A ferramenta mais importante para o controle da brucelose em bubalinos e bovinos é a vacinação compulsória, utilizando-se a vacina viva atenuada contendo a estirpe B19 de Brucella abortus. A vacina B19 confere imunidade duradoura à infecção nos animais vacinados, e sua aplicação é restrita às fêmeas com idade entre 3 e 8 meses. A vacina B19 induz a produção de anticorpos que interferem no sorodiagnóstico da infecção, de forma que o diagnóstico sorológico de animais vacinados deve ser realizado apenas após os 24 meses de idade, idade na qual os anticorpos de origem vacinal já declinaram para níveis não detectáveis. O desempenho, a cinética humoral e o período de clearance da estirpe vacinal são bem conhecidos nos bovinos, contudo há poucas informações referentes a estes aspectos na espécie bubalina. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a eliminação da estirpe B19 pelas fêmeas bubalinas vacinadas com a dose padrão contendo de 60 a 120 bilhões de UFC, assim como o perfil da resposta imune humoral induzido pela vacinação e a eficiência dos principais testes laboratoriais em diferenciar anticorpos vacinais dos anticorpos induzidos pela infecção natural. Foram utilizadas 44 fêmeas bubalinas provenientes de duas propriedades, negativas para brucelose, localizadas no interior do Estado de São Paulo, sendo 33 animais da propriedade A e 11 da propriedade B. Os animais foram vacinados e amostras de sangue, swab vaginal e urina foram coletas semanalmente, desde o dia em que a vacinação foi realizada (D0) até que os animais completassem 24 meses de idade. Os soros obtidos a partir das amostras de sangue foram utilizados na avaliação sorológica, empregando-se os seguintes testes: antígeno acidificado tamponado (AAT), 2-mercaptoetanol (2ME), fixação de complemento (FC) e polarização fluorescente (PF). As amostras de urina e swab vaginal foram submetidas ao cultivo microbiológico para isolamento de Brucella spp. e à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para avaliar a eliminação da estirpe vacinal. Na PCR, as amostras foram amplificadas primeiramente utilizando-se primers direcionados à região interespaçadora do RNA ribossomal de Brucella spp. (PCR-ITS) para a detecção de qualquer componente do gênero. Amostras com resultados positivos pela PCR-ITS foram submetidas à PCR utilizando-se primers direcionados ao gene eri de Brucella spp, num ensaio específico para a detecção da estirpe B19 (PCR-B19). Foi calculada a especificidade de cada teste sorológico em detectar como negativos os animais vacinados. Todos os animais apresentaram-se reagentes aos sete dias pós-vacinação no teste de AAT, aos 14 dias no teste de 2ME, aos 126 no teste de FC. No teste de PF, o D28 foi o período em que o maior número de animais apresentaram resultados positivos. Dezesseis animais não soroconverteram em nenhum momento do experimento pelo teste de PF. A PF foi o teste mais eficiente na diferenciação de anticorpos vacinais, sendo que todos os animais apresentaram resultados negativos aos 151 e 232 dias pós-vacinais nas propriedades A e B, respectivamente. No teste de FC, 100% animais apresentaram resultados negativos no D552 (propriedade A) e no D331 (propriedade B). No D552 na propriedade A as especificidades foram de 92,31% para o teste de 2ME e 69,23% para o teste de AAT. A propriedade B apresentou nos dias D366 especificidades de 72,73% e 36,36% para os testes 2ME e AAT, respectivamente. Todos os animais foram negativos pelo cultivo microbiológico em todo o período de monitoramento. Na PCR foram verificadas 19 das 1144 amostras positivas (1,66%). Das 44 bezerras avaliadas, 15 (34,1%) apresentou resultado positivo em pelo menos uma colheita, em amostras de urina e/ou swab vaginal. De acordo com os resultados apresentados, pode-se concluir que a prova sorológica mais eficiente para a diferenciação dos anticorpos de origem vacinal dos da infecção natural é o teste de PF e que, a eliminação da estirpe vacinal pode ocorrer de forma intermitente, durante períodos prolongados nas fêmeas bubalinas vacinadas. / The most important tool for the control of brucellosis in buffalo and cattle is compulsory vaccination, using a live and attenuated vaccine containing the S19 strain of Brucella abortus. The S19 vaccine confers long-lasting immunity to infection in vaccinated animals and the application is restricted to females aged between 3 and 8 months. The S19 vaccine induces production of antibodies that interfere with serodiagnosis of infection, so that the serological diagnosis of vaccinated animals must be only realized after 24 months of age, when the vacinal antibodies declined to undetectable levels. The performance, kinetics and humoral clearance period of the strain 19 vaccine are well known in cattle, however there is little information concerning these aspects in buffalo. This study aimed to evaluate the elimination of strain S19 by buffalo females vaccinated with the standard dose containing 60-120 billion CFU, as well as the profile of the humoral immune response induced by vaccination and efficiency of principals laboratory tests to differentiate vaccinal antibodies of the antibodies induced by natural infection. We used 44 female buffalo from two farms negative for brucellosis, located in the State of São Paulo, being 33 animals of the property A and 11 of the property B. The animals were immunized and blood samples, urine and vaginal swabs were collected weekly from the time that vaccination is performed (D0) until complete 24 months of age. The sera obtained from the blood samples were used for serological testing, using the following tests: rose bengal test (RBT), 2-mercaptoethanol (2ME), complement fixation test (CFT) and fluorescence polarization assay (FPA). The urine samples and vaginal swabs were tested by microbiological culture for isolation of Brucella spp. and polymerase chain reaction (PCR) to evaluate the clearance of the vaccine strain. In PCR, the samples were first amplified using primers directed to the interspace region of the ribosomal RNA Brucella spp. (ITS-PCR) for the detection of any component of the genus. Samples with positive results by ITS-PCR were subjected to PCR using primers directed to the gene of ery of Brucella spp, in a specific assay for the detection of strain B19 (B19-PCR). Were calculated the specificity of each serological test to detect as negative the vaccinated animals. All animals showed reagents at seven days post-vaccination in the RBT test, at 14 days in the test 2ME, 126 on the CFT test. In the test of FPA, D28 is the period in which the highest number of animals tested positive. Sixteen animals do not seroconverted at any time of the experiment by FPA. The FPA test was more effective in differentiating antibodies of vaccination, and all animals were negative at 151 and 232 days post vaccination in the properties A and B, respectively. In test CFT, 100% animals showed negative results in D552 (property A) and D331 (property B). In the property A, at D552, the specificities were 92.31% for the test 2ME and 69.23% for the test RBT. Property B had in the days D366 specificities of 72.73% and 36.36% for the tests 2ME and RBT, respectively. All animals were negative by microbiological culture throughout the monitoring period. In the PCR were verified 19 samples positives in 1144 (1.66%). Of the 44 heifers evaluated, 15 (34.1%) showed positive results in at least one sample, in samples of urine and/or vaginal swabs. According to the presented results, we can conclude that the most effective serological test for differentiation of antibodies of natural infection of vaccine testing is FPA and the elimination of the vaccine strain may occur intermittently during periods prolonged in buffalo females vaccinated.

<div>Viruses are a group of contagious microbes that have compact structures, containing a nucleic acid core and a protein shell. The replication of viruses requires assistance from hosts which can be almost any cellular organism. Viral infections are often associated with diseases and have been a major threat to the human race. To cope with viral diseases, we need to understand viruses, including their structures, life cycle, pathogenesis and interactions with their hosts. The first structure of a human virus was determined by the Rossmann lab in 1985 using X-ray crystallography.</div><div>Thanks to the recent advances in both hardware and software, cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as a powerful tool to study virus structures. Cryo-EM allows structural determination for a wide range of specimens to high resolution comparable to what can be achieved by X-ray crystallography. Currently two techniques of cryo-EM are commonly used in structural virology: single particles analysis (SPA) and electron tomography (ET). </div><div>Single particle analysis has been used to determine the structures of viruses complexed with host factors in three studies that are to be discussed with more details in chapters 2-4. </div><div>The structure of B19 parvovirus complexed with Fabs of a neutralizing human antibody was determined to 3.2 Å resolution. This structure showed that amino acids from three neighboring VP2 proteins form a quaternary structure epitope. In addition, the structure of human rhinovirus-C (RV-C) complexed with its cellular receptor, CDHR3, was determined to 3.9 Å resolution. Despite the low occupancy of the receptors, a “powerful” localized 3D classification procedure helped to select viral particles that had more bound receptors. Furthermore, structures were determined to 10 Å resolution of bacteriophage ΦX174 bound to lipopolysaccharide (LPS) bilayers, before and after genome ejection. These structures showed a series of conformational changes that occurred when a phage penetrated the bacterial membranes. These studies are good examples of applying cryo-EM to investigate virus-host interactions.</div><div>However, single particle analysis requires samples to be isolated, homogenous and monodispersed. On the contrary, tomography allows in situ studies and is applicable to samples with more flexibility and more heterogeneity. In the case of ΦX174, the structural changes that are involved in the assembly of the H-tube during infection remains a huge mystery. To provide an environment that is more similar to the surface of a bacterial cell, LPS-containing liposomes were mixed with ΦX174 viruses. It was then observed that the ΦX174 particles bound to these liposomes in a very compact manner which was impossible interpret with single particle analysis. Using cryo-ET, 3D volumes of liposome-ΦX174 complexes were reconstructed and structural details were visualized by sub-tomogram classification and averaging.</div><div>The emergence of cryo-EM has not only made high-resolution structural studies possible but also broadened the scope of samples with which virologists could work. Moreover, studies on flexible and heterogeneous complexes between viruses and host factors are now possible using either single particle analysis or electron tomography. These techniques will help us to understand virus-host relationships and finally, to develop effective anti-viral therapies.</div>

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-25T18:08:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPresencaParvovirus.pdf: 1518461 bytes, checksum: b84e8bedea7aea3a3208fa621e81d261 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-27T14:44:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPresencaParvovirus.pdf: 1518461 bytes, checksum: b84e8bedea7aea3a3208fa621e81d261 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-27T14:44:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPresencaParvovirus.pdf: 1518461 bytes, checksum: b84e8bedea7aea3a3208fa621e81d261 (MD5) Previous issue date: 2010 / A psoríase é uma doença já considerada multissistêmica, cuja característica mais conhecida é o acometimento cutâneo e articular com etiologia ainda discutida. A pele acometida se apresenta comumente com eritema e descamação. Em nível celular, o processo envolve fundamentalmente as células T ativadas, macrófagos e polimorfonucleares. A participação dos ceratinócitos e a expressão imunodependente de moléculas de adesão revela uma complexa rede de mediadores com alta atividade biológica. A presença desses mediadores citocínicos determinam as alterações de funções imunorregulatórias traduzidas através do quadro clínico típico da doença. Após a comprovação do Streptococus B hemolítico como um agente desencadeador da psoríase gotada, vários estudos procuram relacionar outros fatores etiopatogênicos capazes de exercer uma expansão clonal de células T, como vimos na doença. Dentre alguns vírus estudados, o Parvovírus B19 foi relacionado como agente precipitador de artrite e de outras doenças autoimunes; e devido ser um vírus comum, produzir infecção por vezes assintomática, permanecer longamente no hospedeiro, induzir resposta inflamatória local e principalmente residir na pele também têm sido pesquisado como “agente de gatilho” no desenvolvimento da psoríase. Neste trabalho, utilizou-se a pesquisa do DNA viral através de técnica de PCR na pele de pacientes psoriásicos na pele de pacientes com eczema como controle e não foi observado nenhuma positividade significante que pudesse diferenciá-lo nos dois grupos, portanto, sem relação causal ou desencadeante da doença em questão. Na pesquisa de citocinas observou-seaquelas esperadas na pele psoriásica como TNF-a, mas também citocinas do tipo TH2. No grupo eczema, a presença de citocinas TH2 não foi alterada pela existência ou não do vírus no tecido. Apesar da predisposição genética para o desenvolvimento da doença, novos estudos são necessários a fim de pesquisar estímulos antigênicos capazes de alterar as funções imunológicas e criar um perfil e um fenótipo clínico que reconhecemos como psoríase. / Psoriasis is a disease already considered multisystemic, whose most known feature is the joint and skin involvement, with unclear etiology. The affected skin usually presents with erythema and desquamation. At the cellular level, the process involves primarily the activated T cells, macrophages and polymorphonuclear cells. Keratinocytes action and immune-dependent expression of adhesion molecules reveal a complex network of mediators with high biological activity. The presence of these inflammatory cytokines determines changes in Immunoregulatory functions translated by clinical symptoms of the disease. After verification of B hemolytic Streptococcus as a causative agent of guttate psoriasis, several studies has been attempted to relate other etiopathogenic factors capable of exerting a clonal expansion of T cells, as observed in the disease. Among some viruses studied, parvovírus B19 was listed as precipitating agent for arthritis and other autoimmune diseases, and due to be a common virus to produce infection often asymptomatic, spend time in the host, inducing local inflammatory response and mainly reside in the skin have also been researched as an "agent trigger" in the development of psoriasis. In this study, we used the viral DNA by PCR in the skin of psoriatic patients in the skin of eczema patients as controls and did not observe any significant positive results that would differentiate it in the two groups, therefore, no causal relationship or triggering the disease in question. In search of cytokines was observed that expected in psoriatic skin as TNF-a, but also of TH2 cytokines. Eczema in the group, the presence of TH2 cytokines was not altered by the presence of the virus in tissue. Despite the genetic predisposition to disease development, further studies are needed in order to study antigenic stimuli capable of altering immune function and create a profile and a clinical phenotype that can be recognized as psoriasis.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2001. / Härtill 6 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2005. / Härtill 5 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2006. / Härtill 5 uppsatser.

A ferramenta mais importante para o controle da brucelose em bubalinos e bovinos é a vacinação compulsória, utilizando-se a vacina viva atenuada contendo a estirpe B19 de Brucella abortus. A vacina B19 confere imunidade duradoura à infecção nos animais vacinados, e sua aplicação é restrita às fêmeas com idade entre 3 e 8 meses. A vacina B19 induz a produção de anticorpos que interferem no sorodiagnóstico da infecção, de forma que o diagnóstico sorológico de animais vacinados deve ser realizado apenas após os 24 meses de idade, idade na qual os anticorpos de origem vacinal já declinaram para níveis não detectáveis. O desempenho, a cinética humoral e o período de clearance da estirpe vacinal são bem conhecidos nos bovinos, contudo há poucas informações referentes a estes aspectos na espécie bubalina. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a eliminação da estirpe B19 pelas fêmeas bubalinas vacinadas com a dose padrão contendo de 60 a 120 bilhões de UFC, assim como o perfil da resposta imune humoral induzido pela vacinação e a eficiência dos principais testes laboratoriais em diferenciar anticorpos vacinais dos anticorpos induzidos pela infecção natural. Foram utilizadas 44 fêmeas bubalinas provenientes de duas propriedades, negativas para brucelose, localizadas no interior do Estado de São Paulo, sendo 33 animais da propriedade A e 11 da propriedade B. Os animais foram vacinados e amostras de sangue, swab vaginal e urina foram coletas semanalmente, desde o dia em que a vacinação foi realizada (D0) até que os animais completassem 24 meses de idade. Os soros obtidos a partir das amostras de sangue foram utilizados na avaliação sorológica, empregando-se os seguintes testes: antígeno acidificado tamponado (AAT), 2-mercaptoetanol (2ME), fixação de complemento (FC) e polarização fluorescente (PF). As amostras de urina e swab vaginal foram submetidas ao cultivo microbiológico para isolamento de Brucella spp. e à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para avaliar a eliminação da estirpe vacinal. Na PCR, as amostras foram amplificadas primeiramente utilizando-se primers direcionados à região interespaçadora do RNA ribossomal de Brucella spp. (PCR-ITS) para a detecção de qualquer componente do gênero. Amostras com resultados positivos pela PCR-ITS foram submetidas à PCR utilizando-se primers direcionados ao gene eri de Brucella spp, num ensaio específico para a detecção da estirpe B19 (PCR-B19). Foi calculada a especificidade de cada teste sorológico em detectar como negativos os animais vacinados. Todos os animais apresentaram-se reagentes aos sete dias pós-vacinação no teste de AAT, aos 14 dias no teste de 2ME, aos 126 no teste de FC. No teste de PF, o D28 foi o período em que o maior número de animais apresentaram resultados positivos. Dezesseis animais não soroconverteram em nenhum momento do experimento pelo teste de PF. A PF foi o teste mais eficiente na diferenciação de anticorpos vacinais, sendo que todos os animais apresentaram resultados negativos aos 151 e 232 dias pós-vacinais nas propriedades A e B, respectivamente. No teste de FC, 100% animais apresentaram resultados negativos no D552 (propriedade A) e no D331 (propriedade B). No D552 na propriedade A as especificidades foram de 92,31% para o teste de 2ME e 69,23% para o teste de AAT. A propriedade B apresentou nos dias D366 especificidades de 72,73% e 36,36% para os testes 2ME e AAT, respectivamente. Todos os animais foram negativos pelo cultivo microbiológico em todo o período de monitoramento. Na PCR foram verificadas 19 das 1144 amostras positivas (1,66%). Das 44 bezerras avaliadas, 15 (34,1%) apresentou resultado positivo em pelo menos uma colheita, em amostras de urina e/ou swab vaginal. De acordo com os resultados apresentados, pode-se concluir que a prova sorológica mais eficiente para a diferenciação dos anticorpos de origem vacinal dos da infecção natural é o teste de PF e que, a eliminação da estirpe vacinal pode ocorrer de forma intermitente, durante períodos prolongados nas fêmeas bubalinas vacinadas. / The most important tool for the control of brucellosis in buffalo and cattle is compulsory vaccination, using a live and attenuated vaccine containing the S19 strain of Brucella abortus. The S19 vaccine confers long-lasting immunity to infection in vaccinated animals and the application is restricted to females aged between 3 and 8 months. The S19 vaccine induces production of antibodies that interfere with serodiagnosis of infection, so that the serological diagnosis of vaccinated animals must be only realized after 24 months of age, when the vacinal antibodies declined to undetectable levels. The performance, kinetics and humoral clearance period of the strain 19 vaccine are well known in cattle, however there is little information concerning these aspects in buffalo. This study aimed to evaluate the elimination of strain S19 by buffalo females vaccinated with the standard dose containing 60-120 billion CFU, as well as the profile of the humoral immune response induced by vaccination and efficiency of principals laboratory tests to differentiate vaccinal antibodies of the antibodies induced by natural infection. We used 44 female buffalo from two farms negative for brucellosis, located in the State of São Paulo, being 33 animals of the property A and 11 of the property B. The animals were immunized and blood samples, urine and vaginal swabs were collected weekly from the time that vaccination is performed (D0) until complete 24 months of age. The sera obtained from the blood samples were used for serological testing, using the following tests: rose bengal test (RBT), 2-mercaptoethanol (2ME), complement fixation test (CFT) and fluorescence polarization assay (FPA). The urine samples and vaginal swabs were tested by microbiological culture for isolation of Brucella spp. and polymerase chain reaction (PCR) to evaluate the clearance of the vaccine strain. In PCR, the samples were first amplified using primers directed to the interspace region of the ribosomal RNA Brucella spp. (ITS-PCR) for the detection of any component of the genus. Samples with positive results by ITS-PCR were subjected to PCR using primers directed to the gene of ery of Brucella spp, in a specific assay for the detection of strain B19 (B19-PCR). Were calculated the specificity of each serological test to detect as negative the vaccinated animals. All animals showed reagents at seven days post-vaccination in the RBT test, at 14 days in the test 2ME, 126 on the CFT test. In the test of FPA, D28 is the period in which the highest number of animals tested positive. Sixteen animals do not seroconverted at any time of the experiment by FPA. The FPA test was more effective in differentiating antibodies of vaccination, and all animals were negative at 151 and 232 days post vaccination in the properties A and B, respectively. In test CFT, 100% animals showed negative results in D552 (property A) and D331 (property B). In the property A, at D552, the specificities were 92.31% for the test 2ME and 69.23% for the test RBT. Property B had in the days D366 specificities of 72.73% and 36.36% for the tests 2ME and RBT, respectively. All animals were negative by microbiological culture throughout the monitoring period. In the PCR were verified 19 samples positives in 1144 (1.66%). Of the 44 heifers evaluated, 15 (34.1%) showed positive results in at least one sample, in samples of urine and/or vaginal swabs. According to the presented results, we can conclude that the most effective serological test for differentiation of antibodies of natural infection of vaccine testing is FPA and the elimination of the vaccine strain may occur intermittently during periods prolonged in buffalo females vaccinated.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:29:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3460_1.pdf: 9606201 bytes, checksum: 522885c74fabba7080761a9a8396bd03 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Descoberto em 1975 o Parvovírus B19 (B19V) é o único membro da família Parvoviridae que apresenta comportamento patogênico em humanos. A persistência do vírus em vários tecidos, após infecção aguda, assim como sua presença em doenças do tecido conectivo e/ou autoimunes, reforça sua associação com várias patologias entre elas a Artrite Reumatóide (AR). Este trabalho teve como objetivos: verificar a associação entre infecção pelo B19V e o desenvolvimento da AR, traçar o perfil dos pacientes com AR quanto à atividade da doença utilizando o HAQ (The Health Assessment Questionnaire) e CDAI (Clinical Disease Activity Index) e correlacionar os dados encontrados com o resultado da sorologia para B19V. Trata-se de um estudo do tipo caso-controle com 92 portadores de AR e 92 com Osteoartrite (OA) constituindo o grupo controle, ambos originados do Ambulatório de Reumatologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco. O estudo foi realizado de março a novembro de 2007. A sorologia para quantificação de IgG anti B19V foi realizada pelo ensaio imunoenzimático (ELISA) (RIDASCREEN®). Aplicou-se um questionário durante a entrevista para coleta de dados referente à doença. Foram excluídos da análise 18 pacientes por apresentarem resultado do ELISA indeterminado. Na análise observou-se predomínio do sexo feminino em mais de 90% no grupo de AR bem como em OA. A média de idade dos grupos foi de 50,5 ± 11,5 anos para AR e 57,4 ± 9,9 anos para OA respectivamente. Foi encontrada uma maior prevalência de IgG anti-B19V e um risco relativo de 2,69 (x2=26,40; p < 0,001) no grupo de AR quando comparados com o controle. Analisando os dados do HAQ, pudemos estimar que dos 74 pacientes, 30/74 (40,5%) apresentavam pouca ou nenhuma limitação funcional, 17/74 (23%) moderada limitação e 27/74 (36,5%) acentuada ou total incapacidade funcional. Segundo o CDAI observamos que dos 74 pacientes estudados, 14/74 (18,9%) sugeriam remissão do quadro de doença, 18/74 24,3%) baixa atividade de doença, 16/74 (21,6%) moderada atividade de doença e 26/74 (35,1%) doença em atividade. Não houve concordância entre os parâmetros de atividade da AR e a positividade para B19V. Os resultados encontrados sugerem a participação do B19V como um dos gatilhos que determinam o aparecimento da AR

A fragmentação e a invasão de florestas tropicais e a crescente concentração de assentamentos humanos aumentaram exponencialmente as chances de exposição a vírus emergentes e emergentes. Dado o grande potencial de espalhamento de patógenos em população humanas, a identificação e caracterização de agentes patogênicos circulantes podem melhorar a atenção primária e as capacidades de diagnóstico para um agente emergente futuro. As abordagens moleculares e metagenômicas que utilizam as tecnologias de sequenciação da próxima geração levaram a descoberta e caracterização de muitos vírus emergentes na última década. Além disso, as abordagens in silico também podem ajudar a identificar vírus emergentes usando apenas dados de sequenciamento publicamente disponíveis. Além disso, estimar a ascendência filogenética e até mesmo analisar as mudanças no uso de codons são ferramentas adicionais que podem melhorar a nossa compreensão de vírus emergentes ou reemergentes. Este projeto visou aplicar essas ferramentas em ambos os vírus que poderiam estar circulando no Brasil: Parvovírus B19 e vírus da Febre Amarela. Também exploramos as aplicações de modelos ocultos de Markov e índice de adaptação de codons usando dados publicamente disponíveis. Esperamos que este trabalho forneça uma prova de conceito para futuros projetos metagenômicos e demonstre a utilidade das várias técnicas moleculares e bioinformáticas no estudo de vírus emergentes. / Fragmentation and encroachment of tropical rainforests and the growing concentration of human settlements have exponentially increased chances of exposure to re-emerging and emerging viruses. Given the large potential for pathogens to spillover and spread in a population, identifying and characterizing circulating human pathogens could improve the readiness and diagnostic capabilities for a future emergence. Molecular and metagenomic approaches using next-generation sequencing technologies have led to the discovery and characterization of many emerging viruses over the last decade. In complement, in silico approaches can also help identify emerging viruses using only publicly available sequencing data. Moreover, estimating the phylogenetic ancestry and even analyzing changes in codon usage are additional tools that can improve our understanding of an emerging or re-emerging virus. This project aimed to apply these tools to two viruses that could be circulating in Brazil: Parvovirus B19 and Yellow Fever virus. We also explored the applications of Hidden Markov models and codon adaptation index using publicly available data. We expect this work to provide a proof-of-concept for future metagenomic projects, and demonstrate the utility for several molecular and bioinformatics techniques in the study of emerging viruses.

A brucelose bovina é uma das zoonoses mais difundidas no mundo e provoca prejuízos econômicos decorrentes de problemas reprodutivos. Diversos investimentos e esforços têm sido feitos para preveni-la em várias partes do mundo. Em destaque no cenário da pesquisa mundial sobre brucelose, está a busca por uma vacina que seja inócua aos humanos e animais, garanta uma boa imunidade e, principalmente não interfira nos testes de diagnóstico. Desde a criação da primeira vacina contra brucelose, diversas outras foram desenvolvidas, no entanto, poucas foram aceitas e usadas em larga escala. As perspectivas para o futuro das vacinas contra brucelose, demostram ser tão variadas quanto o seu passado. Nesse contexto, o objetivo desse trabalho é fazer uma reflexão sobre as vacinas contra brucelose considerando as principais vacinas desenvolvidas no passado, as utilizadas na atualidade e as perspectivas para a vacinologia contra brucelose. / Bovine brucellosis is one of the most widespread zoonoses in the world and it causes economical losses due to reproductive problems. Several investiments and efforts have been done to prevent bovine brucellosis in many parts of the world. The search for a vaccine which is harmless to both human and animals, ensure good immunity and , mainly, does not interfere in diagnostic tests is featured on the scene of worldwide research on brucellosis. Since the creation of the first vaccine against brucellosis, several others have been created. However, few have been accepted and widely used. The perspectives for the future of vaccines against brucellosis can be seen as varied as they were in the past. In this context, the aim of this study is to reflect on brucellosis vaccines considering the main vaccines developed in the past, the ones in use today and the perspectives for the future of vaccinology againt brucellosis.