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Análise da variabilidade genética das populações de pirarucu (Arapaima gigas, SCHINZ 1822) dos principais tributários do rio Amazonas através do uso de marcadores microssatélites

Leão, Adam Souza de Alencar 18 August 2009 (has links)
Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-15T17:53:16Z No. of bitstreams: 2 Adam Souza de Alencar Leão.pdf: 2611223 bytes, checksum: cd2daf2bf8565d02d484dba67f31b189 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-15T17:53:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Adam Souza de Alencar Leão.pdf: 2611223 bytes, checksum: cd2daf2bf8565d02d484dba67f31b189 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2009-08-18 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The pirarucu (Arapaima gigas) is one of the largest freshwater fishes of the world; it can grow to up to 3 meters, and weight up to 200 kg. It is an economically important fish used as a traditional food source in the Amazon basin. It has suffered a long history of commercial exploitation, which has resulted in various populations with critically low levels of genetic variability. The current work is a population genetic study of this specie with the goal of estimating levels of genetic variability for the principal tributaries of the Amazon River, comparing them to those observed in the main channel of the Amazon River, analyzing if there has been a reduction of genetic diversity in the analyzed localities, and if Arapaima gigas is a genetically structured species. With this goal in mind, 11 microsatellite markers were used due to their high levels of polymorphism and those are sufficiently informative for this type of a study. Average heterozygosity calculated across all loci for each sampling locality varied from 0.32 in Araguaia River to 0.70 in Mamirauá. Considering only localities from the main channel of the Amazon River, observed heterozygosity was 0.45 in Iquitos and 0.70 in Mamirauá. Observed heterozygosities in the tributaries of the Amazon River ranged from 0.32 in the Araguaia River to 0.62 in the Tapajós River. The ANOVA results showed a heterogeneous pattern in the distribution of genetic diversity in Arapaima gigas among all sampled localities, and between localities from the main stream of the Amazon River and its tributaries. On average, however, higher average heterozygosities were observed in the main stream Amazon River compared with tributaries. This pattern could be explained by the main stream Amazon River may be a zone of contact for Arapaima from different regions which could be facilitated by the ebb and flow of várzea waters. AMOVA demonstrated that 76.46% of genetic variance is explained by within individual contrasts, while 20.28% is explained by among locality contrasts. The among locality contrast is consistent with low migration rates of this species. A Bayesian analysis shows that there is population structuring in the form of a gradient along the length of the Amazon basin; this analysis also shows that tributaries do not contain genetically differentiated populations with respect to the main stream of the Amazon River. The observed genetic structuring of Arapaima gigas allows us to divide the Amazon basin in three macro-regions that should be differentially managed due to their genetic particularities; these regions are western Amazon comprising the localities of Iquitos, Letícia, Eirunepé, Mamirauá, Tapauá, Lábrea, Manuel Urbano e Borba; central Amazon comprising the localities of Carauarí, Coarí, RDS Piagaçu-Purus, Manacapuru, Careiro da Várzea, Nhamundá, Santarém (São Miguel Island) and Jacaréacanga; and eastern Amazon and the Araguaia/Tocanins basin comprising the localities of Macapá, Mexiana, Marabá and Bananal Island (Araguaia River). However, the spatial autocorrelation analysis shows that across the length of its distribution, this species is connected by gene flow. We observed a signature of recent population reduction using the M value test in 11 localities of the 20 localities sampled for this study. The most drastic reductions were observed for samples collected in Mexiana Island and in the Araguaia River (Bananal Island). These results should be viewed as an important signal of genetic fragility of Arapaima gigas individuals from these localities. Based on the presented data, it is strongly recommended that one implements a differentiated management and conservation strategy for this species for the three macro-geographic regions of the Amazon basin identified through the genetic particularities of Arapaima gigas in each of these three regions. / O pirarucu (Arapaima gigas) é um dos maiores peixes de água doce do mundo, podendo crescer até 3 metros de comprimento e pesar até 200 quilos. É um peixe de grande importância econômica usado como fonte de alimento pela população tradicional na bacia Amazônica. É marcado por uma longa história de exploração comercial, o que reduziu a variabilidade genética de muitos grupos de indivíduos desta espécie. O presente trabalho reporta um estudo de genética de populações para o Arapaima gigas objetivando estimar níveis de variabilidade genética de espécimes coletados em 20 localidades ao longo da bacia Amazônica e Tocantins/Araguaia, investigar se há existência de estrutura genética e verificar se houve redução populacional. Para isso foram utilizados 11 marcadores microssatélites que devido ao seu elevado polimorfismo atendem às necessidades deste estudo. A heterozigosidade média observada sobre todos os locos para cada localidade amostrada variou de 0,32 para os espécimes coletados no rio Araguaia a 0,70 para para os espécimes coletados em Mamirauá. Considerando apenas localidades da calha principal do rio Amazonas, a heterozigosidade observada foi de 0,45 em Iquitos a 0,70 em Mamirauá. Enquanto que para os tributários da bacia Amazônica amostrados foi verificado 0,32 no rio Araguaia a 0,62, no rio Tapajós. Os resultados da análise de ANOVA, utilizada para testar se há diferenças significativas na distribuição da heterozigosidade observada em relação às localidades amostradas e em relação às amostras coletadas na calha e nos principais tributários da bacia Amazônica, mostraram um padrão heterogêneo na distribuição da variabilidade genética para a referida espécie, sendo que altos e baixos valores são distribuídos de maneira não uniforme entre as localidades amostradas para o presente estudo e foi encontrado um maior valor de variabilidade genética para as amostras coletadas na calha do que nos tributários amostrados. O fato de haver maior variabilidade genética nos indivíduos coletados na calha pode ser devido ao fato de a calha funcionar como um ponto de encontro de Arapaimas de várias localidades, com deslocamento favorecido pelas transgressões e introgressões das águas de várzea. Os resultados de AMOVA demonstram que os grupos analisados no presente estudo encontram-se moderadamente estruturados. Resultado condizente com os hábitos de baixa migração da referida espécie. Os resultados da análise Bayesiana mostram que há estrutura populacional na forma de gradiente ao longo da bacia amazônica, esses resultados também mostram que os rios tributários não comportam populações geneticamente diferenciadas em relação à calha principal. A estruturação genética encontrada para a espécie Arapaima gigas nos permite dividir a bacia Amazônica em três macroregiões que devem ser manejadas de maneira diferenciada devido às suas particularidades genéticas, essas regiões são Amazônia ocidental compreendendo as localidades Iquitos, Letícia, Eirunepé, Mamirauá, Tapauá, Lábrea, Manuel Urbano e Borba; Amazônia central compreendendo as localidades Carauarí, Coarí, RDS Piagaçu- Purus, Manacapuru, Careiro da Várzea, Nhamundá, Santarém (Ilha de São Miguel) e Jacaréacanga; e Amazônia oriental e bacia do Araguaia / Tocantins compreendendo as localidades de Macapá, Mexiana, Marabá e Ilha do Bananal (rio Araguaia). O teste de auto- correlação espacial mostrou que entre toda a amostragem deste estudo há fluxo gênico para a espécie Arapaima gigas. Foi observada redução populacional recente significativa através do teste de Mvalue para 11 das 20 localidades amostradas, sendo que reduções mais drásticas foram observadas para as amostras da Ilha de Mexiana na foz do rio Amazonas e Ilha do Bananal, no rio Araguaia. Esses resultados devem ser vistos como um aviso importante sobre a fragilidade genética dos grupos de Arapaima gigas dessas localidades. Desta forma, com base nos dados apresentados, é fortemente aconselhável que sejam implementados programas de manejo e conservação desta espécie de maneira diferenciada nas três macroregiões da bacia Amazônica, levando em conta as particularidades genéticas da espécie em cada região.
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Detecção de Ralstonia solanacearum em tubérculos de batata através de PCR qualitativa e quantitativa / Detection of Ralstonia solanacearum in potato tubers through qualitative and real-time PCR

Figueiró, Adriana de Andrade January 2008 (has links)
Ralstonia solanacearum é uma bactéria transmitida por tubérculos-semente. As biovares 1 (raça 1) e 2 (raça 3) estão associadas à batata (Solanum tuberosum) e apresentam características epidemiológicas diferentes. A certificação de tubérculos-semente constitui-se num processo essencial para o manejo da murcha bacteriana, mas depende de métodos específicos e sensíveis de detecção deste patógeno. Este trabalho objetivou (i) projetar oligonucleotídeos iniciadores para diferenciação das biovares de R. solanacearum e (ii) estabelecer método de extração de DNA total de tubérculos de batata para detecção de R. solanacearum através de PCR qualitativa e quantitativa. Os oligos projetados para a biovar 1, baseados no gene pehS, não geraram o fragmento esperado de 500 pb, mas produtos inespecíficos. A PCR com os oligos projetados para a biovar 2, a partir do gene UDP-N-acetilglucosamina 4,6-dehidratase, amplificaram o DNA de ambas as biovares (354 pb). O método FTA foi mais sensível (um infectado/ 100 tubérculos) na obtenção de DNA de tecidos de batata, coletados com auxílio de seringas descartáveis, do que por lise celular por aquecimento ou bio-PCR. A presença de R. solanacearum em tubérculos coletados em São Francisco de Paula e Ibiraiaras, RS, não foi detectada através de PCR (OLI1/Y2), em amostras retiradas com seringas e submetidas à extração do DNA através do método FTA, lise celular por aquecimento, bio-PCR e lise celular por aquecimento, e kit GenSpinTM Plant DNA Purification. Entretanto, a detecção nos cartões FTA foi possível quando se utilizou os oligos RS-I/RS-II; a sensibilidade da PCR aumentou de 106 para 1 UFC.mL-1. Os resultados da PCR com o DNA eluído dos cartões FTA não se alteraram, viabilizando o uso do DNA do cartão FTA em PCR quantitativa. A PCR quantitativa, usando SYBR Green e os oligos RS-I/RS-II, confirmou a presença de R. solanacearum nas 13 amostras coletadas nos dois municípios. / Ralstonia solanacearum is a seedborne potato tuber bacterium. Biovars 1 (race 1) and 2 (race 3) are associated to potato (Solanum tuberosum) and present different epidemiological features. Certification of seed potato tubers is the essencial step toward the bacterial wilt management, but depends on specific and sensitive methods of detection of this pathogen. This research aimed (i) to design primers to differentiate these biovars of R. solanacearum and (ii) to establish a method of total DNA extraction of potato tubers to detect R. solanacearum through qualitative and real-time PCR. Designed primers to biovar 1, based on the gene pehS, did not produce the expected fragment (500 bp), but unespecific bands. PCR with primers designed to biovar 2, based in the gene UDP-N-acetilglucosamina 4,6-dehydratase, amplified DNA from both biovars (354 bp). The FTA card method was more sensitive (one infected/ 100 tubers) to obtain DNA from potato tissue, collected using a dischargeable syringe, than by heating cellular lyse or bio-PCR plus heating cellular lyse. The presence of R. solanacearum in tubers collected in São Francisco de Paula and Ibiraiaras, RS, was not detected by PCR (OLI1/Y2), on samples extracted using syringes and submitted to DNA extraction through FTA card method, heating cellular lyse, bio-PCR plus heating cellular lyse, and GenSpinTM Plant DNA Purification kit. However, the detection in the FTA cards was possible when RS-I/RS-II was used; the PCR sensititivity increased from 106 to 1 CFU.mL-1. The PCR results with DNA eluted from FTA cards were the same, allowing the use of the DNA from the FTA card in real-time PCR. Real-time PCR, using SYBR Green and RS-I/RS-II primers, confirmed the presence of R. solanacearum in the 13 symptomless potato tuber samples collected in the two counties.
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Aplicação do marcador molecular RAPD para análise de variabilidade genética em mudas de Heliconia bihai oriundas de cultivo de embrião e de propagação vegetativa / Application of molecular marker RAPD for analysis of genetic variability in deriving changes of Heliconia bihai of embryo culture and vegetative propagation

SILVA FILHO, Marcelo de Ataíde 20 February 2006 (has links)
Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-20T17:20:01Z No. of bitstreams: 1 Marcelo de Ataide Silva Filho.pdf: 290490 bytes, checksum: c973572d5c431d1b89267bcfca5d5b34 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T17:20:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelo de Ataide Silva Filho.pdf: 290490 bytes, checksum: c973572d5c431d1b89267bcfca5d5b34 (MD5) Previous issue date: 2006-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The international market of the floriculture is presented in constant growth. In Brazil the branch of the floriculture grows to each year. One of the impediments of this expansion is the commercialization of dumb with illnesses. The embryo culture makes possible the production of free vegetal parts of illnesses, with plantations more uniforms and bigger precocity. The objective of this work was to analyze the genetic variability of changes of Heliconia bihai proceeding from culture embryos (CE) compared with the changes of vegetative propagation (PV), using the molecular marker of type RAPD. The DNA was extracted of 19 different individuals, having been ten proceeding ones from vegetative propagation and nine of embryo culture. These had been analyzed and amplified with six oligonucleotídeos of RAPD. The oligonucleotídeos of RAPD, used had demonstrated efficient in the study of the variability in H. bihai, therefore they had amplified with effectiveness and they had detected polymorphism sufficiently. The dendrograma showed that it had the formation of two groups, being in the one of this separation of two sub-groups for the type of propagation. The groupings had revealed sufficiently next when the coefficients of genetic similarity are considered. The data generated by means of RAPD had vegetative demonstrated one high similarity of the materials propagated for culture of embryo with the propagated individuals (81%), not making impracticable the propagation for culture of embryos in vitro. Our results suggest that for study of genetic variability in H. bihai, data generated through technique RAPD had been sufficiently satisfactory. The coefficient of this genetic variation is essential for the development of strategies of propagation in commercial scale of the studied vegetal material. / O mercado internacional da floricultura apresenta-se em constante crescimento. No Brasil o ramo da floricultura cresce a cada ano. Um dos entraves desta expansão é a comercialização de mudas com patógenos. O cultivo de embrião possibilita a produção de propágulos vegetais livres de doenças, com plantios mais uniformes e com maior precocidade. O objetivo deste trabalho foi analisar a variabilidade genética de mudas de Heliconia bihai provenientes de cultivo embriões (CE) comparadas às mudas de propagação vegetativa (PV), utilizando o marcador molecular do tipo RAPD. O DNA foi extraído de 19 diferentes indivíduos, sendo dez provenientes de propagação vegetativa e nove de cultivo de embrião. Estes foram analisados e amplificados com seis oligoinucleotíodeos de RAPD. Os oligonucleotídeos de RAPD utilizados demonstraram-se eficientes no estuda da variabilidade em H. bihai pois amplificaram com eficácia e detectaram bastante polimorfismo. O dendrograma mostrou que houve a formação de dois grupos, sendo em um destes a separação de dois subgrupos pelo tipo de propagação. Os agrupamentos mostraram-se bastante próximos quando considerados os coeficientes de similaridade genética. Os dados gerados por meio de RAPD demonstraram uma alta similaridade dos materiais propagados por cultivo de embrião com os indivíduos propagados vegetativamente (81%), não inviabilizando a propagação por cultivo de embriões in vitro. Nossos resultados sugerem que para estudo de variabilidade genética em H. bihai. dados gerados através da técnica RAPD foram bastante satisfatórios. O coeficiente desta variação genética é essencial para o desenvolvimento de estratégias de propagação em escala comercial do material vegetal estudado.
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Diversidade e estrutura genética de populações naturais de Gossypium mustelinum Miers ex Watt

SILVA, Uiara Cavalcante 06 February 2012 (has links)
Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-22T14:12:14Z No. of bitstreams: 1 Uiara Cavalcante Silva.pdf: 1481908 bytes, checksum: fd082dc957b87d6e76fa41b38fce3ac3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T14:12:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Uiara Cavalcante Silva.pdf: 1481908 bytes, checksum: fd082dc957b87d6e76fa41b38fce3ac3 (MD5) Previous issue date: 2012-02-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / n Brazil three cotton species occur: G. barbadense, G. hirsutum and G. mustelinum, being the last wild and native of Brazil, found only in the semi-arid regions of Rio Grande do Norte and Bahia. The studied populations distribute themselves preferably near watercourses, like predominant vegetation of ciliary forest. The degradation of the environment by grazing of goats and anthropic activities, caused the reduction of these populations and consequently the variability. However, in spite of the low variability in these populations, this whole gene pool may in the future be useful in breeding programs. Therefore, the detailed knowledge of the structure of the existing variability is essential for a better use of this species as a resource of allelic variability. As commercial varieties have a narrow genetic base, due to the strong selection practiced for breeding and deriving mostly from only one species, G. hirsutum var. Latifolium, the use of new alleles is fundamental to increase allelic combinations, so that germplasm of wild species of the genus Gossypium, such as G. mustelinum, becomes an alternative for such an extension. In order to determine the variability and genetic structure of 16 natural populations of G. mustelinum, DNA extractions, PCR reactions with SSR markers were performed and the amplified alleles were used to estimate the allelic frequencies, the expected and observed heterosomy Genetic diversity analysis and Nei G statistics, as well as clustering analyzes, using the Nei and Neighbor-Joining distance. The distance between the genotypes was calculated based on the proportion of alleles using the MICROSAT program and the genotypes grouped from the UPGMA method in MEGA 4. To determine if the diversity of each of the populations was presented in an organized spatial structure, the matrix Genetic distance was compared to the physical distance matrix using the Mantel test. The results showed that the greatest diversity is found among populations, with a high level of intrapopulation inbreeding, probably due to the effects of genetic drift, evidenced by the high number of exclusive alleles. / No Brasil ocorrem três espécies de algodoeiro: G. barbadense, G. hirsutum e G. mustelinum, sendo a última silvestre e nativa do Brasil, encontrada, apenas no semi-árido dos Estados do Rio Grande do Norte e Bahia. As populações estudadas distribuem-se preferencialmente próximas de cursos de água, como vegetação predominante de mata ciliar. A degradação do ambiente por pastejo de caprinos e atividades antrópicas, provocou a redução dessas populações e consequentemente da variabilidade. Entretanto, apesar da reduzida variabilidade existente nessas populações, todo esse conjunto gênico poderá, futuramente, ser útil nos programas de melhoramento. Para tanto, o conhecimento detalhado da estruturação da variabilidade existente é essencial para melhor utilização dessa espécie como recurso de variabilidade alélica. Como as variedades comerciais apresentam base genética estreita, devido a forte seleção praticada para o melhoramento e derivarem em sua maioria de apenas uma espécie, a G. hirsutum var. latifolium, a utilização de novos alelos é fundamental para aumentar as combinações alélicas, de maneira que germoplasma de espécies silvestres do gênero Gossypium, como G. mustelinum, se torna uma alternativa para tal ampliação. Com o objetivo de determinar a variabilidade e estrutura genética de 16 populações naturais de G. mustelinum, foram feitas extrações de DNA, reações de PCR com marcadores SSR e os alelos amplificados foram empregados para estimar as frequências alélicas, a heterosigozidade esperada e observada, a análise de diversidade genética e as estatísticas G de Nei, como também, as análises de agrupamento, usando a distância de Nei e Neighbor-Joining. A distância entre os genótipos foi calculada com base na proporção de alelos usando o programa MICROSAT e os genótipos agrupados a partir do método de UPGMA no MEGA 4. Para determinar se a diversidade de cada uma das populações se apresentava numa estrutura espacial organizada, a matriz de distância genética foi comparada com a matriz de distância física usando o teste de Mantel. Os resultados demonstraram que a maior diversidade encontra-se entre as populações, com elevado nível de endogamia intrapopulacional, provavelmente devido aos efeitos de deriva genética, evidenciado pelo elevado número de alelos exclusivos.
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Sistema automÃtico para anÃlise de variabilidade da freqÃencia cardÃaca / Automatic system for analysis of heart rate variability

JoÃo Paulo do Vale Madeiro 08 October 2008 (has links)
nÃo hà / This dissertation describes a system for analysis of heart rate variability through metrics on time and frequency domain and by non-linear methodology, which is initiated by the process of segmentation of the QRS complex of the electrocardiogram signal. The motivation for this work is the analysis of the influence from the algorithms of beat segmentation and selection of valid cardiac cycles for the variability analysis, which were developed in the research process, over the computation of the metrics. After determining the intervals between QRS complexes (RR), the cardiac cycles with ectopic beats, resultant of arrhythmic events or detection fails (false-positive or false negative) are excluded. Then, the available metrics of heart rate variability found on literature are computed over the time series of intervals between normal beats (NN): on time domain (statistical and geometrical methods), on frequency domain (VLF - Very Low Frequency, LF - Low Frequency and HF â High Frequency) and by non-linear methodology (Poincarà plot). The QRS detection and segmentation results are validated through simulation tests over exams from Arrhythmia Database and QT database of the MIT-BIH database. The manual annotations of the QRS fiducial points and QRS onset and offset are compared with the automatic detections. The results related to heart rate variability metrics are validated through the manual selection of beats, and consequently of the intervals between them, pertaining to exams selected from Arrhythmia Database and the computation of the referred metrics over them, comparing with those ones automatically generated by the proposed method. The system, which provides averages of positive predictivity as 99.35% and sensitivity as 99.02%, and averages of deviations between automatic and manual analysis of heart rate variability metrics varying from 0.05% to 5.24%, can be carried into several platforms, making possible its production in commercial scale. / Esta dissertaÃÃo descreve um sistema de analise da variabilidade da frequÃcia cardÃaca atravÃs de mÃtricas no domÃnio do tempo, da freqÃÃncia e por mÃtodo nÃo-linear a partir do processo de segmentaÃÃo do complexo QRS do sinal eletrocardiograma. O trabalho à motivado pela influÃncia dos algoritmos de segmentaÃÃo de batimentos e de seleÃÃo dos ciclos cardÃacos vÃlidos para anÃlise da variabilidade, esenvolvidos para este fim, na determinaÃÃo das mÃtricas de interesse. ApÃs a determinaÃÃo dos intervalos entre os complexos QRS (RR), sÃo excluÃdos os ciclos cardÃacos com batimentos ectÃpicos, resultantes de arritmia ou de falhas de detecÃÃo (falso-positivo ou falso-negativo). Em seguida, sobre a sÃrie temporal de intervalos entre batimentos normais NN sÃo calculadas as mÃtricas de variabilidade da freqÃÃncia cardÃaca disponÃveis na literatura: no domÃnio do tempo (mÃtodos estatÃsticos e geomÃtricos), no domÃnio da freqÃÃncia (componentes VLF - Very Low Frequency, LF - Low Frequency e HF - High Frequency) e por mÃtodo nÃo-linear (mapa de PoincarÃ). Os resultados de deteccÃo e segmentacÃo do QRS sÃo validados atravÃs de testes experimentais sobre exames das bases Arrhythmia Database e QT database do MIT-BIH, em que as marcaÃÃes manuais dos picos e das bordas dos batimentos sÃo comparadas com as detecÃÃes automÃticas. Os resultados obtidos quanto as mÃtricas de variabilidade sÃo validados atravÃs da seleÃÃo manual de batimentos e, por conseguinte, dos intervalos entre os mesmos, a partir de exames selecionados da base Arrhythmia Database por cardiologistas do Hospital UniversitÃrio Walter Cantidio (HUWC), e do cÃlculo das referidas mÃtricas, comparando-se com aquelas geradas automaticamente pelo mÃtodo proposto. O sistema, que apresenta taxas mÃdias de99,35% de preditividade positiva e 99,02% de sensibilidade, para detecÃÃo do QRS, e mÃdias de erros entre a anÃlise automÃtica e a anÃlise manual das mÃtricas de variabilidade variando entre 0,05% e 5,24%, pode ser embutido em diversas plataformas, viabilizando sua producÃo em escala comercial.
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Seleção recorrente para rendimento de grãos em aveia (Avena sativa L.) : identificação do tipo de unidade experimental para a avaliação, da geração de seleção e da variabilidade dos genitores

Lange, Claudia Erna January 2003 (has links)
Seleção recorrente é um método indicado para o melhoramento de características quantitativas, como rendimento de grãos em aveia. Consiste em selecionar e recombinar de forma cíclica genótipos superiores de uma população geneticamente variável. Sua implantação depende do estabelecimento de uma estratégia que permita a condução das atividades inerentes ao método de forma compatível com a estrutura física e de mão-de-obra do programa. Este trabalho teve como objetivos investigar a possibilidade do uso de uma unidade experimental de tamanho reduzido para a condução das avaliações e seleção, indicar a geração de autofecundação a ser submetida à seleção e caracterizar a variabilidade dos genitores de uma população sintetizada pelo cruzamento dialélico de dez genótipos de aveia . Dados de três anos de ensaios mostram que unidades experimentais constituídas de uma única linha de três metros de comprimento reproduzem as classificações dos genótipos obtidas em parcelas de tamanho padrão para ciclo, estatura e rendimento de grãos. No entanto, o uso posterior de linhas como unidade experimental em ensaios que ocuparam uma área muito extensa, demonstrou que a variação de ambiente reduziu muito a eficiência da seleção. A avaliação da base genética para rendimento de grãos de aveia indica uma forte determinação de efeitos não aditivos. Nesta situação, a seleção em gerações mais avançadas de homozigose são mais adequadas. Porém, a seleção em geração F4 não apresentou vantagens sobre a realizada em F2 devido a grande variação de ambiente relacionada ao tamanho da área necessária para a condução dos ensaios. A estrutura da variabilidade fenotípica dos genitores confirma o caráter complementar dos genótipos em relação às características agronômicas e de adaptação pretendidas na população..
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Aspectos epidemiológicos e de resistência à Ralstonia solanacearum na cultura da batata no Rio Grande do Sul

Silveira, José Ricardo Pfeifer January 2002 (has links)
Plantas de batata (Solanum tuberosum L.) com sintomas de murcha bacteriana (MB) foram coletadas em 25 lavouras de 10 municípios de quatro regiões produtoras do Rio Grande do Sul (RS), de setembro a dezembro de 1999. Quatrocentos e noventa isolados de Ralstonia solanacearum foram obtidos e 96 e 4% identificados como biovares 1 e 2, respectivamente. A análise dos resultados da PCR-ERIC e BOX de 13 estirpes da biovar 1 e 72 da biovar 2 demonstrou baixa variabilidade genética. Através de RAPD foi possível associar local de origem do isolado com perfil eletroforético. Em outro experimento avaliou-se o comportamento de 14 cultivares e clones de batata cultivados nos períodos das safras de primavera de 1999 e 2000, em uma área naturalmente infestada com a biovar 2, em Caxias do Sul, RS. O número de plantas com sintomas foi registrado semanalmente. Os tubérculos produzidos por plantas assintomáticas foram coletados e submetidos a testes para detectar a presença de R. solanacearum. A área sob a curva de progresso da doença foi utilizada para comparar a resistência dos genótipos de batata à MB e o modelo logístico foi o que melhor se ajustou. A cultivar cruza 148 e o clone MB 03 mostraram-se como os mais resistentes, apresentando, no entanto, tubérculos com infecções latentes. As implicações da incidência de R. solanacearum em lavouras de batata e de sua variabilidade genética, assim como da resistência dos genótipos acompanhada de infecções latentes, no manejo integrado da MB no RS foram discutidas.
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Caracterização de populações de Trifolium polymorphum Poir.; T. argentinense Speg. E.T. riograndense Burkart nativas do Rio Grande do Sul : número cromossômico, morfologia e anficarpia / Characterization of Trifolium polymorphum Poir., T. argentinense Speg. and T. riograndense Burkart populations native to Rio Grande do Sul: chromosome number, morphology and amphicarpy

Conterato, Ionara Fatima January 2010 (has links)
Trifolium polymorphum, T. argentinense, ambas espécies anficárpicas, e T. riograndense são leguminosas ocorrentes nas pastagens naturais do Rio Grande do Sul, com potencial forrageiro. O objetivo deste trabalho foi aprofundar o conhecimento sobre estas espécies, visando sua futura utilização e preservação. Sementes de 75 acessos das três espécies foram coletadas em vários locais do Estado, de acordo com área de distribuição das mesmas. O número cromossômico foi determinado para 60 acessos de T. riograndense, 14 de T. polymorphum e, pela primeira vez, para um acesso de T. argentinense, sendo todos diplóides, com 2n=2x=16 cromossomos. As sementes subterrâneas de T. argentinense foram maiores (2,10mm) mais pesadas (0,0029g), mas em menor número (1,10) quando comparadas às sementes aéreas (1,80mm, 0,0016g, 1,63, respectivamente). Uma caracterização morfológica, considerando diversas variáveis, foi realizada em 29 acessos de T. riograndense. Dez indivíduos por acesso foram cultivados em floreiras, numa área experimental, em um delineamento completamente casualizado, sendo realizadas duas avaliações. Os resultados da distância Euclidiana mostraram que os acessos 29 (Muitos Capões) e 53 (Lageado Grande) da região dos Campos de Cima da Serra foram os mais divergentes (2,30), evidenciando a grande variabilidade genética para T. riograndense nesta região. Os acessos menos divergentes (0,19) foram aqueles da região do Planalto Médio, onde a agricultura é intensiva, indicando uma redução da variabilidade genética da espécie nessa região. A produção de matéria seca foi o caráter que mais contribuiu para a divergência dos acessos (20,80%), seguida pelo número de estolões secundários (12,30%), área foliar (11,07%) e número de nós por estolão primário (10,93%). A análise de correlação linear simples mostrou correlação positiva e altamente significativa entre comprimento de estolão e diâmetro da planta, área foliar e tamanho do pecíolo na primeira avaliação e matéria seca total e estolões secundários. Os resultados evidenciaram a grande variabilidade genética existente neste germoplasma nativo, justificando sua caracterização, seleção, avaliação e conservação. A ausência de variabilidade no número cromossômico poderá facilitar eventuais cruzamentos. / Trifolium polymorphum, T. argentinense, both amphicarpic species, and T. riograndense are legumes occurring in the native pastures of Rio Grande do Sul, with forage potential. The objective of the present work was to deepen the knowledge about these species aiming at their future utilization and preservation. Seeds of 75 accessions of the three species were collected at several locations of the State according to the species distribution. The chromosome number was determined for 60 accessions of T. riograndense, 14 of T. polymorphum and, for the first time, for one accession of T. argentinense, all of them diploid, with 2n=2x=16 chromosomes. Subterranean seeds of T. argentinense were bigger (2.10mm), heavier (0.0029g), but fewer(1.10) when compared to the aerial seeds (1.80mm, 0.0016g, 1.63, respectively). A morphological characterization, considering several characteristics, was performed in 29 accessions of T. riograndense. Ten individuals per accession were cultivated in pots, in an experimental area, in a completely randomized design, with two evaluations. Results from Euclidian distance showed that accessions 29 (Muitos Capões) and 53 (Lageado Grande), from Campos de Cima da Serra regiom, were the most divergent (2.30), pointing out the great genetic variability of T. riograndense in this region. The less divergent accessions (0.19) were those from the Planalto Médio region, where agriculture is intensive, indicating a reduction of the species variability in this region. Dry matter production was the character that most contributed to accessions divergence (20.80%), followed by number of seconday stolons (12.30%), leaf area (11.07%) and number of nodes per primary stolon (10.93%). Simple linear correlation analysis showed positive an highly significant correlation between stolon length and plant diameter and leaf area and petiole length, in the first evaluation, na total dry matter and secondary stolons. The results show the great genetic variability of this native germplasm, justifying its characterization, selection, evaluation and conservation. The absence of variability in chromosome number may facilitate possible crosses.
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Variabilidade citogenética em uma coleção de acessos de Paspalum notatum Flügge / Cytogenetic variability in a collection of collection of Paspalum notatum Flügge accessions

Balbinot, Nair Dahmer January 2007 (has links)
Paspalum notatum é uma espécie forrageira tetraplóide (2n=4x=40) apomítica de ampla ocorrência na região sul do Brasil. Diplóides sexuais naturais só foram encontrados, até o momento na Argentina, zona de origem do Pensacola, P. notatum var. saurae (2n=2x=20). Neste trabalho foi determinado o número cromossômico de 93 acessos de P. notatum, que fazem parte de um projeto de melhoramento genético do DPFA, obtidos de diferentes locais. Destes, 84 eram P. notatum “típico”, um P. notatum André da Rocha, um P. notatum Bagual, todos tetraplóides com 2n=40. Os sete acessos de Pensacola tinham 2n=20. Um dos acessos apresentou 2n=20 e, apesar de morfologicamente mais semelhante a P. notatum “típico”, é provavelmente um escape de Pensacola. Outro acesso, com 2n=60, precisa ser reavaliado quanto à sua morfologia e taxonomia. O comportamento meiótico foi analisado em 39 acessos de P. notatum e seis de Pensacola. Os acessos de P. notatum apresentaram freqüências variáveis de configurações cromossômicas. Em cinco desses acessos, 20 bivalentes foram observados em todas as células. Todos os diplóides apresentaram sempre 10 bivalentes. A viabilidade de pólen variou de 72, 40% a 98,00% entre os acessos de P. notatum, e de 82,47% a 95,93% em Pensacola. Os dados reforçam a ausência de indivíduos diplóides em populações naturais fora da área de origem do Pensacola. Apesar de não haver variabilidade no número cromossômico em P. notatum, há uma grande variabilidade na freqüência de associações cromossômicas. A relativamente alta fertilidade de pólen dos tetraplóides é explicável pela necessidade de polinização para formação do endosperma e indica a possibilidade de utilização destes acessos como progenitores masculinos, em programas de melhoramento, caso sejam identificados indivíduos sexuais. / Paspalum notatum is a tetraploid (2n=4x=40) apomitic forage species widely occurring in Southern Brazil. Natural sexual diploids have only been found in the region of origin of Pensacola in Argentina, P. notatum var. saurae (2n=2x=20). In this work, chromosome numbers were determined in 93 accessions of P. notatum, that are included in a genetic breeding project of the DPFA. From these, 84 were P. notatum “typical”, one P. notatum André da Rocha, one P. notatum Bagual, all tetraploid, with 2n=40. The seven Pensacola accessions had 2n=20. One accession presented 2n=20 and, despite being morphologically very similar to P. notatum “typical” is most probably an escape of Pensacola. Another accession had 2n=60, and should be reevaluated regarding its morphology and taxonomy. Meiotic behavior was analyzed in 35 P. notatum and six Pensacola accessions. P. notatum accessions presented variable frequencies of chromosomal configurations. In five accessions, 20 bivalents were observed in all the cells. All the diploids presented always 10 bivalents. Pollen viability ranged from 72, 40% to 98,00% among the 64 P. notatum accessions and from 82,47% to 95,93% in Pensacola. The results support the absence of diploid populations outside the area of origin of Pensacola. Despite the absence of variability in chromosome number in P. notatum, there is great variability in the frequency of meiotic chromosomal associations. The relatively high pollen fertility in the tetraploids is explained by the need of pollination for endosperm formation and indicates that these accessions could be used as male progenitors if sexual individual would be identified. 1.Master of Science Dissertation in Forage Science, Faculdade de Agronomia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brazil. (67p). March,2007.
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Genética de caracteres agronômicos e de qualidade em milho doce / Genetic of agronomic and quality traits in sweet corn

Cardoso, Elbio Treicha January 2001 (has links)
A cultura do milho doce poderá ser uma excelente opção para os agricultores, especialmente nas pequenas propriedades, devido o seu manejo não ser distinto da cultura do milho comum e pelo maior valor do produto. No entanto, as variedades disponíveis atualmente apresentam inúmeros problemas, tanto em caracteres agronômicos, como de qualidade de grão, o que dificulta a viabilização desta cultura. Deste modo, as populações BR 400, BR 401 e BR 402 foram avaliadas para estimar a capacidade combinatória, bem como os efeitos diretos e indiretos da seleção recorrente sobre caracteres adaptativos. Também foram estimados parâmetros genéticos importantes para realização eficiente da seleção em caracteres relacionados à qualidade de grão e espiga. Os experimentos foram conduzidos durante três anos agrícolas (1998/1999 a 2000/2001) na Estação Experimental Agronômica da UFRGS (Eldorado do Sul). Os resultados obtidos indicaram a existência de variabilidade genética para os caracteres avaliados, com predominância de efeitos gênicos aditivos sobre os não aditivos. A seleção para estatura, altura de inserção de espiga, florescimento masculino e feminino foi eficiente e não provocou alteração expressiva nos caracteres de qualidade de grão e espiga. As estimativas de variância aditiva e herdabilidade para os caracteres espessura de pericarpo, teor de sólidos solúveis e percentagem de espigas descobertas indicaram que a possibilidade da obtenção de ganhos genéticos através de seleção para estes caracteres. Por outro lado, as correlações genotípicas observadas entre caracteres importantes da cultura foram baixas, requerendo a seleção simultânea para estes caracteres; sendo que para este fim o emprego do índice de seleção de Williams apresentou resultados superiores às demais metodologias avaliadas. / Sweet corn can be an excellent option, particularly for small farmers. Its product is valuable on the international market and its cultural practices are similar to those used in field corn. However, available varieties in southern Brazil present problems, especially in agronomic and quality traits. This way, the populations BR 400, BR 401, and BR 402 were tested for combining ability and selected for adaptative traits, using direct and selection indexes approaches. Genetic parameters were also estimated for grain and ear quality. The experiments were conducted in three seasons (1998/1999 to 2000/2001) in Estação Experimental AgronômicalUFRGS (Eldorado do Sul, RS). The obtained results indicated the existence of genetic variability for all the evaluated traits, with predominance of additive effects. The selection for plant height, ear height, pollen shedding and silking was efficient and it did not provoke significant alteration in quality traits. The estimates of additive variance and heritability for pericarp thickness, total soluble solids, and ear tip indicated the possibility to obtain significant genetic gains through selection. On the other hand, genotypic correlations among traits were low, requiring simultaneous selection. As a result, Williams selection index was suggested as a superior alternative for sweet corn breeding in southern Brazil.

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