Made available in DSpace on 2014-06-12T18:28:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3520_1.pdf: 2089848 bytes, checksum: ce399cd21571e603ce8338019a00fc4f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A exposição freqüente a sangue e derivados é uma importante rota para transmissão do vírus da hepatite B (HBV), portanto pacientes hemodialisados apresentam um alto risco para a aquisição do mesmo devido ao tratamento de rotina. Em muitos países, a transmissão do vírus da hepatite B tem sido controlada em centros de hemodiálise, devido à utilização das precauções universais, práticas de controle da infecção e vacinação freqüente nos pacientes susceptíveis. Todavia algumas unidades apresentam pacientes com infecção oculta para o HBV, variando de 0 a 58% em algumas regiões do mundo. Os objetivos desse trabalho foram identificar infecção oculta para o HBV e os fatores de riscos para a infecção em pacientes hemodialisados de 5 clínicas da cidade de Recife/PE, no período de agosto de 2006 a agosto de 2007. A população estudada foi constituída por 780 pacientes, com média de idade de 50 ± 15,1 e de ambos os sexos. Os hemodialisados, após assinatura do termo de consentimento livre e esclarecido, foram submetidos a uma entrevista para aquisição de dados epidemiológicos. Foram coletados antes do tratamento hemodialítico, 10 mL de sangue pela fistula. As amostras foram encaminhadas em tempo hábil de 4 horas ao laboratório para processamento e armazenamento a - 80°C até o momento de realização dos testes. O ELISA foi realizado para pesquisa dos marcadores sorológicos (anti-HBc total, HBsAg e anti-HBs). Os soros que apresentaram negatividade para o anti-HBc total e HBsAg foram organizados em pools . As amostras anti-HBc total positiva e os pools foram submetidas à Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para pesquisa do DNA viral. As reações positivas foram seqüenciadas para a identificação do genótipo e para análise de mutação para a região S do vírus. As informações foram armazenadas e analisadas no Epiinfo 6.0., para posterior análise univariada e multivariada das variáveis estudadas. A soroprevalência para o anti-HBc total, HBsAg e anti-HBs foi de 29,4% (229/780), 3,3% (26/780) e 66,2% (135/203), respectivamente e o DNA viral foi encontrado em 2,2% (17/780) das amostras. Em dois pacientes anti-HBc total + anti-HBs reagentes e em um paciente com anti-HBc total isolado foram encontrados o DNA-HBV, observando uma infecção oculta de 0,4% (3/752). O genótipo A foi encontrado em 81,25% (13/16), o genótipo D em 12,5% (2/16) e o genótipo F em 6,25% (1/16) das amostras HBsAg positivas. Os genótipos verificados nos pacientes com infecção oculta foram o A (2/3) e D (1/3). Nenhuma mutação foi encontrada nas seqüências virais analisadas. As variáveis sexo, idade, tempo de hemodiálise e quantidade de transfusões é que estão mais estreitamente associadas com a soropositividade para o anti-HBc total. Os marcadores sorológicos avaliam bem a infecção pelo HBV, porém deve-se ter sempre o respaldo de testes moleculares para a verificação de infecções ocultas, pois evidencia pacientes que para a clínica são considerados negativos e na verdade albergam o vírus, podendo disseminar o vírus aos demais

O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.

Submitted by Ana Paula Macedo (ensino@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-03T12:31:31Z No. of bitstreams: 1 FRANCISCO CAMPELLO DO AMARAL MELLO.pdf: 4429617 bytes, checksum: 52094842a3a3338e4a177971547f3a05 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T12:31:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FRANCISCO CAMPELLO DO AMARAL MELLO.pdf: 4429617 bytes, checksum: 52094842a3a3338e4a177971547f3a05 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Nos últimos anos, dois assuntos relacionados a infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) vêm sendo foco de muitos debates e estudos por pesquisadores ao redor do mundo: o tratamento antiviral contra a hepatite B crônica e a infecção oculta pelo HBV. O estudo da ocorrência de mutações de resistência aos medicamentos antivirais mais potentes, os análogos de núcleos(t)ídeos (NAs), que representa o maior entrave para o sucesso do tratamento, passou a ter fundamental importância para o entendimento da dinâmica da terapia a longo prazo e para soluções para contornar este problema. A hepatite B oculta é um tema que preocupa pesquisadores do mundo inteiro pelo fato de algumas questões pertinentes ainda não tenham sido esclarecidas, como o impacto clínico da infecção oculta e seu papel na transmissão do vírus. A presente tese teve como objetivo realizar a caracterização molecular de isolados do HBV em diversas populações de indivíduos com hepatite B: pacientes com infecção crônica submetidos a diferentes tratamentos antivirais (avaliando os tipos de tratamento antiviral atualmente utilizados no Brasil, a eficiência global de cada tratamento em reduzir os níveis de DNA do HBV e a freqüência de isolados com mutação de resistência aos medicamentos), pacientes com infecção aguda (observando a distribuição de genótipos e analisando a presença de subpopulações virais através do pirosequenciamento), e pacientes com infecção oculta pelo HBV (comparando a prevalência da infecção oculta pelo HBV em pacientes anti-HCV positivo e anti-HCV-negativo submetidos à hemodiálise). Como principais resultados obtidos nos quatro manuscritos produzidos, tivemos (i) a LAM como a terapia antiviral mais comum em uso no Brasil, com mais de 80% dos pacientes analisados estando em tratamento com esta droga seja em monoterapia ou em terapia combinada com outra droga; (ii) o tratamento com IFN-α como o menos eficiente em reduzir o DNA do HBV e, em relação aos NAs, não foi encontrada uma diferença significativa entre a terapia com LAM e a terapia com os demais agentes orais em relação à eficiência em reduzir o DNA do HBV no soro dos pacientes, no entanto, as cargas virais nos pacientes tratados com LAM foram muito mais altas do que nos pacientes tratados com as drogas mais recentes; (iii) uma alta freqüência de isolados com mutações de resistência à LAM em pacientes submetidos à monoterapia (quase 50%) ou à terapia combinada (78%); (iv) uma alta incidência de isolados com a tripla mutação de resistência à LAM (6/27; 22,2%) e uma diferença no perfil dos variantes YMDD entre os principais genótipos do HBV circulando no Brasil; (v) a análise por pirosequeciamento de subpopulações de vírus resistentes em indivíduos com hepatite B aguda mostrou que 45% deles apresentaram subpopulações minoritárias de isolados resistentes à LAM que alcançaram até quase 20% da população total, informação útil caso estes indivíduos venham a necessitar de tratamento; (vi) uma prevalência de 15% de infecção oculta pelo HBV em pacientes em programa regular de hemodiálise, não havendo diferença significativa entre os anti-HCV-negativo e anti-HCV-positivo; (vii) uma alta incidência (4/6; 66,7%) de isolados com mutações de resistência à LAM dentre os pacientes com hepatite oculta apesar de nenhum dos pacientes estudados terem sido previamente tratados para a infecção crônica pelo HBV; (viii) a demonstração que a presença exclusiva da substituição sY100C, potencialmente capaz de alterar a conformação do HBsAg, não diminuiu nem a produção nem a secreção desta proteína em comparação com o HBsAg produzido por vírus selvagens. Em conclusão, a alta freqüência de isolados com mutações de resistência à LAM pode limitar o uso de drogas como o ETV e a LdT para terapia de resgate em função da ocorrência de resistência cruzada entre essas drogas. As alterações de aminoácidos no HBsAg (sE164D+sI195M) causadas pela tripla mutação de resistência à LAM, conhecidas por reduzir a afinidade de ligação deste antígeno com o anti-HBs, pode representar um sério problema epidemiológico caso esses isolados passem a circular no ambiente disseminados pela população em geral. Tais substituições podem ter contribuído para o caráter oculto da infecção por diminuírem a detecção do HBsAg por testes sorológicos, sugerindo ser esta a causa mais provável da ocorrência de infecção oculta nos pacientes em hemodiálise. / In recent years, two issues related to hepatitis B virus (HBV) infection have been the focus of many discussions and studies by researchers around the world: antiviral therapy against chronic hepatitis B and occult HBV infection. Studies of the occurrence of resistance mutations to the nucleos(t)ide analogue (NAs) drugs, which represents the main hindrance to successful treatment, have been of fundamental importance for understanding the dynamics of long-term therapy and to propose solutions to overcome this problem. The second issue concerns the occult HBV infection. Occult hepatitis B is a subject that worries researchers worldwide. This concern is based on some relevant issues that remain unclear, as the clinical impact of occult infection and its role in transmitting the virus. This thesis aimed to perform the molecular characterization of HBV isolates in patients undergoing antiviral treatments (assessing the types of antiviral treatment currently used in Brazil, the overall efficiency of each treatment in reducing the levels of HBV DNA and the frequency of isolates with drug resistance mutations), to analyze patients with acute infection (determining HBV genotype distribution and the presence of viral subpopulations by pyrosequencing, and in patients with occult HBV infection (comparing the prevalence of occult HBV infection in anti-HCV-positive and anti-HCV-negative patients on hemodialysis). As the main results obtained in the four manuscripts produced, we had (i) LAM as the most common antiviral therapy used in Brazil, with more than 80% of the analyzed patients being treated with this drug either alone or in combination therapy with another drug; (ii) treatment with IFN-α proved to be the least effective in reducing HBV DNA and for the NAs, no significant difference between therapy with LAM and therapy with other oral agents regarding efficiency in reducing HBV DNA in serum of patients was found, however, viral loads in patients treated with LAM were much higher than in patients treated with newer drugs; (iii) a high frequency of isolates with LAM resistance mutations in patients on monotherapy (almost 50%) or combined therapy (78%); (iv) a high incidence of isolates with the triple resistance mutation to LAM (6/27; 22.2%) and a difference in the profile of YMDD variants among the major HBV genotypes circulating in Brazil; (v) pyrosequencing analysis of subpopulations of drugresistant viruses in patients with acute HBV infection showed that 45% of the individuals had minor subpopulations of LAM-resistant, isolates varying from 4 to 17%. The screening of the subpopulations provides a useful information to avoid the occurrence of drug-resistance whether these individuals become chronic carries and need to start an antiviral treatment; (vi) a prevalence of occult HBV infection of 15% in patients on regular hemodialysis program, with no significant difference between anti-HCV-negative and anti-HCV-positive patients; (vii) a high incidence (4/6; 66.7%) of isolates with LAM resistance mutations among patients with occult hepatitis although none of them had been treated for chronic HBV infection; (viii) demonstrated that the exclusive presence of the substitution sY100C, potentially able to alter the conformation of HBsAg, did not reduced neither the production nor the secretion of this protein compared to HBsAg produced by wild-type viruses. In conclusion, the high frequency of LAM-resistant isolates may limit the use of drugs such as ETV and LdT for rescue therapy due to the occurrence of cross resistance between these drugs.The amino acid substitutions in HBsAg (sE164D+sI195M) caused by LAM triple mutation, known to reduce the binding affinity of this antigen to anti-HBs, may represent a serious epidemiological problem if these viruses begin to circulate in the environment and to spread in the general population. Such substitutions may have contributed to the occult status of the infection by decreasing the detection of HBsAg by serological tests, suggesting that this is the most likely cause of the occurrence of occult infection in hemodialysis patients.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:45:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Introdução: São Paulo e uma das cidades com maior diversidade populacional do mundo. Por causa disso, ela pode apresentar um perfil molecular do HBV diferente do restante do Brasil. Objetivos: Avaliar os genotipos e possiveis recombinantes; mutacoes relacionadas a resistencia aos antivirais, progressao da doenca hepatica e de escape vacinal em pacientes infectados na cidade de São Paulo. Pacientes e Metodos: Foram selecionadas amostras de plasma de 60 pacientes tratados e nao tratados infectados pelo HBV. Foi realizada a amplificacao e sequenciamento do genoma completo, mapeamento de mutacoes, analises filogeneticas para determinacao dos genotipos e deteccao de recombinantes. Resultados: Foram analisados 28 genomas completos e tambem 11 genomas parciais (HBsAg e o dominio de RT). A distribuicao de genotipos foi: A (51,3%), D (25,6%), F (15,4%) e C (7,7%). Mutacoes de resistencia primaria nao foram encontradas, no entanto, mutacoes compensatorias foram encontradas em 43% dos pacientes tratados e 12,5% nos pacientes nao tratados. Foram encontradas mutacoes relacionadas ao escape vacinal e alteracoes na antigenicidade do HBsAg (82%); mutacoes no gene C relacionadas com a progressao da doenca hepatica (85,7%) e delecoes na regiao Pre-S (14%). Conclusoes: A distribuicao de genotipos reflete o contexto historico e social da populacao da cidade de São Paulo, que e composta por imigrantes da Africa, Europa e Asia, e da migracao brasileira, em sua maioria procedente da Regiao Nordeste e Norte do Brasil. A maioria das mutacoes no gene S, que levam a alteracoes da antigenicidade do HBsAg, sao caracteristicas que distinguem os diferentes genotipos, o que poderia explicar a diferencia de antigenicidade entre eles. As Mutacoes A1762T/G1764A e G1896A em pacientes HBeAg positivos e delecoes nos codons de iniciacao na regiao Pre-S podem estar relacionados com populacoes virais nao majoritarias e necessita de mais estudos com as novas tecnologias de sequenciamento / BV UNIFESP: Teses e dissertações

O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.

Submitted by Marcelo Andrade Silva (marcelo.andradesilva@ufpe.br) on 2015-03-09T14:28:37Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-09T14:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / A presença de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) e a expressão variante dos genes das citocinas IFN-α1, IFN-γ e do receptor IFN-α r1 em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite B (HBV), podem ser considerados fatores etiopatogênicos relacionados aos níveis séricos do HBV, resultando em complicações da doença. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo verificar a associação entre as frequências genotípicas e proporções alélicas dos genes IFNG, IFNA1, IFNAR1 em relação aos níveis de expressão desses genes e à carga viral do HBV, em pacientes com infecção crônica pelo HBV sem tratamento antiviral. Foi realizado um estudo de caso-controle com amostras de sangue total de 208 indivíduos (94 pacientes com infecção crônica e 114 indivíduos imunes ao HBV) no período de outubro de 2012 a agosto de 2013, no ambulatório de hepatologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco (HC/UFPE) e no Hospital Escola Dr. Helvio Auto da Universidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas (HEHA/UNCISAL). Para a identificação dos polimorfismos foi utilizada a PCR em tempo real (qPCR) de acordo com técnica de alta resolução de melting (HRM). A quantificação da carga viral e a expressão absoluta dos genes IFNG (-5 A>G), IFNA1 (-2 C>T), IFNAR1 (-97 T>C) foram realizadas por qPCR. Em todos os pacientes com infecção crônica pelo HBV os níveis de expressão foram menores para o gene IFNA1 (mediana=2,56x10-1ηg/μL), em relação aos genes IFNG (mediana=4,54x105ηg/μL) e IFNAR1 (mediana=6,92x109ηg/μL), e a média de carga viral foi de 3,2 log10. Pacientes com genótipo heterozigoto IFNA1(-2) CT e alelo polimórfico IFNA1 (-2) T apresentaram maiores chances de desenvolver proteção pelo HBV quando comparados a indivíduos imunes com genótipo IFNA1(-2) CC e alelo tipo selvagem C, respectivamente (IFNA1 CT/CC: OR=0,45; p=0,01 e IFNA T/C: OR=0,54; p<0,01). Em pacientes com infecção crônica e genótipo tipo selvagem TT do IFNAR1, os baixos níveis de expressão do gene desse receptor, quando comparado aos outros genótipos, explicam em 40% os altos níveis de carga viral desses pacientes (r2=0,40 | p=0,04) conferindo um risco para o desenvolvimento da cronicidade. Para o genes IFNG(-5) não foi observada diferença estatisticamente significante entre os níveis de expressão e os genótipos. Assim, a presença da variante polimórfica do gene IFNA1 (-2) em pacientes com infecção crônica, pode estar associada à proteção da cronicidade quando comparada ao grupo controle. Os altos níveis de expressão do gene IFNAR1 e baixos níveis de IFNA1 podem contribuir para a cronicidade nestes indivíduos. Os pacientes que com genótipo polimórfico IFNA1 (-2) CT e alelo T apresentaram maior proteção para a cronicidade pelo HBV.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:29:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3568_1.pdf: 1259756 bytes, checksum: 154e32efaf8689e0a040b7294e125441 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / O vírus da hepatite B (HBV) está classificado em oito genótipos, A H, com prevalências distintas em diferentes áreas geográficas. As divergências intergenotípicas foram definidas arbitrariamente como uma variação nucleotídica superior a 8% na seqüência completa do genoma viral. Naturalmente são encontradas variantes das regiões pré-S/S, pré-core/C e P. A mutação na região pré-core, G1896A geralmente é descrita em indivíduos portadores de infecções pelo HBV com ausência de HBeAg (antígeno e do vírus da hepatite B) e replicação viral ativa, apesar da presença de anti HBe. Enquanto, que a detecção das mutações na região basal do promotor core (BCP), A1762T e G1764A, independem do perfil HBeAg/anti-HBe. O objetivo deste estudo foi investigar os genótipos e a presença de mutações pré-core G1896A e BCP A1762T e G1764A no HBV, analisando carga viral, perfil HBeAg/anti-HBe e nível sérico de alanina aminotransferase (ALT) em pacientes portadores de infecções pelo HBV. Foi realizado um estudo transversal descritivo envolvendo pacientes encaminhados pelos Centros de Referências em Hepatites Virais do Estado de Alagoas, Brasil, durante o período de setembro de 2006 a abril de 2008. Foram selecionados 119 pacientes com HBsAg e anti-HBc positivos, entre os quais, 2,5% (3) tinham o diagnóstico de hepatite aguda, 69,7% (83) de portador assintomático e 27,8% (33) de hepatite crônica. As amostras de sangue foram submetidas aos procedimentos de extração e amplificação do genoma viral visando o seqüenciamento parcial do gene S e da região pré-core. O DNA HBV foi detectado em 70,6% (84/119) dos pacientes, e os genótipos foram identificados em 95,2% (80/84). O genótipo A em 92,5% (74/80), seguido do genótipo C em 5,0% (4/80) e 1,25% (1/80) para ambos os genótipos D e F. No genótipo A, a presença de timina/citosina na posição 1858 foi identificada em 50% (13/26) das seqüências analisadas, a mutação G1896A em 3,8% (1/26) e as mutações BCP A1762T e G1764A em 52,4% (11/21). A pesquisa demonstrou que o genótipo A foi predominante em Alagoas, Brasil e a maioria das infecções apresentou carga viral reduzida, concentração sérica normal da ALT e soroconversão do HBeAg para anti-HBe, caracterizando a fase residual da infecção crônica pelo HBV. O estudo também revelou a circulação de mutantes pré-core e BCP do genótipo A. As mutações BCP foram detectadas equitativamente nos portadores assintomáticos e com hepatite crônica, independentemente da carga viral e nível sérico de ALT

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-10-29T13:42:36Z No. of bitstreams: 1 Maria Isabel Magalhães Santos Perfil das....pdf: 1133942 bytes, checksum: bcc264f7cc24ec022846c05825fd31cf (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-29T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Isabel Magalhães Santos Perfil das....pdf: 1133942 bytes, checksum: bcc264f7cc24ec022846c05825fd31cf (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Introdução: A doença causada pelo vírus da hepatite B (HBV) é um problema de saúde pública mundial. No Brasil, o sistema único de saúde (SUS) tem disponibilizado drogas antivirais para o tratamento de hepatite B crônica há mais de 10 anos, mas um sistema para o monitoramento e avaliação de resistência a estas drogas ainda não está disponível. Objetivo: Este estudo teve como objetivo determinar o perfil de mutações do HBV associadas com a resistência aos análogos de nucleos(t)ídeos entre 81 pacientes com infecção crônica pelo HBV: virgens de tratamento para hepatite B e tratados com diferentes análogos de nucleosídeos e nucleotídeos, no Hospital Professor Edgar Santos (HUPES-UFBA)- Salvador-BA. Metodologia: O HBV-DNA foi isolado de amostras de soro, amplificado por nested-PCR, utilizando-se primers deduzidos da região flaqueadora da domínio rt do gene P e sequenciados (ABI Prism 3730, Applied Biosystems, EUA). Duas a seis sequências de cada isolado foram alinhados e os sítios conflitantes foram resolvidos usando o software CLC Main Workbench v. 5.0 por inspeção visual dos eletroferogramas. As sequências consenso tinham um tamanho de 1032 pb (compreendendo os aminoácido 1-344 da rt). Estas sequências foram submetidas ao banco de dados HBVrt DB (Stanford University, EUA) para a análise de cada mutação de acordo com o genótipo e tratamento. Resultado: O genótipo A1 foi o mais prevalente (85,2%) seguido pelo genótipo A2 (4,9%) F (6,2%) e C1, D2 e D4 (1,2% cada). Seis pacientes (7 %) apresentaram mutações de resistência para LAM, ETV, TDF: dois com o padrão L180M + M204V e quatro com padrões diversos (L80I + L180M + M204I ;L80V + L180M + M204V; M204I; A194T). Todas estas mutações foram associadas ao genótipo A (quatro A1 e dois A2). Além disso, foi encontrado um paciente com HBV genótipo C típico do leste da Ásia. Destes pacientes, dois foram virgens de tratamento e quatro tinham histórico de tratamento para HIV ou HBV. Foram detectadas quatro mutações no gene S (três casos com a mutação sI195M e um a mutação sW196L) associadas às mutações do domínio rt do gene P, correspondendo à uma taxa de 6% de mutações de escape vacinal. A prevalência das mutações de resistência às drogas antivirais variou de acordo com a duração do tratamento e com o nível da barreira genética da droga utilizada. Neste estudo, foi encontrada uma forte associação entre a ocorrência de mutações de resistência do HBV e positividade para o AgHBe, co-infecção com o HIV e histórico de tratamento para HBV e/ou HIV. Conclusão: Antes da terapia ser iniciada é extremamente importante o monitoramento da carga viral e a identificação destas mutações para suportar decisões clinicas sobre o manejo dos pacientes e prevenir a emergência de vírus multi- resistentes. / Introduction: Hepatitis B virus (HBV) infection is a public health issue. The Brazilian public health system (SUS) has provided antiviral drugs for chronic hepatitis B treatment for over 10 years, but a system for monitoring for drug-related resistance mutations is not available. Objective: This study aims to determine the presence of HBV mutations associated with resistance to nucleos(t)ide analogs among 81 patients with chronic HBV infection-naïve and treated from University Hospital Professor Edgard Santos, Salvador-BA (HUPES-UFBA). Methods: Briefly, HBV-DNA was PCR amplified with primers deduced from the flanking of the rt domain at the HBV P gene and sequenced using ABI Prism 3730 (Applied Biosystems, USA). From two to six forward and reverse sequences of each isolate were assembled and conflicting sites were resolved using software CLC Main Workbench v. 5.0 by visual inspection of the electropherograms. Consensus sequence extended 1032 bp and encompassed the entire rt domain (from amino acid 1 to 344). Those sequences were submitted to the HBV drug resistance database (HBVrt DB, Stanford University, USA) to retrieve each mutation according to genotype and treatment. Results: HBV genotype A1 (85.2%) was the most prevalent followed by genotype A2 (4.9%), F (6.2%), and C1, D2 and D4 (1.2% each). Six patients (7%) exhibited resistance mutations to LAM, ETV and TDF: two with patterns L180M + M204V and four with other different patterns: L80I + L180M + M204I; L80V + L180M + M204V; M204I; A194T. All of these mutations were present in patients with genotype A (four A1 and two A2). Furthermore, this study found one patient with genotype C, common in East Asian. Of these patients, two were naïve and four had a history of treatment for HIV or HBV. In addition, four mutations in gene S (sI195M three cases with the mutation and one with the mutations W196L) associated with mutations in the rt domain of the P gene were detected, corresponding to a rate of 6% of vaccine escape mutations. Prevalence of drug-related resistance mutations varied according to treatment duration and the level of genetic barrier for the drugs used. Conclusion: In this study a strong association was found between the occurrence of HBV resistance mutations and HBeAg positivity, co-infection with HIV and a history of treatment for HBV and / or HIV. Once the drug therapy is initiated it is extremely important to monitor viral load and identify those mutations in order to support clinical decisions about patient management and also to prevent the emergence of multidrug-resistant viruses.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-07-13T12:04:07Z No. of bitstreams: 1 Sidelcina Rugieri Pacheco Avaliação...2016.pdf: 1183745 bytes, checksum: cafa75f83141a4f66d07bae037fb741b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-07-13T12:11:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Sidelcina Rugieri Pacheco Avaliação...2016.pdf: 1183745 bytes, checksum: cafa75f83141a4f66d07bae037fb741b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T12:11:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sidelcina Rugieri Pacheco Avaliação...2016.pdf: 1183745 bytes, checksum: cafa75f83141a4f66d07bae037fb741b (MD5) Previous issue date: 2016 / CAPES / CNPq / Fundação Gonçalo Moniz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / INTRODUÇÃO: A hepatite B (VHB) é uma infecção dinâmica crônica, que apesar de existir programas de imunização e tratamento antiviral disponível, existe o risco de emergência de mutações de resistência aos análogos de núcleos(t)ídeos (AN) que devem ser rastreadas, devido as suas implicações clínicas. O Brasil disponibiliza pelo SUS cinco drogas para o tratamento antiviral: IFN, LAM, ADF, ETV e TDF e um guia de conduta clínica para orientar o tratamento no território nacional, o Protocolo de Diretrizes Terapêuticas para Hepatite B e co-infecções. OBJETIVO: O objetivo do presente estudo foi avaliar as mutações de resistência aos AN, mutações de escape vacinal e genótipos circulantes em pacientes com hepatite B crônica em dois centros de referencia em Hepatites, na Bahia (região Nordeste) e no Acre (região Norte) do Brasil. MATERIAL E MÉTODOS: Foi utilizadas ferramentas de biologia molecular e bioinformática, através de nested PCR e sequenciamento direto das amostras, para rastrear as mutações de resistência, a região alvo foi a transcriptase reversa (RT) do gene P e as mutações de escape vacinal foi a região do gene S do VHB, como também os genótipos e subgenotipos do VHB. RESULTADOS: Foram incluídos 527 pacientes durante o período de 2011-2015, sendo 320 pacientes do HUPES/BA e 207 do FUNDHACRE/AC. Os pacientes que representam a região Nordeste foram 59,3 % do sexo masculino e uma média de idade de 44,75±12,4 DP, os pacientes da região Norte 42% foram do sexo masculino e a média de idade foi de 40,36±13,9 DP. Todos os pacientes incluídos apresentaram AgHBs persistente por mais de seis meses e 86,1% apresentaram AgHBe negativo. Foram sequenciadas 296 amostras dos pacientes com VHB crônica. Foram encontradas mutações de resistência aos AN na Região Norte 1,2% (2), Região Nordeste 7,4%(8) e no global 3,8%(20). Os padrões de mutações de resistência primária encontrados foram: rtA194T, (3) rtL180M+M204V, rtL180M+M204I, rtS202I, rtM204I, rtA181S, rtA181E e rtA184S. Em relação ao escape vacinal a frequencia para a Região Norte foi de 7,1% (11), Região Nordeste 8,4% (9) e no global 7,6% (20). Nos pacientes virgens de tratamento (n=189), a frequência de mutações de resistência foi de 6%, somente nas amostras da região Nordeste. Não houve diferença estatisticamente significante entre o grupo com ou sem mutação dos pacientes virgens de tratamento. Não foram encontradas mutações de resistência nas amostras da região Norte. Os genótipos circulantes nas duas regiões foram A, D e F, e a região Nordeste foi encontrada o genótipo C (C2). CONCLUSÃO: Os resultados demonstram a importância de rastrear e monitorar as mutações de resistência aos AN e de escape vacinal devido a importância epidemiológica e clínica na conduta terapêutica. / INTRODUTION: Hepatitis B virus (HBV) is a chronic dynamic infection, which although there immunization programs and antiviral therapy available, there is a risk of emergence of resistance mutations cores analogs (t) ide to be screened, because of their implications clinics. The Brazil offers the SUS five drugs for antiviral treatment: IFN, LAM, ADF, ETV and TDF and clinical guide of conduct to guide treatment in the country, the Therapeutic Guidelines Protocol for Hepatitis B and co-infections. AIM: The aim of this study was to evaluate the resistance mutations core analogues (t) ide, vaccine escape mutations and circulating genotypes in patients with chronic hepatitis B in two reference centers in Hepatitis, Bahia (Northeast) and Acre (Northern region) of Brazil. MATERIAL AND METHODS: Was used tools of molecular biology and bioinformatics by nested PCR and direct sequencing of samples to track resistance changes, the target region is the reverse transcriptase (RT) P gene and vaccine escape mutations was region of the gene S of HBV, as well as the HBV genotypes and subgenotipos. RESULTS: 527 patients were included during the period 2011-2015, with 320 patients HUPES / BA and 207 FUNDHACRE / AC. Patients representing the Northeast were 59.3% male and an average age of 44.75 ± 12.4 PD patients in the northern region 42% were male and the average age was 40, 36 ± 13.9 DP. All patients had persistent HBsAg for more than six months and 86.1% were HBeAg negative. We were sequenced 296 samples from patients with chronic HBV. the cores of similar resistance mutations were found (t) ide in the North 1.2% (2), Northeast 7.4% (8) and 3.8% overall (20). The patterns of primary resistance mutations were: rtA194T (3) rtL180M + M204V, M204I + rtL180M, rtS202I, rtM204I, rtA181S, and rtA181E rtA184S. Regarding vaccine escape the frequency for the Northern Region was 7.1% (11), Northeast 8.4% (9) and the global 7.6% (20). In treatment-naïve patients (n = 189), the frequency of resistance mutations was 6%, only the samples in the Northeast. There was no statistically significant difference between the groups with or without mutation of naive patients. There were no resistance mutations in samples from the North. Circulating genotypes in the two regions A, D and F, and the Northeast found the C genotype (C2). CONCLUSION: The results demonstrate the importance of tracking and monitoring the resistance mutations similar cores (t) ide and vaccine escape due to epidemiological and clinical importance in the therapeutic approach.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Schistosomiasis is a parasitic disease, severe, chronic waterborne and development, whose etiologic agent is Schistosoma mansoni. It occurs in 74 countries with 207 million people infected and 700 million in risky areas. In Brazil, data indicate a prevalence of eight million. The Schistosomiasis can be exacerbated when patients are carriers of the Hepatitis B Virus (HBV) and C (HCV), resulting in simultaneous evolution of both pathologies. In Brazil, the prevalence of co-infection with HBV/HCV and S. mansoni found in studies ranged from 13.6% to 40% for HBV and 0.5% to 19.66% for the HCV. On this basis, this research aimed to identify the prevalence of serological markers of HBV and HCV and risky factors in individuals carrying the S. mansoni in the Santa Maria neighborhood, Aracaju, state of Sergipe. We conducted a cross-sectional epidemiological study. Data were collected for each patient by means of a questionnaire investigation. This questionnaire included variables identifying the subject of the research participants and variables that included the epidemiological risky factors for infection with HBV or HCV. We collected serum samples of research participants and forwarded to the laboratory testing to identify serological markers of hepatitis B and C: Total Anti-HBc IgG, Anti-HBs, HBsAg and Anti-HCV. All procedures performed using the technique of chemiluminescence immunoassay using the ARCHITECT assay for each serological marker following the protocols established by the laboratory equipment manufacturer SYSTEM ARCHITECT. In addition, we carried out the analysis of spatial distribution of co-infection in the district through the program using the TerraView Kernel intensity estimation. It was found that 16 individuals had contact with HBV (9.41%), one of these was positive for HBsAg. Only Thirty-two samples (18.82%) were positive for the marker Anti-HBs. Three samples were positive for anti-HCV (1.76%), and also a positive for Anti-HBc. The main risks of HBV and HCV infection were related to parenteral interventions of health services, as well as sexual activity without condom use in the case of HBV. Spatial analysis of cases of co-infection (Schistosomiasis and Hepatitis) allowed the visualization of areas of higher concentration of these infections, as well as those that are exposed to different degrees of risk of transmission. The survey results allow to offer, the municipal health services, a tool to facilitate the understanding of the spatial distribution of schistosomiasis and hepatitis (B and C) in Santa Maria neighborhood. Although our values are above the estimated prevalence for the Brazilian population and the Northeast, we can t infer that the individuals with Schistosomiasis are more susceptible to infection with HBV or HCV, since the risky factors were the means of risky transmission of causative agents of hepatitis and not infected with S. mansoni. / A Esquistossomose Mansônica é uma doença parasitária grave, de veiculação hídrica e evolução crônica, cujo agente etiológico é o Schistosoma mansoni. Ocorre em 74 países, com 207 milhões de pessoas infectadas e 700 milhões em áreas de risco. No Brasil, dados indicam uma prevalência de oito milhões. A Esquistossomose pode ser agravada quando os pacientes são portadores dos Vírus das Hepatites B (VHB) e C (VHC), resultando na evolução simultânea de ambas as patologias. No Brasil, As prevalências da co-infecção VHB/VHC e S. mansoni encontradas nos estudos realizados variaram de 13,6% a 40% para o HBV e de 0,5% a 19,66% para o HCV. Com base nisso, esta pesquisa objetivou identificar a prevalência de marcadores sorológicos do VHB e VHC e os fatores de risco em indivíduos portadores do S. mansoni no Bairro Santa Maria, Aracaju/SE. Foi realizado um estudo epidemiológico do tipo transversal. Coletaram-se dados de cada paciente por meio de um questionário investigativo. Este questionário contemplou variáveis de identificação do sujeito participante da pesquisa e variáveis epidemiológicas que incluíram os fatores de risco para infecção pelo HBV ou HCV. Foram coletadas alíquotas de soro dos participantes da pesquisa e encaminhadas para a realização das análises laboratoriais para identificação de marcadores sorológicos dos Vírus das Hepatites B e C: Anti-HBc Total IgG, Anti-HBs, HBsAg e Anti-HCV. Todos os procedimentos realizados utilizaram a técnica de Imunoensaio Quimioluminescente através do Ensaio ARCHITECT para cada marcador sorológico seguindo os protocolos de análises laboratoriais estabelecidos pelo fabricante do equipamento ARCHITECT SYSTEM. Além disso, realizou-se a análise espacial da distribuição da co-infecção no bairro através do programa TerraView utilizando o estimador de intensidade Kernel. Constatou-se que 16 indivíduos tiveram contato com o HBV (9,41%), desses um foi positivo para HBsAg. Apenas Trinta e duas amostras (18,82%) foram positivas para o marcador Anti-HBs. Três amostras foram positivas para Anti-HCV (1,76%), sendo uma também positiva para Anti-HBc. Os principais riscos de infecção pelo HBV e HCV foram relacionados às intervenções parenterais dos serviços de saúde, assim como à atividade sexual sem uso de preservativo, no caso do HBV. A análise espacial dos casos de co-infecção (Esquistossomose e Hepatite) permitiu a visualização de áreas de maior concentração dessas infecções, assim como as que são expostas a diferentes graus de risco de transmissão. Os resultados da pesquisa possibilitam oferecer, aos serviços municipais de saúde, um instrumento que facilite a compreensão da distribuição espacial da Esquistossomose e Hepatites (B e C) no bairro Santa Maria. Embora nossos valores sejam acima da prevalência estimada para a população brasileira e da região nordeste, não podemos inferir que os indivíduos portadores da Esquistossomose são mais susceptíveis à infecção pelo HBV ou HCV, uma vez que, os fatores de risco foram as vias de risco de transmissão de agentes causadores de hepatite e não a infecção pelo S. mansoni.