaptation ») aux sols ultramafiques (terrains miniers) qui aurait pu faciliter leur installation et leur diversification sur l'archipel. C'est notamment le cas du clade COM (Celastrales, Oxalidales et Malpighiales) auquel appartiennent les Cunoniaceae. L'histoire évolutive du genre Codia a été reconstruite à l'aide de marqueurs moléculaires et indique que l'adaptation aux terrains miniers est potentiellement ancestrale dans ce genre. L'hybridation a joué un rôle important dans la diversification du genre, et plusieurs espèces d'origine hybride présentent des caractères morphologiques absents chez les espèces parentales (phénotypes transgressifs). Certaines espèces qui se sont hybridées ont des distributions clairement distinctes aujourd'hui, suggérant des changements dans la répartition de ces espèces pouvant être liés aux périodes glaciaires du Quaternaire. Chez le genre Spiraeanthemum, des différences génétiques nettes ont été observées au sein de S. ellipticum et S. pubescens entre les populations du sud de la Grande Terre sur sol ultramafique et les populations du nord sur sol non¬ultramafique, suggérant l'existence d'espèces cryptiques. La flore de l'archipel possède également de nombreuses lignées reliques qui représentent une importante diversité phylogénétique. Chez les Cunoniaceae, une corrélation significative a été trouvée entre la position systématique et l'activité biologique des espèces. La diversité phylogénétique serait ainsi corrélée positivement à la valeur potentielle de la biodiversité, ce qui justifierait sa conservation. Face aux menaces qui pèsent sur la flore de la Nouvelle-Calédonie, notamment les feux, les espèces envahissantes, l'exploitation minière et le réchauffement climatique, il est important d'employer la meilleure stratégie pour la préservation de la biodiversité. Ainsi, il semble urgent de protéger les lignées reliques, mais aussi de préserver les processus qui permettent l'apparition de nouvelles espèces. Il s'agit notamment de protéger les sites qui présentent une mosaïque de sols où la cohabitation et l'hybridation d'espèces différant par leurs écologies deviennent possibles.