Acinetobacter baumannii, microorganisme responsable d’infections nosocomiales survenant le plus souvent par épidémies, pose un problème émergent de multi-résistance aux antibiotiques, notamment aux carbapénèmes. Cette résistance aux carbapénèmes est le plus souvent liée à l’acquisition et à l’expression de gènes codant pour des b-lactamases de classe D à activité de carbapénèmase (CHDLs). Le réservoir de ces gènes de résistance est inconnu.Nous avons montré que l’espèce bactérienne Acinetobacter radioresistens, espèce proche de A. baumannii, est le progéniteur du déterminant de résistance aux carbapénèmes le plus prévalent dans le monde chez A. baumannii : le gène blaOXA-23. Nous avons identifié l’espèce Acinetobacter lwoffii comme progéniteur d’un gène codant pour une nouvelle CHDL : OXA-134. Nous avons identifié les CHDLs naturelles des espèces Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter calcoaceticus et Acinetobacter haemolyticus, dénommées respectivement OXA-211, OXA-213 et OXA-214. Nous avons ensuite étudié l’expression des gènes codant pour ces CHDLs naturelles en prenant l’exemple du gène naturel blaOXA-51/-66 de A. baumannii et nous avons démontré que ce gène était impliqué dans la réduction de sensibilité aux carbapénèmes chez A. baumannii, notamment lorsque la séquence d’insertion (IS) ISAba1 était présente en amont de ce gène. Nous avons ensuite identifié une nouvelle IS, ISAba9, à l’origine de la surexpression du gène blaOXA-51 naturel de A. baumannii. Enfin, nous avons identifié VIM-4, b-lactamase de classe B capable d’hydrolyser les carbapénèmes, dans une souche de Acinetobacter non-baumannii, Acinetobacter genomic species 16. / Carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii is increasingly reported and leads to difficult-to-treat nosocomial infections. Carbapenem-hydrolyzing class D b-lactamases (CHDLs) represent the main mechanism of resistance to carbapenems in Acinetobacter spp. The origin (reservoir) of those CHDL genes remains unknown. We identified Acinetobacter radioresistens as the reservoir of the blaOXA-23-like genes currently emerging as the sources of carbapenem resistance in A. baumannii worldwide. Acinetobacter lwoffii was found to be a reservoir of a novel type of CHDL-encoding gene: blaOXA-134. We described the naturally-occurring CHDLs from Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter calcoaceticus and Acinetobacter haemolyticus, respectively named OXA-211, OXA-213 et OXA-214. We reported an in vivo selection of reduced susceptibility to carbapenems in A. baumannii. This reduced susceptibility to carbapenems was related to selection of the ISAba1-related overexpression of the naturrally-occurring blaOXA-51/-69 gene from A. baumannii. We identified the novel insertion sequence ISAba9 as being involved in blaOXA-51/-69 gene overexpression, thus contributing to carbapenem resistance in A. baumannii.We reported the first identification of the metallo-b-lactamase VIM-4 determinant in Acinetobacter spp.

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Introdução: O Acinetobacter spp. é um cocobacilo gram-negativo de grande importância nas infecções hospitalares, especialmente em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI); podendo levar a um aumento na morbidade e mortalidade desses pacientes. Há evidências sustentando associação entre infecção por Acinetobacter baumannii e aumento das taxas de mortalidade bruta e atribuível. Contudo, o papel desse agente como causa direta de mortalidade ainda não está suficientemente caracterizado. Dentre os fatores relacionados com o aumento da mortalidade estão: gravidade do paciente, infecção relacionada à A. baumannii multirresistente, tratamento com antimicrobiano inadequado, tempo de hospitalização com alta permanência, choque séptico e imunossupressão. Objetivos: Estimar a mortalidade bruta e atribuível às infecções hospitalares causadas pelo Acinetobacter baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos (CRAB) por meio de revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais. Métodos: Foi desenvolvida uma revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais publicados nas bases de dados: MEDLINE/Pubmed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters e LILACS/BVS, para estimar a mortalidade bruta e atribuível à infecção hospitalar causada pela bactéria A. baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos em pacientes adultos e pediátricos internados em unidades de tratamento intensivo e nãointensivo. Os estudos incluídos caracterizaram fatores preditores de mortalidade associada à infecção por CRAB, comparando com pacientes infectados por A. baumannii sensível a carbapenêmicos (CSAB). Primeiramente, foi estimado um modelo de efeitos aleatórios para a medida agregada de mortalidade atribuível não ajustado a fim de avaliar a contribuição direta das infecções na morte. Na sequência, foram avaliados descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais, para a análise dos fatores de risco relacionados a mortalidade atribuível em pacientes infectados por CRAB, por meio de instrumento elaborado conforme recomendações internacionais - ORION, TREND, STROBE e CONSORT. Resultados: Com base nos 29 estudos incluídos na metanálise, observou-se um risco atribuível aumentado na mortalidade bruta em pacientes com infecção por CRAB comparativamente aos pacientes com infecção por CSAB (RA = 0,19 (IC95% = 0,14-0,24) com elevada heterogeneidade (I2 = 66,4%, p-valor < 0,001). Como fontes de heterogeneidade investigou-se o tempo de internação, sítio de infecção, gravidade da doença e uso de terapia inapropriada. Entre os estudos que avaliaram exclusivamente pacientes com bacteremia, o risco de mortalidade atribuível foi maior (RA = 0,27; IC95% = 0,19-0,34). Utilizando-se metarregressão foi observada relação linear positiva entre o risco atribuível de mortalidade e a diferença da média padronizada do escore de APACHE II. Para a investigação da presença de risco de viés e confundimento avaliou-se descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais que identificam os fatores de risco associados com a mortalidade atribuível em pacientes com infecções por CRAB. Observou-se nesta revisão que os estudos estão sujeitos a confundimento, incluindo a forma inadequada do ajuste para fatores de confusão de variáveis importantes (ex.: seleção de grupo controle, exposição prévia aos antimicrobianos, mensuração do tempo em risco e a gravidade), além da grande heterogeneidade entre os estudos, devido aos desenhos, unidades de análise e abordagens na medida de exposição e desfecho, tornando difícil a comparação e a sumarização das informações. Conclusões: Os dados dessa revisão sistemática fornecem evidências que a mortalidade atribuível relacionada à presença de infecção por CRAB é maior que em pacientes com infecção por CSAB. Contudo, a investigação da mortalidade atribuível apresenta muitas limitações e ainda não é conclusiva em razão da adequação do desenho do estudo aos seus objetivos; definições de medidas de exposição e desfecho; métricas utilizadas na aferição dos resultados; seleção de grupo controle e fatores de confusão. A consciência de todos esses elementos para a interpretação epidemiológica é vital na análise da mortalidade bruta e atribuível. / Introduction: Acinetobacter spp. is a gram-negative coccobacillus of great importance in hospital infections, especially in patients in intensive care units (ICUs); may lead to an increase in morbidity and mortality of these patients. There is evidence supporting association between infection by Acinetobacter baumannii and the increase in crude and attributable mortality rates. However, the role of this agent as a direct cause of death is not sufficiently characterized yet. Among the factors related to the increase of mortality are: severity of the patient, infection related to A. baumannii multidrug-resistant, inappropriate antimicrobial treatment, hospital stay with high permanence, septic shock and immunosuppression. Objectives: To estimate the crude and attributable mortality to hospital-acquired infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii through systematic review and meta-analysis of observational studies. Methods: A systematic review and metaanalysis of observational studies published in the databases has been developed: MEDLINE/PubMed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters and LILACS/BVS to estimate the crude and attributable mortality to hospital infection caused by the bacterium carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) in adult and pediatric patients in intensive and non-intensive care units. The studies included characterized predictors of mortality associated to infection with CRAB, compared to patients infected with carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB). First, a random effects model was estimated for the aggregate measure of non-adjusted attributable mortality in order to assess the direct contribution of infections in death. Following were descriptively assessed the main methodological aspects necessary to observational studies for the evaluation of risk factors related to attributable mortality in patients infected with carbapenem-resistant A. baumannii through instrument designed according to international recommendations - ORION, TREND, STROBE and CONSORT. Results: Through the 29 studies included in the meta-analysis, there was an increased attributable risk in the crude mortality in patients with infections by CRAB compared to patients with infections by CSAB (RA = 0.19 (95% CI = 0.14 to 0.24) with high heterogeneity (I2 = 66.4%, p <0.001). As sources of heterogeneity, it was investigated the length of stay, the site of infection, disease severity and use of inappropriate therapy. Among the studies that evaluated only patients with bacteremia, the risk of attributable mortality was higher (RA = 0.27; 95% CI = 0.19 to 0.34). Using meta-regression was observed a positive linear relationship between the attributable mortality risk and the standardized mean difference of APACHE II score. For investigating the presence of bias and confounding risk was evaluated descriptively the main methodological aspects necessary to observational studies evaluating the risk factors associated with attributable mortality in patients with infections caused by carbapenem-resistant A. baumannii. It was observed in this review that these studies are subject to pitfalls, including the inappropriate mode for adjustment for confounding factors of important variables (eg.: control group selection, previous exposure to antimicrobials, measurement of time in risk and gravity); besides the great heterogeneity between studies due the drawings, units of analysis and approaches to the extent of exposure and outcome, making it difficult comparison and summarization of information. Conclusions: The data of this systematic review provide evidence that attributable mortality related to the presence of infection by CRAB is higher than in patients with infection by CSAB. However, the investigation of attributable mortality has many limitations and is not conclusive yet because of the design adequacy of the study to their goals, definitions of exposure and outcome measures, metrics used in measuring results, control group selection and confounding factors. The awareness of all these elements is vital in analyzing the crude and attributable mortality.

Introdução: O Acinetobacter spp. é um cocobacilo gram-negativo de grande importância nas infecções hospitalares, especialmente em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI); podendo levar a um aumento na morbidade e mortalidade desses pacientes. Há evidências sustentando associação entre infecção por Acinetobacter baumannii e aumento das taxas de mortalidade bruta e atribuível. Contudo, o papel desse agente como causa direta de mortalidade ainda não está suficientemente caracterizado. Dentre os fatores relacionados com o aumento da mortalidade estão: gravidade do paciente, infecção relacionada à A. baumannii multirresistente, tratamento com antimicrobiano inadequado, tempo de hospitalização com alta permanência, choque séptico e imunossupressão. Objetivos: Estimar a mortalidade bruta e atribuível às infecções hospitalares causadas pelo Acinetobacter baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos (CRAB) por meio de revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais. Métodos: Foi desenvolvida uma revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais publicados nas bases de dados: MEDLINE/Pubmed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters e LILACS/BVS, para estimar a mortalidade bruta e atribuível à infecção hospitalar causada pela bactéria A. baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos em pacientes adultos e pediátricos internados em unidades de tratamento intensivo e nãointensivo. Os estudos incluídos caracterizaram fatores preditores de mortalidade associada à infecção por CRAB, comparando com pacientes infectados por A. baumannii sensível a carbapenêmicos (CSAB). Primeiramente, foi estimado um modelo de efeitos aleatórios para a medida agregada de mortalidade atribuível não ajustado a fim de avaliar a contribuição direta das infecções na morte. Na sequência, foram avaliados descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais, para a análise dos fatores de risco relacionados a mortalidade atribuível em pacientes infectados por CRAB, por meio de instrumento elaborado conforme recomendações internacionais - ORION, TREND, STROBE e CONSORT. Resultados: Com base nos 29 estudos incluídos na metanálise, observou-se um risco atribuível aumentado na mortalidade bruta em pacientes com infecção por CRAB comparativamente aos pacientes com infecção por CSAB (RA = 0,19 (IC95% = 0,14-0,24) com elevada heterogeneidade (I2 = 66,4%, p-valor < 0,001). Como fontes de heterogeneidade investigou-se o tempo de internação, sítio de infecção, gravidade da doença e uso de terapia inapropriada. Entre os estudos que avaliaram exclusivamente pacientes com bacteremia, o risco de mortalidade atribuível foi maior (RA = 0,27; IC95% = 0,19-0,34). Utilizando-se metarregressão foi observada relação linear positiva entre o risco atribuível de mortalidade e a diferença da média padronizada do escore de APACHE II. Para a investigação da presença de risco de viés e confundimento avaliou-se descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais que identificam os fatores de risco associados com a mortalidade atribuível em pacientes com infecções por CRAB. Observou-se nesta revisão que os estudos estão sujeitos a confundimento, incluindo a forma inadequada do ajuste para fatores de confusão de variáveis importantes (ex.: seleção de grupo controle, exposição prévia aos antimicrobianos, mensuração do tempo em risco e a gravidade), além da grande heterogeneidade entre os estudos, devido aos desenhos, unidades de análise e abordagens na medida de exposição e desfecho, tornando difícil a comparação e a sumarização das informações. Conclusões: Os dados dessa revisão sistemática fornecem evidências que a mortalidade atribuível relacionada à presença de infecção por CRAB é maior que em pacientes com infecção por CSAB. Contudo, a investigação da mortalidade atribuível apresenta muitas limitações e ainda não é conclusiva em razão da adequação do desenho do estudo aos seus objetivos; definições de medidas de exposição e desfecho; métricas utilizadas na aferição dos resultados; seleção de grupo controle e fatores de confusão. A consciência de todos esses elementos para a interpretação epidemiológica é vital na análise da mortalidade bruta e atribuível. / Introduction: Acinetobacter spp. is a gram-negative coccobacillus of great importance in hospital infections, especially in patients in intensive care units (ICUs); may lead to an increase in morbidity and mortality of these patients. There is evidence supporting association between infection by Acinetobacter baumannii and the increase in crude and attributable mortality rates. However, the role of this agent as a direct cause of death is not sufficiently characterized yet. Among the factors related to the increase of mortality are: severity of the patient, infection related to A. baumannii multidrug-resistant, inappropriate antimicrobial treatment, hospital stay with high permanence, septic shock and immunosuppression. Objectives: To estimate the crude and attributable mortality to hospital-acquired infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii through systematic review and meta-analysis of observational studies. Methods: A systematic review and metaanalysis of observational studies published in the databases has been developed: MEDLINE/PubMed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters and LILACS/BVS to estimate the crude and attributable mortality to hospital infection caused by the bacterium carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) in adult and pediatric patients in intensive and non-intensive care units. The studies included characterized predictors of mortality associated to infection with CRAB, compared to patients infected with carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB). First, a random effects model was estimated for the aggregate measure of non-adjusted attributable mortality in order to assess the direct contribution of infections in death. Following were descriptively assessed the main methodological aspects necessary to observational studies for the evaluation of risk factors related to attributable mortality in patients infected with carbapenem-resistant A. baumannii through instrument designed according to international recommendations - ORION, TREND, STROBE and CONSORT. Results: Through the 29 studies included in the meta-analysis, there was an increased attributable risk in the crude mortality in patients with infections by CRAB compared to patients with infections by CSAB (RA = 0.19 (95% CI = 0.14 to 0.24) with high heterogeneity (I2 = 66.4%, p <0.001). As sources of heterogeneity, it was investigated the length of stay, the site of infection, disease severity and use of inappropriate therapy. Among the studies that evaluated only patients with bacteremia, the risk of attributable mortality was higher (RA = 0.27; 95% CI = 0.19 to 0.34). Using meta-regression was observed a positive linear relationship between the attributable mortality risk and the standardized mean difference of APACHE II score. For investigating the presence of bias and confounding risk was evaluated descriptively the main methodological aspects necessary to observational studies evaluating the risk factors associated with attributable mortality in patients with infections caused by carbapenem-resistant A. baumannii. It was observed in this review that these studies are subject to pitfalls, including the inappropriate mode for adjustment for confounding factors of important variables (eg.: control group selection, previous exposure to antimicrobials, measurement of time in risk and gravity); besides the great heterogeneity between studies due the drawings, units of analysis and approaches to the extent of exposure and outcome, making it difficult comparison and summarization of information. Conclusions: The data of this systematic review provide evidence that attributable mortality related to the presence of infection by CRAB is higher than in patients with infection by CSAB. However, the investigation of attributable mortality has many limitations and is not conclusive yet because of the design adequacy of the study to their goals, definitions of exposure and outcome measures, metrics used in measuring results, control group selection and confounding factors. The awareness of all these elements is vital in analyzing the crude and attributable mortality.

Introdução: O Acinetobacter spp. é um cocobacilo gram-negativo de grande importância nas infecções hospitalares, especialmente em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI); podendo levar a um aumento na morbidade e mortalidade desses pacientes. Há evidências sustentando associação entre infecção por Acinetobacter baumannii e aumento das taxas de mortalidade bruta e atribuível. Contudo, o papel desse agente como causa direta de mortalidade ainda não está suficientemente caracterizado. Dentre os fatores relacionados com o aumento da mortalidade estão: gravidade do paciente, infecção relacionada à A. baumannii multirresistente, tratamento com antimicrobiano inadequado, tempo de hospitalização com alta permanência, choque séptico e imunossupressão. Objetivos: Estimar a mortalidade bruta e atribuível às infecções hospitalares causadas pelo Acinetobacter baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos (CRAB) por meio de revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais. Métodos: Foi desenvolvida uma revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais publicados nas bases de dados: MEDLINE/Pubmed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters e LILACS/BVS, para estimar a mortalidade bruta e atribuível à infecção hospitalar causada pela bactéria A. baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos em pacientes adultos e pediátricos internados em unidades de tratamento intensivo e nãointensivo. Os estudos incluídos caracterizaram fatores preditores de mortalidade associada à infecção por CRAB, comparando com pacientes infectados por A. baumannii sensível a carbapenêmicos (CSAB). Primeiramente, foi estimado um modelo de efeitos aleatórios para a medida agregada de mortalidade atribuível não ajustado a fim de avaliar a contribuição direta das infecções na morte. Na sequência, foram avaliados descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais, para a análise dos fatores de risco relacionados a mortalidade atribuível em pacientes infectados por CRAB, por meio de instrumento elaborado conforme recomendações internacionais - ORION, TREND, STROBE e CONSORT. Resultados: Com base nos 29 estudos incluídos na metanálise, observou-se um risco atribuível aumentado na mortalidade bruta em pacientes com infecção por CRAB comparativamente aos pacientes com infecção por CSAB (RA = 0,19 (IC95% = 0,14-0,24) com elevada heterogeneidade (I2 = 66,4%, p-valor < 0,001). Como fontes de heterogeneidade investigou-se o tempo de internação, sítio de infecção, gravidade da doença e uso de terapia inapropriada. Entre os estudos que avaliaram exclusivamente pacientes com bacteremia, o risco de mortalidade atribuível foi maior (RA = 0,27; IC95% = 0,19-0,34). Utilizando-se metarregressão foi observada relação linear positiva entre o risco atribuível de mortalidade e a diferença da média padronizada do escore de APACHE II. Para a investigação da presença de risco de viés e confundimento avaliou-se descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais que identificam os fatores de risco associados com a mortalidade atribuível em pacientes com infecções por CRAB. Observou-se nesta revisão que os estudos estão sujeitos a confundimento, incluindo a forma inadequada do ajuste para fatores de confusão de variáveis importantes (ex.: seleção de grupo controle, exposição prévia aos antimicrobianos, mensuração do tempo em risco e a gravidade), além da grande heterogeneidade entre os estudos, devido aos desenhos, unidades de análise e abordagens na medida de exposição e desfecho, tornando difícil a comparação e a sumarização das informações. Conclusões: Os dados dessa revisão sistemática fornecem evidências que a mortalidade atribuível relacionada à presença de infecção por CRAB é maior que em pacientes com infecção por CSAB. Contudo, a investigação da mortalidade atribuível apresenta muitas limitações e ainda não é conclusiva em razão da adequação do desenho do estudo aos seus objetivos; definições de medidas de exposição e desfecho; métricas utilizadas na aferição dos resultados; seleção de grupo controle e fatores de confusão. A consciência de todos esses elementos para a interpretação epidemiológica é vital na análise da mortalidade bruta e atribuível. / Introduction: Acinetobacter spp. is a gram-negative coccobacillus of great importance in hospital infections, especially in patients in intensive care units (ICUs); may lead to an increase in morbidity and mortality of these patients. There is evidence supporting association between infection by Acinetobacter baumannii and the increase in crude and attributable mortality rates. However, the role of this agent as a direct cause of death is not sufficiently characterized yet. Among the factors related to the increase of mortality are: severity of the patient, infection related to A. baumannii multidrug-resistant, inappropriate antimicrobial treatment, hospital stay with high permanence, septic shock and immunosuppression. Objectives: To estimate the crude and attributable mortality to hospital-acquired infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii through systematic review and meta-analysis of observational studies. Methods: A systematic review and metaanalysis of observational studies published in the databases has been developed: MEDLINE/PubMed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters and LILACS/BVS to estimate the crude and attributable mortality to hospital infection caused by the bacterium carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) in adult and pediatric patients in intensive and non-intensive care units. The studies included characterized predictors of mortality associated to infection with CRAB, compared to patients infected with carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB). First, a random effects model was estimated for the aggregate measure of non-adjusted attributable mortality in order to assess the direct contribution of infections in death. Following were descriptively assessed the main methodological aspects necessary to observational studies for the evaluation of risk factors related to attributable mortality in patients infected with carbapenem-resistant A. baumannii through instrument designed according to international recommendations - ORION, TREND, STROBE and CONSORT. Results: Through the 29 studies included in the meta-analysis, there was an increased attributable risk in the crude mortality in patients with infections by CRAB compared to patients with infections by CSAB (RA = 0.19 (95% CI = 0.14 to 0.24) with high heterogeneity (I2 = 66.4%, p <0.001). As sources of heterogeneity, it was investigated the length of stay, the site of infection, disease severity and use of inappropriate therapy. Among the studies that evaluated only patients with bacteremia, the risk of attributable mortality was higher (RA = 0.27; 95% CI = 0.19 to 0.34). Using meta-regression was observed a positive linear relationship between the attributable mortality risk and the standardized mean difference of APACHE II score. For investigating the presence of bias and confounding risk was evaluated descriptively the main methodological aspects necessary to observational studies evaluating the risk factors associated with attributable mortality in patients with infections caused by carbapenem-resistant A. baumannii. It was observed in this review that these studies are subject to pitfalls, including the inappropriate mode for adjustment for confounding factors of important variables (eg.: control group selection, previous exposure to antimicrobials, measurement of time in risk and gravity); besides the great heterogeneity between studies due the drawings, units of analysis and approaches to the extent of exposure and outcome, making it difficult comparison and summarization of information. Conclusions: The data of this systematic review provide evidence that attributable mortality related to the presence of infection by CRAB is higher than in patients with infection by CSAB. However, the investigation of attributable mortality has many limitations and is not conclusive yet because of the design adequacy of the study to their goals, definitions of exposure and outcome measures, metrics used in measuring results, control group selection and confounding factors. The awareness of all these elements is vital in analyzing the crude and attributable mortality.

Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Introduction: Has been observed the global spread of different variants of P. aeruginosa that is often associated with increased virulence or the emergence of new antimicrobial resistance genotypes. There are few studies describing the association of the Type III Secretion System (TTSS) with antibiotic resistance and outcome of patients with pneumonia and bacteremia. Objectives: Determine the relation among resistance to carbapenems and fluoroquinolones and the Type III Secretion System (TTSS) effector genotype and its association with the poor prognostic in patients with ventilator-associated pneumonia (VAP) and bacteremia, identify mutations in the Quinolone Resistance Determining Regions (QRDRs), Metallo-&#946;-Lactamase genes (M&#946;L), virulence genes (algD, lasB e toxA) and clonal spread of isolates producing M&#946;L. Material and Methods: A retrospective cohort was conducted to determine the risk factors for 30-day mortality in patients with the first episode of bacteremia (157 patients) and VAP (60 patients) caused by P. aeruginosa. Genes blaIMP, blaVIM, blaSIM, blaGIM and blaSPM, TTSS genes (exoT, exoS, exoY, exoU ) and virulence genes (lasB, algD, toxA) were detected by PCR; the sequencing was conducted for QRDR genes (gyrA e parC) on fluoroquinolone-resistant strains and the Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) for molecular typing of positive strains for the M&#946;L genes Results: The multivariate analysis showed that predictors independently associated with death in patients with bacteremia were inappropriate therapy and cancer. Carbapenem resistance was more frequent among strains of VAP (53.3%), however with the detection of M&#946;L genes in one isolate (blaIMP), unlike blood, where the frequency of these genes was 16.1%, being 10.7% blaSPM genotype and 5.4% blaVIM genotype. The exoS gene was found in all blood and lung isolates and the exoU gene only in 9.4%. Substitution of threonine to isoleucine at position 83 in gyrA was the most frequent mutation among fluoroquinolone-resistant strains. It was detected a mutation at position 91 in parC gene (Glu91Lys) associated with mutation in gyrA (Thre83Ile) in a strain of extensively drug-resistant P. aeruginosa, exoT+exoS+exoU+ genotype, isolate from lung, not described in Brazil yet. Among the strains that harboring the TTSS virulence genes it was observed high resistance to gentamicin (93.7%) and low for amikacin (37.5%). The evaluation of the clonal relationship between isolates producing blaSPM, blaVIM and blaIMP genes showed similarity (more than 80%) among the blaSPM strains, which was not observed for those producing blaVIM gene. Conclusions: Our results confirm previous findings regarding the spread of blaSPM clone, with indirect evidence of its cross-spread in our hospital and polyclonal those containing the blaVIM gene. Inappropriate therapy is significant factor for poor prognosis among patients with bacteremia caused by multidrug-resistant P. aeruginosa , independent of the virulence TTSS genotype associated. / Introdução: Vem sendo observado a disseminação global de diferentes variantes de P. aeruginosa que está frequentemente associada a maior virulência ou a emergência de novos genótipos de resistência aos antimicrobianos. Há poucos estudos descrevendo a associação do Sistema de Secreção Tipo III (TTSS) com resistência aos antibióticos e evolução dos pacientes com pneumonia e bacteremia. Objetivos: Determinar a relação entre resistência a fluorquinolonas e carbapenêmicos e a virulência de Pseudomonas aeruginosa pelo Sistema de Secreção Tipo III e sua associação com pior prognóstico em pacientes com Pneumonia Associada a Ventilação Mecânica (PAV) e bacteremia, identificar mutações na Região Determinante de Resistência as Quinolonas (QRDR), genes para Metalo-&#946;-Lactamase (M&#946;L), genes de virulência (algD, lasB e toxA) e disseminação clonal das amostras produtoras de M&#946;L. Material e Métodos: Foi realizada uma coorte retrospectiva para determinar os fatores de risco para mortalidade em 30 dias em pacientes com primeiro episódio de bacteremia (157 pacientes) e PAV (60 pacientes) por P. aeruginosa. Os genes blaIMP, blaVIM, blaSIM, blaGIM e blaSPM, os genes do TTSS (exoT, exoS, exoY, exoU ) e os genes de virulência (lasB, algD, toxA) foram detectados por PCR; o sequenciamento foi realizado para os genes do QRDR (gyrA e parC) nas cepas resistentes a fluorquinolonas e o Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) para tipagem molecular das amostras positivas para o gene produtor de M&#946;L. Resultados: A análise multivariada mostrou que os preditores independentemente associados com mortalidade nos pacientes com bacteremia foram terapia antimicrobiana inapropriada e câncer. A resistência aos carbapenêmicos foi maior entre as amostras de PAV (53,3%), porém com a detecção dos genes que codificam M&#946;L em apenas um isolado (blaIMP), ao contrário do sangue, onde a frequência desses genes foi de 16,1%, sendo 10,7% blaSPM e 5,4% blaVIM. O gene exoS foi encontrado em todas as amostras avaliadas de sangue e pulmão e o gene exoU em apenas 9,4% das mesmas. A substituição de uma treonina por isoleucina na posição 83 no gene gyrA foi a mais frequente entre as cepas resistentes a fluorquinolonas. Foi detectada uma mutação na posição 91 no gene parC (Glu91Lys) associada com a mutação em gyrA (Thre83Ile) em uma amostra de P. aeruginosa ,isolada do pulmão, extensivamente resistente, do genótipo exoT+exoS+exoU+ , ainda não descrita no Brasil. Entre as amostras que carreavam os genes de virulência TTSS observou-se alta resistência a gentamicina (93,7%) e baixa para amicacina (37,5%). A avaliação da relação clonal entre as amostras contendo os genes blaSPM, blaVIM e blaIMP , apresentou alta similaridade (maior que 80%), naquelas contendo blaSPM, o que não foi observado para as amostras contendo o gene blaVIM. Conclusões: Nossos resultados confirmam achados prévios com relação a disseminação do clone blaSPM, com evidências indiretas da sua disseminação cruzada no nosso hospital e policlonal daquelas contendo o gene blaVIM. A terapia inapropriada é fator significativo para pior prognóstico entre os pacientes com bacteremia por P. aeruginosa multirresistente, independente do genótipo de virulência TTSS associado. / Mestre em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

The treatment options for multidrug resistant bacteria are dwindling and it is an important issue of research in medicine to solve. One of the more problematic bacterial species is Klebsiella pneumoniae, it can cause infections with high morbidity that are difficult to treat. Common antibiotics for treatment of these infections are carbapenems but K. pneumoniae can produce enzymes called carbapenemases that can hydrolyze carbapenems and most other beta-lactam antibiotics. In this study carbapenemase genes were introduced chromosomally to a previously susceptible K. pneumoniae strain using λ-Red recombineering. Further constructs were made with non-functional porins to examine how they affect combination treatment with carbapenems. Antibiotic combination therapy was evaluated against constructed carbapenemase- (KPC-2, NDM-1 and OXA-48) producing K. pneumoniae strains. Screening was done using time-lapse microscopy (oCelloScope), and combinations with better effect than treatment with a single antibiotic were chosen for time-kill assays. The results shows that a triple combination of colistin, meropenem and the beta-lactamase inhibitor avibactam gives an improved effect, up to twice the effect compared to monotherapy and up to 1.8 times increased effect compared to double combination. The synergistic effect was greater when adding colistin to treat the strains with non-functional porins, indicating that colistin can increase the permeability for other antibiotics into the cell. This is an interesting finding that need to be researched further.

Antibiotic resistant bacteria are threatening human health, and the resistance is progressingfaster than the development of new antimicrobial compounds. Antibiotic resistant infections cost enormous sums of money and resources, but most importantly human lives. Therefore, early prediction and detection of antibiotic resistance in bacteria are research areas of high priority. The use of analytical instruments such as matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) is a powerful tool for research in antibiotic resistant bacteria, both as quick microbe identification and for other areas in the field.Due to its relatively easy interpretable spectra provided by the soft ionization technique, and ability to ionize macromolecules without compromising sample integrity, it has also been used for biomarker screening for detection of antimicrobial resistance. Although these studies have shown promising results, the area is still progressing and needs further method development and standardized protocols. This study aimed to use MALDI-TOF MS for carbapenemaseassociated screening in Klebsiella oxytoca. The presumed key spectral peaks would derive from presence of the enzyme Verona integron-encoded metallo-β-lactamase, type 1 (VIM-1), and would not be found if VIM-1 were absent. The isolates, carrying the enzyme, used in the study were isolated from wastewater and river water in Örebro, Sweden. Bacteria genus and species was determined by MALDI-TOF identification, whereupon the microbes were tested for antibiotic susceptibility using the disk diffusion method. Carbapenem hydrolysis assay was used to confirm the presence/absence of functional carbapenemase. A genotypic confirmation was performed by polymerase chain reaction and gel electrophoresis. Mass spectra from MALDI-TOF were compared for identification of possible biomarker peaks that could indicate carbapenem resistance. Nine key mass spectral peaks were found that could potentially be used as biomarkers in future studies. The peaks differentiated two groups of Klebsiella oxytocaisolates, one group producing functional carbapenemase and one group that did not, consistent with the aim of this study.

As infecções em pacientes submetidos a transplantes de órgãos sólidos são importante causa de morbidade, além de serem definidoras da sobrevida desta população. A maioria das infecções que ocorre nos dois primeiros meses pós-transplante é relacionada à assistência à saúde (IRAS). O objetivo deste trabalho é identificar fatores de risco para IRAS por bactérias Gram-negativas (BGN) multi-droga resistentes (MDR) em pacientes submetidos a transplante de fígado (TF), nos dois primeiros meses após o transplante. Os objetivos secundários são: identificar fatores de risco para aquisição por MDR GNB em pacientes submetidos a TF, e determinar o impacto das IRAS por MDR GNB na sobrevida desses pacientes. Foram avaliados os TF consecutivos realizados em pacientes adultos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de novembro de 2009 a novembro de 2011. A vigilância microbiológica foi realizada no dia do TF, e semanalmente até a alta hospitalar ou 60 dias após o transplante. Os sítios de coleta foram swab de orofaringe ou secreção traqueal, swab retal e swab axilar. Foram pesquisadas as seguintes bactérias: A. baumannii. P. aeruginosa e Enterobactérias resistentes a carbapenêmico, e K. pneumoniae e E. coli produtoras de betalactamase de espectro estendido (ESBL). Posteriormente, as amostras clínicas foram comparadas com as cepas da mesma espécie isoladas em culturas de vigilância por tipagem molecular. A análise de fatores de risco foi realizada por tipo de infecção e espécie de bactéria. Na análise estatística utilizou-se o teste qui-quadrado ou teste exato de Fisher para variáveis dicotômicas, e teste de Mann-Whitney para variáveis ordenáveis. A análise multivariada foi realizada por regressão logística. A análise de sobrevida foi realizada por regressão de Cox. O nível de significância de P considerado foi 0,05. Foram realizados, no período, 229 transplantes em 202 pacientes, e analisados 214 transplantes em 195 pacientes. O motivo de indicação do transplante mais frequente foi cirrose pelo vírus C, 33%. Foram identificados no período do estudo 110 pacientes (56,4%) com IRAS pós-TF, e um total de 201 infecções. Em 76,3% dos pacientes com IRAS (84/110) foi isolado MDR GNB em alguma amostra clínica relacionada à infecção. Os dois principais sítios de infecção foram infecção de sitio cirúrgico (32%) e infecção primária de corrente sanguínea (27%). Os dois microrganismos mais frequentemente isolados das IRAS foram A. baumannii e K. pneumoniae, e a proporção de infecções por cepas resistentes a carbapênemico foi, respectivamente, 100% e 48,9%. Os fatores de risco para infecções por MDR GNB pós-TF foram: retransplante precoce, volume de concentrados de hemácias transfundidos no intra-operatório da cirurgia do TF, colonização por MDR GNB no pré-transplante, tempo prolongado de internação em UTI e tempo prolongado de isquemia fria. Cento e cinco pacientes adquiriram algum MDR GNB nos 60 dias pós-TF, e o único fator de risco detectado para aquisição de MDR GMB no pós-TF foi tempo prolongado de sonda vesical de demora. A análise de clonalidade demonstrou que as cepas de MDR identificadas pré-TF eram fortemente relacionadas às cepas isoladas das infecções no pós-TF para A. baumannii e K. pneumoniae resistente a carbapenêmico. As infecções por MDR GNB apresentaram uma tendência a aumentar o risco de óbito nos 60 primeiros dias pós-TF, mas esta / Bacterial infections among patients submitted to liver transplantation (LT) are an important cause of morbidity and have huge impact on patients\' survival. The majority of infections in the first two months after LT are related to healthcare assistance. The aim of this study has been to identify risk factors for healthcare-associated infections (HAI) caused by multidrug-resistant Gram-negative bacteria (MDR GNB) in liver transplant patients in the first two months after LT. The secondary aims have been to identify risk factors for acquisition of MDR BGN among liver transplant patients and analyze the survival rate during the first two months after LT. We analyzed consecutive liver transplantations performed at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) from November 2009 to November 2011. Surveillance cultures were performed on a weekly basis, starting on the day of the LT until the hospital discharge or 60 days after the LT. We collected surveillance cultures through swab from oropharynx (or tracheal secretion), axillary and inguinal rectal sites. We surveyed the following bacteria: carbapenem-resistant A. baumanni, P. aeruginosa, Enterobacteriaceae, ESBL-producing K. pneumoniae, and E. coli. The strains isolated from surveillance culture were compared to strains isolated from clinical cultures through PFGE. The risk factor analysis was performed for each type of MDR bacterium for risk of colonization and infection. The statistical analysis was carried out for dichotomous variables using chi-square tests or Fisher\'s exact tests when appropriate; Mann-Whitney tests were used for continuous variable and step-wise logistic regression was used for multivariate analysis. The survival rate analysis was performed using Cox regression. The significant value of P was 0.05. During the study period, 229 liver transplantations were performed in 202 patients and we analyzed 214 LT performed in 195 patients. The main baseline disease that warranted LT was virus C cirrhosis, 33%. 110 (56.4%) patients developed healthcare-associated infections after the LT and a total of 201 infections were identified; 84 (76.3%) patients had MDR GNB isolated from clinical cultures related to HAI. Surgical wounds (31%) and primary bloodstream (27%) were the most prevalent infection sites. The risk factors for HAI by MDR GNB after the LT were: re-transplantation, volume of blood units transfused during the LT surgery, colonization by MDR GNB before the LT, prolonged time of ICU stay, and prolonged time of cold ischemia. 105 patients acquired MDR GNB during the first 60 days after the LT; the only risk factor identified was the prolonged use of urinary drain. The clonal analysis showed that strains isolated in the period before the LT were closely related to strains isolated from clinical culture after the LT for carbapenem-resistant A. baumannii e K. pneumoniae. The infections by MDR GNB have been shown to increase the risk of death in the first 60 days after LT

As infecções em pacientes submetidos a transplantes de órgãos sólidos são importante causa de morbidade, além de serem definidoras da sobrevida desta população. A maioria das infecções que ocorre nos dois primeiros meses pós-transplante é relacionada à assistência à saúde (IRAS). O objetivo deste trabalho é identificar fatores de risco para IRAS por bactérias Gram-negativas (BGN) multi-droga resistentes (MDR) em pacientes submetidos a transplante de fígado (TF), nos dois primeiros meses após o transplante. Os objetivos secundários são: identificar fatores de risco para aquisição por MDR GNB em pacientes submetidos a TF, e determinar o impacto das IRAS por MDR GNB na sobrevida desses pacientes. Foram avaliados os TF consecutivos realizados em pacientes adultos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de novembro de 2009 a novembro de 2011. A vigilância microbiológica foi realizada no dia do TF, e semanalmente até a alta hospitalar ou 60 dias após o transplante. Os sítios de coleta foram swab de orofaringe ou secreção traqueal, swab retal e swab axilar. Foram pesquisadas as seguintes bactérias: A. baumannii. P. aeruginosa e Enterobactérias resistentes a carbapenêmico, e K. pneumoniae e E. coli produtoras de betalactamase de espectro estendido (ESBL). Posteriormente, as amostras clínicas foram comparadas com as cepas da mesma espécie isoladas em culturas de vigilância por tipagem molecular. A análise de fatores de risco foi realizada por tipo de infecção e espécie de bactéria. Na análise estatística utilizou-se o teste qui-quadrado ou teste exato de Fisher para variáveis dicotômicas, e teste de Mann-Whitney para variáveis ordenáveis. A análise multivariada foi realizada por regressão logística. A análise de sobrevida foi realizada por regressão de Cox. O nível de significância de P considerado foi 0,05. Foram realizados, no período, 229 transplantes em 202 pacientes, e analisados 214 transplantes em 195 pacientes. O motivo de indicação do transplante mais frequente foi cirrose pelo vírus C, 33%. Foram identificados no período do estudo 110 pacientes (56,4%) com IRAS pós-TF, e um total de 201 infecções. Em 76,3% dos pacientes com IRAS (84/110) foi isolado MDR GNB em alguma amostra clínica relacionada à infecção. Os dois principais sítios de infecção foram infecção de sitio cirúrgico (32%) e infecção primária de corrente sanguínea (27%). Os dois microrganismos mais frequentemente isolados das IRAS foram A. baumannii e K. pneumoniae, e a proporção de infecções por cepas resistentes a carbapênemico foi, respectivamente, 100% e 48,9%. Os fatores de risco para infecções por MDR GNB pós-TF foram: retransplante precoce, volume de concentrados de hemácias transfundidos no intra-operatório da cirurgia do TF, colonização por MDR GNB no pré-transplante, tempo prolongado de internação em UTI e tempo prolongado de isquemia fria. Cento e cinco pacientes adquiriram algum MDR GNB nos 60 dias pós-TF, e o único fator de risco detectado para aquisição de MDR GMB no pós-TF foi tempo prolongado de sonda vesical de demora. A análise de clonalidade demonstrou que as cepas de MDR identificadas pré-TF eram fortemente relacionadas às cepas isoladas das infecções no pós-TF para A. baumannii e K. pneumoniae resistente a carbapenêmico. As infecções por MDR GNB apresentaram uma tendência a aumentar o risco de óbito nos 60 primeiros dias pós-TF, mas esta / Bacterial infections among patients submitted to liver transplantation (LT) are an important cause of morbidity and have huge impact on patients\' survival. The majority of infections in the first two months after LT are related to healthcare assistance. The aim of this study has been to identify risk factors for healthcare-associated infections (HAI) caused by multidrug-resistant Gram-negative bacteria (MDR GNB) in liver transplant patients in the first two months after LT. The secondary aims have been to identify risk factors for acquisition of MDR BGN among liver transplant patients and analyze the survival rate during the first two months after LT. We analyzed consecutive liver transplantations performed at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) from November 2009 to November 2011. Surveillance cultures were performed on a weekly basis, starting on the day of the LT until the hospital discharge or 60 days after the LT. We collected surveillance cultures through swab from oropharynx (or tracheal secretion), axillary and inguinal rectal sites. We surveyed the following bacteria: carbapenem-resistant A. baumanni, P. aeruginosa, Enterobacteriaceae, ESBL-producing K. pneumoniae, and E. coli. The strains isolated from surveillance culture were compared to strains isolated from clinical cultures through PFGE. The risk factor analysis was performed for each type of MDR bacterium for risk of colonization and infection. The statistical analysis was carried out for dichotomous variables using chi-square tests or Fisher\'s exact tests when appropriate; Mann-Whitney tests were used for continuous variable and step-wise logistic regression was used for multivariate analysis. The survival rate analysis was performed using Cox regression. The significant value of P was 0.05. During the study period, 229 liver transplantations were performed in 202 patients and we analyzed 214 LT performed in 195 patients. The main baseline disease that warranted LT was virus C cirrhosis, 33%. 110 (56.4%) patients developed healthcare-associated infections after the LT and a total of 201 infections were identified; 84 (76.3%) patients had MDR GNB isolated from clinical cultures related to HAI. Surgical wounds (31%) and primary bloodstream (27%) were the most prevalent infection sites. The risk factors for HAI by MDR GNB after the LT were: re-transplantation, volume of blood units transfused during the LT surgery, colonization by MDR GNB before the LT, prolonged time of ICU stay, and prolonged time of cold ischemia. 105 patients acquired MDR GNB during the first 60 days after the LT; the only risk factor identified was the prolonged use of urinary drain. The clonal analysis showed that strains isolated in the period before the LT were closely related to strains isolated from clinical culture after the LT for carbapenem-resistant A. baumannii e K. pneumoniae. The infections by MDR GNB have been shown to increase the risk of death in the first 60 days after LT