Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-10Bitstream added on 2014-08-13T18:00:16Z : No. of bitstreams: 1 000763180.pdf: 2709803 bytes, checksum: 580a9bf9e33f702f08b55a8fd416d2e9 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os cromossomos sexuais se originam independentemente de um par de homólogos autossômicos e em várias linhagens apresentam características comuns, representando um exemplo fascinante de convergência evolutiva. Algumas destas características incluem a acumulação de vários tipos de DNAs repetitivos, restrição de recombinação e perda ou ganho de genes que derivam na diferenciação morfológica e genética entre os cromossomos sexuais X e Y ou Z e W. Em Orthoptera, o sistema cromossômico sexual comumente encontrado na maioria das espécies estudadas é do tipo X0♂/XX♀; entretanto, na subfamília Melanoplinae sistemas cromossômicos sexuais derivados dos tipos neo-XY♂/XX♀ e neo-X1X2Y♂/X1X1X2X2♀ são frequentemente observados, tendo evoluído repetidamente por fusões Robertsonianas (Fusão Rb) entre autossomos e cromossomos sexuais ancestrais. Sendo assim, o objetivo do presente trabalho foi analizar os sitemas cromossômicos sexuais em Melanoplinae utilizando como modelo as espécies dos gêneros filogeneticamente relacionados Chlorus, Eurotettix e Dichromatos, e adicionalmente Ronderosia bergi. Assim, nós integramos citogenética clásica, FISH para distintos DNAs repetitivos, microdissecção de cromossomos sexuais e imunolocalização para diferentes modificações de histonas. Além disso, em R. bergi os cromossomos sexuais microdissectados foram usados como molde para a amplificação específica de famílias multigênicas com o objetivo de entender a variação destas sequências nos cromossomos sexuais. Com relação as espécies filogeneticamente relacionadas, nossos dados revelam não propagação de blocos heterocromáticos e da fração de DNA C0t-1, mas foi observada uma remarcável propagação de famílias multigênicas entre os neo-sistemas sexuias de Eurotettix e Dichromatos, pricipalmente para o DNAr 5S. Estes resultados também sugeriram uma origem comun e subsequente acumulação diferencial de DNAs... / Sex chromosomes have been evolved independently from a pair of homologous autosomes and several lineages share common characteristics, representing fascinating examples of evolutionary convergence. Some of those features include accumulation of various kinds of repetitive DNAs, recombination constraint, loss or gain of genes that derived in the genetic and morphological differentiation among the sex chromosomes X and Y or Z and W. In Orthoptera, sex chromosome systems commonly found in the most studies species is the type X0♂/XX♀; however, in the subfamily Melanoplinae, derived variants neo-XY or neo-X1X2Y evolved several times by repeated autosome-sex chromosome Robtersonian fusions (Rb-fusions). Thus, the aim of this study was to analyze sex chromosome systems in Melanoplinae using as model species of the phylogenetically related genera Chlorus, Eurotettix and Dichromatos, in addition Ronderosia bergi. For this proposes it was integrated classical cytogenetic analysis, cytogenetic mapping for distinct repetitive DNAs and microdisssected sex chromosomes and immunolocalization for distinct histone modifications. Moreover in R. bergi the microdissected chromosomes were used as source for specific amplification of multigene families in order to address the specific variation of these sequences in the sex chromosomes. Concerning to the phylogenetically related genera, our data indicate a non-spreading of heterochromatic blocks and pool of repetitive DNAs (C0t-1 DNA) in the sex chromosomes, but the spreading of multigene families among the neo-sex chromosomes of Eurotettix and Dichromatos was remarkable, particularly for 5S rDNA. These results also suggest a common origin and subsequent differential accumulation of repetitive DNAs in the sex chromosomes of Dichromatos and an independent origin of the sex chromosomes of the neo-XY and neo-X1X2Y systems intragenerically. In the species R. bergi, our data supports the argument that the... / FAPESP: 12/01421-7

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000791330.pdf: 838305 bytes, checksum: f521bf96d8512ac72dff3f5b59e3638f (MD5) / A identificação de genes que influenciam características de produção e composição do leite tem sido o foco de vários estudos nos últimos anos, como o caso do gene candidato DGAT1, reconhecidamente envolvido com o conteúdo de gordura no leite sendo de grande interesse para o melhoramento de rebanhos leiteiros. Outro gene importante, o A2M, apresenta associação aos processos celulares do sistema imune, como a contagem de células somáticas (CCS), diretamente ligada à qualidade do leite e saúde dos animais. Nesse contexto, objetivou-se verificar a existência de polimorfismos em regiões específicas dos dois genes descritos e possíveis associações na produção de leite e seus constituintes em bubalinos. Para tanto, um grupo de animais formado inicialmente por 200 búfalas foi avaliado. Amostras de folículos pilosos dos referidos animais foram utilizadas para extração de DNA. Mediante PCR, foram amplificados fragmentos que, posteriormente, foram analisados através do sequenciamento. Foram identificados SNPs, avaliadas as frequências alélicas e genotípicas, foi realizado o teste de desequilíbrio de ligação e também, análises de variância dos efeitos dos SNPs. Foram identificados ao todo seis SNPs, sendo que apenas três encontravam-se em região codificante, dois no éxon 17 do gene DGAT1 (SNP 162G/A e 164C/T) e um no éxon 29 do gene A2M (SNP 241A/G). O SNP 164C/T apresentou associação com as características porcentagem de gordura e porcentagem de proteína no leite em nível de 5% de significância, já o SNP 241A/G além de apresentar associação com as mesmas características, apresentou também com a característica produção de gordura. Diante desses resultados, supõe-se a relação dos SNPs encontrados e identificados nas regiões codificantes do DNA com características de composição e qualidade do leite, podendo, estes SNPs serem utilizados como marcadores ... / The search for genes that affect milk yield and composition traits has been the aim of many studies in recent years, as the case of candidate gene DGAT1, admittedly involved with the fat content in milk being of great interest to breeders of dairy herds. Another important gene, A2M, has association with cellular processes of the immune system, such as somatic cell count (SCC), directly linked to milk quality and animal health. The aim of the present study was to verify the existence of polymorphisms in this two genes and their effects in composition and milk yield traits in breed buffaloes (Bubalus bubalis). The sample was constituted by 200 buffaloes cows. Hair were used for the extraction of DNA. After PCR, the samples were analyzed by sequencing techniques. Were found six SNPs, but only three in the coding region, two in exon 17 of the DGAT1 gene (SNP 162G/A and 164C/T) and one in exon 29 of the gene A2M (SNP 241A/G ). The SNP 164C/T was associated with the characteristics fat percentage and protein percentage in milk at 5% significance, since the SNP 241A/G besides having association with the same characteristics, also presented with the characteristic fat production. Before addition, is supposed there may be some relation of this SNPs and characteristics of composition from milk like, production and percents of fat and protein in to the milk. Therefore, it can be completed these SNPs can be used as moleculars markers in MAS in buffaloes

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-01-26T13:31:01Z : No. of bitstreams: 1 000804178.pdf: 644126 bytes, checksum: a1234f94a219a1306e6f47f10b85fb9c (MD5) / Dentro da raça Quarto de Milha, diferentes objetivos de seleção formaram linhagens com distintas habilidades, entre elas a de corrida e a de trabalho. Com menor efetivo, porém com grande representatividade econômica, a linhagem de corrida se destaca por possuir animais com capacidade de alcançar grandes velocidades em curtas distâncias. A linhagem de trabalho destina-se às provas de caráter funcional, explorando habilidades como agilidade e obediência. Os principais objetivos deste trabalho foram estimar as frequências alélicas e genotípicas dos SNPs g.38973231A>G do gene PDK4 e g.22684390C>T do gene COX4I2 em equinos Quarto de Milha de diferentes linhagens (corrida e trabalho) bem como avaliar a ocorrência de associações destes polimorfismos com características de desempenho (IV – Índice de Velocidade) na linhagem de corrida; (2) verificar a ocorrência de diferença nas frequências alélicas dos SNPs g.66493737C>T do gene MSTN e g.22999655C>A do gene DMRT3 em equinos Quarto de Milha da linhagem de corrida contrastantes para IV e; (3) estimar parâmetros genéticos e ambientais para medidas corporais e IV da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha. Resultados do presente trabalho obtidos a partir de sequenciamento de DNA mostraram o MSTN com o alelo C próximo de fixado, com apenas um animal heterozigoto (CT). Na análise de 296 animais de corrida e 68 de trabalho, as diferenças de frequências alélicas e genotípicas se mostraram significativas para os genes PDK4 e COX4I2 entre as duas linhagens. O mesmo não foi observado quando estas frequências foram comparadas entre fenótipos extremos de corrida. Também não houve efeitos significativos no teste de associação entre os alelos dos dois polimorfismos e o IV. O SNP g.22999655C>A do gene DMRT3 foi genotipado em 60 animais. Foram observadas herdabilidades de 0,21 a 0,69 e 0,17 para medidas morfométricas e IV, respectivamente. Observou-se correlação ... / In the Quarter Horse, different selection objectives led to the formation of lines with different skills, including racing and cutting. Less effective, but with great economic representation, the racing line present great sprinting speed over short distances on straight tracks. The cutting line is intended to evidence of functional character, exploring skills such as agility and obedience. The main objectives of this study were to estimate the allele and genotype frequencies of the g.38973231A>G (PDK4) and g.22684390C>T (COX4I2) SNPs in Quarter Horses (racing and cutting lines), as well as, in the racing line, to assess the occurrence of associations of these polymorphisms with performance trait (SI - speed Index); (2) verify the occurrence of differences in allele frequencies of g.66493737C>T (MSTN) and g.22999655C> (DMRT3) SNPs in racing line of contrasting to IV, and (3) to estimate genetic and environmental parameters for body measurements and IV of the racing line. The results showed the MSTN gene with the C allele near fixed with just an animal heterozygote (CT). In the analysis of 296 racing animals and 68 cutting animals, the differences in allele and genotype frequencies were statistically significant for PDK4 and COX4I2 genes between the two lines. The same was not observed when these frequencies were compared between extreme phenotypes race. There was also no significant effects on test of association between the alleles of the two polymorphisms and IV. The g.22999655C>A (DMRT3) SNP was genotyped in 60 animals. Heritability from 0.21 to 0.69 for morphometric traits and 0.17 for IV were observed. There was moderate negative correlation between body and rump length and performance (-0.44 and -0.30, respectively) and low positive correlation between height at withers and performance (0.25) that alleles. These results suggest of PDK4 and COX4I2 genes associated with better performance in race of PSI, perhaps are related ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-12Bitstream added on 2015-03-03T12:06:39Z : No. of bitstreams: 1 000810103.pdf: 254757 bytes, checksum: 3e9716f53c787d573689cbd89abd14c6 (MD5) / O objetivo geral do trabalho foi estimar parâmetros genéticos para características de habilidade materna: relação de desmame (REL), peso total das crias ao nascer e ao desmame (PTCN e PTCD) e reprodutivas: intervalo entre partos (IEP), idade ao primeiro parto (IPP), número de cordeiros por parto (NCP) para uma população de ovinos Santa Inês do Nordeste do Brasil e propor estratégias para seleção de reprodutores e fêmeas na raça baseado nos parâmetros genéticos estimados para as características em estudo. Foram utilizados dados pertencentes à Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) da raça Santa Inês. Os registros foram coletados entre 2003 e 2011 e continham informações de 4792 matrizes e 11575 nascimentos de 45 propriedades. Com o auxílio do software R foram realizadas as análises de consistência dos dados e foram testados os efeitos de ambiente para verificar seus efeitos nas características avaliadas com o objetivo de fornecer subsídio à formação dos grupos de contemporâneos. A idade da matriz ao parto foi considerada como covariável e ambos os efeitos (grupos contemporâneos e a covariável) foram considerados como efeitos fixos nos modelos de avaliação genética. Os efeitos aleatórios considerados foram: os efeitos genéticos aditivo direto (a), genético materno (m) e de ambiente permanente do animal (p). As estimativas de (co)variância para as características foram obtidas por máxima verossimilhança restrita e para a estimação foi usado o software WOMBAT e o algoritmo escolhido foi o PXEM para as análises multicaracterísticas que foram realizadas sob o modelo animal. As herdabilidades genéticas aditivas estimadas para as características reprodutivas e de habilidade materna foram de baixa magnitude IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), PTCN(0,10), com exceção de IPP (0,24) e PTCD (0,30), que apresentaram herdabilidade de magnitude ... / The objectives of this study are to estimate genetic parameters for traits of maternal ability: weaning rate (REL), total weight of the offspring at birth and at weaning (PTCN and PTCD, respectively); and reproductive traits: calving interval (IEP), age at first calving (IPP), number of lambs per birth (NCP) for a population of Santa Inês sheep in Northeastern Brazil; and propose strategies for breed selection of sires and dams. The dataset of Santa Inês breed was obtained from Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO). Data were collected between 2003 and 2011 and contained information of 4792 dams and 11575 births of 45 properties. The software R was used for data consistency and for testing the effects of environment on the characteristics just described to establish criteria to form contemporary groups. The dam age at birth was included as covariate, and both effects (contemporary group and covariate) were considered as fixed effects in the models for genetic evaluation. Moreover, the model included random effects, such as: direct- genetic additive (a), direct-maternal genetic (m), and common environment (p). Estimates of (co) variance for the traits were obtained by restricted maximum likelihood by using WOMBAT software, and the chosen algorithm was the PXEM for multi-trait animal model. The estimated genetic-additive heritability presented low magnitude for characteristics, such as: IEP (0,02), NCP (0,10), REL(0,18), and PTCN(0,10), with the exception of IPP (0,24) and PTCD (0,30) that showed heritability of moderate magnitude. The heritability for the maternal effect was low for all characteristics evaluated: PTCN (0,08), PTCD(0,5), REL (0,05) e NCP (0,14). High favorable genetic correlations were observed for PTCD and PTCN (0,96), and PTCD and NCP (0,69), whereas high unfavorable genetic correlations were observed between NCP and IPP (0,96). After evaluating ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-11Bitstream added on 2015-03-03T12:06:22Z : No. of bitstreams: 1 000809887.pdf: 833857 bytes, checksum: e5ecc42819afd4363c54ed57463b1629 (MD5) / O gossipol é uma substância tóxica presente na semente de algodão (Gossypium sp). Para a análise dos mecanismos envolvidos na infertilidade causada em ratos pelo gossipol foram avaliados os seus efeitos sobre o sistema antioxidante e a bioenergética mitocondrial de testículos, além da atividade protetora da vitamina E. Testes de fertilidade foram realizados, analisando a produção de espermatozoides epididimais e o número e peso de filhotes após cruzamentos. No homogenato de testículos foram avaliadas a atividade das enzimas glutationa peroxidase (GPx) e glutationa redutase (GR), concentração de glutationa reduzida (GSH) e oxidada (GSSG), estado oxidativo dos nucleotídeos de piridina (NAD(P)H) e grupos tióis de proteínas, além da peroxidação dos lipídios de membrana. Nas mitocôndrias isoladas dos testículos foram realizadas as análises de respiração mitocondrial, potencial de membrana e síntese de ATP. O tratamento com gossipol diminuiu significativamente o número de espermatozoides e o número de fetos e a vitamina E apresentou efeito protetor sobre estes parâmetros. O gossipol provocou um aumento significativo na atividade das enzimas GPx e GR, porém a vitamina E não reduziu a atividade enzimática. A concentração de GSH e o estado oxidativo do NAD(P)H no homogenato de testículo foram significativamente reduzidos pelo gossipol e essa redução foi acompanhada pelo aumento da concentração de GSSG. A vitamina E apresentou efeito protetor sobre as alterações destas substâncias. Não foi observado efeito do gossipol sobre os grupos tióis de proteína. O gossipol aumentou significativamente a concentração de malondialdeído, indicador de lipoperoxidação, enquanto que o tratamento com a vitamina E inibiu a ação do gossipol. O gossipol atuou como desacoplador da cadeia respiratória e a fosforilação oxidativa, dissipou o potencial de membrana e diminuiu os níveis ... / Gossypol is a toxic substance present in cottonseed (Gossypium sp.) To analyze the mechanisms involved in infertility caused by gossypol in rats were evaluated its effects on the antioxidant system and mitochondrial bioenergetics of testicles, beyond the protective activity of vitamin E. Fertility tests were performed, analyzing the production of epididymal sperm and number and weight of the offspring after breeding. In the testis homogenate were evaluated the activity of the enzymes glutathione peroxidase (GPx) and glutathione reductase (GR), the concentration of reduced (GSH) and oxidized (GSSG) glutathione, oxidative state of pyridine nucleotides (NAD(P)H) and thiol groups of proteins, and membrane lipid peroxidation. In mitochondria isolated from testes analyzes of mitochondrial respiration, membrane potential and ATP synthesis were performed. Treatment with gossypol significantly decreased sperm count and the number of offspring and vitamin E showed a protective effect on these parameters. Gossypol caused a significant increase in the activity of GPx and GR enzymes, but vitamin E did not reduced the enzyme activity. The concentration of GSH and oxidative state of NAD(P)H in the testis homogenate were significantly reduced by gossypol and this reduction was accompanied by an increase in the concentration of GSSG. Vitamin E showed a protective effect on the changes of these substances. No effect of gossypol was observed on the thiol groups of protein. Gossypol significantly increased the malondialdehyde, an indicator of lipid peroxidation, whereas treatment with vitamin E inhibited the action of the gossypol. Gossypol uncoupled the respiratory chain and oxidative phosphorylation, dissipated the membrane potential and decreased the mitochondrial ATP levels. The results suggest that infertility caused by gossypol in rats may be related to oxidative stress and mitochondrial bioenergetics damage and ...

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Iara Del Pilar Solar Diaz / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Guilherme Costa Venturini / Banca: Wilson Malago Junior / Resumo: Características reprodutivas, como a idade à puberdade, são economicamente relevantes para sistemas de produção de carne. A ocorrência de prenhez precoce aos 16 meses (OPP) é considerada um indicador da idade à puberdade e pode ser utilizada como critério de seleção. A busca por mutações potencialmente causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição genômica se forem inseridas em painéis de marcadores genéticos. O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos potencialmente causais em genes candidatos associados a características reprodutivas em novilhas, por meio de dois ensaios. No primeiro, foram sequenciadas regiões dos genes PPP3CA e FABP4 em 380 amostras de DNA provenientes de novilhas Nelore, por meio de equipamento MiSeq® (Illumina, Inc). Nestas sequências foram detectadas duas mutações na região do gene PPP3CA e 13 no gene FABP4. Dentre elas, 14 eram SNP e uma era deleção, sendo esta última homozigota em todas as amostras sequenciadas, o que nos leva a acreditar que possa ser uma mutação fixada na raça Nelore. Um haplótipo constituído por quatro SNP no gene FABP4 não teve efeito significativo ao nível de p<0,05 sobre a característica OPP. Todos os SNP que passaram pelo controle de qualidade também foram analisados, porém nenhum teve efeito significativo sobre a característica OPP (p>0,05). No segundo ensaio, foram analisadas sequências de amostras de RNA de novilhas Brangus com o objetivo de identificar polimorfismos nas regiões de 62... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fertility traits such as age at puberty are economically important for meat production system. Occurrence of early pregnancy (OPP) is considered a good indicator of age at puberty and can be used as selection criteria. The search for causal mutations in candidate genes can helpful to improve the accuracy of genomic prediction if used to design low-density chips. The objective of this study was to identify polymorphism in candidate genes associated with puberty in heifers. DNA sequences were obtained from 380 Nellore heifers from exons sequencing of PPP3CA and FABP4 genes through MiSeq® equipment (Illumina, Inc.). From these sequences were found two SNP in the region of PPP3CA gene and 13 variations in the gene FABP4. Among these 15 variations 12 were SNP and one was a deletion, and this deletion was detected in all samples sequenced, which leads us to conclude that this may be a variation between Nellore and Hereford. One haplotype consisting of four SNP located in the FABP4 and nine SNP, that were analyzed separately, had not a significant effect at the p <0.05 on OPP characteristic. Also were analyzed RNA sequences from Brangus heifers in 62 candidate genes associated with puberty with the aim to discovery SNP in these regions. Were detected 1157 SNP in the region of 46 gene. These SNP were compared with SNP detected from RNA sequences from four breeds, Angus, Brahma, Nellore and Holstein. One hundred and seventy-two SNP were matched in all breeds. From Brangus RNA sequence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Coorientador: Lenira El Faro / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Jane de Oliveira Peixoto / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Em linhagens de frangos de corte, pesquisas têm sido realizadas para identificar marcadores moleculares responsáveis pela variação fenotípica de características de interesse econômico para auxiliar os procedimentos de seleção. Neste trabalho, o objetivo foi estudar a associação do gene ALFA ACTINA1 com 68 características de desempenho, carcaça e órgãos e estimar parâmetros genéticos para peso corporal aos 42 dias de idade (PV42), órgãos e partes da carcaça para fornecer subsídios ao programa de melhoramento genético de uma linhagem paterna de frangos de corte, selecionada principalmente para PV42. Os dados utilizados foram provenientes da Embrapa Suínos e Aves, Concórdia, SC. As análises de associação genética entre as características estudadas e a ALFA ACTINA1 foram conduzidas pelo método de máxima verossimilhança, considerando quatro modelos de análise. A análise de validação foi realizada por meio de um modelo misto que incluiu o efeito aleatório de animal (poligenes), os efeitos fixos de sexo (2 níveis), incubação (5 níveis) e do SNP (3 níveis), além do erro aleatório. A estimação de parâmetros genéticos foi realizada pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal multicaracterística para PV42 com características que foram significativamente (p<0,05) associadas com o marcador molecular e com um segundo conjunto de dados que incluiu pesos de carcaça resfriada, de fígado, de coração, de moela e os pesos da asa, das carnes da coxa, da sobrecoxa e do peito, peso do dorso e do filé do peito. O modelo geral utilizado para estimar os parâmetros genéticos incluiu o efeito fixo de grupo incubação-sexo e efeitos aleatórios aditivo e residual. Efeitos aditivos verificados pela substituição alélica do gene ALFA ACTINA1 estão associados com rendimentos da carne do peito (RCPT), do... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In broilers strains, research has been conducted to identify molecular markers responsible for phenotypic variation in traits of economic interest to help the selection procedures. In this work, the aim was to study the association of ALPHA ACTIN1 gene with 68 traits of performance, carcass and organs and to estimate genetic parameters for body weight at 42 days of age (BW42), organs and parts of the carcass to provide tools for the poultry breeding program of a paternal broiler strain and it has been selected mainly for BW42. The data used were from Embrapa Swine and Poultry, Concordia, SC. The analysis of genetic association between traits studied and ALPHA ACTIN1 were conducted by the method of maximum likelihood, considering four models of analysis. The validation analysis was performed using a mixed model that includes the random effect of animal (polygenes), fixed effects of sex (2 levels), incubation (5 levels) and SNP (3 levels) in addition to random errors. The estimation of genetic parameters was obtained by the method of restricted maximum likelihood under animal model multitrait for BW42 with traits significant affected (p<0.05) by the genetic marker and with a second dataset that included cold carcass weight (CW), live (LW), heart (HW), gizzard (GW) and wing (WW), thigh meat (TMW), drumstick (DW) and meat breast muscle (BMW), back (BW) and breast fillet (BFW) weights. The general model used for genetic parameters estimation included the fixed effect of group sex-incubation and effects random additive and residual. Additive effects verified by allelic replacement of ALPHA ACTIN1 gene associated with breast meat yield (BMY), liver yield (LY) and weights at 35 days of age (BW35), skin of drumstick (SDW), DW and BMW. Heritability estimates for these traits beyond BW42 ranged from 0.24 ± 0.06 (LY) to 0.45 ± 0.08... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-21Bitstream added on 2014-06-13T19:18:47Z : No. of bitstreams: 1 ramirez_jfm_me_rcla.pdf: 458482 bytes, checksum: 1820e46ce1c16cfd82a24544cbbd844f (MD5) / A implementação de corredores tem sido sugerida para atenuar os efeitos negativos da fragmentação de habitat, por restaurar ou manter a conectividade entre as populações. No entanto, o papel dos corredores para grandes mamíferos raramente tem sido avaliada objetivamente. Nesta pesquisa usei uma amostragem não-invasiva (análises genéticas de fezes), análise de microssatélites e o método Bayesiano para avaliar a eficácia da Serra do Mar como corredor para grandes mamíferos na Mata Atlântica. As localidades amostradas dentro da Serra do Mar foram o Parque Estadual Intervales e o Núcleo Caraguatatuba, as quais estão separadas por aproximadamente 300 km de distância em linha reta. A anta (Tapirus terrestris, Linnaeus 1758) é um dos maiores membros sobreviventes da megafauna neotropical, tendo sua distribuição em regiões de terras baixas do norte e do centro da América do Sul nos países da Argentina, Bolívia, Brasil, Colômbia, Equador, Guiana Francesa, Guiana, Paraguai, Peru, Suriname e Venezuela. É considerada o maior mamífero terrestre nativo do Brasil, sendo bastante caçada como fonte de proteína. Esta espécie é um ótimo modelo para testar a efetividade da Serra do Mar como corredor para grandes mamíferos porque está presente em todo esse contínuo, pode ter grandes deslocamentos e tem a capacidade de atravessar a matriz em paisagens fragmentadas. No Parque Estadual Intervales foram coletadas 55 amostras fecais em um gradiente altitudinal entre 302 até 976 metros, em um esforço percorrido de 258,9 km. No Núcleo Caraguatatuba foram coletadas 76 amostras fecais em um gradiente altitudinal entre 530 até 865 metros, em um esforço percorrido de 351,6 km. Para o Parque Estadual Intervales e Núcleo Caraguatatuba foram identificados 16 e 23 indivíduos, com sucesso de amplificação... / The implementation of corridors has been suggested as a means of mitigating the negative effects of fragmentation by restoring or maintaining connectivity between populations. However, the role of corridors in facilitating the movement of large mammals has rarely been evaluated objectively. In this study, we used non-invasive techniques (genetic analysis of feces), microsatellite analysis and the Bayesian method to evaluate the effectiveness of the Serra do Mar as a corridor for large mammals in the Atlantic Forest. Two locations were sampled in the Serra do Mar - Intervales State Park and the Caraguatatuba Nucleus - and were separated by a distance of 300 km. The lowland tapir (Tapirus terrestris, Linnaeus 1758) is one of the largest surviving members of neotropical megafauna. The tapir is found in northern and central lowland regions of South America, encompassing Argentina, Bolivia, Brazil, Colombia, Ecuador, French Guiana, Guyana, Paraguay, Peru, Suriname and Venezuela. This species, the largest mammal native of Brazil, is an ideal model to test the effectiveness of the Serra do Mar as a corridor for large mammals because it has a large displacements, has the ability to cross the matrix in fragmented landscapes and is hunted for its meat. At Intervales State Park, 55 fecal samples were collected along an altitudinal gradient of 302 to 976 meters, while 76 fecal samples were collected along an altitudinal gradient of 530 to 865 meters at the Caraguatatuba Core (Serra do Mar State Park). The sampling effort consisted of 258.9 km and 351.6 km traversed at Intervales State Park and Caraguatatuba, respectively. Similarly, 16 and 23 individuals were identified with an amplification success of 31% and 33%, respectively. We estimated the population density at Intervales State Park between 0,20-0,57 individuals per km2. For... (Complete abstract click electronic access below)

A constante perda da diversidade biológica frente às pressões antrópicas tem concentrado atenções sobre a necessidade de se conhecer a diversidade genética das espécies que ainda restam como um primeiro passo para o desenvolvimento de estratégias de manejo. Técnicas de genética molecular fornecem uma estimativa do número de formas distintas numa área, bem como medidas de quão diferentes elas são. Dentre estas técnicas, o sequenciamento de DNA mitocondrial e nuclear, aliado à análise de seqüências microssatélite, geram informações potencialmente capazes de evidenciar a variação contida entre indivíduos, sendo uma ferramenta excelente para ser utilizada em análise filogenética, diferenciação interespecífica e intraespecífica. Neste trabalho utilizamos 1670pb de uma região do DNA mitocondrial incluindo o citocromo b e uma parte da região controle e 630pb do gene nuclear c-mos Para analisar a relação filogenética entre as espécies de crocodilianos brasileiros. Marcadores produzidos por PCR-RFLP baseados em seqüência do gene citocromo b no DNA mitocondrial foram desenvolvidos para a identificação molecular das seis espécies brasileiras de crocodilianos. Esta técnica além de importante na identificação das espécies poderá ser utilizada como metodologia oficial de controle da comercialização e exportação de carne e couro de jacaré. O Caiman latirostris apresenta a mais extensa distribuição geográfica entre todos os crocodilianos. No presente trabalho utilizamos marcadores microssatélites para testar a hipótese da variação genética ser relacionada com distância geográfica, em pequena e grande escala, e se a variabilidade genética das espécies esta correlacionada com diferentes sub-biomas no litoral e interior. Não foi possível a transferência de marcadores microssatélites para a espécie Paleosuchus trigonatus, sendo assim novos marcadores genéticos foram caracterizados para espécie pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. / Constant loss of biological diversity due to antropic pressure has concentrated attention upon the need to know the genetic diversity of remaining species as the first step in developing management strategies. Molecular techniques provide an estimate of the number of distinct forms, as well as measurements of the extent of their differences. Among these techniques, mitochondrial and nuclear DNA sequencing along with microsatellite sequences provide information that is potentially capable of detecting any variation between individuals, which makes it an excellent tool for phylogenetic analyses, as well as inter and intraspecific differentiation. In the present work, we used a 1670bp region of mitochondrial DNA including cytochrome b and a 630bp portion of the nuclear gene c-mos to analyze the phylogenetic relationship among Brazilian crocodilian species. PCR-RFLP markers based on cytochrome b mitochondrial DNA were developed for the molecular identification of six Brazilian crocodilian species. This technique is not only important for the identification of species, but it is also useful as an official methodology for controlling commercialization and exportation of crocodilian meat and leather. Broad-snouted caimans (Caiman latirostris) geographic distribution comprises one of the widest latitudinal ranges among all crocodilians. In the present study, we used microsatellite markers to test the hypothesis that genetic variation is related to geographic distance, on a small and large scale, and if the genetic variability of a species is correlated to coastal and inland subbiomes. It was not possible to transfer microsatellite markers to Paleosuchus trigonatus, so new genetic markers were characterized for the species by constructing a microsatellite enriched DNA library.

It was suggested that marker and phenotypic information be combined in order to obtain more accurate or earlier genetic evaluations. An improvement in accuracy or time of evaluation due to utilization of marker assisted selection (MAS) increases genetic progress. Fernando and Grossman (1989) suggested including marker information directly into the Animal Model, Best Linear Unbiased Prediction system, but several problems need to be solved before their approach becomes feasible. Other selection indices were suggested but either do not use all the available information or are suitable only for evaluation of the offspring of the sire from which the marker information was established. A selection index combining marker and Animal Model information was developed to allow comparisons involving offspring, grandoffspring and great-grandoffspring of a sire. Marker information was assumed to be a least square estimate of the difference between the average effects of the two quantitative trait loci (QTL) alleles present in a sire (D_p) and the standard error of this estimate (SE(D_p)). Estimates may have been obtained from a daughter or granddaughter design. Comparisons among grandoffspring and great-grandoffspring also require an estimate of the recombination rate (r) between the marker and the QTL. The Animal Model information consists of predicted transmitting ability (PTA) and reliability of PTA. PTA was assumed not to include any marker information. The expected percentage of the gain in accuracy (PGA) due to the inclusion of marker information in the selection indices is affected by the degree of polymorphism at the marker locus. The polymorphism information content (PIC) of a marker locus was computed for the second and third generations and for mates genotyped or not. PGA increased with larger Dos lower SE(D_p), lower r, a smaller number of own and progeny records, and larger PIC. PGA and PIC reduce over generations. Marker information in dairy cattle is likely to be used in generations beyond offspring. Then, only the use of highly polymorphic markers with a large and accurately estimated effect may be economically justified. / Master of Science