Cette thèse porte sur la description de l'assemblage des virus dans le cadre de la physique statistique ainsi que sur les méthodes de mesure de cet assemblage utilisant les marqueurs fluorescents. Nous nous y attachons à décrire la dynamique de l'agrégation des protéines aux échelles de la population et du virus unique. Nous proposons deux méthodes pour mesurer les grandeurs physiques associées : taille et forme de la structure finale d'une part, taux d'agrégation au cours de la croissance d'autre part. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à la description physique de l'auto-assemblage des protéines virales. La physique de l'auto-assemblage in-vitro des virus sphériques, dont la structure est déterminée par l'agencement régulier de leurs constituants protéiques, a été théoriquement et expérimentalement caractérisée auparavant par des modèles d'agrégation. Les modèles existants décrivaient l'assemblage à quantité de composants viraux fixée dans un système ferme à partir des constituants élémentaires du virus. In-vivo, la situation est bien entendu différente. Abstraction faite de la grande complexité du milieu cellulaire, les virus s'échappent de la cellule une fois formés pour aller infecter de nouvelles cellules. De plus, la quantité de constituants est sans cesse modifiée par la fabrication ou la dégradation des protéines virales. Enfin les méthodes de mesures utilisées in-vitro ne sont généralement plus envisageables in-vivo. Nous avons donc étudié les effets d'un flux de matière dans système ouvert via le calcul de l'état stationnaire, et via la résolution numérique des équations d'évolution des populations d'agrégats qui décrivent la cinétique d'agrégation des protéines virales. Dans ce cadre, nous avons mis en valeur le lien entre la description de l'état général du système en termes de populations et le devenir individuel d'un virus en formation pour le suivi duquel des méthodes expérimentales existent. Nous nous sommes alors attachés à proposer un traitement approprié de telles données expérimentales pour déterminer les valeurs des paramètres physiques du modèle / In this thesis work, we study the self-assembly of viral particles and focus on the analysis of measurements based on fluorescence labeling of viral proteins. We propose a theoretical model of the dynamic of viral proteins self-assembly at the cell membrane based on previous models developed to describe the in-vitro assembly of spherical viruses. We study the evolution of the populations in the successive stages of viral budding as well as the evolution of single particle within this framework. We also provide various data analysis to measure the physical values involved in the process: rate of aggregation during the bud growth, size and shape of the eventual structure. Viruses are biological objects unable to replicate without infecting an host cell since they lack part of the molecular machinery mandatory for genetic code replication and proteins production. Originally aimed at controlling the diseases they cause, the study of viruses is now rich of applications in medical and technological field (gene therapy, phage therapy, targeted therapy, bio-templating, cargo specific encapsulation, etc.). The existent models describing the self-assembly of viral proteins have successfully captured many features observed in the in-vitro experiments. We study the expected evolution when an open system is considered with an input flux of proteins and an output flux of released virion, characteristic of the in-vivo situation. We derive the population distribution at steady state and numerically study their dynamic under constant viral protein input flux. We also study the case of a single bud evolution which can be followed by its fluorescence emission. We study the possibility to estimate shape parameters at the single viral particle level such as radius and completion for the human immunodeficiency virus (HIV) from single molecule localization superresolution microscopy. These techniques known as (f)PALM or (d)STORM, record labeled proteins position with a precision of few to tens of nanometers. We propose an approach base on the maximum likelihood statistical method which is tested on both real and simulated images of fully formed particles. Our results suggest that it can offer a precision on the determination of the global structure finner than the positioning precision of the single proteins. This efficiency is however tempered when the parameter of interest does not affect the figures of merit to which the method is sensitive such as the apparent area and the image contours

Cette thèse propose l’utilisation de l’alignement d'ontologies pour contribuer à l'interopérabilité d’une fédération d’entreprises en se basant sur l'interopérabilité des données au niveau sémantique. Une approche d'alignement basée sur des modèles d’ontologie utilisant les mots noyaux est proposée en réponse aux problèmes et aux défis existants, visant ainsi à améliorer la capacité d'adaptation et la précision dans la mise en correspondance de concepts. De plus une étape d'agrégation des « matchers » analytique, qui permet de combiner automatiquement plusieurs adaptateurs et d'améliorer les résultats combinés, vient compléter l’approche. Un système prototype a été mis en œuvre à l’issue des travaux conceptuels pour la validation de l’approche proposée. Les expériences démontrent que l’approche proposée a obtenu des résultats prometteurs et a atteint les objectifs escomptés sur la définition de proximité des concepts. L'approche d'alignement d’ontologies proposée et le système de prototype mis en œuvre ont enfin été appliqués à une architecture dirigée par les ontologies et axée sur l'interrogation des données de plusieurs bases de données relationnelles. / This thesis brings ontology alignment to contribute to federated enterprise interoperability focusing on data interoperability at the semantic level. In response to existing problems and challenges, aiming at improving the matching ability and precision, a pattern-based core word ontology alignment approach is proposed, as well as an analytic matcher aggregation approach, which allows combining the multiple matchers automatically and improve the combined results. A prototype system is implemented for validation and further application based on the proposed approaches. The experiments suggest that the proposed approaches obtained promising results and reached expected goals. The proposed ontology alignment approach and implemented prototype system are applied to an ontology-driven architecture for querying data from multiple relational databases.

L'objectif de cette thèse a été d'évaluer l'effet biogéochimique de deux forçages : l'acidification de l'océan et les dépôts de poussières sahariennes. Dans un premier temps, nous avons montré que dans une région dite Low Nutrient Low Chlorophyll (LNLC) l'effet de l'acidification de l'océan sur les cycles marins de l'azote (N), du phosphore (P) et du fer (Fe) sera surement négligeable. L'acidification des eaux de surface appauvries en N et P n'affecterait pas la spéciation de ces éléments, et la composition de la communauté planctonique, n'étant pas significativement modifiée, n'induirait pas de changement dans la dynamique des nutriments inorganiques. Dans un deuxième temps, les expériences menées pendant cette thèse nous ont permis de mieux paramétriser les processus post-dépôts des nutriments atmosphériques à la surface de l'eau de mer lors d'un évènement saharien. Les échanges dissous/particulaire ont lieu sur une courte échelle de temps. Ils sont à la fois contrôlés par la dynamique verticale des particules et la nature de la matière organique dissoute (DOM) pouvant s'agréger sur les particules lithogéniques. Dans des conditions d'acidification de l'océan, alors que la dissolution des éléments anthropiques adsorbés sur les poussières sahariennes, tels que l'azote inorganique, ne sera pas affectée, celle des éléments d'origine crustale (P et Fe) pourrait être accrue ou accélérée selon les agrégats organique-minéral formés. Le rôle majeur du processus d'agrégation dans la mise à disposition des nutriments atmosphériques a été mis en évidence par une rapide et importante formation abiotique de particules exopolymériques transparentes juste après le dépôt de poussières. / The objective of this thesis was to assess the biogeochemical effect of two forcings: the ocean acidification and the dust deposition. Firstly, we showed that in the Low Nutrient Low Chlorophyll (LNLC) area the effect of the ocean acidification on the marine cycle of nitrogen (N), phosphorus (P) and iron (Fe) will be likely negligible. The pH decrease of the surface waters depleted in N and P would not affect the speciation of these elements, and the absence of effect on the composition of the plankton community would not lead to a shift in the dynamic of inorganic nutrients. Secondly, the experiments performed during this thesis allowed a better parametrization of the post-depositional processes of atmospheric nutrients in the surface seawater after a Saharan event. The exchanges dissolved/particulate occurred in the short timescale. They were controlled by both the particles dynamic and the nature of the dissolved organic matter (DOM) that can aggregate with the lithogenic particles. Under ocean acidification conditions, while the dissolution of anthropogenic elements adsorbed onto dust, such as the inorganic nitrogen, will not be affected, the dissolution of the crustal elements (P and Fe) could be higher and faster according the formation of organic-dust aggregates. The major role of the aggregation process on the availability of atmospheric nutrients was highlighted by the rapid and large abiotic formation of transparent exopolymeric particles (TEP) following the dust deposition to the surface waters.

Les recherches sur le photovoltaïque organique depuis une dizaine d’année ont permis une constante progression de l’efficacité des cellules solaires. Plusieurs groupes de recherche ont amorcé une réflexion sur les procédés de synthèse qui permettraient de limiter les déchets. Ainsi le couplage par arylation directe qui évite l’utilisation de dérivés organométalliques a émergé comme alternative au couplage organométallique classique. Une première partie est consacrée à l’étude méthodologique du couplage par arylation directe de la triphénylamine avec des dérivés du thiophène-2- carboxaldéhyde substitués en C3 et C4 par des groupements électro-accepteurs et électro-donneurs. Ce motif de base permet l’accès à trois séries de petites molécules par simple condensation. Des cellules photovoltaïques atteignant des rendements de photo-conversion de 3% en cellules bicouches, ont été obtenues. Dans une deuxième partie, la polymérisation par arylation directe sur des monomères du thiophène substitué par des groupements nitriles comme accepteur et des groupements alcoxy ou thioalkyl comme donneur conduit en une seule étape à une nouvelle famille de polymères conjugués. Ces polymères ont été utilisés comme matériaux donneurs et accepteur dans des cellules. Enfin en dernière partie, un travail exploratoire sur les propriétés d’émission de dérivés du benzofurane a été entrepris. Des réactions de condensation de Knoevenagel ont été développées pour obtenir toute une série de dérivés contenant l’unité cyano-vinylbenzofurane. La plupart des composés présente une forte émission à l’état solide. / Research on organic photovoltaics over a decade allowed a steadily increasing in the efficiency of solar cells. Several research groups have begun a reflection on the synthesis processes to limit wastes. Thus the direct arylation coupling which avoids the use of organometallic compounds, has emerged as an example of green reaction. The first part is devoted to the methodological study of direct arylation of bromotriphenylamine with thiophene-2-carboxaldehyde derivatives substituted in C3 and C4 by electron-withdrawing groups and electron-donor groups. This basic pattern allows access to three small molecules by condensation. Photovoltaic cells reaching photoconversion efficiencies of 3% were obtained. In the second part, the polymerization by direct arylation of sustituted thiophene monomers by nitrile groups as the acceptor and by alkoxy or thioalkyl as the donor led in one step to a novel family of conjugated polymers having donor and acceptor groups alternately. Solar cells were made with the polymers as donors or as acceptors materials. Finally, in the last part, exploratory work on the emission properties of benzofuran derivatives have been made. Knoevenagel condensations have been developed for a range of compounds containing the cyano-vinylbenzofuran unit. Most compounds have high emission in the solid state.

Nous nous intéressons dans ce travail au problème de prévision de nouveaux liens dans des grands graphes de terrain. Nous explorons en particulier les approches topologiques dyadiques pour la prévision de liens. Différentes mesures de proximité topologique ont été étudiées dans la littérature pour prédire l’apparition de nouveaux liens. Des techniques d’apprentissage supervisé ont été aussi utilisées afin de combiner ces différentes mesures pour construire des modèles prédictifs. Le problème d’apprentissage supervisé est ici un problème difficile à cause notamment du fort déséquilibre de classes. Dans cette thèse, nous explorons différentes approches alternatives pour améliorer les performances des approches dyadiques pour la prévision de liens. Nous proposons d’abord, une approche originale de combinaison des prévisions fondée sur des techniques d’agrégation supervisée de listes triées (ou agrégation de préférences). Nous explorons aussi différentes approches pour améliorer les performances des approches supervisées pour la prévision de liens. Une première approche consiste à étendre l’ensemble des attributs décrivant un exemple (paires de noeuds) par des attributs calculés dans un réseau multiplexe qui englobe le réseau cible. Un deuxième axe consiste à évaluer l’apport destechniques de détection de communautés pour l’échantillonnage des exemples. Des expérimentations menées sur des réseaux réels extraits de la base bibliographique DBLP montrent l’intérêt des approaches proposées. / In this work, we are interested to tackle the problem of link prediction in complex networks. In particular, we explore topological dyadic approaches for link prediction. Different topological proximity measures have been studied in the scientific literature for finding the probability of appearance of new links in a complex network. Supervided learning methods have also been used to combine the predictions made or information provided by different topological measures. The create predictive models using various topological measures. The problem of supervised learning for link prediction is a difficult problem especially due to the presence of heavy class imbalance. In this thesis, we search different alternative approaches to improve the performance of different dyadic approaches for link prediction. We propose here, a new approach of link prediction based on supervised rank agregation that uses concepts from computational social choice theory. Our approach is founded on supervised techniques of aggregating sorted lists (or preference aggregation). We also explore different ways of improving supervised link prediction approaches. One approach is to extend the set of attributes describing an example (pair of nodes) by attributes calculated in a multiplex network that includes the target network. Multiplex networks have a layered structure, each layer having different kinds of links between same sets of nodes. The second way is to use community information for sampling of examples to deal with the problem of classe imabalance. Experiments conducted on real networks extracted from well known DBLP bibliographic database.

Certains facteurs de risque, comme l’hyperlipidémie, l’hyper-agrégabilité des plaquettes sanguines et le stress oxydant favorisent la progression des maladies cardiovasculaires. L’objectif de ce travail est de comparer les effets des AGPI-LC issus de sources différentes (microalgue marine, huile d’argan et de poisson) sur l’installation du syndrome métabolique chez des rats soumis à un régime hyperlipidique. Les effets de l’huile d’argan sur la fonction plaquettaire et sur le bilan lipidique ont aussi été testés chez des patients dyslipidémiques. Une étude préliminaire sur des rats a été réalisée afin de rechercher la dose minimale de la microalgue (Odontella aurita) à incorporer dans le régime pour obtenir un effet positif sur les différents paramètres mesurés. Nous avons ensuite étudié l’effet du lyophilisat d’O. aurita sur les facteurs de risque cardiovasculaire induits par un régime hyperlipidique chez le rat. Les résultats ont montré, que l'apport d'O. aurita induit une diminution de la glycémie et des teneurs en lipides plasmatiques ainsi qu’une réduction de l'agrégation plaquettaire. Nous avons ensuite comparé les effets de cette microalgue avec l’huile de poisson. Pour cela une étude nutritionnelle a été réalisée chez des rats soumis à un régime hyperlipidique supplémenté ou non avec du lyophilisat d’O. aurita ou de l’huile de poisson. Il a ainsi été montré que la supplémentation en lyophilisat d’O. aurita et en huile de poisson diminue l’agrégation plaquettaire et le stress oxydatif. Nous avons par la suite comparé les effets de l’huile de poisson riche en oméga-3, et de l’huile d’argan riche en oméga-6 et oméga-9. Nos résultats montrent que les 2 sources diminuent l’agrégation plaquettaire et les facteurs de risque du syndrome métabolique mais leurs mécanismes d’action semblent être différent. En complément Nous avons sur l’huile d’argan, réalisé au Maroc une étude clinique pour rechercher l’effet antiagrégant et hypolipémiant chez des patients dyslipidémiques. Les résultats obtenus montrent une amélioration significative des lipides athérogènes chez les patients consommant de l'huile d’argan. Cette amélioration consiste en une baisse très significative des taux de cholestérol total et de LDL-cholestérol sériques auxquels s'ajoutent une diminution de l’agrégation plaquettaire et du stress oxydatif chez les patients consommant de l'huile d’argan. / Some risk factors, such as hyperlipidemia, hyperaggregability of blood platelets and oxidative stress promotes the progression of cardiovascular disease. The objective of this study was to compare the effects of LC-PUFA from different sources (marine microalgae, argan oil and fish oil) on installing the metabolic syndrome in rats fed high fat diet. The effects of argan oil on platelet function and lipid profiles were also tested in dyslipidemic patients. A preliminary study was conducted to find the minimum dose of microalgae (Odontella aurita) to be incorporated in the diet for a positive effect on the different parameters measured. We then studied the effect of lyophilized O. aurita on cardiovascular risk factors induced by a high fat diet in rats. The results showed that the addition of O. aurita induces a reduction in blood glucose and plasma lipid levels and a reduction in platelet aggregation. We then compare the effects of microalgae with fish oil. For this, a nutritional study was conducted in rats subjected to a high fat diet (HF) supplemented or not with the freeze-dried O. aurita (HFOA) or fish oil (HFFO). Supplementation lyophilized O. aurita and fish oil decreases platelet aggregation and oxidative stress.We subsequently compared the effects of fish oil rich in omega-3, and argan oil which is rich in omega-6 and omega-9. Our results show that 2 sources of LC-PUFA decrease platelet aggregation and the risk factors of metabolic syndrome, but their mechanism of action appears to be different.We have also conducted a clinical study in Morocco to investigate the antiplatelet and lipid lowering effect of argan oil in patients with dyslipidemia. The results show a significant improvement in atherogenic lipids in patients consuming argan oil for 3 weeks. This improvement consists in a very significant reduction in total cholesterol and serum LDL cholesterol, with a decreased platelet aggregation and oxidative stress in patients consuming argan oil.

La compréhension du lien entre alimentation et santé est un challenge majeur pour les domaines des sciences de l'aliment et de la nutrition. L'effet d'un aliment sur la santé étant conditionné par son passage et sa déstructuration dans le tube digestif, explorer cette question implique donc nécessairement de progresser dans la compréhension du processus de digestion. L'œuf est un produit apprécié dans le monde entier et compte parmi les aliments les plus nutritifs pour l'Homme. La fraction blanc d'œuf, solution aqueuse de protéines, est un ovoproduit très utilisé par l'industrie alimentaire en raison de ses propriétés fonctionnelles et nutritionnelles. De plus, la possibilité de générer des structures d'aliment très différentes selon les modalités du traitement technologique, sans avoir à en modifier la composition, fait du blanc d'œuf un aliment modèle réaliste particulièrement intéressant. Cette étude a été menée dans l'objectif d'étudier l'impact des caractéristiques structurales de matrices protéiques agrégées et gélifiées sur leur déstructuration au cours de la digestion. Un modèle in vitro de digestion gastro-intestinale, permettant un suivi temporel, a été combiné avec un modèle in vivo (porcin), plus proche de la réalité physiologique et permettant un suivi spatio-temporel de la digestion. Dans le cas du blanc d'œuf, la structuration de la matrice protéique s'est avérée avoir une influence non seulement sur les aspects quantitatifs de la digestion comme le degré d'hydrolyse des protéines, mais également sur les aspects qualitatifs comme la nature des peptides libérés. De même in vivo, les niveaux de bioaccessibilité pourraient être impactés par les différences relatives aux caractéristiques structurales des matrices gélifiées. A l'échelle moléculaire, cette étude suggère ainsi que les changements structuraux induits par les traitements thermiques, variables selon les conditions du milieu, rendent accessibles aux enzymes digestives des zones variables des protéines. A l'échelle micro- et macroscopique, les caractéristiques structurales des gels impactent également le déroulement de la digestion. / Understanding the relationship between health and diet is a major challenge in Food Science and Nutrition. As the impact of a food product on health depends on its journey and breakdown in the gastrointestinal tract, exploring this question necessarily implies increasing our knowledge of the food digestion process. Eggs are popular worldwide and are among the most nutritious foods for humans. The egg white fraction, an aqueous protein solution, is an egg product widely used in the food industry because of its unique functional and nutritional properties. In addition, the ability to generate very different food structures depending on the technological process without modifying its composition, makes egg white a very interesting and realistic food model. The aim of the study was to investigate the impact of structural characteristics of aggregated and gelled protein matrices on their breakdown during digestion. An in vitro model of gastrointestinal digestion, enabling temporal tracking, was combined with an in vivo model (pig), closer to physiological reality and enabling spatio-temporal mapping of digestion. For egg white, the structural characteristics of the protein matrix were found to have an influence not only on the quantitative aspects of protein digestion such as the degree of hydrolysis, but also on the qualitative aspects such as the nature of the peptides released. Similarly, the in vivo bioaccessibility levels could be impacted by differences relating to the structural characteristics of the gelled matrices. At the molecular scale, this study suggests that the structural changes induced by heat treatments, depending on physicochemical conditions, render a number of protein regions accessible to digestive enzymes. At the micro- and macroscopic scale, the structural characteristics of the gels also impact the digestion process.

Chez les eucaryotes, la régulation de l'expression des gènes fait intervenir des mécanismes de contrôle qualité qui préservent l'intégrité des ARN et des protéines par la détection et l'élimination des produits défectueux. Ces processus sont essentiels pour limiter l'accumulation de protéines déficientes qui ont tendance à former des agrégats qui peuvent entraîner une toxicité cellulaire et des pathologies telles que des maladies neurodégénératives. La traduction de certains ARNm aberrants conduit à un blocage des ribosomes, ce qui déclenche le recrutement de facteurs de contrôle qualité permettant la dissociation des ribosomes bloqués et la dégradation de ces ARNm et des peptides aberrants correspondants. Au cours de ma thèse, j'ai découvert l'existence du complexe RQC, composé de Rqc1, Rqc2, Ltn1 et Cdc48, qui se lie aux sous-unités 60S bloquées afin de reconnaître les peptides naissants aberrants. Alors que Ltn1 assure leur polyubiquitinylation, Rqc2 permet l'ajout d'alanines-thréonines à leur extrémité C-terminale (CAT tails), et Cdc48 extrait ces peptides de manière à ce qu'ils soient escortés au protéasome pour être dégradés. Rqc1 est essentiel à la fois pour le recrutement de Cdc48 et pour la prévention de l'agrégation des peptides aberrants. Ce phénomène d'agrégation permet notamment de déclencher la réponse Hsf1 en cas de stress. Enfin, nous avons découvert que de multiples voies de contrôle qualité participent à l'élimination des agrégats de protéines aberrantes lorsque Rqc1 est déplété. L'ensemble de ces mécanismes de contrôle qualité permet aux cellules de répondre efficacement à un stress traductionnel afin de maintenir l'homéostasie des protéines. / Gene expression in eukaryotes requires quality control mechanisms that preserve the integrity of the transcriptome and the proteome by detecting and eliminating defective RNAs and peptides. These processes are essential to prevent the accumulation of deficient proteins that are prone to aggregation, which can cause a cellular toxicity and pathologies such as neurodegenerative diseases. In the cytosol, translation of aberrant mRNAs may lead to ribosome stalling, which triggers the recruitment of quality control factors that enable the dissociation of stalled ribosomes and the degradation of these aberrant transcripts. However, since the polypeptides synthesized from these mRNAs are generally deficient, they must also be degraded. During my thesis, I discovered the existence of the RQC complex, composed of Rqc1, Rqc2, Ltn1 and Cdc48, that bind stalled 60S subunits to detect and eliminate aberrant nascent peptides. Whereas Ltn1 ensures their polyubiquitylation, Rqc2 enables the addition of C-terminal alanine-threonine tails (CAT tails), and Cdc48 extracts these peptides so that the RQC complex can escort them to the proteasome for their degradation. A study of Rqc1 revealed that this factor is essential for Cdc48 recruitment and to prevent the aggregation of aberrant proteins. This aggregation phenomenon is essential to trigger the Hsf1 response in case of stress. Finally, we discovered that multiple quality control pathways participate in the elimination of aberrant protein aggregates when Rqc1 is depleted. This set of quality control mechanisms ensures an efficient cellular response in case of translational stress in order to maintain protein homeostasis.

Nous nous intéressons à prévoir séquentiellement une suite arbitraire d'observations. À chaque instant, des experts nous proposent des prévisions de la prochaine observation. Nous formons alors notre prévision en mélangeant celles des experts. C'est le cadre de l'agrégation séquentielle d'experts. L'objectif est d'assurer un faible regret cumulé. En d'autres mots, nous souhaitons que notre perte cumulée ne dépasse pas trop celle du meilleur expert sur le long terme. Nous cherchons des garanties très robustes~: aucune hypothèse stochastique sur la suite d'observations à prévoir n'est faite. Celle-ci est supposée arbitraire et nous souhaitons des garanties qui soient vérifiées quoi qu'il arrive. Un premier objectif de ce travail est l'amélioration de la performance des prévisions. Plusieurs possibilités sont proposées. Un exemple est la création d'algorithmes adaptatifs qui cherchent à s'adapter automatiquement à la difficulté de la suite à prévoir. Un autre repose sur la création de nouveaux experts à inclure au mélange pour apporter de la diversité dans l'ensemble d'experts. Un deuxième objectif de la thèse est d'assortir les prévisions d'une mesure d'incertitude, voire de prévoir des lois. Les applications pratiques sont nombreuses. En effet, très peu d'hypothèses sont faites sur les données. Le côté séquentiel permet entre autres de traiter de grands ensembles de données. Nous considérons dans cette thèse divers jeux de données du monde de l'énergie (consommation électrique, prix de l'électricité,...) pour montrer l'universalité de l'approche. / We are interested in online forecasting of an arbitrary sequence of observations. At each time step, some experts provide predictions of the next observation. Then, we form our prediction by combining the expert forecasts. This is the setting of online robust aggregation of experts. The goal is to ensure a small cumulative regret. In other words, we want that our cumulative loss does not exceed too much the one of the best expert. We are looking for worst-case guarantees: no stochastic assumption on the data to be predicted is made. The sequence of observations is arbitrary. A first objective of this work is to improve the prediction accuracy. We investigate several possibilities. An example is to design fully automatic procedures that can exploit simplicity of the data whenever it is present. Another example relies on working on the expert set so as to improve its diversity. A second objective of this work is to produce probabilistic predictions. We are interested in coupling the point prediction with a measure of uncertainty (i.e., interval forecasts,…). The real world applications of the above setting are multiple. Indeed, very few assumptions are made on the data. Besides, online learning that deals with data sequentially is crucial to process big data sets in real time. In this thesis, we carry out for EDF several empirical studies of energy data sets and we achieve good forecasting performance.

Les maladies dites ''conformationnelles'' sont caractérisées par un mauvais repliement des protéines qui, de ce fait, ne peuvent plus assurer leur fonction biologique. C'est le cas des amyloses, ces pathologies impliquent des protéines ayant la capacité de s'agréger pour former des structures spécifiques appelées « fibres amyloïdes ». Aujourd'hui, une trentaine de protéines humaines sont connues pour former ce type de fibres et notamment la protéine tau. Celle-ci est associée à plusieurs maladies neurodégénératives, regroupées sous le terme de « tauopathies », incluant la maladie d'Alzheimer. En conditions physiologiques, tau est associée aux microtubules et régule leur polymérisation. Dans les tauopathies, elle devient hyperphosphorylée et s'agrège dans les neurones sous forme de neurodégénérescences fibrillaires (NFTs) toxiques. Les protéines chaperons et particulièrement la protéine de choc thermique de 90 kDa, Hsp90, régule l'homéostasie de la protéine tau. L'interaction entre tau et Hsp90 implique différentes régions de la protéine tau dont celle contenant un hexapeptide de séquence VQIVYK. Ce court fragment est nécessaire et suffisant pour induire la fibrillation de la protéine tau entière in vivo. Cet hexapeptide est également capable, à lui seul, de former des fibres amyloïdes, in vitro, comparables à celles retrouvées in vivo. Nous avons donc choisi d'utiliser l'hexapeptide VQIVYK comme modèle d'étude de la fibrillation, in vitro, et testé l'effet de Hsp90 sur les processus agrégatifs du peptide. Nous avons démontré que Hsp90 interagit spécifiquement avec les structures amyloïdes formées par le peptide et qu'elle est capable d'inhiber à la fois la polymérisation et la dépolymérisation des fibres. Ce rôle antagoniste joué par Hsp90 permet la stabilisation d'espèces amyloïdes intermédiaires supposées moins neurotoxiques. Ces résultats confirment l'implication de Hsp90 dans les processus agrégatifs de la protéine tau et ouvrent de nouvelles perspectives thérapeutiques contre les pathologies neurodégénératives. De plus, cette étude apporte des éléments de réponse sur le fonctionnement des chaperons moléculaires vis-à-vis de leur protéine cliente. / Conformational diseases are characterized by protein misfolding which causes a loss of biological activity. Amyloidosis is one of these diseases, and it involves the ability of proteins to self-aggregate into specific structures called “amyloid fibers”. At least thirty human proteins, including tau, are known to form amyloid fibers. The tau protein is linked to several neurodegenerative diseases called tauopathies, including Alzheimer’s disease. Tau is in physiological conditions associated with microtubules and regulates their polymerization. In tauopathies, tau becomes hyper-phosphorylated and aggregates into neurotoxic neurofibrillary tangles (NFTs). Molecular chaperones, and particularly the 90-kDa heat shock protein (Hsp90), regulate tau homeostasis. The interaction between tau and Hsp90 involves several tau regions including the sequence VQIVYK. This short fragment is necessary and sufficient on its own to induce aggregation of the full tau protein in vivo. In vitro this hexapeptide is also able to form amyloid fibers similar to those found in vivo. We therefore used this hexapeptide as an in vitro model to study the process of amyloid fibrillation and to test Hsp90’s effects on it. We demonstrated that Hsp90 interacts specifically with peptide fibrillar structures and that Hsp90 is able to inhibit both the polymerization and depolymerization processes. This antagonistic role for Hsp90 allows the stabilization of intermediate amyloid species that may display a lower neurotoxicity. These results confirm that Hsp90 is involved in tau’s aggregation process and paves the way for new therapeutic perspectives in neurodegenerative diseases. Our study also provides clues to the understanding of how molecular chaperones assist in the folding of their client proteins.