Orientador: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Marta Maria Geraldes Teixeira / Banca: Cláudio Lisias Mafra de Siqueira / Banca: Marcos Rogério André / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Resumo: A babesiose é uma doença infecciosa economicamente importante que afeta o gado bovino em todo o mundo, endêmica e importante causa de morbidade e mortalidade em bovinos no Brasil. A doença é causada por Babesia bigemina e B. bovis, protozoários parasitas intraeritrocíticos do filo Apicomplexa, agentes de enorme importância econômica em regiões tropicais e subtropicais. Merozoitos de B. bovis possuem em sua superfície, pelo menos, cinco glico-proteínas, que pertencem à família de antígenos variáveis de superfície do merozoíto (VMSA). A família VMSA de B. bovis inclui os genes msa-1, msa-2a1, msa-2a2, msa-2b e msa-2c. Estes antígenos são altamente imunogênicos e contêm epítopos sensíveis à neutralização e, por conseguinte, têm sido considerados como antígenos candidatos para o desenvolvimento de vacinas de subunidades contra B. bovis. No entanto, estes antígenos de superfície são geneticamente diversificados entre diferentes isolados de B. bovis, O que resulta em diferenças antigénicas entre vários isolados de B. bovis. A fim de avaliar a resposta imune humoral contra B. bovis e a diversidade genética de antígenos de superfície de merozoítos de B. bovis, amostras de soro e DNA de sangue de 30 bezerras, sendo 15 da Fazenda Pesagro, Seropédica, Rio de Janeiro, e outras 15 da Fazenda Germânia, Taiaçu, São Paulo, foram obtidas trimestralmente, desde o nascimento até aos 12 meses de idade. Os Anticorpos IgG para B. bovis foram detectados pelos testes de Imunofluorescência Indireta (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Babesiosis, an economically important infectious disease that affects cattle worldwide, is endemic and important cause of morbidity and mortality of cattle in Brazil. The disease is caused by Babesia bigemina and B. bovis, apicomplexan intraerythrocytic protozoa parasites, which are agents of huge economic importance in tropical and subtropical regions. B. bovis merozoites present at least five (glyco-) proteins on their surfaces, which belong to a family of variable merozoite surface antigens (VMSA). The members of the VMSA family consist of merozoite surface antigen msa-1, msa-2a1, msa-2a2, msa-2b, and msa-2c. These antigens are highly immunogenic and contain neutralization-sensitive epitopes, and therefore have been considered as candidate antigens for developing subunit vaccines against B. bovis. However, these surface antigens are genetically diverse among different isolates of B. bovis, which results in antigenic differences among various B. bovis isolates. In order to evaluate the humoral immune response against B. bovis and genetic diversity of merozoite surface antigens of B. bovis, serum and DNA blood samples of 30 dairy calves, 15 from Seropedica, state of Rio de Janeiro, and the other 15 from a herd located in Taiaçu, state of São Paulo were obtained quarterly, since the birth up to 12 months of age. IgG antibodies to B. bovis were detected by Indirect Fluorescent Antibody Test (IFAT) and Enzyme-Linked Immunoadsorbent Assay (ELISA) tests. Polymerase Chain Reaction... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-12-06T22:55:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Programa de Apoio a Núcleos de Excelência (PRONEX) / O perfil de resistência a antimicrobianos e análise da diversidade genética foi analisado em 32 amostras de Escherichia coli produtoras de toxina Shiga (STEC) isoladas de infecção humana (n = 21) e das fezes de bovinos saudáveis (n = 11) e em 12 amostras de E. coli de origem humana isoladas de sítios extraintestinais, exceto uma delas isolada de diarréia. As amostras foram isoladas no Estado de São Paulo. Multiresistência (resistência a ≥3 grupos de antimicrobianos) foi observada tanto nas amostras de STEC (21/32 - 65,6%) como nas demais E. coli estudadas (8/12 - 66.7%). As amostras de STEC foram resistentes à tetraciclina (100%), seguida à estreptomicina (78,1%) e trimetoprim-sulfametoxazol (56,2%). Onze amostras de STEC resistentes a ampicilina carreavam a enzima β-lactamase TEM (blaTEM) e foram sensíveis a todas as cefalosporinas e quinolonas analisadas. As amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais foram resistentes a um maior número de grupos de antimicrobianos. Foi observado resistência à estreptomicina (91,7%), tetraciclina (75%) e trimetoprim-sulfametoxazol (66,7%). Resistência à ampicilina (58,3%) foi também identificada. Três amostras de E. coli mostraram resistência a cefalosporinas de terceira geração, uma delas isolada de infecção intestinal carreava blaCTX-M-14 e blaTEM-1 e outra amostra isolada de secreção traqueal carreava blaCTX-M-15 e blaOXA-1. Cinco das 12 amostras de E. coli mostraram resistência à quinolonas. O gene da integrase associada ao integron classe 1 (intI1) foi encontrado em 6 (28,6%) das 21 amostras de STEC isoladas de humanos pertencentes ao sorogrupo O111 e em uma amostra isolada de bovino (9,1%) pertencente ao sorogrupo O118. Oito das 12 amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais apresentaram intI1 e pertenciam a vários sorotipos. As amostras intI1 positivas carreavam plasmídeos com uma diversidade de tamanho, mas perfil plasmidial similar foi observado em algumas delas. O ensaio de hibridização indicou que intl1 estava localizado em plasmídeos em 5 das 7 amostras de STEC e em 6 das 8 demais amostras de E. coli. Análise dos integrons por PCR-RFLP revelou perfil idêntico em 4 amostras de STEC e em uma E. coli extraintestinal. Esses integrons tinham tamanho uniforme e continham o cassete gênico aadA1. O agrupamento filogenético mostrou que a maioria das amostras de STEC pertencia ao grupo B1, enquanto os grupos A, B2 e D foram observados entre as demais amostras de E. coli em 33,3%, respectivamente. Quatro amostras de E. coli isoladas de infecções extraintestinais foram denominadas como típicas E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC). Entre as 44 amostras de E. coli estudadas 54,5% apresentaram serino-proteases autotransportadoras (SPATE). A toxina vacuolizante Vat foi identificada somente em 3 das 12 E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais, e essas amostras apresentaram fímbria tipo 1, fator necrosante citotóxico, Alfa hemolisina e a adesina de membrana externa, Iha (100%, 8,3%, 8,3% e 25%, respectivamente). A tipagem por PFGE das amostras de STEC O111 e O118 mostrou uma diversidade de perfis, mas a maioria das amostras foi agrupada em um mesmo grupo (80% a 97% de similaridade). Por outro lado, a tipagem molecular confirmou que a maioria das amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais era epidemiologicamente não relacionada (similaridade genética ≥80%), exceto 2 amostras de E. coli isoladas do mesmo paciente, no mesmo dia, e que apresentaram padrões de PFGE com similaridade de 93,3%. Os plasmídeos das amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais carreando genes de resistência e/ou virulência, acarretaram um custo biológico de pequeno a neutro por geração, quando inseridos às amostras laboratoriais de E. coli. Em conclusão, apesar da aquisição de genes ter interferido pouco na capacidade das amostras de E. coli laboratoriais em se multiplicarem e consequentemente se disseminarem, a presença de integrons e de outros elementos genéticos móveis tanto em amostras de STEC como entre as amostras de E. coli extraintestinais é preocupante, principalmente em relação as amostras de E. coli extraintestinais considerando a provável aquisição de resistência a outros antimicrobianos, como recentemente descrito aos carbapenens. / Phenotypic and genotypic characterization of resistance to antimicrobials and genetic diversity were analyzed in 32 Shiga Toxin-Producing Escherichia coli (STEC) strains isolated from human infections (n = 21) and cattle feces (n = 11), and 12 human extraintestinal E. coli strains, except one isolated from diarrhea. The E. coli strains were isolated in Sao Paulo State. Multiresistance (resistance to ≥3 antimicrobial groups) was observed in both STEC (21/32 – 65.6%) and ExPEC strains (8/12 - 66.7%). The STEC strains were resistant to tetracycline (100%) followed by streptomycin (78.1%) and trimethoprimsulfamethoxazole (56.2%). The eleven STEC strains resistant to ampicilin possessed β-lactamase TEM (blaTEM) enzyme and all strains were susceptible to third-generation cephalosporins, and also to quinolones. On the other hand, E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections were resistant to a larger number of antimicrobial groups than STEC. Resistance was observed to streptomycin (91.7%), tetracycline (75%) and trimethoprimsulfamethoxazole (66.7%). Resistance to ampicillin (58.3%) was also identified. Three E. coli strains were non-susceptible to third-generation cephalosporins, one isolated from diarrhea carried blaCTX-M-14 and blaTEM-1 whereas other, isolated from tracheal secretion, carried blaCTX-M-15 and blaOXA-1. Five of the 12 E. coli strains showed resistance to quinolones. Integrase associated with class 1 integron (intI1) was detected in six (28.6%) of the 21 human STEC strains belonging to O111 serogroup and in one (9.1%) bovine strain belonging to O118 serogroup. Eight of the 12 E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections presented intI1 and belonged to various serotypes. The intI1-positive isolates carried plasmids showing a diversity of sizes, but similar plasmid profiles were observed in some strains. Southern blot hybridization assay with intI1-specific probe indicated that intl1 was located on plasmids in five out of the seven STEC strains and in six out of the eight E. coli strains. Analysis of integrons by PCR-RFLP revealed identical profiles in 4 STEC strains and in one extraintestinal E. coli strain. These integrons had a uniform size and contained a single gene cassette aadA1. The phylogenetic grouping showed that most of the STEC strains belonged to B1 group, while groups A, B2 and D (33.3%), respectively were observed among the other E. coli isolates. Four E. coli strains isolated from extraintestinal infection were classified as typical extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). Among 44 E. coli strains studied, 54.5% presented the Spate protease autotransporter. The Vat vacuolating toxin was identified only in 3 of the 12 E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections, and these strains presented type-1 fimbriae, cytotoxic nectrotizing factor, alpha-hemolysin and the IrgA homologue adhesin, Iha (100%, 8.3%, 8.3% e 25%, respectively). PFGE analysis of O111 and O118 STEC strains showed a diversity of profiles, but most of the strains were grouped in the same cluster (80% to 97% of similarity). On the other hand, PFGE analysis revealed that most E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections were epidemiologically unrelated, and were not grouped in any cluster with significant similarity (≥80%), except 2 E. coli strains, isolated at the same day from the same patient, and that presented PFGE patterns with similarity of 93.3%. The plasmids of the E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections carrying resistance and/or virulence genes, resulted in a low or neutral biological cost per generation, when inserted into laboratory E. coli strains. In conclusion, despite the acquisition of genes has shown a low interference in the ability of laboratory E. coli strains to grow and consequently to spread, the presence of integrons and other mobile genetic elements in both STEC and E. coli associated with extraintestinal infections is worrisome, mainly in relation to extraintestinal E. coli strains considering the probable acquisition of resistance to other antimicrobials, as recently reported to carbapenems. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) exibe uma enorme variabilidade genética. Tal característica é criticamente importante para que o vírus possa se adaptar às mudanças ambientais e escapar ao sistema imune do hospedeiro, desenvolver resistência à drogas e impedir o sucesso de eventuais vacinas. Portanto, entender esta diversidade é fundamental para se desenvolver vacinas e drogas eficientes, extremamente necessárias para se conter a epidemia de HIV/AIDS. Neste estudo, nós investigamos a magnitude da diversidade das principais variantes de HIV-1 circulante no Brasil, através de seqüênciamento e análise de genoma completo. O DNA foi extraído de 22 amostras previamente classificadas em nosso laboratório como sendo 6 subtipos B, 8 subtipos C e 8 subtipos F, com base no seqüênciamento de pequenos amplicons. A reamplificação do DNA destas amostras foi realizada por PCR de fragmentos sobrepostos, seguido por seqüênciamento direto. Duas de seis amostras identificadas parcialmente como subtipo B e seis de oito amostras identificadas parcialmente como subtipo F foram então caracterizadas como BF recombinantes pela análise de seus genomas completos. Todas as 8 amostras previamente classificadas como subtipo C apresentaram-se como cepas não recombinantes através da análise de genoma completo. Dois recombinantes BF possuem estrutura de recombinação genômica idêntica, porém diferente da cepa Argentina CRF 12_BF, e provavelmente representam uma nova forma recombinante circulante no Brasil. As análises das seqüências dos subtipos C e F revelaram uma linhagem distinta altamente suportada pela filogenia, cada qual correspondendo a sua cepa de referência brasileira. Nossos dados indicam fortemente que a atual epidemia Brasileira de HIV-1 com as cepas dos subtipos C e F foi introduzida no país por um único evento, e não por fontes múltiplas. Além disso, a evidencia da recombinação BF obtida pela análise do genoma completo do HIV, indica uma disseminação dos recombinantes BF em nossa população de infectados pelo HIV-1 que pode representar força significativa na evolução do vírus. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Resumo: O DNA mitocondrial é uma molécula circular, dupla fita, que se encontra na mitocôndria, uma organela responsável pela respiração e produção de energia da célula. Este DNA é herdado exclusivamente por via materna e possui polimorfismos que permitem diferenciar indivíduos, auxiliando nas investigações forenses e corroborando com outros exames de identificação humana. Devido à possibilidade de compatibilidade deste DNA entre indivíduos não relacionados por via materna, é necessário estimar as frequências haplotípicas utilizando bancos de dados populacionais. Com a finalidade de se compilar e avaliar a utilização do DNA mitocondrial no Brasil realizou-se um estudo sobre os haplótipos depositados no banco de dados do European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP) e acessando artigos científicos sobre dados de populações brasileiras, observando os países participantes e seus respectivos dados depositados. Na avaliação dos dados do EMPOP, a América do Norte foi o continente com maior número de haplótipos depositados no banco, principalmente pela participação dos Estados Unidos. A América do Sul contém 3172 haplótipos, sendo 782 desse total correspondentes ao Brasil. Esses números parecem insuficientes para representar a população grande e miscigenada do país. Na literatura, encontrou-se um total de 2367 haplótipos, os quais foram organizados por haplogrupos e as regiões brasileiras correspondentes: Sudeste e Nordeste apresentaram-se similares, com predomínio de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mitochondrial DNA is a circular and double-stranded molecule found in the mitochondria, an organelle responsible for breathing and energy production of the cell. This DNA is exclusively inherited through maternal and has polymorphisms that allow differentiating individuals, it assists in forensic investigations and corroborates with other tests of human identification. Due to the possibility of compatibility of this DNA between unrelated individuals, it is necessary to estimate the haplotype frequencies through population databases. In order to compile and evaluate the use of mitochondrial DNA in Brazil, a study was carried out about the haplotypes deposited in the European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP), and acessing scientific articles with data from Brazilian populations, verifying participating countries and their respective deposited data. In the evaluation of EMPOP data, North America was the continent with the highest number of data deposited in the bank, mainly by the participation of the United States. South America contains 3172 haplotypes, 782 of which correspond to Brazil. These numbers seem insufficient to represent the large and mixed population of this country. In the literature, a total of 2367 haplotypes were found, which were organized by haplogroups and the corresponding Brazilian regions: the Southeast and Northeast were similar, with predominance of African ancestry (44%), while the South had a predominantly European origin (6... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2012-10-23T23:49:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 266108.pdf: 1100689 bytes, checksum: ffb6636cc149e7ac3f02fcdde1226fc1 (MD5) / O processo de exploração da araucária no Sul do Brasil, reduziu drasticamente as populações naturais da espécie, produzindo uma situação de ameaça e risco de extinção. Hoje à espécie encontra-se na "Red List da IUCN (The World Conservation Union) e na Lista Oficial de Espécies da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção do IBAMA, através da Portaria N° 37-N, de 03 de abril de 1992, em ambas as listas na categoria vulnerável. Neste sentido a Floresta Nacional de Três Barras representa uma área de grande relevância para estudos de diversidade genética, pois na década de 50 foram feitos plantios com sementes de diferentes origens. Devido ao processo histórico de exploração da espécie estas procedências provavelmente representem uma diversidade que hoje não exista mais em populações naturais. Assim o conjunto de populações (nativa e plantada) presente na FLONA pode representar a maior diversidade genética da espécie em unidades de conservação no Brasil. Assim, o presente trabalho teve como objetivo principal, caracterizar a diversidade genética e a estrutura populacional em plantios e populações naturais de Araucaria angustifolia, visando estabelecer estratégias de conservação e manejo da espécie e identificar áreas para a produção de sementes. Para a execução do trabalho foram avaliados, na FLONA de Três Barras (Canoinhas, SC), três plantios de diferentes origens, Anita Garibaldi, Canoinhas e Curitibanos e uma população nativa. Para os levantamentos dendrométricos foram implantadas três parcelas de 40 x 40m em cada área, e mensuradas as alturas e o diâmetros a altura do peito de todas as plantas. Para a caracterização genética foram coletadas amostras foliares de 50 indivíduos adultos e 50 jovens, as coletas respeitaram a distância mínima de 50 metros entre plantas. Também foram coletadas no mínimo três pinhas de dez matrizes visando a caracterização genética de progênies para a obtenção de estimativas das taxas de cruzamento. O material procedente de Anita Garibaldi apresentou a maior densidade (415 plantas/ha), seguido por Canoinhas, Curitibanos e Mata Nativa com 392, 332 e 175 plantas/ha respectivamente. As maiores alturas e diâmetros foram encontrados na Mata Nativa, seguida por Anita Garibaldi, Curitibanos e Canoinhas. As frequências alélicas mostraram a existência de alelos em baixa frequência e alelos exclusivos. Quando analisados 17 locos alozímicos, apenas para adultos e jovens, a média da heterozigosidade esperada para adultos foi 0,133, já para a heterozigosidade observada este valor foi 0,074, gerando um índice de fixação alto e positivo (0,444). Já para os jovens, a heterozigosidade esperada foi 0,127 e a heterozigosidade observada foi 0,081, gerando um índice de fixação de 0,362, um pouco menor que dos adultos. Nas progênies foram passíveis de interpretação somente 10 locos. Para efeitos comparativos foram reanalizados os indivíduos adultos e jovens com 10 locos. Os valores das heterozigosidades esperadas para adultos, jovens e progênies foram 0,099, 0,094 e 0,098 respectivamente, para a heterozigosidade observada os valores foram 0,075, 0,089 e 0,111, para adultos, jovens e progênies. Estes valores geram índices de fixação diferenciados; para adultos, o índice aproxima-se de irmãos completos (0,244), para jovens, o valor foi levemente positivo (0,053), já para as progênies o valor foi negativo (-0,137), apresentando um excesso de heterozigotos. As estatísticas F de Wright para os adultos, jovens e progênies dentro de populações ( ) foram 0,435, 0,364 e -0,142, para o conjunto de populações ( ) foram 0,603, 0,437 e 0,014 e a divergência genética entre populações ( ) foram 0,293, 0,115 e -0,003 respectivamente. Para as progênies a divergência genética entre famílias ( ) foi de 0,137. As taxas de cruzamento cálculadas para Canoinhas, Anita Garibaldi e Mata Nativa foram de 0,981, 0,974 e 1,049 respectivamente, estes dados são esperados para uma espécie dióica. Como a intensão inicial destes plantios era a produção de madeira, estes foram implantados em uma alta densidade, fator importante para a produção de sementes, pois aumenta a competição entre os indivíduos e provavelmente diminui a produtividade de sementes das áreas. Estes plantios apresentam alta diversidade genética, além dos alelos exclusivos da FLONA de Três Barras. Os índices de diversidade são compativeis com outros trabalhos, porém os índices de fixação são altos para uma espécie dióica. Quando comparados os índices de fixação entre adultos, jovens e progênies, nota-se uma diminuição nos valores no sentido adultos progênies. Esta diminuição é reflexo da perda de heterozigotos na passagem de progênies para jovens e de jovens para adultos. Estes resultados levantam um questionamento sobre o assunto: o que ocorre na passagem de progênies para adultos, para que tenha uma perda de heterozigotos? As taxas de cruzamento encontradas foram compatíveis com uma espécie dióica. O número de árvores matrizes necessários para reter o tamanho efetivo de referência foi estimado através de valores teóricos, para conservação de curto e longo prazo. No sentido de determinar áreas para a coleta de sementes, é necessário analisar os dados de diversidade genética conjuntamente com os de estrutura populacional. A FLONA de Três Barras apresenta uma diversidade genética de grande importância, porém para aumentar a produção de sementes, seria necessário a intervenção através de desbastes. Esta intervenção pode representar um risco, no sentido da perda de alelos. A alternativa encontrada neste trabalho seria o desbaste assistido por marcadores genéticos.

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Baptista / Resumo: Tuberculosis (TB) is a major cause of mortality, and Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), the causative agent. The study of molecular epidemiology associated with classical epidemiology, provides an understanding of the spread of M. tuberculosis and ads in epidemiological investigation, determining outbreaks and risk factors for transmission in the population. This study aimed to provide a more accurate view of the molecular epidemiology and genetic diversity of M. tuberculosis by MIRU-VNTR technique and get a better understanding of the relevance of the epidemiological and clinical potential of RDRio genotype in municipalities in the state of São Paulo, investigating possible associations with clinical and epidemiological data. Besides this study investigate possible transmission between contacts of patients with TB. Heterogeneity was observed in both regions that were grouped independently in phylogenetic analysis. Nevertheless some specific isolated from both regions showed high genetic similarity. When investigated epidemiological data of these patients 30% were from prisons. This suggests a recent transmission process within the penitentiaries to the general community between these two regions. Although the clustering rate found to be low, we noted in cluster formation the presence again of patients sharing the same genetic profile in different penitentiaries suggesting once more a transmission between distinct prision units. Regarding RDRio deletion was found h... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T08:30:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 274229.pdf: 4830850 bytes, checksum: 886b7bfca63b4669fd36937ad1268ef2 (MD5) / A diversidade genética, essencial para garantir a evolução e adaptabilidade contínua das espécies, também deve ser analisada em relação às decisões das populações humanas, segundo a perspectiva de uso e conservação da biodiversidade. No sul do Brasil, Mimosa scabrella Benth. var. scabrella (Fabaceae), árvore nativa do bioma Mata Atlântica, é usada na produção de carvão, base econômica de assentamentos rurais no Planalto Norte de Santa Catarina. O sistema de manejo local promove adensamentos monoespecíficos de M. scabrella (bracatingais) na paisagem. O manejo envolve uso de fogo em época e idade específicas, desbastes e manutenção do banco de sementes. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a influência do manejo local na diversidade, estrutura genética e sistemas de cruzamento de populações de Mimosa scabrella em paisagem manejada em assentamentos rurais da região. Foram analisadas 14 populações, através de marcadores alozímicos (8 locos polimórficos), sendo uma população regenerada naturalmente. De forma complementar, entrevistas semi estruturadas foram feitas nos locais de coleta a fim de avaliar o histórico da paisagem na área e possíveis efeitos da seleção humana na espécie. Os índices de diversidade médios obtidos foram altos (A=2,63; He=0,376; Ho=0,256) e semelhantes entre todas as populações, além de alta endogamia em média (f=0,322), coerente com os cruzamentos entre aparentados e autofecundações observados (tm variou de 0,780 a 0,832). Há evidências de subestruturações dentro de cada bracatingal. Neste caso, a geração e manutenção de diversidade de M. scabrella pode funcionar como uma metapopulação. A prática do desbaste pode favorecer perda de alelos. Mas o padrão genético se mantém na geração atual, de acordo com o aporte de alelos raros e exclusivos observado entre as progênies. Foi observado alto fluxo gênico, levando à baixa divergência entre populações (Tp=0,05). Não foi evidente o papel da seleção natural favorecendo heterozigotos ao longo do ciclo de vida da espécie. Não foi detectada, até o momento, promoção intencional de fenótipos, pelos agricultores; o que contribuiria para gargalos genéticos. Os resultados obtidos indicam que as populações de M. scabrella estudadas apresentam baixo grau de domesticação da espécie, a qual pode ser intensificada, de acordo com as perspectivas futuras de uso da espécie no local, principalmente pelo alto grau de domesticação da paisagem. A manutenção do dinamismo genético deve ser garantida a partir do reconhecimento, pelas políticas ambientais, de populações sob diferentes graus de domesticação da paisagem, as quais, neste caso, são consideradas complementares do ponto de vista genético. / Genetic diversity, essential for continued evolution and adaptability of species, has to be analyzed according to human population decisions as well, in the conservation-through-use approach of biodiversity. In the South of Brazil, Mimosa scabrella Benth. var. scabrella (Fabaceae), native tree from the Atlantic Forest, is used for coal production, an important economic activity of rural settlements in the North Plateau of Santa Catarina The local management system promotes dense monospecific populations of M. scabrella (bracatingais) in the landscape. One of the management practices are the use of fire, logging and seed bank maintenance. The objective of this study was to evaluate the influence of local management in the diversity, genetic structure and mating systems of populations of M. scabrella in managed landscape in that region. Populations (14) were analyzed using allozymic markers (8 polymorphic loci). One of them, was regenerated naturally . In addition, semi structured interviews were developed in the local samples to evaluate the landscape history in the area and possible effects of human selection on species. The results indicated high genetic index (A=2,63; He=0,376; Ho=0,256), similar between populations and also high inbreeding due to biparental inbreeding and selfing (tm varied 0,780 to 0,832). There are evidences of subdivided populations. In this case, origins and maintenance of diversity could work as a metapopulation. Loss of alleles from logging practices were detected. But the general genetic pattern continues in the present generation, according to the rare and private alleles come from progenies. High gene flow and low genetic divergence were observed between populations (Tp=0,05). The role of natural selection in favoring heterozygosity throughout life cycle was not evident. It was not detected, until now, intentional promotion of phenotypes by farmers, which would contribute to bottlenecks. M. scabrella populations studied conform to low levels of species domestication that could be intensified under the future perspectives of species local use, specially to the high level of landscape domestication. The maintenance of genetic dynamism must be guaranteed through the local environmental policies that should acknowledge the presence of populations at different levels of landscape domestication, which in this case, are complementary to each other, in the genetic point of view.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2013-07-16T02:57:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Este trabalho apresenta os resultados do desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites para Araucaria angustifolia a partir de bibliotecas genômicas enriquecidas para seqüências microssatélites (SSR). O trabalho envolveu clonagem de segmentos genômicos, transformação bacteriana, sequenciamento de clones, desenho de iniciadores específicos e otimização de marcadores. A triagem dos iniciadores foi feita utilizando-se inicialmente quatro indivíduos em gel de agarose 2%. Para a otimização foram utilizados 16 indivíduos de 5 diferentes populações em gel de poliacrilamida 4%, com detecção em nitrato de prata. Foram obtidos 29 marcadores microssatélites inéditos para Araucaria angustifolia, com a possibilidade de utilização imediata. Os marcadores desenvolvidos revelaram elevada heterozigosidade esperada para os locos, com uma detecção média de 8,1 alelos por loco. Os marcadores microssatélites demonstraram elevado conteúdo informativo para os estudos de diversidade genética e discriminação genotípica de indivíduos. As sequências originais contendo regiões microssatélites foram depositadas no GenBank (NCBI - National Center for Biotechnology Information). Um estudo de diversidade genética e estrutura de duas populações naturais de Araucaria angustifolia foi desenvolvido utilizando-se locos microssatélites específicos desenvolvidos para a espécie. Para realizar a genotipagem das duas populações: Guamirim Gateado e Parque Ecológico de Lages, foram utilizados dois sistemas de detecção alélica colorimétrico baseado em nitrato de prata, aplicado a sete locos microssatélites e outro com detecção por fluorescência aplicado a nove locos microssatélites. Os resultados mostram que, grande parte da variabilidade genética observada nas duas populações encontra-se dentro das populações e não entre as populações. As análises feitas a partir de genotipagens em sistema com nitrato de prata, superestimaram os valores de heterozigosidade. O sistema de detecção fluorescente mostrou-se necessário quando os marcadores microssatélites são baseados em seqüências de di-nucleotídeo, pois facilitam a análise em sistema "multiplex" utilizados na mesma reação de amplificação e/ou analisados conjuntamente na mesma eletroforese, propiciando redução de gastos e maior confiabilidade nos resultados devido à leitura automática do sistema, baseado no marcador de tamanho de fragmento conhecido. As comparações das análises populacionais feitas nos distintos sistemas de detecção revelaram que o sistema de detecção com fluorescência, é significativamente mais preciso devido à presença de bandas fantasmas, formadas pela separação das duas fitas de DNA durante a eletroforese, detectadas nas análises com nitrato de prata. Diferenças estatisticamente significativas entre os valores de heterozigosidade das duas populações estudadas foram obtidas com marcadores isoenzimáticos, fato este que não foi confirmado com o uso de marcadores microssatélites (0,87 e 0,86 para He e de 0,59 e 0,58 para Ho, respectivamente). Marcadores isoenzimáticos revelaram diferença estatística na estrutura genética entre as duas populações. No estudo com marcadores microssatélites não foi detectada divergência significativa entre as duas populações estudadas (FST=0,023). (Instituição financiadora: FAO - Food and Agriculture Organization of the United Nations/Ministério do Meio Ambiente).

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:45:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Associação Fundo de Incentivo à Psicofarmacologia (AFIP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O aumento da expectativa de vida nas ultimas decadas indica que o envelhecimento populacional no Brasil e no mundo seja inevitavel. Neste contexto, existem individuos capazes de alcancar com sucesso idades avancadas, indicando maior adaptacao as alteracoes decorrentes do envelhecimento. Sabe-se que o sono e um processo profundamente afetado pelo envelhecimento, no entanto o papel do sono na manutencao da longevidade em humanos ainda e desconhecido. O presente estudo teve como objetivo caracterizar os aspectos epidemiologicos, fisiologicos e geneticos do sono no envelhecimento bem-sucedido por meio da conducao de tres investigacoes: 1) Estudo da prevalencia e fatores associados a queixas de sono em populacoes de idosos acima de 65 anos em paises em desenvolvimento; 2) Avaliacao do padrao de sono, do perfil bioquimico, hormonal e oxidativo, da expressao genica e de sua regulacao entre individuos Jovens, Idosos e Longevos; e 3) Investigacao de polimorfismos geneticos e variantes raras e associacao com o envelhecimento bem-sucedido. Em relacao ao primeiro estudo, foi possivel descrever que a prevalencia das queixas de sono variou de 9,1 a 37,7% nos paises estudados e os principais fatores associados foram pertencer ao sexo feminino, apresentar residencia urbana, possuir menor nivel educacional, praticar menos atividades fisicas, apresentar pior estado de Saúde e maior numero de comorbidades. O segundo estudo revelou que, em relacao ao padrao de sono, Longevos (acima de 85 anos de idade) nao apresentaram reducao significativa da porcentagem de estagio N3, e da potencia espectral de delta neste estagio de sono, indicando a manutencao do sono de ondas lentas na longevidade. Longevos tambem apresentaram padroes de sono estritamente regulares em relacao aos Idosos (de 60 a 70 anos) ou Jovens (de 20 a 30 anos). Melhor perfil lipidico foi identificado em Longevos quando comparados aos Idosos, sugerindo sua participacao sobre diversos aspectos fisiologicos que favorecem o alcance de idades avancadas. Foram identificados nove genes diferencialmente expressos entre os grupos estudados, com especial atencao ao gene SIRT2 e CCL5, que apresentaram evidencias de regulacao epigenetica com a longevidade. O terceiro estudo contou com a analise de variantes geneticas e detectou a associacao entre os polimorfismos rs10405150, rs10410544 e rs4802998 do gene SIRT2 e a longevidade em uma amostra expandida da populacao. Alem disso, o sequenciamento do genoma completo revelou variantes possivelmente envolvidas no fenotipo da longevidade nos genes diferencialmente expressos. O presente estudo permitiu a caracterizacao detalhada de diversos aspectos relacionados ao envelhecimento bem-sucedido e a longevidade e aponta para a existencia de mecanismos moleculares comuns entre o sono, o metabolismo lipidico e a longevidade em humanos, possivelmente mediados pelo gene SIRT2 e suas vias de regulacao. Assim, a identificacao destes mecanismos pode contribuir para o desenvolvimento de ferramentas clinicas que propiciem a populacao idosa uma melhor qualidade de vida / The increase in life expectancy in the last decades indicates that aging at the population level is unavoidable. In this sense, some individuals are able to successfully reach very old ages, reflecting higher adaptation against the age-related effects. Sleep is one of the processes deeply affected by aging; however the role of sleep in the maintenance of longevity in humans is still unknown. This study aimed to characterize the epidemiological, physiological and genetic aspects of sleep in wellsucceeded aging by three investigations: 1) Study of the prevalene and correlates of sleep complaints in elderly populations over 65 years old in low and middle income countries; 2) Evaluation of sleep patterns, biochemical, hormonal and oxidative profile, as well as gene expression and its regulation among young adults, older adults and oldest old individuals; and 3) Investigation of genetic polymorphism and rare variants and association with well-succeeded aging. Regarding the first study, we described that the prevalence of sleep complaints varied from 9.1% to 37.7% in the studied countries, and female gender, urban residence, low educational level, low physical activity status, poor health and high number of co-morbidities were associated with sleep complaints. The second study revealed that, regarding the sleep patterns, oldest old individuals (over 85 years old) did not show significant reduction in stage N3 or in delta spectral power in this sleep stage, indicating the maintenance of slow wave sleep in the longevity. Oldest old individuals also showed strictly regular sleep wake schedules than young adults (20 to 30 years old) and better lipid profile than older adults (60 to 70 years old), suggesting that these mechanisms might be related to reaching older ages. We identified nine differentially expressed genes among the studied groups, being SIRT2 and CCL5 the most relevant, since their expression has also been related to epigenetic mechanisms. The third study detected that three single nucleotide polymorphisms located on SIRT2 gene (rs10405150, rs10410544, and rs4802998) were associated with longevity in the genetic association study. Moreover, rare variants potentially associated with longevity in the differentially expressed genes were also described as a result of the whole genome sequencing. The present study allowed the detailed characterization of aspects related to well-succeeded aging and longevity, and suggests the existence of common molecular mechanisms integrating sleep, lipid metabolism and longevity in humans, possibly mediated through the expression of SIRT2 gene and its regulatory pathways. The identification of such mechanisms might contribute to the development of clinical tools that provide a better quality of life to the elderly population. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O HIV-1 possui uma importante diversidade genética. Essa diversidade decorre das limitações de fidelidade da transcriptase reversa durante a replicação, acentuada pela alta capacidade de geração e pelo rápido turnover viral. A transcrição reversa é um evento crucial do ciclo de vida viral e pode sofrer a influência de diversos fatores, como, por exemplo, o estado de ativação celular e a concentração de deoxrribonucleotídeos. A redução da variabilidade e tamanho das populações quasispecies, como as que acontecem durante a transmissão do HIV-1, coloca em risco a sua sobrevivência. A proposta deste estudo foi analisar a geração da diversidade genética após um ciclo único de replicação usando partículas virais pseudotipadas com envelopes R5 e X4 do HIV-1 em cultivo celular. Para tanto, PBMCs de indivíduos saudáveis foram estimuladas com fitohemaglutinina antes e durante infecção. Células em repouso também foram infectadas. Quarenta e oito clones provirais foram obtidos por End Point-PCR para cada condição. Em seguida, um fragmento de 1050pb do gene pol foi seqüenciado para todos os clones. As mutações acumuladas em um evento único de transcrição viral foram analisadas e comparadas com a seqüência do HIV-1 presente no inóculo original (tempo zero). Os resultados mostraram uma alta taxa de substituições em todas as condições de cultura e a existência de contextos comuns entre as seqüências onde ocorrem as substituições, destacando-se as regiões 200 a 350pb, 400 a 650pb, 750 a 800pb e 950 a 1025pb no grupo R5 e as regiões 375 a 525pb, 600 a 650pb e 775 a 975pb no grupo X4. Nestas regiões, o processo mutacional é intenso, os eventos que mais ocorrem são as transições e as substituições mais freqüentes são as de G para A e de T para C. A taxa mutacional encontrada foi de 2,0 x 10-3 /nt/ciclo no grupo R5 e 1,07 x 10-3 /nt/ciclo no grupo X4, valores muito acima dos comumente encontrados. A distribuição dos sítios onde ocorrem as mutações é influenciada pelo estágio de ativação em que as células alvo se encontram no momento da infecção, com regiões mais sujeitas a variação em segmentos de sequência quando as células estão ativadas. A maior diversidade encontrada no grupo R5 indica um papel importante desta variante viral no estabelecimento da infecção. Esse aumento brusco na diversidade genética viral pode fazer parte de uma estratégia do vírus em recuperar parte diversidade genética perdida na população durante os eventos de transmissão. / HIV-1 has an important genetic diversity that results from the rapid viral turnover rate and from reverse transcritase errors during viral DNA synthesis. Reverse transcription is a crucial step during HIV-1 replication cycle and its accuracy depends on balanced cellular dNTP pools. HIV-1 populations correspond to an organized swarm of mutants named quasispecies. If a quasispecies population goes throught transmission genetic bottlenecks and looses its best adapted variants, the fitness of the entire population is reduced. In the present work we studied the HIV-1 genetic diversity generated after a single replication cycle using CCR5 and CXCR4 pseudotyped particles in cell culture. Resting PBMCs from healthy donors were stimulated with PHA before and during HIV-1 infection. Resting PBMCs were also infected. 48 proviral DNA clones were obtained by End Point-PCR from each infected culture. A 1050pb fragment from pol was sequenced from all clones. All sequences were compared to the original sequence at time 0 and mutations introduced after a single replicartion cycle were tabulated. Observed mutations were not uniformly distributed occurring more frequently between the nucleotide 200 and 350, 400 and 650pb, 750 and 800pb and 950 and 1025pb in R5 pseudotypes and between the nucleotide 375 and 525pb, 600 and 650pb and 775 and 975pb in X4 pseudotypes. G to A and T to C transitions were the most frequent substituition type. The calculated mutational tax was 2,0 x 10-3 /nt/cycle for R5 virus and 1,07 x 10-3 /nt/cycle for X4. Both mutational taxes were higher than the ones currently described for HIV-1. The distribution of sites where mutations occur is influenced by the cellular activation status with mutations clustering in sequence segments in activated cells. R5 pseudotypes accumulated more variation than X4 virus, suggesting that R5 virus host colonization soon after transmission may be a part of a HIV-1 strategy to recuperate the genetic diversity reduction during the transmission bottleneck / FAPESP: 06/51495-6 / BV UNIFESP: Teses e dissertações