La recrudescence de maladies infectieuses et le nombre grandissant de bactéries résistantes aux antibiotiques sont des problèmes majeurs de santé publique. Ainsi, le développement d’une nouvelle catégorie d’agents antimicrobiens est de plus en plus pressant. Nous nous sommes tournés vers les bactériophages afin d’en connaître davantage sur les moyens qu’ils utilisent pour tuer les bactéries. Cependant, jusqu’à maintenant il existe très peu de connaissances sur leur activité bactéricide. Nous avons donc caractérisé le mode d’action de la protéine de lyse P1 du phage AP205 à l’aide d’approches in vitro et in vivo. Ce phage a pour hôte Acinetobacter. La protéine P1 cible un élément essentiel à la survie bactérienne, la paroi de peptidoglycane. En fait, nous avons découvert qu’elle inhibe plusieurs enzymes impliquées au niveau de cette voie synthèse. Nous espérons que les connaissances acquises sur cette protéine antibiotique contribueront au développement d’une nouvelle classe d’agents antimicrobiens. / The constant increase of infectious diseases and bacterial resistance to antibiotics are major problems of public health. Thus, development of a new class of antimicrobial agents is very urgent. We have decided to explore bacteriophages to learn more about the way they kill bacteria. Therefore, until now, the knowledge about this bactericidal activity is limited. We have characterized the inhibition mechanism of P1 lysis protein from phage AP205 using in vitro and in vivo approaches. The host of this phage is Acinetobacter. The P1 lysis protein targets an essential element for the bacterial survival, the bacterial cell wall. Actually, we hope that knowledge about this protein will contribute to the development of a new class of antibiotics.

Tous les écosystèmes contiennent des phages, ces virus qui infectent spécifiquement les bactéries. Les écosystèmes microbiens des produits laitiers ne font pas exception. Malgré les nombreuses recherches dans le domaine, les phages virulents spécifiques aux souches de Lactococcus lactis utilisées pour la fermentation du lait menacent encore la qualité des fromages et la constance des lots de production. Le phage p2 est un modèle pour l’étude des phages virulents de lactocoques, mais près de la moitié de ses gènes codent pour des protéines aux fonctions encore inconnues. L’étude des phages virulents constitue un défi de taille puisque la modification de leur génome est limitée par le court passage du génome viral dans la cellule bactérienne. Le premier objectif de cette thèse était d’adapter un outil génétique basé sur la technologie CRISPR-Cas9 afin d’inactiver des gènes d’intérêt du phage p2. Cette technologie est dérivée d’un système antiviral naturel qui permet à certains procaryotes de se défendre contre l’invasion par de l’ADN étranger. La bactérie hôte du phage p2, L. lactis MG1363, est normalement dépourvue de ce système. Le deuxième objectif était d’étudier les protéomes phagiques et bactériens lors de l’infection virale par des analyses de spectrométrie de masse à haute résolution. Enfin, le troisième objectif était d’étudier les rôles des gènes inactivés sur la multiplication des phages et des bactéries infectées, incluant l’impact sur leurs protéomes. Entre autres, par une approche intégrative combinant des analyses génomiques, phénotypiques et protéomiques, j’ai comparé le phage mutant p2Δ47, dont le gène orf47 avait été inactivé, au phage sauvage p2. Ces analyses m’ont permis de formuler une hypothèse quant à la fonction de la protéine virale ORF47. Les phages sont ubiquitaires, abondants et peuvent se multiplier rapidement. Malgré leur importance et plus d’un siècle de recherches, plusieurs aspects de la biologie des phages demeurent mal compris. En concevant un outil pour la modification des génomes de phages virulents et en optimisant des protocoles d’analyses protéomiques, j’ai développé des méthodes efficaces pour la caractérisation des protéines phagiques et pour l’étude des interactions phage-bactérie. / Phages are viruses that specifically infect and kill bacteria. They can be found in every ecosystem, including milk products. Despite decades of research, virulent phages infecting Lactococcus lactis strains used for milk fermentation still threatens the production process and cheese quality. Phage p2 is a model for the study of virulent lactococcal phages, but almost half of its genes encode proteins of unknown functions. The study of virulent phages is a challenge in itself because the modification of their genome is limited to the short infection cycle within a bacterial host. The first objective of this thesis was to adapt a CRISPR-Cas9-based genetic tool to inactivate genes of interest in the genome of phage p2. The CRISPR-Cas9 technology is derived from a natural antiviral system that allows some prokaryotes to defend themselves against invasive nucleic acids. The bacterial host of phage p2, L. lactis MG1363, is naturally deprived of this system. The second objective was to study the viral and bacterial proteomes during phage infection, making use of high throughput mass spectrometry-based proteomics. Lastly, the third objective was to study the roles of inactivated genes on phage replication and bacterial growth, including the impact on their proteomes. Amongst other, with an integrative approach combining genomic, phenotypic and proteomic analysis, I compared the mutant phage p2Δ47, lacking a functional orf47 gene, to the wild-type phage p2. These analyses allowed me to hypothesize about protein ORF47 function. Phages are ubiquitous, abundant and can replicate quickly. Despite their importance and over a century of research, many aspects of phage biology are still poorly understood. By designing a tool for the modification of virulent phages and by optimizing protocols for proteomic analysis, I developed a robust pipeline to investigate uncharacterized phage proteins and to study phage-host interactions.

La bactérie Clostridium difficile est maintenant considérée comme un pathogène majeur responsable d'infections nosocomiales en Amérique du Nord et en Europe. De plus, l'émergence de souches hypervirulentes, telle la souche NAP1/027 responsable de récentes épidémies, est un phénomène inquiétant. Un enjeu crucial au cours des prochaines années sera de mieux comprendre les mécanismes de virulence et d'évolution de C. difficile. Les bactériophages (c.-à-d. des virus bactériens, ou phages) sont des joueurs clés dans l'évolution de la plupart des bactéries, pathogènes ou non. Les données concernant l'impact des phages sur C. difficile sont très limitées. Par contre, deux études récentes démontrent que les phages semblent influencer la virulence de C. difficile en altérant la production de toxines TcdA et TcdB. L'objectif de mes travaux de recherche est donc d'étudier au niveau microbiologique et moléculaire les phages de C. difficile et de démontrer leur impact sur l'évolution et la virulence de ce pathogène. Dans ce contexte, plusieurs phages ont été induits à partir d'isolats cliniques de C. difficile. Dans cette collection, un phage en particulier, le (pCD38-2, a été choisi pour la caractérisation subséquente dû à sa divergence génomique par rapport aux autres phages et à sa capacité d'infecter la grande majorité des souches ayant le ribotype hypervirulent (027). Ces caractéristiques uniques ont justifié le séquençage complet de son génome. Par contre, aucun facteur de virulence évident n'a été identifié. À l'opposé, une analyse bio-informatique a permis l'identification d'une région spécifique comportant plusieurs gènes de conversion lysogénique potentiels. L'impact de ces gènes sur la virulence bactérienne reste à être déterminé. De plus, lorsqu'on introduit le phage cpCD38-2 dans la souche sensible CD274, on observe une accumulation plus rapide et plus grande des toxines après 48h dans le surnageant de la culture. Ce phénomène a été confirmé avec des tests ELISA sur des réplicas biologiques indépendants ainsi que par un immunodosage avec anticorps spécifiques aux deux toxines. Par ailleurs, une étude transcriptionelle par PCR en temps réel a permis de constater que le phage (pCD38-2 influence également l'expression des gènes tcdA et tcdB dans le temps. Par contre, l'effet du phage cpCD38-2 est variable lorsqu'on l'introduit dans d'autres souches de C. difficile. Donc, les résultats de nos travaux indiquent que certains phages auraient un impact sur la virulence de C. difficile en altérant la production et la transcription des gènes de toxines. Nos données laissent toutefois sous-entendre que cet effet peut varier selon les souches de C. difficile. [Symboles non conformes]

Gp12 est une protéine qui se fixe symétriquement au centre de chacun des 60 hexamères de la capside icosaédrique du bactériophage SPP1. La protéine produite dans un système d’expression hétérologue se lie à la capside de particules virales dont le gène codant gp12 a été inactivé. Cette interaction a lieu spécifiquement avec des capsides qui ont subi le processus d’expansion et encapsulé l'ADN viral.L'analyse de la séquence de gp12 montre la présence d'un motif (GXY)n retrouvé dans des protéines de type collagène. Nous avons démontré que gp12 est un trimère allongé en solution. Ce trimère s'avère sensible à la collagénase VII qui coupe la protéine gp12 dans un site spécifique du motif (GXY)8. Le profil de dichroïsme circulaire de gp12 porte aussi la signature d'une protéine de type collagène. La fixation de gp12 sur la capside virale conduit à une augmentation de 20°C de sa stabilité thermique. Gp12 peut être dénaturée-dissociée et puis renaturée-reassociée sous l'effet de la température. Le trimer de gp12 et sa forme dénaturée se fixent à la capside de SPP1 mais avec des profils d’interaction différents. Ces propriétés permettent d’utiliser gp12 comme un ligand réversible de la capside phagique en fonction de la température. Gp12 a une organisation modulaire avec un motif collagène qui sépare les modules amino et carboxyl-terminaux. Des protéines avec une organisation similaire sont codées par des gènes adjacents à celui codant pour la protéine majoritaire de la capside dans des prophages de Bacilli, suggérant une fonction similaire à gp12. Leurs modules ont une taille variable. Une recherche de protéines procaryotes et virales avec des segments collagène a montré qu’elles sont abondantes parmi les bactéries et les virus. Le motif est rare parmi les archées et leurs virus. Ces résultats montrent l’importance des protéines avec des séquences de type collagène dans le monde non-eucaryote et du développement de leur étude biochimique et fonctionnelle. / Gp12 is a protein found distributed symmetrically at the surface of the icosahedral capsid from bacteriophage SPP1. Recombinant gp12 binds to phage particles whose gene coding for gp12 was disrupted. This interaction occurs specifically with capsids that undergone expansion and packaged DNA.The gp12 protein sequence is marked by the presence of a stretch of 8 repeats of a GXY motif, which is the sequence signature of collagen. Our results showed that gp12 is an elongated trimer in solution. The trimer is sensitive to collagenase VII that cuts the gp12 protein inside the collagen motif. Its circular dichroism profile has also the signature of a collagen-like protein. Binding of gp12 to SPP1 capsids increases its thermal stability by 20°C. Gp12 is denatured and dissociated reversibly by temperature shift. The gp12 trimer and its denatured form bind to SPP1 capsids but with a different interaction behavior. These properties allow to use gp12 as thermo-switchable SPP1 capsid binder. Gp12 has a modular organization with a central collagen motif that connects the amino and carboxyl termini. Proteins with a similar organization that are encoded by genes adjacent to the gene coding for the major capsid protein were identified in prophages of Bacilli, suggesting a function similar to gp12. Their modules have a variable length.A pangenome-wide search for collagen-like proteins in prokaryotes and viruses shows that they are abundant among bacteria and viruses. In contrast, this motif is rare is archaea and their viruses. Our analysis highlights the importance of collagen-like proteins in the non-eukaryotic world and supports the interest to develop their biochemical and structural study.

Streptococcus thermophilus est une bactérie utilisée par l'industrie laitière pour la fabrication de produits laitiers fermentes tels que le yogourt et les fromages suisses et italiens. Comme plusieurs autres bactéries lactiques utilisées à l'échelle industrielle, S. thermophilus est sensible à l'attaque des phages virulents, ce qui engendre un ralentissement ou un arrêt du processus de fermentation de même que des pertes économiques. Comparativement aux nombreuses recherches effectuées sur les phages de Lactococcus lactis, peu d'études ont été faites sur les phages de S. thermophilus. Afin d'augmenter nos connaissances sur les phages de 5*. thermophilus, le transcriptome du phage DT1 a été déterminé par des hybridations de type Northern lors de l'infection de sa souche hôte SMQ-301. Une carte transcriptionnelle différente de celles des autres phages infectant S. thermophilus a été établie. De plus, les résultats obtenus concordent avec ceux précédemment obtenus lors de l'analyse de l'expression des gènes de DT1 par puces à ADN. Les profils de restriction Smal obtenus par électrophorèse en champ puisé de 16 souches de S. thermophilus sensibles à DT1 ont été comparés afin d'identifier une souche présentant un profil différent de celui de SMQ-301. Deux souches, soit SMQ-706 et SMQ-710, ont ainsi pu être identifiées.

Résumé: De nos jours, les bactériophages (c.-à-d. des virus bactériens, ou phages) sont reconnus comme un des principaux facteurs qui influencent l’évolution et la biologie bactérienne. De plus, la nature dynamique des relations phage-hôte engendre des adaptations mutuelles au niveau des stratégies d’infection et de défense, phénomène communément appelé « course à l’armement ». Malgré une importance démontrée chez de nombreuses espèces bactériennes, l’étude du rôle des phages dans la biologie du pathogène Clostridium difficile est demeurée très limitée. Or, les infections à C. difficile sont considérées comme étant la principale cause des diarrhées associées à la prise d’antibiotiques. Alors, l’objectif de la présente étude avait pour but de mieux caractériser l’implication des phages dans la biologie de C. difficile. Des travaux préalables ont montré que la lysogénisation par le phage tempéré φCD38-2 pouvait mener à une augmentation de la production de toxines chez certaines souches de C. difficile suggérant une implication des phages dans la virulence bactérienne. En utilisant cette étude comme point de départ, nous avons évalué l’influence de la lysogénisation du phage φCD38-2 sur le transcriptome global d’une souche de C. difficile d’importance clinique. Ainsi, nous avons montré que la lysogénisation par le phage φCD38-2 a un impact significatif sur la transcription de 39 gènes bactériens dont près de la moitié encodent des protéines reliées au métabolisme des sucres, suggérant une implication du phage dans les processus métaboliques de l’hôte. Cependant, le gène présentant la plus grande altération transcriptionnelle encode une protéine de surface nommée CwpV. À partir de sa localisation sur la surface bactérienne, nous avons démontré que son expression a un effet protecteur sur les cellules face aux infections par les phages. Les expériences subséquentes ont permis de lier l’activité antiphage au domaine carboxy-terminale variable de la protéine. Étant donné que l’adsorption virale n’est pas affectée par la présence de CwpV, nous avons établi que le mode d’action du système consiste à bloquer l’injection d’ADN virale dans la cellule bactérienne. De plus, l’effet antiphage est plus prononcé envers les siphophages comparé aux myophages suggérant un mode d’action dépendant de la morphologie virale. Finalement, les expériences préliminaires suggèrent que les cellules qui expriment la CwpV ont un avantage sélectif par rapport aux cellules qui ne l’expriment pas dans un essai de co-culture soumise à une infection virale. / Abstract: Bacteriophages (or simply phages) are viruses that specifically infect and kill bacteria. They are omnipresent in every niche where bacteria thrive and as such are considered as the most abundant biological entities in the biosphere. Their massive impact on bacterial biology has incited scientific community to consider the phages as the major driving force in bacterial evolution. Nowadays, it is also assumed that phages act as the principal vectors for horizontal transfer of genetic information among prokaryotes. Moreover, highly dynamic nature of phage host relationships usually results in mutual adaptations that effectively stimulates acquisition of new offensive and defensive strategies. This phenomenon is generally described as the “phage-host arms race”. Despite their obvious importance, the contribution of phages to the biology of Clostridium difficile, the main cause of nosocomial infectious diarrhea, has not been extensively explored. Thus, the main objective of this study was to assess the overall impact of phages to C. difficile lifestyle. Our previous work has revealed the potential of a specific C. difficile phage termed φCD38-2 to stimulate the production of bacterial toxins. Based on those results, we have performed a global study of the impact of the φCD38-2 lysogeny on the bacterial transcriptome. Thus, we have found a total of 39 genes whose expression was altered during the lysogeny of φCD38- 2 with near half of them encoding proteins implicated in bacterial sugar metabolism. This suggests phage implication in the regulation of bacterial utilization of carbon sources. However, the largest transcriptional alteration has been observed for cwpV which encodes a phase-variable surface-anchored protein. Owing to its variable nature, we have hypothesized that CwpV might play a role in phage infection and indeed, we have shown that CwpV expression protects bacterial cells from phage infection. Moreover, variable C-terminal domain of CwpV was found to be essential for antiphage phenotype since its deletion restored bacterial susceptibility to infection. Additionally, CwpV did not significantly affect phage adsorption, but phage DNA replication was prevented suggesting that CwpV act as a superinfection exclusion system. Interestingly, the antiphage effect was more pronounced against phages from Siphoviridae family compared to phages from Myoviridae family suggesting that structural differences are important for the antiphage phenotype. Finally, our preliminary data suggest that CwpV expression confers selective advantage when mixed cocultures are challenged by phage infection.

Streptococcus Agalactiae est depuis les années 1990, responsable d'infections invasives émergentes chez l'adulte. Nous montrons queles souches responsables de ces infections appartiennent majoritairement aux sérotypes V et Ia et aux deux clones phylogénétiquement éloignés, CC1 et CC23. L'étude du contenu prophagique montre une lysogénie fréquente suggérant l'importance de la lysogénie dans la spécialisation de ces souches particulièrement aptes à infecter l'adulte. Dans un deuxième temps, nous avons isolé sept phages tempérés de souches associées à des infections cutanées et ostéo-articulaires. Ces phages appartiennent à la famille des SIPHOVIRIDAE. L’analyse par restriction enzymatique de l’ADN phagique et l’amplification par PCR de fragments d’ADN prophagique a montré la diversité de ces phages et leurdifférence des phages isolés de souches associées aux infections materno-foetales. Les phagesisolés de souches lysogènes de CC1 ont présenté un spectre lytique étendu aux souches de tous les clones intra-species. / Streptococcus agalactiae has emerged since 1990 in infections in nonpregnant adults, We showed that the strains isolated from adult infections were mainly of serotypes V and Ia., and mainly belonged to the two phylogenetically distant clones, CC1 and CC23. The prophagic content study showed a frequent lysogeny, suggesting a role of lysegeny in the specialization of these strains able to infect adult. Also, we isolated seven phages from strains associated with cutaneous and osteoarticular infections in adult. Ces phages classified among SIPHOVIRIDAE. Restriction analysis of phagic DNA and PCR for prophagic DNA showed genetiacally diverse phages, distinct from the phages isolated from strains responsible for materno-foetal infections. Phages isolated from lysogenic strains of CC1 had a wide lytic spectrum and were able to lyse strains belonging to all clones intra-species.

Notre travail a consisté à rechercher des éléments génétiques nouveaux associés aux souchesde Streptococcus agalactiae (SGB) responsables de méningites néonatales (MNN).L'amplification au hasard des ADN génomiques a identifié 3 fragments prophagiquesassociés aux souches à haut risque de MNN. Trente-six phages ont été isolés à partir desouches invasives et non invasives de SGB. La caractérisation moléculaire a défini sixgroupes moléculaires. L'étude du spectre lytique a montré des particularités pour chacun dessix groupes moléculaires. L'étude des capacités métaboliques de souches de SGB a montréque les souches lysogènes appartenant aux lignées phylogénétiques impliquées dans les MNNet présentent des pertes cataboliques. Les transferts génétiques horizontaux qui marquent lesclones des MNN ne semblent pas jouer un rôle dans la résistance aux macrolides. Desmécanismes de transduction ont joué un rôle important dans l'émergence de lignéesphylogénétiques impliquées dans les MNN. / We tried to identify new genetic elements in the genome of Streptotoccus agalactiae (SGB)strains responsible for neonatal meningitis (MNN). Three prophage-related DNA elementswere identified by randomly amplified polymorphie DNA analysis significantly associatedwith SGB strains presented a high risk of causing MNN. Thirty-six phages were isolated from invasive and non invasive SGB strains. Molecular characterization of phage DNA identified six distantly related molecular groups. The various phage groups had specifie lytic activities.The lysogenic strains belonging to phylogenetic lineages most involved in MNN presented catabolic losses. The horizontal gene transfers that mediate mobile genetic elementsrecognized as markers of highly virulent clones do not seem to be have played a role in theemergence of macrolide resistance. Ali our results indicate that transduction may have play arole in the emergence of phylogenetic lineages implicated in MNN.

KplE1 est l’un des dix prophages présents sur le chromosome de la souche Escherichia coli K12. Nous avons montré in vivo que ce prophage est compétant pour s’exciser du chromosome bactérien bien qu’il soit incapable de former des particules virales et de lyser son hôte. Au laboratoire, nous avons identifié les protéines IntS (intégrase) et TorI (RDF), codées sur le prophage KplE1, et la protéine IHF (NBP) de l’hôte comme seules impliquées dans le mécanisme de recombinaison spécifique de site (RSS). Nous avons cartographié sur les régions attL et attR, les sites de fixations des protéines de recombinaison permettant l’assemblage de l’intasome, le complexe nucléoprotéique compétant pour la RSS. L’ensemble de ces sites ainsi que les gènes intS et torI qui chevauchent respectivement les régions attL et attR, ont permis de définir un module de recombinaison de type KplE1. Ce module est très conservé et se retrouve chez des phages infectant différentes souches d’E. coli et de shigella. Le modèle en terme de RSS est celui décrit pour les bactériophages de type λ. Cependant, le nombre et l’organisation des sites de recombinaison suggèrent que l’architecture de l’intasome de type KplE1 diffère de celle de λ. Nos résultats renforcent ainsi l’idée que l’assemblage de l’intasome est spécifique du module de RSS considéré même si, in fine, la réaction catalysée demeure similaire.En ce qui concerne l’expression des gènes intS et torI, le fait que ces gènes soient localisés à chacune des extrémités du prophage, rend ainsi impossible leur couplage transcriptionnel à partir d’un promoteur commun au moment de la commutation lyse/lysogénie, tel qu’il est connu pour les phages lambdoïdes. De part son orientation atypique sur attL, la présence de sites de fixations des protéines IntS et TorI au niveau du promoteur du gène intS, nous ont logiquement amené à étudier sa régulation. Nous avons ainsi montré que le gène intS est négativement régulé par son propre produit ainsi que par la protéine RDF TorI. Nos résultats in vivo et in vitro indiquent que l’efficacité de la réaction de recombinaison excisive est intimement liée à la quantité d’intégrase présente, pouvant alors justifier la raison d’être de ce contrôle strict de l’expression du gène intS. En parallèle, une approche in silico a révélé que cette orientation atypique du gène codant pour l’intégrase est largement répandue sur les génomes des prophages, nous amenant à généraliser ce mécanisme atypique de régulation négative de l’intégrase. / KplE1 is one of the 10 prophage region present on the Escherichia coli K12 chromosome. We showed in vivo that this prophage is fully competent to excise from the bacterial chromosome, although it is unable to form viral particles and lyse its host. In the laboratory, we have identified Ints (integrase) and TorI (RDF) proteins, encoded on the KplE1 prophage, and the host protein IHF (NBP) only involved in the mechanism of site-specific recombination (SSR). We have mapped on attL and attR regions, the binding sites of recombinant proteins for the assembly of the intasome, the nucleoprotein complex competent for SSR. All of these sites as well as intS and torI genes that overlap respectively attL and attR regions, have permit to define a KplE1 recombination module. This module is highly conserved and is found among phages infecting different E. coli and shigella strains. The model in terms of RSS is that described for λ bacteriophage. However, the number and organization of recombination sites suggests that the architecture of the KplE1 intasome differs from that of λ. Our findings reinforce the idea that the intasome assembly is specific to the SSR module considered even if ultimately the catalyzed reaction is similar.Regarding the intS and torI gene expressions, the fact that these genes are located at each end of the prophage, prevented the transcriptional coupling of these genes from a common promoter when the lysis/lysogeny switch occurs. Because of its atypical orientation on attL, and the presence of IntS and TorI protein binding sites that overlap its promoter region, we have logically studied the regulation of the intS gene. We have shown that intS is negatively regulated by both IntS and TorI proteins. Our in vivo and in vitro results suggest that the efficiency of the excision recombination reaction is closely related to the amount of this integrase, which can justify the strict control of the intS gene expression. In parallel, an in silico approach has revealed that the atypical orientation of the integrase gene is widespread in prophage genomes, leading us to generalize this atypical mechanism of negative regulation of integrase

Le bactériophage T5 est un virus infectant E. Coli. L’assemblage et la maturation de sa capsidecomportent plusieurs étapes critiques pour la formation des virions lors du cycle infectieux.Parmi ces étapes, j’ai étudié les processus d’expansion et de décoration de la capside de T5.L’expansion implique d’importantes réorganisations conformationnelles des 775 sous-unités de laprotéine pb8 composant la capside, conduisant au doublement du volume de la capside qui peutalors contenir le génome du phage. J’ai déterminé des conditions physico-chimiques permettantd’induire l’expansion de la capside in vitro, puis j’ai effectué des expériences de SAXS résoluesdans le temps montrant que l’expansion est un processus hautement coopératif, qui conduit, en uneétape, à un état final remarquablement stable. D’autre part, j’ai réalisé une étude fonctionnelle de laprotéine de décoration pb10, montrant que sa fixation est un marqueur de l’expansion. Enfin l'étudestructurale de pb10 menée par SAXS a permis de déterminer un modèle à basse résolution de sonenveloppe moléculaire. / Bacteriophage T5 is a virus infecting E. Coli. Its capsid assembly and maturation include severalcritical steps leading to the formation of new virions during the infectious cycle.During my thesis I focused on the expansion and decoration of T5 capsid. Expansion consists inlarge conformationnal reorganizations of the 775 capsid protein subunits, yielding a two-foldincrease of the capsid volume and allowing it to accomodate the full-length genome. I haveascertained physicochemical conditions that trigger in vitro expansion of the capsid, and using atime-resolved SAXS study, I showed that expansion is a higly cooperative two-state process leadingto a remarkably stable final state. I have also carried out a functional study of the decoration proteinpb10, showing that it only binds to expanded proheads. Finally, a low resolution model of pb10 wasdetermined by SAXS.