Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-09T11:01:01Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciana Carvalho Silveira - 2018.pdf: 1951667 bytes, checksum: 0801db794146b2cd2c97a78cf769e5a6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-09T11:23:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciana Carvalho Silveira - 2018.pdf: 1951667 bytes, checksum: 0801db794146b2cd2c97a78cf769e5a6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-09T11:23:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciana Carvalho Silveira - 2018.pdf: 1951667 bytes, checksum: 0801db794146b2cd2c97a78cf769e5a6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-06-04 / Diabetic Nephropathy (DN) is a microvascular renal complication of Diabetes Mellitus (DM), characterized by increased albuminuria and progressive loss of renal function. A cumulative incidence of ND in the last 10 years was observed in 40%, mainly in patients with type 2 diabetes mellitus (T2DM), being an important cause of morbidity and mortality among these individuals. The Insertion / Deletion (I/D) polymorphism in the ACE gene could influence the predisposition to DN by vascular modulation in the kidney, through a direct effect on the cellular hypertrophy, influencing the proliferation and the rupture of the extracellular matrix. Many studies about this subject are discordant, a fact that increases the need for joint analysis so that safe conclusions can be generated. The aim of this study was to investigate the association between ACE gene I/D polymorphism and the development of DN in patients with T2DM. Through a standardized research protocol, the bibliographic search was performed in the PubMed and Cochrane Library electronic databases of 1995-2017, selecting case-control observational studies using the terms "polymorphism" AND " ACE gene" AND “diabetic nephropathy ". We included 33 studies in qualitative synthesis and 30 studies for meta- analysis, with 9.077 participants with T2DM genotyped, 4.774 (52, 6%) individuals with DN and 4.303 (47. 4%) individuals without DN. Evaluated separately, the genotypes for the case group, we have I/I (23, 5%), I/D (46, 4%) and D/D (30, 6%). The genotypes for the control group, I/I (28, 6%), I/D (46.19%) and D/D (25%). The highest prevalence observed was of the I/D genotype in both groups. In the allele frequencies calculated by the Hardy-Weinberg Test, the mutant D allele presents with 54% in the case group and 48% in the control group. The wild-type I allele was present in 46% in the case group and 52% in the control group. The present meta-analysis concludes the I/D polymorphism of the ACE gene studied through the I/D and D/D genotypes is not associated with the risk of developing DN in individuals with T2DM, but the presence of the D allele has significant significance in the risk of developing the disease, as well as the protective role of the I allele. / A Nefropatia Diabética (ND) é uma complicação microvascular renal do Diabetes Mellitus (DM), caracterizada pelo aumento da albuminúria e perda progressiva da função renal. Nos últimos 10 anos, observa-se uma incidência cumulativa de 40%, principalmente em pacientes com diabetes mellitus tipo 2 (DM2) sendo uma causa importante de morbimortalidade. O polimorfismo Inserção / Deleção (I/D) no gene ECA poderia influenciar a predisposição para ND por modulação vascular no rim, através de um efeito direto sobre a hipertrofia celular, influenciando a proliferação e a ruptura da matriz extracelular. Estudos mostram discordância, fato que aumenta a necessidade de análises conjuntas para que se possam gerar conclusões seguras. O objetivo do estudo foi investigar a associação entre o polimorfismo I/D do gene ECA e o desenvolvimento de ND em pacientes com DM2. Através de um protocolo de pesquisa padronizado, realizou-se a busca bibliográfica nos bancos de dados eletrônicos PubMed e Cochrane Library de 1995-2017, selecionando estudos observacionais do tipo caso-controle, usando os termos "polymorphism" AND "ACE gene" AND "diabetic nephropathy". Incluiu-se 33 estudos na síntese qualitativa e 30 estudos na meta-análise, sendo 9.077 participantes com DM2 genotipados, 4.774 (52, 6%) indivíduos com ND e 4.303 (47,4%) indivíduos sem ND.Avaliados separadamente, os genótipos para o grupo caso, temos I/I (23, 5%), I/D (45, 8%) e D/D (30, 6%). Os genótipos para o grupo controle, I/I (28, 6%), I/D (46,4%) e D/D (25%). A maior prevalência observada é do genótipo I/D em ambos os grupos. Nas frequências alélicas calculadas através do Teste de Hardy-Weinberg, o alelo D mutante apresenta-se com 53% no grupo caso e 48% no grupo controle. O alelo I selvagem presente em 47% no grupo caso e 52% no grupo controle. A presente meta-análise conclui que o polimorfismo I/D do gene ECA estudado através dos genótipos I/D e D/D não estão associados ao risco de desenvolvimento da ND em indivíduos com DM2, porém, a presença do alelo D tem importante significância no risco de desenvolvimento da doença, assim como o papel protetivo do alelo I.

Fungos do complexo de espécies do gênero Paracoccidioides são agentes causadores da Paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica e endêmica na América Latina. Lesões orais ocorrem em aproximadamente 80% dos pacientes com a forma crônica e são caracterizadas pela presença de granulomas que podem indicar a extensão da doença, de acordo com sua organização. A evolução da doença depende não somente da virulênica do fungo, mas também da integridade da resposta imune e de fatores genéticos do hospedeiro. Dentre este último, destacam-se os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em vários componentes da resposta imunológica. Dentre os SNPs, cujas associações já foram descritas para diversas doenças infecciosas, destacam-se os presentes em genes como TNF-α, JAK1, VDR, DC-SIGN e FcγRIIa. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar a frequência dos SNPs DC-SIGN (rs4804803), FcγRIIa (rs1801274), JAK1 (rs11208534), TNF-α (rs1800629) e VDR (rs7975232) em amostras de DNA de pacientes com PCM oral e verificar se há associações com o padrão de organização dos granulomas nas lesões. Para isso, foram utilizadas 66 amostras de DNA obtidas a partir de biópsias de lesões orais e suas respectivas lâminas para a classificação do granuloma e 106 amostras de DNA de indivíduos saudáveis. A genotipagem foi realizada pelo método de discriminação alélica por PCR em tempo real e os resultados demonstraram que no SNP VDR (rs7975232), o genótipo CC (p-valor<0,001, OR = 5,94, IC 95% 2,07 – 17,05) ou indivíduos que carregam o alelo C (p-valor = 0,027, OR = 2,71 IC 95% 1,07 – 6,86 para CC+AC) e o genótipo GG no DC-SIGN (rs4804803) (p-valor = 0,032, OR = 3,76, IC 95% 1,06 – 13,38) estão associados ao aumento do risco de desenvolvimento da PCM oral. Porém, não foram observadas correlações com o tipo de granuloma. Esses dados indicam que as variações derivadas dos SNPs VDR (rs7975232) e DC-SIGN (rs4804803) estão relacionadas à susceptibilidade da PCM oral nas amostras analisadas. / Fungi of the complex of species of the genus Paracoccidioides are agents that cause Paracoccidioidomycosis (PCM), a systemic mycosis and endemic in Latin America. Oral lesions occur in approximately 80% of patients with the chronic form and are characterized by the presence of granulomas that can indicate the level of the inflammatory reaction and the extension of the PCM. The disease evolution depend not only of the fungi strain, but also on the integrity and type of the immune response and on host genetic factors. Among the latter, single nucleotide polymorphisms (SNPs) are highlighted in several components of the immune response. Among the SNPs whose associations have already been described for various infectious diseases, those present in genes such as TNF-α, JAK1, VDR, DC-SIGN and FcγRIIa are highlighted. In this context, this work aimed to evaluate the presence of the SNPs CD209 (rs4804803), FcγRIIa (rs1801274), JAK1 (rs11208534), TNF-α (rs1800629) and VDR (rs7975232) in the DNA samples from patients with oral PCM and its associations with the organization patterns of the granulomas in the lesions. For this, 66 samples of DNA obtained from oral lesions biopsies and respective slides of the biopsies for granuloma type classification and a control group of 106 DNA samples of healthy individuals were used. Genotyping was performed by real-time PCR and allele discrimination method. The results demonstrate that in the VDR (rs7975232) SNP, CC genotype(p-value <0.001, OR = 5.94, 95% CI 2.07 - 17.05), or individuals carrying the C allele (p-value = 0.027, OR = 2.71 CI 95% 1.07 - 6.86) and the GG genotype on DC-SIGN (rs4804803) (p-value = 0.032, OR = 3.76, 95% CI, 1,06 - 13,38) are associated with an increased risk of developing oral PCM, but not to the type of granuloma. Thus, the data presented in this work indicate that the variations derived from VDR (rs7975232) and DC-SIGN (rs4804803) SNPs are related to oral PCM susceptibility in the south/southwest of the state of Minas Gerais.

Submitted by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2012-07-23T13:47:00Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ExpressaoGenesC-myc.pdf: 1582070 bytes, checksum: ded639d2c11fa3ed553f5b611b74750c (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-07-23T13:59:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ExpressaoGenesC-myc.pdf: 1582070 bytes, checksum: ded639d2c11fa3ed553f5b611b74750c (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-23T13:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_ExpressaoGenesC-myc.pdf: 1582070 bytes, checksum: ded639d2c11fa3ed553f5b611b74750c (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2010 / O câncer de mama é um dos tumores de maior incidência na mulher, e por isso, muitas pesquisas vêm sendo realizadas, desde a avaliação das características epidemiológicas, à dinâmica biocelular e o tratamento desta doença. Na avaliação de respostas ao tratamento, os fatores preditivos são marcadores que auxiliam na escolha da melhor droga a ser usada. Esta dissertação teve o objetivo de avaliar os genes de receptores de estrogênio e progesterona, HER-2 e C-MYC em tumores localmente avançados da mama, como fatores preditivos de resposta à quimioterapia neoadjuvante. Estudaram-se fragmentos da neoplasia maligna mamária de 50 pacientes com carcinoma ductal infiltrativo, com estadiamento clínico E-III e tratadas com quimioterapia neoadjuvante. Utilizaram-se as técnicas de imunohistoquímica e de hibridização in situ por fluorescência (FISH). A análise dos receptores hormonais não apresentou diferença estatisticamente significativa comparando as pacientes com resposta satisfatória à quimioterapia, das insatisfatórias; a análise do HER-2 apresentou significância apenas para as respostas satisfatórias, onde houve baixa amplificação deste gene. Em relação ao C-MYC observou-se uma diferença estatisticamente significativa comparando a alta amplificação deste gene a uma resposta insatisfatória à quimioterapia. O estudo concluiu que o gene C-MYC pode ser um importante marcador de predição nos tratamentos quimioterápicos neoadjuvantes usados em câncer mamário. / Breast cancer is a higher incidence of tumors in women, and therefore many studies have been performed since the assessment of the epidemiological characteristics, the dynamics biocelular and treatment of this disease. In evaluating responses to treatment, the risk factors are markers that help in choosing the best drug to use. This work aimed to evaluate the genes of estrogen and progesterone receptors, HER-2 and C-MYC in locally advanced breast tumors as predictors of response to neoadjuvant chemotherapy. We studied fragments of mammary malignancy in 50 patients with infiltrating ductal carcinoma, with clinical stage III and E-treated with neoadjuvant chemotherapy. We used the techniques of immunohistochemistry and fluorescence in situ hybridization (FISH). The analysis of hormone receptors showed no statistically significant difference comparing patients with satisfactory response to chemotherapy, the poor and the analysis of HER-2 showed significance only for satisfactory answers, where there was poor amplification of this gene. Regarding C-MYC was observed a statistically significant difference comparing the high amplification of this gene to a poor response to chemotherapy. The study concluded that the C-MYC gene may be an important marker for predicting the treatments used in neoadjuvant chemotherapy for breast cancer.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-12-02T21:46:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Tese_AlteracoesGeneticasEpigeneticas.pdf: 1341053 bytes, checksum: 3c3dc3d55f7d58401af456f5fcaabb7c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-12-06T17:20:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Tese_AlteracoesGeneticasEpigeneticas.pdf: 1341053 bytes, checksum: 3c3dc3d55f7d58401af456f5fcaabb7c (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-06T17:20:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Tese_AlteracoesGeneticasEpigeneticas.pdf: 1341053 bytes, checksum: 3c3dc3d55f7d58401af456f5fcaabb7c (MD5) Previous issue date: 2013 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os meningiomas são os tumores intracranianos mais frequentes, originando-se das meninges que revestem o cérebro e cordão espinhal. Apesar de terem sido um dos primeiros neoplasmas sólidos estudados citogeneticamente, ainda são escassos os estudos genéticos e epigenéticos nesses tumores. O presente trabalho teve como objetivo investigar alterações genéticas e epigenéticas que pudessem contribuir na iniciação e progressão tumoral em meningiomas na população paraense. Essa tese está subdivida em três capítulos. No Capítulo I foi investigada a associação entre o polimorfismo MTHFR C677T e meningioma em 23 pacientes da população paraense, utilizando 96 indivíduos sem histórico de lesões pré-neoplásicas como grupo controle. Essa associação não foi encontrada, apesar de sugerir um aumento não estatisticamente significante no risco de desenvolver meningioma em portadores do genótipo TT quando comparados ao genótipo CC. No Capítulo II foi avaliado o padrão de metilação em duas famílias do microRNA124 em meningiomas na população paraense. Hipermetilação na região promotora de miRN124a2 e miRNA124a3 parece ser um evento frequente, uma vez que foi encontrada em 73,9% e 69,56% das amostras analisadas, respectivamente. No Capítulo III, foi analisado o padrão de metilação dos genes APC, BRCA1, CDH1, CDH13, CDKN2A, DAPK1, ESR1, FHIT, GSTP1, MGMT, MLH1, NEUROG1, PDLIM4, PTEN, RARB, RASSF1, RUNX3, SOCS1, TIMP3, TP73, VHL e WIF1 em um meningioma de grau I e um de grau II através de uma placa comercial desenvolvida através da tecnologia MethylScreen. O padrão de metilação do gene CDKN2B também foi analisado na amostra coletada em 25 pacientes com meningioma através da conversão por bissulfito, PCR e sequenciamento direto. O gene RASSF1A apresentou-se metilado em 16,73% e 63,66% dos sítios CpGs analisados na amostra de meningioma de grau I e grau II, respectivamente. O gene RUNX3 se apresentou metilado apenas na amostra de grau II em 52,88% dos sítios CpG analisados. Nossos resultados apontam a importância das alterações epigenéticas na tumorigênese e progressão tumoral em meningiomas. / Meningiomas are the most common intracranial tumors that originate from the meninges surrounding the brain and spinal cord. Despite meningiomas were among the first solid neoplasms to be studied cytogenetically, little is known about their genetic and epigenetic profile. This study aimed to investigate genetic and epigenetic alterations that could contribute to tumor initiation and progression in meningiomas in the population of Pará, Brazil. This thesis is subdivided into three chapters. In Chapter I we investigated the association between the MTHFR C677T and meningioma in 23 patients in the population of Pará. A total of 96 healthy individuals with no previous pre-neoplastic lesions were selected for the control group. This association was not found. Although not statistically significant, our observation suggests that the TT genotype increases the risk of developing meningioma when compared to CC genotype. In Chapter II we evaluated the methylation pattern in two members of microRNA124 family in meningiomas in the population of Pará. Hypermethylation of the promoter region of miRN124a2 and miRNA124a3 appears to be a frequent event, as was found in 73.9% and 69.56% of the samples, respectively. In Chapter III, we analyzed the methylation pattern of the APC, BRCA1, CDH1, CDH13, CDKN2A, DAPK1, ESR1, FHIT, GSTP1, MGMT, MLH1, NEUROG1, PDLIM4, PTEN, Rb, RASSF1, RUNX3, SOCS1, TIMP3, TP73, VHL and WIF1 genes in a grade I and in a grade II meningiomas through an assay developed by MethylScreen. Pattern of methylation of CDKN2B was also analyzed in 25 patients with meningioma through bisulfite conversion, PCR and direct sequencing. RASSF1A was methylated in 16.73% and 63.66% of the CpG sites analyzed in the grade I and grade II meningioma, respectively. RUNX3 is methylated only in grade II meningioma in 52.88% of the CpG sites analyzed. Our results point to the importance of epigenetic changes in tumorigenesis and tumor progression in meningiomas.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-12T14:51:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosGeneMTHFR.pdf: 398832 bytes, checksum: b6fcfbc80832e63aed935d0a802e52a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-22T16:48:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_PolimorfismosGeneMTHFR.pdf: 398832 bytes, checksum: b6fcfbc80832e63aed935d0a802e52a4 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-22T16:48:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_PolimorfismosGeneMTHFR.pdf: 398832 bytes, checksum: b6fcfbc80832e63aed935d0a802e52a4 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2004 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Síndrome de Down, ou trissomia do 21 é o distúrbio cromossômico mais freqüente em recém-nascidos. Esta trissomia é na maioria das vezes (95% dos casos) decorrente da não disjunção meiótica materna durante a meiose I. Com exceção da idade materna avançada, outros fatores de risco para não disjunção meiótica não estão bem estabelecidos. Estudos preliminares recentes sugerem que o metabolismo anormal do folato e polimorfismos no gene MTHFR (C677T e A1298C) podem ser fatores de riscos materno para Síndrome de Down. Com objetivo de verificar a freqüência dos polimorfismos no gene MTHFR (C677T e A1298C) e uma possível associação destes, como fatores de risco materno para Síndrome de Down, realizamos um estudo do tipo caso-controle, em 41 mulheres de filhos com a Síndrome de Down (freqüentadoras da APAE) e 39 controles da cidade de Belém-PA. Nossos resultados demonstraram que a distribuição dos genótipos para os dois polimorfismos entre as mães investigadas e controles se encontravam em equilíbrio de Hardy Weinberg. Não encontramos diferenças entre as freqüências nas mães investigadas e mães controles. Esses resultados sugerem que estas mutações isoladas e/ou em forma de haplótipos, não podem ser consideradas como risco materno para Síndrome de Down, para população analisada e sim polimorfismos comuns dentro desta população. / Down Syndrome, or Trissomy 21, is the most recurrent chromosomal disturb among newborns. This trissomy is, in most of the cases (95% of them) launched by maternal meiotic non-disjunction during meiosis I. With the exception of advanced maternal age, other risk factors for this non-disjunction are not well established. Recent preliminary studies suggest that the abnormal metabolism of folate and polymorphisms at the MTHFR gene (C677T and A1298C) might be maternal risk factors for Down Syndrome. With the purpose of verifying the frequency of the polymorphisms in the MTHFR gene (C677T and A1298C) and a possible association of them, as maternal risk factors for Down Syndrome, we performed a case-control study in 41 mothers of Down Syndrome children (who attend APAE) and 39 controls from the city of Belém-PA. Our results demonstrate that the distribution of the genotypes for both of the polymorphisms amidst the mothers studied and controls were in Hardy-Weinberg equilibrium. We did not find differences among the ratio of the studied mothers e control mothers. These results suggest that these isolated and/or haplotype-shaped mutations can not be considered as a maternal risk for Down Syndrome for the analyzed population, but as common polymorphisms among this same population.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cervical cancer is the second most common cancer among women worldwide and one of the most prevalent female cancers in Brazil. In premalignant and malignant lesions of the uterine cervix the p16INK4a protein, which participates in cell cycle control, exhibits a dramatic increase in its expression possibly due to the presence of human papillomavirus (HPV) oncoproteins. Two polymorphisms in the p16 gene, p16INK4a 540C>G and p16 580C> T, are located in the 3' untranslated region (3'UTR), which is involved in the post-transcriptional regulation of gene expression. The aim of this study was to investigate possible associations between the p16 500C>G and p16 540C>T polymorphisms and the developing of cervical neoplasias and/or lesion severity, considering the expression levels of the p16INK4a protein in cervical lesions, and some classic risk factors for cervical cancer, including HPV infection. A total of 567 women residents in Rio de Janeiro was selected, 319 with abnormal cervical cytology results (case group), and 248 with no previous history of cervical cytological changes (comparison group). Peripheral blood samples from all participants were used for molecular analysis of the polymorphisms p16 500C>G and p16 540C>T, which was performed by PCR-RFLP (polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism) using the restriction enzymes MspI and HaeIII, respectively. The expression of p16 in 137 biopsies of women belonging to the group of cases was assessed by immunohistochemistry. The detection of HPV DNA in cervical cells was performed in all samples of the comparison group and in 194 samples of the case group by a PCR-based method using two primers pairs, MY09/MY11 and GP05+/GP06+. TheINK4a two study groups are in Hardy-Weinberg equilibrium. The genotype distributions for p16 500C>G and p16 540C>T and the distributions of haplotype combinations in the two groups were not statistically different. The analysis of the subgroup HSIL+cancer (cases with high-grade intraepithelial lesion or invasive carcinoma) compared to the subgroup HSIL (cases with low-grade squamous intraepithelial lesions) revealed a significant difference in the distribution of haplotype combinations (p = 0.036) and marginal differences in the genotype distributions for p16 500C>G (p = 0.071) and p16 540C>T (p = 0.051). The p16 540G allele, in heterozygosis or homozygosis (OR = 1.91, 95% CI = 1.08-3.37), and the haplotype combination p16 500C-540C 500G-540C (OR = 2.34, 95% CI = 1.202-4.555) showed to be associated with the severity of cervical lesions. On the other hand the p16 580T/T genotype (OR = 0.25, 95% CI = 0.08-0.79), and the haplotype combination p16 500C-540T 500C-540T (OR=0.27, 95% CI = 0.088-0.827) exhibited a protective effect against the development of higher grade cervical lesions. Interaction analyses between the p16 polymorphisms and the p16 protein expression or the HPV infection were compromised by the reduced number of analyzed samples. No interaction was observed between the studied polymorphisms and the classical risk factor for cervical cancer. Our data point out the importance of the p16 gene polymorphisms as severity markers in cervical neoplasia. INK4aINK4aINK4a. / O câncer de colo do útero é o segundo carcinoma mais frequente em mulheres no mundo e um dos cânceres femininos mais incidentes no Brasil. Em lesões pré-malignas e malignas do colo uterino, a proteína p16INK4a, que participa do controle do ciclo celular, apresenta um aumento considerável de sua expressão, devido possivelmente à presença de oncoproteínas do papilomavírus humano (HPV). Dois polimorfismos no gene p16INK4a, p16 500C>G e p16 540C>T, estão localizados na região 3 não traduzida (3UTR), que está envolvida na regulação pós-transcricional da expressão gênica. O objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações entre os polimorfismos p16 500C>G e p16 540C>T e o desenvolvimento de neoplasias cervicais e/ou a severidade das lesões, considerando os níveis de expressão da proteína p16INK4a nas lesões cervicais e certos fatores de risco clássicos para o câncer cervical, incluindo a infecção pelo HPV. Para isso, foram selecionadas 567 mulheres residentes no Rio de Janeiro, 319 com citologia cervical alterada (grupo de casos) e 248 sem história prévia de alteração citológica do colo uterino (grupo de comparação). Amostras de sangue periférico de todas as participantes foram utilizadas na análise molecular dos polimorfismos p16 500C>G e p16 540C>T através da técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia da polimerase - polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição), usando as enzimas de restrição MspI e HaeIII, respectivamente. A expressão da proteína p16INK4a em 137 biópsias de mulheres pertencentes ao grupo de casos foi avaliada por imunohistoquímica. A detecção de DNA do HPV em células cervicais foi feita em todas as amostras do grupo de comparação e em 194 amostras do grupo de casos pela técnica de PCR, usando dois pares de oligonucleotídeos, MY09/MY11 e GP05+/GP06+. Os dois grupos de estudo se encontram em equilíbrio de Hardy-Weinberg. As distribuições genotípicas para p16 500C>G e p16 540C>T e as distribuições de combinações haplotípicas nos dois grupos não apresentaram diferenças significativas. A análise do subgrupo HSIL+câncer (casos com lesão intraepitelial de alto grau ou carcinoma invasivo) em comparação com o subgrupo LSIL (casos com lesão intraepitelial de baixo grau) revelou diferença significativa entre as distribuições das combinações haplotípicas (p = 0,036) e diferenças marginais entre as distribuições genotípicas para p16 500C>G (p = 0,071) e p16 540C>T (p = 0,051). O alelo p16 540G, em heterozigose ou homozigose (OR = 1,91, IC 95% = 1,08-3,37), e a combinação haplotípica p16 500C-540C 500G-540C (OR = 2,34, IC 95% = 1,202-4,555) mostraram-se associados com a severidade da lesões cervicais. Já o genótipo p16 540T/T (OR = 0,25, IC 95% = 0,08-0,79), e a combinação haplotípica p16 500C-540T 500C-540T (OR = 0,27, IC 95% = 0,088-0,827) exibiram papel protetor contra o desenvolvimento de lesões mais severas. As análises de interação entre os polimorfismos de p16INK4a e a expressão de p16 ou a infecção pelo HPV foram comprometidas pelo número reduzido de amostras analisadas. Não se observou qualquer interação entre os polimorfismos estudados e os fatores de risco clássicos para o câncer de colo uterino. Nossos resultados apontam para a importância dos polimorfismos do gene p16INK4a como marcadores de severidade da neoplasia cervical.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Marcadores genéticos presentes no cromossomo Y, como os microssatélites (Y-STRs) e polimorfismos de único nucleotídeo (Y-SNPs) são utilizados na caracterização de linhagens masculinas, visto que são transmitidos às gerações seguintes sem alterações, a menos que ocorram mutações (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Por isso, esses marcadores são amplamente empregados em diversas situações, destacando-se o uso constante dos Y-STRs na genética forense por apresentarem alta capacidade de discriminar linhagens. Recentemente, foram descritos 13 marcadores com taxas de mutação substancialmente superiores àquelas verificadas para loci STR do cromossomo Y, denominados Rapidly Mutating (RM) Y-STRs (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). Devido às taxas de mutação elevadas, os RM-YSTRs apresentam maior eficiência na discriminação entre indivíduos proximamente relacionados, pertencentes à mesma linhagem patrilínea. O presente trabalho buscou aprofundar o conhecimento acerca das características populacionais e mutacionais dos loci RM-YSTRs em amostra do Rio de Janeiro, contribuindo com estudos desta natureza na população brasileira. Realizou-se a análise de 13 loci do cromossomo Y em 258 indivíduos do sexo masculino, compondo 129 pares de pais e filhos, nascidos no estado do Rio de Janeiro. O DNA das amostras foi extraído, conforme os protocolos vigentes na rotina do LDD-UERJ. As sequências genéticas de interesse foram amplificadas pela técnica de reação em cadeira da polimerase (PCR) através da realização de três PCR multiplex, cujos produtos de amplificação foram separados por eletroforese em sequenciador automático ABI-3500 (Applied Biosystems). Para os pares pai/filho que apresentaram haplótipos mutados, empregou-se a técnica de sequenciamento para confirmação das mutações. Os loci RM-YSTR geraram um poder de discriminação de 1,0 na amostra analisada, o que significa que todos os 129 indivíduos da amostra populacional apresentaram haplótipos diferentes para tais marcadores, com frequências de 0,0077 e diversidade haplotípica igual a 1. Além disso, foram obtidos valores elevados de diversidade gênica para os 13 marcadores. A análise de distância genética e os resultados de AMOVA baseados nos valores de Fst demonstraram que os RM-YSTR não indicam subdivisão populacional e traços ancestrais comuns. Tais valores estão associados às elevadas taxas de mutação encontradas, cuja média foi de 2,11 x 10-2. Foi possível observar que os loci RM-YSTR são muito discriminativos na amostra miscigenada analisada, além de terem maior capacidade de diferenciar indivíduos do que outros conjuntos de marcadores normalmente usados em estudos populacionais e análises forenses. Sendo assim, é possível concluir que os marcadores RM-YSTR são promissores para discriminar indivíduos da mesma linhagem patrilínea, visto que devido às suas elevadas taxas mutacionais e poder de discriminação, são capazes de diferenciar indivíduos de maneira mais eficiente do que os outros conjuntos de STR. Porém, é necessário maior número de estudos para melhor caracterização destes loci em diferentes populações. / Genetic markers on Y chromosome, as microsatellites (Y-STRs) and single nucleotide polymorphisms (Y-SNPs) are used for the characterization of male lineages, since they are fully transmitted to next generations unless mutations occurs (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Therefore, these markers are widely applied in several situations, highlighting the constant use of Y-STRs in the field of forensic genetics because of their high capacity of discriminate lineages. Recently, 13 rapidly mutating markers were described due to their highly mutation rates in comparison to other common Y-chromosome STRs, being called as Rapidly Mutating Y-STR (RM-YSTR) (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). As a result of their high mutation rates, RM-YSTRs display high efficiency in discriminating paternally related males. The present work aimed to deepen the knowledge about population and mutational RM-YSTR loci characteristics in Rio de Janeiro sample, and then, contribute to other studies with this purpose in Brazilian population. Y chromosome 13 STRs analysis was realized in 258 males born in Rio de Janeiro state, grouped in 129 fathers/sons pairs. The extraction of DNA from biological samples was performed according to routine protocols from LDD-UERJ. Target sequences were amplified by three polimerase chain reactions (PCR) and the amplicons were separated through electrophoresis on automated sequencer ABI-3500 (Applied Biosystems). When mutations were detected, they were confirmed by sequencing. Among the investigated sample, RM-YSTR loci showed a discrimination capacity of 1,0 which means that all 129 analyzed individuals have different haplotypes for these markers, displaying frequencies of 0,0077 and haplotype diversity of 1,0. Moreover, high values of genetic diversities were obtained for the 13 markers. Distance genetic analysis and AMOVA values based on Fst results did not show population substructure and common ancestral traits. These results are associated with high mutation rates found, with an average rate about 2,11 x 10-2. RM-YSTR showed to be very discriminative at this mixed sample, besides proving to be more discriminative than other markers commonly used in population studies and forensic analysis. Thus, it is possible to conclude that RM-YSTR markers are promising to discriminate individuals of the same male strain and due to their high mutation rates and discrimination capacity, they are able to differentiate individuals better than other common markers. Nevertheless, for a better characterization of these loci in different populations more studies are needed.

Made available in DSpace on 2016-08-19T17:47:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisleide Lisboa Ferreira.pdf: 653404 bytes, checksum: df345a6af79843bea75c16b5c13463f5 (MD5) Previous issue date: 2007-06-16 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / The HLA system has as one of their main characteristics the high degree of genetic polymorphisms and it is known that the HLA molecules represent the main aloantígenos related to the rejection of grafts of solid organs and to the reaction of grafts against host in transplants of cells trunk hematopoietic. Those properties allow that the HLA alleles are used as instrument of characterization of the genetic composition of different people, once the allelic and haplotypes frequencies are characteristic of each ethnic group and population; for the study of HLA alleles associations with diseases and to evaluate the compatibility between donors and receivers of organs. In this study it was verified the allelic frequencies and the haplotype associations present in a sample of DVMO of the state of Maranhão and the power of these loci in exams of paternity. 1151 unrelated individuals, been born in Maranhão, were analyzed. All of the samples were analyzed by PCR - SSO method, in the Laboratory of Imunogenética and Molecular Biology (LIB) of UFPI. It was observed that the most frequent HLA-A genes were *02 (24,87%), *24 (9,87%), *01 (7,63%), *03 (6,96%) and *31 (6,71%). The largest frequencies for HLA-B alleles the were *44 (9,44%), *35 (9,19%), *15 (7,42%) and *07 (5,56%), and for HLA-DRB1 it was observed that *07 (12,81%), *13 (10,61%), *04 (8,07%), *11 (7,86%) and *03 (7,27%) were the most frequent. The haplotypes associations more frequents were HLA A*02 B*44 DRB1*07 (0,61%), HLA A*01 B*08 DRB1*03 (0,52%), HLA A*02 B*44 DRB1*13 (0,46%), HLA A*02 B*15 DRB1*04 (0,35%), HLA A*02 B*51 DRB1*13 (0,29%). The observed frequencies showed similar to those found in other Brazilian population studies and in comparison with other ethnic groups, there was larger similarity with the frequencies of European groups, following by the African. This result can be explained by the characteristics of the formation of the population from Maranhão that had effective contribution of three ethnic groups: the Indian, the white (mainly the Portuguese) and the black. The values of the Power of Exclusion and Power of Discrimination observed in the HLA loci in study were superior to the observed in common markers used for exams of exclusion of paternity. / O Sistema HLA tem como uma de suas principais características o alto grau de polimorfismo genético e sabe-se que as moléculas HLA representam os principais aloantígenos relacionados à rejeição de enxertos de órgãos sólidos e à reação de enxertos contra hospedeiro em transplantes de células tronco hematopoéticas. Essas propriedades permitem que os alelos HLA sejam utilizados como instrumento de caracterização da composição genética de diferentes povos, uma vez que as freqüências alélicas e haplotípicas são características de cada grupo étnico e população; para o estudo de associações de alelos HLA com doenças e para avaliar a compatibilidade entre doadores e receptores de órgãos. Neste estudo verificou-se as freqüências alélicas e as associações haplotípicas presentes numa amostra de DVMO do estado do Maranhão e o poder destes loci em exames de paternidade. Foram analisados 1151 indivíduos não aparentados, nascidos no Maranhão. Todas as amostras foram analisadas pelo método PCR SSO, no Laboratório de Imunogenética e Biologia Molecular (LIB) da UFPI. Observou-se que os genes HLA-A mais freqüentes foram *02 (24,87%), *24 (9,87%), *01 (7,63%), *03 (6,96%) e *31 (6,71%). Para os alelos HLA-B as maiores freqüências foram *44 (9,44%), *35 (9,19%), *15 (7,42%) e *07 (5,56%), e para HLA-DRB1 observou-se que *07 (12,81%), *13 (10,61%), *04 (8,07%), *11 (7,86%) e *03 (7,27%) foram os mais freqüentes. As associações haplotípicas mais freqüentes foram HLA A*02 B*44 DRB1*07 (0,61%), HLA A*01 B*08 DRB1*03 (0,52%), HLA A*02 B*44 DRB1*13 (0,46%), HLA A*02 B*15 DRB1*04 (0,35%), HLA A*02 B*51 DRB1*13 (0,29%). As freqüências observadas mostraram-se semelhantes às encontradas em outros estudos populacionais brasileiros e em comparação com outros grupos étnicos, houve maior semelhança com as freqüências de grupos europeus seguido do africano. Esse resultado pode ser explicado pelas características da formação da população maranhense, que teve contribuição efetiva de três grupos étnicos: o índio, o branco (principalmente o português) e o negro. Os valores do Poder de Exclusão e Poder de Descriminação observados nos loci HLA em estudo foram superiores aos observados em marcadores de uso comum para exames de exclusão de paternidade.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-06-26T12:30:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AvaliacaoPolimorfismosGenes.pdf: 767516 bytes, checksum: 991b09fcea0d32aa81d490a9e7867abe (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-07-30T12:41:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AvaliacaoPolimorfismosGenes.pdf: 767516 bytes, checksum: 991b09fcea0d32aa81d490a9e7867abe (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-30T12:41:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AvaliacaoPolimorfismosGenes.pdf: 767516 bytes, checksum: 991b09fcea0d32aa81d490a9e7867abe (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Fissura lábio palatina ou orofaciais é um dos mais frequentes defeitos congênitos existentes e vários estudos relacionam essa malformação a causas multifatoriais. Entre as diversas causas ambientais estão os hábitos etílicos e tabagistas maternos, assim como o uso de agrotóxico. A resposta do embrião humano a agentes teratogênicos é bem conhecida. Porém, sabe-se que organismos diferentes metabolizam de maneira distinta um mesmo componente químico, isto se deve a características genéticas intrínsecas relacionadas a diferentes funcionamentos enzimáticos. Tais diferenças podem ser investigadas a partir da análise de polimorfismos em genes relacionados ao metabolismo destes xenobióticos, que podem assim estar relacionados à etiogênese de fissuras lábio palatinas. O Objetivo do nosso estudo foi analisar polimorfismos em sete genes, PON1 (rs662), PON1 (rs854560), MTHFD1, CYP2E1, EPHX1, ABCB1, AHR, onde uma análise correlativa com fatores ambientais, como exposição a agrotóxicos foi realizada, a fim de avaliar se existe ou não influência das diferentes variantes polimórficas e tais interações ambientais na etiogênese das fissuras lábio palatinas. O número total de amostras analisadas foi de 166 indivíduos, sendo 83 pacientes acometidos por fissura, com idade média de 7 anos (DP 5 anos) e 83 mães dos mesmos. Em nossas amostras, o gênero masculino foi 64% do total de acometidos.; uma ficha para a coleta de dados epidemiológicos foi desenvolvida para o estudo; o material biológico coletado para análise foi sangue. A análise estatística foi realizada com os softwares bioEstat 5.3, SPSS 12.0 e PLINK 1.07. Nosso resultado consiste de quatro análises diferentes, para cada polimorfismo. Inicialmente, observamos as diferenças entre as frequências genotípicas encontradas nos acometidos e nas mães destes e aquelas das populações de indivíduos hígidos. Isto visando encontrar diferenças entre estes genótipos que possam justificar a gênese das FLP, frente à exposição das mães, e intrauterinamente, dos filhos ao agrotóxico. Num segundo momento, verificamos se houveram diferenças entre os genótipos maternos e dos acometidos, que pudessem representar diferenças significativas entre estes dois grupos de indivíduos (pois as mães, independentemente da exposição ao agrotóxico, poderiam ter FLP, caso o genótipo fosse de elevada importância) e que possam ter relação com a FLP. Em uma terceira análise, observamos se os genótipos encontrados nos indivíduos que apresentam FLP, estão relacionados à exposição relatada aos agrotóxicos, como fator etiológico destas más formações. Em ultima análise, visamos, por análise de regressão, verificar se a característica genotípica desses alvos de estudo, possa ter influenciado no fenótipo do tipo de fissura, seja somente labial, seja palatal ou labiopalatal. A distribuição dos tipos de fissuras entre os acometidos foi de 12% para fissuras somente labiais, 19% para fissuras somente palatais e 69% das fissuras em nosso grupo amostral atingiam o lábio e o palato. / Orofacial cleft palate or lip is one of the most common birth defects and several existing studies that relate to multifactorial causes malformation. Among the various environmental causes are the ethyl and maternal smoking habits, as well as the use of pesticides. The response of human embryo teratogenic agents is well known. However, it is known that different organisms metabolize differently the same chemical component, this is due to intrinsic genetic characteristics related to different enzymatic runs. Such differences can be investigated from the analysis of polymorphisms in genes related to metabolism of these xenobiotics, which may well be related to etiogênese palatine cleft lip. The objective of our study was to analyze polymorphisms in seven genes, PON1 ( rs662), PON1 ( rs854560 ), MTHFD1, CYP2E1, EPHX1, ABCB1, AHR, where a correlative analysis with environmental factors such as exposure to pesticides was performed in order to assess whether there is influence of different polymorphic variants and environmental interactions in such etiogênese of cleft Lip and Palate. The total number of samples analyzed were 166 subjects, 83 patients affected by cleft, with an average age of 7 years (SD 5 years) and 83 mothers of the same. In our samples, the males was 64 % of the total affected. A plug for the collection of epidemiological data was developed for the study, the biological material collected for analysis was blood. Statistical analysis was performed using the BioStat 5.3, SPSS 12.0 software and plink 1:07. Our result is four different analyzes for each polymorphism. Initially, we observed differences between genotypic frequencies found in affected and mothers of these populations and those of healthy individuals. This aimed to find differences among genotypes that may justify the genesis of FLP, after exposure of mothers and intrauterinamente of the children to pesticides. Secondly, we looked at whether there were differences between the affected and maternal genotypes, which could represent significant differences between these two groups of individuals (as the mothers, regardless of exposure to pesticides could have FLP if the genotype was of high importance) and which may be related to the FLP. In a third analysis, we observed that the genotypes found in individuals with FLP, are related to the reported pesticide exposure as an etiological factor of these malformations. Ultimately, we aim, through regression analysis to determine whether the genotypic characteristics of these targets of study, may have influenced the phenotype of the type of cleft, lip only be either palate or cleft lip. The distribution of types of cracks between affected was 12% only for chapped lips, only 19% to 69% palate and the cracks in our sample group reached the lip and palate.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-06-24T11:58:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaGeneTspy.pdf: 3490118 bytes, checksum: 04ae01d93552cb60c341c052189e2af5 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-07-31T17:23:30Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaGeneTspy.pdf: 3490118 bytes, checksum: 04ae01d93552cb60c341c052189e2af5 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-31T17:23:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaGeneTspy.pdf: 3490118 bytes, checksum: 04ae01d93552cb60c341c052189e2af5 (MD5) Previous issue date: 2014 / Pacientes portadores de Distúrbios da Diferenciação Sexual (DDS) apresentam maior risco de desenvolver neoplasias. As alterações neoplásicas mais frequentes nestes pacientes são: o gonadoblastoma, o carcinoma in situ/tumores de células germinativas intra-tubulares não classificados. As células germinativas tipo II são as percussoras destas lesões na maioria dos casos. O gonadoblastoma é uma neoplasia benigna que não metastiza, mas pela alta prevalência e risco de evolução para as formas malignas de neoplasias gonadais, merece especial atenção. Em uma região próxima ao centrômero no braço curto do cromossomo Y, foi mapeado o gene TSPY, imputado como o gene do gonadoblastoma. Este gene expressa-se em grande quantidade nas células que constituem o gonadoblastoma. Foram avaliados 47 pacientes com DDS nos seus cariótipos e na pesquisa da prevalência do TSPY através da técnica da reação em cadeia de polimerase (PCR). As análises revelaram que 50% das pacientes com síndrome de Turner, mesmo sem o cromossomo Y, íntegro ou não, evidente no cariótipo, foram positivas para a presença do gene TSPY. Estes dados evidenciam a importância da investigação do referido gene no acompanhamento e orientação de gonadectomia em pacientes com DDS. / Patients with disorders of sexual differentiation (DDS) present higher risk of neoplasies. The most common neoplastic changes in these patients are: the gonadoblastoma, carcinomain situ and cell germ tumors of intra-tubular unclassified. The type II germ cells are precursors these lesions in most cases. The gonadoblastoma is a benign tumor that no metastasizes, but the high prevalence and risk of progression to malignant forms of gonadal neoplasms, deserves special attention. In a close to the centromere on the short arm of the Y chromosome region, the TSPY gene was isolated, counted as the gonadoblastoma gene. Expressed in large amounts in cells that constitute the gonadoblastoma. DDS 47 patients were evaluated in their karyotypes and research investigated the prevalence of TSPY PCR. The analysis reveled that 50% of patients with Turner syndrome, even without the Y chromosome, righteous or not, evident in the karyotype, were positive for the presence of the TSPY gene. Evidencing the importance of the gene in the monitoring and guidance of gonadectomy in patients with DDS.