Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3079.pdf: 1152831 bytes, checksum: 95bb3cf54d0288f6f1eee88985a755f5 (MD5) Previous issue date: 2010-05-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / The cyanobacterium Planktothrix agardhii is an important organism for the dynamics of Barra Bonita reservoir due to recurrent blooms throughout the year. However, there are still few published data on the dynamics of polysaccharides degradation and nitrogenous compounds excreted by the cells, as well as the way this process, and the compounds available, may affect the diversity and abundance of the bacterial community. This study aimed, therefore, to determine the feasibility of the released organic matter and cell biomass of cyanobacteria as the sole source of carbon and nitrogen for bacteria. Two similar experiments were performed: one using the dissolved organic matter (DOM) released by P. agardhii as a substrate for the establishment of a community from an inoculum from Barra Bonita reservoir and the second using cellular biomass of cyanobacteria as a substrate. Analysis of carbon and nitrogen, dissolved and particulate, provided the adjustment of a decay kinetic model, while counting and analysis of bacterial morphotypes, along with Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE), were used to establish a possible process of bacterial succession by using these substrates. The settings in the kinetic model showed two phases of degradation for both nitrogen and organic carbon: first, a rapid phase, during the first three days of degradation, followed by a slower phase of degradation. The degradation coefficients of the first phase (kT) reached values up to 60x higher than those determined for the second phase of mineralization (k3). Our values for residual compounds are in agreement with published data on the reservoir, and may have ecological implications for the possibility of export to downstream areas. Bacterial concentrations in number and total biovolume of the samples provided a curve with a peak in the second and third days of experimental culture, followed by a decline, more pronounced in curves of biovolume due to the continuing reduction in the average value per bacterial cell found in cultures. The analysis of morphotypes showed no significant differences through time in cultures with DOM, however, in cultures with bacterial biomass, a reduction in the concentration of bacilli may be observed, with a consequent increase in the concentration of coccobacilli and cocci. A preliminary analysis of the DGGE showed changes in patterns of bands produced between days 1, 3 and 5 in both experiments, which may be indicative of a succession process in these cultures. The use of these sources of carbon and nitrogen by bacteria proved therefore feasible to maintain the bacterial community and a possible succession process has been suggested. / A cianobactéria Planktothrix agardhii é um organismo importante para a dinâmica do reservatório de Barra Bonita devido às florações recorrentes ao longo do ano. Existem, entretanto, ainda poucos dados publicados sobre a dinâmica da degradação dos polissacarídeos e compostos nitrogenados excretados por esse organismo e a forma com que esse processo, e os compostos disponibilizados, podem afetar a diversidade e abundância da comunidade bacteriana. Este estudo teve como objetivo, portanto, verificar a viabilidade do excretado e da biomassa celular dessa cianobactéria como fonte única de carbono e nitrogênio para as bactérias. Para isso foram montados dois experimentos: o primeiro utilizando a matéria orgânica dissolvida (MOD) liberada por Planktothrix agardhii como substrato para estabelecimento de uma comunidade bacteriana proveniente de um inóculo de Barra Bonita, e o segundo, montado da mesma maneira, utilizando biomassa celular dessa cianobactéria como substrato. Análises de carbono e nitrogênio dissolvido e particulado forneceram subsídio para o ajuste de um modelo cinético do decaimento, enquanto contagem e análises de morfotipos bacterianos, juntamente com eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE), foram utilizadas para estabelecer um possível processo de sucessão bacteriana na utilização desses substratos. Os ajustes no modelo cinético mostraram duas fases de degradação para ambos o nitrogênio e carbono orgânicos, sendo a primeira fase rápida, durante os três primeiros dias de degradação, seguida por uma fase mais lenta de degradação. Os coeficientes de degradação da primeira fase (kT) alcançaram valores até 60x maiores que os determinados para a segunda fase da mineralização (k3). Os valores encontrados de compostos residuais estão de acordo com dados publicados sobre o reservatório, e podem ter implicação ecológica pela possibilidade de sua exportação para áreas a jusante. As concentrações de bactérias, em número e biovolume total das amostras, forneceram uma curva com pico máximo no segundo e terceiro dia de cultura experimental, seguido por um declínio, mais acentuado nas curvas de biovolume, devido à contínua redução no valor médio por célula bacteriana verificado nas culturas. As análises de morfotipos não revelaram diferenças significativas de acordo com o tempo nas culturas com MOD, porém, nas culturas com biomassa bacteriana, pôde ser observada uma redução na concentração de bacilos em função do tempo, com conseqüente aumento na concentração de cocobacilos e cocos. Uma análise preliminar do gel de DGGE permitiu identificar alterações nos padrões de bandas apresentados entre os dias 1, 3 e 5, de ambos os experimentos, o que pode ser indicativo de um processo de sucessão em andamento nessas culturas. A utilização dessas fontes de carbono e nitrogênio pelas bactérias mostrou-se, portanto, viável, para manutenção da comunidade bacteriana e foi sugerido, por análise preliminar, um possível processo de sucessão.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5330.pdf: 10406044 bytes, checksum: 695afbbdb7dfb4b1b7234ade1618ebae (MD5) Previous issue date: 2013-07-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Xyloglucanases (Xghs) are important enzymes involved in xyloglucan modification and degradation. Xanthomonas campestris (Xcc) is a phytopathogenic bacterium which produces a large number of glycosyl hydrolases (GH), but has only one family 74 GH (Xcc-Xgh). A Xcc-Xgh xyloglucan-specific endo-β-1,4-glucanase from family GH74 has been cloned from the Xanthomonas campestris by expression cloning in E. coli. The recombinant enzyme was purified by resin another Ni-NTA column and gel permeation chromatography. The recombinant Xcc-Xgh is stable at pH of 5.3 and temperature below 40°C; the specific activity this enzyme were determined such as 9.31U/mg protein. This enzyme was purified and crystallized. Diffraction datasets were collected for native enzyme and its two complexs with glucose at maximum resolution of 2.0, 2.1 and 2.7 Å, respectively. Data were indexed in the hexagonal crystalline system with unit-cell parameters a=b=153.4 and c=84.9 Å. Data scaling indicated that crystals belong to either space group P61 or its enantiomorph P65. Translation search in molecular replacement calculations solved the space group ambiguity (P61) and the structure refinement is currently in progress. That elucidation of the three-dimensional structure by SAXS and Crystallography of this enzyme will increase our understanding of structure function relationships of the GH74 family members and might provide new structural insights about xyloglucanases mode of action on xyloglucan polysaccharides. / Xiloglucanases (Xghs) são enzimas envolvidas na degradação da parede celular vegetal pela modificação do polissacarídeo xiloglucano. Xanthomonas campestris (Xcc) é uma bactéria fitopatogênica que produz um grande número de hidrolases de glicosídeos (GH) e apenas uma GH da família 74. Uma xiloglucanase Xcc-Xgh da família GH 74 foi clonada e expressa de forma heteróloga em E. coli. A enzima recombinante foi purificada por cromatografia de afinidade Ni-NTA e separação por exclusão molecular. Essa enzima tem maior estabilidade funcional na temperatura 40 °C e pH 5,3; é específica para a hidrólise de xiloglucano e sua atividade específica determinada foi 9,31U/mg. Por meio de espalhamento de raios-X a baixo ângulo (SAXS) foi possível determinar para duas diferentes construções desta enzima, uma com mutação e outra sem mutação, as curvas de estabilidade térmica diferentes para cada uma delas; isso reforça a estreita relação entre estrutura e função da presente enzima. Após a cristalização, conjuntos de dados de difração foram coletados para a enzima na forma apo e dois complexos com glicose na resolução máxima de 2,0, 2,1 e 2,7 Å, respectivamente. Os dados foram indexados no sistema cristalino hexagonal, com os parâmetros de célula unitária a=b =153,4 Å e c=84,9 Å. Os resultados do escalonamento indicam que os cristais pertencem ao grupo espacial P61 ou o seu enantiômero P65. A determinação estrutural por substituição molecular deixou claro que o verdadeiro grupo espacial é P61. Os ligantes de glicose obtidos por soaking com glicose pura e produtos da hidrólise de xiloglucano podem estar correlacionados com a atividade catalítica desta enzima. A determinação da estrutura tridimensional, como também os resultados funcionais, contribuem para a compreensão da maquinaria molecular das enzimas membros da família GH 74 e lança novas perspectivas estruturais sobre o modo de ação das xiloglucanases em polissacarídeos de xiloglucano.

Submitted by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-07-03T13:28:49Z No. of bitstreams: 1 TeseSEMD.pdf: 1674410 bytes, checksum: 64df7b8503bb00d9a70f11ac20a64c45 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-07-03T13:29:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseSEMD.pdf: 1674410 bytes, checksum: 64df7b8503bb00d9a70f11ac20a64c45 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-07-03T13:29:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseSEMD.pdf: 1674410 bytes, checksum: 64df7b8503bb00d9a70f11ac20a64c45 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-03T13:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseSEMD.pdf: 1674410 bytes, checksum: 64df7b8503bb00d9a70f11ac20a64c45 (MD5) Previous issue date: 2002-04-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / BTX compouds [benzene, toluene and xylene isomers (ortho, meta and para)] are light aromatics present in gasoline. They are toxic and relatively soíuble in water. This high solubility in comparison with other petroleum hydrocarbons explains their potential effect in the environment. Experimenta with pre-conditionated cultures, isolated from petroleum contaminated sites, were carried out with the aim of selecting sotventtolerant strains able of growing in high concentrations of BTX. Those strains were evaluated for their ability of p-xylene utilization. After 3 days of incubation, two strains were responsible for high percentages of pxylene removal from culture médium. It was concluded that these results were related to biodegradation, since the strains were able to grow in pxylene as the sole source of carbon and energy. High performance liquid chromatography and gas chromatography with flame ionization detection were used for BTX-determinationsr Biosurfactant production from the cultures was also evaluated, by emulsifying activity and emulsifying index (E24) determinations. Emulsification did not showany relationship with pxylene biodegradation. / Compostos BTX [benzeno, tolueno e isômeros do xileno (orto, meta e para)] são aromáticos leves presentes na gasolina, sendo tóxicos e relativamente solúveis em água, o que torna preocupante o seu efeito potencial no ambiente. Experimentos de crescimento de culturas isoladas de locais contaminados com derivados de petróleo, após précondicionamento, resultaram na seleção de linhagens tolerantes a altas concentrações de BTX, que foram então avaliadas quanto à habilidade de utilização de p-xileno. Duas linhagens foram responsáveis por altos percentuais de remoção de p-xileno do meio de cultura, com 3 dias de cultivo, o que foi atribuído à biodegradação, uma vez que este composto foi fornecido como fonte única de carbono e energia ao meio, sendo capaz de promover aumento do número de células viáveis. Para a determinação da concentração de BTX nas culturas, foram utilizadas técnicas de cromatografia líquida de alta eficiência e cromatografia gasosa com detecção por ionização em chama. Foi avaliada também a produção de biossurfactantes das culturas, através das determinações das atividades de emulsificação e dos índices de emulsificação (E24) das amostras. A emulsificação não se mostrou um fator importante para a degradação, uma vez que as linhagens degradadoras não mostraram capacidade de produção de biossurfactante.

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-12-02. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:51:10Z : No. of bitstreams: 1 000865027.pdf: 896212 bytes, checksum: 13e6100871354f5ee6c6af746cd371b8 (MD5) / A vinhaça é um subproduto resultante da fabricação do etanol e do açúcar. Existe uma enorme preocupação para os profissionais da área ambiental com relação ao seu destino final, pelo elevado grau impactante quando descartada no meio ambiente. As usinas do setor sucroenergético ultimamente vêm utilizando a adubação com vinhaça nas lavouras, graças às grandes concentrações de nutrientes presentes neste efluente. Estudo sobre a composição e a fisiologia da microbiota de solos submetidos à irrigação de vinhaça pode ter grande importância na descoberta de produtos de interesse biotecnológico, uma vez que este resíduo aumenta a atividade microbiana nos ambientes onde é aplicado. O objetivo do referido trabalho foi realizar a caracterização molecular, através do sequenciamento do gene 16S rRNA, a fim de identificar a filogenia de quatro isolados bacterianos obtidos de solos agrícolas de cana-de-açúcar com manejo de vinhaça, assim como avaliar a capacidade de solubilização de fosfato desses isolados em meio NBRIP e relacionar os dados obtidos com boas práticas na agricultura. O isolado LGA01-EV05 mostrou alta similaridade de sequência com Curtobacterium albidum, o isolado LGA02-EV08 denota similaridade com Brevibacillus nitrificans, os isolados LGA03-V20B e LGA04-V20G evidenciam elevado grau de similaridade entre si e com Sinomonas soli. Os táxons dos isolados são pertencentes aos filos Actinobactéria e Firmicutes. Com relação à avaliação do potencial bacteriano para solubilização de fosfato, os quatro isolados demonstraram eficiência em solubilizar fosfato em meio NBRIP. Entretanto, observou-se que não houve diferença estatística entre os grupos LGA02-EV08 e LGA04-V20G, sendo as melhores bactérias solubilizadoras de fosfato. Elas apresentaram um rendimento cerca de quatro vezes superior ao grupo LGA03-V20B, o pior entre os analisados / The stillage is a by-product of the production of ethanol and sugar. There is a huge concern for professionals in the environmental area in relation to its final destination, the high degree impactful when discarded into the environment. The plants the sugarcane industry lately have been using the fertilization with vinasse in crops thanks to large concentrations of nutrients present in this effluent. Study on the composition of the microbiota and physiology of soils subjected to irrigation vinasse can be of great importance in finding products of biotechnological interest since this residue enhances the microbial activity in environments where it is applied. The purpose of that study was the molecular characterization, by sequencing the 16S rRNA gene in order to identify the phylogeny of four bacterial isolates obtained from sugarcane cropland with vinasse management, and assess the capacity of phosphate solubilization of these isolated amid NBRIP and relate the data with best practices in agriculture. Isolated LGA01-EV05 showed high sequence similarity to Curtobacterium albidum, isolated LGA02-EV08 denotes similarity to Brevibacillus nitrificans, the LGA03-V20B isolated and LGA04-V20G show high degree of similarity between themselves and with Sinomonas soli. Taxa of isolates are belonging to the phyla Firmicutes and Actinobacteria. As to the evaluation of the bacterial potential for phosphate solubilization, the four isolates were efficient in solubilizing phosphate amid NBRIP. However, it was observed that there was no statistical difference between the LGA02-EV08 and LGA04-V20G groups, with the best phosphate solubilizing bacteria. They had an income about four times the LGA03-V20B group, the worst among the analyzed

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-21. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:19Z : No. of bitstreams: 1 000870467.pdf: 1126912 bytes, checksum: 0d220e03b71df656b478827a129bd6d7 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / effluent to assess studies on cell mass production, yield, productivity, Chemical Oxygen Demand (COD) and economic viability of a project to produce bacterial biomass on an industrial scale. Initially, different concentrations of the substrate were performed with the purpose of increasing the productivity and the biomass recovery (¼, ½ and ¾ the initial volume) using microfiltration. Cultivations was accomplished in bioreactors (50 L), at 1,500 ± 200 lux, 32 ± 2°C during 5 days. The biomass was recovery by microfiltration then freeze-dried. Later, the biomass samples were analyzed regarding to proximate composition. Thus, an analysis was developed to assess the resources necessary to estimate costs and revenue that might occur during the project operating (10 years). The main viability indicators used were the Net Present Value (NPV), the Internal Rate of Return (IRR) and the payback. The results showed greater recovery and biomass productivity in bioreactor with higher organic matter (28.61 ± 0.71 g and 0.1144 g biomass L-1 day-1). The greater COD reduction was 69.23%. Except for the lipids and proteins, whose concentrations were higher in the biomass produced in the most concentrated substrates, the other components remained the same. Regarding the economic viability, the results showed that, with a productivity of 0.085 g biomass L-1 day-1, 9.58 tons of biomass could be produced during one year. The total investment for the project was estimated in R$ 6,361,456.51, with an annual costs of R$ 2,366,131.38 and incomes of R$ 3,870,913.15. Considering these results and the viability indicators of 23.70% for the IRR and R$ 4,466,192.26 for the NPV, per annum, the project was considered feasible, providing the recovery of the invested capital within 3.98 years of activity. / FAPESP: 2011/50274

O queijo Serrano, oriundo da região nordeste do Rio Grande do Sul, caracteriza-se por ser um produto artesanal, fabricado com leite cru, sem adição de inóculo e sem prévia pasteurização. Os processos de fermentação e maturação são realizados unicamente pela microbiota proveniente do leite e aquela selecionada durante o procedimento. A falta de padronização, associada às precárias condições higiênico-sanitárias, resulta em um produto com uma diversificada população bacteriana, o que provoca críticas na qualidade microbiológica do produto final. A partir deste contexto, o objetivo do presente trabalho foi classificar isolados de bactérias lácticas predominantes de doze amostras de queijos Serranos comerciais através de métodos bioquímicos e análises morfológicas, bem como caracterizá-los através do uso de métodos moleculares baseado em PCR: RAPD, ISSR, BOX, REP, ERIC e TAP. O resultado das análises demonstraram que os 33 isolados pertencem principalmente às espécies L. plantarum e L. paracasei. Além destas, também foram detectados L. brevis e L. delbrueckii. A presença de uma ou mais de uma espécie de Lactobacillus foi constatada nos queijos Serrano avaliados. Elevada correlação foi verificada entre a classificação bioquímica e os perfis obtidos através do método de TAP-PCR. Marcadores RAPD, BOX e REP-PCR apresentam elevada capacidade discriminatória em Lactobacillus isolados de queijos Serrano. Já os marcadores ISSR não foram confiáveis, separaram isolados considerados como idênticos com base em outros marcadores. Marcadores ERIC-PCR não amplificaram os isolados de Lactobacillus. O acompanhamento das populações bacterianas ao longo do processo de maturação de duas amostras de queijo Serrano permitiu verificar a presença de L. plantarum no início do processo e predominância de L. paracasei no final da maturação. Em conjunto, os dados obtidos no presente trabalho vêm confirmar a prevalência de Lactobacillus em queijos do tipo Serrano. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-05-22T16:51:16Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Renata C de Almeida.pdf: 696784 bytes, checksum: 3e09f4a50c5deda3dbbb663f2179e659 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-22T16:51:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Renata C de Almeida.pdf: 696784 bytes, checksum: 3e09f4a50c5deda3dbbb663f2179e659 (MD5) / Serrano cheese is a typical product from the highlands of northeast of Rio Grande do Sul State and also from the Araucaria plateau of Santa Catarina State. This cheese is characterized as an artisanal product obtained by natural fermentation of raw non-pasteurized cattle milk. The fermentation and ripening processes of Serrano cheese are performed by the natural microbiota from milk selected during the factoring process. The lack of starter cultures, the absence of thermal treatment, and the limited sanitary conditions adopted result in a product with poor microbiological quality and undefined physico-chemical properties. In this context, the objective of the present work was to classify 33 non-starter lactic acid bacteria (NSLAB), obtained from twelve commertial cheeses, using biochemical and morphological methods, and to proceed the characterization of NSLAB populations by different PCR-based molecular methods (RAPD, ISSR, BOX, REP, ERIC and TAP). Biochemical and molecular analysis showed high prevalence of L. plantarum and L. paracasei, with the eventual occurrence of L. brevis and L. delbruckii. The presence of one or more than one predominant species of Lactobacillus was observed in the different cheese samples. High correlation between biochemical classification and TAP-PCR was observed. RAPD, BOX and REP markers showed high discriminatory ability allowing the characterization and identification of all the Lactobacillus isolates obtained from Serrano cheese. ISSR markers showed no reliable results, since several isolates that were considered as identical by the other markers were separated by this method. ERIC-PCR did not amplified the Lactobacillus analyzed.. The evaluation of bacterial populations during the ripening process showed that L. plantarum is prevalent during the initial period, being gradually substituted by L. paracasei. The overall results obtained in this work confirm the prevalence of Lactobacillus as LAB in Serrano cheese.

A região promotora é uma sequência de DNA localizada anteriormente à uma região codificante e é responsável por iniciar o processo de transcrição. Deste modo, atua como um elemento regulador. O estudo da regulação da expressão gênica auxilia na compreensão da maquinária vital dos seres vivos, no conhecimento sobre a funcionalidade dos genes em diferentes espécies, na resposta celular frente às mudanças ambientais, entre outras questões. Embora os métodos computacionais para a predição de genes possuam uma boa acurácia o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade se deve ao tamanho reduzido do promotor e ao padrão pouco conservado, o que gera resultados com alto número de falsos positivos. Esta tese teve como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais na predição, caracterização e reconhecimento de promotores de bactérias Gramnegativas. Diferente de outros trabalhos, a predição realizada não foi limitada apenas aos promotores dos genes constitutivos; foi realizada também para as demais classes de sequências promotoras. Além da abordagem clássica utilizando a composição de nucleotídeos foram empregados os valores de estabilidade da sequência. De modo a otimizar o aprendizado da Rede Neural e implementar uma ferramenta própria para a predição de promotores, foram extraídas regras de inferência (baseadas no conhecimento produzido durante o treinamento da rede) que foram ponderadas e implementadas em uma nova ferramenta, chamada BacPP. Até o presente, os resultados obtidos com o BacPP foram satisfatórios e comparáveis com a literatura. Os valores de exatidão obtidos com o BacPP para os fatores σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 e σ70 de E. coli foram, 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectivamente. Quando a ferramenta foi aplicada em promotores pertencentes a outras bactérias Gram-negativas, a exatidão geral foi de 76%. Considerando a importância da predição de promotores e a ausência de banco de dados com informações para outras bactérias, implementou-se o IntergenicDB, um banco de dados com diversas informações sobre as sequencias intergênicas e o valor de classificação destas para os diferentes fatores σ bacterianos, conforme os resultados obtidos com o BacPP. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:01:02Z No. of bitstreams: 1 Tese Scheila de Avila e Silva.pdf: 5973071 bytes, checksum: f889c78c177d3610ab61727477ea5cfc (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:01:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Scheila de Avila e Silva.pdf: 5973071 bytes, checksum: f889c78c177d3610ab61727477ea5cfc (MD5) / The promoter region is located some few base pairs before a coding region. It is responsible for initiating gene expression process, thus, it can plays a regulatory role. The study about gene expression regulation can assist mainly in the comprehension of complex metabolic network presented by several organisms and cellular answer considering the environment changes. The computational methods to gene prediction have a good accuracy, but this is not achieved in promoter prediction. This difficulty occurs because of the length of the promoter and its degenerate pattern. Those features can explain results with a great number of false positives present in the literature. The present thesis has as its main goal the neural networks applied to Gram-negative promoter prediction, recognition and characterization. Beside the classical approach with the nucleotides of the sequence, the prediction was also made by using stability values. Aiming at developing a own tool for bacterial promoter prediction, the rules extraction was carried out and the results were weighted and implemented. This tool, named BacPP, presents results comparable with the related literature. Currently, the BacPP specific accuracy for σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 and σ70 were 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectively. Furthermore, when challenged with promoter sequences belonging to other enterobacteria BacPP maintained 76% accuracy overall. Currently, there is no databases dedicated for other Gram-negative promoter than E.coli. For this reason, IntergenicDB was modeled and implemented. This database was projected to collect several pieces of information about the sequences and the organisms to which they belong and, the classification results originated from BacPP for each sequence.

Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2017-04-07T20:15:57Z No. of bitstreams: 1 Tese Luciane Corbellini Rufatto.pdf: 180334 bytes, checksum: 9a4a5f24a3a8203c8215fa238ba3aa59 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-07T20:15:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Luciane Corbellini Rufatto.pdf: 180334 bytes, checksum: 9a4a5f24a3a8203c8215fa238ba3aa59 (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-09-19Bitstream added on 2014-06-13T19:48:11Z : No. of bitstreams: 1 cafarofilho_h_me_ilha.pdf: 77933 bytes, checksum: 4bc6831793a9e9fe4ad8af59cd990d46 (MD5) / O presente trabalho tem como objetivo verificar o efeito do fornecimento de probióticos comerciais e Lactobacilus acidophillus isolado in vitro de fezes, sobre o desempenho de bezerros provenientes de rebanhos leiteiros da região de Fernandópolis-SP, desde o nascimento até 42 dias de idade. Vinte e quatro bezerros machos, recém-nascidos,foram distribuídos em delineamento inteiramente casualisados, com os seguintes tratamentos: T1- testemunha; T2- probiótico comercial1â ;T3-probiótico comercial2â ;T4- concentrado de células vivas de Lactobacilus acidophillus. Os probióticos foram fornecidos. Os animais foram inicialmente alimentados com 4 litros de leite por dia e a partir da segunda semana de idade, com concentrado e feno de grama estrela Cynodon dactylon,os quais foram fornecidos à vontade. Não houve diferenças entre tratamentos no consumo de concentrado, no ganho de peso, na incidência de diarréia e no período em que os animais estiveram com diarréia. Os tratamentos que receberam probiótico comercial e concentrado de células vivas de Lactobacilus acidophillus tiveram uma menor incidência de óbitos, assim como animais em estado crítico de saúde, que o grupo testemunha. / The aim of this study was to verify the effect of commercial probiotic supplies and Lactobacillus acidophilllus isolated in vitro of feces about the performance of calves from dairy cattle of the region of Fernandópolis, SP, since their birth up to they were 42 days of age. Twenty-four newborn male calves were distributed in delineation totally at random according to the following treatments (T): T1 - the control; T2 - commercial probiotic1â; T3 - probiotic commercial2â, T4-Lactobacillus acidophilllus viable-cell concentration. The probiotics were supplied. Firstly the animals were fed with 4 (four) litters of milk a day. After they were two-weeks old they were given concentration and star grass hay Cynodon dactylon - both supplied freely. There were no differences among the treatments in the consumption of the concentration above, in the weight gain, in the incidence of diarrhea as well as the days they had diarrhea. The treatments, which were fed with commercial probiotic and the Lactobacillus acidophilllus viable-cell concentration, had a minor incidence of the death tolls as well as unhealthy animals than the control.

Orientador: Antonio Nader Filho / Coorientador: Paulo Pinto Gontijo Filho / Banca: Antonio Sérgio Ferraudo / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Denise Von Doliger de Brito / Banca: Domingas do Rosário Veríssimo Jacinto Tavares de Oliveira / Resumo: A prevalência da mastite por Staphylococcus aureus em rebanhos leiteiros ocorre devido à sua alta infectividade associada a fatores de virulência que conferem ao microrganismo a capacidade de se instalar no parênquima mamário. Sendo assim o objetivo da presente pesquisa foi avaliar as características fenotípicas, genotípicas e epidemiológicas das estirpes de S. aureus oriundas de leite de vacas com mastite bovina, leite do tanque de expansão, insufladores, mangueiras condutoras de leite, borracha do vácuo, borracha da tampa do tanque de equilíbrio, saída do tanque de equilíbrio, superfície do tanque de expansão e mãos de ordenhadores, em uma propriedade leiteira no município de Indianópolis-MG, no período de Agosto de 2008 a Setembro de 2009. Para tanto foram utilizados os seguintes testes: California Mastitis Test, isolamento microbiológico, provas bioquímicas, extração de DNA, reação em cadeia da polimerase, teste de microplacas, teste do Ágar vermelho congo, microscopia eletrônica de varredura, eletroforese de campo pulsado, teste de sensibilidade aos antimicrobianos, contagem de unidades formadores de colônias, ATP-bioluminescência, eficiência do hipoclorito de sódio e isolamento de pró-fagos e fagos. Os resultados revelaram 440 estirpes de S. aureus com produção de biofilme visualizados nos testes fenotípicos e na microscopia de varredura sendo hla, clfab, agrA e sarA os genes mais prevalentes. Foram também observados a presença de 70 pulsotipos diferentes, sendo o leite de vacas e insufladores os locais com maior quantidade de pulsotipos. Quanto a resistência bacteriana frente aos antimicrobianos foi observada uma maior resistência da Penicilina (90%), Eritromicina (80%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The prevalence of Staphylococcus aureus on dairy herds occur due to the high infectivity associated with virulence factors that give the organism the ability to install on the mamary gland, forming microabscesses. Therefore the objective of this study was to evaluate the phenotypic, genotypic and epidemiological strains of S. aureus derived from milk of cows with mastitis, milk tank, foamed milk conductive hoses, vacuum rubber, rubber tank cap balance, leaving the balance tank, the surface of the expansion tank and hands of milk manipulators on a dairy property in the city of Indianapolis-MG in the period August 2008 to September 2009. According to this, the following tests were used: California Mastitis Test, microbiological isolation, biochemical tests, DNA extraction, polymerase chain reaction test, microplate test, Congo red Agar test, scanning electron microscopy, pulsed-field electrophoresis, test antimicrobial susceptibility, counting colony forming units, ATP-bioluminescence, efficiency of sodium hypochlorite and isolation of pro-phages and phages. The results revealed 440 strains of S. aureus to produce biofilm showed in phenotypic tests and scanning electron microscopy and hla, clfAB, agrA and heal the most prevalent genes. It was also observed the presence of 70 different pulsotypes, and the milk of cows and blowers sites with higher amounts of pulsotypes. The bacterial resistance to antimicrobials was observed as increased resistance of penicillin (90%), erythromycin (80%) and clindamycin (74%). When the strains of S. aureus were tested with cell susceptibility to antimicrobials in biofilms it showed the highest efficiency at a concentration of 100mg / L were gentamicin and vancomycin. Concentration of 500mg / L to greater efficiency occurred against vancomycin and gentamicin... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor