Thymic epithelial cells (TECs) are the main component of the thymic stroma, which supports T-cell proliferation and repertoire selection. Here, we demonstrate that Cbx4, a Polycomb protein that is highly expressed in the thymic epithelium, has an essential and non-redundant role in thymic organogenesis. Targeted disruption of Cbx4 causes severe hypoplasia of the fetal thymus as a result of reduced thymocyte proliferation. Cell-specific deletion of Cbx4 shows that the compromised thymopoiesis is rooted in a defective epithelial compartment. Cbx4-deficient TECs exhibit impaired proliferative capacity, and the limited thymic epithelial architecture quickly deteriorates in postnatal mutant mice, leading to an almost complete blockade of T-cell development shortly after birth and markedly reduced peripheral T-cell populations in adult mice. Furthermore, we show that Cbx4 physically interacts and functionally correlates with p63, which is a transcriptional regulator that is proposed to be important for the maintenance of the stemness of epithelial progenitors. Together, these data establish Cbx4 as a crucial regulator for the generation and maintenance of the thymic epithelium and, hence, for thymocyte development.

O transplante de células-tronco hematopoiéticas tem sido a melhor opção terapêutica para muitas doenças. Seu sucesso, no entanto, depende de alguns fatores que influenciam a taxa de mortalidade. A doença do enxerto-contra-hospedeiro é uma causa de mortalidade. Apresenta duas formas, a aguda e a crônica, e ambas têm linfócitos T na patofisiologia. Outra causa são as infecções, cujos patógenos variam conforme o tempo de recuperação do sistema imune. O presente estudo avaliou a recuperação linfoide T com base no timo e distinção das subpopulações e citocinas nos pacientes que desenvolveram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica no primeiro ano de transplante. Os pacientes foram alocados no Hospital de Transplante Amaral Carvalho (Jaú/SP) e tinham entre 18 e 60 anos de idade. No pré-transplante, foram comparados com indivíduos saudáveis, pareados em idade. Após o transplante, todos os pacientes foram acompanhados por um ano e seis meses, para observação de possíveis eventos de doença do enxerto-contra-hospedeiro e/ou infecções. A análise laboratorial foi feita com o sangue do paciente, sendo a primeira antes do transplante, seguidas por mais quatro, com intervalos de três meses. Tais avaliações laboratoriais tinham por objetivos caracterizar a função tímica por quantificação de sjTREC; as subpopulações de linfócitos T, por citometria de fluxo e a análise de citocinas, por Luminex. Foram estudados 172 indivíduos, sendo 75 do transplante alogênico, 43 do transplante autólogo, além de 54 pessoas saudáveis. Nossos resultados mostraram que os pacientes apresentaram função tímica diminuída antes mesmo da realização do transplante. A função tímica enfraquecida foi um fator de risco para doença do enxerto-contrahospedeiro crônica e a recuperação do sistema imune foi melhor nos pacientes que não apresentaram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica após um ano do transplante. No entanto, a função tímica não foi diferente entre os pacientes que faleceram e os que estão vivos. No geral, não houve distinção quanto à apresentação das subpopulações de linfócitos T e à produção de citocinas entre os pacientes submetidos ao transplante alogênico que desenvolveram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica, relativamente aos demais pacientes. Com o tempo, foi observada a recuperação gradual do compartimento linfoide T e diminuição na incidência de infecções. A taxa de infecções não influenciou a apresentação das subpopulações de linfócitos T e a produção de citocinas nos pacientes que desenvolveram doença do enxerto-contrahospedeiro crônica em relação aos demais pacientes. Como conclusão, a função tímica apresentou-se deteriorada antes da realização do transplante, porém não foi determinante para que houvesse piora na evolução clínica após o transplante. Os pacientes que desenvolveram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica, independentemente da incidência de infecções, apresentaram semelhança no perfil das subpopulações de linfócitos T e das citocinas, quando comparados aos demais / Hematopoietic stem cell transplantation has been the best therapeutic option for many diseases. Its success depends on some factors that influence the mortality rate. Graftversus- host disease is one cause of mortality. It has two forms, acute and chronic, and both have T lymphocytes in their pathophysiology. Other causes are infections, whose pathogens vary according to immune system recovery time. The present study evaluated the lymphoid T recuperation through the thymus and the differentiation of subpopulations and cytokines in patients who developed chronic graft-versus-host disease at the first year of transplantation. The patients were allocated at Hospital de Transplantes Amaral Carvalho (Jaú/SP). They were between 18 and 60 years old. At pre-transplant phase, patients were compared to healthy individuals, age-matched. After transplantation, they were all assisted for one year and six months, so that graft-versushost disease\'s and infections\' events could be observed. The laboratory analysis was done by blood sample; the first occurred before the transplant, followed by four more, every three months. Laboratory examinations were performed to characterize thymic function by quantification of sjTREC; T lymphocyte subpopulations, by flow cytometry, and cytokine analysis, by Luminex. A total of 172 individuals were studied: 75 allogeneic transplant patients, 43 autologous transplant patients and 54 healthy persons. Our results showed that patients presented thymic function impaired even before the transplant. The weakening of the thymic function was a risk factor for chronic graft-versus-host disease and immune system recovery was better in patients who did not develop chronic graft-versus-host disease after one year of transplantation. However, the thymic function was not different between patients who died and those who remained alive. In general, there was no distinction of the presentation of T lymphocyte subpopulations and cytokines production among patients who underwent allogeneic transplant and developed chronic graft-versus-host disease, in comparison to the other patients. Over time, a gradual recovery of the T lymphoid compartment and a decrease in the infections incidence were observed. The infection rate did not influence the presentation of the T lymphocyte subpopulations and the production of cytokines in patients who developed chronic graft-versus-host disease in comparison to the other patients. In conclusion, the thymic function was impaired before transplantation, but it was not relevant for clinical evolution worsening after transplantation. Patients who developed chronic graft-versus-host disease, regardless of the incidence of infections, showed similar profile of T lymphocytes subpopulations and cytokines, relatively to other patients

O timo é um órgão linfoide primário, localizado em região mediastinal, cuja importância funcional é a diferenciação e maturação de todas as subpopulações de linfócitos T provenientes da medula óssea assim como a seleção de células autorreativas. Sua hipoplasia ou aplasia resultam em síndromes de imunodeficiência. Embora de vital importância, o estudo clínico de sua função não é rotineiro na prática clínica, o que pode ser atribuído a sua dificuldade de avaliação em razão de sua localização, necessidade de uso de métodos de imagem não inócuos ao paciente (tomografia computadorizada (TC), PET-SCAN) e complexidade das análises em sangue periférico de subpopulações de células T por citometria de fluxo e, mais recentemente, medição de T cell receptor excision circles (TRECs), por PCR. Um possível método da avaliação do timo sem radiação ionizante ou dor ao paciente seria a elastografia de timo por ultrassom e seu uso na prática clínica poderia substituir a TC, como ocorre na avaliação de lesões hepáticas ou mamárias. Objetivo - Este estudo se propõe a 1. Implantar este método na avaliação da função tímica, 2. Estabelecer valores de referência de TRECs na faixa etária estudada, 3. Investigar se há correlação entre os dois parâmetros. Métodos - Foram incluídas sessenta e quatro crianças de 0-5 anos em acompanhamento no ambulatório de cirurgia infantil sem doença sistêmica ou infecção aguda, e que iriam coletar amostra de sangue para exames pré-operatórios. Quarenta e oito destas coletaram amostra de sangue para avaliação de TRECs, vinte e nove realizaram elastografia num mesmo momento, porém apenas 13 destas apresentaram resultado confiável. A média da idade foi de 36 ± 16meses, predomínio do grupo foi masculino (75%), nascidos a termo (72%) e a principal intervenção cirúrgica foi do tipo urológica de pequeno porte. A elastografia mostrou média de 1,21 ± 0,24m/s, sem diferença significativa quando comparada ano a ano. Observamos uma média de TRECs de 195,6 ± 120,5 cópias/µL, mostrando valores significativamente mais altos quando comparados a adolescentes hígidos da base de dados do laboratório. Os valores de TRECs observados mostram uma ampla variabilidade na faixa etária estudada, sem diferença significativa quando separados por idade ano a ano. Não se encontrou correlação significativa entre a dureza do timo analisada à elastografia e valores de TRECs em sangue periférico. Concluímos que a elastografia é um método que possibilita a avaliação das dimensões e função do timo em crianças a partir de 2 anos de idade, entretanto estudos adicionais são necessários para que se possa recomendar a larga implantação deste método com essa finalidade / The thymus is a primary lymphoid gland responsible for the maturation of T cells as well as the immunological central tolerance. It has been a neglected organ by physicians, despite its relevance in early immunity. Thymic function can be indirectly measured by Computerized Tomography imaging and PET SCAN, T cell subpopulation flow cytometry. More recently, in the beginning of this century, a direct measurement represented by TRECs (T cell receptors excision circles) was developed. Classical thymic imaging has used ionized radiation, which poses a major risk for the pediatric patient and new techniques are needed. Objectives and methods - In this work, we tested the use of elastography ultrasound for the evaluation of the thymus in a group of < 5-year- old healthy children. In parallel, we measured TRECs in peripheral blood and compared the values obtained from both methods. We have reached sixty-four children at the pediatric surgery outpatients ambulatory, scheduled for minor surgeries. A sample of blood was taken during pre operatory and then patients were sent to the imaging service for elastography. Of all, sixty-four had undertaken TRECs and seventeen, elastography. The median age was 36 ±16 months and we had 75% of boys for surgical correction of urologic minor defects. The elastography results showed a median of 1.2 ± 0.24 m/s in all ages, the same stiffness as the liver, as shown in other works. Our median TREC/µL value was 195.6 ± 120.5 copies/µL showing a trend of reduction in older ages, and with statistical significance when compared with healthy teenagers\' values from the lab database. We concluded that elastography may be a good diagnostic tool for thymus evaluation, and additional works are needed for its recommendation in clinical practice. Our TRECs values showed a large variability, as also demonstrated in previous works, and a trend of reduction over age. We could not observe any significant correlation between elastography and TRECs values

O timo é um órgão linfoide primário, localizado em região mediastinal, cuja importância funcional é a diferenciação e maturação de todas as subpopulações de linfócitos T provenientes da medula óssea assim como a seleção de células autorreativas. Sua hipoplasia ou aplasia resultam em síndromes de imunodeficiência. Embora de vital importância, o estudo clínico de sua função não é rotineiro na prática clínica, o que pode ser atribuído a sua dificuldade de avaliação em razão de sua localização, necessidade de uso de métodos de imagem não inócuos ao paciente (tomografia computadorizada (TC), PET-SCAN) e complexidade das análises em sangue periférico de subpopulações de células T por citometria de fluxo e, mais recentemente, medição de T cell receptor excision circles (TRECs), por PCR. Um possível método da avaliação do timo sem radiação ionizante ou dor ao paciente seria a elastografia de timo por ultrassom e seu uso na prática clínica poderia substituir a TC, como ocorre na avaliação de lesões hepáticas ou mamárias. Objetivo - Este estudo se propõe a 1. Implantar este método na avaliação da função tímica, 2. Estabelecer valores de referência de TRECs na faixa etária estudada, 3. Investigar se há correlação entre os dois parâmetros. Métodos - Foram incluídas sessenta e quatro crianças de 0-5 anos em acompanhamento no ambulatório de cirurgia infantil sem doença sistêmica ou infecção aguda, e que iriam coletar amostra de sangue para exames pré-operatórios. Quarenta e oito destas coletaram amostra de sangue para avaliação de TRECs, vinte e nove realizaram elastografia num mesmo momento, porém apenas 13 destas apresentaram resultado confiável. A média da idade foi de 36 ± 16meses, predomínio do grupo foi masculino (75%), nascidos a termo (72%) e a principal intervenção cirúrgica foi do tipo urológica de pequeno porte. A elastografia mostrou média de 1,21 ± 0,24m/s, sem diferença significativa quando comparada ano a ano. Observamos uma média de TRECs de 195,6 ± 120,5 cópias/µL, mostrando valores significativamente mais altos quando comparados a adolescentes hígidos da base de dados do laboratório. Os valores de TRECs observados mostram uma ampla variabilidade na faixa etária estudada, sem diferença significativa quando separados por idade ano a ano. Não se encontrou correlação significativa entre a dureza do timo analisada à elastografia e valores de TRECs em sangue periférico. Concluímos que a elastografia é um método que possibilita a avaliação das dimensões e função do timo em crianças a partir de 2 anos de idade, entretanto estudos adicionais são necessários para que se possa recomendar a larga implantação deste método com essa finalidade / The thymus is a primary lymphoid gland responsible for the maturation of T cells as well as the immunological central tolerance. It has been a neglected organ by physicians, despite its relevance in early immunity. Thymic function can be indirectly measured by Computerized Tomography imaging and PET SCAN, T cell subpopulation flow cytometry. More recently, in the beginning of this century, a direct measurement represented by TRECs (T cell receptors excision circles) was developed. Classical thymic imaging has used ionized radiation, which poses a major risk for the pediatric patient and new techniques are needed. Objectives and methods - In this work, we tested the use of elastography ultrasound for the evaluation of the thymus in a group of < 5-year- old healthy children. In parallel, we measured TRECs in peripheral blood and compared the values obtained from both methods. We have reached sixty-four children at the pediatric surgery outpatients ambulatory, scheduled for minor surgeries. A sample of blood was taken during pre operatory and then patients were sent to the imaging service for elastography. Of all, sixty-four had undertaken TRECs and seventeen, elastography. The median age was 36 ±16 months and we had 75% of boys for surgical correction of urologic minor defects. The elastography results showed a median of 1.2 ± 0.24 m/s in all ages, the same stiffness as the liver, as shown in other works. Our median TREC/µL value was 195.6 ± 120.5 copies/µL showing a trend of reduction in older ages, and with statistical significance when compared with healthy teenagers\' values from the lab database. We concluded that elastography may be a good diagnostic tool for thymus evaluation, and additional works are needed for its recommendation in clinical practice. Our TRECs values showed a large variability, as also demonstrated in previous works, and a trend of reduction over age. We could not observe any significant correlation between elastography and TRECs values

The aim of this thesis is the characterization of a protein involved in apoptosis. Our group has identified an early step common to different forms of intrinsic apoptosis stimuli. This step requires de novo synthesis of a novel Cyclin, Cyclin O, that upon apoptosis induction in lymphoid cells forms active complexes, primarily with Cdk2. Cyclin O expression precedes glucocorticoid and gamma radiation-induced apoptosis in vivo in mouse thymus and its overexpression induces apoptosis in cultured cells. Knocking down the endogenous expression of Cyclin O by shRNA leads to the inhibition of glucocorticoid and DNA damage-induced apoptosis while leaving CD95 death receptor mediated apoptosis intact. This data demonstrates that apoptosis induction in lymphoid cells is one of the physiological roles of Cyclin O and it does not act by perturbing a normal cellular process such as the cell cycle. In addition we have identified c-Myb a substrate of Cdk2-Cyclin O complexes and we show that c-Myb is downregulated during apoptosis of lymphoid cells. / L'objectiu d'aquesta tesi és la caracterització d'una proteïna involucrada en l'apoptosi. El nostre grup ha identificat un pas primerenc comú en diversos estímuls apoptòtics de la ruta intrínseca. Aquest pas requereix la síntesi de novo d'una nova Ciclina, Ciclina O, que quan s'indueix apoptosi en cèl·lules limfoides forma complexes actius majoritàriament amb Cdk2. L'expressió de la Ciclina O és prèvia a l'apoptosi induïda per glucocorticoids i radiació gamma i la seva sobreexpressió indueix apoptosi en cultius cel·lulars. La baixada dels nivells d'expressió de la Ciclina O endògena amb shRNA provoca una inhibició de l'apoptosi induïda per glucocorticoids o agents que danyen el DNA, mentre que l'apoptosi mediada pel receptor CD95 es manté intacta. Aquests resultats demostren que la inducció d'apoptosi en cèl·lules limfoides és una de les funcions fisiològiques de la Ciclina O i que no es deu a una pertorbació de processos cel·lulars normals com ara el cicle cel·lular. A més a més, hem identificat c-Myb com a substrat dels complexes Cdk2-Ciclina O i demostrem que els nivells de c-Myb baixen durant l'apoptosis de cèl·lules limfoides.

Thesis (Ph. D.)--University of Oklahoma. / Bibliography: leaves 182-199.

O transplante de células-tronco hematopoiéticas tem sido a melhor opção terapêutica para muitas doenças. Seu sucesso, no entanto, depende de alguns fatores que influenciam a taxa de mortalidade. A doença do enxerto-contra-hospedeiro é uma causa de mortalidade. Apresenta duas formas, a aguda e a crônica, e ambas têm linfócitos T na patofisiologia. Outra causa são as infecções, cujos patógenos variam conforme o tempo de recuperação do sistema imune. O presente estudo avaliou a recuperação linfoide T com base no timo e distinção das subpopulações e citocinas nos pacientes que desenvolveram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica no primeiro ano de transplante. Os pacientes foram alocados no Hospital de Transplante Amaral Carvalho (Jaú/SP) e tinham entre 18 e 60 anos de idade. No pré-transplante, foram comparados com indivíduos saudáveis, pareados em idade. Após o transplante, todos os pacientes foram acompanhados por um ano e seis meses, para observação de possíveis eventos de doença do enxerto-contra-hospedeiro e/ou infecções. A análise laboratorial foi feita com o sangue do paciente, sendo a primeira antes do transplante, seguidas por mais quatro, com intervalos de três meses. Tais avaliações laboratoriais tinham por objetivos caracterizar a função tímica por quantificação de sjTREC; as subpopulações de linfócitos T, por citometria de fluxo e a análise de citocinas, por Luminex. Foram estudados 172 indivíduos, sendo 75 do transplante alogênico, 43 do transplante autólogo, além de 54 pessoas saudáveis. Nossos resultados mostraram que os pacientes apresentaram função tímica diminuída antes mesmo da realização do transplante. A função tímica enfraquecida foi um fator de risco para doença do enxerto-contrahospedeiro crônica e a recuperação do sistema imune foi melhor nos pacientes que não apresentaram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica após um ano do transplante. No entanto, a função tímica não foi diferente entre os pacientes que faleceram e os que estão vivos. No geral, não houve distinção quanto à apresentação das subpopulações de linfócitos T e à produção de citocinas entre os pacientes submetidos ao transplante alogênico que desenvolveram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica, relativamente aos demais pacientes. Com o tempo, foi observada a recuperação gradual do compartimento linfoide T e diminuição na incidência de infecções. A taxa de infecções não influenciou a apresentação das subpopulações de linfócitos T e a produção de citocinas nos pacientes que desenvolveram doença do enxerto-contrahospedeiro crônica em relação aos demais pacientes. Como conclusão, a função tímica apresentou-se deteriorada antes da realização do transplante, porém não foi determinante para que houvesse piora na evolução clínica após o transplante. Os pacientes que desenvolveram doença do enxerto-contra-hospedeiro crônica, independentemente da incidência de infecções, apresentaram semelhança no perfil das subpopulações de linfócitos T e das citocinas, quando comparados aos demais / Hematopoietic stem cell transplantation has been the best therapeutic option for many diseases. Its success depends on some factors that influence the mortality rate. Graftversus- host disease is one cause of mortality. It has two forms, acute and chronic, and both have T lymphocytes in their pathophysiology. Other causes are infections, whose pathogens vary according to immune system recovery time. The present study evaluated the lymphoid T recuperation through the thymus and the differentiation of subpopulations and cytokines in patients who developed chronic graft-versus-host disease at the first year of transplantation. The patients were allocated at Hospital de Transplantes Amaral Carvalho (Jaú/SP). They were between 18 and 60 years old. At pre-transplant phase, patients were compared to healthy individuals, age-matched. After transplantation, they were all assisted for one year and six months, so that graft-versushost disease\'s and infections\' events could be observed. The laboratory analysis was done by blood sample; the first occurred before the transplant, followed by four more, every three months. Laboratory examinations were performed to characterize thymic function by quantification of sjTREC; T lymphocyte subpopulations, by flow cytometry, and cytokine analysis, by Luminex. A total of 172 individuals were studied: 75 allogeneic transplant patients, 43 autologous transplant patients and 54 healthy persons. Our results showed that patients presented thymic function impaired even before the transplant. The weakening of the thymic function was a risk factor for chronic graft-versus-host disease and immune system recovery was better in patients who did not develop chronic graft-versus-host disease after one year of transplantation. However, the thymic function was not different between patients who died and those who remained alive. In general, there was no distinction of the presentation of T lymphocyte subpopulations and cytokines production among patients who underwent allogeneic transplant and developed chronic graft-versus-host disease, in comparison to the other patients. Over time, a gradual recovery of the T lymphoid compartment and a decrease in the infections incidence were observed. The infection rate did not influence the presentation of the T lymphocyte subpopulations and the production of cytokines in patients who developed chronic graft-versus-host disease in comparison to the other patients. In conclusion, the thymic function was impaired before transplantation, but it was not relevant for clinical evolution worsening after transplantation. Patients who developed chronic graft-versus-host disease, regardless of the incidence of infections, showed similar profile of T lymphocytes subpopulations and cytokines, relatively to other patients

Le complexe majeur d’histocompatibilité de type I (CMH I) est une glycoprotéine dont le rôle est de présenter des peptides endogènes au récepteur de cellules T (TCR) des cellules T CD8. La régulation de l’expression du CMH I a été exclusivement étudiée chez les cellules hématolymphoïdes. Cependant, ce processus reste peu élucidé chez les cellules épithéliales (ECs) malgré leur rôle important dans la défense de l’hôte contre divers pathogènes. Dans ce présent travail, nous avons effectué une analyse approfondie de l’expression du CMH I dans les ECs primaires fraîchement prélevées du thymus, de la peau, du colon et des poumons. Nos analyses de cytométrie en flux révèlent une grande variabilité de l’expression du CMH I à la surface des ECs primaires. Nous avons démontré que l’expression du CMH I est 10 à 100 fois plus élevée à la surface des ECs thymiques (TECs) que les ECs extrathymiques. Nous avons également observé aussi que l’expression élevée du CMH I à la surface des TECs est principalement due à l’interféron lambda (IFN-λ), produit en conditions physiologiques dans le thymus. Nous avons révélé aussi que l’absence de la voie d’IFN-λ induit de l’auto-immunité chez la souris. En effet notre étude ouvre la voie vers une exploration plus approfondie de l’impact de l’IFN-λ dans les fonctions thymiques. D’autre part, les ECs subissent continuellement de l’apoptose afin d’éliminer les cellules endommagées et restaurer l’intégrité de l’épithélium. Cependant, les ECs apoptotiques représentent une source majeure d’auto-antigènes (AAg) ce qui en fait une cible indéniable des maladies auto-immunes. Dans ce présent travail, nous avons évalué dans quelle mesure les cellules présentatrices d’antigènes (APCs) thymiques (TEC médullaires (mTECs) et les cellules dendritiques thymiques (tDCs)) contribuent dans la tolérance centrale à l’égard des antigènes exprimés par les ECs extrathymiques. Nous avons trouvé que les APCs thymiques expriment environ 93% des gènes exprimés dans les ECs extrathymiques. Cependant, nous avons révélé une fraction des gènes (environ 7%) dans le transcriptome des ECs extrathymiques qui n’est pas exprimé par les APCs thymiques. Ces gènes sont capables de générer des peptides associés au CMH I (MAPs) quoique dans une moindre mesure que les gènes partagés avec les APCs thymiques. Dans l’ensemble, cette étude fournit la première tentative de caractérisation du transcriptome des ECs extrathymiques et les APCs thymiques, capables de générer des MAPs. / The major histocompatibility complex class I (MHC I) is a cell surface glycoprotein involved in the presentation of endogenously derived peptides, to the T-cell receptor TCR of CD8 T cells. However, the regulation of the MHC I expression has been studied almost exclusively in hematolymphoid cells and very little is known about this process in epithelial cells (ECs). In the present work, we performed a deep analysis of MHC I expression in primary ECs freshly harvested from the thymus, skin, gut, and lung. In fact, we found that the superior MHC I expression in TECs is driven mainly by interferon lambda (IFN-λ) produced under steady-state conditions in the thymus. Moreover, Ifnlr1−/− mice present autoimmune manifestations. Our study paves the way for a more detailed exploration of the impact of IFN-λ signaling in thymic functions. On the other hand, ECs continually undergo apoptosis to delete damaged cells while restoring the epithelium integrity. However, apoptotic ECs are a major source of autoantigens (AAgs) which makes them an undeniable target for autoimmune attacks. In the present study, we evaluated the extent to which thymic antigen presenting cells APCs (medullary TECs (mTEC) and thymic dendritic cells (tDCs)) contribute to central tolerance against extrathymic ECs-antigens. We report that thymic APCs express about 93.5% of genes expressed in extrathymic ECs whereas 7 % of genes expressed in extrathymic ECs are silent in thymic APCs. We found that these extrathymic ECs- unique genes are efficiently able to produce MHC I-associated peptides (MAPs), albeit to a lower extent than the genes expressed by thymic APCs. In summary, this study provides the first characterization of the self-transcriptome expressed by extrathymic ECs and thymic APCs (mTECs and tDCs), and able to generate MAPs.