Made available in DSpace on 2016-07-01T12:30:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 monica_cuero_ioc_mest_2016.pdf: 2091495 bytes, checksum: 520eacc5a4964c1f22509ada51d4d97a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:52:44Z (GMT). No. of bitstreams: 3 monica_cuero_ioc_mest_2016.pdf.txt: 128716 bytes, checksum: 4fd30b67febb8c98bc54a69c0cccdcfd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) monica_cuero_ioc_mest_2016.pdf: 2091495 bytes, checksum: 520eacc5a4964c1f22509ada51d4d97a (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A complexa diversidade genética do Plasmodium falciparum é em parte responsável pela evasão da resposta imune do hospedeiro, pelo surgimento da resistência aos fármacos e pela dificuldade no desenvolvimento de uma vacina anti-malárica eficaz. Estudos sobre a biologia deste parasito se concentram fundamentalmente em áreas holo e hiperendêmicas de malária na África subsaariana. Trabalhos realizados na região Amazônica, ainda são escassos no que se refere à diversidade genética de populações naturais de P. falciparum. Este estudo analisou a diversidade genética de P. falciparum isolados de indivíduos provenientes da região do médio rio Negro, Amazonas utilizando como alvo o gene que codifica para a proteína de superfície do merozoíta 2. METODOLOGIA: O estudo foi realizado em Barcelos, um município de alto risco epidemiológico para malária com uma média anual de 5.000 casos nos últimos cinco anos (IPA médio=156,4/1000). Foram avaliadas 79 amostras isoladas de indivíduos que apresentaram malária clínica ou infecção assintomática. Os DNAs genômicos extraídos foram submetidos à reação em cadeia da polimerase (PCR) para a confirmação do diagnóstico de infecção pelo P. falciparume em seguida foi feita uma PCR-nested, para amplificação da região do bloco 3 do gene msp2 para diferenciação das famílias alélicas (3D7 e FC27) e a diversidade intra-família foi observada após digestão com a enzima HinfI RESULTADOS: Só foi encontrada a familia 3D7 nas amostras estudadas. Dois diferentes genótipos foram encontrados circulando na área, caracterizados pela combinação dos fragmentos 16 pb, 108 pb, 349 (genotipo 1) e 16 pb, 108 pb, 400pb (genotipo 2). Foi observado que só dois indivíduos com malária clinica portavam os dois genótipos simultaneamente. Não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas ao comparar a presença de genótipos com sexo, grupos de idade, área rural ou urbana, antecedentes de malária previa e o desfecho clinico dos indivíduos (p>0,05). CONCLUSÕES: O estudo do polimorfismo do gene msp2 tem se mostrado como uma ferramenta útil para o estudo da diversidade genética do P. falciparum. No município de Barcelos a diversidade genética desde parasito foi limitada mostrando só a presença de dois genótipos circulantes e em poucos casos uma multiplicidade da Infecção de dois parasitas simultáneamente / The complex genetic diversity of Plasmodium falciparum is partly responsible for the evasion of the host immune response, the emergence of drug resistance and the difficulty in developing an effective anti-malarial vaccine. Studies on the biology of this parasite are mainly concentrated in holo and hyperendemic malaria areas in sub-Saharan Africa. Research in the Amazon region, is scarce in relation to the genetic diversity of natural populations of P. falciparum. This study analyzed the genetic diversity of P. falciparum isolates from individuals of the Middle Rio Negro, Amazon in Brazil, using the gene coding for the merozoite surface protein 2 (MSP2). METHODOLOGY: The study was conducted in Barcelos, a malaria high epidemiological risk municipality, with an annual average of 5,000 cases in the last five years (mean IPA = 156.4 / 1000). We evaluated 79 samples isolated from subjects presenting clinical malaria or asymptomatic infection. The extracted genomic DNA was subjected to polymerase chain reaction (PCR) to confirm the diagnosis of infection with P. falciparum. A PCR-nested was made for amplification of the gene msp2 block 3 region for differentiation of allelic families (3D7 and FC27); intrafamily diversity was observed after digestion with the enzyme HinfI RESULTS: Only family 3D7 was observed in the samples. Two different genotypes were found circulating in the area, characterized by the combination of fragments 16 bp, 108 bp, 349 (genotype 1) and 16 bp, 108 bp, 400bp (genotype 2). It was observed that only two individuals with clinical malaria carried two genotypes simultaneously. No statistically significant differences were found when comparing the presence of genotypes with sex, age groups (p>0,05). Only two individuals carried out two different genotypes simultaneously (MOI). CONCLUSIONS: The study of polymorphism of the msp2 gene has been shown to be a useful tool for the study of genetic diversity of P. falciparum. The genetic diversity and MOI is very limited in this area with the presence of only two circulating genotypes

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2014-08-06T17:11:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 323174.pdf: 2419109 bytes, checksum: 4ba003d12b4915a37a95fddfe4573642 (MD5) Previous issue date: 2013 / Conhecer o grau de conectividade e de diversidade genética pode auxiliar a elucidar quais são as populações em vias evolutivas de especiação ou que estão mais vulneráveis às mudanças ambientais. Tendo em vista a importância ecológica de mileporídeos no Oceano Atlântico, este estudo objetivou investigar os padrões de conectividade e de diversidade genética de corais-de-fogo do Atlântico tropical, e combinou dados moleculares e morfológicos para melhor distinguir as espécies endêmicas simpátricas. A análise filogenética, baseada na sequência de DNA mitocondrial (DNAmt) 16S DNAr, corroborou a existência de quatro clados monofiléticos no Atlântico Sul: Millepora alcicornis, M. braziliensis, M. nitida e M. laboreli. A morfometria revelou o diâmetro dos gastróporos e dactilóporos como sendo as principais variáveis que distinguiram o morfotipo M. nitida incrustante dos outros dois morfotipos, M. nitida ramificada e M. braziliensis. Entre as regiões do Caribe, Brasil e Atlântico Oriental observou-se alta estruturação genética das populações de M. alcicornis (Fst = 0,596?0.680, P < 0,05). No Brasil, as populações das espécies endêmicas M. braziliensis (Fst = 0,689, P < 0,05) e M. nitida (Fst = 0,828, P < 0,05) mostraram-se altamente estruturadas, ao passo que alta conectividade predominou nas populações de M. alcicornis (Fst < 0,106), com exceção particularmente do Arquipélago de Fernando de Noronha. A diversidade genética decresceu em direção às margens da distribuição de M. alcicornis (h = 0?0,982), M. braziliensis (h = 0,286?0,702) e M. nitida (h = 0,255?0,667). Os resultados de análises de estruturação genética sugerem que a pluma dos rios Amazonas-Orinoco (do inglês ?Amazon-Orinoco Plume?, AOP) e a extensão de oceano aberto dividindo o Atlântico Oriental e Ocidental, também conhecida como Barreira do Atlântico Central (do inglês ?Mid-Atlantic Barrier?, MAB) são as principais barreiras ao fluxo gênico em M. alcicornis ao longo do Caribe, Brasil e Atlântico Oriental. O deságue do rio São Francisco parece restringir a dispersão das espécies endêmicas de forma a evitar a sobreposição de suas áreas, mas ao mesmo tempo é permeável a M. alcicornis, espécie de ampla distribuição. A perda de diversidade em direção às margens da distribuição pode ser responsável pela perda da capacidade de resiliência das populações periféricas frente a distúrbios ambientais. Sendo assim, as populações periféricas da espécie de mais ampla distribuição (M. alcicornis) e as populações mais centrais das espécies endêmicas (M. braziliensis e M. nitida) merecem atenção especial dos esforços conservacionistas. <br> / Abstract : Knowledge on the degree of connectivity and genetic diversity of corals may help to elucidate which populations are under evolutionary trajectories of speciation or are more vulnerable to environmental changes. Given the ecological importance of milleporids in the Atlantic Ocean, this study aimed to investigate patterns of connectivity and genetic diversity in fire corals from the tropical Atlantic, and combined molecular and morphological data to better distinguish the endemic species. Phylogenetic analyses, based on mitochondrial DNA (mtDNA) 16S rDNA, corroborated the existence of four reciprocally monophyletic clades in the South Atlantic: Millepora alcicornis, M. braziliensis, M. nitida and M. laboreli. Morphologically, gastropore?s and dactylopore?s diameters were the main variables that distinguished encrusting morph from the other two morphs, the ramified colonies of M. nitida and M. braziliensis. Among Caribbean, Brazil and Eastern Atlantic high levels of genetic structure are observed (Fst = 0.596?0.680, P < 0.05). Within Brazil, populations of the endemic species M. braziliensis (Fst = 0.689, P < 0.05) and M. nitida (Fst = 0.828, P < 0.05) are highly structured, while high connectivity predominates in populations of M. alcicornis (Fst < 0.106), with the exception of Fernando de Noronha Archipelago. Genetic diversity decreases towards the edges of the distribution of M. alcicornis (h = 0?0.982), M. braziliensis (h = 0.286?0.702) and M. nitida (h = 0.255?0.667). The results of genetic structure analyses suggest that the plume of the Amazon-Orinoco Rivers (AOP) and the stretch of open ocean dividing eastern and western Atlantic, also known as Mid-Atlantic Barrier (MAB), impose major barriers to gene flow of M. alcicornis across the Caribbean, Brazil and Eastern Atlantic. The São Francisco River plume (SFP) seems to restrict the dispersal of the endemic species, whereas it is permeable for the widespread species M. alcicornis. The loss of diversity towards the edges of the distribution may be responsible for the loss of resilience capacity in peripheral populations when facing environmental disturbances. Thus, peripheral populations of the widespread species (M. alcicornis) and central populations of the endemic species (M. braziliensis and M. nitida) deserve a special attention from conservation efforts.

Submitted by ELOISE BRASIL DE MORAES null (eloise.moraes@hotmail.com) on 2016-09-27T17:52:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Mestrado Eloise Brasil de Moraes 27092016.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-29T14:30:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_eb_me_bot.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-29T14:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_eb_me_bot.pdf: 3256270 bytes, checksum: 552f07ca0be78ccc829982a34ef04bcf (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Tuberculosis (TB) is a major cause of mortality, and Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), the causative agent. The study of molecular epidemiology associated with classical epidemiology, provides an understanding of the spread of M. tuberculosis and ads in epidemiological investigation, determining outbreaks and risk factors for transmission in the population. This study aimed to provide a more accurate view of the molecular epidemiology and genetic diversity of M. tuberculosis by MIRU-VNTR technique and get a better understanding of the relevance of the epidemiological and clinical potential of RDRio genotype in municipalities in the state of São Paulo, investigating possible associations with clinical and epidemiological data. Besides this study investigate possible transmission between contacts of patients with TB. Heterogeneity was observed in both regions that were grouped independently in phylogenetic analysis. Nevertheless some specific isolated from both regions showed high genetic similarity. When investigated epidemiological data of these patients 30% were from prisons. This suggests a recent transmission process within the penitentiaries to the general community between these two regions. Although the clustering rate found to be low, we noted in cluster formation the presence again of patients sharing the same genetic profile in different penitentiaries suggesting once more a transmission between distinct prision units. Regarding RDRio deletion was found high statistical significance for the factors and alcohol use by age group, with conflicting data already published in the literature. The results generated interesting questions that should be addressed in the future. / A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) o agente etiológico. O estudo da epidemiologia molecular associada à epidemiologia clássica propicia a compreensão da disseminação de M. tuberculosis e auxilia na investigação epidemiológica, determinando surtos e fatores de risco para a transmissão na população. Este estudo teve como objetivo fornecer uma visão mais apurada sobre a epidemiologia molecular e a diversidade genética de M. tuberculosis pela técnica de MIRU-VNTR e também obter um melhor entendimento da relevância do potencial epidemiológico e clínico do genótipo RDRio em cepas de municípios do Estado de São Paulo investigando as possíveis associações com dados clínicos e epidemiológicos. Além de investigar uma possível transmissão entre contatos de pacientes com TB. Foi observada uma heterogeneidade nas duas regiões que se agruparam independentemente na análise filogenética. Apesar disso alguns isolados específicos das duas regiões apresentaram alta similaridade genética. Quando investigado dados epidemiológicos desses pacientes 30% deles eram provenientes de unidades prisionais. O que sugere um processo de transmissão recente de dentro das penitenciárias para a comunidade geral entre essas duas regiões. Apesar de a taxa de agrupamento encontrada ser baixa, observamos na formação de cluster a presença novamente de pacientes compartilhando mesmo perfil genético dentro de penitenciárias distintas, sugerindo ainda transmissão entre unidades prisionais diferentes. Com relação à deleção RDRio foi encontrado alta significância estatística para os fatores etilismo e por faixa etária, dados divergentes com os já publicados na literatura. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem ser abordados em estudo futuros. / FAPESP: 2013/09538-3

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T15:20:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO Ronald Moura.pdf: 710565 bytes, checksum: 696a3f64d783ac1cac90bc4c1c08956d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T15:20:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO Ronald Moura.pdf: 710565 bytes, checksum: 696a3f64d783ac1cac90bc4c1c08956d (MD5) Previous issue date: 2014 / CAPES; CNPq; FACEPE / Diabetes mellitus tipo 1 (DM1) é uma doença autoimune multifatorial caracterizada por danos e destruição de células-beta, nas Ilhotas de Langerhans no pâncreas, reduzindo ou inviabilizando a produção de insulina. Estudos apontam que infecções virais, principalmente enterovírus, têm sido consideradas um dos principais fatores ambientais associados com a DM1. A proteína codificada pelo gene Helicase C induzida por interferon tipo 1 (IFIH1) participa do reconhecimento de vírus de dsRNA e no desenvolvimento da DM1, o que sugere uma possível etiologia viral da DM1 e outras desordens autoimunes como a doença autoimune da tireóide (DAIT) e doença celíaca (DC). Este estudo teve como objetivo avaliar a associação entre os polimorfismos de base única (SNP) não-sinônimos do IFIH1 rs3747517, rs1990760 e rs10930046, além do tag-SNP rs6432714, com a DM1 e a insurgência de DC e DAIT nesses pacientes. Não foi observada associação desses SNPs com o desenvolvimento da DM1, nem com a insurgência de DC ou DAIT. Entretanto, o tag- SNP rs6432714 indicou uma tendência de associação apenas com o desenvolvimento da DM1 (P=0,0365). A Análise in silico do domínio helicase indicou um aumento na estabilidade da proteína, quando ocorre a mutação H460R, entretanto essa variação estrutural observada não parece ser suficiente para causar uma deficiência na detecção do dsRNA viral. Apesar da evidência de nãoassociação do rs1990760 na população estudada, uma meta-analise realizada confirma a associação dessa variante com a DM1.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:57:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10673_Dissertação Final Lucimara Cruz de Souza.pdf: 3482809 bytes, checksum: 62b9d8b66fe36d3eeb4fc9afe9be8da8 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / A fragmentação florestal e a exploração na forma de corte seletivo de determinadas espécies são responsáveis pela redução de extensas áreas contínuas, ocasionando a redução da diversidade genética. Assim, torna-se necessário definir estratégias de conservação e manejo dos remanescentes florestais para garantir a sobrevivência e a manutenção de populações reduzidas. Os marcadores moleculares destacam-se como ferramentas interessantes para esses estudos. A espécie Plathymenia reticulata Benth., conhecida popularmente como vinhático, pertence à família Fabaceae. Essa espécie se destaca por sua importância econômica e ecológica, devido a madeira de alta qualidade e o potencial para uso em recuperação e restauração de áreas degradadas. Este estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade e a estrutura genética em uma população natural de P. reticulata, ocorrente em um fragmento de Floresta Estacional Semidecidual Montana no sul do estado do Espírito Santo, por meio de marcadores moleculares Inter Single Sequence Repeats (ISSR). Amostras de DNA de 149 indivíduos foram analisadas por meio de dez primers ISSR, gerando 156 fragmentos, dos quais, 101 foram polimórficos (64,74%). Os indivíduos amostrados foram classificados em três unidades amostrais: árvores adultas saudáveis e em idade reprodutiva (A), plântulas originadas de sementes coletadas no interior do fragmento mistura de progênies (B) e indivíduos jovens em áreas de regeneração natural no entorno do fragmento (C). O conteúdo de informação polimórfica (PIC) para os marcadores, revelou média de 0,38, caracterizando-os como mediamente informativos. O número de locos utilizados (n = 101), foi maior do que o estabelecido como número ótimo (n = 88), indicando precisão nas análises. Constatou-se alta diversidade genética na espécie, fundamentada nos valores do índice de diversidade de Nei (H= 0,407), índice de Shannon (I = 0,594) e pela formação de grupos distintos pelo método UPGMA. Além disso, por meio dos parâmetros de diversidade avaliados foi possível confirmar que nas áreas de regeneração natural e na mistura de progênies existe diversidade genética equivalente ao que é encontrado nos adultos. A análise de variância molecular indicou que a maior parte da variação genética é encontrada dentro dos grupos (96,53%) e revelou moderada diferenciação entre adultos e regenerantes e adultos e mistura de progênies. A diferenciação genética entre as árvores adultas foi baixa (&#934;ST = 0,03) indicando que as altas taxas de fluxo gênico (Nm = 12,70) estão anulando os efeitos da deriva genética. Tais resultados também foram confirmados pelas análises de distância genética de Nei, análises de coordenadas principais (PCoA) e pela abordagem bayesiana realizada pelo software STRUCTURE. Os dados obtidos permitiram avaliar o potencial das árvores adultas como matrizes para obtenção de mudas com variabilidade genética certificada.

No presente trabalho foram quantificadas as atividades proteolíticas contra caseína e elastina de 16 linhagens de Metarhizium anisopliae, crescidas em meio de cultura líquido, tendo a caseína como única fonte de carbono e nitrogênio. Os objetivos foram estimar parâmetros genéticos como a variância genética, a herdabilidade e o ganho esperado na seleção, bem como as correlações entre os caracteres avaliados e a possibilidade de se utilizar a seleção indireta, em programas de melhoramento genético para a espécie. Os resultados mostraram que existe uma grande variabilidade genotípica em todos os caracteres estudados entre as 16 linhagens, permitindo sua exploração no melhoramento. Os altos coeficientes de herdabilidade permitem que sejam esperados progressos substanciais na seleção fenotípica, seguida de reprodução por via clonal. Os altos coeficientes de correlação observados entre a atividade elastolítica determinada a 280 e a 450 nm, mostraram que a elastina pode ser usada em substituição a elastina “Congo-Red”, como substrato para determinação da atividade elastolítica. Os coeficientes de correlação, bem como as estimativas de ganho na seleção indireta, mostraram que podem ser obtidos altos progressos na atividade elastolítica, através da seleção de linhagens com altas atividades proteolíticas contra caseína. / not available

Agricultores tradicionais autóctones são responsáveis por manter etnovariedades conservadas in situ, e são responsável por processos dinâmicos de amplificação de variabilidade genética. A variabilidade manipulada por estes agricultores pode ser maior do que a variabilidade reconhecida e nomeada sob a forma de etnovariedades. Através da avaliação da variabilidade de mandioca (Manihot esculenta Crantz) manejada por agricultores tradicionais autóctones do sul do litoral paulista e do Vale do Ribeira de Iguape, foram estudadas 10 roças, com os seguintes objetivos: a) Determinar a variabilidade intraespecífica de mandioca, ao nível das etnovariedades, presente num sistema agrícola de corte e queima, através do uso de marcadores bioquímicos (isoenzimas), e de caracteres morfológicos; b) Avaliar e comparar a variabilidade reconhecida e nomeada pelo agricultor e a variabilidade intra-roça presente e não necessariamente reconhecida; c) Interpretar os padrões de variabilidade sob um modelo de dinâmica evolutiva da mandioca. Foram utilizadas para estes fins, 3 técnicas de amostragem em 10 roças em locais diferentes, e em ciclos agrícolas diferentes: 1) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor com interferência dele na escolha de cada amostra; 2) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor sem interferência dele na escolha de cada amostra; 3) amostragem aleatória dentro da roça sem nomeação individualizada. Ao todo foram estudados 356 indivíduos, sendo avaliados 21 caracteres e sendo feitas posteriormente as seguintes análises: cálculo de distância euclidiana média entre amostras, análise de agrupamento, e análise de componentes principais (PCA). Os indivíduos foram submetidos à eletroforese de isoenzimas, sendo então utilizada presença e ausência de bandas isoenzimáticas, cálculo do índice de similaridade genética (coeficiente de semelhança simples,"Simple Matching'), análise de agrupamento e análise de coordenadas principais (PCO). As distâncias obtidas a partir de cada conjunto de dados foram comparadas através de correlação de Mantel. A partir dos resultados, foi possível concluir que os agricultores subestimam a variabilidade presente intra-roça, dando o mesmo nome a genótipos diferentes. Além disso, foi possível concluir que cada etnovariedade de mandioca é constituída por genótipos distintos, com grande semelhança na morfologia, compondo uma população heterogênea. Através da interpretação dos resultados sob o modelo de dinâmica evolutiva de mandioca é possível inferir sobre a origem destes genótipos via hibridação intraespecífica. Sendo assim, os processos sexuais existentes amplificam a variabilidade de mandioca dentro das roças, interagindo com as técnicas de manejo empregadas secularmente. / not available

Orientador: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Marcos Rogério André / Banca: Alessandro de Mello Varani / Banca: Itabajara da Silva Vaz Junior / Banca: Mucio Flavio Barbosa Ribeiro / Resumo: Anaplasma marginale é o mais prevalente patógeno transmitido por carrapatos em bovinos nas regiões tropicais e subtropicais do mundo. A Proteína Principal de Superfície 1 alpha (MSP1a) do A. marginale contém um número variável de sequências repetidas na região animo-terminal e tem sido utilizada para a caracterização da diversidade genética desse patógeno. Nós realizamos um estudo longitudinal para averiguar a diversidade genética do A. marginale em um rebanho bovino leiteiro de Seropédica no estado do Rio de Janeiro e Taiaçu no estado de São Paulo, Brasil. Vinte bezerras foram avaliadas a cada três meses durante o primeiro ano de vida por esfregaço sanguíneo, Ensaio de Imunoadsorção Enzimático Indireto (ELISA), Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI) e Reação em Cadeia da Polimerase (nPCR/qPCR). Adicionalmente, as amostras positivas para o gene msp1a usando nPCR foram sequenciadas. A frequência do A. marginale variou de 10 - 90% no esfregaço sanguíneo, 20 - 80% no ELISA/RIFI e 15 - 100% na qPCR. O número de copias da msp1a por mL de sangue variou de 1,04 x 101 a 6.76 x 1012 (Seropédica RJ) e 1.20 x 101 a 5.17 x 106 (Taiaçu SP). Os resultados mostraram que a diversidade genética do A. marginale, em um grupo de bezerras até 1 ano de idade em Taiaçu (SP) foi baixa, com apenas três diferentes estirpes identificadas, mostrando o genótipo E. No entanto, os resultados mostraram que o diversidade genética do A. marginale, em um grupo de bezerras até 1 ano de idade em Seropédica (RJ) foi elevada, com dezenove diferentes estirpes identificadas, mostrando o genótipo E e G. As estirpes 4-63-27 (27.4%) e α-β3-Γ (77.8%) foram as mais comumente observadas em bezerras do estado do Rio de Janeiro e São Paulo, respectivamente. O novo conjunto de repetição da MSP1a 190 foi descrito em bezerras de Taiaçu e vinte e uma repetições em tandem da MSP1a resultou em novas sequências com alterações de... / Abstract: Anaplasma marginale is the most prevalent tick-borne pathogen in cattle in tropical and subtropical regions of the world. The A. marginale major surface protein 1 alpha (MSP1a) contains a variable number of tandem repeats in the amino terminal region and has been used for the characterization of pathogen genetic diversity. We conducted a longitudinal study to ascertain the genetic diversity of A. marginale in in a dairy cattle herd in Seropédica state of Rio de Janeiro and Taiaçu state of São Paulo, Brazil. Twenty calves were evaluated every three months during the first year of life by blood smear, Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA), Indirect Fluorescent Antibody Test (IFAT) and Polymerase Chain Reaction (nPCR/qPCR). Additionally, samples positive for the msp1a gene using nPCR were sequenced. The prevalence of A. marginale ranged from 10 to 90% according to blood smears, 20-80% using ELISA/IFAT and 15-100% using qPCR. The number of msp1a copies per mL of blood ranged from 1,04x101 to 6.76x1012 (Seropédica RJ) and 1.20 x 101 to 5.17 x 106 (Taiaçu SP). The results showed that the genetic diversity of A. marginale in a group of calves up to 1 year of age from Taiaçu (SP) was low, with only three different strains identified, showing the microsatellite genotype E. However, the results showed that the genetic diversity of A. marginale in a group of calves up to 1 year of age from Seropédica (RJ) was high, with nineteen different strains identified, showing the microsatellite genotype E and G. The strains 4-63-27 (27.4%) and α-β3-Γ (77.8%) were the most commonly observed in calves of Seropédica RJ and Taiaçu SP, respectively. The new MSP1a tandem repeat 190 was described in calves from Taiaçu and twenty-two MSP1a tandem repeats resulted in new sequences with amino acid changes, which were labeled as 165-186 in calves from Seropédica. In Seropedica, three animals were born infected, with strains 4-63-27, 78-242-25-31 and ... / Doutor

Orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Resumo: Dipteryx alata is considered endemic species of the Brazilian Cerrado. Currently the species needs attention by the increased fragmentation of the occurrence area. It stands out for presenting resistant wood and the high production of fruits. The aim of the study was to estimate genetic parameters from the morphometric fruits, seeds and seedlings, to provide information of genetic variability within and between species provenances for future breeding programs and conservation. The fruits were collected in three natural populations, as Campo Grande - MS, Ituiutaba - MG and Paulo de Faria - SP, in October 2014. The seedlings were prepared in the nursery Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão (FEPE/UNESP). For morphometric analysis of fruits and seeds were measured (mm) thickness (mm) Length (mm) Mass (g). In the seedlings were evaluated the total height (cm) Stem diameter (mm). We used the design complete block design (RBD) with one plant per plot. There were statistically significant differences among provenances and progenies for the characters of fruits, seeds and seedlings, indicating the presence of genetic variation. The results of the average heritability coefficient of individual variation and accuracy, indicated that for the fruits, seeds and seedlings there is presence of genetic variability. In the analysis of all the seedlings can be seen that there were significant differences in the effect of origin and not significant for the effect of progeny. Results indicate t... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Silvana Aparecida Creste Dias de Souza / Banca: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Álvaro Sanguino / Resumo: Xanthomonas aliblineans é um importante patógeno da cana-de-açúcar, causando grandes perdas na produção. Este trabalho teve como objetivos o desenvolvimento de um antissoro específico para X. albilineans bem como a caracterização molecular e fenotípica de um banco de isolados de diferentes regiões do Brasil. O antissoro foi produzido a partir da imunização de coelhos da raça Nova Zelândia, utilizando com antígeno, o isolado 2256 utilizado neste trabalho. Os isolados foram obtidos de canas sintomáticas, coletadas a campo, utilizando-se meio de cultura seletivo XAS. "Simple Sequence Repeats" - SSRs obtidas a partir da análise do genoma de X. albilineans foram utilizadas para o desenho de 15 "primers", e o polimorfismo avaliado em gel de poliacrilamida corados com nitrato de prata. O antissoro desenvolvido foi altamente específico para X. albilineans. Os 15 "primers" amplificaram um total de 54 alelos polimórficos. A análise de agrupamento mostrou a existência de variabilidade genética entre os isolados coletados em diferentes estados brasileiros, os quais foram divididos em três grupos principais, embora não foi possível agrupar esses indivíduos por local de coleta. A avaliação da patogenicidade mostrou a existência de diversidade patogênica entre os isolados, embora vários deles não tenham sido distinguidos molecularmente pelo marcadores utilizados. Dois alelos foram identificados como associados a patogenicidade, sendo que um deles, , está localizado no loco que codifica a síntese de peptídeos não ribossomais (non ribosomal peptide synthetase - NRPS), os quais estão associados à virulência de muitas bactérias fitopatogênicas / Abstract: Xanthomonas albilineans is an important pathogen of sugarcane, causing important losses in production. This study aimed to develop an antiserum specific for X. albilineans and the phenotypic and molecular characterization of a set of isolates from different regions of Brazil. The antiserum was produced from immunizing New Zealand rabbits, using as antigen, the isolated 2256 used in this work. The isolates were obtained from symptomatic canes, collected in the field, using selective culture media XAS. Simple Sequence Repeats - SSRs obtained from the analysis of the genome of X. albilineans were used to design 15 primers and the polymorphism analyzed on polyacrylamide gels stained with silver nitrate. The antiserum developed was highly specific for X. albilineans. The 15 primers amplified a total of 54 polymorphic alleles. Cluster analysis showed the existence of genetic variability among isolates collected in different Brazilian states, which were divided into three main groups, although it was not possible to group these individuals based on collect site. The evaluation showed the presence of pathogenic diversity among isolates, although many of them have not been distinguished with the molecular markers used. Two alleles were identified as being associated with pathogenicity, one of which is located in the site encoding the non-ribosomal peptide synthetase - NRPS, which are associated with virulence of many pathogenic bacteria / Mestre