Foram estudadas progênies de irmãos germanos obtidas por cruzamentos em cadeia em quatro subpopulações de milho, submetidas à seleção divergente para tamanho do pendão (NR) e altura de espigas, (AE), mais a população original ESALQ PB1. Foram analisados os caracteres florescimento feminino (FF), prolificidade (PRO), altura de plantas (AP), altura de espigas (AE), número de ramificações do pendão (NR) e peso de grãos (PG). Os ensaios foram conduzidos nas localidades de Londrina e Vila Velha, ambas no estado do Paraná. Os parâmetros estimados foram as médias populacionais, variância entre progênies, herdabilidade ao nível de médias e correlações entre os seis caracteres. Os valores estimados em cada subpopulação (R+, R-, E+ e E- , representando seleção para aumento e diminuição de NR e AE, respectivamente) foram comparados com os estimados na população original com o objetivo de se avaliar o efeito da seleção divergente. Os resultados obtidos mostraram que na seleção R- , não só diminuiu o caráter (NR) , mas reduziu também AP, AE e FF, verificando-se aumento em PRO. Na seleção R+ houve aumento de NR, AP, AE e FF. A seleção E-, reduziu AP, AE, NR e FF e na linha divergente E+, verificou-se aumentos em AP, AE, NR e FF. Os dados relativos à peso de grãos foram altos em todas as populações, não se verificando efeitos marcantes da seleção sobre esse caráter. Registrou-se ligeiro aumento de PG em E+. A subpopulação E- mostrou pequena redução em PG, e em R- e R+ apenas indícios de menor PG em relação à população original. Verificou-se uma ampliação da variância para o caráter PRO nas populações R-e E+ e para o caráter NR na população R+. Para os demais, registrou-se um decréscimo da variância. As reduções mais expressivas ocorreram para o caráter NR na população R-, para o caráter FF na população E+ e para os caracteres AP, AE e PG em E-. As estimativas de herdabilidade, não sofreram alterações significativas com os ciclos de seleção. Os valores mais altos de correlação foram verificados para a associação APxAE. Verificou-se também valores altos de correlação para as associações PGxAP e PGxPRO. De um modo geral, as populações apresentaram bom potencial produtivo e ampla variabilidade para tal caráter, sendo que as populações R- e E- por possuírem outras características agronômicas desejáveis, são mais indicadas para inclusão em um programa de melhoramento. A continuidade do processo de seleção divergente poderá permitir novas inferências e melhor conheci- mento do efeito da seleção sobre a estrutura genética destas populações. / The present study was based on evaluation of full sib families obtained from chain crosses in four maize subpopulation submitted to divergent selection for tasseI size (NR) and ear placement (AE) and compared with progenies of the original population (ESALQ-PB1, PO). The character analized were days to silking (FF), prolificacy (PRO), plant height (AP), ear heigth (AE), tassel branch number (NR) and grain yield (PG). The experiments were planted at Londrina and Vila Velha, both in Paraná State. The estimated parameters were populations means, variance between progenies, heritability (broad sense) and correlation between the six characters. The estimated values in each subpopulation (R-, R+, E- e E+, representing selection to increase and decrease NR e AE respectively) were compared with the values estimated for ESALQ PBI-PO in order to evaluate the effect of divergent selection. It was observed that in R- selection there was a decrease not only in character (NR) but also in AP, AE and an increase in PRO. R+ selection also increased AP, AE and FF and in the divergent line E+ it was found an increase in AP, AE, NR, FF and PRO. The yield was high in all populations but without remarkable effects of the selection on this character. It was found a small increase of PG in E+. The subpopulation E- showed a small decrease in PG and the R- and R+ only a trend to smaller PG in relation to the original population. It was found an increase in the variance for the character PRO in the subpopulations R- and E+ and also for the character NR in R+. In the others characters it was observed a decrease of variance in all populations. The greater reductions were observed for the character NR in the R- subpopulation, for FF in E+ and for AP, AE and PG in E-. The heritability did not change significantly after five cycles of selection. In a general way, all populations exhibited good potential of grain yield and large variability for this character. The populations R- and E-, by having others desirable features are more indicated to be included in a breeding program The continuity of the divergent selection process may allow novel and better inferences and knowledge about the genetic bases of these populations.

No presente trabalho foram quantificadas as atividades proteolíticas contra caseína e elastina de 16 linhagens de Metarhizium anisopliae, crescidas em meio de cultura líquido, tendo a caseína como única fonte de carbono e nitrogênio. Os objetivos foram estimar parâmetros genéticos como a variância genética, a herdabilidade e o ganho esperado na seleção, bem como as correlações entre os caracteres avaliados e a possibilidade de se utilizar a seleção indireta, em programas de melhoramento genético para a espécie. Os resultados mostraram que existe uma grande variabilidade genotípica em todos os caracteres estudados entre as 16 linhagens, permitindo sua exploração no melhoramento. Os altos coeficientes de herdabilidade permitem que sejam esperados progressos substanciais na seleção fenotípica, seguida de reprodução por via clonal. Os altos coeficientes de correlação observados entre a atividade elastolítica determinada a 280 e a 450 nm, mostraram que a elastina pode ser usada em substituição a elastina "Congo-Red", como substrato para determinação da atividade elastolítica. Os coeficientes de correlação, bem como as estimativas de ganho na seleção indireta, mostraram que podem ser obtidos altos progressos na atividade elastolítica, através da seleção de linhagens com altas atividades proteolíticas contra caseína. / not available

Agricultores tradicionais autóctones são responsáveis por manter etnovariedades conservadas in situ, e são responsável por processos dinâmicos de amplificação de variabilidade genética. A variabilidade manipulada por estes agricultores pode ser maior do que a variabilidade reconhecida e nomeada sob a forma de etnovariedades. Através da avaliação da variabilidade de mandioca (Manihot esculenta Crantz) manejada por agricultores tradicionais autóctones do sul do litoral paulista e do Vale do Ribeira de Iguape, foram estudadas 10 roças, com os seguintes objetivos: a) Determinar a variabilidade intraespecífica de mandioca, ao nível das etnovariedades, presente num sistema agrícola de corte e queima, através do uso de marcadores bioquímicos (isoenzimas), e de caracteres morfológicos; b) Avaliar e comparar a variabilidade reconhecida e nomeada pelo agricultor e a variabilidade intra-roça presente e não necessariamente reconhecida; c) Interpretar os padrões de variabilidade sob um modelo de dinâmica evolutiva da mandioca. Foram utilizadas para estes fins, 3 técnicas de amostragem em 10 roças em locais diferentes, e em ciclos agrícolas diferentes: 1) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor com interferência dele na escolha de cada amostra; 2) coleta de amostras de etnovariedades nomeadas pelo agricultor sem interferência dele na escolha de cada amostra; 3) amostragem aleatória dentro da roça sem nomeação individualizada. Ao todo foram estudados 356 indivíduos, sendo avaliados 21 caracteres e sendo feitas posteriormente as seguintes análises: cálculo de distância euclidiana média entre amostras, análise de agrupamento, e análise de componentes principais (PCA). Os indivíduos foram submetidos à eletroforese de isoenzimas, sendo então utilizada presença e ausência de bandas isoenzimáticas, cálculo do índice de similaridade genética (coeficiente de semelhança simples,"Simple Matching'), análise de agrupamento e análise de coordenadas principais (PCO). As distâncias obtidas a partir de cada conjunto de dados foram comparadas através de correlação de Mantel. A partir dos resultados, foi possível concluir que os agricultores subestimam a variabilidade presente intra-roça, dando o mesmo nome a genótipos diferentes. Além disso, foi possível concluir que cada etnovariedade de mandioca é constituída por genótipos distintos, com grande semelhança na morfologia, compondo uma população heterogênea. Através da interpretação dos resultados sob o modelo de dinâmica evolutiva de mandioca é possível inferir sobre a origem destes genótipos via hibridação intraespecífica. Sendo assim, os processos sexuais existentes amplificam a variabilidade de mandioca dentro das roças, interagindo com as técnicas de manejo empregadas secularmente. / not available

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:06:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A pandemia de HIV / Aids tem sido um dos maiores desafios de Saúde publica dos ultimos 25 anos, dada a complexidade de seu agente etiologico e a rapidez com que produz novos casos. A variabilidade genetica do HIV e um dos topicos mais relevantes desta infeccao e esta variabilidade genetica resulta de limitacoes de fidelidade intrinsecas ao mecanismo de replicacao viral, acentuados pela alta taxa de replicacao na geracao e eliminacao de particulas virais durante o tempo da infeccao. A transcricao reversa do genoma viral representa uma etapa critica do ciclo biologico do HIV -I e que pode softer a influencia de varios fatores, como por exemplo a oferta de nucleotideos ou o estado de ativacao celular. Este deficit de oferta de nucleotideos no momento da transcricao reversa pode gerar genomas altamente mutados nos quais, a informacao viral se perde como no caso da hipermutacao. Neste estudo propomos estudar in vitro os mecanismos que podem contribuir pela diversidade genetica do HIV nos momentos iniciais da infeccao em celulas mononucleares de sangue periferico (PBMCs) de individuos saudaveis. Para tanto, ofertamos tres diferentes condicoes de infeccao e cultura para o HIV. Na primeira, infectamos PBMe's em repouso e mantivemos em cultura por 48h; na segunda as PBMCs foram infectadas e ativadas simultaneamente e mantida em cultura por 48h; na terceira condicao, as PBMCs foram ativadas 72h antes da infeccao, apos, infectadas e mantidas em cultura por 48h. Utilizando a tecnica do EndPoint PCR, DNA provirais oriundos de cada condicao de cultura foram obtidos e 46 clones deste DNA produzidos. Em seguida, parte do gene pol contendo 1047 bp de todos os clones foi sequenciado e analisado. Nossos resultados mostraram uma alta taxa de substituicoes de nucleotideos ao longo das sequencias analisadas em todas as condicoes de cultura e a existencia de regioes comuns entre estas sequencias, em todas as condicoes, em que ocorrem substituicoes, destacando as regioes entre 200 a 300 pb, 400 a 500 pb, 600 a 690 pb, 800 a 900 pb. Nestas regioes o processo mutacional e intenso, os eventos mutacionais que mais ocorrem sao os de transicao e as substituicoes nucleotidicas mais fteqUentes sao as de G para A. Ha clones hipermutados nas tres condicoes e a taxa mutacional encontrada esta em um intervalo de I,OxlO-3 a 2,lxlO-2, valores muito acima do que os encontrados normalmente. Nossos resultados sugerem uma nova visao dos momentos iniciais da infeccao pelo HIV -I. Estudos complementares poderao nos ajudar a entender de forma coesa os momentos iniciais da infeccao pelo HIV -I que, sem duvida representa um evento crucial na evolucao da doenca / HIV/Aids have been one of the major challenges for public health in the last 25 years. The genetic variability of the HIV-1 is one of the most relevant features in the study of HIV-1 infections. The genetic variability is the result of error accumulation during reverse transcription and the high turnover rate of the viral popuulation. Reverse transcription represents a critical stage of the biological cycle of HIV-1, and can suffer the influence of some factors as for example the level of nucleotides or the state of cellular activation. This deficit in nucleotides at the moment of the transcription can generate highly mutates genomes in which, the viral information may be lost as in the case of the hipermutation. In this study we addressed in vitro, the mechanisms that can be responsible for the genetic diversity of the HIV-1 at the initial periods of the infection in mononuclear cells of peripheral blood (PBMC's) of healthy individuals. We offered three different conditions of infection. In the first, we infected resting PBMC's and we kept in culture for 48h; in the second PBMC's were infected and activated simultaneously and kept in culture for 48h; in the third condition, PBMC's were activated 72h before infection and kept in culture for 48h. Using molecular biology techniques, the deriving provirus DNA of each culture condition were isolated, and PCR clones of this DNA were obtained. All clones were sequenced and the pol gene was analyzed. Our results demonstrated an elevated number of nucleotide substitutions in the clones analyzed in all three culture conditions. A pattern in variation was observed in the sequences. We identify a common distribution of substitutions in all analyzed sequences in different culture conditions. Our results suggest a new vision of the initial periods of HIV-1 infection. Complementary studies will be necessary to allow a better understanding of the initial periods of HIV-1 infection which represents a crucial event related to disease progression. / FAPESP: 02/11425-8 / FAPESP: 03/05183-4 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agroecossistemas / Made available in DSpace on 2012-10-22T15:36:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 233620.pdf: 2762661 bytes, checksum: d4482162cde4ce6105d55f06502935ea (MD5) / O crescimento da população indígena e a regularização de suas terras trazem demandas para o restabelecimento de práticas agrícolas tradicionais. O manejo tradicional do milho (Zea mays L.) em comunidades indígenas dos estados de Roraima e Santa Catarina apresenta um cenário de erosão genética e cultural. Nesse contexto, o presente trabalho busca compreender a relação histórica e cultural existente entre os grupos indígenas e o cultivo do milho. Foram utilizadas ferramentas de etnobotânica para entender a dinâmica do milho nos agroecossistemas indígenas. Em registros arqueológicos na América do Sul, a difusão inicial do milho coincide com a expansão da agricultura de grupos Jê. Uma segunda onda difundiu a tecnologia que permitiu a intensificação do milho e a complexificação social, coincidindo com a expansão Aruak e Tupi-Guarani. O cultivo do milho em aldeias Wapixana (Aruak), Macuxi, Taurepang, Waimiri Atroari (Karib), Kaingang, Xokleng (Jê) e Guarani (Tupi-Guarani) apresenta diferentes estágios do declínio da importância do milho. A perda de população e redes de troca de sementes, acréscimo de novas culturas como a banana, e o abandono de práticas religiosas tradicionais contribuem para esse declínio. Os Guarani mantem métodos tradicionais de manejo do milho, associados às práticas religiosas e cosmologia do grupo. A base genética deste manejo, deduzida de práticas observadas em Santa Catarina e registradas na literatura, consiste no manejo de populações de milho com cores diferentes no pericarpo e aleurona das sementes. Essas cores permitem visualizar as atividades de transposons- usinas moleculares de mutações- que geram diversidade alélica. Permitem ainda segregar e gerenciar a taxa de mutação em diferentes populações. A "religião do milho" dos Guarani pode ter sido a base tecnológica da intensificação do milho observado nos registros arqueológicos. The growth of indigenous population and the regularization of their lands bring demands for the reestablishment of traditional agriculture practices. The traditional management of maize (Zea mays L) by indigenous societies in Roraima and Santa Catarina states presents a scenario of cultural and genetic erosion . This work tries to understand the historical and cultural relationship between indigenous societies and the maize farm. I use ethnobotany methods to understand maize dynamics in indigenous agroecosystems. In archeological records in South America, the initial diffusion of maize coincides with Jê agriculture expansion. A second wave a technological change that permitted maize intensification and the social complexification, coinciding with the Aruak and Tupi-Guarani expansion. Maize farming in Wapixana (Aruak), Macuxi, Taurepang, Waimiri Atroari (Karib), Kaingang, Xokleng (Jê) e Guarani (Tupi-Guarani) villages represents different stages of decline in the importance of maize. The loss of population and seed exchange networks, inclusion of new crops like banana, and the erosion of traditional religious practices contribute to this decline. The Guarani people maintain traditional methods of maize management, associated with their religious practices and cosmology. The genetic basis of this management, deduced from practices observed in Santa Catarina and recorded in the literature, consists in the management of maize populations with different colors in the pericarp and aleurone of maize kernels. This colors permit visualization of transposons (molecular generators of mutations that create allelics diversity). This management permits the segregation of populations and management of mutation rate in different populations. The #maize religion# of the Guarani may be the technological basis of maize intensification observed in the archeological register.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-12-03T17:12:28Z No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-03T17:12:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A análise de sequências genômicas é uma forma poderosa para se estudar a diversidade do HIV-1 e sua expansão nas populações, além de ser crucial para dar suporte à vigilância epidemiológica e ao desenvolvimento de terapias e vacinas eficazes. Neste estudo foram geradas sequências dos genes gag e env do HIV-1 de 61 pacientes infectados em Salvador e do pol de 58 pacientes de Feira de Santana, Bahia, Brasil. A bioinformática foi utilizada para subtipar, genotipar as mutações de resistência, determinar a pressão seletiva e predizer o uso de coreceptor. Em Salvador, 92,6% das amostras foram do subtipo B e 7,4% foram recombinantes BF1. Em Feira de Santana, 67,2% foram do subtipo B, 6,9% F1, 1,7% C e 24,1% BF1. Onze (19,0%) destes isolados apresentaram mutações de resistência. Pacientes infectados pelo B tinham em média 0,4 mutações de resistência e nenhuma mutação deste tipo foi observada em BF1. Com base na caracterização da alça V3 do gene env em 43 amostras de Salvador, foram encontradas 18,2% de variantes brasileiras (B’-GWGR), 46,5% de GPGR e 34,9% de GXGX. O tempo médio de diagnóstico positivo foi de 13 anos para o subtipo B' e 9 anos para o subtipo B (GPGR + GXGX). Setenta e seis por cento destes vírus fazem uso do coreceptor CCR5, enquanto 24% foram classificados como capazes de usar o CXCR4. Encontramos uma associação entre o subtipo B’ e um maior tempo em anos de diagnóstico positivo para HIV-1. As prevalências de subtipo B' e de recombinante B/F1 em Salvador foram menores do que as encontradas em estudos anteriores na Bahia e no Brasil, por outro lado, em Feira de Santana foi encontrada uma alta prevalência de B/F1. / Genomic analysis of sequences is a powerful tool to perform studies in HIV-1 diversity and expansion in the populations and it is crucial to give support to epidemiological surveillance, new therapies and vaccines development. In this study, sequences were generated from gag and env genes from 61 HIV-1 infected patients sampled in Salvador and from pol gene in 58 infected patients sampled in Feira de Santana, Bahia, Brazil. Bioinformatic tools were used to subtype, genotype the resistance mutations, determine the selective pressure and to predict coreceptor use. In Salvador, 92.6% of the samples were subtype B and 7.4% were recombinant BF1. In Feira de Santana, 67.2% of the samples were subtype B, 6.9% were F1, 1.7% was C and 24,1% were recombinant BF1. Eleven (19.0%) of these isolates presented resistance mutations. HIV-1 subtype B infected individuals had, in average, 0.4 resistance mutations by sequence and no mutation was observed in BF1. With regard to V3 loop of gene env, it was found 18.2% of Brazilian variants (B'-GWGR), 46.5% of GPGR and 34.9% of GXGX. The env sequences showed through to negative pressure. The time, in average, since the diagnosis was 13 years among subtype B' and 9 years among subtype B isolates. Seventy-six percent of these viruses use the CCR5 coreceptor, while 24% were able to use CXCR4. We have found an association between subtype B’ and a longer period of time since the HIV positive diagnosis. The prevalence of B’ and B/F1 in Salvador were smaller than the found in previous studies in Bahia state and in Brazil, on the other hand, in Feira de Santana it was found a higher prevalence of B/F1.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:29:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 328846.pdf: 1157909 bytes, checksum: b1a1bf0f760520d4c541bbd15d4abf86 (MD5) Previous issue date: 2014 / O objetivo do trabalho foi estudar a diversidade genética do gene HSP70 através da análise de SNPs em três populações (LV A, LV B e LV C) de Litopenaeus vannamei comercializadas no Brasil e verificar se existe associação entre seus genótipos e a tolerância ao vírus da síndrome da mancha branca. (WSSV). Um desafio viral foi efetuado com a população LV B (nunca exposta à doença viral). O fragmento (posição 475 a 1594) do gene HSP70 foi amplificado em PCR com os iniciadores específicos. Neste estudo utilizou-se 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T e C1090T) presentes nas três populações. As heterozigozidades (Ho e He) foram menores nas populações LV A e LV B (sem controle de pedigree) comparadas com LV C (com melhoramento genético de resistência a vírus). O FIS indicou que as populações LV A e LV B possuem maiores coeficientes endogamia (4,5 e 5,0 x maiores, respectivamente) comparadas com a população LV C. Houve uma baixa divergência gênica (FST: 0,042; GST: 0,031) e diferenças entre as populações (p<0,05). Uma baixa distância genética (NeiD) foi observada entre as populações, com diferença fenotípicas (p<0,05) no SNP C892T entre as populações sem controle de pedigree (LVA e LV B) e a população com melhoramento genético de resistência viral (LV C). No desafio viral não se observou diferenças entre os genótipos e a tolerância ao WSSV, mas com um aumento da frequência no alelo T do SNP C892T. Podemos concluir que existem pequenas diferenças entre as três populações cultivadas no Brasil e uma possível relação do SNPs C892T a doenças virais.<br> / Abstract : This work was aimed at studying the genetic diversity of HSP70 gene by analyzing SNPs in three Litopenaeus vannamei populations (LV A, LV B and LV C) marketed in Brazil and investigating whether its genotypes are somehow associated to tolerance to the white spot syndrome virus (WSSV). A viral challenge was carried out with the LV B population (never subjected to the viral disease). A fragment (position 475 to 1594) of the HSP70 gene was PCR amplified with specific primers. In this study we used 5 SNPs (C661A, T712C, C782T, C892T and C1090T) present in three populations. Heterozygosities (Ho and He) were lower in the populations LV A and LV B (no pedigree control) when compared with LV C (with breeding for virus resistance). FIS has revealed that the populations LV A and LV B have higher inbreeding coefficients (4.5 and 5.0 x higher, respectively) when compared with LV C. There have been low genetic divergence (FST: 0.042; GST: 0.031) and differences between populations (p<0.05). Low genetic distance (NeiD) was observed amongst populations and there were phenotypic differences (p<0.05) in the SNP C892T of populations without pedigree control (LVA and LV B) and that subjected to breeding for viral resistance (LV C). In viral challenge there were no differences between the genotypes and tolerance to WSSV, but the T allele frequency was seen to have increased in SNP C892T. We can therefore conclude that there are small differences between the three populations grown in Brazil, as well as a possible association of C892T SNPs with viral diseases.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-04-29T20:58:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 333012.pdf: 2263757 bytes, checksum: 22eb7b852010331ba3e78735bf898eee (MD5) Previous issue date: 2014 / Acca sellowiana (O. Berg) Burret, conhecida comumente como goiabeira-serrana ou feijoa, é uma Myrtaceae que ocorre na região neotropical da América do Sul. A espécie possui potencial como frutífera, ainda pouco explorado no Brasil, mas bem difundido no exterior. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética em nível de sequências de DNA de cloroplasto (cpDNA) e marcadores microssatélites nucleares (nSSRs) e, com base nesses dados, determinar relações filogeográficas, quantificar diversidade genética, avaliar estrutura genética espacial intrapopulacional, fluxo gênico e o sistema se cruzamento, afim de compreender o cenário evolutivo da espécie e contribuir para sua conservação e melhoramento. Para filogeografia foram sequenciados os espaçadores intergênicos plastidiais trnH-psbA e trnS-trnG em 32 populações, gerando 10 haplótipos. Oito haplótipos estão localizados ao norte da distribuição natural da espécie, em latitudes inferiores a 29o32?S e altitude superior a 500 m, sendo este o centro de maior diversidade da espécie. Foram encontrados indícios de expansão recente na distribuição meridional da espécie, mas isto deve ser comprovado com estudos adicionais, em razao do baixo polimorfismo das sequências analisadas. Visando elucidar esta possível expansão são indicadas análises com marcadores nSSRs. Foram encontrados dois padrões de distribuição da diversidade: i) na região com latitude inferior a 29o32?S a espécie é encontrada em altitude superior a 500 m em associação com a Mata de Araucária, a diversidade é maior e não apresenta expansão recente; ii) a partir de latitudes maiores que 29o65?S, a espécie ocorre abaixo de 400 m, a diversidade é menor e apresenta indícios de expansão recente. Para futuros estudos mais aprofundados em filogeografia foram desenvolvidos 10 novos locos nSSRs. Os novos marcadores apresentaram polimorfismo suficiente para análises genéticas, além de alguns deles serem transferíveis para outras espécies de Myrtaceae. Amostras de plantas de feijoa introduzidas e cultivadas fora da região de ocorrência natural foram caracterizadas através de nSSRs e mostraram uma diversidade restrita, evidenciando um gargalo genético decorrente da dispersão global da espécie a partir de poucos genótipos. Com base nessas análises foi possível verificar a similaridade dos acessos introduzidos com populações que ocorrem na região sul da distribuição natural da espécie. Oito nSSRs apresentaram equilíbrio genotípico e padrão de herança mendeliana, além de ligação genética não significativa, indicando o potencial deste conjunto de locos para a realização de análises como fluxo gênico e sistema de cruzamento. Esses mesmos marcadores foram utilizados para as análises intrapopulacionais, sendo confirmado que a espécie é preferecialmente alógama (tm = 0,895); porém, a área estudada indicou cruzamento entre parentes, que juntamente com o restrito fluxo gênico, levou à distribuição não aleatória dos genótipos e o agrupamento de indivíduos aparentados. Esses fatores contribuíram para a uma significativa estrutura genética espacial (até 54 m). Os resultados demonstram que os níveis atuais de fluxo gênico não são suficientes para evitar efeitos de deriva genética na população analisada. Em conclusão, este estudo gerou conhecimento sobre a história evolutiva de A. sellowiana, assim como sobre sua área de ocorrência, seu possível centro de origem e diversidade, e sua dinâmica da diversidade genética, nos níveis inter- e intra-populacional, trazendo novas informações com grande potencial de contribuir para novos estudos, programas de melhoramento e conservação da espécie.<br> / Abstract : Acca sellowiana (O. Berg) Burret, known as feijoa or pineapple-guava, is a Myrtaceae species from the neotropical region of South America. The species has potential for fruit production, which is underexploited in Brazil, but widespread in other countries. The objective of this study was to characterize the genetic diversity at the chloroplast DNA (cpDNA) sequence and nuclear microsatellite marker (nSSR) levels and, based on these data, to determine phylogeographic relations, estimate the genetic diversity, and evaluate intra-population spatial genetic structure, gene flow and mating system, in order to comprehend the species' evolutionary process and contribute to its conservation and breeding. For the phylogeography purposes the plastidial intergenic spacers trnH-psbA and trnS-trnG from plants of 32 populations were sequenced, generating 10 haplotypes. Eight haplotypes were found in the northern area of the species' natural distribution, at latitudes lower than 29o32?S and altitudes higher than 500 m, characterizing the region with the highest genetic diversity. Signatures of recent expansion in the southern portion of the species' distribution were detected, but this should be confirmed with aditional studies, due to the low polymorphism of the analyzed sequences. To address this possible expansion, further analyses with SSR markers are suggested. Two distinct patterns of diversity distribution were found: i) in lower latitudes (<29o32?S) the species is found at altitudes above 500 m, in association with the Araucaria Forest, the genetic diversity is higher and the populations do not show recent expansion; ii) in latitudes higher than 29o65?S, the species occurs at altitudes below 400 m, diversity is lower and there are signatures of recent expansion. Ten new nSSR loci were developed, and these new markers showed sufficient polymorphism for genetic analyses, with some of them being transferable to other Myrtaceae species. Samples of feijoa introduced and cultivated outside the region of natural occurrence were characterized through nSSR markers. The obtained data showed restrict genetic diversity, which indicates the existence of a genetic bottleneck in the global dispersion of the species, which probably started with few genotypes. In addition, it was possible to verify similarity between the introduced material and populations located at the southern portion of the species' natural ocurrence. To characterize intra-population spatial genetic diversity, gene flow and mating system, eight nSSRs were used. These nSSRs presented genetic equilibrium and mendelian inheritance, coupled to negligible genetic linkage, evidencing the potential of this set of loci forthe proposed studies. The intra-population analyses confirmed that the species has outcrossing mating system (tm = 0.895). However, crossings between relatives were found in the studied population, and that coupled to restrict gene flow led to a non-random distribution of genotypes and the clustering of related plants. These results reflect a significant spatial genetic structure (up to 54 m). In addition, the results indicate that current observed levels of gene flow are not sufficient to prevent genetic drift effects in the studied population. In conclusion, this study provided knowledge about the evolutionary history of A. sellowiana, including information about it's area of occurrence, its possible center of origin and diversity, the natural populations in which it occurs, and the dynamics of its genetic diversity, at the inter- and intra-population level, ultimately bringing new information with great potential to contribute to the species' study, breeding and conservation programs.

Made available in DSpace on 2016-03-15T14:20:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 valdirene_lima_ioc_dout_2014.pdf: 15571540 bytes, checksum: e4633794a1c6f64eec517dd443edba9d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Tripanossomíase por Trypanosoma cruzi (Kinetoplastida, Trypanosomatidae) é uma antiga zoonose amplamente distribuída do Sul dos Estados Unidos ao Sul da Argentina. O Brasil dispõe de seis biomas ecologicamente distintos: Amazônia, Cerrado, Caatinga, Pantanal, Mata Atlântica e Pampa. A transmissão silvestre do T. cruzi ocorre ao longo desses biomas, envolvendo uma ampla variabilidade de hospedeiros e vetores. T. cruzi é subdividido em sete unidades discretas de tipagem (Discrete Typing Unit - DTU), TcI a TcVI e uma recentemente reconhecida, TcBat. O conhecimento sobre o padrão de distribuição geográfica dessas DTUs ainda é incompleto. TcI é o mais disperso ao longo de toda área de distribuição do parasita inclusive os biomas brasileiros. Analisamos a diversidade de TcI, originado de cinco biomas, exceto do Pampa, com a abordagem MLMT (Multilocus Microsatellite Typing). Foram caracterizados 107 isolados de TcI originados de 29 espécies de mamíferos silvestres e vetores usando vinte e sete loci nucleares de microssatélites e dez loci mitocondriais. Nós comparamos esses dados com isolados TcI de toda a América. A diversidade genética foi alta entre os isolados desse estudo além de se evidenciar um novo clado que se destacou de toda diversidade genética conhecida de TcI nas Américas Detectamos introgressão mitocondrial ocorrendo através do intercâmbio genético entre a Amazônia e a Caatinga. Observamos similaridades genéticas entre isolados da Mata Atlântica com isolados de todos os outros biomas analisados. A fragmentação da diversidade genética das populações TcI da Mata Atlântica pode estar refletindo o padrão de fragmentação desse bioma. Sugerimos que a diversidade do T. cruzi I possa servir como uma sentinela da conservação de ecossistemas. A segunda DTU mais isolada no meio silvestre no Brasil é TcII. O padrão de distribuição de TcII e DTUs híbridas TcV e TcVI na natureza e sua diversidade genética são umas das numerosas lacunas no conhecimento do T. cruzi, incluindo a suposta ausência dessas DTUs na Amazônia. Neste estudo analisamos a diversidade genética de 60 isolados TcII pela análise de 19 loci microssatélites nucleares. Alto grau de diversidade foi verificado nesse painel de isolados TcII em pequenas áreas da Mata atlântica e Caatinga e entre hospedeiros geneticamente homogêneos como os Leontopithecus spp. Diferentes graus de estruturação populacional foram observados nestes locais. A complexidade de estruturação e diversidade sugere que esse genótipo é mais disperso do que indica sua prevalência nos isolamentos em meio de cultura em uma variedade maior de hospedeiros A pesquisa da enzootia por T. cruzi no estado do Pará levou ao encontro dos genótipos TcII e híbrido (V ou VI) circulando entre triatomíneos e cães, respectivamente. Este achado mostrou que o TcII é presente na Amazônia e portanto nos cinco principais biomas brasileiros ao contrário da clássica distribuição dessa DTU descrita na litertura. A presença de Tc híbrido na Amazônia, é mais intrigante devido a enorme extensão geográfica em que essas DTUs não são descritas no Brasil, e pode sugerir a existência de diferentes estratégias de infecção que estejam prevenindo seu isolamento e subestimando sua real prevalência na natureza / The Trypanosomiasis by Trypanosoma cruzi ( Kinetoplastida , Trypanosomatidae ) is an ancient zoonosis widely distributed in the southern United States to southern Argentina. Brazil has six ecologically distinct biomes: Amazon, Cerrado, Caatinga, Pantanal, Atlantic Forest and Pampa. The sylvatic transmission of T. cruzi occurs along these biomes, involving a wide variability of hosts and vectors. T. cruzi is divided into seven discrete typing units (DTU), TcI the TcVI and a recently recognized, TcBat. The knowledge about the geographic distribution pattern of these DTUs is still not complete. TcI is more dispersed throughout the distribution area of parasite including Brazilian biomes. We analyze the diversity of TcI, originated five biomes except the Pampa, with MLMT approach (Multilocus Microsatellite Typing ). 107 isolates were characterized TcI originated from 29 species of wild mammals and vectors using twenty-seven nuclear microsatellite loci and ten mitochondrial loci. We compare these data with TcI isolates across Americas. Genetic diversity was high among the isolates in this study in addition to evidence of a new clade that stood out from all known TcI genetic diversity in the Americas. We detected mitochondrial introgression occurring through genetic exchange between the Amazon and the Caatinga. Observed genetic similarities among isolates of the Atlantic Forest with isolates of all other biomes analyzed. The fragmentation of genetic diversity of TcI the Atlantic populations may reflect the fragmentation pattern of this biome. We suggest that the diversity of T. cruzi I can serve as a sentinel ecosystem conservation. The second most isolated DTU in the wild environment in Brazil is TCII. The distribution pattern of TCII and hybrid DTUs TCV and TcVI in nature and their genetic diversity are some of the many gaps in the knowledge of T. cruzi, including the supposed absence of these DTUs on Amazon. This study analyzed the genetic diversity of 60 isolates TCII by analysis of 19 nuclear microsatellite loci. High degree of diversity was found in this panel TCII isolates in small areas of the Atlantic Forest and Caatinga and among genetically homogeneous hosts as Leontopithecus spp. Different degrees of population structure were observed at these sites. The complexity and diversity of structure suggests that this genotype is more dispersed than indicating its prevalence in isolates in culture medium in a greater variety of research hospedeiros.A enzootic T. cruzi in the state of Pará led to the meeting of TCII genotypes and hybrid (V or VI ) circulating among triatomine bugs and dogs , respectively. This finding showed that TCII is present in the Amazon and therefore the five major Brazilian unlike the classical distribution described in this DTU litertura biome. The presence of Tc hybrid in the Amazon , is more intriguing because of the enormous geographic extent to which these DTUs are not described in Brazil , and may suggest the existence of different infection strategies that are preventing their isolation and underestimating their actual prevalence in nature. Alternative ways to investigate genotypes in biological samples can clear up on its distribution.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:45:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 ana_silva_ioc_mest_2012.pdf: 1481530 bytes, checksum: 26cfc4a55477788165190207123da53d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A malária é uma doença que acomete milhões de pessoas todos os anos no planeta. No Brasil, essa doença atingiu cerca de 267 mil pessoas somente em 2011, sendo que a maior parte dos casos ocorreu na região Amazônica. Causada por protozoários do gênero Plasmodium, possui um amplo espectro clínico que vai desdeinfecções assintomáticas, malária não complicada, a malária grave ou complicada, podendo evoluir até o óbito. Estudos realizados em áreas holo e hiperendêmicas de malária, fundamentalmente no continente Africano e em Papua Nova Guiné, permitiram estabelecer que o conhecimento da população de parasitos que circulam em uma área.Este estudo se propôs a avaliar o perfil genético da infecção por P. falciparumem uma área de alto risco epidemiológico para malária e com presença de infecção assintomática no município de Barcelos, médio rio Negro, estado do Amazonas Para isso, foi estudado o gene MSP1 que codifica a Proteína de Superfície de Merozoíto 1, com o intuito de verificar a diversidade genética dos parasitos da região de Barcelos, a multiplicidade da infecção e as relações dos diferentes genótipos com o status clínico em área endêmica para malária. Foi realizada reação de polimerase em cadeia (PCR) a partir de DNA extraído de 79 amostras de sangue coletadas em indivíduos desta região. No total, foram encontrados 10 diferentes genótipos do parasito sendo que a maior parte dos indivíduos (45 pessoas, 56,96%) portava apenas um genótipo do parasito. Entre os indivíduos assintomáticos, 70,37% apresentavam um genótipo e os demais (29,63%) apresentaram dois genótipos Entre os pacientes com malária, 50% tinham apenas um genótipo, 25% tinham dois genótiposs, 19,23% apresentaram três genótipos e 5,77% portavam quatro genótipos. Em média, portadores assintomáticos possuíam 1,3 genótipos diferentes enquanto pacientes com malária tiveram em média 1,8 genótipos. Concluiu-se que na região de Barcelos circulam populações de P. falciparumconsideravelmente diversas e que as infecções múltiplas estão mais presentes em portadores de malária que em indivíduos assintomáticos / Malaria is a disease that attacks millions of people all of the years in the world . In Brazi l, it reached about 267 thousand people only in 2011 , and most of the cases was registered in the Amazonian area. Caused by protozoa of the gender Plasmodium , it possesses a wide clinical spectrum ranging from asymptomatic infections , no complicatedma laria, serious or complicatedmalaria that could develop until death. Studies accomplished in holo - and hyperendemic areas, fundamentally in t he African continent and in Papua New Guinea, allowed to establish that the knowledge of the population of parasite s that circulate in a certain area . This study intended to evaluate the genetic profile of the infection for P. falciparum in an area of high epidemic risk for malaria and with the pre sence of asymptomatic infection in the city of Barcelos, medium Rio Negro , state of Amazon as . For that, the gene MSP - 1 , that codifies the Merozoite Surface Protein 1, was studied to verify the genetic diversity of the parasites of the ar ea of Barcelos, the multiplicity of the infection and the relationships of the differen t genotypes with the clinical status in an endemic area for malaria. Polymerase Chain R ea ction (PCR) was accomplished starting from extracted DNA from blood samples collected in individuals from this area. In total, 10 different genotypes of the parasite we re found and most of the individuals (45 people, 56,96%) carried just a genotype of the parasite . Amon g the asymptomatical individuals , 70,37% introduced a genotype and the othe rs (29,63%) presented two . Among the patients with malaria, 50% had only one ge notype, 25% had two genotypes , 19,23% presented three genotypes and 5,77% carried four genotypes. On average, asymptomaticbearers possessed 1,3 genotypes while patient s with malaria had 1,8 genotypes on average. It was concluded that in the area of Barcel os diverse populations of P. falciparum circulate and that multiple infections are more present in malaria bearers tha n in asymptomatic individuals