Thesis (M.Sc.). / Written for the Dept. of Microbiology and Immunology. Title from title page of PDF (viewed 2008/05/29). Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--West Virginia University, 2000. / Title from document title page. Document formatted into pages; contains x, 231 p. : ill. (some col.). Vita. Includes abstract. Includes bibliographical references (p. 188-203).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:37:44Z : No. of bitstreams: 1 doria_kmabvs_me_botfca.pdf: 1765521 bytes, checksum: 3c3876d40aef109f0fbe73859a7a9972 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A hortênsia é um arbusto semilenhoso muito apreciado como ornamental no Brasil. No Brasil podemos ressaltar a “Região das Hortênsias” no Sul do país, onde esta ornamental é utilizada em projetos de jardinagem em casas e rodovias. A cidade de Gramado têm a hortênsia como sua flor símbolo. No Estado de São Paulo, ela é comumente encontrada na Região de Campos do Jordão. Plantas de hortênsia apresentando anéis cloróticos e necróticos foram observadas por Yuki et al. (2005) em material proveniente de Arujá, estado de São Paulo. Transmissões por extrato vegetal permitiram a observação de lesões locais cloróticas em Chenopodium quinoa e Gomphrena globosa, indicando infecção causada por vírus. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo a identificação e caracterização da espécie viral presente nestas amostras. Inicialmente as amostras foram analisadas por microscopia eletrônica, onde puderam ser observadas partículas alongadas filamentosas, medindo cerca de 490 nm, indicando a provável presença de um potexvirus. Oligonucleotídeos específicos Hyd_senso e Hyd_anti_senso foram desenhados para o Hydrangea ringspot virus (HdRSV), um potexvirus encontrado comumente em países Europeus e nos Estados Unidos. O RNA total foi extraído pelo método de Bertheau et al. (1998), para posterior análise por RT-PCR utilizando-se estes oligonucleotídeos. Dois fragmentos, um em torno de 550 e outro de 250 nucleotídeos foram amplificados e purificados para realização do sequenciamento genético. Uma identidade de nucleotídeos de 96% e 88% para o fragmento maior e menor respectivamente foi observada para HdRSV (número de acesso AJ 707100.1), indicando tratar-se desta espécie viral. O HdRSV até então era uma praga exótica no Brasil, de forma que foi realizada comunicação ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, que emitiu parecer... / The hydrangea is an ornamental plant very appreciated in Brazil. In South of Brazil, this plant is used in projects for gardening in houses and highways. Hydrangea is the symbol of Gramado´s city. In State of São Paulo this ornamental plant is commonly found in Campos do Jordão. Hydrangea plants showing leaves with chlorotic and necrotic rings were observed by Yuki (2005) in material proceeding from Arujá, State of São Paulo. Chlorotic local lesions were observed on Chenopodium quinoa and Gomphrena globosa, after sap transmission, indicating infection caused by virus. On electron microscope analysis, virus particles with 490 nm could be 4 visualized indicating infectin by a potexvirus. In order to identify the species of virus infecting these plants, specifics primers (Hyd_senso and Hyd_anti_senso) were design for Hydrangea ringspot virus (HdRSV), a potexvirus commonly found infecting hydrangea in Europe and United States. Total RNA was extracted following Bertheau et al., 1998 protocol’s and the primers were used in RT-PCR. Two fragments, one around 550bp and another one of 250 nucleotides were amplified and sequenced. An identity of nucleotide of 96% and 88%, respectively, was observed for HdRSV (number of access AJ 707100.1), indicating that both fragments amplified were from the virus. As the HdRSV is an exotic pest in Brazil, the occurrence was notified to the Ministry of Agriculture (MAPA) that gave us the permission for publication this data (process 21052.015361/2007-08). To evaluate the dissemination of this virus in the matrices of hydrangea used in the commercial production in Brazil, 17 samples of the region of Arujá – SP were analysed for the presence of the virus. Eight of them were infected by virus, and the RT-PCR fragment from the varieties Azul Rendado, Azul LZR, Renat Blue, Rosa Japonesa, Rosita and Vermelho Comum were sequenced for analysis... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: A hortênsia é um arbusto semilenhoso muito apreciado como ornamental no Brasil. No Brasil podemos ressaltar a "Região das Hortênsias" no Sul do país, onde esta ornamental é utilizada em projetos de jardinagem em casas e rodovias. A cidade de Gramado têm a hortênsia como sua flor símbolo. No Estado de São Paulo, ela é comumente encontrada na Região de Campos do Jordão. Plantas de hortênsia apresentando anéis cloróticos e necróticos foram observadas por Yuki et al. (2005) em material proveniente de Arujá, estado de São Paulo. Transmissões por extrato vegetal permitiram a observação de lesões locais cloróticas em Chenopodium quinoa e Gomphrena globosa, indicando infecção causada por vírus. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo a identificação e caracterização da espécie viral presente nestas amostras. Inicialmente as amostras foram analisadas por microscopia eletrônica, onde puderam ser observadas partículas alongadas filamentosas, medindo cerca de 490 nm, indicando a provável presença de um potexvirus. Oligonucleotídeos específicos Hyd_senso e Hyd_anti_senso foram desenhados para o Hydrangea ringspot virus (HdRSV), um potexvirus encontrado comumente em países Europeus e nos Estados Unidos. O RNA total foi extraído pelo método de Bertheau et al. (1998), para posterior análise por RT-PCR utilizando-se estes oligonucleotídeos. Dois fragmentos, um em torno de 550 e outro de 250 nucleotídeos foram amplificados e purificados para realização do sequenciamento genético. Uma identidade de nucleotídeos de 96% e 88% para o fragmento maior e menor respectivamente foi observada para HdRSV (número de acesso AJ 707100.1), indicando tratar-se desta espécie viral. O HdRSV até então era uma praga exótica no Brasil, de forma que foi realizada comunicação ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, que emitiu parecer... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The hydrangea is an ornamental plant very appreciated in Brazil. In South of Brazil, this plant is used in projects for gardening in houses and highways. Hydrangea is the symbol of Gramado's city. In State of São Paulo this ornamental plant is commonly found in Campos do Jordão. Hydrangea plants showing leaves with chlorotic and necrotic rings were observed by Yuki (2005) in material proceeding from Arujá, State of São Paulo. Chlorotic local lesions were observed on Chenopodium quinoa and Gomphrena globosa, after sap transmission, indicating infection caused by virus. On electron microscope analysis, virus particles with 490 nm could be 4 visualized indicating infectin by a potexvirus. In order to identify the species of virus infecting these plants, specifics primers (Hyd_senso and Hyd_anti_senso) were design for Hydrangea ringspot virus (HdRSV), a potexvirus commonly found infecting hydrangea in Europe and United States. Total RNA was extracted following Bertheau et al., 1998 protocol's and the primers were used in RT-PCR. Two fragments, one around 550bp and another one of 250 nucleotides were amplified and sequenced. An identity of nucleotide of 96% and 88%, respectively, was observed for HdRSV (number of access AJ 707100.1), indicating that both fragments amplified were from the virus. As the HdRSV is an exotic pest in Brazil, the occurrence was notified to the Ministry of Agriculture (MAPA) that gave us the permission for publication this data (process 21052.015361/2007-08). To evaluate the dissemination of this virus in the matrices of hydrangea used in the commercial production in Brazil, 17 samples of the region of Arujá - SP were analysed for the presence of the virus. Eight of them were infected by virus, and the RT-PCR fragment from the varieties Azul Rendado, Azul LZR, Renat Blue, Rosa Japonesa, Rosita and Vermelho Comum were sequenced for analysis... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Renate Krause Sakate / Coorientador: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Jorge Alberto Marques Rezende / Banca: Valdir Atsushi Yuki / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-19Bitstream added on 2014-06-13T19:22:11Z : No. of bitstreams: 1 kenfe_fr_dr_arafcf.pdf: 3010421 bytes, checksum: 0c72cd8f3fb09b23c23aaa33651ce816 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O vírus da hepatite C (VHC) é um vírus envelopado com cerca de 50 a 70 nm de diâmetro, fita positiva de RNA e pertence ao gênero do Hepacivirus e à família Flaviridae. A detecção e quantificação do antígeno do core, proteína do nucleocapsídeo do VHC tem obtido sucesso em muitos ensaios, sendo considerado um marcador da replicação viral, por apresentar uma sequencia de aminoácidos altamente conservada, o que lhe confere alta sensibilidade e especificidade. A proteína E2 é uma glicoproteína de envelope do VHC com 11 sítios de glicosilação e a maioria deles estão bem conservados, tornando-a um alvo antigênico. O objetivo deste estudo foi o de desenvolver métodos diagnósticos para o VHC de alta sensibilidade, baixo custo e que pudessem ser utilizados na triagem sorológica. As regiões genômicas que codificam as proteínas core (parcial 136 aa) e E2 do VHC foram expressas em E. coli da linhagem Rosetta e clonadas no vetor de expressão pET-42a e induzidas por IPTG 0,4mM, produzindo proteínas recombinantes fusionadas a proteína GST (glutationa S-transferase), que foram então purificadas por cromatografia de afinidade. A imunorreatividade foi avaliada por Western Blot, Slot Blot e os métodos diagnósticos (ensaio imunoenzimático (ELISA) de captura, indireto, imunoblotting e imunocromatográfico) desenvolvidos e aprimorados. Os métodos desenvolvidos foram mais sensíveis e específicos utilizando a mistura das proteínas recombinantes fusionadas a GST (core + E2) / The hepatitis C virus (HCV) is an enveloped virus of about 50 to 70 nm in diameter, positive strand RNA, and belongs to the genus Hepacivirus and the family Flaviridae. The detection and quantification of the core antigen, HCV nucleocapsid protein, has been successful in many trials and is considered a marker of viral replication, since it presents a sequence of highly conserved amino acids, giving it high sensitivity and specificity. The E2 protein is an envelope glycoprotein of HCV with 11 glycosylation sites, most of these well-conserved, making it a target antigen. The aim of this study was to develop high sensitivity, low cost diagnostic methods for HCV which could be used for serological screening. The genomic regions encoding the core (part 136 aa) and E2 proteins of HCV were expressed in E. coli Rosetta strain, cloned in expression vector pET-42a, and induced with 0.4 mM IPTG, producing recombinant proteins fused to GST protein (glutathione S-transferase), which were then purified by affinity chromatography. The immunoreactivity was assessed by Western blot, Slot Blot and the developed and improved diagnostic methods (enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) capture and indirect, immunoblotting and immunochromatographic). The methods developed were more sensitive and specific using the mixture of the recombinant proteins fused to GST (core + E2)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-04Bitstream added on 2014-06-13T20:25:44Z : No. of bitstreams: 1 nascimento_ml_dr_botfca.pdf: 3273623 bytes, checksum: fd00789b4214b08e31a8b053642da850 (MD5) / The present work aimed to characterize a new virus, possibility belonging to CrPV like viruses group, isolated from Thyrinteina arnobia (Stoll, 1782) (Lepidoptera: Geometridae), the eucalyptus brown looper, and to evaluated its potencial to use as virus bioinsecticide. The experiments were carried out at the laboratory from FCA/UNESP Botucatu - SP and ESALQ/USP Piracicaba- SP. Thyrinteina arnobia virus (TaV) came from sick caterpillars collected in Itatinga, SP in 1996 and in Lençóis Paulista SP in 1997 and colonies were replicated in T. arnobia caterpillars reared in laboratory. The caterpillars mortality from the first to the fourth instar was 100%. Caterpillars infected in the sixth instar and could reach the adult stage showed females with reduced fertility when compared to health ones. Through the survivorship analysis was possible to verify the caterpillars susceptibility to TaV in each T. arnobia instar. All larvae instars exhibited viruses characteristic symptoms. Purified virus suspension samples were observed at the transmission eletronic microscopy and it was visualized a large quantity of picornavirus particles measuring about 30 nm of diameter. Shorter particles with 15 nm were detected, suggesting the existence of satellite virus. The TaV virus cover proteins was serologically detected using antisera produced in rabbit. This cover is composed by three proteins with molecular weight of 47, 60 and 66 kDa. The genomic RNA size varies from 4 to 6 kb. Through ultraslim sections, it was possible to verify that T. arnobia caterpillars infection due to TaV seem to be limited to midgut epithelium, where there has the virions accumulation. The characteristic cytopathic effect was multivesicular bodies formation, apparently due to mitochondrial derivation. Preliminaries assays indicated that TaV did not infect Bombyx mori and Spodoptera... (Complete abstract, click electronic address below).

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-30Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000808994_20150530.pdf: 370146 bytes, checksum: b57ece1272febc6027177478678bf29b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:28Z: 000808994_20150530.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:00Z : No. of bitstreams: 1 000808994.pdf: 1388656 bytes, checksum: ff666b142c12af73f1f96183ae305879 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Embora novos medicamentos de ação direta anti-HCV tenham sido recentemente aprovados no mercado, com exceção do genótipo 1, a terapia mais utilizada ainda é baseada em Interferon (IFN) e Ribavirina. Desta forma, o genótipo 3 é o que apresenta mais baixa taxa de sucesso no tratamento, no atual cenário. Um dos fatores determinantes do insucesso deste tratamento no paciente é a variabilidade viral. O HCV apresenta alta taxa de mutação durante a replicação, implicando na produção de variantes intra-hospedeiro, denominadas quasispecies. A região hipervariável 1 (HVR1) da proteína do envelope é uma região de alta variabilidade do genoma viral. A detecção das quasispecies minoritárias pode ser realizada de forma confiável e eficiente por pirossequenciamento de alta cobertura (UPDS), técnica capaz de detectar variantes presentes em frequência <1% na população. Com base neste contexto, foram determinados quasispecies da HVR1-HCV de 14 pacientes infectados com o genótipo 3 do vírus, utilizando a técnica de UPDS. No total, 64.400 sequencias da HVR1 foram obtidas de amostras pré-tratamento. Destas, 27.398 sequências de alta qualidade foram filtradas e corrigidas. Valores de distância genética e entropia de Shannon não foram correlacionados a resposta ao tratamento. Estas sequências foram posteriormente submetidas a construção de redes median-joining e análise Bayesiana de estrutura populacional (BAPS). A análise identificou amostras com diferentes estruturas, desde altamente conservadas (apenas uma população de quasispecies) até altamente estratificadas (6 subpopulações). Este resultado foi condizente com a estrutura das redes median-joining. Várias mutações ao longo da HVR1 do mesmo paciente e algumas repetiram em pacientes do mesmo grupo de resposta. Quanto a avaliação de análise das sequências de aminoácidos, embora haja grande variação quanto a sequência e propriedades físico-químicas, pode-se ... / Hepatitis C is a major public health problem. New HCV antiviral drugs were released on market on 2010; however, excluding for genotype 1, the most used therapy used currently is still based on Interferon (IFN) and Ribavirin. Nowadays, genotype 3 is the one with the highest rate of treatment failure. Viral genome variability is one of the factors that lead in therapy failure. HCV presents a high mutability during replication course, implicating in arising of intra-host variants called quasispecies. The hypervariable region 1 (HVR1) from envelope protein presents as quasispecies and may be related to IFN therapy resistance. Resistant quasispecies may not represent majority of variants population in the host, therefore, in these cases traditional sequencing techniques are unable to detect. For detection of minority quasispecies, ultra-deep pyrosequencing (UPDS) is a reliable and efficient tool, being able to detect even variants with frequency <1% in the population. Regarding this issue, we determined HVR1 quasispecies from 14 patients infected with HCV genotype 3 using the UPDS approach. In total, 64,400 HVR1 sequences were obtained from pre-therapy sample. From these sequences, 27,398 ones with high quality were filtered. Genetic distance and Shannon entropy values were not related to therapy outcome. These sequences were analyzed using median-joining networks and Bayesian population structural analysis. These analysis identified samples with different structures, from high conserved (one sub-population) to high stratified ones (6 sub-populations). Networks analysis also confirmed this result. Mutations exclusive for a type of response of therapy were identified along HVR1. Amino acid sequences indicated that this region presents conserved structure, even if sequence and physical and chemicals properties seem flexible. Especially in turns and coils positions, this conservation seems notable. Potential epitopes positions are concentrated ...

Made available in DSpace on 2014-08-27T14:36:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-15Bitstream added on 2014-08-27T15:57:02Z : No. of bitstreams: 1 000778124.pdf: 2188391 bytes, checksum: fd262617e1148f5350687c3217aafda3 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A Hepatite C é a inflamação do fígado causada pela infecção pelo vírus da hepatite C (HCV). Essa inflamação ocorre na maioria das pessoas infectadas pelo vírus e, dependendo da intensidade e tempo de duração, pode levar à cirrose e câncer do fígado. No momento não existem vacinas eficazes e o tratamento convencional com peg-IFN e ribavirina tem eficácia bastante limitada e efeitos colaterais graves. Terapias moleculares utilizando a RNAi demonstraram ser eficientes na inibição deste vírus in vitro. O objetivo deste trabalho foi desenvolver diferentes metodologias para inibição da replicação do HCV utilizando-se da técnica de RNAi. Foram desenvolvidas 5 moléculas de dicer substrate siRNA, que em sua maioria foram capazes de reduzir a replicação viral em até 90% em relação ao controle negativo. Ainda, não foi observada a seleção de mutantes resistentes do vírus após o tratamento com os DsiRNAs por 21 dias. Também foram desenvolvidos 3 vetores lentivirais contendo sequencias codificantes de shRNA contra o HCV. Com a utilização destas partículas lentivirais foi possível reduzir a replicação do HCV em aproximadamente 99% em relação ao controle negativo. Neste estudo foi demonstrado que o HCV pode ser inibido eficientemente utilizando tecnologias distintas de RNAi. Os DsiRNAs são mais potentes que os tradicionais siRNAs e com menor probabilidade de selecionar mutantes resistentes. Os vetores lentivirais são eficientes na entrega dos genes contendo os shRNAs e potentes na inibição do HCV. Ambas as tecnologias no futuro poderão ser utilizadas na terapia alternativa de pacientes crônicos ou no caso dos DsiRNAs de forma preventiva à infecção / Hepatitis C virus (HCV) frequently establishes persistent infections in the liver, leading to the development of chronic hepatitis, and, potentially, to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma at later stages. No vaccine is available for HCV and the current standard of care, which consists of pegylated interferon-? and ribavirin, has limited efficacy against certain HCV genotypes, and also produces significant adverse effects. Molecular therapies have proven to be effective in the inhibition of the virus in vitro. Molecular therapies based on RNAi has shown good efficiency on knockdown of HCV in vitro.The aim of this study was to develop different methodologies for inhibiting HCV replication using the RNAi technique. We developed five dicer substrate siRNA molecules, which mostly were able to reduce viral replication by 90% compared to the negative control. Still, there was no selection of resistant mutants of the virus after treatment with DsiRNAs for 21 days. In addition, we developed lentiviral vectors containing sequences encoding shRNA against HCV. With the use of these lentiviral particles, it was possible to reduce HCV replication by approximately 99% compared to negative control. In this study, it was demonstrated that HCV could be effectively inhibited using different RNAi technologies. The DsiRNAs are more powerful than traditional siRNAs and less likely to select resistant mutants. The lentiviral vectors are efficient in delivery of genes containing shRNAs and potent in the inhibition of HCV. Both technologies in the future may be used in alternative therapy for chronic patients or in case of DsiRNAs preventively to infection

Made available in DSpace on 2014-08-27T14:36:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-23Bitstream added on 2014-08-27T15:57:19Z : No. of bitstreams: 1 000723028_20150823.pdf: 1028906 bytes, checksum: 197bceaec267086e9658eb5a35574fe1 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-24T10:46:34Z: 000723028_20150823.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-24T10:47:09Z : No. of bitstreams: 1 000723028.pdf: 1485800 bytes, checksum: aaac9adf54c11e7df2321502f879e475 (MD5) / A hepatite C é consequência da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) e estima-se que cerca de 150 milhões de pessoas em todo o mundo estejam cronicamente infectadas. Estudos têm demonstrado interações entre proteínas virais e do hospedeiro durante o ciclo de replicação do HCV e estas interações podem ser utilizadas para o desenvolvimento de novas terapias contra a hepatite C. As proteínas de choque térmico (Hsp) são proteínas celulares que interagem com proteínas do HCV e a inibição destas proteínas poderiam reduzir a replicação viral. Neste estudo, as proteínas celulares Hsp90 e Hsp27 foram inibidas por siRNA isoladamente ou em combinação com a inibição das regiões virais 5'UTR, NS3 e NS5A. Foi utilizada uma cultura celular estável Huh7 expressando um replicon subgenomico do HCV e todas as moléculas de siRNA dirigidas ao genoma do vírus mostraram eficiência na redução da replicação viral. A melhor resposta foi obtida pelo siRNA 5'UTR, que apresentou bons resultados também nos estudos à longo prazo. A inibição da proteína celular Hsp27 aumentou os níveis de replicação do vírus, entretanto a supressão de Hsp90 mostrou redução da replicação viral e a utilização desta molécula juntamente com a molécula de siRNA dirigida para 5'UTR mostraram uma diminuição de mais de 90% da replicação viral. Entretanto a inibição prolongada de Hsp90 levou à morte celular, evidenciando o importante papel desta proteína na sobrevivência das células. Portanto o presente trabalho sugere que a terapia combinada de siRNAs pode ser uma alternativa eficiente no combate à hepatite C em pacientes com HCC uma vez que a inibição de Hsp90 atua tanto na supressão tumoral quanto na replicação do HCV / Hepatitis C is a consequence of infection by hepatitis C virus (HCV) and it is estimated that approximately 150 million people are chronically infected worldwide. Several studies have demonstrated interactions between viral and host proteins during the HCV replication cycle and these interactions might be used for development of new therapies against hepatitis C. The heat shock proteins (Hsp) are cellular proteins that interact with proteins of HCV and inhibition of these proteins could reduce viral replication. In this study, cellular proteins Hsp90 and Hsp27 were inhibited by siRNA targeting the mRNA of these proteins in combination with siRNA to viral 5'UTR region, NS3 and NS5A. We used a stable cell line expressing HCV subgenomic replicon and all siRNA molecules targeting the viral genome showed effectiveness in reducing viral replication. The best response was achieved by siRNA 5'UTR, which showed good results on long term studies. The inhibition of cellular protein Hsp27 increased virus replication, but knockdown of Hsp90 showed reduced viral replication. Use of this molecule together with the siRNA molecule directed to 5'UTR showed a decrease of more than 90% viral replication. However, the prolonged inhibition of Hsp90 led to cell death, demonstrating the important role of this protein in cell survival. Finally this work suggests that the combination therapy of siRNAs can be an effective alternative to treat hepatitis C in patients with HCC since reduction of Hsp90 expression if effective on tumor suppression and in HCV replication

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Bruno Moreira Carneiro / Banca: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Resumo: A hepatite C é consequência da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) e estima-se que cerca de 150 milhões de pessoas em todo o mundo estejam cronicamente infectadas. Estudos têm demonstrado interações entre proteínas virais e do hospedeiro durante o ciclo de replicação do HCV e estas interações podem ser utilizadas para o desenvolvimento de novas terapias contra a hepatite C. As proteínas de choque térmico (Hsp) são proteínas celulares que interagem com proteínas do HCV e a inibição destas proteínas poderiam reduzir a replicação viral. Neste estudo, as proteínas celulares Hsp90 e Hsp27 foram inibidas por siRNA isoladamente ou em combinação com a inibição das regiões virais 5'UTR, NS3 e NS5A. Foi utilizada uma cultura celular estável Huh7 expressando um replicon subgenomico do HCV e todas as moléculas de siRNA dirigidas ao genoma do vírus mostraram eficiência na redução da replicação viral. A melhor resposta foi obtida pelo siRNA 5'UTR, que apresentou bons resultados também nos estudos à longo prazo. A inibição da proteína celular Hsp27 aumentou os níveis de replicação do vírus, entretanto a supressão de Hsp90 mostrou redução da replicação viral e a utilização desta molécula juntamente com a molécula de siRNA dirigida para 5'UTR mostraram uma diminuição de mais de 90% da replicação viral. Entretanto a inibição prolongada de Hsp90 levou à morte celular, evidenciando o importante papel desta proteína na sobrevivência das células. Portanto o presente trabalho sugere que a terapia combinada de siRNAs pode ser uma alternativa eficiente no combate à hepatite C em pacientes com HCC uma vez que a inibição de Hsp90 atua tanto na supressão tumoral quanto na replicação do HCV / Abstract: Hepatitis C is a consequence of infection by hepatitis C virus (HCV) and it is estimated that approximately 150 million people are chronically infected worldwide. Several studies have demonstrated interactions between viral and host proteins during the HCV replication cycle and these interactions might be used for development of new therapies against hepatitis C. The heat shock proteins (Hsp) are cellular proteins that interact with proteins of HCV and inhibition of these proteins could reduce viral replication. In this study, cellular proteins Hsp90 and Hsp27 were inhibited by siRNA targeting the mRNA of these proteins in combination with siRNA to viral 5'UTR region, NS3 and NS5A. We used a stable cell line expressing HCV subgenomic replicon and all siRNA molecules targeting the viral genome showed effectiveness in reducing viral replication. The best response was achieved by siRNA 5'UTR, which showed good results on long term studies. The inhibition of cellular protein Hsp27 increased virus replication, but knockdown of Hsp90 showed reduced viral replication. Use of this molecule together with the siRNA molecule directed to 5'UTR showed a decrease of more than 90% viral replication. However, the prolonged inhibition of Hsp90 led to cell death, demonstrating the important role of this protein in cell survival. Finally this work suggests that the combination therapy of siRNAs can be an effective alternative to treat hepatitis C in patients with HCC since reduction of Hsp90 expression if effective on tumor suppression and in HCV replication / Mestre