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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) 2018CassioSchmidt.pdf: 784063 bytes, checksum: 16fdc02b6d416584f7c46e0dc150a9dc (MD5) Previous issue date: 2018-08-07 / Os corantes azo são uma classe de corantes sintéticos com ampla variedade de cores e tons, que possuem as mais diversas aplicações na indústria. O corante amaranto é um corante azo usado na coloração de alimentos, e o vermelho congo é utilizado no tingimento de fibras têxteis. Ambos são de difícil degradação por métodos físico-químicos, e a biodegradação por bactérias é uma alternativa de fácil aplicação e ambientalmente segura, que possibilita redução do potencial citotóxico e carcinogênico dos mesmos. Assim, o objetivo deste trabalho foi isolar e caracterizar duas cepas bacterianas isoladas de solo contaminado com os corantes amaranto e vermelho congo e avaliar o seu potencial de biodegradação perante estes corantes. Dez microrganismos capazes de degradar ambos os corantes foram isolados, e as condições ideais de biodegradação foram avaliadas (temperaturas de 30, 35 e 40° C, e pHs 7,0; 7,5 e 8,0). Os isolados mais promissores 1B12 (Citrobacter portucalensis) e 1A32 (Citrobacter portucalensis) foram selecionados, e as condições ideais para máxima eficiência do processo foram: 35° C e pH 7,5. Para cada corante foi avaliado o potencial de biodegradação dos tratamentos: 1B12 e 1A32 (isolados) e 1B12 + 1A32 (em conjunto). A cinética de degradação foi avaliada por leituras no UV/visível a cada 12 horas (520 nm para o amaranto e 490 nm para o vermelho congo). Os três tratamentos degradaram mais de 90% do corante amaranto após 48 horas, e mais de 90% do corante vermelho congo após 144 horas, atingindo a concentração máxima de células superior a 109 UFC.mL-1. Os metabólitos gerados após a biodegradação foram identificados no GC-MS. Os três tratamentos avaliados apresentaram como produto da biodegradação do amaranto três metabólitos em comum: fenol, indol e pirrolizidina; e na biodegradação do vermelho congo: indol, pirrolozidina e benzidina. 6 O estudo da toxicidade do produto da biodegradação em sementes de alface mostrou que ambos os corantes não reduziram a germinação das sementes. Entretanto, os produtos da degradação retardaram, ou até bloquearam, a germinação das mesmas. Assim, podemos concluir que a biodegradação dos corantes azo sintéticos por bactérias é uma alternativa biotecnológica viável. Porém, o estudo da toxicidade dos metabolitos gerados neste processo é um aspecto que não pode ser desconsiderado, uma vez que eles podem ser mais tóxicos que o próprio corante. / Azo dyes are a class of synthetic dyes with a wide variety of colors and shades, which have a vast application in the industry. Amaranth is an azo dye used to color foods and Congo red is used to color textile fibers. Both are difficult to degrade by physical-chemical methods, and biodegradation by microorganism is an easy to apply technique and environmentally safe alternative that can reduce their cytotoxic and carcinogenic potential. Thus, this work aimed to isolate and characterize two bacterial strains from soils contaminated with azo dyes amaranth and red congo, and to evaluate their biodegradation potential. Ten bacterial isolates able to degrade both dyes were isolated and ideal conditions of biodegradation were evaluated (temperatures of 30, 35 and 40 ° C, and pHs 7.0, 7.5 and 8.0). The most promising isolates 1B12 (Citrobacter portucalensis) and 1A32 (Citrobacter portucalensis) were selected, and the ideal conditions for maximum biodegradation efficiency were: 35 ° C and pH 7.5. For each dye, three treatments were evaluated: 1B12 and 1A32 (isolated) and 1B12 + 1A32 (together). Degradation kinetics were evaluated by UV/visible readings every 12 hours (520 nm for amaranth and 490 nm for red congo). The three treatments degraded more than 90% of the amaranth after 48 hours, and more than 90% of the Congo red after 144 hours, reaching cells concentration of up to 109 cfu.mL-1 . The metabolites generated after biodegradation were identified in GC-MS. The three treatments presented as a biodegradation product of the amaranth three common metabolites: phenol, indole and pyrrolizidine; and biodegradation of Congo red: indole, pyrrolozidine and benzidine. The toxicity study of the biodegradation bioproducts in bean seeds showed that both dyes do not reduce germination potential, but the products of the biodegradation can be harmful to seed germination. Thus, we conclude 8 that biodegradation of synthetic azo dyes by bacteria is a viable biotechnological alternative, but the toxicity study of the metabolites generated in the process is an aspect that must be taken into account, since they may be more toxic than the dye itself.

Orientador: Valdecir Faria Ximenes / Banca: Rodrigo Cardoso de Oliveira / Banca: Marinonio Lopes Cornelio / Banca: Paulo Noronha Lisboa Filho / Banca: Aguinaldo Robinson de Souza / Resumo: A proteína presente no plasma sanguíneo e conhecida como albumina humana possui inúmeras funções fisiológicas e propriedades como o transporte de fármacos e metabólitos na corrente sanguínea. Neste sentido, quando se estuda as características farmacocinéticas de um novo fármaco, entre as propriedades estudadas, busca-se elucidar a capacidade de ligação do mesmo na albumina e caracterizar o sítio de ligação da mesma. Neste projeto, estudamos as características espectroscópicas e biofísicas do corante vermelho Congo (VC) como potencial sonda para caracterização dos sítios de ligação da albumina e caracterização de agregados amiloidais. Os ensaios de supressão de fluorescência e dicroísmo circular induzido (ICD) revelaram uma forte associação entre VC e a albumina de soro bovina (BSA). Ensaios de deslocamento de sondas fluorescentes e alteração do espectro de ICD revelaram que o corante VC pode se ligar nos sitios I e II da BSA. Agregados proteicos com características de fibrilas amiloidais foram preparados por aquecimento da BSA a 70°C e caracterizados por fluorescência de tioflavina-T e espalhamento de luz Rayleigh. Observamos um deslocamento no sinal de ICD do VC ligado aos agregados. A monitoração do sinal de ICD em função do aumento de temperatura revelou uma típica curva de alteração de fase da proteína. Considerando que, quando presente, um sinal de ICD pode ser bastante específico e não sujeito às influências espectrais dos compostos presentes, propomos que esta técnica ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The protein present in blood plasma and known as human albumin has countless physiological functions, including transporting drugs and metabolites in the bloodstream. In this regard, when studying pharmacokinetic characteristics of a new drug, between the properties studied, it is common to elucidate its binding capacity in albumin and to characterize the binding site of the drug. In this project, we studied the spectroscopic and biophysical characteristics of Congo Red (CR) dye as a potential probe to characterize the albumin binding sites and amyloid aggregates. The fluorescence quenching tests and induced circular dichroism (ICD) showed a strong association between CR and bovine serum albumin (BSA). Displacement tests of fluorescent probes and change in the ICD spectrum revealed that the CR dye may bind to sites I and II of BSA. Protein aggregates with features of amyloid fibrils were prepared by heating the BSA at 70 °C and characterized by thioflavinT fluorescence and Rayleigh light scattering. We observed a shift in the ICD signal CR connected to the aggregates. When monitoring the ICD signal as a function of temperature, a typical phase change curve was obtained. Considering that, when present, an ICD can be a quite specific signal and not subject to spectral influences of the compounds, we proposed that this spectroscopic technique could be used to aid in the elucidation of the binding sites of the albumin and for the studies of the formation of amyloid aggregates in ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

A formação de biofilmes em superfícies que entram em contato com alimentos pode resultar em contaminação em qualquer parte do processo produtivo, podendo assim, ser causa de doenças transmitidas por alimentos. A formação de biofilmes por Staphylococcus ssp. é uma das grandes preocupações na indústria de lácteos, e também na área da medicina veterinária. A presente pesquisa teve como objetivo avaliar a capacidade de formação de biofilmes de Staphylococcus spp. isolados de laticínios produtores de queijo Minas Frescal e de leite de vacas com mastite subclínica. O estudo foi realizado em 3 fases, sendo a primeira uma caracterização fenotípica de 150 isolados de Staphylococcus spp. pelo teste do Ágar Vermelho Congo (AVC). Na segunda fase, foi realizada uma caracterização genotípica dos isolados de Staphylococcus spp., pesquisando os genes icaA, icaD, bap, bbp, cna, ebpS, eno, fib, fnbA, fnbB, clfA e clfB. Na terceira fase foram selecionadas 10 cepas com diferentes perfis genotípicos e três cepas padrão de Staphylococcus spp., para avaliação da capacidade de formação de biofilmes. Foi avaliada a capacidade de formação de biofilmes das 13 cepas em três tempos (12h, 48h e 96h), duas temperaturas (5°C e 25°C) e duas superfícies de contato (aço inoxidável 304 e polipropileno) tendo como primeira variável resposta a densidade óptica a 600 nm obtida utilizando metodologia do cristal violeta e a segunda variável resposta foi a contagem microbiológica de células viáveis (log10UFC cm-2) aderidas nas superfícies testadas. Foi utilizado um Delineamento Inteiramente Casualizado (DIC) com fatorial de 13x3x2x2. No AVC 38,7% (n=58) dos 150 isolados foram positivos para formação de biofilme. Observou-se que 93,3% (n=140) dos 150 isolados possuíam o gene clfA, 87,3% (n=131) o eno, 62,7% (n=94) o ebpS, 54,7% (n=82) o fib, 54% (n=81) o fnbA, 53,3% (n=80) o icaD, 47,3% (n=71) os genes icaA e clfB, 43,3% (n=65) o fnbB, 17,3% (n=26) o bap, 8% (n=8) o cna e 4% (n=40) o gene bbp. Pelo Teste de Friedman (&alpha;=0,05) os fatores cepa, temperatura e superfície foram significativos (p<0,0001) para as duas variáveis resposta na formação de biofilmes, enquanto que, entre os tempos de avaliação não houve diferença significativa (p>0,05). A maior produção de biofilme (avaliada por densidade óptica) foi observada a 25°C no aço inoxidável, sendo que as cepas S. epidermidis ATCC 35984 e S. aureus 119 foram as cepas que apresentaram maior formação de biofilme. Nas superfícies testadas foram observadas contagens microbiológicas na faixa entre 6,5 e 7,6 log10UFC cm-2 que sugerem formação de biofilme. Foram selecionadas 6 cepas para realizar a Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV), as quais confirmaram a formação de biofilme em aço inoxidável e polipropileno em 5°C e 25°C sendo avaliadas á 12 e 96 horas. / The biofilm formation on surfaces, which are contact with food, can result in contamination in any part of the food processing, causing foodborne illness. The biofilm formation by Staphylococcus ssp. is one of the main concern in the dairy industry, and in the veterinary medicine field. This research aimed to evaluate the biofilm formation capacity of Staphylococcus spp., isolated from dairy producers of \"Minas Frescal\" cheese and cows with subclinical mastitis. The study was conducted in three stages, being the first a phenotypic characterization of 150 Staphylococcus spp. strains using the Congo Red Agar (AVC) test. In the second stage, the genotypic characterization with the screening of the gens icaA, icaD, bap, bbp, cna, ebpS, eno, fib, fnbA, fnbB, cIfA and clfB was performed. In the third stage, 10 strains with different genotypic profiles and 3 standard strains of Staphylococcus spp. were selected to evaluate the biofilm formation capacity. The biofilm formation capacity of 13 strains at three times (12h, 48h and 96h), two temperatures (5 °C and 25 °C) and two contact surfaces (stainless steel 304 and polypropylene) was evaluated. As a result, the optical density at 600 nm obtained by the methodology of crystal violet and the microbiological count of viable cells (log10UFC cm-2) (adhered to the tested surfaces) was analyzed. A completely randomized design was used in a factorial 13x3x2x2. In AVC agar, 38.7% (n = 58) of the 150 isolates were positive for biofilm formation. The 93.3% (n = 140) of the 150 isolates had the cIfA gene, 87.3% (n = 131) the eno, 62.7% (n = 94) the ebpS, 54.7% ( n = 82) fib, 54% (n = 81) the fnbA, 53.3% (n = 80) the icaD, 47.3% (n = 71) icaA and clfB gens, 43.3% (n = 65) the fnbB, 17.3% (n = 26) bap, 8% (n = 8) the cna and 4% (n = 40) bbp gene. The factors strain, temperature and surface were significant (Friedman test p <0.0001) for both response variables in the formation of biofilms, while, time did not have significant difference (p> 0.05). The increased production of biofilm (assessed by optical density) was observed at 25 °C in stainless steel surfaces. The strains S. epidermidis ATCC 35984 and S. aureus 119 were the strains that showed the highest production of biofilm. In the tested surfaces, microbiological counts were observed in the range between 6.5 and 7.6 log10CFU m-2 suggesting biofilm formation. The formation of biofilms in 6 evaluated strains has been confirmed by Scanning Electron Microscopy (SEM) on stainless steel and polypropylene on 5°C and 25°C with 12 and 96 h of incubation.

Título original: Remoção de lignina e hemicelulose influencia na acessibilidade à celulose e digestibilidade enzimática / Orientador: Michel Brienzo / Banca: Fernanda Perpetua Casciatori / Banca: Jonas Contiero / Resumo: A biomassa lignocelulósica, como a proveniente da cana-de-açúcar, é uma fonte abundante de resíduo que pode ser usado como matéria-prima na produção de energia. Para melhor aproveitar essa biomassa, moagem e pré-tratamentos podem ser usados para alterar a estrutura do material lignocelulósico, remover lignina e hemicelulose, expondo a celulose e assim aumentando sua acessibilidade. A acessibilidade à celulose tem sido indicada como uma das propriedades mais importantes para uma boa digestibilidade enzimática. Entretanto, as biomassas geradas da cana-de-açúcar possuem características físico-químicas diferentes, respondendo de modo diferente aos pré-tratamentos. Neste contexto, este estudo teve como objetivo verificar os efeitos da remoção de lignina e hemicelulose das biomassas da cana-de-açúcar (fração externa, entrenó, nó e folha) na acessibilidade à celulose. A cana-de-açúcar foi fracionada em fração externa, nó, entrenó e folha. Cada fração passou pelos pré-tratamentos ácido (5, 10, 20 %, m/m massa de ácido por massa de material, a 121°C/30 min), alcalino (5, 10, 20 e 30 % NaOH m/m) e oxidativo (0,5, 1, 2 e 3 horas com clorito de sódio 30 %). As amostras foram caracterizadas quanto ao seu conteúdo de celulose, hemicelulose e lignina. A determinação de acessibilidade foi realizada com corantes Direct, Orange (superfície específica externa), Direct Blue (superfície específica interna) e Vermelho Congo (superfície total). A hidrólise enzimática (15 FPU/g de material, Cellic C... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The lignocellulosic biomass, such as the provided by the sugarcane, is an abundant source of raw materials for energy production. In order to better use this biomass, milling and pretreatments can be employed to alter the structure of the materials, remove lignin and hemicellulose. This effect exposes the cellulose and raises its accessibility, which is is one of the most important property to ensure enzymatic digestibility. However, the biomass generated from the sugarcane have different physicochemical characteristics, giving different responses to the pretreatments. In this context, this study aimed to verify the effects of lignin and hemicellulose removal from the sugarcane biomass (external fraction, node, internode and leaf) on cellulose accessibility. The sugarcane was fractioned in external fraction, node, internode and leaf. Each fraction was pretreated with acid (5, 10, 20 % m/m acid mass per material mass, at 121°C/30 min), alkaline (5, 10, 20, 30 % NaOH m/m) oxidative (0,5, 1, 2,3 h charged with 30 % sodium chlorite). The chemical composition of the samples was determined based on cellulose, hemicellulose and lignin contents. Accessibility was determined by dye adsorption of Direct Orange (external specific surface), Direct Blue (internal specific surface) and Congo Red (total surface). Enzymatic hydrolysis (15 FPU/g of biomass, Cellic Ctec 2 - Novozymes) was used to verify the effects of pretreatments and cellulose accessibility on the glucose yield. All studied... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A formação de biofilmes em superfícies que entram em contato com alimentos pode resultar em contaminação em qualquer parte do processo produtivo, podendo assim, ser causa de doenças transmitidas por alimentos. A formação de biofilmes por Staphylococcus ssp. é uma das grandes preocupações na indústria de lácteos, e também na área da medicina veterinária. A presente pesquisa teve como objetivo avaliar a capacidade de formação de biofilmes de Staphylococcus spp. isolados de laticínios produtores de queijo Minas Frescal e de leite de vacas com mastite subclínica. O estudo foi realizado em 3 fases, sendo a primeira uma caracterização fenotípica de 150 isolados de Staphylococcus spp. pelo teste do Ágar Vermelho Congo (AVC). Na segunda fase, foi realizada uma caracterização genotípica dos isolados de Staphylococcus spp., pesquisando os genes icaA, icaD, bap, bbp, cna, ebpS, eno, fib, fnbA, fnbB, clfA e clfB. Na terceira fase foram selecionadas 10 cepas com diferentes perfis genotípicos e três cepas padrão de Staphylococcus spp., para avaliação da capacidade de formação de biofilmes. Foi avaliada a capacidade de formação de biofilmes das 13 cepas em três tempos (12h, 48h e 96h), duas temperaturas (5°C e 25°C) e duas superfícies de contato (aço inoxidável 304 e polipropileno) tendo como primeira variável resposta a densidade óptica a 600 nm obtida utilizando metodologia do cristal violeta e a segunda variável resposta foi a contagem microbiológica de células viáveis (log10UFC cm-2) aderidas nas superfícies testadas. Foi utilizado um Delineamento Inteiramente Casualizado (DIC) com fatorial de 13x3x2x2. No AVC 38,7% (n=58) dos 150 isolados foram positivos para formação de biofilme. Observou-se que 93,3% (n=140) dos 150 isolados possuíam o gene clfA, 87,3% (n=131) o eno, 62,7% (n=94) o ebpS, 54,7% (n=82) o fib, 54% (n=81) o fnbA, 53,3% (n=80) o icaD, 47,3% (n=71) os genes icaA e clfB, 43,3% (n=65) o fnbB, 17,3% (n=26) o bap, 8% (n=8) o cna e 4% (n=40) o gene bbp. Pelo Teste de Friedman (&alpha;=0,05) os fatores cepa, temperatura e superfície foram significativos (p<0,0001) para as duas variáveis resposta na formação de biofilmes, enquanto que, entre os tempos de avaliação não houve diferença significativa (p>0,05). A maior produção de biofilme (avaliada por densidade óptica) foi observada a 25°C no aço inoxidável, sendo que as cepas S. epidermidis ATCC 35984 e S. aureus 119 foram as cepas que apresentaram maior formação de biofilme. Nas superfícies testadas foram observadas contagens microbiológicas na faixa entre 6,5 e 7,6 log10UFC cm-2 que sugerem formação de biofilme. Foram selecionadas 6 cepas para realizar a Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV), as quais confirmaram a formação de biofilme em aço inoxidável e polipropileno em 5°C e 25°C sendo avaliadas á 12 e 96 horas. / The biofilm formation on surfaces, which are contact with food, can result in contamination in any part of the food processing, causing foodborne illness. The biofilm formation by Staphylococcus ssp. is one of the main concern in the dairy industry, and in the veterinary medicine field. This research aimed to evaluate the biofilm formation capacity of Staphylococcus spp., isolated from dairy producers of \"Minas Frescal\" cheese and cows with subclinical mastitis. The study was conducted in three stages, being the first a phenotypic characterization of 150 Staphylococcus spp. strains using the Congo Red Agar (AVC) test. In the second stage, the genotypic characterization with the screening of the gens icaA, icaD, bap, bbp, cna, ebpS, eno, fib, fnbA, fnbB, cIfA and clfB was performed. In the third stage, 10 strains with different genotypic profiles and 3 standard strains of Staphylococcus spp. were selected to evaluate the biofilm formation capacity. The biofilm formation capacity of 13 strains at three times (12h, 48h and 96h), two temperatures (5 °C and 25 °C) and two contact surfaces (stainless steel 304 and polypropylene) was evaluated. As a result, the optical density at 600 nm obtained by the methodology of crystal violet and the microbiological count of viable cells (log10UFC cm-2) (adhered to the tested surfaces) was analyzed. A completely randomized design was used in a factorial 13x3x2x2. In AVC agar, 38.7% (n = 58) of the 150 isolates were positive for biofilm formation. The 93.3% (n = 140) of the 150 isolates had the cIfA gene, 87.3% (n = 131) the eno, 62.7% (n = 94) the ebpS, 54.7% ( n = 82) fib, 54% (n = 81) the fnbA, 53.3% (n = 80) the icaD, 47.3% (n = 71) icaA and clfB gens, 43.3% (n = 65) the fnbB, 17.3% (n = 26) bap, 8% (n = 8) the cna and 4% (n = 40) bbp gene. The factors strain, temperature and surface were significant (Friedman test p <0.0001) for both response variables in the formation of biofilms, while, time did not have significant difference (p> 0.05). The increased production of biofilm (assessed by optical density) was observed at 25 °C in stainless steel surfaces. The strains S. epidermidis ATCC 35984 and S. aureus 119 were the strains that showed the highest production of biofilm. In the tested surfaces, microbiological counts were observed in the range between 6.5 and 7.6 log10CFU m-2 suggesting biofilm formation. The formation of biofilms in 6 evaluated strains has been confirmed by Scanning Electron Microscopy (SEM) on stainless steel and polypropylene on 5°C and 25°C with 12 and 96 h of incubation.

Orientador: Hélio Langoni / Coorientador: Virgínia Bodelão Richini-Pereira / Banca: Paulo Francisco Domingues / Banca: Vera Lucia Mores Rall / Resumo: Staphylococcus aureus é comum em infecções intramamárias, que frequentemente se tornam crônicas, entre outros fatores, pela capacidade dessa bactéria em produzir biofilme. Objetivou-se verificar a capacidade produtora de biofilme em estirpes de S. aureus e Staphylococcus coagulase negativa (SCN), oriundas de mastite bovina clínica e subclínica. Um total de 100 cepas de S. aureus e 100 cepas de SCN foram isoladas de casos de mastites subclínicas e clínicas em duas propriedades do Estado de São Paulo. O teste de triagem da mastite subclínica foi o California Mastitis Test (CMT). Foi realizada Contagem de Células Somáticas (CCS) e cultivo microbiológico das amostras de leite. Pesquisou-se a presença de genes icaA, icaD e bap pela Reação em Cadeia pela Polimerase (Polimerase Chain Reaction - PCR) e caracterização fenotípica no ágar Vermelho Congo (VC) e teste de produção de biofilme em placas. Não houve relação entre a intensidade da reação ao CMT e a CCS. A média de CCS foi de 2,88±0,59 para S. aureus e 2,71±0,35 para SCN. Não houve significância estatísticas entre os valores de CCS para estirpes que continham a presença dos genes pesquisados. Porém as médias dos valores de CCS foram maiores nos isolados que continham tais genes. As frequências de icaA, icaD e bap em S. aureus foram de 82%, 83% e 58%, respectivamente. Observou-se que dos 83 isolados de S. aureus que apresentaram icaD, 82 (98,8%) também apresentaram icaA, com significância estatística no Teste Exato de Fischer (p<0,001). Na associação entre os genes icaA e bap, também foi observada associação significante pois das 82 estirpes que apresentaram icaA, foi possível observar a presença de bap em 56 (68,3%). Das 83 linhagens que continham o gene icaD em 56 (67,5%) delas, também foi detectada presença do gene bap. Não houve concordância entre os testes fenotípicos (K<0,2). A positividade no vermelho congo revelou que 25% das... / Abstract: Staphylococcus aureus is common in intramammary infections, which often become chronic, among other factors, by the ability of this bacteria to produce biofilm. The objective was to verify the production of biofilm capacity in strains of S. aureus and coagulase negative Staphylococcus (CNS), derived from clinical and subclinical bovine mastitis. A total of 100 strains of S. aureus and 100 strains of CNS were isolated from cases of subclinical and clinical mastitis in two properties of São Paulo State. The screening test of subclinical mastitis was the California Mastitis Test (CMT). Somatic Cell Count (SCC) and microbiological culture of milk samples was performed. We researched the presence of icaA, icaD and bap genes by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and phenotypic characterization on congo red agar (CRA) and biofilm production on plates. There was no observed relationship between the intensity of the reaction to the CMT and SCC. The mean of SCC was 2.88 ± 0.59 for S. aureus and 2.71 ± 0.35 for CNS. There was no significant statistical between SCC values for strains containing the presence of those researched genes. But the means of the CCS values were higher in isolates that containing such genes. The frequency icaA, icaD and bap in S. aureus were 82%, 83% and 58%, respectively. It was observed that the 83% of S. aureus isolates that had icaD, 82 (98.8%) also had icaA, with statistical significance in the Fischer's exact test (p <0.001). In association between icaA and bap genes, was also observed significant association, for the 82 strains that showed icaA, we observed the presence of bap in 56 (68.3%). Of the 83 strains that containing the icaD gene, 56 (67.5%) of them was also detected the presence of bap gene. There was no agreement between the phenotypic tests (K<0.2). The positivity on congo red agar revealed that 25% of S. aureus strains produced in vitro biofilm. In the adhesion test plates, this number was lower, with ... / Mestre

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-13. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:31Z : No. of bitstreams: 1 000847587.pdf: 882405 bytes, checksum: 203a9f03040e737b3a41cc7bffeec3a9 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Staphylococcus aureus é comum em infecções intramamárias, que frequentemente se tornam crônicas, entre outros fatores, pela capacidade dessa bactéria em produzir biofilme. Objetivou-se verificar a capacidade produtora de biofilme em estirpes de S. aureus e Staphylococcus coagulase negativa (SCN), oriundas de mastite bovina clínica e subclínica. Um total de 100 cepas de S. aureus e 100 cepas de SCN foram isoladas de casos de mastites subclínicas e clínicas em duas propriedades do Estado de São Paulo. O teste de triagem da mastite subclínica foi o California Mastitis Test (CMT). Foi realizada Contagem de Células Somáticas (CCS) e cultivo microbiológico das amostras de leite. Pesquisou-se a presença de genes icaA, icaD e bap pela Reação em Cadeia pela Polimerase (Polimerase Chain Reaction - PCR) e caracterização fenotípica no ágar Vermelho Congo (VC) e teste de produção de biofilme em placas. Não houve relação entre a intensidade da reação ao CMT e a CCS. A média de CCS foi de 2,88±0,59 para S. aureus e 2,71±0,35 para SCN. Não houve significância estatísticas entre os valores de CCS para estirpes que continham a presença dos genes pesquisados. Porém as médias dos valores de CCS foram maiores nos isolados que continham tais genes. As frequências de icaA, icaD e bap em S. aureus foram de 82%, 83% e 58%, respectivamente. Observou-se que dos 83 isolados de S. aureus que apresentaram icaD, 82 (98,8%) também apresentaram icaA, com significância estatística no Teste Exato de Fischer (p<0,001). Na associação entre os genes icaA e bap, também foi observada associação significante pois das 82 estirpes que apresentaram icaA, foi possível observar a presença de bap em 56 (68,3%). Das 83 linhagens que continham o gene icaD em 56 (67,5%) delas, também foi detectada presença do gene bap. Não houve concordância entre os testes fenotípicos (K<0,2). A positividade no vermelho congo revelou que 25% das... / Staphylococcus aureus is common in intramammary infections, which often become chronic, among other factors, by the ability of this bacteria to produce biofilm. The objective was to verify the production of biofilm capacity in strains of S. aureus and coagulase negative Staphylococcus (CNS), derived from clinical and subclinical bovine mastitis. A total of 100 strains of S. aureus and 100 strains of CNS were isolated from cases of subclinical and clinical mastitis in two properties of São Paulo State. The screening test of subclinical mastitis was the California Mastitis Test (CMT). Somatic Cell Count (SCC) and microbiological culture of milk samples was performed. We researched the presence of icaA, icaD and bap genes by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and phenotypic characterization on congo red agar (CRA) and biofilm production on plates. There was no observed relationship between the intensity of the reaction to the CMT and SCC. The mean of SCC was 2.88 ± 0.59 for S. aureus and 2.71 ± 0.35 for CNS. There was no significant statistical between SCC values for strains containing the presence of those researched genes. But the means of the CCS values were higher in isolates that containing such genes. The frequency icaA, icaD and bap in S. aureus were 82%, 83% and 58%, respectively. It was observed that the 83% of S. aureus isolates that had icaD, 82 (98.8%) also had icaA, with statistical significance in the Fischer's exact test (p <0.001). In association between icaA and bap genes, was also observed significant association, for the 82 strains that showed icaA, we observed the presence of bap in 56 (68.3%). Of the 83 strains that containing the icaD gene, 56 (67.5%) of them was also detected the presence of bap gene. There was no agreement between the phenotypic tests (K<0.2). The positivity on congo red agar revealed that 25% of S. aureus strains produced in vitro biofilm. In the adhesion test plates, this number was lower, with ... / FAPESP: 2013/14383-9

Submitted by Felipe Lange Shimizu null (felipe_lash@hotmail.com) on 2018-04-04T17:40:35Z No. of bitstreams: 1 Versão Final.pdf: 2417638 bytes, checksum: cbd92ea0f55b939141e8dbb758da327f (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe Lange Shimizu, Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Capa - Faltou a capa no documento enviado. Este item é elemento obrigatório de acordo com as normas de trabalhos do seu Programa de Pós Graduação. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP on 2018-04-05T13:45:30Z (GMT) / Submitted by Felipe Lange Shimizu null (felipe_lash@hotmail.com) on 2018-04-05T13:57:48Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final Biblioteca.pdf: 2476461 bytes, checksum: 98bb493283b6d060e268893b026507a0 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-04-05T17:46:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 shimizu_fl_me_rcla.pdf: 2148045 bytes, checksum: 5ae73bad5319cc903eba26a7980c267c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-05T17:46:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 shimizu_fl_me_rcla.pdf: 2148045 bytes, checksum: 5ae73bad5319cc903eba26a7980c267c (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A biomassa lignocelulósica, como a proveniente da cana-de-açúcar, é uma fonte abundante de resíduo que pode ser usado como matéria-prima na produção de energia. Para melhor aproveitar essa biomassa, moagem e pré-tratamentos podem ser usados para alterar a estrutura do material lignocelulósico, remover lignina e hemicelulose, expondo a celulose e assim aumentando sua acessibilidade. A acessibilidade à celulose tem sido indicada como uma das propriedades mais importantes para uma boa digestibilidade enzimática. Entretanto, as biomassas geradas da cana-de-açúcar possuem características físico-químicas diferentes, respondendo de modo diferente aos pré-tratamentos. Neste contexto, este estudo teve como objetivo verificar os efeitos da remoção de lignina e hemicelulose das biomassas da cana-de-açúcar (fração externa, entrenó, nó e folha) na acessibilidade à celulose. A cana-de-açúcar foi fracionada em fração externa, nó, entrenó e folha. Cada fração passou pelos pré-tratamentos ácido (5, 10, 20 %, m/m massa de ácido por massa de material, a 121°C/30 min), alcalino (5, 10, 20 e 30 % NaOH m/m) e oxidativo (0,5, 1, 2 e 3 horas com clorito de sódio 30 %). As amostras foram caracterizadas quanto ao seu conteúdo de celulose, hemicelulose e lignina. A determinação de acessibilidade foi realizada com corantes Direct, Orange (superfície específica externa), Direct Blue (superfície específica interna) e Vermelho Congo (superfície total). A hidrólise enzimática (15 FPU/g de material, Cellic Ctec 2 - Novozymes) foi realizada para avaliar o efeito dos pré-tratamentos e acessibilidade à celulose no rendimento em glicose. O efeito dos pré-tratamentos foi primeiramente analisado pela quantidade de massa recuperada. Todas as frações estudadas apresentaram uma tendência em perder massa com aumento da concentração de reagente utilizado no pré-tratamento. O pré-tratamento ácido resultou em menor recuperação de massa, o que ocorreu em função da solubilização de hemicelulose. A caracterização química apontou a remoção de hemicelulose e principalmente lignina dos materiais em função do pré-tratamento e das suas condições. A deslignificação com clorito de sódio (oxidativo) resultou em remoção de lignina, chegando a quase a sua totalidade em materiais como a folha. A determinação de acessibilidade com os corantes Vermelho Congo, Direct Blue e Direct Orange indicaram que o aumento da concentração de reagentes no pré-tratamento provoca aumento de acessibilidade à celulose. Entretanto, os corantes Direct Orange e Blue foram mais precisos na determinação da acessibilidade à celulose em comparação ao Vermelho Congo. A fração de menor recalcitrância, entrenó, apresentou adsorção de 525,9 mg/g no ensaio com Vermelho congo, o Direct Orange 1333,3 mg/g e o Direct Blue 746,3 mg/g. O rendimento em glicose na hidrólise enzimática seguiu a tendência de melhora com aumento da acessibilidade. Do mesmo modo, a remoção de lignina resultou em maior rendimento em glicose na hidrólise enzimática, o entrenó deslignificado resultou na quase completa conversão da celulose em glicose. Este estudo identificou a fração externa como mais recalcitrante, e entrenó como menos recalcitrante, resultando em menor rendimento e maior de glicose na hidrólise enzimática, respectivamente. A remoção de hemicelulose e lignina por meio de pré-tratamentos influenciou diretamente na acessibilidade à celulose, resultando em melhor ação das enzimas na hidrólise enzimática de todas as frações. / The lignocellulosic biomass, such as the provided by the sugarcane, is an abundant source of raw materials for energy production. In order to better use this biomass, milling and pretreatments can be employed to alter the structure of the materials, remove lignin and hemicellulose. This effect exposes the cellulose and raises its accessibility, which is is one of the most important property to ensure enzymatic digestibility. However, the biomass generated from the sugarcane have different physicochemical characteristics, giving different responses to the pretreatments. In this context, this study aimed to verify the effects of lignin and hemicellulose removal from the sugarcane biomass (external fraction, node, internode and leaf) on cellulose accessibility. The sugarcane was fractioned in external fraction, node, internode and leaf. Each fraction was pretreated with acid (5, 10, 20 % m/m acid mass per material mass, at 121°C/30 min), alkaline (5, 10, 20, 30 % NaOH m/m) oxidative (0,5, 1, 2 ,3 h charged with 30 % sodium chlorite). The chemical composition of the samples was determined based on cellulose, hemicellulose and lignin contents. Accessibility was determined by dye adsorption of Direct Orange (external specific surface), Direct Blue (internal specific surface) and Congo Red (total surface). Enzymatic hydrolysis (15 FPU/g of biomass, Cellic Ctec 2 – Novozymes) was used to verify the effects of pretreatments and cellulose accessibility on the glucose yield. All studied fractions showed tendency to lose mass with increasing reagent concentrations used in the pretreatments. Acid pretreatment resulted in low mass recovery due to hemicellulose solubilization. Chemical composition showed hemicellulose removal and significant lignin removal from the materials due to the pretreatments and their conditions. Delignification by sodium chlorite (oxidative) resulted in lignin removal, with almost completely removal with leaf samples. Accessibility determined by Congo Red, Direct Orange and Direct Blue dyes indicated that more aggressive pretreatments improved cellulose accessibility. However, Direct Orange and Direct Blue dyes were more precise than Congo Red while evaluating cellulose accessibility. The less recalcitrant fraction, the internode, showed 525,9 mg/g of Congo Red adsorption, 1333,3 mg/g of Direct Orange and 746,3 mg/g of Direct Blue. Glucose yield during enzymatic hydrolysis improved with higher cellulose accessibility. Lignin removal resulted in higher glucose yield, with delignified internode samples showing almost complete cellulose conversion. This study identified the external fraction as the most recalcitrant and the internode as the least recalcitrant, resulting in lower glucose yield and higher glucose yield, respectively. Hemicellulose and lignin removal by the pretreatments directly influenced cellulose accessibility, resulting in better enzymatic activity across all fractions.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Historicamente, as bactÃrias foram vistas como organismos que vivem isolados, no entanto, à claro, agora, que a grande maioria de bactÃrias existe em comunidades complexas, conhecidas como biofilmes. As bactÃrias em biofilmes se encontram aderidas a superfÃcies diversas, tanto abiÃticas como biÃticas (dente, osso, mucosa), compondo um ecossistema altamente estruturado, dinÃmico e organizado. Um exemplo de infecÃÃo que pode envolver a presenÃa formaÃÃo de biofilme à a otite - definida como inflamaÃÃo aguda ou crÃnica da orelha, podendo se estender desde o epitÃlio do conduto auditivo externo atà a orelha interna. Descrita como a doenÃa mais comum do canal auditivo externo em cÃes, possui uma etiologia multifatorial, que inclui fungos e bactÃrias, principalmente do gÃnero Staphylococcus. BactÃrias desse gÃnero sÃo comensais de pele e mucosas, mas podem atuar como patÃgenos oportunistas em condiÃÃes propÃcias e sÃo frequentemente associadas a uma ampla variedade de infecÃÃes em seres humanos e animais com vÃrios relatos de refratariedade aos tratamentos usuais. Em um biofilme, as bactÃrias podem ser dezenas de vezes mais resistentes aos antibiÃticos, quando comparadas Ãs mesmas bactÃrias em crescimento planctÃnico. O combate a infecÃÃes envolvendo bactÃrias em biofilme à um grande desafio da microbiologia mundial, que leva à busca de novas opÃÃes terapÃuticas. Com efeito, este estudo teve como objetivo avaliar o efeito inibitÃrio in vitro de seis substÃncias â trÃs agentes antimicrobianos clÃssicos, ciprofloxacina, cloranfenicol, gentamicina; e trÃs agentes antimicrobianos nÃo-clÃssicos timol, carvacrol, perÃxido de hidrogÃnio (H2O2) â contra cepas estafilocÃcicas de otite canina em crescimento planctÃnico e em biofilme. Foram avaliadas 54 cepas clÃnicas isoladas de secreÃÃo purulenta de cÃes com otite, divididas entre cinco espÃcies: S. intermedius, S. simulans, S. haemolyticus, S. epidermidis e S. lugdunensis. As 16 cepas classificadas como produtoras de biofilme (11 de S. intermedius e cinco de S. simulans), segundo resultado obtido pelo teste do Ãgar vermelho Congo e confirmaÃÃo por microscopia eletrÃnica de varredura (MEV), foram usadas em ensaios de microdiluiÃÃo em caldo para determinaÃÃo de concentraÃÃo inibitÃria mÃnima (CIM) e concentraÃÃo inibitÃria mÃnima em biofilme (CIMB). Com relaÃÃo Ãs cepas produtoras de biofilme, foram observados os seguintes resultados: os valores para ciprofloxacina foram 0,12 &#8804;CIM&#8804;0,5 mcg/mL (mÃdia 0,28 mcg/mL) e 0,5&#8804;CIMB&#8804;8 mcg/mL (mÃdia 1,79 mcg/mL); para cloranfenicol 2&#8804;CIM&#8804;16 mcg/mL (mÃdia 7,41 mcg/mL) e 8&#8804;CIMB&#8804;32 mcg/mL (mÃdia 20,71 mcg/mL); para gentamicina 0,5&#8804;CIM&#8804;4 mcg/mL (mÃdia 2,09 mcg/mL) e 4&#8804;CIMB&#8804;64 mcg/mL (mÃdia 24,24 mcg/mL); para timol 32&#8804;CIM&#8804;512 mcg/mL (mÃdia 137,41 mcg/mL) e 256&#8804;CIMB&#8804;2048 mcg/mL (mÃdia 768 mcg/mL); carvacrol 32&#8804;CIM&#8804;512 mcg/mL (mÃdia 128 mcg/mL) e 256&#8804;CIMB&#8804;4096 mcg/mL (mÃdia 993,88 mcg/mL); e para H2O2 32&#8804;CIM&#8804;128 ppm (mÃdia 99,76 ppm) e 128&#8804;CIMB&#8804;4096 ppm (mÃdia 1874,82 ppm). Os dados obtidos apontam para o potencial terapÃutico dos seis antibiÃticos estudados no tratamento de infecÃÃes estafilocÃcicas associadas a biofilme, sendo necessÃrios novos estudos para investigar os mecanismos de aÃÃo dessas drogas sobre o biofilme, bem como o delineamento de experimentos in vivo para confirmar a significÃncia desses achados. / Historically, bacteria have been seen as isolated organisms; however, it is now clear that the vast majority of bacteria exist in complex communities known as biofilms. Bacteria in biofilms are adhered to various surfaces, both abiotic and biotic (teeth, bones, mucosa), often forming a highly dynamic ecosystem, which is structured and organized. An example of infection, which can involve the formation of biofilm is otitis - defined as an acute or chronic inflammation of the ear, which may extend from the external ear canal to the inner ear. Described as the most common disease of the external ear canal in dogs, it has a multifactorial etiology, including fungi and bacteria, especially of the genus Staphylococcus. Bacteria of this genus are commensal to skin and mucous membranes, but can act as opportunistic pathogens in favorable conditions and are often associated with a wide variety of infections in humans and animals with many reports of refractoriness to usual treatments. In biofilm, bacteria can be ten to a hundred times more resistant to antibiotics when compared to the same bacteria in planktonic growth. The struggle to fight infections involving bacterial biofilms is a major challenge of microbiology today, which, in turn, leads to the search for new therapeutic options. Thus, this study aimed to evaluate the in vitro inhibitory effect of six substances â three classic antimicrobial agents ciprofloxacin, chloramphenicol, gentamicin; and three non-classic antimicrobial agents thymol, carvacrol, hydrogen peroxide (H2O2) - against staphylococcal strains from canine otitis in planktonic growth and in biofilm. We analyzed 54 clinical strains isolated from purulent secretion of canine otitis, divided into five species: S. intermedius, S. simulans, S. haemolyticus, S.epidermidis and S. lugdunensis. The 16 strains classified as biofilm producers (11 S. intermedius and five S. simulans), according to result obtained by the Congo red agar test and confirmed by scanning electron microscopy (SEM), were used in broth microdilution assay for determination of minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum biofilm inhibitory concentration (MBIC). With regards to the biofilm-producing strains, the following results were observed: the values for ciprofloxacin were 0,12 &#8804;MIC&#8804;0,5 mcg/mL (mean 0,28 mcg/mL) and 0,5&#8804;MBIC&#8804;8 mcg/mL (mean 1,79 mcg/mL); for chloramphenicol 2&#8804;MIC&#8804;16 mcg/mL (mean 7,41 mcg/mL) and 8&#8804;MBIC&#8804;32 mcg/mL (mean 20,71 mcg/mL); for gentamicin 0,5&#8804;MIC&#8804;4 mcg/mL (mean 2,09 mcg/mL) and 4&#8804;MBIC&#8804;64 mcg/mL (mean 24,24 mcg/mL); for thymol 32&#8804;MIC&#8804;512 mcg/mL (mean 137,41 mcg/mL) and 256&#8804;MBIC&#8804;2048 mcg/mL (mean 768 mcg/mL); carvacrol 32&#8804;MIC&#8804;512 mcg/mL (mean 128 mcg/mL) and 256&#8804;MBIC&#8804;4096 mcg/mL (mean 993,88 mcg/mL); and for H2O2 for 32&#8804;MIC&#8804;128 mcg/mL (mean 99,76 ppm) and 128&#8804;MBIC&#8804;4096 ppm (mean 1874,82 ppm). The presented data indicates the therapeutic potential of the six antibiotics studied in the treatment of staphylococcal infections associated with biofilm, which warrants further studies to investigate the mechanisms of action of these drugs on biofilms and the design of in vivo experiments to confirm the significance of these findings.