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Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) através de genotipagem-por-sequenciamento / Characterization of polymorphisms and selection signatures in sugarcane genotypes (Saccharum spp.) by genotyping-by-sequencing

Menegatto, Leonardo Sartori 24 February 2017 (has links)
A cana-de-açúcar (Saccharum ssp.) é uma cultura valiosa na produção de alimento, fibra e energia para o Brasil e, especialmente, para o estado de São Paulo. Com o advento da biotecnologia, alternativas de melhoramento genético têm despertado a atenção da comunidade científica, sendo etapas cruciais para tais avanços o sequenciamento e a caracterização do genoma das espécies cultivadas. Dada sua natureza poliploide, com frequente aneuploidia, a cana-de-açúcar apresenta dificuldades às práticas convencionais em genômica, de maneira que é vantajoso fazer uso de recursos de sequenciamento de nova geração e de espécies próximas para elucidar de forma mais efetiva o genoma da gramínea. Uma contribuição interessante, nesse sentido, é a caracterização funcional de polimorfismos genéticos existentes entre genótipos do gênero Saccharum, auxiliando investigações relacionadas à genômica de poliploides complexos, desenvolvendo um recurso a ser utilizado futuramente por melhoristas. Esse trabalho realizou a caracterização da variabilidade genômica a partir de dados genotípicos de indivíduos do Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar, obtidos via genotipagem-por-sequenciamento, utilizando como referência o genoma já sequenciado do sorgo. Os sítios variantes (sobretudo polimorfismos de nucleotídeo único) foram detectados com o software FreeBayes e suas possíveis funções e posições foram anotadas com o programa SnpEff. Utilizaram-se estatísticas de genética de populações, como a frequência alélica para várias classes de polimorfimo, o Teste de McDonald & Kreitman (busca de evidêcias de evolução adaptativa) e a heterozigosidade combinada (busca de regiões genômicas com assinatura de seleção), de modo a identificar regiões genômicas potencialmente envolvidas em eventos evolutivos. Os resultados demonstraram a perda de variabilidade entre os genótipos melhorados em relação aos ancestrais, com evidências de assinaturas de seleção, envolvendo questões sensíveis ao funcionamento da maquinaria celular (como respiração e fotossíntese) e a características valoradas para a cultura (destacando-se a resistência a patógenos e a biossíntese da sacarose). Tais indícios fornecem subsídios à compreensão do genoma e ao melhoramento genético desse poliploide. / Sugarcane (Saccharum ssp.) is a valuable crop for food, fiber and energy production in Brazil, especially to the São Paulo State. With the advent of biotechnology, alternatives to breeding have enticed attention of the scientific community, with genome sequencing and characterization being crucial steps to these advances. Because sugarcane is polyploid, with frequent aneuploidy, it presents difficulties to the application of standard practices in genomics, such that it is advantageous to make use of next generation sequencing alternatives and resources from related species to more effectively elucidate the genome of this grass. Thus, an interesting contribution is the functional characterization of genetic polymorphisms from the Saccharum genus, aiding investigations related to genomics of complex polyploids, developing a resource to be used in the future by breeders. Our goal was to perform this characterization with genotypic data from individuals of the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes, obtained by genotyping-by-sequencing (GBS), using as reference the previously sequenced sorghum genome. We called the variants (mainly single nucleotide polymorphisms) with FreeBayes and annotated their functions and positions with SnpEff. We used population genetics statistics, such as the allele frequency, the McDonald & Kreitman Test and the pooled heterozygosity, to identify genomic regions potentially involved in evolutionary events. The results showed a loss of variability between bred genotypes in relation to the ancestors, with evidences of selective sweeps, involving regions related to the cellular machinery (such as respiration and photosynthesis) and specific crop traits (especially disease resistance and sucrose biosynthesis). These results support understanding of the genome and breeding efforts in this polyploid grass.
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Caracterização de acessos do “Complexo Saccharum” e desenvolvimento de uma coleção nuclear com base em marcadores moleculares e atributos de qualidade /

Marchini, Renato Maldigamm Scorsolini January 2019 (has links)
Orientador: Luciana Rossini Pinto / Resumo: No cenário atual, é crescente a busca por novas fontes de energia renovável, sendo a cana-de-açúcar uma das culturas de destaque, não apenas pela produção de açúcar e etanol como também pela co-geração de energia elétrica. Esforços no sentido de utilizar a cana integralmente vêm sendo realizados nos últimos anos pelos Programas de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar no Brasil, que têm focado no desenvolvimento das chamadas “cana-energia”, as quais apresentam maior quantidade de fibra que as cultivares convencionais. Tanto para a geração de novas cultivares convencionais, como de cana-energia, é necessário que haja conhecimento da variabilidade genética e fenotípica em um banco de germoplasma para uma maior eficiência no uso dos recursos genéticos disponíveis. O Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico (IAC) importou diversos acessos do Complexo Saccharum, principalmente acessos de S. spontaneum para compor a sua coleção de germoplasma básico. No presente trabalho, pretendeu-se avaliar a diversidade genética, através de 12 pares de primers microssatélites (SSR - Single Sequence Repeats) de um grupo de genótipos compostos por acessos de S. spontaneum, S. officinarum, cultivares de cana-energia e cultivares comerciais. Os resultados mostraram a separação de todos os genótipos em dois grupos principais: Grupo 1 formado por acessos de S. spontaneum e Grupo 2 formado pelo restante dos acessos, com 7,31% (P<0,001) da variabilidade total distrib... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the current scenario, the search for new sources of renewable energy is increasing, and sugarcane is one of the most important crops not only for the production of sugar and ethanol but also for electric energy co-generation. Efforts to use whole sugarcane have been carried out in recent years by the Sugarcane Breeding Programs in Brazil, which have focused on the development of "energy cane", which present a greater amount of fiber than the conventional cultivars. In order to obtain new conventional and energy-cane cultivars, it is important to measure the genetic and phenotipic variability of a germplasm bank, to promote a greater efficiency in the use of available genetic resources. The Sugarcane Breeding Program of the Agronomic Institute (IAC) has imported accessions from the Saccharum Complex to compose its basic germplasm collection. The present work aimed to evaluate the genetic diversity by using 12 microsatellite primers pairs (SSR - Single Sequence Repeats) of a group of accessions from S. spontaneum, S. officinarum energy-cane cultivars and commercial cultivars. The results showed the division of all accessions in two main groups: Group 1 formed by accessions from S. spontaneum, and Group 2 by the remaining accessions, with 7.31% (P <0.001) of the total variability found between these groups. In the phylogenetic analysis, the genotypes were grouped according to their genealogies, forming subgroups for each species. The average pair-wise dissimilarity was 0.73. ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Análise espaço-temporal do escoamento fluvial nas bacias hidrográficas dos rios Aguapeí e Peixe, Oeste Paulista, Brasil /

Andrade, Lucinete, Ferreira. January 2014 (has links)
Orientador: Paulo Cesar Rocha / Banca: Isabel Cristina Moroz Caccia Gouveia / Banca: Paulo Fernando Soares / Resumo: Tendo em vista os instrumentos de gestão de recursos hídricos, as articulações para implementação de políticas, tais como a cobrança pelo uso dos recursos hídricos, em adição às concessões de outorga de uso nas bacias hidrográficas dos rios Aguapeí e Peixe, a presente pesquisa teve como objetivo realizar uma análise espaço temporal do escoamento superficial, embasado no conhecimento geográfico e hidrológico. Baseado na hipótese da existência de períodos hidrológicos de comportamento distinto (que é uma variação na magnitude do fluxo ao longo do tempo). A área de estudos localiza-se a Oeste do estado de São Paulo e está incorporada nos Comitês das UGRHis 20 e 21 devido a conformidades do meio físico. Apoiado nessa caracterização e também através de metodologias para análise dos dados hidrológicos e obtenção de parâmetros que caracterizam a morfometria da área de estudo, foi possível obter correlações cujos resultados possibilitaram gerar um mapa de zoneamento hidrológico que mostrou a variação espaço- temporal da disponibilidade dos recursos hídricos. Os resultados chamam especial atenção às diferenças entre os períodos hidrológicos. No primeiro período (1948-1962) as magnitudes das vazões específicas médias foram as menores da série; No segundo período (1972-1984) se destacou por altas magnitudes, maiores inclusive do que no terceiro período (1985-2000), cujas magnitudes podem ser consideradas intermediárias / Abstract: Regarding the tools water management, the articulation to impose the policies such as charging for the use of water resources, in addition to grants use rights in Aguapeí and Peixe River basin, this research aims to perform spatio-temporal analysis, based on geographic and hydrological knowledge. The research area is incorporated at the same Watershed Committee (Committee of Aguapeí and Peixe River Basin) on West of state of São Paulo. Based on the hypothesis of hydrological periods of rivers regimen (which is a variation in the magnitude of the flow over time) of data collected and the theoretical and methodological structure, this research presents a hydrological zoning maps in the boundaries of SIGRH and CBH-AP area as a product from the correlations among morphometric and hydrologic data along the different hydrological periods observed. The results indicate the differences in the spatio-temporal water availability. At first period (1948-1972) the specific flow average magnitude have been the lowest of the series; At second period (1972-1984) have been those with the highest magnitude, greatest than the third period (1985-2000), when the magnitude may be considered intermediary / Mestre
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[en] NUMERICAL BOREHOLE STABILITY ANALYSIS CONSIDERING SPATIAL VARIABILITY AND FLUID-MECHANICAL COUPLING / [pt] ANÁLISE NUMÉRICA DA ESTABILIDADE DE POÇOS DE PETRÓLEO CONSIDERANDO A VARIABILIDADE ESPACIAL E ACOPLAMENTO FLUIDO-MECÂNICO

ANDRE LUIS MULLER 30 August 2007 (has links)
[pt] Em geral, a análise da estabilidade e a análise das respostas de poços de petróleo são realizadas de forma determinística em relação às propriedades mecânicas e hidráulicas do meio rochoso. No entanto, sabe- se que os meios rochosos e em particular rochas sedimentares, podem mostrar um considerável grau de heterogeneidades, em micro, meso e macro-escala. Essas heterogeneidades produzem variabilidade espacial nas propriedades mecânicas e hidráulicas dos meios rochosos. Essa variabilidade mostra em geral um caráter espacial pronunciado. O presente estudo propõe o desenvolvimento de procedimentos de análise numérica, utilizando elementos finitos, de processos fluido mecânicos acoplados, monofásicos e bifásicos, que levem em conta a variabilidade espacial de propriedades hidráulicas e mecânicas e a variabilidade das condições iniciais de tensões e poro pressões. Nesse estudo, empregam-se os procedimentos numéricos desenvolvidos em duas fases distintas. Na análise probabilística da estabilidade de poços e na análise probabilística das respostas dos poços durante a produção, considerando o acoplamento fluido mecânico com fluxo bifásico. / [en] In general, borehole stability analysis and borehole response analysis are carried out considering that both hydraulic and mechanical parameters of the rock mass are deterministic. However, it is a well known fact, that rock masses and in particular sedimentary rock masses may show a considerable degree of heterogeneity, in micro, meso and macro scale. These heterogeneities produce spatial variability in mechanical and hydraulic properties of the rock medium. This variability can be very pronounced. The present work proposes the development of numerical analysis procedures, using finite elements, in order to analyze single and two phases flow, coupled fluid mechanical processes that take into account the spatial variability of hydraulic and mechanical properties and the variability of the initial stresses and pore pressures. In this study, the developed numerical procedures are used in two distinct phases. In the borehole stochastic stability analysis and in the borehole stochastic response analysis during the production, considering fluid mechanical coupling and two phase flow.
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Diversidade morfoagronômica e taxa de cruzamento natural em pimentas Capsicum chinense / Morpho-agronomic diversity and natural outcrossing rate in peppers Capsicum chinense

Shimano, Iris Satie Hayashi 13 December 2018 (has links)
Estudos sobre diversidade e sistema reprodutivo das plantas cultivadas são de fundamental importância para o planejamento e elaboração dos programas de melhoramento bem como para a conservação e uso de recursos genéticos. Este trabalho é composto por duas etapas em que se objetivaram em primeiro momento caracterizar morfoagronomicamente 40 acessos de pimenta (Capsicum spp.) do banco de germoplasma da Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz da Universidade de São Paulo, gerando informações que subsidiaram a metodologia para a estimativa da taxa de cruzamento natural para acessos desta espécie. A caracterização foi realizada para 16 descritores, sendo observada alta diversidade para os caracteres de hábito de crescimento, forma da folha, altura de planta, cor da antera, posição do estigma, presença de manchas na corola, constrição anelar no cálice, cor do fruto maduro, forma do fruto, forma do ápice do fruto, superfície do fruto, presença de pungência, dias para florescimento, massa fresca, largura e comprimento de fruto. Foi verificado que dentre os 40 acessos, 85% pertenciam à espécie C. chinense, 10% apresentaram características tanto de C. annuum como de C. frutescens, e dois acessos foram identificados como C. baccatum. Análises multivariadas de Componentes Principais (PCA), Agrupamentos e Coordenadas Principais (PcoA), foram realizadas verificando-se a existência de variabilidade entre os acessos. O coeficiente de dissimilaridade variou de 0,015 a 0,818. A análise de agrupamentos resultou na formação de cinco grupos que separaram os acessos principalmente quanto ao formato e tamanho do fruto. Com base na análise da diversidade três acessos de C. chinense com características morfológicas divergentes, foram selecionados como genitores para a estimativa da taxa de cruzamento natural. Os três acessos foram dispostos em módulos contendo uma planta de cada genótipo e deixados a campo para a ocorrência de cruzamentos naturais. Hibridações artificiais foram feitas entre os acessos selecionados a fim de se obter híbridos para utilização como testemunhas na avaliação da ocorrência e direção dos cruzamentos por meio da observação da expressão de marcadores morfológicos. A taxa de cruzamento variou de 0% a 40,6%, indicando que a espécie C. chinense apresenta sistema reprodutivo misto cujas taxas variaram principalmente em função do genótipo. / Studies on the diversity and reproductive system of crop plants are important for plant breeding programs as well as for the conservation and use of genetic resources. This work is composed of two stages: the first stage aimed to characterize 40 accessions of pepper (Capsicum spp.) from the germplasm bank of the Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, with morpho-agronomic traits, and generating information that subsidized the methodology of the second stage, estimating the natural outcrossing rate of this species. The characterization was carried out for 16 traits, with high diversity being observed for the traits of plant growth habit, leaf shape, plant height, anther color, stigma exertion, presence of spots on corolla, calyx annular constriction, fruit color at mature stage, fruit shape, fruit apex shape, fruit surface, presence of pungency, days to flowering, weight, width and length of the fruit. Among the 40 accessions, 85% belonged to the species C. chinense, while 10% showed characteristic of both C. annuum and C. frutescens, and two accessions were identified as C. baccatum. Principal Components multivariate analyses (PCA), cluster and Principal Coordinates analyses (PcoA) were performed showing the existence of variability between the accessions. The dissimilarity coefficient ranged from 0.015 to 0.818. The cluster analysis resulted in the formation of five groups of accessions that diverged mainly according to size and shape of the fruit. Based on the diversity analysis, three morphologically distinct accessions of C. chinense were selected as parents for estimating the natural outcrossing rate. The three accessions were arranged in modules containing one plant of each genotype and were left in the field for the occurrence of natural crosses. Artificial hybridizations were made between the selected accessions in order to obtain hybrids for use as testers in the evaluation of the occurrence and direction of crosses by observing the expression of the morphological markers. The outcrossing rates varied from 0% to 40.6%, indicating that C. chinense presents a mixed reproductive system, and that the outcrossing rates varied mainly due to the genotype.
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"Variabilidade do Oceano Austral usando um modelo acoplado de circulação geral" / Variability of the Southern Ocean using a coupled model.

Pereira, Janini 14 July 2003 (has links)
Neste trabalho a variabilidade climatica do oceano Austral e a ocorrencia da Onda Circumpolar Antartica (OCA) sao investigadas. Foram usados os dados de uma simulaçao do modelo numerico acoplado do Nacional Centre for Atmospheric Research/ Community System Model - NCAR CCSM de 150 anos, e um conjunto de dados climatologicos como base de comparaçao dos dados do modelo. estes foram obtidos da Re-analise do NCEP/NCAR (National Center for Envirommental Prediction) para o periodo de janeiro de 1948 a julho de 2002. Com o intuito de analisar o comportamento sazonal e anual foram analisadas as climatologias e utilizada a tecnica de analise harmonica das variaveis de temperatura da superficie do mar (TSM), pressao ao nivel do mar (PNM), componentes meridional (Vy) e zonal (Vx) do vento. Para analisar o comportamento interanual dessas variaveis sao utilizados diagramas Hovmoeller, espectros de potencia, alem de tecnicas estatisticas como Empirical Ortogonal Functions (EOF) e singular Value Decomposition (SVD). / In this study the climatic variability of the Southern ocean and the Antarctic Circumpolar Wave (ACW) are investigated. The National Center for Atmospheric Research/ Community System Model _ NCAR CCSM coupled model 150 years simulation data is compered with the climatology data from the Nacional Center for Envirommental Prediction - NCEP/NCAR Re-analysis, for a period from january/1948 until july/2002. Annual and seasonal climatology and harmonic analysis are used for the following variables: sea surface temperature (SST), sea level pressure (SLP), meridional and zonal wind. Hovmoeller diagrams, potencial spectra and statistics methods such as Empirical Ortogonal Functions (EOF) and Singular Value Decomposition (SVD) are used to analyze changes in interannual behavior of this variables.
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Variabilidade genética de Tetragonisca angustula (Hymenoptera, Apidae, Meliponini) de meliponários / Genetic variability of Tetragonisca angustula (Hymenoptera, Apidae, Meliponini) from meliponaries

Santiago, Leandro Rodrigues 10 May 2013 (has links)
Grande parte da flora tropical brasileira é polinizada por abelhas, com destaque àquelas pertencentes à tribo Meliponini (abelhas sem ferrão). A espécie Tetragonisca angustula, conhecida popularmente como jataí, tem sido o alvo principal dos meliponicultores dada a sua abundância, fácil manejo, docilidade e pureza do mel. Contudo as práticas de divisão de ninho nos meliponários podem aumentar a estruturação genética e o isolamento populacional, assim como o endocruzamento. Isso causa a diminuição da heterozigose populacional e da variabilidade genética. Populações naturais desta espécie já foram estudadas, contudo a variabilidade genética de amostras de meliponários ainda não foi avaliada. O objetivo deste trabalho foi analisar a variabilidade genética de Tetragonisca angustula provenientes de nove meliponários, fazendo uma correlação dessa variabilidade com as práticas de meliponicultura. O acesso a variabilidade genética foi realizado por meio da análise de nove lócus de microssatélites e o sequenciamento parcial de dois genes mitocondriais. Um total de 430 indivíduos (um por ninho) foram amostrados em: Pedreira (PED), Amparo (AMP), ambos em São Paulo; Marechal Cândido Rondon (MCR1 e MCR2), São Miguel do Iguaçu (SMI), Santa Helena (SHE1 e SHE2), Entre Rios do Oeste (ERO) e Curitiba (CUR), todos no Paraná. Cem indivíduos (SSB e PNI) coletados na natureza foram usados como controle da variabilidade genética. Os resultados mostraram alta diferenciação genética entre as amostras do Paraná e São Paulo, mas baixa se comparadas \"intra-estado\". Para o DNA mitocondrial (DNAmt) as amostras controle se mostraram diferenciadas em relação aos meliponários. A variabilidade genética nuclear foi alta e a mitocondrial foi baixa para a maioria dos meliponários. Não houve evidências de endocruzamento nos meliponários. A alta variabilidade genética nuclear, ausência de endocruzamento e a baixa diferenciação populacional são explicadas por fluxo gênico através de machos. A moderada diversidade genética mitocondrial em PED e AMP pode ser devido a ausência de práticas de meliponicultura. Em CUR esse mesmo resultado pode ser explicado pelo transporte artificial de colônias para esse meliponário. Para o restante dos meliponários a baixa variabilidade genética mitocondrial pode ser explicada pela prática de divisão de colônias. Esses resultados são importantes para a meliponicultura, pois indicam que as práticas de divisão de ninhos não afetam a variabilidade genética nuclear. Assim os problemas inerentes a baixa variabilidade genética nuclear e a estruturação populacional como endocruzamento e produção de machos diploides são mínimos ou inexistentes. Para isso sugerimos que a implementação do meliponário deva ser feita o mais próximo da mata e o local deve ficar dentro da distribuição da espécie escolhida para garantir o fluxo gênico através de machos / Most of the Brazilian tropical flora is pollinated by bees, especially by those belonging to the tribe Meliponini (stingless bees). Tetragonisca angustula has been aim of Meliponini beekeepers, especially for its well valued honey and easy keeping and abundance. The practices of nest division in meliponaries can increase the genetic structure and population isolation as well as inbreeding, that leads to a decreasing in population heterozygosity and genetic variability. Natural populations of T. angustula have already been studied nonetheless the genetic variability of Meliponaries samples has not been assessed yet. This project aimed to measure the genetic variability of T. angustula maintained in nine meliponaries, correlated it to Meliponini beekeeping practices. The genetic variability will be assessed by nine microsatellite loci analysis and two partial mitochondrial gene sequencing (COI and CytB). A total of 430 individual (one per nest) were sampled in: Pedreira (PED), Amparo (AMP), both in São Paulo state, Marechal Cândido Rondon (MCR1 and MCR2), São Miguel do Iguaçu (SMI), Santa Helena (SHE1 and SHE2), Entre Rios do Oeste (ERO) and Curitiba (CUR), all in Paraná state. A hundred individuals (SSB and PNI) collected from nature were used for comparison. It was found high population differentiation between Paraná and São Paulo samples, but low by \"intra-state\" comparison. High mitochondrial genetic differentiation was found between control samples and meliponaries. The nuclear genetic variability was high and the mitochondrial was low for most of meliponaries. No inbreeding was detected in meliponaries. The high nuclear genetic variability, absence of inbreeding and low population differentiation can be explained by gene flow through males. The moderated mitochondrial genetic diversity in PED and AMP may be related to absence of the Meliponini beekeeping practices. CUR presented the same result that can be explained by artificial transportation of colonies to this meliponary. The low mitochondrial genetic variability detected on rest of the meliponaries may be related to colony division practices. These results are important for meliponiculture, because indicate that colony division practices do not affect the nuclear genetic variability. Thus the issues related to low nuclear genetic variability and population structure as inbreeding and diploid males production are almost absent. For this, we suggest that the meliponary implementation must be done as closest as possible of the forest and this location must be according to geographic distribution of the chosen species, in order to ensure the gene flow through males
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Desenvolvimento de uma abordagem estatística dos tempos para o Lean Healthcare: uma proposta para análise dos tempos nos processos hospitalares / Development of a statistical approach of the time for lean healthcare: a proposal for the analysis of the time in hospital processes

Turati, Ricardo de Carvalho 17 December 2015 (has links)
Os hospitais são grandes organizações de serviços responsáveis pelo bem estar da população. Desempenham um papel importante na sociedade e também são responsáveis por boa parte dos recursos financeiros destinados a saúde. Diante deste cenário, os hospitais tem demandado um aumento no uso de ferramentas de gestão e melhoria de seus processos de negócio. Uma proposta para auxiliar neste processo, tem sido reportada na literatura como Lean Healthcare. Desse modo, o objetivo deste trabalho constituiu na proposição de uma abordagem estatística dos tempos para a análise das atividades nos processos hospitalares, de modo a identificar as variações existentes e contribuir com o gerenciamento do processo. A proposta foi desenvolvida utilizando a pesquisa teórica. Este método orientou o processo de desenvolvimento da AET- Abordagem Estatística dos Tempos, uma vez que a motivação para a sua elaboração estava alicerçada em uma proposta que pudesse contribuir com o aprimoramento do Lean Healthcare em hospitais. Os resultados teóricos da AET foram apresentados em três simulações (cenários I, II e III) para dois setores do hospital. Essas simulações atestaram que a variabilidade existente pode afetar diretamente os esforços de melhoria envolvidos, principalmente quando realizada a comparação de tempos de atividade em plantões diferentes Foi também realizada uma aplicação piloto em um processo de atendimento ambulatorial de um hospital regional no Estado de Mato Grosso do Sul. Na aplicação piloto foram utilizados os parâmetros comparativos, que ilustraram, de forma quantitativa, a influência que a variabilidade dos tempos pode desencadear na dinâmica do processo. Esta aplicação ocorreu em um pronto socorro, onde foi possível observar a variabilidade dos tempos em uma situação real. Essa aplicação demonstrou uma melhora na quantificação da variabilidade, pois analisou a variabilidade com base no comportamento dos dados, e não apenas pela média dos tempos ou pelos valores inferiores e superiores de uma amostra de tempos. Dessa aplicação resultou também a identificação de que a padronização do trabalho em ambientes hospitalares pode demandar mais esforços do que em ambientes de manufatura. Isto pode ser observado quanto ao distanciamento no atendimento da demanda, identificado pelo parâmetro LMV - Limite Máximo da Variação. Assim, a AET contribuiu para avaliar melhor a capacidade em atividade que agregam valor, e em relação as atividades que não agregam valor, ela auxiliou na identificação das possíveis causas dos desperdícios. A AET pode ajudar no planejamento das ações de melhoria, pois trouxe para a discussão um importante aspecto de o processo hospitalar: a variação existente nos tempos das atividades. / Hospitals are big organizations services responsible for the welfare of the population. They play an important role in society and are also responsible for much of the financial resources for health. In this scenario, the hospital has demanded an increase in the use of management tools and improves their business processes. A proposal to assist in this process has been reported in the literature as Lean Healthcare. Thus, the objective of this work consisted in proposing a statistical approach of the times for the analysis of activities in the hospital processes in order to identify existing variations and contribute to the management of the process. The proposal was developed using theoretical research. This method guided the development process of SAT- Statistical Approach of the Times, since the motivation for its development was founded on a proposal that could contribute to the improvement of Lean Healthcare in hospitals. The theoretical results of SAT were presented in three simulations (scenarios I, II and III) for two hospital sectors. These simulations testified that the variability can directly affect the improvement efforts involved, especially when performed comparing activity times in different shifts. A pilot application was also performed in an outpatient service process of a regional hospital in the state of Mato Grosso do Sul. In the pilot application were used comparative parameters, which illustrated, in a quantitative manner, the influence of the variability of time may initiate the dynamics of the process. This application was in an emergency room, where it was observed in real situation. This application showed an improvement in quantification of variability because analyzed the variability based on data behavior, and not just the average of the time or the lower and upper values of a sample times. This application also resulted in the identification of the standardization work in hospital settings may require more effort than in manufacturing environments. This can be seen as the distance in meeting demand, identified by MLV parameter - Maximum Limit Variation. Thus, the SAT contributed to better assess the capacity of activity that add value, and in relation to activities that do not add value, it assisted in the identification of possible causes of waste. The SAT can help in the planning of improvement actions, as brought to the discussion an important aspect of the hospital process: the variation in the times of activities.
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Heterogeneidade espacial e variabilidade temporal de dois reservatórios com diferentes graus de trofia, no Estado de São Paulo / Spatial heterogeneity and temporal variability in two reservoirs with different trophic levels in São Paulo State

Santos, André Cordeiro Alves dos 18 December 2003 (has links)
O entendimento da comunidade fitoplanctônica em sistemas instáveis, como por exemplo reservatórios, necessita conhecimento de escalas de variabilidade. Com base nisso, um estudo sobre a heterogeneidade espacial e variabilidade temporal de dois reservatórios com diferentes graus de trofia, no Estado de São Paulo foi realizado em 20 estações no reservatório de Salto Grande e em 19 no reservatório do Lobo, em 3 dias consecutivos, em quatro períodos: outubro de 1999, janeiro, abril e junho e julho de 2000. Para tanto foram determinadas as concentrações de nutrientes totais e dissolvidos, material em suspensão, carbono inorgânico, clorofila a, biomassa, densidade, composição e produtividade primária da comunidade fitoplanctônica e os perfis de oxigênio dissolvido, temperatura, pH e condutividade. Os dois reservatórios tiveram estruturas espaciais semelhantes com a formação de três zonas distintas. A zona de rio, misturada, com menor penetração de luz e maior concentração de nutrientes, a zona de transição, e a zona lacustre, mais estratificada, com maior penetração de luz e menor concentração de nutrientes. Apesar dessa compartimentalização a heterogeneidade espacial no reservatório de Salto Grande foi maior que no reservatório do Lobo, sobretudo em função do gradiente longitudinal de nutrientes e luz. A variabilidade diária (3 dias) nos dois reservatórios não foi significativa na determinação da comunidade fitoplanctônica. A escala de variabilidade sazonal, nos dois reservatórios, foi determinada, principalmente pela variação nos padrões de estratificação e mistura sendo, assim, determinante na composição da comunidade fitoplanctônica. Essa influência foi mais evidente no reservatório do Lobo. A variação temporal e heterogeneidade espacial das mais abundantes espécies e grupos taxonômicos da comunidade fitoplanctônica, (Microcystis aeruginosa, Anabaena crassa e Anabaena circinalis em Salto Grande e Aphanocapsa delicatissima, Coelastrum reticulatum e Aulacoseira granulata no Lobo) nos dois reservatórios foram determinados pelos complexos processos de estratificação e mistura e da disponibilidade de luz. Os resultados obtidos são importantes para o entendimento da variabilidade ambiental de reservatórios tropicais e no planejamento de amostragens que visem o gerenciamento desses sistemas. / The understanding of the phytoplanktonic community in unstable systems, like reservoirs, needs the knowledge of variability scales. Based on it, a study of the spatial heterogeneity and temporal variability in two reservoirs with different trophic levels in São Paulo State was performed in 20 stations of the Salto Grande reservoir and in 19 of Lobo reservoir, for 3 consecutive days, in four periods: October 1999, January, April, June, and July 2000. Total and dissolved nutrients, suspended material, inorganic carbon, chlorophyll, biomass, density, and phytoplanktonic community composition were determined. The two reservoirs showed similarities in their spatial structure with the formation of three distinct zones. The riverine zone, wish was mixed, showing less light penetration and higher nutrients concentration; the transistion zone and the lacustrine zone, which was more stratified, with higher light penetration and lower nutrients concentration. Despite this compartimentalization, the spatial heterogeneity in Salto Grande reservoir was larger than in Lobo reservoir, mainly in function of the longitudinal gradient of nutrients and light. The daily variability (3 days) in the two reservoirs was not significant in the phytoplanktonic community determination. The seasonal variability scale in the two reservoirs was determined, mainly due to the stratification and mixing variation patterns and was essential in the phytoplanktonic community composition. This influence was more evident in the Lobo reservoir. The temporal variation and spatial heterogeneity of the dominants species and taxonomic groups from the phytoplanktonic community, (Microcystis aeruginosa, Anabaena circinalis and Anabaena crassa in Salto Grande reservoir and Aphanocapsa delicatissima, Coelastrum reticulatum and Aulacoseira granulata in the Lobo) were determined by complex processes of stratification, mixing, and light availability in the two reservoirs. The results obtained are important for the understanding of the environmental variability of tropical reservoirs and for the planning of sampling aim at the management of these systems.
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Diversidade morfológica e genética de diferentes espécies de Brevipalpus (Acari: Tenuipalpidae) e suas competências como vetores de vírus / Evaluation of the morphological and genetic diversity of different species of Brevipalpus species (Acari: Tenuipalpidae) and their competence as virus vectors

Tassi, Aline Daniele 06 March 2018 (has links)
Brevipalpus (Acari: Prostigmata: Tenuipalpidae) são comumente encontrados nas regiões tropical e subtropical em todo o mundo. O gênero inclui mais de 280 espécies com algumas economicamente relevantes por causar danos a diversas culturas, como pragas e também por transmitem vírus de plantas, sendo B. californicus Banks, B. obovatus Donnadieu e B. phoenicis (Geijskes) reconhecidas como vetoras. No entanto B. phoenicis passou por uma revisão recente, sendo reconhecido um complexo de espécies, perdendo-se assim a referência de quais espécies estão envolvidas na transmissão de vírus. Dentre os vírus transmitidos por Brevipalpus (VTBs) encontra-se a leprose dos citros (citrus leprosis virus, CiLV-C) que é considerada a principal doença viral da indústria citrícola. No estado de São Paulo, maior produtor mundial de suco de laranja, gastam-se cerca de US$ 80 milhões/ano com acaricidas para o controle do ácaro vetor. Esse trabalho teve o objetivo de contribuir para a sistemática do grupo e identificar quais as espécies vetoras de VTBs. Conhecer os vetores é um dos primeiros estágios para estudos de epidemiologia e manejo dessas viroses. Os objetivos específicos foram: realização um levantamento de ácaros Brevipalpus infestando diferentes plantas, principalmente plantas com VTBs relatados; estudo morfológico das espécies encontradas durante as coletas e as depositadas na coleção de referência do Museu de Zoologia Luiz de Queiroz (MZLQ) utilizando os novos critérios morfológicos para identificação das espécies de Brevipalpus que estão presentes no Brasil; testes de transmissão de VTBs e avaliação das espécies presentes em plantas sintomáticas que são vetoras; estudos com marcadores moleculares e protocolos de extração de DNA de Brevipalpus para avaliação da diversidade genética de ácaros associados à plantas com VTBs; realização de uma abordagem taxonômica integrativa, comparando os dados morfológicos aos moleculares para as espécies estudadas. Foram analisados por microscopia de luz e varredura um número superior a 15000 ácaros, procedentes de 23 países e coletados de plantas de 75 famílias botânicas. Estes ácaros compõem pelo menos 37 espécies e/ou morfoespécies. Microplacas e a vesícula da espermateca foram avaliadas e tidas como características fundamentais para o auxílio na distinção de algumas espécies do gênero. B. yothersi Baker foi o principal ácaro associado a pomares comerciais de laranjeira com presença de CiLV-C, encontrados durante esse levantamento. Observou-se que o vírus da leprose do ligustro (ligustrum leprosis virus, LigLV) pode ser transmitido por B. papayensis Baker e B. yothersi; vírus da macha clorótica de Clerodendrum (clerodendrum chlorotic spot virus, ClCSV) por B. yothersi; vírus da leprose do citros nuclear (citrus leprosis virus N, CiLV-N) por B. phoenicis; vírus da mancha clorótica do citros (citrus chlorotic spot virus, CiCSV) por uma possível nova espécie de Brevipalpus (nesse trabalho Brevipalpus sp. nova 3). Nos ensaios com marcadores moleculares foram testados cinco protocolos de extração de DNA, com um dos quais foi possível a extração do DNA de um único ácaro para estudos com marcadores e detecção do RNA viral, concomitantemente. Dos quatro novos primers desenhados e avaliados, dois apresentam potencial para estudos filogenéticos. Foram geradas sequências para 166 espécimes com pelo menos 1 marcador. A análise filogenética para 2 fragmentos de DNA mitocondrial da região COI e dois fragmentos nucleares (ITS2 e 28S) demonstraram congruência na separação realizada para as espécies estudadas por critérios morfológicos e moleculares confirmando a presença de novas espécies ou morfoespécies no gênero. / Brevipalpus (Acari: Prostigmata: Tenuipalpidae) are commonly found in tropical and subtropical regions. The genus includes more than 280 species, with some economically relevant for causing damage to various crops, as pests and also by transmitting plant viruses, being B. californicus Banks, B. obovatus Donnadieu and B.phoenicis (Geijskes) recognized as vectors. However B. phoencis underwinet a recent review, recognizing a species complex, thus missing the reference of which species are involved in virus transmission. Among the Brevipalpus transmitted virus (BTVs) are citrus leprosis (citrus leprosis virus C. CiLV-C), which is considered the main viral disease in the citrus industry. In the state of São Paulo, Brazil, the world largest producer of sweet orange juice, about $ 80 million/year are spent with acaricides for control the mite vector. This work had the objective pf contributing th the systematics of the group and identify the species involved with VTBs. Knowing the vectors in one of the first stages for studies of epidemiology and management of these viruses. The specific objectives were: perform a survey of Brevipalpus mites infesting different plants, mainly plant with VTBs reported; the morphological study of the species collected during this study and those deposited in the reference collection at the Museum of Zoology of the Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (MZLQ) using the newly introduced morphological criteria to identify the species of Brevipalpus that are present in Brazil; carry out BTV transmission tests and evaluating the species present in symptomatic plants that act as vectors; evaluate different molecular markers and DNA extraction protocols for Brevipalpus to generate information on diversity of mites associated with plants with BTV; and an integrative taxonomic approach, comparing morphological and molecular data for the species studied. More than 15000 mites collected from 23 countries and 75 botanical families were analyzed by light and scanning microscopy. At least 37 species and/or morphospecies. Microplates and spermathecae vesicles were evaluated and considered a fundamental characteristic in the distinction of some species of the genus. The ultrastructure of the microplates was basically similar in all the studied cases, and that they are not composed of waxy material, rather by a complex of microtubule-like structure. B. yothersi Baker was the main mite associated with commercial orange orchards with presence of CiLV-C, found during this survey. Ligustrum leprosis virus (LigLV) has been observed to be transmitted by B. papayensis Baker and B. yothersi; clerodendrum chlorotic spot virus (ClCSV) by B. yothersi; citrus leprosis virus N (CiLV-N) by B. phoenicis; and citrus chlorotic spot virus (CiCSV) by a possible new species of Brevipalpus (in this work Brevipalpus sp. nova 3). In the molecular markers assays, five DNA extraction protocols were tested, one of them permitted to extract DNA from a single mite for studies with markers and detection of viral RNA concomitantly. Of the four new primers designed, two have potential for phylogenetic studies. Sequences of 166 specimens were obtained for at least one marker. Phylogenetic analysis from two fragments of mitochondrial DNA COI region and nuclear region (ITS2 and 28S) demonstrated congruence in the separation of the species studied by morphological and molecular criteria confirming the presence of new species or morphospecies in the genus described in this work.

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