Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-04-02T18:45:21Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaFernandaRibeiroDias_entregue.pdf: 3554535 bytes, checksum: 008e52d46f1049b4b131d2d5de745ce9 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2015-04-02T18:45:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaFernandaRibeiroDias_entregue.pdf: 3554535 bytes, checksum: 008e52d46f1049b4b131d2d5de745ce9 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-02T18:45:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_MariaFernandaRibeiroDias_entregue.pdf: 3554535 bytes, checksum: 008e52d46f1049b4b131d2d5de745ce9 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) / Metarhizium anisopliae} is an entomopathogenic fungus used as biological insecticide possessing proteins linked to infection processes and unknown control mechanisms, many of which may be controlled by the ubiquitination system. In this work we used machine-learning techniques to predict {\it M. anisopliae~ isolate E6} ubiquitination-prone proteins. One hundred fifty-one ubiquitinable peptides and one hundred fifty-one non-ubiquitinable peptides from {\it S. cereviseae} and {\it H. sapiens} were used as the training set.\!\footnote{(http://iclab.life.nctu.edu.tw/ubipred/)} These peptides were composed by 21 amino acids flanking a central lysine residue. Each of these peptides was represented as a numerical vector corresponding to the average value for their constituent amino-acids of each of the 31 physicochemical properties previously used in Ubipred. Hierarchical clustering of ubiquitinable proteins from this dataset showed evidence of correlation between several physicochemical properties, indicating redundancy in these features. Redundant features may cause model overfitting and increase computational cost. We used the classification algorithm Weighted-Voting (W-V), with cross validation, to disclose the minimal set of features best correlated with the probability of a given peptide being ubiquitinable. WeightedVotingXvalidation performed similarly for vectors of 10 and 31 dimensions. Indeed, each of the 10 features in the minimal set correlates with most of the remaining 21 features, as confirmed by pairwise Pearson correlation test (coefficients ranging from -0.95 to -0.40 and 0.40 to 0.98). We then compared the performance of the algorithms W-V and Support Vector Machine (SVM) with radial kernel for vectors with 10 or 31 dimensions. In both cases, SVM outperformed W-V. The resulting of recall, precision and accuracy with 10 features were respectively, 67\%, 65\% and 66\% for SVM against 65\%, 55\% and 47\% for W-V and with 31 features were 71\%, 71\% and 71\% for SVM against 60\%, 55\% and 52\% for W-V. Processing time in ASUS K43U, Process with AMD Dual Core C60 1.0 GHz, 2 x 512 KB of cache memory, 4 GB of RAM. Processing time was 8h and 22h, for SVM with 10 or 31 physicochemical features, respectively. Considering the risk of overfitting the model due to features redundancy, we applied the SVM trained with 10 features to search for ubiquitination-prone proteins in the predicted proteome of {\it M. anisopliae~ isolate E6} (10,775 proteins). The 160,694, 21-amino acids long peptides flanking a central lysine residue extracted from these proteins were represented as a 10 dimensional vector for the training dataset. Forty-four of these proteins with no lysine were automatically excluded from this analysis. The classifier predicted 9,314 proteins as being ubiquitination-prone. The small loss of performance of the SVM after dimensionality reduction is compensated by the significant reduction in processing time. The feature correlations suggest a lower risk of overfitting for the 10-dimensions model. / Metarhizium anisopliae é um fungo entomopatogênico utilizado como inseticida biológico. Este organismo possui proteínas ligadas ao processo de infecção cujos mecanismos de controle ainda são desconhecidos. Muitos destes mecanismos podem ser controlados pelo sistema de ubiquitinação. Neste trabalho, foram utilizados métodos de aprendizado de máquina para classificar sítios de ubiquitinação em proteínas preditas, a partir do genoma do fungo {\it \Manisopliae~} isolado E6.  Cento e cinquenta e um (151) peptídeos ubiquitinados e cento e cinquenta e um (151) peptídeos não-ubiquitinados de {\it S.cereviseae} e {\it H.sapiens} foram utilizados como conjunto de treinamento.\!\footnote{(http://iclab.life.nctu.edu.tw/ubipred/)} Cada um destes peptídeos foi composto por 21 aminoácidos com um resíduo de lisina central. Os peptídeos foram representados como vetores numéricos que correspondem ao valor médio das propriedades físico-químicas dos aminoácidos. O agrupamento hierárquico feito com os peptídeos (dados de treinamento), mostrou evidências de correlação entre várias propriedades físico-químicas, indicando alguma redundância nos atributos. Atributos redundantes podem causar {\it overfitting} do modelo e aumentar o custo computacional. Nós utilizamos o algoritmo {\it WeightedVotingXValidation} para descobrir o conjunto mínimo de atributos que me\-lhor re\-pre\-sen\-tam os peptídeos a serem classificados como ubiquitináveis ou não. O algoritmo {\it WeightedVotingXValidation} apresentou um comportamento semelhante para vetores de 10 e 31 dimensões. A correlação entre os atributos foi confirmada pelo teste de correlação de Pearson (coeficientes que variam de -0,95 a -0,40 e 0,40 a 0,98). Em seguida, comparamos o desempenho dos classificadores W-V e {\it Support Vector Machine} (SVM) com a função {\it kernel} radial para vetores com 10 ou 31 dimensões. Em ambos os casos, os resultados do SVM superou W-V. O resultado de {\it recall}, precisão e acurácia quando utilizamos 10 atributos foram, respectivamente, 67 \%, 65\% e 66\% para SVM, contra 65\%, 55\% e 47\% para W-V. Com o uso de 31 atributos, o resultado para os indicadores de desempenho foi de 71\%, 71\% e 71\% para SVM contra 60\%, 55\%, 52\% para W-V. Os dados foram processados em um {\it notebook} ASUS K43U com AMD Dual Core C60 1.0GHz , 2 x 512 KB de memória cache, 4 GB de RAM. O tempo de processamento foi de 8h e 22h, para SVM com 10 e 31 atributos físico-químicos, respectivamente. Considerando-se o risco de {\it overfitting} do modelo e a redundância dos atributos, nós aplicamos o algoritmo SVM treinado com 10 atributos físico-químicos para classificar possíveis proteínas propensas a ubiquitinação no proteoma de {\it \Manisopliae~} isolado E6 (10.775 proteínas). Os 160.694 peptídeos particionados em 21 aminoácidos contendo um resíduo de lisina na posição central, extraídos a partir de proteínas, foram representados por vetores de 10 dimensões e utilizados como conjunto independente. Das \seqliprot, 9.314 foram classificadas como sendo propensas a ubiquitinação e 1.417 como não-ubiquitináveis. Quarenta e quatro destas proteínas não foram analisadas por não possuírem o aminoácido lisina. A pequena perda de desempenho com a redução de dimensão do espaço de dados é compensada pela redução significativa no tempo de processamento e pelo menor risco de {\it overfitting} utilizando vetores de 10 dimensões.

Made available in DSpace on 2015-03-05T16:20:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 27 / Universidade do Vale do Rio dos Sinos / As áreas úmidas estão entre os ecossistemas mais produtivos de nosso planeta com enorme importância ecológica, econômica e cultural para a humanidade. As áreas úmidas variam em tamanho, desde muito pequenas, a vastas áreas, entretanto todas são importantes para o estabelecimento de plantas raras ou endêmicas. A relação entre área e diversidade de espécies tem sido investigada por vários pesquisadores e numerosos estudos e experimentos têm desenvolvido teorias relacionando estes atributos. Entretanto a informação sobre a relação entre área e diversidade de espécies em áreas úmidas ainda é escassa. Os inventários de áreas úmidas são usados como primeiro estágio para programas de conservação, determinando os valores econômicos das áreas úmidas e originando critérios para o uso desses recursos. O objetivo deste trabalho foi inventariar as áreas úmidas do município de São Leopoldo, analisar a diversidade de macrófitas e macroinvertebrados e elaborar critérios para a conservação desses sistemas. O inventário de á / Wetlands are the most productive ecosystems around the world, with enormous ecological, economic and cultural importance for humanity. The wetlands vary in size, from small to vast areas, however, they are all important to the establishment of rare or endemic plants. The relationship between area and diversity of species has been investigated by biologists, and numerous studies and experiments have developed general theories about this relationship. However, the information about the relationship between species diversity and area in wetlands is still scarce. The inventories of wetland are used in the first stage of the conservation programs, determining the economic value of the wetlands and creating criteria for the use of these resources. The main goals of this study were to inventory the wetlands of the São Leopoldo region, to analyze the diversity of macrophytes and macroinvertebrates in wetland of the São Leopoldo and to establish criteria for the conservation programs in wetlands. The inventory of we

A multifatoriedade da causa da doença periodontal dificulta sobremaneira o diagnóstico, prognóstico e plano de tratamento. Com o desenvolvimento da biotecnologia dos materiais, acreditamos que a solução para o tratamento das sequelas da doença periodontal esteja próxima de um desfecho favorável ao clínico e ao paciente. Os métodos de controle da doença periodontal ainda são limitados e o surgimento de equipamentos de alta sensibilidade se faz necessário para viabilizar a detecção prévia da perda de inserção. Os parâmetros das distâncias biológicas preconizadas por Gargiulo e colaboradores, atualmente ditam os protocolos dos procedimentos protéticos, estéticos, cirúrgicos e de manutenção dos pacientes periodontalmente tratados, com a finalidade de garantir a homeostasia dos periodontos de sustentação e proteção. Foram realizados por um único operador 396 medidas em 66 dentes adjacentes de 32 pacientes que se submeteriam à tratamento de fixação de implantes osseointegrados, sem distinção de raça ou sexo, com idade compreendida entre 15 e 68 anos, 13 do sexo masculino e 19 do sexo feminino, 4 fumantes e 28 não fumantes. O objetivo da investigação foi analisar a espessura dos tecidos moles com o uso do equipamento SDM - (técnica não invasiva), correlacionando-o com parâmetros já conhecidos para análise das distâncias biológicas como: profundidade de sondagem clínica manual, espessura da crista óssea, distância da margem gengival até o nível ósseo e índice dicotômico de sangramento à sondagem, na tentativa de determinar uma correlação mais acurada entre os parâmetros já conhecidos das distâncias biológicas dos periodontos de proteção e sustentação. Pelos resultados obtidos, concluiu-se neste trabalho que uma crista óssea fina suporta tecido com conteúdo de colágeno mais frágil e condição homeostática pior; a distância da margem gengival à crista óssea apresentou uma média ligeiramente inferior a 2.73mm encontrada por GARGIULO e colaboradores13, ficando na casa dos 2,507mm; as distâncias biológicas nos dentes anteriores são maiores do que nos dentes posteriores; a largura da mucosa ceratinizada é maior nos incisivos e caninos em relação a pré-molares e molares. Existem fortes correlações entre: a profundidade de sondagem e a espessura da mucosa ceratinizada; a profundidade de sondagem e a distância da margem gengival até a crista óssea; a largura e a espessura da mucosa ceratinizada; a profundidade de sondagem (PS) e a distância da margem gengival à crista óssea para os incisivos e caninos. Nos sítios com espessura óssea normal existe uma forte correlação entre a profundidade de sondagem e a distância da margem gengival-crista óssea, assim como entre a largura da mucosa ceratinizada e distância da margem gengival-crista óssea. Nos sítios com espessura óssea grossa, quanto maior a profundidade de sondagem, maior a espessura da mucosa ceratinizada.Quando o índice gengival=0, a espessura da mucosa ceratinizada apresenta também uma forte correlação com a profundidade de sondagem e com a largura da mucosa ceratinizada. / The multiple causes for periodontal disease makes very difficult the diagnosis, prognostic and the treatment planning. With the development of material biotechnology, we believe that the solution to the sequelae from periodontal disease is close to have a favourable outcome both to the clinician and to the patient. The methods to control periodontal disease are still limited and the appearance of high sensitive equipment is necessary to make feasible the previous detection of attachment loss. The parameters of the periodontal spaces advocated by Gargiulo and cols determine the prosthetic, esthetic, and surgical current protocols as well as the maintenance of the treated patients in order to garantee the homeostasis of both protection and supporting periodontium. Three hundred ninety-six measures in adjacent teeth of 32 patients were made by only one clinician, these patients would undergo osseointegrated implants, and they were not distinguished by race or gender, the age group was from 15 to 68 years old, 13 males and 19 females, 4 smokers and 28 non-smokers. The objective of this investigation was to analyse the effectiveness of a sonar to evaluate the soft tissues thickness – SDM – (non-invasive technique), making a relationship with the known parameters of the periodontal spaces such as manual probing depth, the alveolar bone thickness, the distance between the gingival margin to the bone crest and the dichotomic bleeding following probing; trying to determine a more accurated relationship among the parameters of the periodontal spaces already known. According to the obtained results, we concluded that a thin bone crest support a tissue with a more fragile collagen and with worse homeostasis, the distance between the gingival margin to the bone crest showed an average of 2,507 mm, slightly smaller than the one found by Gargiulo and cols, which was 2,73mm; the periodontal spaces in the anterior teeth are bigger than in the posterior ones; the keratinized mucosa width is bigger in incisives and canines than in premolars and molars. There are strong relationships between probing depth and keratinized mucosa thickness; probing depth and distance from gingival margin to bone crest, width and thickness of keratinized mucosa; probing depth and the distance from the gingival margin to the bone crest for incisives and canines. Where there is normal bone thickness, there is a strong relashionship between probing depth and the distance from the gingival margin to the bone crest, as well as between the keratinized mucosa width and the distance from the gingival margin to the bone crest. Where the bone thickness is dense, the bigger is the probing depth, the bigger is the keratinized mucosa thickness. When the gingival index is 0, the keratinized mucosa thickness shows a strong relationship with the probing depth and with the keratinized width.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:28:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10612_Dissertação_LarissaFracalossiLucas.pdf: 1230952 bytes, checksum: d3f5b490c67d9e20d546d210b19fc9f1 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / A primeira etapa deste estudo teve como objetivo verificar o que vem sendo produzido sobre o ensino de Ciências e Biologia no ensino básico no município de São Mateus, Norte do Espírito Santo. Um levantamento das pesquisas acadêmicas no período de janeiro/2010 a julho/2016 indicou que o curso de Licenciatura em Ciências Biológicas e o Programa de Pós-graduação em Ensino na Educação Básica da Universidade Federal do Espírito Santo (UFES), Campus São Mateus, realizou um total de 102 pesquisas acadêmicas, com significativa contribuição de atividades realizadas pela equipe de bolsistas do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação à Docência (PIBID) do Curso de Ciências Biológicas. Na análise do descritor Áreas previlegiadas foi possível verificar que a maior parte das pesquisas abordou Temas transversais e Ciência/Tecnologia/Sociedade/Ambiente. Considerando os trabalhos em áreas específicas, Botânica foram os mais desenvolvidos. Na análise dos focos temáticos, os dois focos com maior destaque foram Conteúdo-Método e Recursos Didáticos. A segunda etapa do estudo teve como objetivo analisar as contribuições das pesquisas acadêmicas realizadas no ensino básico para as práticas dos professores de Ciências e Biologia. Foram feitas entrevistas não estruturadas com dez professores das redes pública e particular de ensino do município. De modo geral, os professores buscam e aproveitam os conhecimentos adquiridos através das pesquisas acadêmicas, seja para aquisição de conhecimento, como suporte em sala de aula ou pela necessidade constante de atualização, ficando evidente sua contribuição para a sua formação continuada, além de auxiliar no enriquecimento de suas aulas. A maioria dos entrevistados declarou fazer pesquisa, e alguns professores possuem resultados apresentados em encontros científicos e publicados em revistas científicas. Porém, o trabalho revelou que existe uma necessidade de maior preparação do futuro professor para a prática de pesquisa nos cursos de graduação. Foi possível verificar uma crescente cooperação entre as escolas do município e a UFES, principalmente através do PIBID. Entretanto, apesar de ainda existir um distanciamento entre essas duas instituições de ensino, tem-se notado uma maior aproximação nos últimos anos, no qual os programas de pós-graduação foram citados como fator importante para essa aproximação. Em relação à importância da pesquisa acadêmica, os docentes enfatizam que ela deve acontecer na perspectiva de parceria com o ensino básico e destacam a necessidade de maior preparação para o compromisso social nas universidades.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Michella Bezerra Lima.pdf: 2830330 bytes, checksum: fabc8826135a63e76710a30d853375fa (MD5) Previous issue date: 2008-08-21 / The development of analytical and low cost methods for fast safe diagnosis and control of illnesses in humans has been one of researchers great interests in the last two decades. This attention is also due to simplicity of use and the great sensitivity in the results. Biosensors based on the surface plasmon resonance (SPR) technique combines the inherent specificity of the recognition elements with high sensitivity of physical transducers, enabling selective and sensitive detection of the analytes of interest without labeling and preliminary purification steps. We proposed the development of a biosensor with immobilized monoclonal antibodies on gold surface, for specific recognition of TNF-α using SPR technique. Design. Anti-TNF-α antibody was covalently immobilized on a gold substrate by silane coupling chemistry. After this, TNF-α antigens aliquots were added on the biosensor surface and the signal was measured during three minutes for TNF-α mass quantification recognized by immobilized antibodies. Results.This biosensor presented 24.0 pg.mm-2 (198,3  28,4) of antibodies immobilized on gold surface. TNF-α human was determined from successive injections, with a linear range from 4.3 up to 34.7 pg/mm-2 (R=0.98, SD=2.18, p<0.0001). Conclusion. We performed a preliminary biosensor to quantify TNF-α for planning of diseases treatment, such as auto immune and periodontal diseases, in which TNF-α inhibitor therapy is usually applied. In this cases, it would be necessary the quantification of this cytokine for therapeutic dose adjustment, improving treatment effectiveness and costs reduction. In the next step we intend to optimize the biosensors conditions preparation as well as to test it in human body fluids samples / Os imunossensores, ou biossensores de imunoafinidade são sistemas que exploram a seletividade e especificidade das interações antígeno-anticorpo, para detecção do analito alvo. O objetivo deste trabalho foi o desenvolvimento de um imunossensor, em que anticorpos monoclonais (anti-TNF-α humano) foram imobilizados em superfícies modificadas de ouro, para reconhecimento específico do Fator de Necrose Tumoral Alfa humano (TNF-α). Para a imobilização dessas imunoglobulinas foi necessária a formação de uma monocamada auto-organizada (SAM) sobre a superfície do sensor, composta por 3-aminopropiltrietóxisilano (APTS), sendo testadas quatro concentrações diferentes (1%, 2,5%, 5% e 10%), em dois tipos de solventes, água deionizada e tolueno, para comparação de metodologias para obtenção de melhores respostas. Os métodos de caracterização adotados foram a espectroscopia de Ressonância de Plásmon de Superfície (SPR), para análise da imobilização de anticorpos, na superfície modificada do sensor e a resposta dos sistemas desenvolvidos para detecção do TNF-α; e, Microscopia de Força Atômica (AFM), para verificação topográfica da SAM da superfície sensora. Os resultados mostraram que as melhores condições de desenvolvimento do biossensor desenvolvido neste trabalho ocorreram com a utilização de APTS 2,5% em tolueno, bloqueado com BSA 1%. O biossensor apresentou 24 pg.mm-2 (198,3  28,4 mgrau) de TNF-α humano imobilizados na superfície de ouro, e após injeções sucessivas de 25 pg.mL-1 de antígeno (n=8), em triplicata experimental, obtivemos uma região linear de resposta de 4,3 a 34.7 pg.mm-2 (R=0.98, SD=2.18, p<0.0001). Em análise topográfica das superfícies sensoras, realizada por AFM, foi observado que as amostras preparadas em tolueno, com melhores respostas de reconhecimento do antígeno, apresentaram menor uniformidade na sua estrutura, em razão da maior rugosidade detectada. Foi desenvolvido um imunossensor experimental, que servirá como modelo para o desenvolvimento de biossensor para aplicação clínica futura para quantificação de TNF- humano em fluidos corporais de pacientes portadores de doenças inflamatórias

Submitted by Douglas Silva (douglaslacerda1992@gmail.com) on 2018-11-06T15:44:11Z No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) / Approved for entry into archive by PPGZOOL Zoologia (ppgzoo.ufam@gmail.com) on 2018-11-06T16:10:20Z (GMT) No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-06T17:53:56Z (GMT) No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-06T17:53:56Z (GMT). No. of bitstreams: 3 DISSERTAÇÃO_Versão_Final_2018_DOUGLAS _LACERDA.pdf: 3480099 bytes, checksum: 2a587c6aeaf35e91ebde7e80d5b0e623 (MD5) Carta_Encaminhamento_Autodepósito.pdf: 74603 bytes, checksum: c67bfaec3359c3a309ebef049fb39e80 (MD5) Ata de defesa de dissertação_Douglas Lacerda.pdf: 364655 bytes, checksum: 7685cef32081758b8806d59a5cc435d6 (MD5) Previous issue date: 2018-09-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Allobates tinae is not a widely distributed species as previously suggested but a complex of cryptic species. In this study, we describe a new species of the Allobates tinae complex that inhabits the lowland dense rainforest of the northern Purus-Madeira Interfluve. We suggest that the distribution of A. tinae is restricted to the southern Purus-Madeira Interfluve and the species inhabits lowland open rainforest. The new species described herein can be easily distinguished by the following combination of morphological characters: small body size; absence of dark blotches or hourglass pattern on dorsum; throat, chest and belly yellow in males and females; when present, melanophores are scarce and founf only on the mandible; Finger III (Finger IV following Grant et al. 2017) uniform in width along phalanges; distal phalange of Finger III larger in males adult than in females; proximal phalange of Finger III larger than medial and distal phalanges in females; forearm shorter than arm. Tadpoles with emarginated buccal apparatus; three or four triangular papillae on corner of the anterior labium; one row of 12 or 14 short, triangular papillae on posterior labium; similar-sized papillae on posteromedial and posterolateral region of posterior labium. Advertisement call characterized by short trills composed by 5 ± 1 (3–7) notes that last 0.041 s ± 0.004 (0.029–0.054 s). Average silent interval between notes was 0.15 s ± 0.03 (0.10–0.23 s), being shorter between the first pair of notes [0.12 s ± 0.01 (0.10–0.15 s)] than between the last pair [0.19 s ± 0.02 (016–0.23 s)]. Peak frequency was 5635 Hz ± 209 (5168–6008 Hz); lower frequency was 5387 Hz ± 204 (4849–5817 Hz); upper frequency was 5829 Hz ± 191 (5374–6206 Hz). The new species described in this study is the 20th species of Allobates from the Brazilian Amazonia. Phylogenetic results indicate that there are two candidate species awaiting formal description in the Allobates tinae species complex. / Allobates tinae não é uma espécie de ampla distribuição como sugerido previamente, mas sim um complexo de espécies semelhantes. Aqui descrevemos uma das quatro espécies do complexo Allobates tinae que ocorre na porção norte do interflúvio Purus-Madeira na floresta ombrófila densa. Sugerimos que Allobate tinae é uma espécie restrita a porção sul do interflúvio e que habita floresta ombrófila aberta. A nova espécie de Alloabtes descrita nesse estudo pode ser diferenciada facilmente pela combinação dos seguintes caracteres morfológicos: tamanho pequeno, dorso sem manchas ou desenhos de ampulheta; ventre, saco vocal e tórax amarelo em machos e fêmeas com escassos melanóforos, quando presentes concentrados na região da mandíbula; dedo III (IV segundo Grant et al. 2017) dos machos de largura uniforme ao longo de todas as falanges; falange distal dos machos mais larga que das fêmeas; dedo III das fêmeas de largura irregular; falange basal mais larga que as falanges medial e distal; antebraço mais curto que o braço. Girinos possuem disco oral emarginado; lábio anterior com 3 ou 4 papilas triangulares e curtas, presente nas margens laterais do lábio; lábio posterior inteiramente cercado por uma fileira de 12 ou 14 papilas triangulares, com tamanho semelhante na margem póstero-lateral e póstero-medial. Cantos de anúncio são compostos por 5 ± 1 (3–7) notas com duração média de 0.041 s ± 0.004 (0.029–0.054 s), intervalo silencioso entre notas é de 0.15 s ± 0.03 (0.10–0.23 s), sendo mais curto entre as duas primeiras notas [ 0.12 s ± 0.01 (0.10–0.15 s)] do que entre as duas últimas notas [0.19 s ± 0.02 (016–0.23 s)], com frequência de pico 5635 Hz ± 209 (5168–6008 Hz), a frequência baixa 5387 Hz ± 204 (4849–5817 Hz) e a frequência alta é de 5829 Hz ± 191 (5374–6206 Hz). A espécie descrita nesse estudo é a 20ª espécie do gênero descrita para a Amazônia brasileira. Resultados filogenéticos sugerem a existência de outras duas espécies candidatas no complexo A. tinae aguardando descrição formal. / O sistema está prático e fácil, sendo pertinente da forma com a qual está disponível. / O presente trabalho, evidência a grande importância de estudos envolvendo complexos crípticos de espécies e a grande substimativa da fauna de anuros nas terras baixas da Amazônia.

Submitted by Lizane Melo (melolizane@gmail.com) on 2018-12-03T18:12:00Z No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) / Approved for entry into archive by PPGZOOL Zoologia (ppgzoo.ufam@gmail.com) on 2018-12-06T15:40:02Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-12-06T18:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-12-06T18:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Dissertação final_Lizane Melo.pdf: 3727408 bytes, checksum: 95dc164133295e5c4c463507ad354409 (MD5) Ata de defesa_Lizane Melo.pdf: 391281 bytes, checksum: 8f504835fee8e1e23a4bc509da63a8fb (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito.pdf: 70486 bytes, checksum: ae73e23eb4b8fe75bfbb535275f2f62a (MD5) Previous issue date: 2018-07-17 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Amazon is home to a high biological diversity, which has attracted researchers since the 19th century. Although, the actual number of species occurring in the Amazon, and the processes responsible for the origin and maintenance of this great diversity, are still widely debated. Much of what is known of the Amazon herpetofauna is related to non-floodable forest areas; little is known about diversity in seasonally flooded environments. For amphibians a mode of dispersion in flooded forests can occur through macrophyte banks. These aquatic plant communities are considered to be the most densely populated habitats in the várzea water bodies. Generally, in amphibians, the dispersion movements are of short distances. Longdistance dispersions are not common, but important for population expansion, colonization of new habitats, and gene flow. Dendropsophus walfordi occurs in the central region and further north of the Amazon Basin in Brazil, in flooded environments associated with macrophytes. In this work we used morphometric data to evaluate if there are significant morphological differences between the sampled populations, as well as gene mtDNA 16S sequence data, to evaluate the distribution pattern of the genetic variability of the species. Considering that Dendropsophus walfordi occurs in macrophytic banks our null hypothesis is that populations are panmíticas throughout their distribution, since the dislocations of the macrophyte banks would facilitate the gene flow. To verify patterns of morphological divergence a PCA was performed. The mtDNA 16S gene was sequenced from 64 individuals distributed in 10 locations. Bayesian inferences were used to investigate the number of real populations. Population structure was obtained through the AMOVA and demographic events were investigated via Tajima D and Fu Fs. The index of genetic diversity was also calculated. In addition, considering the lack of phylogenetic relationships for the species of the group Dendropsophus microcephalus of which D. walfordi is a part, we incorporated this approach in the present work using as strategy the obtaining of all mtDNA 16S sequences deposited in GenBank for the species of the group, taking species of the group Dendropsophus leucophyllatus as an external group. The analysis of the main components showed that there are no apparent phenotypic differences among the populations of D. walfordi. Neutrality tests showed population expansion, and AMOVA revealed high levels of population structure. Although there is no relationship between genetic distance and geographic distance, some other factor such as river barriers may be contributing to these levels of structuring. Considering the database obtained, we also explore the phylogenetic relationships of D. walfordi with the other species of the group D. microcephalus. The results of the maximum likelihood analysis indicated little resolution (low support) for the confirmation of the monophyletic group D. microcephalus and, interestingly, the species D. walfordi and D. nanus showed to be paraphyletic and the brother group of D. coffea, the which suggests that D. walfordi is synonymous with D. nanus. / A Amazônia abriga uma alta diversidade biológica, que atrai pesquisadores desde o século XIX. Porém, o número real de espécies que ocorrem na Amazônia, e os processos responsáveis pela origem e manutenção dessa grande diversidade, ainda são amplamente debatidos. Muito do que se conhece da herpetofauna amazônica está relacionado às áreas de floresta não inundáveis; pouco se sabe sobre a diversidade nos ambientes sazonalmente alagados. Para os anfíbios um modo de dispersão nas florestas alagadas pode se dar através dos bancos de macrófitas. Essas comunidades de plantas aquáticas são consideradas os habitats mais densamente populosos nos corpos de água da várzea. Geralmente, em anfíbios, os movimentos de dispersão são de curtas distâncias. Dispersões em longa distância não são comuns, porém importantes para a expansão populacional, colonização de novos habitats e fluxo gênico. Dendropsophus walfordi ocorre na região central e mais ao norte da Bacia Amazônica no Brasil, em ambientes alagados associados às macrófitas. Nesse trabalho utilizamos dados morfométricos para avaliar se existem diferenças morfológicas significantes entre as populações amostradas, e também dados de sequência do gene mtDNA 16S, para avaliar o padrão de distribuição da variabilidade genética da espécie. Considerando que Dendropsophus walfordi ocorre nos bancos de macrófitas nossa hipótese nula é de que as populações são panmíticas ao longo de sua distribuição, uma vez que os deslocamentos dos bancos de macrófitas facilitariam o fluxo gênico. Para verificar padrões de divergência morfológica foi realizada uma PCA. Foi sequenciado o gene mtDNA 16S de 64 indivíduos distribuídos em 10 localidades. Foram utilizadas inferências Bayesianas para investigar o número de populações reais. A estrutura de populações foi obtida por meio da AMOVA e eventos demográficos foram investigados via testes D de Tajima e Fs de Fu. Também foi calculado o índice de diversidade genética. Adicionalmente, considerando a inexistência das relações filogenéticas para as espécies do grupo Dendropsophus microcephalus do qual faz parte D. walfordi, incorporamos essa abordagem no presente trabalho usando como estratégia a obtenção de todas as sequências de gene mtDNA 16S depositadas no GenBank para as espécies do grupo, tendo espécies do grupo Dendropsophus leucophyllatus como grupo externo. A análise dos componentes principais mostrou que não há diferenças fenotípicas aparentes entre as populações de D. walfordi. Os testes de neutralidade mostraram expansão populacional, e a AMOVA revelou níveis altos de estruturação populacional. Apesar de não haver relação entre a distância genética e distancia geográfica, algum outro fator como barreiras fluviais podem estar contribuindo para esses níveis de estruturação. Considerando o banco de dados obtidos, também exploramos as relações filogenéticas de D. walfordi com as outras espécies do grupo D. microcephalus. Os resultados da análise de Máxima Verossimilhança indicaram pouca resolução (baixo suporte) para a confirmação do monofiletismo do grupo D. microcephalus e, interessantemente, as espécies D. walfordi e D. nanus mostraram-se parafiléticas e grupo irmão de D. coffea, o que sugere que D. walfordi seja sinônimo de D. nanus. / Em anexar um novo arquivo e ter que refazer todas as etapas novamente para isso.

Submitted by Kamila Costa (kamilavasconceloscosta@gmail.com) on 2015-06-15T18:31:11Z No. of bitstreams: 1 Tese-Liliane N T de Melo.pdf: 3416017 bytes, checksum: 6841b04b627ae72bc9f62378e1d9ed4a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-15T18:40:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese-Liliane N T de Melo.pdf: 3416017 bytes, checksum: 6841b04b627ae72bc9f62378e1d9ed4a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-15T18:43:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese-Liliane N T de Melo.pdf: 3416017 bytes, checksum: 6841b04b627ae72bc9f62378e1d9ed4a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-15T18:43:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese-Liliane N T de Melo.pdf: 3416017 bytes, checksum: 6841b04b627ae72bc9f62378e1d9ed4a (MD5) Previous issue date: 2014-09-15 / CNPQ - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Marantacae flowers have a unique and distinctive structure which needs effective pollinators To ensure their reproductive success. There are few studieson floral biology, reproductive success and pollination Marantaceae species in Central Amazonia. The present study aimed to investigate these aspects in five species of Marantaceae: Monotagma vaginum Hagber; Monotagma densiflorum (Körn.) K. Schum.; Calathea hopkinsii Forzza; Ischnosiphon arouma (Aubl.) Körn. and Ischnosiphon polyphyllus (Poep. & Endl.) Körn. The investigation lasted from november 2010 to april 2014 in six areas of Manaus, Amazonas, Brazil. The thesis is divided in three chapters. The first chapter discusses the phenology, floral biology, reproductive system and pollination for all the five species. Furthermore, the study analyzed space-time variation in the composition of pollinators; evaluated the relation between floral size and pollinator’s size and compared frequency of Pollinators visits for Monotagma vaginatum in continuous forest and fragmented forest. Blooming of species reached its peak in the months corresponding to the rainy season in the region. All the five species are self-compatible, however only Monotagma vaginatum and Monotagma densiflorum are autogamous. Formation of fruit was low for all species. Bees of the Euglossini tribe were efficient pollinators for four species in the study. Only Monotagma densiflorum had Thalurania furcata hummingbird as efficient pollinator which may be due to the absence of petaloid staminode, a floral structure that serves as lading platform for bees. In all four species pollinated by bees there was no space-time variation in the composition of pollinators. There was compatibility between the floral size and the tube length with the pollinator’s body size and tongues length, suggesting a functional and morphological specialization between the studied species and groups of pollinators compatible in size. Frequency of pollinators for Monotagma vaginatum increased in fragmented forest when compared to continuous forest. The availability of floral resources in the surrounding area and proximity of other species to Marantaceae may be factors to influence the attractiveness of pollinators to the flowers. The second chapter is about how many and which plant the Euglossini bees visited aside from Marantaceae species. In order to collect such data, analyses of pollen load attached to the body of bees collected after visiting M. vaginatum, C. densiflorum, I. arouma e I. polyphyllus were conducted. A total of 46 pollen types were found attached to the body of Euglossini bees that belonged to, in average, 20 botanical families. No Marantaceae pollen grain was found attached to the bodies of 50 Euglossini bees collected; therefore it is unlikely that they are efficient in pollen transportation for the studied species. Pollen analyses show that bees are generalist in collecting floral resources. However Marantaceae species are specialized in Euglossini species and their ability of tripping the style is important to the plants reproductive success. Pollen deposited on the stigma may come from other species if bees carry many heterospecific grains. Pollen limitation then may be one of the reasons for the low formation of fruits in the studied species. Third chapter enquires which factors influenced reproductive success and attraction of pollinators in Monotagma vaginatum and Ischnosiphon arouma. The number of pollinator visits, density of co-specific plants, number of flowers in bloom on the observed individual and luminosity were registered in the field. Frequency of visits from pollinators and luminosity were not variables that influenced fruit formation. Nutrients are, possibly, factors to influence reproductive success. Regarding attraction of pollinators, the number of individuals of Monotagma vaginatum and Ischnosiphon arouma and the number of flowers in bloom on these individuals were not factors that influenced frequency of visitors. Luminosity was a variable to influence the attraction of pollinators. Frequency of visits is not a fundamental factor for reproductive success for the species studied, but the pollinator’s effectiveness in transferring pollen in the first visit to the flowers. Pollen limitation and soil nutrients are, possibly, important resources for fruit formation in the studied species. / Flores de Marantaceae possuem uma estrutura única e distinta, necessitando de polinizadores eficientes na transferência do pólen, garantindo, assim, o sucesso reprodutivo. Pesquisas envolvendo a biologia floral, sucesso reprodutivo e polinização de espécies da família são escassos na Amazônia Central. O estudo teve como objetivo geral estudar estes aspectos em cinco espécies de Marantaceae: Monotagma vaginatum Hagber; Monotagma densiflorum (Körn.) K. Schum.; Calathea hopkinsii Forzza; Ischnosiphon arouma (Aubl.) Körn. e Ischnosiphon polyphyllus (Poep. & Endl.) Körn. A pesquisa foi realizada no período de novembro de 2010 a abril de 2014 em seis áreas localizadas em Manaus, Amazonas, Brasil. A tese foi estruturada em três capítulos. O primeiro teve como objetivo estudar a fenologia, biologia floral, sistema reprodutivo e polinização das cinco espécies. Além disso, visou analisar a variação espacial e temporal na composição dos polinizadores; avaliar a relação entre o tamanho floral e o tamanho dos polinizadores e comparar a frequência de visitas dos polinizadores de Monotagma vaginatum entre floresta contínua e floresta fragmentada. O pico de floração das espécies ocorre nos meses correspondentes à estação chuvosa na região. As cinco espécies são auto-compatíveis, mas somente Monotagma vaginatum e Monotagma densiflorum são autógamas. A formação de frutos foi baixa em todas as espécies. As abelhas da tribo Euglossini foram os polinizadores efetivos de quatro espécies em estudo. Somente Monotagma densiflorum teve como polinizador efetivo o beija-flor Thalurania furcata, que pode ser atribuído a ausência do estaminódio petalóide, estrutura floral que serve de plataforma de pouso para as abelhas. Nas quatro espécies polinizadas por abelhas, não houve variação espacial e temporal na composição dos polinizadores. Houve compatibilidade entre o tamanho floral e comprimento do tubo com o tamanho corporal e comprimento da glossa dos polinizadores, sugerindo uma especialização funcional e morfológica das espécies em estudo a grupos de polinizadores compatíveis no tamanho. A frequência dos polinizadores de Monotagma vaginatum foi maior na floresta fragmentada em relação à floresta contínua. A disponibilidade de recursos florais no entorno e a proximidade de outras espécies às espécies de Marantaceae podem ser fatores que influenciem na atratividade dos polinizadores às flores. O segundo capítulo teve como objetivo saber quantas e, possivelmente, quais espécies as abelhas Euglossini visitam além das espécies de Marantaceae. Para isto, foram feitas análises da carga polínica aderida ao corpo de abelhas coletadas após a visita as flores de M. vaginatum, C. densiflorum, I. arouma e I. polyphyllus. Foram encontrados 46 tipos polínicos aderidos ao corpo das abelhas, pertencentes a, em média, 20 famílias botânicas. Em 50 abelhas Euglossini coletadas, não foram encontrados grãos de pólen de Marantaceae aderidos ao corpo das mesmas. Com isso, elas parecem não ser eficientes no transporte do pólen das espécies estudadas. As análises polínicas evidenciam que as abelhas Euglossini são generalistas na coleta dos recursos florais. Mas, as espécies de Marantaceae são especialistas nestas abelhas e a capacidade dessas de desengatilhar o estilete é importante para o sucesso reprodutivo das plantas. O pólen depositado no estigma das flores, no momento do desengatilhamento do estilete, pode ser oriundo de outras espécies, uma vez que as abelhas carregam muitos grãos heteroespecíficos. Assim, a limitação polínica pode ser uma das razões que explique a baixa formação de frutos nas espécies em estudo. O terceiro capítulo teve como objetivo saber quais fatores influenciam o sucesso reprodutivo e a atração de polinizadores em Monotagma vaginatum e Ischnosiphon arouma. Registrou-se em campo o número de visitas dos polinizadores, a densidade de plantas co-específicas, o número de flores abertas no indivíduo observado e a luminosidade. A frequência de visitas dos polinizadores e a luminosidade não foram variáveis que influenciaram na formação de frutos. Os nutrientes, possivelmente, são fatores que influenciam no sucesso reprodutivo. Em relação a atração dos polinizadores, o número de indivíduos de Monotagma vaginatum e Ischnosiphon arouma e o número de flores abertas nestes indivíduos não foram fatores que influenciaram na frequência dos visitantes. Somente a luminosidade foi uma variável que influenciou na atração do polinizador. A frequência de visitas não é um fator crucial para o sucesso reprodutivo das espécies, e sim, a eficiência do polinizador na transferência de pólen na primeira visita às flores. A limitação polínica e os nutrientes são, possivelmente, os recursos importantes para a formação dos frutos nas espécies em estudo.

A multifatoriedade da causa da doença periodontal dificulta sobremaneira o diagnóstico, prognóstico e plano de tratamento. Com o desenvolvimento da biotecnologia dos materiais, acreditamos que a solução para o tratamento das sequelas da doença periodontal esteja próxima de um desfecho favorável ao clínico e ao paciente. Os métodos de controle da doença periodontal ainda são limitados e o surgimento de equipamentos de alta sensibilidade se faz necessário para viabilizar a detecção prévia da perda de inserção. Os parâmetros das distâncias biológicas preconizadas por Gargiulo e colaboradores, atualmente ditam os protocolos dos procedimentos protéticos, estéticos, cirúrgicos e de manutenção dos pacientes periodontalmente tratados, com a finalidade de garantir a homeostasia dos periodontos de sustentação e proteção. Foram realizados por um único operador 396 medidas em 66 dentes adjacentes de 32 pacientes que se submeteriam à tratamento de fixação de implantes osseointegrados, sem distinção de raça ou sexo, com idade compreendida entre 15 e 68 anos, 13 do sexo masculino e 19 do sexo feminino, 4 fumantes e 28 não fumantes. O objetivo da investigação foi analisar a espessura dos tecidos moles com o uso do equipamento SDM - (técnica não invasiva), correlacionando-o com parâmetros já conhecidos para análise das distâncias biológicas como: profundidade de sondagem clínica manual, espessura da crista óssea, distância da margem gengival até o nível ósseo e índice dicotômico de sangramento à sondagem, na tentativa de determinar uma correlação mais acurada entre os parâmetros já conhecidos das distâncias biológicas dos periodontos de proteção e sustentação. Pelos resultados obtidos, concluiu-se neste trabalho que uma crista óssea fina suporta tecido com conteúdo de colágeno mais frágil e condição homeostática pior; a distância da margem gengival à crista óssea apresentou uma média ligeiramente inferior a 2.73mm encontrada por GARGIULO e colaboradores13, ficando na casa dos 2,507mm; as distâncias biológicas nos dentes anteriores são maiores do que nos dentes posteriores; a largura da mucosa ceratinizada é maior nos incisivos e caninos em relação a pré-molares e molares. Existem fortes correlações entre: a profundidade de sondagem e a espessura da mucosa ceratinizada; a profundidade de sondagem e a distância da margem gengival até a crista óssea; a largura e a espessura da mucosa ceratinizada; a profundidade de sondagem (PS) e a distância da margem gengival à crista óssea para os incisivos e caninos. Nos sítios com espessura óssea normal existe uma forte correlação entre a profundidade de sondagem e a distância da margem gengival-crista óssea, assim como entre a largura da mucosa ceratinizada e distância da margem gengival-crista óssea. Nos sítios com espessura óssea grossa, quanto maior a profundidade de sondagem, maior a espessura da mucosa ceratinizada.Quando o índice gengival=0, a espessura da mucosa ceratinizada apresenta também uma forte correlação com a profundidade de sondagem e com a largura da mucosa ceratinizada. / The multiple causes for periodontal disease makes very difficult the diagnosis, prognostic and the treatment planning. With the development of material biotechnology, we believe that the solution to the sequelae from periodontal disease is close to have a favourable outcome both to the clinician and to the patient. The methods to control periodontal disease are still limited and the appearance of high sensitive equipment is necessary to make feasible the previous detection of attachment loss. The parameters of the periodontal spaces advocated by Gargiulo and cols determine the prosthetic, esthetic, and surgical current protocols as well as the maintenance of the treated patients in order to garantee the homeostasis of both protection and supporting periodontium. Three hundred ninety-six measures in adjacent teeth of 32 patients were made by only one clinician, these patients would undergo osseointegrated implants, and they were not distinguished by race or gender, the age group was from 15 to 68 years old, 13 males and 19 females, 4 smokers and 28 non-smokers. The objective of this investigation was to analyse the effectiveness of a sonar to evaluate the soft tissues thickness – SDM – (non-invasive technique), making a relationship with the known parameters of the periodontal spaces such as manual probing depth, the alveolar bone thickness, the distance between the gingival margin to the bone crest and the dichotomic bleeding following probing; trying to determine a more accurated relationship among the parameters of the periodontal spaces already known. According to the obtained results, we concluded that a thin bone crest support a tissue with a more fragile collagen and with worse homeostasis, the distance between the gingival margin to the bone crest showed an average of 2,507 mm, slightly smaller than the one found by Gargiulo and cols, which was 2,73mm; the periodontal spaces in the anterior teeth are bigger than in the posterior ones; the keratinized mucosa width is bigger in incisives and canines than in premolars and molars. There are strong relationships between probing depth and keratinized mucosa thickness; probing depth and distance from gingival margin to bone crest, width and thickness of keratinized mucosa; probing depth and the distance from the gingival margin to the bone crest for incisives and canines. Where there is normal bone thickness, there is a strong relashionship between probing depth and the distance from the gingival margin to the bone crest, as well as between the keratinized mucosa width and the distance from the gingival margin to the bone crest. Where the bone thickness is dense, the bigger is the probing depth, the bigger is the keratinized mucosa thickness. When the gingival index is 0, the keratinized mucosa thickness shows a strong relationship with the probing depth and with the keratinized width.

La tesi doctoral s'emmarca dins de l'àrea de la biologia molecular de plantes, incloent algunes consideracions de tipus fisiològic, i descriu la identificació i caracterització de 5 gens Arabidopsis que codifiquen proteïnes amb similitud estructural amb els transportadors de coure eucariotes de la família Ctr. Els resultats del treball s'han dividit en tres capítols. En el primer d'ells s'analitza a nivell teòric les seqüències dels polipèptids de la família COPT d'Arabidopsis, s'investiga la seua funcionalitat en un sistema d'expressió heteròleg i es caracteritza de forma global el perfil d'expressió dels gens de la família. En aquest apartat es mostra que COPT1 i COPT2 restableixen amb gran eficiència el creixement en medi de selecció d'una soca de llevat deficient en el transport de coure d'alta afinitat i s'estableix que l'expressió dels dos transportadors es reprimeix en resposta a un tractament amb dosis tòxiques de coure. Per un altre costat, COPT3 i COPT5 complementen amb baixa eficiència al mutant de llevat i no responen al tractament amb coure. Les conclusions d'aquest primer apartat permeten proposar un model sobre la localització i funció cel·lular dels transportadors de la família. Els altres dos capítols de la tesi es centren específicament en l'estudi del gen COPT1. En el segon capítol, es descriu l'obtenció de plantes transgèniques que expressen un gen quimèric format per la fusió del promotor de COPT1 al gen GUS. L'anàlisi histoquímic d'aquestes plantes permet dilucidar que el gen COPT1 s'expressa en embrions i plàntules d'Arabidopsis. A més, en plantes adultes, l'expressió de COPT1 es restringeix als àpex radiculars, als tricomes, a les cèl·lules guarda i al pol·len. En l'últim capítol de la tesi s'exposa l'anàlisi fenotípic de plantes transgèniques que sobreexpressen i silencien COPT1, focalitzant l'estudi en els teixits descrits en el capítol anterior. Així, es mostra que la sobreexpressió de COPT1 causa hipersensibilitat al coure i l'activació dels sistemes de segrest cel·lulars, representats per la metal·lotioneïna MT1a. D'altra banda, el silenciament postranscripcional de COPT1 causa una reducció en l'absorció de coure, hipersensibilitat al dèficit de coure, un allargament de l'arrel primari i irregularitats en la formació de la coberta d'exina. Globalment, els resultats de la tesi descriuen per primera vegada l'expressió d'un transportador de coure als arrels d'una planta superior i assenyalen la participació de COPT1 en l'absorció de coure i en altres processos fisiològics i del desenvolupament vegetatiu i reproductiu d'Arabidopsis thaliana. / The work presented in this thesis describes the identification and characterization of 5 genes (COPT1-5) encoding putative Ctr-like Arabidopsis copper transporters. The first chapter encompasses a theoretical comparison of the COPT protein sequences, a functional study in a heterologous system and a preliminary expression and copper-regulation pattern analysis. COPT1 and COPT2 restore with high efficiency the growth of a yeast strain deficient in high affinity copper uptake and both genes are downregulated by exposure of leaves to copper treatment. COPT3 and COPT5 poorly substitute for their yeast counterparts and do not respond to copper treatment. Based on these results, a model for the cellular function of the COPT family members is proposed. The second chapter describes the generation and analysis of transgenic plants expressing a GUS reporter gene under the control of the COPT1 promoter. GUS specific staining is specifically detected in embryos, cotyledons, root tips, tricomes, guard cells and pollen grains. The last chapter describes the generation and phenotypical analysis of Arabidopsis transgenic plants overexpressing and silencing the COPT1 gene. Overexpression of COPT1 causes enhanced copper sensitivity and constitutive activation of the metallothionein gene MT1a. Overexpressing the complementary sequence of COPT1 produces a reduction in copper absorption, enhanced sensitivity to copper deficiency, increased root length and abnormalities in the pollen exine layer. Overall, the results presented here describe for the first time the expression of a copper transporter in the roots of a higher plant and indicate the participation of COPT1 in copper uptake and other physiological and developmental processes of Arabidopsis thaliana