Made available in DSpace on 2014-06-12T15:02:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3035_1.pdf: 6293152 bytes, checksum: 9480487bffe7ac5c1979371aaef8096a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Galhas são crescimentos diferenciados do tecido vegetal induzidos por diferentes agentes como vírus, bactérias, fungos, nematóides, ácaros e insetos, podendo ocorrer em diferentes órgãos da planta. Estudos sobre insetos indutores de galha e plantas hospedeiras tem se concentrado mais em vegetações de Cerrado e Restinga, sendo poucos os registros para o semiárido brasileiro. Assim, o presente estudo busca registrar a ocorrência de galhas em espécies de Euphorbiaceae no Parque Nacional do Catimbau, PE, Brasil. Três gêneros de Euphorbiaceae (Croton, Cnidoscolus e Jatropha), foram investigados quanto à presença e ausência de galhas, por um período de dois anos, com visitas periódicas em quatro áreas do Parque (Trilha Pedra da Concha, Trilha Pedra do Camelo, Trilha Pedra da Igrejinha e Casa de Farinha). No total foram amostrados 1.600 indivíduos e a presença de galhas foi registrada em média para 31% deles. As espécies de Cnidoscolus foram as mais atacadas por insetos galhadores, seguido das espécies de Croton. Por outro lado, não foi registrada a ocorrência de galhas nas espécies de Jatropha em nenhuma das áreas de estudo durante o período de observações. Entre as espécies de Cnidoscolus, C. vitifolius foi a mais galhada (71%), enquanto para as espécies de Croton, C. adamantinus apresentou maior abundância de galhas (56%). As variações na ocorrência de galhas entre as diferentes áreas e espécies indicam a necessidade de estudos complementares, levando-se em conta outras variáveis que podem interferir nos padrões de distribuição desses insetos

O gênero Croton possui aproximadamente 1300 espécies amplamente distribuídas em zonas tropicais e subtropicais do novo e velho mundo e é o segundo maior gênero de Euphorbiaceae. No presente trabalho, foram analisadas a composição e a morfologia das ceras foliares cuticulares de 13 espécies de Croton. Para a maioria das espécies, foram amostrados três indivíduos. A morfologia das ceras foi analisada por microscopia eletrônica de varredura. Diversos tipos de depósitos cerosos foram observados (amorfos, plaquetas, grânulos), principalmente na face adaxial e caracterizando grupos de espécies. A observação dos padrões de depósitos cerosos de várias espécies foi prejudicada na face abaxial, devido à alta densidade de tricomas. As ceras foram extraídas por três imersões consecutivas das folhas em diclorometano e a separação das classes dos constituintes foi feita por cromatografia em camada delgada preparativa. A análise da distribuição dos constituintes foi realizada por cromatografia a gás acoplada a espectrometria de massas. n-Alcanos e álcoois primários foram detectados em todos os indivíduos analisados. Triterpenos também são muito comuns, não tendo sido detectados em apenas uma espécie. Os esteroides são constituintes raros nas espécies analisadas. Os resultados da distribuição de n-alcanos, álcoois primários e triterpenos foram utilizados para o estabelecimento de afinidades químicas por meio de análises de agrupamento pelo método UPGMA, empregando-se distâncias euclidianas (n-alcanos e álcoois) e coeficiente de DICE (triterpenos), baseando-se na distribuição de cada classe de constituinte isoladamente e combinando-se as distribuições de n-alcanos e álcoois primários. Não se notou congruência entre as topologias dos dendrogramas de afinidades químicas e a filogenia molecular do gênero. Observou-se coerência entre algumas afinidades químicas e características morfológicas, como tipos de tricomas foliares e presença de glândulas peciolares. A distribuição de n-alcanos, álcoois primários e triterpenos mostraram-se úteis como caracteres da maioria das espécies analisadas. Entre os constituintes analisados, distribuição de álcoois primários revelou-se o melhor marcador para a caracterização de espécies. A variação intraespecífica, no entanto, impede que esses caracteres sejam úteis como marcadores taxonômicos de algumas espécies de Croton / Croton comprises nearly 1300 species distributed in tropical and subtropical areas of either the New or Old Worlds, making up the largest genus of Euphorbiaceae. In the present work, the chemical composition and the morphology of the foliar cuticular waxes of 13 species of Croton were analized. Three individuals were sampled for analyses of most species. The morphology of the waxes was analyzed by scanning electron microscopy. Several types of wax deposits were observed (amorph, platlets, granules), chiefly on the adaxial side, characterizing groups of species. The observation of wax deposits on the abaxial side was hampered in several species due to the high density of trichomes. The cuticular wax was extracted by three successive immersions of the leaves in dichloromethane, and the separation of the constituent classes was achieved by preparative thin layer chromatography. The analyses of the distribution of the constituents were performed by gas chromatography coupled to mass spectrometry. n-Alkanes and primary alcohols were detected in all analyzed individuals. Triterpenes were also very common, having not been detected in only one species. Steroids are rare constituents in the analyzed species. The results of the distribution of n-alkanes, primary alcohols and triterpenes were used for the establishment of chemical affinities using cluster analysis by the UPGMA method and Euclidean distances (n-alkanes and alcohols) and DICE coefficient, based on the distribution of each constituent class alone and combining the distribution of n-alkanes and primary alcohols. No congruence was noted between the topologies of the dendrograms of chemical affinity and the molecular phylogeny of the genus. Coherence was observed between chemical affinities and morphologic characteristics, such as types of foliar trichomes and petiolar glands. The distribution of n-alkanes, primary alcohols and triterpenes were shown to be useful as characters for most analyzed species. Among the constituents analyzed, the distribution of primary alcohols was the best marker for species characterization. Intraspecific variation, however, precludes the use of these characters as taxonomic markers of some Croton species

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cultivation of Yerba-mate (Ilex paraguariensis) has intensified in the state of Rio Grande do Sul, due to the valorization of the price paid to the producer. However, the demand for studies related to the pathosystem Fusarium x yerba-mate is still insufficient, so that many producers have faced significant losses in the production of the plantations. Given the above, the aim of this study was to characterize the causal agent of rot-of-roots in Yerba-mate (I. paraguariensis). The following specific objectives were established: a) to select efficient morphological characters in the separation of the pathogenic isolates by groups of similarity b) to evaluate the sequencing of different regions of the genome in the identification of the pathogenic isolates at a species level c) to identify the formation of vegetative compatibility groups (VCG) among the pathogenic isolates d) to investigate the enzymatic arsenal of the pathogenic isolates. Therefore, samples were taken in five municipalities of the state, for the pathogen isolation. In addition, soil samples were collected for the area characterization and also for the geo-referencing of collection points. Fusarium spp. isolates were tested for their pathogenicity through substrate inoculation. It was not possible to associate the chemical properties of the soil of the collected areas with the pathogenicity of the isolates in commercial substrates. The 39 isolates were morphologically characterized through the variables of mycelial growth, sporulation, length and width of macroconidia, shape of microconidia, pigmentation of the colonies and formation of chlamydospores. The variables used in the morphological characterization were efficient in the discrimination for seven groups of isolates, especially length of macroconidia associated with sporulation. There were identified seven pathogenic isolates of Fusarium spp. The pathogenic isolates were also identified molecularly by sequencing the ITS, TEF-1 and β-tubulin regions. The sequencing of the ITS, TEF-1α and β-tubulin regions, consolidated the separation between the pathogenic isolates in F. solani and F. oxysporum. For the same isolates, the technique to obtain nit mutants is suitable for henotypic classification, which is fundamental in the VCG tests for Fusarium species. Five VCGs were obtained. The pathogenic isolates of Fusarium spp. produced extracellular enzymes catalase, laccase, cellulase, caseinase, amylase, protease, lipase, polygalacturonase and pectate lyase. / O cultivo da erva-mate (Ilex paraguariensis) tem se intensificado no estado do Rio Grande do Sul, fruto da valorização do preço pago ao produtor. Conduto, a demanda de estudos relacionados ao patossistema Fusarium x erva-mate ainda são insuficientes, de modo que muitos produtores têm enfrentado perdas significativas na produção dos ervais. Diante do exposto, o objetivo geral deste trabalho foi caracterizar o agente causal da podridão-de-raízes da erva-mate (I. paraguariensis). Como objetivos específicos estabeleceram-se os seguintes: a) selecionar caracteres morfofisiológicos eficientes na separação dos isolados em grupos de similaridade; b) avaliar o sequenciamento de diferentes regiões do genoma na identificação dos isolados patogênicos em nível de espécie; c) identificar a formação de grupos de compatibilidade vegetativa (VCG) entre os isolados patogênicos; d) investigar o arsenal enzimático dos isolados patogênicos. Para tanto, foram realizadas coletas em cinco municípios do estado, para isolamento do patógeno. Além disso, foram coletadas amostras de solo para a caracterização da área e também o georreferenciamento dos pontos de coleta. Os isolados de Fusarium spp., foram testados quanto a sua patogenicidade através da inoculação em substrato. Não foi possível associar as propriedades químicas do solo das áreas de coleta com a patogenicidade dos isolados em substrato comercial. Os 39 isolados foram caracterizados morfologicamente através das variáveis crescimento micelial, esporulação, comprimento e largura dos macroconídios, formato dos microconídios, pigmentação das colônias e formação de clamidósporos. As variáveis utilizadas na caracterização morfológica foram eficientes na discriminação em sete grupos de isolados, especialmente comprimento dos macroconídios associado a esporulação. Foram identificados sete isolados patogênicos de Fusarium spp. Os isolados patogênicos também foram identificados molecularmente através de sequenciamento das regiões do gene ITS, TEF-1 e β-tubulina. O sequenciamento das regiões ITS, TEF-1α e β-tubulina, consolidou a separação entre os isolados patogênicos em F. solani e F. oxysporum. Para os mesmos isolados a técnica para obtenção de mutantes nit é adequada para a classificação fenótipica, fundamentais nos testes de VCG para espécies de Fusarium. Foram obtidos cinco VCG‟s. Os isolado patogênicos de Fusarium spp. produziram as enzimas extracelulares catalase, lacase, celulase, caseinase, amilase, protease, lipase, poligalacturonase e pectato liase.

O gênero Croton possui aproximadamente 1300 espécies amplamente distribuídas em zonas tropicais e subtropicais do novo e velho mundo e é o segundo maior gênero de Euphorbiaceae. No presente trabalho, foram analisadas a composição e a morfologia das ceras foliares cuticulares de 13 espécies de Croton. Para a maioria das espécies, foram amostrados três indivíduos. A morfologia das ceras foi analisada por microscopia eletrônica de varredura. Diversos tipos de depósitos cerosos foram observados (amorfos, plaquetas, grânulos), principalmente na face adaxial e caracterizando grupos de espécies. A observação dos padrões de depósitos cerosos de várias espécies foi prejudicada na face abaxial, devido à alta densidade de tricomas. As ceras foram extraídas por três imersões consecutivas das folhas em diclorometano e a separação das classes dos constituintes foi feita por cromatografia em camada delgada preparativa. A análise da distribuição dos constituintes foi realizada por cromatografia a gás acoplada a espectrometria de massas. n-Alcanos e álcoois primários foram detectados em todos os indivíduos analisados. Triterpenos também são muito comuns, não tendo sido detectados em apenas uma espécie. Os esteroides são constituintes raros nas espécies analisadas. Os resultados da distribuição de n-alcanos, álcoois primários e triterpenos foram utilizados para o estabelecimento de afinidades químicas por meio de análises de agrupamento pelo método UPGMA, empregando-se distâncias euclidianas (n-alcanos e álcoois) e coeficiente de DICE (triterpenos), baseando-se na distribuição de cada classe de constituinte isoladamente e combinando-se as distribuições de n-alcanos e álcoois primários. Não se notou congruência entre as topologias dos dendrogramas de afinidades químicas e a filogenia molecular do gênero. Observou-se coerência entre algumas afinidades químicas e características morfológicas, como tipos de tricomas foliares e presença de glândulas peciolares. A distribuição de n-alcanos, álcoois primários e triterpenos mostraram-se úteis como caracteres da maioria das espécies analisadas. Entre os constituintes analisados, distribuição de álcoois primários revelou-se o melhor marcador para a caracterização de espécies. A variação intraespecífica, no entanto, impede que esses caracteres sejam úteis como marcadores taxonômicos de algumas espécies de Croton / Croton comprises nearly 1300 species distributed in tropical and subtropical areas of either the New or Old Worlds, making up the largest genus of Euphorbiaceae. In the present work, the chemical composition and the morphology of the foliar cuticular waxes of 13 species of Croton were analized. Three individuals were sampled for analyses of most species. The morphology of the waxes was analyzed by scanning electron microscopy. Several types of wax deposits were observed (amorph, platlets, granules), chiefly on the adaxial side, characterizing groups of species. The observation of wax deposits on the abaxial side was hampered in several species due to the high density of trichomes. The cuticular wax was extracted by three successive immersions of the leaves in dichloromethane, and the separation of the constituent classes was achieved by preparative thin layer chromatography. The analyses of the distribution of the constituents were performed by gas chromatography coupled to mass spectrometry. n-Alkanes and primary alcohols were detected in all analyzed individuals. Triterpenes were also very common, having not been detected in only one species. Steroids are rare constituents in the analyzed species. The results of the distribution of n-alkanes, primary alcohols and triterpenes were used for the establishment of chemical affinities using cluster analysis by the UPGMA method and Euclidean distances (n-alkanes and alcohols) and DICE coefficient, based on the distribution of each constituent class alone and combining the distribution of n-alkanes and primary alcohols. No congruence was noted between the topologies of the dendrograms of chemical affinity and the molecular phylogeny of the genus. Coherence was observed between chemical affinities and morphologic characteristics, such as types of foliar trichomes and petiolar glands. The distribution of n-alkanes, primary alcohols and triterpenes were shown to be useful as characters for most analyzed species. Among the constituents analyzed, the distribution of primary alcohols was the best marker for species characterization. Intraspecific variation, however, precludes the use of these characters as taxonomic markers of some Croton species

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo127_1.pdf: 5135920 bytes, checksum: 7ce3b83de0b3c66828d195aba8d141ea (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Araceae pertence às monocotiledôneas estimando-se que inclua cerca de 3.500 espécies e 105 gêneros, com ampla distribuição mundial, exceto na Antártida. O gênero Anthurium Schott concentra o maior número de espécies (ca. de 800), seguido de Philodendron Schott que inclui cerca de 400 espécies, no qual concentra-se a maioria das análises deste trabalho. A presente avaliação inclui análises citogenéticas de 40 espécies da família Araceae, enquanto 19 espécies foram amostradas pela primeira vez através de marcadores moleculares (DNA Amplification Fingerprinting DAF). Coletas incluíram áreas de floresta amazônica (estados de Manaus e Pará) e de Mata Atlântica incluindo quatro estados brasileiros (Alagoas, Bahia, Minas Gerais e Pernambuco). Para 32 espécies tratam-se das primeiras informações citológicas. O número cromossômico 2n=32 foi observado em 21 espécies, seguido por 2n=34 em oito espécies. O número 2n=30 foi observado apenas em quatro espécies, porém, o mais incomum foi o número 2n=46, observado numa única espécie. Quanto à morfologia cromossômica, observou-se uma conservação entre as populações da maioria das espécies estudadas, com predominância de pares submetacêntricos e metacêntricos, com poucos acrocêntricos. Com base nas atuais análises e em dados da literatura, a disploidia parece ser o principal mecanismo citoevolutivo, sobretudo em Philodendron, o qual pode ser considerado como um gênero paleopoliplóide. Em 13 espécies, a coloração com fluorocromos, antes ou após o tratamento para bandeamento C, evidenciou variações qualitativas (CMA3/DAPI e CB-CMA3 Palavras-chave: Araceae, Cromossomos, Disploidia, Hibridização, Fluorocromos, DNA Amplification Fingerprinting, UPGMA. /DAPI, respectivamente), quantitativas e de posição da heterocromatina constitutiva, revelando tratar-se de um importante marcador carioevolutivo. A impregnação argêntica revelou a variação da quantidade de nucléolos em quatro espécies, que apresentaram no máximo quatro, seis ou oito nucléolos. O presente trabalho apresenta também os primeiro dados com técnicas de bandeamento para Philodendron e Anthurium (e para a família Araceae), assim como hibridização in situ fluorescente (FISH) com sonda de DNAr 45S para A. gracile. Polimorfismos revelados pelo marcador DAF e analisados pelo método de UPGMA permitiram uma distinção entre os 16 taxa analisados, com níveis significativos de polimorfismo. Dendrogramas gerados por esta metodologia foram consistentes com informações taxonômicas e dados populacionais. As relações intra, interespecíficas e intergenéricas (Philodendron e Dieffenbachia) são discutidas, revelando possíveis tendências evolutivas

ABSTRACT GENETIC VARIABILITY IN HYDRASTIS CANADENSIS L. USING RAPD ANALYSIS FEBRUARY 2009 KERRY J. KELLEY, B.A. MOUNT HOLYOKE COLLEGE M.A. UNIVERSITY OF MASSACHUSETTS AMHERST Directed by: Professor Lyle Craker Hydrastis canadensis L. (goldenseal) is an endangered perennial wildflower species native to eastern North America. In this study, several populations of goldenseal, (both cultivated and wild type) were analyzed for genetic variability. The samples were collected from plant populations in North Carolina, Ohio, Pennsylvania and West Virginia and preserved using silica gel during collection. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis technique was used to generate DNA profiles from individual plants and to estimate genetic variability between groups (cultivated and wild type), among populations within groups and within populations using analysis of molecular variance (AMOVA) and a UPGMA clustering phenogram. Our results demonstrate that the bulk of genetic diversity may be within and among populations, but not between groups. This indicates the need for preservation and conservation efforts at the population level. The next step would be to study goldenseal populations more in depth for underlying causes of the genetic variability observed in this study. Further study of genetic variability with different molecular markers may be needed to clarify the level of diversity for the species at the group level. Increased knowledge of genetic variability and the identification of accessions of goldenseal would prove useful for reintroduction and cultivation strategies.

Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2017-07-13T15:07:00Z No. of bitstreams: 1 KarlaNCP_DISSERT.pdf: 638720 bytes, checksum: c091bd3e3df559a4dc01158993bce89b (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-07-18T15:08:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 KarlaNCP_DISSERT.pdf: 638720 bytes, checksum: c091bd3e3df559a4dc01158993bce89b (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-07-18T15:10:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 KarlaNCP_DISSERT.pdf: 638720 bytes, checksum: c091bd3e3df559a4dc01158993bce89b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-18T15:10:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KarlaNCP_DISSERT.pdf: 638720 bytes, checksum: c091bd3e3df559a4dc01158993bce89b (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The enormous diversity of cassava cultivars used by farmers in Brazil is partially justified by the fact that these cultivars have specific adaptations for each region and hardly a cultivar will be have in the same way in the different ecosystems. This shows the versatility and importance of conserving the genetic variability of the species, and for this main tenance there are Active Banks of Germplasms and Didactic Collections in Universities, in addition to the farmers' own contribution. One of the tools that help to identify differences among individuals is the morphological characterization, which seeks to study the external and internal structures of the plant through the acquisition of qualitative or quantitative data of inheritable characteristics. Thus, the present work aimed to analyze the genetic variability among 22 accessions of cassava belonging to the Didactic Collection of Cassava Germplasm of UFERSA by means of 37 morphological descriptors. For this, the experiment was installed in the Didactic Horta of the Federal Rural University of the Semi-Arid (UFERSA) in continuous rows spaced between 1.00 m and 0.60 m between pits. For each access, 13 pits were planted using two pits per pit with five to seven buds each. The characterization was carried out in three stages and according to the development of the plant at three months (apical leaf color, pubescence of the apical bud) at six months (leaf retention; central lobe shape; petiole color; Foliar lobe length, phylloxia length, petiole length) and at nine months (stem cortex color, stem epidermis color, external stem color, habit of stem growth, color of terminal branches of adult plants, height of plant, height of first branch, habit of branching, number of tuberous roots, number of commercial roots, extension of peduncle of root, shape of root, external color of root, root pulp color, root cortex color, cortex bark ease, root cortex thickness, number of tuberous plants per pit, fresh mass of commercial and non-commercial roots, diameter and length of the cortex, HCN content in root pulp and leaf; Brix and acidity). The hierarchical groupings of the accessions were obtained by UPGMA methods. The joint analysis of the quantitative and qualitative data for the determination of the genetic distance was based on the Gower algorithm. The relative contribution of the quantitative descriptors to the genetic divergence between the accessions was determined. We verified the formation of four groups for the quantitative variables and five for the qualitative variables. The joint analysis of the qualitative and quantitative data to determine the genetic distance, based on the algorithm of Gower, generated five groups. The descriptor that contributed the most to the genetic diversity among the accessions was the fresh mass of commercial roots (88.46%). In view of the results, the existence of genetic divergence among the accessions of cassava from the Didactic Collection of UFERSA was verified / A enorme diversidade de cultivares de mandioca que são utilizadas por agricultores no Brasil é justificada, em parte, pelo fato de que essas cultivares apresentam adaptações específicas para cada região e dificilmente uma cultivar se comportará da mesma maneira nos diferentes ecossistemas. Isso mostra a versatilidade e a importância da conservação da variabilidade genética da espécie, e para essa manutenção existem os Bancos Ativos de Germoplasmas e as Coleções Didáticas nas Universidades, além da contribuição dos próprios agricultores. Uma das ferramentas que auxiliam na identificação de diferenças entre os indivíduos é a caracterização morfológica, que busca estudar as estruturas externas e internas da planta por intermédio da obtenção de dados qualitativos ou quantitativos de características herdáveis. Assim, o presente trabalho teve como objetivo analisar a variabilidade genética entre 22 acessos de mandioca pertencentes à Coleção Didática de Germoplasma de Mandioca da UFERSA, por meio de 37 descritores morfológicos. Para tanto, o experimento foi instalado na Horta Didática da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (UFERSA) em fileiras contínuas espaçadas entre si por 1,00m e 0,60m entre covas. Para cada acesso, foram plantadas 13 covas utilizando-se duas manivas por cova com cinco a sete gemas cada. A caracterização foi realizada em três etapas e, de acordo com o desenvolvimento da planta, aos três meses (cor da folha apical; pubescência do broto apical), aos seis meses (retenção de folhas; forma do lóbulo central; cor do pecíolo; cor da folha do meio; número de lóbulos foliares; comprimento do lóbulo foliar; largura do lóbulo foliar; comprimento da filotaxia; comprimento do pecíolo) e aos nove meses (cor do córtex do caule; cor da epiderme do caule; cor externa do caule; hábito de crescimento do caule; cor dos ramos terminais das plantas adultas; altura da planta; altura da primeira ramificação; hábito de ramificação; número de raízes tuberosas; número de raízes comerciais; extensão do pedúnculo da raiz; forma da raiz; cor externa da raiz; cor da polpa da raiz; cor do córtex radicular; facilidade de descascamento do córtex; espessura do córtex radicular; número de plantas tuberosas por cova; massa fresca de raízes comerciais e não comerciais; diâmetro e comprimento do córtex; teor de HCN na polpa da raiz e na folha; brix e acidez). Os agrupamentos hierárquicos dos acessos foram obtidos pelos métodos de UPGMA. A análise conjunta dos dados quantitativos e qualitativos para a determinação da distância genética foi baseada no algoritmo de Gower. Foi determinada a contribuição relativa dos descritores quantitativos para a divergência genética entre os acessos.Verificou-se a formação de quatro grupos para as variáveis quantitativas e cinco para as qualitativas. A análise conjunta dos dados qualitativos e quantitativos para determinação da distância genética, com base no algoritmo de Gower, gerou cinco grupos. O descritor que mais contribuiu para a diversidade genética entre os acessos foi a massa fresca de raízes comerciais (88,46 %). Diante dos resultados, constatou-se a existência de divergênica genética entres os acessos de mandioca da Coleção Didática da UFERSA / 2017-07-13

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-03-22T13:26:29Z No. of bitstreams: 1 fernandacampanharofavoreto.pdf: 5158420 bytes, checksum: b2d8536acc7b21e77d47e123d077e434 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-04-24T02:21:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandacampanharofavoreto.pdf: 5158420 bytes, checksum: b2d8536acc7b21e77d47e123d077e434 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-24T02:21:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandacampanharofavoreto.pdf: 5158420 bytes, checksum: b2d8536acc7b21e77d47e123d077e434 (MD5) Previous issue date: 2013-05-17 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bromeliaceae é um caso de excepcional radiação adaptativa entre as angiospermas, e posssui na costa leste do Brasil um de seus centros de diversidade e endemismo, destacando-se também pela sua importância ecológica e econômica. Estes fatores têm colocado esse grupo em evidência no contexto do manejo e conservação de plantas, e a obtenção de informações sobre a biologia dos organismos é etapa fundamental para o estabelecimento de estratégias de conservação. O Corredor Ecológico Prioritário Burarama-Pacotuba-Cafundó (CEPBPC), localizado em Cachoeiro de Itapemirim- Espírito Santo, foi instituído no âmbito do Corredor Central da Mata Atlântica e considerado área prioritária para conservação, porém está presente em uma região cuja composição e similaridade da flora não possuem um conhecimento consolidado. Este estudo visa ampliar o conhecimento sobre a diversidade taxonomica e conservação de Bromeliaceae em fragmentos de Floresta do estado do Espírito Santo. Para isso, um levantamento florístico da família e a caracterização qualitativa da distribuição das espécies nos diferentes habitats foram conduzidos no CEPBPC. Aspectos da similaridade floristica entre a área de estudo e outras localidades de Floresta Atlântica também foram investigados por análise multivariada de classificação e ordenação, e análise da correlação com distância geográfica. Foram levantadas 51 species distribuídas em 17 gêneros no CEPBPC, sendo Vriesea e Tillandsia, os gêneros com maior riqueza de especies. Foram ainda registradas nove espécies ameaçadas de extinção e a primeira ocorrência de V. correiaaraujoi Pereira & Penna para o estado do Espírito Santo. Além dos ambientes de floresta, a região de Floresta Estacional Semidecidual e com altitude inferior a 300m apresentaram maior riqueza. Porém destacam-se pela concentração de species e necessidade de políticas de conservação, as fisionomias de Floresta Ombrófila, os afloramentos rochosos presentes na região de Florestas Estacionais Semideciduais e, entre os ambientes antropizados, as áreas associadas a rochas, alagáveis ou ripárias.Na análise de classificação, o CEPBPC mostrou maior similaridade florística com a região da Pedra dos Pontões de Mimoso do Sul e posteriormente com áreas da região serrana do Espírito Santo, formando um grande bloco com regiões costeiras do estado e extremo sul da Bahia. Nas análises de ordenação, o CEPBPC ocupou uma posição intermediária ao longo do gradiente latitudinal da Floresta Atlântica, mostrando-se próximo também de áreas localizadas no norte do estado do Rio de Janeiro. Os resultados de ambas as análises mostraram-se complementares para explicar as relações florísticas de Bromeliaceae da região, e a influência da distância geográfica sobre estes padrões foi confirmada pela análise de correlação. No entanto, estudos adicionais envolvendo análise de direta de variáveis geoclimáticas podem acrescentar novas informações para elucidar os fatores que determinam os padrões de similaridade florística de Bromeliaceae na região. / Bromeliaceae is an excepcional case of adaptive radiation among angiosperms, and has in the east coast of Brazil one of its centers of diversity and Endemism. Standing out also for its ecologic and economic importance. These factors have placed this group in evidence in the context of the management and conservation of plants, so obtaining information on the biology of these organisms is a crucial step for the establishment of conservation strategies. The “Priority Ecological Corridor Burarama-Pacotuba-Cafundó” (CEPBPC), located in Cachoeiro de Itapemirim in the state of Espírito Santo, was established under the “Central Corridor of the Atlantic Forest” and is considered a priority area for Conservation, but it is present in an area in which the flora’s composition and similarity does not have a consolidated knowledge. The present study aims to increase knowledge of the taxonomic diversity and conservation of Bromeliaceae fragments of Atlantic Forest in the state of Espírito Santo. For that purpose, a floristic inventory of family and the qualitative characterization of the species’ distribution in different habitats were conducted in CEPBPC. Aspects of floristic similarity among the study area and other places of Atlantic Forest were also investigated by multivariate analysis, classification and ordination, and analysis of correlation with geographic distance. Fifty one species distributed in seventeen genera in CEPBPC have been raised, being Vriesea and Tillandsia, the genera with the richest of species. Nine species threatened to extinction and the first record of distribuition of V. correia-araujoi Pereira & Penna in the state of Espírito Santo have also been recorded. Besides the forest environments, the region of Semideciduous Seasonal Forest and with less than 300m altitude had higher affluence of species.However, the species that stand out for their concentration and the need for conservation policies, the physiognomies of Ombrophilous Forest, the rocky outcrops in the region of Semideciduous Seasonal Forests and among anthropogenic environments, the areas associated with rocks, or floodable Riparian. In the classification analysis, the CEPBPC showed greater floristic similarity with the region of Pedra dos Pontões in Mimoso do Sul and later with areas in the mountainous region in the state of Espírito Santo, forming a large block with coastal regions of this state and southern Bahia. In ordination analysis, the CEPBPC held an intermediate position along the latitudinal gradient of Atlantic Forest, being also close to areas located in the northern state of Rio de Janeiro. The results of both analyzes proved to be complementary to explain the floristic relationships of Bromeliaceae in the region, and the influence of the geographic distance on these patterns confirmed by correlation analysis. However, additional studies involving direct analysis of geoclimatic variables may add new information to elucidate the factors that determine the patterns of floristic similarity of Bromeliaceae in the region.

Submitted by Daniele Amaral (daniee_ni@hotmail.com) on 2016-10-21T15:37:40Z No. of bitstreams: 1 DissTFM.pdf: 1618625 bytes, checksum: ba3b310ad76c72c7db050d705a64ff5b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-11-08T18:56:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissTFM.pdf: 1618625 bytes, checksum: ba3b310ad76c72c7db050d705a64ff5b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-11-08T18:56:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissTFM.pdf: 1618625 bytes, checksum: ba3b310ad76c72c7db050d705a64ff5b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-08T18:56:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissTFM.pdf: 1618625 bytes, checksum: ba3b310ad76c72c7db050d705a64ff5b (MD5) Previous issue date: 2016-06-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Sugar, ethanol and bionergy are products generated from sugarcane, whose current demand remains high. However, two rust diseases have threatened its yield, brown rust (Puccinia melanocephala) and orange rust (P. kuehnii). The most efficient method to control these diseases is resistant varieties. The success and longevity of varieties depends basically on two factors: pathogen diversity and correct evaluation of genotype reaction. Therefore, chapter 1 of this dissertation aimed to examine phenotypic and genotypic diversity of rusts pathogens and existence of a direct correlation between these traits. Genotyping of P. melanocephala employed 31 isolates and 39 for P. kuehnii with 10 SSR markers. The genetic diversity was verified through UPGMA clustering and PCoA analyses. The phenotypic diversity was investigated by leaf lesion area and compatible/incompatible interaction between host and pathogen. Data of this work showed similar grouping between UPGMA and PCoA with identification of nine genetic subpopulations for P. kuehnii and 10 subpopulations for P. melanocephala. As for phenotypic diversity, three races were identified in P. kuehnii whereas two were detected in P. melanocephala. Direct correlation between genetic and phenotypic diversity was only observed in P. kuehnii. The chapter 2 examined reaction of five sugarcane commercial varieties to P. kuehnii over different period of time as well as quantity and viability of urediniospores. For disease progress disease, three isolates were inoculated on five varieties and their reactions evaluated 21, 28, 35, 42 days after by disease score. Disease reaction measured by quantity and viability of uredinispores was examined in two different trials. In the first, spores from different type of lesions were investigated 42 days after inoculation, in the second, spores from the same type of reaction but from a susceptible and resistance varieties were observed. Our data identified one variety which reaction changed over time. Therefore, in order to avoid false resistant materials other traits should be taking into account, quantity and viability of urediniospores. / Açúcar, etanol e bionergia são produtos gerados a partir da cana-de-açúcar, cuja demanda atual permanece alta. Entretanto, duas ferrugens têm ameaçado a produtividade, ferrugem marrom (Puccinia melanocephala) e ferrugem alaranjada (P. kuehnii). O mais eficiente método de controle dessas doenças é variedades resistentes. O sucesso e longevidade das variedades dependem de vários fatores, podendo ser os dois principais: a diversidade do patógeno e a correta avaliação da reação dos genótipos. Portanto, o capítulo 1 desta dissertação objetivou examinar a diversidade genética e fenotípica dos patógenos das ferrugens e a existência de correlação direta entre essas características. 31 isolados de P. melanocephala e 39 de P. kuehnii foram genotipados por 10 SSR (Simple Sequence Repeat). A diversidade genética foi verificada através grupamento UPGMA (Unweighted Pair Group Methods Using Arithmetic Averages) e análise de PCoA (Principal Coordinate Analyses). A diversidade fenotípica foi investigada pela porcentagem de área afetada e reações incompatíveis/compatíveis entre o patógeno e o hospedeiro. Os resultados deste trabalho mostraram similar agrupamento entre UPGMA e PCoA com identificação de nove subpopulações genéticas para P. kuehnii e 10 subpopulações para P. melanocephala. Para a diversidade fenotípica, três raças foram detectadas em P. kuehnii, enquanto em P. melanocephala duas. Correlação direta entre diversidade genética e fenotípica foi encontrada somente em P. kuehnii. O capítulo 2 examinou a reação de algumas variedades comerciais de cana-de-açúcar à P. kuehnii em diferentes períodos de tempo, assim como viabilidade e quantidade de urediniósporos. Para o progresso da doença, três isolados foram inoculados, em cinco variedades e sua reação avaliada aos 21, 28, 35 e 42 dias depois pela escala de notas. Reação da doença medida pela quantidade e viabilidade de urediniósporos foi examinada em dois diferentes ensaios. No primeiro, esporos de diferentes tipos de lesão foi investigado 42 dias depois da inoculação, no segundo, esporos do mesmo tipo de reação, mas de uma variedade suscetível e a outra resistente foram observadas. Nosso dado verificou que uma variedade pode mudar de reação de resistente para suscetível ao longo do tempo. Portanto, a fim de evitar falsos resistentes outras características do material devem ser levadas em conta, quantidade e viabilidade de urediniósporos.

This thesis summarizes ways of representation of biological sequences and file formats used for sequence exchange and storage. Next part deals with techniques used for sequence pairwise alignment, followed by extension of these techniques to the problem of multiple sequence alignment. Additional methods are introduced, that are suboptimal, but on the other hand are able to compute results in reasonable time. Practical part of this thesis consists of implementing multiple sequence alignment application in Java programming language.