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Identification de gènes impliqués dans des maladies génétiques chez l'homme et le chien : de la dermatologie à la neurologie / Identification of genes involved in genetic diseases in human and dog : from dermatology to neurologyPlassais, Jocelyn 01 December 2014 (has links)
L'espèce canine (Canis lupus familiaris) rassemble plus de 350 races issues d'une sélection artificielle drastique menée par l'Homme au cours des derniers siècles. De ce fait, chaque race peut être considérée comme un isolat génétique développant chacune des affections génétiques de manière spontanée avec parfois de fortes fréquences. Ainsi, l'espèce canine constitue un modèle puissant pour identifier les gènes et allèles responsables de ces affections homologues à certaines maladies génétiques humaines. Mon premier projet a porté sur la recherche des causes génétiques de deux kératodermies plantaires chez le terrier irlandais et le dogue de Bordeaux. En combinant plusieurs analyses d'association (GWAS : « Genome Wide Association Study ») et des techniques de séquençage NGS (Next Generation Sequencing), un nouveau gène muté a été identifié pour le terrier irlandais. Concernant les dogues de Bordeaux, nous avons génotypé plus de 170 000 SNPs sur plus de 200 dogues. Une analyse de liaison génétique a permis d'identifier un locus de 20 Mb sur le chromosome 9 contenant un cluster de kératines. En combinant les données cliniques et génétiques, la kératine 16 s'avérait le meilleur gène candidat. Son séquençage complet a permis d'identifier une mutation complexe générant une protéine tronquée. Des analyses de PCR quantitatives ont révélé que ce gène muté était sous exprimé chez les individus atteints. Ce travail nous permet donc de proposer cette race de chien comme le premier modèle animal spontané de kératodermie focale non-épidermolytique (FNEPPK). En parallèle de ce projet, j'ai mené des recherches sur les bases moléculaires d'un syndrome d'automutilation acrale décrit dans plusieurs races. Cette neuropathie est homologue aux neuropathies héréditaires sensitives et autonomes (HSANs) chez l'Homme et se caractérise par une perte de sensibilité à la douleur au niveau des membres. A partir d'un GWAS, j'ai pu identifier un locus de 1,5 Mb chez le chien, dont l'orthologue humain n'est pas encore décrit chez des patients HSANs. Le séquençage complet de ce locus a mené à l'identification d'un variant situé dans une région cis-enhancer en amont d'un gène candidat. La mise en évidence d'une sous-expression du gène candidat indique que ce variant régulateur semblerait modifier l'activité de l'enhancer nous permettant de le proposer comme la mutation causale chez le chien. Cette découverte offre donc de nouvelles perspectives de recherche pour des patients humains atteints de neuropathies héréditaires sensitives. En combinant des approches génétiques complémentaires sur des modèles spontanés de maladies bien caractérisées chez le chien, j'ai pu participer à l'identification de trois nouveaux gènes, dont deux excellents candidats pour ces maladies homologues humaines. Le troisième représente un vrai modèle spontané de kératodermie K16, ouvrant ainsi des perspectives thérapeutiques qui bénéficieront à l'Homme et au chien. / The dog species (Canis lupus familiaris) contains more than 350 distinct breeds resulting from human drastic selection during the last centuries. Each breed can then be considered as a genetic isolate, developing specific spontaneous genetic diseases with high frequencies. Thus, dogs constitute a powerful model to identify new genes and alleles involved in disorders homologous to human diseases. For my thesis, I worked on two main topics. The first one focused on the search of the genetic causes of two footpad keratodermas in the Irish terrier and the dogue de Bordeaux breeds. Concerning the Irish terrier, the work was conduced by Tosso Leeb’s team in the University of Berne, in collaboration with the Antagene Company. Using a Genome Wide Association Study (GWAS) and Next Generation Sequencing (NGS), the mutation in a new gene has been identified in footpad hyperkeratosis in this breed. For the dogue de Bordeaux project, we genotyped more than 170 000 SNPs on over 200 dogs. We then performed a genetic linkage study with a subset of 68 dogs, including 14 affected dogs. We identified a significant locus of 20 Mb on the canine chromosome 9 containing one keratin cluster. Comparing clinical, histopathological and immunochemistry data, keratin 16 appeared as an excellent candidate. The sequencing of the gene revealed a complex mutation leading to a non-functional truncated K16 protein. Quantitative RT-PCR analyses showed a strong decrease of the level of KRT16 expression in affected footpads. These results led to propose the dogue de Bordeaux footpad hyperkeratosis as the first spontaneous model of focal non-epidermolytic palmoplantar keratoderma (FNEPPK). In parallel, I studied an acral mutilation syndrome described in several hunting dog breeds. This neuropathy corresponds to human hereditary sensory and autonomic neuropathies (HSANs) and is characterized by an insensitivity to pain only in the limb. With a classical GWAS strategy, using 24 affected and 30 unaffected dogs, we identified a 1.5 Mb locus in dogs, the human orthologous locus being still unknown in human patients. Targeted sequencing of this locus revealed one single variant localized in a cis-enhancer region closed to a strong candidate gene. A lower level of expression of the candidate gene in affected dogs seems to show a functional effect of the mutation in the enhancer activity. These results led to propose this variant as the causative mutation for this canine neuropathy, and so this canine model as an opportunity to identify a new human HSAN gene. Combining complementary genetic approaches on spontaneous models of well characterized canine diseases, I did participated to the identification of three new genes, two of which being novel excellent candidates for the homologous human diseases. The third represents a true homologous model of KRT16 human keratoderma, opening the field to the development of new treatments benefiting to both humans and dogs.
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Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética. / Eimeria spp. of domestic rabbit and fowl: development of molecular assays and phylogenetic characterization.Ursula Castro de Oliveira 26 April 2011 (has links)
Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.
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Análise da viabilidade e ciclo celular de fibroblastos equinos cultivados in vitro: comparação pré e pós-descongelação /Lima Neto, João Ferreira de. January 2007 (has links)
Orientador: Fernanda da Cruz Landim-Alvarenga / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: José Antonio Visintin / Resumo: O primeiro sucesso na clonagem de eqüídeos através do uso de transferência nuclear foi relatado em maio de 2003 após o nascimento de uma mula clonada a partir de células fetais. Acredita-se que a utilização de células diplóides em fase do ciclo celular G0 ou G1 facilite a coordenação entre o ciclo celular e a reprogramação nuclear após a transferência de núcleo. Sendo assim, este experimento objetivou estudar o comportamento de fibroblastos de eqüinos adultos em cultura, analisando o estado do ciclo celular e a viabilidade das células em cultivo pré- e pós-descongelação. Fragmentos de pele de 6 eqüinos adultos, sendo 3 machos e 3 fêmeas, foram divididos em pedaços de aproximadamente 1mm3 e acondicionados (10 fragmentos/garrafa) no fundo de duas garrafas de cultivo (25cm2) umedecidas com 1mL SFB. As garrafas foram inclinadas para a posição vertical e adicionado 5ml de meio DMEM alta glicose + 10% SFB, 100UI/mL Penicilina / 100æg/mL Estreptomicina e 3,0æg/mL Anfotericina B. Após 30 minutos em estufa com 5% CO2 em ar, as garrafas foram dispostas em posição horizontal, para que o meio de cultivo entrasse em contato com os fragmentos teciduais. Todas as garrafas permaneceram por sete dias em estufa com 5% CO2 em ar até o início do crescimento celular. Com 70% de confluência, foi realizada a tripsinização e a primeira passagem. O mesmo procedimento foi repetido para a segunda passagem. Para os grupos de privação de soro (0,5% de SFB) foram produzidas garrafas de cultivo em duplicata para a análise da viabilidade e do ciclo celular nos períodos de 24, 48, 72, 96, 120, 144 e 168 horas de cultivo. Para os grupos de confluência foram produzidas duas garrafas de cultivo para a análise da viabilidade e do ciclo celular no período em que o tapete celular atingisse a confluência...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The first success in equine cloning, using nuclear transfer, was reported in May of the 2003 after the birth of a cloned mule obtained from fetal cells. Nowadays there is an agreement, in the literature, that diploid cells in phase G0 or G1 of the cell cycle facilitate coordination between the cell cycle and the nuclear reprogramming after the nuclear transfer. This experiment aimed to study the behavior of equine fibroblasts in culture though the analysis of the cellular cycle and the viability of cells pre- and post-freezing. Skin fragments were obtained from 6 adult horses (3 females and 3 males) and divided in pieces of about 1 mm3. For culture, the bottoms of two culture bottles were moistened with 1 mL of FCS, 10 fragments of skin were deposited, and 5 ml of DMEM high glucose + 10% FCS, 100 IU/mL penicillin, 100 g/mL streptomycin and 3 g/ml amphotericin B were added with the bottles raised vertically. After 30 min incubation in 5% CO2 in air, the bottles were moved to a horizontal position allowing the culture media to make contact with the tissue fragments. All bottles were cultured for 7 days in 5% CO2 in air until the beginning of confluence. The complete culture media was replaced weekly and, at 70% of confluence, trypsinization (ATV Vernese, Adolfo Lutz Institute) and the first passage were performed. Two passages were performed before freezing. For the second passage, the culture and trypsinization were repeated. For cells subjected to serum starvation (0.5% FCS), culture bottles were produced in duplicate for viability and cellular cycle analysis at 24, 48, 72, 96, 120, 144 and 168 hours of culture. For the confluence groups bottles were produced for the analysis of viability and cellular cycle at the moment cells achieved confluence...(Complete abstract, click electronic address below) / Mestre
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Avaliação do impacto dos atributos de qualidade em tourinhos de elite da raça nelore comercializados em leilão: uma aplicação do método hedônico / Impact of quality attributes in the price of Nellore breed sold at auction: an application of the hedonicCalil, Yuri Clements Daglia 27 August 2010 (has links)
O presente estudo mensura o impacto no preço dos atributos de qualidade nos tourinhos da raça Nelore comercializados em leilões por meio de uma metodologia específica, baseada na Teoria dos Preços Hedônicos. Para tanto, utilizou-se como amostra três leilões - 368 observações - de uma fazenda padrão, o Nelore Jandaia. Assim, os atributos dos animais que mais contribuíram para a formação dos preços, em um primeiro plano, foram: a qualidade genética como um todo, expressa através do Mérito Genético Total - MGT, e a qualidade fenotípica global, demonstrada pelo índice EPMURAS. Em um segundo plano, mais específico, agregaram mais valor aos jovens reprodutores características relacionadas à precocidade e fertilidade do lado genético a Diferença Esperada na Progênie - DEP para perímetro escrotal aos 365 dias (dpe365) e no lado fenotípico a nota de precocidade. Por exemplo, os animais com MGT excelente tiveram um prêmio médio de 22% a mais em relação aos considerados como bons, paralelamente os com EPMURAS excelente tiveram um prêmio de 11% em relação aos classificados como muito bons, ceteris paribus. Para cada ponto a mais na precocidade e na DEP dpe365 o valor dos animais comercializados aumenta em, respectivamente, 5% e 5,8%, ceteris paribus. Do exposto, pode-se concluir que se os pecuaristas dedicados ao melhoramento dos seus rebanhos privilegiarem em seus objetivos de seleção animais com excelentes atributos de fertilidade e precocidade receberam prêmios superiores por isso. Em outras palavras, focar a seleção em precocidade e fertilidade agrega valor aos animais. / This study measures the impact on the price of quality attributes in Nelore steer sold at auction by a particular methodology, based on the theory of hedonic prices. To this end, we used as a sample three auctions - 368 observations of a standard farm, Nelore Jandaia. Thus, the attributes of animals that contributed most to the price formation were the genetic quality as a whole, expressed through the Total Genetic Merit - MGT, and the overall phenotypic quality, as demonstrated by the index EPMURAS. In a second model, more specific, added more value to young breeding characteristics related to precocity and fertility - the genetic side of the Expected Progeny Difference - EPD for scrotal circumference at 365 days (dpe365) and on the phenotypic note of precocity. For example, animals with excellent MGT had an average premium of 22% more than for those considered as good, along with the excellent EPMURAS had a premium of 11% over rated as very good. For each point on precocity and DEP dpe365 the value of animals traded increases, respectively, 5% and 5.8%, ceteris paribus. From the above, we conclude that if the farmers devoted to the improvement of their herds give priority in their selection goals animals with excellent attributes of fertility and precocity will receive premium for it. In other words, focus the cattle selection on fertility and precocity adds value to animals.
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Une approche globale de la diversité génétique du poulet à Taiwan combinant phénotypes et marqueurs moléculairesChang, Chi-Sheng 24 March 2011 (has links) (PDF)
Cette thèse s'intéresse à la diversité génétique de six races locales de poulet à Taiwan. Le premier objectif est de combiner les données de performances d'élevage (croissance, réponse immunitaire) et les données moléculaires (marqueurs microsatellites, ADN mitochondrial, gène MC1R, marqueur LEI0258 pour le CMH) pour analyser la diversité génétique de six races de poules conservées à l'Université nationale de Chung-Hsing depuis 1982. Une méthode d'analyse multivariée est proposée pour combiner les variables continues (performances) et les fréquences alléliques (données moléculaires). L'analyse combinée discrimine clairement toutes les races à l'exception des races Ju-chi et Quemoy qui apparaissent très semblables sauf pour la réponse immunitaire. Un processus de sélection est mis en évidence sur le gène MC1R, contrôlant la couleur du plumage. Le second objectif cible le polymorphisme du complexe majeur d'histocompatibilité, décrit par le marqueur hypervariable LEI0258, et ses effets sur la réponse immunitaire. Sur un total de dix-sept allèles, sept allèles sont nouveaux. Le polymorphisme du CMH peut être un indicateur utile pour la surveillance de la diversité génétique de petites populations. Une épreuve d'infection expérimentale par un virus d'influenza aviaire faiblement pathogène a montré des différences significatives entre races, avec une réponse immunitaire plus rapide pour la race Quemoy, qui montre un effet significatif du CMH, et une sensibilité relativement plus forte à l'infection pour la race Hsin-Yi. Les races différaient aussi pour la réponse secondaire à plusieurs vaccins, avec une réponse généralement plus forte dans la race Quemoy. Une caractérisation des allèles du CMH avec une puce SNP dédiée est recommandée.
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Intégration de l'information moléculaire dans l'évaluation génétiqueGuillaume, François 06 October 2009 (has links) (PDF)
L'évaluation génétique de reproducteurs dans les espèces d'intérêt agronomique repose depuis des années sur un modèle polygénique. Ce modèle utilise exclusivement l'information des généalogies et des phénotypes. La disponibilité de marqueurs moléculaires permettant de suivre les gènes influençant les performances, a ouvert la voie à une amélioration des évaluations. Différents modèles d'intégration de l'information moléculaire sont décrits dans la littérature, s'adaptant à l'état des connaissances et aux informations moléculaires disponibles. Ainsi, les gènes peuvent être parfaitement identifiés et l'effet de leurs allèles connu ; plus fréquemment, les gènes ne sont pas identifiés mais localisés dans une région chromosomique dite QTL, grossièrement ou finement. Une évaluation des reproducteurs intégrant des informations moléculaires a été mise en place en 2001 pour l'ensemble des trois principales races bovines laitières françaises et cette thèse présente d'abord un premier bilan de la qualité de ces évaluations, à partir de travaux de simulation et de données réelles. Ce travail présente dans un second temps les résultats obtenus dans le cadre d'un projet de cartographie fine de QTL à l'aide de marqueurs SNP à haut débit. La meilleure localisation des QTL et leur meilleur suivi permettant une évolution des modèles d'évaluation, les gains de fiabilité ainsi permis sont présentés dans une troisième partie avant de conclure sur les répercussions de ces nouvelles technologies en sélection.
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Utilisation des données de contrôles élémentaires pour la modélisation et l'estimation des interactions génotype x milieu : Etude en bovins laitiersHuquet, Bérénice 08 October 2012 (has links) (PDF)
La France présente une grande diversité de conditions pédoclimatiques et par conséquent des systèmes d'élevage très variés. Pourtant, les schémas de sélection actuels en bovins laitiers considèrent que les meilleurs reproducteurs sont les mêmes quel que soit le type de système d'élevage, c'est-à-dire qu'il n'existe pas d'interactions Génotype*Milieu. L'objectif de cette thèse est de mesurer les interactions Génotype*Milieu en France sur les caractères laitiers et fonctionnels dans les 3 races bovines laitières principales (Normande, Montbéliarde, Holstein).Un point crucial dans ce type d'étude est la façon de définir le milieu. L'innovation de cette thèse est l'utilisation des profils Troupeau-Jour de Contrôle. Ce sont des coproduits du modèle génétique basé sur les contrôles élémentaires. Ils reflètent la production permise par la conduite de troupeau au cours du temps. Ils présentent l'avantage d'être disponibles à partir des bases de données nationales et d'être uniquement le reflet de la conduite, contrairement à d'autres définitions qui mêlent effet génétique et effet d'environnement au sein de la définition du milieu ou qui se focalisent sur certains points précis de la conduite sans prendre en compte son effet global. La description des profils Troupeau-Jour de Contrôle de plus de 15000 élevages normands, montbéliards et holsteins par des méthodes de lissage de séries temporelles, d'analyses factorielles et de classification a permis de créer 2 définitions du milieu en vue de l'étude des interactions Génotype*Milieu : des milieux définis comme des groupes d'élevages aux conduites distinctes ou un milieu défini comme un continuum à travers une ou des variables synthétiques.L'importance des interactions Génotype*Milieu a été estimées à partir de 2 types de modèles : un modèle multicaractères qui valorise la définition du milieu sous forme de groupes d'élevages et un modèle de norme de réaction qui valorise, quant à lui, le milieu défini comme un continuum. Les avancées méthodologiques proposées dans cette thèse concernent les modèles de normes de réaction. Des approches permettant de prendre en compte plusieurs variables d'environnement au sein d'un même modèle et de les résumer au sein d'une matrice génétique de rang réduit sont mises en avant.Aucun reclassement n'a été mis en évidence : les meilleurs reproducteurs sont les mêmes quel que soit le système d'élevage. Les schémas des sélections actuels sont donc performants. Il existe tout de même une interaction Génotype*Milieu significative sous forme d'effet d'échelle : la variabilité des valeurs génétiques des animaux est plus importante dans les systèmes d'élevage plus intensifs. Cet effet d'échelle ne sera pas pris en compte dans les modèles d'évaluation génétique, en revanche, il est possible d'imaginer un indicateur utilisable sur le terrain pour mesurer les écarts de performances, dus à cet effet, auxquels il faut s'attendre.
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Manejo genético para a conservação ex situ do Mutum-do-Sudeste, Crax blumenbachii (aves, cracidae) / Genetic management for ex-situ conservation of Red-billed curassow, Crax blumenbachii (Aves, Cracidae)Costa, Mariellen Cristine 30 January 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-01-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Captive populations of endangered species are often small, isolated, and founded by a limited number of individuals, which makes them more susceptible to genetic drift and inbreeding effects. Thus, the preservation of the maximum genetic variability is a major concern of captive breeding programs, and understanding the levels of population structuring and genetic variability is important for developing management strategies of captive populations. The Red-billed Curassow (Crax blumenbachii) is endemic to the Brazilian lowland Atlantic Forests and is considered extinct in most of its original distribution. A captive breeding program was initiated during the 70s with the independent foundation of two breeding stocks, that posteriorly supplied animals to other aviaries. With the success of the captive propagation, a reintroduction program has started in 1991, and more than 226 animals have been released into the wild so far. However, animals descending from only one aviary have been used, and the capability of other lineages to increase genetic variability in these, and future released populations, has never been investigated. Then, we analyzed the genetic structure and diversity of the founders and two further important breeding facilities reproducing this species, using 8 microsatellite loci. Bayesian clustering analysis revealed two distinct groups that were in Hardy–Weinberg equilibrium and did not present significant evidences of inbreeding. The existence of two distinct lineages in captivity has implications for breeding and reintroduction programs. We recommend populations to be managed as independent units, but admixted individuals should be produced as a manner to increase reintroduction success. / Populações cativas de espécies ameaçadas são frequentemente pequenas, isoladas e fundadas por um número limitado de indivíduos, o que as torna mais suscetíveis à deriva genética e aos efeitos de endogamia. Assim, a preservação da máxima variabilidade genética é uma das principais preocupações dos programas de reprodução em cativeiro e compreender os níveis de estruturação populacional e variabilidade genética é importante para o desenvolvimento de estratégias de manejo de populações em cativeiro. O Mutum-do-Sudeste (Crax blumenbachii) é endêmico da Mata Atlântica de planície e é considerado extinto na maior parte de sua distribuição original. Um programa de reprodução em cativeiro foi iniciado na década de 70 com a independente fundação de dois plantéis, que posteriormente disponibilizou animais para outros aviários. Com o sucesso da reprodução em cativeiro, um programa de reintrodução começou em 1991 e mais de 226 animais foram soltos na natureza até o momento. No entanto, têm sido utilizados animais que são descendentes de um único criatório e a possibilidade de outras linhagens aumentarem a variabilidade genética nestas, e futuras populações reintroduzidas, nunca foi investigado. Por isso, analisamos a estrutura genética e a diversidade dos fundadores e mais dois importantes plantéisdesta espécie utilizando oito locos microssatélites. A análise de agrupamento Bayesian revelou dois grupos distintos em equilíbrio de Hardy-Weinberg e que não apresentaram evidências significativas de endogamia. A existência de duas linhagens distintas em cativeiro tem implicações para programas de reprodução e reintrodução. Recomendamos que as populações devam ser manejadas como unidades independentes, mas os indivíduos com ancestria mista devem ser produzidos como uma forma de aumentar o sucesso das reintroduções.
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Análise de características reprodutivas, tratadas como variáveis categóricas, em bovinos da raça Nelore / Analysis of reproductive traits, treated as categorical variables, in Nellore cattleKluska, Sabrina 15 February 2017 (has links)
CAPES / O presente trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos, em uma população de bovinos da raça Nelore, para as características probabilidade de parto até os 39 meses de idade (PC39), probabilidade de permanência no rebanho (stayability), considerando três partos até 5,2 (STAY5,2) e três partos até 6,2 anos (STAY6,2), e os quatro primeiros intervalos entre partos (IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4), tratando- as como variáveis categóricas, e para os perímetros escrotais à desmama (PED) e ao sobreano (PES), tratando-as como variáveis contínuas. Foram usados procedimentos bayesianos, em análises unicaracterística e bicaracterística, por meio dos programas THRGIBBS1F90 e GIBBS2F90. Os dados utilizados pertencem ao programa de melhoramento genético Geneplus - Embrapa. As herdabilidades para PC39, STAY5,2, STAY6,2 , PED e PES em análise unicaracterística foram 0,15, 0,20, 0,23, 0,28 e 0,36, respectivamente. Para o intervalo entre partos as estimativas de herdabilidade, obtidas em análise unicaracterística, para IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4 foram 0,13 0,13, 0,12 e 0,17, respectivamente. Estes valores indicam que os ganhos por seleção direta em quaisquer um dos intervalos seriam pequenos.Na análise bicaracterística as herdabilidades para PC39 e PES foram 0,14 e 0,38,respectivamente. As estimativas obtidas foram de baixa magnitude, indicando que os ganhos por seleção direta em qualquer uma das características mensuradas nas fêmeas seriam baixos. Já o PED e PES apresentaram maiores valores de herdabilidades. A correlação entre PES e PC39 foi positiva e de baixa magnitude (0,25), sugerindo que a seleção para o aumento do PES de touros possivelmente levaria a pequenas mudanças na PC39. De modo geral as estimativas de herdabilidade para as características medidas nas fêmeas apresentaram baixos valores, enquanto que para as características medidas nos machos se apresentaram de moderada a baixa, de maneira semelhante à maioria dos estudos com estas características. Entretanto, o modelo de limiar foi capaz de detectar variância genética aditiva para as características em estudo, permitindo promover ganhos, embora pequenos, por seleção direta. / In the present study were obtained, in a population of Nellore cattle, estimates of genetic parameters for the characteristics probability of calving up to 39 months at age (PC39), stayability, considering three calving until 5.2 (STAY5,2) and trhee calving until 6.2 years old (STAY6,2), and the first four calving interval (CI1, CI2, CI3 and CI4), treated as categorical traits, and scrotal perimeter at weaning (EPD) and at 18 months of age (EPS), treated as continuos trait. Were used Baeysian procedures, in single and two trait analysis, by using THRGIBBS1F90 and GIBBS2F90 programs. Information from Nellore animals belonging to the Geneplus-Embrapa program was used. The heritabilities for PC39, STAY3,1, STAY3,2, EPD and EPS in single trait analysis were 0.14, 0.20, 0.23, 0.28 and 0.36, respectively. For the calving interval estimates heritabilities for CI1, CI2, CI3 and CI4 were 0.13, 0.13, 0.12 and 0.017, respectively. These values indicate that genetic gains by direct selection in any of the intervals would be very small. In the two trait analysis the heritabilities for PC39 and EPS were 0.15 and 0.38, respectively. The low values of estimates showed that small gains would be obtained by direct selection in any of traits measured in females. EPD and EPS had higher heritabilities. The correlation between EPS and PC39 was positive with low magnitude (0.25), suggesting that the selection for the increase of EPS of sires could possibly lead to small changes in the PC39. In general, estimates of heritability for traits measured in dams were low and for traits measured in males were moderate to low. This result is likely those reported in most studies with the same traits. However, the threshold model was able to detect additive genetic variance for the traits under study and can permit to promote gains, albeit small, by direct selection.
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Análise de características reprodutivas, tratadas como variáveis categóricas, em bovinos da raça Nelore / Analysis of reproductive traits, treated as categorical variables, in Nellore cattleKluska, Sabrina 15 February 2017 (has links)
CAPES / O presente trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos, em uma população de bovinos da raça Nelore, para as características probabilidade de parto até os 39 meses de idade (PC39), probabilidade de permanência no rebanho (stayability), considerando três partos até 5,2 (STAY5,2) e três partos até 6,2 anos (STAY6,2), e os quatro primeiros intervalos entre partos (IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4), tratando- as como variáveis categóricas, e para os perímetros escrotais à desmama (PED) e ao sobreano (PES), tratando-as como variáveis contínuas. Foram usados procedimentos bayesianos, em análises unicaracterística e bicaracterística, por meio dos programas THRGIBBS1F90 e GIBBS2F90. Os dados utilizados pertencem ao programa de melhoramento genético Geneplus - Embrapa. As herdabilidades para PC39, STAY5,2, STAY6,2 , PED e PES em análise unicaracterística foram 0,15, 0,20, 0,23, 0,28 e 0,36, respectivamente. Para o intervalo entre partos as estimativas de herdabilidade, obtidas em análise unicaracterística, para IEP1, IEP2, IEP3 e IEP4 foram 0,13 0,13, 0,12 e 0,17, respectivamente. Estes valores indicam que os ganhos por seleção direta em quaisquer um dos intervalos seriam pequenos.Na análise bicaracterística as herdabilidades para PC39 e PES foram 0,14 e 0,38,respectivamente. As estimativas obtidas foram de baixa magnitude, indicando que os ganhos por seleção direta em qualquer uma das características mensuradas nas fêmeas seriam baixos. Já o PED e PES apresentaram maiores valores de herdabilidades. A correlação entre PES e PC39 foi positiva e de baixa magnitude (0,25), sugerindo que a seleção para o aumento do PES de touros possivelmente levaria a pequenas mudanças na PC39. De modo geral as estimativas de herdabilidade para as características medidas nas fêmeas apresentaram baixos valores, enquanto que para as características medidas nos machos se apresentaram de moderada a baixa, de maneira semelhante à maioria dos estudos com estas características. Entretanto, o modelo de limiar foi capaz de detectar variância genética aditiva para as características em estudo, permitindo promover ganhos, embora pequenos, por seleção direta. / In the present study were obtained, in a population of Nellore cattle, estimates of genetic parameters for the characteristics probability of calving up to 39 months at age (PC39), stayability, considering three calving until 5.2 (STAY5,2) and trhee calving until 6.2 years old (STAY6,2), and the first four calving interval (CI1, CI2, CI3 and CI4), treated as categorical traits, and scrotal perimeter at weaning (EPD) and at 18 months of age (EPS), treated as continuos trait. Were used Baeysian procedures, in single and two trait analysis, by using THRGIBBS1F90 and GIBBS2F90 programs. Information from Nellore animals belonging to the Geneplus-Embrapa program was used. The heritabilities for PC39, STAY3,1, STAY3,2, EPD and EPS in single trait analysis were 0.14, 0.20, 0.23, 0.28 and 0.36, respectively. For the calving interval estimates heritabilities for CI1, CI2, CI3 and CI4 were 0.13, 0.13, 0.12 and 0.017, respectively. These values indicate that genetic gains by direct selection in any of the intervals would be very small. In the two trait analysis the heritabilities for PC39 and EPS were 0.15 and 0.38, respectively. The low values of estimates showed that small gains would be obtained by direct selection in any of traits measured in females. EPD and EPS had higher heritabilities. The correlation between EPS and PC39 was positive with low magnitude (0.25), suggesting that the selection for the increase of EPS of sires could possibly lead to small changes in the PC39. In general, estimates of heritability for traits measured in dams were low and for traits measured in males were moderate to low. This result is likely those reported in most studies with the same traits. However, the threshold model was able to detect additive genetic variance for the traits under study and can permit to promote gains, albeit small, by direct selection.
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