Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-15. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:50Z : No. of bitstreams: 1 000864728_20200915.pdf: 2506956 bytes, checksum: 18984099c3e24b142b71ff18164318f5 (MD5) / O presente trabalho relaciona-se à pesquisa experimental com Kinosternon scorpioides adultos em cativeiro e teve como objetivo descrever e analisar aspectos da biologia reprodutiva e do comportamento de Kinosternon scorpioides adultos em cativeiro, mediante parâmetros relacionados ao ciclo sexual e desempenho reprodutivo de exemplares adultos de Kinosternon scorpioides do Criadouro Científico de Muçuã do Projeto Bio-Fauna, da Universidade Federal Rural da Amazônia - UFRA, em Belém, Pará. Realizou-se exame ultrassonográfico para determinação da viabilidade da técnica, associado a parâmetros comportamentais para o estudo do evento folicular em fêmeas de Kinosternon scorpioides. Foram formados dois lotes de machos e fêmeas, na proporção de 1:3, compreendendo 10 reprodutores e 30 matrizes. Foram feitos exames ultrassonográficos e acompanhamento comportamental. Os animais foram analisados durante um ano, a cada 7 dias, para avaliação e mapeamento do padrão do crescimento folicular em ambos os ovários e presença de ovo no oviduto, além do acompanhamento do comportamento reprodutivo e agonístico da espécie. Estruturas reprodutivas foram observadas em 30 fêmeas, das quais 26 eram reprodutivamente ativas enquanto 4 apresentavam folículos atrésicos ou folículos pequenos. Nesta variante, os folículos mostraram um crescimento constante, uniforme em aproximadamente 42,7 dias (entre 18 e 81 dias). No caso de fêmeas que fizeram múltiplas posturas foi verificado a presença de ovos e um ovário mais ativo, com presença de folículos grandes (1,68±0,18cm) com crescimento continuo até o tamanho de folículos pré-ovulatórios.. Foram observados dois tipos de ciclo, o curto e o longo. No primeiro, os folículos envolvidos cresceram deficientemente, e apresentaram diâmetro médio de 1,05 (± 0,07) cm, já no segundo os folículos apresentaram tamanho semelhante ao de foliculos pré-ovulatórios: 1,52 (± 0,3) cm de diâmetro... / This work relates to experimental research with Kinosternon scorpioides adults captive and aimed to describe and analyze aspects of reproductive biology and behavior of Kinosternon scorpioides adults in captivity, through the sexual cycle related parameters and reproductive performance of adult specimens of Kinosternon scorpioides the Scientific Breeding múcua Project Bio-Fauna of the Federal Rural University of Amazonia UFRA in Belém, Pará ultrasound examination was performed to determine the feasibility of the technique, associated with behavioral parameters for the study of follicular event in females of Kinosternon scorpioides. Two batches of males and females were formed at a ratio of 1: 3, comprising 10 to 30 breeding matrices. Sonographic examinations were performed and behavioral monitoring. The animais were reviewed over a year, every 7 days for evaluation and mapping of the pattern of follicular growth in both ovaries and the presence of egg in the oviduct, and monitoring of reproductive and agonistic behavior of the species. Reproductive structures were observed in 30 females, of which 26 were reproductively active while 4 had atretic follicles and small follicles. In this embodiment, the follicles showed a steady, uniform growth by approximately 42.7 days (between 18 and 81 days). In the case of females who made multiple postures was verified the presence of eggs and a more active ovary with the presence of large follicles (1.68 ± 0,18cm) with continued growth to the size of pre-ovulatory follicles were observed two . type of cycle, the short and long. In the first, involved the follicles grew poorly and showed an average diameter of 1.05 (± 0.07) cm, in the second follicles were similar to the size of pre-ovulatory follicles: 1.52 (± 0.3) cm in diameter. Copulation occurred involving only females with large follicles. Correlation between the size of the follicles present in the ovary and the acceptance of copulation was ...

Orientador: Wilter Ricardo Russiano Vicente / Coorientador: Maria das Dores Correia Palha / Coorientador: Marcus Antonio Rossi Feliciano / Banca: Carlos Artur Lopes Leite, / Banca: Claudio Alvarenga de Oliveira / Banca: Tathiana Ferguson Motheo, / Banca: Eliandra Antonia Pires Buttler / Resumo: O presente trabalho relaciona-se à pesquisa experimental com Kinosternon scorpioides adultos em cativeiro e teve como objetivo descrever e analisar aspectos da biologia reprodutiva e do comportamento de Kinosternon scorpioides adultos em cativeiro, mediante parâmetros relacionados ao ciclo sexual e desempenho reprodutivo de exemplares adultos de Kinosternon scorpioides do Criadouro Científico de Muçuã do Projeto Bio-Fauna, da Universidade Federal Rural da Amazônia - UFRA, em Belém, Pará. Realizou-se exame ultrassonográfico para determinação da viabilidade da técnica, associado a parâmetros comportamentais para o estudo do evento folicular em fêmeas de Kinosternon scorpioides. Foram formados dois lotes de machos e fêmeas, na proporção de 1:3, compreendendo 10 reprodutores e 30 matrizes. Foram feitos exames ultrassonográficos e acompanhamento comportamental. Os animais foram analisados durante um ano, a cada 7 dias, para avaliação e mapeamento do padrão do crescimento folicular em ambos os ovários e presença de ovo no oviduto, além do acompanhamento do comportamento reprodutivo e agonístico da espécie. Estruturas reprodutivas foram observadas em 30 fêmeas, das quais 26 eram reprodutivamente ativas enquanto 4 apresentavam folículos atrésicos ou folículos pequenos. Nesta variante, os folículos mostraram um crescimento constante, uniforme em aproximadamente 42,7 dias (entre 18 e 81 dias). No caso de fêmeas que fizeram múltiplas posturas foi verificado a presença de ovos e um ovário mais ativo, com presença de folículos grandes (1,68±0,18cm) com crescimento continuo até o tamanho de folículos pré-ovulatórios.. Foram observados dois tipos de ciclo, o curto e o longo. No primeiro, os folículos envolvidos cresceram deficientemente, e apresentaram diâmetro médio de 1,05 (± 0,07) cm, já no segundo os folículos apresentaram tamanho semelhante ao de foliculos pré-ovulatórios: 1,52 (± 0,3) cm de diâmetro... / Abstract: This work relates to experimental research with Kinosternon scorpioides adults captive and aimed to describe and analyze aspects of reproductive biology and behavior of Kinosternon scorpioides adults in captivity, through the sexual cycle related parameters and reproductive performance of adult specimens of Kinosternon scorpioides the Scientific Breeding múcua Project Bio-Fauna of the Federal Rural University of Amazonia UFRA in Belém, Pará ultrasound examination was performed to determine the feasibility of the technique, associated with behavioral parameters for the study of follicular event in females of Kinosternon scorpioides. Two batches of males and females were formed at a ratio of 1: 3, comprising 10 to 30 breeding matrices. Sonographic examinations were performed and behavioral monitoring. The animais were reviewed over a year, every 7 days for evaluation and mapping of the pattern of follicular growth in both ovaries and the presence of egg in the oviduct, and monitoring of reproductive and agonistic behavior of the species. Reproductive structures were observed in 30 females, of which 26 were reproductively active while 4 had atretic follicles and small follicles. In this embodiment, the follicles showed a steady, uniform growth by approximately 42.7 days (between 18 and 81 days). In the case of females who made multiple postures was verified the presence of eggs and a more active ovary with the presence of large follicles (1.68 ± 0,18cm) with continued growth to the size of pre-ovulatory follicles were observed two . type of cycle, the short and long. In the first, involved the follicles grew poorly and showed an average diameter of 1.05 (± 0.07) cm, in the second follicles were similar to the size of pre-ovulatory follicles: 1.52 (± 0.3) cm in diameter. Copulation occurred involving only females with large follicles. Correlation between the size of the follicles present in the ovary and the acceptance of copulation was ... / Doutor

Os Enterococcus spp. apresentam natureza ubiquitária e são encontrados no trato gastrointestinal de diversos animais. Entretanto, estudos desses microorganismos associados a tartarugas marinhas são escassos. Os objetivos deste estudo foram: isolar enterococos a partir de amostras fecais de tartarugas marinhas encontradas no Litoral Norte do Rio Grande do Sul; determinar a prevalência das espécies; avaliar seu perfil de suscetibilidade antimicrobiana; verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; analisar sua diversidade genética. Um total de 158 enterococos foram identificados como E. faecalis (55,7%), E. faecium (23,4%), E. hirae (15,2%) e E. casseliflavus (5,7%). A maioria dos isolados foi suscetível aos antimicrobianos testados, no entanto, fenótipos de resistência foram encontrados para eritromicina (34,2%), rifampicina (32,9%) e tetraciclina (0,63%). O gene de resistência à eritromicina msrC foi encontrado em todos os E. faecium resistentes, já o gene erm(B), não foi detectado. Somente um isolado foi resistente à tetraciclina, e este não apresentou nenhum dos genes testados. Os genes de virulência, gelE e ace (98,86%), asa (68.18%) e cylA (40,90%) foram detectados somente em E. faecalis. A atividade de gelatinase e citolisina foi verificada em 87 e 19 isolados, respectivamente. A maioria dos enterococos não foi capaz de formar biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do trato gastrointestinal das tartarugas marinhas e a presença de determinantes de resistência e virulência nestes animais pode estar relacionada a fatores antropogênicos ou, ainda, ter origem no resistoma ambiental. / Enterococcus spp. shows an ubiquitous nature and are found in the gastrointestinal tract of several animals. However, studies of enterococus in sea turtles are scarce The aims of this study were: to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of sea turtle found on the North coast of Rio Grande do Sul; to determine the prevalence of species; to evaluate their antimicrobial susceptibility profile; to check the presence of resistance and virulence related genes and; to analyse their genetic diversity. A total of 158 enterococci were identified as E. faecalis (55.7%) E. faecium (23.4%), E. hirae (15.2 %) and E. casseliflavus (5.7%). Most of the isolates were susceptible to the tested antimicrobials, however, resistance phenotypes were found for erythromycin (34.2%), rifampicin (32.9%) and tetracycline (0.63%). The erythromycin resistance gene msrC was detected in all E. faecium erythromycin resistant; moreover, the gene erm (B) was not detected. Only one sample was resistant to tetracycline, although it did not show any of the tetracycline resistant genes tested. Virulence genes gelE and ace (98.86%), asa (68.18%) and cylA (40.90%) were detected only in E. faecalis. The cytolysin and gelatinase activity was observed in 19 and 87 strains, respectively. Most enterococci were not able to form biofilm. The profile analysis generated by PFGE revealed a large number of clones. In conclusion, different species of enterococci were found in the microflora of sea turtle gastrointestinal tract and the presence of resistance and virulence determinants in these animals might be related to anthropogenic factors or even to an environmental resistome origin.

Este trabalho estabelece a cronologia da evolução do Tabuleiro do Embaubal (TE), situado no baixo rio Xingu (Pará). O TE corresponde ao arquipélago fluvial formado por complexo de barras arenosas estabilizadas por vegetação ripariana. O TE ocorre no trecho em que o rio Xingu adquire morfologia de ria, com ampliação do canal e redução da velocidade do fluxo d\'água. Durante o período de setembro a novembro, ocorre redução do nível do rio e formam-se uma série de praias nas margens das ilhas do TE. Estas praias destacam-se por serem um dos principais locais de nidificação da tartaruga-daamazônia (Podocnemis-expansa) em desova gregária. O TE também destacase pela localização, pois está situado a 32 km a jusante de onde está localizada a barragem hidrelétrica de Belo Monte, no rio Xingu. O modelo de evolução sedimentar para a gênese do complexo de barras do TE foi estabelecido utilizando-se as metodologias de datação por OSL (Optically Stimulated Luminescence) e \'ANTPOT.14C\'. O substrato sedimentar do TE apresenta uma organização estratigráfica regular: camadas de areia fina a média silto-argilosa (A1) ou areia muito fina siltosa na base (A2), e silte grosso arenoso cinza-claro no topo (S2). De forma que os depósitos A1 e A2, de alta variabilidade granulométrica, estão associados à deposição de barras ativas, enquanto que os depósitos S2 à planície de inundação, fixados pela vegetação. Na interface entre as fácies A1/A2 e S2 ocasionalmente ocorrem camadas de silte médio argiloso cinzaescuro (S1), sendo este associado aos lagos internos das ilhas. O modelo proposto demonstra que a evolução das ilhas é resultado da emersão de barras em episódios de baixa vazão, seguidos pela ocupação dessas ilhas pela vegetação. A presença da vegetação adaptada aos episódios de inundação estimula deposição de silte e argila sobre a fácies de areia, prolongando o crescimento das barras para setores de jusante e amalgamando as ilhas. Segundo os resultados cronológicos, processos de fixação das barras pela vegetação ocorrem em escala secular. A ilhas do TE teriam se formado a partir do Holoceno médio, durante os últimos 5000 anos. A deposição de quase a totalidade das barras ocorreu nos últimos 1100 anos, sendo que ainda está ativa, especialmente no norte do TE. Foi observada forte correlação entre as idades de deposição das barras e variações pluviométricas do Holoceno na região da cabeceira da bacia do Xingu, no centro-oeste do Brasil. Durante a MCA (Medieval Climate Anomaly) e LIA (Little Ice Age) houve intensificação das monções na América do Sul, mesmo período da deposição de grande parte (setor noroeste) das barras do TE. As alterações da dinâmica sedimentar decorrentes das barragens da hidrelétrica de Belo Monte poderão causar interrupção do ciclo secular a milenar de formação de praias e crescimento de ilhas. Este impacto terá reflexo direto no ambiente de nidificação das tartarugas, pois as areias são provenientes de regiões de montante da barragem principal na calha do rio Xingu. A redução do aporte de areia e da variação sazonal do nível d\'água na região do TE poderão gerar cenário onde novas barras serão menos frequentes e menores, com altura de topo inferior e com variabilidade granulométrica inferior a usual e maior proporção de areia fina a muito fina. Isto pode provocar impactos na sexagem das tartarugas (praias de granulação mais fina tendem a estimular nascimento de fêmeas) e no espaço de acomodação das tartarugas. / This study aims to establish the sedimentary chronology of Tabuleiro do Embaubal (TE), located in the lower Xingu river (eastern Amazônia). The TE is a fluvial archipelago represented by a complex of active or stabilized sand bars covered by riparian vegetation. The TE develops in a sector where the Xingu river acquires a \"ria\" morphology, with channel widening and water flow velocity reducing. During the period of low river level from September to November, the emersion of sand bars tops forms a series of beaches. These sandy beaches are among the most important gregarious nesting sites of Tartaruga-daamazônia turtle (Podocnemis expansa). The TE also stands out due to its location at 32 km downstream from the main dam of the Belo Monte hydropwer plant in the Xingu river channel. The sedimentary evolution model for the genesis of the complex of bars forming the TE was established using the OSL (Optically Stimulated Luminescence) and \'ANTPOT.14C\' dating methods combined with sedimentary facies and geomorphological analysis. The substrate of TE islands has a regular stratigraphy represented by silty-clay fine to medium sand (A1) or silty very fine sand layers at the base (A2), and light gray sandy coarse silt at the top (S2). The A1 and A2 deposits have high grain size variability and are associated to the deposition of active bars, while the S2 facies corresponds to floodplain deposits fixed by vegetation. Occasional layers of dark gray clay medium silt (S1) occur between facies A1/A2 and S2. Facies S1 is associated with perennial lakes formed within bar or inter-bars depressions. According to the evolution model proposed for TE development, the islands result from the emergence of bar tops during major episodes of low river level, followed by riparian vegetation occupation. The development of riparian vegetation favors deposition of silt and clay over sand bar tops. Stabilized bars can be elongated through downstream growth and amalgamate to adjacent bars forming wider and longer islands. According to the OSL and 14C ages, stabilization processes of sand bars by vegetation growth and muddy sediments deposition occur in secular timescale. The obtained deposition ages indicates that the TE was formed since the Middle Holocene (last 5000 years). Nearly all the bars of the northwest sector of TE formed in the last 1100 years. Deposition of sand bars in the TE is still active, especially in the north sector of the TE. Strong correlation was observed between the chronology of island development and Holocene rainfall variations in the head region of the Xingu Basin in the central-western Brazil. During the MCA (Medieval Climate Anomaly) and LIA (Little Ice Age) periods, it is registered monsoon intensification in South America, same deposition period of most of the sediments forming the substrate of TE islands. Changes in sediment transport and deposition due to the dams of the Belo Monte hydropower plant should affect the secular dynamics responsible for the deposition of sand bars and formation of beaches and islands in the TE. It is expected that this impact will directly affect the turtles nesting environment because most of the TE sands are supplied by sector of the Xingu river upstream the dams. In the future, new sand bars are expected to be less frequent, smaller, with lower bar tops and reduced grain size variability (incrase of fine to very fine sand). These changes should cause impacts on turtles sexing (finer sand grain sizes tend to encourage birth of females) and the accommodation space for the turtles.

Orientador: Ulisses Caramaschi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T21:18:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barata_PauloCesarRosito_D.pdf: 11779670 bytes, checksum: d7860a8004dbecaf1bf4aa8bc7625708 (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: Nesta tese é apresentado um modelo para a estimação do número de tartarugas marinhas desovando em uma praia em uma temporada de desova, tendo por base dados obtidos por marcação das tartarugas na praia de desova e a contagem do número total de ninhos depositados na praia na temporada. O estimador classicamente utilizado neste problema calcula o número de fêmeas desovando na temporada como sendo a razão entre o número total de ninhos depositados na praia na temporada e o número médio de ninhos depositados por tartaruga na temporada. Caso a cobertura do trabalho de marcação na praia não seja completa, o número médio de ninhos depositados por tartaruga na temporada, conforme calculado diretamente dos dados de campo, será em geral menor do que o número médio real. Este fato, que já foi reconhecido por diversos pesquisadores, faz com que o estimador clássico, caso o número total de ninhos depositados na praia na temporada seja conhecido, produza uma estimativa para o número de tartarugas desovando na temporada em geral maior que o número real. O procedimento aqui proposto aplica uma correção ao estimador clássico mencionado acima, utilizando, no lugar do número médio de ninhos por tartaruga calculado diretamente dos dados obtidos por marcação, um número médio de ninhos estimado através de uma modelagem matemática do processo de observação das tartarugas na praia. A essência do modelo é a análise, feita com o emprego de técnicas de probabilidade, da transformação existente entre a distribuição de probabilidade real do número de ninhos depositados por tartaruga na temporada e a distribuição de probabilidade do número de ninhos depositados por tartaruga na temporada calculada apenas para as tartarugas observadas pela equipe de campo na temporada, na situação em que nem todas as tartarugas tenham sido encontradas por ocasião da desova. O modelo tem suas propriedades estatísticas investigadas por meio de simulações em computador. Os resultados destas simulações mostram que o estimador proposto é essencialmente não-viciado (tem vício relativamente pequeno) e consistente. As simulações permitem também uma estimativa do esforço de trabalho de campo necessário para a obtenção de uma precisão especificada na estimação do número de tartarugas desovando na temporada. São propostos também (1) um procedimento para a construção de um intervalo de confiança para a população estimada, onde é utilizado o método do bootstrap, um dos chamados métodos de reamostragem, e (2) um teste para o modelo; ambos têm sua validade investigada também por simulações em computador. Como exemplo, o modelo é aplicado às tartarugas marinhas Caretta caretta desovando na Praia do Forte, estado da Bahia, utilizando-se dados colhidos pelo Projeto Tartaruga Marinha (Projeto TAMAR), do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA). Por fim, algumas possíveis extensões do modelo são sugeridas / Abstract: ln this thesis, a model for the estimation of the number of sea turtles nesting on a beach in a season is presented, based on data gathered by tagging the turtles on the nesting beach and counting the total number of nests laid on the beach in the season. The estimator classically used in this kind of problem calculates the number of females nesting in the season as the ratio between the total number of nests laid on the beach in the season and the mean number of nests laid per turtle in the season. If the beach tagging coverage is not complete, the mean number of nests laid per turtle in the season directly calculated from the beach data will be generally smaller than the actual mean number. As a result of this fact, already recognized by several researchers, the classical estimator, when the total number of nests laid on the beach in the season is known, produces an estimate for the number of turtles nesting in the season generally greater than the actual number of turtles. The procedure proposed here applies a correction to the classical estimator mentioned above, using, instead of the mean number of nests per turtle directly calculated from the data gathered through tagging, a mean number of nests estimated through a mathematical model of the sampling of the turtles on the beach. The essence of the model is the analysis, using the probability theory, of the transformation occurring between the actual probability distribution of the number of nests laid per turtle in the season and the probability distribution of the number of nests laid per turtle in the season calculated only for the turtles found by the tagging team in the season, whenever the beach tagging coverage is not complete. The model has its statistical properties investigated by means of computer simulations. The results of these simulations show that the proposed estimator is essentially unbiased (it has a relatively small bias) and consistent. The simulations also allow an estimate of the beach tagging coverage necessary to obtain a specified precision in the estimation of the number of turtles nesting in the season. A procedure for the construction of a confidence interval for the estimated population, using the bootstrap method, and a test of the model are also proposed. Both have their validity checked by means of computer simulations. As an example, the model is applied to the Caretta caretta sea turtles nesting on Praia do Forte, Bahia, Brazil, using data gathered by Projeto Tartaruga Marinha (TAMAR Project / IBAMA), the Brazilian sea turtle conservation program. Finally, some possible extensions of the model are proposed / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ciências

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-30T18:01:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Maria A. P. Agostini.pdf: 6019063 bytes, checksum: 87a17f7164c995addc5b46e34e5d51ec (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-30T18:04:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Maria A. P. Agostini.pdf: 6019063 bytes, checksum: 87a17f7164c995addc5b46e34e5d51ec (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-30T18:06:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Maria A. P. Agostini.pdf: 6019063 bytes, checksum: 87a17f7164c995addc5b46e34e5d51ec (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-30T18:06:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Maria A. P. Agostini.pdf: 6019063 bytes, checksum: 87a17f7164c995addc5b46e34e5d51ec (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The yellow-spotted river turtle Podocnemis unifilis is the most widely distributed freshwater river turtle and is found in a diversity of habitats. Associated with natural characteristics of turtles, human action causes a sharp population declines, causing species like P. unifilis to be on the list of animals to be protected by IBAMA. Many aspects of the biology of the species can be determined using molecular genetic analyses. In some rivers of the Amazon basin, rapids and waterfalls limit gene flow of various aquatic and semiaquatic groups, so it is necessary to study the patterns of species especially in places that are targeted for hydroelectric projects. Thus, we analyzed the D-loop region of mitochondrial DNA of 300 adult turtles of different rivers in the Brazilian Amazon basin, determining organizational patterns of genetic variability and evaluating the interference of natural barriers. We measured the number of haplotypes, the number of segregating sites, haplotype diversity, nucleotide diversity, neutrality tests, AMOVA and we constructed a haplotype network. To measure levels of structuring among populations, we inferred the Ф ST fixation index, the number of biological groups in the sample, level of gene flow, Mantel's test, and finally, we estimated natural barriers to gene flow using Barrier program. We found high genetic diversity and restricted gene flow with high levels of structuring between locations. The differences within the Madeira, Tapajós, Trombetas, Xingu and Tocantins-Araguaia rivers are possibly caused by waterfalls and rapids. We define 8 different Management Units: Barreirinha, middle Trombetas River, Tapajós River, upstream of the waterfall of Volta Grande do Xingu River, downstream of the waterfall of Volta Grande do Xingu River, Guaporé River, Tocantins-Araguaia basin and a group of the Amazon floodplain area with other populations. We indicate the use of our data in making decisions to release young in participatory management of project sites of Amazon turtles, in decisions on implementation of construction projects and inspection and seizure of illegal trade in turtles, and underline the importance of studying the species through other molecular markers to assist in the conservation of turtles. / O tracajá (Podocnemis unifilis) é a tartaruga de água doce com maior distribuição, podendo ser encontrada nos mais diversos habitats. Associada a características naturais dos quelônios, a ação humana provoca um declínio acentuado das populações, fazendo com que espécies como P.unifilis esteja na lista de animais a serem protegidos pelo IBAMA. Muitos aspectos da biologia das espécies podem ser determinados usando análises genéticas. Em alguns rios da bacia Amazônica, corredeiras e cachoeiras limitam o fluxo gênico de vários grupos aquáticos e semiaquáticos, portanto, é necessário estudar os padrões genéticos das espécies principalmente em locais que são visados para empreendimentos hidrelétricos. Com isso, analisamos a região D-Loop do DNA mitocondrial de 300 tracajás adultos de diferentes rios da drenagem da Amazônia brasileira, determinando padrões de organização da variabilidade genética e avaliando a interferência de barreiras naturais aos indivíduos. Foram medidos o número de haplótipos, número de sítios segregantes, a diversidade haplotípica, diversidade nucleotídicas, testes de neutralidade, AMOVA e foi construída uma rede de haplótipos. Para medir os níveis de estruturação entre as localidades inferimos o índice de fixação ФST, a quantidade de grupos biológicos na amostra, nível de fluxo genético, teste de Mantel, e por fim, foram estimadas as barreiras naturais ao fluxo gênico usando o programa Barrier. Encontramos altos valores de diversidade genética e um fluxo genético restrito com altos níveis de estruturação entre as localidades. As diferenças dentro dos rios Madeira, Tapajós, Trombetas, Xingu e Tocantins-Araguaia possivelmente são causadas pelas cachoeiras e corredeiras. Sugerimos 8 Unidades de Manejo distintas: Barreirinha, Médio rio Trombetas, rio Tapajós, montante da cachoeira da Volta Grande do Xingu, jusante da cachoeira da Volta Grande do Xingu, rio Guaporé, bacia Tocantins-Araguaia e um grupo da região da várzea amazônica com as demais localidades. Indicamos a utilização de nossos dados na tomada de decisão de locais de soltura de filhotes em projetos de manejo participativo de quelônios amazônicos, nas decisões sobre implantação de empreendimentos e na fiscalização e apreensão do comércio ilegal de tracajás, além de ressaltar a importância do estudo da espécie através de outros marcadores moleculares, a fim de auxiliar na conservação dos tracajás

Foram utilizadas vinte tartarugas da espécie Trachemys scripta elegans, sendo duas fêmeas jovens, quatro fêmeas adultas, oito machos jovens e seis machos adultos. Inicialmente, retiramos o plastrão, isolamos o coração e, já na aorta descendente, introduzimos uma cânula antes da bifurcação da aorta para injeção de solução de látex corado com pigmento vermelho para identificarmos as artérias com maior precisão. Após a injeção, os animais foram colocados em solução aquosa de formaldeído 20% por período não inferior a 72 horas e, após esse período, dissecamos as artérias responsáveis pela irrigação do baço. Observamos em 30% dos casos, o baço posicionado caudalmente ao cólon transverso e, em 70%, cranialmente ao mesmo, mas sempre apoiado neste segmento intestinal. Com relação à irrigação do baço, observamos que em 95% dos casos, o maior aporte sangüíneo era proveniente da artéria mesentérica cranial, onde apenas 30% dos animais apresentavam irrigação somente pela artéria lienal; já em 40% apresentavam irrigação pela artéria lienal e pequenos ramos da artéria cólica esquerda. Em 5% dos casos era irrigado pela artéria lienal e por um único ramo emitido por uma das artérias jejunais, 5% eram irrigados pela artéria lienal e por um ramo da artéria pancreaticaduodenal cranial e por uma artéria que tinha origem no tronco comum das artérias jejunais; 15% dos animais tinham seu baço irrigado pela artéria lienal e por ramos da artéria pancreaticaduodenal cranial. Em 5% dos animais observamos o baço sendo irrigado apenas por ramificações da artéria cólica esquerda. / This study was conduct using 20 turtles specie Trachemys scripta elegans, which 2 young females, 4 adults females, 8 young males and 6 adults males. Initially, it was took the hoof belly and, isolating the heart to identify more precisely the arteries was injected latex solution with red pigment through aorta descendens with one thin tube before aorta\'s bifurcation. After the latex injection, all the animals were submerged in 20% formaldeid water solution by a period of more than 72 hours. After that period, the arteries responsible by spleen irrigation were dissected. It was found in 30% of the cases the spleen was positioned behind colon transversum; and in 70% in front of colon transversum. Regarding the spleen irrigation, it was observed in 100% of the cases that arteria lienalis had its origin in arteria mesenterica cranialis. Which 30% had irrigation only by arteria lienalis. In 40% the irrigation was done by arteria lienalis and small branches of arteria colica sinistra. In 5% of the cases it was irrigated by arteria lienalis and by na unique branch sent by one of arteriae jejunales. In 5% of the cases the irrigation through arteria lienalis and by one branch of arteria pancreaticaduodenalis cranialis, and also by one artery with origin in the common trunk from arteriae jejunales. In 15% from the animals, irrigation was done by arteria lienalis and by branches from arteria pancreaticaduodenalis cranialis. In 5% of the cases the spleen was irrigated just by ramifications of arteria colica sinistra.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação Mestrado Hugo Ricardo - PPG CIPET.pdf: 1267336 bytes, checksum: 8c2b743c36b3377566b931286d8bead5 (MD5) Previous issue date: 2015-08-06 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The creation of chelonians is an important tool for the strategies of conservation of chelonians in the Amazon, with that the reproductive success in the captive breeding is essential. As the turtle (Podocnemis expansa) and tracajá (Podocnemis unifilis) are the most important species in trade and local subsistence (SMITH, 1979). The present work aims to obtain information on the influence of P. expansa matrices, weight and size, on the characteristics of nests and pups, and the influence of temperature and incubation period on the sexual ratio of P. expansa nests . Data collection was carried out in two commercial turtle breeders located in the municipality of Iranduba and Manacapuru / AM, where the spawning period was monitored. Data were collected on nest dates, nest depths and width, nest distance (trawl size and paw width), characteristic of hatching (rate and hatching, biometry and sexing of the pups) and the collected data of climatic data by means of Data Logger placed within the selected nests. Pearson correlation analyzes were performed to verify if the characteristics of the matrices influence the nests (number of eggs, egg weight and size, egg mass, width and depth of nests) and pups (initial pups size and weight, pups, hatching rate, incubation period). Among the variables that had the highest correlation index (Pearson correlation> 0.50 and p value <0.05), linear regressions were applied to evaluate the significance index of the correlations found. The size of females influences the performance of pups production, so it is important to select large matrices since they are as observed in nature. Large-sized eggs produce larger and heavier pups, and the number of eggs directly influenced the total mass of the nest. The average temperature of incubation influences with a positive relation the size and weight of the pups. / A criação de quelônios é uma importante ferramenta para as estratégias de conservação de quelônios na Amazônia, com isso o sucesso reprodutivo nas criações em cativeiro é imprescindível. Sendo a tartaruga (Podocnemis expansa) e o tracajá (Podocnemis unifilis) as espécies de maior importância no comércio e na subsistência local (SMITH, 1979). O presente trabalho visa obter informações visa obter informações sobre a influência das matrizes de P. expansa, peso e tamanho, sobre as características dos ninhos e filhotes, e a influência da temperatura e do período de incubação na razão sexual dos ninhos de P. expansa. A coleta de dados foi realizada em 2 criadores comerciais de quelônios localizados no município de Iranduba e Manacapuru/AM, onde foi monitorado o período de desova, coletou-se informações sobre as datas das posturas, profundidades e largura do ninho, distância do ninho em relação ao nível da água, quantidade e biometria dos ovos, características das matrizes (tamanho do rastro e largura da pata), característica da eclosão (taxa e eclosão, biometria e sexagem dos filhotes) e a coletada de dados climáticos através de Data Logger colocados dentro dos ninhos selecionados. Foram realizadas análises de correlação de Pearson para verificar se características das matrizes influenciam os ninhos (número de ovos, peso e tamanho dos ovos, massa de ovos, largura e profundidade dos ninhos) e os filhotes (tamanho e peso inicial dos filhotes, sexo dos filhotes, taxa de eclosão, período de incubação). Entre as variáveis que possuíram o maior índice de correlação (correlação de Pearson > 0,50 e valor p < 0,05), foram aplicadas regressões lineares para avaliar o índice de significância das correlações encontradas. O tamanho das fêmeas influencia no desempenho da produção de filhotes, por isso é importante selecionar matrizes de grande porte, uma vez que assim como observado na natureza. Ovos de tamanhos maiores produzem filhotes maiores e mais pesados, e o número de ovos influenciou diretamente na massa total do ninho. A temperatura média de incubação influência com uma relação positiva o tamanho e peso dos filhotes.

As relações entre o tamanho dos indivíduos de uma espécie e suas consequências anatômicas, fisiológicas e ecológicas são denominadas relações alométricas. Nesse sentido, diversos trabalhos avaliam a influência do tamanho da fêmea de répteis em características relacionadas à sua reprodução, ao que chamamos de alometria reprodutiva. A variação no tamanho dos indivíduos de uma espécie e do investimento reprodutivo das fêmeas pode ser atribuída, dentre outros fatores, a diferenças na qualidade do alimento consumido. No presente estudo utilizamos medidas dos rastros, do tamanho do corpo, da ninhada e do ovo de tartaruga-verde, Chelonia mydas, para avaliar a influência do tamanho da fêmea no investimento reprodutivo. Realizamos também análise de isótopos estáveis de 13C e 15N de diferentes tecidos das fêmeas para avaliar a influência da dieta (recente e antiga) no seu investimento reprodutivo. Coletamos os dados na Ilha da Trindade, principal área de nidificação da espécie em território brasileiro e situada no Sudoeste Atlântico, há aproximadamente 1140 km da costa central do Brasil. Verificamos que fêmeas de níveis tróficos mais altos, ou seja, que incluem itens alimentares de fonte animal em sua dieta, tendem a ser maiores e a produzirem maior quantidade de ovos. Foram estabelecidas equações para estimar o tamanho da fêmea a partir da largura de seu rastro e equações para estimar o tamanho da ninhada a partir do tamanho da fêmea, métricas que poderiam ajudar no monitoramento do sucesso reprodutivo de C. mydas na Ilha da Trindade / Allometric relationships describe anatomical, physiological and ecological variations according to body size The influence of size of females in reptiles in characteristics related to their reproduction, i.e. reproductive allometry, was evaluated is several papers. Variations in size of individuals of a given species and female\'s investment in reproduction may be attributed, among other factors, to differences in quality of consumed food. In the present study we have used data on turtle\'s track width, body size and clutch size of the green turtle Chelonia mydas to evaluate the influence of female\'s size on reproductive investment. We have also performed 13C and 15N stable isotopes analysis of different body tissues of females to evaluate the influence of diet (recent and past) on reproductive investment. Data were collected in Trindade Island, the main nesting areas of C. mydas in the Brazilian territory, which is situated in the SW Atlantic, 1140 km away from the central coast of Brazil. We have verified that females from higher trophic levels, i.e. the ones including more food from animal origin in their diet, were bigger and produced larger clutches. Equations were build to estimate female\'s size from track width and clutch size from female\'s size. These metrics could help in the monitoring of the reproductive success of C. mydas in Trindade Island

As tartarugas na Amazônia são particularmente sensíveis à pressão humana, já que os impactos nas áreas de nidificação podem afetar negativamente a taxa de reprodução das populações. A seleção do local de nidificação é um componente fundamental para o sucesso de desova, no entanto, a associação entre a escolha do local e a aptidão do local escolhido ainda é pouco estudada. Neste trabalho testamos um conjunto de variáveis para explicar os padrões de nidificação em Tracajás (Podocnemis unifilis), com base em dados coletados em 73 locais de nidificação ao longo de 118 km de rio na Amazônia Oriental Brasileira. Modelos lineares generalizados (GLMs) foram usados para avaliar as influências antropogênicas e ambientais nos padrões de seleção do local de nidificação (número de ninhos, densidade de ninhos, distância do ninho à água e variação na distância à água) e adequabilidade do local de nidificação (remoção de ninhos por humanos). Como resultado, encontramos que o número e densidade de ninhos foram fortemente explicados por variáveis ambientais, e a distancia do ninho á água diminuiu com a proximidade as casas. A remoção humana foi o principal responsável pela perda de ninhos (47% dos ninhos foram removidos) principalmente nos trechos do rio com maior atividade humana. Nossos dados sugerem que mudanças antropogênicas estão levando a diferenças entre a escolha de local de nidificação e a sua adequabilidade, assim, nos rios onde humanos tem maior acesso, sinais usados pelas fêmeas para selecionar áreas de nidificação não estão permitindo desovas bem-sucedidas. Ao contrário das previsões nas hipóteses, os achados demonstram que as fêmeas não parecem evitar desovar em locais perigosos e inadequados. Portanto, ações diretas, como a proteção de áreas de nidificação, são vitais para a conservação das tartarugas na Amazônia. / Amazonian freshwater turtles are particurlarly sensitive to human pressure, since impacts on their nesting areas can negatively affect reproductive rate of populations. Nest-site selection is a fundamental component of freshwater turtle nesting success, however, linking oviposition choices to overall suitability of nest-site selection remains poorly tested. We tested a set of variables to explain nesting patterns in the yellow-spotted river turtle (Podocnemis unifilis), based on data collected from 73 nesting sites along 118 km of river in the eastern Brazilian Amazon. General Linear Models (GLMs) were used to evaluate anthropogenic and environmental influences on patterns in nest-site selection (four responses: number of nests, nest density, distance from nest to water and variation in distance to water) and nest-site suitability (removal of nests by humans). Number and density of nest were largely explained by environmental variables, and distance from nest to water decreased with the proximity to human habitations. Human removal of nests was the primary driver of nest failure (47% of the nests were removed) and removal was higher in sections of river with higher human activity. We show that anthropogenic changes are driving differences between nest-site selection and suitability, whereby the signals used by females to select nesting areas no longer enable successful nesting along rivers accessible to humans. Contrary to predictions from the hypotheses, our findings demonstrate that females do not appear to avoid nesting in dangerous and unfit sites. Therefore, direct actions including the protection of nesting areas are vital for the conservation of Amazonian freshwater turtles.