Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-31T11:39:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 845120 bytes, checksum: cda774f351f72a77d5d0898c2b153f7d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-31T11:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 845120 bytes, checksum: cda774f351f72a77d5d0898c2b153f7d (MD5) Previous issue date: 2018-06-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A disponibilidade de uso de informações genômicas trouxe grandes oportunidades de aumento do ganho genético em sistemas produtivos de gado de corte. Apesar dos benefícios já conhecidos, implementação em larga escala nas condições nacionais ainda é um grande desafio principalmente pelo relativo alto custo de genotipagem. Uma alternativa economicamente viável é o desenvolvimento de painéis de marcadores SNP customizados para objetivos de melhoramento estrategicamente estabelecidos para características de interesse. A implementação dessa proposta tem maior impacto para os animais jovens. O objetivo desse estudo foi identificar o menor número necessário de marcadores do tipo SNP para diferenciar animais das raças Hereford, Nelore, Brahman e Braford genotipados com o painel 777K chip HD para bovinos. Adicionalmente, comparou-se o impacto na predição da proporção racial utilizando-se diferentes painéis reduzidos de marcadores do tipo SNP. Para isso, foram utilizados quatro diferentes métodos para a seleção de marcadores altamente informativos para a diferenciação racial. O software Admixture foi utilizado para os cálculos de proporção racial utilizando os painéis customizados. Os resultados observados nesse estudo sugerem a possibilidade de definir indivíduos às respectivas raças utilizando um painel de 24 marcadores do tipo SNP (isto é, 8 marcadores por raça pura). Informações de pedigree são por natureza incompletas e comumente não são bem definidas porque varias das ligações genéticas existentes não são conhecidas. A genômica trouxe grandes oportunidades para o cálculo do parentesco entre os indivíduos de uma população. Um dos principais desafios em implementações genômicas é a correta definição da população referência para o uso simultâneo das informações de pedigree e genômica. O conceito de metafundadores é baseado na definição de pseudo-indivíduos que descrevem os relacionamentos entre e dentre os indivíduos da população base. O objetivo desse estudo foi avaliar os impactos do uso de metafundadores ao estimar valores genéticos e sua habilidade preditiva utilizando a metodologia single- step GBLUP (ssGBLUP) em uma população multirracial. Três diferentes cenários foram adotados nesse estudo para a estimação de componentes de variância e predição dos valores genéticos: BLUP tradicional, ssGBLUP e ssGBLUP com inclusão de metafundadores. Um total de 28 metafundadroes foram definidos no modelo ssGBLUP+metafundadores. De forma geral, os modelos genômicos apresentaram maior habilidade preditiva. Sendo o modelo com inclusão de metafundadores o que apresentou maior habilidade preditiva. O método da máxima verossimilhança restrita (REML) é um método comumente utilizado para a estimação de componentes de variância. Por ser implementado em modelos mistos, apresenta estimativas corrigidas para efeitos de seleção. De forma geral, todos os animais genotipados são utilizados nos cálculos para a predição dos valores genéticos. O objetivo desse estudo foi avaliar quantas gerações são necessárias para acurada estimação de componentes de variância com o algoritmo para animais provados e jovens (APY) em uma população simulada com restrições de seleção. O uso de menor número de gerações reduziu a habilidade do modelo BLUP em estimar a herdabilidade simulada (0.30). A redução na estimação da herdabilidade pelos modelos genomicos são menores do que os modelos baseados em informações de pedigree. Os modelos genômicos apresentaram em média maior correlação que os modelo BLUP. Os resultados desse estudo sugerem que não é necessário grande número de gerações para acurada estimação dos componentes de variância e dos valores genéticos. O algoritmo APY não afeta a estimação dos componentes de variância. Duas gerações extras de animais não genotipados são suficientes para acurado cálculo dos componentes de variância, valores genéticos e também acurácia de predição dos valores genéticos. / The knowledge on breed composition is of major importance under design of breeding schemes. With this respect, the estimation of such parameters must be as accurately as possible. Currently, most of genetic evaluation programs has been predicting breed composition based on pedigree datasets; but, such estimations only accounts for the expected (allele frequency) contributions across ancestors After the development and establishment of single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms on the last decade, an interest in genetic diversity studies has arisen and especially the study of individuals’ origin. The objective of the present study was to evaluate the minimum required number of ancestry informative markers necessary to differentiate Hereford, Nelore, Brahman and Braford breeds genotyped with 777 K Illumina Bovine HD Bead Chip. In addition, we also compared the effects of different panels size on breed composition inference under different AIMs methods. To that, it was used the high-density Illumina Bovine HD BeadChip with more than 777 K SNPs to elucidate the structure of Hereford, Nelore, Brahman and Braford populations. Three different ancestry informative marker methods were used to distinguish such populations. Additionally, random marker selection was considered. Admixture software was used to infer breed composition using very low-density SNP panels assembled with AIMs. Our results suggest that is possible to assign individuals to populations with high confidence using less than 8 SNP markers selected per breed. Although millions of SNP markers have been identified, only few of them are needed to accurately infer ancestry in a cost-effective manner. Pedigree information is by nature incomplete and commonly not well established simply because many of the true genetic ties existent between individuals are not a priori known or they can be even wrong. Genomic era brought new opportunities when calculating relationships between individuals. The challenge under genomic approaches is the correct definition of genetic base by the use of pedigree and genomic data. Genetic base may change as more individuals are included and are inadequately defined if populations are genetically structured. Metafounder concept relies on the definition of pseudo-individuals that describes some level of within and/or across genetic relationship between base population. The purpose of this study was to evaluate metafounder theory to estimate breeding values and the predictive ability under a single-step approach for a multibreed population. Three different scenarios were adopted to estimate variance components and to compute breeding values: pedigree-based model, single- step GBLUP and single-step GBLUP with addition of metafounders. A total of 28 different metafounders were included in the ssGBLUP+metafounder model. In general, it was possible to note that genomic models were able to greater ability to predict the future performance. Among genomic models, the inclusion of metafounder information could increment even more the predictive ability under cross-validation approach. Restricted maximum likelihood (REML) is a popular method for parameter estimation. Because it uses the mixed model equations, it is resistant to selection bias and efficient implementations are currently available. When genomic information is available, two versions of REML may be applicable. When only genotyped animals have phenotypes, genomic REML can be applied with a genomic relationship matrix. When only a fraction of animals is genotyped, a single-step REML is applicable. In general, it is of interest to include many genotyped animals in parameter estimation and into evaluations, to account for genomic selection or pre- selection. The aim of this study was to investigate to what extent generations truncation affects estimates for a simulated population under selection.The use of less generations reduced the ability of pedigree-based model in estimating the benchmark heritability (0.30). The decrease in heritabilities based on genomic information was less than using only pedigree relationships. Genomic models provided greater correlations than pedigree-based model; on average 25 points. Single-step genomic models do not require a deeper pedigree relationship to estimate reliable variance components and breeding values. The use of APY algorithm does not affect the estimation of variance components. An extra of 2 ungenotyped generations are sufficient to compute reliable variance components; as well as breeding values and accuracies.

Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T10:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cidade_FernandaWitt_D.pdf: 4497924 bytes, checksum: 742a35a26e2eea5a11249f8fc87abb2b (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens para alimentação animal, sendo a maioria destas cultivadas. O lançamento de novas cultivares de forrageira e os avanços no manejo das pastagens permitiram que o Brasil se tornasse, atualmente, um dos maiores produtores mundiais de bovinos e o maior exportador de carne bovina do mundo. Contudo, poucas opções de forrageiras estão disponíveis para o cultivo de pastagens no Brasil, principalmente para as regiões tropicais, sendo que a maioria dessas é constituída de poucas cultivares de gramíneas africanas do gênero Urochloa (Syn. Brachiaria). Há uma necessidade eminente de diversificação das pastagens e, o gênero Paspalum se destaca dentre as gramíneas nativas com potencial forrageiro a contribuir para a diversificação de espécies em pastagens tropicais. Paspalum inclui aproximadamente 400 espécies distribuídas, principalmente, em regiões tropicais e subtropicais das Américas. O Brasil é o maior centro de origem e diversidade deste gênero, com ocorrência de espécies de grande potencial forrageiro, havendo vários acessos disponíveis em bancos de germoplasma. Para que os programas de melhoramento possam utilizar de forma adequada os bancos de germoplasma existentes, é necessário um conhecimento da quantidade e da distribuição da diversidade genética dessas coleções. Nesse sentido, no presente trabalho, marcadores microssatélites foram isolados e caracterizados em duas espécies de Paspalum (P. atratum e P. notatum) para o estudo de diversidade genética de acessos de bancos de germoplasma de Paspalum. Um total de 21 microssatélites foi desenvolvido para P. atratum e 26 para P. notatum. A transferibilidade desses marcadores foi avaliada para 35 espécies de Paspalum, sendo que doze microssatélites foram utilizados na caracterização de 214 acessos de Paspalum de diferentes espécies. Os microssatélites foram úteis na identificação das espécies de Paspalum, auxiliando de forma efetiva na organização dos acessos mantidos nos bancos de germoplama, fornecendo também subsídios para programas de melhoramento genético do gênero. Adicionalmente, 57 acessos de P. notatum foram avaliados com o uso de 30 microssatélites, em conjunto com caracterísitcas fenotípicas e citogenéticas. A maioria desses locos apresentou grande potencialidade para uso na discriminação de cultivares e acessos. As avaliações conjuntas indicaram que os microssatélites foram eficientes e robustos na separação dos acessos de P. notatum em três variedades botânicas (var. notatum, var. saurae e var. latiflorum), os quais agruparam-se em sete grupos geneticamente distintos. Os microssatélites desenvolvidos, assim como os dados de diversidade genética gerados nesse trabalho, são um passo em direção a um melhor entendimento do gênero e uma ferramenta para que novos trabalhos possam ser realizados / Abstract: In Brazil, the production of cattle is based primarily on the use of pastures for animal feed, most of these cultivated. The release of new cultivars of forage and advances in pasture management has enabled Brazil to become currently one of the largest producers of cattle and the largest exporter of beef in the world. However, few options are available for fodder cultivation of pastures in Brazil, mainly in tropical regions, where most of these consists of a few varieties of African grasses of the genus Urochloa (Syn. Brachiaria). There is a clear need to diversify pastures and the genus Paspalum stands out among the native grasses with forage potential to contribute to the diversification of species in tropical pastures. Paspalum includes about 400 species distributed mainly in tropical and subtropical regions of the Americas. Brazil is the largest center of origin and diversity of this genus, with the occurrence of species of high forage yield potential, and several accessions available in germplasm banks. In order to make good use of the existing germplasm collections for breeding purposes it is necessary to know the quantity and distribution of genetic diversity of these collections. In that sense, in the present work, microsatellite markers were isolated and characterized in two species of Paspalum (P. notatum and P. atratum). These markers were used as a tool to study genetic diversity of germplasm banks of Paspalum. A total of 21 microsatellites was developed for P. atratum and 26 for P. notatum. The transferability of these markers was evaluated for 35 species of Paspalum, in which twelve microsatellites were used to characterize 214 accessions of different species of Paspalum. The microsatellites were useful in identifying the species of Paspalum, effectively assisting in the organization of accessions maintained in germplasm banks, as well as providing subsidies to breeding programs of the genus. Additionally, 57 accessions of P. notatum were evaluated using 30 microsatellites, together with phenotypic and cytogenetic characteristic. Most of these loci showed a great potential for cultivar and accessions discrimination. Joint evaluations indicated that the microsatellites were efficient and robust in the separation of the accessions evaluated in to seven genetically distinct groups, which corresponded to the three botanical varidades described for the species (var.notatum, var. sourae, and var. latiflorum). Microsatellites developed, as well as data of genetic diversity generated in this work are a step toward a better understanding of the genus and a tool for further work / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Luiz Francisco Lembo Duarte, Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T12:02:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aranha_TiagoPorto_M.pdf: 851406 bytes, checksum: 8a0e698a85700d7b59721c4e8167d63f (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A quantidade de espécies envolvidas, a amplitude geográfica e a freqüência de ocorrência das invasões biológicas não conhecem precedentes. Atualmente as invasões são consideradas um processo composto de múltiplos estágios, dinâmico no espaço e no tempo. As populações invasoras podem estacionar em determinados estágios e até regredir a estágios anteriores antes de atingir a fase de clímax. As invasões são consideradas uma das grandes causas da extinção de espécies no planeta, desta forma, a compreensão dos mecanismos e fatores que influenciam o sucesso das invasões e o entendimento de seus efeitos em comunidades nativas é fundamental. O objeto de estudo do presente trabalho é o bivalve invasor Isognomon bicolor em costões rochosos do sudeste do Brasil. No capítulo I, padrões de distribuição e dominância de populações localizadas no litoral norte de São Paulo foram documentados. A situação atual da invasão de I. bicolor foi avaliada frente às populações de organismos nativos da área. No capítulo II, padrões de variabilidade e estruturação genética de populações de I. bicolor no litoral sudeste foram descritos e comparados com aqueles para populações do bivalve nativo Brachidontes solisianus. A combinação dessas duas abordagens permitiu uma maior compreensão do processo de invasão de I. bicolor e das conseqüências dessa invasão sobre as espécies nativas. Atualmente I. bicolor apresenta-se amplamente distribuído no litoral norte de São Paulo, entretanto, ao contrário de estudos anteriores, suas populações apresentam baixas porcentagens de cobertura nos costões onde ocorre. Tal fato deve-se a um evento de mortaliade em massa pelo qual a espécie passou recentemente. A alta variabilidade e baixa estruturação genética observada, semelhante à encontrada para o bivalve nativo B. solisianus, são indícios de um processo de invasão costituido por múltiplos episódios de introdução e da grande capacidade de dispersão do invasor. Esses resultados são preocupantes pois sugerem que as populações de I. bicolor estão relativamente estáveis e conectadas entre si, tornando sua exitinção na costa sudeste do Brasil improvável, mesmo após a ocorrência do evento de mortalidade em massa / Abstract: The species number, geographic scale and frequency of biological invasions are unparalleled. Currently, invasions are considered as a several stages process, dynamic in space and time. The invasive populations can remain at some stage or return to earlier stages before reaching the invasion climax. Invasions are considered one of the major causes of species extinction on the planet and thus. Understanding mechanisms and factors that influence invasion success and its effects on native communities is of primary imporatance. The present work studied the invasive Isognomon bicolor populations along the southeastern coast of Brazil. In Chapter I, the distribution and the dominance patterns of I. bicolor were documented along the northern coast of São Paulo. The population attributes of the invasive species I. bicolor were evaluated and compared to the population attributes of native organisms in the sampled area. In Chapter II, the genetic variability and the structure patterns of four I. bicolor populations on southeastern Brazilian Coast were analyzed and compared with those of the native Brachidontes solisianus populations. The combination of these two approaches has enabled a better understanding of I. bicolor invasion process and its consequences for native species. Currently, I. bicolor has become widely distributed in the northern coast of São Paulo, however, unlike previous studies, I.bicolor is not dominant in the rocky shores. This fact may be caused by a recent mass mortality event. The high variability and low genetic structure observed, similar to the genetic attibutes of the native bivalve B. solisianus populations, are evidences of an invasion process with multiple introduction events and of the large invader dispersal ability. These results are concerning as they suggest that I.bicolor populations are relatively stable and connected to each other, making its extinction in the southeastern coast of Brazil unlikely, even after the occurrence of a mass mortality event / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientadores: Lucia Regina Durrant, Lara Durães Sette / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-15T23:25:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_RafaellaCostaBonugli_D.pdf: 1864466 bytes, checksum: 5bb70197e101a9e0e85c0147626dbf2e (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Os ecossistemas marinhos representam uma fonte potencial de recursos genéticos para diversas aplicações biotecnológicas. Neste sentido, os fungos filamentosos derivados do ambiente marinho podem ser considerados estratégicos para a produção de compostos naturais bioativos e para aplicações em processos industriais que requerem tolerância às condições salinas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar a diversidade genética de fungos derivados de macro-organismos marinhos (cnidários e esponjas) e o potencial destes isolados para a biorremediação de poluentes ambientais. A caracterização da diversidade dos fungos isolados de cnidários marinhos demonstrou que a maioria dos isolados pertencem ao filo Ascomycota, sendo identificado apenas um único isolado do filo Zygomycota (gênero Mucor). Diversos fungos filamentosos isolados dos cnidários marinhos apresentaram potencial biotecnológico para produção das enzimas ligninolíticas. Entretanto, os fungos Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857 (Ascomycota) e o Mucor racemosus CBMAI 847 (Zygomycota) foram selecionados devido à capacidade de produção de quantidades significativas de enzimas ligninolíticas na triagem inicial. Esses três isolados foram submetidos à avaliação de diferentes fatores (fonte de carbono, farelo de trigo e salinidade) envolvidos na atividade ligninolítica. A atividade da lacase e MnP foi ampliada quando a glicose foi utilizada como fonte de carbono, contudo LiP foi produzida apenas no meio contendo extrato de malte. A adição do farelo de trigo não influenciou a produção das enzimas, contudo, a salinidade foi o fator mais importante na atividade ligninolítica. Valores mais altos de MnP e lacase foram produzidos por M. racemosus CBMAI 847 em 12,5% e 23% de salinidade, sendo o primeiro relato da atividade ligninolítica para o gênero Mucor. Levando-se em consideração que os fungos basidiomicetos são os principais produtores de enzimas ligninolíticas, três basidiomicetos isolados de esponjas marinhas, identificados como Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 e Peniophora CBMAI 1063 foram investigados quanto à atividade de LiP, MnP e Lac, diversidade dos genes que codificam para a atividade extracelular da lacase e degradação do corante Remazol Brilhante Blue R (RBBR). A atividade enzimática foi altamente significativa para os três basidiomicetos derivados marinhos em meio contendo extrato de malte como fonte de carbono (condição não salina) e em meio formulado com água do mar artificial (condição salina). A atividade ligninolítica aumentou quando o farelo de trigo e CuSO4 foram adicionados ao meio de cultivo contendo glicose como fonte de carbono. Uma elevada diversidade de genes que codificam para a lacase foi encontrada nos três basidiomicetos estudados, sugerindo a detecção de novas lacases, que podem apresentar características diferentes das produzidas por micro-organimos terrestres. Em adição, os três basidiomicetos estudados apresentaram capacidade significativa de descoloração do corante RBBR. O fungo Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 foi o mais eficiente na degradação do corante RBBR, com 100% de degradação após 3 dias de cultivo e a MnP foi a principal enzima produzida durante a descoloração do corante por este fungo. Os resultados obtidos no presente estudo demonstram o potencial biotecnológico dos fungos derivados de ambientes marinhos pertencentes a diferentes grupos taxonômicos (ascomicetos, zigomicetos e basidiomicetos), principalmente na degradação de poluentes por enzimas ligninolíticas em ambiente ou processos salinos, como na biorremediação de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos (HPAs) e vários compostos aromáticos derivados do derramamento de petróleo nos oceanos e mares ou no tratamento de efluentes têxteis, os quais contêm altas concentrações de sais / Abstract: Marine ecosystems represent potential genetic resources for various biotechnological applications. In this sense, the fungi derived from marine environments can be considered strategic for the production of natural bioactive compounds and for applications in industrial processes that require tolerance to saline conditions. In this context, this study aimed to evaluate the biotechnological potential of fungi derived from marine macroorganisms (cnidarians and sponges) on the degradation of environmental pollutants, as well as to characterize the diversity of isolates derived from such samples. Our results showed that most marine-derived fungal isolates belong to the phylum Ascomycota, and only one isolate was identified as representative of the genus Mucor, phylum Zigomycota. Several filamentous fungi isolated from marine cnidarians showed potential for industrial applications. However, Aspergillus sclerotiorum CBMA 849, Cladosporium cladosporioides CBMA 857 (Ascomycota) and Mucor racemosus CBMAI 847 (Zygomycota) were selected for their ability to produce significant amounts of ligninolytic enzymes in the initial screening. These three isolates were submitted to experiments related to the influence of different variable parameters (carbon source, wheat bran and salinity) on ligninolytic activity. Lac and MnP activities were enhanced when glucose was used as carbon source. However LiP was produced only in medium containing malt extract. According to the statistical analysis, the addition of wheat bran did not influence the enzyme productions, but the salinity was the most important parameter on the ligninolytic activities. The highest amounts of MnP and laccase were produced by M. racemosus CBMAI 847 in 12.5% and 23% salinity and this was the first report related to ligninolytic activity for the genus Mucor. Taking into account that basidiomycetes are the major producers of ligninolytic enzymes, three basidiomycetes isolates from marine sponges identified as Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 and Peniophora sp. CBMAI 1063 were investigated in relation to LiP, MnP and Lac activities, as well as the diversity of extracellular laccase genes and the decolorization of Remazol Brilliant Blue R (RBBR) dye. The enzyme activity was highly significant for the three marine-derived basidiomycetes in medium containing malt as carbon source (non-saline condition) and in medium formulated with artificial seawater (saline condition). Ligninolytic activity was enhanced when wheat bran and CuSO4 were added to the culture medium containing glucose as carbon source. A high diversity of Lac genes was found in the three basidiomycetes studied, suggesting the detection of new laccase, which may present different characteristics from those produced by terrestrial microorganisms. In addition, the three basidiomycetes studied showed significant capacity to decolorize the RBBR dye. Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 was the most efficient fungus in the dye decolorization, presenting 100% degradation after 3 days of cultivation in liquid medium, and MnP was the main enzyme produced during RBBR decolorization by the three marine-derived fungi. Results from our study revealed the biotechnology potential of marine-derived fungi belonging to different taxonomic groups (ascomycetes, zygomycetes and basidiomycetes), in the degradation of pollutants by ligninolytic enzymes in saline environments and/or processes, such as the bioremediation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs) derived from oil spills in the ocean or in the treatment of industrial (textile) colored effluents, which contain high concentrations of salts. Os ecossistemas marinhos representam uma fonte potencial de recursos genéticos para diversas aplicações biotecnológicas. Neste sentido, os fungos filamentosos derivados do ambiente marinho podem ser considerados estratégicos para a produção de compostos naturais bioativos e para aplicações em processos industriais que requerem tolerância às condições salinas. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar a diversidade genética de fungos derivados de macro-organismos marinhos (cnidários e esponjas) e o potencial destes isolados para a biorremediação de poluentes ambientais. A caracterização da diversidade dos fungos isolados de cnidários marinhos demonstrou que a maioria dos isolados pertencem ao filo Ascomycota, sendo identificado apenas um único isolado do filo Zygomycota (gênero Mucor). Diversos fungos filamentosos isolados dos cnidários marinhos apresentaram potencial biotecnológico para produção das enzimas ligninolíticas. Entretanto, os fungos Aspergillus sclerotiorum CBMAI 849, Cladosporium cladosporioides CBMAI 857 (Ascomycota) e o Mucor racemosus CBMAI 847 (Zygomycota) foram selecionados devido à capacidade de produção de quantidades significativas de enzimas ligninolíticas na triagem inicial. Esses três isolados foram submetidos à avaliação de diferentes fatores (fonte de carbono, farelo de trigo e salinidade) envolvidos na atividade ligninolítica. A atividade da lacase e MnP foi ampliada quando a glicose foi utilizada como fonte de carbono, contudo LiP foi produzida apenas no meio contendo extrato de malte. A adição do farelo de trigo não influenciou a produção das enzimas, contudo, a salinidade foi o fator mais importante na atividade ligninolítica. Valores mais altos de MnP e lacase foram produzidos por M. racemosus CBMAI 847 em 12,5% e 23% de salinidade, sendo o primeiro relato da atividade ligninolítica para o gênero Mucor. Levando-se em consideração que os fungos basidiomicetos são os principais produtores de enzimas ligninolíticas, três basidiomicetos isolados de esponjas marinhas, identificados como Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 e Peniophora CBMAI 1063 foram investigados quanto à atividade de LiP, MnP e Lac, diversidade dos genes que codificam para a atividade extracelular da lacase e degradação do corante Remazol Brilhante Blue R (RBBR). A atividade enzimática foi altamente significativa para os três basidiomicetos derivados marinhos em meio contendo extrato de malte como fonte de carbono (condição não salina) e em meio formulado com água do mar artificial (condição salina). A atividade ligninolítica aumentou quando o farelo de trigo e CuSO4 foram adicionados ao meio de cultivo contendo glicose como fonte de carbono. Uma elevada diversidade de genes que codificam para a lacase foi encontrada nos três basidiomicetos estudados, sugerindo a detecção de novas lacases, que podem apresentar características diferentes das produzidas por micro-organimos terrestres. Em adição, os três basidiomicetos estudados apresentaram capacidade significativa de descoloração do corante RBBR. O fungo Tinctoporellus sp. CBMAI 1061 foi o mais eficiente na degradação do corante RBBR, com 100% de degradação após 3 dias de cultivo e a MnP foi a principal enzima produzida durante a descoloração do corante por este fungo. Os resultados obtidos no presente estudo demonstram o potencial biotecnológico dos fungos derivados de ambientes marinhos pertencentes a diferentes grupos taxonômicos (ascomicetos, zigomicetos e basidiomicetos), principalmente na degradação de poluentes por enzimas ligninolíticas em ambiente ou processos salinos, como na biorremediação de Hidrocarbonetos Policíclicos Aromáticos (HPAs) e vários compostos aromáticos derivados do derramamento de petróleo nos oceanos e mares ou no tratamento de efluentes têxteis, os quais contêm altas concentrações de sais / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-15T20:31:31Z No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:37:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:53:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:53:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) Previous issue date: 2011-11-17 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.)S.A. Mori, is a native forest species from rain forest mainly used for timberspecificallyfor producing mainstays, poles and fenceposts andalso ship factories. The species components are fungicide and antimicrobial and antioxidant chemicals. This work evaluated diversity and genetic structure of natural populations of E. coriacea, using ninemicrosatellite loci developedthrough an enriched genomic library. Of the 96 positive clones sequenced, 81 contained repetitive sequences, of which 49 (65%) were appropriate for design of primers in the flanking regions and 24 sequences were selected for primer pair design using the Software Primer 3. Twelve microsatellite primersamplifiedand were polymorphic, being nine used to estimategenetic parameters of six populations of matamatá-amarelo as follows: Highway BR-429, Rondônia-RO (n=31), Federal University of AmazonasState(UFAM) -Manaus-AM (n=36), Adolpho Ducke Reserve, Manaus-AM (n=32), Experimental Farm of the Federal University of AmazonasState(UFAM), Coari-AM (n=33), Santa Helena Farm and Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) and Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). There is a great genetic variability for the genotypes of E. coriacea, with mean of 16,2 allelesper loci andtotal diversity(HT) equal to0,77. Nine loci presented 14 common alleles and 30 intemediate-frequency alleles, 102allelesscattered among population, being 41 private, 47 sporadical and 14 spread out. The observed estimates ofheterozygosity (HO) were smaller than 0,5 for most loci,varying from 0,07 (Ec15) to 0,75 (Ec36). The expected estimates of heterozyigosity(HE) varied from 0,13 (Ec15) to 0,92 (Ec24). The values of HOwere smaller than the values of HEin most loci, except lociEc37 in Rondôniapopulation. Differences between HOand HEfor most loci indicate deficiency of heterozygote. The Fischer test showed that 85,2% of loci do not join the HWEthe populations. The coefficients of inbreeding(f) varied between populations, being largerinDuckeReserve (0,53) andsmaller inUFAM (0,29), with mean of0,4, showing inbreeding in populations. The number of alleles for all loci was larger for the Maués population (105) and smaller in Rondônia (54). The high index for diversity estimated byHEe HOwere similar to most populations, varying between 0,33/0,44 (HO/HE) and 0,46/0,83 (HO/HE), being the HOsmaller in Rondônia population and larger in UFAM and Parintins andHEsmaller in theRondôniapopulation and larger forMaués. The AMOVA xix detected 87,5% of total variation inside populations and 12,5%. Genetic differentiation was detected (FST) between populations of Parintins and Maués (0,018),followed by UFAM andDucke Reserve (0,030), certainly dueto the high gene flow(Nm=13,4; 8,1, respectively). This relation was confirmed by dendrogram of genetic distances of NEI (1978), which shows two groups, one formed by formed by UFAM/Reserva Ducke and Parintins/Maués populations, followed by Rondônia andCoari, asdetected bythe STRUCTURE Program.The Mantel test showed relation between geographic and geneticdistance, showing distance isolation. The results indicate that nine microsatellite loci were efficient in evaluating geneticdiversity in six populations ofE. coriacea, showing that most genetic variation is found inside populations and the mild genetic structure was found between populations, being explained by distance isolation, possibly associate to mating patterns and population demography. / O matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.) S.A. Morié uma espécie florestal nativa da região tropical, utilizada principalmente na indústria madeireira para a fabricação de postes, mourões e esteios, além de ser utilizado em construções navais. A espécie apresenta constituintes com atividades farmacológicas antifúngicas e anti microbianas e compostos químicos que podem atuar como agentes antioxidantes. Este trabalho avaliou a diversidade e estrutura genética de populações naturais de E. coriacea, usando nove locos microssatélites desenvolvidos por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. Dos 96 clones positivos sequenciados, 81 apresentaram sequências repetidas, dos quais 49 (65%) foram apropriadas para o desenho dos primers nas regiões flanqueadas, e 24 sequencias foram selecionadas para os desenhos dospares de primers usando o Programa Oligo Explorer.Doze primers microssatélites amplificaram e foram polimórficos, dos quais nove foram usados para estimar os parâmetros genéticos de seis populações de matamatá-amarelo sendo: ao longo daRodovia BR-429, Rondônia-RO (n=31), Fragmento Florestal da Universidade Federal do Amazonas (UFAM) -Manaus-AM (n=36), Reserva Adolpho Ducke, Manaus-AM (n=32), Fazenda Experimental da UFAM, Coari-AM (n=33), Fazenda Santa Helena e Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) e Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). Existe alta variabilidade genética para os genótipos de E. coriacea, com média de 16,2 alelos por locos e diversidade total (HT) igual a 0,77. Os nove locos apresentaram 14 alelos comuns e 30 alelos intermediários, 102 alelos raros, sendo 41 privados, 47 esporádicos e 14 difundidos.As estimativas de heterozigosidade observadas (HO) foram menores que 0,5 para maioria dos locos, variando de 0,07 (Ec15) a 0,75 (Ec36). As heterozigosidades esperadas (HE) variaram de 0,13 (Ec15) a0,92 (Ec24). Os valores de HOforam inferiores aos valores de HEna maioria dos locos, com exceção doslocos Ec37 na população de Rondônia. Diferenças claras entre HOe HEpara maioria dos locos indicam deficiências de heterozigotos. O teste exato de Fisher revelou que 85,2% dos locos não aderem o EHW no conjunto de populações. Os coeficientes de endogamia (f) variaram entre populações, sendo maior na Reserva Ducke (0,53) e menor na UFAM (0,29), com média de 0,4, evidenciando endogamia nas populações. O número de alelos para todos os locos foi maior nas populações de Maués (105) e menor em Rondônia (54). Os altos índices de diversidade estimados pelasHEe HOforam semelhantes para a maioria das populações, variando entre 0,33/0,44 (HO/HE) a 0,46/0,83 (HO/HE), sendo a HOxvii menor na população de Rondônia e maiores na UFAM e Parintins e HEmenor para a população de Rondônia e o maior para Maués. A AMOVA detectou 87,5 % do total da variação dentro das populações e 12,5%. Detectou-se baixa diferenciação genética (FST) entre as populações Parintins e Maués (0,018), seguida da UFAM e Reserva Ducke (0,030), certamente devido ao alto fluxo gênico (Nm=13,4; 8,1, respctivamente). Este relacionamento foi confirmado pelo dendrograma de distância genética deNEI (1978), o qual evidencia dois grupos, um formado pelas populações de UFAM/Reserva Ducke e Parintins/Maués, e o segundo por Rondônia e Coari, assim como detectado peloPrograma STRUCTURE. Oteste de Mantel revelou relação entre distância geográfica e distância genética, indicando isolamento por distância. Os resultados indicam que os nove locos microssatélites foram eficientes em avaliar a diversidade genética nas seis populações de E. coriacea, mostrando que a maior parte da variação genética é encontrada dentro das populações e que a moderada estrutura genética encontrada entre, pode ser explicada pelo isolamento por distância, possivelmente associada aos padrões de reprodução e demografia da população.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucyanna Moura Coelho.pdf: 2600977 bytes, checksum: c3fa95709cf87a2f64ab8f2ec5822112 (MD5) Previous issue date: 2013-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Brazil nuts (Bertholletia excelsa H.B.K.) is a symbol tree of the Amazon, which provides a great social, ecological and economic development for the region. In the first four months of 2012, total exports of Brazil nuts reached 4,940 tons, generating revenues of US$ 6.5 million, a figure 65.6% higher than in the same period of 2011. Despite high values of production and export of Brazil Nuts, and the extreme importance it has in the economy, studies show that excessive collection in forests jeopardizes the future of the species. It is through the genetic diversity that species are maintained over time, allowing the evolutionary adaptation of the species as a result of environmental changes. The objective of this work was to study the genetic diversity among and within populations of Brazil nuts by AFLP markers. One hundred and fifty subjects were evaluated, two populations from Aruanã Farm, one from Parintins and two from Manaus. The DNA of these individuals was extracted by CTAB method, based on the protocol of Doyle and Doyle (1987), with some adaptations and quantified. In analyzes, we used four primer combinations (E + ATC / M + CCA + E AGC / M + CAT, E + AGC / M + CCA E + ACA / M + CAC) that generated 306 polymorphic bands (93.3%). Genetic differentiation within and among populations was tested by analysis of molecular variance (AMOVA), using the Genes software (Cruz, 2006a). The genetic distances of Jaccard were used in a cluster analysis of UPGMA type (Unweighted Pair-Group Method by Arithmetic Averages), using the Genes program, and bootstrap test was conducted with 5,000 permutations. Results indicated that the presence of genetic divergence is greater within populations (51.88%) than among populations (48.11%). The Fst value was equal to 0.48. Two groups were formed in interpopulational grouping: the first consisted of individuals from Aruanã Carolina, Aruanã Brastor and Manaus IFAM (planted), and the second presented individuals from Parintins and Manaus Airport (natural). AFLP markers were efficient in the characterization of natural populations and cultured Brazil nuts. / A castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.) é uma das árvores-símbolo da Amazônia, apresentando um grande valor social, ecológico e econômico para a região. Nos quatro primeiros meses de 2012, o volume total das exportações de castanha-do-Brasil atingiu 4.940 toneladas, gerando uma receita de U$S 6,5 milhões, valor 65,6% superior ao observado no mesmo período de 2011. A coleta excessiva em castanhais nas florestas tem se intensificado e compromete o futuro da espécie. A diversidade genética dentro de uma espécie facilita a adaptação evolutiva em decorrência das mudanças ambientais e precisa ser preservada para que sua perpetuação ocorra. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade e genética entre e dentro de populações de castanheira-do-Brasil por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram avaliadas cinco populações no Estado do Amazonas com 30 indivíduos cada, duas populações da Fazenda Aruanã (Aruanã Carolina e Aruanã Brastor), uma de Parintins e duas de Manaus (Manaus IFAM e Manaus Aeroporto). A extração de DNA foi realizada pelo método CTAB, baseado no protocolo de Doyle e Doyle (1987), com adaptações. Foram utilizados quatro combinações de oligonucleotídeos (E+ATC/M+CCA; E+AGC/M+CAT; E+AGC/M+CCA; E+ACA/M+CAC) na genotipagem dos 150 indivíduos e obtidas 306 bandas polimórficas (93,3%). A diferenciação genética dentro e entre populações foi testada pela análise de variância molecular (AMOVA) utilizando o programa Genes. As distâncias genéticas de Jaccard foram utilizadas em uma análise de agrupamento do tipo UPGMA (Unweighted Pair-Group Method by Arithimetic Averages) e o teste de bootstrap foi realizado com 5.000 reamostragens. Os resultados indicaram que a presença de divergência genética é maior dentro de populações (51.88%) do que entre populações (48.11%). O valor de Fst foi igual a 0,48. Dois grupos foram formados no agrupamento interpopulacional: o primeiro constituiu-se de populações oriundas de plantios, Aruanã Carolina, Aruanã Brastor e Manaus IFAM e o segundo de populações naturais, Parintins e Manaus Aeroporto. Os marcadores AFLP foram eficientes na caracterização de populações naturais e cultivadas de castanheira-do-Brasil.

Este trabalho teve como objetivo avaliar a estrutura populacional e genética de Hymenaea stigonocarpa Mart. ex Hayne em duas áreas no Cerrado do Estado de São Paulo. Para tanto, foram transferidos oito iniciadores microssatélites nucleares (SSR) de Hymenaea courbaril para H. stigonocarpa, além de cinco iniciadores microssatélites cloroplastidiais (cpSSR) universais. O presente trabalho respondeu às hipóteses sobre a dispersão restrita de sementes, a existência de propagação vegetativa e a viabilidade evolutiva das populações nas unidades de conservação analisadas. O estudo foi conduzido em duas unidades de conservação administradas pelo Instituto Florestal do Estado de São Paulo e representam alguns dos últimos remanescentes protegidos de Cerrado no Estado, com fisionomias e históricos contrastantes. Na população localizada na Estação Ecológica de Itirapina (EEI), Itirapina, S.P., foram encontrados 68 indivíduos de H. stigonocarpa dispostos em reboleiras. Utilizando marcadores SSR, foram constatados apenas 18 genótipos diferentes (genetes), evidenciando a propagação vegetativa na EEI. Apesar do número reduzido de genetes na área, esta população apresentou excesso de heterozigotos. Mesmo assim, a área mínima viável para conservação ( AMV ) foi maior do que a área total da EEI devido à baixa densidade de indivíduos. A análise de paternidade, utilizando todas as sementes disponíveis na EEI (n = 71), revelou que 42,46% tiveram doadores de pólen fora na área amostrada e o tamanho efetivo de vizinhança de polinização foi de 1.283 ha, mostrando a importância da preservação de áreas particulares ou a expansão da unidade de conservação. Houve dominância de doadores de pólen e a distância média de polinização foi de 2.325 m, variando de 0,35 a 3.570 m. Além disso, os marcadores cpSSR revelaram um forte efeito fundador, com a existência de um único haplótipo. Contrastando com a EEI, a população estudada na Estação Ecológica de Assis e na Floresta Estadual de Assis (EEA) apresentou 47 indivíduos distintos geneticamente (genetes). O uso de marcadores SSR na população da EEA revelou um alto e significativo índice de fixação ( f = 0,177), associado a uma significativa estrutura genética espacial (EGE) ( xy q = 0,075) até 750 m. A EGE foi resultante de uma dispersão restrita de sementes, comprovada pelo uso de marcadores cpSSR. A alta divergência genética demonstrada pelos marcadores SSR e o número de haplótipos privados encontrado na população da EEA fez com que cada população fosse considerada uma Unidade Independente para o Manejo (UIM) e, ao mesmo tempo uma Unidade Evolutiva Significativa (USE). Essas designações implicam que, apesar das populações da EEA e da EEI possuírem um tamanho efetivo ( e N ) e uma AMV insuficientes para a manutenção da endogamia local de H. stigonocarpa em curto prazo, a localização específica dessas unidades permitiu englobar reservatórios gênicos distintos, importantes para se iniciar uma conservação evolutivo-adaptativa. Assim, programas visando a restauração florestal ou melhoramento de H. stigonocarpa devem contemplar genótipos de cada USE. Além disso, a coleta de sementes visando a conservação deve obedecer a uma distância mínima de 750 m quando os indivíduos não estiverem dispostos em reboleiras. / This study aimed to evaluate the population and genetic structure of Hymenaea stigonocarpa Mart. ex Hayne in two areas of Cerrado in the State of São Paulo. For this, eight nuclear microsatellite (SSR) primers from Hymenaea courbaril and five universal chloroplastidial microsatellite primers (cpSSR) were transferred from Hymenaea coubaril to H. stigonocarpa. This study answered the assumptions regarding restricted seed dispersal, vegetative propagation and the existence of the populations evolutionary viability in the studied conservation units. This study was conducted in two protected areas managed by the Forest Institute State of São Paulo and represent some of the last protected remnants of Cerrado in the State with contrasting physiognomies and history. The 68 trees of H. stigonocarpa on the population located in the Ecological Station of Itirapina (ESI), Itirapina, S.P., were spatially clumped. Using SSR markers only 18 different genotypes (genets) were found, showing the existence of vegetative propagation in ESI. Despite the limited number of genets in the area, this population showed an excess of heterozygotes. Even so, the minimum viable area for conservation ( AMV ) was greater than the total area of the ESI due to low density of individuals. The paternity analysis using all the available seeds in ESI (n = 71) revealed that 42.46% of pollen donors were outside the sampled area and the effective neighborhood size of pollination was 1283 ha demonstrating the importance of surrounding areas and the expansion of the protected area. There was pollen donor dominance and the average distance of pollination was 2325 m, ranging from 0.35 to 3570 m. Furthermore, the markers cpSSR revealed a strong founder effect, with the existence of a single haplotype. In contrast to the ESI, the population studied in the Ecological Station of Assis and in the Assis State Forest (EEA), had 47 trees, all genets. The use of SSR markers in the population of the ESA revealed a high and significant fixation index ( f = 0177), associated with a significant spatial genetic structure (SGS) ( xy q = 0075) up to 750 m. The SGS was originated by a limited seed dispersal, as evidenced by the use of cpSSR markers. The high genetic divergence shown by SSR markers and the number of private haplotypes found in the population of the ESA are reasons to consider each population independent units for management (IUM) and at the same time an Evolutionary Significant Unit (ESU). These designations mean that, in despite of the populations of the ESI and ESA have insufficient effective sizes ( e N ) and AMV for the maintenance of H. stigonocarpa inbreeding level in the short term, the specific location of these units allowed to include different gene pools, important in starting an adaptive-evolutionary conservation. Thus, programs aimed at forest restoration or breeding of H. stigonocarpa shall address each ESU genotypes. Moreover, the collection of seeds for conservation should have a minimum distance of 750 m among trees, when these are not clumped.

O Corymbia citriodora (ex Eucalyptus citriodora) é uma espécie que ocupa um lugar de destaque no segmento de plantas aromáticas. Além de ser plantada, principalmente por pequenos e médios proprietários rurais, destinada a usos múltiplos, a espécie se destaca por colocar o Brasil como o maior produtor mundial de óleo essencial obtido de suas folhas. Dessa forma, os estudos de variação genética envolvendo caracteres de produção silvicultural e de óleo são importantes, visando à seleção de materiais geneticamente superiores. Diante de tais fatos, este trabalho teve como objetivos a avaliação do potencial de uma população originária de Atherton QLD, Austrália, a caracterização morfológica de matrizes e progênies superiores e a seleção de progênies e indivíduos superiores, em relação a produção de folhas, rendimento de óleo essencial e teor do seu componente químico principal, o citronelal. O experimento foi instalado em fevereiro de 2003, na Estação Experimental de Ciências Florestais de Anhembi, localizada no município de Anhembi, SP, pertencente à Universidade de São Paulo e administrada pelo Departamento e Ciências Florestais da Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz”. O delineamento experimental foi o de blocos completos ao acaso, com o plantio de árvores originadas de sementes de 45 progênies existentes na Estação Experimental, que por sua vez foram implantadas com material proveniente de uma População Base localizada em Atherton, QLD, Austrália. Foram instaladas parcelas lineares com 10 plantas, com 3 repetições, no espaçamento de plantio de 3m x 2 m. Aos 11 meses de idade, procedeu-se a avaliação do plantio em relação à sobrevivência, altura das plantas, produção de folhas, rendimento de óleo essencial e seu teor de citronelal. Os resultados indicaram: a) o crescimento em altura das plantas foi excelente, possibilitando a redução do período inicial de colheita das folhas; b) as progênies estudadas apresentam pouca variabilidade genética em relação aos caracteres estudados; c) a produção de folhas, expressou os maiores ganhos de seleção; d) a seleção pela média de progênies é mais indicada para os caracteres altura da planta, produção de folhas e rendimento de óleo e em nível indivíduos para o caráter teor de citronelal no óleo essencial; e) a morfologia de sementes das matrizes e folhas e pilos das mudas servem de orientação para seleção de materiais; f) o ranqueamento com base em multi caracteres é eficiente para a seleção de progênies superiores e g) a população apresenta média superior às que têm sido usadas comercialmente no Brasil, destinadas à produção de óleo essencial. / Corymbia citriodora is an important species among aromatic plants. It is a multipurpose species cultivated by small and intermediate farmers, which makes Brazil the largest world producer of essential oils obtained from leaves. Therefore, the study of genetic variations of the silvicultural variables and the oil production characteristics are necessary for the selection of desirable materials for a tree-breeding program. The main objective was to evaluate a C.citriodora population from Atherton QLD, Australia regarding the morphological characteristics of selected trees and superior progenies, their leaf biomass production, essential oil yield and citronelal content. The experiment was settled in February 2003, at Anhembi Forest Experimental Station, at Anhembi, SP, which belongs to the University of Sao Paulo and is managed by the the Forest Sciences Department of the “Luiz de Queiroz” Superior Agriculture College. The statistical design was completely randomised blocks, with progenies from 45 selected trees of a basic population from Atherton, QLD Australia. Ten-plants linear plots were used, with 3 repetitions, on 3 x 2 m spacing. At 11 months-old, survival rate, total height, leaf-biomass production, essential oil yield, and the citronelal content of the progenies was determined. Results demonstrated that: a) plant height growth was excellent, leading to a earlier first leaf harvesting; b) the progenies showed low genetic variation related to the characteristics evaluated; c) leaf production showed high selection gains; d) average of progenies’ selection is recommended for plant height, leaf production and oil yield. An evaluation of individuals is better for citronelal content selection; e) morphology of seeds fromselect trees, leaves and pilos of seedlings can help the selection of desirable materials; f) use of a rank system based on multiple variables is efficient for selection of desirable materials; g) the studied population showed, on average, a greater oil potential than others populations currently used in Brazil for essential oil production.

A variação genética natural é uma fonte rica em novos genes e alelos presentes nas espécies selvagens relacionadas às espécies cultivadas. O gênero Solanum seção Lycopersicum possui espécies que evoluíram em variados ecossistemas compreendidos na região que vai do sul do Equador até o norte do Chile. Tais espécies podem ser cruzadas com o tomateiro cultivado (Solanum lycopersicum) e vêm sendo exploradas como fonte de resistência a patógenos, a artrópodes e a estresses bióticos; além de possuírem características ligadas à qualidade do fruto, como alto teor de sólidos solúveis e presença de fitonutrientes. No entanto, tais espécies foram pouco exploradas até o momento quanto a variações alélicas afetando a estrutura da planta, como arquitetura de órgãos dos sistemas caulinares e radiculares. S. galapagense, uma espécie endêmica das Ilhas Galápagos, possui características únicas do gênero, como a presença de folhas bastante recortadas e entrenós curtos. As folhas recortadas de S. galapagense já haviam sido previamente ligadas a Petroselinum (Pts), um alelo com expressão aumentada de um gene da família KNOTTED1-LIKE HOMEOBOX (KNOX). O maior recorte foliar causado por Pts deve-se a interferência na via de desenvolvimento do primórdio foliar, através de sua interação com BIPINNATA (BIP), um gene da família BEL1-LIKE HOMEODOMAIN (BELL), para o qual o tomateiro apresenta um alelo perda de função, bip. No presente trabalho é caracterizado o lócus Galapagos dwarf (Gdw), uma variação genética natural oriunda de S. galapagense. Foram utilizadas em estudos comparativos a cultivar Micro-Tom (MT), uma variedade de tomateiro com pequeno porte e ciclo rápido, e isolinhas contendo o lócus Gdw e os alelos Pts, bip. Nestes estudos, verificou-se que embora todos esses alelos afetem a arquitetura foliar em tomateiro, formando folhas mais recortadas, somente Gdw apresentou fenótipo de entrenó curto, característico do parental S. galapagense. Tal característica, além de ter valor no melhoramento para obtenção de plantas compactas, pode ter implicações adaptativas e ecológicas no contexto em que evoluiu S. galapagense. O lócus Gdw foi mapeado no cromossomo 2 de tomateiro, e no futuro, pretendemos clonar o gene GDW. / Natural genetic variation is a rich source of new genes or alleles, harbored in wild relatives of cultivated plants. The genus Solanum section Lycopersicum has members who had evolved in several ecosystems, extending from southern Ecuador through northern Chile. These species can be hybridized with the cultivated tomato (Solanum lycopersicum) and have been exploited to great extent in tomato breeding, as source of resistance or tolerance to pest, diseases and abiotic stresses. Moreover, wild species bear quality fruit traits that can improve solids soluble content and add phytonutrients into cultivated tomato. However, allelic variations affecting plant architecture coming from wild species have been underexplored. S. galapagense, an endemic species from Galápagos Islands, owns unique features, such as highly subdivided leaves and short internodes. The increased-leaf-dissection phenotype of S. galapagense was previously associated with the higher expression of the causative allele Petroselinum (Pts), a member of the KNOTTED1-LIKE HOMEOBOX (KNOX) gene family. Pts affects the development pattern of leaf primordium, increasing leaf dissection through its interaction with BIPINNATA (BIP), a BEL1-LIKE HOMEODOMAIN (BELL) gene. Also, tomato has a BIP knockout allele, which is present in the bip mutant. The present work characterizes the Galapagos dwarf (Gdw) locus, a natural genetic variation from S. galapagense. Comparative analysis were made among Micro-Tom (MT), a S. lycopersicum cultivar with small size and short life cycle, and its near-isogenic lines (NILs) harboring Gdw, Pts and bip alleles. Although we verified that all these alleles affect leaf architecture, leading to more dissected leaves, only Gdw showed short internodes, which is typical from its parental S. galapagense. Besides its worth for the development of compact plants through breeding, such trait could be adaptive and ecologically meaningful in the evolutionary history of S. galapagense. The Gdw locus was mapped on the chromosome 2, and in the future we intent to clone the causative gene GDW.

A família Baculoviridae é um grande grupo de vírus com cerca de 700 espécies de insetos hospedeiros, com dois fenótipos: o ODV (occlusion derived virion), que faz a infecção primária do intestino médio; e o BV (budded virus), responsável pela infecção sistêmica. No Brasil, o nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV) é utilizado como controle biológico da lagarta-da-soja Anticarsia gemmatalis. O genoma do AgMNPV-2D contém 152 ORFs, 26 das quais codificam proteínas estruturais. Entre elas, a glicoproteína GP64 é fundamental para infecção secundária. Este estudo visa identificar proteínas estruturais do AgMNPV-2D por duas abordagens de espectrometria de massas. Também comparar a variabilidade da gp64 de isolados geográficos por sequenciamento por Sanger e de alta cobertura. Assim, identificamos as substituições de gp64 e vimos que ela não suporta a separação geográfica dos isolados. Também identificamos 44 e 33 proteínas em ODV e BV, respectivamente. Seis novas proteínas foram identificadas no ODV e sete delas no BV. Além disso, 11 proteínas celulares foram identificadas no AgMNPV-2D, possivelmente necessárias para infecção. Este achado contribui para o entendimento da morfogênese do AgMNPV e fatores associados à multiplicação viral. / Baculoviridae are arthropod-specific viruses with more than 700 host insects, which produce two phenotypes: the budded virus (BV) and, the occlusion-derived virus (ODV) for intra and across host spread, respectively. Brazil uses the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) as a biological control agent of the velvet bean caterpillar (A. gemmatalis). The genome of the AgMNPV-2D carries 152 ORFs, 26 of which code for structural proteins. Herein, the structural proteins of AgMNPV-2D were analyzed by two mass spectrometry techniques. The additional objective was to compare the gene gp64. of different geographical populations by Sanger and next generation sequencing. This analysis allowed us to observe the substitutions of gp64 and refuted the notion of a geographical isolation of the samples. We also observed a total of 44 proteins of the ODV and 33 of the BV. Six new proteins were found in the ODV and seven in the BV. Furthermore, 11 cellular proteins were also identified, which are possibly assorted during viral morphogenesis. These findings may provide novel insights into AgMNPV biology and its host interaction, leading us to a better understanding about morphogenesis and also the associated factors of the viral multiplication.