Orientadores: Antonio Fernando Ribeiro, Jose Dirceu Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-07T10:24:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barth_LeoRoberto_D.pdf: 2664714 bytes, checksum: 7cf2e230e4a6a2bf5c220b0b023f1f3a (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Objetivos: Verificar o perfil microbiológico das secreções respiratórias de pacientes com fibrose cística e avaliar as correlações entre os indicadores de gravidade: escore de Schwachman, escore de Bhalla, estado nutricional e função pulmonar. Métodos: Foi realizado um estudo prospectivo com 76 pacientes com FC, acompanhados na UNICAMP. Pelo estudo microbiológico foram avaliados 76 pacientes, pelo Escore de Schwachman 73 pacientes, pelo Escore de Bhalla foram avaliados 64 pacientes, pelo peso e altura (escore Z) 65 pacientes e pela função pulmonar 38 pacientes. Resultados: A média de idade foi de 9,48 anos (dp = 5,47) e mediana de 8,2; gênero feminino: 39 (51,32%); raça caucasóide: 93,4%. 'delta'F508: 54,6% dos 152 cromossomos analisados. Foram realizadas 871 culturas das secreções das vias aéreas, com uma média de 4culturas/paciente/ano. Achados microbiológicos: H. Influenzae = 84,2%; S. aureus = 92,1%; S. aureus resistente (MRSA) = 1,43%; S. aureus sensível à vancomicina = 100%; P. aeruginosa = 88,2%; P. aeruginosa mucóide = 72,4%; colonização precoce na infância (70%);P. aeruginosa multiresistente = 1,49%; B. cepacia (meio não seletivo) = 3,9%%; B. cepacia (meio seletivo) = 11,84%; B. cepacia multiresistente = 17%; S. maltophilia = 17,1%; A. xylosidans = 9,2%; presença de fungos = 85%; A. fumigatus = 32,9%. Indicadores de gravidade: escore de Schwachman leve (excelente ou bom) = 46,58%; moderado (médio) = 31,5%; grave (moderado e grave) = 21,92%; média do escore de Bhalla = 15,9 pontos (dp = 4,66); espessamento peribrônquico = 96,9%, pluggs de secreção = 84,4%, bronquiectasias = 75%, perfusão em mosaico = 48,4%, consolidações/atelectasias = 43,8%, enfisema = 1,6%. Avaliação nutricional: normais (ZP = O) = 14%, desnutridos (ZP < 0) = 86%, desnutrição leve (0 < ZP = -2) = 51%, desnutrição moderada (-2 < ZP = -3) = 23%, desnutrição grave (ZP < -3) = 12%, estatura normal (ZA = 0) = 21,5 % e baixa estatura (ZA < 3,0) = 1,5%. Teste de função pulmonar: normal = 23,68%; distúrbio ventilatório obstrutivo = 42,11%; distúrbio ventilatório misto = 26,32%; distúrbio ventilatório restritivo = 7,89%; comprometimento leve da função pulmonar = 47,4%; comprometimento moderado = 21,1%; distúrbio ventilatório grave = 7,89%. Houve correlação estatisticamente significativa entre os seguintes fatores de gravidade: escore de Schwachman vs estado nutricional; escore de Schwachman vs escore de Bhalla; escore de Schwachman vs função pulmonar (VEF1); escore de Bhalla vs função pulmonar (VEF1) (p < 0,01) e estado nutricional (peso) vs função pulmonar (VEF1) (p < 0,05). Não houve correlação entre o escore de Bhalla e o estado nutricional (peso) (p = NS). Conclusões: O presente estudo identificou uma alta prevalência de P. aeruginosa, S aureus e fungos nas vias aéreas de pacientes com FC. Os indicadores de gravidade apresentaram uma boa correlação com a gravidade dos pacientes com FC / Abstract: Objective: To identify the prevalence of organisms in sputum from patients with CF and determine the correlations among the severity markers of disease: Schwachman score, Bhalla score, nutritional status and lung function. Methods: Prospective study (2001-04) performed at the State University of Campinas Medical School.Unicamp. The secretions were obtained from induced cough or sputum samples of 76 patients The cultures took place in a selective media. The genomovars was identified by PCR. The analyzed CF severity variables included score Schwachman in 73 patients , Bhalla score in 64 patientes, weigh and height were assessed by Z score in 65 patients and Pulmonary Function Tests (PFT) in 38 patients. Results: 9.5 years (newborn-22 years) was the mean age anda median of 8.2 years; 39 females. White race: 93.6%. Delta F 508 was present in 83/152 (54.6%) of the analyzed chromosomes. 871 cultures were realized within the mean of 4cultures/patients/year. Isolated microorganisms: H influenzae = 84.2%; S aureus = 92.1%; MRSA = 1.43, P aeruginosa = 88.2%, (multiresistant 1.49%); P mucóide = 72.4%; B cepacia = 11.8% (multiresistant 17%);S maltophilia = 17.1%; A xylosidans = 9.2%; A fumigatus = 32.9%. Severy markers: score schwachman was obtained in 73/76 patients: (excellent/good: 46.58%, moderate 31.5% and severe 21.92%). Bhalla score was performed in 64/76 CF patients: 15.9±4.66 medium score. The most frequent computer tomography abnormalities were peribronquial wall thickening: 96.9%; mucous plugging: 84.4%; bronchiectasis: 75%; mosaic perfusion: 48.4%. Nutritional Status: Normal in 14%. Malnutrition: 86%. Mild (0 < ZP = -2) = 51%; moderate: (-2 < ZP = -3) = 23%; severe (ZP < -3) = 12%,. Short stature (ZA < -3) = 1.5%. PFT was performed in 38 patients older than 7 years. Normal PFT was obtained in 23.68% of the CF patients. Obstructive ventilatory defect: 42.11%; restrictive ventilatory defect 7.9% and obstructive plus restrictive ventilatory defect: 26.32%. A highly significant statistic correlation was observed between SE versus BE (p<0.01); SE versus PFT (p<0.01); BE versus PFT (p<0.01); Nutritional Status versus PFT (p<0.05). BE versus Nutritional Score: Not significant Conclusion: Our study identified a great percentage of Pseudomonas and S aureus colonization in the CF airways. All the analyzed markers showed to be a good value in predicting the severity of the cystic fibrosis patients / Doutorado / Pediatria / Doutor em Saude da Criança e do Adolescente

Orientadores: Marcos Antonio Machado, Alessandra Alves de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T04:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coqueiro_DanilaSouzaOliveira_D.pdf: 3034667 bytes, checksum: 7ce135c75da10c6b26032ec285344dc5 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Avaliou-se as alterações transcricionais em laranja 'Pera' (Citrus sinensis L. Osb.) promovidas por quitosana (CHI) e ácido salicílico (SA), utilizando RNA-seq, e o efeito destes compostos no controle do cancro cítrico (Xanthomonas citri subsp. citri) e da clorose variegada dos citros (CVC - Xylella fastidiosa). As plantas foram tratadas com CHI ou SA e após 48h e 24h, respectivamente, foram coletadas amostras foliares para avaliar seus transcriptomas. Para a avaliação dos eliciadores sobre o cancro cítrico e a CVC, as plantas foram tratadas com CHI ou SA e após 48h e 24h, respectivamente, inoculadas com as duas bactérias separadamente. A partir de 24h da inoculação, foram coletadas amostras foliares para avaliar a curva de crescimento de ambas as bactérias, a redução da severidade e/ou incidência das doenças e respostas de defesa da planta por RT-qPCR. Com os resultados do transcriptoma, observou-se que mais genes foram induzidos pelo tratamento com SA do que com CHI. O tratamento com SA aumentou a expressão de genes que participam da via de sinalização do SA na planta (WRKY50, PR2 e PR-9) e genes da biossíntese do etileno e ácido jasmônico (ACS 12, fator de transcrição contendo domínio AP2 e OPR3). Além disso, promoveu a indução de genes relacionados ao metabolismo secundário, processos redox e estresse biótico. No tratamento com CHI, foi observada maior indução de genes relacionados ao metabolismo secundário. Para ambos os tratamentos, a via da auxina foi reprimida. No experimento para controle do cancro cítrico, observou-se que ambos os eliciadores promoveram reduções na severidade e incidência da doença. Entretanto, a CHI pareceu não interferir diretamente na formação do biofilme pela bactéria, mas pode ter dificultado a multiplicação de X. citri na planta. O SA retardou a entrada da bactéria na planta e, aparentemente, inibiu mais a formação do biofilme bacteriano do que a CHI. Comparações da expressão gênica entre os eliciadores reforçam a ideia de que a CHI tem maior potencial de induzir resistência ao cancro cítrico do que SA. No experimento para o controle da CVC, observou-se que a CHI induziu importantes genes da via do SA (NPR1, TGA, EDS1) e etileno (EIN-3, PR-4) 24h após a inoculação. Aplicações exógenas de SA potencializaram o seu efeito endógeno na planta, pois houve indução de NPR1, TGA e PRs. Entretanto, não foi possível estabelecer uma relação clara entre a multiplicação de X. fastidiosa, a incidência da doença e o uso da CHI e SA em laranja 'Pera', já que na maioria das avaliações não houve redução da população bacteriana em amostras foliares e não houve redução da incidência em plantas tratadas. Com base nos resultados, observou-se que CHI e SA induziram diversos genes envolvidos em respostas de defesa em laranja 'Pera'. Entretanto, essas respostas podem ser moduladas diferencialmente a depender do patógeno que afeta a planta, pois os eliciadores foram eficientes no controle da X. citri, um patógeno que coloniza o mesófilo da planta, entretanto não foram efetivos no controle da X. fastidiosa, um patógeno que coloniza o xilema da planta, embora respostas de defesa tenham sido expressas nos momentos iniciais (24h) após a inoculação com X. fastidiosa / Abstract: This study was carried out to evaluate transcriptional modification in sweet orange 'Pera' (Citrus sinensis L. Osb.), promoted by chitosan (CHI) and salicylic acid (SA), using RNA-seq, and the effect of these compounds on citrus canker (Xanthomonas citri subsp. citri) and citrus variegated chlorosis (CVC - Xylella fastidiosa). Plants were treated with CHI or SA and after 48h and 24h, respectively, leaf samples were collected to assess the transcriptome. In the experiments for disease assessment, the plants were treated with CHI or SA and after 48h and 24h, respectively, inoculated. Starting from 24h after inoculation, leaf samples were collected to evaluate the multiplication of the pathogens (X. citri and X. fastidiosa), reduction of the severity and / or incidence and plant defense responses by RT-qPCR. Based upon the transcriptome results, it was observed that more genes were induced by SA than by CHI. SA treatment increased the expression of genes that participate in the SA signaling pathway in the plant (WRKY50, PR2 and-PR9), and genes involved in the biosynthesis of ethylene and jasmonic acid (ACS 12, transcription factor containing AP2 and OPR3 domain). Besides these, SA promoted induction of genes of secondary metabolism, redox processes and biotic stress. The treatment with CHI exhibited higher induction of genes related to secondary metabolism. For both treatments, the auxin pathway was suppressed. In the experiment for the control of citrus canker, it was observed that both elicitors reduced the severity and incidence of the disease. However, CHI seems not to interfere directly in biofilm formation, but may have hindered the multiplication of X. citri in the plant. The SA slowed down the entry of the bacteria into the plant and, apparently, inhibited the formation of biofilm more efficiently than the CHI. Comparisons of gene expression between elicitors reinforce the idea that CHI has higher potential to induce resistance to citrus canker than SA. In the experiment for the control of CVC, it was observed that the CHI induced important genes of the SA (NPR1, TGA, EDS1) and ethylene (EIN-3, PR-4) pathways 24h after inoculation. Exogenous applications of SA potentiated its endogenous effect in the plant, since there was induction of EDS-1, NPR1, TGA and PRs. However, it was not possible to establish a clear relationship between the multiplication of X. fastidiosa, the incidence of the disease and the use of CHI and SA in 'Pera' sweet orange, since most of the assessments did not show reduction of bacterial populations in leaf samples and there was no reduction of the incidence in treated plants. Based upon the results of this study, it was observed that CHI and SA induced several genes involved in defense responses in 'Pera' sweet orange. However, these responses can be modulated differentially depending on the pathogen that affects the plant. This fact was demonstrated in this study, as elicitors were effective in controlling X. citri, a pathogen that colonizes the mesophyll of the plant, but were not effective in controlling X. fastidiosa, a pathogen that colonizes the xylem of the plant, although defense responses were expressed in the early stages (24 h) after inoculation with X. fastidiosa / Doutorado / Bioquimica / Doutora em Biologia Funcional e Molecular

Orientador: Julieta Rodini Egracia de Moraes / Banca: Rogério Salvador / Banca: Fernanda Nogueira Valentin / Banca: Sérgio Henrique Canello Schalch / Banca: João Batista Kochenborger Fernandes / Resumo: A utilização de probióticos surge como uma alternativa, para o uso de antibióticos em peixes, evitando que os mesmos adoeçam. O escopo deste trabalho foi avaliar os efeitos da alimentação adicionada de probiótico contendo Bacillus amyloliquefaciens na inflamação aguda contra A.hydrophila em tilápias-do-Nilo (Oreochromis niloticus). Para tanto foram utilizados 936 exemplares de tilápias-do-Nilo (30g), distribuídas uniformemente em 12 tanques-rede sendo 78 peixes em cada. Os peixes foram alimentados durante 60 dias com ração adicionada com a bactéria probiótica em diferentes concentrações, sendo constituídos os seguintes grupos; Grupo 1 (controle) alimentado com ração basal sem adição de probiótico: Grupo 2 (T1) suplementados com 0,75 gramas de probiótico/kg de ração; Grupo 3 (T2) suplementados com 1,5 gramas de probiótico/kg de ração; Grupo 4 (T3) suplementados com 3 gramas de probiótico/kg de ração. Para o estímulo inflamatório inoculou-se na bexiga natatória dos peixes 0,5 ml de solução salina 0,65% no grupo controle e 0,5 ml x106 de uma solução, contendo A. hydrophila inativada nos demais grupos. As coletas de sangue e exsudato inflamatório foram realizadas nos tempos de 12, 24 e 48 horas após estímulo inflamatório (HPE), para as seguintes análises: variáveis hematológicas, índices de glicose basal, atividade respiratória dos leucócitos sanguíneos (burst oxidativo), características qualitativas e quantitativas do exsudato, atividade lítica das proteases do soro e atividade de aglutinação bacteriana. Os resultados foram comparados por meio de análise de variância (ANOVA) ao nível de 5% de probabilidade e a diferença entre as médias foi comparada pelo teste de Tukey. Não foram observadas variações hematológicas significativas entre os grupos de tilápias-do-Nilo tratadas e estimuladas e o grupo controle, o mesmo pode ser observados... / Abstract: The use of probiotics arises as an alternative to the use of antibiotics in fishes, preventing them from becoming sick. The scope of this study was to evaluate the effects of food with added probiotic containing Bacillus amyloliquefaciens in acute inflammation against A.hydrophila in the Nile-tilapia (Oreochromis niloticus). To that end, there were used 936 copies of the Nile-tilapia (30g), evenly distributed in 12 net tanks with 78 fish in each. The fishes were fed for 60 days with food added with the probiotic bacteria in different concentrations, with the following groups being formed; Group 1 (control) fed with basal food without added probiotic: Group 2 (T1) supplemented with 0.75 grams of probiotic / kg food; Group 3 (T2) supplemented with 1.5 grams of the probiotic / kg food; Group 4 (T3) supplemented with 3 grams of probiotic / kg food. For the inflammatory stimulus it was inoculated in the swimming bladder of fish 0.5 ml of saline solution 0.65% in the control group and 0.5 ml x106 of a solution containing inactivated A. hydrophila in the other groups. Blood collections and inflammatory exudate were held in the periods of 12, 24 and 48 hours after the inflammatory stimulus (HPE), for the following analysis: haematological variables, basal glucose levels, respiratory activity of sanguine leukocytes (oxidative burst), qualitative and quantitative characteristics of the exudate, lytic activity of serum proteases and agglutination bacterial activity. The results were compared using analysis of variance (ANOVA) at 5% probability and the difference between the means was compared by Tukey test. There were no significant hematological changes between the groups of Nile-tilapia treated and stimulated and the control group, the same thing can be observed in glycemic indeces and respiratory activity of blood leucocytes. The inflammatory exudate was characterized by the predominant accumulation ... / Doutor

Orientador: Roberto Feijo de Figueiredo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil / Made available in DSpace on 2018-07-20T10:46:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ogera_RitadeCassia_M.pdf: 3251496 bytes, checksum: 1ede39d72ead575aa65144f0a74ee274 (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: O excesso de nutrientes, especialmente o nitrogênio e o fósforo, provenientes de esgotos sanitários, industriais e outras fontes lançados em corpos receptores, pode levar ao processo de eutrofização, ocasionando, dentre outros, efeitos adversos ao meio ambiente e à saúde humana. Surge então a necessidade do tratamento avançado ser considerado no planejamento dos recursos hídricos, visando também o reuso das águas residuárias, principalmente em locais onde este recurso é escasso. A proposta deste trabalho baseia-se na remoção do nitrogênio do esgoto sanitário em um reator tipo batelada, pelo processo de lodos ativados, em escala de laboratório, através da nitrificação e desnitrificação biológica. Durante todo o estudo foram feitas bateladas onde os períodos de enchimento foram sem aeração e com agitação. A nitrificação encontrada foi acima de 50 % e a remoção de nitrogênio total foi em tomo de 38 %. Realizou-se a detecção das diversas espécies químicas do nitrogênio pelo método F.I.A-condutimétrico (F/ow Injection Ana/ysis). O tempo de detenção celular mostrou ser mais importante para a nitrificação do que a concentração de sólidos suspensos no reator / Abstract: The excess of nutrients found in domestic or industrial wastewaters, like nitrogen and phosphorus, may lead to a process of eutrofication and originate adverse effects to the environment and to the human health. For this reason it is very important to consider an advanced treatment of those wastewaters when dealing with water resources, including their reuse when water availability is poor.The objective of this work was to remove nitrogen ttom domestic wastewaters in a bench-scale activated sluge sequencing batch reactor, through biological nitrification and denitrification processes. Ali fill periods were performed with mechanical mixing and without aeration. Nitrification above 50% was achieved, and total nitrogen removal was near 38%. Results of nitrogen were obtained in a flow injection analysis (FIA) system. Mean cell residence time appeared to be more important to nitrification than the suspended solids concentration in the reactor / Mestrado / Recursos Hidricos e Saneamento / Mestre em Engenharia Civil

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:02:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8568_1.pdf: 1675980 bytes, checksum: 5e811a808b181cc918a70ed7ba334651 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Origanum vulgare L. (orégano) têm sido reconhecido como uma espécie vegetal possuidora de várias propriedades terapêuticas, de modo que atualmente seu potencial antimicrobiano vem recebendo um grande interesse científico. Este estudo objetivou analisar a efetividade do óleo essencial de O. vulgare em inibir o crescimento de cepas de microrganismos de interesse em alimentos, bem como avaliar a interferência de diferentes tratamentos térmicos sobre a sua efetividade antimicrobiana e composição química. O screening do potencial antimicrobiano do óleo essencial foi realizado através da técnica de difusão em meio sólido, a Concentração Inibitória Mínima-CIM foi determinada através da técnica de difusão em meio sólido e microdiluição, enquanto a avaliação da interferência da CIM sobre a viabilidade microbiana foi realizada através da contagem de células viáveis em placa. A identificação e quantificação dos componentes do óleo essencial foram realizadas através de cromatografia gasosa espectrometria de massa. O óleo essencial de O. vulgare mostrou proeminente poder de inibição do crescimento de todas as cepas microbianas ensaiadas. Os valores de CIM oscilaram entre 80 e 5 &#956;L/mL quando determinada através da técnica de difusão em meio sólido, enquanto o método da microdiluição mostrou valores de CIM entre 5 e 0.62 &#956;L/mL. A CIM determinada pela técnica de difusão em meio sólido foi capaz de causar significante (p<0,05) efeito inibitório da viabilidade de todas as cepas de bactéria e de leveduras ensaiadas. De outra forma, a CIM determinada pela técnica de microdiluição não mostrou eficiência na inibição da viabilidade da maioria das cepas ensaiadas. O óleo essencial em diferentes concentrações (80, 40, 20 &#956;L/mL) mostrou capacidade de inibição da microbiota autóctone de carne moída armazenada sob refrigeração. A exposição do óleo essencial a diferentes tratamentos térmicos (temperatura ambiente, 60, 80, 100, 120°C/1hora) não apresentou interferência (p<0,05) sobre seu potencial antimicrobiano e composição química. A análise da composição do óleo essencial mostrou uma predominância de terpenos e compostos terpênicos, apresentando carvacrol e p-cimeno como componentes majoritários. Conclui-se, que o óleo essencial de O. vulgare apresenta-se como uma potencial fonte de agentes antimicrobianos para uso na conservação de alimentos

A região promotora é uma sequência de DNA localizada anteriormente à uma região codificante e é responsável por iniciar o processo de transcrição. Deste modo, atua como um elemento regulador. O estudo da regulação da expressão gênica auxilia na compreensão da maquinária vital dos seres vivos, no conhecimento sobre a funcionalidade dos genes em diferentes espécies, na resposta celular frente às mudanças ambientais, entre outras questões. Embora os métodos computacionais para a predição de genes possuam uma boa acurácia o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade se deve ao tamanho reduzido do promotor e ao padrão pouco conservado, o que gera resultados com alto número de falsos positivos. Esta tese teve como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais na predição, caracterização e reconhecimento de promotores de bactérias Gramnegativas. Diferente de outros trabalhos, a predição realizada não foi limitada apenas aos promotores dos genes constitutivos; foi realizada também para as demais classes de sequências promotoras. Além da abordagem clássica utilizando a composição de nucleotídeos foram empregados os valores de estabilidade da sequência. De modo a otimizar o aprendizado da Rede Neural e implementar uma ferramenta própria para a predição de promotores, foram extraídas regras de inferência (baseadas no conhecimento produzido durante o treinamento da rede) que foram ponderadas e implementadas em uma nova ferramenta, chamada BacPP. Até o presente, os resultados obtidos com o BacPP foram satisfatórios e comparáveis com a literatura. Os valores de exatidão obtidos com o BacPP para os fatores σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 e σ70 de E. coli foram, 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectivamente. Quando a ferramenta foi aplicada em promotores pertencentes a outras bactérias Gram-negativas, a exatidão geral foi de 76%. Considerando a importância da predição de promotores e a ausência de banco de dados com informações para outras bactérias, implementou-se o IntergenicDB, um banco de dados com diversas informações sobre as sequencias intergênicas e o valor de classificação destas para os diferentes fatores σ bacterianos, conforme os resultados obtidos com o BacPP. / The promoter region is located some few base pairs before a coding region. It is responsible for initiating gene expression process, thus, it can plays a regulatory role. The study about gene expression regulation can assist mainly in the comprehension of complex metabolic network presented by several organisms and cellular answer considering the environment changes. The computational methods to gene prediction have a good accuracy, but this is not achieved in promoter prediction. This difficulty occurs because of the length of the promoter and its degenerate pattern. Those features can explain results with a great number of false positives present in the literature. The present thesis has as its main goal the neural networks applied to Gram-negative promoter prediction, recognition and characterization. Beside the classical approach with the nucleotides of the sequence, the prediction was also made by using stability values. Aiming at developing a own tool for bacterial promoter prediction, the rules extraction was carried out and the results were weighted and implemented. This tool, named BacPP, presents results comparable with the related literature. Currently, the BacPP specific accuracy for σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 and σ70 were 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectively. Furthermore, when challenged with promoter sequences belonging to other enterobacteria BacPP maintained 76% accuracy overall. Currently, there is no databases dedicated for other Gram-negative promoter than E.coli. For this reason, IntergenicDB was modeled and implemented. This database was projected to collect several pieces of information about the sequences and the organisms to which they belong and, the classification results originated from BacPP for each sequence.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES.

Orientador: Alexandre Augusto Zaia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-27T23:03:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_CarolinaCarvalhodeOliveira_D.pdf: 6938585 bytes, checksum: 0b73617c9f542daafb6815d1e62fb4cb (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A polpa dentária contém uma heterogeneidade de células, dentre elas destacam-se os fibroblastos e odontoblastos. Quando este tecido é agredido por micro-organismos ou seus bioprodutos, fibroblastos e odontoblastos secretam diversas citocinas inflamatórias para ativação do sistema imune, dentre estas TNF-'alfa', IL-6 e MCP-1. Este estudo avaliou a expressão gênica e a produção de citocinas inflamatórias após o contato in vitro das espécies Sreptococcus mutans, Porphyromonas gingivalis, Enterococcus faecalis e seus bioprodutos com odontoblastos e fibroblastos. A expressão gênica foi avaliada por RT-qPCR e as proteínas foram quantificadas por meio de citometria de fluxo, tipo CBA, nos períodos de 4, 8 e 24 horas. As bactérias estudadas promoveram sensibilização das células para expressão e produção das citocinas IL-6, TNF-'alfa', e MCP-1 principalmente nas primeiras 8 horas de contato. Tanto o contato direto com as bactérias como o contato com seus bioprodutos resultaram em estímulo para as células, contudo, o contato direto com as bactérias S. mutans e E. faecalis se mostrou mais eficiente para a estimulação de expressão e produção de citocinas. Por outro lado, o contato indireto com P. gingivalis mostrou ser mais efetivo para estimular a produção das citocinas. Desta forma, pode-se concluir que odontoblastos e fibroblastos são capazes de expressar e produzir citocinas pró-inflamatórias a partir de diferentes contatos quando estimulados por tipos bacterianos distintos. / Abstract: Dental pulp contains a heterogeneity of cells in its composition, among them stand out from fibroblasts and odontoblasts. When this tissue is attacked by bacteria or their by-products, fibroblasts and odontoblasts can secrete several inflammatory cytokines in order to attract and activate immune system to contain infectious agents. TNF-'alfa', IL-6 and MCP-1 are proteins secreted by fibroblasts and odontoblasts mainly involved in the origin and activation of the inflammatory process. This study aimed to evaluate gene expression and secretion of inflammatory cytokines after in vitro contact of bacteria Sreptococcus mutans, Porphyromonas gingivalis, Enterococcus. faecalis and its by-products with odontoblasts and fibroblasts. The proteins were quantified by flow cytometry type CBA and gene expression by Real Time - PCR in periods of 4, 8 and 24 hours. The results showed that the studied bacteria promoted sensitizing cells for expression and production of the cytokines IL-6, TNF-'alfa', MCP-1, particularly during the first 8 hours of contact. Both direct contact with bacterias or their by-products resulting in stimulation to the cells, however, direct contact with the bacteria S. mutans and E. faecalis was more efficient for stimulating expression and cytokine production. On the other hand, the indirect contact with P. gingivalis shown to be more effective to stimulate the production of cytokines. Thus, we may conclude that fibroblasts and odontoblasts are able to express and produce proinflammatory cytokines from different contacts when stimulated by different bacterial types / Doutorado / Endodontia / Doutora em Clínica Odontológica

Hipótese do estudo: O presente estudo parte do pressuposto de que a terapia periodontal não cirúrgica é eficaz no tratamento da doença periodontal. Objetivos: este estudo de intervenção avaliou a eficácia dos procedimentos de raspagem e aplainamento radicular utilizando como ferramenta de validação parâmetros clínicos, microbianos e salivares em indivíduos diagnosticados com gengivite e periodontite comparando-os a controles saudáveis. Método: Foram alocados no presente estudo 89 indivíduos assim caracterizados: 31 periodontalmente saudáveis (K), 27 com gengivite (G) e 31 com periodontite crônica (P). Avaliou-se os seguintes parâmetros clínicos: índice de placa, índice de sangramento, profundidade de sondagem e nível de inserção clínica. Avaliou-se ainda a presença dos periodontopatógenos Campylobacter rectus, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Tanerella forsythia, Treponema denticola e Prevotella intermedia por meio da reação em cadeia da polimerase (PCR). Finalmente, a presença salivar de arginase e proteína total por meio de espectrofotometria foi também considerada. Todos estes parâmetros foram mensurados em pré e pós terapia periodontal. Tratamento estatístico dos dados intragrupo foi realizada pelo teste de Wilcoxon, enquanto os dados intergrupos foram avaliados pelos testes Mann-Witney e Kruskal-Wallis, adotando-se significância estatística quando p<0,05. Resultados: Verificou-se melhora dos parâmetros clínicos nos grupos G e P após o tratamento (p<0,05). Houve redução da atividade de arginase e proteína total salivares nos grupos P (p<0,05) e G, equiparando-se ao grupo controle (K). T. forsythia reduziu no grupo G (p<0,05), enquanto P. gingivalis, T. denticola, P. intermedia e T. forsythia apresentaram redução no grupo P (p<0,05). Conclusão: O pressuposto apresentado neste estudo foi confirmado, tendo como validação a utilização dos parâmetros clínicos, microbiológicos e salivares. / Hypothesis of the study: the present study assumes that non-surgical periodontal therapy is efficient on the periodontal disease treatment. Aims: this interventional study evaluated the efficacy of the scaling and root planing procedures by using as a tool of validation, clinical, microbiological and salivary parameters in subjects diagnosed with gingivitis and periodontitis comparing them with healthy controls. Methods: In the present study, 89 subjects were characterized as follows: 31 periodontal healthy (K), 27 with gingivitis (G), and 31 with chronic periodontitis (P). The following parameters were evaluated: plaque index, bleeding index, probing depth, and clinical attachment level. The presence of the periodontalpathogens Campylobacter rectus, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Tanerella forsythia, Treponema denticola, and Prevotella intermedia were also evaluated by polymerase chain reaction (PCR). Finally, the presence of salivary arginase and total protein by spectrophotometry were also considered. All these parameters were measured before and after periodontal treatment. Intra-group statistical analysis were performed by Wilcoxons test while the inter-group analysis were evaluated by Mann-Witney and Kruskal-Wallis tests, adopting a statistical significance when p<0,05. Results: An improvement of the clinical parameters was verified in the G and P groups after treatment (p<0,05). There was a significant reduction of the salivary arginase activity and protein content in the P and G groups compared to the control group (K). T. forsythia was diminished in the G group (p<0,05), while P. gingivalis, T. denticola, P. intermedia and T. forsythia showed a decrease in the P group (p<0,05). Conclusion: the hypothesis of the present study was confirmed being validated by clinical, microbiological and salivary parameters.

A instalação e progressão da doença periodontal estão associadas à presença de fatores de risco destacando-se entre eles determinadas espécies bacterianas. A proposta do presente estudo do tipo transversal foi avaliar por PCR a prevalência de A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis, P. intermedia, T. forsythensis e C. rectus no sulco gengival e na mucosa do dorso da língua e da bochecha em crianças com 2 a cinco e seis a 12 anos e adolescentes com 13 a 18 anos. Foram realizadas associações dos periodontopatógenos com idade, sexo e condição periodontal. A condição periodontal foi estabelecida pelos índices de placa (IP), gengival (IG), profundidade de sondagem e nível de inserção clínica. Na análise estatística foram utilizados os testes Qui-Quadrado e Exato de Fisher para comparar freqüências das variáveis qualitativas; t-Student para a variável IP; Mann-Whitney para a variável IG. As bactérias de maior e menor prevalência foram respectivamente C. rectus (94%) e P. gingivalis (2%), sendo esta última somente encontrada em sulco gengival de adolescentes. A faixa etária de menor idade apresentou as prevalências bacterianas mais baixas. O sexo não interferiu na prevalência microbiana da população estudada. Observou-se uma pior condição clínica quando parâmetros periodontais estiveram associados a T. forsythensis e P. intermedia. / The installation and progression of periodontal diseases are associated with risk factors in witch there are some bacterial species. The aim of this cross-sectional study was evaluate by PCR the prevalence of A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis, P. intermedia, T. forsythensis e C. rectus in gingival sulcus and mucosa of tongue and bucca of children with 2 to five and six to 12 years old and adolescents with 13 to 18 years old. Associations of periodontal pathogens with age, gender and periodontal condition were realized. Children (2 - 5; 6 -12 years old) and adolescents (13 -18 years old) were included in this study. The periodontal condition was established by plaque index (IP), gingival index (IG), probing depth and attachment clinical level. On statistical analysis were used Qui-Squared test and Exact Fishers test for comparison of qualitative variables frequencies , t-Student for analyses of IP, Mann-Whitney tests for analyses of IG. The bacteria of major and minor prevalence were respectively C. rectus (94%) and P. gingivalis (2%), the last one was only observed in adolescents gingival sulcus. The youngest age group showed the lowest bacterial prevalence. Gender did not interfere on bacterial prevalence of population studied. We observed a worse clinical condition when periodontal parameters were associated with T. forsythensis e P. intermedia.