Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-21T12:12:27Z No. of bitstreams: 1 robertareissoares.pdf: 5933538 bytes, checksum: b54bb391cf221f53ba8ab332d78dcb44 (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: on 2017-08-24T11:30:02Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-24T15:19:55Z No. of bitstreams: 0 / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: IsaBELA acho q células b o B deveria ser maiúsculo. Verifique, por favor. on 2017-08-30T14:33:13Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-31T10:42:30Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-31T12:25:29Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2017-08-31T12:25:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-03-31 / A malária constitui um dos maiores problemas de saúde pública mundial, sendo responsável por aproximadamente meio milhão de mortes anuais. Por isso, e devido à crescente resistência dos parasitos aos antimaláricos usuais e aumento do número de casos graves, sobretudo os ocasionados por P. vivax, grandes esforços têm sido dispensados no desenvolvimento de vacinas. Até o momento, a única vacina licenciada mostrou-se capaz de conferir algum grau de imunidade contra P. falciparum, porém a inabilidade de manutenção de resposta protetora ao longo do tempo tem sido um grande desafio a ser superado. Indivíduos naturalmente expostos à doença desenvolvem graus variados de proteção, que parece ser perdida na ausência de reestímulos. Essas observações apontam para falhas na memória imunológica mediada por células B. No Brasil, onde cerca de 85% dos episódios de malária são atribuídos a P. vivax, estudos acerca do desenvolvimento e manutenção de memória imunológica são escassos. O entendimento de fatores que possam modular as respostas imunes durante e após a malária são importantes no desenvolvimento de vacinas. Esse estudo teve como objetivo avaliar aspectos clínicos e hematológicos, verificar a geração e persistência de anticorpos e células B de memória (MBCs) direcionadas aos peptídeos sintéticos (PvAMA-1(S290-K307) e PvMSP-9(E795-A808)), bem como à proteína recombinante PvAMA-1DII e averiguar a ocorrência de flutuações no compartimento de células B em indivíduos durante a malária aguda e em 30, 60 e 180 dias decorridos do diagnóstico (convalescença) por P. vivax. Os resultados obtidos mostraram que alterações hematológicas ocorerram predominantemente na fase aguda, destacando-se plaquetopenia, linfopenia e leucopenia. Na fase aguda da infecção, indivíduos exibiram MBCs e anticorpos específicos para PvAMA-1(S290-K307) e PvMSP-9(E795-A808), bem como para a PvAMA-1DII, os quais persistiram, de maneira geral, por > 180 dias na ausência de reinfecções/recaídas. Não foram observadas associações positivas entre respostas de anticorpos e MBCs ao longo do tempo para todos os antígenos avaliados. Além disso, este estudo corroborou a relação entre exposição/infecção malárica e ocorrência de flutuações no perfil fenotípico de subpopulações de células B no sangue periférico, com destaque para a expansão de imaturas e plasmáticas durante a fase aguda da doença. No tocante às MBCs atípicas, independentemente do grupo avaliado (controles expostos, fase aguda ou convalescença) estas células se encontraram expandidas em relação ao observado em indivíduos não expostos à malária. Os dados desse estudo ainda sugerem que a expansão de células B atípicas observada em indivíduos provenientes de área endêmica é influenciada pela ocorrência de episódios pregressos da doença. Estudos posteriores são de fundamental importância para determinar o impacto de tais alterações em estratégias de imunizações voltadas ao combate da malária vivax em populações expostas em regiões de baixa transmissão de malária na Amazônia Brasileira. / Malaria is one of the greatest public health problems in the world, accounting for approximately half a million annual deaths. Therefore, due to the increasing resistance of the parasites to the usual antimalarials and an increase in the number of severe cases, especially those caused by P. vivax, great efforts have been dispensed with in the development of vaccines. To date, the only licensed vaccine has been shown to confer some degree of immunity against P. falciparum, but the inability to maintain a protective response over time has been a major challenge to be overcome. Individuals naturally exposed to the disease develop varying degrees of protection, which seems to be lost in the absence of re-stimulation. These observations point to failures in B cells-mediated immune memory. In Brazil, where about 85% of malaria episodes are attributed to P. vivax, studies on the development and maintenance of immune memory are scarce. Understanding of factors that can modulate immune responses during and after malaria are important in the development of vaccines. This study aimed to evaluate clinical and hematological aspects, to verify the generation and persistence of antibodies and memory B cells (MBCs) directed to synthetic peptides (PvAMA-1(S290-K307) and PvMSP-9(E795-A808)), as well as to the recombinant protein PvAMA-1DII and to investigate the occurrence of fluctuations in the B cell compartment in individuals during acute malaria and at 30, 60 and 180 days after the diagnosis (convalescence) of P. vivax. The results showed that hematological alterations occurred predominantly in the acute phase, especially thrombocytopenia, lymphopenia and leucopenia. In the acute phase of infection, individuals exhibited MBCs and antibodies specific for PvAMA-1(S290-K307) and PvMSP-9(E795-A808) as well as for PvAMA-1DII, which generally persisted > 180 days in the absence of reinfections/relapses. No positive associations between antibody responses and MBCs over time were observed for all antigens evaluated. In addition, this study corroborated the relationship between exposure/malarial infection and occurrence of fluctuations in the phenotypic profile of B-cell subpopulations in peripheral blood, with emphasis on immature and plasma expansion during the acute phase of the disease. Regarding atypical MBCs, regardless of the group evaluated (exposed controls, acute phase or convalescence), these cells were expanded in relation to that observed in individuals not exposed to malaria. The data from this study still suggest that the expansion of atypical B cells observed in individuals from the endemic area is influenced by the occurrence of previous episodes of the disease. Subsequent studies are of fundamental importance to determine the impact of such changes on immunization strategies aimed at combating vivax malaria in populations exposed in regions of low malaria transmission in the Brazilian Amazon.

Objetivo: Describir la distribución de patógenos responsables de IRA durante el período 2009-2010 en Cajamarca, Perú: en el contexto de la pandemia del virus de la Influenza AH1N1 2009. Resultados: Se encontraron 17 patógenos respiratorios (14 virus y 3 bacterias) en 124 niños, de los cuales el 50% eran hombres y el 50% mujeres, con un 55,6% (69/124) de 1 a 5 años y un 15,3% (19/124) de 6 a 11 años. Los patógenos más comunes fueron: Influenza A (20,2%, 25/124), Mycoplasma pneumoniae (14,5%, 18/124), RSV-A (12,1%, 15/124), Chlamydia pneumoniae (9,7%, 12/124). No se pudo identificar un patógeno específico en el 33,8% de los pacientes (42/124). Los signos y síntomas más comunes fueron fiebre 90,3%, tos 85,5%, rinorrea 74,2% y malestar 66,9%. El distrés respiratorio y la hospitalización fueron las complicaciones más comunes con 37,1% y 28,2% de los casos. Se informó una sola muerte de un niño diagnosticado con el virus de la influenza A. Además, se identificaron 12 casos de coinfecciones: 9 con 2 patógenos, 2 con tres patógenos y 1 con 4. Conclusión: Los patógenos respiratorios más comunes encontrados durante la pandemia de la Influenza AH1N1 2009-2010 fueron Influenza A, Mycoplasma pneumoniae, RSV-A y Chlamydia pneumoniae. La mayoría de patógenos presentan un perfil clínico similar Se detectaron varios casos de coinfecciones, con hasta 4 patógenos en un solo paciente. / Objective: To describe the distribution of pathogens responsible for ARI during the 2009-2010 period in Cajamarca, Peru: in the context of the 2009 AH1N1 influenza virus pandemic. Results: 17 respiratory pathogens (14 viruses and 3 bacteria) were found in 124 children, of which 50% were men and 50% women, with 55.6% (69/124) aged 1 to 5 years and a 15.3% (19/124) from 6 to 11 years old. The most common pathogens were Influenza A (20.2%, 25/124), Mycoplasma pneumoniae (14.5%, 18/124), RSV-A (12.1%, 15/124), Chlamydia pneumoniae (9,7%, 12/124). A specific pathogen could not be identified in 33.8% of patients (42/124). The most common signs and symptoms were fever 90.3%, cough 85.5%, rhinorrhea 74.2% and discomfort 66.9%. Respiratory distress and hospitalization were the most common complications with 37.1% and 28.2% of the cases. A single death was reported in a child diagnosed with influenza A virus. In addition, 12 cases of coinfections were identified: 9 with 2 pathogens, 2 with 3 pathogens, and 1 with 4. Conclusion: The most common respiratory pathogens encountered during the 2009-2010 AH1N1 influenza pandemic were influenza A, Mycoplasma pneumoniae, RSV-A, and Chlamydia pneumoniae. Most pathogens have a similar clinical profile. Several cases of coinfections were detected, with up to 4 pathogens in a single patient. / Tesis

Micobactérias não tuberculosas (MNT) são microrganismos ubíquos e reconhecidos como contaminantes de sistemas de água em estabelecimentos de assistência à saúde, bem como, dispositivos cirúrgicos e medicamentos injetáveis. Sua ocorrência representa uma emergência epidemiológica e sanitária, especialmente em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. Frente ao exposto, objetivou-se avaliar a produção do conhecimento científico acerca da ocorrência de infecções por MNT em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. A prática baseada em evidências representou o referencial teórico-metodológico e, como recurso para obtenção destas evidências utilizou-se a revisão integrativa da literatura nas bases de dados Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science e Biblioteca Cochrane. Totalizaram-se 24 publicações nos últimos trinta anos, com 15 (62,5%) no idioma inglês, os demais no português. No que se refere ao delineamento dos estudos, observou-se que os mais frequentes foram: 29,2% relatos de caso, 20,8% estudos transversais e 12,5% estudos metodológicos e quaseexperimentais. A análise dos estudos culminou em três categorias temáticas sendo 08 (33,3%) relacionadas aos tipos de cirurgias, 07 (29,2%) sobre identificação das espécies por métodos microbiológicos e/ou moleculares e 09 (37,5%) medidas de prevenção e controle. Ainda como subcategorias têm-se: a vigilância pós-alta, terapêutica com antibióticos e uso de glutaraldeído. Entre os microrganismos destacam-se com 37,5% Mycobacterium chelonae, 33,3%, M. abscessus e 25% M. fortuitum. Cirurgias oftalmológicas, estéticas, cardíacas e procedimentos laparoscópicos e artroscópicos foram as mais investigadas. Diante do contexto terapêutico, a indicação é realizada empiricamente ao longo prazo, podendo incluir desbridamento cirúrgico de tecidos infectados. Na panorâmica da identificação das espécies, a eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é considerada padrão-ouro devido seu alto poder discriminatório de algumas cepas bacterianas, porém com limitações. Com base nas publicações analisadas, conclui-se que não se tem um panorama nacional talvez pela inoperância do sistema de vigilância pós-alta, inexistência de critérios clínicos e bacteriológicos uniformizados em todo o território e, também pela falta de integração entre a clínica e o laboratório. Adiciona-se que aplicação de metodologias moleculares possibilitaria definir a diversidade das espécies de micobactérias que não puderam ser identificadas pelos métodos clássicos. Uma publicação sobre a situação nacional das MNTs em cirurgias é fundamental para a uma conduta correta no diagnóstico e tratamento de micobacterioses. / Nontuberculous mycobacteria (NTM) are ubiquitous microorganisms recognized as contaminants of water systems in health care services, as well as surgical devices and injectable medications. Its occurrence represents an epidemiological and sanitary emergency, especially in patients subject to surgical procedures. This study aimed to evaluate the production of scientific knowledge on the occurrence of infections caused by NTM in patients subject to surgical procedures. Evidence-based practice was the theoreticalmethodological framework used, and integrative literature review was used to obtain evidences in the following databases: Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science and Cochrane Library. In total, 24 publications were found in the last thirty years, being 15 (62.5%) in english and the others in portuguese. Regarding the design of the studies, most (29,2%) were case reports, (20,8%) cross-sectional studies and (12,5%) methodological and quasi-experimental studies. The analysis of the studies resulted in three thematic categories: 08 (33.3%) types of surgery, 07 (29.2%) identification of the species by microbiological and/or molecular methods and 09 (37.5%) prevention and control measures. The following subcategories were identified in prevention and control: vigilance after discharge, therapy with antibiotics and use of glutaral. The most researched surgeries were ophthalmologic, aesthetic, cardiac and laparoscopy and arthroscopy. The presence of the following microorganisms is highlighted: Mycobacterium chelonae (37.5%), M. abscessus (29.2%) and M. fortuitum (25%). Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is considered gold-standard in the identification of certain bacterial strains. The use of molecular techniques permits to define the diversity of the species of mycobacteria that cannot be identified by the classical methods. Regarding the therapy, in general the indication is empirically determined in long-term, and can include surgical debridement of infected tissues. Based on the analyzed publications, it is concluded that there is not a national panorama, either due to the failure of the surveillance system after discharge, the lack of clinical and bacteriological criteria uniform for the entire country or the lack of integration between clinics and laboratories.

B. diazoefficiens CPAC 7 e B. japonicum CPAC 15 são estirpes brasileiras de Bradyrhizobium que apresentam grande relevância para o cultivo da soja, pois são capazes de fornecer nitrogênio para a produção desta leguminosa através do processo de fixação biológica de nitrogênio (FBN), uma técnica sustentável e de baixo custo. Por esse motivo, tais bactérias são de grande interesse, e seu estudo contribui na compreensão do processo complexo e orquestrado por um conjunto de genes específicos que culmina no estabelecimento da simbiose. A estirpe CPAC 7 possui maior eficiência em fixar N2 , e a CPAC 15 destaca-se pela sua competitividade. Recentemente, o genoma de cada uma foi sequenciado na tentativa de conhecer seu conteúdo gênico e identificar os fatores genéticos responsáveis pelas diferenças no desempenho simbiótico. Apesar de ter sido encontrado alguns rearranjos, os genoma mostraram-se sintênicos na sua maioria. Entretanto, o fato de haver muitas transposases ao redor dos genes, principalmente na ilha simbiótica, e devido a presença de muitos genes hipotéticos, representando uma limitação no conhecimento, nos motivou a realizar o presente estudo, onde exploramos estes dois genomas. Portanto, os objetivos deste estudo foram de definir a população de elementos de transposição (TEs) que compõe estes genomas, avaliar se os elementos completos podem estar impactando os genes de alguma forma; explorar as proteínas hipotéticas, tentando identificar novas funções que possam estar associadas com a interação soja-Bradyrhizobium e apontá-las para estudos experimentais futuros; e ainda explorar os genes exclusivos das regiões atípicas dos genomas, sendo que para isso, nós também desenvolvemos uma nova metodologia, baseada na máxima entropia (ME), que pode ser utilizada em novos estudos genômicos a partir da simples sequência nucleotídica. Todas as análises deste estudo foram realizadas in silico. Estudando os TEs, identificamos 33 novas sequências de inserção, sendo que algumas destacaram-se por terem potencial impacto nos genes associados com a simbiose destas bactérias, como nopAN, nopAG, rhcU, modC e hypB. Explorar as proteínas hipotéticas nos permitiu reduzir a porcentagem de hipotéticas dos genomas. Adicionamos novas informações à 1.204 proteínas, das quais muitas apresentaram similaridade com proteínas comprovadamente associadas com a interação planta-bactéria, em condições de simbiose e/ou patogenicidade, como proteínas envolvidas na motilidade e adesão celular, fatores de virulência, proteínas secretoras e efetoras, entre outras. Além disso, a metodologia ME, desenvolvida neste estudo com o intuito de direcionar análises genômicas para regiões atípicas, quando comparada com outras ferramentas existentes, mostrou-se superior em termos de eficiência e tempo de execução computacional. Nas regiões genômicas apontadas pela ME nos dois genomas de interesse, identificamos 269 genes exclusivos de CPAC 7 e 368 de CPAC 15, sendo que destacamos aqueles com potencial relação com as diferenças simbióticas das estirpes, como o gene fixW, noeE, rtxA e nex18. Assim, os resultados obtidos neste trabalho vêm expandir nosso conhecimento sobre os genomas destas estirpes. Destacando ainda, importantes diferenças que podem estar associadas com a habilidade simbiótica de cada bactéria. / B. diazoefficiens CPAC 7 and B. japonicum CPAC 15 are Brazilian Bradyrhizobium strains of great importance for soybean cultivation, since when in a symbiotic state they provide nitrogen for the crop through the biological nitrogen fixation process (BNF), a sustainable technique and low cost. For this reason, such bacteria represent great interest and have been widely studied, once the symbiotic establishment is a complex process and orchestrated by a specific set of genes. The CPAC 7 strain has a higher efficiency to fix N2 , while CPAC 15 stands out for its competitiveness. Recently, their genomes were sequenced in an attempt to gain knowledge about their gene content and to identify the genetic factors responsible for differences in their symbiotic performance. Despite having identified some rearrangements, the majority of genomes showed syntenic. However, the fact that there are many transposases around the genes, especially in symbiotic island, and due to the presence of many hypothetical genes, representing a limitation on knowledge, motivated us to conduct this study, which explored these two important genomes. Therefore, the objectives of this study were to define the population of transposable elements (TEs) present in these genomes and to verify whether such TEs could be impacting the genes somehow; to study the hypothetical proteins, trying to identify new features that may be associated with the soybean-Bradyrhizobium interaction and point them for future experimental studies; and to explore the exclusive genes from atypical regions of both genomes, and for that, we have also developed a new methodology, based on maximum entropy (ME), which can be used in new genomic studies. All analyzes in this study were performed in silico. Studying the TEs, we identified 33 new insertion sequences, and some stood out for having potential impact on genes associated with the symbiosis of these bacteria, such as nopAN, nopAG, rhcU, modC and hypB. As a consequence of improving the annotation of hypothetical proteins we were able to reduce the hypothetical percentage. Among these, we add new information to 1,204 proteins, many of which had similarity to proteins with involvement in the plant-bacteria interaction, in symbiosis and/or pathogenicity conditions, such as proteins involved in cell motility and adhesion, virulence factors, secretion proteins, effectors, among others. Moreover, the ME methodology developed in this study to direct genomic analysis to atypical regions, compared with other existing tools, it was superior in efficiency and execution time. In the genomic regions identified by the ME in both Bradyrhizobium genomes, we identified 269 exclusive genes of CPAC 7 and 368 of CPAC 15, we highlighted those with potential involvement with symbiotic differences of strains, as fixW, noeE, rtxA and nex18. Thus, the results obtained in this study come to expand our knowledge about the genomes of these important bacteria. Finally, differences were identified as potential targets to be associated with the symbiotic ability of each strain to be futher studied.

Micobactérias não tuberculosas (MNT) são microrganismos ubíquos e reconhecidos como contaminantes de sistemas de água em estabelecimentos de assistência à saúde, bem como, dispositivos cirúrgicos e medicamentos injetáveis. Sua ocorrência representa uma emergência epidemiológica e sanitária, especialmente em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. Frente ao exposto, objetivou-se avaliar a produção do conhecimento científico acerca da ocorrência de infecções por MNT em pacientes submetidos a procedimentos cirúrgicos. A prática baseada em evidências representou o referencial teórico-metodológico e, como recurso para obtenção destas evidências utilizou-se a revisão integrativa da literatura nas bases de dados Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science e Biblioteca Cochrane. Totalizaram-se 24 publicações nos últimos trinta anos, com 15 (62,5%) no idioma inglês, os demais no português. No que se refere ao delineamento dos estudos, observou-se que os mais frequentes foram: 29,2% relatos de caso, 20,8% estudos transversais e 12,5% estudos metodológicos e quaseexperimentais. A análise dos estudos culminou em três categorias temáticas sendo 08 (33,3%) relacionadas aos tipos de cirurgias, 07 (29,2%) sobre identificação das espécies por métodos microbiológicos e/ou moleculares e 09 (37,5%) medidas de prevenção e controle. Ainda como subcategorias têm-se: a vigilância pós-alta, terapêutica com antibióticos e uso de glutaraldeído. Entre os microrganismos destacam-se com 37,5% Mycobacterium chelonae, 33,3%, M. abscessus e 25% M. fortuitum. Cirurgias oftalmológicas, estéticas, cardíacas e procedimentos laparoscópicos e artroscópicos foram as mais investigadas. Diante do contexto terapêutico, a indicação é realizada empiricamente ao longo prazo, podendo incluir desbridamento cirúrgico de tecidos infectados. Na panorâmica da identificação das espécies, a eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é considerada padrão-ouro devido seu alto poder discriminatório de algumas cepas bacterianas, porém com limitações. Com base nas publicações analisadas, conclui-se que não se tem um panorama nacional talvez pela inoperância do sistema de vigilância pós-alta, inexistência de critérios clínicos e bacteriológicos uniformizados em todo o território e, também pela falta de integração entre a clínica e o laboratório. Adiciona-se que aplicação de metodologias moleculares possibilitaria definir a diversidade das espécies de micobactérias que não puderam ser identificadas pelos métodos clássicos. Uma publicação sobre a situação nacional das MNTs em cirurgias é fundamental para a uma conduta correta no diagnóstico e tratamento de micobacterioses. / Nontuberculous mycobacteria (NTM) are ubiquitous microorganisms recognized as contaminants of water systems in health care services, as well as surgical devices and injectable medications. Its occurrence represents an epidemiological and sanitary emergency, especially in patients subject to surgical procedures. This study aimed to evaluate the production of scientific knowledge on the occurrence of infections caused by NTM in patients subject to surgical procedures. Evidence-based practice was the theoreticalmethodological framework used, and integrative literature review was used to obtain evidences in the following databases: Lilacs, Medline/Pubmed, ISI Web of Science and Cochrane Library. In total, 24 publications were found in the last thirty years, being 15 (62.5%) in english and the others in portuguese. Regarding the design of the studies, most (29,2%) were case reports, (20,8%) cross-sectional studies and (12,5%) methodological and quasi-experimental studies. The analysis of the studies resulted in three thematic categories: 08 (33.3%) types of surgery, 07 (29.2%) identification of the species by microbiological and/or molecular methods and 09 (37.5%) prevention and control measures. The following subcategories were identified in prevention and control: vigilance after discharge, therapy with antibiotics and use of glutaral. The most researched surgeries were ophthalmologic, aesthetic, cardiac and laparoscopy and arthroscopy. The presence of the following microorganisms is highlighted: Mycobacterium chelonae (37.5%), M. abscessus (29.2%) and M. fortuitum (25%). Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is considered gold-standard in the identification of certain bacterial strains. The use of molecular techniques permits to define the diversity of the species of mycobacteria that cannot be identified by the classical methods. Regarding the therapy, in general the indication is empirically determined in long-term, and can include surgical debridement of infected tissues. Based on the analyzed publications, it is concluded that there is not a national panorama, either due to the failure of the surveillance system after discharge, the lack of clinical and bacteriological criteria uniform for the entire country or the lack of integration between clinics and laboratories.