Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-07-19T20:22:18Z No. of bitstreams: 1 2012_AnnaCristinadeFreitas.pdf: 2030875 bytes, checksum: 8e3c0630c707b786907b6adba46bb9c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-08-09T12:42:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnnaCristinadeFreitas.pdf: 2030875 bytes, checksum: 8e3c0630c707b786907b6adba46bb9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-09T12:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnnaCristinadeFreitas.pdf: 2030875 bytes, checksum: 8e3c0630c707b786907b6adba46bb9c7 (MD5) / O cancro bacteriano da videira, causado por Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) Nayudu ( (Dye), foi detectado no Brasil pela primeira vez em 1998, em plantas de Vitis vinifera, variedade Red Globe, em Petrolina, Pernambuco. A doença é responsável por prejuízos ao cultivo da videira no Vale do Submédio São Francisco, apresentando incidência expressiva e importância econômica. Uma das medidas mais eficazes para conter sua disseminação para novas áreas é o uso de material de propagação livre do patógeno. Este estudo teve como objetivo geral otimizar a técnica de PCR (Reação da Polimerase em Cadeia) para detecção de Xcv em tecidos assintomáticos de videira. Foram objetivos específicos: determinar o limite mínimo de detecção por BIO-PCR aliado ao uso de meio semi-seletivo NYDAM e por Nested-PCR em frutos e folhas inoculados e assintomáticas; desenvolver um controle interno para falsos negativos e validar a BIO-PCR e a Nested-PCR em mudas de viveiros e em plantas sintomáticas e assintomáticas de áreas de produção no Vale do Submédio São Francisco. A determinação do limite mínimo de detecção de Xcv por BIO-PCR e Nested-PCR foi realizada com a inoculação de Xcv em frutos e folhas de videira nas concentrações de 102 a 108 ufc/ml. O limite mínimo de detecção por BIO-PCR em frutos e folhas foi de 102 ufc/ml. Com a Nested-PCR o limite mínimo de detecção em frutos foi de 102 ufc/ml e de 103 ufc/ml em folhas. Para o desenvolvimento do controle interno, foram incluídos iniciadores universais para o gene do 16S rRNA de bactérias (F984/1492) em reações multiplex com os iniciadores Xcv1F/Xcv3R. Amplificação dos dois fragmentos esperados ocorreu com DNA purificado de Xcv e com amostras positivas (lavados de folhas) por BIO-PCR e Nested-PCR. Contudo, em 16 amostras negativas por Nested-PCR, apenas em uma ocorreu a amplificação do fragmento correspondente ao gene de 16SrRNA. Na validação dos métodos em áreas de produção com histórico da doença, 97% das amostras coletadas com sintomas foram positivas por BIO-PCR e 69,7% positivas por Nested-PCR. Entre as amostras sem sintomas, a detecção de Xcv só foi possível por BIO-PCR (29,7 % das amostras). De 60 amostras de mudas assintomáticas coletadas em dois viveiros na região, detectou-se Xcv por BIO-PCR em três amostras (5%) de um dos viveiros. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Bacterial canker of grapevine, caused by Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) Nayudu (Dye), was detected in Brazil in 1998, affecting plants of Vitis vinifera, cultivar Red Globe, in Petrolina, Pernambuco State. This disease is responsible for economic losses in vineyards in the São Francisco river valley, northeastern Brazil. One of the most effective measures to prevent its dissemination to new areas is the use of pathogen-free propagating material. The objective of the present study was to optimize the PCR (polymerase chain reaction)-based method to detect Xcv in asymptomatic grapevine tissues. The specific objectives were: to determine the minimum detection limits of BIO-PCR combined with the use of the semi-selective medium NYDAM and of Nested-PCR in inoculated and asymptomatic fruits and leaves; to develop an internal control for false negatives; and to validate the BIO-PCR and Nested-PCR methods by testing asymptomatic plants from nurseries and symptomatic and asymptomatic plants from grapevine-producing areas in the São Francisco river valley. The detection limit of BIO-PCR and Nested-PCR was performed by inoculating Xcv in grapevine fruits and leaves, at concentrations from 102 to 108 cfu/ml. The lower detection limit of BIO-PCR in fruits and leaves was 102 cfu/ml. Using Nested-PCR, the detection limit in fruits was 102 cfu/ml, and 103 cfu/ml in leaf samples. To develop the internal control for PCR, universal primers for bacterial 16S rRNA gene (F984/1492) were included in multiplex reactions with primer pair Xcv1F/Xcv3R. Amplification of the two expected fragments occurred with purified Xcv DNA and with samples (washes from leaves) tested positive by BIO-PCR and Nested-PCR. However, only one out of 16 samples tested negative by nested-PCR yielded the 16SrRNA amplicon. When validating the methods in production areas with a history of the disease, 97% of the symptomatic samples were positive by BIO-PCR and 69.7% positive by Nested-PCR. Among asymptomatic samples, detection of Xcv was possible only by BIO- PCR (29.7% of samples). Among 60 samples from asymptomatic plants collected in two nurseries in the region, Xcv was detected by BIO-PCR in three samples (5%) from one of the nurseries.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2006. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2009-10-27T17:43:04Z No. of bitstreams: 1 2006_Adriana Magali de Freitas Alves Rezende.pdf: 1149055 bytes, checksum: ed2168fcf9108dd63d08a57481ba855f (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-10-06T14:53:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Adriana Magali de Freitas Alves Rezende.pdf: 1149055 bytes, checksum: ed2168fcf9108dd63d08a57481ba855f (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-06T14:53:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Adriana Magali de Freitas Alves Rezende.pdf: 1149055 bytes, checksum: ed2168fcf9108dd63d08a57481ba855f (MD5) Previous issue date: 2006 / A bacteriose da goiabeira (Psidium guajava) causada por Erwinia psidii Rodrigues Neto et al. (1987) foi identificada pela primeira vez no Brasil em 1982, nas regiões de Valinhos e Pindamonhangaba, no Estado de São Paulo. Atualmente a doença se encontra em outras regiões paulistas, nos Estados de Minas Gerais, no Espírito Santo, no Paraná e no Distrito Federal. Devido à sua distribuição geográfica restrita ao Brasil, pouco se conhece sobre um controle efetivo da bacteriose, visto que a maioria dos produtos cúpricos utilizados causam sintomas de fitotoxidade nas plantas, assim como não se têm conhecimento do uso de variedades resistentes. O presente trabalho teve como objetivo estudar a resistência genética das variedades de goiaba comumente plantadas, assim como a utilização de produtos químicos no controle. No estudo da resistência genética foram avaliadas cinco variedades de goiaba e diferentes isolados de E. psidii, em dois métodos de inoculação: por pulverização (1x108 ufc/ml) e por agulha (1x109 ufc/ml). No estudo do controle da doença foram utilizados produtos cúpricos e o Fegatex (cloretos de benzalcônio), nos meios 523 e MMCC, em testes “in vitro”, em casa de vegetação e no campo. Foi também avaliada a sensibilidade de isolados de E. psidii a diferentes antibióticos. Verificou-se que na inoculação por agulha, dos isolados UnB 1285, 1288 e 1289, todas as variedades apresentaram 100% de plantas infectadas nas hastes, folhas e brotações (nota 4); enquanto que na inoculação por pulverização, os isolados UnB 1287 e 1288, apresentaram essa mesma percentagem de plantas infectadas, podendo ocorrer diferenças nos graus de agressividade entre os isolados. Em testes “in vitro” verificou-se que todos isolados de E. psidii no meio 523 foram mais resistentes ao sulfato de cobre e hidróxido de cobre, enquanto que no meio MMCC (baixa capacidade de complexar o cobre) todos os isolados apresentaram maior resistência ao hidróxido de cobre. Resultados também mostraram que os cloretos de benzalcônio mostraram melhor eficiência no controle “in vitro” comparado aos produtos cúpricos. Na avaliação dos antibióticos verificou-se que os isolados UnB 1285 e 1286 mostraram ser mais sensíveis à ação dos antibióticos. O princípio ativo oxacilina não apresentou efeito sobre a bactéria, para todos isolados testados. Sob condição de casa de vegetação, o sulfato de cobre mostrou maior grau de fitotoxidade nas folhas de goiabeira, reduzindo o desenvolvimento das brotações, no entanto, mostrou melhor eficiência no controle da bacteriose. O tratamento com cloretos de benzalcônio, não apresentou fitotoxidade e mostrou bom desenvolvimento nas plantas, assim como bom controle da doença. Em experimento de campo, verificou-se sintomas leves de fitotoxidade no estádio de inflorescência, na variedade Pedro Sato, com todos os produtos, e na variedade Comum, com exceção dos cloretos de benzalcônio. Nos frutos pequenos, os sintomas severos foram percebidos na variedade Pedro Sato, no tratamento com sulfato de cobre e na variedade Comum, no tratamento com sulfato de cobre e oxicloreto de cobre. Nos frutos médios, foi verificada evolução dos sintomas severos, na variedade Pedro Sato, nos tratamentos com oxicloreto de cobre e sulfato de cobre; e na variedade Comum em todos os tratamentos cúpricos. Para o controle da doença, o tratamento com hidróxido de cobre mostrou melhor eficiência na variedade Pedro Sato; enquanto que na variedade Comum, o tratamento com Fegatex (cloretos de benzalcônios) foi melhor, não apresentando nenhum sintoma de fitotoxidade. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The bacterial disease of the guava (Psidium guajava) caused by Erwinia psidii Rodrigues neto et al. (1987) was identified first time in Brazil in 1982, in the regions of Valinhos and Pindamonhangaba, in the State of São Paulo. Actually the disease is found in other regions of São Paulo, and the States of Minas Gerais, Espirito Santo, Paraná and in the Federal District. Due to their geographical distribution restricted to the Brazil, little is known about an effective control of the disease; seen that the majority of the copper products utilized cause symptoms of phytotoxicity in the plants; as well as do not have knowledge of the use of resistant variety. The present work had the objective to study the genetic resistance of guava variety frequently planted, as well as the utilization of chemical products in the control. In the study of the genetic resistance were studied five varieties of guava and different strains of E. psidii, in two methods of inoculation: by spraying (1x108 ufc/ml) and by needle (1x109 ufc/ml). In the study of the control of the disease were utilized copper products and the Fegatex (benzalconium chlorides), in the media, 523 and MMCC, in “in vitro” tests, in greenhouse and in the field. Also was evaluated the sensibility of strains of E. psidii to different antibiotic. The inoculation by needle of strains UnB 1285, 1288 and 1289 it was verified that all variety presented 100% of plants infected in the twig, leaves and budding (note 4); whereas in the inoculation by spraying, the strains UnB 1287 and 1288 presented that same percentage to plant infected, being able to occur differences in the level of virulence of the strains. In the “in vitro” tests it was verified that all of the stains of E. psidii in the medium 523 were more resistant to the copper sulfate and copper hydroxide, whereas in the medium MMCC (Medium Minimal Complexing Copper) all the strains presented more resistance to the copper hydroxide. Results also showed that the fegatex (benzalconium clorides) presented better efficiency in the control “in vitro” compared to the copper products. The evaluation of the antibiotics was variable and the strains UnB 1285 and 1286 showed to be more sensible. The oxacilin, did not present effect on the bacteria, for all strains studied. Under greenhouse conditions, the copper sulfate showed more phytotoxicity in the leaves of guava, reducing the development of the budding, however showed better efficiency in the control of the bacteria. The treatment with fegatex (benzalconium clorides), did not present phytotoxicity and showed good development of the plants, as well as good control of the disease. In the field condition it was verified light symptoms of phytotoxicity in the stadium of inflorescence, in the variety Pedro Sato, with all of the products and in the Comum variety, with the exception of the benzalconium clorides. In the small fruits, the severe symptoms were perceived in the variety Pedro Sato, in the treatment with copper sulfate and in the Common variety, in the treatment with copper sulfate and copper oxycloride. In the medium fruits, it was verified evolution of the severe symptoms, in the variety Pedro Sato, in the treatment with copper oxycloride and copper sulfate; and in the Common variety in all of the copper treatments. For the control of the disease, the treatment with copper hydroxide showed better efficiency in the variety Pedro Sato; whereas in the Common variety, the treatment with fegatex (benzalconum clorides) was better, presenting no symptom of phytotoxicity.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2006. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2009-11-03T16:26:00Z No. of bitstreams: 1 Lorena_Carneiro_Albernaz-dissertacao.pdf: 1323419 bytes, checksum: f41305e7314f4b9bb4b3cfed53ce9f95 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-07-13T16:39:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Lorena_Carneiro_Albernaz-dissertacao.pdf: 1323419 bytes, checksum: f41305e7314f4b9bb4b3cfed53ce9f95 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-07-13T16:39:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lorena_Carneiro_Albernaz-dissertacao.pdf: 1323419 bytes, checksum: f41305e7314f4b9bb4b3cfed53ce9f95 (MD5) Previous issue date: 2006 / As infecções bacterianas matam milhões de pessoas por ano. Estudos têm demonstrado o aumento da resistência aos antibióticos disponíveis e o perigo do surgimento de novas doenças infecciosas, que possivelmente não poderão ser combatidas pelos fármacos atuais. O controle é dificultado pela falta de sincronia entre o desenvolvimento de novos antimicrobianos e a velocidade em que a resistência é espalhada pelo mundo. O interesse em investigar moléculas eficazes inclui o potencial biológico de compostos extraídos de espécies vegetais. Diante disso, foi realizada uma triagem do Banco de Extratos de Plantas do Bioma Cerrado do Laboratório de Farmacognosia da Universidade de Brasília sobre bactérias patogênicas a seres humanos, responsáveis por infecções hospitalares e comunitárias. Duzentos e quarenta e dois extratos brutos hexânicos e etanólicos obtidos a partir de 37 espécies pertencentes a 15 famílias de plantas foram testados in vitro sobre três espécies de bactérias Gram negativas: Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa e Salmonella choleraesuis e duas espécies Gram positivas: Enterococcus faecalis e Staphylococcus aureus e sobre um fungo: Candida albicans. Para avaliação da atividade dos extratos foi realizado os testes de difusão em ágar, a uma concentração de 1000 μg/mL, sendo os resultados expressos pelo diâmetro da zona de inibição do crescimento microbiano (halo de inibição). O extrato hexânico da madeira do caule de Tabebuia caraiba foi selecionado para estudo, devido a importante atividade sobre E. faecalis (halo de inibição de 20 mm; concentração inibitória mínina/CIM: 31,25 μg/mL) e S. aureus (halo de inibição de 22 mm; CIM: 500 μg/mL). A partição bifásica desse extrato permitiu selecionar a fração metanólica, que foi submetida ao fracionamento químico biomonitorado em coluna cromatográfica aberta de sílica, resultando na obtenção de 24 grupos (G). O monitoramento da atividade dos grupos foi realizado por meio da técnica de autobiografia. Os mais ativos foram G2 e G11. O G2 permitiu a obtenção do sub-grupo SG2-3-4, com amplo espectro de ação sobre outras bactérias Gramnegativas: Salmonella typhimurium, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes, Serratia marcescens, Proteus mirabilis, Citrobacter koseri e Gram positivas: Staphylococcus epidermidis. O sub-grupo SG2-3-4 apresenta unidades arílicas, cujos espectros permitem cogitar a possibilidade estrutural da unidade capaz de ligá-las, sugerindo ser uma arilcumarina ou uma benzofuranona. SG2-3-4 encontra-se em processo de purificação para decisão da estrutura molecular. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Bacterial infections cause the death of millions of people each year. Studies have shown increased resistance to available antibiotics and the danger of new infectious diseases, which probably cannot be combated with the available drugs. Control is aggravated by the lack of synchronicity between the development of new drugs and the spreading of resistance throughout the world. The search for effective molecules includes the biological potential of vegetable compounds. In this regard, a screening was conducted of the Cerrado Biome Plant Extract Bank of the University of Brasília Farmacognosy Laboratory for human pathogenic bacteria causing nosocomial and community- acquired infections. Two hundred and forty-two crude hexanic and ethanolic extracts, obtained from thirty-seven species belonging to fifteen plant families, were tested in vitro against three Gram negative (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Salmonella choleraesuis) and two Gram positive microorganisms, (Enterococcus faecalis and Staphylococcus aureus) and against a fungus (Candida albicans). The agar-diffusion method was used to evaluate the activity of the extracts, at a concentration of 1000 μg/mL. The results were expressed according to the diameter of the bacterial growth inhibition zone. The hexanic stem bark extract of Tabebuia caraiba was selected for this study due to its significant activity against E. faecalis (inhibition zone: 20 mm; minimum inhibitory concentration/MIC: 31.25 μg/mL), and S. aureus (inhibition zone: 22 mm; MIC: 500 μg/mL). The bioassay-guided fractioning of this extract allowed the selection of the methanolic fraction, which was submitted to a biphasic partition on a silica gel column leading to the creation of 24 groups. An autobiography assay was used to monitor group activity. Of all groups, G2 and G11 were the most active, with promising results for G2. This group allowed the creation of the sub-group SG2-3-4, with a high spectrum of action on other Gram-negative (Salmonella typhimurium, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes, Serratia marcescens, Proteus mirabilis, Citrobacter koseri) and Gram positive bacteria (Staphylococcus epidermidis). The sub-group, SG2-3-4, presented arilic units, whose spectra allowed us to consider the structural binding capacity of the unit, which appears to be either a aril-cumarine or a benzofuranone. The SG2-3-4 is currently undergoing a purification process to establish the molecular structure.

O objetivo deste projeto foi entender a organização genômica e o conteúdo de genes de dois fitopatógenos relacionados geneticamente, mas que infectam diferentes hospedeiros: Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), um patógeno de cana-de-açúcar; e Leifonia xyli subsp. cynodontis (Lxc), um patógeno de gramíneas do gênero Cynodon. Os resultados do seqüenciamento parcial do genoma de Lxc são descritos, incluindo as seqüências comuns ao genoma de Lxx e os fragmentos de organização distinta e genes específicos de Lxc. Para alcançar o objetivo, bibliotecas genômicas do genoma de Lxc foram construídas. A estratégia revelou seqüências específicas, algumas provavelmente adquiridas por transferência horizontal, e regiões não sintênicas do genoma de Lxc, quando comparadas com Lxx. Regiões específicas somaram 311.353 pb e foram anotadas. Devido a associação de elementos genéticos móveis com reorganização cromossômica e transferência horizontal de genes, um estudo detalhado dos transposons do tipo IS, presentes em ambos os genomas, foi realizado. A análise revelou um número variável de elementos para cada genoma atuando na diversificação dos mesmos. / This study aimed to understand genome organization and gene content of two closely related plant pathogens that infect different hosts: Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx), a sugarcane pathogen; and Leifonia xyli subsp. cynodontis (Lxc), a Cynodon grass pathogen. We describe the results of a partial genome sequence of Lxc, assessing the similarity to Lxx completely sequenced genome, describing differences in genome organization and uncovering genes specific to Lxc genome. To accomplish the objective, genomic libraries were constructed. The strategy uncovered specific sequences, some probably acquired by horizontal transfer and non-syntenic regions of Lxc genome compared to Lxx. Specific regions of Lxc genome accounted for 311,353 bp and were annotated. Because mobile genetic elements are often associated with rearrangements and horizontal gene transfer, a detailed study of all insertion sequence (IS) elements presented in both genomes were realized. The analysis revealed a variable number of transposable elements acting upon genomic diversity.

As bactérias do gênero Paenibacillus são isolados de uma grande variedade de ambientes e tem como característica a produção e secreção de enzimas extracelulares, antimicrobianos e compostos antifúngicos inibidores de vários patógenos animais e vegetais. Os 55 isolados de 15 espécies de Paenibacillus foram testados frente a diversos substratos a fim de verificar a produção de enzimas extracelulares. Foram também testados frente a uma variedade de bactérias e fungos fitopatógenos, humanos e animais para a produção de antibióticos. Nessa triagem, P. validus, P. chibensis, P. koreensis e P. peoriae se destacaram inibindo a maioria das bactérias indicadoras. As espécies P. validus, P. chibensis e P. peoriae foram bons produtores de substancias que inibiram o crescimento de fungos, demonstrando que o gênero possui um amplo espectro de atuação. O tradicional procedimento de triagem para obterem-se novos microrganismos produtores de enzimas para fins biotecnológicos foi executado neste trabalho. As 55 linhagens foram avaliadas na sua capacidade de produzir amilase, proteases (caseinase), celulase, xantanase, xilanase, pectinase, quitinase e lipase. Os isolados se mostraram bons produtores de enzimas hidrolíticas, já que 26 apresentaram atividade xilanolítica, 17 atividade pectinolítica, 49 atividade proteolítica, 43 atividade xantanolítica, 40 atividade celulolítica, 17 atividade lipolítica, 39 atividade amilolítica em condições neutras (pH 7) e 26 atividade amilolítica em condições alcalinas (pH 10), e apenas 4 apresentaram atividade quitinolítica. Sendo assim, esses isolados são candidatos a serem utilizados como agentes biocontroladores ou podem ser explorados como produtores de antimicrobianos e de enzimas hidrolíticas de interesse.

As enterocinas são compostos de natureza protéica que apresentam atividade antimicrobiana contra bactérias patogênicas e deteriorantes de alimentos. Por esta razão, nos últimos anos, o interesse por estas substâncias tem aumentado devido ao seu uso potencial como biopreservante de alimentos. Realizando uma triagem com 352 cepas de Enterococcus spp para detectar atividade antimicrobiana, foram encontradas 18 cepas (5%) produtoras de enterocinas, pertencentes às espécies E. faecalis, E. faecium e E. mundtii todas provenientes de amostras de fezes de humanos. Destas cepas foram produzidos sobrenadantes livres de células e realizados testes para caracterização das enterocinas produzidas. As enterocinas produzidas pelas 18 cepas apresentaram o mesmo espectro de atividade antimicrobiana, inibindo 4 espécies do gênero Listeria, Lactobacillus plantarum e Salmonella Enteritidis. Todas foram parcialmente estáveis ao aquecimento (121ºC por 10 minutos), a variações de pH de 2 a 10 e a estocagem por 60 dias a 4ºC e a -20ºC. A sensibilidade a proteases confirmou a natureza protéica destas substâncias antimicrobianas. Com cinco sobrenadantes livres de células foram realizadas curvas de produção de enterocinas e todas iniciaram a produção na fase logarítmica de crescimento, indicando cinética de metabólito primário. Com estes sobrenadantes foi determinado o peso molecular aproximado de 3 KDa, utilizando a técnica de SDS-PAGE. As cepas com atividade antimicrobiana no sobrenadante livre de células não apresentaram os genes para produção das enterocinas A e B, mas 14 cepas de E. faecium apresentaram o gene para enterocina A e 9 para enterocina B, sendo que apenas uma cepa apresentou ambos os genes. Nenhuma das 18 cepas produtoras de enterocinas apresentou atividade hemolítica e presença de adesinas, todas apresentaram cápsula. Os resultados obtidos neste trabalho indicam que estas enterocinas demonstram um potencial aplicabilidade em novos estudos relacionados aos biopreservantes.

A popularização das lentes de contato possibilitou um aumento na incidência de infecções oculares causadas por diversos microrganismos. Os estojos de lentes de contato compartilham a microbiota do meio ambiente corporal e a ocular, podendo conter biofilmes. O presente trabalho objetivou avaliar a presença de bactérias e Acanthamoeba spp. no biofilme e líquido de conservação de lentes de contato. Oitenta e um voluntários requisitados no setor de oftalmologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre e no Campus Central da UFRGS, responderam um questionário com 17 perguntas e forneceram o estojo de lentes de contato. O material foi coletado entre julho de 2006 e fevereiro de 2007. As amostras foram inoculadas em duplicata em ágar sangue, para isolamento de bactérias e ágar não-nutriente 1,5% com uma sobrecamada de Escherichia coli, para isolamento de Acanthamoeba spp. Após o isolamento, obteve-se uma contagem bacteriana que variou de zero a 3x106 unidades formadoras de colônia (UFC/mL). Foram identificados 51 gêneros compostos por 10 espécies de bastonetes Gram-negativos, 11 espécies de bastonetes Gram-positivos, 11 de cocos Gram-positivos e. 19 espécies de cocobastonetes Gram positivos. Das 81 amostras analisadas, 7 (8,6%) foram positivas para Acanthamoeba spp. e o isolamento apresentou correlação com o maior número de UFC/mL. O gênero Acanthamoeba foi confirmado pela amplificação do DNA utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos para o gênero. Usuários de lentes de contato mais jovens, apresentaram maior contaminação em seus estojos. / The popularization of contact lenses allowed an increase in the incidence of eye infections caused by various microorganisms. The cases of contact lenses share the microbiota of the body and eye environment and may contain biofilms. This study aimed to evaluate the presence of bacteria and Acanthamoeba spp. in biofilm and preservative liquid of contact lenses. Eighty one volunteer requested in the division of ophthalmology of the Hospital de Clinicas in Porto Alegre and the Central Campus of the Federal University of Rio Grande do Sul, answered a questionnaire with 17 questions and provided the case of contact lenses. The material was collected between July 2006 and February 2007. The samples were inoculated in duplicate on blood agar, for isolation of bacteria and non-nutrient agar 1.5% with the addition of heat-killed Escherichia coli for isolation of Acanthamoeba spp. After isolation, the bacterial number ranged from zero to 3x106 colony forming units (CFU)/mL. Fifty one isolate of bacteria were identified including by 10 species of Gram-negative bacilli, 11 species of Gram-positive bacilli, 11 species of Gram-positive cocci and 19 species of Gram-positive coccobacilli. Of the 81 samples analyzed, 7 (8.6%) were positive for Acanthamoeba spp and the isolation slowed correlation with the largest number of CFU/mL. The genus Acanthamoeba was confirmed by DNA amplification using primers specific to the genus. Younger users of contact lenses presented greater contamination in its contact lens case.

O pescado é um alimento de excelente valor nutritivo devido as suas proteínas, vitaminas e ácidos graxos insaturados. Entretanto, o pescado é muito perecível, necessitando de condições sanitárias adequadas, desde a sua captura até a comercialização. Diversos fatores determinam uma condição de risco ao consumidor, que vão desde a contaminação do ambiente onde é capturado, até a sua chegada ao comprador. Este trabalho teve como objetivo determinar a presença de populações bacterianas em pescados desde a captura até a sua entrega ao distribuidor. As coletas das amostras foram dimensionadas a duas etapas sazonais e foram coletadas em três pontos de amostragem: o convés, o pescado e o peixe no armazenamento para o desembarque. Posteriormente, as amostras foram semeadas nos meios de cultura ágar tripticaseína (TSA) e, TSA adicionado com 20% água marinha e caldo azida. A identificação dos isolados foi realizada utilizando as provas bioquímicas e por sequenciamento do 16S rDNA. As bactérias identificadas foram: Aerococcus, Bacillus spp., Brochothrix thermosphacta, Corynebacterium aquaticum, Exiguobacterium aurantiacum, Marinococcus halotolerans, Micrococcus luteus, Psychrobacter luti, P. maritimus, P. nivimaris, P. marincola, Rhodococcus corynebacterioides, Staphylococcus aureus, S. epidermidis, Salinicoccus alkaliphilus, S. roseus, Streptococcus iniae e Vagococcus fluvialis. Os microrganismos isolados apontam para uma diversidade bacteriana ligada a influência de fatores de origem marinhas, humana e de contaminação ambiental, que podem ser distintas em decorrer da época do ano e o tipo de pescado relacionado. / Fish is a food with excellent nutritional value due their proteins, vitamins and unsaturated fatty acids. However, fish is a highly perishable product, requiring adequate sanitary conditions, since its capture until the coomercialization. Several factors determine the risk condition to the fish, ranging from the environment contamination where it was caught, until their purchased by the consumer. The aim of this work was to determine the presence of bacterial populations in fish from capture to delivery. Samples colletion were done into two seasonal periods of the year and the collection was carried out in three sampling points: deck the boat, the fish and fish stored on the boat. Afterwards the samples were inoculated tripticase soy agar medium (TSA), TSA with 20 % seawater and azide broth. Isolates identification was done using biochemical test and by 16S rDNA sequencing. The identification bacterial were: Aerococcus, Bacillus spp., Brochothrix thermosphacta, Corynebacterium aquaticum, Exiguobacterium aurantiacum, Marinococcus halotolerans, Micrococcus luteus, Psychrobacter luti, P. maritimus, P. nivimaris, P. marincola, Rhodococcus corynebacterioides, Staphylococcus aureus, S. epidermidis, Salinicoccus alkaliphilus, S. roseus, Streptococcus iniae and Vagococcus fluvialis The microorganisms isolated show a variety of factors related to influence of marine origin, human and environmental contamination, which may be different in course of time of year and type of fish related.

A erva-mate (Ilex paraguariensis Saint Hillarie) é uma espécie nativa da região meridional do Brasil, cujas folhas, após o processamento, são utilizadas como bebida pelas populações do Brasil, Argentina, Paraguai, Uruguai e outros países da América do Sul. O objetivo deste trabalho foi verificar a presença de bactérias mesófilas, termófilas, bolores, leveduras e a diversidade de bactérias e leveduras nas amostras in natura e após processamento. Também de verificar a qualidade sanitária na erva-mate já processada. As coletas das amostras foram realizadas de janeiro a junho de 2013, no município de Vargeão, Santa Catarina. Foram utilizados os métodos oficiais de análises de alimentos da Association of Analytical Communities e do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. O termófilo mais encontrado tanto na erva-mate processada quanto nas folhas foi o Bacillus licheniformis. Os mesófilos que predominaram nas folhas foram: Pantoea ananatis, Staphylococcus sciuri e Staphylococcus epidermidis. Já na erva-mate processada os mesófilos mais frequentes foram: Bacillus megaterium, Bacillus amyloliquefaciens e Klebsiella pneumoniae. As principais leveduras identificadas nas folhas foram: Aureobasidium pullulans e Sympodiomycopsis sp. Dois isolados do gênero Sympodiomycopsis foram sequenciados e trata-se de uma nova espécie. Na erva-mate processada as leveduras identificadas foram: Rhodosporidium kratochvilovae, Rhodotorula mucilaginosa, Sporobolomyces nylandii. E verificou-se que todos os parâmetros microbiológicos para a erva-mate processada atenderam tanto à legislação brasileira vigente, como também aos parâmetros estabelecidos pela Organização Mundial da Saúde. / Yerba mate (Ilex paraguariensis Saint Hillarie) is a native species of the southern region of Brazil, whose leaves, after processing, are mainly used as a beverage by Brazilian, Argentine, Paraguayan and Uruguayan people. The purpose of this work was to verify the presence of thermophilic and mesophilic bacteria, molds and yeasts, and microbial diversity in leaves and in the products ready for the consumption and to determine the sanitary quality in processed yerba mate. The collection of the samples was carried out from January to June 2013, in the city of Vargeão, Santa Catarina, Brazil. Official methods of analysis of foods of the Association of Analytical Communities and of the Ministry of Agriculture, Livestock and Supply were used. The mainly thermophilic bacteria found in yerba mate and leaves were Bacillus licheniformis. The mesophilic bacteria that predominated in leaves were: Pantoea ananatis, Staphylococcus sciuri and Staphylococcus epidermidis. In yerba mate the most common mesophilic bacteria were: Bacillus megaterium, Bacillus amyloliquefaciens and Klebsiella pneumoniae. The main yeast identified in the leaves were Aureobasidium pullulans and Sympodiomycopsis sp. Two isolates of the genus Sympodiomycopsis were a new species. The yeasts identified in the yerba mate were: Rhodosporidium kratochvilovae, Rhodotorula mucilaginosa and Sporobolomyces nylandii. And it was found that all microbiological parameters for processed yerba mate attended both the current Brazilian legislation, as well as parameters established by the World Health Organization.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-05-16T13:25:50Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) SELEÇÃO DE BACTÉRIAS ISOLADAS DO RIACHO DO CAVOUCO PARA PRODUÇÃO DE ENZIMAS HIDROLÍTICAS.pdf: 1730334 bytes, checksum: bbbdb52be24af98cf7af63e43cfa22d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T13:25:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) SELEÇÃO DE BACTÉRIAS ISOLADAS DO RIACHO DO CAVOUCO PARA PRODUÇÃO DE ENZIMAS HIDROLÍTICAS.pdf: 1730334 bytes, checksum: bbbdb52be24af98cf7af63e43cfa22d5 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / A diversidade genética e metabólica dos microrganismos tem sido explorada há muitos anos visando à obtenção de produtos biotecnológicos, porém poucos trabalhos foram realizados para o conhecimento da biodiversidade microbiana em ambientes aquáticos impactados. O riacho Cavouco faz parte do patrimônio ambiental e histórico da UFPE, assim é importante que sejam realizados estudos que visem propor medidas para o resgate do seu bioma. Esse estudo identificou a produção de enzimas celulase, xilanase, amilase, protease, lipase, e l-asparaginase na comunidade microbiana desse riacho obtida em cinco pontos estratégicos do seu percurso no Campus-Recife da UFPE. As bactérias foram previamente identificadas fenotipica e molecularmente. Foram utilizadas espécies pertencentes aos gêneros: Klebsiella, Pseudomonas, Escherichia, Stenotrophomonas, Serratia, Bacillus sp., Staphylococcus hominis e Proteus. Verificou-se que as bactérias do riacho Cavouco apresentaram importância do ponto de vista biotecnológico, pois 71% das espécies investigadas produziram enzimas l-asparaginolíticas, 43% enzimas proteolíticas, 36% lipolíticas, 29% celulolíticas, 21% amilolíticas e apenas 10% xilanolíticas. Houve variabilidade na produção de enzimas por espécies provenientes de um mesmo ponto, indicando desta forma divergência populacional. Na análise quantitativa foi verificado uma maior expressão das enzimas l-asparaginase e lipase. Esses resultados demonstram o potencial biotecnológico das enzimas investigadas tanto para o setor industrial quanto clínico. / The genetic diversity and metabolic microorganisms has been explored for many years in order to obtain biotechnological products, but few studies have been conducted to the knowledge of microbial biodiversity in aquatic environments impacted. The creek Cavouco part of the environmental and historical heritage of the UFPE, so it is important that studies aimed at proposing measures to the rescue of their biome. This study identified the production of cellulase enzymes, xylanase, amylase, protease, lipase, and L-asparaginase in the microbial community that stream obtained in five strategic points of its course at the Campus-Reef UFPE. Bacteria were previously identified phenotypically and molecularly. 11 species belonging to the genera were used: Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas putida, Escherichia coli, Stenotrophomonas maltophilia, Serratia liquefaciens, Bacillus sp, Staphylococcus hominis, Proteus mirabilis. It was found that Cavouco stream bacteria have important biotechnological point of view, since 71% of produced L-asparaginolíticas enzymes, 43% proteolytic enzymes, 36% lipolytic, 29% cellulolytic 21% amylolytic and only 10% xylan-degrading. There was variability in the production of enzymes by species from the same point thus indicating population divergence. The quantitative analysis has been further expression of L-asparaginase enzymes and lipase. These results demonstrate the potential of biotechnology enzymes investigated for industrial and clinical field.