A alface (Lactuca sativa L.) e a cebola (Allium cepa L.) são vegetais de grande importância na alimentação dos brasileiros. Também são amplamente utilizadas como espécie-alvo em bioensaios, os quais são importantes para a determinação do efeito de agentes sobre partes de um organismo. O conhecimento sobre os aspectos morfológicos dos cromossomos de espécies alvo é extremamente importante. Desta forma, faz-se necessário a utilização de metodologias que possibilitem um conhecimento de características que estão relacionadas com a sensibilidade e/ou resistência dos materiais geneticamente distintos dentro da espécie-alvo. Um parâmetro a ser utilizado na descrição cariotípica é a identificação de proporção áurea na razão de braços de cromossomos. A proporção áurea encontrada em várias formas na natureza e utilizada em diversas áreas dos saberes do homem confere às estruturas uma maior estabilidade e resistência. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar metodologias para averiguar a presença de proporção áurea, bem como quantificar as variações cariotípica e morfométricas de sete genótipos de Lactuca sativa L. e de quatro genótipos de Allium cepa L., bem como identificar e quantificar a presença de proporção áurea na razão de braços dos cromossomos desses genótipos. A metodologia que estabelece a presença de proporção áurea fazendo uso da diferença entre o maior segmento e o menor multipicado por apresentou melhores resultados nos controles das taxas de erro tipo I e de poder. Houve variação da fórmula cariotípica de genótipos das duas espécies utilizadas para o estudo. Identificou-se a presença de proporção áurea nos pares cromossômicos em todos os genótipos. Há variação na quantidade de cromossomos que apresentam em proporção áurea entre os genótipos das espécies. Elas apresentaram entre um e quarto cromossomos em proporção áurea. Os resultados citogenéticos aqui relatados podem ser aplicados como ferramentas de auxílio na identificação de genótipos de Lactuca sativa L e de Allium cepa L. além de fornecer subsídios para futuros estudos de manipulação cromossômica. / Lettuce (Lactuca sativa L.) and onion (Allium cepa L.) plants are of great importance in the diet of Brazilians. They are also widely used in bioassays as the target species, which are important for determining the effect of agents on parts of the body. Knowledge of the morphology of the chromosomes of target species is important. Thus, it is necessary to use methods that allow knowledge of characteristics that relate to the sensitivity and/or resistance of materials within genetically distinct target species. A parameter to be used in karyotype description is the identification of the golden ratio in the arm ratio of chromosome. The golden ratio found in various forms in nature and used in various areas of human knowledge structures confers greater stability and strength. The objective of this study was to evaluate methodologies for the presence of the golden ratio, as well as quantify the karyotypic and morphometric variation in seven genotypes of Lactuca sativa L. and four genotypes of Allium cepa L., and identify and quantify the presence of the golden ratio in the ratio arms of chromosomes of these genotypes. The methodology that establishes the presence of the golden ratio making use of the difference between the largest and smallest segment multiplied by showed better results in the control of Type I error rates and power . There was variation in the karyotype formula of genotypes of the two species used for the study. Identified the presence of the golden ratio in chromosome pairs in all genotypes. There is variation in the number of chromosomes present in the golden ratio between genotypes and species. The species had between one and fourth chromosomes in golden ratio. Cytogenetic findings reported here can be applied as a tool to aid identification of genotypes and Lactuca sativa L. e Allium cepa L. and provide insights for future studies of chromosomal manipulation.

Submitted by Ana Damasceno (ana.damasceno@unipampa.edu.br) on 2017-04-24T18:19:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Pintura cromossômica multidirecional no genoma de synallaxis frontalis (passeriformes, furnariidae).pdf: 883991 bytes, checksum: 31114ee6ec5eb33e14eb5784908a20fc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-24T18:19:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Pintura cromossômica multidirecional no genoma de synallaxis frontalis (passeriformes, furnariidae).pdf: 883991 bytes, checksum: 31114ee6ec5eb33e14eb5784908a20fc (MD5) Previous issue date: 2017-03-24 / Durante o processo evolutivo os cariótipos das espécies se transformaram seguindo princípios nem sempre conhecidas, gerando uma imensa diversidade cromossômica. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivo compreender a evolução cariotípica de uma espécie da família Furnariidae, Synallaxis frontalis, popularmente conhecido como Petrim. A metodologia utilizada para alcançarmos nosso objetivo foi a citogenética clássica (coloração com giemsa e bandeamento C) e molecular (Hibridização in situ fluorescente) de sondas do gene ribossomal 18S e sondas cromossômicas de Gallus gallus (GGA) e Leucopternis albicollis (LAL). A coloração com giemsa permitiu inferirmos que a espécie estudada apresenta um típico cariótipo para os passeriformes, com 82 cromossomos, sendo a maioria deles microcromossomos. Entretanto observou-se a presença de heteromorfismos na morfologia do primeiro e terceiro pares autossômicos. O bandeamento C demonstrou que a heterocromatina constitutiva está localizada principalmente nas regiões centromérica/pericentromérica dos macrocromossomos e microcromossomos e, em praticamente todo o cromossomo sexual W. Os sítios ribossomais foram encontrados em um par de microcromossomos, assim como a maioria das espécies basais. A pintura cromossômica com sondas de GGA mostrou que os cromossomos ancestrais 1 e 2 estão fissionados, enquanto que a hibridização dos cromossomos correspondentes ao GGA 3-10 mostraram o mesmo padrão proposto para o suposto ancestral das aves. As hibridizações com sondas de LAL confirmaram os resultados obtidos com GGA e permitiram a identificação de vários rearranjos intracromossômicos no cromossomo 1 (GGA1q) e no cromossomo 3 (GGA2q). As inversões no cromossomo 1 de Synallaxis frontalis foram similares às inversões já descritas para passeriformes, entretanto, esta espécie apresentou uma inversão extra, responsável pelo heteromorfismo neste cromossomo. De forma similar, no cromossomo 3, a inversão encontrada também foi responsável pelo heteromorfismo. Essas informações são importantes para melhor compreender a organização genômica e evolução cromossômica das aves, especialmente para a subordem Suboscines. / During the evolutionary process the karyotypes of the species were transformed following system not always known, generating an immense chromosomic diversity. Thus the present work aimed to understand the karyotype evolution of a species of the Furnariidae family, Synallaxis frontalis, popularly known as Petrim. The methodology used to reach our aim was classical cytogenetics (giemsa and Cbanding) and molecular (fluorescence in situ hybridization) with 18S ribosomal gene probes and chromosome probes of Gallus gallus (GGA) and Leucopternis albicollis (LAL). The giemsa staining allowed us to infer that the species studied presented a typical karyotype for birds, with 82 chromosomes, most of them microchromosomes. However, the presence of heteromorphisms in the morphology of the first and third autosomal pairs was observed. C-banding demonstrated that constitutive heterochromatin is located primarily in the centromeric/pericentromeric regions of macrochromosomes and microchromosomes and in practically the entire size of the W chromosome. The ribosomal sites were found in a pair of microchromosomes, as in the most of the basal species. The chromosome painting with GGA probes showed that the ancestral chromosomes 1 and 2 are fissioned, whereas the hybridization of the chromosomes corresponding to the GGA 3-10 showed the same standard proposed for the supposed ancestor of the birds. Hybridizations with LAL probes confirmed the results obtained with GGA and allowed the identification of several intrachromosomal rearrangements on chromosome 1 (GGA1q) and chromosome 3 (GGA2q). The inversions on chromosome 1 of Synallaxis frontalis were similar to the inversions already described for Passeriformes, however, this species presented an extra inversion, responsible for the heteromorphism in this chromosome. Similarly, on chromosome 3, the inversion found was also responsible for heteromorphism. This information is important to better understand the genomic organization and chromosomal evolution of birds, particularly for Suboscine. / SUMÁRIO 1 INTRODUÇÃO ....................................................................................................... 13 1.2 Importância da citogenética em aves .......................................................... 14 1.2 Genes Ribossomais .................................................................................... 15 1.3 Pintura cromossômica em aves .................................................................. 16 1.4 Família Furnariidae ..................................................................................... 16 2 OBJETIVOS ........................................................................................................... 20 2.1 Objetivo geral .............................................................................................. 20 2.1 Objetivos específicos .................................................................................. 20 3 CAPÍTULO 1 - Multidirectional chromosome painting in the genome of Synallaxis frontalis (Passeriformes, Furnariidae) reveals high chromosomal reorganization, involving fissions and inversions ............................................................................... 21 3.1 Abstract ....................................................................................................... 22 3.2 INTRODUCTION ........................................................................................ 23 3.3 MATERIAL AND METHODS ....................................................................... 24 3.3.1 Samples and Chromosome Preparations ........................................ 24 3.3.2 Classical Cytogenetics .................................................................... 25 3.3.3 Fluorescent in situ hybridization ...................................................... 25 3.4 RESULTS ................................................................................................... 25 3.4.1 Classical Cytogenetics .................................................................... 25 3.4.2 FISH experiments ............................................................................ 26 3.5 DISCUSSION .............................................................................................. 32 4 CONCLUSÃO ......................................................................................................... 40 REFERÊNCIAS ......................................................................................................... 41

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T11:03:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 703389 bytes, checksum: 1197f7672503105fdcb75cdd0aca1d60 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T11:03:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 703389 bytes, checksum: 1197f7672503105fdcb75cdd0aca1d60 (MD5) Previous issue date: 2004-06-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Foram realizados estudos citogenéticos em três espécies pertencentes à subfamília Tetragonopterinae, provenientes de seis localidades na bacia do rio Doce. Astyanax fasciatus apresentou 2n=50 (4m+14sm+34a) e um par de cromossomos com regiões organizadoras do nucléolo, sugerindo se tratar de uma nova espécie, por apresentar um cariótipo diferente aos indicados para a espécie até o momento. As populações de Astyanax scabripinnis apresentaram 2n=50 (4m+10sm+20st+16a) no rio Casca, 2n=50 (4m+12sm+18st+16a) no rio Das Pacas e 2n=48 (8m+20sm+14st+6a) no rio Turvo e respectivamente um, três e dois pares cromossômicos portadores de regiões organizadoras do nucléolo, confirmando a extensa variabilidade cariotípica existente nesse complexo de espécies na região neotropical. Os resultados de Astyanax bimaculatus confirmam a estabilidade cariotípica característica da espécie, apresentando 2n=50 (14m+22sm+6st+8a) no rio Turvo e rio Piranga e 2n=50 (14m+24sm+4st+8a) no rio Santo Antônio. Os resultados sugerem que a bacia do rio Doce tem sido um cenário de evolução cariotípica independente para as espécies do gênero Astyanax. / Three species of Tetragonopterinae from six locales in the rio Doce basin were subject to cytogenetic analyses. Astyanax fasciatus showed a diploid number of 2n=50 (4m+14sm+18st+14a) and one pair of NOR-bearing chromosomes, this unique karyotype suggests that this population represents a new species within the A. fasciatus species complex. Populations of Astyanax scabripinnis were 2n=50 (4m+10sm+20st+16a) in rio Casca, 2n=50 (4m+12sm+34a) in rio das Pacas, and 2n=48 (8m+20sm+14st+6a) in rio Turvo, while chromosome bearing pairs varied from one, three and two for each population, showing high levels of variation characteristic of this species complex elsewhere in the Neotropical region. Patterns of variation in Astyanax bimaculatus indicated stability of diploid number 2n=50 (14m+22sm+6st+8a) in the Turvo and Piranga rivers, and 2n=50 (14m+24sm+4st+8a) in rio Santo Antônio. The results suggest that the rio Doce basin has been a scenario of independent karyotypic evolution for fish populations of the genus Astyanax.

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-11-30T13:53:38Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Daniella Mota Silva - 2012.pdf: 3271983 bytes, checksum: 99a6d63c282c21b5c3ced5fe6efe4944 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: O resumo em português está cortado, olhe no formulário de metadados se está completo. on 2018-12-03T13:12:51Z (GMT) / Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-12-04T13:07:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Daniella Mota Silva - 2012.pdf: 3271983 bytes, checksum: 99a6d63c282c21b5c3ced5fe6efe4944 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-12-05T09:55:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Daniella Mota Silva - 2012.pdf: 3271983 bytes, checksum: 99a6d63c282c21b5c3ced5fe6efe4944 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-12-05T09:55:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Daniella Mota Silva - 2012.pdf: 3271983 bytes, checksum: 99a6d63c282c21b5c3ced5fe6efe4944 (MD5) Previous issue date: 2012-10-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / CyrtopodiumsaintlegerianumRchb. f is an epiphytic species typical of the Midwest, especially in distributed Brazilian Central Plateau, and has a wide geographical distribution in Brazil. It is usually found in the trunks of palm trees, forming large clumps. It has good features for ornamentation, for the beauty and size of its inflorescence, however, are not found in the literature about its conservation, methods for its spread or that could be used in floriculture and landscaping. Thus, this study aimed to establishing protocols for germination asymbiotic effects of phytohormones and acclimatization and characterization of chromosomal species. In 2010, the establishment of micropropagation protocols, capsules were collected in a pasture area in the municipality of Mossâmedes, GO, then the part previously sterilized seeds were separated and tested in a 1% tetrazolium dye.. For cultivation was tested asymbiotic different culture media and then tested after different concentrations and combinations in treatments BAP 16 / ANA, to finally evaluate the acclimatization substrates combined and fertilized with chemical fertilizers and organic. For the karyotype of the species, the plant material is derived from plants grown in vitro in culture medium. We tested four protocols, with differences in enzyme solution for softening the roots, dyes, anti-mitotic concentration of the solution and hydrolysis, and the use of growth regulators for root induction in vitro. All protocols were in common roots pretreated with anti-mitotic 8-hydroxyquinoline (0.002 M) in refrigerator for 24 hours. Then protocols roots were fixed in Carnoy 3:1 for 18 hours the first and second and third and fourth protocol for 24 hours at room temperature. After stored at -20 º C in the same fixative for further analysis (only the fourth protocol). The roots of the protocols were stained with different dyes: hematoxylin, Schiff, acetic orcein and Giemsarespectively.The results of germination was satisfactory in all culture media. For medium supplemented with auxin / cytokinin combined the best concentrations for variable height were 0.2 mg L-1 NAA and BAP without adding control without addition of regulators. The best means to induce large numbers of shoots were 4 mg L-1 BAP and 4 mg L-1 BAP / 0.2 mg L-1 NAA. The number of leaves was rated best in the concentrations of BAP without NAA at concentrations of 1.0, 2.0 and 4.0 mg L-1. The treatments with the highest number of roots were control without added growth regulators at doses of 0.2, 0.5, 1.0 mg L-1 NAA without addition of BAP, as well as the length of roots was favored by the same treatments. The largest number occurred in callus treatment with concentrations of 1.0 mg L-1 BAP without adding ANA. ForcytogeneticsC. saintlegerianum the best protocol was evaluated with the regulator which was obtained metaphases, however chromosomes were condensed, and the number of chromosomes was found to be 2n = 48. cides. / CyrtopodiumsaintlegerianumRchb. f é espécie epífita da região Centro-Oeste, distribuída no Planalto Central brasileiro, e tem ampla distribuição geográfica no Brasil. É encontrada em de troncos de palmeiras, formando grandes touceiras. Possui características para ornamentação, pela beleza de sua inflorescência, contudo não são encontrados na literatura estudos sobre sua conservação ou propagação. Assim, esse trabalho teve como objetivo o estabelecimento de protocolos para germinação assimbiótica, efeitos de fitohormônios, aclimatização e a caracterização cromossômica da espécie. Em 2010, para o estabelecimento de protocolos para a micropropagação, cápsulas foram coletadas em uma área de pastagem no município de Mossâmedes, GO, foram previamente desifestadas em seguida parte das sementes foram separadas e testadas em corante tetrazólio a 1%. Para o cultivo assimbiótico, foram testados diferentes meios de cultura e diferentes concentrações e combinações de BAP/ANA em 16 tratamentos. Foram testados substratos combinados e adubação com fertilizante químico e orgânico para a aclimatização das plântulas. Para o cariótipo da espécie, o material vegetal foi proveniente de plantas cultivadas in vitro em meio de cultura. Foram testados quatro protocolos, com diferenças quanto a solução enzimática para o amolecimento das raízes, os corantes, concentração do antimitótico e solução de hidrólise, e o uso de regulador de crescimento para indução de raízes in vitro. Todos os protocolos tiveram em comum raízespré-tratadas com anti-mitótico 8- hidroxiquinoleína (0,002M) em geladeira durante 24 horas. Em seguida nos protocolos as raízes foram fixadas em Carnoy 3:1 por 18 horas o primeiro e o segundo protocolo e o terceiro e o quarto por 24 horas em temperatura ambiente. Depois estocados a -20ºC no próprio fixador, para posterior análise (apenas o quarto protocolo). As raízes dos protocolos foram coradas com diferentes corantes: hematoxilina, reativo de Schiff, orceína acética e Giemsa respectivamente. A germinação foi satisfatória em todos os meios de cultura. Para o meio suplementado com auxina/citocinina combinadas as melhores concentrações para a variável altura foi 0,2 mg L-1 de ANA sem adição de BAP e o controle sem adição de reguladores. Os melhores meios que induziram grande número de brotações foram 4 mg L-1 de BAP e 4 mg L-1 de BAP / 0,2 mg L-1 de ANA. O número de folhas foi melhor avaliado nas concentrações de BAP sem ANA nas concentrações 1,0; 2,0 e 4,0 mg L-1. Os tratamentos com maior número de raízes foram o controle sem adição de reguladores de crescimento, e nas dosagens de 0,2, 0,5, 1,0 mg L-1 de ANA sem adição de BAP, assim como o comprimento da maior raiz foi favorecido pelos mesmos tratamentos. O maior número de calos se deu no tratamento com concentrações de 1,0 BAP mg L-1 sem adição de ANA. Para a citogenética de C. saintlegerianumo melhor protocolo avaliado foi com regulador no qual foi obtido metáfases, no entanto os cromossomos se encontravam condensados, e o numero de cromossomos encontrado foi de 2n=48.

A translocação recíproca é o rearranjo equilibrado mais comum em humanos. Frequentemente, indivíduos com rearranjos equilibrados não apresentam manifestações clínicas, entretanto, na meiose, o pareamento entre cromossomos translocados forma uma figura quadrivalente em forma de cruz que torna a disjunção cromossômica incerta e dependendo do rearranjo, o individuo pode vir a ser infértil, apresentar um risco aumentado de abortamento espontâneo e/ou da prole apresentar alterações fenotípicas. Neste projeto, investigamos duas famílias de pacientes inférteis, portadores de translocações cromossômicas. O objetivo foi caracterizar as alterações citogenéticas e citogenômicas relacionadas à infertilidade masculina em pacientes portadores de rearranjos aparentemente equilibrados, associando técnicas de citogenética clássica (bandeamento GTG), citogenética molecular (FISH) e citogenômica (array-CGH). Foram estudados sete indivíduos da família 1, sendo diagnosticados três portadores da translocação (X;22), sendo um deles azoospérmico. Nesta família foram ainda detectados dois casos de mosaicismo para síndrome de Turner. A família 2 foi composta por dois irmãos oligozoospérmicos, portadores de translocação (8;13). Com a aplicação da técnica de FISH, definimos o cariótipo final dos portadores dos rearranjos como 46,XX ou 46,XY,t(X;22)(p22.3;q11.2) para a família 1 e 46,XY,t(8;13)(q13;q14)para a família 2. A técnica de array-CGH (plataforma 2x400K, Agilent) detectou alterações no número de cópias de alguns genes candidatos relacionados ao fenótipo de infertilidade, sendo a sequência 132 de piRNAs, os genes DDX11, Jagged 2 e ADAM18 na família 1 e os genes candidatos ADAM18 e POTE nos pacientes da família 2. / Reciprocal translocations are the most common balanced rearrangement in humans. Often individuals with balanced rearrangements show no clinical findings. However, in meiosis, the pairing between translocated chromosomes forms a quadrivalent cross-shaped figure which has the effect of making chromosome disjunction uncertain and, depending on the rearrangement, and on the segregation of the unbalanced chromosomes, the individual can be infertile, can present with an increased risk of spontaneous abortions or can have an offspring with abnormal phenotype. We have studied two families of infertile patients, who were carriers of chromosomal translocations. The objective was to characterize the cytogenetic and cytogenomic alterations related to male infertility in patients with apparently balanced rearrangements using classical cytogenetic techniques (GTG banding), molecular cytogenetics (FISH) and cytogenomics (array-CGH). Seven subjects of the family 1 were studied, including three carriers of translocation (X;22), one azoospermic. Two cases of mosaicism for Turner syndrome were detected in this family. The second family consisted of two oligozoospermic brothers with translocation (8;13). FISH was used to characterize the karyotypes as 46, XX or 46,XY, t(X;22)(p22.3;q11.2) for the members of the family 1 and 46,XY,t(8;13)(q13;q14) for family 2. Array-CGH was also performed using the Agilent platform 2x400K, to detect associated copy number variations of some of the candidate genes that could be related to infertility. In the family 1 the candidate genes were 132 piRNAs sequences and DDX11,Jagged 2 and ADAM18 genes. The candidate genes for the family 2 were ADAM18 and POT.

Rearranjos cromossômicos envolvendo a presença de cromossomos marcadores extranumerário são achados citogenéticos freqüentes em pacientes que apresentam deficiência mental, alterações de crescimento, dismorfias e/ou malformações. A presença desse material é responsável por trissomia ou tetrassomia parcial de determinadas regiões cromossômicas, causando quadros clínicos distintos e inespecíficos. A variabilidade fenotípica está relacionada principalmente com os diferentes graus de mosaicismo, os genes presentes na região adicional, o cromossomo de origem, entre outros fatores. Sendo assim, a caracterização desse material cromossômico é de importância fundamental para a determinação do prognóstico e do aconselhamento genético dos pacientes e suas famílias. O presente estudo teve como objetivo a análise de cromossomos marcadores extranumerários por meio de técnicas de citogenética convencional e molecular. Foram selecionados onze pacientes que são acompanhados pelo o Serviço de Genética Médica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP, todos com diagnóstico citogenético convencional por bandeamentos GTG de cromossomo marcador extranumerário. Para determinação da origem e caracterização dos cromossomos marcadores foram aplicadas as técnicas de Cariótipo Espectral (SKY) e de Hibridação in situ Fluorescente (FISH). Em dez pacientes foi possível determinar a origem e composição dos marcadores. Dois pacientes apresentam cromossomos marcadores identificados como duplicações invertidas do cromossomo 15, com cariótipos definidos, respectivamente, como 47,XY,+idic(15)(pterq15::q15pter) e 47,XX,+idic(15)(pterq21::q21p11.2), um paciente possui cromossomo marcador derivativo do cromossomo 15, com cariótipo 47,XX,+der(15)(pterq21) e dois pacientes, sendo uma menina e seu pai, possuem cromossomos marcadores derivativos do cromossomo 15 com cariótipos, respectivamente, 48,XX,+2der(15)(pterq12) e 48,XY,+2der(15)(pterq12). Dois pacientes possuem cromossomos marcadores derivativos do cromossomo 9, com cariótipos definidos, respectivamente, como 47,XX,+der(9)(pterq21) e 47,XX,+der(9)(pterq32) e um paciente apresenta cromossomo derivativo do cromossomo 4 [47,XX,+der(4)(p16q21)[9]/48,XX,+der(4)(p16q21),+mar[91]]. Um paciente possui um cromossomo marcador translocado derivativo do cromossomo 22 [47,XY,+der(22)t(11;22)(q25:q11.2)] e outro paciente, um cromossomo translocado derivativo do cromossomo 15 [47,XY,+der(15)t(15;16)(q13;q13)], ambos herdados de mães portadoras de translocações aparente balanceadas. Em um caso, não foi possível a caracterização dos cromossomos marcadores por meio das técnicas aplicadas. Há uma grande variação fenotípica associada à presença de cromossomos marcadores e muitas vezes o prognóstico e o aconselhamento genético são difíceis de determinar. As técnicas de citogenética molecular são ferramentas importantes para a caracterização dos cromossomos marcadores, tanto durante o pré-natal, como para uma família que já possui um membro afetado, auxiliando no mapeamento gênico de cada região envolvida para futura correlação cariótipo-genótipo-fenótipo. / Chromosomal rearrangements involving supernumerary marker chromosomes are frequently found in patients with mental retardation, growth defects and malformations. The genetic materials presented in trisomy/tetrasomy are responsible by distinct and unspecific clinical symptoms. The phenotypic variation is related mainly to different mosaicismo degrees, genetic content and chromosomal origin. Thus, the characterization of marker chromosomes is important to determine the prognosis and genetic counseling to the patients and their families. The aim of this study was to analyze supernumerary marker chromosomes using conventional and molecular cytogenetic techniques. Eleven patients were included in this study, all assisted in Medical Genetic Division of Clinical Hospital of School of Medicine of Ribeirao Preto USP. They all presented supernumerary marker chromosomes detected by GTG band. The origin and composition were determined using Spectral Karyotype (SKY) and Fluorescence in situ Hybridization (FISH) techniques. To ten patients, the origin and composition were determined. Two patients presented inverted duplications of chromosome 15, and their karyotype were defined as 47,XY,+idic(15)(pterq15::q15pter) and 47,XX,+idic(15)(pterq21::q21p11.2), one patient had a derivative chromosome 15, with karyotype 47,XX,+der(15)(pterq21), and two patients, a girl and her father, had two derivatives chromosomes 15, with karyotypes 48,XX,+2der(15)(pterq12) e 48,XY,+2der(15)(pterq12), respectively. Two patients presented derivative chromosomes 9 and their karyotype were defined as 47,XX,+der(9)(pterq21) and 47,XX,+der(9)(pterq32), and one patient had a derivative chromosome 4, with karyotype 47,XX,+der(4)(p16q21)[9]/48,XX,+der(4)(p16q21),+mar[91]. One patient had a translocated marker chromosome, derivative 22, [47,XY,+der(22)t(11;22)(q25:q11.2)] and another patient had a translocated marker chromosome, derivative 15 [47,XY,+der(15)t(15;16)(q13;q13)]. In one case, was not possible to define the origin and composition of the marker chromosome using SKY and FISH techniques. A large phenotypic variation is associated with supernumerary marker chromosomes and many times, the prognosis and genetic counseling is difficult to determine. The molecular cytogenetic techniques are important tools to its characterization, during prenatal diagnosis or to a family with an affected person, helping the genetic mapping of each region to a future correlation karyotype-genotype-phenotype.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-09-18T17:39:38Z No. of bitstreams: 2 merged.pdf: 2827460 bytes, checksum: 84c579b817b24021e72bdea116e8ab88 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-18T21:39:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 merged.pdf: 2827460 bytes, checksum: 84c579b817b24021e72bdea116e8ab88 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-18T21:39:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 merged.pdf: 2827460 bytes, checksum: 84c579b817b24021e72bdea116e8ab88 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Intellectual disability is a signal comprising a set of clinically and genetically heterogeneous disorders in which the development and/or function of the brain is compromised. This deficiency is characterized by significant limitations both in intellectual functioning and in adaptive behavior and is observed begins before 18 years of age. It is characterized by a high degree of variable expression, and the expression of a wide range of phenotypes, ranging from various genetic syndromes known to characteristics non-syndromic and psychological and/or psychiatric disorders. The etiology is still poorly understood and about half of the cases are unclear. In recent years, the chromosomal analysis by microarray has revolutionized the evaluation of patients with developmental delay or intellectual disability. By this method, the genome of a patient is examined to detect gains or losses of genetic material that are usually too small to be detected by chromosome banding studies. Genomic deletions and duplications have an important role in characterizing genetic diseases, including many neurological disorders and neural development. Identifying these changes may contribute to the clinical management of affected individuals and assist their families, and furthermore, can provide information on the processes of development and brain function. In this context the main objective of this study was identified possible submicroscopic genomic changes associated with intellectual disability, using a platform Chromosomal Microarray high resolution in patients referred by doctors of public health from Goiás state and had initially a normal karyotype. Thus 15 patients with intellectual disabilities were tested by high resolution HD CytoScan Array (Affymetrix) tecnology which detected the presence of 33 variations in the number of genome copies in 10 (66.7%) of the probands. Nineteen microduplications (57.6%) and 14 microdeletions (42.4%) were observed, and 17 CNVs (51.5%) were neutral, 7 (21.2%) pathogenic, 5 (15.15%) potentially pathogenic and 4 (12.12%) of uncertain significance. Five patients showed no change in the number of copies. In this study, we could propose a genetic etiology for the phenotype of 8 patients and thus the diagnostic yield of the platform used was 53.3%. Although modest, this study was significant because this technology was first employed in the state of Goiás and thus, could contribute more genetic information about this complex and heterogeneous neurological sign of great importance to global public health. / A deficiência intelectual é um sinal que compreende um conjunto de distúrbios clinica e geneticamente heterogêneos em que o desenvolvimento e/ou a função do cérebro é comprometida. Esta deficiência é caracterizada por limitações significativas tanto no funcionamento intelectual quanto no comportamento adaptativo e se inicia antes dos 18 anos de idade. É caracterizada por um elevado grau de expressividade variável, e pela manifestação de uma grande gama de fenótipos, variando de diversas síndromes genéticas conhecidas a características não sindrômicas e desordens psicológicas e/ou psiquiátricas. A etiologia ainda é mal compreendida e cerca de metade dos casos não são esclarecidos. A análise cromossômica por microarray tem revolucionado, nos últimos anos, a avaliação de pacientes com atraso no desenvolvimento ou deficiência intelectual. Por este método, o genoma de um paciente é examinado para a detecção de ganhos ou perdas de material genético que, normalmente, são muito pequeno para serem detectados por estudos cromossômicos com bandamento G. Deleções e duplicações genômicas têm um papel importante na caracterização de doenças genéticas, incluindo muitas desordens neurológicas e do desenvolvimento neural. A identificação dessas alterações pode contribuir para a manejo clínico dos indivíduos afetados e auxiliar suas famílias, e além disso, pode também fornecer informações sobre os processos do desenvolvimento e funcionamento do cérebro. Neste contexto o objetivo principal deste estudo foi identificar possíveis alterações genômicas submicroscópicas associadas à deficiência intelectual, utilizando uma plataforma de Chromosomal Microarray de alta resolução, em pacientes referenciados por médicos da rede pública de saúde do Estado de Goiás e que tenham apresentado inicialmente um cariótipo normal. Desta forma foram testados 15 pacientes com deficiência intelectual, pela tecnologia de alta resolução CytoScan HD Array (Affymetrix) que detectou a presença de 33 variações no número de cópias genômicas em 10 (66,7%) dos probandos. Foram observadas 19 microduplicações (57,6%) e 14 microdeleções (42,4%), sendo que 17 CNVs (51,5%) eram neutras, 7 (21,2 %) patogênicas, 5 (15,15%) potencialmente patogênicas e 4 (12,12%) de significado incerto. Cinco pacientes não apresentaram nenhuma alteração no número de cópias. Neste estudo foi possível propor uma etiologia genética para o fenótipo de 8 pacientes e dessa forma o rendimento diagnóstico, a título de pesquisa, da plataforma utilizada foi de 53,3%. Este estudo foi relevante já que esta tecnologia foi empregada pela primeira vez no estado de Goiás e com isso, pudemos contribuir com mais informação genética sobre esse complexo e heterogêneo sinal neurológico de grande importância para a saúde pública mundial.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-10-01T13:54:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) / Rejected by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br), reason: Tese de Neurociências para alterar on 2014-10-01T14:12:09Z (GMT) / Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-10-01T14:13:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-10-07T14:15:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-07T14:15:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As análises citogenéticas de diversos Falconiformes mostraram que os acipitrídeos têm uma organização cromossômica atípica na classe Aves, com um número diplóide relativamente baixo (média de 2n= 66) e poucos pares de microcromossomos (4 a 6 pares). Propostas baseadas em citogenética clássica sugeriram que esse fato devia-se à fusão de microcromossomos presentes no cariótipo ancestral das Aves. No intuito de contribuir para o esclarecimento das questões referentes à evolução cromossômica e filogenética dessa família, três espécies da subfamília Buteoninae (Rupornis magnirostris, Buteogallus meridionales e Asturina nitida) e duas espécies da subfamília Harpiinae (Harpia harpyja e Morphnus guianensis) foram analisados citogeneticamente através da aplicação de técnicas de citogenética clássica e molecular. As espécies de Buteoninae apresentaram cariótipos muito semelhantes, com número diplóide igual a 68; o número de cromossomos de dois braços entre 17 e 21, o cromossomo Z submetacêntrico e o W metacêntrico em R. magnirostris e submetacêntrico em Asturina nitida. O uso de sondas de 18/28S rDNA mostrou a localização de regiões organizadoras de nucléolo em um par submetacêntrico médio nas três espécies, correspondendo ao braço curto do par 7. Sequências teloméricas foram mapeadas não só na região terminal dos braços, mas também em algumas posições intersticiais. Sondas de cromossomo inteiro derivadas dos pares 1 a 10 de Gallus gallus (GGA) produziram o mesmo número de sinais nessas três espécies. A disponibilidade das sondas de cromossomos totais derivadas de Leucopternis albicollis confirmou a existência de uma assinatura citogenética comum para as espécies de Buteoninae analisadas por FISH, que se trata da associação entre GGA1p e GGA6, inclusive com um sítio de sequência telomérica intersticial reforçando esse fato. As espécies de Harpiinae analisadas mostraram que o número diplóide das espécies de H. harpyja e M. guianensis foi igual a 58 e 54, respectivamente, e que ambas as espécies apresentam vinte e dois pares de cromossomos de dois braços, mesmo Harpia apresentando dois pares a mais. 18/28S rDNA produziram sinais no braço curto do par 1 em M. guianensis e em dois pares em H. harpyja (pares 6 e 25). Sequências teloméricas intersticiais também foram observadas em alguns pares. Apesar da similaridade na morfologia cromossômica, não foram observadas associações compartilhadas por essas duas espécies. As diferentes associações observadas em Morphnus e Harpia mostram que essas espécies sofreram uma reorganização genômica expressiva após sua separação em linhagens independentes. Além disso, ausência de associações semelhantes sugere que houve fissões nos macrocromossomos do ancestral em comum desse grupo, e as fusões foram subsequentes ao seu isolamento como linhagens diferentes. Os resultados aqui apresentados, somados àqueles publicados anteriormente com outras espécies de Accipitridae indicam que os processos de fissões envolvendo os macrocromossomos de GGA e fusões entre esses segmentos e entre esses e microcromossomos são rearranjos recorrentes nesse grupo. Apesar dos Falconidae também apresentarem cariótipos atípicos, e números diploides baixos, os dados globais da citogenética de Accipitridae indicam que, assim como postulado para as semelhanças morfológicas entre esses dois grupos, os cariótipos rearranjados corresponderiam a homoplasias, do ponto de vista evolutivo, apoiando que essas duas famílias não formam um grupo monofilético. / Cytogenetic analyses of Falconiformes have showed that Accipitridae have atypical chromosomal organization among birds, with relatively low diploid numbers (mean of 2n=66) and a few pairs of microchromosomes (4 to 6 pairs). Proposals based on classical cytogenetics suggested that this fact was a result of fusions of microchromosomes found in the Avian putative ancestor karyotype. With the aim of contributing to clarify questions concerning chromosomal evolution and phylogenetics of this family, we analyzed three species of subfamily Buteoninae (Rupornis magnirostris, Buteogallus meridionales e Asturina nítida) and two of subfamily Harpiinae (Harpia harpyja e Morphnus guianensis) by means of classical and molecular cytogenetics. Buteoninae species showed karyotypes with diploid number 68 and FN varying from 100 to 102; the number of biarmed chromosomes varied between 17 and 21, Z chromosome was submetacentric and W chromosome was metacentric in R. magnirostris and submetacentric in Asturina nitida. 18/28 rDNA probes showed that nucleolar organizer regions are located in a medium-sized submetacentric pair, corresponding to the short arm of pair 7. Telomeric sequences were found not only on terminal region of the chromosomes, but also on some interstitial regions. Whole-chromosome paints derived from pairs 1 to 11 of Gallus gallus (GGA) produced the same number of signals in these species. The availability of whole-chromosome probes derived of Leucopternis albicollis confirmed the presence of a common cytogenetic signature for Buteoninae species, corresponding to the association between GGA1p and GGA6. An interstitital telomeric sequence found in this pair reinforces this fact. Concerning the species of Harpiinae, the conventional staining analyses showed that H. harpyja and M. guianensis have 2n=58 and 2n=56, respectively. Both species have 22 pairs of biarmed chromosomes, although H. harpyja has two more chromosomes than M. guianensis. 18/28S rDNA mapped on the short arm of pair 1 in M. guianensis and in two pairs in H, harpyja (6 and 25). Telomeric sequences were found on the terminal regions, but also on interstitial locations in some chromosomes. Despite the apparent karyotypic similarity, no common associations were found in these two species. The different associations observed in Morphnus and Harpia indicate that these species suffered an extensive genomic reorganization after their separation in two independent lineages. Moreover, the absence of shared associations suggests that the fissions of macrochromosomes have occurred in the common ancestor of this group, and that fusions were subsequent to their isolation as different lineages. Our results, together with previous reports in other species of Accipitridae, indicate that the processes of fissions involving the macrochromosomes of GGA and fusions between these segments and between them and microchromosomes are recurrent rearrangements in this group. Although Falconidae species also show atypical karyotypes, with low diploid numbers, global cytogenetic data of Accipitridae indicate that, similarly to the morphological traits between these two families, the rearranged karyotypes would correspond to homoplasies, from the evolutionary point of view, supporting the idea that these families do not form a monophyletic group.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:52Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_ag_me_jabo.pdf: 1060109 bytes, checksum: 053c94d8f7c28f0b88d050104ec93969 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Doze diferentes genótipos de Phaseolus vulgaris (L.), popularmente conhecido como feijão-vagem, obtidos na Universidade Estadual de Goiás (UEG), Ipameri, Goiás, Brasil, foram descritos morfologicamente, citogeneticamente e palinologicamente. Os estudos morfológicos evidenciaram que a maioria das amostras analisadas é semelhante quanto à forma de germinação, forma dos cotilédones, sistema radicular e filotaxia do primeiro par de folhas. As divergências são demonstradas na forma, espessura, comprimento, largura, cor do tegumento da semente e da pigmentação da porção superior do hipocótilo que são formas de se efetivar a classificação entre os vários genótipos. As plântulas são angiospermas, dicotiledôneas, tendo raiz primária glabra, cotilédones livres, peciolados, crassos, planoconvexos, maciços e de coloração verde clara. O epicótilo é cilíndrico e levemente esverdeado. As sementes são exalbuminosas, reniformes ou cubóides, apresentam tegumento em diferentes cores, com germinação do tipo epigéia e fanerocotiledonar. O número cromossômico diplóide é 2n = 22 cromossomos para os doze genótipos. Três amostras mostraram como proposta de cariótipo a formulação 3M + 7SB + 1ST, quatro possuem 6M + 5SB, cinco apresentam formulações cariotípicas divergentes, sendo 5M + 5SB + 1ST, 4M + 6SB + 1ST, 8M + 3SB, 10M + 1SB, 9M + 2SB. A morfologia polínica evidenciou grãos de forma triangular-obtusa com contorno convexo, tricolpados e com protuberâncias relativamente distantes. As diferenças entre esses grãos restringem-se à quantidade de protuberâncias no genótipo 26 e quanto ao tamanho, que varia de 38,33 μm a 31,10 μm de diâmetro. / Twelve different genotypes of Phaseolus vulgaris (L.) well-known as green been, obtained at UEG – University of Goiás State, Ipameri, GO Brazil were described morphologically, cytogenetically and palinologically. The morphologic evaluations evidenced a similar germination and cotyledon form, root system, and phyllotaxy in the first pair of leaves in the most of the analyzed samples. De differences appeared in the form, thickness, length, width, seed tegument color, and the hypocotyls superior portion pigmentation that are ways to effectuate the classification among several genotypes. The plantlets are angiosperms, dicotyledonous, have an initial root as glabra, free cotyledon, peciolate, crass, plan-convex, solid, and green-light color. The epicotyls is cylinder and slightly green. The seeds are unalbuminoses, reniforms or cuboids, present tegument in different colors, germination-like epigeous and fanerocotyledonous. The number of diploid chromosome is 2n=22 to all of twelve genotypes. Three samples showed as a cariotype proposal a 3M + 7SB + 1ST formula, while four presented the 6M + 5SB formula, five presented divergent cariotypic formula, being 5M + 5SB + 1ST, 4M + 6SB + 1ST, 8M + 3SB, 10M + 1SB, and 9M + 2SB. The polinic morphology evidenced triangular-obtuse grains shape having convex border, being trycolps and having ridges relatively distant. The differences between these grains are restricted to the ridges amount in the genotype 26 and by the size, varying from 38.33μm to 31.10μm diameter.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissOCS.pdf: 1218083 bytes, checksum: 3aedc0986d07d9054bf628336cec9436 (MD5) Previous issue date: 2002-12-05 / Não consta.