La voie JAK / STAT est une voie majeure de signalisation intracellulaire, activée par plusieurs cytokines, y compris par les interférons (IFNs). Mon laboratoire a précédemment établi que l'endocytose et le trafic du récepteur de l’IFN alpha/beta (IFNAR) jusqu’à l'endosome précoce, joue un rôle clé dans l’activation de la voie de signalisation JAK/STAT et dans les activités antivirales et antiprolifératives induites par les IFNs de type I. Le récepteur de l’IFN de type I se compose de deux sous-unités: IFNAR1 et IFNAR2. Durant le trafic du récepteur vers l'endosome précoce, les deux sous-unités prennent des itinéraires différents - IFNAR1 est ubiquitiné et dégradé au lysosome tandis que IFNAR2 est recyclé vers la membrane plasmique. Les mécanismes moléculaires permettant un trafic différent des IFNAR1 et IFNAR2 restent mal compris.J’ai tout d’abord étudié le trafic intracellulaire des sous-unités IFNAR1 et IFNAR2 et j’ai pu montrer que les protéines Rab4 et Rab11 sont nécessaires au recyclage d’IFNAR2 à la membrane plasmique. Par la suite, j’ai identifié le complexe rétromère endosomal - VPS26A/VPS29/VPS35 comme un partenaire d’interaction avec IFNAR2 nécessaire pour son recyclage. En outre, j’ai montré que le complexe rétromère contrôle la séparation spatiotemporelle des sous-unités IFNAR1 et IFNAR2 au niveau de l'endosome précoce. En effet, la déplétion du complexe rétromère entraine une prolongation de l’association endosomale de deux sous-unités et une prolongation de la signalisation JAK/STAT induite par l’IFN tant pour la réponse précoce (phosphorylation de STAT1) que la réponse à plus long terme (expression des gènes stimulés par l'IFN). Des résultats en cours de publication par l’équipe montrent un rôle d’ESCRT-0 dans l’initiation de la signalisation JAK/STAT. J’ai montré que le rôle de la machinerie ESCRT dans ce processus est limité au complexe ESCRT-0. Les sous-complexes en aval d’ESCRT-0, bien que nécessaires à la dégradation d’IFNAR1, ne sont pas impliqués dans l’activation de la voie JAK/STAT.En conclusion, ces résultats nous ont permis d’établir un modèle dans lequel le retromère joue un rôle clef dans la régulation spatio-temporelle du tri endosomal d’IFNAR et de la signalisation JAK/STAT au niveau de l’endosome précoce. Après la séparation rétromère-dépendante des sous-unités du récepteur et la terminaison de la signalisation JAK/STAT, la dégradation lysosomale d’IFNAR1 est assurée par la machinerie ESCRT en aval d’ESCRT-0. / The JAK/STAT pathway is a major intracellular signaling pathway that is activated by several cytokines including interferons (IFNs). My laboratory has previously established that endocytosis and trafficking of the IFN alpha/beta receptor (IFNAR) to the early endosome is key for the activation of JAK/STAT signaling and for the antiviral and antiproliferative activities induced by type I IFNs. The functional type I IFN receptor - IFNAR - consists of two subunits: IFNAR1 and IFNAR2. Upon endocytosis to the early endosome, both subunits take different trafficking routes – IFNAR1 is ubiquitinated and degraded in the lysosome, whereas IFNAR2 recycles back to the plasma membrane. The molecular mechanisms behind the separation of IFNAR1 and IFNAR2, as well as their distinct trafficking routes remain poorly understood.First, I studied the intracellular trafficking of IFNAR1 and IFNAR2 subunits and showed the requirement for Rab4 and Rab11 in IFNAR2 recycling to the plasma membrane. Next, I identified the endosomal retromer complex – VPS26A/VPS29/VPS35 as an IFNAR2 interacting partner, required for IFNAR2 recycling. Additionally, I was able to show that retromer controls the spatiotemporal separation of IFNAR1 and IFNAR2 subunits at the early endosome. Indeed, retromer depletion resulted in prolonged endosomal association of both subunits and prolonged activation of IFN-induced JAK/STAT signaling, at both early (STAT1 phosphorylation) and longer time response (IFN-stimulated gene expression). Unpublished results of our team indicate the role of ESCRT-0 in initiation of the IFN-mediated JAK/STAT signaling. I found that role of the ESCRT machinery in this process is limited to the ESCRT-0. ESCRT subcomplexes downstream of ESCRT-0, although required for IFNAR1 degradation, are not involved in activation of the JAK/STAT pathway.In conclusion, these results permit us to draw a model in which the retromer is a key spatiotemporal regulator of IFNAR endosomal sorting and the JAK/STAT signaling at level of the early endosome. Once retromer-mediated subunits separation is accomplished and JAK/STAT signaling is terminated, ESRCT machinery downstream to ESCRT-0 mediates IFNAR1 lysosomal degradation.

L’existence d’un partage des tâches a été démontrée au sein de nombreux systèmes biologiques et ce notamment en immunologie où il a été décrit dans le contexte de différentes sous-populations d’un même type cellulaire. Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) jouent un rôle clé lors des infections virales. Les pDCs ont la capacité de sécréter de grandes quantités d’interférons de type I et de se différencier en cellules dendritiques matures capables d’activer une réponse immunitaire adaptative. Il a été proposé que ces fonctions innées et adaptatives soient séquentiellement induites après activation virale. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à ces deux fonctions principales des pDC et je suis arrivée à la description de différentes sous-populations de pDC activées : PD-L1+CD80- (P1), PD-L1+CD80+ (P2) and PD-L1-CD80+ (P3), démontrant qu’il existe un partage des tâches entre ces sous-types. P1 produit spécifiquement de l’IFN-α, indiquant une spécialisation en immunité innée, et promeut une réponse tolérogénique des cellules T CD4. Inversement, P3 induit une forte activation des cellules T CD4 naïves et une polarisation de type Th2, démontrant une spécialisation fonctionnelle dans l’immunité adaptative. P2 possède un profil fonctionnel intermédiaire. Plutôt qu’un lien séquentiel, nos résultats indiquent une exclusion réciproque des fonctions innées et adaptatives entre ces différents sous-types de pDC / Under microbial stimulation plasmacytoid pre-dendritic cells (pDC) secrete large amounts of type I interferon (IFN) and differentiate into mature dendritic cells capable of activating T cells. These innate and adaptive functions are thought to be induced sequentially in pDC through triggering of the IRF-7 and NFkB pathways, respectively. We found that viral activation of pDC induced their differentiation into three phenotypically distinct subsets: PD-L1+CD80- (P1), PD-L1+CD80+ (P2) and PD-L1-CD80+ (P3). P1 specifically produced IFN-α, indicating a specialization in innate immunity, while promoting weak activation and high IL-10 expression in CD4 T cells. Conversely, P3 showed increased expression of surface costimulatory molecules, improved migratory capacity, strong naïve CD4 T cell activation, and induction of Th2 differentiation. P2 had an intermediate functional profile. No conversion could be induced between subsets. We identified P1 in psoriatic skin, and blood from active lupus patients. Our results indicate reciprocal exclusion, rather than sequential link, of innate and adaptive pDC functions, with important implications in immune regulation and immunopathology.

Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Progression of Chlamydia into upper reproductive tract epithelium and the induction of subsequent immune responses to infection are major contributors to Chlamydia-induced pathogenesis of the genital tract. We reported that C. muridarum infection of the oviduct epithelial cells (OEs) secrete IFN-β in a TLR3 dependent manner. However, we showed that the C. muridarum infected TLR3-deficient OEs were still able to secrete minimal amounts of IFN-β into the supernatants, which is suggestive that there are other signaling pathways that contribute to Chlamydia-induced IFN-β synthesis in these cells. Previous studies describing the activation of the JAK/STAT signaling pathway during Chlamydia infection of cervical epithelial cells proposes a putative role for STAT1 in the synthesis of type I IFNs during Chlamydia infection. The present study investigated the role of STAT1 in Chlamydia-induced IFN-β production in OEs. OEs were infected with Chlamydia muridarum and analyzed at 24 hours by RT-PCR and western blot to determine STAT1 expression. STAT (-/-) OEs were infected and IFN-β production measured by ELISA. Quantitative real-time PCR analyses were performed at 6 and 16 hour post-infection to elucidate the mechanisms involved in IFN-β production during infection. Fluorescent microscopy was used to observe changes in Chlamydia replication. STAT1 activation and expression were significantly increased in wild-type (WT) OEs upon infection. TLR3 (-/-) OEs showed diminished STAT1 protein activation and expression. Augmented STAT1 protein expression corresponded to STAT1 mRNA levels. ELISA analyses revealed significantly less IFN-β production in infected STAT1 (-/-) OEs compared to WT OEs. Quantitative real-time PCR data showed that gene expression of IFN-β and of type I IFN signaling components were significantly increased during late stage Chlamydia infection, dependent on STAT1. Temporal regulation and increases in expression of IFN-α subtypes during infection were STAT1-dependent. Our results implicate STAT1-mediated signaling as a contributor to the C. muridarum-induced synthesis of IFN-β and other type I IFNs in OEs. We previously described a major role for TLR3 in the early-stage Chlamydia-induced synthesis of IFN-β in OEs; the results from this study suggest a role for STAT1 in the synthesis of type I IFNs that occurs during early and late stages of infection.

Cette thèse, consacrée aux myopathies inflammatoires, démontre le rôle dans les maladies auto-immunes des Toll-like récepteurs (TLRs), véritable passerelle entre immunité innée et adaptative, et plus spécifiquement dans le muscle, le rôle fondamental de la cellule musculaire elle-même. Après une présentation globale des myopathies inflammatoires et des différents aspects immunopathologiques, la réponse immunitaire adaptative est abordée en rapportant notamment dans le muscle des myopathies inflammatoires une accumulation de cellules dendritiques matures, et la présence des lymphocytes Th1 et Th17, avec un profil prépondérant Th1. L’implication de l’immunité innée est démontrée in vivo par l’expression musculaire des TLR3 et 7, et des C-type lectin récepteurs, spécifique des myopathies inflammatoires. In vitro, l’activation de la voie TLR3 induit la production par les cellules musculaires d’IL6, de la βchémokine CCL20, contribuant au recrutement et à la différentiation des cellules dendritiques et lymphocytes T, et de l’IFNβ qui participe à la surexpression des antigènes HLA de classe I. Les mécanismes de régulation impliquent une balance cytokinique Th1 et Th17. Finalement, l’importance des précurseurs musculaires immatures est soulignée. Contrairement au tissu musculaire normal, une surexpression des antigènes HLA de classe I, des TLRs, des auto-antigènes et de l’IFNβ, par les précurseurs musculaires immatures, est caractéristique des myopathies inflammatoires. Le rôle central de ces cellules musculaires immatures à potentiel de régénération pourrait expliquer un défaut de réparation associé au processus auto-immun de destruction musculaire. / This thesis, devoted to the inflammatory myopathies, is demonstrating the potential role in autoimmune disorders of Toll-like receptors (TLRs), gateway between innate and adaptive immune system, and more specifically in muscular diseases the fundamental role of muscle cell it-self. After the presentation of the general clinical features and the immunopathology of inflammatory myopathies, the adaptive immune response is the subject of the second part,demonstrating the abnormal accumulation of mature dendritic cells in myositis muscle, and the presence of Th1 and Th17 cells with a predominant Th1 profile. Innate immune system is next investigated, demonstrating the overexpression of TLR3 and 7 and of C-type lectin receptors characteristic of inflammatory myopathies. In vitro, stimulation of the TLR3 pathway in human myoblasts induces the production of IL6 and of the βchemokine CCL20, which in turn participate to the differentiation and the migration of T cells and dendritic cells, and of IFNβ which contributes to HLA class I up-regulation. The expression of TLR3 is differentially regulated by Th1 and Th17 cytokines. Finally, this work strongly implicates immature myoblast precursors in the pathogenesis of inflammatory myopathies. In contrast to normal muscle tissue, myositis tissue is characterized by the overexpression of HLA class I antigens, TLR3 and TLR7, myositis autoantigens, and IFNβ, all observed in immature myoblast precursors. By focusing damage onto those cells accomplishing repair, a feedforward loop of tissue damage is induced and could explain the defective repair in muscle in addition to the autoimmune attack.

Le syndrome de Sjögren primitif (SSp) est une maladie auto-immune (MAI) systémique ayant des caractéristiques communes avec le lupus érythémateux. Ces caractéristiques incluent des mécanismes physiopathologiques et des facteurs de predispositions génétiques. Notre équipe et d’autres groupes ont pu mettre en evidence une signature interféron (IFN) dans les glandes salivaires et les PBMCs de patients ayant un SSp. Cette découverte a permis de mettre en évidence de nouvelles voies à explorer dans la pathogénie du SLE et SSp en permettant la focalisation des recherches sur le rôle de l’immunité innée et de la voie IFN.Nous avons confirmé le rôle de 2 gènes importants dans le SSp, impliqués dans les voies des IFN. Le premier est IRF5 sur la voie IFN de type I et STAT4 sur la voie IFN de type II. Nous avons pu mettre en évidence une fonctionnalité de l’allèle à risque d’IRF5 (Polymorphisme Indel situé dans le promoteur). Concernant STAT4, son expression n’était pas altérée par le SNP associé à la maladie. Toutefois, l’ARNm de STAT4 était corrélé à l’expression des gènes IFN de type I. Les dérégulations épigénétique pourraient jouer un rôle important dans la pathogénie de nombreuses MAI, en particulier la méthylation de l’ADN qui est hautement liée à l’extinction de l’expression des gènes. Nous avons étudié la méthylation du promoteur d’IRF5 et nous n’avons pas trouvé de régulation de ce promoteur par le méthylation. Une analyse de la méthylation avec une approche globale du méthylome est en cours dans notre équipe et permettra d’identifier de gènes cibles d’une dérégulation épigénétique pouvant être impliqués dans les MAI.Nous avons essayé de comprendre la relation entre STAT4 et gènes IFN de type I. Ainsi, nous rapportons que l’IL-12 induit spécifiquement l’IFN de type I par intéraction entre deux partenaires cellulaires, les lymphocytes T CD4+ et les cellules dendritiques plasmacytoïdes. Ces résultats pourraient expliquer l’implication des polymorphismes de STAT4 dans les MAI dépendantes de l’IFN de type I. Ces résultats suggèrent également que les MAI dépendantes des IFN de type I et II ne s’opposent pas. Elles seraient seulement le Yin et le Yang d’un facteur d’activation commun, STAT4, capable d’induire les IFNs de type I et II. / Primary Sjögren’s syndrome (pSS) is a systemic autoimmune disease (AID) that presents similar characteristics to systemic lupus erythematosus. These characteristics include pathophysiology and genetic factors. Our team and other groups have highlighted an interferon (IFN) signature in salivary glands and PBMCs from patients with Sjögren syndrome. This signature demonstrates new pathways in pSS and lupus, focusing research on innate immunity and in the IFN pathway.We have confirmed the implication of 2 genes in the pSS, and these genes are involved in the IFN pathway. The first gene is IRF5 which is in the type I IFN pathway and the second is STAT4 which is in the type II IFN pathway. We have shown a functional consequence of IRF5 at-risk allele. Regarding STAT4, the associated SNP did not altered STAT4 mRNA expression but was highly correlated with type I IFN genes expression.The epigenetic deregulation could play a triggering role in autoimmune diseases, particularly through DNA methylation which is highly implicated in the suppression of gene expression. We studied the methylation of IRF5 promoter and found no methylation. Our team is currently undertaking a global approach with methylome analysis. This methylome study will assess specific gene methylation patterns and will allow a better understanding of the role of these genes in autoimmune diseases.We further demonstrated that IL-12 specifically induces a type I IFN signature through a CD4+ T cells and pDCs crosstalk. These results could explain the implication of STAT4 polymorphism not only in type II IFN-dependent AIDs but also in type I IFN-dependent AIDs. Our data confirm that type I IFN- and type II IFN-mediated AIDs do not have to be opposed. They are only the yin and the yang of a common STAT4 activation which may induce secretion of both cytokines.

Chez la souris, les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) et natural killer (NK) contribuent à la résistance contre les infections systémiques par les virus herpétiques tels que le cytomégalovirus murin (MCMV). Les pDC représentent la source majeure d’interférons de type I (IFN-I) lors d’une infection par le MCMV. Cette réponse est dépendante de MyD88 et des récepteurs de type Toll 7 et 9. D’autre part, les cellules NK, qui expriment le récepteur d’activation Ly49H, peuvent détecter et lyser les cellules infectées par le MCMV. La perte de l’une de ces réponses augmente la sensibilité à l’infection. Cependant, la façon dont ces réponses antivirales interagissent est mal connue. Chez l’homme, bien que les réponses dépendantes des IFN-I soient essentielles, MyD88 semble superflu pour l’immunité antivirale. Cependant, les mécanismes susceptibles de compenser l’absence de MyD88 chez l’homme sont inconnus. Il a été supposé que les souris déficientes pour MyD88 ne parvenaient pas à monter de réponse protectrice dépendante des IFN-I lors d’infections par le MCMV. Afin d’évaluer cela, nous avons comparé la résistance de souris déficientes pour MyD88, les récepteurs aux IFN-I (IFNAR) et/ou Ly49H lors de cette infection. La déplétion sélective des pDC ou l’absence de MyD88 diminue drastiquement la production d’IFN-I, mais n’empêche pas l’établissement d’une forte réponse aux IFN-I dans la rate. De plus, l’absence de MyD88, mais pas celle d’IFNAR, peut être compensée par l’activité antivirale des cellules NK dépendant de Ly49H. Par conséquent, chez la souris, MyD88 est redondant pour l’établissement d’une réponse splénique aux IFN-I lors d’une infection systémique par le MCMV. / In mice, plasmacytoid dendritic cells (pDC) and natural killer (NK) cells both contribute to resistance to systemic infections with herpes viruses including mouse Cytomegalovirus (MCMV). pDCs are the major source of type I IFN (IFN-I) during MCMV infection. This response requires pDC-intrinsic MyD88-dependent signaling by Toll-Like Receptors 7 and 9. Provided that they express appropriate recognition receptors such as Ly49H, NK cells can directly sense and kill MCMV-infected cells. The loss of any one of these responses has been reported to increase susceptibility to infection. However, the relative importance of these antiviral immune responses and how they are related remain unclear. In humans, while IFN-I responses are essential, MyD88 appears to be dispensable for antiviral immunity. However, the mechanisms that could compensate MyD88 deficiency in humans have not been elucidated. Moreover, it has been assumed, but not proven, that MyD88-deficient mice fail to mount protective IFN-I responses to systemic herpes virus infections. To address these issues, we compared resistance to MCMV infection between mouse strains deficient for MyD88, the IFN-I receptor (IFNAR) and/or Ly49H. We show that selective depletion of pDC or genetic deficiencies for MyD88 drastically decreased production of IFN-I, but not the protective antiviral responses mediated by these cytokines. Moreover, MyD88, but not IFNAR, deficiency could be compensated by Ly49H mediated antiviral NK cell responses. Thus, contrary to the current dogma, but consistent with the situation in humans, we conclude that, in mice, MyD88 is redundant for splenic IFN-I responses against a systemic herpes virus infection.

Le virus Lassa (LASV) induit une fièvre hémorragique chez l’homme et est responsable de 3 000 à 5 000 décès par an. Aucun vaccin ou traitement efficace contre LASV n’est disponible, et les mécanismes de pathogenèse de la fièvre de Lassa sont encore mal compris. Des études chez l’homme et le primate suggèrent que la réponse interféron de type I (IFN-I) et de la réponse T sont critiques pour la survie de l’hôte. Nous nous sommes intéressés à la réponse des cellules dendritiques (DC) à LASV, car elles peuvent à la fois produire des IFN-I et induire la réponse T. Nous avons étudié les DC plasmacytoïdes (pDC), spécialisées dans la réponse IFN-I, et les DC myéloïdes (mDC), présentatrices d’antigènes. Nous avons montré que les pDC et les mDC ne sont pas productivement infectées par MOPV et LASV. Les pDC produisent des quantités importantes d’IFN-I en réponse à MOPV, mais pas à LASV. Les mDC sont activées et produisent des IFN-I en réponse à MOPV mais aussi à LASV. Cependant, seules les mDC infectées par MOPV sont capables d’activer des lymphocytes T. De plus, la présence de lymphocytes T inhibe complètement l’activation des mDC infectées par LASV. Ces différences entre les mDC infectées par MOPV et LASV dépendent de la nucléoprotéine de LASV, qui est connue pour ses propriétés immunosuppressives, mais aussi de la glycoprotéine. En résumé, nous avons obtenu des différences de réponse à l’infection par MOPV ou LASV chez les pDC et les mDC. Ces cellules pourraient avoir un rôle essentiel in vivo dans la réponse globale à LASV, et donc dans l’issue de la fièvre de Lassa / Lassa virus (LASV) is responsible for a viral haemorrhagic fever in humans and the death of 3,000 to 5,000 people every year. There is currently no vaccine or treatmentavailable against LASV, and its pathogenesis is not completely understood yet. According to studies on humans and primates, type I interferon (IFN-I) and T cell responses appear to be critical for the host. We studied the response of dendritic cells (DC) to LASV, as DC are involved in both IFN-I production and T cell activation. We compared the response of primary human DC to LASV and Mopeia virus (MOPV), which is similar to LASV, but non-pathogenic.We focused on plasmacytoid DC (pDC), specialized in IFN-I production, and myeloid DC (mDC), specialized in antigen presentation. We showed that neither pDC nor mDC were productively infected by LASV and MOPV. pDC infected with MOPV produced large amounts of IFN-I, whereas pDC infected with LASV did not. mDC produced substantial amounts of IFN-I in response to both LASV and MOPV. However, only MOPV-infected mDC were able to activate T cells. More surprisingly, coculture with T cells completely inhibited the activation of LASV-infected mDC. These differences between LASV- and MOPV-infected mDC were mostly due to LASV nucleoprotein, which has major immunosuppressive properties, but the glycoprotein was also involved. Overall, these results showed differences in pDC and mDC response to MOPV and LASV. Therefore, both pDC and mDC may be important for the global response to LASV in vivo, and play a role in the outcome of Lassa fever

<p>In sera remitted for anti-nuclear antibody (ANA) analysis, the supplement of a sensitive anti-SSA/Ro ELISA to the conventional ANA screening by immunofluorescence (IF) revealed that one fourth of the individuals with IF-ANA negative, but SSA/Ro ELISA positive sera, had systemic lupus erythematosus (SLE) or cutaneous LE. Consequently, adding a sensitive anti-SSA/Ro ELISA to the ANA screening is valuable for the serological detection of ANA negative SLE/LE patients.</p><p>SLE patients often have measurable interferon-alpha (IFN-α) levels in serum, and IFN-α treatment of patients with non-autoimmune diseases can induce SLE. Thus, the type I IFN system seems to be important in SLE and was therefore investigated. Initially, a decreased IFN-α producing capacity, due to a 70-fold reduction in the number of circulating natural IFN-α producing cells (NIPC), was noted in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from SLE patients. SLE-sera contained an endogenous IFN-α inducing factor (SLE-IIF), consisting of IgG and DNA in the form of small immune complexes (300-1000 kD). The SLE-IIF selectively activated NIPC and was more common in sera from patients with active disease compared to individuals with inactive disease. IFN-α producing cells could be detected by immunohistochemistry in both lesional and unaffected skin from SLE patients, and IFN-α gene transcription could be verified by in situ hybridisation in some of the skin biopsies. A reduced number of NIPC, detected by expression of the blood dendritic cell antigen (BDCA)-2, was noted among SLE-PBMC. The IFN-α production triggered by SLE-IIF in SLE-PBMC was inhibited by monoclonal antibodies (mAbs) to BDCA-2 and markedly decreased by anti-BDCA-4 mAbs. </p><p>The observations in the present thesis may explain the ongoing IFN-α production in SLE patients, indicate an important role for the activated type I IFN system in the pathogenesis, and suggest that direct targeting of SLE-NIPC may constitute a new therapeutic principle in SLE.</p>

In sera remitted for anti-nuclear antibody (ANA) analysis, the supplement of a sensitive anti-SSA/Ro ELISA to the conventional ANA screening by immunofluorescence (IF) revealed that one fourth of the individuals with IF-ANA negative, but SSA/Ro ELISA positive sera, had systemic lupus erythematosus (SLE) or cutaneous LE. Consequently, adding a sensitive anti-SSA/Ro ELISA to the ANA screening is valuable for the serological detection of ANA negative SLE/LE patients. SLE patients often have measurable interferon-alpha (IFN-α) levels in serum, and IFN-α treatment of patients with non-autoimmune diseases can induce SLE. Thus, the type I IFN system seems to be important in SLE and was therefore investigated. Initially, a decreased IFN-α producing capacity, due to a 70-fold reduction in the number of circulating natural IFN-α producing cells (NIPC), was noted in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) from SLE patients. SLE-sera contained an endogenous IFN-α inducing factor (SLE-IIF), consisting of IgG and DNA in the form of small immune complexes (300-1000 kD). The SLE-IIF selectively activated NIPC and was more common in sera from patients with active disease compared to individuals with inactive disease. IFN-α producing cells could be detected by immunohistochemistry in both lesional and unaffected skin from SLE patients, and IFN-α gene transcription could be verified by in situ hybridisation in some of the skin biopsies. A reduced number of NIPC, detected by expression of the blood dendritic cell antigen (BDCA)-2, was noted among SLE-PBMC. The IFN-α production triggered by SLE-IIF in SLE-PBMC was inhibited by monoclonal antibodies (mAbs) to BDCA-2 and markedly decreased by anti-BDCA-4 mAbs. The observations in the present thesis may explain the ongoing IFN-α production in SLE patients, indicate an important role for the activated type I IFN system in the pathogenesis, and suggest that direct targeting of SLE-NIPC may constitute a new therapeutic principle in SLE.

Afin de se répliquer et de se propager efficacement, les virus ont développé de multiples stratégies leur permettant d’échapper au système de défense innée : le système IFN de type I. Ce travail de thèse a alors consisté à étudier les interactions entre protéines virales et protéines de ce système de défense afin de mieux comprendre les mécanismes de subversion virale et d’identifier d’éventuelles cibles cellulaires thérapeutiques. La reconstruction d’un réseau d’interactions entre ces protéines nous a permis d’identifier des stratégies différentielles de subversion pour 4 familles virales et de montrer un ciblage massif et significatif des protéines du système IFN de type I par les virus. Les protéines en interaction directe avec ces protéines sont également fortement touchées par les virus et sont de potentiels modulateurs du système IFN de type I. Parmi ces modulateurs, le processus biologique sur-représenté est le transport nucléocytoplasmique et la protéine KPNA1 impliquée dans ce processus a retenu notre attention. L’étude fonctionnelle de l’interaction entre la protéine KPNA1 et la protéine NS3 du VHC a montré que la protéine NS3 associée à son cofacteur NS4A inhibe partiellement la réponse IFN de type I en empêchant l’import nucléaire de STAT1. Ce phénotype pourrait résulter de la dégradation de KPNA1 par NS3/4A. Par ailleurs, l’identification de nouveaux inter-acteurs de la protéine NS1 du virus influenza par criblage double-hybride levure a révélé la protéine induite par les IFN de type I, ADAR1, comme partenaire de la protéine NS1 de multiples souches virales et nous avons montré qu'ADAR1 est un facteur pro-viral dont la fonction editing est activée par NS1 / To replicate and propagate efficiently, viruses have developed multiple strategies allowing them to escape the innatedefense system: the type I IFN system, This work of thesis then consisted in studying the interactions between viralproteins and proteins of this defence system in order to understand better the mechanisms of viral subversion andidentifY possible therapeutic cellular tatgets. The reconstruction of a network of interacting proteins involved in the typeI IFN system allowed us to identifY differentiai subversion strategies for 4 viral families and to show a massive andsignificant targeting of proteins of the type I IFN system by viruses. Proteins directly interacting with the type Iinterferon system network are also strongly targeted by viruses and are potential modulators of the type I IFN system.Among these modulators, the most tatgeted function conesponds to the transport of NLS-bearing substrates to thenucleus and the KPNAI protein involved in this process held our attention. The functional study of the interactionbetween KPNA1 and NS3 protein of the HCV showed that NS3 protein associated with its cofactor NS4A inhibitsprutially the type I IFN response by preventing the nuclear translocation of ST A Tl. This phenotype could result fromthe degradation of KPNAI by NS3/4A. Besides, the identification of new cellular prutners ofNS 1 prote in of influenzavirus by yeast two-hybrid screens revealed ADARI, an interferon-stimulated prote in, as partner of NS 1 of ali testedvirus strains and we showed that ADARI is an essential host factor for viral replication and its editing function isactivated by NS 1 protein