La présence de Leishmania infantum et Toxoplasma gondii en Provence Alpes Côte d’Azur (PACA) est connue depuis plus d’un siècle. Depuis, leur distribution évolue, l'environnement change, les populations touchées se déplacent, et de nouveaux outils techniques et statistiques permettent de mieux les saisir. Une réactualisation de nos connaissances paraissait donc nécessaire. Nous avons d’abord mené une revue de la littérature sur les leishmanioses viscérales. Ensuite, nous avons montré que la leishmaniose muqueuse à L. infantum est marquée par un probable sous-diagnostic, un caractère peu invasif localement et un risque de viscéralisation significatif. Puis une étude éco-épidémiologique a montré que les deux foyers de leishmaniose en PACA impliquaient des biotopes différents, avec une transmission en zone urbanisée dans le foyer marseillais. Enfin, une étude entomologique a confirmé cette transmission urbaine.Nous avons ensuite étudié la toxoplasmose congénitale. D’abord, nous avons essayé d'améliorer les performances techniques du dépistage en montrant l’intérêt pour le diagnostic moléculaire anténatal d’une extraction optimisée de l’ADN parasitaire sur liquide amniotique en utilisant NucliSENS easyMAG plutôt qu’une extraction manuelle utilisant QIAamp DNA minikit. Nous avons également montré l’apport pour le diagnostic néonatal de la toxoplasmose congénitale des IgM ciblant des antigènes de haut poids moléculaire lors de la comparaison des sera des mères et des enfants par Western Blot. Enfin, nous avons rapporté l’évolution sur 16 ans de 127 patients traités pour toxoplasmose congénitale et montré que 19% des enfants présentaient une choriorétinite au cours du suivi. / The epidemiology of Leishmania infantum and Toxoplasma gondii in the Mediterranean basin has been studied for more than a century. Yet, our understanding of these diseases must be updated because ongoing environmental modifications impact their distribution, because affected population change, and because new technical and statistical tools have become available. We first reviewed scientific literature about visceral leishmaniasis. Then, we conducted a clinical study about autochtonous mucosal leishmaniasis due to L. infantum: we showed that this disease was characterized by underrecognition, low local invasiveness, and risk of visceral spreading. Afterwards, an eco-epidemiological study showed that foci of leishmanisis involved different biotopes in South-Eastern France: we specifically highlighted a urban transmission in the Marseille focus. Finally, an entomological survey confirmed this urban transmission and addressed cocirculation with phleboviruses.Then, we studied congenital toxoplasmosis. We contributed to improve technical performances of current screening strategy: we first showed that an optimized extraction of Toxoplasma DNA from amniotic fluid using NucliSENS easyMAG proved superior to manual extraction using QIAamp DNA minikit. Then, we found that comparison of mother and child antibodies that target high-molecular-mass Toxoplasma gondii antigens by immunoblotting improves neonatal diagnosis. Finally, we reported the 16-year long evolution of 127 children congenitally infected with T. gondii and showed that despite early treatment 19% of children finally developed chorioretinitis.

En outre, nous avons fait une expérience sur les nouveaux outils pour identifier les tiques par MALDI-TOF MS protéines profilage et des méthodes moléculaires. Notre étude visant à explorer les bactéries dans les ixodidae prélevés sur des animaux domestiques en Éthiopie a révélé une prévalence globale de 6% (46/767) des rickettsies de SFG, 3,8% (29/767) ADN de Borrelia et 6,4% (54/842) de C. burnetii dans différentes espèces de tiques. L'étude pour étudier les bactéries dans 303 puces prélevés sur des chiens et des chats domestiques en Ethiopie qui ont été identifiés comme étant morphologiquement Ctenocephalides felis felis, Ctenocephalides canis, Pulex irritans et Echidnophaga gallinacé montré Rickettsia felis dans 21% des puces, principalement dans Ctenocephalides felis, avec un semblable prévalence dans les puces de chiens et de chats. La présence d'Acinetobacter spp. dans M. ovinus, Heterodoxus spiniger, Bovicola ovis et Linognathus vituli. La séquence du gène rpoB partiel a révélé la présence de A. soli, A. lowffii, A. Pitti et 3 nouveaux Acinetobacter spp. dans les poux et Keds. Bartonella melophagi a été identifié par une PCR standard, suivi par un séquençage du fragment de la gltA et gène rpoB chez M. ovinus. Dans l'ensemble, nos résultats alerte les médecins en charge des patients avec fièvre d'étiologie inconnue en Ethiopie et ceux qui se soucient de voyageurs en provenance de l'Ethiopie à prendre en compte la présence de plusieurs espèces zoonotiques à transmission vectorielle de bactéries, y compris SFG rickettsies, C. burnetii, R. felis, B. henselae et B. melophagi comme agents pathogènes potentiels. / Our study to explore bacteria in ixodid ticks collected from domestic animals in Ethiopia revealed an overall prevalence of 6% (46/767) SFG rickettsiae, 3.8% (29/767) Borrelia DNA and 6.4% (54/842) C. burnetii in different tick species. The study to investigate bacteria in 303 fleas collected from domestic dogs and cats in Ethiopia that were morphologically identified as Ctenocephalides felis felis, Ctenocephalides canis, Pulex irritans and Echidnophaga gallinacean showed Rickettsia felis in 21% of fleas, mainly in Ctenocephalides felis, with a similar prevalence in fleas from dogs and cats. The study to investigate bacteria in lice and sheep ked (Melophagus ovinus) revealed Acinetobacter spp. in M. ovinus, Heterodoxus spiniger, Bovicola ovis and Linognathus vituli. Partial rpoB gene sequence revealed A. soli, A. lowffii, A. pitti and 3 new Acinetobacter spp. in the lice and keds. Molecular identification of lice using an 18S rRNA gene analysis confirmed the morphological methods of lice identification. Bartonella melophagi was identified by standard PCR followed by sequencing of fragments of the gltA and rpoB genes in M. ovinus.Overall, our findings alert physicians managing patients with fever of unknown aetiology in Ethiopia and those who care for travellers from Ethiopia to consider the presence of several vector-borne zoonotic species of bacteria including SFG rickettsiae, C. burnetii, R. felis, B. henselae and B. melophagi as potential causative agents.

Le moustique Aedes albopictus, potentiellement vecteur de virus tels que la dengue, le Chikungunya ou le Zika est présent dans une quarantaine de départements français de métropole. L’expérience de cas et foyers autochtones de dengue et de Chikungunya enregistrés en Europe et en France métropolitaine depuis une dizaine d’années confirment l’intérêt des autorités d’anticiper le risque par l’adoption de stratégies collectives. Ce travail s’appuie sur une ethnographie des interactions entre les agents de la communauté d’agglomération Var-Esterel-Méditerranée et des riverains, ainsi que sur une série d’entretiens semi-directifs réalisés auprès d’acteurs institutionnels et d’administrés de la Ville de Nîmes. A partir d’analyses des discours et des pratiques, ce travail propose une réflexion sur les perceptions de la nuisance, des risques sanitaires associés à Aedes albopictus, ainsi que des mesures mises en œuvre à titre individuel et collectif. Cette thèse entend démontrer en quoi la lutte contre Aedes albopictus et la promotion de la mobilisation sociale à l’échelle institutionnelle locale relèvent moins d’enjeux strictement sanitaires que plus largement politiques et en particulier de priorisation de l’agenda politique local. L’enjeu plus général que nous discutons est de savoir si l’implication institutionnelle locale en matière de lutte contre le moustique tigre est révélatrice d’identités de territoire et préfigure des inégalités territoriales et plus largement sociales en termes d’accès à l’information, de prévention vis-à-vis des risques sanitaires et de qualité de vie des populations. / The mosquito Aedes albopictus, is the potential vector of different viruses, such as dengue, Chikungunya and Zika, and is present in about 40 departments of mainland France. The experience of the cases and the autochthonous clusters of dengue fever and Chikungunya recorded in Europe and in mainland France in the last 10 years confirm the authorities’ interest in anticipating this problem by adopting collective strategies. The work of this thesis is based on the ethnography of the interactions between the local authority agents of the communauté d’agglomération Var-Esterel-Méditerranée and the local residents, as well as on a series of semi-structured interviews with institutional players and citizens of the city of Nîmes. Starting from the analysis of the words and actions, this work proposes an investigation of the perceptions concerning the mosquito nuisance and health risks associated with Aedes albopictus, as well as of the individual and collective measures. This thesis work wants to show how the fight against Aedes albopictus and the promotion of social mobilization at the local scale are less related to strict health issues and more broadly to political issues, particularly the local political agenda priorities. The more general issue we discuss is to understand whether the local institution implication in the fight against tiger mosquitoes reveals local identities and foreshadow local and also more general social inequalities in terms of access to information and prevention of health risks and quality of life of the populations.

Les maladies émergentes à transmission vectorielle sont une préoccupation croissante et particulièrement lorsqu’elles affectent les chevaux, une population spécifiquement à risque vis-à-vis de la propagation de maladies. En effet, les chevaux voyagent fréquemment et, malgré l’impact sanitaire et économique des maladies équines, les règlementations sanitaires et les principes de biosécurité et de traçabilité censés assurer la sécurité des mouvements d'équidés ne sont pas toujours en place. Notre travail propose d'améliorer la surveillance des maladies à transmission vectorielle chez les chevaux en utilisant différentes méthodes pour estimer la probabilité d'émergence d'une maladie. Tout d'abord, nous avons développé un modèle quantitatif et spatio-temporel combinant différentes probabilités pour estimer les risques d'introduction de la peste équine et de l’encéphalose équine. Ces combinaisons permettent d’obtenir une image plus détaillée du risque posé par ces agents pathogènes. Nous avons ensuite évalué des systèmes de surveillance syndromique par deux approches méthodologiques: l'approche classique avec un seuil d'alarme basé sur un multiple de l'erreur standard de prédiction, et l'approche bayésienne basée sur le rapport de vraisemblance. Nous avons travaillé ici principalement sur la détection précoce du virus West Nile en utilisant les symptômes nerveux des chevaux. Les deux approches ont fourni des résultats prometteurs, mais l’approche bayésienne était particulièrement intéressante pour obtenir un résultat quantitatif et pour combiner différentes informations épidémiologiques. Pour finir, l'approche bayésienne a été utilisée pour combiner quantitativement différentes sources d'estimation du risque : surveillance syndromique multivariée, et combinaison de la surveillance syndromique avec les résultats d’analyses de risques. Ces combinaisons ont données des résultats prometteurs. Ce travail, basé sur des estimations de risque, contribue à améliorer la surveillance des maladies à transmission vectorielle chez les chevaux et facilite la prise de décision. Les principales perspectives de ce travail sont d'améliorer la collecte et le partage de données, de mettre en oeuvre une évaluation complète des performances des systèmes de surveillance multivariés, et de favoriser l'adoption de ce genre d’approche par les décideurs en utilisant une interface conviviale et en mettant en place un transfert de connaissance. / Emerging vector-borne diseases are a growing concern, especially for horse populations, which are at particular risk for disease spread. In general, horses travel widely and frequently and, despite the health and economic impacts of equine diseases, effective health regulations and biosecurity systems to ensure safe equine movements are not always in place. The present work proposes to improve the surveillance of vector-borne diseases in horses through the use of different approaches that assess the probability of occurrence of a newly introduced epidemic. First, we developed a spatiotemporal quantitative model which combined various probabilities in order to estimate the risk of introduction of African horse sickness and equine encephalosis. Such combinations of risk provided more a detailed picture of the true risk posed by these pathogens. Second, we assessed syndromic surveillance systems using two approaches: a classical approach with the alarm threshold based on the standard error of prediction, and a Bayesian approach based on a likelihood ratio. We focused particularly on the early detection of West Nile virus using reports of nervous symptoms in horses. Both approaches provided interesting results but Bayes’ rule was especially useful as it provided a quantitative output and was able to combine different epidemiological information. Finally, a Bayesian approach was also used to quantitatively combine various sources of risk estimation in a multivariate syndromic surveillance system, as well as a combination of quantitative risk assessment with syndromic surveillance (applied to West Nile virus and equine encephalosis, respectively). Combining evidence provided promising results. This work, based on risk estimations, strengthens the surveillance of VBDs in horses and can support public health decision making. It also, however, highlights the need to improve data collection and data sharing, to implement full performance assessments of complex surveillance systems, and to use effective communication and training to promote the adoption of these approaches.

Aedes aegypti est le vecteur principal de la dengue et du virus Zika. La surveillance et le contrôle vectoriels constituent des armes de première ligne pour lutter contre les arboviroses transmises par ce moustique. Dans ce cadre, cette thèse propose un modèle conceptuel (MODE) qui permet de reproduire in silico l'environnement dynamique d'Aedes aegypti aux échelles auxquelles sont organisées (échelle de la ville - MODE-macro) et menées (échelle du quartier -- MODE-micro) les campagnes de lutte anti-vectorielles. L'environnement ainsi généré peut (1) être intégré à un modèle à base d'agents qui permet alors de simuler le système pathogène complexe de la dengue ou du Zika (environnement - vecteur - hôte - virus) et (2) être utilisé pour cartographier l'aléa environnemental du risque vectoriel dans la ville. Le modèle conceptuel MODE repose sur une approche phénoménologique transposable dans le temps et dans l'espace : il peut être appliqué dans différents contextes urbains, à différentes périodes et à différentes échelles. Afin de garantir sa généricité spatio-temporelle, les modèles informatiques MODE-micro (échelle du quartier) et MODE-macro (échelle de la ville) ont été implémentés dans le but de générer des environnements dynamiques à partir de données libres ou aisément accessibles. Dans ce travail, les potentialités de MODE ont été évaluées à Delhi (Inde) et Bangkok (Thaïlande). Les connaissances issues de l'étude des relations dynamiques, multifactorielles et non-linéaires entre l’environnement et le vecteur devraient permettre d’améliorer les stratégies de surveillance et de contrôle. / Aedes aegypti is the main vector of dengue and Zika virus. Surveillance and vector control are frontline weapons in the battle against arboviruses transmitted by this mosquito. In this framework, the following thesis introduces a conceptual model (MODE) which can be used to recreate in silico the dynamical environment of Aedes aegypti at scales that match the ones at which vector control campaigns are organised (city scale - MODE-macro) and performed (neighbourhood scale - MODE-micro). The environment thus generated can be integrated with an agent-based model to simulate dengue or Zika complex pathogenic systems (environment - vector - host - virus) and can be used to map the environmental hazard of the vectorial risk in a city. The conceptual model MODE is based on a phenomenological approach that is transferable in time and space : it can be applied in different urban contexts, at different periods of time and at different scales. In order to ensure their spatio-temporal genericity, the computer models MODE-micro (neighbourhood scale) and MODE-macro (city scale) have been implemented for the purpose of generating dynamical environments using open or easily accessible data. In this thesis, MODE's potentials were assessed in Delhi (India), and Bangkok (Thailand).Knowledge resulting from the study of the dynamic, multifactorial and non-linear relationships between the environment and the vector should lead to the improvement of vector surveillance and control strategies.