Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T18:03:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nakazato_Gerson_D.pdf: 8124428 bytes, checksum: 0945b4124057f20c385fd7c7658685be (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Duas linhagens de Escherichia co/i patogênicas isoladas de aves (APEC) com sinais clínicos de septicemia (517 e 521) e wna isolada de aves com sinais clínicos de 5índrome de Cabeça Inchada (5CIl O) foram selecionadas, do conjunto de 49 linhagens pertencentes ao Laboratório de Biologia Molecular Bacteriana, após a caracterização das mesmas quanto à presença das capacidades de adesão e invasão em células HEp-2 e HeLa, perfil de resistência a diferentes antimicrobianos, presença de genes (detectados por PCR) relacionados à patogenicidade, e perfil de DNA plasmidial. Teste de REP-PCR também foi realizado para separação destas linhagens em grupos clonais. Os plasmídios dessas linhagens foram transferidos, através de conjugação, para a linhagem receptora não patogênica, E. co/i HBI0l. A análise das amostras recombinantes obtidas, através das características estudadas, demonstrou que somente aquelas transconjugantes derivadas da linhagem 517, uma delas denominada de 517-1, apresentaram adesão e invasão nessas culturas celulares utilizadas, indicando que os genes responsáveis por estas características estão localizados no plasmídio que foi transferido (70 MDa). Pelo fato das capacidades de adesão e invasão das linhagens 521 e SCIl O não terem sido detectadas em transconjugantes em que ocorreram as transferências de plasmídios existentes nestas duas linhagens, indica que os genes responsáveis por estas características não são plasmídio-mediado, podendo, ou serem cromossômicos, ou mesmo serem plasmidiais, porém com controle de genes cromossômicos. A mutação da amostra 517-1, com o transposon TnphoA levou à perda das capacidades de adesão e/ou invasão em células HEp-2 e HeLa, o que indica que o processo de inserção do transposon tenha ocorrido em genes relacionados aos processos citados. O gene tsh (hemaglutinina termo-sensível) presente na linhagem 521, e os genes relacionados ao sistema de aerobactina presentes nas linhagens SCIlO ifepC) e 521 (iucA), também não foram identificados nas amostras transconjugantes. Com isso, sugere-se que estes genes possam estar localizados no cromossomo destas linhagens, bem como os genes de adesão e invasão dessas linhagens. Esta observação pode indicar a presença de possíveis "ilhas de patogenicidade" nestas linhagens, porém outros estudos devem ser realizados para que esta hipótese se confirme. A produção de colicinas (Ia, Ib, El, E3, B, K) pela linhagem SCIlO também foi passível de ser transferida para a linhagem bacteriana receptora, o que indica que esta característica é expressa por genes presentes no plasmídio transferido (120 MDa). Através de testes de invasão na linhagem celular HEp-2, Microscopia Eletrônica de Varredura e teste de F AS verificou-se que a capacidade de invasão celular presente na linhagem S 17 é diferente daquelas descritas para outras E. coZi invasivas, Salmonella spp. e Shigella sp / Abstract: Two pathogenic Escherichia coZi strains isolated from avian (APEC) showing c1inical signs of septicemia (817 and 821), and one isolated from avian showing c1inical signs of 8wollen Head 8yndrome (8H8 1 O), were selected from a total of 49 strains belonging to the Laboratory of Bacterial Molecular Biology, after a biological characterization regarding the presence of adhesion and invasion capacities to HEp-2 and HeLa cells, resistance profile to different antimicrobial drugs, presence of genes (detected by PCR) associated with pathogenicity, and plasmidial DNA profile. REP-PCR assay also was performed for separation of these strains in c10nal groups. Plasmids from these strains were transferred by conjugation assays to the non-pathogenic E. coZi strain HB 1 O 1. The analysis of the obtained recombinants strains, demonstrated that only recombinant strains derived from 817, one of these designated as 817-1, showed adhesion and invasion to these cells, indicating that the genes responsible for these characteristics are located in the transferred plasmid (70 MDa). 8ince the adhesion and invasion capacities of 821 and 8H8 1 O strains were not detected in recombinant strains where the transference of plasmids presents in these two strains occurred, indicates that the genes responsible for these characteristics are not plasmid-mediated. The location of these genes could be chromosomal, or thus plasmidial, but with chromosomal control. The mutation of 817-1 strain, with TnphoA transposon, resulted in the lost of adhesion and/or invasion capacities to HEp-2 and HeLa cells, which indicate that the transposon insertion process had occur at genes associated with the described processo The tsh gene (temperature-sensitive hemagglutinin) from 821 strain, and aerobactin genes from 8H810 ifepC) and 821 (iucA) strains, also were not found in the recombinants strains. These results suggest that these genes could be located in chromosomal regions as well as the adhesion and invasion genes from these strains. This observation could indicate that the presence of possible "pathogenicity islands" in these strains, but other studies must be realized for confirmation of this hypothesis. The production of colicins (Ia, Ib, El, E3, B and K) by strain 8H810 also was transferred to the recipient strain, which indicate that this characteristic is expressed by genes located at the transferred plasmid (120 MDa). Using invasion assays to HEp-2 cells, 8canning Electron Microscopy and FA8 assay, it was possible to observe that the cellular invasion capacity from 817 strain is different of those processes described by others invasive E. coZi, Salmonella spp. and Shigella sp / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T02:56:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campos_TatianaAmabilede_D.pdf: 3044211 bytes, checksum: 4bdf180c662f55913d6301220e0b3ed4 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Quarenta e nove linhagens de Escherichia coli isoladas de aves isoladas de aves doentes (24 de aves com septicemia - S, 14 de aves com síndrome da cabeça inchada SHS e 11 de aves com onfalite - O) e 30 linhagens isoladas da região cloacal de aves saudáveis (C) foram analisadas em relação à presença de genes de virulência, grupos filogenéticos de E. coli, similaridade do gene mc. Estes dados foram comparados a um estudo populacional previamente obtido a partir de ERIC PCR (Silveira et al.,2002b), para a caracterização de possíveis dones patogênicos presentes nesta população. Os resultados demonstraram que os genes de virulência analisados foram mais freqüentes entre as linhagens isoladas de aves doentes. Linhagens isoladas de aves saudáveis, de aves com onfalite e de aves com septicemia derivam-se de grupos clonais não patogênicos de E. coli (A, e 81). Por 'outro lado, linhagens SHS e com septicemia derivam-se de grupos clonais patogênicos (82 e D). A comparação destes dados com os dados de ERIC-PCR demonstrou que estas linhagens constituem de três grupos principais: (i) 1 não patogênico, formado por linhagens isoladas de aves com onfalite e de aves saudáveis ambas derivadas principalmente de grupos clonais não patogênicos de E. coli (A); (ii) outro composto por linhagens SHS, derivadas principalmente do grupo clonal patogênico de E. coli (grupo D); e um terceiro grupo (iii) formado por linhagens isoladas por aves com septicemia onde 46% derivaram-se do grupo não patogênico A e outros 46% do grupo patogênico D. Estes dados sugerem que linhagens SHS provavelmente constituem um grupo clonal patogênico dentro da população analisada. Por outro lado, linhagens S possivelmente apresentam uma origem polifilética de dois ancestrais diferentes (um patogênico e outro não patogênico) onde a aquisição de genes de virulência através de transmissão horizontal possivelmente seja responsável por eventos que conduziram a um processo de evolução convergente. O agrupamento das linhagens isoladas de aves saudáveis e de linhagens O, sugere que a onfalite seja causada por linhagens não patogênicas. Os dados de similaridade do gene fIíC demonstram que houve a formação de dois grupos: um formado por linhagens isoladas de aves doentes e outro formada por linhagens isoladas de aves saudáveis. Estes dados sugerem que o gene fliC pode estar associado à diferenciação de possíveis dones patogênicos e não patogênico em linhagens de E. coli de origem aviária, assim como o observado em E. calí patogênicas para humanos / Abstract: Forty and nine Escherichía coli strains isolated frem sick chickens (24 frem septicaemia - S, 14 frem swollen head syndrem - SHS, and 11 frem omphalitis - O), and 30 strains isolated frem the cloacae region (C) of healthy chickens were analyzed in relation of the presence of virulence-related genes, E. colí phylogenetical groups, fliC gene similarity. These data were compared to a ERIC-PCR study realized of the same strains (Silveira et a/.,2002b) to characterize possible pathogenic clones present in this population. The results demonstrated that the virulence genes were more frequent among E. colí strains isolated from sick chicken. Strains isolated frem healthy chicken, frem omphalitis and from septicemic chickens were derived frem E. colí non pathogenic greups (A and B 1). SHS and septicemic strains belonged to E. coli pathogenic greups (B2 and D). The comparison of these data with the ERIC-PCR study demonstrated that these strains compounded three main clusters: (i) one non pathogenic, comp<?unded by E. colí strains isolated frem healthy chickens and frem omphalitis; (ii) one compounded by SHS strains belonged to D phylogenetical group; (iii) one compounded by septicemic strains where 46% belonged to A E. colí greup and 46% belonged to D E. calí greup. These data suggests the SHS strains prebably form a pathogenic clonal group inside the population analyzed. By contrast, septicemic strains may have a poliphyletical origin frem two ancestors (one pathogenic and another non pathogenic) where the horizontal acquisition of virulence genes may be respansible for events that conduced to a convergent evolution. The clustering of omphalitis and strains isolated frem healthy chickens suggests that omphalitis is caused by non pathogenic E. colí strains. The mc similarity data demonstrated that were two clusters one compounded by strains isolated frem healthy chickens and other compounded by strains isolated frem sick chickens. These data suggest that f/iC gene can be associated to pathogenic and non pathogenic clones differentiation like described among E. colí strains pathogenic for human / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Tomomasa Yano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T05:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ananias_Marcelo_M.pdf: 2055583 bytes, checksum: 5fd8a44119cef5e936f452b0c65edb49 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A patogenicidade de Escherichia coli em infecções extra-intestinais (ExPEC) depende das propriedades de virulência bacterianas. Estas, geneticamente, distribuem-se por diversas ilhas associadas a patogenicidade ¿ blocos gênicos contíguos ¿ responsáveis por expressar fatores que permitem às bactérias colonizarem, sobreviverem e assim, agredirem a integridade do hospedeiro. Para setenta e três (73) amostras de E. coli oriundas de pacientes septicêmicos isoladas por hemocultura foram detectadas a sorogrupagem (antígeno O), produção de hemolisinas, produção de enzimas e letalidade em camundongos, assim como o estudo molecular pela PCR de genes dos principais FV relacionados a ExPEC: adesinas ¿ fímbria tipo 1 (fimH), fímbria S (sfaD/E) e fímbria P (papC), além dos alelos 1, 2 e 3 da adesina fimbrial P (papG), adesina afimbrial (afaB/C); cápsula K1/K5 (kpsMTII); sideróforos - aerobactina (iucD), yersiniabactina (fyuA) e salmoquelina (iroN); toxinas ¿ hemolisina (hlyA), fator necrozante citotóxico do tipo 1 (cnf1) e toxina autotransportadora secretada (sat); miscelâneos ¿ invasão do endotélio microvascular cerebral (ibeA), resistência sérica (traT), colicina V (cvaC) e proteína uropatogênica específica (usp). Nenhuma amostra demonstrou atividade proteolítica. A produção de hemolisina foi detectada em 20,5% das amostras. Os sorogrupos O associados a UPEC prevaleceram em 52,1% das amostras contra 13,7% de outros sorotipos. Rugosas e não-tipáveis totalizaram 34,2%. Os resultados da PCR identificaram prevalência acima de 70% para os genes fimH, fyuA, kpsMTII e iucD. Entre 30% e 70% estiveram prevalentes os genes papC e papG, sat, iroN, usp e traT. Os genes sfaD/E, hlyA, cnf1, cvaC, ibeA e afaB/C estiveram presentes em no máximo 20% das amostras. O alelo de maior incidência para papG foi o 2; contudo, o alelo 3 apresentou maiores índices de associação com os outros fatores de virulência e o alelo 1 não foi detectado. A alta prevalência de amostras encapsuladas (74,0%) e hábeis em seqüestrar ferro (75,3%) condiz com a origem septicêmicas das amostras em estudo, que necessariamente devem driblar o sistema imunológico do hospedeiro e seqüestrar ferro. Todavia, os genes com baixa prevalência parecem desempenhar significativa função na ausência dos genes com maior prevalência neste estudo / Abstract: The pathogenicity of Escherichia coli in extraintestinal infections (ExPEC) depends to virulence properties bacterial. This, genetically, spread by several pathogenicity associated islands ¿ genic blocks contiguous ¿ responsible to express factors that allow to bacteria colonize, survive and thus, hurt the host integrity. Seventh tree strains of E. coli isolated from septicemic patients by means of hemoculture, it was detected antigen O sorogroup, production of hemolysins, enzymes e mouse lethality, plus the molecular study by PCR of the main genes associated of virulence factors in ExPEC: adhesins ¿ type 1 fimbriae (fumH), S fimbriae (sfaD/E) and fimbriae P (papC), and the alleles 1, 2 and 3 of adhesin P fimbrial, afimbrial adhesin (afaB/C); capsule K1/K5 (kpsMTII); siderophores ¿ aerobactin (iucD), yersiniabactin (fyuA) and salmochelin (ironN); toxins ¿ hemolysin (hlyA), necrotizing cytotoxic factor type 1 (cnf1) and toxin autotransporter secreted (sat); miscellaneous ¿ brain microvascular endothelial cells invasion (ibeA), seric resistance (traT), colicin V (cvcA) and specific uropathogenic protein (usp). No strain showed proteolytic activity. Hemolysin production was detected in 20,5% of strains. The O sorogroups associated to UPEC prevalent in 52,1% of strains against 13,7% of others sorogroups. Wrinkled and no-type totalized 34,2%. The results of the PCR identified prevalence above 70% for the genes fimH, fyuA, kpsMTII and iucD. Between 30-70% are prevalent the genes papC and papG, sat, iron, usp and traT. The genes sfaD/E, hlyA, cnf1, cvaC, ibeA and afaB/C bave been presents in the maxim 10% of strains. The allele with higher prevalence to papG was 2; but, the allele 3 presented higher numbers of association with others virulence factors. The high prevalence of encapsulated strains (74,0%) and able to uptake iron (75,3%) is according to the origin septicemic of strains studied, that necessarily may escape of the immunological system of host and uptake iron. Howerver, the genes with low prevalence seems to display an important function in the lack of the genes prevalent in this study / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores : Jose Francisco Hofling, Mary Anny Foglio / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-08T15:40:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mardegan_RitadeCassia_D.pdf: 1623661 bytes, checksum: 6efd1058d06bb35d4bbde2640edda2e8 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O uso de extratos vegetais com fins medicinais é uma das mais antigas formas de prática medicinal da humanidade. Visto que nos últimos anos, a freqüência das infecções fúngicas sistêmicas, principalmente as oportunistas invasivas, têm crescido drasticamente o objetivo deste estudo foi: 1 - testar a atividade dos extratos (diclorometanico e metanólico) de Rosmarinus officinalis, Mentha piperita, Casearia sylvestris, Arctium lappa, Arrabidaea chica e Tabebuia avellanedae para determinar o potencial antifúngico em cepas padrão de Cândida spp (C. albicans, C. dubliniensis, C. parapsilosis, C. tropicalis e C. krusei) e em amostras clinicas de Candida albicans através da determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM) e; 2 - avaliar a capacidade desses extratos em inibirem a atividade das proteinases produzidas por C. albicans, um dos mais importantes fatores de virulência dessa espécie. Foram incluídos nos testes para analisar a inibição da atividade proteolítica os inibidores de protease (Amprenavir e Ritonavir) e a Pepstatina A. Nossos resultados demonstraram CIMs variadas em relação a sensibilidade de cada cepa. O extrato metanólico de Arrabidaea chica foi o mais efetivo na inibição do crescimente de várias espécies de Candida, inclusive em relação aos isolados clinicos de C. albicans, seguido dos extratos diclorometanicos de Arctium lappa e Mentha piperita. Nos testes de inibição das proteinases de Candida albicans os que se destacaram foram os extratos diclorometanico de Arrabidaea chica, Casearia sylvestris e Mentha piperita. Desta forma concluímos que o extrato metanólico de A. chica e os extratos diclorometanicos de A. lappa, M. piperita e C. sylvestris obtiveram relevante atividade antifúngica in vitro contra uma variedade de espécies de Candida sendo promissores como agente antifúngico. / Abstract: The use of plants as medicinal substances is one of the most old medicine practices of the humanity. In the last years, the frequency of systemic yeast infection, mainly the opportunistic, has been increased. The overall aims of the present study were: 1 - to test the extract activity (dichloromethane and methanolic) from Rosmarinus officinalis, Mentha piperita, Casearia sylvestris, Arctium lappa, Arrabidaea chica and Tabebuia avellanedae to determine the antifungal activity using strains of Candida spp (C. albicans, C. dubliniensis, C. parapsilosis, C. tropicalis e C. krusei) and in clinical isolates of C. albicans by determination of minimum inhibitory concentration (MIC) and 2 - evaluate the capacity of the extracts to inhibit the activity of proteinases produced by C. albicans, one of the most important virulence factor of these specie. It has been included as a control to evaluate the inhibition of proteolitic activity Amprenavir e Ritonavir and Pepstatina A. Our results showed a variety of MIC patterns according to the strain sensibility. The methanolic extract of Arrabidaea chica was the most effective in inhibiting the growth of a variety of Candida species, including the clinical isolates of C. albicans, followed by dichloromethane extract of Arctium lappa and Mentha piperita. In relation of the proteinases inhibitory tests from C. albicans the most effective extracts tested were dichloromethane of Arrabidaea chica, Casearia sylvestris and Mentha piperita. In conclusion the methanolic extract from A. chica and dichloromethane extracts from A. lappa, M. piperita e C. sylvestris have relevant antifungal activity against a range of Candida specie in vitro and are promising antifungal agents. / Doutorado / Microbiologia e Imunologia / Mestre em Biologia Buco-Dental

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-06T15:21:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Vivian do N. Pereira.pdf: 2756512 bytes, checksum: 9892b08404437328cce673864effe453 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-06T15:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Vivian do N. Pereira.pdf: 2756512 bytes, checksum: 9892b08404437328cce673864effe453 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-06T15:21:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Vivian do N. Pereira.pdf: 2756512 bytes, checksum: 9892b08404437328cce673864effe453 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-06T15:21:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Vivian do N. Pereira.pdf: 2756512 bytes, checksum: 9892b08404437328cce673864effe453 (MD5) Previous issue date: 2015-08-31 / Candidemia is an infection recognized as public health problem related to health assistance. Filling the knowledge gaps through epidemiological studies and diagnostic tools to respond emerging threats that may be involved in the disease process is among the actions to eliminate these infections. The objective of this research was to study the Candida yeasts isolated from blood cultures of patients admitted in 11 hospitals of Manaus in 2013, as well to study the clinical epidemiological aspects of candidemia, the antifungal profile of susceptibility and virulence factors. The detection of yeasts in the collected samples was performed by conventional methodology. The antifungal susceptibility was determined using E-Test® strips. The studied virulence factors were proteinase, phospholipase, hemolysin and biofilm formation. During the study period, there were 85 cases of infection in the blood of 81 patients with Candida spp. In relation to gender, 67.9% were male, the median age of adult patients was 53 years and between pediatric patients was 60 days. The main risk conditions were: previous use of antibiotics (98.6%), presence of central venous catheter (95.9%), ICU (84.9%), use of protectors of gastric mucosa (84.4 %) and one-third of patients are from natal care and 72.8% of patients had up to 1 year old. According to the clinical course of patients, 40.7% died. C. albicans was the most frequently isolated species (34.57%), followed by C. tropicalis (32.1%) and Candida parapsilosis (17.28%). A susceptibility test was performed against Caspofungin, Micafungin, and Voriconazole, where the resistance 12.1%, 4.3% and 4.3% was respectively found. The virulence factors related to production of enzymes was: Proteinase with 56.4% of the isolates being producers, Phospholipase 36.2% and 78.7% hemolysin with this capability being more expressive in the species C. albicans. The biofilm formation was present in 34% of the isolates whose C. tropicalis was the most significant in this factor. The importance of epidemiology studies and local phenotypic studies may contribute to improve decision-making process and propose more effective measures for control and prevention of these infections. / As Candidemias são Infecções Relacionadas à Assistência a Saúde que são reconhecidamente um problema de saúde pública, e dentre as várias ações como medidas de eliminação destas infecções, estão o preenchimento das lacunas de conhecimento para responder as ameaças emergentes, isto se dá por estudos epidemiológicos, de diagnóstico e dos fatores que podem estar envolvidos no processo de adoecimento. O objetivo deste trabalho foi estudar as leveduras do gênero Candida isoladas a partir de hemoculturas de pacientes internados em 11 Hospitais de Manaus no ano de 2013, bem como estudar os aspectos clínicos epidemiológicos das candidemias, o perfil de susceptibilidade antifúngica e fatores de virulência. A detecção das leveduras presentes nas amostras coletadas foi realizada por meio de metodologia convencional. A susceptibilidade antifúngica foi determinada utilizando fitas de Etest® seguindo as recomendações do fabricante. Os fatores de virulência estudados foram: proteinase, fosfolipase, hemolisinas e formação de biofilme. No período de estudo, foram registrados 85 casos de infecção na corrente sanguínea de 81 pacientes por Candida spp. Em relação ao gênero 67,9% eram do sexo masculino, a mediana das idades entre os pacientes adultos foi de 53 anos e entre os pediátricos de 60 dias. As principais condições de risco foram: o uso prévio de antibióticos (98,6%), presença de cateter venoso central (95,9%), internação em UTI/CTI (84,9%), uso de gastroprotetores (84,4%) e um terço dos pacientes são procedentes de maternidades, e 72,8% dos pacientes tinham até 1 ano de idade. Segundo a evolução clínica dos pacientes, 40,7% foram a óbito. C. albicans foi a espécie isolada com mais frequência (34,57%), seguido de C. tropicalis (32,1%), C. parapsilosis (17,28%). Foi realizado teste de susceptibilidade frente a Caspofungina, Micafungina e Voriconazol, onde a resistência encontrada foi de 12,1%, 4,3% e 4,3% respectivamente. Os fatores de virulência relacionados à produção de enzimas foram: Proteinase com 56,4% dos isolados sendo produtores, Fosfolipase 36,2% e Hemolisina 78,7 com esta capacidade; sendo mais expressiva nas espécies de C. albicans. A formação de biofilme estava presente em 34% dos isolados, sendo a C. tropicalis a mais expressiva neste fator. A importância de estudos de epidemiologia e estudos fenotípicos locais podem contribuir para a melhoria da tomada de decisão e propor medidas mais efetivas de controle e prevenção destas infecções.

Um total de 123 isolados de Pasteurella multocida provenientes de suínos foi avaliado através da PCR para pesquisa de genes codificadores de capsula, toxina dermonecrótica e outros fatores de virulência. As amostras foram caracterizadas como tipo capsular A (78,8 %) e tipo capsular D (21%). Nenhum dos isolados foi positivo para presença de toxina dermonecrótica. Os genes codificadores dos fatores de virulência pesquisados foram observados nas freqüências de 93,5 % para nanB, 92,7% para psl, 91,9% para oma87 e nanH, 87,8% para sodA,87% para hghA,83,7% para ompH, 82,9% para sodC, 79,7% para ptfA e exbBD tonB,73,2% para hgbB, 14,6% para pfhA e 4,9% para tbpA. Estes achados são compatíveis com o descrito na literatura internacional. / A total of 123 Pasteurella multocida strains from swine was evaluated through PCR to detect capsular, dermonecrotic toxin codifying genes and others virulence factors. The strains were identified as capsular type A (78.8 %) and capsular type D (21%). None of isolates were positive to dermonecrotic toxin gene. The virulence factors genes were detected in the following frequency: 93.5 % to nanB, 92.7% to psl, 91.9% to oma87 and nanH, 87.8% to sodA, 87% to hghA, 83.7% to ompH, 82.9% to sodC, 79.7% to ptfA and exbBD tonB, 73.2% to hgbB, 14.6% to pfhA and 4.9% to tbpA. These findings were in accordance with international literature.

O presente trabalho teve como objetivo isolar e identificar os microrganismos aeróbicos e a frequência de isolamento de Escherichia coli patogênica ao homem em fezes de cães sem sintomas de colibacilose e assim averiguar a participação do cão como fonte de infeção de colibacilose humana. No período de setembro de 2002 a outubro de 2004, foram coletadas 220 amostras de fezes de animais capturados pelos CCZ de Guarulhos, Cotia e Barueri, cidades do Estado de São Paulo. O método de coleta foi através de swabs estéreis profundamente ao intestino dos animais anestesiados, mantidos sob refrigeração e em caldo BHI. As bactérias foram isoladas por semeadura em Mac Conkey, ágar sangue e Sabouraud. Houve crescimento de microrganismos em 100% delas. Foram isolados os seguintes microrganismos: 120 (54,54%) estirpes de E. coli em cultura pura e 76 (34,54%) estirpes em associação com outros agentes, Proteus mirabilis (2,27%), Klebsiella pneumoniae (2,27%), dentre outros microrganismos. Deve-se ressaltar ainda o isolamento de leveduras (Candida albicans) em associação com outros agentes a partir de 05 (2,27%) amostras de swabs retais. Uma vez isoladas, seus genes de virulência foram detectados por PCR. De um total de 196 estirpes de E. coli isoladas, 123 (62,75%) apresentaram um ou mais dos fatores de virulência estudados. Dessas 196 estirpes, 16 (8,16%) foram positivas para afa, 54 (27,55%) foram positivas para sfa, 38 (19,38%) foram positivas para pap, 66 (33,67%) foram positivas para aer, 31 (15,81%) foram positivas para cnf, 13 (6,63%) foram positivas para hly, 01(0,51%) foi positiva para VT2 e nenhuma das linhagens foi positiva para LT, STa e STb. Os cães aparentemente sadios, sem sintomas de colibacilose, poderiam estar participando da cadeia epidemiológica como reservatórios de E. coli uropatogênica ao homem, pois os genes encontrados com maior número foram aer, sfa e pap presentes em infecções extraintestinais, mais especificamente infecções urinárias. Os cães podem participar como reservatório de estirpes de E. coli resistentes a antimicrobianos. Das amostras de E. coli testadas, 85,64% apresentaram resistência à Cefalotina e 0% de resistência à Norfloxacina. Há a necessidade de mais pesquisas sobre o modo de transmissão das E. coli patogênicas entre o cão e o homem e dos fatores de virulência uropatogênicos encontrados com maior frequência tais como aer, sfa e pap. / The objective of the present study was to isolate and identify aerobic microorganisms and the isolation frequency of E. coli pathogenic to man in faeces of dogs without colibacillosis symptoms and thus to verify the participation of dog as a source of human colibacillosis infection. In the period between September 2002 to October 2004, 220 samples of faeces were collected from animals captured by the CCZ of Guarulhos, Cotia and Barueri, cities in the São Paulo state. The collection method used was barren swabs deeply to the intestine of anesthetized animals, which were kept under refrigeration and in a BHI broth. The bacteria were isolated through sowing in Mac Conkey, agar blood and Sabouraud. In 100% of them there was microorganism growth. The following microorganisms were isolated: 120 (54.54%) E. coli lineages in pure culture and 76 (34.54% lineages in association with other agents, Proteus mirabilis (2,27%), Klebsiella pneumoniae (2.27%,) amongst other microorganisms. The isolation of yeasts (Candida Albicans) in association with other agents from 05 (2.27%) rectal samples swabs must be emphasized. Once isolated virulence genes were detected by PCR. Of a total of 196 isolated lineages of E.coli, 123 (62.75%) presented one or more of the studied virulence factors. Of these 196 lineages, 16 (8.16%) were positive for afa, 54 (27.55%) positive for sfa, 38 (19.38%) positive for pap, 66 (33.67%) positive for aer, 31 (15.81%) positive for caf, 13 (6.63%) positive for hly, 01 (0.51%) positive for VT2 and none of the lineages were positive for LT, Sta and STb. Apparently healthy dogs, without colibacillosis symptoms could be participating in the epidemiological chain as an E. coli reservoir uropathogenic to man, as the genes found with high frequency were aer, sfa and pap present in extraintestinal infections, more specifically urinary infections. The dogs can participate as a reservior of E. coli lineages resistant to antimicrobials. Of the E. coli samples tested, 85,64% presented resistance to Cefalotina and 0% resistance to Norfloxacina. More research is needed on how the transmission of pathogenic E. coli between the dog and man happens and also on the uropathogenic virulence factors found more frequently, such as aer, sfa and pap.

O dermatófito Trichophyton rubrum é um fungo filamentoso, antropofílico que infecta preferencialmente tecidos queratinizados, e é o agente etiológico mais frequentemente isolado em casos de dermatofitoses humanas. Recentemente, este fungo tornou-se a causa de infecções profundas e generalizadas em pacientes imunocomprometidos. As estratégias terapêuticas para controlar esse tipo de infecção apresentam várias limitações, como o aparecimento de linhagens resistentes e o número restrito de alvos celulares disponíveis. Novas estratégias terapêuticas são necessárias, sendo o foco de muitas investigações. Acriflavina é uma droga citotóxica com atividade antifúngica envolvida na inibição da topoisomerase. Embora seja um composto intercalante de DNA, já foi relatada a super expressão de genes que codificam enzimas envolvidas no transporte de elétrons na cadeia respiratória mitocondrial e no transporte de ferro em resposta a esta droga, sugerindo um amplo espectro de efeitos celulares. A fim de melhor compreender seus efeitos moleculares, o objetivo deste trabalho foi avaliar o transcriptoma de T. rubrum em resposta a acriflavina. Os perfis transcricionais em resposta a esta droga foram analisados utilizando a metodologia de RNA-seq empregando o sequenciamento em larga escala SOLiD System. Foram comparadas quatro bibliotecas sendo uma o cultivo de T. rubrum em meio Sabouraud e três períodos de exposição à droga: 3 horas, 12 horas e 24 horas. Foram geradas aproximadamente 200 milhões de reads, as quais foram filtradas e alinhadas no genoma de T. rubrum disponível no Dermatophyte Comparative Database Broad Institute utilizando os algoritmos Bowtie e Tophat. As reads alinhadas foram processadas utilizando os algoritmos Cufflinks e Cuffdiff para estimar a abundancia dos transcritos e testar os genes diferencialmente expressos entre o controle e as condições de exposição à droga. Foram identificados 3.153 genes diferencialmente expressos. Após o estabelecimento de critérios mais estringentes, foram selecionados 490 genes diferencialmente expressos em resposta à droga. Estes genes estão relacionados a vários processos celulares como reações de oxidação e redução, transporte transmembrana, transporte de íons e metais e a patogenicidade. Os genes envolvidos com patogenicidade foram reprimidos, sugerindo que a droga interfira com processos importantes para instalação e manutenção da infecção no hospedeiro. Outros fatores de virulência como genes envolvidos no ciclo do glioxilato, também foram reprimidos pela droga. Além disso, genes da via de biossíntese do ergosterol foram reprimidos pela droga, o que constitui um provável novo mecanismo de ação de acriflavina. Os resultados obtidos nesta análise em larga escala contribuem com a elucidação dos mecanismos moleculares envolvidos na adaptação ao estresse em dermatófitos e podem auxiliar o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas. Além disso, estes resultados contribuem com a anotação do genoma e transcritoma de T. rubrum e outros dermatófitos. / The dermatophyte Trichophyton rubrum is an anthropophilic filamentous fungus that infects keratinized tissues and is the most common etiologic agent isolated in cases of human dermatophytoses. Recently, it has become the cause of deep and widespread infections in immunocompromised patients. Therapeutic strategies to control these infections have several limitations, such as the appearence of resistant strains and the limited number of antifungal cellular targets. New therapeutic strategies are necessary, being the focus of many investigations. Acriflavine is a cytotoxic drug with antifungal activity involved in topoisomerase inhibition. Although it presents DNA intercalating properties, it has already been reported the over-expression of genes coding for enzymes involved in mitochondrial respiratory-electron transport and in iron transport in response to this drug, suggesting a broad spectra of cellular effects. In order to better understand its molecular effects we evaluated T. rubrum transcriptome in response to acriflavine in a time-course assay using the next generation sequencing technology SOLiD System. RNA-seq was performed comparing T. rubrum growth in Sabouraud medium as the control and the three periods of drug exposure, 3h, 12h, and 24h. RNA-seq generated approximately 200 million short reads that were mapped to the Broad Institutes Dermatophyte Comparative Database using Bowtie and TopHat algoritms. Differential gene expression analysis was performed using Cufflinks and Cuffdiff. It was identified 3,153 differentially expressed genes. A more stringent cut-off threshold was established and this analysis revealed a subset of 490 genes modulated in response to the stress caused by exposure of T. rubrum to acriflavine. These genes are involved in various cellular processes such as oxidation-reduction reactions, transmembrane transport, metal ion binding, and pathogenicity. The genes involved in pathogenicity were down-regulated, suggesting that this drug interferes with virulence factors that allow the development of infection and persistence of the dermatophyte in the host. Other virulence factors such as genes involved in the glyoxylate cycle were also repressed by the drug. Moreover, genes involved in ergosterol biosynthesis pathway were down-regulated by the drug and may constitute a new mechanism of action of acriflavine. The results obtained in this large scale analysis provide insights into the molecular mechanisms underlying the responses of T. rubrum to stress conditions and may aid the development of new antifungal drugs. Furthermore, these results contribute to improve gene annotation and open reading frame prediction for T. rubrum and other dermatophyte genomes and transcriptomes.

Streptococcus mutans (S. mutans) é considerado o principal agente etiológico da cárie dentária e estudos acerca de sua virulência têm sido realizados com o intuito de compreender melhor os mecanismos de patogenia da doença. Dentre outros fatores, a virulência dessa espécie bacteriana está relacionada a sua habilidade em produzir proteína ligante de glucano tipo A (GbpA) e mutacinas, proteínas que desempenham importante papel na adesão celular e colonização da superfície dentária. Desta forma, o objetivo da presente pesquisa foi analisar, geneticamente, esses fatores de virulência de S. mutans e verificar sua relação com a persistência e transmissão de genótipos entre os membros de oito famílias brasileiras. Foram utilizados 392 isolados clínicos de S. mutans obtidos a partir da saliva de 20 indivíduos adultos cárie-ativos. Os microrganismos foram previamente identificados e genotipados em um estudo anterior que avaliou sua transmissibilidade e estabilidade ao longo do tempo. As amostras estocadas a -86°C foram reativadas por semeadura em diferentes meios de cultura (ágar sangue e ágar Mitis Salivarius Bacitracina Sacarose) e repicadas em caldo de Infusão de Cérebro e Coração. Após extração do DNA cromossômico bacteriano foram realizadas análises genético-moleculares, por meio da reação em cadeia da polimerase, visando a detecção nas amostras dos genes envolvidos na produção de GbpA (gbpA) e codificadores dos tipos I, II, III e IV de mutacinas (mutAI, mutAII, mutAIII e mutAIV). Os dados obtidos foram analisados por meio das estatísticas descritiva e inferencial, utilizando-se os testes de Qui Quadrado, Odds Ratio (OR) e exato de Fisher, a um intervalo de confiança de 95% (IC95%) e nível de significância de 5%. Os genes gbpa, mutAI, mutAII, mutAIII e mutAIV foram detectados, respectivamente, em 77,3%, 12,5%, 51%, 16,6% e 89,8% dos isolados de S. mutans considerados viáveis (N=392). A virulência do S. mutans apresentou associação com sua transmissão (P<0,001) e estabilidade (P=0,011), sendo que os genótipos mais virulentos apresentaram aproximadamente três vezes mais chance de serem transmitidos (OR=3,07; IC95% 2,02 - 4,66) e aproximadamente duas vezes mais chance de persistirem na cavidade bucal dos indivíduos (OR=2,06; IC95% 1,17 - 3,63) do que os menos virulentos. Apesar da prevalência dos genes mutAI (P<0,001) e mutAIII (P<0,001) terem sido diferentes entre os genótipos de S. mutans transmitidos e não transmitidos, não houve associação (P=0,357) entre a experiência de cárie dentária das crianças e a virulência dos genótipos adquiridos. Os resultados sugerem que os genótipos dotados de informação genética para sintetizar GbpA e mutacinas apresentam importante vantagem ecológica no processo de colonização por S. mutans, mantendo-se estáveis na microbiota bucal do hospedeiro e favorecendo a transmissão intrafamiliar. / Streptococcus mutans (S. mutans) is the main etiologic agent in the development of dental caries and several studies about its virulence have been conducted to understand the mechanisms of disease pathogenesis. Among other factors, the virulence of this bacterial species is based on their ability to produce glucan-binding protein-A (GbpA) and mutacins, proteins that play an important role in cell adhesion and colonization of the dental surface. Thus, the aim of the present study was to analyze, genetically, these virulence factors of S. mutans and to investigate their relation with the persistence and transmission of genotypes among the members from eight Brazilian families. A total of 392 clinical isolates of S. mutans, collected from 20 caries-active adults, were utilized. These microorganisms were previously identified and genotyped in a study that evaluated their transmissibility and stability over time. The samples stored at -86°C were plated on different culture media (blood agar and Mitis Salivarius Sucrose Bacitracin agar) and grown in Brain Heart Infusion broth. After extraction of bacterial chromosomal DNA, the samples were amplified, by the technique of polymerase chain reaction, for the presence of genes coding for GbpA (gbpA) and for mutacins types I, II, III and IV (mutAI, mutAII, mutAIII and mutAIV). Data obtained were analyzed through descriptive and inferential statistics, using the Chi-Square, Odds Ratio (OR) and Fisher\'s exact tests, with a 95% confidence interval (95%CI) and a significance level of 5%. The gbpa, mutAI, mutAII, mutAIII and mutAIV genes were detected, respectively, in 77.3%, 12.5%, 51%, 16.6% and 89.8% of viable clinical isolates (N=392). The virulence of S. mutans was associated with the transmission (P<0,001) and stability of colonization (P=0.011). The most virulent genotypes showed approximately three times more likely to be transmitted (OR=3.07; 95%CI 2.02 - 4.66) and approximately two times more likely to persist in the oral cavity (OR=2.06; 95%CI 1.17 - 3.63) than the less virulent genotypes. Despite the prevalence of genes mutAI (P<0.001) and mutAIII (P<0.001) have been different between the genotypes of S. mutans transmitted and no transmitted, there was no association (P=0.357) between the experience of dental caries of children and the virulence of the acquired genotypes. The results suggest that the genotypes with genetic information to synthesize GbpA and mutacins can represent an important ecological advantage in the process of colonization by S. mutans, remaining stable in the oral microbiota of the host and favoring an intrafamilial transmission.

Os objetivos desta pesquisa foram observar a incidência de E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteropatogênica clásssica (EPEC) e E. coli invasora (EIEC) em alimentos e estudar algumas de suas propriedades. Foram estudadas 360 amostras de alimentos, de origem animal e vegetal, das quais foram isoladas 1351 cepas diferentes de E.coli. Todas foram sorotipadas para investigação daquelas pertencentes aos sorogrupos enteropatogênicos clássicos, e as cepas imóveis e lisinadescarboxilase negativas sorotipadas para identificação daquelas pertencentes aos sorogrupos invasores. A capacidade de produção das enterotoxinas LT e ST de todas as cepas de E. coli foi também investigada. As amostras patogênicas isoladas corresponderam a 1,6 do total de cepas de E.coli estudado. Os alimentos de onde foram isolados representaram 4,2% do total de amostras de alimentos estudados e 5,2% das amostras de alimentos contendo E. coli. Não foram isoladas amostras de EIEC nas amostras de alimentos estudadas. As amostras de EPEC isoladas pertenceram aos sorogrupos 026 e 0125. Entre as amostras de ETEC isoladas predominaram aquelas produtoras somente da toxina LT, não tendo sido isoladas amostras capazes de produzir as toxinas LT e ST simultaneamente. Nenhuma das amostras de ETEC pertenceu aos sorogrupos enterotoxigênicos mais frequentes, nem possuiu os fatôres de colonização CFA/I e CFA/II. No teste de resistência a drogas, a maioria das amostras enteropatogênicas mostrou-se sensível às drogas utilizadas. O modelo de fermentação de açúcares foi relativamente uniforme entre estas amostras, e bastante semelhante ao apresentado pelo gênero Escherichia. / The objectives of this research work were to study the incidence of enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteropathogenic. E.coli (EPEC) and invasive E. coli (EIEC) in foods, and to study some of their properties. 360 food samples, both of animal and plant origin, were studied and 1351 different E. coli strains were isolated. All of them were serotyped in order to identify those belonging to the serogroups enteropathogenic for children (EPEC). The strains which were non-motile and lysine descarboxylase negative were serotyped for the identification of those belonging to invasive serogroups. The capacity of all strains in producing enterotoxins ST and LT was also investigated. The isolated pathogenic strains corresponded to 1,6% of the E. coli strains tested. The foods from which they were isolated represented 4,2% of the total of food samples tested, and 5,2% of the food samples showing contamination with E. coli. No invasive strain was observed in the food samples tested. The isolated EPEC strains belonged to serogroups 026 and 0125. There was a prevalence of enterotoxin LT only producing strains among the ETEC ones, and no strain able to produce both enterotoxins LT and ST simultaneously was observed. None of them belonged to the usual enterotoxigenic serogroups, nor had colonization factors CFA/I and CFA/II. The antibiotic resistence test showed that the majority of pathogenic strains were sensitive to the drugs employed. The sugar fermentation model was relatively uniform among these strains, and very smilar to the one showed by the genus Escherichia.