Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade Gama, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Biomédica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-12-09T12:43:11Z No. of bitstreams: 1 2016_LuanFelipeRodriguesCosta.pdf: 19762374 bytes, checksum: 1f1adc47298f5a3bb098d4871cfb409d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-09T19:18:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_LuanFelipeRodriguesCosta.pdf: 19762374 bytes, checksum: 1f1adc47298f5a3bb098d4871cfb409d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-09T19:18:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_LuanFelipeRodriguesCosta.pdf: 19762374 bytes, checksum: 1f1adc47298f5a3bb098d4871cfb409d (MD5) / O antibiograma é uma metodologia utilizada para medir a sensibilidade de microrganismos a antimicrobianos. O antibiograma mais barato e utilizado no Brasil e no mundo é o por discodifusão. Possui diversas vantagens como: simplicidade, habilidade de testar grande números de organismos e flexibilidade de escolha do antimicrobiano a ser testado. Entretanto, seus resultados são normalmente medidos manualmente, tornando-o tedioso, com alto tempo de consumo, fadado a erros de transcrição e dependente da experiência do especialista. O trabalho em questão apresenta o algoritmo AIA capaz de identificar os halos de inibição e rótulos alfanuméricos por processamento de imagens. Este algoritmo foi testado em imagens ambientais, coletadas por um scanner comercial, e em imagenas clínicas, coletadas por um protótipo desenvolvido localmente e transmitidas para um servidor em nuvem. Os resultados ambientais apresentaram concordância entre as medições manual e automática (AIA) de 88% das 756 leituras realizadas, discordâncias menor, maior e muito maior corresponderam a 6%, 2% e 5%, respectivamente. Diferença de leituras de diâmetro acima de 3 mm entre a manual e a automática foi equivalente a 11% dos casos. O nível de correlação, índice Kappa e Fmeasure entre tais medições foi de 0,85, 0,773 e 0,91 para todas as amostras, 0,90, 0,834 e 0,90 para amostras classificadas como Clássicas, 0,80, 0,695 e 0,93 para as classificadas como Desafiadoras. Já para as imagens clínicas, a concordância entre as medições manuais e o AIA foi de 93% das 345 leituras realizadas, discordâncias menor, maior e muito maior corresponderam a 3,5%, 2,6% e 0,9%, respectivamente. A diferença de leituras de diâmetros acima de 3 mm entre manual e automática correspondeu a 22% dos casos. O nível de correlação foi igual a 0,87, Kappa igual a 0,823 e F-measure igual a 0,96. A regressão de Passing and Bablok foi utilizada para verificar a equivalência entre medições manuais e automáticas. Os resultados ambientais e clínicos passaram no teste de similaridade, entretanto os resultados ambientais não passaram no teste de linearidade. Os resultados clínicos também passaram nos critérios acadêmico e comercial de acordo com os níveis de concordância de susceptibilidade. Dessa forma, o trabalho em questão valida o protótipo construído e compara seus resultados com outras publicações, indicando sua utilização comercial e acadêmica. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Anbiogram is a susceptibility test used to evaluate the sensitivity of microorganisms to antibiotics. The cheaper and more used antibiogram is the disk diffusion method. Its advantages are simplicity, the ability to test large organisms numbers and the flexibility in choosing different antimicrobial agents. However, the results are usually measured manually, making it tedious, time-consuming, bound to transcription errors and dependent on the experience of the expert. This work presents AIA algorithm that identifies antimicrobial disks labels and inhibition zones diameters by image processing. This algorithm has been tested in environmental images, collected from a commercial scanner, and in clinical images collected by a prototype developed locally and transmitted to a cloud server. Environmental results showed agreement between the manual and automatic measurements (AIA) of 88% of 756 readings, minor, major and very major disagreement was 6%, 2% and 5%, respectively. Difference in diameter above 4 mm between manual and automatic readings was equivalent to 11% of cases. Correlation, Kappa coefficient and F-measure between measurements was 0.85, 0.773 and 0.91 for all samples, 0.90, 0.834 and 0,90 for samples classified as standards, 0.80, 0.695 and 0.93 for the classified as oddities. On the other hand, to the clinical images, the correlation between the manual measurements and AIA was 93% of 345 readings taken, minor, major and very major disagreement was 3.5%, 2.6% e 0.9%, respectively. The difference between manual and automatic diameters above 4 mm corresponded to 22% of cases. Correlation coefficient was equal to 0.87, Kappa equal to 0.823 and F-measure equal to 0.96. Passing and Bablok regression was used to verify the equivalence between manual and automatic measurements. Environmental and clinical results succeeded in the similarity test, however the environmental results did not succeeded in the linearity test. Clinical results also passed in academic and commercial criteria according to the susceptibility agreement. Thus, this work validates the prototype built and compare their results with other publications, indicating its commercial and academic use.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade UnB Gama, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Biomédica, 2015. / O antibiograma por disco-difusão é um procedimento laboratorial utilizado para determinar a suscetibilidade de micro-organismos em relação a um antibiótico. Neste exame, os antibióticos são impregnados em discos que são rotulados com caracteres alfanuméricos. A identificação automática destes rótulos é de crucial importância na automação deste antibiograma, visto que descrevem o antimicrobiano e sua respectiva concentração. Sendo assim, este trabalho apresenta uma técnica de descritores baseada em Momentos Invariantes com objetivo de reconhecer os padrões alfanuméricos presentes nos exames de antibiogramas por disco-difusão e sua aplicação no método Automático de Identificação do Antibiograma (AIA), que é parte integrante do projeto AUTOBAC. No experimento, foram utilizadas as técnicas de Momentos Invariantes em comparação ao uso do Scale-invariant Feature Transform (SIFT), técnica comercial utilizada pelo AIA. Para os Momentos Invariantes, a solução proposta apresentou 90,9% de identificações corretas e o SIFT apresentou 94,9% de identificações corretas, ou seja, a solução proposta apresentou um resultado apenas 4% menor do que a solução comercial proposta inicialmente pelo AIA, indicando a aplicabilidade da solução. / The antibiogram by disk diffusion is a laboratory procedure used to determine the relative susceptibility of microorganisms to an antibiotic. In this exam, antibiotics are impregnated discs labeled with alphanumeric characters. The automatic identification of these labels is crucial to antibiogram automation, as describing the antimicrobial and its respective concentration. Thus, this work presents a descriptors technique based on Invariant Moments in order to recognize the alphanumeric patterns present in antibiotic susceptibility tests by disk diffusion and its application in Automatic Identification Antibiogram (AIA) method, which is part of the AUTOBAC project. In the experiments, was achieved a comparison of the Invariant Moments techniques and the Scale-invariant Feature Transform (SIFT), a commercial technique used by the AIA. For the Invariant Moments, the proposed solution showed 90.9% of correct identifications and the SIFT with 94.9% of correct identifications, i.e., the proposed solution shows a result about only 4% lower than the commercial solution originally proposed by AIA, indicating the applicability of the solution.

Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2017-12-04T19:36:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) COLACAO DE GRAU - VERONICA 23.01.17.pdf: 1975816 bytes, checksum: 1debf40e1e8f3e90bd041fe2b5065263 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-04T19:36:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) COLACAO DE GRAU - VERONICA 23.01.17.pdf: 1975816 bytes, checksum: 1debf40e1e8f3e90bd041fe2b5065263 (MD5) Previous issue date: 2015-01-06 / CAPES / Introdução: Infecções intraoculares (endoftalmites) embora raras, quando ocorrem podem causar sérias complicações visuais, podendo culminar com a perda da visão. Com o propósito de minimizar este tipo de infecção, cirurgiões de todo o mundo têm se preocupado cada vez mais com qual método de assepsia e antissepsia seria o melhor a ser utilizado no pré-operatório das cirurgias oftalmológicas. Objetivo: Analisar dois métodos de redução da microbiota conjuntival em indivíduos submetidos à facectomia. Métodos: Ensaio clínico, com amostra de conveniência de 57 pacientes, com diagnóstico de catarata senil (57 olhos), submetidos à facoemulsificação com implante de lente intraocular em Recife entre 2011 a 2013. Os pacientes foram alocados em dois grupos: ATB (27 olhos) no qual foi instilado colírio antibiótico (Gatifloxacino a 0,3%) e ASS (30 olhos) no qual foi instilado colírio antisséptico (Iodopovidona a 5%); ambas as medicações foram utilizadas três vezes (uma gota a cada 20 minutos, uma hora previamente à cirurgia). Os grupos foram avaliados a partir de duas coletas de material conjuntival: a primeira antes de instilar algum colírio e a segunda imediatamente após a cirurgia. Foi realizada bacterioscopia, cultura e antibiograma. Resultados: Tanto a iodopovidona a 5% como o gatifloxacino a 0,3%, usados como profiláticos para a endoftalmite reduzem a microbiota conjuntival. Comparando-se a redução nas unidades formadoras de colônias patogênicas patogênicas encontradas nas lâminas no pré e no pós-operatório, não se verificou diferença estatística significativa entre os dois grupos. Em relação ao material presente no tubo de BHI, no pré-operatório observou-se que em 12 (21,1%) tubos o resultado foi negativo e que em 45 (78,9%) houve positividade. Já nos tubos do pósoperatório 27 (47,4%) apresentaram-se negativos e 30 (52,6%) apresentaram-se positivos. Conclusão: Esta pesquisa não demonstrou diferença estatisticamente significativa entre esses dois métodos de redução da microbiota conjuntival em indivíduos que foram submetidos à facoemulsificação. Houve diferença estatisticamente significante em relação à redução da positividade das culturas no grupo que fez uso do antisséptico. / Background: Intraocular infection (endophthalmitis) although rare, when it occurs can cause serious visual complications, and may lead to vision loss. In order to minimize this type of infection, surgeons worldwide have been increasingly concerned with what aseptic and antiseptic method would be the best to be used preoperatively in ophthalmologic surgery. Objective: To analyze two methods of reduction of the ocular conjunctival flora in patients undergoing cataract surgery. Methods: Clinical trial, with a convenience sample of 57 patients diagnosed with senile cataract (57 eyes) who underwent phacoemulsification surgery with intraocular lens implantation. The study was run in Recife from 2011 to 2013. Patients were divided into two groups: (ATB) ( 27 eyes) in which was instilled antibiotic eye drops (Gatifloxacin 0,3%) and ASS (30 eyes) in which was instilled antiseptic eye drops (Povidone-iodine 5%); Both medications were used three times (one drop every 20 minutes, one hour before surgery) . The groups were evaluated from two collections of conjunctival material: the first evaluation before instilling eye drops and the second one immediately after surgery. Gram stain, culture and sensitivity tests were performed. Results: Both gatifloxacin 0.3% and povidone-iodine 5% eye drops when used as prophylactics for endophthalmitis can reduce conjunctival microflora. Comparing the reduction in pathogenic bacterial colonies, found in the slides in the pre and postoperative period, there was no significant statistical difference between the two groups . Regarding the material present in BHI tube preoperatively, there was observed that in 12 (21.1%) the result was negative and in 45 (78.9%) it was positive. Considering the postoperative tubes, in 27 (47.4%) of them the result was negative and in 30 (52.6%) it was positive. Conclusion: This study showed no statistically significant difference between these two methods of reducing conjunctival microbiota in individuals undergoing cataract surgery. There was a statistically significant difference in reducing the number of positive cultures in the group that used the antiseptic eyedrops.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA086.pdf: 508247 bytes, checksum: 068115e565f2fefa22610ca6fc918645 (MD5) Previous issue date: 2011-11-09 / Artificial insemination is a established and applied biotech of reproduction to the current swine production, which main objective is to maximize the use of ejaculated, maintaining and improving reproductive efficiency. However, when there is a bacterial contamination in the semen, may be seriously impaired for sperm viability. Inseminated doses with bacterial contamination have reduced motility and pH, increase of agglutination, abnormalities of the acrosome and dead cells. The objective of this study was to investigate the bacterial contamination in semen collected in boar studs and relate it to quantitative and qualitative semen qualities, and test the sensitivities of the isolated agent using different antibiotics. Boar semen was collected from three artificial insemination centers in different regions of the state of Santa Catarina. These samples were analyzed at the Centro de Diagnóstico Microbiológico Animal CAV-UDESC, where it was performed the isolation, identification, bacterial count besides the antibiograns. The same samples were also evaluated for motility, vigor, concentration and agglutination. For this evaluation it was used data provided by the company. Smears were prepared from semen samples and stained with eosin-negrosina for the evaluation of sperm morphology. The data were subjected to analysis of variance using the GLM procedure of SAS statistical package. There was isolated 17 different bacterial genera, among which the most frequent were Staphylococcus sp. (26.43%), Proteus sp. (20.53%), Escherichia coli (9.47%), Pseudomonas sp. (11.05%), but there was not a significant correlation (P> 0.05) when comparing the number of colony forming unit / mL of semen with motility, concentration and morphological changes. It was found an isolated effect of the genus Staphylococcus sp. (P <0.05) causing a decrease in sperm motility of the samples where it was isolated. Most bacterial pathogens showed resistant to commercial antibiotics tested which refers to those used in the preparation of the inseminated doses from the boar studs / A Inseminação Artificial é uma biotécnica da reprodução bem estabelecida e aplicada na suinocultura atual, cujo objetivo principal é a maximização do uso dos ejaculados, mantendo e melhorando a eficiência reprodutiva. Entretanto, quando há contaminação bacteriana no sêmen, pode haver sério comprometimento para a viabilidade espermática. Doses inseminantes com contaminação bacteriana apresentam diminuição da motilidade e do pH, aumento da aglutinação, de anormalidades do acrossoma e de células mortas. O objetivo deste trabalho foi pesquisar a contaminação bacteriana em sêmens coletados em centrais de inseminação artificial e relacionar com suas qualidades quantitativas e qualitativas, além de testar a sensibilidades dos agentes isolados frente a diferentes antibióticos. Foi coletado sêmen suíno de três centrais de inseminação artificial em diferentes regiões do estado de Santa Catarina. Essas amostras foram submetidas à análise microbiológica no Centro de Diagnóstico Microbiológica Animal CAV-UDESC, onde foi realizado o isolamento, identificação, contagem bacteriana além dos antibiogramas. Estas mesmas amostras foram também avaliadas quanto à motilidade, vigor, aglutinações e concentração. Para esta avaliação foram utilizados dados fornecidos pela empresa. Foram realizados esfregaços das amostras de sêmen e corados com eosina-negrosina para a avaliação da morfologia espermática. Os dados foram submetidos à análise de variância utilizando-se o procedimento GLM do pacote estatístico SAS. Houve isolamento de 17 diferentes gêneros bacterianos, entre os quais os mais freqüentes foram Staphylococcus sp. (26,43%) Proteus sp. (20,53%), Escherichia coli (9,47%), Pseudomonas sp. (11,05%), porém não houve uma correlação significativa (P>0,05) quando comparados o número de unidade formadora de colônia /mL do sêmen com motilidade, concentração e alterações morfológicas. Foi encontrado um efeito isolado do gênero Staphylococcus sp. P(<0,05) provocando uma diminuição na motilidade dos espermatozóides das amostras onde o mesmo foi isolado. A maioria dos agentes bacterianos mostrou-se resistentes aos antibióticos comercias testados que foram aqueles mais utilizados para diluição de sêmen nas centrais de inseminação artificial

A Escherichia coli (E. coli) tem sido amplamente estudada, sendo um agente disseminado no ambiente, considerado um microrganismo causador de enfermidades tanto em homens quantos nos animais, representando uma grande ameaça para saúde publica, principalmente ao elevado índice de resistência a antibióticos. O presente estudo teve por objetivo avaliar o perfil de susceptibilidade antimicrobiana de estipes de E. coli isoladas de vísceras e do trato aéreo superior de aves condenadas sob inspeção no estado do Tocantins. As aves foram oriundas dos estados de Goiás (GO), São Paulo (SP), Tocantins (TO) e Distrito Federal (DF). Os resultados mostraram que entre os antibióticos testados, seis foram indicados para tratamento de Escherichia coli em frangos, Ceftioflur, Florfenicol, Ciprofloxacina, Trimethoprim + Sulfametoxazol, Gentamicina, Amoxicilina + Ácido Clavulânico. Os percentuais de resistência aos antimicrobianos nas cepas analisadas alertam para uma condição de risco destacando sua importância e consequência para a saúde pública. Observouse que a maioria das amostras apresentaram resistência aos grupamentos produtores de betalactamicos (43%), sulfonamidas (39%) e tetraciclinas (47%), sugerindo o caráter de multirresistência das amostras. Pelos dados apresentados nesse estudo à utilização de antibióticos ainda não se tornou um problema dentro da avicultura nos respectivos estados, uma vez que os antibióticos testados foram em sua maioria eficientes sobre E. coli. No entanto não se deve fechar os olhos a essa situação uma vez que o perfil de resistência microbiana é mutável desta forma é importante estudos periódicos sobre o padrão antimicrobiano da Escherichia coli nas regiões de interesse, pois a susceptibilidade pode variar a partir da pressão dos antibióticos utilizados. / The Escherichia coli (E. coli) have been widely studied being a scattered agent in the environment considered a causative microorganism of disease in both men as in animals, representing a major threat to public health, especially the high antibiotic resistance index. This study aimed to evaluate the antimicrobial susceptibility profile stems of E. coli isolated from viscera and the upper airway tract of poultry convicted under inspection in Tocantins state. The poultry were coming from the states of Goiás (GO), São Paulo (SP), Tocantins (TO) and the Distrito Federal (DF). The results showed that among the antibiotics tested, six were indicated for treatment of Escherichia coli in chickens, Ceftioflur, Florfenicol, Ciprofloxacin, Trimethoprim + Sulfamethoxazole, Gentamicin, Amoxicillin + Clavulanic acid. The resistance to antimicrobials in strains percentage analyzed warn of a risk factor highlighting its importance and consequence for public health. It was observed that most of the samples showed resistance to groups of beta-lactam producers (43%), sulfonamides (39%) and tetracycline (47%), suggesting the character of multidrug resistance of the samples. From the data presented in this study, the use of antibiotics has not yet become a problem within the poultry industry in these states since the antibiotics tested were mostly effective on E. coli. However, we should not close the eyes to this situation since the microbial resistance profile is mutable in this way is important periodic studies on antimicrobial pattern of Escherichia coli in the regions of interest, since the susceptibility can vary from antibiotics pressure used.

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Resumo: A mastite bovina é uma das doenças que mais causam prejuízos às propriedades leiteiras e, apesar dos programas de controle, Escherichia coli destaca-se como importante patógeno ambiental causador desta enfermidade na sua forma clínica. Isolados obtidos de infecções nas mamas são classificadas como E. coli patogênica mamária (MPEC). O objetivo deste estudo foi caracterizar geneticamente isolados de E. coli a partir de leite de vacas com mastite clínica utilizando técnicas moleculares, bem como investigar os padrões de aderência e resistência aos antimicrobianos dos isolados, para isso a investigação dos grupos filogenéticos, genes de virulência, presença de clones (por Pulsed field gel electrophoresis, PFGE), tipos de adesão em células HeLa, resistência aos antimicrobianos e genes relacionados com essa resistência foram realizados em 110 E. coli isoladas de leite de vacas com mastite clínica de diferentes fazendas dos estados de São Paulo, Minas Gerais e Paraná. De acordo com a presença dos genes específicos arpA, chuA, yjaA e TspE4.C2, os isolados foram classificados principalmente nos grupos comensais A (50,9 %) e B1 (38,2 %), seguidos dos grupos D (2,7 %), C (1,8 %) e B2/E/F/Escherichia clade I (0,9 %). Três isolados (2,7 %) não foram categorizados em nenhum desses grupos, classificados como de grupo filogenético desconhecido. Nenhum dos 110 isolados apresentou genes que caracterizam E. coli diarreiogênicas (DEC), entretanto os genes astA e shf, geralmente encontrados em E.... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bovine mastitis is one of the diseases that most causes damage to dairy properties and, despite control programs, Escherichia coli stands out as an important environmental pathogen that causes this disease in its clinical form. Isolates obtained from breast infections are classified as mammary pathogenic E. coli (MPEC). The objective of this study was to genetically characterize E. coli isolates from milk of cows with clinical mastitis using molecular techniques, as well as to investigate the adhesion patterns and antimicrobial resistance of isolates, for this purpose the investigation of phylogenetic groups, virulence genes, presence of clones (by Pulsed field gel electrophoresis, PFGE), HeLa cell adhesion types, antimicrobial resistance, and genes related to this resistance were performed on 110 E. coli isolated from milk of cows with clinical mastitis from different state farms from São Paulo, Minas Gerais and Paraná. According to the presence of the specific genes arpA, chuA, yjaA and TspE4.C2, isolates were classified mainly in commensal groups A (50.9 %) and B1 (38.2 %), followed by groups D (2.7 %), C (1.8 %) and B2/E/F/Escherichia clade I (0.9 %). Three isolates (2.7 %) were not categorized in any of these groups, classified as unknown phylogenetic group. None of the 110 isolates presented genes that characterize diarrheagenic E. coli (DEC), however, the astA and shf genes, commonly found in enteroaggregative E. coli, were identified in 7.3 % (8/110) and 10.3 % (3/29)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Introducción: La interpretación del antibiograma por la CLSI tiende a brindarnos cierta información para elegir mejor el antimicrobiano capaz de inhibir o disminuir el crecimiento bacteriano, sin embargo existe una falta de concordancia de la prueba de susceptibilidad in vitro de un patógeno aislado del tracto urinario con la respuesta de la eficacia clínica o selección del antibacteriano. Objetivo: Determinar la utilidad del cociente inhibitorio en la interpretación del Antibiograma realizadas para enterobacterias aisladas de urocultivos positivos de pacientes ambulatorios. (...) Resultados: Fueron analizados 223 urocultivos positivos a enterobacterias en pacientes ambulatorios. El principal uropatógenos aislado fue Escherichia coli (86.5%). Se obtuvo una interpretación de respuesta terapéutica favorable por el cociente inhibitorio en todos los casos de cepas categorizadas como sensible a Fluoroquinolonas, Betalactámico y aminoglucósidos. La cepas que fueron categorizadas como intermedio, se obtuvo en todas ellas una interpretación de respuesta terapéutica favorable por cociente inhibitorio con una frecuencia para cada antibiótico probado de: Ampicilina (5), Ceftriaxone (3), Gentamicina (4); y Ciprofloxacino (5); a excepción de la Amikacina que presentó un caso de cepa intermedio con una interpretación de respuesta terapéutica no favorable por CI. Por otro lado, se mostró que la cepas como intermedios para cefalotina por la interpretación convencional se obtuvo una interpretación de una respuesta terapéutica favorable con el CI en el 100%(52) de los hallados con un IC95% (-6.9% a 6.9%). Para los casos de cepas categorizadas como “resistente”, se observó un porcentaje de ellas interpretadas con una respuesta terapéutica favorable por el CI de 29.5% (13/44) para ceftriaxone, de 27.5% (11/40) para Gentamicina, 12.4% (11/89) para ciprofloxacino, y 8.1% (6/74) para cefalotina. Se comparó la interpretación de sensibilidad para cepas de E.coli y cepas con presencia de BLEE, entre las dos interpretaciones. Para el primer caso, solo se observó para cefalotina con 58(30%) de cepas más sensible, interpretadas como respuesta terapéutica favorable significativo con un IC 95% (20.3% a 39.0%) dadas por el cociente inhibitorio. Para el segundo caso, de cepas E.coli productoras de BLEE mostró una diferencia significativa, a favor cepas interpretadas con respuesta terapéutica favorable por el CI para Ceftriaxone con 9(26.5%) con un IC95% (10.1% a 42.8%). Conclusiones: El uso del cociente inhibitorio en la interpretación del antibiograma nos podría dar mayores alternativas en la elección terapéutica siempre que dichos resultados sean valorados a través de un seguimiento del paciente por el médico, siendo así se disminuiría con ello los casos de resistencia, el uso de antibióticos de amplio espectro, que además pueden ser costosos, y poder modificar la dosis, etc. / --- Introduction: The interpretation by the CLSI antimicrobial susceptibility tends to provide certain information to better choose the antimicrobial capable of inhibiting or reducing bacterial growth, but there is a mismatch of in vitro susceptibility testing of isolated urinary tract pathogen the response of the clinical efficacy of antibacterial or selection. Objective: To determine the usefulness of the inhibitory quotient in the interpretation of Antibiogram made for enterobacteria isolated from urine cultures from outpatients. (...) Results: There were 223 positive enterobacteriaceae in outpatient urine cultures. The main uropathogens isolated was Escherichia coli (86.5%). An interpretation of favorable therapeutic response by the inhibitory quotient in all cases categorized as sensitive strains Fluoroquinolones, Betalactam and aminoglycoside was obtained. The strains were categorized as intermediate, an interpretation favorable therapeutic response was obtained for all inhibitory quotient with a frequency for each antibiotic tested: Ampicillin (5), Ceftriaxone (3), gentamicin (4); and Ciprofloxacin (5); Amikacin except that presented a case intermediate strain with an interpretation of therapeutic response CI unfavorable. Furthermore, it was shown that the strains as intermediates for the conventional interpretation cephalothin an interpretation of a positive therapeutic response with CI in 100% (52) of those found with a 95% CI (-6.9% to 6.9% was obtained). For cases of strains categorized as resistan, a percentage of them performed with a favorable therapeutic response by the CI 29.5% (13/44) for ceftriaxone, 27.5% (11/40) for gentamicin, 12.4% was observed (11/89) to ciprofloxacin and 8.1% (6/74) to cephalothin. The interpretation of sensitivity for E. coli strains and strains with BLEE presence between the two interpretations were compared. In the first case, only it observed for cephalothin 58 (30%) of more sensitive strains interpreted as significant favorable therapeutic response with 95% (20.3% to 39.0%) given by the inhibitory quotient. For the second case of E.coli BLEE producing strains it showed a significant difference in favor strains with favorable therapeutic response interpreted by the CI to Ceftriaxone 9 (26.5%) with a 95% (10.1% to 42.8%). Conclusions: The use of inhibitory quotient in the interpretation of susceptibility could give us more alternatives in the therapeutic choice provided that such results are assessed through monitoring of the patient by the physician, and still be diminished thereby cases of resistance, use of broad-spectrum antibiotics, which can also be expensive, and modify the dose, etc. Keywords: inhibitory ratio, maximum concentration of antimicrobial susceptibility, minimum inhibitory concentration, pharmacodynamics, pharmacokinetics.

O presente estudo teve por objetivos estudar a ocorrência de Salmonella spp em amostras de carcaças e miúdos de frango obtidas em uma feira e um mercado municipal da zona oeste da cidade de São Paulo e fazer uma análise crítica entre a técnica convencional em meios de cultivo e reação em cadeia pela polimerase PCR. Foram utilizadas 63 carcaças de frangos e 63 conjuntos de miúdos, obtidos no período de novembro de 2006 a maio de 2007. Pesquisou-se salmonela nas amostras pela técnica convencional em meios de cultivo e pela PCR. Pela técnica convencional identificou-se Salmonella em (6/63) das amostras de carcaça e (5/63) das amostras de miúdos e, pela PCR obteve-se (20/63) das amostras de miúdos e (28/63) das amostras de carcaça. As estirpes sorotipificadas como Salmonella oriundas das amostras de carcaças foram identificadas, como S. Senftenberg; S. Kentucky; S. Enteritidis; S. Montevideo; S. Infantis, S. enterica subsp enterica (0: 6.7). S. Enteritidis; S. enterica subsp enterica; S. Infantis. As estirpes provenientes das amostras de miúdos foram identificadas como S. Enteritidis; S. enterica subsp enterica; S. Infantis. As (18/21) estirpes identificadas como Salmonella pelo estudo apresentaram resistência aos antimicrobianos testados. O método convencional é indispensável quando se necessita a obtenção da estirpe para estudos de outras naturezas, para se cumprir a legislação brasileira que se vale de padrões microbiológicos estabelecidos pelos métodos convencionais. A técnica da PCR é válida e útil desde que seja padronizada de acordo com as necessidades e condições de cada laboratório; é bastante útil na implementação de sistema APPCC; no monitoramento de agentes específicos dentro de produções de alimentos; para estudos epidemiológicos da ocorrência, dinâmica de distribuição do agente. / The aim of this study was to evaluate the presence of Salmonella spp in whole broiler carcasses and multiple-organ samples collected at a commercial retail point in the western area of the city of São Paulo and to conduct a critical analysis of the traditional culture media growth technique and polymerase chain reaction PCR. A total of 63 whole broiler carcasses and a 63 multiple-organ samples were collected between November 2006 and May 2007. The conventional technique revealed the presence of Salmonella in 6/63 whole carcasses and in 5/63 multiple-organ samples, PCR detected Salmonella in 28/63 whole carcasses and in 20/63 multiple-organ samples The following strains were identified in the whole carcasses S. Senftenberg; S. Kentucky; S. Enteritidis; S. Montevideo; S. Infantis, S. enterica subsp enterica (0: 6.7). S. Enteritidis; S. enterica subsp enterica; S. Infantis were identified in multiple organ samples. The (18/21) Salmonella strains identified in this study were resistant to the antimicrobial agents tested in this study. In conclusion, the traditional method is essential for the collection of strains for different study purposes; for the observance of the Brazilian legislation, which is based on microbiological standards that were established using traditional methods. Polymerase chain reacton is a valid and useful technique, as long as it is standardized according to the needs and conditions of each laboratory. Polymerase chain reacton is remarkably useful in the implementation of the APPCC system; in the monitorization of specific agents within the food production chain; and for epidemiological studies that evaluate the occurrence, dynamic and distribution of a specific agent.

A mastite bovina é considerada a enfermidade de maior impacto na pecuária leiteira mundial. Apesar da adoção de práticas de manejo para minimizar a ocorrência desta, os resultados não são satisfatórios para o controle de Staphylococcus aureus, o principal agente causador. Além da importância veterinária, possui implicações na saúde humana devido ao uso extensivo de antibióticos no tratamento e controle da doença e devido ao potencial de disseminação zoonótica de S. aureus. A principal preocupação em relação à resistência aos antimicrobianos é referente à meticilina, mediada pelo gene mecA. Estudos moleculares são importantes para o conhecimento da diversidade genética dos agentes causadores de mastite. A tipagem por sequenciamento de um único locus, do gene da região X da proteína A de S. aureus (spa Typing), tem sido utilizada com sucesso para investigar estrutura populacional, sendo adequada para estudos epidemiológicos. O presente projeto teve como objetivo pesquisar o perfil de resistência aos antimicrobianos e a presença de genes de resistência à meticilina e de S. aureus isolados de mastite bovina, além de compreender a diversidade genética, identificar possíveis novos perfis e conhecer a distribuição destes isolados. Os resultados encontrados foram a ausência de resistência à meticilina no antibiograma, confirmada pela ausência do gene mecA, e a baixa prevalência de multirresistência aos antimicrobianos testados. Apesar de mais de 58,74% dos isolados (242/412) serem resistentes a pelo menos um antibiótico, 53,64% (221/412) correspondem a resistência à ampicilina. Foram determinados 44 spa tipos diferentes, sendo os três mais frequentes t605 (57,45%), t002 (8,4%) e t127 (8,13%). Não houve associação entre a distribuição dos spa tipos e as variáveis analisadas de ano, estado, município e fazenda, e perfil de resitência aos antibicrobianos. Este é o primeiro estudo que utiliza o spa typing para avaliar uma coleção temporalmente diversa e, portanto, representativa da região estudada ao longo de 22 anos. Logo, espera-se que a descrição dos tipos de S. aureus obtidos contribua para a compreensão dos aspectos epidemiológicos envolvidos na transmissão do patógeno e do papel dos hospedeiros como reservatórios para linhagens resistentes. Tal compreensão é imprescindível para a prevenção, controle e tratamento da mastite bovina. / Bovine mastitis is considered the disease of greatest impact in global dairy industry. Despite the adoption of management practices to minimize its occurrence, the results are not satisfactory for the control of Staphylococcus aureus, the major causative agent. Besides veterinary importance, there are also implications for human health due to the extensive use of antibiotics in treatment and control of the disease and due to the potential for zoonotic spread of S. aureus. The main concern regarding antimicrobial resistance is methicillin resistance mediated by the mecA gene. Molecular epidemiology studies are important for the understanding of the genetic diversity of the causative agents of mastitis. Typing by sequencing of a single locus of the X region gene of the S. aureus protein A (spa Typing) has been successfully used to investigate population structure. This project aims to investigate the antimicrobial susceptibility profile and the presence of methicillin resistance genes in S. aureus isolated from bovine mastitis, in addition to understanding the genetic diversity, identifying possible new profiles and knowing the distribution of these isolates. The results obtained to the present were the absence of methicillin resistance in the antibiogram, confirmed by the absence of mecA gene, and the low prevalence of multidrug resistance to antimicrobials. Even though resistance to at least one antibiotic was present in more than 58,74% of the isolates (242/412), ampicillin resistance corresponds to 53.64% (221/412). Different spa types were determined, the three most frequent being t605 (57.45%), t002 (8.4%) and t127 (8.13%). There was no association between the spa type distribution and the variables of year, state, municipality, farm, and antibiotic resistance profile analyzed. This is the first study that uses spa Typing to evaluate a collection as temporarily diverse and representative of the region studied in 22 years. Therefore, it is expected that the results of this study, by allowing comparison of the profile of S. aureus from different sources (animals and property), will contribute to the understanding of the epidemiological aspects involved in the transmission of the pathogen and the role of hosts as reservoirs for pathogenic strains. Such understanding is essential for the prevention, control and treatment of bovine mastitis

INTRODUÇÃO: As Aeromonas são bactérias distribuídas predominantemente em meio aquático. São consideradas patógeno emergente, podendo causar doenças em peixes como também no homem. Os problemas mais comuns são a gastrenterite no homem e morte em peixes. OBJETIVO: Este estudo foi desenvolvido para comparar a identificação fenotípica com a genotípica, e também para conhecer o perfil de resistência aos antibióticos em Aeromonas caviae, A. aquariorum, e A. sanarellii isoladas do ambiente aquático e a presença de genes de virulência e resistência. MATERIAL E MÉTODOS: O DNA das 24 cepas em estudo foi extraído por choque térmico e purificado utilizando CTAB. Foram realizadas as PCRs para a detecção dos genes de virulência e dos genes de resistência, após a realização do antibiograma. RESULTADOS: Foram identificadas 4 A. caviae das quais 3(75,0 por cento) apresentaram pelo menos um dos genes act, ast ou alt. Das 3 A. aquariorum, 1(33,3 por cento) apresentaram positividade para os genes act e ast. Entre os 5 isolados de A. sanarellii 1(50,0 por cento) possuíam os genes alt e ast. Seis isolados não foram posicionados taxonomicamente entre as espécies descritas de Aeromonas, e dentre essas um exemplar apresentou o gene alt. Em relação às enzimas MBL e AmpC foram obtidos respectivamente: 3(100 por cento) e 3(100 por cento) em A. aquariorum; 2(50,0 por cento) e 4(100 por cento) em A. caviae; 3(75,0 por cento) e 5(100 por cento) em Aeromonas spp.; 1(20 por cento) e 5(100 por cento) A. sanarellii; Nenhum isolado apresentou resultado positivo, no teste fenotípico, para a produção de ESBL. Com a realização da PCR foi detectada a presença de 5 amostras com gene tipo blaMOX, 21blaCPHA , 17 tipo blaTEM e 2 cepH. CONCLUSÃO: Os resultados sugerem que os isolados podem servir potencialmente como reservatórios de resistência aos antimicrobianos e ainda, que os isolados podem ser considerados patógeno emergentes e significativos para a saúde pública / INTRODUCTION: Aeromonas spp. is predominantly distributed in the aquatic environment. They are regarded as emerging pathogen, causing disease in fish but also in man. The most common problems are gastroenteritis in humans and death in fish. OBJECTIVE: This study was designed to compare phenotypic with genotypic identification, and also to know the profile of antibiotic resistance in Aeromonas caviae, A. aquariorum, and A. sanarellii isolated from aquatic environment and the presence of virulence genes and resistance. MATERIAL AND METHODS: DNA from 24 strains under study was extracted by thermal shock and purified using CTAB. PCR reactions were performed for the detection of virulence and resistance genes, after the completion of the antibiotic resistance test. RESULTS: We identified four A. caviae from which 3(75.0per cent) had at least one of the genes act, ast or alt. From 3 A. aquariorum, 1(33.3per cent) was positive for the genes act and ast. Among the five isolated A. sanarellii, 1(50.0per cent) had the alt and ast genes Six isolates were not positioned within taxonomically described species of Aeromonas, and among these only one strain presented the alt gene. Regarding the MBL and AmpC it was obtained respectively: 3(100per cent) and 3(100per cent) isolates from A. aquariorum; 2(50.0per cent) and 4(100per cent) isolates from A. caviae; 4(66.7per cent) and 3(50.0per cent) isolates from Aeromonas spp.; and 1(20per cent) and 5 (100per cent) isolates from A. sanarellii. None of the isolates showed positive results in the phenotypic test for ESBL production. The PCR reaction detected the presence of 5 strains with blaMOX-like gene; 21 with blaCPHA gene; 17 with blaTEM-like gene and 2 with cepH gene. CONCLUSION: These findings suggest that the isolates may serve as potential reservoirs of antimicrobial resistance and also that the isolates could be considered emerging pathogens of public health significance