The newly introduced regulation (EU) 2017/746 aims to make In Vitro Diagnostic Medical Devices (IVDMD), which include companion diagnostic tests (CDx), a widespread method of authorising medicinal products in the European market. However, European SmPCs (Summary of Product Characteristics) currently do not explicitly refer to the term or classify tests associated with medicinal products as CDx. This paper is the first to examine and classify tests for medicinal products currently authorised in Sweden as being potential CDx, under the definitions of the new regulatory paradigm. The aim is to serve as the foundation for future research. 141 medicinal products with potential associated CDx are identified in the database of the Swedish Medical Products Agency (MPA). These products are then classified under the major ATC (Anatomical Therapeutic Chemical) therapeutic areas to search for commonalities and patterns in their usage and are later examined in conjunction with the techniques they use. The results reveal that a majority are concentrated in the Antineoplastic and immunomodulating agents and Antiinfectives for systemic use therapeutic areas. The methods used by these tests reveal diversity among the test technique usage, including instances where multiple techniques comprise a single CDx product, which may focus on detecting several biomarkers.

Genomic alterations may initiate cancer development as the consequence of endogenous or exogenous DNA damaging factors. Defects in DNA repair mechanisms may also facilitate cancer progression as well as accumulation of mutations which favor cancer cell survival. However, DNA repair pathways in cancer cells can be considered as their Achilles heel which are possible targets in order to compromise their survival. For instance, it has been demonstrated recently that inhibition of a protein called MTH1 via RNA interference (RNAi) or chemical inhibitors can stop tumor growth and triggers cell death by increasing the load of oxidative DNA damage. MTH1 is a hydrolase which converts 8-oxo-dGTP into 8-oxo-dGMP in order to prevent incorporation of oxidatively damaged nucleotides into DNA. In addition, DNA glycosylases which recognize and remove mismatched or damaged nucleotide pairs in DNA can also participate in repair of 8-oxo-dG, such as MUTYH repairing A:8-oxo-dG pair. The goal of the current study was to investigate the importance of MUTYH activity upon MTH1 depletion. The current study tried to answer whether simultaneous knock-down of MTH1 and MUTYH sensitizes cancer cells to oxidative stress and increases cell death. Both enzymes were simultaneously depleted in T cell acute lymphoblastic leukemia cells using RNAi. Then, we analyzed the efficiency of gene and protein knock-down by quantitative real-time-PCR and western blotting, respectively. Induction of cell death was also assessed by flow cytometric analysis of cell cycle. Afterwards, the effect of the treatments on DNA repair pathways was studied by analysis of gene expression of several DNA glycosylases and DNA polymerases using qRT-PCR. The results showed that concurrent depletion of both enzymes led to synergistic induction of cell death. Down-regulation of NEIL1 DNA glycosylase as well as POLQ and POLH DNA polymerases mRNAs adapted their DNA repair pathways to cope with induced damages under these conditions. Finally, the results of this study suggest that dual suppression of MTH1 and MUTYH may provide a new approach to reduce survival of T cell ALL.

The interest of drug delivery via the skin is progressively increasing due to its convenience and affordability. However, the skin has an effective barrier function which hinders drugs to penetrate. This can be overcome, using topical formulations, which contain vehicles optimized for penetration into skin or permeation through skin into underlying tissues or blood stream. In development of transdermal drugs, ex-vivo skin models are frequently used for permeability studies. However, these models may suffer from limited reproducibility, due to their biological variability, and are related to ethical issues. This has led to development of in-vitro skin models. These new skin models need to be verified by comparison to the existing models before applied in drug studies. In this project, penetration and permeation of proteins and small molecules was studied using an ex-vivo pig skin model. The effect of topical formulations and penetration enhancers was also investigated. The results showed a significant increase in penetration and permeation in the absence of stratum corneum, proving its barrier effect. While no significant differences could be seen regarding molecule size in the presence of stratum corneum (intact skin model), there was significantly less permeation measured for large protein molecules tested than for smaller tested compounds in the absence of the stratum corneum (damaged skin model). The permeation and penetration were slightly increased in presence of the penetration enhancing limonene oil. / Intresset för läkemedel som tas upp genom huden ökar ständigt eftersom administreringen är både bekväm och lättillgänglig. Däremot har huden en effektiv barriärfunktion, vilket hindrar penetration av läkemedlen. För att lösa detta problem kan läkemedlen presenteras i olika formuleringar, vilka innehåller transportmedel anpassade för att öka penetrationen in i huden eller permeationen genom huden, till underliggande vävnad samt blodomloppet. Vid utvecklandet av läkemedel som ska tas upp genom huden används ofta ex-vivo hudmodeller i penetrations- och permeationsstudier. Dessa modeller kan emellertid ha otillräcklig reproducerbarhet, på grund av biologisk variation, samt är kopplade till etiska problem. Detta har lett till utvecklandet av hudmodeller av in-vitro typ. Dessa nya hudmodeller måste verifieras genom jämförelse med existerande modeller, innan de används i läkemedelsstudier. I det här projektet studerades penetration och permeation av proteiner och små molekyler i en ex-vivo hudmodell från gris. Effekten av olika formuleringar och penetrationsförstärkare undersöktes också. Resultaten visade en signifikant ökning av penetration och permeation vid avsaknad av stratum corneum, vilket påvisar dess barriärfunktion. Samtidigt som ingen märkbar skillnad gällande molekylstorlek kunde urskiljas vid närvaro av stratum corneum (intakt hudmodell), var permeationen av större molekyler tydligt minskad i jämförelse med små molekyler vid avsaknad av stratum corneum (skadad hudmodell). Både penetrationen och permeationen var svagt förhöjda vid närvaro av penetrationsförstärkaren limonen.

Hepatitis-C Virus (HCV) remains the leading cause of liver transplant in the US and the UK, and the World Health Organization (WHO) estimates that 71 million people are infected worldwide. A vaccine would drastically impact the healthcare-associated burdens that HCV causes globally. The objective of this master’s thesis project is to produce human antibody (IgG) against HCV. This project will focus on the monoclonal antibodies (mAbs) HEPC3, AR3C, HEPC74, and HCV1. These four antibodies have been isolated from patients who have successfully cleared the infection, and their sequences and structures are available in the public domain. These four antibodies have also shown to bind to E2, a glycoprotein on the surface HCV that is crucial for viral binding and entry. This interaction of the mABs with E2 has been implicated in viral neutralization, making them promising choices for this study. Overall, 3 out of 4 mAbs were successfully cloned and produced. The unsuccessful antibody, HEPC74, was discovered to have failed due to an error in the plasmid sequence. Just as the western blot to confirm secretion was ready to be run, the laboratory closed due the Covid-19 outbreak. Therefore, the data can officially declare a ¾ mAb production success, however it is safe to assume that the alternative clone for HEPC74 was also a success due to a perfect sequence match. Since the primary objective of this project was to successfully clone and produce these four antibodies, then this study is considered an overall success. Lastly, this study examined how the same protocol  could be applied the SARS-CoV-2 outbreak, by the cloning and production of anti-RBD IgG and testing them for viral neutralization. / Hepatit-C (HCV) är fortsatt den enskilt största orsaken till levertransplantationer med uppskattningsvis 71 miljoner infekterade globalt sett, enligt världshälsoorganisationen (WHO).Ett vaccin mot HCV skulle drastiskt minska trycket på global hälso- och sjukvård. Syftet med detta projekt är att producera antikroppar (igG) mot HCV. Projektet fokuserar på HEPC3, AR3C, HEPC74 och HCV1 som är monoklonala antikroppar (mAbs). Dessa antikroppsvarianter har isolerats från patienter som tillfrisknat från infektion. Både DNA-sekvenser och strukturer av antikropparna finns offentligt tillgängliga. Dessa fyra antikroppar har också visats kunna binda till E2 som är ett membranbundet glykoprotein hos HCV som är centralt för viral adhesion och fusion. Interaktionen mellan dessa mAbs och E2 har visat sig neutralisera virulens, vilket gör dem till lovande kandidater för denna studie. Tre av fyra mAbs kunde klonas och produceras framgångsrikt. Försöket med HEPC74 misslyckades på grund av ett fel i plasmidsekvensen och just som western blot skulle genomföras för att bekräfta sekretion av en alternativ klon avslutades the praktiska arbetet med anledning av Covid-19 utbrottet. Resultaten visar entydigt att tre av fyra mAb producerades framgångsrikt. Det går dock att anta att det andra försöket med HEPC74 sannolikt också lyckades pga perfekt sekventiell matchning. Då det huvudsakliga syftet med projektet var att framgångsrikt klona och producera dessa fyra antikroppar så kan studien anses vara framgångsrik. Slutligen så undersöktes huruvida samma förfarande kunde appliceras mot SARS-CoV-2 genom kloning och produktion av anti-RBD IgG och tester av viral neutralisering.

Inflammatory Bowel Disease (IBD) is a chronic disorder that affects millions of peopleworldwide. Although the etiology behind the disease is yet unknown, current theoriespropose a complex interplay between genetic susceptibility, exposure to environmentalfactors and exacerbated immune responses. While important efforts have been made to linkgenetics and environmental factors to IBD pathogenesis, a major challenge remains to assignthem a causative role. Particularly since most of the IBD-risk genetic polymorphisms arefound in non-coding regions (NCRs) with unknown regulatory activity, and for the lack ofknowledge about how environmental factors can modulate the function of these elements invivo . A main problem to address this challenge in IBD research is the lack of an appropriatemodel system in vivo that allows for high-throughput experiments with combinations ofdifferent IBD-risk factors, while keeping the in vivo context. In this work, we sought toovercome this issue by using a zebrafish reporter for a specific human IBD-risk NCR, inorder to investigate the modulation of this element by two groups of common environmentalfactors: pollutants, such as PolyFluoroAlkyl Substances (PFASs); and diet, by activation ofdietary sensors. We found that the activity of the WT-NCR in zebrafish larvae was increased in the presenceof PFAS, while the activation of the dietary sensor PPAR δ decreased the activity. These datalead us to suggest that the function of PFAS can be counteracted by PPARδ activation.Therefore, we propose zebrafish as a suitable in vivo model in which we can screen forpotentially harmful or beneficial effects of environmental factors in the activity of humannon-coding regions. / Inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) är en kronisk störning som drabbar miljontals människorvärlden över. Även om etiologin bakom sjukdomen fortfarande är okänd, föreslår nuvarandeteorier ett komplext samspel mellan genetisk mottaglighet, exponering av miljöfaktorer ochförvärrat immunförsvar. Även om stora ansträngningar har gjorts för att koppla genetik ochmiljöfaktorer till IBD-patogenes, återstår en stor utmaning att tilldela dem en orsakande roll.Särskilt eftersom de flesta av IBD-riskgenetiska polymorfismer finns i icke-kodande regioner(NCR) med okänd reglerande aktivitet samt för bristen på kunskap om hur miljöfaktorer kanmodulera funktionen hos dessa element in vivo . Ett huvudproblem för att möta dennautmaning i IBD-forskning är avsaknaden av ett lämpligt modellsystem in vivo som möjliggörexperiment med hög kapacitet och kombinationer av olika IBD-riskfaktorer in vivo . I dettaarbete försökte vi få svar på denna fråga genom att använda en zebrafiskreporter för ettspecifikt humant IBD-risk icke-kodande område. Detta möjliggjorde att vi kunde undersökamodulering av två gemensamma miljöfaktorer: föroreningar, såsom PolyFluoroAlkyl-ämnen(PFASs); och diet, genom aktivering av dietsensorer. Vi fann att aktiviteten i WT-NCR hos zebrafisklarver ökade i närvaro av PFAS, medanaktiveringen av dietsensorn PPARδ minskade aktiviteten. Denna data leder till att vi antyderatt funktionen för PFAS kan motverkas genom PPARδ-aktivering. Därför föreslår vizebrafisk som en lämplig in vivo -modell, i vilken vi kan screena för potentiellt skadliga ellergynnsamma effekter av miljöfaktorer i mänskligt icke-kodande DNA.

Pharmaceutical residues are being released into the aquatic environment through domestic wastewater effluents all around the world. Ekeby wetland located in Eskilstuna has been shown to degrade pharmaceutical residues in wastewater but the mechanism of how and where in the wetland these substances are removed were not known. The aim of this Master’s thesis was to study the mechanism behind the pharmaceutical removal in Ekeby wetland. The presence of 22 selected pharmaceuticals were examined in water-, sediment- and plant samples collected from the wetland. Additionally, the concentration of nutrients’, pH and temperature of the water were examined. With this data, the correlations between the concentration of pharmaceuticals in the water and the concentration of selected nutrients could be determined. Nine out of 22 substances were detected in the sediment samples and 10 out of 22 was detected in the plant sample. The five pharmaceutical substances that required additional removal were citalopram, diclofenac, erythromycin, oxazepam and sertraline. Citalopram, diclofenac and sertraline were found in the sediment and plant samples. A significant negative correlation was found between the concentration of pharmaceuticals in water samples and total suspended solids (TSS) indicating that an increase of TSS, decreases the pharmaceutical concentration in the water. The main mechanism behind the pharmaceutical removal in Ekeby wetland was determined to be by sedimentation and plant uptake, mainly by Phragmites australis. The wetland system could also remove metoprolol, propranolol, tramadol, trimethoprim, naproxen, venlafaxine and carbamazepine. Hence, to increase the pharmaceutical removal in the wetland it’s recommended to increase the amount of plants, mainly P. australis. Thus, wetland systems could be of great advantage in the development of sustainable wastewater management. / Via avloppsvattnet släpps mängder av läkemedelsrester ut i vårt vatten. Ekeby våtmark i Eskilstuna har visat sig bryta ner läkemedelsrester från avloppsvatten, men mekanismen för hur och vart dessa ämnen tas bort är sedan tidigare okänt. Målet med detta examensarbete var att studera mekanismerna bakom läkemedelsnedbrytningen i Ekebys våtmark. Halterna av 22 läkemedelssubstanser i vatten-, sediment-och växtprover tagna från våtmarken undersöktes. Även koncentrationen av näringsämnen, pH och temperatur bestämdes i vattenprover tagna från våtmarken. Utifrån detta kunde sambanden mellan läkemedelskoncentrationerna och halterna av tidigare nämnda ämnen i vattnet studeras. Nio av 22 substanser uppmättes i sedimentproverna och 10 av 22 uppmättes i växtprovet. De fem läkemedel som krävde ytterligare rening var citalopram, diclofenac, erythromycin, oxazepam, och sertraline. Citalopram, diclofenac och sertraline uppmättes i sediment och växtproverna. I vattnet erhölls ett signifikant negativ samband mellan koncentration av läkemedel och suspenderade ämnen. Detta indikerar på att en ökning av suspenderade ämnen minskar läkemedelskoncentrationen i vattnet. Mekanismen bakom läkemedelsnedbrytningen i Ekebys våtmark fastställdes till sedimentation och växtupptag, främst av växten Phragmites australis. Våtmarken kunde även avlägsna metoprolol, propranolol, tramadol, trimetroprim, naproxen venlafaxin och carbamazapine. För att öka nedbrytningen av läkemedel i våtmarken är det därför rekommenderat att öka mängden växter. Våtmarkssystem kan därmed vara till stor fördel när man utvecklar reningsprocesser för läkemedel av avloppsvatten som är miljömässigt hållbara.

Growing concerns of the negative effects on the environment and dependency of fossil fuelsare major driving forces for finding novel sustainable production pathways for plastic.Metabolic engineering has emerged as a powerful tool to enable microorganisms to producenon-native metabolites. The aim of this project was recombinant production of 4-hydroxybutyrate (4-HB) by expressing two enzymes in the model organism Escherichia coli.α-ketoglutarate decarboxylase (SucA) from Mycobacterium smegmatis followed by 4-hydroxybutyrate dehydrogenase (4-HBd) from Clostridium kluyveri was expressed inEscherichia coli. Results showed that the genes were successfully transformed and expressedin E. coli and after protein purification a concentration of 0.9 g/L SucA and 9.8 g/L 4-HBdwas achieved. Furthermore, some protein activity was detected by a coupled reaction withSucA and 4-HBd. When the enzymes got coupled together a change in NADH concentrationcould be detected spectrophotometrically. The enzymes were also tested for substratespecificity by using substrates with various carbon chain lengths and a decrease in NADHconcentration was seen. However, a decrease in the negative control for the experiments wasalso seen indicating a breakdown of NADH over time rather than consumption. Therefore, noconclusion could be drawn about the promiscuity of the enzymes. Lastly a single plasmidssystem was tested where both the genes were ligated on the same plasmid (pCDF duet) andexpressed successfully in E. coli Bl21DE3. / Ökad oro för miljön samt behovet av fossila resurser för produktion av plaster har gjort detnödvändigt att skapa nya och mer hållbara produktions vägar. Genetisk modifikation av olikaorganismer har utvecklats som ett starkt redskap för att få mikroorganismer att framställametaboliter som de normalt inte producerar. Målet med detta projekt var rekombinantproduktion av gamma hydroxibutansyra (4-HB) genom att uttrycka två enzym i modellorganismen Escherichia coli. Dessa enzym bestod av α-ketoglutarat dekarboxylas (SucA) frånMycobacterium smegmatis samt 4-hydroxybutyrate dehydrogenas (4-HBd) från Clostridiumkluyveri. Resultaten visade att proteinerna lyckades utryckas i E. coli med en koncentration av0,9 g/L SucA och 9,8 g/L 4-HBd som uppnåddes efter rening. Utöver detta detekterades ävenviss enzymaktivitet genom att kopplad enzymreaktion mellan 4-HBd och SucA och mätakonsumtionen av NADH spektrofotometriskt över tid. Enzymen testades även försubstratspecificitet genom att köra reaktionen med substrat med olika längd på kolkedjan. Dåkunde en minskning i NADH koncentrationen ses men det gjordes det även för de negativakontrollerna vilket indikerar nedbrytning av NADH och inte konsumtion av NADH. Ingaslutsatser angående enzymens substratspecificitet kunde därför dras. Det sista som gjordes varatt sätta in båda generna i ett en plasmidsystem där båda generna sattes in på samma plasmid(pCDF duet) och uttrycktes framgångsrikt i E. coli Bl21DE3.

Established biopharmaceuticals such as antibodies and derivatives thereof are relatively large. In cancer therapy, this creates a steep drug concentration gradient within tumors, leaving cells far from blood vessels effectively untreated. Continuous pseudo treatments should foster the development of drug resistance and might lead to eventual disease relapse. Drug concentration gradients can be operationalized as tissue penetration efficiencies, which are functions of molecular size. However, small particles are also subject to potent renal clearance, collapsing the therapeutic window beyond clinical applications. In this master’s thesis, spatial bispecificity was engineered into a single albumin binding domain (ABD). Resulting ABD derived affinity proteins (ADAPTs) are saved from urinary excretion by the grace of HSA, but in the more static microenvironment of tumors, following HSA dissociation, they are capable of tissue penetration efficiencies bestowed only upon smaller particles. To this end, phage display was used to raise ADAPTs against the cancer associated proteins human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) and carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 (CEACAM6), but also the inflammation marker C-reactive protein (CRP). Via Sanger sequencing, 9 variants were picked for protein production and characterization, among which two spatially bispecific binders were found. ADAPTs were also evaluated for aggregation tendencies, structural conformity to library design, and thermal stability. One ADAPT, binding HER2, passed all tests of initial characterizations. Deep sequencing was used to analyze selection output, from which many more binders should be screened in future experiments. / Etablerade bioläkemedel liksom antikroppar och deras derivat är relativt stora protein. Som cancerterapeutiska skapar de således branta koncentrationsgradienter utgående från tumörpenetrerande blodkärl. Detta riskerar att lämna vissa cancerceller utanför det terapeutiska fönstret. Det svaga selektionstryck som således verkar i tumörperiferin fostrar cancerceller till att utveckla resistens mot detsamma. Koncentrationsgradienten beror på proteinets vävnadspenetrarande förmåga, vilken är en funktion av proteinets storlek. Mindre proteiner borde därmed lättare ackumuleras i hela tumören och förebygga resistensutveckling. Problemet med små proteiner är deras mycket korta halveringstid i serum, en följd av relativt obehindrad filtrering ut i urinen via njurarna. I det här examensarbetet utvecklades rumsbispecifika bindare av cancerassocierade protein med hjälp av fagdisplayselektioner från ett proteinbibliotek baserat på en enda albuminbindande domän (ABD). Resulterande ABD deriverade affinitetsprotein (ADAPT) undkommer ovan nämnda filtrering tack vare sin naturligt starka interaktion med humant serumalbumin (HSA). I den mer långsamt flödande tumörmikromiljön tillåts ADAPTerna efter albumindissociation sedan utöva en bland bioläkemedel överlägsen vävnadspenetration. Tre parallella selektionsspår utfördes mot de cancerassocierade målproteinerna human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) och carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 (CEACAM6) samt den utsöndrade inflammationsmarkören C-reaktivt protein (CRP). Via Sangersekvensering kunde flera kandidater identifieras. Bland 6 karakteriserade ADAPTer uppvisade samtliga hög HSA-affinitet, tre konstaterades interagera specifikt med sitt målprotein, och två verkade binda även rumsbispecifikt. ADAPTer utvärderades även för sin benägenhet att bilda aggregat, strukturell överensstämmelse med experimentell design, och värmestabilitet. Endast en bindare, mot HER2, klarade sig genom alla prövningar som proteinkarakteriseringen innebar utan underkänt. Även en högparallel sekvensering utav selektionsresultat utfördes, men utanför de tidsramar som tillät ytterligare karakterisering.

Antibodies are naturally occurring in humans, with the function to protect the body from pathogens. Occasionally, antibodies towards the body’s own proteins are produced. These so called autoantibodies are present in healthy individuals but are also highly associated with diseases with autoimmune involvement. Research on autoantibodies in healthy individuals as well as in patients is important to gain knowledge and facilitate prognostics, diagnostics and treatment. However, a method for purification of these antibodies has not previously been described. In the present project, an enrichment procedure of circulating autoantibodies found in human plasma is described. Twenty protein fragments previously known to be highly reactive were attached to magnetic microbeads, enabling autoantibodies from eight human plasma sample pools to be captured. The six antigens with highest shown reactivity were chosen for elution procedure. Using pH alterations and heat treatments, a successful elution and enrichment procedure was developed. With analysis of the eluted autoantibodies, it can be established that the enrichment was successful on multiple sample pools. In the scaled-up procedure, autoantibodies could be enriched in all positive antigen-sample combinations. Concentration measurements indicated amounts of up to 0.23 mg antibodies per ml eluate. This implies sufficient concentrations for further applications of the enriched autoantibodies. / Antikroppar förekommer naturligt i människor, med syftet att skydda kroppen från patogen. I vissa fall skapas av misstag antikroppar som angriper kroppens egna proteiner. Dessa autoantikroppar förekommer hos alla människor, såväl friska som sjuka, men de är också starkt förknippade med autoimmuna sjukdomar. Kunskapen om autoantikroppar hos friska personer och hos patienter är idag begränsad, men fortsatt forskning inom området förväntas i framtiden underlätta prognostik, diagnostik och behandling. Hittills har ingen metod för anrikning av autoantikroppar ur blodplasma beskrivits. I detta projekt beskrivs en anrikningsmetod för autoantikroppar ur blodplasma från människa. Tjugo tidigare kända högreaktiva proteinfragment fästes på magnetiska mikrokulor. Dessa antigen-täckta mikrokulor användes för att fånga in autoantikroppar från åtta plasmaprover. De sex proteinfragment som hade högst reaktivitet i dessa prover valdes ut för elueringsförsök. Eluering genomfördes under basiska följt av sura förhållanden, tillsammans med värmebehandling. Denna elueringsmetod fungerade för anrikning av några autoantikroppar från flera av plasmaproverna. I ett utökat experiment kunde autoantikroppar anrikas ur alla kombinationer av antigen och plasmaprov som förväntades ge signal. Koncentrationen av autoantikroppar i eluaten uppskattades till högst 0.23 mg/ml. Denna koncentration är tillräcklig för flera vanliga metoder där antikroppar används.

The Calvin – Benson cycle is the most widespread metabolic pathway capable of fixing CO2 in nature and a target of very high interest to metabolic engineers worldwide. In this study, 12 metabolites (ATP, AMP, NADP, NADPH, 2PG, 3PGA, FBP, RuBP, PEP, AKG, Ac-CoA and phenylalanine) were tested for protein – metabolite interactions against the proteome of Cupriavidus necator (previously Ralstonia eutropha) in the hopes of finding potential examples of allosteric regulation of the Calvin – Benson cycle. This is accomplished through the use of the LiP-SMap method, a recently developed shotgun proteomics method described by Piazza et al. capable of testing a metabolite of interest for interactions with the entire proteome of an organism at once. A functional protocol was developed and 234 protein – metabolite interactions between ATP and the proteome of C. necator are identified, 103 of which are potentially novel. Due to time constraints and setbacks in the lab, significant results were not produced for the other 11 metabolites tested. C. necator is an industrially relevant chemolithoautotroph that can be engineered to produce many valuable products and is capable of growth on CO2 and hydrogen gas. The bacteria were grown in continuous cultures after which the proteome was extracted while retaining its native state. Subsequently, the proteome was incubated with a metabolite of interest and subjected to limited, non-specific proteolysis. The resulting peptide mix was analyzed by liquid chromatography coupled tandem mass spectrometry (LC – MS/MS). / Calvin-Benson-cykeln är den mest utbredda metaboliska processen i naturen med vilken det är möjligt att fixera CO2 och en måltavla av högsta intresse för bioteknologer världen över. I den här studien testades 12 metaboliter (ATP, AMP, NADP, NADPH, 2PG, 3PGA, FBP, RuBP, PEP, AKG, Ac-CoA and phenylalanine) för interaktioner mot proteomet från Cupriavidus necator (tidigare Ralstonia eutropha) i hopp om att hitta potentiella exempel på allosterisk reglering av Calvin-Benson-cykeln. Detta uppnåddes genom användning av LiP-SMap-metoden, en nyligen utvecklad proteomikmetod beskriven av Piazza et al. kapabel av att testa en metabolit av intresse mot en organisms hela proteom simultant. Ett funktionellt protokoll utvecklades och 234 interaktioner mellan ATP och proteomet av C. necator identifierades, varav 103 potentiellt är nyupptäckta. På grund av tidsbrist och motgångar i labbet producerades inga signifikanta resultat för de resterande 11 metaboliterna som testades. C. necator är en industriellt relevant kemolitoautotrof som kan växa på CO2 och vätgas, samt manipuleras till att producera många värdefulla produkter. Bakterierna odlades i kemostater varefter proteomet extraherades i sitt naturliga tillstånd. Sedan inkuberades proteomet med en metabolit av intresse och utsattes för begränsad, icke-specifik proteolys. Den resulterande peptidblandningen analyserades via tandem masspektrometri kopplad till vätskekromatografi (LC – MS/MS).