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Revisão de modelos probabilísticos de distribuição: uma aplicação para peixes migradoresBarradas, José Ricardo de Souza January 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012 / Given the limitations of the logit model, represented by the equation P = e(b0 + b1 x1 + b2 x2 +. + bi xi). (1 + e(b0 + b1 x1 + b2 x2 +. + bi xi))-1, where: P is the probability of occurrence of the species (0-1), x1, x2 and xi are the environmental descriptors, b0, b1, b2 and bi are coefficients of the model calibration, and LOGITm, represented by the equation P = e(b1. (Altitude - PMFAltitude) + b2. (Área de Bacia – PMFÁrea de Bacia)). (1 + e (b1. (Altitude - PMFAltitude) + b2. (Área de Bacia – PMFÁrea de Bacia)))-1, where: P is the probability of occurrence of the species (0-1),, b1 and b2 are coefficients related to altitude and basin area, respectively, and PMF is the point of changing phase of each parameter, as described in the literature for prediction of probability distribution of species in extreme situations due to compensatory mechanisms resulting from the design of these models, the goal of this study was to propose a new statistical model for the distribution of species of migratory fish and compare it with the models mentioned above. It was used the available database derived from the project PEIXES MIGRADORES E POTENCIAL HIDRELÉTRICO: GESTÃO INTEGRADA DA BACIA URUGUAI (RS/SC), which is composed of 167 points distributed throughout the Brazilian territory of the watershed. The model proposed in this study (Logistic Product - LP) is represented by the following equation: P = (1 – b0) + b0. (1 + e(TAXAAltitude. (Altitude – PMFAltitude)))-1. (1 + e(-TAXAÁrea de Bacia. (Área de Bacia – PMFÁrea de Bacia)))-1, where: P is the probability of occurrence of the species (0-1), b0 is a fraction of the likelihood of unexplained by any of the descriptors; TAXA is a parameter indicative of the relative speed of change of absent/presence and PMF is the point of changing phase of each parameter. The models were adjusted for four species of migratory large Uruguay River basin: Leporinus obtusidens (piava), Prochilodus lineatus (grumatã) Pseudoplatystoma corruscans (pintado) and Salminus brasiliensis (dourado). The models were analyzed according to (1) adherence between their expected occurrence and estimated, (2) formats dimensional fields of the residual variance as a function of the variables altitude and basin area, (3) the formats dimensional fields of probability of occurrence in function of the variables altitude and basin area, and (4) through statistical criteria of Akaike Information Criterion (AIC) and Dimensional Stability Index (DSI), the latter being developed in this study and represented by the following equation: D. S. I. = (CvP1. CvP2. CvP3. CvPi )1/ i, where: CvP1, CvP2, CvP3, CvPi is the coefficient of variation for each parameter. The percentage of adherence obtained were generally around 80%, and, in general, the LP model showed adherence rates between 1% and 4% lower than the other models. The PMFAltitude obtained with the LP model were higher for all species, being 672 m for S. brasiliensis, 516 m for P. lineatus, 651 m for L. obtusidens and 509 m for P. corruscans. The PMFBasin Area were higher for the model LOGITm, except for P. lineatus, where the models LOGITm and LP had the same value (101 km2) and P. corruscans, where the LP model showed a value of 1623 km2 and LOGITm model showed a value of 709 km2. The fields of probability of occurrence for the LOGIT and LOGITm models for all species had the same general behavior in the form of an oblique cross-section sigmoid. However, the fields formed by the residual sum of squares (RSS) obtained with the model LOGITm for all species behaved like a "trough" of lower values of variance, indicating the same statistical quality ara a wide range of combinations of PMFaltitude and PMFBasin Area, which results in lack of stability of the fitting parameters. The LP model presented only one point of lower value of RSS in all settings, showing better stability of the final answer, however, the minimum value obtained was always a little higher than in other models. The fields of probability of occurrence showed that the LP model shows the interaction between environmental variables closer to the biological reality that LOGIT and LOGITm, not being checked the compensatory mechanisms presented in the models LOGIT and LOGITm. The LP model presented the highest values of AIC for all species, and 34. 3 for S. brasiliensis, 35. 0 for P. lineatus, 35. 2 for L. obtusidens and 33. 7 for P. corruscans. The model presented in this criterion is less suitable than others to describe the distribution of species. With the DSI method, however, the LP model obtained the lowest values, except for S. brasiliensis, which achieved results slightly higher than the model LOGITm. In the present study we noted the similarity between models LOGIT and LOGITm because, except for L. obtusidens, the differences between them were extremely small, not representative for the studies on this scale. The LP model showed no compensatory mechanisms such as the LOGIT and LOGITm, therefore, although the worst results obtained in the AIC criterion, the resulting improvements in the statistical stability, shape of dimensional field and better predictive ability in extreme situations justify its use. / Tendo em vista as limitações dos modelos LOGIT, representado pela equação P = e(b0 + b1 x1 + b2 x2 +. . + bi xi). (1 + e(b0 + b1 x1 + b2 x2 +. . + bi xi))-1, onde: P é a probabilidade de ocorrência da espécie (0-1); x1, x2 e xi são os descritores ambientais de ocorrência; b0, b1, b2 e bi são coeficientes de calibração do modelo, e LOGITm, representado pela equação P = e(b1. (Altitude - PMFAltitude) + b2. (Área de Bacia – PMFÁrea de Bacia)). (1 + e (b1. (Altitude - PMFAltitude) + b2. (Área de Bacia – PMFÁrea de Bacia)))-1, onde: P é a probabilidade de ocorrência da espécie (0-1); b1 e b2 são coeficientes relativos à altitude e área de bacia, respectivamente; PMF é o ponto de mudança de fase de cada parâmetro, já descritos em literatura, para predição de distribuição probabilística de espécies em situaçõeslimite devido a mecanismos compensatórios consequentes do desenho desses modelos, o objetivo deste trabalho foi propor um novo modelo estatístico para distribuição de espécies de peixes migradores e compará-lo com os modelos citados acima. Foi utilizada a base de dados disponível derivada do projeto PEIXES MIGRADORES E POTENCIAL HIDRELÉTRICO: GESTÃO INTEGRADA DA BACIA URUGUAI (RS/SC), sendo esta composta por 167 pontos distribuídos por todo o território brasileiro da bacia hidrográfica. O modelo proposto neste estudo (Logistic Product – LP) é respresentado pela seguinte equação: P = (1 – b0) + b0. (1 + e(TAXAAltitude. (Altitude – PMFAltitude)))-1. (1 + e(-TAXAÁrea de Bacia. (Área de Bacia – PMFÁrea de Bacia)))-1, onde: P é a probabilidade de ocorrência da espécie (0-1); b0 é uma fração da probabilidade de ocorrência não explicada por qualquer dos descritores; TAXA é um parâmetro indicativo da velocidade relativa de mudança de estado ausente/presente; PMF é o ponto de mudança de fase de cada parâmetro. Os modelos foram ajustados para quatro espécies migradoras de grande porte da bacia hidrográfica do rio Uruguai: Leporinus obtusidens (piava), Prochilodus lineatus (grumatã), Pseudoplatystoma corruscans (pintado) e Salminus brasiliensis (dourado). Os modelos foram analisados conforme (1) suas aderências entre a ocorrência prevista e estimada; (2) formatos dos campos dimensionais da variância residual em função das variáveis altitude e área de bacia, (3) pelos formatos do campos dimensionais de probabilidade de ocorrência em função das variáveis altitude e área de bacia, e (4) através dos critérios estatísticos Akaike Information Criterion (AIC) e Dimensional Stability Index (DSI), sendo o último desenvolvido neste estudo e representado pela seguinte equação: D. S. I. = (CvP1. CvP2. CvP3. .. CvPi )1/ i, onde: CvP1, CvP2, CvP3, CvPi é o coeficiente de variação de cada parâmetro. Os percentuais de aderência obtidos foram geralmente próximos a 80%, e, de forma geral, o modelo LP apresentou índices de aderência entre 1% e 4% mais baixos que os demais modelos. Os PMFAltitude obtidos com o modelo LP foram mais altos para todas as espécies, sendo de 672 m para S. brasiliensis, 516 m para P. lineatus, 651 m para L. obtusidens e 509 m para P. corruscans. Os PMFÁrea de Bacia foram maiores para o modelo LOGITm, exceto para P. lineatus, onde os modelos LP e LOGITm apresentaram o mesmo valor (101 km2) e para P. corruscans, onde o modelo LP apresentou valor de 1623 km2 e o modelo LOGITm apresentou valor de 709 km2. Para os modelos LOGIT e LOGITm os campos de probabilidade de ocorrência das espécies apresentou o mesmo comportamento geral, na forma de um plano oblíquo com seção transversal sigmoide. Entretanto, os campos formados pelo somatório dos quadrados dos resíduos (SQR) obtidos com o modelo LOGITm para todas as espécies apresentaram comportamento de “calha” de menores valores de variância residual, indicando igual qualidade estatística ara um amplo conjunto de combinações de PMF de altitude e área de bacia, o que resulta em falta de estabilidade dos parâmetros de ajuste. O modelo LP apresentou sempre um ponto de menor valor de SQR em todos os ajustes, mostrando melhor estabilidade da resposta final, porém, o valor mínimo obtido foi sempre um pouco mais elevado que nos demais modelos. Os campos de probabilidade de ocorrência mostraram que o modelo LP apresenta interação entre as variáveis ambientas mais próxima da realidade biológica que os modelos LOGIT e LOGITm, não sendo verificados mecanismos compensatórios como nos modelos LOGIT e LOGITm. O modelo LP apresentou os maiores valores de AIC para todas as espécies, sendo 34,3 para S. brasiliensis, 35,0 para P. lineatus, 35,2 para L. obtusidens e 33,7 para P. corruscans. Neste critério o modelo apresentou-se menos adequado que os demais para descrever a distribuição das espécies. Com o método DSI, entretanto, o modelo LP obteve os menores valores, exceto para S. brasiliensis, onde alcançou resultados ligeiramente mais alto que o modelo LOGITm. No presente estudo evidenciamos a similaridade entre os modelos LOGIT e LOGITm, pois, com exceção de L. obtusidens, as diferenças entre eles foram extremamente pequenas, não sendo representativas para estudos nesta escala. O modelo LP não apresentou mecanismos compensatórios como os modelos LOGIT e LOGITm, portanto, embora tenha obtido resultados piores no critério AIC, as consequentes melhorias quanto a estabilidade estatística, formato do campo dimensional e melhor capacidade preditiva em situações-limite justificam sua utilização.
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Relações filogenéticas entre espécies do gênero Lycalopex (Mammalia, Canidae) inferidas com o uso de marcadores do DNA mitocondrialFavarini, Marina Ochoa January 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011 / South America harbors the greatest diversity of canids (Mammalia, Carnivora, Canidae) worldwide, containing representatives of six genera and a total of 10 species. The fossil record indicates that canid representatives have colonized South America from North America during the Great American Biotic Interchange, ca. 2. 5 million years ago (Mya). Current hypotheses postulate between one and four independent canid invasions to South America, with the exact number being a recurrent topic for controversy. Several morphological and molecular studies have attempted to unravel the phylogenetic relationships among canids, but many uncertainties remain. This is particularly the case of the South American fox clade corresponding to genus Lycalopex, which comprises six extant species. Recent studies have indicated that this genus has undergone a very rapid radiation ca. one million years ago, which underlies the historical difficulty in resolving the phylogeny of these canids. In this context, the present study aimed to reconstruct the phylogenetic relationships among the species comprised in this genus, as well as to date their divergences. We used multiple segments of the mitochondrial DNA (mtDNA), encompassing a total of 6000 bp. Several different phylogenetic methods were employed, with all trees converging on the same inter-specific topology. We included multiple individuals from each species, allowing us the evaluation of the monophyly of each of them (including L. sechurae, tested here for the first time). All species formed well-supported monophyletic clusters, corroborating their recognition as taxonomic entities. The single exception to this pattern was the identification of two L. vetulus individuals sampled in São Paulo state, Brazil, which bore mtDNA sequences that clustered within the L. gymnocercus clade. This result could indicate that L. gymnocercus is expanding its range in to São Paulo state, or else that these two species may by hybridizing in the wild. Molecular dating analyses indicated that the genus began its radiation ca. 1 Mya, corroborating earlier studies which reported a very recent origin for this canid group. The most basal species was L. vetulus, followed by L. sechurae. The most internal cluster contains L. culpaeus and L. fulvipes, with our results indicating that they diverged from each other ca. 390,000 years ago. On the basis of the reconstructed phylogenetic patterns, we discuss hypotheses regarding the biogeography of this genus, aiming to understand the history of its rapid diversification process in the Neotropics. / A América do Sul possui a maior diversidade de canídeos (Mammalia, Carnivora, Canidae) do mundo, contendo representantes de seis gêneros e um total de 10 espécies. O registro fóssil indica que representantes da família Canidae teriam saído da América do Norte e conquistado a América do Sul durante o Grande Intercâmbio Americano, há cerca de 2,5 milhões de anos. Estima-se que tenham ocorrido desde uma única até quatro invasões independentes do continente sul-americano, sendo que o número exato é ainda motivo de controvérsias. Diversos estudos morfológicos e moleculares buscaram compreender as relações filogenéticas entre os canídeos, porém ainda há muitas incertezas, especialmente no que se refere ao clado de raposas da América do Sul formado pelo gênero Lycalopex, que conta com seis espécies atuais. Estudos recentes indicam que este gênero sofreu uma radiação muito rápida há aproximadamente um milhão de anos, o que explica a dificuldade histórica em resolver a filogenia destes canídeos. Em virtude disto, este estudo buscou reconstruir as relações filogenéticas e datar a divergência entre as espécies componentes deste gênero, através do uso de diferentes segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA), perfazendo um total de 6000 pb. Foram utilizados diferentes métodos de reconstrução filogenética, e todas as análises apoiaram a mesma árvore. Múltiplos indivíduos de cada espécie foram incluídos, viabilizando a avaliação da monofilia de cada uma delas (incluindo L. sechurae, testado aqui pela primeira vez). Todas as espécies formaram grupos monofiléticos bem apoiados, corroborando seu reconhecimento como entidades taxonômicas. Uma única exceção a este padrão foi a presença de dois indivíduos de L. vetulus provenientes de São Paulo portando mtDNA de L. gymnocercus, indicando um potencial caso de expansão na distribuição desta última, ou hibridação entre estas espécies. As análises de datação molecular indicaram que o gênero iniciou sua radiação evolutiva há cerca de 1 milhão de anos, corroborando estudos anteriores que reportaram uma origem muito recente para este grupo de canídeos. A espécie mais basal foi L. vetulus, seguida de L. sechurae, e o grupo mais interno contém L. culpaeus e L. fulvipes, cuja divergência ocorreu há apenas cerca de 390 mil anos. A partir dos padrões filogenéticos inferidos, discutimos hipóteses sobre a biogeografia histórica do gênero, buscando compreender este rápido processo de diversificação endêmico da região neotropical.
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Revisão taxonômica de um grupo de serpentes da mata atlântica: Tropidodryas Fitzinger, 1843 (serpentes, Dipsadidae)Silva, Eduardo Polanczyk da January 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010 / The snakes included in Tropidodryas Fitzniger, 1843 are distributed in the Atlantic Forest and are currently recognized as two species: T. serra (Schlegel, 1837) and T. striaticeps (Cope, 1870). The objectives of these work were to test species boundaries, determine the existence (or not) of undescribed species, and evaluate intraspecific variation. The species boundaries were tested by multivariate analysis and additional comparisons among the groups identified by that analysis. The tests was performed using morphometric and meristic variables observed in 218 specimens of Tropidodryas, and these sample was segregated by sex. Principal components analyses (PCA) identified three groups, wth further among group analysis performed using Kruskall-Wallis Anova and comparison of the frequencies of qualitative variables. For all groups skulls were prepared and analyzed, everted hemipenial organs were completely inflated, and four organs were prepared and analyzed. Despite the identification of three groups by PCA, we did detect any character to diagnose them without overlap. However, one group could be distinguished of the others by (1) keeled dorsal scales rolls; (2) larger number of ventral scales (219–235 in males, 225–234 in females) and (3) two rows of large spines in the intersulcar area (directed one row to each lobe of organ), whereas the other groups possess (1) smooth dorsal scales rolls (2) lower number of ventral scales (183–194 in males, 193–206 in females); and (3) four rows of larger spines located in the intersulcar area (directed two rows to each lobe of organ).Based on these results and comparison with type specimens data available in the original descriptions, we associated one group with T. serra and considered the other two groups to represent intraspecific variation within T. striaticeps. These species were so characterized according to coloration (shape and disposition of body blotches), morphometry and scutellation, and their skulls and hemipenises were described and figured. Both T. serra and T. striaticeps presented a posterior process on the internal surface of the prefrontal bone. T. serra differs from T. striaticeps by possessing two rows of large spines located in the intersulcar area (one row directed along each lobe), compared to four rows of large spines located in the intersulcar area (two rows directed along each lobe). / As serpentes inclusas em Tropidodryas Fitzniger, 1843 distribuem-se nas áreas de influência da Mata Atlântica, e são classificadas como T. serra (Schlegel, 1837) e T. striaticeps (Cope, 1870). Os objetivos deste trabalho são testar os limites destas espécies, a existência, ou não, de espécies ainda não descritas e também aferir a variação intra-específica das características analisadas. Os limites das espécies foram testados através de ferramentas de análises multivariadas (análise de componentes principais [ACP]) e comparações entre os grupos resultantes destas análises. Os testes foram desenvolvidos com variáveis morfométricas e merísticas observadas em 218 exemplares de Tropidodryas, separados de acordo com o sexo. A análise de componentes principais indicou a existência de três grupos. Estes grupos foram posteriormente comparados por meio de ANOVA de Kruskal-Wallis, e por comparações entre as freqüências das variáveis qualitativas, sendo que Nós não encontramos caracteres diagnósticos entre estes grupos, sem sobreposição. Porém, um grupo pôde ser distinguido dos outros dois por (1) portar escamas dorsais carenadas, (2) maior número de escamas ventrais (219–235 para machos e 225–234 para fêmeas) e (3) duas colunas de espinhos intra-sulcares (uma coluna direcionada à cada lobo do hemipênis); ao passo que os outros grupos apresentaram (1) escamas dorsais lisas, (2) menor número de escamas ventrais (183–194 para machos e 193–206 para fêmeas, sendo que estas amplitudes englobam ambos grupos), e (3) por portarem quatro colunas de espinhos intra-sulcares (duas direcionadas para cada lobo do hemipênis).Baseado nestes resultados e em comparações com dados dos espécimes-tipo, disponíveis nas descrições originais, associamos um grupo á T. serra e consideramos os outros dois grupos como representantes da variação intra-específica de T. striaticeps. Estas espécies foram então caracterizadas quanto aos padrões de disposição das manchas no corpo, morfometria e folidose, e tiveram seus crânios e hemipênis descritos e representados. Tanto T. serra quanto T. striaticeps apresentaram processo com sentido posterioranterior na face interna do pré-frontal. Os hemipênis de T. serra diferem dos de T. striaticeps por possuírem, respectivamente duas fileiras de espinhos intra-sulcares (uma fileira direcionada para cada lobo) e quatro fileiras de espinhos intra-sulcares (duas fileiras para cada lobo).
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Ausência do endosimbionte Wolbachia SP. em dois metastrongilídeos: Angiostrongylus costaricensis e Angiostrongylus cantonensisBen, Renata January 2007 (has links)
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Previous issue date: 2007 / Abdominal angiostrongyliasis is caused by Angiostrongylus costaricensis, an intra-arterial nematode, that lives in the ileocecal region in wild rodents. This parasite has been detected from southern United States to northern Argentina. Man is an accidental host and is infected ingesting third stage larvae (L3) that are eliminated with mucous secretions by the intermediate host (veronicelid slugs). Another species, that also may infect man is Angiostrongylus cantonensis, a rat pulmonary worm, responsabile for eosinophilic meningitis, in Asia and Pacific islands. Parasites of parasites are currently being studied not only to open new therapeutics possibilities, but also in order to improve diagnostic techniques. The interest for Wolbachia, a gram-negative endosimbiont bacterium, increased when the mutualistic character of its association with filarias was described. These considerations led to new ideas for treatment of these parasitosis through the use of antibacterial drugs. The main objective of this work is to verify the Wolbachia sp presence in A. costaricensis and A. cantonensis, and study its contribution for the humoral immune response of the vertebrate host. The first step was to look for evidences in favor of the presence of Wolbachia sp. Nucleic acids, through the PCR technique. In some experiments amplification products were obtained, what could be an indication of the presence of the bacterium, but these data must be confirmed by electronic microscopy and immunohistology. Because of the difficulties to get Wolbachia sp. antigen, alternatively serum samples from individuals with abdominal angiostrongyliasis were tested against Escherichia coli antigen, because it is a common bacterium species in vertebrates’ microbiota that could eventually colonize the worm. Through a western-blot analysis it was clearly demonstrated a reactivity not exclusively associated to A. costaricensis’ infected individuals. Moreover, fragments of worms were introduced in bacterial culture medium in order to study the microbiota of the Angiostrongylus adult worm. The fact of being found only one species of a grampositive bacillum in this experiment seems to confirm the hypothesis that in intravascular environment, with a low tolerance for bacteria, the worm’s microbiota is reduced in number and diversity. From the experiments we were not able to identify the presence of Wolbachia sp neither in A. costaricensis nor in A. cantonensis. It remains open to further investigations the contribution of other bacteria or simbionts of helminthes, for antigenic recognition by the vertebrate host, with potential implications for diagnosis, pathogenesis and treatment / A angiostrongilíase abdominal é causada pelo Angiostrongylus costaricensis, um nematódeo intra-arterial, que vive na região íleo-cecal de roedores silvestres. Esta parasitose tem sido registrada desde o sul dos Estados Unidos até o norte da Argentina. O homem é hospedeiro acidental e se infecta ingerindo as larvas de terceiro estágio (L3) presentes no muco do hospedeiro intermediário (veronicelídeos). Outra espécie, que também é parasita do homem, é Angiostrongylus cantonensis, um verme pulmonar de ratos, causador da meningite eosinofílica, que ocorre na Ásia e ilhas do Pacífico. Parasitas de parasitas são atualmente alvo de estudos não somente para abrir novas possibilidades terapêuticas, bem como para aprimorar técnicas diagnósticas. O interesse pela Wolbachia sp, uma bactéria gram-negativa endosimbionte, aumentou no momento em que descobriram sua característica mutualística em relação à filária. Estas considerações levaram a novas idéias para o tratamento destas parasitoses através da utilização de drogas antibacterianas. O objetivo principal deste trabalho é verificar a presença de Wolbachia em A. costaricensis e em A. cantonensis, e estudar a sua contribuição para a resposta imune humoral do hospedeiro vertebrado. O primeiro passo foi buscar evidências da presença de ácidos nucléicos de Wolbachia, através da técnica de PCR. Em alguns experimentos foram obtidos produtos de amplificação, o que poderia ser um indício da presença da bactéria, mas esses dados devem ser confirmados por microscopia eletrônica e por imunohistologia. Diante das dificuldades para se obter antígeno de Wolbachia sp alternativamente amostras de soro de indivíduos com angiostrongilíase foram testados contra antígenos de Escherichia coli por ser uma bactéria comum na microbiota de vertebrados e que eventualmente poderia colonizar o verme. Através da análise por imunoeletrotransferência ficou claramente demonstrada uma reatividade não relacionada exclusivamente aos indivíduos infectados por A. costaricensis. Além disso, fragmentos de vermes foram semeados em meio de cultura a fim de estudar a microbiota do verme adulto de Angiostrongylus. O fato de só ser encontrada um bacilo gram positivo nesse experimento parece confirmar a hipótese de que, por ser o ambiente intravascular pouco tolerante à presença de bactérias, a microbiota do verme deve ser pouco numerosa e diversa. Permanece aberta para futuras investigações a contribuição de outras bactérias ou outros simbiontes em helmintos, para reconhecimento antigênico pelo hospedeiro vertebrado, com possíveis implicações para diagnóstico, patogenia e tratamento.
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Diversidade Genética e Padrões Filogeográficos da Lontra Neotropical (Lontra longicaudis [Olfers, 1818]); (Mammalia: Mustelidae)Trinca, Cristine Silveira January 2007 (has links)
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Previous issue date: 2007 / O conhecimento sobre a estruturação geográfica da diversidade genética em populações naturais permite inferir os processos históricos atuantes sobre as espécies e é fundamental para o planejamento de estratégias eficazes de conservação biológica. Neste contexto, o presente estudo é o primeiro a identificar e caracterizar a variabilidade genética, padrões de estruturação populacional e história demográfica de Lontra longicaudis. Para tanto, foram utilizados três segmentos do DNA mitocondrial (mtDNA; porção hipervariável I da região controladora, gene ATP8 e gene ND5), bem como 12 locos de microssatélite, em indivíduos amostrados em diferentes regiões de sua distribuição geográfica. Ambos os marcadores revelaram moderados a altos níveis de variabilidade genética e padrões filogeográficos claros, os quais sugerem que as populações brasileiras desta espécie encontram-se geneticamente diferenciadas das outras regiões amostradas a Noroeste da América do Sul. As análises de mtDNA indicam a provável existência de quatro entidades filogeográficas: Colômbia, Bolívia, Guiana Francesa/Peru e Brasil. Colômbia e Bolívia foram representadas por apenas um indivíduo cada, os quais revelaram grande divergência genética dos outros indivíduos amostrados, sugerindo profunda subdivisão filogeográfica envolvendo estas regiões. A alopatria entre Guiana Francesa e Brasil é quase completa, sugerindo que a incongruência entre filogenia e geografia possa ser decorrente de um processo de colonização ancestral no sentido Norte-Sul. A inferência de diferenciação genética entre Brasil e as outras áreas amostradas na América do Sul são apoiadas pelas análises de microssatélite. Os resultados obtidos a partir das análises de mtDNA indicam ausência de estruturação genética no Brasil e são indicativos de um cenário de expansão populacional recente nesta região. Os padrões observados neste estudo têm implicações para a conservação de populações naturais de Lontra longicaudis. As quatro entidades filogeográficas reconhecidas demonstram-se suficientemente diferenciadas e deveriam, portanto, ser conservadas e manejadas independentemente. Estudos adicionais são necessários para melhorar o conhecimento sobre estas populações, bem como para investigar a existência de outras unidades demográficas ao longo da distribuição da lontra Neotropical.
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Revisão taxonômica do grupo de taeniophallus occipitalis e o relacionamento filogenético da tribo echinantherini (serpentes, dipsadidae, xenodontinae)Santos Junior, Alfredo Pedroso dos January 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009 / The Echinantherini tribe has recently been proposed to allocate the South American Echinanthera and Taeniophallus genera, which are represented by six and eight species, respectively. The need for a systematic study in order to assess the phylogenetic relationship and the taxonomy was stressed by the existence of a probable complex of species under the name T. occipitalis, the disagreement among researchers as for the taxonomic positioning of the species belonging to the early “brevirostris” group, the possible polyphiletism of Taeniophallus, and the hypothetical monophyletic relationship between the genera of the tribe. In the present study the aim was characterize the T. occipitalis group and propose a phylogenetic relationship for the Echinantherini species drawing on phenotypic characters. After the analysis of the external morphological characters (scaling, coloring and scale ultrastructure) and internal (hemypenis) of several specimens of T. occipitalis, including specimens type, we have identified the presence of further taxons under this name. As a result of the present study, five species are currently acknowledged for the T. occipitalis group: Taeniophallus sp. nov. 1, Taeniophallus sp. nov. 2, T. miolepis (revalidated), T. occipitalis and T. quadriocellatus. A significant sexual dimorphism was found (P < 0. 05) in the number of ventrals (VE), subcaudal (SC), snout-vent length (SVL) and the relative tail length (TL/SVL) in the species of the group. Significant differences among the five species were found in the number of VE, SC, SVL and TL/SVL. In a multivariate analysis using 16 body measures, including the cephalic shields, we have found that the species of the T. occipitalis group are partially discriminated. However, when comparing the gross data of the species, the majority of these differences are not perceptible. In the present paper, a phylogenetic study of the Echinantherini tribe is presented based on phenotypic characters. The anatomical and biological studies resulted in a data matrix of 57 characters scored for 34 terminal taxa: 19 of Echinantehrini tribe, 14 the others tribes of the Xenondontinae (Alsophiini, Hydrodynastini, Hydropsini, Philodryadini, Pseudoboini, and Xenodontini) and one species of Dipsadinae subfamily. Parsimony analysis resulted in two equally parsimony trees with 231 steps, consistency index of 37 and retention index of 62. The only terminals that presented conflict between the two topologies found were species of the Echinanthera genus. The topology of the strict consensus tree of the most parsimonic trees was: (T. nebularis ((T. brevirostris, T. nicagus) ((E. amoena, E. cephalomaculata, E. cephalostriata, E. cyanoleura, E. melanostigma e E. undulata) ((T. bilineatus (T. affinis (T. persimilis, T. poecilopogon))) (T. miolepis (Taeniophallus sp. nov. 1 “imaculado”, T. quadriocellatus (Taeniophallus sp. nov. 1 “maculado” (Taeniophallus sp. nov. 2, T. occipitalis)))))))). We have proposed a classification for Echinatherini consistent with the phylogenetic hypothesis obtained in this study. The following changes were made for the new taxonomic proposal: (1) Taeniophallus is redefined as circumscribed to T. brevirostris and T. nicagus; (2) a new genus is proposed for T. nebularis; (3) a new genus is proposed for the species of the T. affinis group; and (4) a new genus is proposed for the species of the T. occipitalis group. The genus Echinanthera is maintained according to the current taxonomy. / A tribo Echinantherini foi recentemente proposta para alocar os gêneros Sul-americanos Echinanthera e Taeniophallus, os quais estão representados por seis e oito espécies, respectivamente. A necessidade de um estudo sistemático a fim de avaliar o status taxonômico desses gêneros foi acentuda com a existência de um provável complexo de espécies sob o nome T. occipitalis, as discordâncias entre pesquisadores quanto à posição taxonômica das espécies do antigo grupo “brevirostris”, o possível polifiletismo de Taeniophallus e o hipotético relacionamento monofilético dos gêneros da tribo. No presente estudo objetivou-se caracterizar o grupo de T. occipitalis e propor um relacionamento filogenético para as espécies de Echinantherini baseado em caracteres fenotípicos. Após a análise de caracteres da morfologia externa (escamação, coloração e ultra-estrutura das escamas) e interna (hemipênis) de vários espécimes de T. occipitalis, incluindo espécimes tipo, identificamos a presença de outros táxons sob esse nome. Como resultados do presente estudo cinco espécies são atualmente reconhecidas para o grupo de T. occipitalis: Taeniophallus sp. nov. 1, Taeniophallus sp. nov. 2, T. miolepis (revalidada), T. occipitalis e T. quadriocellatus. Foi observado dimorfismo sexual significante (P < 0,05) no número de ventral (VE), subcaudal (SC), comprimento rostrocloacal (CRC) e comprimento relativo da cauda (CCA/CRC) nas espécies do grupo. Diferenças significativas entre as cinco espécies foram observadas no número de VE, SC, CRC e CCA/CRC. Em uma análise multivariada utilizando 16 medidas corpóreas, inclusive de escudos cefálicos, constatamos que as espécies do grupo de T. occipitalis são parcialmente discriminadas. No entanto, quando comparamos os dados brutos das espécies, a maioria dessas diferenças não é perceptível. No estudo filogenético uma análise de máxima parcimônia foi realizada utilizando 57 caracteres fenotípicos e 33 táxons terminais: 19 pertencentes à tribo Echinantherini, 14 de outras tribos de Xenodontinae (Alsophiini, Hydrodynastini, Hydropsini, Philodryadini, Pseudoboini e Xenodontini) e uma espécie de Dipsadinae. Como resultado obteve-se duas árvores igualmente parcimoniosas com 231 passos, índice de consistência de 37 e índice de retenção de 62. Os únicos terminais que apresentaram conflitos entre as duas topologias encontradas foram as espécies do gênero Echinanthera. A topologia da árvore de consenso estrito das duas árvores mais parcimoniosas foi: (T. nebularis ((T. brevirostris, T. nicagus) ((E. amoena, E. cephalomaculata, E. cephalostriata, E. cyanoleura, E. melanostigma e E. undulata) ((T. bilineatus (T. affinis (T. persimilis, T. poecilopogon))) (T. miolepis (Taeniophallus sp. nov. 1 “imaculado”, T. quadriocellatus (Taeniophallus sp. nov. 1 “maculado” (Taeniophallus sp. nov. 2, T. occipitalis)))))))). Baseados na topologia encontrada mudanças taxonômicas para os membros de Echinantherini foram propostas. Foram realizadas as seguintes mudanças: (1) Taeniophallus é redefinido sendo restito para T. brevirostris e T. nicagus; (2) um novo gênero é proposto para T. nebularis; (3) um novo gênero é proposto para as espécies do grupo de T. affinis; e (4) um novo gênero é proposto para as espécies do grupo de T. occipitalis. O gênero Echinanthera é mantido conforme a atual taxonomia.
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Modelo estatístico de distribuição presumida de peixes migradores da bacia do Rio Uruguai (RS/SC), sul do BrasilSilva, Lucas Gonçalves da January 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010 / The objective of this study was to identify longitudinal distribution patterns of migratory fish in the Uruguay river basin (Rio Grande do Sul and Santa Catarina, southern Brazil), proposing a statistical distribution model based on environmental geomorphological parameters (altitude and basin area). By mapping the estimated probability of occurrence, the project aims to contribute in decision making for watersheds management. The analyzed species were Salminus brasiliensis (dourado), Prochilodus lineatus (grumatã), Leporinus obtusidens (piava), Pseudoplatystoma corruscans (surubim-pintado), Brycon orbignyanus (piracanjuba) and Steindachneridion scripta (suruvi). The sampling program resulted in 202 interviews with local fishermen in 168 different sampling points in the major rivers of the basin. The average age of respondents was 55. 8 years and the great majority lived for more than 30 years in site. The probability models were estimated using a modified logistic equation (LOGIT) adjusted using the Solver routine of Microsoft Excel. Pseudoplatystoma corruscans presented a distributional altitude limit of about 300m and minimum basin area of 4000 km². Prochilodus lineatus showed estimated presence at altitudes up to 360m and 1150 km² of basin area, S. brasiliensis had expected occurrence in up to 450m and 1000 km² of basin area, while L. obtusidens exceeds 500m altitude and was present with basin area up to 1300 km².Brycon orbignyanus and S. scripta weren’t modeled because the sampling data were suspected as biased. The total adherence of the presumed distribution model ranged from about 80 to 85%, suggesting that the parameters altitude and basin area presents a good predictive character. Through the distribution limits identified, it appears that the already operating and planed large dams potentially have a direct impact on migratory fish life cycle. / O objetivo do presente trabalho foi identificar o padrão de distribuição longitudinal de peixes migradores da bacia hidrográfica do rio Uruguai (Rio Grande do Sul e Santa Catarina, Sul do Brasil), propondo um modelo estatístico de distribuição presumida baseado em parâmetros ambientais geomorfológicos (altitude e área de bacia). Através de mapas de probabilidade estimada de ocorrência, o projeto visa contribuir na tomada de decisão no gerenciamento de bacias hidrográficas. As espécies analisadas foram Salminus brasiliensis (dourado), Prochilodus lineatus (grumatã), Leporinus obtusidens (piava), Pseudoplatystoma corruscans (surubim-pintado), Brycon orbignyanus (piracanjuba) e Steindachneridion scripta (suruvi). O programa de amostragens resultou em 202 entrevistas com pescadores locais em 168 pontos de amostragem distintos, nos principais rios da bacia. A idade média dos respondentes foi de 55,8 anos sendo que a grande maioria residia há mais de 30 anos no local. Os modelos de probabilidade foram estimados através de uma equação logística (LOGIT) modificada sendo o ajuste realizado utilizando-se a rotina Solver do Microsoft Excel. Pseudoplatystoma corruscans apresentou limite de distribuição em altitude de aproximadamente 300m e área de bacia mínima de 4000 km², P. lineatus apresentou presença prevista em altitudes de até 360m e área de bacia superior a 1150 km², S. brasiliensis teve ocorrência prevista em até 450m de altitude e área de bacia superior a 1000 km², enquanto que L. obtusidens distribui-se em altitudes de até pouco mais de 500m e área de bacia superior a 1300 km².Brycon orbignyanus e S. scripta não foram modelados devido à amostragem não satisfatória. As aderências totais dos modelos de distribuição presumida variaram entre cerca de 80 e 85%, sugerindo que os parâmetros altitude e área de bacia apresentam, conjuntamente, um bom caráter preditivo para a estimativa do padrão de distribuição de peixes migradores na bacia do rio Uruguai. Através dos limites de distribuição obtidos no presente estudo, conclui-se que os principais barramentos de grande porte construídos e previstos para a bacia apresentam impacto direto sobre o ciclo de vida de peixes migradores.
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Revisão taxonômica das subespécies de Leptophis ahaetulla (Linnaeus, 1758) (serpentes, colubridae)Albuquerque, Nelson Rufino de January 2008 (has links)
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Previous issue date: 2008 / The snake genus Leptophis comprises a group of semiarboreal, elongate, diurnal snakes with head distinct from neck distributed in Central and South America. Members of the genus Leptophis are distinguished by coloration pattern predominantly green or copper, with or without longitudinal stripes and narrow transversal bands. Among the taxa recognized in Leptophis, L. ahaetulla is the most wide-ranging and polymorphic species, with 12 recognized subspecies: L. a. ahaetulla, L. a. bocourti, L. a. bolivianus, L. a. coeruleodorsus. L. a. copei, L. a. liocercus, L. a. marginatus, L. a. nigromarginatus, L. a. occidentalis, L. a. ortoni, L. a. praestans and L. a. urostictus. As in other Leptophis, subspecies of L. ahaetulla are defined mainly by dorsal coloration. Despite the extensive revision previously published, a new taxonomic revision of L. ahaetulla, analyzing intra- and interpopulational variation among the characters used for the recognition of lhe subspecies, and including additional specimens and statistical methods not available to previous revision was necessary. The main purpose of the present study was to assess the validity of the subspecies of L. ahaetulla as well as provide variation on meristic characters, external and hemipenial morphology, coloration, distribution, and a dichotomous key to the taxa considered to be valid. The study of hemipenial and osteological morphology, geographic distribution and variation intra- and interpopulacional of the characters used for the recognition of the subspecies was employed before taxonomic decisions. This thesis is divided into four articles. In the first, “A new species of Leptophis (Serpentes, Colubridae) from Northeastern Brazil”, 42 of 271 specimens from northeastern Brazil could not be allocated te any of the known species of Leptophis, representing a previously unrecognized species named L. caatingensis. The coloration pattern, external and hemipenial morphology of new species were compared te parapatric taxa L. a ahaetulla and L. a. liocercus. In the second article, “A taxonomie revision of tree snakes of the Leptophis ahaetulla complex (Serpentes, Colubridae)”, 10 subspecies of L. ahaetulla were elevated te species status, whereas L. a. copei and L. a. ortoni were placed in the synonymy of L. ahaetulla and L. nigromarginatus, respectively. For each species, a diagnosis, description, and distribution were provided based on examination of 1573 specimens and data from the literature. Notes on color in life and ecology were included for most species. A dichotomous key to assist in the identification of specimens was provided. Additionally, a phylogeny of the genus Leptophis based on 31 morphological, ecological and color characters was presented. One more parsimonious tree was obtained, with a total length of 53 steps, a consistency index (CI) of 96, and a retention index (RI) of 97. In the third article, “Redescription of Leptophis cupreus, a rare South America colubrine snake”, L. cupreus was redescribed based on nine specimens, including its holotype, which was considered as lost. Further, a comparative analysis among L. cupreus and sympatric taxa L. a. copei, L. a. nigromarginatus, L. a. occidentalis, and L. riveti was presented. Photos of holotype and a living specimen of L. cupreus, description and illustrations of the everted hemipenis are presented. In the last article, “Diet and feeding behaviour of the Neotropical parrot snake (Leptophis ahaetulla) in northern Brazil”, 289 specimens of L. ahaetulla from northern Brazil were examined for the composition of stomach contents. Most prey items were tree frogs of the family Hylidae (90%). Most of the anurans identified belong te the Scinax ruber species group (27%). / O gênero Leptophis constitui um grupo de serpentes de hábitos semi-arborícolas, diurnas, com corpo delgado e longo e cabeça distinta do pescoço; distribuído na América Central e América do Sul. Serpentes deste gênero são diagnosticadas pelo padrão de coloração predominante verde ou cobre, com ou sem faixas longitudinais e bandas transversais estreitas. Dentre os táxons reconhecidos no gênero Leptophis, L. ahaetulla é o de distribuição geográfica mais ampla e o mais polimórfico, devido à extrema variação no padrão de coloração, morfologia externa e dentição, com 12 subespécies reconhecidas: L. a. ahaetulla, L. a. bocourti, L. a. bolivianus, L. a. coeruleodorsus, L. a. copei, L. a. liocercus, L. a. marginatus, L. a. nigromarginatus, L. a. occidentalis, L. a. ortoni, L. a. praestans e L. a. urostictus. Como os demais táxons do gênero, as subespécies de L. ahaetulla são diagnosticadas principalmente com base no padrão de coloração dorsal. Apesar da extensa revisão já realizada, fez-se necessária uma nova revisão sistemática de L. ahaetulla, enfocando-se aspectos da variação intra e interpopulacional dos caracteres utilizados para o reconhecimento das subespécies, e incluindo novos espécimes além de métodos estatísticos mais elaborados do que os disponíveis na última revisão. O presente estudo teve como objetivo avaliar a validade das subespécies de L. ahaetulla, assim como apresentar a variação nos caracteres referentes à morfologia externa e hemipeniana, coloração, distribuição, e uma chave de identificação para os táxons considerados válidos. Para o auxílio nas decisões taxonômicas, foi priorizado o estudo da morfologia hemipeniana e osteológica, da distribuição geográfica, e da variação intra e interpopulacional dos caracteres previamente utilizados para o reconhecimento das subespécies. Esta tese está dividida em quatro artigos. No primeiro, “A new species of Leptophis (Serpentes, Colubridae) from Northeastern Brazil”, foram analisados 271 espécimes coletados no nordeste do Brasil. Destes, 42 espécimes não puderam ser alocados a nenhuma das espécies conhecidas de Leptophis, e representam uma nova espécie descrita como L. caatingensis. O padrão de coloração, a morfologia externa e a morfologia do hemipênis da espécie nova foram comparados com os táxons parapátricos L. a. ahaetulla e L. a. liocercus. No segundo artigo, “A taxonomic revision of tree snakes of the Leptophis ahaetulla complex (Serpentes, Colubridae)”, 10 subespécies de L. ahaetulla foram elevadas ao status de espécie; L. a. copei e L. a. ortoni foram consideradas como sinônimos júnior de L. ahaetulla e L. nigromarginatus, respectivamente. Para cada espécie, uma diagnose, descrição, e distribuição foram providenciadas, baseado na análise de 1573 espécimes e dados de literatura. Notas sobre a coloração das espécies em vida e dados referentes à ecologia foram incluídas para a maioria das espécies. Uma chave dicotômica para auxiliar na identificação foi providenciada. Adicionalmente, foi feita uma análise filogenética de parcimônia, baseada em 31 caracteres morfológicos, ecológicos, e de coloracão. A análise resultou em nove árvores igualmente parcimoniosas, com 50 passos, índice de consistência (IC) de 96, e índice de retenção (IR) de 97. No terceiro artigo, “Redescription of Leptophis cupreus, a rare South America colubrine snake”, L. cupreus foi redescrita através da análise de nove exemplares, incluindo o holótipo, que havia sido considerado como perdido. Neste trabalho, foi feita uma análise comparativa de L. cupreus com os táxons simpátricos L. a. copei, L. a. nigromarginatus, L. a. occidentalis, e L. riveti, além da inclusão de fotos do holótipo e descrição do hemipênis. No último artigo, “Diet and feeding behaviour of the Neotropical parrot snake (Leptophis ahaetulla) in northern Brazil”, 289 espécimes de Leptophis ahaetulla coletados no norte do Brasil foram examinados para a composição dos conteúdos estomacais. A maioria das presas foi identificada como anfíbios arborícolas da família Hylidae (90%), com 27% desses sendo identificados como Scinax gr. ruber.
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Um novo ciclídeo fóssil (Teleostei, Perciformes) da Formação Lumbrera, Eoceno da ArgentinaPerez, Patrícia Alano January 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009 / The Group Salta basin was developed during the Cretaceous and Paleogene in the northwestern Argentina, accumulating mainly continental sediments designated Salta Group. The Lumbrera Formation is the thickest and uppermost unit of the Salta Group, whose paleoenvironment is interpreted as a perenne lake deposited during early to middle Eocene (52-35 Myr). Its fossil content includes palynomorphs, insects, crocodiles, turtles, lizards, marsupials, nothoungulates e ungulates. The fossil fish fauna described for the Lumbrera Formation includes cichlids, poeciliids and tooth plates of Lepidosiren paradoxa. In this paper a new genus of heroine cichlid is described, based on an articulated and almost complete fossil specimen (CNSV10026), coming from this formation. The phylogenetic position of the new genus was assessed using the matrix presented by Kullander (1998), which includes 50 modern cichlid taxa e 91 characters. The inclusion of the new genus among the heroines is supported by the presence of tubular infraorbitals 2 and 3; lachrymal approximately square; and lingual cusp on anterior teeth. According to Kullander (1996) the presence of enlarged canines on the outer tooth series of the oral mandibles, as occurs in the new genus, is not found in any other Neotropical cichlid, being a synapomorphy of the heroines. The occurrence of this fossil heroine, associated to the geophagines described for the same formation provides the strongest evidence to date of a significant diversification of the family in the Lower Eocene. This lends support to the assumption that the Family Cichlidae originated in the Gondwana, sometime during Cretaceous. / A Bacia do Grupo Salta se desenvolveu durante o Cretáceo e Paleógeno no noroeste da Argentina, acumulando principalmente sedimentos continentais denominados de Grupo Salta. A Formação Lumbrera é a unidade mais espessa e superior do Grupo Salta, cujo paleoambiente é interpretado como um lago perene de idade Eoceno Inferior a Médio (52 a 35 Ma). Seu conteúdo fossilífero inclui palinomorfos, insetos alados, crocodilos, tartarugas, lagartos, marsupiais, notoungulados e ungulados. Os peixes fósseis descritos para a Formação Lumbrera incluem ciclídeos, placas dentais de Lepidosiren paradoxa e fragmentos atribuídos a Poeciliidae. Neste trabalho é descrito um novo gênero de ciclídeo heroine com base em um espécime fóssil, quase completo (CNS-V10026), proveniente desta formação. A posição filogenética do novo gênero foi analisada com base na matriz apresentada por Kullander (1998), que inclui 50 táxons modernos de ciclídeos e 91 caracteres. A posição do novo gênero entre os heroines é suportada pela presença dos infraorbitais 2 e 3 de formato tubular, lacrimal aproximadamente quadrado; e cúspide lingual nos dentes anteriores. De acordo com Kullander (1996) a presença de caninos aumentados nas fileiras externas de dentes das mandíbulas orais, como ocorre no fóssil, não é vista em nenhum outro ciclídeo Neotropical, sendo considerada uma sinapomorfia dos Heroini. O reconhecimento deste heroine fóssil, associado aos geofagines já descritos para a mesma formação evidencia uma grande diferenciação da família já no Eoceno inferior (49 Ma). Isto reforça a idéia de que a origem dos ciclídeos teria ocorrido ainda no Cretáceo, no Gondwana.
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Revisão do gênero Appula Thomson, 1864 (Coleoptera, Cerambycidae, Cerambycinae, Elaphidionini)Franceschini, André Franco January 2000 (has links)
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Previous issue date: 2000 / A taxonomic revision of the genus Appula Thomson, 1864 is presented. The following new species are described: from Brazil, A. diamantinensis (Pará, Mato Grosso) and A. santarensis (Pará); and from Peru and Brazil (Mato Grosso, Goiás), A. eduardae. Seven species are redescribed, illustrated and keyed. Male and female genitalia are studied for the first time for the Appula species. / Apresenta-se a revisão taxonômica do gênero Appula Thomson, 1864 com a redescrição das sete espécies conhecidas: A. aliena Martins, 1981; A. argenteoapicalis Fuchs, 1961; A. lateralis (White, 1853); A. melancholica Gounelle, 1909; A. nigripes Bates, 1960; A. sericatula Gounelle, 1909; A. undulans (White, 1853). Mais três espécies novas são descritas: do Brasil, A. diamantinensis (Pará, Mato Grosso) e A. santarensis (Pará); do Peru e do Brasil (Mato Grosso, Goiás), A. eduardae. As espécies foram ilustradas e separadas em chave. A genitália de machos e fêmeas foi estudada pela primeira vez para as espécies de Appula.
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