Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-12-15T13:14:26Z No. of bitstreams: 1 Jose Carlos da Costa.pdf: 1902777 bytes, checksum: 5567e51f0c8a521b57e307714c65ea90 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-15T13:14:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jose Carlos da Costa.pdf: 1902777 bytes, checksum: 5567e51f0c8a521b57e307714c65ea90 (MD5) Previous issue date: 2017-07-06 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Desmanthus and Stylosanthes genus are legumes of the semi-arid, It has great potential for Forage Crops for its nutritional value, hardiness and symbiosis for nitrogen fixation. These genera spontaneously in the sown region of Pernambuco. Thus, knowing the variability of these forage plants is essential for such information to be used as a basis for future research, contributing to the utilization of genetic resources available in genetic improvement. This study had as objective measure the genetic and morphological diversity in Desmanthus and Stylosanthes genus with naturally occurring in Pernambuco. For Stylosanthes, collections were made in the semi-arid region of Pernambuco in September 2015. The species plants were identified in the herbarium of the Instituto Agronômico de Pernambuco-IPA. The accesses were propagated via seeds and cultivated between November 2015 and April 2016 in the Department of Animal Science of the Federal Rural University of Pernambuco at the Dois Irmãos Campus in Recife, Pernambuco. To identify the diversity of Stylosanthes scabra populations, 76 plants were collected from four populations located in the municipalities of Santa Cruz do Capibaribe, Caetés, Sertânia and Petrolina. With the genus Desmanthus, the morphological characterization was performed in 18 accesses and molecular characterization by ISSR marker in 26 accessions. All accesses of Desmanthus belonging to the germplasm bank of forage legumes of the Federal Rural University of Permambuco- UFRPE in the Academic Unit of Serra Talhada-PE implemented in 2012. There is variability in the two genus, however, the Stylosanthes presents greater variability. It was verified the presence of quite contrasting species. S. scabra and S. seabrana were distinguished by higher production of dry leaf mass. In the genus Desmanthus, accesses 235C and 22SA deserve special attention because they are isolated within their groups in both morphological and molecular analyzes and are indicated to be used in breeding programs of the species. Considering the populations of S. scabra. The species presents greater variability among populations (60%) than within populations (40%). The high morphological and genetic variability of the accesses evidences the importance of the collection for future works of genetic improvement. / Os gêneros Desmanthus e Stylosanthes são compostos por leguminosas nativas do semiárido e que apresentam potencial para forragem, pelo valor nutricional, rusticidade e simbiose para fixação biológica de Nitrogênio. Esses gêneros ocorrem de forma expontânea na região semeárida de Pernambuco. Desta forma, conhecer a variabilidade dessas plantas forrageiras é essencial para que tais informações sejam utilizadas como base para pesquisas futuras, contribuindo com a utilização dos recursos genéticos disponíveis no melhoramento genético. Assim, objetivou-se avaliar a diversidade genética e morfológica de algumas espécies dos gêneros Stylosanthes e Desmanthus com ocorrência natural no semiárido de Pernambuco. Para o gênero Stylosanthes, foram realizadass coletas no semiárido de Pernambuco no mês de setembro de 2015. As plantas foram identicadas quanto suas espécies no herbário do Instituto Agronômico de Pernambuco-IPA. Os acessos foram propagados via sementes e cultivadas entre os meses de Novembro de 2015 a Abril de 2016 em telado do Departamento de Zootecnia da Universidade Federal Rural de Pernambuco no Campus de Dois Irmãos, em Recife, Pernambuco. Para identificar a diversidade de populações de Stylosanthes scabra por meio de marcadores ISSR, foram coletadas folhas de 76 plantas pertencentes a quatro populações localizadas nos municípios de Santa Cruz do Capibaribe, Caetés, Sertânia e Petrolina. Com o gênero Desmanthus, foi realizada a caracterização morfológica em 18 acessos e caracterização molecular por marcadores ISSR em 26 acessos. Todos acessos de Desmanthus que foram utilizados na caracterização pertencem ao banco de germoplasma de leguminosas forrageiras da Universidade Federal Rural de Permambuco – UFRPE na Unidade Acadêmica de Serra Talhada-PE implantado em 2012. Constatou-se a existência de variabilidade nos dois gêneros, no entanto, para o gênero Stylosanthes foi confirmado sete espécies. A espécie S. scabra se destacou por maior produção de massa seca de folhas com 6,10g. No gênero Desmanthus, os acessos 235C e 22SA foram os mais divergentes e se apresentam isolados dentro dos seus grupos, tanto nas análises morfológicas quanto moleculares. Considerando as populações de S. scabra, observou-se maior variabilidade entre populações (60%) do que dentro das populações (40%). As altas variabilidades morfológicas e genéticas dos acessos, tanto em Desmanthus quanto em Stylosanthes, evidenciam a importância da coleção para futuros trabalhos de melhoramento genético.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-07-17T13:22:36Z No. of bitstreams: 1 Bruno Campos Mantovanelli.pdf: 2634294 bytes, checksum: 70886a53b05388484281c8b673017452 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-17T13:22:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bruno Campos Mantovanelli.pdf: 2634294 bytes, checksum: 70886a53b05388484281c8b673017452 (MD5) Previous issue date: 2017-02-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The knowledge of the spatial distribution of soil attributes in managed areas is of extreme importance, since the processes that have produced such modifications, added to the man-made management, accentuate the variation of soil attributes and their understanding is fundamental for the refinement of the practices of Management and evaluation of the effects on the environment. The use of pore size distribution to infer structural changes from different cultivation practices is a phenomenon that is becoming common in the field of Soil Science. Advances in the application of computed tomography (μTC) for studies of pore size distribution have emerged as a new research tool to investigate the spatial distribution and pore diameters, as it is based on the structural evaluation of soils from 2D or 3D images. In this work, the objective of this work was to evaluate the effects of the different managements on the physical attributes of the soil in order to explain the spatial variation and correlation between the physical and hydraulic attributes studied. The study was carried out in the agricultural area the Experimental Station of Carpina Sugarcane (EECAC) in a Haplohumults, with soil sampling in the 0.0-0.1 m layer, performed 20 months after establishment of the experiment. In each system of use (irrigated and rainfed), samples were collected between the lines of culture, using a sample grid pattern with dimensions of 56 x 35 m (1960 m²), with irregular spacing of 7 m x 8 m between the points, totalizing 32 samples per system of use. To characterize the spatial variability of the physical attributes, the following analyzes were performed: soil resistance penetration; Bulk density; Total porosity; Macroporosity, mesoporosity, microporosity; Saturated hydraulic conductivity; Geometric mean diameter and weighted average diameter. The soil water retention curve was constructed, followed by the pore size distribution, based on the spline cubic function and quantification of macropores (MAP) via computed tomography. The geostatistical approach associated with the multivariate techniques of Principal Component Analysis (PCA) allowed us to understand the relation of the pattern of spatial distribution exerted by the irrigated and rainfed landings on the physical properties of the soils; Characterizing that the irrigation effect favored the greater relation with attributes that are interconnected with the structural and soil quality standards. The results suggest that the management practices adopted are able to modify the soil structure under specific conditions, since the irrigation effect favored a more structured condition in the soil submitted to the PD, in which, based on the adopted techniques of evaluation, We can better understand these mechanisms, from the pore form to the distribution of macroporous MAPs by quantity and volume in the range of classes. / O conhecimento da distribuição espacial dos atributos do solo em áreas manejadas é de extrema importância, pois os processos que imprimiram tais modificações, somados ao manejo realizado pelo homem, acentuam a variação dos atributos do solo e seu entendimento é fundamental para o refinamento das práticas de manejo e avaliação dos efeitos sobre o ambiente. O uso da distribuição do tamanho de poros para inferir sobre as mudanças estruturais exercidas pelas diferentes práticas de cultivo é um fenômeno que está se tornando comum no campo da Ciência do Solo. Avanços na aplicação da tomografia computadorizada (μTC) para estudos da distribuição de tamanho de poros têm surgido como uma nova ferramenta de pesquisa para investigar a distribuição espacial e diâmetros de poros, pois se baseia na avaliação estrutural dos solos a partir de imagens 2D ou 3D. Desta forma, neste trabalho objetivou avaliar os efeitos dos diferentes manejos nos atributos físicos do solo a fim de explicar a variação espacial e correlação existente entre os atributos físico-hídricos estudadas. O estudo foi realizado na área agrícola da Estação Experimental de Cana-de-Açúcar de Carpina (EECAC) em um Argissolo Amarelo distrocoeso, com amostragem dos solos na camada de 0,0-0,1 m, realizada 20 meses após o estabelecimento do experimento. Em cada sistema de uso (irrigado e sequeiro), foram coletadas amostras nas entrelinhas de cultivo, usando um padrão de grid amostral com dimensões de 56 x 35 m (1960 m²), com espaçamento irregular de 7 m x 8 m entre os pontos, totalizando 32 amostras por sistemas de uso. Para caracterização da variabilidade espacial dos atributos físicos foram realizadas as seguintes análises: resistência do solo à penetração; densidade do solo; porosidade total; macroporosidade, mesoporosidade, microporosidade; condutividade hidráulica saturada; diâmetro médio geométrico e diâmetro médio ponderado. Foi realizada a construção da curva característica de retenção de água no solo, seguindo-se da distribuição de tamanho de poros, baseados na função spline cubic e quantificação de macroporos via tomografia computadorizada. A abordagem geoestatística associada às técnicas multivariadas de Análise de Componentes Principais (ACP), possibilitaram compreender a relação do padrão de distribuição espacial exercidas pelos manejos irrigado e sequeiro sobre as propriedades físicas do solos; caracterizando que o efeito da irrigação favoreceu a maior relação com atributos que estão interligadas com os padrões estruturais e de qualidade do solo. Os resultados sugerem que as práticas de manejo adotadas, são capazes de modificar a estrutura do solo em condições específicas, visto que o efeito da irrigação favoreceu a uma condição mais estruturada no solo submetido ao PD, em que a partir das técnicas adotadas de avaliação, pode-se entender melhor estes mecanismos, desde a forma de poros até a distribuição de MAP macroporos por quantidade e volume em intervalo de classes.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-10-23T13:29:45Z No. of bitstreams: 1 Diego Henrique Silva de Souza.pdf: 3894792 bytes, checksum: 762969190d02923ba476b3d5e9d4272a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-23T13:29:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diego Henrique Silva de Souza.pdf: 3894792 bytes, checksum: 762969190d02923ba476b3d5e9d4272a (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / The agricultural practices promote changes in the physical properties of the soil, causing alterations in the density, affecting the total porosity, the pore diameter distribution, and the availability of water to the plants. These changes directly affect the development of sugarcane cultivation, affecting the respiration of the roots, the reduction of the porous spaces of the soil, and decrease the water infiltration capacity in the soil. Therefore, the use of soil and water management techniques favors the maintenance of agricultural productivity through precision agriculture. The objective of this work was to analyze the influence of the spatial variability of the physical attributes of in an orthodox Humiluvic Spodosol on sugarcane productivity, variety RB86 7515, in an experimental area, in the Municipality of Goiana, in the region of Zona da Mata North of Pernambuco. Soil samplings and crop productivity were performed at 90 randomly chosen points in the experimental area. Deformed and undisturbed samples were collected in the soil layers of 0.00-0.20 and 0.20 - 0.40 m, in order to analyze the attributes: texture, soil density, field capacity humidity, total porosity, macroporosity and microporosity, according to the methodology recommended by the “Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária – Embrapa”. For the determination of the total porosity, macroporosity and microporosity, the tensile table was used, and the Richards chamber was used to determine the moisture in the field capacity. Productivity was estimated by the average weight of sugarcane at each sampling point. The data were evaluated using descriptive statistics, geostatistics and simple linear correlation. Sugarcane productivity in the study area was higher than the national average for the 2013/2014 harvest. It was verified through semivariograms that the spherical model was the best fit to the dataset of most of the assessed attributes. It was not possible to detect spatial dependence for the textural fractions of the soil, except for the clay fraction in the 0.20-0.40 m layer that had its data adjusted to the exponential model. Through the isoline maps, it was observed that soil density and total porosity, in the 0.00-0.20 m layer, presented inverse spatial correlation. And that the narrowest area of the study area and with the highest topographic quota had higher values of macropores and lower values of moisture and productivity of the sugarcane. Sugarcane yield did not show a significant linear correlation with soil physical attributes. / As práticas agrícolas promovem alterações nas propriedades físicas do solo, ocasionando modificações de sua densidade, afetando a porosidade total, a distribuição do diâmetro dos poros e a disponibilidade de água às plantas. Estas alterações causam diretamente prejuízos ao desenvolvimento da cultura da cana-de-açúcar, afetando a respiração das raízes, pela diminuição dos espaços porosos do solo, além de diminuir a capacidade de infiltração da água no solo. Portanto, a utilização de técnicas de manejo do solo e da água favorece a manutenção da produtividade agrícola, por meio da agricultura de precisão. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência da variabilidade espacial dos atributos físicos de um Espodossolo Humilúvico órtico na produtividade da cana-de-açúcar, variedade RB86 7515, em uma área experimental, no Munícipio de Goiana, na região da Zona da Mata Norte de Pernambuco. As amostragens do solo e da produtividade da cultura foram realizadas em 90 pontos escolhidos aleatoriamente na área experimental. Foram coletadas amostras deformadas e indeformadas nas camadas de solo de 0,00-0,20 e 0,20 – 0,40 m, com a finalidade de analisar os atributos: textura, densidade do solo, umidade na capacidade de campo, porosidade total, macro e microporosidade, conforme a metodologia preconizada pela Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. Para determinação da porosidade total, macro e microporosidade foi utilizada a mesa de tensão, e para determinação da umidade na capacidade de campo foi utilizada a câmara de Richards. A produtividade foi estimada por meio do peso médio da cana-de-açúcar em cada ponto amostral. Os dados foram avaliados adotando-se métodos de estatística descritiva, geoestatística e correlação linear simples. Verificou-se através dos semivariogramas que o modelo esférico foi o que melhor se ajustou ao conjunto de dados da maioria dos atributos avaliados. A produtividade da cana-de-açúcar na área de estudo foi superior à média nacional da safra 2013/2014. Não foi possível detectar dependência espacial para as frações texturais do solo, com exceção da fração argila na camada de 0,20-0,40 m que teve seus dados ajustados ao modelo exponencial. Através dos mapas de isolinhas, observouse que a densidade do solo e a porosidade total, na camada de 0,00-0,20 m, apresentaram comportamento espacial inverso, e que a faixa mais estreita da área de estudo e com maior cota topográfica apresentou maiores valores de macroporos e menores valores de umidade e produtividade da cana-de-açúcar. A produtividade da cana-de-açúcar não apresentou correlação linear significativa com os atributos físicos do solo.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-11-01T16:13:59Z No. of bitstreams: 1 Diego Cezar dos Santos Araujo.pdf: 4779920 bytes, checksum: 60633463a78307c87299857b8dac6458 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-01T16:13:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diego Cezar dos Santos Araujo.pdf: 4779920 bytes, checksum: 60633463a78307c87299857b8dac6458 (MD5) Previous issue date: 2016-02-15 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The spatial and temporal variability of soil moisture is widely known and long ago became an object of study on Hydrology. To know the behavior of this variable and to understand its relation with the various pedological and metheorological factors is essential to assist the agricultural management and to promote its best beneficial use. It is necessary to consider that the water content in the soil is subject to various processes such as evaporation, plant water uptake, redistribution, percolation and drainage. In semi-arid regions where water availability becomes limited due to the irregularity in the distribution of rainfall, knowledge of the spatial-temporal dynamics of this feature is even more important. Based on this, the objective of this study was to evaluate the spatial and temporal behavior of soil moisture in a small watershed scale and on a small area of 6,720 m² cultivated with banana, in the city of Pesqueira, Pernambuco, located in Brazilian Northeast. The second chapter describes the soil moisture data for the experimental basin of Riacho Jatobá, held for four months with low rainfall at 32 locations along the basin, covering three types of soils (Yellow Argisol, Regolithic Neosol and Litholic Neosol) and vegetation (pasture, natural dense caatinga and natural sparse caatinga), with representative characteristics of typical systems of semi-arid regions. The monitoring was performed monthly and allowed identifying that the areas with Yellow Argisol showed higher water content, as well as those with a predominance of caatinga. In addition, physical and chemical properties of soil were mapped. Texture maps confirmed the spatial distribution of moisture, with higher content of clay fraction in areas with higher soils moisture. In the third chapter, soil moisture data in a small area cultivated with banana are presented, with 13 monitoring conducted in a two-day interval. The soil moisture was monitored at 22 locations, 11 with the use of mulch and 11 without using the cover. In addition to the spatial evaluation of soil moisture distribution for the different soil coverage the technique of mean relatives differences and standard deviations was applied aiming to find points that could be able to represent the mean temporal behavior of the remaining monitoring locations under the same evaluated conditions. It was possible to identify that the points located in the no mulch sector showed more soil water content and the technique of temporal stability it was showed to be adequate in detecting stable monitoring points over time, being recommended the continuity of data collection to improve the understanding of the dynamics of soil moisture in the region studied. / A variabilidade espacial e temporal da umidade do solo é amplamente conhecida e há muito tempo se tornou objeto de estudo da Hidrologia. Conhecer o comportamento dessa variável e compreender a sua sensível relação com os diversos fatores pedológicos e meteorológicos é essencial para auxiliar o manejo agrícola e promover a sua utilização de forma adequada. É necessário considerar que o conteúdo de água no solo está sujeito a processos diversos, como a evaporação, absorção pelas plantas, redistribuição, percolação e drenagem. Em regiões semiáridas, onde a disponibilidade de água torna-se limitada em virtude da irregularidade na distribuição das precipitações, o conhecimento da dinâmica espaço-temporal desse recurso é ainda mais importante. Com base nisso, o objetivo desse estudo foi avaliar o comportamento espacial e temporal da umidade do solo em escala de bacia hidrográfica e em pequena área de 6.720 m² cultivada com banana, na cidade de Pesqueira-PE, situada no semiárido da região Nordeste. O segundo capítulo descreve os dados de umidade do solo para a bacia experimental do Riacho Jatobá, realizado durante quatro meses com escassez de chuvas e em 32 pontos ao longo da bacia, abrangendo três tipos de solo (Argissolo Amarelo, Neossolo Regolítico e Neossolo Litólico) e vegetação (pastagem, caatinga natural adensada e caatinga natural esparsa) com características representativas de sistemas típicos de regiões semiáridas. Os monitoramentos foram realizados mensalmente e possibilitaram identificar que as áreas com Argissolo Amarelo apresentaram maior conteúdo de água, assim como aquelas com predominância de caatinga. Adicionalmente, foram mapeadas propriedades físicas e químicas de solo. Os mapas de textura corroboraram a distribuição espacial da umidade, com maior conteúdo da fração argila nas áreas que apresentam maior umidade no solo. No terceiro capítulo, estão representados os dados de umidade do solo em uma pequena área cultivada com banana, a partir de 13 monitoramentos realizados no intervalo de dois dias. A umidade foi monitorada em 22 pontos, 11 com a utilização de cobertura morta e 11 sem a utilização da cobertura. Além da avaliação espacial da distribuição da umidade em função da cobertura, foram aplicadas, nos dados, as técnicas das diferenças relativas médias e desvios padrão com a finalidade de encontrar pontos que fossem capazes de representar o comportamento temporal da média dos demais locais de monitoramento, sob as mesmas condições avaliadas. Foi possível identificar que os pontos localizados no setor sem cobertura morta apresentaram maior conteúdo de água e que a técnica da estabilidade temporal mostra-se promissora na detecção de locações de monitoramento estáveis ao longo do tempo, sendo recomendada a continuidade da coleta de dados para aprimorar o entendimento da dinâmica da umidade do solo na região estudada.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-11-08T12:47:26Z No. of bitstreams: 1 Carolina de Lima França.pdf: 1419474 bytes, checksum: 9f51fc18e45826f7cb7c395571e7cbf7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-08T12:47:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carolina de Lima França.pdf: 1419474 bytes, checksum: 9f51fc18e45826f7cb7c395571e7cbf7 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Sugarcane is one of the most important crop in Northeastern Brazil and the plant-parasitic nematodes, one of the most important threat for the crop productivity. The high temperature in the dray sand soils of the costal tables cultivated with sugarcane has increased the losses. Considering that the nematode spatial distribution in soil is associated to the soil water content, structure and management, this study aimed to evaluate the effect of irrigation on spatial distribution of Meloidogyne spp. and Pratylenchus spp., the main plant-parasitic nematodes, in a costal table cultivated with sugarcane. Experiments were carried out in two areas, irrigated and non irrigated, and soil samples were collected before planting and at 4, 9 and 14 months after, on a 12.5 × 12.5-m grid, with 36 points per area, at 0-25 cm depth. Descriptive statistics and geostatistics were used to characterize the nematode spatial dependence and prepare kriging maps. Based on semi variance, most data fitted to spherical model. In general, spatial dependence was high and weak, with ranges higher than 3 m. Sugarcane irrigation on the table area drove to a more uniform distribution of Pratylenchus sp. in soil, in contrast to the non irrigated area, in which the nematode population presented more aggregated. / A cana-de-açúcar é uma das principais culturas no Nordeste e os nematoides parasitos de plantas uma das principais ameaças para a produtividade da cultura na região. As perdas são maiores quando associadas às altas temperaturas, irregularidade de chuvas e solos arenosos dos tabuleiros costeiros. Considerando que a distribuição espacial de nematoides no solo está associada a disponibilidade de água, estrutura e manejo do solo, o presente estudo teve como objetivo avaliar o efeito da irrigação na distribuição espacial de Meloidogyne spp. e Pratylenchus spp. em tabuleiros cultivados com cana-de-açúcar. Os experimentos foram conduzidos em duas áreas, irrigada e não irrigada, e as amostras de solo e raiz foram coletadas antes do plantio e 4, 9 e 14 meses após, em malha de 12,5 × 12,5 m, com 36 pontos por área, na profundidade de 0-25 cm. Estatística descritiva e geoestatística foram utilizadas para caracterização da dependência espacial dos nematoides e elaboração de mapas de krigagem. Com base na semivariância ocorreu ajuste com modelo esférico para a maioria dos dados. Em geral, o grau de dependência espacial foi forte e observado alcances acima de 3 m para os nematoides que apresentaram dependência espacial. A irrigação da cana-de-açúcar em área de tabuleiro favoreceu uma distribuição mais uniforme de Pratylenchus sp. no solo, ao contrário da área não irrigada, que mostrou tendência a manter a população do nematoide mais agregada na área.

The family Caulimoviridae comprises viruses with semicircular double-stranded DNA genomes encapsulated into isometric or bacilliform particles, being divided into eight genera. The genus Badnavirus is the most important due to its high number of species reported infecting cultivated plants worldwide. The present study aimed to evaluate the taxonomic/phylogenetic positioning and population genetic variability into the genus Badnavirus. Initially, a data set comprising badnavirus full-length genome sequences was obtained from the non-redundant GenBank database. Multiple nucleotide sequence alignments were obtained for the data sets: complete genome; ORF III; full (1020pb) and partial (579pb) RT/RNaseH. Pairwise sequence comparisons, phylogenetic and recombination analyses were performed for all data sets. A total of 127 isolates were obtained, representing 53 badnavirus species. Nucleotide pairwise comparisons for the data sets RT/RNaseH and ORF III showed that a number of distinct badnavirus species shared up to 82,5% of identity, higher than the 80% threshold currently used for species demarcation in the genus. Bayesian phylogenetic trees showed four well supported clusters, with clusters 1 and 3 being sister groups comprising predominantly isolates infecting sugarcane and banana. Non-tree-like evolution evidenced a complex pattern of recombination, and at least 23 independent events were detected with recombination breakpoints occurring predominantly in the ORF III and in the intergenic region. By the analysis of nucleotide diversity of the partial RT/RNaseH region in 12 badnavirus population, a high genetic variability was observed. These results showed that mutation and recombination are important evolutionary mechanisms acting on the diversification of badnaviruses, and that the partial RT/RNaseH sequence is sufficient to determine the taxonomic placement of most viral species described in this genus. / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Caulimoviridae compreende fitovírus com genomas semicirculares de DNA de fita dupla encapsidados em partículas isométricas ou baciliformes, sendo dividida em oito gêneros. O gênero Badnavirus é o mais importante devido ao seu alto número de espécies relatadas infectando plantas cultivadas em todo o mundo. O presente estudo teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de populações e o posicionamento taxonômico/filogenético de espécies de badnavírus. Inicialmente, sequências completas para o genoma das espécies de badnavírus foram obtidas a partir do banco de dados não-redundante GenBank. Alinhamentos múltiplos das sequências nucleotídicas foram obtidos para os seguintes conjuntos de dados: genoma completo, ORFIII, RT/RNaseH completa (1020nt) e parcial (579nt). Comparações pareadas de sequências, análises filogenéticas, de recombinação e variabilidade genética foram realizadas para os conjuntos de dados. Um total de 127 isolados foram obtidos, representando 53 espécies de badnavírus. As comparações de sequências de nucleotídeos para o conjunto de dados RT/RnaseH (completa e parcial) mostraram que algumas espécies de badnavírus relatadas como distintas apresentam entre 57,1-82,5% de identidade, superior ao limite de 80,0% atualmente utilizado para a demarcação de espécies em Badnavirus. Resultados similares foram observados para os dados da ORFIII e genoma completo, reforçando que sequências parciais do domínio RT/RNaseH são suficiente para determinar o posicionamento taxonômico da maioria das espécies descritas neste gênero. Quatro grupos (clusters 1-4) bem suportados foram observados nas árvores filogenéticas para genoma completo e ORFIII, com os cluster 1 e 3 formando grupos irmãos compreendendo espécies/isolados infectando predominantemente cana-de-açúcar (Saccharum spp.) e banana (Musa spp.). Análise de evolução em rede evidenciou alguns possíveis eventos de recombinação afetando a diversificação de espécies de badnavírus, com pelo menos 23 eventos independentes sendo detectados com pontos de recombinação ocorrendo predominantemente na ORFIII e região intergênica. Finalmente, altos índices de diversidade nucleotídica foram observados para a região RT/RnaseH parcial em populações de 12 espécies distintas de badnavírus. Estes resultados mostram que mutação e recombinação são mecanismos importantes atuando na evolução dos badnavírus.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2018-10-23T14:00:16Z No. of bitstreams: 1 TESE Mariana Peil VERSÃO CORRIGIDA.pdf: 2685533 bytes, checksum: 792fb6d377fb546168a4c6e1f05c79c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-11-13T15:54:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE Mariana Peil VERSÃO CORRIGIDA.pdf: 2685533 bytes, checksum: 792fb6d377fb546168a4c6e1f05c79c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-13T15:54:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Mariana Peil VERSÃO CORRIGIDA.pdf: 2685533 bytes, checksum: 792fb6d377fb546168a4c6e1f05c79c9 (MD5) Previous issue date: 2018-08-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O aumento da produção no Brasil, assim como no mundo, é uma estratégia para segurança alimentar. No entanto, uma estagnação nos aumentos de produtividade devido, entre outros fatores, a redução da variabilidade genética através da seleção ao passar dos anos. Triticum timopheevii Zhuk. (2n = 28, composição genômica AtAtGG) é um trigo tetraploide e possui alelos desejáveis, principalmente para resistência a doenças, e ele pode ser usado para ampliar variabilidade genética no trigo. Este estudo propôs realizar a introgressão de segmentos de DNA de T. timopheevii. em uma cultivar elite de trigo brasileira. Linhas de T. aestivum/T. timopheevii na geração RC2 foram polinizadas com TBIO Sinuelo (TBIO) e um arranjo de genotipagem Affymetrix Axiom Array juntamente com hibridização genômica in situ (GISH) foram utilizados para detectar e caracterizar as introgressões. No total, 548 cruzamentos foram realizados, e 4.579 sementes foram produzidas possibilitando a geração de um mapa de ligação do T. timopheevii. Este mapa foi usado para identificar 316 introgressões putativas nos híbridos trigo/T. Timopheevii. Foram encontradas introgressões dos grupos de ligação. A análise comparativa confirmou as translocações 4AtL/5AtL herdadas do T. urartu e já reportadas no T. timopheevii e as translocações específicas da espécie 6AtS/1GS 3AtL/4AtL presentes no T. timopheevii. Os dados obtidos aqui mostram que T. timopheevii tem um grande potencial para ser usado em programas de melhoramento porque suas linhas de introgressão apresentam altas taxas de germinação alta fertilidade e boa produção de sementes. / Increasing wheat yield in Brazil, as well as in the world, is a strategy for food security. However, a stagnation has been observed, due to, among other things, the reduction of genetic variability through selection over the decades. Triticum timopheevii Zhuk. (2n = 28, genome composition AtAtGG) is a tetraploid wheat which has desirable alleles, mainly for disease resistance, and it can be used to increase genetic variability in wheat. This study proposed performing the introgression of DNA segments from T. timopheevii lines into a Brazilian elite cultivar. Wheat/T. timopheevii lines in BC2 generation were pollinated with TBIO Sinuelo (TBIO) and Affymetrix Axiom Array along with genomic in situ hybridisation (GISH) were used to detect and characterize introgressions. In total, 548 crosses were performed, and 4,579 seeds were produced enabling the generation of a linkage map of T. timopheevii. This was used to identify 316 T. aestivum/T. timopheevii putative introgressions. Introgressions of all 14 groups of T. timopheevii were found. Comparative analysis showed that T. timopheevii has the 4AtL/5AtL translocations inherited from T. urartu and the species-specific 6AtS/1GS, 3AtL/4AtL already reported in T. timopheevii. From the data obtained T. timopheevii has good potential to be used in introgression programs because its introgression lines present high germination rates, fertility level and good seed production.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-28T13:56:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-28T13:57:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-28T13:57:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese - Pedro Queiroz.pdf: 1474549 bytes, checksum: aa81d9772c52aac3beeb7901a81f8585 (MD5) Previous issue date: 2009-06-24 / The guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) has potential of use in agroforestry systems and diverse products with aggregated value becoming attractive economically; however, its expansion in Amazonas State has been limited by anthracnose, a disease caused by Colletotrichum guaranicola. The genetic variability of this fungus, isolated from guaranazeiro’ leaves as endophytic and pathogenic, was analyzed using molecular tools. After sequencing the ITS region of the rDNA gene, C. gloeosporioides and G. cingulata were identified as endophytic and pathogenic; and exclusively as endophytic, C. boninense, C. fragarie and G. acutata. The oligonucleotide pair CgInt/ITS4 was efficient in the species specific amplification for C. gloeosporiodes and G. cingulata. A total of 28 haplotypes were found and the most frequent one was distributed between the three subpopulations (Fazenda Experimental, Maués and UFAM). The genetic structure observed with AMOVA showed greater intra than interpopulation genetic variability, and FST was 0.0923, indicating little geographic origin influence on the isolated genotypes. In accord with AFLP, with four oligonucleotides, there was not separation between endophytic and pathogenic isolates, as well as correlation with geographic origin and hosts. The index of similarity with the Jaccard coefficient was 34%. Based on the molecular taxonomy identification carried out we suggest the recognition of C. gloeosporioides and its teleomorph phase as the etiologic agent of anthracnose in guaranazeiro. / O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) tem potencial de uso em sistemas agroflorestais e vários produtos com valor agregado tornando-se atrativa economicamente, entretanto, sua expansão no Amazonas tem sido limitada pela antracnose, doença causada por Colletotrichum guaranicola. A variabilidade genética desse fungo, isolado de folíolos de guaranazeiro como patógeno e endófito, foi analisada com ferramenta molecular. Com o sequenciamento da região ITS do gene rDNA foram identificados C. gloeosporioides e G. cingulata como endófitos e patógenos; e exclusivamente como endófitos C. boninense, C. fragariae e G. acutata. O par de oligonucleotídeos CgInt/ITS4 foi eficiente na amplificação espécie específica para C. gloeosporioides e G. cingulata. Foram encontrados 28 haplótipos e o mais freqüente ficou distribuído entre as três subpopulações (Fazenda Experimental, Maués e UFAM). A estrutura genética observada com AMOVA demonstrou maior variabilidade genética dentro das populações do que entre elas, e o FST foi de 0,0923 destacando que houve pouca influência da origem geográfica sobre o genótipo dos isolados. Por AFLP, com quatro oligonucleotídeos, não houve separação entre endófitos e patógenos, bem como correlação com a origem geográfica e hospedeiros. O índice de similaridade com o coeficiente Jaccard foi de 34%. Pela identificação taxonômica molecular realizada sugerimos que o agente etiológico da antracnose em guaranazeiro seja reconhecido como C. gloeosporioides e sua fase teleomorfa G. cingulata.

Há pouca literatura acerca dos valores de referência das medidas de dispersão na pesquisa avícola bem como a relação entre tais medidas e o número de aves por repetição e número de repetições e ainda os efeitos de fatores intrínsecos à pesquisa sobre a variabilidade experimental. Com isso, objetiva-se estabelecer faixas de classificação das medidas de dispersão, bem como a relação entre medidas e o número de aves por repetição, número de repetições por tratamento, número de aves abatidas para avaliação de carcaças, número de ovos coletados para análises de qualidade e os efeitos de fatores intrínsecos à pesquisa sobre a variabilidade experimental. Os dados foram obtidos nos trabalhos publicados nos periódicos com classificação Qualis/CAPES nos estratos A1, A2, B1, B2 e B3, na área de zootecnia. Para a determinação das faixas de classificação das medidas de dispersão. Os dados foram correlacionados através da correlação de Spearman, dados qualitativos foram comparados pelo teste de Kruskal-Wallis. As faixas de classificação de coeficientes de variação podem ser utilizadas como balizador da qualidade e confiabilidade dos dados de experimentos com poedeiras comerciais e frangos de corte. A fase de vida ou estágio produtivo de poedeiras e frangos de corte devem ser levados em consideração na comparação de resultados experimentais. O erro padrão da média varia bastante nos parâmetros produtivos de poedeiras e frangos de corte e parece não ser uma medida de dispersão indicada para se comparar a precisão de diferentes experimentos, as suas faixas de classificação servem como referencial da frequência com que se encontra resultados. Coeficientes de variação e erros padrão da média de parâmetros produtivos de frangos de corte e de poedeiras comerciais são menores quanto maior o número de repetições e de aves por repetição. As aves amostradas para o abate nas avaliações de carcaça de frangos de corte devem apresentar o peso médio da parcela. O número de aves amostradas não influencia a variabilidade experimental. Os dias de amostragem para análises de qualidade de ovos não influenciam a variação aleatória. O número ideal de ovos amostrados está entre quatro e cinco ovos por repetição. Em frangos de corte a variabilidade aleatória para variáveis de produção são maiores para aves da linhagem Ross do que para aves da linhagem Cobb. Lotes mistos de frangos de corte apresentam maior variação de ganho de peso do que lotes de machos na fase de criação de um a 21 dias de idade. O rendimento de carcaça e a porcentagem de gordura abdominal apresentam menor variabilidade aleatória em lotes mistos do que em lotes de frangos machos. Para frangos de corte não há efeitos aleatórios que possam aumentar a variabilidade experimental em função da área disponível por ave. Para poedeiras quanto maior o período experimental menor tende a ser a variação aleatória. Poedeiras brancas apresentam menor variação aleatória dos parâmetros produtivos do que poedeiras vermelhas. O coeficiente de variação de parâmetros produtivos de poedeiras comerciais aumenta com o aumento da área disponível por ave. / There is little literature on the reference values of spread measures in poultry research and the relationship between such measures and the number of birds per replicate and number of replicates and even the effects of intrinsic factors to research on experimental variability. The aim of this research is to establish ranges for the classification of spread measures, and the relationship between measurements and the number of birds per replicate, number of replicates per treatment, number of birds slaughtered for carcass evaluation, number of eggs collected for quality analysis and impact of research intrinsic factors on experimental variability. The data were obtained in papers published in journals with Qualis/CAPES classification in strata A1, A2, B1, B2 and B3, in the area of animal science. To determine the classification of the spread measures. The data were correlated by Spearman correlation, qualitative data were compared using the Kruskal-Wallis test. The classification ranges of coefficients of variation can be used as an indicator of the quality and reliability of data from experiments with laying hens and broilers. The age or production stage of laying hens and broilers should be considered in the comparison of experimental results. The standard error of means varies greatly in production parameters of laying hens and broilers and seems not to be a measure of dispersion indicated to compare the accuracy of different experiments, their classification ranges serve as a frequency reference which it is results. Coefficients of variation and standard error of means of production parameters of broilers and laying hens are smaller the greater the number of repetitions and birds per replicate. The birds sampled for slaughter in assessing carcass of broilers must present the average weight of the replicate. The number of birds sampled does not influence the experimental variability. The days of sampling for quality analysis of eggs did not influence the random variation. The ideal number of eggs sampled is between four and five eggs per replicate. In broilers random variability for production variables are higher for Ross than for Cobb broilers. Straight run broilers exhibit greater variation in weight gain than lots of males in the creation phase of 1 to 21 days old. The carcass yield and abdominal fat have less random variability in straight run broilers than in lots of male chickens. No random effects that can increase experimental variability depending on the available area per bird on broilers. The higher is experimental period the greater is the random variations. White hens have less random variation in production parameters than brown hens. The coefficient of variation of productive parameters of laying hens increases with increasing the available area per bird.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:01:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3084_1.pdf: 1508044 bytes, checksum: 3d2b7e4fce5e921d87af3fa7efcffdfa (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / A mamoneira (Ricinus communis L.) é uma das oleaginosas cultivadas mais importantes em todo o planeta, e no Brasil, uma das principais aplicações para o óleo de rícino é a produção de biodiesel. Apesar da grande importância da cultura para o Nordeste brasileiro, pouco é conhecido a respeito da diversidade genética de genótipos adaptados às condições ambientais encontradas na região. Com o intuito de prover informações acerca dos níveis de diversidade genética de acessos de mamona provenientes da Embrapa Algodão, perfis de fingerprinting de DNA foram descritos utilizando marcadores AFLP e ISSR. A partir da amplificação de 749 marcas no total (496 de AFLP e 253 de ISSR), foi observado o total de 53,4% de bandas polimórficas (44,4% para o AFLP e 71,1% para o ISSR). O AFLP apresentou a média mais alta de fragmentos amplificados por combinação de primers (33,1) em comparação com os primers únicos de ISSR (16,9). As médias obtidas para os índices PIC e MI foram mais altas para os primers de ISSR. No entanto, a média mais alta de RP foi observada para as combinações de primers de AFLP. Uma forte correlação positiva foi observada entre os parâmetros calculados, indicando a validade dos índices para a escolha de marcadores AFLP e ISSR informativos. Os valores de dissimilaridade genética entre os acessos variaram de 0,104 a 0,312 (AFLP), de 0,156 a 0,454 (ISSR) e de 0,143 a 0,339 (AFLP+ISSR). Em relação à análise fenética, os 27 genótipos analisados dividiram-se em cinco grupos principais, os quais, no entanto, não apresentaram indícios de estruturação (Fst = 0,108), com maior variação dentro dos grupos (89,2%) sendo muito superior em relação à variação entre grupos (10,8%). Apesar dos indícios de baixa diversidade genética e ausência de estruturação entre os acessos, a associação de marcas específicas a determinados genótipos de mamona revelam o potencial da aplicação das metodologias de fingerprinting de DNA para acessar a variabilidade existente na espécie. Adicionalmente, a descrição de primers capazes de gerar várias marcas polimórficas capazes de diferenciar genótipos fornece subsídios para o melhor direcionamento de cruzamentos entre acessos com características de interesse