Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T11:54:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoMolecularVirus.pdf: 1447556 bytes, checksum: 5088b76ee0620f0fb8e6f412cc505896 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-10T11:38:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoMolecularVirus.pdf: 1447556 bytes, checksum: 5088b76ee0620f0fb8e6f412cc505896 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T11:38:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_DeteccaoMolecularVirus.pdf: 1447556 bytes, checksum: 5088b76ee0620f0fb8e6f412cc505896 (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / A imunodeficiência viral bovina é uma doença crônica e progressiva causada por um lentivírus que acomete bovinos e bubalinos. Embora a infecção seja relatada em bovinos em vários países do mundo, inclusive no Brasil, em bubalinos só existem dois relatos da infecção, um no Paquistão e outro no Camboja. Diante disso o objetivo desse trabalho foi verificar a ocorrência do vírus da imunodeficiência bovina (BIV) em búfalos provenientes do estado do Pará, região Norte do Brasil. Para verificar a ocorrência do BIV no rebanho foi feita a detecção do DNA proviral em 607 amostras de sangue de búfalos obtidas de 10 propriedades do estado do Pará, por meio da reação em cadeia da polimerase - semi-nested (PCR-SN) utilizando-se primers específicos para a região pol do genoma do vírus. Das 607 amostras testadas na PCR-SN para o BIV, 27 (4,4%) foram positivas. As sequências amplificadas foram confirmadas por clonagem e sequenciamento de nucleotídeos. A similaridade da sequência de nucleotídeos das amostras isoladas com a estirpe de referência (R-29) foi de 99%. Epidemiologicamente, este estudo fornece dados iniciais importantes, que revelam a primeira detecção no Brasil da presença do BIV em bubalinos e alertando sobre a possibilidade do vírus funcionar como um fator de risco para a saúde das populações de bubalinos e um potencial agente causador de doença crônica. / Bovine viral immunodeficiency is a chronic and progressive disease caused by a lentivirus that affects cattle and buffalo. Although infection is reported in cattle in several countries, including Brazil, in buffalo there are only two reports of infection, one in Pakistan and one in Cambodia. The aim of this research was to verify the occurrence of bovine immunodeficiency virus (BIV) in buffaloes from the state of Pará, northern Brazil. To verify the occurrence of BIV in herds, the detection of proviral DNA in blood samples from 607 buffaloes obtained from 10 properties in the State of Pará, by semi-nested polymerase chain reaction (snPCR) were made using primers specific for the pol region in the genome of the virus. The 607 samples tested by snPCR for the BIV, 27 (4.4%) were positive. The amplified sequences were confirmed by cloning and nucleotide sequencing. The similarity of nucleotide sequence of the isolates with the reference strain (R-29) was 99%. Epidemiologically, this study provides important initial data, reporting the first detection of BIV in buffaloes in the Brazil and warning of the possibility of the virus function as a risk factor for the health of populations of buffaloes and a potential causative agent of chronic disease.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T15:20:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_RespostasTermorregulatóriasComportamentais.PDF: 1441394 bytes, checksum: 0cea8a57905eb8e6838ce32011c8c738 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-10T13:14:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_RespostasTermorregulatóriasComportamentais.PDF: 1441394 bytes, checksum: 0cea8a57905eb8e6838ce32011c8c738 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:14:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_RespostasTermorregulatóriasComportamentais.PDF: 1441394 bytes, checksum: 0cea8a57905eb8e6838ce32011c8c738 (MD5) Previous issue date: 2015-09-11 / Com o objetivo de avaliar as respostas termorreguladoras e de comportamento de búfalas, na Amazônia Oriental, foram conduzidos três experimentos na Embrapa Amazônia Oriental (01°.26’.03” S e 48°.26’.03” W), no período de julho de 2013 a junho de 2014, com 24 búfalas mestiças Murrah/Mediterrâneo, que ficaram em piquetes com Brachiaria brizantha (CV. Marandu), em sistema rotacionado, com água para beber e sal mineral à vontade. O primeiro experimento, que gerou o Artigo 1 objetivou avaliar os efeitos do clima e da inclusão de quatro níveis (0; 0,25; 0,5 e 1% do PV) de torta de palmiste na termorregulação de búfalas. Foram registrados dados de temperatura do ar (TA), umidade relativa do ar (UR), temperatura de ponto de orvalho, temperatura do bulbo úmido, temperatura de globo negro (TG), temperatura retal (TR), temperatura da superfície corporal (TSC), frequência respiratória (FR). Os animais receberam alimentação diária, em cochos individuais e a dieta foi ajustada, mediante nova pesagem dos animais, a cada 28 dias. Concluiu-se que não há efeito da torta de palmiste sobre o termorregulação de búfalas. O segundo experimento, que gerou o Artigo 2 objetivou estudar a capacidade de troca e conservação de calor diária de búfalas e teve duração de seis dias. Foram realizadas coletas de dados fisiológicos (TR, FR e TSC por termografia infravermelha) e climáticos (TA, UR, TG) às 6h00, 9h00, 12h00, 15h00, 18h00 e 21h00. Apesar de expostos a condições climáticas adversas, os búfalos são capazes de retornar a sua homeostase ao final do dia, indicando que a espécie possui grande capacidade adaptativa. Por fim, o terceiro experimento, que gerou o Artigo 3 visou estudar se a inclusão da torta de palmiste, em diferentes níveis (0; 0,25; 0,5; 1% do PV) é capaz de alterar o comportamento de búfalas criadas a pasto. O experimento foi realizado em dois períodos do ano (mais chuvoso e menos chuvoso). As variáveis climáticas analisadas são as descritas no experimento 1. A análise comportamental (pastejo, ruminação, ócio e outras atividades) foi realizada entre 6h00 e 18h00 por três dias consecutivos, em cada campanha de coleta. Foram utilizadas 24 búfalas, sendo seis para cada tratamento. A dieta testada não influencia no comportamento de búfalas. Apesar de sofrerem alterações fisiológicas e comportamentais em função do efeito das variáveis ambientais, principalmente no período com temperaturas mais elevadas, os bubalinos apresentaram capacidade de retornar a sua homeostase a medida que a temperatura foi ficando mais amena, indicando grande capacidade adaptativa. / Testing the thermoregulatory and behavior responses in buffalo in the eastern Amazon, three experiments were conducted at Embrapa Amazônia Oriental (01 ° .26'.03 "S and 48 ° .26'.03" W) in the period July 2013 to June 2014, with 24 buffaloes crossbred Murrah / Mediterranean. That were in paddocks with Brachiaria brizantha (cv. Marandu) in a rotational system with drinking water and mineral salt at will. Experiment 1 aimed to evaluate the effects of climate and the inclusion of four levels (0, 0.25, 0.5 and 1% of PV) of palm kernel cake in thermoregulation of buffaloes. Air temperature data were recorded (AT), relative humidity (RH), dew point temperature, wet bulb temperature, black globe temperature (BGT), rectal temperature (RT), temperature of the body surface (TBS), respiratory rate (RR). Daily, animals received food into individual troughs and the diet was adjusted by reweighing of animals every 28 days. It was concluded that there is no effect of palm kernel cake on thermoregulation of buffaloes. The second experiment aimed to study the exchange capacity and daily heat preservation buffaloes and lasted six days. Physiological (RT, RR and TBS by infrared thermography) and climate (TA, UR, TG) at 6:00 am, 9:00 am, 12:00, 15:00, 18:00 and 21:00. Although exposed to adverse weather conditions, the buffalo are able to return to homeostasis in the evening, indicating that the species has great adaptive capacity. Finally, the experiment 3 aimed to study the inclusion of palm kernel cake, at different levels (0, 0.25, 0.5, 1% of PV) is able to change the behavior of buffalo raised on pasture. The experiment was conducted in two seasons (wettest and less rain). Climate variables are as described in experiment 1. The behavioral analysis (grazing, ruminating, leisure and other activities) was carried out between 6:00 a.m. and 18:00 for three consecutive days in each collection campaign. 24 buffaloes were used, six for each treatment. The test diet does not influence the buffalo behavior. Despite suffering physiological and behavioral changes due to the effect of environmental variables, especially in the period with higher temperatures, buffaloes showed its ability to return to homeostasis as the temperature became milder, indicating great adaptive capacity.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T15:46:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_InfeccaoBrucellaAbortus.pdf: 5798071 bytes, checksum: 784c93d38504d18d1af018a238f979ca (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-10T14:51:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_InfeccaoBrucellaAbortus.pdf: 5798071 bytes, checksum: 784c93d38504d18d1af018a238f979ca (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T14:51:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_InfeccaoBrucellaAbortus.pdf: 5798071 bytes, checksum: 784c93d38504d18d1af018a238f979ca (MD5) Previous issue date: 2016 / O objetivo deste trabalho foi verificar a presença de Brucella abortus e as lesões causadas por esse agente nos anexos fetais, nos fetos e linfonodos de búfalas brucélicas gestantes. Para isso, 20 búfalas nos diferentes meses de gestação, sorologicamente positivas para brucelose, foram submetidas ao abate sanitário. A idade fetal foi determinada através de exames ultrassonográficos associados à mensuração dos fetos durante a necropsia. Do útero fechado desses animais foram coletadas amostras para histopatologia e reação em cadeia da polimerase em tempo real, além de fragmentos de diversos linfonodos. A partir do segundo mês de gestação foi possível detectar a presença de DNA de B. abortus em líquido amniótico, líquido alantoide e em útero e, a partir do quinto mês, na placenta, coração, baço, rim, pulmão, intestino, fígado e linfonodos dos fetos. Os principais achados anatomopatológicos foram placentite fibrinopurulenta necrótica e endometrite supurativa crônica. A detecção de DNA de B. abortus nos linfonodos das búfalas avaliadas foi verificada a partir do quarto mês de gestação em sete búfalas e em uma búfala pós-parição. Os achados histológicos foram linfadenite aguda a crônica. A presença de DNA de B. abortus foi detectada em todos os grupos de linfonodos avaliados, sendo que os linfonodos mais acometidos foram os mamários. A transmissão intrauterina a partir do segundo mês de gestação representa uma rota importante de infecção na cadeia epidemiológica da brucelose em bubalinos. / The objective of this study was to detect Brucella abortus and injuries caused by the bacteria in fetal membranes and fetuses, and in lymph nodes of buffaloes as well as to describe the lesions caused. Twenty buffaloes serologically positive for brucellosis were used and subjected to stamping for collection of material from the closed uterus of several months gestation. Fragments of lymph nodes were collected. Fetal age was determined by ultrasound examination and the size of fetuses was measured at necropsy. The samples were subjected to histopathology and qPCR. From the second month of pregnancy on it was possible to detect the presence of B. abortus DNA in amniotic fluid, allantoic liquid and uterus, and from the fifth month on in placenta, heart, spleen, kidney, lung, intestine, liver and lymph nodes of the fetuses. The main pathological findings were fibrinous suppurative necrotic placentitis, and chronic endometritis. The detection of B. abortus DNA in the lymph nodes was checked from the fourth month of pregnancy in seven buffaloes and in a post-calving buffalo. Acute to chronic lymphadenitis was histologically diagnosed. B. abortus DNA was detected in all evaluated groups of lymph nodes; the mammary lymph nodes were the most affected.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T15:51:42Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CaracterizacaoHistopatologicaImunohistoquimica.PDF: 2345314 bytes, checksum: c2fd5882b5a286836e6a66b1a85942b1 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-10T16:04:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CaracterizacaoHistopatologicaImunohistoquimica.PDF: 2345314 bytes, checksum: c2fd5882b5a286836e6a66b1a85942b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T16:04:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CaracterizacaoHistopatologicaImunohistoquimica.PDF: 2345314 bytes, checksum: c2fd5882b5a286836e6a66b1a85942b1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / A criação de búfalos é uma importante fonte de renda no Amapá, representando um importante setor na economia local. A tuberculose é uma enfermidade infecto-contagiosa de distribuição mundial, que ocorre em bovinos e bubalinos, causada predominantemente por Mycobacterium bovis. A doença tem caráter crônico debilitante com impacto econômico na produção de carne e leite em diversas regiões do mundo, além de ser uma importante zoonose. Objetivando caracterizar M. bovis em lesões sugestivas de tuberculose detectadas na inspeção de bubalinos no Estado do Amapá, através dos métodos histopatológicos e imunohistoquímicos (IHQ) e análise molecular, realizou-se a coleta de 109 amostras de lesões sugestivas de tuberculose. Para a análise histopatológica, empregou-se técnicas habituais para inclusão em parafina, pela coloração de hematoxilina e eosina, e Fite-Faraco. Para a IHQ utilizou-se o método da peroxidase-antiperoxidase (PAP) com um anti-soro policlonal de coelho contra o M. bovis (Dako B0124). Para a análise molecular, a extração do DNA micobacteriano, foi realizada diretamente do linfonodo e tratado pelo método do fenolclorofórmio, passando por dois protocolos de amplificação (PCR convencional e Nested- PCR). Histologicamente, 94,5% (103/109) apresentaram reação tecidual granulomatosa típica de lesão tuberculoide (LT), enquanto em 5,5% (06/109) sem características de granulomas tuberculoides (p < 0.0001). Os resultados obtidos através da IHQ, dentre os casos positivos pela histopatologia, todos apresentaram algum tipo de lesão classificada em diversos estágios pelo exame histopatológico, sendo observado que a maioria delas 82,2% (74/90; p < 0.0001) estava apenas no estágio IV. Entre os casos negativos, lesões necróticas apresentando-se apenas no último estágio de desenvolvimento (IV) também foram as mais frequentes 52,5% (10/19), e 31,5% (06/19) também foram negativos no histopatológico (p = 0.0030). Das 103 amostras positivas ao exame histopatológico, 73,8% (76/103) apresentaram reação de PCR positiva para o gênero Mycobacterium e 64,1% (66/103) apresentaram amplificação para a região RD4, confirmando a deleção, exclusiva da espécie M. bovis. Os resultados demonstraram que a tuberculose está presente nos rebanhos bubalinos do Amapá e regiões do Marajó no Pará, representando um sério risco de saúde pública. / The creation of buffalo is an important source of income in Amapá, an important sector in the local economy. Tuberculosis is an infectious disease of worldwide distribution, which occurs in cattle and buffaloes caused mainly by Mycobacterium bovis. The disease has debilitating chronic nature with economic impact on the production of meat and milk in different regions of the world, besides being an important zoonosis. Aiming to characterize M. bovis in suggestive of tuberculosis lesions detected in buffalo inspection in the State of Amapá, through histopathological and immunohistochemical methods (IHC) and molecular analysis, there was the collection of 109 samples suggestive of tuberculosis lesions. For histopathological analysis, we used standard techniques for paraffin by hematoxylin and eosin and Fite-Faraco. For IHC was used the method of peroxidase-antiperoxidase (PAP) with a polyclonal rabbit antiserum against M. bovis (Dako B0124). For molecular analysis, mycobacterial DNA extraction was directly performed lymph node and treated by the phenolchloroform method through two amplification protocols (conventional PCR and Nested- PCR). Histologically, 94.5% (103/109) had typical granulomatous tissue reaction tuberculoide injury (LT), while in 5.5% (06/109) without features of tuberculoid granulomas (p <0.0001). The results obtained by IHC among the positive cases by histopathology, all had some kind of injury classified in several stages by histopathology, and observed that most of them 82.2% (74/90; p <0.0001) was only stage IV. Among the negative cases, necrotic lesions presenting only the last stage of development (IV) were also frequently 52.5% (10/19) and 31.5% (06/19) were also negative in the histopathologic ( p = 0.0030). Of the 103 positive samples for histopathology, 73.8% (76/103) were PCR positive reaction to the genus Mycobacterium and 64.1% (66/103) had amplification for the RD4 region, confirming the deletion, exclusive of the species M. bovis. The results showed that tuberculosis is present in buffalo herds of Amapá and regions of Marajó in Pará, representing a serious risk to public health.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-15T11:39:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-16T19:52:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T19:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoPolimorfismoGenes.PDF: 342909 bytes, checksum: 36dbb22fd1eae45470757116ee9a046f (MD5) Previous issue date: 2014-03-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os búfalos são animais domésticos pertencentes ao gênero Bubalus, família Bovidae da ordem Artiodactyla. Fornecem carne, leite e força de trabalho. São bastante adaptados as condições climáticas do estado do Pará, produzindo muito bem nessas condições. No entanto, os produtores ainda carecem de animais testados para características produtivas. Sendo assim utilizamos a técnica de SSCP (Polimorfismo de conformação de fita simples) e marcadores SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único), com a finalidade de caracterizar os 83 animais das raças murrah e mediterrâneo. Para o DGAT1 encontramos as frequências alélicas de 0,741 para o alelo A, 0,253 para o alelo B e de 0,01 para o alelo C. As frequências genotípicas foram de 0,54 para o genótipo AA, 0,39 para o genótipo AB, 0,06 para o genótipo BB e de 0,01 para o genótipo AC. Para o gene GH encontrou-se apenas um genótipo. O gene DGAT1, mostrou considerável variação genética e detectou-se a presença de SNPs. / The Buffaloes are domestic animals belonging to Bubalus genus, Bovidae family and Artiodactyla order. Provide meat, milk and workforce. Are quite adapted to the climatic conditions of the state of Pará, producing well in those conditions. However, producers still need tested animals for production characteristics. There were used the technique of SSCP (single-strand conformation polymorphism) and SNP markers (single nucleotideo polymorphism), in order to characterize the 83 buffaloes from murrah and Mediterranean breeds. For the DGAT1, occured allelic frequency of 0.741 for the allele A, 0.253 for the allele B and 0.01 for the allele C. The genotypic frequencies were 0.54 for the AA genotype, 0.39 for the AB genotype, 0.06 for the BB genotype and 0.01 for the AC genotype. For the GH gene was found only one genotype. The DGAT1 gene showed considerable genetic variation and detects the presence of SNPs.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-15T17:51:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_UtilizacaoDerivadoProgesteronico.PDF: 1856364 bytes, checksum: c1168b2c3b92d8a056c99dc65b477549 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-22T12:50:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_UtilizacaoDerivadoProgesteronico.PDF: 1856364 bytes, checksum: c1168b2c3b92d8a056c99dc65b477549 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-22T12:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_UtilizacaoDerivadoProgesteronico.PDF: 1856364 bytes, checksum: c1168b2c3b92d8a056c99dc65b477549 (MD5) Previous issue date: 2012-05-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A utilização de dispositivos intravaginais com progestágeno como o protocolo de sincronização do ciclo estral para inseminação artificial em tempo fixo (IATF) “Pregna Heat-E,” foi utilizado em 219 fêmeas bovinas e 169 fêmeas bubalinas, pertencentes a 6 fazendas comerciais localizadas nos estados Táchira, Carabobo, e Portuguesa, na República Bolivariana da Venezuela com o objetivo de avaliar a taxa de concepção (TC) em vacas bovinas mestiças leiteiras, de corte e vacas bubalinas mestiças leiteiras, assim como em novilhas bovinas mestiças de leite e corte e novilhas bubalinas mestiças leiteiras, e de analisar algumas variáveis que podem interferir na TC, tais como o escore de condição corporal, (ECC), número de partos, intervalo parto tratamento, grau de dificuldade para a IA na Fazenda 1, e nas outras fazendas(2,3,4,5 e 6), avaliou-se somente a taxa de concepção. O manejo das fazendas era de tipo semi-intensivo, com a alimentação baseada principalmente em espécies forrageiras introduzidas em sistema de piquetes rotacionados a campo e suplementação dependendo das necessidades de cada sistema de produção. Na Fazenda 1, localizada no Sul do Lago de Maracaibo, estado Táchira, foram sincronizadas e submetidas a IATF, 22 novilhas bovinas mestiças leiteiras onde foram obtidas TC de 27,2%, igualmente foram submetidas a IATF 20 vacas bovinas mestiças leiteiras no período pós parto (PPP) com uma TC de 30%, enquanto que da mesma forma, 18 novilhas bubalinas mestiças leiteiras foram inseminadas resultando em nenhuma gestação; em 24 vacas bubalinas no (PPP) sincronizadas na época desfavorável (fevereiro, de 2011), foi obtida uma TC de 20,8%. Para na Fazenda 2, localizada na zona Sul do Estado Tachira foi praticada a IATF na época favorável (novembro de 2010) em 78 búfalas mestiças leiterias no PPP obtendo-se uma TC de 34,6%. No caso da Fazenda 3, localizada em Urama, no Estado Carabobo, foram submetidas a IATF 49 vacas bubalinas mestiças no PPP, obtendo-se uma TC de 42,8%; Na Fazenda 4, localizada em Santa Ana, estado Tachira, foi utilizada a IATF, 85 vacas bovinas mestiças leiteiras obtendo-se uma TC de 40%; Na Fazenda 5, localizada no Estado Portuguesa, foram submetidas a IATF 23 vacas bovinas mestiças de dupla aptidão no PPP, observando-se 47,8% de TC; a Fazenda 6 localizada no estado Portuguesa foram submetidas à IATF 20 novilhas mestiças de corte e 49 vacas bovinas mestiças de corte, resultando em uma TC de 55 e 48,8% respectivamente. Ademais na Fazenda 1, foram avaliadas variáveis como TC e número de partos, quando ficou demonstrado melhores TC em vacas bovinas pluriparas quando comparadas com primíparas (40,5 ≥ 4 partos, 28,5% de 2 a 3 partos e 0% para as primiparas), (P=0.4130); com relação a TC e o intervalo parto tratamento pode ser observado que as maiores TC são em vacas entre 60 e 200 dias pós–parto, sendo que vacas com intervalo entre o parto e tratamento superior a 200 dias, a TC foi muito baixa ( 9,0%), (P= 0.0241); com relação a ECC não houve diferença significativa importante pois todos os animais foram sincronizados com ECC maior ou igual a três e a variação entre os animais foi muito reduzida (P= 0.1632); no tocante a o grau de dificuldade para IA, animais com 0 grau de dificuldade para a IA, apresentaram os maiores índices de concepção (44,4 e 31,2%), respectivamente. A utilização do protocolo para IATF, como o “Pregna Heat-E”, pode ser recomendado tanto em bovinos como em bubalinos com resultados satisfatórios, sendo que as TC no caso de bovinos mestiços com maior sangue Bos taurus, em regiões úmidas quentes como o caso da Fazenda 1, observou-se uma queda na TC, o que se pode atribuir a fatores do meio ambiente interferindo de forma negativa nas TC. Da mesma maneira, é importante salientar que as fêmeas bubalinas devem de ser sincronizadas na época favorável, posto que na época desfavorável ocorreu uma queda nas TC nas fêmeas sincronizadas neste período, (20,8% vs 34,6 e 42,8%) respectivamente. No caso da utilização dos protocolos de sincronização pela IATF em novilhas bubalinas, mostrou-se inadequado, com taxas nulas de concepção, provavelmente, por razões anátomo-fisiológicas neste grupo de animais, neste sentido não devem ser incluídas novilhas bubalinas em programas de IATF, com técnicas convencionais. No tocante para o caso das novilhas bovinas o protocolo “Pregna Heat–E” apresenta se como uma alternativa viável, sendo mais eficientes as taxas de concepção em novilhas mestiças de corte quando comparadas com mestiças leiteiras, por ser mais rústicas e melhor adaptadas as condições tropicais do meio ambiente. Os custos do protocolo “Pregna Heat–E” são relativamente similares com outros protocolos com progestagenos, sendo os resultado aceitáveis, podendo este protocolo ser usado junto com outros protocolos de menor custo. O protocolo “Pregna Heat-E” pode ser usado como uma ferramenta viável na sincronização e IATF tanto em bovinos como em bubalinos, sendo que no caso dos bovinos as TC são maiores do que em bubalinos, (40,1 vs 31,9%), (Fisher = 0,9624; P= 0,0212, P<0,05). Portanto, a utilização do protocolo “Pregna Heat-E”, necessita ser melhor estudado em bubalinos para a obtenção de maiores taxas de concepção. Sendo a taxa de concepção geral tanto em bovinos como em bubalinos de 36,5%. / The use of intravaginal devices with progestin as protocol for synchronization of oestrus cycle for fixed time artificial insemination (FTAI) through “Pregna Heat - E'' protocol were used in 219 cows and 169 female buffaloes, belonging to six commercial farms located in the Tachira, Carabobo, and Portuguesa states, in the Bolivarian Republic of Venezuela with the aim to evaluate conception rates (CR) in beef cows and crossbred dairy cattle, milk buffalo and crossbred dairy cows, and crossbred beef and milk heifer as well as in milk buffalo heifers as well as, with the objective to evaluate several variables that can interfere with CR such as body condition score (BCS), number of births, birth interval treatment, degree of difficulty for AI in the farms in the Farm 1, whereas in other farms were evaluated only the CR. The farms adopted a semi-intensive management, with a diet based primarily on forage species introduced in a artificial pasture used in a rotational grazing system with supplementation on the field depending on the needs of each production system. On a Farm 1, located just south of Lake Maracaibo, Tachira State, were synchronized and subjected to FTAI, 22 crossbred dairy cattle heifers, 20 crossbred dairy cows in the postpartum period (PPP) and 18 crossbred buffalo dairy heifers inseminated when 27.2%, 30% and 0 (zero) CR were obtained; moreover in 24 buffalo cows in the PPP synchronized in the outbreeding season (February 2011), it was obtained a CR of 20.8%. For the Farm 2, located in the southern state Tachira, FTAI was performed in favorable season (November 2010) in 78 crossbred dairy buffalo cows in PPP it was obtaining a CR of 34.6%. In the case of Farm 3, located in Urama county in Carabobo State, 49 crossbred buffalo cows in the PPP, were subjected to FTAI when it was obtaining a CR of 42.8%; in Farm 4, located in Santa Ana county, Tachira state, 85 crossbred dairy cattle cows were used for FTAI with 40% CR obtained, whereas in Farm 5, located in Portuguesa state, 23 crossbred beef cows of dual purpose in PPP were subjected to FTAI and it was found47.8% CR; finally in the Farm 6 located in Portuguesa State 20 crossbred beef heifers and 49 crossbred beef cow, were subjected to FTAI were found a CR of 55 and 48.8%, respectively. Also on Farm 1 were compared variables such as CR and number of births, when it was clear demonstrated that CR in pluriparous beef cows with more than four parturitions the results obtained where quite higher when confronted with cows with 2-3 parturitions and primiparous (40.5 ≥ 4 births, 28.5% 2-3 births and 0% for primiparous), (P = 0.4130); when compared with CR and parturition interval and the use of FTAI protocol “Pregna Heat - E'', the CR is higher in cows between 60 and 200 days postpartum, than cows with the interval of more than 200 days, which showed a very low CR (9.0%) (P = 0.0241); regarding to ECC no significant statistical difference important were observed among females with BSC=3 submitted to FTAI when confronted to animals with higher BCS. In the case of Farm 3, located in Urama county in Carabobo State, 49 crossbred buffalo cows in the PPP, were subjected to FTAI obtaining a CR of 42.8%, whereas in Farm 4, located in Santa Ana county, Táchira state, 85 crossbred dairy cattle cows was used for FTAI, 40% CR obtained, and in Farm 5, located in Portuguesa state, where 23 crossbred beef cows of dual purpose in PPP subjected to FTAI, it was found 47.8% CR; finally in the Farm 6 located in Portuguesa State 20 crossbred beef heifers and 49 crossbred beef cow, were subjected to FTAI when was found a CR of 55 and 48.8%, respectively. Still in the Farm 1 were compared variables such as CR and number of births, when it was clear demonstrated that CR in pluriparous beef cows with more than four parturitions where quite higher when confronted with cows with 2-3 parturitions and primiparous (40.5 ≥ 4 births, 28.5% 2-3 births and 0% for primiparous), (P = 0.4130); when compared with CR and parturition interval and the use of FTAI protocol “Heat-pregna - E'' the CR is higher in cows between 60 and 200 days postpartum, than cows with the interval of more than 200 days, which showed a very low CR (9.0%) (P = 0.0241); regarding to ECC no significant statistical difference important were observed among females with BSC=3 submitted to FTAI when confronted to animals with higher BCS showing a very poor (P=0.1632). With reference to the degree of difficulty for AI, animals with 0 degree of difficulty for AI, presenting the highest conception rates compared to the animals of 1 degree (44.4 and 31.2%), respectively. The use of the protocol “Pregna Heat - E” for FTAI, can be recommended for both in cattle and buffaloes with satisfactory results, however the CR in the case of crossbred Bos taurus or crossed animals with more blood of this sub-species probably due the fact that are raised in hot and humid regions as in the case of Farm 1, it has been observed a decrease in CR, which can be attributed to environmental factors interfering negatively on this variable. Likewise it is important to note that female buffaloes must be synchronized at the favorable season, not in outbreeding season, since throughout this time there was a decrease in CR in buffaloes submitted to FTAI, 20.8 vs 34.6% and 42.8%, respectively. In the case of the use of synchronization protocols such as “Pregna Heat – E” for FTAI use in buffalo heifers in the present study showed to be inadequate, with zero of CR, probably due anatomical and physiological concerned to the reproductive tract (very small cervix), thus buffalo heifers should not be included in FTAI programs with conventional techniques. The protocol ''Pregna Heat - E” can be used as a viable tool for oestrus cycle synchronization and FTAI in both cattle and buffaloes, and in the present study with the bovine CR being higher than in buffaloes (40.1 vs 31, 9%) (Fisher = 0.9624, P = 0.0212, P <0.05). That being so the use of “Pregna Heat - E” protocol as was used in the present study needs to be further studied in buffalo to obtain higher conception rates.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T18:53:57Z : No. of bitstreams: 1 venancio_lpr_me_sjrp.pdf: 1068047 bytes, checksum: d85b41abf589322ab5174b5d9c2b731e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Nsf - Nacional Science Foundation / O Brasil é o país com o maior rebanho de búfalo de rio, Bubalus bubalis, no continente americano e também o maior produtor deste animal fora do continente asiático. A produção de leite e derivados vem aumentando devido à potencialidade dessa espécie em produzir leite com baixos custos e elevado rendimento industrial. Apesar das características economicamente importantes inerentes ao búfalo, as pesquisas científicas são limitadas em muitos países onde o búfalo é economicamente importante e como conseqüência a pesquisa genômica encontrase defasada quando comparado com outras espécies de interesse econômico. Marcadores moleculares são essenciais para avaliar informações qualitativas e quantitativas da diversidade molecular com o objetivo de aperfeiçoar a utilização e conservação da variabilidade genética e o relacionamento entre vários rebanhos. Microssatélites diferem dos outros tipos de seqüências de DNA por seu extenso polimorfismo dentro e entre populações, sendo considerados excelentes tipos de marcadores moleculares. O presente estudo teve como objetivos construir bibliotecas genômicas parciais enriquecidas com microssatélites, isolar e caracterizar os microssatélites obtidos, além de determinar as condições de amplificação por PCR para alguns dos locos isolados da biblioteca. Foram desenvolvidas 6 bibliotecas genômicas parciais – (CA)15 , (CT)15 , (AGG)8 , (GATA)8 , (GAAA)8, (AAAAC)8. O processo de clonagem gerou um total de 1.824 clones recombinantes, sendo que 954 foram seqüenciados para identificação de microssatélites. Cento e treze microssatélites foram encontrados. Desses, foram identificados 96 com unidade de repetição dinucleotídica (84,95%), 10 repetições trinucleotídicas (8,85%), 6 repetições tetranucleotídicas (5,3%) e 1 repetição pentanucleotídica (0,89%). As seqüências de microssatélites... / Brazil is the largest river buffalo (Bubalus bubalis) breeding center outside the Asian continent, the origin of the domestic buffalo. All buffalo breeds have a strong milk/meat attributes. Their extensive use in agriculture world wide, and especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Among the different types of DNA markers, microsatellites are useful for studying genetic variability within and between populations due its high heterozygosity. The goal of this study was to construct partial genomic libraries enriched with repeated sequences to isolate and characterize microsatellites for river buffalo. The cloning process generated a total of 1824 recombinant clones, from which 954 were sequenced for the microsatellites search. One hundred and thirteen new microsatellites were isolated, containing the following type of repeats: dinucleotide repeats (96 sequences - 84.95%), trinucleotide repeats (10 sequences - 8.85%), tetranucleotide repeats (6 sequences – 5.3%) and pentanucleotide repeats (1 sequence - 0.89%). The new microsatellites were structurally categorized into 3 categories: pure repeats (90 sequences - 79.64%), pure interrupted (21 sequences - 18.59%) and compound interrupted repeats (2 sequence – 1.77%). PCR primer pairs were designed for ten microsatellites, from which four had the PCR conditions optimized. The microsatellites isolated in this study will be used to evaluate the genetic variability of Brazilian populations of river buffalo and to the gene mapping program established for this specie.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:49Z : No. of bitstreams: 1 galeazzi_pm_me_jabo.pdf: 271602 bytes, checksum: a23deef5dbc3886b20b583de5242ab23 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Na expectativa de contribuir com os programas de melhoramento genético de bubalinos, o objetivo desse estudo foi verificar a influência dos efeitos ambientais e genéticos sobre a habilidade de permanência no rebanho de búfalas leiteiras da raça Murrah. Utilizaram-se informações de 1016 búfalas, participantes do programa de controle leiteiro mantido pelo Departamento de Zootecnia da UNESP/Jaboticabal(SP) desde 1987. A característica habilidade de permanência (HP) foi definida como a habilidade de permanecer no rebanho um (HP1), dois (HP2), três (HP3), quatro (HP4), cinco (HP5) e seis anos (HP6) após o primeiro parto. As mesmas características foram também consideradas como variável contínua, e denominadas Habilidade de Permanência em Dias até um (HPD1), dois (HPD2), três (HPD3), quatro (HPD4), cinco (HPD5) e seis anos (HPD6) após o primeiro parto. Os efeitos ambientais foram estudados por meio de análise de sobrevivência, ajustando-se os efeitos fixos de fazenda, ano e época de nascimento, classe de produção de leite na primeira lactação e idade ao primeiro parto. Fazenda, ano de nascimento e produção de leite na primeira lactação são efeitos que influenciam de forma significativa (p<0,0001) a permanência da fêmea no rebanho de 1 a 6 anos após o primeiro parto. Búfalas com maior idade ao primeiro parto têm maiores probabilidades de serem descartadas até um ano, sem efeito no descarte em idades mais avançadas. Búfalas com maior produção de leite têm menor probabilidade de descarte, permanecendo mais tempo no rebanho. Os efeitos genético-aditivo para as HP foram estimados por máxima verossimilhança restrita aproximada com modelo de limiar, enquanto que para as HPD foram estimados por máxima verossimilhança restrita... / In order of contributing to the buffalo genetic improvement programs , the objective of this study was to assess the influence of environmental and genetic effects on the stayability of the Murrah dairy buffaloes. Records from 1016 buffaloes, participants in the control dairy program maintained by the Departamento de Génetica e Melhoramento Animal of UNESP / Jaboticabal (SP) since 1987, were used. Stayability (HP) was defined as the ability to remain in the herd for one (HP1), two (HP2), three (HP3), four (HP4), five (HP5), and six years (HP6) after the first calving. The same traits were also considered continuous, and called as age of culling up to one (HPD1), two (HPD2), three (HPD3), four (HPD4), five (HPD5) and six years (HPD6) after the first calving. The environmental effects were studied by survival analysis. The model included the fixed effects of farm, year and season of birth, milk production class in the first lactation and age at first calving. The effects of farm, year of birth and milk production in the first lactation were significant (p <0.0001) for stayability from 1 to 6 years after the first calving.. Buffaloes cows with higher age at first calving are more likely to be culling a year after the first calve, without effect on the disposal at more advanced ages. Buffaloes with higher milk production are less likely to culling, staying longer in the herd. Additive genetic effects for HP were estimated by quasi-restricted maximum likelihood, fitting a threshold model, and the additive genetic effects for HPD were estimated by restricted maximum likelihood. The models included the additive genetic effects as random, ...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T20:23:17Z : No. of bitstreams: 1 miziara_mn_dr_sjrp.pdf: 8388230 bytes, checksum: 735d0547b6a7d4ff2141893c4f8644a7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nsf - Nacional Science Foundation / O cromossomo 1 do genoma bubalino (BBU1), o maior cromossomo do cariótipo do búfalo de rio, é um cromossomo submetacêntrico que possui homologia com os cromossomos 1 e 27 do genoma bovino. Neste trabalho, apresentamos o primeiro mapa RH para este cromossomo, construído por meio da utilização de um painel de células somáticas híbridas irradiadas búfalo-roedor, denominado BBURH5000. O mapa consistiu em 69 marcadores derivados dos cromossomos bovinos BTA1 e BTA27, incluindo 48 genes codificantes, 17 microssatélites e quatro ESTs distribuídos em dois grupos de ligação. A freqüência de retenção observada entre os marcadores variou de 17.8% a 52.2%. A ordem dos marcadores dentro dos grupos de ligação foi, em sua maioria, idêntica a ordem encontrada nos mapas RH e de seqüência do genoma bovino. A análise comparativa do mapa RH obtido para BBU1 com o genoma humano revelou oito blocos homólogos de sintenia entre BBU1 e segmentos correspondentes dos cromossomos humanos 3, 4, 8 e 21, sendo a maioria deles rearranjados quanto à ordem dos genes e orientação dos blocos. Os blocos de sintenia também foram comparados com os genomas de outras espécies de mamíferos, como boi, chimpanzé, cachorro e cavalo. Considerando a inexistência de mapas de ligação para o búfalo de rio, o mapa RH obtido neste estudo fornece dados essenciais para os estudos comparativos deste cromossomo com qualquer outra espécie de mamífero. / The largest chromosome in the river buffalo karyotype, BBU1, is a submetacentric chromosome with reported homology between BBU1q and bovine chromosome 1 and between BBU1p and BTA27. We present the first radiation hybrid map of this chromosome containing 69 cattle derived markers including 48 coding genes, 17 microsatellites and four ESTs distributed in two linkage groups. The RH map was constructed based on the analysis of a recently developed river buffalo-hamster whole genome radiation hybrid panel (BBURH5000). The retention frequency of individual markers across the panel ranged from 17.8% to 52.2%. With few exceptions, the order of markers within linkage groups is identical to the order established for corresponding cattle sequence and RH maps. Comparative analysis between BBU1-RH5000 and the human genome revealed eight homologous synteny blocks corresponding to HSA3q, HSA4q, HSA8p and HSA21q. Most of the blocks showed rearrangements in the gene order and in the orientation of the synteny blocks. The synteny blocks were also compared with other mammalian genomes, such as bovine, chimpanzee, dog and horse. Considering that a genetic linkage map does not exist for river buffalo, the radiation hybrid map generated in this study provides valuable data for comparative mapping of BBU1 chromosome.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:19:15Z : No. of bitstreams: 1 santana_am_me_jabo.pdf: 1036969 bytes, checksum: 219ad2d9cc666bb8a7c481a54c0a4cf9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo, constituindo-se em um animal de tripla aptidão. Recentemente, a construção de um painel de células somáticas híbridas irradiadas (linhagens celulares) contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo, pela primeira vez, o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos. A utilização desse painel de células associado a análises estatísticas, está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para gerar grupos de ligação com os marcadores mapeados no cromossomo 9 bubalino e assim comparar a organização dos grupos de ligação obtidos com aqueles já descritos para o cromossomo 7 bovino. Para tal, foram testados com DNA bubalino, seqüências de “primers” para PCR de 26 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 7 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao cromossomo 9 de búfalo. Do total de marcadores testados, 18 geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000, sendo que destes 18, foi possível a genotipagem final de 10 marcadores. A partir das análises de ligação com os 10 marcadores genotipados, foi possível distribuir os mesmos em três grupos de ligação no BBU9. A análise comparativa entre os grupos de ligação do BBU9 e do BTA7 revelou a presença dos mesmos grupos de ligação nos cromossomos de ambas espécies, evidenciando conservação de sintenia. / The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk and meat, as well as source of labor, comprising an animal of triple aptness. The recent construction of a whole-genome 5000-rad radiation hybrid somatic cell panel for the river buffalo genome (BBURH5000), is allowing for the first time the mapping of all chromosomes from the specie. The use of BBURH5000 panel associated with statistical analyses is generating high-resolution RH maps integrating different types of molecular markers. The goal of this study was to genarate linkage groups with the markers mapped on the river buffalo chromosome 9 (BBU9), using the BBURH5000 panel, and then compare these groups with those already described in BTA7. Previous studies have identified bovine chromosome 7 as homologous to BBU9. Cattle derived PCR primers from 26 markers, previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 18 of the 26 markers amplified PCR products suitable for RH mapping. From these 18 markers, it was possible the genotyping of 10. The analyses of linkage with the 10 markers genotyped turned possible to distribute them in three linkage groups on the BBU9. The comparative analyses between the linkage groups of BBU9 and BTA7 revealed the presence of the same linkage groups on the chromosome of both species, revealing conservation of synteny between them.