Orientador: Fabiana Pilarski / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: A intensificação na criação de tilápia tem aumentado gradativamente o número de enfermidades bacterianas nos peixes, com destaque para o Streptococcus sp. e Aeromonas sp., que provocam um número elevado de morbidade e mortalidade nos peixes. Quando surtos de bacterioses ocorrem, um grande número de antimicrobianos é utilizado, muitas vezes de forma indiscriminada e sem critérios, causando danos à saúde dos peixes, meio ambiente e consumidor. O aparecimento de cepas bacterianas resistentes a uma ou mais drogas, incluindo à oxitetraciclina, já se tornou a maior ameaça à saúde pública da atualidade, e a Organização Mundial de Saúde, já há algum tempo, tenta regulamentar o uso não terapêutico destas substâncias. Assim, este estudo teve como objetivo elucidar o perfil de resistência da Aeromonas sp. e do Streptococcus sp. aos dois antimicrobianos legalizados para uso na piscicultura brasileira (florfenicol e oxitetraciclina) e detectar os genes envolvidos na resistência à tetraciclina. Para tanto, foram utilizadas 108 bactérias, isoladas de tilápia-do-Nilo com sinais clínicos característicos de aeromonose ou estreptococose, as quais foram submetidas ao teste de susceptibilidade aos antimicrobianos oxitetraciclina e florfenicol, através da concentração mínima inibitória (MIC) pelo método da microdiluição e identificadas como cepas sensíveis ou resistentes. Também foi verificado a presença dos genes de resistência (tetA, tetE, tetL e tetM) à oxitetraciclina atravé... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The tilapia production has gradually increased the number of fish bacterial diseases, especially for Streptococcussp. and Aeromonassp. which cause a high number of morbidity and mortality in fish. When bacterial diseases outbreaks occur, a large number of antimicrobials are used, often indiscriminate causing damage to fish health, environment and consumer. The appearance of resistant bacterial strains to one or more drugs, including oxytetracycline, has become the greatest threat to public health today, and the World Health Organization, since some time ago, tried to regulate the non-therapeutic use of these substances. This study aimed to elucidate the resistance profile of Aeromonas sp. and Streptococcus sp. to two antimicrobials florfenicol and oxytetracycline, legalized for the Brazilian fish production and to detect genes involved in resistance to tetracycline. Therefore, we used 108 bacteria isolated from Nile tilapia with clinical characteristic signs of Aeromonas or Streptococcus infection, which were submitted to the susceptibility test to oxytetracycline and florfenicol antimicrobial by minimum inhibitory concentration (MIC) using the microdilution method and identified as wild or non-wild strains. It was alsofound the presence of resistance genes (tetA, tetE, tetL and tet M) oxytetracycline by PCR analysis. As a result of MIC for the antimicrobial agents tested, one variation of oxytetracycline for Aeromonas between 0,06 to 32 µg/ml and 0,125 to 1... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ricardo Andrade Reis / Coorientador: Américo Garcia da Silva Sobrinho / Banca: Flávio Dutra de Resende / Banca: Josiane Fonseca Lage / Resumo: Objetivou-se avaliar o consumo, desempenho e as características físico-químicas e nutricionais do músculo Longissimus lumborum de cordeiros alimentados com silagem tratada com inoculante bacteriano associada a duas relações volumoso:concentrado. Foram utilizados 40 cordeiros machos mestiços (Texel x Dorper) não castrados, em sistema de confinamento. O experimento foi conduzido em blocos ao acaso em esquema fatorial 2 (silagem de milho inoculada ou não com Lactobacillus plantarum e Bacillus subtilis) x 2 (duas relações volumoso:concentrado: 60:40 e 40:60), com 10 repetições. Os animais foram alocados em baias individuais e permaneceram em adaptação por 15 dias. O consumo de FDN foi superior nos animais que receberam maior proporção de volumoso na dieta (60% de silagem). O ganho de peso diário (GDP) foi maior nos animais tratados com silagem inoculada (controle = 218g/dia; Inoculada = 234g / dia), e relação volumoso:concentrado 60:40 (40: 60 = 212g/dia; 60:40 = 233g/dia). A menor proporção de silagem (40%) na dieta implicou em maior (P<0,05) de rendimento de carcaça quente. Os animais que receberam maior proporção de silagem (60%) na dieta apresentaram teores de colesterol mais elevados (40% silagem= 107mg; 60% de silagem= 116mg). Com relação aos ácidos graxos, os animais que receberam silagem inoculada apresentaram maior concentração de ácidos graxos saturados (controle= 45,51; inoculada= 47,68), e os que receberam silagem sem tratamento apresentaram maior concentração de ácid... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study evaluated the intake, performance, physico-chemical and nutrional properties of the longissimus lumborum of lambs fed with silage. The silage was treated with inoculant bacteria associated with two forage-toconcentrate ratio. The investigation used forty crossbred male lambs (Texel x Dorper). The lambs were not neutered and were raised in a containment system. The experiment was randomly conducted in blocks in factorial system 2 (silage treated or not treated with Lactobacillus plantarum corn and Bacillus subtilis) x 2 (two ratio forrage-to-concentrate ratio: 60:40 and 40:60) and repeated ten times. The animals were placed in individual pens, where they remained in adaptation for fifteen days. The study found that the comsumption of FDN was higher in animals that had received a greater proportion of silage in their diet (60% silage). The average daily weight gain (ADG) was higher in animals fed with treated silage (control = 218g / day; treated = 234g / day) and with forage-to-concentrate ratio 60:40 (40: 60 = 212g / day; 60:40 = 233g / day). The lowest rate of silage (40%) in the animals' diet caused a higher hot carcass weight (P <0.05). The animals that received a higher rate of silage diet (60%) presented higher cholesterol levels (40% silage = 107mg, 60% silage = 116mg). Regarding fatty acids, animals that were fed wth treated silage presented a higher concentration of saturated fatty acids (control = 45.51; inoculated = 47.68). Those that did not receive trea... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ricardo Andrade Reis / Resumo: O nosso objetivo foi determinar o impacto do Lactobacillus e Bacillus subtilis como aditivos sobre a qualidade da silagem de milho e desempenho de gado de corte e ovinos. Para isso, três experimentos foram conduzidos. O primeiro estudo investigou o efeito do L. buchneri como inoculante para silagem ou probiótico sobre a fermentação ruminal da silagem de milho em condições in vitro. O experimento foi conduzido em um esquema fatorial 2 × 3, sendo duas silagens (não inoculada ou inoculada com L. buchneri) como substratos combinadas com três fluidos ruminais obtidos a partir dos ovinos que consumiram as três diferentes dietas descritas no segundo estudo. Os resultados apontaram que o uso do L. buchneri como inoculante para silagem alterou os padrões de fermentação da silagem de milho aumentando a produção de gás em todos os tempos avaliados. No entanto, este acréscimo não foi acompanhado do aumento na digestibilidade da matéria orgânica ou concentração total de ácidos graxos voláteis. Por outro lado, a utilização do L. buchneri como probiótico parece ter um maior impacto sobre os produtos finais da fermentação in vitro do que sobre a produção de gás, sendo estes resultados mais contundentes em tempos mais curtos de fermentação (até 9 horas de fermentação). O segundo estudo investigou o efeito do L. buchneri como inoculante para silagem ou probiótico em ovinos. Seis ovinos canulados foram utilizados em um duplo quadrado latino 3 × 3 contendo três períodos de 19 d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Our objective was to determine the impact of Lactobacillus and Bacillus subtilis as silage additives on the quality of corn silage and their effects on the performance of beef cattle and sheep. For that, three studies were carried out. The first study investigated the effect of L. buchneri as a silage inoculant or probiotic on in vitro ruminal fermentation of corn silage. The experiment was carried out under a 2 × 3 factorial arrangement, with two silages (untreated or treated with L. buchneri) as substrate combined with three ruminal fluids obtained from the wethers consuming the three different diets described in the second study. The results appointed that L. buchneri as a silage inoculant alters fermentation patterns of corn silage leading to an increase in gas production over time; however, this increase is not accompanied by increased organic matter digestibility or total volatile fatty acids concentration. Conversely, the utilization of L. buchneri as a probiotic appears to have a greater impact on fermentation end products than in vitro gas production, particularly during earlier stages of fermentation (i.e., up to 9 h of fermentation). The second study investigated the effect of L. buchneri as a silage inoculant or probiotic in wethers. Six cannulated-wethers were arranged in a double 3 × 3 Latin square of three 19-d periods, and they were fed a total mixed ration ad libitum using a 70:30 forage:concentrate ratio. Diets were composed of 1) untreated corn silage; 2) i... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jackson Antônio Marcondes de Souza / Coorientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Luciano Takeshi Kishi / Resumo: De maneira geral, resíduos industriais como vinhaça e torta de filtro, causam preocupação devido ao risco de impactos ambientais que podem ser causados quando utilizados na reposição de nutrientes em solos com cultivo de cana-de-açúcar (Saccharum spp.). Devido à falta de estudos que busquem desvendar os impactos destes resíduos na estrutura e composição de comunidades bacterianas, este trabalho teve como proposta utilizar o gene 16S rRNA para avaliar a diversidade bacteriana presente em 5 biomas com diferentes manejo de cana-de-açúcar e os resíduos vinhaça e torta de filtro. Foram analisados um total de 1.090 sequencias do 16S rRNA de bactérias, recuperadas de: i) solo com fertirrigação de vinhaça e plantio de cana-de-açúcar (SV), ii) solo depositado sobre o canal mestre da vinhaça (MC), iii) solo de mata nativa localizada próxima a áreas de plantio de cana-de-açúcar (MT), iv) solo com plantio de cana-de-açúcar sem a aplicação de vinhaça (CH) e v) semicomposto de torta de torta de filtro (CP). Com base na curva de rarefação e índice Richness, SV foi considerado o ambiente mais diverso, MT foi considerado como portador de diversidade intermediária e, com base nos outros índices, MC foi considerado o ambiente menos diverso. O filo Actinobacteria, relacionado com a degradação da biomassa vegetal e produção de antimicrobianos, dominou a população do ambiente CP, fato possivelmente relacionado a elevada quantidade de material lignocelulósico disponível na torta de filtro. CP também apresentou os filos Firmicutes e Proteobacteria, ambos presentes em diferentes estágios do processo de compostagem. Os ambientes de solos foram considerados como portadores de poucos táxons relacionados a gêneros bacterianos cultivados, além de apresentarem elevado número de clones afiliados a bactérias não classificadas. Os testes de variância molecular Unifrac e Libshuff demonstram que os cinco biomas ... / Abstract: Generally, industrial wastes as vinasse and filter cake cause public apprehension due to the risk of environmental impacts caused by their use as nutrients replenishment in soils with cultivation of sugarcane (Saccharum spp.). Due to lack of studies that seek to unravel the impacts of these residues in the structure and composition of bacterial communities, this work aimed to apply the 16S rRNA gene to assess the bacterial diversity present in five biomes with different sugarcane crop management besides waste vinasse and filter cake. A total of 1,090 sequences of bacterial 16S rRNA were recovered and analyzed: i) soil under sugarcane crop fertilized by vinasse (SV); ii) soil from the master channel for vinasse distribution (MC), iii) soil under native forest located next to areas of sugarcane planting (MT), iv) soil under sugarcane crop without vinasse irrigation (CH), and v) filter cake semi-composting compound (CP). Based on Richness index and rarefaction curve, the SV is considered the most diverse, followed by MT as the intermediary, and MC as the least diverse environment. The Actinobacteria phylum related to the degradation of plant biomass and production of antimicrobials has dominated the population of the CP environment, that was possibly related to high amount of lignocellulosic material available on the filter cake. CP also presented the Firmicutes and Proteobacteria phyla, both present at different stages of the composting process. Soil environments showed few taxa related to cultured bacterial genera unlike the high number of clones affiliated to bacteria not classified. Unifrac and Libshuff tests for molecular variance show that the five biomass present variation in the structure of bacterial communities. In addition, SV and MC does not share species each other. These results demonstrate that the environments containing vinasse and filter cake are different from other biomes with management of sugarcane. These ... / Mestre

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: Eleni Gomes / Banca: Mariana Carina Frigieri / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Resumo: A análise de mineração de dados genômicos de Mesorhizobium sp. revelou a presença de uma ORF de 1257pb contendo o gene mesoamp, que codifica uma proteína de 418 aminoácidos. A sequência de aminoácidos deduzida apresenta 50% de identidade com uma amino-peptidase termoestável de Thermus thermophilus, membro da família de peptidase M29, e oito assinaturas caraterísticas das metalo-protease termofílicas foram encontrados. O gene mesoamp foi clonado e expresso em Escherichia coli. A massa molecular da proteína foi avaliada por SDS-PAGE e filtração em gel, o que indicou que a proteína apresenta 45,72kDa e 88,05kDa, respectivamente, sugerindo uma estrutura dimérica da enzima recombinante. A enzima foi nomeada como MesoAmp. Em seguida realizou-se a modelagem 3D estrutural, que mostrou uma região de dimerização e uma região de ligação ao substrato altamente conservada contendo os resíduos de ligação a metais e o resíduo catalítico. A enzima apresentou atividade ótima em pH 8,5 e temperatura de 45°C, foi fortemente ativada por Co2+ e Mn2+, nestas mesmas condições de reação, a enzima apresentou Km e Kcat de 0,2364±0,018mM e 712,1±88,12seg-1, respectivamente. Além disso, foi verificado uma notável estabilidade da enzima em solventes orgânicos e elevadas concentrações de NaCl, além de um alto grau de reutilização sem perda apreciável de atividade o que torna MesoAmp única, este trabalho estabelece as bases para potenciais aplicações biotecnológicas e/ou o desenvolvimento de tecnologias su... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genomic data mining analysis of a Mesorhizobium sp. revealed the presence of a 1257-bp open reading frame containing the Mesoamp gene, which encodes a protein of 418 amino acids. The deduced amino acid sequence was 50% identical to the thermostable amino-peptidase from Thermus thermophilus, a member of peptidase family M29, and eight fingerprints signatures for a thermophilic metalloprotease were found. The mesoamp gene was cloned and overexpressed in Escherichia coli. The molecular mass of the protein was assessed by SDS-PAGE and gel filtration, which indicated the protein weighs 45.72kDa and 88.05kDa, respectively, suggesting a dimeric structure of the recombinant enzyme. The enzyme was designated as MesoAmp. The 3D structural modeling showed a dimerization region with highly conserved catalytic and binding metal residues. The enzyme exhibited optimum activity at pH 8.5 and 45°C and was strongly activated by Co2+ and Mn2+ . Under these reaction conditions, the enzyme displayed Km and Kcat values of 0.2364±0.018mM and 712.1±88.12seg-1, respectively. Additionally, the remarkable stability of the enzyme in organic solvents, its activity at high concentrations of NaCl and the high degree of reuse without appreciable loss of activity makes MesoAmp unique. In summary, this work lays the foundation for potential biotechnological applications and/or the development of environmentally friendly technologies and describes the first solvent and halo-tolerant amino-peptidases ident... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Wagner Vilegas / Banca: Vanderlan da Silva Bolzani / Banca: Hosana Maria Debonsi / Banca: Luis Octavio Regasini / Banca: Letícia Veras Costa Lotufo / Resumo: A fauna acompanhante da pesca do camarão inclui uma série de invertebrados marinhos que são descartados por não ter valor comercial. A fim de tentar acrescentar algum valor a este material, foi analisada a composição química da estrela-do-mar Luidia senegalensis coletada na costa brasileira como consequência da aplicação da pesca de arrasto. A fim de avaliar sua composição química, foi utilizada uma combinação de extração em fase sólida (SPE) seguida de cromatografia líquida de ultra eficiência acoplada a espectrômetro de massas equipado com fonte de ionização por eletrosptray e analisador ion-trap linear (UPLCESI- IT-MSn). Luidia senegalensis contém asterosaponinas, que são esteroides glicosilados sulfatados contendo cinco e seis unidades de açúcar, além de poliidroxiesteroides. Este estudo mostrou a presença de compostos importantes e potencialmente bioativos em invertebrados associados à fauna acompanhante da pesca do camarão, usando um método rápido e eficiente. Normalmente descartada, a fauna acompanhante contém muitos invertebrados que podem hospedar uma grande variedade de gêneros de bactérias, algumas das quais com potencial de produzir produtos naturais bioativos com aplicações biotecnológicas. Assim, para utilizar um material normalmente descartado, foi explorado o potencial biotecnológico de bactérias cultiváveis de duas espécies de invertebrados abundantes na fauna acompanhante, o gastrópode Olivancillaria urceus e a estrela-do-mar Luidia senegalen... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The by-catch fauna of the shrimp fishery includes a number of marine invertebrates that are discarded because they do not have commercial value. In order to try to add some value to these materials, we analyzed the chemical composition of the starfish Luidia senegalensis collected in the Brazilian coast as a consequence of the trawling fishery method. In order to access their chemical composition, we used a combination of solid phase extraction (SPE) followed by ultra performance liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap tandem mass spectrometry (UPLC-ESI-IT-MSn). Luidia senegalensis contains asterosaponins, which are sulphated glycosilated steroids, containing five and six sugar moieties, in addition to polyhydroxysteroids. This study helped us to support the presence of important and potentially bioactive compounds in invertebrates associated to the by-catch fauna of the shrimp fishery, using a fast and efficient method. Typically discarded, by-catch contains many invertebrates that may host a great variety of bacterial genera, some of which may produce bioactive natural products with biotechnological applications. Therefore, to utilize by-catch that is usually discarded we explored the biotechnological potential of culturable bacteria of two abundant by-catch invertebrate species, the snail Olivancillaria urceus and the sea star Luidia senegalensis. Sediment from the collection area was also investigated. Utilizing multiple isolation... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientadora: Cristiane Duque / Banca: Sandra Maria Herondina Coelho Ávila de Aguiar / Banca: Ana Cláudia Okamoto / Banca: Thais Marchini de Oliveira / Banca: Thais de Cássia Negrini / Resumo: A cárie precoce da infância (CPI) é ainda um grave problema de saúde pública no mundo, principalmente em países em desenvolvimento. Estudos têm sugerido a associação da ingestão frequente de carboidratos fermentáveis como a sacarose, altas contagens de microrganismos cariogênicos e maior vulnerabilidade imunológica da criança na etiologia da CPI. O objetivo deste estudo foi avaliar os aspectos microbiológicos e imunológicos associados ao desenvolvimento da cárie precoce da infância. Crianças com idade entre 36 e 60 meses foram selecionadas e divididas em três grupos: LC - livres de cárie, CPI e CPI-S (CPI-severa). Questionário sobre os aspectos socioeconômico-culturais, hábitos de higiene bucal e diários de dieta foram respondidos pelos responsáveis. Foram coletadas amostras de saliva e biofilme dental das crianças e processadas para subsequentes avaliações laboratoriais. Em seguida, os níveis de IgA salivar total e contra GbpB de S. mutans foram determinados por ELISA e Western blot, respectivamente, as concentrações salivares dos peptídeos catiônicos antimicrobianos (PCAM): defensinas hBD-2 e hBD-3, catelicidina LL-37 e histatina 5 (HTN-5) por ELISA e a presença e os níveis salivares de Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Lactobacillus spp., Bifidobacterium spp. e Scardovia wiggsiae por qRT-PCR, sendo que estes dados foram correlacionados com os níveis salivares e no biofilme dental de estreptococos mutans (SM) e Lactobacillus spp. por meio de cultivo em meios específicos. Os resultados mostraram que as crianças com CPI-S apresentaram menor renda familiar quando comparadas às crianças LC ou CPI. Contudo, a ingestão de açúcar não diferiu entre os grupos. O grupo CPI-S apresentou maior contagem de SM na saliva/biofilme em relação aos grupos LC e CPI. Houve uma correlação positiva... / Abstract: Early childhood caries (ECC) is still a serious public health problem worldwide, especially in developing countries. Studies have been suggested the association among frequent intake of fermentable carbohydrates such as sucrose, high cariogenic microorganism's counts and child's immune vulnerability in the etiology of ECC. The objective of this study was to evaluate the microbiological and immunological factors for the development of early childhood caries. 36 to 60 monthold children were selected and distributed into three groups: caries free (CF), ECC and S-ECC (severe-ECC). Questionnaires about socio-economic-cultural data, oral hygiene habits and food-frequency diary were completed by the parents. Saliva and dental biofilm were collected from children and processed for subsequent laboratorial tests. The following analyses were determined: total IgA and IgA response against S. mutans GbpB by ELISA and Western blot, respectively; salivary concentrations of antimicrobial peptides (AMPs): defensins hBD-2 and hBD-3, cathelicidin LL-37 and histatin 5 (HTN-5) by ELISA; salivary detection and quantification of Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Lactobacillus spp., Bifidobacterium spp. and Scardovia wiggsiae by qRT-PCR, and these data were correlated with mutans streptococci (MS) and Lactobacillus spp. levels by culture in specific medium. Results showed that S-ECC children had reduced family income compared to ECC and CF. However, sugar intake did not differ among the groups. S-ECC group had higher MS count than CF/ECC groups. Positive correlations between salivary IgA response against GbpB and MS counts were found when the entire population was evaluated. When children with high mutans streptococci counts were compared, S-ECC group showed a significant decrease in IgA antibody levels against GbpB compared... / Doutor

Orientador: Marcelo Ferrarezi de Andrade / Banca: Vitor Obergoso Flores / Banca: Carlos Eduardo Francischone / Banca: Sizenando de Toledo Porto Neto / Banca: José Roberto Cury Saad / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi avaliar in vitro através de experimentos microbiológicos a ação bactericida e bacteriostática das nanopartículas TiO2, TiO2 e Ag e somente Ag no recobrimento de pinos intra-radiculares metálicos fundidos e de fibra de vidro. Foram utilizados 120 pinos intra-radiculares, 60 metálicos fundidos confeccionados em laboratório especializado, e 60 pinos pré-fabricados de fibra de vidro. Esses materiais foram recobertos pelo processo de dip coating, e tratados termicamente com nanopartículas de dióxido de titânio (TiO2), com um compósito de titânio/prata (TiO2/Ag) e somente prata (Ag). Os pinos recobertos apenas com nanopartículas de dióxido de titânio (TiO2) foram submetidos a fotocatálise heterogênea com o auxílio de uma luz ultravioleta (lâmpada Starlux 25w-F). Os pinos intra-radiculares sem nenhum tratamento de nanopartículas foram imersos na solução de clorexidina 2% por 5 minutos, devido à eficácia conhecida desse antimicrobiano, para podermos comparar com os demais grupos, sendo nosso controle positivo. No grupo controle negativo os pinos intra-radiculares foram removidos do dispositivo e diretamente testados. Para os experimentos realizados utilizamos o meio de cultura BHI (Brain Heart Infusion) e a bactéria Enterococcus Faecalis. O primeiro experimento realizado foi para avaliar a descontaminação dos pinos intra-radiculares através do teste de turvação no meio BHI caldo. As amostras (n=6) foram colocadas em estufa a 37°C, e as leituras foram realizadas após 24hs e 48hs. A análise foi através da presença ou não de turvação, sendo positivo: presença de turvação igual a crescimento bacteriano e negativo: ausência de turvação. Em seguida foi avaliada a ação antimicrobiana dos pinos intra-radiculares sob a Enterococcus Faecalis em meio BHI Agar. Os pinos foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this research was to evaluate in vitro experiments using microbiological bacteriostatic and bactericidal action of TiO2 nanoparticles, TiO2 and Ag and only Ag in the coating of the intraradicular molten metal and fiberglas post. 120 posts were used intraradicular, and 60 posts made of cast metal, made in a specialized laboratory, and 60 posts prefabricated fiberglass. These materials were coated by the process of dip coating and heat-treated with nanoparticles of titanium dioxide (TiO2) with a composite of titanium / silver (TiO2/Ag) and only silver (Ag). The posts covered with only nanoparticles of titanium dioxide (TiO2) were submitted to heterogeneous photocatalysis with the aid of an ultraviolet light (lamp 25w Starlux-F). The intraradicular pins without any treatment of nanoparticles were immersed in 2% chlorhexidine solution for 5 minutes due to the known efficacy of that antibiotic, in order to compare with the other groups, as our positive control. In the negative control group intraradicular posts were removed from the device and directly tested. For the experiments we performed using the BHI (Brain Heart Infusion) culture medium and the bacteria Enterococcus faecalis The first experiment was conducted the decontamination of intraradicular were evaluated by testing turbidity in the BHI broth. The samples (n = 6) were placed in an incubator at 37 ° C, and the readings will be made after 24 hours and 48 hours. The analysis was through the presence or absence of turbidity, if positive: the presence of tubidity equal to bacterial growth and negative: the absence of turbidity. Antimicrobial activity of intraradicular posts were assessed next under the Enterococcus faecalis in BHI Agar. The pins were inserted in the contaminated atmosphere with the bacteria, and the samples were placed... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Maria Carareto Alves / Banca: Rodrigo Matheus Pereira / Banca: Mariana Carina Frigieri / Resumo: O trabalho objetiva avaliar o papel da comunidade bacteriana na dinâmica dos sedimentos. No presente trabalho, compararam-se as comunidades bacterianas presentes em sedimentos de dois viveiros de piscicultura, um reservatório de água (V1) e o outro com condições de elevada carga orgânica (V4), os quais estão inseridos em um sistema sequencial com fluxo contínuo de água. As coletas de sedimentos foram realizadas em dois períodos distintos, um sendo na seca (Julho e Agosto/2012) e outro na chuva (Janeiro e Fevereiro/2012). A comunidade bacteriana foi avaliada através do sequenciamento do gene 16S rRNA. Os filos bacterianos permaneceram praticamente inalterados nas amostras V1 comparadas nas duas épocas estudadas. Nas amostras do V4 observou-se variação na frequência dos organismos encontrados em relação às diferentes coletas. A predominância em V1 foi dos filos Firmicutes seguido do Proteobacteria, Acidobacteria e Actinobacteria. No V4, o maior número de sequências encontradas pertencia ao filo Proteobacteria, seguido de Acidobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Chloroflexi, Nitrospira, Gemmatimonadetes e TM7. A comparação da população bacteriana dos dois viveiros estudados em diferentes épocas mostrou que as bactérias variam de acordo com as condições climáticas e estão intimamente interligadas com a concentração de nutrientes do local. Estas diferenças são importantes na elucidação do papel desenvolvido pelos procariotos na dinâmica dos sedimentos / Abstract: The aim of this study was identify the bacterial communities in dynamic of the sediment. In this study, we compared the bacterial communities present in sediment of two fish farm pond a used as water reservoir (V1) and the other with conditions of high nutrient load (V4), which are inserted in a sequential system with continous water flow (six ponds). The sediment sampling were conducted in two distinct periods one in dry season (July and August/2012) and another in the rain (January and February/2012). The bacterial community was assessed by sequencing the 16S rRNA. Through this data we observed in V1 regardless of time of year the bacterials phyla remained virtually unchanged.In V4 samples, was observed a variation in the frequency of organisms found in relation to different collections. In V1 was the predominance of the Phylum Firmicutes followed Proteobacteria, Acidobacteria and Actinobacteria. The largest number of sequences found at V4 belonged to the Proteobacteria phylum followed Acidobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Chloroflexi, Nitrospira, Gemmatimonadetes and TM7. A comparison of the bacterial population of the two ponds studied at different times showed that the bacteria at these sites varies according to the climatic conditions and are closely linked with nutrient concentration local. These differences are important in elucidating the role played by prokaryotes in the sediment dynamics / Mestre

Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Coorientador: Alessandro de Mello Varani / Banca: Lucia Maria Carareto Alves / Banca: Luciano Takeshi Kishi / Resumo: O entomopatógeno Bacillus thuringiensis têm se destacado no controle biológico de insetos-praga como alternativa viável em substituição aos inseticidas químicos. A bactéria é caracterizada pela produção de cristais protéicos em concomitância com o processo de esporulação. Esses cristais são formados por polipeptídeos que apresentam propriedade entomopatogênica frente a diversas ordens de insetos, porém são inócuos ao meio ambiente. Dessa forma, o conhecimento da diversidade de genes de B. thuringiensis presente no solo é de extrema importância para compreender sua distribuição ecológica e seus efeitos em habitats diferentes. Em paralelo, o uso de técnicas de análise envolvendo metagenômica são propostas para estudar comunidades microbianas presentes no meio ambiente, permitindo inclusive o acesso a microrganismos incultiváveis. A partir desta proposta o presente trabalho analisou a diversidade de genes codificadores das proteínas entomopatogênicas de B.thuringiensis em seqüências metagenômicas de DNA extraído de solo com cultivo de cana-de-açúcar e solo de floresta nativa em estações climáticas distintas. Foi possível identificar linhagens que possivelmente deram origem ao material genético via plataforma MG-RAST e os genes codificadores das proteínas entomopatogênicas foram identificados utilizando o software BLAST. Os resultados evidenciam uma provável influência das estações climáticas sobre a diversidade dos genes obtidos por este tipo de análise / Abstract: The entomopathogen Bacillus thuringiensis is the most used alternative to control pests as opposed to the use of chemical products. This bacterium is able to produce crystals protein with entomopathogenic properties coded by the cry genes during its sporulation phase. The knowledge of the diversity of cry genes found in B. thuringiensis that is considered a soil bacterium is of extreme importance to allow us to understand the ecological distribution and its potential effects on the environment. Aside from this, the use of metagenomics techniques are being proposed to study microbial communities, as a way to overcame uncultivable microorganism. Based on such proposition this work aimed to evaluate the presence of B. thuringiensis entomopathogenic protein coding genes from metagenomic DNA extracted from soil samples on which sugar-cane has been cultivated as well as native forest soil samples obtained during different seasons of the year. It was possible to identify some strains of B. thuringiensis using the platform MG-RAST and their respective cry genes using the software BLAST. The obtained results allowed us to consider the influence of the climate on the diversity of cry genes that could be recognized by this type of analysis / Mestre