Fenilcetonúria (PKU) é uma doença autossômica recessiva caracterizada pela deficiência da enzima fenilalanina hidroxilase (PAH). Mutações no gene da PAH são responsáveis por PKU e uma grande heterogeneidade alélica é observada em pacientes em todo o mundo. Até o momento, mais de 500 diferentes alterações no gene PAH são encontradas no PAHdb. A maioria dessas mutações são raras e/ou específicas nas populações estudadas. O espectro de mutações de PKU em pacientes do sul do Brasil foi definido anteriormente e 6 mutações (IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W e IVS12+1G>A) foram identificadas como responsáveis por 63,6% dos alelos mutantes. Este trabalho apresenta uma estratégia baseada no sistema TaqMan® (Applied Biosystems) para uma identificação rápida e específica das mutações listadas acima. Esta estratégia foi aplicada a uma amostra populacional que anteriormente foi caracterizada por diferentes técnicas. Os testes mostraram-se altamente sensíveis e são potencialmente aplicáveis à identificação de amostras de sangue impregnadas em papel filtro, podendo ser utilizados na triagem neonatal. / Phenylketonuria (PKU) is an autossomal recessive disease characterized by phenylalanine hydroxylase (PAH) deficiency. Mutations in the PAH gene are responsible for PKU, and an extensive allelic heterogeneity was observed in patients worldwide. Up to date, more than 500 different alterations can be found in PAHdb, the majority being rare mutations and/or specific to a genetic background. Our group was able to define mutation spectrum in PKU patients in Southern Brazil, and identified six mutations, named IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W and IVS12+1G>A, that are responsible for 63.6% of mutant alleles. This work introduced a strategy, based in the TaqMan® System (Applied Biosystems), for a fast and specific identification of the above mutations. This strategy was applied to a sample population that was previously characterized by different techniques. Assays were shown to be highly sensitive and are potentially applicable to blood spots in order to be used in neonatal screening.

Fenilcetonúria (PKU) é uma doença autossômica recessiva caracterizada pela deficiência da enzima fenilalanina hidroxilase (PAH). Mutações no gene da PAH são responsáveis por PKU e uma grande heterogeneidade alélica é observada em pacientes em todo o mundo. Até o momento, mais de 500 diferentes alterações no gene PAH são encontradas no PAHdb. A maioria dessas mutações são raras e/ou específicas nas populações estudadas. O espectro de mutações de PKU em pacientes do sul do Brasil foi definido anteriormente e 6 mutações (IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W e IVS12+1G>A) foram identificadas como responsáveis por 63,6% dos alelos mutantes. Este trabalho apresenta uma estratégia baseada no sistema TaqMan® (Applied Biosystems) para uma identificação rápida e específica das mutações listadas acima. Esta estratégia foi aplicada a uma amostra populacional que anteriormente foi caracterizada por diferentes técnicas. Os testes mostraram-se altamente sensíveis e são potencialmente aplicáveis à identificação de amostras de sangue impregnadas em papel filtro, podendo ser utilizados na triagem neonatal. / Phenylketonuria (PKU) is an autossomal recessive disease characterized by phenylalanine hydroxylase (PAH) deficiency. Mutations in the PAH gene are responsible for PKU, and an extensive allelic heterogeneity was observed in patients worldwide. Up to date, more than 500 different alterations can be found in PAHdb, the majority being rare mutations and/or specific to a genetic background. Our group was able to define mutation spectrum in PKU patients in Southern Brazil, and identified six mutations, named IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W and IVS12+1G>A, that are responsible for 63.6% of mutant alleles. This work introduced a strategy, based in the TaqMan® System (Applied Biosystems), for a fast and specific identification of the above mutations. This strategy was applied to a sample population that was previously characterized by different techniques. Assays were shown to be highly sensitive and are potentially applicable to blood spots in order to be used in neonatal screening.

Fenilcetonúria (PKU) é uma doença autossômica recessiva caracterizada pela deficiência da enzima fenilalanina hidroxilase (PAH). Mutações no gene da PAH são responsáveis por PKU e uma grande heterogeneidade alélica é observada em pacientes em todo o mundo. Até o momento, mais de 500 diferentes alterações no gene PAH são encontradas no PAHdb. A maioria dessas mutações são raras e/ou específicas nas populações estudadas. O espectro de mutações de PKU em pacientes do sul do Brasil foi definido anteriormente e 6 mutações (IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W e IVS12+1G>A) foram identificadas como responsáveis por 63,6% dos alelos mutantes. Este trabalho apresenta uma estratégia baseada no sistema TaqMan® (Applied Biosystems) para uma identificação rápida e específica das mutações listadas acima. Esta estratégia foi aplicada a uma amostra populacional que anteriormente foi caracterizada por diferentes técnicas. Os testes mostraram-se altamente sensíveis e são potencialmente aplicáveis à identificação de amostras de sangue impregnadas em papel filtro, podendo ser utilizados na triagem neonatal. / Phenylketonuria (PKU) is an autossomal recessive disease characterized by phenylalanine hydroxylase (PAH) deficiency. Mutations in the PAH gene are responsible for PKU, and an extensive allelic heterogeneity was observed in patients worldwide. Up to date, more than 500 different alterations can be found in PAHdb, the majority being rare mutations and/or specific to a genetic background. Our group was able to define mutation spectrum in PKU patients in Southern Brazil, and identified six mutations, named IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W and IVS12+1G>A, that are responsible for 63.6% of mutant alleles. This work introduced a strategy, based in the TaqMan® System (Applied Biosystems), for a fast and specific identification of the above mutations. This strategy was applied to a sample population that was previously characterized by different techniques. Assays were shown to be highly sensitive and are potentially applicable to blood spots in order to be used in neonatal screening.

Les champignons mycorhizien à arbuscules (CMA) sont des organismes pouvant établir des symbioses avec 80% des plantes terrestres. Les avantages d'une telle symbiose sont de plus en plus caractérisés et exploités en agriculture. Par contre, jusqu'à maintenant, il n'existe aucun outil permettant à la fois l'identification et la quantification de ces champignons dans le sol de façon fiable et rapide. Un tel outil permettrait, entre autres, de mieux comprendre les dynamiques des populations des endomycorhizes dans le sol. Pour les producteurs d'inoculum mycorhiziens, cela permettrait également d'établir un suivi de leurs produits en champs et d'avoir un contrôle de qualité de plus sur leurs inoculants. C'est ce que nous avons tenté de développer au sein du laboratoire du Dr. Hijri. Depuis environ une trentaine d'années, des outils d'identification et/ou de quantification ont été développés en utilisant les profiles d'acides gras, les isozymes, les anticorps et finalement l'ADN nucléaire. À ce jour, ces méthodes d’identification et de quantification sont soit coûteuses, soit imprécises. Qui plus est, aucune méthode ne permet à la fois la quantification et l’identification de souches particulières de CMA. L’ADN mitochondrial ne présente pas le même polymorphisme de séquence que celui qui rend l’ADN nucléaire impropre à la quantification. C'est pourquoi nous avons analysé les séquences d’ADN mitochondrial et sélectionné les régions caractéristiques de deux espèces de champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA). C’est à partir de ces régions que nous avons développé des marqueurs moléculaires sous forme de sondes et d’amorces TaqMan permettant de quantifier le nombre de mitochondries de chacune de ces espèces dans un échantillon d’ADN. Nous avons ensuite tenté de déterminer une unité de quantification des CMA, soit un nombre de mitochondries par spore. C’est alors que nous avons réalisé que la méthode de préparation des échantillons de spores ainsi que la méthode d’extraction d’ADN avaient des effets significatifs sur l’unité de quantification de base. Nous avons donc optimisé ces protocoles, avant d’en e tester l’application sur des échantillons de sol et de racines ayant été inoculés avec chacune des deux espèces cibles. À ce stade, cet outil est toujours semi-quantificatif, mais il permet 9 l’identification précise de deux espèces de CMA compétentes dans des milieux saturés en phosphore inorganique. Ces résultats , en plus d’être prometteurs, ont permis d’augmenter les connaissances méthodologiques reliées à la quantification des CMA dans le sol, et suggèrent qu’à cause de leurs morphologies différentes, l’élaboration d’un protocole de quantification standardisé pour toutes les espèces de CMA demeure un objectif complexe, qui demande de nouvelles études in vivo. / Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) are able to form symbiosis with approximately 80% of plant species, including most important corps. This symbiosis is known as Arbuscular Mycorrhiza which has been largely used in agriculture to promote plant growth by enhancing minerals uptake and protecting plants against biotic and abiotic stresses. Despite the ecological and economical importance of this symbiosis, specific markers for spore quantification of commercial AMF strains by quantitative real-time PCR (qPCR) are extremely limited and none has been rigorously validated for quality control of manufactured products such as biofertilizers. Most of the existing AMF markers developed either for AMF identification or for AMF quantification purposes are based on either morphological characters, on Fatty Acids Methyl Esters (FAME) profiles, on specific isozymes or antibodies, or on nuclear DNA. It has been shown that mitochondrial (mt) genomes are conserved among AMF species. This allowed us to use mt genomes in order to develop efficient isolate-specfic markers. Using the alignments of 11 complete AMF mt genomes, a qPCR assay using a hydrolysis probes designed in the single copy cox3-rnl intergenic region was tested and validated to specifically and accurately quantify the spores of the model R. irregularis isolate DAOM197198 and another probe was designed in nad1-cox2 intergene specific to Glomus cerebriforme. The specificity tests performed, using standard PCR and qPCR, clearly showed that the primers specifically amplified the isolate DAOM-197198 or Glomus cerebriforme DAOM220722. Quantification assays were successfully undertaken on unknown samples in liquid suspensions, commercial solid formulations and soil samples to show the accuracy and reproducibility of the assays. This study provides a powerful molecular toolkit specifically designed to quantify spores of the model AMF isolate Glomus cerebriforme DAOM220722. The latter could be applied to other AMF taxa and will be useful to research institutions and governmental and industrial laboratories running routine quality control of AMF-based products.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:05:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6239_1.pdf: 3987684 bytes, checksum: 3de61823bef92babc3a0eebd8393e838 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / O gene de fusão PML-RARα é o mais freqüente marcador molecular da Leucemia Aguda Promielocítica (LAP). Com o objetivo de comparar os métodos moleculares qualitativo e quantivo, avaliar os níveis de expressão do gene correlacionar com características biológicas foram de pacientes com LAP ao diagnostico e pós-consolidação. O RNA total foi extraído a partir de e o cDNA sintetizado por RT-PCR. O gene ABL foi utilizado como controle constitutivo e a análise quantitativa realizada por curva padrão. Ao diagnóstico houve concordância dos métodos na detecção do gene PML-RARα e o coeficiente normalizado de expressão foi 55,3. Após a consolidação do tratamento apenas um paciente apresentou a expressão do gene PML-RARα que foi detectado pela PCR quantitativa. Não foram encontradas diferenças significantes na análise de associação dos níveis de expressão do gene PML-RARα com carocteristicas biológicas. Os resultados permitiram estimar o nível de expressão do gene PML-RARα no grupo estudado e o estabelecimento de parâmetros para o seguimento de pacientes com LAP

Introdução A preocupação crescente com as possíveis consequências da replicação viral no sistema nervoso central mostra a necessidade da detecção do HIV no compartimento cerebral. O teste de PCR em tempo real desenvolvido pela Abbott, o Abbott m2000 RealTime HIV-1 (m2000rt), quantifica a carga viral do HIV em amostras de sangue com um procedimento efetivo e de baixo custo no nosso país, por isso é adotado como método padrão pelo Ministério da Saúde, mas não é utilizado em amostras de líquor. O ensaio produzido pela Roche, o COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0), é o método de PCR em tempo real que tem sido amplamente utilizado para detectar a carga viral do HIV no compartimento cerebral. No entanto, esse método ainda não foi validado para esse propósito e seu custo pode ser uma limitação em diversas regiões com baixos recursos. Objetivos Considerando que não há uma metodologia padronizada para essa situação específica (detecção do HIV no líquor), nós conduzimos esse estudo a fim comparar os desempenhos dos testes m2000rt e COBAS v2.0, na tentativa de propôr um método alternativo e com baixos custos ao mais utilizado nesse contexto (COBAS v2.0). Métodos O estudo foi realizado no período de maio de 2015 a julho de 2016. O cálculo do tamanho da amostra foi baseado em dados de um estudo piloto que revelaram ser necessário um número mínimo de 37 amostras, para detectar uma diferença de 0,20 log10 na carga viral, com um coeficiente de correlação de 0,979 e um poder de 90%. Essa equação permitiria uma perda de 10%. As amostras de líquor foram coletadas consecutivamente a partir de 37 pacientes HIV positivos atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre/RS. Os métodos foram processados de acordo com o proposto pelo fabricante para utilização com amostras de plasma. Pequenas modificações foram necessárias no teste em estudo (m2000rt) para neutralizar qualquer diferença metodológica e evitar vieses de mensuração: o congelamento das amostras foi realizado a -20ºC até o momento da análise. O ensaio COBAS v2.0 foi utilizado como referência, uma vez que é o método mais utilizado. Foram realizadas análises quantitativas com resultados que estavam dentro da faixa linear em ambos os métodos (n = 18). Para tornar os métodos comparáveis, adotou-se o limite de detecção do ensaio m2000rt para ambos (40 cp/mL ou 1,60 log10 cp/mL). Os resultados abaixo do limite de detecção foram apresentados como uma variável categórica, uma vez que não são quantificáveis. O coeficiente de correlação de Pearson foi utilizado para comparar os métodos. A normalidade das variáveis foi então resumida calculando o viés estimado pela diferença média "đ " e o desvio padrão das diferenças realizadas pelo teste t para amostras pareadas. Com base na falta de normalidade dos métodos, o grau de concordância dos resultados das cargas virais de HIV foi analisado pelo índice Kappa. Esse estudo foi aprovado pelo comitê de ética do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (RS)/ Brasil, registrado na Plataforma Brasil como sendo CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusão Em conclusão, o teste m2000rt que foi modificado para este ensaio mostrou boa concordância e correlação com o teste mais utilizado nesse contexto e pode ser considerado um método alternativo com resultados semelhantes ao COBAS v2.0 e baixos custos na quantificação da carga viral do HIV no líquor. Sugerimos, principalmente em locais onde este método está prontamente disponível com uma relação custo-benefício aceitável, que o exame m2000rt deva ser realizado. / Introduction Growing concern about possible consequences of viral replication in the central nervous system shows the need for HIV detection in the cerebral compartment. The real time PCR test developed by Abbott, Abbott RealTime m2000 HIV-1 (m2000rt) quantifies HIV viral load in blood samples effectively and with low costs Brazil. It is the standard method by the Brazilian Ministry of Health, but it has never been utilized to measure HIV in cerebrospinal fluid samples. The assay produced by Roche, COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0) is the real-time PCR method that has been widely used to detect HIV viral load in cerebral compartment. However, this method has not yet been validated for this purpose and its cost may be a limitation in several regions in the world with low resources. Objective Taking under consideration that there was no standard methodology for this specific situation (detecting HIV in cerebrospinal fluid), we conducted this study to compare the performances of the m2000rt and COBAS v2.0 assays, to propose an alternative and low-cost method to more used in this context (COBAS v2.0). Methods The study was conducted from May 2015 to July 2016. The sample size calculation was based on data from a pilot trial that revealed that a minimum of 37 samples would be needed to detect a difference of 0.20 log10 in viral load, with a correlation coefficient of 0.979 and a 90% power. This equation would allow a 10% lost. CSF samples were collected consecutively from 37 HIV-positive patients seen at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, RS. Methods were processed according to proposed by the manufacturer for utilization with plasma samples. Small modifications were necessary in the study test (m2000rt) to neutralize any methodological differences, thus avoiding measurement bias: the freezing of samples was carried out at -20ºC until the moment of the analysis. The COBAS v2.0 test was used as a reference since it is the most commonly used method. Quantitative analyzes were performed with results that were within the linear range in both methods (n=18). To make the methods comparable, the detection limit of the m2000rt assay for both (40 cp/mL or 1.60 log10 cp/mL) was adopted. The results below the limit of detection were presented as a categorical variable, since they are not quantifiable. The Pearson correlation coefficient was used to compare methods. The normality of the variables was then summarized calculating the estimated bias by the mean difference "đ" and standard deviation of the differences performed by t test for paired samples. Based on the lack of normality of the methods, the degree of agreement of the HIV viral load results was analyzed by the Kappa index. This study was approved by the Hospital de Clínicas of Porto Alegre (southern Brazil) Ethics Review Board, registered in the Brazil Platform as CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusion In conclusion, the m2000rt test that was modified for this trial showed good agreement and correlation with the most used test in this context and can be considered an alternative method with similar results to COBAS v2.0 and low costs in the HIV viral load quantification in cerebrospinal fluid. We suggest, especially in places where this method is readily available with an acceptable cost-benefit ratio, that the m2000rt exam should be performed.

Introdução A preocupação crescente com as possíveis consequências da replicação viral no sistema nervoso central mostra a necessidade da detecção do HIV no compartimento cerebral. O teste de PCR em tempo real desenvolvido pela Abbott, o Abbott m2000 RealTime HIV-1 (m2000rt), quantifica a carga viral do HIV em amostras de sangue com um procedimento efetivo e de baixo custo no nosso país, por isso é adotado como método padrão pelo Ministério da Saúde, mas não é utilizado em amostras de líquor. O ensaio produzido pela Roche, o COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0), é o método de PCR em tempo real que tem sido amplamente utilizado para detectar a carga viral do HIV no compartimento cerebral. No entanto, esse método ainda não foi validado para esse propósito e seu custo pode ser uma limitação em diversas regiões com baixos recursos. Objetivos Considerando que não há uma metodologia padronizada para essa situação específica (detecção do HIV no líquor), nós conduzimos esse estudo a fim comparar os desempenhos dos testes m2000rt e COBAS v2.0, na tentativa de propôr um método alternativo e com baixos custos ao mais utilizado nesse contexto (COBAS v2.0). Métodos O estudo foi realizado no período de maio de 2015 a julho de 2016. O cálculo do tamanho da amostra foi baseado em dados de um estudo piloto que revelaram ser necessário um número mínimo de 37 amostras, para detectar uma diferença de 0,20 log10 na carga viral, com um coeficiente de correlação de 0,979 e um poder de 90%. Essa equação permitiria uma perda de 10%. As amostras de líquor foram coletadas consecutivamente a partir de 37 pacientes HIV positivos atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre/RS. Os métodos foram processados de acordo com o proposto pelo fabricante para utilização com amostras de plasma. Pequenas modificações foram necessárias no teste em estudo (m2000rt) para neutralizar qualquer diferença metodológica e evitar vieses de mensuração: o congelamento das amostras foi realizado a -20ºC até o momento da análise. O ensaio COBAS v2.0 foi utilizado como referência, uma vez que é o método mais utilizado. Foram realizadas análises quantitativas com resultados que estavam dentro da faixa linear em ambos os métodos (n = 18). Para tornar os métodos comparáveis, adotou-se o limite de detecção do ensaio m2000rt para ambos (40 cp/mL ou 1,60 log10 cp/mL). Os resultados abaixo do limite de detecção foram apresentados como uma variável categórica, uma vez que não são quantificáveis. O coeficiente de correlação de Pearson foi utilizado para comparar os métodos. A normalidade das variáveis foi então resumida calculando o viés estimado pela diferença média "đ " e o desvio padrão das diferenças realizadas pelo teste t para amostras pareadas. Com base na falta de normalidade dos métodos, o grau de concordância dos resultados das cargas virais de HIV foi analisado pelo índice Kappa. Esse estudo foi aprovado pelo comitê de ética do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (RS)/ Brasil, registrado na Plataforma Brasil como sendo CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusão Em conclusão, o teste m2000rt que foi modificado para este ensaio mostrou boa concordância e correlação com o teste mais utilizado nesse contexto e pode ser considerado um método alternativo com resultados semelhantes ao COBAS v2.0 e baixos custos na quantificação da carga viral do HIV no líquor. Sugerimos, principalmente em locais onde este método está prontamente disponível com uma relação custo-benefício aceitável, que o exame m2000rt deva ser realizado. / Introduction Growing concern about possible consequences of viral replication in the central nervous system shows the need for HIV detection in the cerebral compartment. The real time PCR test developed by Abbott, Abbott RealTime m2000 HIV-1 (m2000rt) quantifies HIV viral load in blood samples effectively and with low costs Brazil. It is the standard method by the Brazilian Ministry of Health, but it has never been utilized to measure HIV in cerebrospinal fluid samples. The assay produced by Roche, COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0) is the real-time PCR method that has been widely used to detect HIV viral load in cerebral compartment. However, this method has not yet been validated for this purpose and its cost may be a limitation in several regions in the world with low resources. Objective Taking under consideration that there was no standard methodology for this specific situation (detecting HIV in cerebrospinal fluid), we conducted this study to compare the performances of the m2000rt and COBAS v2.0 assays, to propose an alternative and low-cost method to more used in this context (COBAS v2.0). Methods The study was conducted from May 2015 to July 2016. The sample size calculation was based on data from a pilot trial that revealed that a minimum of 37 samples would be needed to detect a difference of 0.20 log10 in viral load, with a correlation coefficient of 0.979 and a 90% power. This equation would allow a 10% lost. CSF samples were collected consecutively from 37 HIV-positive patients seen at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, RS. Methods were processed according to proposed by the manufacturer for utilization with plasma samples. Small modifications were necessary in the study test (m2000rt) to neutralize any methodological differences, thus avoiding measurement bias: the freezing of samples was carried out at -20ºC until the moment of the analysis. The COBAS v2.0 test was used as a reference since it is the most commonly used method. Quantitative analyzes were performed with results that were within the linear range in both methods (n=18). To make the methods comparable, the detection limit of the m2000rt assay for both (40 cp/mL or 1.60 log10 cp/mL) was adopted. The results below the limit of detection were presented as a categorical variable, since they are not quantifiable. The Pearson correlation coefficient was used to compare methods. The normality of the variables was then summarized calculating the estimated bias by the mean difference "đ" and standard deviation of the differences performed by t test for paired samples. Based on the lack of normality of the methods, the degree of agreement of the HIV viral load results was analyzed by the Kappa index. This study was approved by the Hospital de Clínicas of Porto Alegre (southern Brazil) Ethics Review Board, registered in the Brazil Platform as CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusion In conclusion, the m2000rt test that was modified for this trial showed good agreement and correlation with the most used test in this context and can be considered an alternative method with similar results to COBAS v2.0 and low costs in the HIV viral load quantification in cerebrospinal fluid. We suggest, especially in places where this method is readily available with an acceptable cost-benefit ratio, that the m2000rt exam should be performed.

Introdução A preocupação crescente com as possíveis consequências da replicação viral no sistema nervoso central mostra a necessidade da detecção do HIV no compartimento cerebral. O teste de PCR em tempo real desenvolvido pela Abbott, o Abbott m2000 RealTime HIV-1 (m2000rt), quantifica a carga viral do HIV em amostras de sangue com um procedimento efetivo e de baixo custo no nosso país, por isso é adotado como método padrão pelo Ministério da Saúde, mas não é utilizado em amostras de líquor. O ensaio produzido pela Roche, o COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0), é o método de PCR em tempo real que tem sido amplamente utilizado para detectar a carga viral do HIV no compartimento cerebral. No entanto, esse método ainda não foi validado para esse propósito e seu custo pode ser uma limitação em diversas regiões com baixos recursos. Objetivos Considerando que não há uma metodologia padronizada para essa situação específica (detecção do HIV no líquor), nós conduzimos esse estudo a fim comparar os desempenhos dos testes m2000rt e COBAS v2.0, na tentativa de propôr um método alternativo e com baixos custos ao mais utilizado nesse contexto (COBAS v2.0). Métodos O estudo foi realizado no período de maio de 2015 a julho de 2016. O cálculo do tamanho da amostra foi baseado em dados de um estudo piloto que revelaram ser necessário um número mínimo de 37 amostras, para detectar uma diferença de 0,20 log10 na carga viral, com um coeficiente de correlação de 0,979 e um poder de 90%. Essa equação permitiria uma perda de 10%. As amostras de líquor foram coletadas consecutivamente a partir de 37 pacientes HIV positivos atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre/RS. Os métodos foram processados de acordo com o proposto pelo fabricante para utilização com amostras de plasma. Pequenas modificações foram necessárias no teste em estudo (m2000rt) para neutralizar qualquer diferença metodológica e evitar vieses de mensuração: o congelamento das amostras foi realizado a -20ºC até o momento da análise. O ensaio COBAS v2.0 foi utilizado como referência, uma vez que é o método mais utilizado. Foram realizadas análises quantitativas com resultados que estavam dentro da faixa linear em ambos os métodos (n = 18). Para tornar os métodos comparáveis, adotou-se o limite de detecção do ensaio m2000rt para ambos (40 cp/mL ou 1,60 log10 cp/mL). Os resultados abaixo do limite de detecção foram apresentados como uma variável categórica, uma vez que não são quantificáveis. O coeficiente de correlação de Pearson foi utilizado para comparar os métodos. A normalidade das variáveis foi então resumida calculando o viés estimado pela diferença média "đ " e o desvio padrão das diferenças realizadas pelo teste t para amostras pareadas. Com base na falta de normalidade dos métodos, o grau de concordância dos resultados das cargas virais de HIV foi analisado pelo índice Kappa. Esse estudo foi aprovado pelo comitê de ética do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (RS)/ Brasil, registrado na Plataforma Brasil como sendo CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusão Em conclusão, o teste m2000rt que foi modificado para este ensaio mostrou boa concordância e correlação com o teste mais utilizado nesse contexto e pode ser considerado um método alternativo com resultados semelhantes ao COBAS v2.0 e baixos custos na quantificação da carga viral do HIV no líquor. Sugerimos, principalmente em locais onde este método está prontamente disponível com uma relação custo-benefício aceitável, que o exame m2000rt deva ser realizado. / Introduction Growing concern about possible consequences of viral replication in the central nervous system shows the need for HIV detection in the cerebral compartment. The real time PCR test developed by Abbott, Abbott RealTime m2000 HIV-1 (m2000rt) quantifies HIV viral load in blood samples effectively and with low costs Brazil. It is the standard method by the Brazilian Ministry of Health, but it has never been utilized to measure HIV in cerebrospinal fluid samples. The assay produced by Roche, COBAS TaqMan HIV-1, version 2 (COBAS v2.0) is the real-time PCR method that has been widely used to detect HIV viral load in cerebral compartment. However, this method has not yet been validated for this purpose and its cost may be a limitation in several regions in the world with low resources. Objective Taking under consideration that there was no standard methodology for this specific situation (detecting HIV in cerebrospinal fluid), we conducted this study to compare the performances of the m2000rt and COBAS v2.0 assays, to propose an alternative and low-cost method to more used in this context (COBAS v2.0). Methods The study was conducted from May 2015 to July 2016. The sample size calculation was based on data from a pilot trial that revealed that a minimum of 37 samples would be needed to detect a difference of 0.20 log10 in viral load, with a correlation coefficient of 0.979 and a 90% power. This equation would allow a 10% lost. CSF samples were collected consecutively from 37 HIV-positive patients seen at Hospital de Clínicas, Porto Alegre, RS. Methods were processed according to proposed by the manufacturer for utilization with plasma samples. Small modifications were necessary in the study test (m2000rt) to neutralize any methodological differences, thus avoiding measurement bias: the freezing of samples was carried out at -20ºC until the moment of the analysis. The COBAS v2.0 test was used as a reference since it is the most commonly used method. Quantitative analyzes were performed with results that were within the linear range in both methods (n=18). To make the methods comparable, the detection limit of the m2000rt assay for both (40 cp/mL or 1.60 log10 cp/mL) was adopted. The results below the limit of detection were presented as a categorical variable, since they are not quantifiable. The Pearson correlation coefficient was used to compare methods. The normality of the variables was then summarized calculating the estimated bias by the mean difference "đ" and standard deviation of the differences performed by t test for paired samples. Based on the lack of normality of the methods, the degree of agreement of the HIV viral load results was analyzed by the Kappa index. This study was approved by the Hospital de Clínicas of Porto Alegre (southern Brazil) Ethics Review Board, registered in the Brazil Platform as CAAE: 35072214.7.0000.532. Conclusion In conclusion, the m2000rt test that was modified for this trial showed good agreement and correlation with the most used test in this context and can be considered an alternative method with similar results to COBAS v2.0 and low costs in the HIV viral load quantification in cerebrospinal fluid. We suggest, especially in places where this method is readily available with an acceptable cost-benefit ratio, that the m2000rt exam should be performed.

[EN] Aphis spiraecola Patch. (Hemiptera: Aphididae) is a key pest of clementines. Biological control of A. spiraecola is still poorly known and efforts were based on the use and conservation of parasitoids but it did not success. With all this said, the aims of this thesis were: i) to disentangle the reasons behind the low parasitism of A. spiraecola; ii) to determine when and how predators can control A. spiraecola populations; and, finally, iii) to evaluate whether a ground cover of Poaceae plants can enhance the biological control of this aphid in clementines by improving the establishment of its predators. In the first objective we sampled four orchards and determine the parasitoid complex and parasitism (and hyper-) rates weekly. Binodoxys angelicae Haliday (Hymenoptera: Braconidae) was the unique primary parasitoid emerged from mummies of A. spiraecola. At least six hymenopteran hyperparasitoid species were identified attacking this primary parasitoid: Syrphophagus aphidivorus (Mayr) (Encyrtidae), Alloxysta sp. (Forster) (Figitidae), Asaphes sp. (Walker) (Pteromalidae), Pachyneuron aphidis (Bouché) (Pteromalidae), Dendrocerus sp. (Ratzeburg) (Megaspilidae) and Phaenoglyphis villosa (Hartig) (Figitidae). We developed a DNA-based approach to untangle the structure of the aphid-parasitoid food web in citrus. This methodology confirmed that all six species hyperparasitized B. angelicae And they dominated this food web and they were abundant from the beginning of the season. Thus, hyperparasitism probably explains the low impact of B. angelicae on A. spiraecola populations. For the second objective we sampled three clementine orchards to determine the effect of aphid predators on A. spiraecola colonies over a three-year period. Life parameters of A. spiraecola colonies varied among the orchards over the three years. The maximum number of aphids and the longevity of A. spiraecola colonies were negatively correlated with the time of first attack by predators. More importantly, the percentage of shoots occupied by A. spiraecola (damages) remained below or close to the intervention threshold when colonies were attacked prior to ~200 degree days (DD) since the beginning of the aphid colonization. These results suggest that: i) the presence of predators at the beginning of the season should be considered to develop new intervention thresholds and ii) biological control programs should promote the early presence of predators in clementine orchards. To promote the early presence of predators in clementine orchards, in the third objective we evaluated ground cover management. This ground cover management may provide alternative preys to natural enemies. The effect of a sown ground cover (based on Poaceae plants) on the biological control of A. spiraecola was evaluated in four orchards with ground cover management compared with four orchards with bare soil management. This sown Poaceae cover coexists with a complex of wild plants that might also affect biological control of A. spiraecola. Finally, we compared the presence of A. spiraecola and its natural enemies in these orchards. While Poaceae plants represented ~66% of the ground cover, the rest of the cover comprised mainly Malva sp. (13%), Oxalis sp. (5%) and Sonchus sp. (2%). Poaceae plants harbored aphids which appeared sooner in the system than citrus aphids. These aphids serve as alternative prey/hosts for natural enemies. By contrast, Malva sp. and Sonchus sp. harbored aphids with potential to become citrus pest. Although these wild plants may act as reservoirs for A. spiraecola as well as other aphid species that can disrupt the biocontrol services of natural enemies, overall, the sown cover was effective in terms of biological control of A. spiraecola in the citrus canopy. It promoted the early presence of predators in citrus canopies. These attacks resulted in satisfactory aphid control, because citrus orchards with ground cover never exceeded the aphid economic threshold. / [ES] Aphis spiraecola Patch. (Hemiptera: Aphididae) es una de las plagas claves en el cultivo de clementinos. Los esfuerzos realizados hasta la fecha se han centrado en el uso y conservación de parasitoides aunque se desconocen las causas de su baja eficacia. Por todo ello, los objetivos de esta tesis han sido i) desentrañar las razones por las que se dan bajos niveles de parasitismo de A. spiraecola ii) determinar cuándo y cómo los depredadores pueden controlar las poblaciones de A. spiraecola y finalmente iii) determinar si una cubierta de poáceas puede mejorar el control biológico de este pulgón en clementinos mediante la mejora en el establecimiento de sus depredadores. En el primer objetivo se muestrearon semanalmente cuatro parcelas y se identificó el complejo de parasitoides y las tasas de parasitismo (e hiperparasitismo). Los porcentajes de parasitismo fueron bajos (~menos del 5%) y Binodoxys angelicae Haliday (Hymenoptera: Braconidae) fue el único parasitoide primario emergido de las momias de A. spiraecola. Se identificaron al menos seis especies de hiperparasitoides atacando este parasitoide primario: Syrphophagus aphidivorus (Mayr) (Encyrtidae), Alloxysta sp. (Forster) (Figitidae), Asaphes sp. (Walker) (Pteromalidae), Pachyneuron aphidis (Bouché) (Pteromalidae), Dendrocerus sp. (Ratzeburg) (Megaspilidae) y Phaenoglyphis villosa (Hartig) (Figitidae). Se desarrolló un método basado en la detección de ADN con el cual se confirmó que todas las especies de hiperparasitoides hiperparasitan B. angelicae. Los hiperparasitoides dominaron esta red trófica y fueron abundantes desde el inicio de la estación. De este modo, el hiperparasitismo probablemente explica el bajo impacto que B. angelicae tiene sobre las poblaciones de A. spiraecola. Para el segundo objetivo se muestrearon tres campos de clementinos donde se determinó el efecto de los depredadores en las colonias de A. spiraecola. Los parámetros de vida de las colonias de A. spiraecola variaron entre los diferentes cultivos los tres años. El máximo número de pulgones y la longevidad de las colonias de A. spiraecola se correlacionaron negativamente con el momento del primer ataque del depredador a la colonia. Cabe destacar que el porcentaje de brotes ocupados por A. spiraecola permaneció por debajo o cerca del umbral de tratamiento cuando las colonias fueron atacadas antes de los 200 grados días (GD) desde el inicio de formación de la colonia. Estos resultados sugieren: i) la presencia de depredadores al inicio de la temporada de pulgón debes ser considerado para el desarrollo de nuevos umbrales de tratamiento y ii) los programas de control biológico deben promover el adelanto de la presencia de depredadores en los campos de clementinos. Para promover la presencia anticipada de depredadores en los campos de clementinos, como tercer objetivo se evaluó el manejo de cubiertas vegetales a base de poáceas. Con este manejo se persigue aportar presas alternativas para los enemigos naturales de A. spiraecola. Para ello, se compararon cuatro campos de cítricos con cubierta vegetal frente a cuatro con suelo desnudo. En los campos con cubierta sembrada apareció además de las poáceas sembradas, un complejo de plantas salvajes que podrían afectar también el control biológico de A. spiraecola. Las poáceas representaron un 66% de la cubierta vegetal. Las poáceas y Oxalis sp. albergaron respectivamente pulgones estenófagos de plantas poáceas y Macrosiphum euphorbiae Thomas (Hemiptera: Aphididae). Estas especies de pulgones aparecieron más pronto en el ecosistema que los pulgones de cítricos y sirvieron como presas/hospederos alternativos para los enemigos naturales. Al contrario, Malva sp. y Sonchus sp. albergaron especies de pulgón que podrían ser potenciales plagas de cítricos. El efecto total de la cubierta sembrada resultó positivo para el control de A. spiraecola. Por lo tanto, las parcelas de cítricos con cubierta vegetal tendieron a no / [CAT] Aphis spiraecola Patch. (Hemiptera: Aphididae) és una de les plagues clau en el cultiu de clementins. Els esforços realitzats fins ara s'han centrat en el us i conservació de parasitoids encara que es desconeix les causes de la seua baixa eficàcia. Tenint en compte estos antecedents, els objectius d'esta tesis foren: i) desentrampar les raons per les quals els parasitoids no són efectius; ii) determinar quan i com els depredadors poden controlar les poblacions d'A. spiraecola; i finalment iii) determinar si una coberta de poàcies pot millorar el control biològic d'este àfid en clementins mitjançant la millora en el establiment del seus depredadors. En el primer objectiu es van mostrejar setmanalment quatre parcel·les i s'identificà el complex de parasitoids i les taxes de parasitisme (i hiperparasitisme). Binodoxys angelicae Haliday (Hymenoptera: Braconidae) va ser l'únic parasitoid primari emergit de les mòmies d'A. spiraecola. Se van identificar al menys sis especies d' hiperparasitoids atacant este parasitoid primari: Syrphophagus aphidivorus (Mayr) (Encyrtidae), Alloxysta sp. (Forster) (Figitidae), Asaphes sp. (Walker) (Pteromalidae), Pachyneuron aphidis (Bouché) (Pteromalidae), Dendrocerus sp. (Ratzeburg) (Megaspilidae) i Phaenoglyphis villosa (Hartig) (Figitidae). Se desenvolupà un mètode basat en la detecció de DNA amb el que es confirmà que totes les especies d'hiperparasitoids hiperparasiten B. angelicae. Els hiperparasitoids dominaren aquesta xarxa tròfica i foren abundants a l'inici de l'estació. Per tant, l'hiperparasitisme podria explicar el baix impacte que B. angelicae té sobre les poblacions d'A. spiraecola. Per al segon objectiu es mostrejaren tres camps de clementins on es determinà l'efecte dels depredadors en les colònies d'A. spiraecola. Els paràmetres de vida de les colònies d'A. spiraecola variaren entre les tres parcel·les els tres anys. El màxim número d'àfids i la longevitat de les colònies d'A. spiraecola es correlacionaren negativament amb el moment del primer atac del depredador a la colònia. Caldria destacar que el percentatge de brots ocupats per A. spiraecola es mantingué per baix o prop del llindar de tractament quan les colònies foren atacades abans dels ~200 graus dia (GD) des de l'inici de formació de la colònia. Estos resultats sugereixen que: i) la presència de depredadors a l'inici de la estació de l'àfid podria ser considerada per al desenvolupament de nous llindars de tractament i ii) els programes de control biològic deurien promoure l'avançament de la presència de depredadors en els camps de clementins. Per promoure la l'avançament de la presència de depredadors en els camps de clementins, com tercer objectiu s'avaluà el maneig de cobertes vegetals basades en poàcies. Amb aquest maneig es persegueix aportar preses alternatives per als enemics naturals d'A. spiraecola. Se compararen quatre camps de clementins amb coberta vegetal front a quatre amb sol nu. En els camps amb coberta sembrada creix, junt a les Poáceas sembrades, un conjunt de plantes salvatges que podrien afectar també el control biològic d'A. spiraecola. S'investigà quines especies de plantes componien la coberta vegetal així com les especies d'àfids que les habitaven. Les poàcies representaren un 66% de la coberta vegetal, sent les plantes salvatges més abundants Malva sp. (13%), Oxalis sp. (5%) i Sonchus sp. (2%). Les poàcies hostejaren àfids estenòfags de poàcies. Estes espècies d'àfid aparegueren més prompte en l'ecosistema que aquells àfids associats a cítrics. Al contrari, Malva sp. i Sonchus sp. hostejaren especies d'àfids que podrien ser potencials plagues de cítrics. Este últim grup pot atenuar l'atac dels enemics naturals a les poblacions d'A. spiraecola que habiten les copes. Encara així, l'efecte total de la coberta sembrada a base de poàcies va resultar positiu per al control d'A. spiraecola. En conseqüència les parcel·les de cítrics am / Gómez Marco, F. (2015). Integrated Pest Management of Aphis spiraecola (Hemiptera: Aphididae) in clementines: enhancing its biological control [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/53732 / TESIS

The development of new high throughput technologies able to multiplex disease biomarkers as well as advances in medical treatments has lead to the recent expansion of the newborn screening panel to include DNA-based targets. Four rare disorders; deletion 22q11.2 syndrome and Spinal Muscular Atrophy (SMA), Severe Combined Immunodeficiency (SCID) and Congenital Cytomegalovirus (CMV), are potential candidates for inclusion to the newborn screening panel within the next few years. The major focus of this study was to determine whether 5’-hydrolysis assays developed for the four distinct disorders with specific detection needs and analytical ranges could be combined on the OpenArray system and in multiplexed qPCR reactions. SNP detection of homozygous SMN1 deletions in SMA, CNV detection in the 22q11.2 critical region, and quantification of the SCID biomarker, T-cell receptor excision circles (TRECs) and CMV were all required for disease confirmation. SMA and 22q11.2 gene deletions were accurately detected using the OpenArray system, a first for the technology. The medium density deletion 22q11.2 multiplex successfully identified deletion carriers having either the larger 3 Mb deletion or the smaller 1.5 Mb deletions. Both TREC and CMV targets were detected but with a decrease in sensitivity when compared to their singleplex counterparts. Lastly, copy number detection of the TBX1 was performed when multiplexed with the TREC assay, without a decrease in detection limit of either assay. Here, we provide proof of principal that qPCR multiplexing technologies are amenable to implementation with a newborn screening laboratory.