Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biotecnologia / Made available in DSpace on 2012-10-23T14:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2013-07-16T20:11:09Z : No. of bitstreams: 1 243683.pdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / O lupus eritematoso sistêmico (LES) é o protótipo das doenças autoimunes, caracterizada pela produção de anticorpos contra componentes do núcleo celular em associação com diversas manifestações clínicas. As complicações patológicas primárias em pacientes com LES são a inflamação, vasculite, depósito de imunocomplexos e outras manifestações que contribuem para um quadro patológico sistêmico, grave e crônico. A doença ocorre principalmente em mulheres (proporção de 9:1) em idade reprodutiva. A etiologia exata do LES ainda permanece desconhecida e provavelmente envolve interações complexas e multifatoriais entre diversos fatores genéticos e ambientais. A interação entre muitos genes pode atenuar ou acentuar a susceptibilidade à doença. Foram descritas associações do LES com genes do complexo principal de histocompatibilidade (MHC), genes que codificam receptores Fc e genes que codificam citocinas. Foram descritas também associações positivas com o alelo 4887A (CYP1A1*4), envolvido na metabolização de hormônios e xenobióticos e com o alelo +7146A (PD1.3), receptor que regula negativamente células auto-reativas. Este trabalho teve como objetivo investigar a associação entre o LES e polimorfismos nos genes CYP1A1, GSTM1, GSTT1, IL18 e PDCD1 em um estudo caso-controle com 98 pacientes e 108 indivíduos controles, na população do estado de Santa Catarina. Também foram analisados os diferentes alelos em relação ao desenvolvimento de nefrite, grave manifestação clínica do LES. Foram utilizadas técnicas de PCR-RFLP e PCR-SSP, seguidas de eletroforese em gel de agarose para determinar os genótipos individuais. Os resultados obtidos não demonstraram nenhuma associação entre o LES e as variantes alélicas de IL18 -137C, 4889G (CYP1A1*2C), 6235C (CYP1A1*2A), GSTM1 e GSTT1. O alelo +7146A (PD1.3) embora não tenha apresentado significativamente uma associação positiva, provavelmente, devido à baixa freqüência desse alelo e ao reduzido tamanho da amostra, mostra uma tendência à associação. Foi encontrada uma associação negativa (de proteção) entre a variante 4887A (CYP1A1*4) e o LES (OR = 0,355 IC 95% 0,161 - 0,774, p= 0,008). A interação entre os SNPs IL18 -607A e 4887A (CYP1A1*4) demonstrou uma associação de proteção em relação ao LES (OR= 0,318 IC 95% 0,133 - 0,758; p= 0,010). Foi encontrada uma associação positiva entre o alelo 4889 (CYP1A1*2C) e a ocorrência de nefrite (OR= 3,645 IC 95% 1,39 - 9,58; p=0,009). A freqüência alélica de 6235C (CYP1A1*2A) encontrada em pacientes com nefrite foi maior do que a encontrada em pacientes sem nefrite (OR= 2,270 IC95% 1,96 - 6,278; p= 0,015). Esses dados mostram um papel importante do gene CYP1A1, na susceptibilidade e prognóstico do LES.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:49:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 329287.pdf: 4458122 bytes, checksum: 05f22109ff17d61098ddd6dfcbba1a0c (MD5) Previous issue date: 2014 / A identificação genética humana está centrada na utilização de um conjunto de marcadores autossômicos denominado microssatélite (Short Tanden Repeats-STRs). Todavia em algumas situações, como indivíduos com alto grau de parentesco, casos de deficiência paterna, amostras biológicas degradadas ou pouca quantidade, têm-se focado na utilização de outras classes de marcadores genéticos: inserções/deleções (InDels), do cromossomo X (X-STRs), do cromossomo Y (Y-STRs) e na região hipervariável 1 do DNA mitocondrial (mtDNA-HVR1). Visando avaliar a extensão da diversidade genética da população de Santa Catarina, indivíduos não aparentados foram genotipados para os marcadores do tipo (1) InDels, incluídos no Investigator DIPplex Kit®, (2) STRs autossômicos, incluídos no Investigator HDplexTM Kit®, (3) miniSTRs, incluídos no Investigator Hexaplex ESS Kit®, (4) STRs do cromossomo X, através do Investigator Argus X-12 Kit®. Foram determinadas as frequências alélicas e heterozigoses observada e esperada (Ho e He), e a eficácia dos parâmetros forenses: Poder de Discriminação (PD), Probabilidade de Coincidência (PC), Índice de Paternidade Típico (TPI), Poder de Exclusão de Paternidade (PE) e Conteúdo da Informação Polimórfica (PIC), sendo que não foi observado nenhum desvio (p< 0,05) para os locos incluídos no Investigator HDplexTM Kit® e Investigator Hexaplex ESS Kit®, com exceção de DXS10135 e DXS1079 do Investigator Argus X-12 Kit®. Todos os locos apresentaram um elevado grau de polimorfismo genético. O maior PIC foi observado no SE33 (0,948), e o menor no D6S474 (0,745). Parâmetros forenses foram calculados com base em frequências alélicas para os sistemas Investigator HDplexTM Kit® e Investigator Hexaplex ESS Kit®, sendo o Poder de Discriminação Combinado (PDC) e o Poder de Exclusão Combinado (PEC) obtidos de 0,999999999999999999997752854927 e 0,99999999978062285, respectivamente. As frequências alélicas para 16 locos STRs analisados foram comparadas com as de outras populações de diferentes distribuições geográficas, sendo que a análise de distância genética (Dsw) mostrou proximidade entre a população de Santa Catarina e populações européias (França, Itália) e uma amostra da população Africana. O segundo agrupamento foi formado por populações que não participaram significativamente para a formação da identidade brasileira (Japão, México, Colômbia) e duas populações isoladas de índios do Brasil. Para o Sistema Investigator Argus X-12 Kit®, as frequências alélicas e os parâmetros estatísticos foram obtidos, sendo que o marcador DXS10135 foi o mais polimórfico, com 23 alelose o DXS8378 menos polimórfico, com 5 alelos. O Poder de Discriminação para o sexo Feminino (PDF) foi 0,9999999999999999103669, enquanto o Poder de Discriminação para o sexo Masculino (PDM) foi 0,999999999688867. O Poder de Exclusão Combinado para trios e duos foram de 0,99999999867687 e 0,999999589803, respectivamente. Testes de desequilíbrio de ligação foram realizados para todos os pares de locos e somente DXS7132-DXS10074 permaneceu significativo após correção de Bonferroni (p < 0,0008). Análise da distância genética foi usada e verificou-se que a população de Santa Catarina teve similaridade com populações européias (Alemanha, Dinamarca e Norte de Portugal) seguidas por populações africanas (Marrocos e Somália) e distante das populações de Shanghai e Groelândia, por não fazerem parte da formação da identidade catarinense. Foram também objetivos deste projeto a caracterização genética da variabilidade da população patrilinear de Santa Catarina por meio de dezessete marcadores do tipo STRs situados na região não recombinante do cromossomo Y, incluídos no sistema AmpFISTR®YfilerTM. Foram identificados 305 haplótipos dos quais 292 foram únicos (96%). Comparando estes resultados com outros previamente publicados para portugueses, espanhóis, italianos, alemães, africanos e outras populações brasileiras observou-se a importante contribuição de europeus da Península Ibérica. Foi também caracterizada a variabilidade da população matrilinear de Santa Catarina pelo sequenciamento da região hipervariável 1 do mtDNA (mtDNA-HVR1) e a padronização e implementação desta técnica no setor de Genética Forense do Instituto Geral de Perícia do Estado de SC (IGP-SC). Na análise da população de Santa Catarina foram identificados 221 haplótipos (n=342), classificados em 85 subhaplogrupos geográficos. Considerando os grandes haplogrupos, os resultados mostraram uma maior contribuição de haplogrupo europeu H (32,16%). Os haplogrupos ameríndios A, B, C e D representam 25,15% da população em contraste com os haplogrupos africano L, que totalizam 7,02%. A realização desta tese, além de mostrar a contribuição genética na construção da história da população de Santa Catarina, possibilitou a implementação de novas técnicas no Instituto de Análises Forenses do IGP-SC, incluindo mais 60 marcadores genéticos, além da análise de sequenciamento do DNA mitocondrial, para a resolução de casos forense de alta complexidade.|<br> / Abstract: Human genetic identification is centered on use of microsatellite markers (Short Tanden Repeats-STRs). However, in some situations as individuals with a high degree of kinship, cases of paternal disability, degraded biological samples and in low amounts of samples have been focused on the use of other markers such as: insertions/deletions (InDels), X chromosome markers (X-STRs), Y chromosome markers (Y-STRs) and hypervariable region 1 of mitochondrial DNA (HVR1-mtDNA). Thereby, to evaluate the extent of genetic diversity of the Santa Catarina population, unrelated individuals were genotyped for: (1) InDels markers, included in the DIPplex Investigator DIPplex Kit®, (2) autosomal STRs, included in the Investigator HDplexTM Kit®, (3) miniSTRs, included in the Investigator Hexaplex ESS Kit® and (4) the X chromosome STRs, through the Investigator Argus X -12 Kit®. Allele frequencies, observed and expected heterozygosity (Ho, He) were determined, and the effectiveness of forensic parameters such as Power of Discrimination (PD), Probability of Coincidence (PC), Typical Paternity Index (TPI), Paternity Exclusion Power (PE) and Polymorphic Information Content (PIC). No deviation was observed (p <0.05) for the loci analyzed, except DXS10135 and DXS1079 Investigator Argus X-12 Kit®. All loci showed a high degree of genetic polymorphism. The highest PIC was observed in SE33 (0.948) and the lowest was observed in D6S474 (0.745). Forensic parameters were calculated based on allele frequencies for the Investigator HDplexTM and Investigator Hexaplex ESS® Kits. Combined Discrimination Power (CDP) and Combined Power of Exclusion (PEC) were 0.999999999999999999997752854927 and 0.99999999978062285, respectively. Allele frequencies for the 16 analyzed STR loci were compared with those of other populations from different geographical distributions. Genetic distance (Dsw) showed proximity between the Santa Catarina population, the European populations (France, Italy) and the sampled African population. The second group consisted of populations that do not significantly participated in the formation of Brazilian identity (Japan, Mexico, Colombia) and two isolated populations of Amerindian from Brazil. Allele frequencies and the statistical parameters of the Investigator Argus X-12 Kit® were obtained and the most polymorphic marker was DXS10135 with 23 polymorphic alleles and less polymorphic marker was DXS8378 with 5 alleles. Power of discrimination in Females (PDF) was 0.9999999999999999103669, while the Power of Discrimination in Males (PDM) was 0.999999999688867. Combined Power of Exclusionfor Trios and Duos were 0.99999999867687 and 0.999999589803, respectively. Linkage Disequilibrium tests were performed for all pairs of loci and only DXS7132-DXS10074 remained significant after Bonferroni correction (p < 0.0008). Analysis of genetic distance was used and it was verified that the population of Santa Catarina had similarity with European populations (Germany, Denmark and Portugal) followed by North African populations (Morocco and Somalia) and distant from the populations of Shanghai and Greenland because these populations not participate in the formation of the Santa Catarina identity. Another objective of this project were the genetic characterization of the variability of patrilineal population of Santa Catarina through seventeen STRs located in a non-recombinant region of the Y chromosome, included in the AmpFISTR®YfilerTM Kit. After analysis, 305 haplotypes were identified and 292 of these were unique (96%). Comparing the results obtained in this study with data from Portuguese, Spanish, Italians, Germans, Africans and other Brazilian populations was observed the important contribution of Europeans from the Iberian Peninsula in the composition of the Santa Catarina population. Variability of matrilineal population of Santa Catarina was also characterized by the sequencing of the mtDNA hypervariable region 1 (mtDNA-HVR1). This technique was the standardized and implemented in the Forensic Genetics section of the Instituto Geral de Perícias do Estado de SC (IGP-SC). During the data analysis, 221 haplotypes (n = 342) were identified, these haplotypes were classified into 85 geographic subhaplogrupos. Considering the largest haplogroups, these results showed an important contribution of the European haplogroup H (32.16%). Amerindian haplogroups A, B, C and D represent 25.15% of the population in contrast to the African haplogroup L that totalize 7.02%. Besides the genetic contribution for the understanding of the history of Santa Catarina population, the realization of this thesis resulted in the implementation of new techniques in the Forensic Genetics section of the IGP-SC, including sixty new genetic markers in their analysis and the mitochondrial DNA sequencing to solve the forensic cases of high complexity.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:14:36Z : No. of bitstreams: 1 okumura_jv_me_sjrp.pdf: 696529 bytes, checksum: 2a0827bc29bf32b706302f69645cb405 (MD5) / A anemia falciforme (AF) apresenta processos fisiopatológicos complexos que dificultam o tratamento e culminam no desenvolvimento de manifestações clínicas diversificadas, as quais são moduladas por marcadores genéticos, como os haplótipos da globina beta S (β S ), e bioquímicos como glicoproteínas plasmáticas detoxificadoras: haptoglobina (Hp) e a hemopexina (Hpx) que formam complexos com a Hb e grupo heme livres, respectivamente, garantindo efeitos antioxidantes e anti-inflamatórios, e a eritropoetina (Epo) que repõe os eritrócitos em resposta à hemólise, por exemplo. Desta forma, o objetivo do trabalho foi verificar, em portadores da AF, a influência do haplótipo Bantu sobre o tratamento com hidroxiuréia (HU) por meio da análise de marcadores de estresse oxidativo e eritrogênico, correlacionando-os com parâmetros hematimétricos e níveis de hemoglobina fetal (Hb F). Para isso, o grupo amostral (67 portadores da AF), foi dividido em três subgrupos: 25 (37,3%) homozigotos para o haplótipo Bantu (Bantu/Bantu), 26 (38,8%) heterozigotos para o haplótipo Bantu (Bantu/_) e 16 (23,0%) sem o haplótipo Bantu (_/_). Todos sob uso de HU há pelo menos 300 dias, sem transfusão sanguínea há 120 dias e adultos independentes do gênero. A confirmação da homozigose para Hb S e dos haplótipos β S , foi realizada por PCR-RFLP; os níveis de peroxidação lipídica (TBARS) foram avaliados por método espectrofotométrico e as glicoproteínas plasmáticas (Epo, Hp e Hpx) por ensaio imunoenzimático. Os parâmetros hematológicos foram fornecidos pelo HEMORIO. A média de Hb F no grupo amostral foi de 12,1% e não diferiu entre os subgrupos (p=0,55), porém o Bantu/_ apresentou acréscimo na média sendo o Benin o segundo haplótipo mais frequente. Os valores médios de... / Sickle cell anemia (SCA) presents complex pathophysiological processes that complicate the treatment and culminate in development of diverse clinical manifestations, which are modulated by genetic markers, such as beta-S globin haplotype (β S ), and biochemical, such as plasmatic glycoproteins with action to detoxify: haptoglobin (Hp) and hemopexin (Hpx), which form complexes with free Hb and heme, respectively, providing antioxidant and anti-inflammatory effects, and erythropoietin (Epo), that restores the erythrocytes in response to hemolysis, for example. Thus, the aim of this study was to determine, in patients with SCA, the influence of Bantu haplotype in treatment with hydroxyurea (HU), by analysis of oxidative stress and erythrogenic markers, correlating them with hematological parameters and levels of fetal hemoglobin (Hb F). For this, the sample group (67 SCA patients), was divided into three subgroups: 25 (37.3%) were homozygous for the Bantu haplotypes (Bantu/Bantu), 26 (38.8%) heterozygous for the Bantu haplotype (Bantu/_) and 16 (23.0%) without the Bantu haplotype (_/_). The sample group was under use of HU for at least 300 days, without blood transfusion for 120 days and were all adults independent of the genus. The confirmation of homozygous Hb S and β S haplotypes was performed by PCR-RFLP; levels of lipid peroxidation (TBARS) were measured by the spectrophotometric method and plasmatic glycoproteins (Epo, Hp and Hpx) by enzyme immunoassay. Hematological parameters were provided by HEMORIO. The average of Hb F in the sample group was 12.1% and did not differ between the groups (p = 0.55), but the Bantu/_ showed an increase in the average, being Benin the second most frequent haplotype. The average values of Epo, Hp and Hpx did not differ between the subgroups, indicating... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-17Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000790770_20150217.pdf: 705337 bytes, checksum: 76b2351a6e2dbcbb447e928581f178da (MD5) Bitstreams deleted on 2015-02-18T15:02:19Z: 000790770_20150217.pdf,Bitstream added on 2015-02-18T15:02:50Z : No. of bitstreams: 1 000790770.pdf: 1719832 bytes, checksum: 2e325f95cdb92f6b81892ae8e36726eb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As talassemias do tipo beta são afecções genéticas frequentes na população mundial e seus portadores podem apresentar elevação nos níveis de hemoglobina A2 (Hb A2) e hemoglobina fetal (Hb F). As mutações presentes nos indivíduos podem estar associadas a diferentes haplótipos do grupamento da β-globina. Os objetivos do trabalho consistiram em investigar as frequências do polimorfismo XmnI (-158 CT) e do padrão de haplótipos da β-globina em indivíduos heterozigotos e homozigotos para a beta talassemia, relacioná-las com os níveis de Hb F, e compará-las com indivíduos sem hemoglobinopatias. Foram analisadas 150 amostras de indivíduos beta talassêmicos heterozigotos; 22 de indivíduos homozigotos e 150 de indivíduos sem hemoglobinopatias (grupo controle). Todas as amostras foram submetidas aos testes clássicos de diagnóstico de hemoglobinopatias e à análises moleculares por PCR Alelo Específico (PCR-AE) para confirmação da mutação de beta talassemia, e PCR para polimorfismos de comprimento de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) para a identificação do polimorfismo XmnI e dos sítios de haplótipos da β-globina. Os testes estatísticos foram realizados com o software STATISTICA 8.0 e Haploview 4.2. Nos indivíduos beta talassêmicos heterozigotos, a mutação CD39 foi a mais frequente (62%) e nos homozigotos, a IVS-I-6 (22%). Foi observada diferença significativa nos níveis de Hb F entre os indivíduos que possuem mutações ainda não identificadas, em relação aos que possuem a mutação IVS-I-110 (p<0,05), no grupo de heterozigotos. A presença do polimorfismo XmnI foi observada em todos os grupos estudados, porém, somente para os indivíduos com talassemia beta heterozigota houve diferença estatística em relação aos níveis aumentados de Hb F (p=0,007). Nos três grupos foram observados os padrões típicos de haplótipos I, II, IV, VI, VII e IX. Para os indivíduos com beta talassemia ... / The beta thalassemia are frequent genetic disorders and sufferers may have increased levels of hemoglobin A2 (Hb A2) and fetal hemoglobin (Hb F). The mutations present in individuals may be associated with different haplotypes of β–globin grouping. The objectives of this study consisted in investigating the frequencies of the XmnI polymorphism (-158 CT) and the pattern of the β-globin haplotypes in heterozygous and homozygous individuals for beta thalassemia, relate them to the levels of Hb F, and compare them with individuals without hemoglobinopathies. We analyzed 150 samples from heterozygous individuals with beta thalassemia, 22 homozygous and 150 individuals without hemoglobinopathies (control group). All samples were tested for classical hemoglobinopathies diagnosis and molecular analyzes Allele Specific PCR (AE-PCR) to confirm the mutation of beta thalassemia and PCR length polymorphism restriction fragment (PCR-RFLP) for identification of the polymorphism XmnI and sites of the β-globin haplotypes. Statistical tests were performed using STATISTICA 8.0 and Haploview 4.2 software. In beta thalassemia heterozygous individuals, mutation CD39 was the most common (62%) and in homozygous was the IVS-I-6 (22 %). We observed a significant difference in the levels of Hb F among the unidentified mutations and IVS-I-110 (p<0.05) in heterozygous individuals. The presence of the XmnI polymorphism was observed in all groups, but only heterozygous individuals for beta thalassemia was statistical difference in relation to increased levels of Hb F (p = 0.007). In the three groups were observed haplotype patterns I, II, IV, VI, VII and IX. For individuals heterozygous to beta thalassemia, the patterns II (24.3 %) and VII (32 %) were the most frequent, for individuals with beta thalassemia homozygous, the patterns I (29.5 %) and VII (38.6 %) and individuals without hemoglobinopathies, the patterns I (31%) and VII (28.3%). There was ...

Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Parkinsons disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease after Alzheimers disease, affecting nearly 1% of people above 65 years of age. The major clinical symptoms of this disease are: resting tremor, bradykinesia, rigidity, postural instability and a positive response to dopamine replacement therapy. Pathological findings include selective degeneration of dopaminergic neurons within the substantia nigra, with proteinaceous Lewy body inclusions in surviving cells. The pathogenesis of PD is not yet completely understood, however, both genetic and environmental factors contribute to the disease phenotype. Mutations in the leucine-rich repeat kinase 2 gene (LRRK2; OMIM 609007) represent the most frequent genetic known cause of familial and sporadic PD. The LRRK2 gene encodes a protein, member of the ROCO protein family, that contains both GTPase (ROC) domain and kinase (MAPKKK) domain, as well as, other motifs. In this study, we have screened the main domains of the LRRK2 in a group of 204 PD Brazilian patients. The screening was performed by direct sequencing of the PCR products. By the analysis of 14 exons corresponding to ROC, COR and MAPKKK domains, we identified 31 sequence variations. The novel variants, p.C1770R and p.C2139S, may play a role in the PD pathogenesis. Three exonic alterations (p.R1398R, p.T1410M and p.Y2189C) and nine intronic variants (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T and c.6576+44T>C) seem to be not pathogenic. A total of 17 exonic and intronic alterations were previously described in the literature as non-pathogenic polymorphisms (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E and c.6381+30A>G). The frequency of pathogenic mutations or potentially pathogenic variants was 3.4% (including the p.G2019S mutation, previously described in our previous report: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010). In familial cases (11.1%) this frequency was approximately six times higher than in sporadic cases (1.8%). Our results suggest that LRRK2 mutations have an important contribution to PD development among Brazilian population. / A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente depois da Doença de Alzheimer, afetando aproximadamente 1% da população com idade superior a 65 anos. Clinicamente, esta doença caracteriza-se pela presença de tremor em repouso, bradicinesia, rigidez muscular e instabilidade postural, os quais podem ser controlados com a administração do levodopa. As características patológicas da DP incluem a despigmentação da substância nigra devido à perda dos neurônios dopaminérgicos e a presença de inclusões proteicas denominadas corpos de Lewy nos neurônios sobreviventes. As vias moleculares envolvidas com esta patologia ainda são obscuras, porém a DP é uma doença complexa, resultante da interação entre fatores ambientais e causas genéticas. Mutações no gene leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2; OMIM 609007) constituem a forma mais comum de DP. Este gene codifica uma proteína, membro da família de proteínas ROCO, que possui, entre outros domínios, dois domínios funcionais GTPase (ROC) e quinase (MAPKKK). Neste estudo, os principais domínios do gene LRRK2 foram analisados em 204 pacientes brasileiros com DP por meio de sequenciamento dos produtos da PCR. Através da análise de 14 exons correspondentes aos domínios ROC, COR e MAPKKK foram identificadas 31 variantes. As alterações novas, p.C1770R e p.C2139S, possuem um potencial papel na etiologia da DP. Três alterações exônicas (p.R1398R, p.T1410M e p.Y2189C) e nove intrônicas (c.4317+16C>T, c.5317+59A>C, c.5509+20A>C, c.5509+52T>C, c.5509+122A>G, c.5657-46C>T, c.6382-36G>A, c.6382-37C>T e c.6576+44T>C) são potencialmente não patogênicas. Ao todo, dezessete variantes exônicas e intrônicas constituem polimorfismos já relatados na literatura (p.R1398H, p.K1423K, p.R1514Q, p.P1542S, c.4828-31T>C, p.G1624G, p.K1637K, p.M1646T, p.S1647T, c.5015+32A>G, c.5170+23T>A, c.5317+32C>T, p.G1819G, c.5948+48C>T, p.N2081D, p.E2108E e c.6381+30A>G). A frequência total de alterações potencialmente patogênicas ou patogênicas detectadas em nossa amostra foi de 3,4% (incluindo a mutação p.G2019S, anteriormente descrita em 2 artigos publicados por nosso grupo: Pimentel et al., 2008; Abdalla-Carvalho et al., 2010), sendo a frequência de mutações nos casos familiares (11,1%) cerca de seis vezes maior do que a encontrada nos casos isolados da DP (1,8%). Os resultados alcançados neste estudo revelam que mutações no gene LRRK2 desempenham um papel significativo como fator genético para o desenvolvimento da DP em pacientes brasileiros.

Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-05-22Bitstream added on 2014-06-13T20:33:39Z : No. of bitstreams: 1 domingues_cef_me_botib.pdf: 1306607 bytes, checksum: c1e682dbab773899225167494d96f442 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A gagueira é um distúrbio da comunicação, mais especificamente da fluência, onde há interrupções e alterações na velocidade do fluxo da fala. Acomete de 3 a 4% dos indivíduos do sexo masculino e de 1 a 2% do sexo feminino, em algum momento de suas vidas. A frequencia pode variar de acordo com a idade: entre crianças em idade pré-escolar de 2,4% a 5% e em idade escolar 1%. Em adultos, estima-se que de 1 a 2% sofram com este distúrbio. Em todas as idades, a gagueira parece ser mais comum no sexo masculino do que no feminino, sendo de 4 a 5 M : 1 F em adultos. Em estudos de subgrupos de gagueira persistente familial, a proporção entre os indivíduos foi de apenas 1,5 M : 1 F. A triagem genômica em famílias de gagos provenientes da América do Norte e da Europa demonstrou a existência de um locus de predisposição a gagueira familial no cromossomo 18 envolvendo a região 18p e um segundo locus na região 18q proximal, sugerindo que exista um locus de predisposição a gagueira familial no cromossomo 18 e que genes adicionais possam existir, além dos fatores ambientais. O objetivo deste trabalho foi a análise de associação nas regiões cromossômicas 18p e 18q proximal através de marcadores microssatélites (2 cM) em 31 famílias brasileiras com gagueira persistente, com mais de um indivíduo gago em idade acima de 6 anos. Utilizou-se para a classificação da gagueira, o SSI aplicado por profissionais especializados nesta disfluência. Foram incluídos todos os indivíduos disponíveis do núcleo familial, independente do sexo, etnia, escolaridade e nível social.Todos os participantes tiveram amostras de seu DNA coletados a partir de amostras de sangue periférico. Foram selecionados 14 marcadores microssatélites do cromossomo 18, genotipados após PCR em seqüenciador automático. Na análise dos dados foram utilizados programas SIMWALK 2, FBAT e POINTER... / Stuttering is a communication disorder, or more precisely, a fluency disorder that causes speech interruptions and changes in speech flow rate. It affects 3- 4% of males and 1-2% of females at some point in their lives. Its frequency may vary with age – it has been reported to be 2.4-5% among children of pre-school age and 1% at school age. In adults, it ranges from 1 to 2%. At all ages, stuttering seems to be more frequent in males than in females, being 4-5M:1F among adults. Studies in subsets of familial persistent stuttering showed a sex ratio of only 1.5M:1F. A genome scan in stuttering families from North America and Europe demonstrated the presence of a predisposing locus for family stuttering on chromosome 18 involving the 18p region and a second locus on proximal 18q (Shugart et al.,2004), suggesting that chromosome 18 may harbor a predisposing locus for this disorder, and that additional genes may exist besides environmental factors. The purpose of this study was to perform the association analysis of chromosomal regions 18p and proximal 18q using microsatellite markers (2 cM) in 31 Brazilian families with at least two stuttering members aged more than 6 years. Stuttering was classified by specialized professionals using SSI. All family members available, regardless of gender, ethnicity, educational or social level were assessed provided that they were older than 6 years. DNA samples from peripheral blood of all participants were collected. Fourteen chromosome 18 microsatellites were genotyped after PCR by automated sequencing. Data were analyzed with software SIMWALK 2, FBAT and POINTER. Association analysis revealed no association of stuttering with 13 microsatellites (one was excluded for being noninformative) demonstrating no association between this phenotype and chromosome 18 in the study population

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T18:29:26Z : No. of bitstreams: 1 capobianco_mp_me_sjrp.pdf: 879411 bytes, checksum: 7dc3528f12158026ba11087f62447e13 (MD5) / Plasmodium vivax é a espécie mais prevalente de malária no Brasil. O processo co-evolutivo parasita-hospedeiro pode ser visto como uma ferramenta, na qual trocas genéticas adaptativas podem influenciar na diversidade da população. Objetivo: Investigar polimorfismos de genes envolvidos na resposta imune humoral visando identificar possíveis associações com a malária. Material e Métodos: a amostra foi constiuída por 103 pacientes com malária vivax não complicada e como grupo controle 97 indíviduos não-maláricos. A identificação dos SNPs –726T>C no gene CD40L, -1 C>T no gene CD40 e -871C>T no gene BLYS foram efetuadas pelo método de PCR-RFLP. As frequências genotípicas, alélicas e de indivíduos portadores de cada alelo foram estimadas por contagem direta. Também foram comparadas as frequências genotípicas observadas com as esperadas segundo o teorema de Hardy e Weinberg. Resultados: As freqüências genotípicas e alélicas para esses SNPs não diferiram estatisticamente entre pacientes e indivíduos do grupo controle. A combinação dos genótipos entre os genes CD40 e BLYS e entre CD40L e BLYS não revelou interação gênica na população estudada. Não foi observada associação entre resposta imune humoral e parasitemia nos indivíduos maláricos com os polimorfismos dos genes investigados. Ambos os genes se encontram em equilíbrio de Hardy e Weinberg. Conclusões: Os resultados deste estudo sugerem que as variantes genéticas analisadas nos genes CD40, CD40L e BLYS não afetam a funcionalidade das moléculas de modo que possa interferir na susceptibilidade a doença, mas estas variantes podem influenciar o curso clínico em vez de simplesmente aumentar ou diminuir a susceptibilidade / Plasmodium vivax is the most prevalent malaria species in Brazil. The parasite-host coevolutionary process can be viewed as an ‘arms race’, in which adaptive genetic changes in one are eventually matched by alterations in the other. Objectives: following the candidate gene approach we analyzed the CD40, CD40L and BLYS genes that participate in B-cell co-stimulation, for associations with P. vivax malaria. Methods: the study sample included 97 patients and 103 controls. We extracted DNA using the extraction and purification commercial kit and identified the following SNPs: -1C>T in the CD40 gene, –726T>C in the CD40L gene and the -871C>T in the BLyS gene using PCR-RFLP. We analyzed the genotype and allele frequencies by direct counting. We also compared the observed with the expected genotype frequencies using the Hardy-Weinberg Equilibrium. Results: The allele and genotype frequencies for these SNPs did not differ statistically between patient and control groups. Gene-gene interactions were not observed between the CD40 and BLYS and between the CD40L and BLYS genes. Overall, the genes were in Hardy-Weinberg Equilibrium. Significant differences were not observed among the frequencies of antibody responses against P. vivax sporozoite and erythrocytic antigens and the CD40 and BLYS genotypes Conclusions: the results of this study show that, although the investigated CD40, CD40L and BLYS alleles differ functionally, this variation does not alter the functionality of the molecules in a way that would interfere in susceptibility to the disease. Significance: The variants of these genes may influence the clinical course rather than simply increase or decrease susceptibility

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:49:04Z : No. of bitstreams: 1 000844399_20160223.pdf: 224797 bytes, checksum: eac9ea801964c01cce92113640cd3a45 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-24T11:27:46Z: 000844399_20160223.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-24T11:28:32Z : No. of bitstreams: 1 000844399.pdf: 789622 bytes, checksum: 305923b9824e29cd4093940a21443c11 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Síndromes Mielodisplásicas (SMD) ou mielodisplasias compreendem um conjunto heterogêneo de doenças hematopoéticas caracterizadas por hematopoese ineficaz, que geralmente apresentam citopenias no sangue periférico, diferenciação celular displásica e propensão ao desenvolvimento de leucemia mielóide aguda. São classificadas em vários tipos e a incidência anual é estimada entre quatro casos por 100.000 pessoas da população em geral, e em até 50 casos por 100.000 indivíduos com idades avançadas. A análise cromossômica das células da medula óssea (MO) ao diagnóstico detecta alterações relacionadas com diagnóstico e prognóstico, mas alguns genes também já foram relacionados à etiologia das mielodisplasias, por apresentarem mutações e alterações epigenéticas que podem resultar em alterações na hematopoese. O gene FOXO3, um supressor de tumor, é um dos genes que mais se expressa no tecido hematopoético normal, o que faz dele um possível candidato ao envolvimento na etiopatogenia das doenças da MO. Entretanto, não foram encontrados estudos sobre FOXO3 em SMD. Alterações neste gene poderiam resultar em hematopoese anormal. O objetivo deste trabalho foi estudar células da MO de 100 indivíduos com SMD de qualquer tipo, ao diagnóstico, para investigar mutações no éxon 1 e o padrão de metilação da região promotora do FOXO3, além da presença de alterações cromossômicas. Para a análise molecular foi extraído o DNA, realizada à amplificação gênica por PCR e realizado o sequenciamento direto do éxon 1; para o estudo epigenético, foi feita a conversão do DNA por bissulfito e a MSP-PCR, e a análise citogenética foi realizada em metáfases submetidas ao bandamento GTG. No éxon 1 foi observado o polimorfismo 159C>T em 26% pacientes e em 16% controles, o que não diferiu estatisticamente (p>0,05). O estudo do padrão de metilação da ilha CpG estudada da... / Myelodysplastic syndromes (MDS) or myelodysplasia constitute a heterogeneous group of hematopoietic diseases characterized by ineffective hematopoiesis usually withperipheral bloodcytopenias, dysplastic cell differentiationanda tendency to evolve toacute myeloid leukemia. They are classified invarious typesand the annual incidence is estimated at between four cases per 100,000 individualsin the general population and up to 50 cases per 100,000 with advanced ages. A chromosomal analysis of bone marrow cells at diagnosis identifie schanges related with diagnosis and prognosis, but some genes are also associated to the etiology of myelodysplasia, for presenting mutations and epigenetic changes that may result in alteration in hematopoiesis. The FOXO3 gene, tumor suppressor, isone of the most commonly expressed genesin normal hematopoietic tissue, which makes it a possible candidate for involvement in the pathogenesis of diseases of the bone marrow. However, no studies were found on FOXO3in MDS. The changesin this genecould there for eresultina b normalhe matopoiesis. The aim of this work was to study bone marrow cells from 100 patients diagnosed with anytypeof MDS, to investigate mutations in exon 1 and the methylation pattern of FOXO3 promoter region, and the presence of chromosomal alterations. For molecular analysis, DNA was extracted, gene amplification was achieved bypolymerase chain reaction and direct sequencing of exon 1 was performed, for epigenetic study, the bisulfite conversion of DNA, and subsequently carrying out the MSP -PCR was performed, and cytogenetic analysis was performed on metaphases submitted to GTG banding. Inexon 1 was observed the 159C > Tpolymorphismin 26% patients andin 16% healthy controls, wich not statistically significant (p>0,05)...