Orientador: Claudio de Oliveira / Resumo: Trichomycteridae é uma das famílias mais diversa da superfamília Loricarioidea com aproximadamente 300 espécies válidas, incluídas em 41 gêneros e oito subfamílias, e amplamente distribuídas pelas drenagens da América do Sul e Central. Trichomycteridae é caracterizada morfologicamente pela presença de um sistema opercular altamente modificado, envolvendo os ossos operculares e pré-operculares, assim como pela variação no tamanho do corpo e padrões de coloração. Também apresentam uma ampla diversidade trófica incluindo espécies onívoras, insetívoras, lepidófagas e hematófagas. A monofilia da família e suas subfamílias são bem suportadas por caracteres morfológicos, exceto Trichomycterinae, a qual inclui Trichomycterus, um grupo não-monofilético, taxonomicamente complexo, com elevado número de espécies e desconhecida diversidade. Embora múltiplos estudos tenham focado nas relações supragenéricas com reduzida representatividade de espécies, ainda não existem estudos utilizando caracteres moleculares com ampla amostragem de Trichomycteridae. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo principal estudar as relações filogenéticas de Trichomycteridae através da análise de sequências de DNA, usando duas aproximações: a análise multilocus, incluindo três genes mitocondriais e dois nucleares, e a implementação de análises filogenômicas usando 851 elementos ultraconservados do genoma (ultraconserved elements, UCEs). Com base na filogenia obtida, analisamos padrões de origem e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Trichomycteridae is one of the most specious families in the superfamily Loricarioidea with approximately 300 valid species including 41 genera and eight subfamilies, widely distributed through the rivers in South and Central America. Trichomycteridae is characterized morphologically by the presence of a highly modified opercular system, involving the opercular and pre-opercular bones, as well as by variation in body size and coloration patterns. Trichomycterids also present a wide trophic diversity including omnivorous, insectivorous, lepidophagous and hematophagous species. The monophyly of the family and its subfamilies are well supported by morphological characters except Trichomycterinae, which includes Trichomycterus, a taxonomically complex non-monophyletic group with a high number of species and unknown diversity. Although, multiple studies have focused on suprageneric relationships with reduced species representativity, there are no studies using molecular characters with a large sample of Trichomycteridae. In this context, the main objective of this research is to study the phylogenetic relationships of Trichomycteridae through the analysis of DNA sequences using two approaches: multilocus analysis, including three mitochondrial and two nuclear genes, and the implementation of phylogenetic analyzes using 851 ultraconserved elements of the genome (ultraconserved elements, UCEs). Based on the phylogeny obtained, we analyzed patterns of origin and diversification, as w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Fregata magnificens (Fregatidae) é uma ave marinha que se reproduz em ilhas costeiras e oceânicas do Atlântico, desde a Flórida até o sul do Brasil, e do Pacífico, desde a Baixa Califórnia até o Equador, incluindo as Ilhas Galápagos. Apesar da grande capacidade de voo, as fragatas tendem a permanecer durante todo o ano nas proximidades das colônias reprodutivas, voando em velocidades lentas, mas varrendo uma grande área. Em aves marinhas, há um paradoxo aparente entre sua elevada capacidade de dispersão e uma aparente filopatria, o que tem levantado uma série de questões sobre estrutura populacional e história evolutiva. A fim de investigar tais aspectos, foram utilizadas amostras de DNA genômico de 156 indivíduos de F. magnificens pertencentes a oito populações do Atlântico Ocidental, das quais seis brasileiras (Moleques do Sul-SC, Arquipélagos de Currais-PR, Alcatrazes-SP, Cagarras-RJ, Ilha de Cabo Frio-RJ e Abrolhos-BA), uma da Guiana Francesa (Ilha Grand Connétable) e uma caribenha (Barbuda). Foram amplificados oito marcadores de microssatélites, e 1227 pb de dois genes do mtDNA (ND2 e CytB). As sequências de mtDNA foram alinhadas com outras de outras nove colônias reprodutivas depositadas no GenBank, incluindo Galápagos, diversas ilhas do Caribe e Panamá (n=282). As populações brasileiras apresentaram um único haplótipo comum a todas as amostras brasileiras, exceto por um indivíduo de Abrolhos, e compartilhado com Grand Connétable. Uma análise de variância molecular (AMOVA) mostrou que boa parte da variação genética encontra-se entre grupos oceânicos de populações (CT=0,83; FCT=0,49), e análises par a par evidenciaram um isolamento genético entre as populações brasileiras e caribenhas, enquanto Grand Connétable ocupou uma posição intermediária. Para os microssatélites, uma análise Bayesiana de estruturação populacional (STRUCTURE) sugeriu a ocorrência de dois “clusters” genéticos. O primeiro está um associado a Barbuda e, em menor grau, a Grand Connétable, enquanto o outro está associado às populações brasileiras. Uma estimativa de migração recente (BayesAss) detectou conexões desde Abrolhos e Moleques do Sul para outras ilhas brasileiras (exceto entre si), e de Abrolhos pra Grand Connétable. Estimativas demográficas sugerem um tamanho populacional reduzido para as populações brasileiras (NE médio= 353) comparado a Barbuda e Grand Connétable. A separação entre as populações brasileiras e as demais teria ocorrido há cerca de 3.000 anos. A maior diversidade genética para as populações do Caribe (incluindo Grand Connétable) para ambos os marcadores pode estar associado com uma colonização recente do Brasil. Embora pareça existir alguma conexão entre Grand Connéctale e o Brasil (especialmente através da população de Abrolhos), ela é insuficiente para eliminar completamente a estruturação genética entre essas regiões. O padrão predominante de ventos, associado também às correntes marinhas que afetam a costa da América do Sul parecem bastante importantes para explicar os principais achados de estrutura genética evidenciados nos nossos dados. / Fregata magnificens (Fregatidae) is a seabird breeding in coastal and oceanic islands of the Atlantic, from Florida to southern Brazil, and the Pacific, from Baja California to Ecuador, including the Galapagos Islands. Despite a great capability of flight, this species tend to remain around the breeding colonies throughout the year, flying at slow speed, but covering a wide area. In seabirds, there is an apparent paradox between a high dispersal ability and an apparent philopatry, which has raised a number of questions about population structure and evolutionary history. In order to investigate these questions, we used samples of genomic DNA from 156 individuals of F. magnificens belonging to eight populations of the Occidental Atlantic, including six Brazilian archipelagos (Moleques do Sul-SC, Currais-PR, Alcatrazes-SP, Cagarras–RJ, Cabo Frio Island-RJ, and Abrolhos-BA), one in French Guyana (Grand Connétable Island) and one in the Caribbean (Barbuda). We amplified eight microsatellite markers and 1227bp from two mtDNA genes (ND2 and CytB). MtDNA sequences were aligned with others from nine breeding colonies deposited in GenBank, including the Galapagos, several Caribbean islands and Panama (n=282). Brazilian populations had a single haplotype common to all Brazilian samples, except for a single individual from Abrolhos, and shared with Grand Connétable. A molecular analysis of variance (AMOVA) showed that a large portion of the genetic variation is found between oceanic groups of populations (CT=0.83; FCT=0.49), and pairwise analysis evidenced genetic isolation between Brazilian and Caribbean populations, while Grand Connétable fell in an intermediate position. For microsatellites, a Bayasian analysis of population structure (STRUCTURE) suggested the occurrence of two genetic clusters. The first is associated to Barbuda and, to a lesser degree, to Grand Connétable, while the other is associated to the Brazilian populations. Estimates of recent migration (BayesAss) detected connections from Abrolhos and Moleques do Sul to other Brazilian Islands (except between each other), and from Abrolhos to Grand Connétable. Demographic estimates suggest a reduced population size for the Brazilian populations (average NE=353) compared to Barbuda and Grand Connétable. Separation between the Brazilian populations and the others would have occurred by 3,000 years ago. The higher genetic diversity for the Caribbean populations (including Grand Connétable) for both markers may be associated with a recent colonization of Brazil. Despite there seems to exist some connection between Grand Connétable and Brazil (especially Abrolhos), this is insufficient to fully eliminate the genetic structure between these regions. The predominant wind pattern, also associated with the marine currents affecting South American coast seem very important to explain the major findings of genetic structure evidenced in our data.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Ecologia, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2008. / Submitted by Suelen Silva dos Santos (suelenunb@yahoo.com.br) on 2009-09-09T17:54:04Z No. of bitstreams: 1 Dissert_Galiana Lindoso.pdf: 1280481 bytes, checksum: 9ac5aedc23efae6b88f4ec72b9a8d8a0 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2009-09-10T14:13:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissert_Galiana Lindoso.pdf: 1280481 bytes, checksum: 9ac5aedc23efae6b88f4ec72b9a8d8a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-09-10T14:13:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert_Galiana Lindoso.pdf: 1280481 bytes, checksum: 9ac5aedc23efae6b88f4ec72b9a8d8a0 (MD5) Previous issue date: 2008 / O bioma Cerrado apresenta paisagens heterogêneas, caracterizando-se por apresentar uma elevada diversidade beta. O Parque Nacional de Sete Cidades e a Chapada Grande Meridional, ambos no Estado do Piauí, apresentam uma elevada heterogeneidade espacial com diferentes fitofisionomias e tipos de solos. Neste trabalho, foram estudadas a vegetação lenhosa do cerrado sensu stricto sobre Neossolo Quartzarênico destas áreas e foram relacionadas as variações florísticas e estruturais do cerrado sobre solos arenosos, com as variações locais do meio físico, como características químicas e físicas do solo e a altitude. Em cada área, foram amostradas dez parcelas de 20 m x 50 m distribuídas nas manchas de cerrado sobre Neossolo. No PNSC foram encontradas 45 espécies e 40 gêneros em 21 famílias botânicas com densidade de 1017 indiv.ha-1 e área basal de 10,71 m2.ha-1, a diversidade pelo índice de diversidade de Shannon foi 3,07 nats.indiv-1 e equabilidade de Pielou de 0,80. Na Chapada Grande Meridional foram encontradas 48 espécies (duas subespécies) e 26 famílias botânicas, com densidade de 930 indiv.ha-1 e área basal de 12,84 m2.ha-1. A diversidade alfa (índice de Shannon H’=2,75 nats.ind-1 e equabilidade de Pielou J=0,70) foi baixa, devido à concentração de densidade em Qualea grandiflora (30,11%) e Parkia platycephala (12,37%). As espécies amostradas nesses cerrados representam uma mistura de espécies de ampla distribuição nas zonas de baixa altitude, espécies típicas dos cerrados marginais do Nordeste e espécies de ampla distribuição no bioma e que ocorrem na Caatinga. Nestes cerrados, os limites superiores de altura dos indivíduos foram maiores àqueles descritos na literatura para o cerrado s.s., indicando um padrão estrutural dos cerrados do Nordeste que possuem árvores mais altas do que os cerrados do Planalto Central, porém menor riqueza florística no estrato lenhoso. Em ambas as áreas, a diversidade beta entre as parcelas foi alta, especialmente na comparação da densidade de espécies entre as parcelas, indicando a alta heterogeneidade ambiental do cerrado e a complementaridade das manchas para a manutenção da diversidade. No PNSC, a variação da vegetação foi relacionada ao gradiente de fertilidade, salinidade, acidez e textura do solo e altitude, separando espécies que também ocorrem em formações florestais de espécies que ocorrem exclusivamente nas formações savânicas do Cerrado. No PNSC, os solos de algumas parcelas possuem caráter solódico, devido à alta quantidade de sódio, relacionada com áreas de maior altitude. Na Chapada Grande Meridional, o gradiente de fertilidade, altitude, textura e salinidade do solo influenciou na distribuição de algumas espécies. Foram investigadas as diferenças florísticas, estruturais e ambientais, baseado em amostragens quantitativas, entre oito áreas de cerrado s.s. sobre Neossolo Quartzarênico, para a determinação de padrões fitogeográficos e de conservação do cerrado sobre solos arenosos. Os dados analisados provêm de levantamentos realizados em áreas de cerrado s.s. no Piauí e no Brasil Central, todos sobre Neossolo, totalizando 80 parcelas de 20 m x 50 m. Foram realizadas análises multivariadas, com o método TWISNPAN e Análise de Correspondência Canônica (CCA). De um total de 198 espécies que ocorreram em todas as áreas amostradas, foram analisadas 94 que ocorreram em duas áreas ou mais. As diferentes composições florísticas e estruturais encontradas entre as áreas analisadas, mesmo considerando um tipo de solo, indicam a elevada heterogeneidade da vegetação do cerrado. Na CCA, as variáveis ambientais que tiveram maior correlação com as parcelas e espécies foram temperaturas média e mínima anuais, precipitação média anual, insolação e número de meses secos. Nas divisões obtidas pelo método TWINSPAN e na CCA, as áreas analisadas do Piauí encontraram-se fortemente separadas das demais áreas analisadas, sugerindo que estes cerrados formam um subgrupo distinto das demais áreas dos cerrados do Nordeste. A alta diversidade beta encontrada e a pouca quantidade de espécies amplamente distribuídas e protegidas, são importantes fatores a serem considerados para a criação de novas e extensas unidades de conservação no bioma Cerrado. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado biome presents a large spatial heterogeneity and is characterized as having elevated beta diversity. The Sete Cidades National Park (PNSC) and Chapada Grande Meridional, both located at the state of Piauí, show great landscape diversity with different physiognomies and soils types. In this study, we investigated the woody vegetation of the cerrado sensu stricto (savanna woodland physiognomy) that occur on Entisols (Quartzarenic Neosols) and the relationship between the floristic and structure variations regarding the soils characteristics and altitude. In each area, we sampled ten plots with 20 m x 50 m, distributed in patches of cerrado on Entisols. At PNSC 45 species and 40 genera were found distributed among 21 botanic families, with stem density of 1017 indiv.ha-1 and basal area of 10.71 m2.ha-1. The Shannon diversity index was 3,07 nats.indiv-1 and the evenness was 0,80. At Chapada Grande Meridional 48 species (two subspecies) and 26 botanic families were encountered, with a stem density of 930 indiv.ha-1 and basal area of 12.84 m2.ha-1. The alfa diversity (Shannon index of 2,75 nats.ind-1 and evenness of 0,70) was low, because of the high density of Qualea grandiflora (30,11%) and Parkia platycephala (12,37%). The species sampled are a mixture of species with widespread distributions within the biome, species typically from the cerrado of the Northeast and others species that occur in the Caatinga biome. In these cerrados, the superior limits of tree height were larger than what is usually described for cerrado s.s., indicating a structural pattern of the Northeast cerrados, that have higher tress than the cerrados founds at the Planalto Central. However the Northeast cerrados are poorer in species than the other cerrados. In both areas, the beta diversity between the plots was high, especially when considering the species density, indicating a high environmental heterogeneity of cerrado and the complementarities between the patches towards the maintenance of biodiversity. At PNSC, the variation of vegetation occurred along gradients of fertility, acidity, salinity, texture and altitude. Species that also occur in forest formations were separated from species that occur exclusively in savanna formations. At PNSC, some of the soils sampled in the plots have a solodic characteristic, because of the high amounts of sodium, related to areas with higher altitudes. At Chapada Grande Meridional, the gradient of fertility, texture and salinity influenced the distribution of some species. In this study, differences in the floristic composition, structure and environmental characteristics were also investigated, based in quantitative samplings, between eight areas of cerrado s.s. on Entisols, to determine phytogeographic and conservation patterns of cerrados encountered on this type of soil. The data analyzed were from samples conducted at cerrados from Piauí state and the region of central Brazil, witch were all located on Entisols, and totalized 80 plots of 20 m x 50 m. Multivariate analysis were conducted, with TWINSPAN classification and Canonical Corresponde The Cerrado biome presents a large spatial heterogeneity and is characterized as having elevated beta diversity. The Sete Cidades National Park (PNSC) and Chapada Grande Meridional, both located at the state of Piauí, show great landscape diversity with different physiognomies and soils types. In this study, we investigated the woody vegetation of the cerrado sensu stricto (savanna woodland physiognomy) that occur on Entisols (Quartzarenic Neosols) and the relationship between the floristic and structure variations regarding the soils characteristics and altitude. In each area, we sampled ten plots with 20 m x 50 m, distributed in patches of cerrado on Entisols. At PNSC 45 species and 40 genera were found distributed among 21 botanic families, with stem density of 1017 indiv.ha-1 and basal area of 10.71 m2.ha-1. The Shannon diversity index was 3,07 nats.indiv-1 and the evenness was 0,80. At Chapada Grande Meridional 48 species (two subspecies) and 26 botanic families were encountered, with a stem density of 930 indiv.ha-1 and basal area of 12.84 m2.ha-1. The alfa diversity (Shannon index of 2,75 nats.ind-1 and evenness of 0,70) was low, because of the high density of Qualea grandiflora (30,11%) and Parkia platycephala (12,37%). The species sampled are a mixture of species with widespread distributions within the biome, species typically from the cerrado of the Northeast and others species that occur in the Caatinga biome. In these cerrados, the superior limits of tree height were larger than what is usually described for cerrado s.s., indicating a structural pattern of the Northeast cerrados, that have higher tress than the cerrados founds at the Planalto Central. However the Northeast cerrados are poorer in species than the other cerrados. In both areas, the beta diversity between the plots was high, especially when considering the species density, indicating a high environmental heterogeneity of cerrado and the complementarities between the patches towards the maintenance of biodiversity. At PNSC, the variation of vegetation occurred along gradients of fertility, acidity, salinity, texture and altitude. Species that also occur in forest formations were separated from species that occur exclusively in savanna formations. At PNSC, some of the soils sampled in the plots have a solodic characteristic, because of the high amounts of sodium, related to areas with higher altitudes. At Chapada Grande Meridional, the gradient of fertility, texture and salinity influenced the distribution of some species. In this study, differences in the floristic composition, structure and environmental characteristics were also investigated, based in quantitative samplings, between eight areas of cerrado s.s. on Entisols, to determine phytogeographic and conservation patterns of cerrados encountered on this type of soil. The data analyzed were from samples conducted at cerrados from Piauí state and the region of central Brazil, witch were all located on Entisols, and totalized 80 plots of 20 m x 50 m. Multivariate analysis were conducted, with TWINSPAN classification and Canonical Corresponde Analysis (CCA). From a total of 198 species that occur in all areas, 94 species that occur in two or more areas were analyzed. The differences encountered among the floristic compositions and structures between the areas, even when considering a same type of soil, indicates a high heterogeneity of the cerrado vegetation. In the CCA, the environmental variables that have the best correlations between the plots and species were mean temperature, mean of the minimum temperature, mean annual precipitation, solar radiation and number of dry months. The divisions obtained from TWINSPAN and CCA, show that the areas from Piauí were strongly separated from the others areas, suggesting that these areas are a distinct subgroup from the other Northeast cerrado areas. The high beta diversity and the few widespread species and that are protected are important factors to be considered for the creation of new and extensive protected areas in the Cerrado biome.

Com o objetivo de descrever a composição florística e avaliar a estrutura das comunidades de trepadeiras e os fatores ambientais que influenciam sua distribuição em escalas locais, foram realizadas análises qualitativas e quantitativas em um mosaico de ambientes florestais na região subtropical do Brasil. O estudo foi desenvolvido em um remanescente florestal com cerca de 100 ha que recobre as encostas de um morro granítico e está situado na porção centro-oeste do Rio Grande do Sul, no município de Guaíba. A área compreende quatro ambientes com fisionomias florestais distintas, dois deles situados na borda e, os outros dois, no interior. Os ambientes de borda se diferenciam principalmente pelo tipo de formação campestre do entorno em: borda com campo limpo e borda com campo rupestre, enquanto que os ambientes de interior apresentam distintas condições de drenagem: interior mal drenado e interior bem drenado. Para a análise biogeográfica, a partir da lista de espécies obtida no levantamento florístico, foram registradas a presença e ausência das mesmas em três áreas gradualmente mais distantes da área de estudo, ao longo de quatro linhas de expansão divergentes: nordeste, noroeste, centro-oeste e sudoeste. Já a variação das comunidades nos quatro ambientes característicos da área de estudo foi avaliada através da amostragem de 0,24 ha, com seis parcelas alocadas em cada ambiente. A flora total do remanescente compreendeu oitenta e duas espécies de trepadeiras, distribuídas em cinquenta e cinco gêneros e trinta e três famílias. O grande número de espécies compartilhadas com as linhas de expansão tropicais, em detrimento das subtropicais e temperadas, mostra que, mesmo situada fora dos trópicos, em uma região de transição climática e biogeográfica, a área de estudo apresenta muitos elementos de origem tropical. Quanto à distribuição nos quatro ambientes, as comunidades ocorrentes na borda e no interior se diferenciaram em relação à composição, riqueza , abundância e à proporção de indivíduos em cada modo de ascensão. Além disso, a borda e o interior demonstraram ser internamente heterogêneos, principalmente quanto à composição. As características químicas e disponibilidade de água do solo, a luminosidade e o tipo de ecótono nas áreas de borda se mostraram importantes fatores na diferenciação de comunidades de trepadeiras em escalas locais.

Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-06T10:44:32Z No. of bitstreams: 1 TIAGO_PORTO_DEFINITIVA.pdf: 3066953 bytes, checksum: b7413456f225ef7c68ea74f001ddad0b (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-09-26T18:17:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TIAGO_PORTO_DEFINITIVA.pdf: 3066953 bytes, checksum: b7413456f225ef7c68ea74f001ddad0b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-26T18:17:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TIAGO_PORTO_DEFINITIVA.pdf: 3066953 bytes, checksum: b7413456f225ef7c68ea74f001ddad0b (MD5) / FAPESB, CAPES / Objetivo Objetivamos avançar na investigação do modelo mais atual de refúgios da Mata Atlântica, testando duas hipóteses: a adição de variáveis topográficas e de solo às climáticas aumenta a acurácia de modelos de distribuição de espécies endêmicas do bioma; a capacidade explicativa do modelo de refúgios do bioma sobre a localização dos refúgios das espécies é influenciada pela identidade taxonômica e/ou por características de distribuição das espécies (região e área de ocorrência e número de fitofisionomias ocupadas). Local Mata Atlântica do Brasil. Métodos Compilamos e filtramos registros de 14 espécies (aranhas, opiliões, escorpiões, anfíbios, aves, lagartos e mamíferos), e geramos modelos de distribuição utilizando o MAXENT. Para testar a primeira hipótese, comparamos a acurácia dos modelos produzidos a partir de diferentes conjuntos de variáveis ambientais. Para avaliar a segunda, mensuramos a inclusão do refúgio da espécie no refúgio do bioma e o preenchimento do refúgio do bioma pelo refúgio da espécie, e analisamos a influência da distância taxonômica entre as espécies e das características de distribuição sobre estas métricas. Resultados Os modelos mais acurados, numericamente, foram gerados ao adicionar a altitude às variáveis climáticas, embora a qualidade dos modelos com diferentes combinações de variáveis tenha sido similar. As métricas de inclusão e preenchimento não foram influenciadas pela identidade taxonômica das espécies, e as características de distribuição influenciaram apenas o preenchimento, com valores mais altos para espécies amplamente distribuídas e com ocorrência registradas para a região Nordeste-Sudeste do Brasil. Principais conclusões A capacidade preditiva do modelo de refúgios da Mata Atlântica não é mais similar para espécies mais proximamente relacionadas, o que evidencia sua aplicabilidade sem distinção do táxon. Para a inclusão, percebemos que o modelo do bioma pode ser aplicado para espécies com diferentes características de distribuição, sem alteração direcional da capacidade preditiva. Para o preenchimento, percebemos que o modelo do bioma pode ser utilizado tanto para espécies especialistas quanto generalistas com relação às fitofisionomias, e os melhores resultados foram obtidos para espécies mais amplamente distribuídas e com ocorrência na faixa Nordeste-Sudeste da Mata Atlântica. / Salvador

RAMALHO, Monna Myrnna Mangueira. Estudos fitogeográficos no gênero Guzmania Ruiz & Pav. (Bromeliaceae: Tillandsioideae). 2015. 59 f. Dissertação (mestrado em ecologia e recursos naturais)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2015. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-04-01T17:38:29Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_mmmramalho.pdf: 7255524 bytes, checksum: 7ea753601ebe95fd0734e0c48a7b4f04 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-19T20:39:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_mmmramalho.pdf: 7255524 bytes, checksum: 7ea753601ebe95fd0734e0c48a7b4f04 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-19T20:39:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_mmmramalho.pdf: 7255524 bytes, checksum: 7ea753601ebe95fd0734e0c48a7b4f04 (MD5) Previous issue date: 2015 / The geographical distribution of taxa is determined by its capability of dispersion together with a range of abiotic (e.g. temperature, light amount and humidity) and biotic factors (e.g. ecological interactions like competition and predation). Bromeliaceae is the second great family of vascular epiphytes, contributing with the total richness of species in Neotropical forests and with the greater diversity and endemism in high altitudes. This work aims to answer the following questions: i) What are the distribution patterns of Guzmania Ruiz & Pav. species and which environmental filters maintain this distribution? ii) Which areas present greater richness and diversity of species? iii) Taking into account the premisses offered by the predictive modeling, which is the potential area of distribution of Guzmania species?Data of geographical distribution of Guzmania were obtained at Centro de Referências de Informações Ambientais - CRIA - and later the maps of geographical distribution were produced using DIVA-GIS 7.5 program. The Neotropical region was divided into 10 phytogeographic areas. The species were classified into two distribution patterns, large and restrict, where the former could be continuous or disjunct, and the phytogeographic patterns were described. Shannon index (H`) was used to determine the richness and diversity patterns and to similarity analysis (UPGMA) it was constructed a binary matrix with data concerning presence =1 and absence =0 aiming to determine the flower blocks of species presenting similar patterns. Based on this matrix it was conducted a PAE (Parcimony Analysis of Endemicity) analysis, which classifies areas or localities with analogous taxa. Modelling of predictive distribution was performed only to species occurring at ombrofila forest remnants in Ceará state (Humid Mountains). The studied Guzmania species presented a large distribution pattern at Neotropical region with disjunctions at Brazilian Northeast into the phytogeographic domains of Caribbean, Amazon, Guayana, Andes-Patagonia and Chaco. The greater diversity area of the gender was at Andes region, followed by Amazon, Central America, Guayana Shield and Humid Mountains of Ceará. Similarity analysis (UPGMA) based on species distribution revealed the formation of three flower blocks. The modeling of potential distribution predicts a drastically reduction in the areas where the species are found, specially at Humid Mountains. / A distribuição geográfica de um táxon é determinada por sua capacidade de dispersão associada a um conjunto de fatores abióticos como temperatura, quantidade de luz e umidade, e bióticos, como as interações ecológicas i.e. competição e predação. Bromeliaceae é a segunda mais diversificada família de epífitas vasculares, contribuindo com a riqueza total de espécies nas florestas neotropicais, com a maior diversidade e endemismo em altitudes mais elevadas. Este trabalho tem como objetivo responder os seguintes questionamentos: i) Quais os padrões de distribuição das espécies de Guzmania Ruiz & Pav. e quais filtros ambientais são mantenedores desta distribuição? ii) Quais as áreas com maior riqueza e diversidade das espécies? iii) Partindo das premissas que a modelagem preditiva nos fornece, qual a área potencial de distribuição das espécies de Guzmania? Os dados de distribuição geográfica de Guzmania foram obtidos através do Centro de Referências de Informações Ambientais – CRIA, posteriormente foram produzidos os mapas de distribuição geográfica utilizando o software DIVA-GIS 7.5. A região Neotropical foi dividida em dez áreas fitogeográficas. As espécies foram classificadas em dois padrões de distribuição, ampla e restrita, sendo a distribuição ampla podendo ser contínua ou disjunta, e os padrões fitogeográficos descritos. Foram obtidos os dados das variáveis ambientais para verificar se há relação com os padrões de distribuição das espécies. Utilizamos o índice de Shannon (H’) para determinar os padrões de riqueza e diversidade e, para a análise de similaridade (UPGMA) foi construída uma matriz binária com dados de presença =1/ ausência=0 visando determinar os blocos florísticos de espécie que apresentassem padrão semelhante. Através dessa matriz foi conduzida uma análise de PAE (Parcimony Analysis of Endemicity), que classifica áreas ou localidades com táxons análogos. A modelagem de distribuição preditiva foi realizada apenas para as espécies ocorrentes nos remanescentes de floresta ombrófila do estado do Ceará (Serras úmidas). As espécies estudadas de Guzmania apresentaram um padrão de distribuição amplo na região Neotropical com disjunções no nordeste do Brasil, nos Domínios fitogeográficos do Caribe, Amazônico, Guianas, Andino-Patagônico e Chaco. A área de maior diversidade do gênero foi na região do Andes, seguida da Amazônia, América Central, Escudo das Guianas e Serras úmidas do Ceará. Análise de similaridade (UPGMA) baseada na distribuição das espécies resultou na formação de três blocos florísticos. A modelagem de distribuição potencial prevê uma drástica redução nas áreas de ocorrência das espécies, principalmente nas Serras Úmidas.

Fregata magnificens (Fregatidae) é uma ave marinha que se reproduz em ilhas costeiras e oceânicas do Atlântico, desde a Flórida até o sul do Brasil, e do Pacífico, desde a Baixa Califórnia até o Equador, incluindo as Ilhas Galápagos. Apesar da grande capacidade de voo, as fragatas tendem a permanecer durante todo o ano nas proximidades das colônias reprodutivas, voando em velocidades lentas, mas varrendo uma grande área. Em aves marinhas, há um paradoxo aparente entre sua elevada capacidade de dispersão e uma aparente filopatria, o que tem levantado uma série de questões sobre estrutura populacional e história evolutiva. A fim de investigar tais aspectos, foram utilizadas amostras de DNA genômico de 156 indivíduos de F. magnificens pertencentes a oito populações do Atlântico Ocidental, das quais seis brasileiras (Moleques do Sul-SC, Arquipélagos de Currais-PR, Alcatrazes-SP, Cagarras-RJ, Ilha de Cabo Frio-RJ e Abrolhos-BA), uma da Guiana Francesa (Ilha Grand Connétable) e uma caribenha (Barbuda). Foram amplificados oito marcadores de microssatélites, e 1227 pb de dois genes do mtDNA (ND2 e CytB). As sequências de mtDNA foram alinhadas com outras de outras nove colônias reprodutivas depositadas no GenBank, incluindo Galápagos, diversas ilhas do Caribe e Panamá (n=282). As populações brasileiras apresentaram um único haplótipo comum a todas as amostras brasileiras, exceto por um indivíduo de Abrolhos, e compartilhado com Grand Connétable. Uma análise de variância molecular (AMOVA) mostrou que boa parte da variação genética encontra-se entre grupos oceânicos de populações (CT=0,83; FCT=0,49), e análises par a par evidenciaram um isolamento genético entre as populações brasileiras e caribenhas, enquanto Grand Connétable ocupou uma posição intermediária. Para os microssatélites, uma análise Bayesiana de estruturação populacional (STRUCTURE) sugeriu a ocorrência de dois “clusters” genéticos. O primeiro está um associado a Barbuda e, em menor grau, a Grand Connétable, enquanto o outro está associado às populações brasileiras. Uma estimativa de migração recente (BayesAss) detectou conexões desde Abrolhos e Moleques do Sul para outras ilhas brasileiras (exceto entre si), e de Abrolhos pra Grand Connétable. Estimativas demográficas sugerem um tamanho populacional reduzido para as populações brasileiras (NE médio= 353) comparado a Barbuda e Grand Connétable. A separação entre as populações brasileiras e as demais teria ocorrido há cerca de 3.000 anos. A maior diversidade genética para as populações do Caribe (incluindo Grand Connétable) para ambos os marcadores pode estar associado com uma colonização recente do Brasil. Embora pareça existir alguma conexão entre Grand Connéctale e o Brasil (especialmente através da população de Abrolhos), ela é insuficiente para eliminar completamente a estruturação genética entre essas regiões. O padrão predominante de ventos, associado também às correntes marinhas que afetam a costa da América do Sul parecem bastante importantes para explicar os principais achados de estrutura genética evidenciados nos nossos dados. / Fregata magnificens (Fregatidae) is a seabird breeding in coastal and oceanic islands of the Atlantic, from Florida to southern Brazil, and the Pacific, from Baja California to Ecuador, including the Galapagos Islands. Despite a great capability of flight, this species tend to remain around the breeding colonies throughout the year, flying at slow speed, but covering a wide area. In seabirds, there is an apparent paradox between a high dispersal ability and an apparent philopatry, which has raised a number of questions about population structure and evolutionary history. In order to investigate these questions, we used samples of genomic DNA from 156 individuals of F. magnificens belonging to eight populations of the Occidental Atlantic, including six Brazilian archipelagos (Moleques do Sul-SC, Currais-PR, Alcatrazes-SP, Cagarras–RJ, Cabo Frio Island-RJ, and Abrolhos-BA), one in French Guyana (Grand Connétable Island) and one in the Caribbean (Barbuda). We amplified eight microsatellite markers and 1227bp from two mtDNA genes (ND2 and CytB). MtDNA sequences were aligned with others from nine breeding colonies deposited in GenBank, including the Galapagos, several Caribbean islands and Panama (n=282). Brazilian populations had a single haplotype common to all Brazilian samples, except for a single individual from Abrolhos, and shared with Grand Connétable. A molecular analysis of variance (AMOVA) showed that a large portion of the genetic variation is found between oceanic groups of populations (CT=0.83; FCT=0.49), and pairwise analysis evidenced genetic isolation between Brazilian and Caribbean populations, while Grand Connétable fell in an intermediate position. For microsatellites, a Bayasian analysis of population structure (STRUCTURE) suggested the occurrence of two genetic clusters. The first is associated to Barbuda and, to a lesser degree, to Grand Connétable, while the other is associated to the Brazilian populations. Estimates of recent migration (BayesAss) detected connections from Abrolhos and Moleques do Sul to other Brazilian Islands (except between each other), and from Abrolhos to Grand Connétable. Demographic estimates suggest a reduced population size for the Brazilian populations (average NE=353) compared to Barbuda and Grand Connétable. Separation between the Brazilian populations and the others would have occurred by 3,000 years ago. The higher genetic diversity for the Caribbean populations (including Grand Connétable) for both markers may be associated with a recent colonization of Brazil. Despite there seems to exist some connection between Grand Connétable and Brazil (especially Abrolhos), this is insufficient to fully eliminate the genetic structure between these regions. The predominant wind pattern, also associated with the marine currents affecting South American coast seem very important to explain the major findings of genetic structure evidenced in our data.

A comunidade bacteriana aquática foi estudada quanto à composição, biomassa e à atividade de consumo de carbono (perfil de consumo potencial de substratos orgânicos através de Ecoplates Biolog™) ao longo de diferentes escalas espaciais e temporais em 26 lagoas costeiras do sul do Brasil. Com o objetivo de investigar a influência de distintos padrões temporais e espaciais na dinâmica da comunidade, investigou-se i) a variação da composição da comunidade bacteriana (CCB) e de seus atributos funcionais (AF) em função de efeitos exclusivos do ambiente, do espaço, do tempo, ou de todos os fatores na Lagoa Mangueira; ii) os padrões espaciais de distribuição da diversidade beta bacteriana aquática e os fatores influenciando tais variações ao longo de 25 lagoas com diferentes graus de conectividade, no Sistema do rio Tramandaí; e iii) a dinâmica temporal da composição e biomassa bacteriana ao longo de um distúrbio provocado por frentes frias na Lagoa Mangueira. Dessa forma, três perguntas principais foram compostas: i) há variação da composição da comunidade bacteriana (CCB) e de seus atributos funcionais (AF) em função de efeitos exclusivos do ambiente, do espaço, do tempo, ou de todos os fatores? ii) a diversidade beta bacteriana aquática apresenta padrão de distribuição aninhado ou turnover e quais processos influenciam tais padrões? iii) a composição e biomassa da comunidade bacteriana muda em resposta a distúrbios de curta duração ocorridos pela entrada de frente fria polar? Como resultados consistentes observaram-se que: i) a CCB e seus AF variam temporal e espacialmente, sendo sua distribuição explicada principalmente pelos filtros ambientais (speciessorting) e pela distância espacial, respectivamente; ii) a diversidade beta bacteriana entre e dentro das lagoas é principalmente o resultado da substituição de espécies (turnover), sendo que a relação entre a diversidade beta bacteriana e a heterogeneidade ambiental entre as lagoas parece ser resultado de species-sorting, enquanto que dentro das lagoas pode ser o resultado do efeito de massa, devido à alta conectividade e dispersão dentro das lagoas; iii) a comunidade bacteriana em termos de biomassa apresenta-se resiliente ao distúrbio, enquanto que a composição da comunidade apresenta-se resistente ao distúrbio provocado por frente fria. Assim, esta tese contribui no incremento de discussões acerca dos padrões ecológicos da comunidade bacteriana entre múltiplas escalas espaciais e temporais, mostrando que a menor escala de heterogeneidade bacteriana detectada pode estar positivamente relacionada ao tamanho do lago. Além disso a comunidade apresenta distintas respostas de estabilidade em termos composicionais e biomassa em eventos que causam distúrbios ao sistema. Finalmente, esse estudo conseguiu verificar variação espacial e temporal da comunidade bacteriana entre multiplas escalas no sistema aquático, em resposta às variações nas características ambientais nas diferentes escalas estudadas. Portanto, esse estudo identifica a resposta bacteriana aos distintos padrões espaciais e temporais, e quais mecanismos influenciam a comunidade bacteriana, evidenciando a importância em se considerar múltiplas escalas para a compreensão da biogeografia microbiana e a sua habilidade de responder a perturbações. / The aquatic bacterial community was studied in terms of composition, biomass and carbon consumption activity (physiological profile - Ecoplate) over different spatial and temporal scales in 26 coastal lagoons in southern Brazil. In order to investigate the influence of different spatial and temporal patterns in community dynamics, we investigated i) the variation of the bacterial community composition (CBB) and its functional traits (FT) as a function of exclusive effects of the environment, of the space, of the time, or of all the factors in Lake Mangueira; ii) the patterns of distribution of the aquatic bacterial beta diversity and the factors influencing such variations along 25 lakes with different degrees of connectivity in the Tramandaí River System; and iii) temporal dynamics of bacterial composition and biomass along a disturbance provoked by cold fronts in Lake Mangueira. In this way, three mainly questions were made: i) is there variation in the BCC and its FT as a function of the sole purpose of environment, of space, time, or all of the factors? ii) Does aquatic bacterial beta diversity presents a nested pattern of distribution or turnover and which processes influence these patterns? iii) Do the composition and biomass of the bacterial community change in response to short-term disturbs due to the polar cold front event? As a consistent result, it was observed that: i) the BCC and its FT varied temporally and spatially, and its distribution is explained mainly by environmental filters (species-sorting) and spatial distance, respectively; ii) the bacterial beta diversity between and within lake is primarily the result of species turnover, and the bacterial beta diversity-environmental heterogeneity relationship (BDEHR) among lakes appears to result from species-sorting, while withinlake the beta diversity should be a result of the mass effect, due to the high connectivity and dispersion within-lake; iii) the bacterial community, in terms of biomass is resilient to the disturbance, whereas the bacterial composition is resistant to the disturbance. Thus, this thesis contributes in increasing discussions about the ecological patterns of the bacterial community between multiple scales showing that the smaller scale of bacterial heterogeneity detected can be positively related to the lake size. In addition, the community presents distinct stability responses in terms of composition and biomass over events that cause disturbances to the system. This study was able to verify spatial and temporal variation of the bacterial community among multiple scales in the aquatic system, in response to different environmental factors among the multiple scales studied. Therefore, this study identified the bacterial response to the different spatial and temporal patterns, and the mechanisms that influence the bacterial community, evidencing the importance in considering multiple scales for the understanding of microbial biogeography and its ability to respond to disturbs.

Submitted by LUZ ENEIDA OCHOA ORREGO null (luzeocho@gmail.com) on 2018-04-03T19:35:49Z No. of bitstreams: 1 Tesis_LuzOchoa_final.pdf: 49750474 bytes, checksum: 12fe06586f916de59876885a3701887f (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-04-03T19:54:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ochoaorrego_le_dr_bot.pdf: 49750474 bytes, checksum: 12fe06586f916de59876885a3701887f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-03T19:54:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ochoaorrego_le_dr_bot.pdf: 49750474 bytes, checksum: 12fe06586f916de59876885a3701887f (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Trichomycteridae é uma das famílias mais diversa da superfamília Loricarioidea com aproximadamente 300 espécies válidas, incluídas em 41 gêneros e oito subfamílias, e amplamente distribuídas pelas drenagens da América do Sul e Central. Trichomycteridae é caracterizada morfologicamente pela presença de um sistema opercular altamente modificado, envolvendo os ossos operculares e pré-operculares, assim como pela variação no tamanho do corpo e padrões de coloração. Também apresentam uma ampla diversidade trófica incluindo espécies onívoras, insetívoras, lepidófagas e hematófagas. A monofilia da família e suas subfamílias são bem suportadas por caracteres morfológicos, exceto Trichomycterinae, a qual inclui Trichomycterus, um grupo não-monofilético, taxonomicamente complexo, com elevado número de espécies e desconhecida diversidade. Embora múltiplos estudos tenham focado nas relações supragenéricas com reduzida representatividade de espécies, ainda não existem estudos utilizando caracteres moleculares com ampla amostragem de Trichomycteridae. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo principal estudar as relações filogenéticas de Trichomycteridae através da análise de sequências de DNA, usando duas aproximações: a análise multilocus, incluindo três genes mitocondriais e dois nucleares, e a implementação de análises filogenômicas usando 851 elementos ultraconservados do genoma (ultraconserved elements, UCEs). Com base na filogenia obtida, analisamos padrões de origem e diversificação, assim como sua correlação com a evolução do tamanho do corpo. Além disso, foram realizadas análises de biogeografia paramétrica para a reconstrução das áreas ancestrais. Os resultados obtidos pelas duas metodologias corroboram hipóteses morfológicas em relação à monofilia das subfamílias, exceto Glanapteryginae e Sarcoglanidinae, e revelam novas hipóteses de relacionamento dentro do clado Tridentinae-Stegophiliniae-Vandelliinae-Sarcoglanidinae-Glanapteryginae (TSVSG). As análises de divergência indicaram que a origem de Trichomyctreridae data do Cretaceo inferior com múltiplos eventos cladogenéticos ocorridos durante o final do Eoceno e inicio do Mioceno. A família apresenta uma alta heterogeneidade nas taxas de diversificação, com um shift evidente na origem da subfamília Trichomycterinae, o qual não está correlacionado com a evolução do tamanho do corpo. A reconstrução de áreas ancestrais indicou que o ancestral comum mais recente de Trichomycteridae esteve amplamente distribuído na região amazônica e drenagens costeiras do Atlântico Sul do Brasil. Diferentes processos geomorfológicos de dispersão e vicariância, principalmente associados com eventos de captura de cabeceira modelaram a distribuição atual dos membros de Trichomycteridae. / Trichomycteridae is one of the most specious families in the superfamily Loricarioidea with approximately 300 valid species including 41 genera and eight subfamilies, widely distributed through the rivers in South and Central America. Trichomycteridae is characterized morphologically by the presence of a highly modified opercular system, involving the opercular and pre-opercular bones, as well as by variation in body size and coloration patterns. Trichomycterids also present a wide trophic diversity including omnivorous, insectivorous, lepidophagous and hematophagous species. The monophyly of the family and its subfamilies are well supported by morphological characters except Trichomycterinae, which includes Trichomycterus, a taxonomically complex non-monophyletic group with a high number of species and unknown diversity. Although, multiple studies have focused on suprageneric relationships with reduced species representativity, there are no studies using molecular characters with a large sample of Trichomycteridae. In this context, the main objective of this research is to study the phylogenetic relationships of Trichomycteridae through the analysis of DNA sequences using two approaches: multilocus analysis, including three mitochondrial and two nuclear genes, and the implementation of phylogenetic analyzes using 851 ultraconserved elements of the genome (ultraconserved elements, UCEs). Based on the phylogeny obtained, we analyzed patterns of origin and diversification, as well as their correlation with the evolution of body size. In addition, analyzes of parametric biogeography were carried out for the reconstruction of the ancestral areas. The results obtained by the two methodologies corroborate morphological hypotheses supporting the monophyly of the subfamilies, except Glanapteryginae and Sarcoglanidinae, and reveal new hypotheses of relationship within the clade Tridentinae-Stegophiliniae-Vandelliinae-Sarcoglanidinae-Glanapteryginae (TSVSG). The analysis of divergence indicated that the origin of Trichomyctreridae dates from the lower Cretaceous with multiple cladogenetic events occurring during the late Eocene and early Miocene. The family shows a high heterogeneity in the rates of diversification, with an evident shift in the origin of the subfamily Trichomycterinae, which is not correlated with the evolution of body size. The reconstruction of ancestral areas indicated that the most recent common ancestor of Trichomycteridae was widely distributed in the Amazon region and coastal drains of the South Atlantic of Brazil. Different geomorphological processes of dispersal and vicariance mainly associated with river capture events modeled the current distribution of Trichomycteridae species / 2014/06853-8

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-graduação em Biologia Animal, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-06-08T15:55:30Z No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-15T15:26:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-15T15:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Os objetivos da presente dissertação foram construir árvores filogenéticas e aplicar técnicas de datação molecular e reconstrução de áreas ancestrais para os roedores Oryzomyini do Clado “D”, com ênfase nas formas tetralofodontes, um grupo pouco compreendido na literatura especializada. Métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferências bayesianas foram aplicados em 98 caracteres morfológicos e 4515 pares de bases de cinco fragmentos de DNA. As análises mostraram que táxons tetralofodontes não formam um grupo monofilético. Dentre os táxons viventes, Pseudoryzomys é irmão de Holochilus e Lundomys mais basal em relação à maioria das espécies do clado “D”. Análises de parcimônia e bayesiana demonstraram que o fóssil H. primigenus não agrupa com os demais Holochilus e é basal em relação aos fósseis Carletonomys e Noronhomys, fazendo com que Holochilus seja parafilético. A maioria das divergências entre os táxons estudados ocorreram durante o Plioceno e em menor número no Pleistoceno e Mioceno. O ancestral comum mais recente do clado “D” possuía distribuição Cis e Trans-Andina e gêneros com distribuição atual ao norte do Panamá possuem ancestrais com distribuição Cis-Andina. Propomos que a identidade taxonômica de H. primigenus deve ser revista e que molares tetralofodontes surgiram mais de uma vez no clado “D”. Alternativamente, discutimos que caracteres morfológicos tradicionalmente tidos como homólogos entre os tetralofodontes devem ser reavaliados. As divergências estimadas indicam que as grandes planícies da América do Sul durante o Plioceno foram favoráveis à diversificação principalmente dos gêneros tetralofodontes do clado “D”. Além disso, eventos de soerguimento da porção norte dos Andes podem ter desempenhado um papel vicariante na diversificação das espécies dos gêneros estudados, ou que estes se diversificaram na América do Sul e migraram para a América do Norte após a formação do istmo do Panamá. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Our objectives were to construct phylogenetic trees, to apply molecular dating techniques and ancestral area analyses to Oryzomyini clade “D”, emphasizing the poorly known tetralophodont forms. We applied maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference to 98 morphological characters and 4,515 base pairs from five DNA fragments. We found that tetralophodont genera do not form a monophyletic group. Among living taxa, Pseudoryzomys is sister to Holochilus, and Lundomysis basal to most species in clade “D”. The fossil H. primigenus does not group with living Holochilus and is basal to the fossils Carletonomys and Noronhomys, making Holochilus paraphyletic. Most divergences occurred during the Pliocene, and others during the Miocene and Pleistocene. The most recent common ancestor of clade “D” had Cis and Trans-Andean distribution, while genera currently distributed to the north of Panama show ancestral Cis-Andean distribution. We propose that the taxonomic identity of H. primigenus should be reviewed, and that tetralophodont molars appeared more than once in clade “D”. Alternatively, molar characters traditionally identified as homologies among tetralophodont genera should be reassessed. The most estimated divergences were placed in the Pliocene. Therefore, we hypothesized that great Plains in South America during the Pliocene may have especially favored the diversification of tetralophodont genera from clade “D”. In addition, uplift events in northern Andes may have played a vicariant role in the diversification of the species in the studied genera, or that the lineages diversified in the South America ant dispersed to North and Central America after the Panama land bridge formation.