Submitted by GRAZYELLA MASSAKO YOSHIDA null (grazyoshida@hotmail.com) on 2018-03-22T20:50:40Z No. of bitstreams: 1 thesis_GMY.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-23T10:39:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 yoshida_gm_dr_jabo.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-23T10:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 yoshida_gm_dr_jabo.pdf: 1722466 bytes, checksum: 3b9d699968bdca5ed4d5856648c5403d (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste trabalho foram: (i) testar a eficiência do algoritmo de seleção de acasalamento (MS) em controlar o nível de endogamia e coascendência, além de aumentar os ganhos genéticos; (ii) incluir a variabilidade genética da futura progênie como componente de otimização na função objetiva de seleção de acasalamento usando dados de dois programas de melhoramento aquícolas; e (iii) comparar a MS com a seleção truncada (TS) e contribuição genética ótima (OCS), combinados com diferentes estratégias de acasalamentos para controlar a endogamia e manter os mesmo níveis de ganhos genéticos. Para os objetivos (i) e (ii), o total de 8.782 tilápias do Nilo (NT) de cinco gerações e 79.144 salmões coho (CS) de oito gerações foram utilizados para otimizar as funções objetivos e vinte gerações discretas foram simuladas para o objetivo (iii), considerando 50 famílias e 2.000 filhos por geração, e uma característica com herdabilidade igual a 0.30. As OFs foram otimizadas considerando a coascendência média dos pais, o mérito genético esperado, a endogamia da futura progênie para os objetivos (i) e (iii) e a variabilidade genética da futura progênie foi adicionada na OF para o objetivo (ii). Para o objetivo (i), a MS permitiu reduzir a endogamia em até 73% para tilápia do Nilo, em comparação com a seleção truncada e até 20% para o salmão coho, em comparação com o cenário real de acasalamento. No objetivo dois, a MS permitiu produzir progênie com maior (DP = 0.77 e 0.30 para NT e CS, respectivamente) ou menor (DP = 0.25 e 0.14 para NT e CS, respectivamente) dispersão dos valores genéticos, dependendo da função objetivo otimizada. A seleção de acasalamentos superou a seleção truncada e o cenário real de acasalamento e também foi possível alterar a variabilidade genética da futura progênie, quando esse componente foi considerado na OF utilizado os dados reais. Para os dados simulados, a MS teve melhor performance comparada com a TS e a OCS combinada com acasalamentos aleatórios. A curto-prazo, a MS foi mais eficiente do que a OCS combinada com os acasalamentos que minimizam a endogamia em controlar a endogamia sob o mesmo nível de ganho genético. Porém, a longo prazo os resultados entre as duas estratégias foram muito semelhantes. De forma geral, o algoritmo de seleção de acasalamentos foi eficiente e flexível em otimizar a função objetiva usando diferentes componentes, em diferentes aplicações práticas na aquicultura. / The aims of this work were: (i) test the efficiency of mate selection (MS) algorithm in controlling the inbreeding and coancestry level, as well, increase the genetic gain; (ii) include the genetic variability of the future progeny as component for the optimization of the MS objective function in two aquaculture real dataset; and (iii) compare MS among truncation selection (TS) and optimum contribution selection (OCS) scenarios combined to different mating strategies to assess the best method in controlling inbreeding and maintain the genetic gain, for aquaculture breeding using simulated dataset. For objective (i) and (ii), a total of 8,782 Nile tilapias (NT) from five generations and 79,144 coho salmon (CS) from eight generations were used to optimize the objective functions (OF) and twenty discrete generations were simulated for the objective (iii), considering 50 families and 2,000 offspring per generation, and a trait with heritability of 0.30. The OFs were optimized accounting to coancestry of parents, expected genetic merit and inbreeding of the future progeny for the objective (i) and (iii) and in addition the genetic variability of the future progeny was considered for the objective (ii). For the objective (i), the mate selection allowed reducing inbreeding up to 73% for NT, compared with truncation selection, and up to 20% for CS, compared with realized scenario. In the objective (ii), MS allowed producing animals with higher (SD = 0.77 and 0.30 for NT and CS, respectively) or lower (SD = 0.25 and 0.14 for NT and CS, respectively) dispersion of estimated breeding value, depending on the objective function optimized. For real data set the MS outperformed the real mates and truncation selection and in addition the genetic variability of the future progeny could be changed when this component was considered in the OF. For the simulated dataset, the MS outperformed the TS and OCS followed by random mating. In the short-term, MS was more efficient than OCS + inbreeding minimizing in controlling inbreeding under the same genetic gain. However, in the long-term, OCS and MS resulted in similar genetic progress and average inbreeding, under the same weight on coancestry. In general, the mate selection algorithm was efficient and flexible to optimize objective functions accounting for different components, under practical applications in aquaculture breeding. / 14/20626-4 e 15/25232-7

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 668759 bytes, checksum: 554c480543a7e27e41087d744a247db0 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) comprise a group of plant viruses of great economic importance causing serious economic losses in tropical and subtropical crops. It is believed that the emergence of begomoviruses in Brazil occurred through horizontal transfer of viruses previously restricted to non-cultivated plants by the B biotype of Bemisia tabaci. Little is known about the genetic variability of weedinfecting begomoviruses. The study of this variability is important to understand how viruses evolve in order to adopt strategies for the development of crop cultivars with durable resistance. In this study we investigated the genetic variability of two weedinfecting begomoviruses, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) and Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), which infect Euphorbia heterophylla and Macroptilium lathyroides, respectively. Our results, based on 19 DNA-A sequences of EuYMV and 18 of MaYVV obtained from samples collected in 2011 and 2012, support the hypothesis that the genetic structure of begomoviruses can be modulated by their hosts by common processes of selection, mutation and recombination. We observed distinct degrees of genetic variability between the two viruses. EuYMV presented a higher variability, similar to other weed-infecting begomoviruses, while MaYVV presented a lower variability. The nucleotide diversity of EuYMV (0.00819) was four-fold higher than that of MaYVV (0.00197). The mutation frequency of EuYMV (2.5×10-3) was higher than that of MaYVV (4.2×10-4). This difference was supported by the higher nucleotide diversity of all genes of EuYMV compared to MaYVV: CP (~three-fold), Rep (~seven-fold), Trap (~32-fold), Ren (~four-fold), AC4 (~eight-fold). Therefore the higher variability of EuYMV can be explained mostly by the Trap gene. The lower diversity observed for MaYVV could be due to its recent emergence compared to EuYMV, reported since the 1950's in Brazil. / Os begomovírus (gênero Begomovirus, familia Geminiviridae) são um grupo vírus de plantas de grande importância econômica causando sérias perdas em diversas culturas tropicais e subtropicais. Acredita-se que a emergência dos begomovírus presentes no Brasil se deu por meio da transferência horizontal de vírus anteriormente restritos a plantas silvestres e invasoras para plantas cultivadas mediada pelo biótipo B de Bemisia tabaci. A maioria dos trabalhos realizados até o presente tiveram enfoque na caracterização molecular dos begomovírus e pouco se sabe sobre a variabilidade genética das populações destes no campo. O estudo desta variabilidade é importante para entender como os vírus evoluem no sentido de serem adotadas estratégias para o desenvolvimento de cultivares com resistência durável. Neste trabalho foi investigada a variabilidade genética de dois begomovírus encontrados em plantas invasoras, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) e Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), que infectam Euphorbia heterophylla e Macroptilium lathyroides, respectivamente. Os resultados, baseados em 19 sequências de EuYMV e 18 de MaYVV obtidas de amostras coletadas em 2011 e 2012, reforçam a hipótese de que a estrutura genética de begomovírus pode ser modulada pelo hospedeiro por processos comuns de seleção, mutação e recombinação. Foram observados diferentes graus de variabilidade genética entre os dois vírus. O EuYMV apresentou maior variabilidade, semelhante a outros begomovírus que infectam plantas não cultivadas, enquanto o MaYVV apresentou baixa variabilidade. A diversidade nucleotídica do EuYMV (0,00819) foi aproximadamente quatro vezes mais elevada do que a do MaYVV (0,00197). A frequência de mutação do EuYMV (2,5×10-3) foi superior à do MaYVV (4,2×10-4). Esta diferença foi suportada pela maior diversidade nucleotídica de todos os genes do EuYMV em comparação ao MaYVV: CP (aprox. três vezes maior), Rep (sete vezes), Trap (32 vezes), Ren (quatro vezes), AC4 (oito vezes). Esses resultados indicam que a maior variabilidade genética de EuYMV pode ser explicada, principalmente, pelo gene Trap. A menor variabilidade observada para o MaYVV pode ser devido à sua provável emergência recente em comparação ao EuYMV, relatado desde a década de 1950 no Brasil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 306256 bytes, checksum: 5e206a1bfc74dd2b223fdef1b7789111 (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genetic variability of nine accesses of tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) of indeterminate type, of the Vegetable Germplasm Bank of the Viçosa Federal University was evaluated for photosynthetic capacity (A), dry matter, partitioning dry matter and yield, having been used as standard of the cultivating tomato the Santa Clara cultivar. The experiment was lead in protecting environment and favorable conditions of the irrigation, nutrition and temperature requirements, in randomized complete block design, with 10 treatments and 5 repetitions. It was measured photosynthesis with analyzer of gas for infra-red ray, LI-6400, between 51 and 56 days before of the transplanting (DBT). To the 83 DAT and in the end of the productive cycle (EPC), IAF was determined. In EPC the dry mass of the fruits, leaves, roots and shoots was gotten for drying in dryer equipment to 75ºC until constant weight. The partitioning index of leaves, shoot, root and fruit had been calculated that the reason between dry matter of each part and the dry matter total and expresses in relative values. The data had been submitted analyze of variance (F; p<0,01), test of Tukey (p<0,05) and Pearson correlation (r) using statistical software SAEG 9. The results had shown to genetics significant variability (test F, p<0,01) for all the evaluated characteristics. Was determined too, that not exist correlation between A, dry matter total and yield, but IAF correlated negatively with A. The assimilate partitioning to vegetative part competes strong with the one of the fruits. This showed that are possible to have productive plants with small IAF to the ones of the current tomato cultivate, if to combine high A and harvest index, being allowed to visualize one another ideotype of plants that demand little resources for similar unit of plant with current productivity cultivar. Promising accesses for favorable characteristics of the evaluated had been identified. / Foi avaliada a variabilidade genética de nove acessos de tomateiro de tipo indeterminado do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa, com base na capacidade fotossintética (A), matéria seca total, partição de fotoassimilados e produção. Tendo sido utilizado como padrão de referencia o cultivar Santa Clara. O experimento foi conduzido em ambiente protegido e condições favoráveis de irrigação, nutrição e temperatura, em delineamento de blocos completos casualizados, com 10 tratamentos e 5 repetições. Mediu-se a fotossíntese, com analisador de gás por infravermelho LI-6400, entre 51 e 56 dias após do transplante (DAT). Aos 83 DAT e no final do ciclo produtivo foi determinado IAF. No final do ciclo produtivo foi obtida a massa seca dos frutos, folhas, caule e raiz por secagem em estufa a 75 ºC até peso constante. Os índices de partição de assimilados às folhas, caule, raiz e fruto foram calculados com base na fração da massa total seca e expressos em valores relativos. Os dados foram submetidos a analise de variância (F; p<0,01), teste de Tukey (p<0,05) e correlação de Pearson (r), utilizando o programa estatístico SAEG 9. Os resultados mostraram significativa variabilidade genética para todas as características avaliadas (Teste F; p< 0,01). Entre os acessos estudados não houve correlação alguma entre A, matéria seca total e produção. A correlacionou negativamente com IAF. Matéria seca e partição de assimilados não tiveram associação alguma. A partição de fotoassilados à parte vegetativa, compete fortemente com a dos frutos. Este conjunto de relações mostra que é possível ter plantas produtivas com menores IAF aos das atuais cultivares, se combinar, elevadas A e índices de partição aos frutos, permitindo visualizar um outro ideotipo de plantas que demandam menos recursos por unidade de planta com produtividade similares às atuais cultivares. Foram identificados acessos promissores para combinações favoráveis das características avaliadas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1252953 bytes, checksum: 5c4901cfbd21633e7c02d3de0ad4790a (MD5) Previous issue date: 2014-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Endophytic fungi are those living at least a part of their life cycle within plant tissue, apparently without causing any damage to their hosts. These microorganisms have been studied for their capacity to produce secondary metabolites of biotechnological interest, and also for their ability for biological control of phytopathogens. Endophytic fungi have been isolated from a wide variety of plant species, including crops such as common bean (Phaseolus vulgaris L.). Fungi from the genus Diaporthe were abundant in the endophytic community of this legume. The objectives of this study were to evaluate the antimicrobial activity and the potential use of endophytic fungi of P. vulgaris in the control of phytopathogens of bean, and to analyze phylogenetic relationships and genetic variability of endophytic fungi of the genus Diaporthe isolated from P. vulgaris. Dual culture assays were performed between ninety endophytic fungi and four phytopathogenic fungi (Colletotrichum lindemuthianum, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani and Sclerotinia sclerotiorum) to assess for the ability of endophytic fungi inhibit the growth of phytopathogens. The isolates that were able to inhibit the four phytopathogens tested were selected for cultivation and obtention of metabolites crude extracts. These extracts were evaluated for antibacterial and antifungal activity. The sequences of the ITS region of rDNA of the isolates of the genus Diaporthe from common bean, along with the partial sequences of the genes encoding translation elongation factor 1-&#945;, &#946;-tubulin and calmodulin were used for the study of the phylogenetic relationships of these isolates. Molecular markers based on sequences of retrotransposons, IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) and REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), were used for the analysis of genetic variability. It was found that endophytic fungi of common bean are able to inhibit the in vitro growth of phytopathogenic fungi and that metabolites crude extracts of endophytic exhibit significant antimicrobial activity especially regarding the inhibitory activity against Gram-positive bacteria (Listeria monocytogenes, Bacillus cereus, B. subtilis and Staphylococcus aureus). Diaporthe sp., D. infecunda, D. melonis and D. phaseolorum are members of the endophytic fungal community in the common bean as verified by multilocus phylogenetic analysis. Cluster analysis, conducted with pooled data from IRAP and REMAP markers, was consistent regarding what was observed in multilocus phylogeny and revealed the existence of high genetic variability, particularly among isolates of D. infecunda. It was concluded that the metabolites crude extracts of endophytic fungi of common bean exhibit promising antimicrobial activity; that endophytic fungi used in this study have the potential to control phytopathogens that affect the bean crop; the multilocus phylogenetic approach was more effective than individual analysis of ITS sequences in the study of phylogenetic relationships of endophytic fungi of the genus Diaporthe from common bean and that IRAP and REMAP markers can be employed in the study of genetic variability of this genus of fungi. / Fungos endofíticos são aqueles que vivem, em pelo menos uma parte de seu ciclo de vida, no interior de tecidos vegetais, sem causar aparentemente qualquer dano a seus hospedeiros. Esses micro-organismos têm sido estudados em relação à capacidade de produzirem metabólitos secundários de interesse biotecnológico e quanto ao potencial de controle biológico de fitopatógenos. Fungos endofíticos já foram isolados de uma ampla variedade de espécies vegetais, incluindo culturas agrícolas como o feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). O gênero Diaporthe foi um dos mais abundantes na comunidade endofítica dessa leguminosa. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a atividade antimicrobiana e o potencial de uso de fungos endofíticos de P. vulgaris no controle de fitopatógenos da cultura do feijoeiro e analisar as relações filogenéticas e a variabilidade genética de fungos endofíticos do gênero Diaporthe isolados de P. vulgaris. Ensaios de cultura dupla entre 90 isolados endofíticos e quatro fungos fitopatogênicos (Colletotrichum lindemuthianum, Fusarium oxysporum, Rhizoctonia solani e Sclerotinia sclerotiorum) foram realizados para verificar a capacidade dos isolados endofíticos inibirem o crescimento dos fitopatógenos. Os isolados que foram capazes de inibir os quatro fitopatógenos testados foram selecionados para cultivo e obtenção de extratos brutos de metabólitos. Esses extratos foram avaliados quanto à atividade antibacteriana e antifúngica. As sequências da região ITS do rDNA dos isolados do gênero Diaporthe do feijoeiro, juntamente com as sequências parciais dos genes codificam o fator de elongação da tradução 1-&#945;, &#946;-tubulina e calmodulina, foram utilizadas para o estudo das relações filogenéticas desses isolados. Marcadores moleculares baseados em sequências de retrotransposons, IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) e REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), foram utilizados para a análise de variabilidade genética. Foi constatado que os fungos endofíticos do feijoeiro comum são capazes de inibir o crescimento in vitro de fungos fitopatogênicos e, que extratos brutos de metabólitos de isolados endofíticos exibem atividade antimicrobiana significativa, principalmente em relação à atividade inibitória sobre bactérias Gram-positivas (Listeria monocytogenes, Bacillus cereus, B. subtilis e Staphylococcus aureus). Por meio de análise filogenética multilocus, verificou-se que Diaporthe sp., D. infecunda, D. melonis e D. phaseolorum são integrantes da comunidade fúngica endofítica do feijoeiro comum. A análise de agrupamento, realizada com os dados dos marcadores IRAP e REMAP em conjunto, foi coerente em relação ao que foi verificado na filogenia multilocus e, revelou a existência de grande variabilidade genética, sobretudo entre os isolados de D. infecunda. Concluiu-se que extratos brutos de metabólitos de fungos endofíticos do feijoeiro exibem atividade antimicrobiana promissora; que fungos endofíticos utilizados neste estudo apresentam potencial para controle de fitopatógenos que acometem a cultura do feijoeiro; que a abordagem filogenética multilocus foi mais efetiva que análise individual de sequências de ITS no estudo das relações filogenéticas de fungos endofíticos do gênero Diaporthe do feijoeiro e que marcadores IRAP e REMAP podem ser empregados no estudo de variabilidade genética de fungos desse gênero.

Submitted by ALINE CRISTINA MIRANDA null (alinemiranda7@bol.com.br) on 2016-11-17T14:08:46Z No. of bitstreams: 1 Tese_alinemiranda.pdf: 1667580 bytes, checksum: 7967a917b23de82f09723bb1a5bab71d (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-23T16:19:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 miranda_ac_dr_bot.pdf: 1667580 bytes, checksum: 7967a917b23de82f09723bb1a5bab71d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-23T16:19:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 miranda_ac_dr_bot.pdf: 1667580 bytes, checksum: 7967a917b23de82f09723bb1a5bab71d (MD5) Previous issue date: 2016-09-27 / O objetivo desse estudo foi explorar a variabilidade genética existente entre e dentro de procedências e progênies da população estudada, conhecendo a estrutura genética da população de melhoramento, estimando parâmetros genéticos de caracteres quantitativos de crescimento e determinando a origem das populações de melhoramento de Eucalyptus grandis. O teste de progênies e procedências de Eucalyptus grandis com 153 progênies de polinização aberta, oriundas de dez procedências foi implantado em Anhembi como parte da rede experimental Projeto Cooperativo Populações Núcleo, sendo o delineamento experimental utilizado de blocos casualizados com quatro repetições e seis plantas lineares. A mensuração dos caracteres quantitativos como diâmetro à altura do peito, altura total das árvores, volume e sobrevivência ocorreram aos 12, 24, 36, 48 e 60 meses e as análises foram realizadas via RELM/BLUP. Para a avaliação do sistema de reprodução e identificação da diversidade genética existente nas procedências brasileiras, foram selecionadas 981 plantas para análise de nove locos microssatélites e para determinação das origens da espécie estudada foi realizado a genotipagem de 254 plantas de 18 populações da Austrália. Nas análises individuais em todos os períodos de avaliação, os caracteres de produção apresentaram-se significativos a um grau de liberdade pelo teste LRT, indicando a existência de variabilidade genética a ser explorada pelo melhoramento genético, tanto entre como dentro de progênies. Houve uma redução dos valores de herdabilidade individual para todas as características avaliadas aos 12 meses para 60 meses de mensuração. O valor de repetibilidade individual ( ) obtido apresentou magnitude alta (0,78). Das 20 progênies selecionadas pela média harmônica da performance relativa dos valores genéticos (MHPRVG), 14 dessas estão presentes em todas as análises mostrando que a seleção com base apenas na análise de interação genótipos x anos, pode ser errônea e/ou não capitalizar genótipos importantes. Das dez procedências avaliadas, a seleção realizada pela MHPRVG proporcionou a seleção de progênies de seis procedências. Estimativa da taxa de cruzamento multiloco foi alta (0,994), esse resultado está dentro do padrão observado para a taxa de cruzamento em outras populações, mas significativamente diferente de 1,0, sugerindo um sistema misto de reprodução, combinando autofecundações e cruzamentos, com predominância de cruzamento. As estimativas de diferenciação genética entre as populações foram significativamente diferentes de zero. A combinação da origem de diferentes procedências brasileiras associadas à seleção, indica potencial de reprodução, sendo que, os indivíduos de diferentes procedências podem ser utilizados para compor uma nova geração. / To explore the genetic variability between and within provenances and progenies of the population studied, the aim of this study was to understand the genetic structure of the population of breeding, to estimate genetic parameters of quantitative traits of growth and determine the origin of breeding populations Eucalyptus grandis. The provenances test and progenies of Eucalyptus grandis with 153 open-pollinated progenies, ten provenances, was established at Anhembi, as part of the experimental network (PCPN), the experimental design was a design randomized block with linear plots. The measurement of quantitative traits diameter at breast height, total tree height, cylindrical volume and survival were evaluates at 12, 24, 36, 48 and 60 months, the analyzes were performed by RELM / BLUP and evaluation of mating system and identification the genetic diversity of Brazilian provenances, 981 plants were selected for analysis of nine microsatellite loci and to determine the origins of studied species was conducted genotyping of 254 samples from 18 populations of Australia. In the individual analysis in all evaluation, yield traits showed a significant degree of freedom for the LRT test, indicating the existence of genetic variability to be exploited by breeding, both between and within progenies. There was a reduction of individual heritability values for all characteristics evaluated at 12 months to 60 months of measurement. The individual value of repeatability ( r ˆ ) obtained showed high magnitude (0.78). We selected the best 20 progenies classified in terms of individual genetic value by MHPRVG, 14 progenies were found are present in all analyzes showing that the selection based only on the analysis of genotype x years can be erroneous and / or to capitalize important genotypes. Of the ten evaluated provenances, the selection made by MHPRVG provided the selection of six provenances progenies. Estimated multilocus outcrossing rate was high (0.994), this result is within the pattern observed for the outcrossing rate in other populations, but significantly different from 1.0, suggesting a mixed system of reproduction, combining selfing and crosses, especially cross. Estimates of genetic differentiation among populations were significantly different from zero. The combination of different origin Brazilian origins associated with the selection, indicates reproductive potential, is that individuals of different origins may be used to compose a new generation.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA078.pdf: 637847 bytes, checksum: a11da742649dfac9bb787886f73c49bf (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / The Brazilian caipira chickens are the result of random mating between different chicken breeds found in Brazil. They are characterized by their hardiness, disease resistance and the adverse conditions of climate and nutrition. In the 80, a change in consumption habits valued natural products, making theses chickens an alternative of great commercial value. However, its low productivity of this prevented the competition with the chicken industry. The output was the development of so-called caipira lines, chickens that blend the hardiness and resistance of native birds with the productivity of Brazilian poultry industry. In Brazil some of these commercial caipira chicken lines were developed, such as Paraíso Pedrês (beef) and Rubro Negra (posture). This study aimed to investigate the genetic variability nuclear and nonnuclear of Brazilian commercial caipira chickens lines through the analysis of ten microsatellite loci and the control region, D-loop, mitochondrial DNA (mtDNA). It was collected blood samples from 92 birds of Paraíso Pedrês lines (42) and Rubro Negrea (50). It was used the polymerase chain reaction technique (PCR) to amplify the samples and the amplified products were subjected to electrophoresis on an automated sequencer ABI 3130 DNA Genetic Analyzer. The number of alleles ranged from 3 (LEI0254) to 32 (LEI0212) for Paraíso Pedrês (PP) lines and 4 (LEI0254) to 31 (LEI0212) for Rubro Negra (RN) lines. The number of alleles per locus was 13,40 and 13,10 for PP and RN lines, respectively. Average expected heterozygosity was 0,824 for PP and 0,604 for RN. In the analysis of mtDNA, 100% of birds had PP haplotype 4, from Europe. In the RN line, haplotype 4 was found in 60% of the samples, the haplotype 3c in 10% and 30% in 3d haplotype, the haplotype 3c e 3d, from Asia. The results indicate that Brazilian lines of chickens examined, have a higher genetic variability observed in the typical commercial lines of chickens and the same was found for non-commercial poultry. For the formation of RN lines was used mostly birds of European origin and some of Asian origin. And for the composition of the PP lines were used only birds of European origin, at least as regards the maternal line / As galinhas caipiras brasileiras são o resultado de cruzamentos aleatórios entre diversas raças de galinhas encontradas no Brasil. Caracterizam-se pela sua rusticidade, resistência a doenças e as condições adversas de clima e alimentação. Nos anos 80, uma mudança nos hábitos de consumo valorizou os produtos naturais, tornando as galinhas caipiras alternativas de grande valor comercial. Porém, sua baixa produtividade inviabilizou a competição desta com a galinha industrial. A saída foi o desenvolvimento das chamadas linhagens caipiras, galinhas que mesclam a rusticidade e resistência das aves caipiras brasileiras com a produtividade das aves industriais. No Brasil foram desenvolvidas algumas destas linhagens, como a Paraíso Pedrês (corte) e a Rubro Negra (postura). Este trabalho teve como objetivo investigar a variabilidade genética nuclear e não nuclear de linhagens de galinhas caipiras brasileiras através da análise de dez lócus de microssatélites e da região controladora, alça-D, do DNA mitocondrial (mtDNA). Foram coletadas amostras de sangue de 92 aves das linhagens Paraíso Pedrês (42) e Rubro Negra (50). Foi utilizada a técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) para a amplificação das amostras e os produtos amplificados foram submetidos à eletroforese em um sequenciador automático ABI 3130 DNA Genetic Analyser. O número de alelos variou de 3 (LEI0254) a 32 (LEI0212) para a linhagem Paraíso Pedrês (PP), e 4 (LEI0254) a 31 (LEI0212) para a linhagem Rubro Negra (RN). A média de alelos por loco foi de 13,40 e 13,10 para a linhagem PP e RN, respectivamente. A heterozigosidade média esperada foi de 0,824 para PP e 0,604 para RN. Na análise do mtDNA, 100% das aves PP possuíam o haplótipo 4, de origem Européia. Na linhagem RN, o haplótipo 4 foi encontrado em 60% das amostras, o haplótipo 3c em 10% e o haplótipo 3d em 30%, os haplótipos 3c e 3d são de origem Asiática. Os resultados obtidos indicam que as linhagens de galinhas caipiras brasileiras analisadas, apresentam uma variabilidade genética superior às observadas em linhagens comerciais típicas de galinhas e semelhante à observada em aves não comerciais. Para a formação da linhagem RN foi utilizado na sua maioria aves de origem Européia e algumas de origem Asiática. E, para a composição da linhagem PP, foi utilizado somente aves de origem Européia, pelo menos no que se refere à linhagem materna

Orientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Marli Teixeira de Almeida Minhoni / Banca: Cesar Junior Bueno / Banca: Juliana Cristina Sodário Cruz / Banca: Kátia Regiane Brunelli / Resumo: Dentro do setor de horticultura, as plantas da família Brassicaceae são de grande expressão, tanto em volume, como em valor agregado na comercialização, por isso, destaca-se o cultivo intensivo de brassicas, como as variedades de Brassica oleraceae L. (Couve, repolho, Couve-flor, Brócolos, Couve de Bruxelas), Brassica napus L. e Brassica oleraceae L. var. pekinensis L. (Couve chinesa), sendo a base de sustentação econômica dos pequenos e médios produtores de hortaliças. Como outras culturas de plantio intensivo, as brassicas também enfrentam inúmeros problemas com doenças, dentre estes está a "hérnia das crucíferas", doença de enorme risco potencial ao produtor, visto seu difícil ou inexistente controle e por condenar a área, impedindo futuros cultivos de brassicas. O agente causal da "hérnia das crucíferas" (Plasmodiophora brassicae Woronin) é um endoparasita obrigatório, pertencente ao reino Protozoa, habitante do solo, sendo um dos fitopatógenos de solo menos estudados no mundo, mas sabe-se que este apresenta raças patogênicas, ou patotipos, sendo que algumas dessas já são conhecidas, principalmente os que ocorrem na Europa e no Japão sabem-se, também, que estas raças "quebram", com certa freqüência, a pouca resistência que os melhoristas conseguem incorporar nas variedades comerciais, fazendo com que quase não haja variedade resistente disponível no mercado, principalmente ao mercado brasileiro onde, possivelmente, haja raças ainda não relatadas. O objetivo deste estudo visou conhecer a variabilidade genética e patogênica de isolados de P. brassicae oriundos das principais regiões produtoras de Brassicas do estado de São Paulo, utilizando para isso: a) testes em variedade diferenciais, nacionais e importadas, com isolados monospóricos e não monospóricos para determinação das raças; b) estudo da agressividade dos isolados frente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Within the horticulture sector, the plants of the Brassicaceae family are widespread in both volume and value-added marketing, so we highlight the intensive cultivation of brassicas, such as varieties of Brassica oleracea L. (Kale, cabbage, cauliflower, broccoli, Brussels sprouts), Brassica napus L. and Brassica oleracea L. var. pekinensis L. (Chinese cabbage), and the basis of economic support for small and medium producers of vegetables. Like other intensive planting crops, the brassicas are also facing many problems with diseases, among these is the club root, disease of great potential risk to the producer, because its difficult or no control and order the area, preventing future crops brassicas. The agent causal of the club root (Plasmodiophora brassicae Woronin) is an obligatory endoparasites belonging to the kingdom Protozoa, inhabitant of soil, being one of the pathogens in soil less studied in the world, but it is known that this presents pathogenic races, or pathotypes, and some of these are already known, especially those taking place in Europe and Japan knows it, too, that these races "break" with some frequency, the little resistance that breeders can incorporate into commercial varieties, making that almost no resistant variety available in the market, especially the Brazilian market where perhaps there is not race related. This study aimed to investigate the genetic variability and pathogenic isolates of P. brassicae come from the main producing regions Brassicas state of Sao Paulo, using for this: a) testing range differential, domestic and imported, with no single spores and spore for the determination of races, b) study of the aggressiveness of the isolates in the face of cultivars available in the market, c) study of genetic variability within and between populations, using markers RAPD and Microsatellite d) genetic characterization through sequencing of genetic regions... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento e forma em um teste de progênies de Eucalyptus cloeziana, com 24 anos de idade, estabelecido em Luiz Antônio, SP. O teste foi instalado com sementes de polinização aberta provenientes de 35 árvores matrizes oriundas de Helenvale e Cardwell St. Forest, Austrália. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com parcela composta por apenas uma planta, com 100 repetições. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro a altura do peito (DAP), altura total, volume e forma. Foram detectadas diferenças significativas entre progênies para todos os caracteres avaliados. Foram detectados altos coeficientes de variação genética e herdabilidade para todos os caracteres estudados, o que demonstra um forte controle genético na herança destes e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção massal e individual entre e dentro de progênies. Os ganhos esperados para plantios com 24 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características ambientais de Luiz Antônio e com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 42,91% para DAP e 16,82% para altura / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic parameter for growth and stem shape traits in a progeny test of Eucalyptus cloeziana, at 24 years old, established in Luiz Antônio, SP. The trial was established with open-pollinated seeds from 35 mother trees from provenances Helenvale and Cardwell St. Forest, Australia. The trial was established in a random block design, with single tree plots and 100 replications. The trial was measured at 24 years old of age for diameter at breast height (DBH), total height, volume and stem shape. All studied traits presented significant differences among progenies. All studied traits presented also high coefficient of variation and heritability, showing a strong genetic control in this traits and the possibility to obtain genetic gains by massal and among and within progenies selection. The expected genetic gains for stands with 24 years old, growing in sites with the same environmental characteristics of Luiz Antônio and with seeds collected after selection in the progeny test were estimated in 42.91% for DAP and 16.82% for height / Orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Coorientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Walter Veriano Valério Filho / Banca: Rinaldo César de Paula / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-26Bitstream added on 2014-06-13T21:00:02Z : No. of bitstreams: 1 berti_clf_me_ilha.pdf: 1147349 bytes, checksum: 79588686dea2715fc03a56db3c25b881 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento e forma em um teste de progênies de Eucalyptus cloeziana, com 24 anos de idade, estabelecido em Luiz Antônio, SP. O teste foi instalado com sementes de polinização aberta provenientes de 35 árvores matrizes oriundas de Helenvale e Cardwell St. Forest, Austrália. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com parcela composta por apenas uma planta, com 100 repetições. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro a altura do peito (DAP), altura total, volume e forma. Foram detectadas diferenças significativas entre progênies para todos os caracteres avaliados. Foram detectados altos coeficientes de variação genética e herdabilidade para todos os caracteres estudados, o que demonstra um forte controle genético na herança destes e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção massal e individual entre e dentro de progênies. Os ganhos esperados para plantios com 24 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características ambientais de Luiz Antônio e com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 42,91% para DAP e 16,82% para altura / The aim of this study was to estimate genetic parameter for growth and stem shape traits in a progeny test of Eucalyptus cloeziana, at 24 years old, established in Luiz Antônio, SP. The trial was established with open-pollinated seeds from 35 mother trees from provenances Helenvale and Cardwell St. Forest, Australia. The trial was established in a random block design, with single tree plots and 100 replications. The trial was measured at 24 years old of age for diameter at breast height (DBH), total height, volume and stem shape. All studied traits presented significant differences among progenies. All studied traits presented also high coefficient of variation and heritability, showing a strong genetic control in this traits and the possibility to obtain genetic gains by massal and among and within progenies selection. The expected genetic gains for stands with 24 years old, growing in sites with the same environmental characteristics of Luiz Antônio and with seeds collected after selection in the progeny test were estimated in 42.91% for DAP and 16.82% for height

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-28Bitstream added on 2014-06-13T20:20:47Z : No. of bitstreams: 1 ciriello_e_me_botfca.pdf: 599013 bytes, checksum: 8be62585f251c230c319021c74e5e2b7 (MD5) / O reflorestamento comercial de espécies nativas brasileiras, visando à produção de madeira “de Lei” para serraria e laminação, tem se intensificado nos últimos anos em diversas regiões do país. Por ser uma atividade não tradicional do setor florestal brasileiro, inexiste o conhecimento científico e a tecnologia de produção das espécies potenciais, dificultando o desenvolvimento e o crescimento da atividade no país. Dentre as espécies nativas potenciais que vêem sendo plantadas por empresas do setor florestal, o guanandi (Calophyllum brasiliense Cambess.) é destaque, sendo uma espécie com ampla distribuição natural, alta adaptabilidade a diferentes condições de solo e clima e que vem apresentando ótimo desenvolvimento e adaptação aos sistemas produtivos comerciais, graças as suas excelentes características silviculturais, como boa forma, baixa mortalidade, crescimento moderadamente rápido, bom desenvolvimento em plantios homogêneos e ótima qualidade de madeira. Para se obter sucesso no estabelecimento da espécie, como alternativa a produção comercial de madeira, estudos direcionados as técnicas silviculturais de produção, desde a coleta de sementes, produção de mudas, preparo e correção do solo, plantio, nutrição, manejo integrado de pragas e doenças, desbastes e colheita, se destacam como prioridades. O desenvolvimento de um bom programa de melhoramento genético requer prioridade para a obtenção de ganhos de produtividade e rendimento no médio e longo prazo. Nesta linha de pesquisa, o estudo das técnicas de propagação vegetativa, visando abreviar etapas no melhoramento florestal e viabilizar a produção maciça de material melhorado, tem importância fundamental no sucesso do programa... / The commercial reforestation using native Brazilian species, to the production of hardwood for sawmill and lamination has intensified in recent years in various regions of the country, thanks to forest enterprise initiatives and rural producers, attracted by good productive and economic potential of the activity. Due the commercial forestry of native species, are not being a traditional activity of the Brazilian forestry sector, does not have broad scientific knowledge and technology of production of the main native species potential, which hamper the development and growth of productive activity in the country. Among the native species they see potential being planted by forest sector companies, we have the Guanandi (Calophyllum brasiliense Cambess.), a species with extent natural distribution and high adaptability to different soil and climate conditions, and has been showing great development and adaptation to commercial production systems, due to their excellent silvicultural characteristics, such as shaft trunk form, low mortality, moderately fast growth, good development in homogeneous plantations and great quality wood. To succeed in establishing of this specie as an alternative to commercial timber production, studies directed to silvicultural techniques of production from collecting seeds, seedlings production, soil preparation, planting, nutrition, integrated pest and diseases, thinning and harvesting, stand out as priorities. Developing a good genetic improvement program requires priority to ensure the productivity and yield gain in medium and long term. This line of research, the study of vegetative propagation techniques seem to improve forestry abbreviate steps, enabling improved material mass production, has fundamentally important in the success of improvement program. Aiming to assess the genetic variability... (Complete abstract click electronic access below)