Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur. / Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le raton laveur (Procyon lotor) est porteur de nombreux parasites dont certains sont des agents de zoonose. Il nous est apparu opportun d’étudier la faune parasitaire intestinale du raton laveur québécois, particulièrement l’espèce Baylisascaris procyonis. L’étude a donc porté sur l’examen de matières fécales (n = 301) et de contenus intestinaux (n = 203) de 351 ratons laveurs provenant de deux programmes gouvernementaux sur la rage du raton laveur et d’excréments (n = 409) provenant de latrines dans des parcs nationaux du Québec. Des oeufs de B. procyonis étaient excrétés par 23,3 % des ratons laveurs, alors que 29,1 % étaient porteurs de vers. La charge parasitaire moyenne des vers B. procyonis de tout stade variait de 8,5 chez les adultes à 27,1 chez les juvéniles. Chez ces derniers, la charge parasitaire était 11,4 fois supérieure à celle des ratons adultes (p < 0,0001) dont 23,7 fois plus de vers immatures (p < 0,0001) et 9,1 fois plus de vers matures (p = 0,01). Le nombre d’oeufs était 24,7 fois plus élevé chez les ratons juvéniles (p = 0,02) et 50,0 fois moins élevé chez la femelle allaitante. La probabilité du raton d’excréter des oeufs l’automne était de 11,1 (IC95 %: 1,21-101,60) par rapport au printemps et de 21,1 (IC95 %: 2,91-153,18) par rapport à l’été (p < 0,01). La sensibilité (Se) et la spécificité (Sp) de la coproscopie comparée à la nécropsie (norme étalon) ont été calculées en se basant sur l’observation des vers matures (Se : 81,8 %; Sp : 97,7 %) et des vers de tout stade (Se : 53,9 %; Sp : 97,0 %). De plus, la recherche des parasites intestinaux nous a permis de découvrir des ookystes de Giardia (6/159), espèce parasitaire nouvellement rapportée chez le raton. En 2007, nous avons trouvé, par échantillonnage unique, des oeufs de B. procyonis dans 15,8 % des latrines (n = 165) identifiées dans des parcs nationaux du sud du Québec et en 2008, par échantillonnage multiple, dans 89,7 % des latrines (n = 26) actives situées dans des secteurs accessibles à l’homme dans trois parcs nationaux de la Montérégie. Le potentiel zoonotique de B. procyonis est un problème de santé publique qui pourrait devenir sérieux étant donné le pourcentage élevé de ratons laveurs qui excrètent le parasite et qui contaminent des secteurs accessibles par les humains. / Raccoons are carriers of many parasites, some of which are zoonotic. We wanted to expand our knowledge of the Quebec raccoon intestinal parasitic fauna, specifically the Baylisascaris procyonis species. The study consisted of fecal matter (n = 301) and intestinal content examinations (n = 203) collected from 351 raccoons originating from two government programs on raccoon’s rabies and excrements collected (n = 409) from latrines in Quebec national parks. Eggs from B. procyonis were excreted by 23.3 % of raccoons while 29.1 % were worm carriers. The average parasitic burden of all stages of B. procyonis worms varied from 8.5 in adults to 27.1 in juveniles. In juveniles, the parasitic burden was 11.4 times superior to adult raccoons (p < 0.0001) with 23.7 times more immature worms (p < 0.0001) and 9.1 times more mature worms (p = 0.01). The number of eggs was 24.7 times superior in juvenile raccoons (p = 0.02) and 50.0 times lower in breast-feeding females. The probability of raccoons excreting eggs in autumn was 11.1 (IC95 %: 1.21-101.60) in comparison to spring and 21.1 (IC95 %: 2.91-153.18) in comparison to summer (p < 0.01). The sensitivity (Se) and specificity (Sp) of coproscopy compared to necropsy (gold standard) were calculated based on observations of mature worms (Se: 81.8 %; Sp: 97.7 %) and worms of all stages (Se: 53.9 %; Sp: 97.0 %). In addition, our intestinal parasitic research permitted the finding of Giardia oocysts (6/159), which is a newly found parasite species in raccoons. In 2007, B. procyonis eggs were found in 15.8 % of latrines (n = 165) identified in Southern Quebec national parks and in 89.7% of active latrines (n = 26) in three Eastern Townships national parks sites accessible to man in 2008. The zoonotic potential of B. procyonis is a public health issue that could become serious considering the high percentage of raccoons excreting the parasite thus contaminating sectors accessible to man.

Cryptosporidium spp. est un protozoaire parasite du système gastro-intestinal largement répandu chez les vertébrés et causant la cryptosporidiose, une zoonose occasionnant des troubles digestifs sévères pouvant entrainer la mort chez les individus immunodéficients. Au Canada, la déclaration de cette maladie est obligatoire depuis l’an 2000. Ainsi, il est pertinent de mieux comprendre l’infection chez les animaux de compagnie, puisqu’ils sont potentiellement un réservoir du parasite. Durant l’année 2008, des échantillons fécaux provenant de 1 202 chats (n = 371) et chiens (n = 831) de la province du Québec ont été analysés par comptage des ookystes de Cryptosporidium spp. au moyen de la technique de centrifugation en solution de sulfate de zinc. Dans cette étude,la prévalence de Cryptosporidium spp. chez les chats (28/371 : 7,55 %) et chez les chiens(88/831 : 10,59 %) de compagnie confirme leur potentiel en tant que réservoir du parasite. Au Québec, de par leur nombre, les chats sont potentiellement un réservoir zoonotique du parasite plus important que celui des chiens, bien qu’il n’existe pas de différence significative entre la prévalence du parasite chez le chat et le chien pour l’année 2008. L’âge (p = 0,0001) et l’infection concomitante par Giardia spp. (p = 0,0001) se sont avérés être des facteurs associés avec la présence de Cryptosporidium spp. chez le chien. Parmi l’ensemble des variables testées chez le chat (l’âge, le sexe, la saison et l’infection concomitante par Giardia spp.), aucune n’a été associée de manière significative à la présence du parasite chez le chat. Ceci peut être dû au nombre limité d’individus testés pour cette espèce. Un suivi de l’excrétion des ookystes de Cryptosporidium spp. chez deux chats suggère que l’excrétion des ookystes peut se faire sur une période de sept mois et que le taux d’excrétion varie dans le temps. Le diagnostic moléculaire des espèces et génotypes de Cryptosporidium spp. isolés à partir des échantillons de matières fécales devait être réalisé par la technique de PCR emboîtée des fragments des gènes ARNr 18S et HSP70 et du séquençage des produits de PCR. Aucun résultat positif n’a toutefois été obtenu. Afin d’augmenter la puissance statistique des analyses épidémiologiques sur la prévalence de Cryptosporidium spp., il serait nécessaire à l’avenir de travailler sur un nombre d’animaux beaucoup plus important. / Cryptosporidium spp. is a protozoan parasite from the gastro-intestinal tract with a large range of vertebrate hosts causing cryptosporidiosis, a zoonotic disease which may lead to severe digestive troubles and sometimes death for immunocompromised people. It is a noticeable disease in Canada since 2000. It is thus relevant to study the infection in cats and dogs as they may represent an important zoonotic reservoir for the parasite. A total of 1,202 stool samples from cats (n = 371) and dogs (n = 831) from the province of Quebec were examined during the year 2008 for this research. The prevalence of Cryptosporidium spp. was calculated using coprology tests using centrifugation in a zinc sulfate solution. The prevalence in cats (28/371: 7,55 %) and dogs (88/831: 10,59%) corroborates that pets living in the province of Quebec may be a reservoir for Cryptosporidium spp. While we did not find a significant difference in the prevalence of Cryptosporidium spp. between cats and dogs, cats may represent a larger reservoir as they represent a larger population within the province. We identified age (p = 0,0001) and concomitant infection with Giardia spp. (p =0,0001) as risk factors for dogs. Among all the variables tested on cats (age, sex, season, concomitant infection with Giardia spp.), none were significantly associated with the presence of the parasite in cats. This may be caused in part by the small number that was analyzed. A follow-up study with two cats showed the excretion of oocysts can last for a minimum of seven months and varies in intensity through time. The molecular diagnostic of species and genotypes of Cryptosporidium spp. isolated from fecal samples should have been done by using the amplification of the gene fragments ARNr 18S and HSP70 nested PCR reactions and the sequencing of PCR products. Although this technique was attempted in this study, no positive result was obtained. It is recommended to work on larger animal populations to increase the statistical power of epidemiological analysis of the prevalence of Cryptosporidium spp.

La toxoplasmose, dûe au parasite Toxoplasma gondii, est une zoonose dite à cycle complexe car le pathogène fait intervenir plusieurs espèces pour assurer sa transmission. Les félidés sont les hôtes définitifs de T. gondii et, lorsqu’ils sont infectés, peuvent excréter des millions d’oocystes dans l’environnement. L’ensemble des animaux à sang chaud, y compris l’homme, constituent les hôtes intermédiaires. L'infection des différents hôtes s'effectuent par transmission verticale ou via l'ingestion de tissus animaux contaminés ou d'oocystes présents dans l'environnement.Les objectifs de ma thèse étaient i) de mesurer la fréquence et la distribution spatiale des oocystes de T. gondii dans l’environnement en milieu rural, ii) d'estimer la prévalence et la distribution spatiale de l’infection dans la communauté locale de rongeurs, iii) de déterminer les principaux facteurs responsables de la structuration spatiale de la contamination environnementale et enfin, iv) d’évaluer l'importance de l'environnement en tant que source de contamination tant pour les animaux que pour l’homme.Nous avons mis en évidence une forte contamination des sols (29%) distribuée sur l'ensemble de la zone et, avons révélé un gradient spatial similaire de diminution de la contamination avec la distance aux bâtiments au niveau des sols et dans la communauté de rongeurs. Le modèle de simulation multi-agents a permis d'expliciter le rôle prépondérant de la configuration de l'habitat humain, qui de par son effet sur la structuration spatiale des populations de chats domestiques, détermine la fréquence et la distribution des points chauds de contamination. Par conséquent, en milieu rural, l'importante contamination des sols au niveau des fermes suggère que le risque d’infection pour l’homme est élevé, indirectement à travers la consommation de viande issue d’animaux d’élevage infectés, mais aussi directement via l’ingestion d’oocystes présents sur les substrats manipulés lors de diverses activités. / Toxoplasmosis, caused by the parasite T. gondii, is a zoonosis with a complex life cycle as the pathogen requires several different species to achieve it cycle. Felids, in particular domestic cats, are the definitive hosts of the parasite and when infected they can shed millions of oocysts in the environment. All warm blooded animals, including humans, are potential intermediate hosts. Host species can be infected through vertical transmission or by ingesting contaminated tissues or oocysts present on environmental substrates.My goals were: I) to precisely measure the frequency and spatial distribution of the environmental contamination to T. gondii in a rural area, ii) to estimate the prevalence and the spatial distribution of the parasite in the local community of rodents, iii) to identify the main factors driving the spatial structure of the environmental contamination and finally, iv) to assess the importance of the environment as a transmission source for animals and humans.First, we found a high frequency of contaminated soil samples (29%) that were largely distributed across the whole area, and, we found a similar spatial gradient of decreasing contamination with increasing distances from buildings for soils and rodents. Altogether, the results obtained allowed to identify and rank the determinants of the spatio-temporal dynamics of the environmental contamination to T. gondii. The agent-based model showed the primary role of the spatial configuration of human habitat, which, through its impact on the spatial structure of domestic cat populations, determines the frequency and distribution of the hot spots of soil contamination. Thus, in rural areas, the high level of contamination within and around agricultural buildings suggests that infection risks for humans are important, either indirectly through the consumption of contaminated meat or directly due to the ingestion of oocysts contaminating earth, water or vegetables.

Orientador: Antonio Carlos Paes / Resumo: Um protocolo de coleta, extração e amplificação de ácidos nucléicos (ANs) utilizando a técnica de PCR em tempo real para detecção de Mycobacterium bovis (M. bovis) e/ou Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) foi testado em 60 linfonodos provenientes de bovinos. Desses 60, 30 foram provenientes de bovinos suspeitos de tuberculose bovina (TBb), outros 30 apresentavam lesões nodulares classificadas como adenite pelo Serviço de Inspeção Federal (SIF), na linha de abate. Os resultados obtidos demonstraram que dos 30 linfonodos coletados suspeitos de TBb, 24 (80%) foram confirmados positivos para M. bovis e/ou M. tuberculosis e seis (20%) foram confirmados negativos. Dos 30 linfonodos com a presença de lesões nodulares do tipo adenite, 13 (43,33%) foram positivos para TBb e 17 (56,66%) foram negativos para TBb. Não há um teste diagnóstico rápido e preciso para detecção da TBb, diante disso o presente estudo desenvolveu um método de diagnóstico para a TBb baseado em PCR em tempo real com análise da fluorescência do corante SYBR Green. Estes resultados indicaram que o PCR em tempo real foi específico e sensível para a detecção e identificação dos dois alvos selecionados para detectar a TBb, com melhores resultados para o DNA genômico, quando comparado com o RNA ribossômico. O teste padronizado de qPCR para o diagnóstico da TBb permitiu uma maior acurácia e significativa redução do tempo de diagnóstico em relação aos métodos tradicionais de identificação da TBb. / Abstract: A protocol for the collection, extraction and amplification of nucleic acids (ANs) using a PCR technique for detection of Mycobacterium bovis (M. bovis) and / or Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) was tested on 60 bovine-derived lymph nodes. . Of these 60, 30 were included in cattle suspected of having bovine tuberculosis (TBb), another 30 had sclerias classified as adenites by the Federal Inspection Service (SIF), at the slaughter line. The results showed that the 30 lymph nodes with suspected TBb, 24 (80%) were confirmed positive for M. bovis and / or M. tuberculosis and six (20%) were confirmed negative. Of the 30 lymph nodes with adenitis nodular lesions, 13 (43.33%) were positive for TBb and 17 (56.66%) were negative for TBb. TBB, together with the present study for a diagnostic method for TBB, is a real-time test with SYBR Green dye fluorescence analysis. Results compared with real-time PCR were specific and sensitive for the identification and identification of the two targets selected to detect a TBb, with samples obtained for genomic DNA, when observed with ribosomal RNA. The standardized qPCR test for the diagnosis of tuberculosis allowed for greater accuracy and a significant reduction in diagnosis time in relation to TBb identification parameters. / Doutor

La gestion de populations de rongeurs est importante car ils peuvent causer divers problèmes économiques, écologiques et sanitaires. Cette gestion s'appuie sur des méthodes de prévention, celles-ci étant des mesures architecturales, hygiéniques et des pratiques agricoles. Elle s'appuie également sur des méthodes de lutte biologique, chimique et mécanique. La lutte chimique se fait principalement avec l'utilisation de rodenticides anticoagulants qui agissent plusieurs heures après ingestion permettant d'éviter l'éviction alimentaire. L'utilisation excessive de ces molécules a entrainé la sélection de résistance chez certains individus rendant leur utilisation peu efficace. Il y a alors eu le développement de nouvelles molécules, mais celles-ci sont plus écotoxiques. Nous nous sommes intéressés dans ces travaux de thèse à la gestion de populations de rongeurs dans un cadre de risque sanitaire leptospirosique. Les rongeurs sont les principaux réservoirs de leptospires pathogènes, des bactéries Spirochètes responsables de la leptospirose. La leptospirose est une zoonose ré-émergeante à répartition mondiale dont le nombre de cas annuel est évalué à approximativement un million et dont il y a eu une augmentation du nombre de cas ces dernières années. Elle est endémique en régions tropicales. C'est une maladie dont l'incidence réelle est sous-estimée en raison notamment de la grande variabilité de symptômes possibles allant du syndrome grippal à des formes rénales. Le taux de mortalité est élevé aux alentours de 10% mais pouvant aller jusqu'à 50% dans certains cas avec des complications pulmonaires. De nombreux facteurs influent sur le cycle complexe de transmission de la leptospirose. Il peut y avoir un risque sanitaire lié à la présence de rongeurs porteurs de leptospires pathogènes, qui peut être difficile à contrôler si les rongeurs sont résistants aux rodenticides anticoagulants utilisés pour réguler leurs populations. De plus, il peut y avoir des problèmes d'exposition à des risques écotoxiques lors de mise en place de traitements chimiques. Nous avons étudié plusieurs cas concrets montrant la difficulté dans la prise de décision liée à la gestion des rongeurs dans des contextes divers. Dans un contexte de problèmes économiques, nous avons analysé le portage de leptospires pathogènes par des campagnols des champs et des campagnols terrestres ainsi que la résistance de cible à la bromadiolone, molécule utilisée en lutte chimique à basse densité de population. Nous nous sommes intéressés à l'influence de la perception sociétale sur le risque sanitaire lié à des souris dans un élevage bovin dans lequel il y a des cas de leptospirose humaine et de leptospirose bovine. Dans le cadre d'un projet visant à étudier l'efficacité de gestion de populations de rongeurs commensaux en Martinique dans un contexte leptospirosique, nous avons regardé l'exposition des rongeurs aux AVKs et la résistance de cible aux AVKs. Pour le portage de leptospires pathogènes par les campagnols nous avons trouvé des prévalences allant de 3% à 53% selon la zone étudiée. Il y avait 3 mutations sur le gène vkorc1 amenant peu de résistance de cible à la bromadiolone. Dans l'élevage bovin nous avons notamment trouvé que la perception sociétale de l'éleveur sous-estimait le risque lié aux souris dont 41% étaient porteuses de leptospires pathogènes et 50% étaient porteuses de mutations du gène vkorc1 amenant de la résistance de cible aux AVKs. En Martinique nous avons trouvé que 54% des individus analysés avaient été exposé à au moins une molécule AVKs et qu'il y avait plusieurs mutations du gène vkorc1 dont certaines pas encore caractérisées amenant de la résistance de cible aux AVKs. La gestion des rongeurs est un problème complexe avec plusieurs facteurs à prendre en compte que ce soient les risques liés à l'exposition aux rongeurs ou ceux liés à l'utilisation de rodenticides anticoagulants [etc...] / Management of rodent populations is important because they can cause various economic, ecologic and health problems. This management relies on prevention methods, these ones being architectural, hygienic and agricultural practices. It relies on biologic, chemical and mechanic control methods. Chemical control methods are made mainly with the use of anticoagulant rodenticide acting several hours after ingestion to provide food eviction. Excessive use of these molecules led to resistance selection of some individuals yielding their use underperforming. Then there has been new molecules development, but they are more ecotoxic. In these thesisworks we are interested in management of rodent populations within a framework of health risk of leptospirosis. Rodents are main reservoirs of pathogenic leptospires, Spirochete bacterias responsible of leptospirosis. Leptospirosis is a worldwide re-emerging zoonosis of which there are approximately one million of cases each year and of which there is an increasing number of cases these last years. It is endemic in tropical regions. It is a disease of which real incidence is underestimated because of especially large variability of possible symptoms ranging from flu syndrome to renal forms. Mortality rate is high around 10% and up to 50% in certain cases with pulmonary complications. Numerous factors influence on complex transmission cycle of leptospirosis. There can be health risk associated with presence of rodent carriers of pathogenic leptospires, which can be difficult to control if rodents are resistant to anticoagulant rodenticides used to regulate their populations. Furthermore, there can have exposition problems to ecotoxic risks throughout establishment of chemical treatment. We studied several concrete cases showing the difficulty in decision-making relied with rodent management in various contexts. In a context of economic problems, we analysed pathogenic leptospires carriage by meadow voles and ground voles as well as target resistance to bromadiolone, used molecule in chemical control of low population density. We are interested in influence of societal perception on health risk relied with mice in bovine farming in which there are human and bovine leptospirosis cases. In framework of a project leading to study efficiency of commensal rodent populations management in Martinique in a leptospirosis context, we looked rodent exposition to AVKs and target resistance to AVKs. For pathogenic leptospires carriage by voles we found prevalence ranging from 3% to 53% according to studied area. There were 3 mutations on vkorc1 gene leading to few target resistances to bromadiolone. In the bovine farming we found especially that societal perception of the breeder underestimated risk relied with mice of which 41% were carriers of pathogenic leptospires and 50% were carriers of vkorc1 gene mutations leading to target resistance to AVKs. In Martinique we found that 54% of analysed individuals have been exposed to at least one AVKs molecules and that there were several vkorc1 gene mutations in which certain were not characterised yet leading to target resistance to AVKs. Rodent management is a complex problem with several factors to take into account whether risks relied with rodent exposition or those relied with the use of anticoagulant rodenticides. Furthermore, the concept of risk is scientific but the perception which is subjective participates in decision-making of a way of management

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2016-08-05T13:52:22Z No. of bitstreams: 1 2010 - Renata Santiago Alberto Carlos.pdf: 1449902 bytes, checksum: e7a95db4b4c56f516c350e9c2b885966 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-05T13:52:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - Renata Santiago Alberto Carlos.pdf: 1449902 bytes, checksum: e7a95db4b4c56f516c350e9c2b885966 (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico, CNPq. / Toxoplasma gondii is an obrigatory intracelular parasite that has the felids as definitive host (DH) and the homoeothermic animals as intermediary hosts (IH). The infection occurs by ingesting sporulated oocysts that were eliminated in DH feces, by bradyzoites when ingested by IH meat or by tachyzoites when occur vertical transmission. In this study, 529 canine blood samples were collected, 120 at the municipality of Itabuna, and 409 at the municipality of Ilh?us. All blood samples of Itabuna were consisted of animals from domiciled urban areas. From Ilh?us, 96 were domiciled from urban areas, 135 were urban but strayed dogs from Centre for Zoonosis Control (CZC) and 178 were domiciled and from rural area. The Indirect hemagglutination test was used to test the presence of anti-T. gondii and a questionnaire were applied to the domiciled dog owners to analyze risk factors associated to the infection. From all 529 dogs, 193 were positive (36.5%). At Ilh?us 37.7% (154/255) and at Itabuna 32.5% (39/81) of animals were positive. The risk factors associated to the infection were localization, rural dogs had higher chance than urban (p=0.001), the behavior, the strayed urban dogs had more chance than the urban domiciled dogs (p=0.01), home-made food and meat ingestion (p= 0.034 and 0.027 respectively), race, the undefined race dogs had more risk (p=0.0001) and age, were the animals under five years old had a higher risk to the infection (p=0.009). The presence of veterinary assistance was considered as a protection factor. The logistic regression confirmed the habitat and age of the animals as the main risk factor associsted with the infection. / Toxoplasma gondii ? um parasito intracelular obrigat?rio que tem como hospedeiro definitivo membros da fam?lia Felidae e animais homeot?rmicos como hospedeiros intermedi?rios. A infec??o se d? pela ingest?o de oocistos esporulados eliminados nas fezes dos felinos, pela ingest?o de bradizo?tos nos tecidos dos HI ou ainda pela transmiss?o vertical de taquizo?tos. Neste estudo coletou-se sangue de 529 c?es, sendo 120 do munic?pio de Itabuna e 409 de Ilh?us. Todos os animais de Itabuna eram urbanos domiciliados. Dentre os c?es de Ilh?us, 96 eram urbanos domiciliados, 135 eram urbanos errantes provenientes do Centro de Controle de Zoonoses (CCZ), e 178 eram rurais domiciliados. Foi realizado o Teste de Hemaglutina??o Indireta (HAI) para analisar a presen?a de anticorpos anti-T.gondii e um question?rio foi aplicado junto aos propriet?rios dos animais domiciliados para avalia??o dos principais fatores de risco associados ? infec??o. Do total de 529 c?es, 193 foram positivos (36,5%). No munic?pio de Ilh?us 37,7% (154/255) e em Itabuna 32,5% (39/81) foram positivos. Os fatores de risco associados ? infec??o foram o habitat, onde os animais rurais tiveram maior risco do que os urbanos (p=0,001), o modo de vida, em que os animais urbanos errantes tiveram maior risco do que os urbanos domiciliados (p=0,01), ingest?o de comida caseira e de carne (p= 0,034 e 0,027, respectivamente), ra?a apresentando os SRD com maior risco (p=0,0001) e idade onde os animais acima de cinco anos tiveram maior risco (p=0,009). A presen?a de orienta??o do M?dico Veterin?rio se mostrou fator de prote??o (p=0,002). A regress?o log?stica confirmou como principais fatores de risco a idade e o habitat dos animais do estudo

Parmi les nombreuses pathologies infectieuses dignes d’intérêt en Guyane, deux d’entre elles, deux zoonoses, ont connu récemment un regain d’intérêt conduisant en quelques années à améliorer nettement leur connaissance, mais également découvrir des particularités épidémiologiques inattendues qui nous ont amené à nous poser la question de leur caractère émergent ou réémergent. Bien que cosmopolite et à tropisme tropical, la leptospirose n’a que peu été décrite en Guyane et sur le bouclier des Guyanes. La littérature repose sur des cas cliniques ou série de cas anciens, la dernière publication remontant à 1995. Sont présentées ici plusieurs études qui ont permis d’en savoir un peu plus sur cette infection bactérienne : revue exhaustive de la littérature, étude rétrospective des rapports du CNR, étude rétrospective multicentrique sur les leptospiroses prises en charge en Guyane entre 2007 et 2014, avec analyse de ses déterminants, démographiques, écologiques, cliniques, séro-épidémiologique, comparaison de ses formes graves à celles d’Afrique du Nord. Bien que sa présence ait été identifiée dès les années 50 en Guyane, la fièvre Q ou infection à Coxiella burnetii, n’avait suscité localement aucun intérêt jusqu’à la fin des années 1990. Le travail ici présente la progression des connaissances sur cette infection bactérienne, également cosmopolite, mais avec des spécificités locales tout à fait inédites. Au fil des découvertes sur cette bactérie à la sauce guyanaise, nous présenterons la contribution de notre équipe à la progression du savoir sur cette pathologie et l’apport de réponses amenant tout autant de nouvelles. Ainsi les réflexions portent autour de ce génotype si particulier, le MST17, trouvé exclusivement en Guyane, qui entraine l’incidence la plus élevée au monde de la fièvre Q, une prévalence élevée parmi les pneumopathies retrouvée nulle ailleurs. En outre, le cycle épidémiologique de la bactérie, habituellement fondé sur le bétail, semble ici suivre un tout autre chemin et trouver son réservoir dans la faune sauvage. L’on s’interroge également sur le contraste entre le problème de santé publique majeur que cette maladie représente en Guyane et le caractère tout juste anecdotique dans le reste de l’Amérique latine.Finalement, bien que ces deux zoonoses puissent être qualifiées de « maladies nouvelles » en Guyane, il s’agit probablement pour la leptospirose d’une augmentation récente du nombre de cas lié à l’amélioration des techniques diagnostiques et à la sensibilisation des médecins à cette maladie, tandis que la fièvre Q semble présenter un véritable profil émergent, avec augmentation récente de son incidence, et de nombreuses inconnues lié à un génotype très particulier.Plusieurs questions concernant ces deux infections restent encore sans réponse, et le travail est immense pour mieux comprendre les enjeux de ces deux maladies, tant à l’échelle de la Guyane qu’à celle du continent latino-américain. / Among the numerous infectious diseases of interest in French Guiana (FG), two of them, two zoonoses, have recently experienced a revival of interest leading in a few years to a marked improvement in their knowledge. Several studies allowed as well discovering unexpected epidemiological features that have led us to question their emerging or reemerging character.Although cosmopolitan and with tropical a tropism, leptospirosis has been barely described in FG and on the Guiana Shield. The literature is old and reports only clinical cases or series, the most recent publication dating back to 1995. Several studies are presented in this work which have allowed to know a little more about this bacterial infection: exhaustive review of the literature, retrospective study of the reference national center reports, a retrospective multicenter study on leptos-piroses managed in FG between 2007 and 2014, with analysis of its determinants, demographic, ecological, clinical, sero-epidemiological, and a study comparing Guianese severe forms to those of North Africa.Although its presence had been suspected as early as the 1950s in FG, Q fever or Coxiella burnetii infection had not aroused interest locally until the late 1990s. The work here presents the progression of the knowledge of this bacterial infection, also cosmopolitan, but with unusual local specificities. In the course of the discoveries around this Guianese outbreak, we will present the contribution of our team to the progression of knowledge on this pathology and the contribution of answers bringing as much new questions. Thus the discussion will focus on this particular genotype, MST17, found exclusively in FG, which results in the highest incidence of Q fever in the world, a prevalence among pneumonias never found elsewhere. Moreover, the epidemiological cycle of the bacterium, usually based on livestock, seems to follow a completely different path and find its reservoir in wildlife. We also wonder about the contrast between the major public health problems that this disease represents in FG and the anecdotal character in the rest of Latin America.Finally, although these two zoonotic diseases may be described as "new diseases" in FG, it is likely that leptospirosis presents a recent increase in the number of cases related to the improvement of diagnostic techniques and the sensitization of physicians to this disease, but without real emergence, while Q fever seems to present a true emergent profile, with a recent increase in its incidence, and many unknowns linked to a very particular genotype.Many questions concerning these two infections remain unanswered, and the work is immense to better understand the stakes of these two diseases, both on the scale of FG and that of the Amazonian region and the Latin American continent.

Cryptosporidium spp. est un protozoaire parasite du système gastro-intestinal largement répandu chez les vertébrés et causant la cryptosporidiose, une zoonose occasionnant des troubles digestifs sévères pouvant entrainer la mort chez les individus immunodéficients. Au Canada, la déclaration de cette maladie est obligatoire depuis l’an 2000. Ainsi, il est pertinent de mieux comprendre l’infection chez les animaux de compagnie, puisqu’ils sont potentiellement un réservoir du parasite. Durant l’année 2008, des échantillons fécaux provenant de 1 202 chats (n = 371) et chiens (n = 831) de la province du Québec ont été analysés par comptage des ookystes de Cryptosporidium spp. au moyen de la technique de centrifugation en solution de sulfate de zinc. Dans cette étude,la prévalence de Cryptosporidium spp. chez les chats (28/371 : 7,55 %) et chez les chiens(88/831 : 10,59 %) de compagnie confirme leur potentiel en tant que réservoir du parasite. Au Québec, de par leur nombre, les chats sont potentiellement un réservoir zoonotique du parasite plus important que celui des chiens, bien qu’il n’existe pas de différence significative entre la prévalence du parasite chez le chat et le chien pour l’année 2008. L’âge (p = 0,0001) et l’infection concomitante par Giardia spp. (p = 0,0001) se sont avérés être des facteurs associés avec la présence de Cryptosporidium spp. chez le chien. Parmi l’ensemble des variables testées chez le chat (l’âge, le sexe, la saison et l’infection concomitante par Giardia spp.), aucune n’a été associée de manière significative à la présence du parasite chez le chat. Ceci peut être dû au nombre limité d’individus testés pour cette espèce. Un suivi de l’excrétion des ookystes de Cryptosporidium spp. chez deux chats suggère que l’excrétion des ookystes peut se faire sur une période de sept mois et que le taux d’excrétion varie dans le temps. Le diagnostic moléculaire des espèces et génotypes de Cryptosporidium spp. isolés à partir des échantillons de matières fécales devait être réalisé par la technique de PCR emboîtée des fragments des gènes ARNr 18S et HSP70 et du séquençage des produits de PCR. Aucun résultat positif n’a toutefois été obtenu. Afin d’augmenter la puissance statistique des analyses épidémiologiques sur la prévalence de Cryptosporidium spp., il serait nécessaire à l’avenir de travailler sur un nombre d’animaux beaucoup plus important. / Cryptosporidium spp. is a protozoan parasite from the gastro-intestinal tract with a large range of vertebrate hosts causing cryptosporidiosis, a zoonotic disease which may lead to severe digestive troubles and sometimes death for immunocompromised people. It is a noticeable disease in Canada since 2000. It is thus relevant to study the infection in cats and dogs as they may represent an important zoonotic reservoir for the parasite. A total of 1,202 stool samples from cats (n = 371) and dogs (n = 831) from the province of Quebec were examined during the year 2008 for this research. The prevalence of Cryptosporidium spp. was calculated using coprology tests using centrifugation in a zinc sulfate solution. The prevalence in cats (28/371: 7,55 %) and dogs (88/831: 10,59%) corroborates that pets living in the province of Quebec may be a reservoir for Cryptosporidium spp. While we did not find a significant difference in the prevalence of Cryptosporidium spp. between cats and dogs, cats may represent a larger reservoir as they represent a larger population within the province. We identified age (p = 0,0001) and concomitant infection with Giardia spp. (p =0,0001) as risk factors for dogs. Among all the variables tested on cats (age, sex, season, concomitant infection with Giardia spp.), none were significantly associated with the presence of the parasite in cats. This may be caused in part by the small number that was analyzed. A follow-up study with two cats showed the excretion of oocysts can last for a minimum of seven months and varies in intensity through time. The molecular diagnostic of species and genotypes of Cryptosporidium spp. isolated from fecal samples should have been done by using the amplification of the gene fragments ARNr 18S and HSP70 nested PCR reactions and the sequencing of PCR products. Although this technique was attempted in this study, no positive result was obtained. It is recommended to work on larger animal populations to increase the statistical power of epidemiological analysis of the prevalence of Cryptosporidium spp.

Le raton laveur (Procyon lotor) est porteur de nombreux parasites dont certains sont des agents de zoonose. Il nous est apparu opportun d’étudier la faune parasitaire intestinale du raton laveur québécois, particulièrement l’espèce Baylisascaris procyonis. L’étude a donc porté sur l’examen de matières fécales (n = 301) et de contenus intestinaux (n = 203) de 351 ratons laveurs provenant de deux programmes gouvernementaux sur la rage du raton laveur et d’excréments (n = 409) provenant de latrines dans des parcs nationaux du Québec. Des oeufs de B. procyonis étaient excrétés par 23,3 % des ratons laveurs, alors que 29,1 % étaient porteurs de vers. La charge parasitaire moyenne des vers B. procyonis de tout stade variait de 8,5 chez les adultes à 27,1 chez les juvéniles. Chez ces derniers, la charge parasitaire était 11,4 fois supérieure à celle des ratons adultes (p < 0,0001) dont 23,7 fois plus de vers immatures (p < 0,0001) et 9,1 fois plus de vers matures (p = 0,01). Le nombre d’oeufs était 24,7 fois plus élevé chez les ratons juvéniles (p = 0,02) et 50,0 fois moins élevé chez la femelle allaitante. La probabilité du raton d’excréter des oeufs l’automne était de 11,1 (IC95 %: 1,21-101,60) par rapport au printemps et de 21,1 (IC95 %: 2,91-153,18) par rapport à l’été (p < 0,01). La sensibilité (Se) et la spécificité (Sp) de la coproscopie comparée à la nécropsie (norme étalon) ont été calculées en se basant sur l’observation des vers matures (Se : 81,8 %; Sp : 97,7 %) et des vers de tout stade (Se : 53,9 %; Sp : 97,0 %). De plus, la recherche des parasites intestinaux nous a permis de découvrir des ookystes de Giardia (6/159), espèce parasitaire nouvellement rapportée chez le raton. En 2007, nous avons trouvé, par échantillonnage unique, des oeufs de B. procyonis dans 15,8 % des latrines (n = 165) identifiées dans des parcs nationaux du sud du Québec et en 2008, par échantillonnage multiple, dans 89,7 % des latrines (n = 26) actives situées dans des secteurs accessibles à l’homme dans trois parcs nationaux de la Montérégie. Le potentiel zoonotique de B. procyonis est un problème de santé publique qui pourrait devenir sérieux étant donné le pourcentage élevé de ratons laveurs qui excrètent le parasite et qui contaminent des secteurs accessibles par les humains. / Raccoons are carriers of many parasites, some of which are zoonotic. We wanted to expand our knowledge of the Quebec raccoon intestinal parasitic fauna, specifically the Baylisascaris procyonis species. The study consisted of fecal matter (n = 301) and intestinal content examinations (n = 203) collected from 351 raccoons originating from two government programs on raccoon’s rabies and excrements collected (n = 409) from latrines in Quebec national parks. Eggs from B. procyonis were excreted by 23.3 % of raccoons while 29.1 % were worm carriers. The average parasitic burden of all stages of B. procyonis worms varied from 8.5 in adults to 27.1 in juveniles. In juveniles, the parasitic burden was 11.4 times superior to adult raccoons (p < 0.0001) with 23.7 times more immature worms (p < 0.0001) and 9.1 times more mature worms (p = 0.01). The number of eggs was 24.7 times superior in juvenile raccoons (p = 0.02) and 50.0 times lower in breast-feeding females. The probability of raccoons excreting eggs in autumn was 11.1 (IC95 %: 1.21-101.60) in comparison to spring and 21.1 (IC95 %: 2.91-153.18) in comparison to summer (p < 0.01). The sensitivity (Se) and specificity (Sp) of coproscopy compared to necropsy (gold standard) were calculated based on observations of mature worms (Se: 81.8 %; Sp: 97.7 %) and worms of all stages (Se: 53.9 %; Sp: 97.0 %). In addition, our intestinal parasitic research permitted the finding of Giardia oocysts (6/159), which is a newly found parasite species in raccoons. In 2007, B. procyonis eggs were found in 15.8 % of latrines (n = 165) identified in Southern Quebec national parks and in 89.7% of active latrines (n = 26) in three Eastern Townships national parks sites accessible to man in 2008. The zoonotic potential of B. procyonis is a public health issue that could become serious considering the high percentage of raccoons excreting the parasite thus contaminating sectors accessible to man.