Amine transaminases (ATA) catalyse the transfer of an amino group from one molecule and replaces a ketone or aldehyde with the amino group, the amino group on the amino-donor is replaced with a ketone or aldehyde. This enzyme, ATA from Chromobacterium violaceum, has previously been used to catalyse the reaction involving amphetamine, therefore, it might be possible to use this enzyme to convert amphetamine and the product absorbs in the UV spectrum and can therefore be measured spectrophotometrically. The aim of the project was to explore the possibility of using ATA in a portable biosensor for the detection of amphetamine. A literature study of commercially available portable biosensors was performed, activity of the free enzyme was tested against two substrates, methylbenzylamine (MBA) and amphetamine. Research on immobilization techniques, materials, and surface functionalization was done to chose suitable methods for immobilizing ATA. Two immobilization methods were suggested and one of the methods, ionic immobilization through His-tag towards Ni2+ on the surface, was tested for enzyme activity toward MBA. The enzyme activity of the free enzyme in solution towards MBA was comparable to previously reported enzyme activity, however, no enzyme activity towards amphetamine was observed. No activity was observed for the immobilized enzyme, but it might be due to the experimental design, more experiments need to be performed to draw conclusions. / Amintransaminaser (ATA) katalyserar överförandet av en amingrupp från en molekyl och ersätter en keton eller aldehyd med den amingruppen, amingruppen på amin-donatorn ersätts med en keton eller aldehyd. Det här enzymet, ATA från Chromobacterium violaceum (CvATA), har tidigare använts för att katalysera en reaktion som involverar amfetamin, därför skulle detta enzym kunna användas på amfetamin. Produkten av reaktionen absorberar i UV spektrumet och kan mätas med en spektrofotometer. Målet med projektet var att utforska möjligheten av att använda CvATA i en biosensor för att detektera amfetamin. En litteraturstudie på kommersiellt tillgängliga bärbara biosensorer genomfördes, aktiviteten av det fria enzymet testades mot två substrat, metylbenzylamin (MBA) och amfetamin. Information samlades om immobiliseringstekniker, material, och ytfunktionalisering gjordes för att välja ut lämpliga metoder för immobilisering av CvATA. Två immobiliseringsmetoder föreslogs och en av metoderna, immobilisering via enzymets His6-tagg och Ni2+ joner på ytan, testades för enzymaktivitet mot MBA. Enzymaktiviteten av det fria enzymet i lösning mot MBA var i samma storleksordning som tidigare rapporterad enzymaktivitet, men ingen enzymaktivitet mot amfetamin kunde observeras. Ingen aktivitet kunde observeras för det immobiliserade enzymet, men det kan vara på grund av designen på experimentet, fler experiment behöver göras för att kunna dra några fler slutsatser.

Huntington diseases(HD) is a fatal autosomal neurodegenerative genetic disorder, caused by a CAG trinucleotide repeat expansion in the huntingtin (HTT) gene, resulting in a toxic gain-of-function in the mutant huntingtin protein(mHTT). To date, there is no approved treatment to either cure or halt the course of HD. It has been established that wild-type(wt) HTT protein is essential for development and has a critical role for maintaining neuronal health, thus, a preferable approach for treatment is an mHTT specific lowering maintaining the wild type HTT expression. The achievement of an allele specific therapies depends on targetable allele variation, hence in this project, was the allele frequency in the Swedish population investigated and compared with both the total population and the European population selective. The data demonstrated that there is significant differences between populations. Additionally, the gene expression in five human fibroblast from HD patients with CAG repeats varying from 40 up to180, was analyzed as well as the gene variation across tissue , where the human HD brain and two animal brains; a nonhuman primate and a transgenic minipig, was compared. The result demonstrated that there is similarity in the gene expression between the two models and the human brain, where the highest expression was seen in the prefrontal cortex. The results from the gene expression analyze in the cell lines of fibroblast demonstrated that there is difference in expression between CAG repeats. Furthermore could it be seen that there were only two cell lines, HD180 and HD70, that was heterozygous for dACTT, rs362307, and for the SNP, rs7223906, in exon 67. There are various therapeutic approaches in the pipeline for HD as shown in this thesis, and hopefully a treatment for the disease in the not too distant future. / Huntingtons sjukdom är en dödlig autosomal neurodegenerativ genetisk avvikelse, orsakad av en specifik DNA-sekvens, CAG, upprepning i arvsanlaget som kodar för proteinet huntingtin (HTT). Det muterade HTT skadar nervcellerna i hjärnan och leder till att cellerna bryts ner. Idag finns ännu inga godkända terapier för att bota eller stoppa förloppet av Huntingtons sjukdom. Det har konstaterats att det friska HTT protein är betydelsefullt för utvecklingen och att den har en kritisk roll för att upprätthålla hjärnans nervceller. Därför skulle det vara fördelaktigt att som behandling sänka nivåerna av det muterade HTT och samtidigt behålla nivåerna av det friska HTT i en så kallad allel-specifik strategi. Utförandet av en allel-specifik behandling är beroende allel variationen mellan den friska genen och den muterade. Därför undersöktes allel-frekvensen i den svenska populationen och jämfördes mellan den europiska populationens frekvens. Resultatet från denna undersökning påvisade att det finns tydliga skillnader mellan förekomst av allel-variationer mellan olika populationer. Utöver detta undersöktes även genuttrycket i fem mänskliga friboblaster från patienter med Huntingtons med varierande CAG längd, från 40 repetitioner upp till 180 repetitioner, samt genvariationen mellan vävnader i hjärnan. För den sistnämnda användes data från en mänsklig hjärnan med Huntingtons sjukdom och två djurhjärnor; en ifrån en icke-mänsklig primat och ifrån en transgen minigris. Resultatet påvisade likheter mellan genuttrycket mellan den mänskliga hjärnan och djurhjärnorna, och det högsta uttrycket återfanns i prefrontala cortex. Resultat från fibroblastproverna visade att det finns skillnader i genuttryck mellan patienter som innehar olika längd på CAG-sekvensen. D, dessutom var det endast två cellinjerna, HD180 och HD70, som var heterozygoter för dACTT, rs 362307, var det enda somoch variationen i exon 67, rs7223906. Det finns varierande en multitud av tillvägagångssätt som anges i denna uppsats för att behandla utvecklandet av Huntingtons sjukdom i utveckling, , som anges i denna uppsats, och förhoppningsvis är finns ett botemedel inte i en inte alltför avlägsen framtid.

It has been illegal to deposit household waste in Swedish landfills since 2005. The large amount of waste deposited prior to this does however continue to pose an environmental concern, mainly in the form of leachate water. This study focused on enhancing the denitrification process in a leachate water treatment plant through bioaugmentation. The two strains Brachymonas denitrificans and Comamonas denitrificans as well a commercial seed mix from ClearBlu Environmental® (CBE-mix) containing amongst others, Pseudomonas putida AD 21 and Pseudomonas fluorescens, were investigated as candidates. Nitrite, nitrate, and ammonium concentrations were measured in laboratory-, and pilot-scale studies to follow the processes of nitrification and denitrification. The pilot study was conducted for 10 days in the middle of May 2020 with leachate from the treatment plant in an aerated and nonaerated setup in open field conditions. C. denitrificans and B. denitrificans were both shown to be able to adapt to growth in landfill leachate. The addition of these strains led to a higher rate of nitrate reduction compared to the control during the first days of the pilot experiment but showed no difference in the total amount of nitrate reduced. The combined nitrogen concentration of ammonium, nitrate, and nitrite was 6.7% lower than the control when using a culture augmented with the CBE-mix in the aerated setup. This could indicate aerated denitrification. The amount of nitrate reduced during the pilot experiment was increased with 32% when augmenting the community with the CBE-mix in a nonaerated setup. An explanation could be that certain strains in the mix were able to utilize hard to degrade organic carbon present in the leachate or that the mix had a higher ratio of reduced nitrate to consumed organic carbon than the indigenous community. / Det har varit olagligt att deponera hushållsavfall i Sverige sedan 2005, den stora mängd avfall som deponerats innan dess fortsätter dock att utgöra ett miljöproblem, främst genom genereringen av lakvatten. Den här studien fokuserade på möjligheten att förbättra denitrifikationen i ett reningsverk för lakvatten genom bioaugmentation. Två stammar tillhörande Brachymonas denitrificans, och Comamonas denitrificans, samt en kommersiell bakterieblandning från ClearBlu Environmental® innehållande bland andra Pseudomonas putida AD 21 och Psedomonas flourescens, undersöktes som möjliga kandidater. Ammonium-, nitrat- och nitritkoncentrationer mättes i odlingsstudier i labbskala och i en pilotstudie för att undersöka nitrifikation och denitrification. Pilotstudien utfördes i en luftad och en o luftad konfiguration utomhus i mitten av maj 2020, med lakvatten från reningsverket under en 10 dagars period. C. denitrificans och B. denitrificans klarade båda av att anpassa sig till tillväxt i lakvatten. Tillsats av dessa arter ledde till en ökning i nitratreduktionshastighet i början av pilotexperimentet men gav ingen total minskning av nitratmängden. Den sammanlagda slutkoncentrationen av ammonium-, nitrat- och nitritkväve var 6,7% lägre än i kontrollen när en kultur argumenterad med den kommersiella bakteriemixen användes i den luftade konfigurationen. Mängden reducerat nitrat ökade med 32% när en kultur augmenterad med den kommersiella mixen användes i den oluftade konfigurationen. En möjlig förklaring är att vissa stammar i mixen klarade av att tillgodogöra sig svårnedbrytbara kolföreningar i lakvattnet eller att ration mellan reducerat nitrat mot konsumerat organiskt kol var högre än i det ursprungliga microbsamhället.

Transcription factors (TFs) are key regulatory proteins that regulate transcriptionthrough precise, but highly variable binding events to cis-regulatory elements.The complexity of their regulatory patterns makes it difficult to determinethe roles of different TFs, a task which the field is still struggling with.Experimental procedures for this purpose, such as knock out experiments, arehowever costly and time consuming, and with the ever-increasing availabilityof sequencing data, computational methods for inferring the activity of TFsfrom such data have become of great interest. Current methods are howeverlacking in several regards, which necessitates further exploration of alternatives. A novel tool for estimating the activity of individual TFs over time fromlongitudinal mRNA expression data was in this project therefore put togetherand tested on data from Mus musculus liver and brain. The tool is based onprincipal component analysis, which is applied to data subsets containing theexpression data of genes likely regulated by a specific TF to acquire an estimationof its activity. Though initial tests on 17 selected TFs showed issues withunspecific trends in the estimations, further testing is required for a statementon the potential of the estimator. / Transcriptionsfaktorer (TFer) är viktiga regulatoriska protein som reglerar transkriptiongenom att binda till cis-regulatoriska element på precisa, menmycketvarierande vis. Komplexiteten i deras regulatoriska mönster gör det svårt attavgöra vilka roller olika TFer har, vilket är en uppgift som fältet fortfarandebrottas med. Experimentella procedurer i detta syfte, till exempel "knockout"experiment, är dock kostsamma och tidskrävande, och med den evigt ökandetillgången på sekvenseringsdata har metoder för att beräkna TFers aktivitetfrån sådan data fått stort intresse. De beräkningsmetoder som finns idag bristerdock på flera punker, vilket erfordrar ett fortsatt sökande efter alternativ. Ett nytt vektyg för att upskatta aktiviteten hos individuella TFer över tidmed hjälp av longitunell mRNA-uttrycksdata utvecklades därför i det här projektetoch testades på data från Mus musculus lever och hjärna. Verktyget ärbaserat på principalkomponentsanalys, som applicerades på set med uttrycksdatafrån gener sannolikt reglerade av en specifik TF för att erhålla en uppskattningav dess aktivitet. Trots att de första testerna för 17 utvalda TFer påvisadeproblem med ospecifika trender i upskattningarna krävs forsatta tester för attkunna ge ett tydligt svar på vilken potential estimatorn har.

Cyanobacteria are a model organism for photosynthesis and the Calvin cycle, and a promising chassis for 4th generation biofuel production. There are many ongoing efforts to improve the performance of cyanobacteria, in terms of CO2 fixation and production rate of biofuels. One straightforward way to improve CO2 fixation could be to overexpress the genes of limiting enzymes. In this project, we used a high-throughput method to test the overexpression of thousands of genes in cyanobacteria and measure the effect on growth rate. We created barcoded overexpression libraries, consisting of gene fragments from different cyanobacteria strains and transformed them into a model cyanobacterium, Synechocystis PCC 6803. We then cultivated the transformed cyanobacteria libraries and screened for effects of increased gene copy number on both maximum growth rate and robustness of growth under stress conditions. The cell populations were cultivated in a turbidostat, resulting in competitive growth between transformants. The relative abundance of each mutant was estimated using deep sequencing. Fitness scores, for each gene show how expression of that gene affects growth rate. This method, competitive growth and tracking of mutant populations with deep sequencing, is a high throughput method for screening a large proportion of genes from several organism at once, allowing the identification of trans-species effects as well as the effect of single genes on the metabolism of the host cell. / Cyanobakterier är en modellorganism för fotosyntes och Calvin-cykeln och ett lovande chassi för fjärde generationens biobränsleproduktion. Det finns många pågående ansträngningar för att förbättra cyanobakteriens prestanda med avseende på CO2-fixering och produktionshastighet för biobränslen. Ett enkelt sätt att förbättra CO2-fixering kan vara att överuttrycka generna för begränsande enzymer. I detta projekt använde vi en metod med hög kapacitet för att testa överuttryck av tusentals gener i cyanobakterier och mäta effekten på tillväxthastigheten. Vi skapade streckkodade överuttrycksbibliotek, bestående av genfragment från olika arter av cyanobakterier och transformerade in dem i en modellorganism för cyanobakterium, Synechocystis PCC 6803. Vi odlade sedan de transformerade biblioteken och screenade efter effekten av ökade antal genkopior på både maximal tillväxthastighet och robusthet hos tillväxt under stressförhållanden. Cellpopulationerna odlades i en Turbidostat, vilket resulterade i konkurrerande tillväxt mellan transformanter. Den relativa mängden av varje mutant uppskattades med användning av djup sekvensering. "Fitnesspoäng" för varje gen visar hur uttrycket av den genen påverkar tillväxthastigheten. Denna metod, konkurrerande tillväxt och spårning av mutantpopulationer med djup sekvensering, är en metod med hög genomströmning för att screena en stor andel gener från flera organismer samtidigt, vilket möjliggör identifiering av trans-art effekter såväl som effekten av enstaka gener på värdcellens metabolism.

As the aging population is increasing worldwide, so is the prevalence of neurodegenerativediseases such as Alzheimer’s disease (AD), Parkinson’s disease (PD), frontotemporal dementia(FTD) and amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Reliable biomarkers able to aid the diagnosis anddifferentiation of these diseases are needed in order to start the right treatment as early as possible.Due to its representative state of the central nervous system, cerebrospinal fluid (CSF) is afavorable sample material for biomarker discovery within neurodegenerative diseases. Alteredprotein levels of this body fluid might serve as a biomarker, but further validation of earlierfindings is needed. The aim of this project was to validate earlier studies suggesting potentialprotein biomarkers in CSF. From a list of 80 potential biomarkers in the CSF of patient samples,eight were chosen to be included in this validation effort. By utilizing a suspension bead array ina sandwich assay setup, 21 antibodies were tested in an initial screening. Antibody pairs that couldmeasure the protein levels in a dilution dependent manner was further optimized before individualpatient samples were analyzed. Sandwich assays targeting the three proteins Amphiphysin(AMPH), Chitotriosidase-1 (CHIT1) and Beta-synuclein (SNCB) were successfully developed andcorrelated to earlier generated data using a suspension bead array with a single binder setup.Therefore, the earlier findings of elevated levels of AMPH and SNCB in AD patients and CHIT1in ALS patients were successfully validated. / Prevalensen av neurodegenerativa sjukdomar såsom Alzheimers sjukdom (AD), Parkinsonssjukdom (PD), frontallobsdemens (FTD) och amyotrofisk lateralskleros (ALS) ökar i takt med denåldrande populationen. Pålitliga biomarkörer som kan hjälpa till vid diagnostiseringen av dessasjukdomar behövs för att starta rätt behandling så tidigt som möjligt. Ryggmärgsvätska, enkroppsvätska tillhörande det centrala nervsystemet, kan ge en inblick i det centrala nervsystemetstillstånd. Förändrade proteinnivåer i denna kroppsvätska skulle därför kunna fungera sombiomarkörer. Målet i detta projekt var att validera tidigare föreslagna proteinbiomarkörer iryggmärgsvätska. Utifrån en lista av 80 tidigare analyserade proteiner i ryggmärgsvätska hospatienter, inkluderades åtta proteiner i detta valideringsförsök. En antikroppsbaserad så kalladsandwich assay användes i en suspension bead array för att testa 21 stycken antikroppar i ett initialtscreeningsförsök. Antikroppspar som kunde mäta proteinnivåer på ett spädningsberoende vis i detinitiala screeningsförsöket optimerades vidare innan den utvecklade sandwich assayn användes föratt analysera proteinnivåer i individuella prover. Sandwich assays gentemot Amphiphysin(AMPH), Chitotriosidase-1 (CHIT1) och Beta-synuclein (SNCB) kunde bli framtagna ochkorrelerade gentemot tidigare genererat data från en single binder assay på ett framgångsrikt sätt.Projektet kunde därmed validera tidigare fynd som indikerat förhöjda nivåer av AMPH och SNCBi AD patienter, samt förhöjda nivåer av CHIT1 i ALS patienter.

Microorganisms play crucial roles in aquatic environments in determining ecosystemstability and driving the turnover of elements essential to life. Understanding thedistribution and evolution of aquatic microorganisms will help us predict how aquaticecosystems will respond to Global Change, and such understanding can be gained bystudying these processes of the past. In this project, we investigate the evolutionaryrelationship between brackish water bacteria from the Baltic Sea and Caspian Seawith freshwater and marine bacteria, with the goal of understanding how brackishwater bacteria have evolved. 11,276 bacterial metagenome-assembled genomes(MAGs) from seven metagenomic datasets were used to conduct a comparativeanalysis of freshwater, brackish and marine bacteria. When clustering the genomes bypairwise average nucleotide identity (ANI) at the approximate species level (96.5%ANI), the Baltic Sea genomes were more likely to form clusters with the Caspian Seagenomes than with Swedish lakes genomes, even though geographic distancesbetween Swedish lakes and the Baltic Sea are much smaller. Phylogenomic analysisand ancestral state reconstruction showed that approximately half of the brackishMAGs had freshwater ancestors and half had marine ancestors. Phylogeneticdistances were on average shorter to freshwater ancestors, but when subsampling thetree to the same number of freshwater and marine MAG clusters, the distances werenot significantly different. Brackish genomes belonging to Acidimicrobiia,Actinobacteria and Cyanobacteriia tended to originate from freshwater bacteria, whilethose of Alphaproteobacteria and Bacteroidia mainly had evolved from marinebacteria. / Mikroorganismer spelar avgörande roller i akvatiska ekosystem där de driverkretsloppen av näringsämnen. En ökad förståelse för hur mikroorganismer anpassarsig till miljöförändringar är viktigt för att förutsäga hur akvatiska ekosystem kommeratt förändras som en konsekvens av global uppvärmning, och sådan förståelse kanuppnås genom att studera tidigare skeenden i evolutionen. I detta projekt undersökervi det evolutionära förhållandet mellan brackvatten-bakterier från Östersjön ochKaspiska havet med sötvattens- och marina bakterier, med målet att förstå hurbrackvatten-bakterier har utvecklats. 11,276 bakteriella arvsmassor somrekonstruerats med metagenomik från sju data-set användes för att utföra enjämförande analys av bakterie-genom från söt-, brack och havsvatten. Klustring avgenomen baserat på parvis genomsnittlig nukleotididentitet (ANI) på ungefärligartnivå (96,5% ANI), grupperade Östersjöns bakterier tillsammans med Kaspiskahavets bakterier mer än med bakterier från svenska sjöar, trots att det geografiskaavståndet mellan svenska sjöar och Östersjön är mycket mindre. Fylogenetisk analysvisade att ungefär hälften av brackvatten arterna hade anfäder från sötvatten ochhälften från havsvatten. De fylogenetiska avstånden var i genomsnitt kortare tillanfaderna i sötvatten, men när man reducerade trädet till att ha samma antal sötvattenoch marina arter var avstånden inte längre signifikant olika. Brackvatten-arter somtillhörde Acidimicrobiia, Actinobacteria och Cyanobacteriia tenderade att härstammafrån sötvattenbakterier, medan de från Alphaproteobacteria och Bacteroidia främsthärstammade från marina bakterier.

Ouabain and other cardiotonic steroids are known to inhibit Na + ,K + -ATPase (NKA), theion pump responsible for the ionic gradient across the plasma membrane. These steroidsdisplay a selective toxicity towards several tumour cells in comparison to primary humancells, however, the mechanism behind this is not yet understood. Here, we examined theouabain toxicity in renal epithelial cells, proximal tubular cells (PTCs) of different origin. Weinvestigated the relative cytotoxicity in cancer cells (A-498) and papilloma virus-transformedPTCs (HK-2) as well as to primary human PTCs (hPTC) to validate key components in theeffect. In exposure to ouabain, we examined the cell viability and density by MTT and CrystalViolet assays, and cell migration by a scratch assay. The cytotoxic effect was also studied invarious pH, glucose and potassium ion concentrations. In addition, apoptosis was examinedby the TUNEL assay, and if ouabain kills cancer cells through activation of thevolume-regulated anion channel VRAC channel via NKA. We found that there is a decrease in viable cells when cells are exposed to ouabain ≥ 10nM, however, the effect was not seen to be selective towards cancer cells, nor due toapoptosis and the activation of VRAC. The cytotoxic effect was greater in more acidicextracellular pH ~6.8, but independent of glucose concentration in the medium. Interestingly,the effect was also reversed at an increased extracellular concentration of potassium, andouabain did selectively inhibit the cancer cells to migrate. Thus, there could be potential forouabain to act as an anti-cancer agent for renal cancer and to inhibit tumour metastasization. / Ouabain och andra kardiotoniska steroider är kända för att inhibera Na + ,K + -ATPas (NKA),membranpumpen som är ansvarig för den aktiva jontransporten av natrium och kalium ochjongradienten över plasmamembranet. De har påvisat en selektiv toxicitet mot vissatumörceller i jämförelse med primära humana celler, men det är dock inte förstått hurmekanismen bakom denna företeelse fungerar. I denna studien undersökte vi ouabainstoxicitet i njurcancerceller (A-498) och papillomavirustransformerade proximala tubuliceller(hPTC) för att identifiera effektens nyckelkomponenter. Vid exponering av ouabain undersökte vi cellviabiliteten och -densiteten genom MTT- ochkristallviolett-analyser, samt cellmigrering genom scratch-analys. Den cytotoxiska effektenstuderades också under olika pH-förhållanden samt glukos- och kaliumkoncentrationer.Dessutom undersöktes det om apoptos orsakar celldöd genom TUNEL-analys, och omouabain dödar njurcancerceller genom aktivering av den volymreglerade anjonkanalen(VRAC) via NKA. Vi fann minskning av cellernas livskraft vid exponering av ≥ 10 nM ouabain, men effektentycktes dock inte se ut att vara selektiv gentemot cancerceller, inte heller på grund av apoptosoch aktivering av VRAC. Den cytotoxiska effekten var större vid lägre pH, men oberoendeav mediets glukoskoncentrationen. Intressant nog motverkades också effekten vid förhöjdkoncentration av kaliumjoner, och ouabain hämmade selektivt cancercellerna att migrera.Således finns det en viss potential för ouabain att kunna fungera som ett anticancermedel motnjurcancer och att hämma metastasutveckling.

A new tool for kinetic evaluation of kinetic rate constants is enabled by a 3rd generation biosensor. The tool is developed to meet the need of reliably experimental information and communication between pharmaceutical companies and regulatory agencies to increase the productivity and decrease the associated risks. Too obtain the necessary competences and resources for this, a project consisting of Attana AB, AstraZeneca AB, Waters Nordic AB and Karlstad University was established. The main aim of the project is to achieve a comprehension understanding of interactions of different character e.g. fast and slow kinetics. This report concerns a fast interaction system. By analyzing a parathyroid hormone system using standard biosensor assays and single cycle kinetics with Attana Cell™ 200 instruments the fast interaction was characterized. The experimental data was analyzed using standard kinetic evaluation and an adaptive interaction distribution algorithm. The latter tool is developed at Karlstad university in order to describe the heterogeneity of interactions. The idea is to use the heterogeneity information as a decision support in drug development. A sub aim was to investigate the feasibility of the single cycle kinetic assays compared to the standard biosensors assays. The results shows a decrease of experimental time by 70% for homogene interaction and the protocol enables assay without or with less regeneration.

Background During development, endothelial cells acquire mesenchymal-like properties to migrate and facilitate normal vascular formation. This process of transformation is known as endothelial to mesenchymal transition (EndMT) and has also been implicated in diseases like vascular pathologies contributing to endothelial inflammation, atherosclerosis and tumour angiogenesis. The Angiomotin family of scaffold proteins play a role in transducing mechanical force at cell junctions. Of this family, Angiomotin-Like 2 (AmotL2) localises to endothelial cell junctions and was recently found to play a role in regulating endothelial cell mechanosensing and inflammation. Methods/Materials Primary human endothelial cell lines (HUVEC) were cultured and manipulated in vitro to investigate the role of AmotL2 in EndMT. Lentiviral short hairpin RNA interference was employed in AmotL2-loss-of-function studies, (produced using HEK - Human Embryonic Kidney - cells) to generate knockdown(kd) cells. Western blotting (WB) was used to assess AmotL2 depletion and changes in protein expression of key EndMT markers. qPCR was performed to look at the same at a transcriptional level. Immunofluorescent staining and confocal imaging were performed to validate WB and qPCR results as well as to study protein localisation. Results AmotL2 was found to regulate Snail1 and N-cadherin at both protein and mRNA levels. Morphological findings displayed the AmotL2kd cells to be elongated, deviating from the regular cobblestone morphology observed in control cells. An increase in scaffold protein levels was observed in the AmotL2 kd samples. Similar results were seen in qPCR data where increased mRNA expression was observed in the AmotL2 kd samples for the same targets. On analysis of IF image data, more nuclear staining was observed in the kd samples. qPCR analysis done on samples treated with TGF-β, exhibited an increase in mRNA expression of targets involved in the EndMT pathway in the treatment samples against the controls. Conclusion The results suggest that AmotL2 plays a role in EndMT by affecting the transcription factors and proteins involved in the pathway, which leads to changing morphology and behaviour of the cells. Looking into more targets involved in EndMT may give us a better understanding of how this process leads to diseases like atherosclerosis and tumour angiogenesis.