There are several potential applications for a high data density barcode that can be easily photographed and decoded by mobile phones, but no such symbology currently exists. As a result, a new barcode was designed to exploit the low-pass characteristic of a camera phone channel and is presented as a means of facilitating wireless optical communication with mobile phones. A channel model was established and subsequent simulation results led to the design of a colour barcode with encoding done in the Discrete Cosine Transform domain. A waterfilling process and a noise-shaping algorithm enhance performance, while a new fast acquisition method allows for rotational and size invariance. An outer Accumulate-Repeat-Accumulate code is employed, followed by an inner Reed Muller code with a rate varying according to spatial frequency. The final barcode data-density is 3.5 times greater than the leading symbology and has proven robust to various impediments imposed by camera phones.

There are several potential applications for a high data density barcode that can be easily photographed and decoded by mobile phones, but no such symbology currently exists. As a result, a new barcode was designed to exploit the low-pass characteristic of a camera phone channel and is presented as a means of facilitating wireless optical communication with mobile phones. A channel model was established and subsequent simulation results led to the design of a colour barcode with encoding done in the Discrete Cosine Transform domain. A waterfilling process and a noise-shaping algorithm enhance performance, while a new fast acquisition method allows for rotational and size invariance. An outer Accumulate-Repeat-Accumulate code is employed, followed by an inner Reed Muller code with a rate varying according to spatial frequency. The final barcode data-density is 3.5 times greater than the leading symbology and has proven robust to various impediments imposed by camera phones.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T15:12:45Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Moisés Thiago Freitas.pdf: 1148174 bytes, checksum: 0b379665e3ccc49343bd588c6f26416e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T15:12:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Moisés Thiago Freitas.pdf: 1148174 bytes, checksum: 0b379665e3ccc49343bd588c6f26416e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / Lutzomyia umbratilis é o principal transmissor do parasito Leishmania guyanensis na América do Sul, uma das espécies envolvidas na Leishmaniose Tegumentar Americana. No Brasil há registros desse vetor na região amazônica e uma população isolada no estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil. Neste estudo amostras de Lutzomyia umbratilis de três localidades no Brasil foram estudados para avaliar a estrutura filogeográfica. Posteriormente, as amostras foram processadas de modo a obter sequências correspondentes ao gene Citocromo Oxidase I. As análises filogenéticas mostraram a presença de dois clados monofiléticos distintos, um constituído por Recife (PE) e Rio Preto da Eva (AM), e outro formado com amostras de Manacapuru (AM). Os testes de neutralidade foram negativos e não significativos para todas as populações, indicando um desvio do modelo neutro favorecendo a hipótese de que estas populações estão passando por uma expansão recente. Os índices de divergência interpopulacional foram altos quando comparada a população de Manacapuru com Recife e Rio Preto da Eva. As análises de estruturação genética indicaram que as populações estudadas são divididas em dois grupos, uma delas com Manacapuru e a outra com Recife e Rio Preto da Eva.

This master's thesis investigates the of logistics of Research library in Olomouc and offers improvements. I introduce the Czech library system and then concentrate on the Olomouc library's history and the operations of individual departments. I found that the depositories could be improved in aspects such storage and overall building condition. The library uses barcodes for loan administration. To introduce the options of improvements of the library, I describe new technologies that are in use abroad such as RFID tags or shelf stacker in the storage rooms. I believe that the efficacy of library operations would improve should they be concentrated in one building and offer further enhancements to the daily running of the library.

The project elaborated proposal of comprehensive monitoring of the forklift reconditioning process at the regional refurbishment center for central and east Europe. The proposal aims to increase overall customer satisfaction. The choice of the specific form of monitoring was based on theoretical background and process analysis. Monitoring of process activities is carried out on the basis of barcodes and scanning devices, which are able to distinguish the date and specific time. The proposal results are an overall customer overview increase within process, customer satisfaction increase and support improvement of managing and decision making.

The biodiversity that exists in our planet is huge and far from being known. Most of the times the techniques that are used in species identification are based in the morphology of the specimens, and the description is a time-consuming work, that is limited to specialists. At contrast, DNA Barcode is intended to be a fast and accessible tool, which proposes the use of a standard DNA sequence encompassing the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene, with the aim of identifying species from already described sequences and discovering new species. Nevertheless, its efficiency is based on the diagnosis of specific properties, as monophyly of the intraspecific sequences and the existence of a Barcode gap between intra and interspecific variation. In this study, we tested the efficacy of the DNA Barcode in the identification/discovery of mycophagous drosofilid species belonging to the genera Hirtodrosophila, Mycodrosophila and Zygothrica. The specimens were collected throughout the southern Brazil, specially in the Santa Catarina and Rio Grande do Sul states, which totalized 10 collection points and 177 individuals. After morphological identification, total DNA was extracted and the COI (cytochrome oxidase c subunit I) and COII (cytochrome oxidase c subunit II genes) were amplified and sequenced, holding a total of 117 and 137 sequences, respectively, which were analyzed through phenetic and phylogenetic methods. A total of 33 different morphotypes were encountered and, with the collections it was possible to realize that the mycophagous genera Hirtodrosophila, Mycodrosophila and Zygothrica are well distributed throughout the Southern Brazilian Region. Furthermore, many species have here their first description for the sampled region. The molecular analyses revealed the existence of a Barcode gap between the intra and the interspecific distances, although there was an overlap between the interespecific congeneric and intergeneric variation, prperties which hamper clear generic delimitation but stimulate DNA Barcode utilization for species designation. The phenograms/phylogenies obtained through the algorithms of Neighbor- Joining/Bayesian Inference also have shown that despite the reciprocal monophyly presented by the different species, the three genera were shown as polyphyletic within Drosophilidae. In this sense, we suggest here that the DNA Barcode technique is effective in the mycophagous species discrimination, but not in genera differentiation. In fact, the application of this technology for this group of species revealed straightforward utility in cryptic species discrimination when the analysis of morphological characters is not precise, mainly due to the exclusive existence of females. Moreover, our data show the importance of joining DNA Barcode with morphological data, which may help in the delimitation or even in the differentiation of likely new species. / A biodiversidade existente em nosso planeta é imensa e ainda está longe de ser conhecida. As técnicas utilizadas na identificação de espécies baseiam-se, muitas vezes, na morfologia dos espécimes, e sua descrição é um trabalho que demanda conhecimento e tempo, limitando-se à especialistas. Em contrapartida, com a intenção de ser uma ferramenta mais rápida e de fácil acesso, o DNA Barcode propõe o uso de uma sequência padronizada de DNA do gene mitocondrial citocromo c oxidase subunidade I (COI) com o objetivo de identificar espécimes a partir de espécies já descritas e descobrir novas espécies. Para sua efetividade, entretanto, é preciso que propriedades como o monofiletismo das sequências intraespecíficas e a existência de um gap entre as variações intra e interespecíficas sejam diagnosticadas. Neste trabalho, nós testamos a eficácia desta técnica para a identificação/descoberta de espécies de drosofilídeos micófagos dos gêneros Hirtodrosophila, Mycodrosophila e Zygothrica. Os espécimes foram obtidos a partir de coletas realizadas na região Sul do Brasil, em especial, nos estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul, totalizando 10 pontos de coleta e 177 indivíduos. Após a identificação morfológica, o DNA total foi extraído e os genes COI (citocromo c oxidase subunidade I) e COII (citocromo c oxidase subunidade II) foram amplificados e sequenciados, obtendo-se 117 e 137 sequências, respectivamente, que foram posteriormente analisadas através de métodos fenéticos e filogenéticos. Um total de 33 diferentes morfotipos foi encontrado e, pelas coletas, pode-se perceber que os gêneros micófagos Hirtodrosophila, Mycodrosophila e Zygothrica são bem distribuídos na região Sul. Muitas espécies, inclusive, têm aqui seu primeiro registro de coleta para a região. As análises moleculares revelaram a existência de um Barcode gap entre as distâncias intra e interespecíficas, porém com a presença de sobreposição das distâncias interespecíficas congenéricas e intergenéricas, propriedade que dificultam a clara delimitação dos gêneros, mas estimulam sua utilização para a designação das espécies. Os fenogramas/filogenias obtidos pelos algoritmos de Neighbor-Joining/Análise Bayesiana também mostraram que, a despeito da monofilia recíproca apresentada pelas diferentes espécies, os três gêneros apresentam-se polifiléticos dentro de Drosophilidae. Neste sentido, sugere-se aqui que a técnica seja efetiva na discriminação de espécies, mas não de gêneros diferentes. De fato, a aplicação da técnica de DNA Barcode para este grupo de organismos revelou a sua utilidade em auxiliar na discriminação entre espécies crípticas quando a análise de caracteres morfológicos não se faz precisa, principalmente pela existência exclusiva de fêmeas. Além disso, nossos dados demonstram a importância de agregar o DNA Barcode a dados de morfologia, o que pode auxiliar na deliminação ou até levar à diferenciação de prováveis espécies novas.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Patricia Ribeiro dos Santos.pdf: 1037396 bytes, checksum: e99d81a176db1d0496423b4ece2cefbd (MD5) Previous issue date: 2010-03-03 / Biological control is a natural process that regulates the number of individuals existing in a population, by the action of another individual called "natural enemies or biological control agent (parasitoids, predators and pathogens), causing biotic mortality. Fungi that act as antagonists of phytopathogenic fungi have been used to control the disease, and 90% of these applications have been made using strains of fungi of the genus Trichoderma. The genus Trichoderma (Ascomycetes) Hypocreales, belonging to the class and brings Hifomicetos species that are among the soil fungi most commonly found in nature. There are several problems related to the nomenclature of individuals of this gender. Molecular tools such as markers and DNA Barcode has been used in identification of Trichoderma but also another fungi. The objective of this work was to identify isolates of Trichoderma spp. using only molecular tools. Analysis using markers make possible the observation of the high degree of genetic variability between these individuals, but proved problematic when the sample size was increased. The identification of individuals using DNA Barcode was possible only for a few individuals who show the need for the high quality sequences obtained by sequencing. The phylogenetic analysis was extremely difficult because is time consuming and required much time to perform the analysis. However by Neighbor-joining analysis was observed that when using databases such as BLAST error rate in identifying these species is high due to deposition of sequences of isolates incorrectly identified. / Controle biológico é um processo natural, que regula o número de indivíduos existentes em uma população, pela ação de outro indivíduo chamado de inimigo natural ou agente de controle biológico (parasitóides, predadores e patógenos), causando mortalidade biótica. Fungos que atuam como antagonistas de fungos fitopatogênicos têm sido usados para controlar a doença, sendo que 90% dessas aplicações tem sido feitas utilizando-se linhagens de fungos do gênero Trichoderma. O gênero Trichoderma (Ascomycetes), ordem Hypocreales, pertencente à classe dos hifomicetos e reúne espécies que se encontram entre os fungos de solo mais comumente encontrados na natureza. Vários são o problemas relacionados à nomeclatura de indivíduos desses gênero. Ferramentas moleculares, como marcadores e DNA Barcode tem sido usadas na identificação não só de Trichoderma mas também de outro fungos. Esses trabalho teve como objetivo identificar isolados de Trichoderma spp. Utilizando somente ferramentas moleculares. A análise utilizando marcadores RAPD posiibilitaram uma observação do alto grau de variabilidade genética existente entre esses indivíduos, ma se mostrou problemática quando o número amostral foi aumentado. A identificação de indivíduos utilizando DNA Barcode só foi possível para poucos indivíduos o que demonstra a necessidade de que as sequências obtidas sejam de alta qualidade. A análise filogenética se mostrou extremamente difícil, devido a demanda de tempo necessária para a realização das análises. Entretanto através da análise de Neighbor-joining foi possível observar que quando se utiliza bancos de dados como o BLAST a taxa de erro na identificação dessas espécies é grande devido ao depósito de sequências de isolados incorretamente identificados.

Master´s thesis analyses current methods and procedures of storing and marking of goods of Disk obchod & technika, spol. s.r.o. company. It includes the proposal of goods identification which leads to the optimizing of continuous flows from the point of view of both simplification and acceleration of work and simpler and more accurate ways of goods identification. The proposal is related to the choice of appropriate method of goods identification and the selection of particular type of barcodes, including the necessary hardware.

Culex coronator Dyar & Knab e Culex usquatus Dyar são duas espécies irmãs, que fazem parte do Complexo Coronator, composto por mais quatro espécies (Culex usquatissimos Dyar, Culex ousqua Dyar, Culex camposi Dyar, Culex covagarciai Forattini). As fêmeas deste grupo são indistinguíveis por caracteres morfológicos, sendo a identificação possível somente através da distribuição e tamanho das cerdas apicais que ornamentam o gonocoxito da genitália masculina. Cx. coronator, é a espécie com maior distribuição geográfica, ocupando as Américas do Norte, Central e Sul. Já Cx. usquatus só foi registrado nas Américas Central e do Sul, ocorrendo em simpatria no Brasil com Cx. coronator. Apesar da semelhança morfológica das fêmeas das duas espécies, até o momento, somente Cx. coronator foi encontrado naturalmente infectado por diversas arboviroses. Considerando que estudos populacionais são importantes para compreender a evolução e a dinâmica de populações de pontencias vetores, e que a correta identificação de fêmeas é fundamental para estudos de competência vetorial, os objetivos deste trabalho foram: (1) distinguir fêmeas adultas de Cx. coronator de Cx. usquatus (2) obter conhecimento da estrutura populacional de Culex coronator nas regiões Sul e Sudeste (3) examinar a possível existência de outras espécies não descritas e/ou incorretamente identificadas sob o epíteto de Cx. coronator. Para tanto foram utilizadas duas ferramentas: uma morfológica (morfometria de asa), e outra genética (4 loci de microssatélites e sequenciamento do fragmento barcode do gene COI). As análises dos três marcadores mostraram que as populações do Sudeste são geneticamente e morfologicamente diversas, mas não apresentam estrutura populacional, enquanto as populações do Sul são mais homogêneas, e diferentes das do Sudeste. Assim, tanto os microssatélites como a morfometria geométrica, mostraram alguma estruturação populacional em relação às macrorregiões Sul e Sudeste. A análise da morfometria da asa distinguiu as espécies de Cx. coronator e Cx. usquatus, enquanto a análise do COI barcode apresentou uma politomia das duas espécies. Nenhum marcador indicou a existência de um complexo de espécies sob o espíteto Culex coronator. / Culex coronator and Culex usquatus are sibling species belonging to Coronator Group, which comprises five other species (Culex usquatissimos Dyar, Culex ousqua Dyar, Culex camposi Dyar, Culex covagarciai Forattini). Except by Cx. yojae, the females of this group are indistinguishable, being the identification only possible by the analysis of the arrangement and number of appendicles on the apical lobe of the gonocoxite of the male genitalia. Cx. coronator is the most widely distributed species in the complex, occupying North, Central and South America, while Cx. usquatus was recorded only in Central and South America. Therefore, these species are sympatric in Brazil. Despite the morphological similarity of the females of both species, only Cx. coronator has epidemiological importance, being found infected with many arboviruses. Since studies focusing in population structure are important to understand the evolution and dynamics of potencial vectors and that the correct female identification is critical for development of vectorial competence studies, the aims of this study were to: (1) distinguish adult females of Cx. coronator from Cx. usquatus (2) obtain knowledge of the population structure of Culex coronator in Southern and Southeastern areas (3) examine the presence of undescribed and/or incorrectly identified species under Cx. coronator. Thereby, a survey was carried out using morphological (wing geometry) and genetic (4 microsatellite loci and barcode region of the Cytochrome c oxidase subunit I gene) markers. Results showed genetic and morphological diversity of southeastern populations, with low population structure, while southern populations were more homogenous but different from those of Southeast Brazil. Thus, analysis of microsatellite and wing morphometry showed some populational structure according to South and Southeast macro-regions. Only wing morphometric analysis distinguished Cx. coronator from Cx. usquatus, while the COI barcode analysis showed a polytomy of the two species. No marker indicated Cx. coronator s.s as a group of cryptic species.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Viviane D Nascimento.pdf: 4989006 bytes, checksum: 77cad9ec6df775a3c9e2287e13b3cba6 (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Neotropical fish species diversity is underestimated. There are many factors that lead to these estimates, as the lack of sampling of headwaters regions, the wide range of different environments that predispose the insulation factors, among countless others. Yet, also contributes the occurrence of species complex, where morphologically similar populations are genetically isolated in gene flow.Parodontidae (Teleostei: Characiformes) is relatively small fish family, with 32 valid species and divided into three genera: Parodon, Apareiodon and Saccodon. Representative of these fish have innumeroushomoplasic diagnostics characters, which ones hinder the identification of species.This study evaluated the validity of the Apareiodon sp. species (Rio Verde population - Upper Rio Tibagi) compared to morphologically similar species Apareiodon ibitiensis. Cytogenetic results showed karyotype differences in Apareiodon sp., which has been shown to occur for the rio Paranapanema basin, while A. ibitiensis is foundedin the rio Tietê basin. Yet, was discussed also the role of the W chromosome differentiation in Apareiodonspeciation. The nucleotide divergence of the DNA barcode confirms the occurrence of different species to A. ibitiensis, Apareiodon sp. and for A. ibitiensis of the Rio São Francisco basin. Yet, an integrated analysis of the number of cusps in premaxillary teeth, cytogenetics and nucleotide divergence using DNA barcode for six different populations identified morphologically as Apareiodon affinis was also performed. In this study, the Upper Paraná River sampling sites showed the same build karyotype and low genetic divergence. In this study, the Upper Rio Paraná sampling localities showed the same karyotype organization and low genetic divergence. However, in the Upper Rio Cuiabá, Upper Rio Paraguay and Upper Rio Uruguay populations (System Lower Rio Paraná) the cytogenetic was different among the populations, nevertheless, a low value of genetic divergence was founded too. Yet, when the Upper Rio Paraná population were compared to the Lower Rio Paraná population, both cytogenetics as genetic divergence demonstrated the occurrence of different species. Thus, this study aimed to evaluate the occurrence of these species pairs and demonstrated the occurrence of morphologically similar populations, but genetically divergent due to gene flow restriction. / A diversidade de espécies de peixes Neotropicais é subestimada. Muitos são os fatores que levam a estas estimativas, como a falta de amostragem de regiões de pequenos córregos, a ampla gama de ambientes diferentes que predispõem a fatores de isolamento, entre inúmeros outros. Também contribui a ocorrência de complexo de espécies, onde populações morfologicamente semelhantes são geneticamente isoladas quanto ao fluxo gênico. A família Parodontidae (Teleostei: Characiformes) é relativamente pequena, com 32 espécies válidas e dividida em três gêneros: Parodon, Apareiodon e Saccodon. Representantes destes peixes apresentam inúmeros caracteres diagnósticos homoplásicos, os quais dificultam sobremaneira a identificação de espécies. Neste estudo foi avaliado a validade de Apareiodon sp. (população do rio Verde - Alto Rio Tibagi), quando comparada à espécie morfologicamente semelhante Apareiodon ibitiensis. Os resultados citogenéticos demonstraram diferenças cariotípicas para o denominado Apareiodon sp., o qual foi demonstrado ocorrer para a bacia do rio Paranapanema, enquanto A. ibitiensis é visualizado para a bacia do rio Tietê. Adicionalmente, foi discutido o papel da diferenciação do cromossomo W na especiação de Apareiodon. A divergência nucleotídica do marcador Barcode corrobora a ocorrência de espécies divergentes para A. ibitiensis, Apareiodon sp. e também para o A. ibitiensis da bacia do rio São Francisco. Também foi realizada uma análise integrada de número de cúspides nos dentes sinfiseanos, citogenética e divergência nucleotídica do marcador Barcode para seis diferentes populações identificadas morfologicamente como Apareiodon affinis. Neste estudo, os pontos de amostragem do Alto Rio Paraná mostraram a mesma constituição cariotípica e baixo nível de divergência genética. Já as populações do Alto Rio Cuiabá, Alto Rio Paraguai e Alto Rio Uruguai (Sistema do Baixo Rio Paraná) mostraram estruturas citogenéticas definidas em suas populações, no entanto, um baixo valor de divergência genética. Ainda, quando comparadas as populações do Alto Rio Paraná às do Baixo, tanto a citogenética quanto a divergência genética demonstraram a ocorrência de espécies distintas. Desta forma, este estudo buscou avaliar a ocorrência destes pares de espécies e demonstrou a ocorrência de populações morfologicamente semelhantes, porém geneticamente divergentes e com restrição ao fluxo gênico.