Este trabalho tem como objetivo a determinação da freqüência alélica de 12 microssatélites do cromossomo Y na população de Araraquara e da Grande São Paulo, tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados referentes a estes marcadores devido a sua crescente aplicação em diferentes áreas, entre elas a forense na qual a utilização destes microssatélites torna-se muitas vezes a única ferramenta disponível para resolução de casos. Para isto foram tipados 200 indivíduos, que não apresentavam relação de parentesco, divididos em quatro grupos de acordo com autoclassificação de cor (branco, preto, pardo ou oriental). Foram coletadas destes indivíduos amostras de sangue ou saliva a partir das quais foi feita extração do DNA utilizando diferentes protocolos de acordo com o tipo de amostra, seguida da amplificação dos 12 locos do cromossomo Y através do PowerPlex® Y System (Promega) de acordo com instruções do fabricante. Os produtos da amplificação foram submetidos a eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 6%, no seqüenciador ABI377 (Applied Biosystems) para obtenção dos perfis de cada loco. Os quais foram analisados com a utilização do software GeneScan ver. 2.1 (Applied Biosystems). Foi realizado o cálculo das freqüências alélicas e diversidade gênica de cada loco, assim como da diversidade haplotípica e capacidade de discriminação para cada grupo e para a amostra total. A comparação entre os resultados obtidos demonstrou que a variação dentro de cada grupo é maior que a variação entre os grupos. Os resultados obtidos foram enviados ao banco de dados mundial do cromossomo Y (Y-STR Haplotype Reference Database). / The aim of this study is to determine the allelic frequency of 12 microsatellites of the Y chromosome in Grande São Paulo and Araraquara population, in face of the amplification necessity of these markers data due to the increasing application of these markers on different fields, including the forensic on which the use of them is sometimes the only way to solve crime cases. For this purpose it was typed 200 unrelated individuals divided according to self report in four groups based on color skin (white, black, mulatto or yellow). Blood or buccal swab samples were collected and submitted to DNA extraction with different protocols according to the kind of sample. Subsequent amplification of 12 Y-STR was proceeded using the PowerPlex® Y System (Promega) following the manufacture’s protocol. The amplification products were submitted to electrophoresis in 6% polyacrilamid gel on ABI377 sequencer (Applied Biosystems) to obtain the profile of each locus. The results were analyzed with GeneScan ver. 2.1 software (Applied Biosystems). The allelic frequency and gene diversity of each locus as well as the haplotypic diversity and discrimination capacity was calculated for each group and for total sample. The comparison among the results showed that the variation inside the groups is higher than between groups. The haplotypes observed on this sample were sent to Y-STR Haplotype Reference Database.

A inativação do cromossomo X (ICX) é o fenômeno através do qual um dos cromossomos X das fêmeas de mamíferos é silenciado para atingir compensação de dose em relação aos machos. Ela envolve a expressão do gene XIST exclusivamente no X inativo, e a associação em cis de seu RNA nesse cromossomo. Isso inicia a imposição de várias marcas epigenéticas no cromossomo X inativo, que garantem a manutenção deste estado de silenciamento transcricional de maneira estável durante todas as mitoses num organismo. Uma dessas modificações epigenéticas é a metilação do DNA, desempenhada principalmente pela enzima DNMT1. Os papéis de XIST e DNMT1 na manutenção da inativação do cromossomo X ainda são controversos em humanos, e nesse sentido foi objetivo desse trabalho analisar a possível função desses genes nesse processo em células humanas não transformadas. Foi otimizado um sistema experimental para o estudo de possíveis perturbações na manutenção da inativação do cromossomo X, onde a re-expressão de genes submetidos a esse processo pode ser monitorada. Nesse sistema foram identificados dois genes, MAOA e GYG2, cujo padrão de expressão no X inativo difere do previamente descrito. Demonstrou-se que baixos níveis de expressão do gene XIST foram suficientes para manter seu RNA associado ao X inativo, conservando o estado silenciado desse cromossomo. Além disso, foram obtidos indicativos de que a inibição de XIST em fibroblastos humanos gera uma diminuição da viabilidade celular. Foi possível demonstrar que DNMT1 é necessária para a manutenção da metilação global do genoma em células humanas não transformadas, e que eXISTe um mecanismo de compensação da inibição desse gene que leva ao aumento da expressão de DNMT3B. Ainda se observou que a repressão de DNMT1 não é suficiente para levar à reativação de genes no cromossomo X inativo. Além disso, a desmetilação encontrada nos promotores de MAOA e XIST não foi suficiente para levar à expressão destes genes nos cromossomo X inativo e ativo, respectivamente. Estes resultados enfatizam a necessidade de se estudar os mecanismos moleculares da ICX em humanos utilizando sistemas experimentais adequados para a análise de herança epigenética. / X chromosome inactivation (XCI) is the phenomenon through which one of the X chromosomes in female mammals is silenced to achieve dosage compensation related to males. It involves the expression of XIST gene exclusively from the inactive X, and the association of its RNA in cis in this chromosome. This leads to a series of epigenetic modifications in the chromatin of the inactive X (Xi) that guarantee a stable maintenance of the transcriptional silence through all the mitoses in the organism. One of these epigenetic modifications is DNA methylation, achieved mainly by the maintenance DNA methylase DNMT1. The roles of XIST and DNMT1 in the maintenance phase of XCI are controversial in humans. Therefore, the main goal of this present work was to analyze some of the possible functions of these genes in this process in untransformed human cells. An experimental system was optimized to study possible disturbances in maintenance of XCI, where the re-expression of genes submitted to this process could be monitored. In this system we identified two genes, MAOA and GYG2, whose pattern of expression on the Xi, differed from what had been previously described. It was demonstrated that low levels of XIST expression were sufficient to keep its RNA associated to the Xi, assuring the silenced state of this chromosome. Besides, evidences have been found that XIST inhibition in human fibroblasts reduces cellular viability. It was possible to demonstrate that DNMT1 is necessary to the maintenance of global genome methylation in untransformed human cells, and the eXISTence of a compensation mechanism involving DNMT3B upregulation. It was also observed that repression of DNMT1 was not sufficient to reactivate genes of the Xi chromosome. Additionally, demethylation of MAOA and XIST promoters was not enough to cause expression of these genes on the inactive and active Xs, respectively. All these results emphasize the requirement of studying the molecular mechanisms of XCI in humans using experimental systems appropriate for the analysis of epigenetic inheritance.

Objetivo: Caracterizar as indicações das gestantes que procuram o serviço de Medicina Fetal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo que realizaram procedimentos invasivos diagnósticos e avaliar os resultados dos cariótipos fetais e destas gestações no período de fevereiro de 2005 a dezembro de 2009. Método: Estudo observacional retrospectivo das gestantes que realizaram biópsia de vilo corial (BVC), amniocentese e cordocentese. Não foram incluídos outros procedimentos diagnósticos ou terapêuticos. O resultado da gestação foi obtido através de consulta de prontuário eletrônico e/ou físico e/ou contato telefônico. Resultados: Foram realizados 113 BVC, 340 amniocenteses e 260 cordocenteses. A principal indicação para a realização dos procedimentos invasivos foi a presença de malformações fetais (69,8%), seguido por translucência nucal aumentada (13,4%) e idade materna avançada (10,2%). A trissomia do cromossomo 18 foi a aneuploidia mais comum (8,1%), seguido pela trissomia do 21 (6,2%), 45,X0 (4,8%) e a trissomia do 13 (3,8%). Ocorreram 4,9% abortamentos, 25,7% natimortos e 13% neomortos. Oito gestantes optaram pela interrupção judicial. 99% das gestantes cujos fetos não apresentavam malformação e que apresentavam cariótipo fetal normal tiveram nativivos. CONCLUSÃO: A principal indicação para a realização dos procedimentos invasivos foi a presença de malformação fetal em 69,8% das gestantes e presença de anormalidades cromossômicas encontradas nos fetos foi de 26,23%. / Objective: The purpose of this study is to characterize the indications of pregnant women who seek the Fetal Medicine Service of Hospital das Clínicas of São Paulo University to perform invasive diagnostic procedures and evaluate the results of fetal karyotypes and their pregnancies from February 2005 to December 2009. Methods: Retrospective observational study of pregnant women who underwent CVS, amniocentesis or cordocentesis. Other diagnostic or therapeutic procedures were not included. The outcomes of pregnancies were obtained through consultation of medical records and/or telephone contact. Results: 113 CVS, 340 amniocentesis and 260 cordocentesis were performed. The main indication for performing invasive procedure was the presence of fetal anomaly (69.8%), followed by increased nuchal translucency (13.4%) and maternal age (10.2%). The trisomy of chromosome 18 was the most common aneuploidy (8.1%), followed by trisomy 21 (6.2%), 45,X0 (4.8%), and trisomy 13 (3.8%). There were 4.9 % of miscarriage, 25.7% of stillbirth and 13% of neonatal deaths. Eight women opted for legal termination of pregnancies. 99% of pregnant women whose fetus had no structural abnormalities and normal karyotype had a live child. CONCLUSION: The main indication for karyotyping was the presence of fetal malformation in 69.8% of pregnancies and chromosomal abnormalities was found in 26.23% of the fetuses.

Ações antrópicas, como a construção de reservatórios, alteraram a migração de peixes que afeta a função normal do eixo hipotalamo-hipófise-gônadas. Para atenuar o impacto ambiental sobre a biota, existem programas de repovoamento com objetivo de reproduzir as espécies de peixes atingidas pelas barragens. Na piscicultura de Ponte Nova, na Bacia do Alto Tietê, o peixe migratório Astyanax fasciatus é rotineiramente produzido para o repovoamento com protocolos de reprodução artificial convencionais, mas o seu sucesso varia entre as fêmeas. Um estudo de citogenética detectou que o número de cromossomos foi diferente entre os reprodutores, uma característica comum em A. fasciatus. O objetivo do presente estudo foi estudar a fisiologia reprodutiva de Astyanax fasciatus com diferentes números de cromossomos, em ambiente natural (AN) e em cativeiro (Cat) e as possíveis alterações que possam explicar diferentes resultados de resposta à reprodução induzida em cativeiro. Fêmeas adultas de cada grupo experimental (G1-46 cromossomos; com baixa resposta à reprodução induzida; e G2 - 48 cromossomos; com boa resposta à reprodução induzida) foram coletadas em Cat e em AN ao longo de um ano. Amostras de sangue foram retiradas para análise plasmática de estradiol (E2), e os ovários para o cálculo da fecundidade relativa (FR), diâmetro oocitários, Índice Gonadossomático (IGS) e análises histológicas para identificação do estágio de maturação. As fêmeas do G1 nos dois ambientes iniciaram a fase vitelogênica do ciclo reprodutivo no inverno com o aumento da concentração de E2 plasmático. Nas fêmeas de AN, neste mesmo grupo, a maior porcentagem de oócitos vitelogênicos foi mantida nos ovários desde a primavera até o verão, período no qual a concentração de E2 continuou elevada no plasma. Por outro lado, no Cat, as concentrações de E2 não se mantiveram elevadas nas demais estações do ano, limitando-se apenas ao pico do inverno. Mesmo assim, as fêmeas confinadas mantiveram a FR significativamente mais elevada quando comparadas àquelas de AN, assim como maiores porcentagens de oócitos vitelogênicos, evidenciando a ausência de desova e lentidão no processo de reabsorção do vitelo. Já as fêmeas do G2, em AN iniciaram a fase vitelogênica do seu ciclo reprodutivo no outono, com o aumento progressivo dos níveis de E2 que atingiram seu pico na primavera, com a desova ocorrendo no verão. Por outro lado, a permanência no Cat, de alguma forma, alterou a sensibilidade às dicas ambientais do ciclo sazonal, e os níveis de E2 e a FR se mantiveram altos praticamente o ano todo. Estes dados sugerem que A. fasciatus com números diferentes de cromossomos têm padrões reprodutivos diferentes tanto em Cat como em AN e que em cativeiro fêmeas do G1 terão maior sucesso na indução quando manipuladas logo após o inverno, já fêmeas do G2 em Cat parecem ter sucesso na indução praticamente o ano todo / Anthropic actions, such as the construction of reservoirs, alter fish migration affecting the normal function of the brain-pituitary-gonads axis. To mitigate the environmental impact on the biota, fish restocking programs aim to reproduce fish species affected by dams. In the Ponte Nova Fish Farm, in the Upper Tietê River Basin, the migratory fish Astyanax fasciatus is routinely produced for restocking with a conventional artificial breeding protocol, but its success varies among the females. A cytogenetic study detected that the number of chromosomes was different among the broodstocks, a common feature in A. fasciatus. The purpose of this study was to study the reproductive physiology of Astyanax fasciatus with different numbers of chromosomes in a natural environment (AN) and captivity (Cat) and the possible changes that might explain different results in the success of induced reproduction in captivity. Adult females of each experimental group (G1-46 chromosomes; with low response to induced reproduction, and G2 - 48 chromosomes, with good response to induced reproduction) were collected in Cat and AN over one year. Blood samples were taken to analyze plasma estradiol (E2), and samples of ovaries to calculate the relative fecundity (FR), oocyte diameter, gonadosomatic index (GSI) and histological analyzes to identify the maturation stage. Females of G1, in both environments, started the vitellogenic phase of the reproductive cycle in the winter, with an increase in E2 levels. In the wild animals, the highest percentage of vitellogenic oocytes was maintained in the ovaries from spring to summer, a period in which E2 levels remained high. On the other hand, in captivity, a higher level of E2 was observed only in winter. Even so, the females in captivity maintained the fecundity significantly higher when compared with the wild ones, and also a higher percentage of vitellogenic oocytes, evidencing the absence of spawning and a delay in the yolk absorption. In G2, the vitellogenic stage of oocytes in wild females started in the fall, with a progressive increase in E2 levels, reaching its peak in spring, with the spawning in summer. On the other hand, remaining in the captivity, somehow altered the availability to the environmental tips of the seasonal cycle, and E2 levels as well as the FR virtually remained high throughout the year. These data suggest that A. fasciatus with different numbers of chromosomes have different reproductive patterns, both in a Cat and AN. G1 females could succeed in induced reproduction when handled immediately after winter, while G2 females seem to succeed the artificial reproductive induction throughout the year

A identificação forense através da análise de ácidos nucléicos é realizada, freqüentemente, pelo estudo de regiões polimórficas do DNA, tais como os STRs, regiões que apresentam repetições consecutivas curtas. Para a utilização destes marcadores na identificação humana é necessário conhecer a distribuição de seus alelos na população a qual o indivíduo pertence, visto que essa varia entre diferentes populações. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo determinar a freqüência alélica de cinco STRs do cromossomo X (DXS6854, DXS7424, DXS101, DXS6808 e DXS7132), a fim de avaliar a contribuição destes marcadores, através de cálculos estatísticos, na prática forense e em testes de paternidade. Foram coletadas amostras de esfregaço bucal, através de swab bucal, sendo depositado em cartão de coleta, e/ou sangue, através de punção digital depositada em cartão de coleta, em 243 sujeitos da pesquisa, sendo estes indivíduos não aparentados, residentes no Estado de São Paulo. A extração do DNA foi realizada a partir do Kit DNA IQ® (Promega), de acordo com as normas do fabricante e, na reação de PCR, utilizou-se um multiplex desenvolvido pela empresa BIOCOD (Belo Horizonte, MG), sendo a tipagem dos loci obtida através de corrida eletroforética, em gel de poliacrilamida desnaturante, no seqüenciador automático AlfExpress® (Amersham Biosciences). Os resultados foram analisados através dos programas PowerStats ver. 12 (Promega®) e Arlequin ver. 3.1. Como resultados principais foram observados: a grande variabilidade de alelos presentes na população estudada para os STRs selecionados; que o Poder de Discriminação em mulheres variou de 0,658 (DXS6808) a 0,975 (DXS101), assim como em homens entre 0,451 (DXS6808) e 0,881 (DXS101); as chances de exclusão foram calculadas em duas situações, par pai/filha (MECD) e trio pai/mãe/filha (MECT), sendo os melhores resultados apresentados pelo DXS101; além de verificar que a diversidade haplotípica (nas amostras masculinas) foi de 0,9993, indicando uma Probabilidade de Coincidência menor que 0,0007. Sendo assim, é possível concluir que, com exceção do DXS6808, os demais loci STR permitem uma boa aplicação na prática forense, permitindo sua utilização para cálculo estatístico em análises de identificação humana e testes de parentesco. / The forensic identification through DNA analysis is, frequently, done by the study of DNA?s polymorphic regions, such as STR, short tandem repeats. In order to use these markers in human identification, it?s necessary to know the allelic distribution in the population in wich the person belongs. This research aimed to settle the allelic frequencies of five X-chromosome?s STR (DXS6854, DXS7424, DXS101, DXS6808 e DXS7132) and analysis the contribution of these markers, through statistical parameters, in forensic activities and paternity tests. For this, samples of oral rub were collected by oral swab, being deposited on collect card, and/or blood by digital punction, deposited on collect card, with 243 research subject, being not related, living at Sao Paulo State, Brazil. The DNA extraction was performed using Kit DNA IQ® (Promega), according to manufacturer rules and, at PCR, was used a multiplex developed by BIOCOD (Belo Horizonte, Minas Gerais State), being the loci typifying obtained by eletrophoretical procedure, on polyacrilamid gel, using AlfExpress® (Amersham Biosciences). The results were statistically analyzed by PowerStats ver. 12 (Promega®) and Arlequin ver. 3.1 programs. The principal results showed: the great allele variability in this population sample to the selected STRs; that Power of Discrimination in women varied from 0.658 (DXS6808) to 0.975 (DXS101), as well as in men between 0.451 (DXS6808) and 0.881 (DXS101); the mean exclusion chance were calculated at two conditions, pair father/daughter (MECD) and trios involving daughters (MECT), being the best results performed by DXS101; and verify that haplotipical diversity (in men samples) was 0.9993, showing a Chance of Coincidence under 0.0007. In this way, it?s possible to conclude that, with exception of DXS6808, the other STRs loci studied can be used at forensic practice, using for statistical math in human identification and kinship testing.

Orientador: Carmem Silvia Fontanetti Christofoletti / Banca: Maria Aparecida Marin Morales / Banca: Silvia Tamie Matsumoto / Resumo: A degradação dos recursos hídricos, como os ambientes lênticos, dentre eles, os lagos, é uma das maiores preocupações atualmente, visto que esta pode causar danos diretos ou indiretos à saúde e à sobrevivência dos organismos expostos. Um dos fatores que contribui para a alteração da qualidade das águas de ambientes lênticos é o despejo de efluentes, principalmente àqueles de origem doméstica, portadores de substâncias que chegam a ser tóxicas para o meio aquático. Por meio dos testes citogenéticos, utilizando os mais diversificados organismos-teste, é possível biomonitorar a extensão da poluição e avaliar os efeitos dessas substâncias presentes no ambiente natural. Com esse intuito, o presente trabalho tomou por modelo de estudo, um lago urbano artificial (Lago Azul, Rio Claro-SP) e objetivou avaliar o potencial citotóxico, genotóxico e mutagênico das águas desse ambiente, por meio dos testes de aberrações cromossômicas e micronúcleos, em células meristemáticas de Allium cepa (cebola), em dois tratamentos: o contínuo e o período de recuperação, em água ultra pura; e, pelo teste do micronúcleo associado às anormalidades nucleares e do ensaio do cometa, aplicados em eritrócitos de Oreochromis niloticus (tilápia). Coletas de águas sazonais foram realizadas na estação seca (agosto/2006 e agosto/2007) e na estação chuvosa (março/2007 e fevereiro/2008). Análises físico-químicas foram feitas para uma coleta de cada estação. A partir dos dados obtidos, pode-se inferir que as águas desse ambiente lêntico apresentam potencial citotóxico, genotóxico e mutagênico, nas duas estações de coletas, para os dois organismos-teste empregados. As análises de metais revelaram concentrações acima do permitido pela legislação de Ag, Cd2+, Cu e Fe3+, em ambas as estações. Embora os... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The degradation of water resources, as the lentics environments, among them, the lakes, is a major concern now, because it can cause direct or indirect damages to health and to the survival of the exposed organisms. One factor that can contribute to change the water quality of lentics environments is the dumping of effluents, mainly those of domestic origin, carriers of substances that come to be toxic to the aquatic environment. Through the cytogenetic tests, using the most diverse systems-test, it is possible monitoring the extent of pollution and assess the effects of substances on the natural environment. To that end, this work has taken a model of study, an urban artificial lake (Lago Azul, Rio Claro-SP) and aimed to evaluate the cytotoxic, genotoxic and mutagenic potentials of waters that environment, through tests of chromosome aberrations and micronuclei in meristematic cells of Allium cepa (onion) in two treatments: the continued and the period of recovery, in ultra pure water, and by the micronucleus and nuclear abnormalities test and of the comet assay, applied in erythrocytes of Oreochromis niloticus (tilapia). Seasonal collections of waters were held in the dry season (august/2006 and august/2007) and the rainy season (march/2007 and february/2008). Physical and chemical analyses were made for a collection of each season. From the data obtained, it can be infered that the waters of this lentic environment had cytotoxic, genotoxic and mutagenic potentials in two seasons of collections for the two systems-test employed. Analyses of metals detected high concentrations of Ag, Cd2+, Cu, Fe3+, whose values are higher than permitted by law, in both seasons. Although the cytotoxic, genotoxic and mutagenic potentials have been detected in two seasons, the dry season is that presented the highest risk... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

L’inactivation d’un des deux chromosomes X dans les cellules d’organismes femelles permet d’assurer un taux similaire des transcrits des gènes liés aux chromosomes X entre les deux sexes. L’ARN non codant Xist d’environ 17000 nts joue un rôle central dans ce processus. Il habille le futur chromosome X inactivé et induit la mise en place de modifications épigénétiques qui permettent d’éteindre l’expression des gènes. Une région d’approximativement 500 nts située à l’extrémité 5’ de l’ARN Xist est nécessaire à l’initiation de l’inactivation. Cette région appelée region des A-repeats contient 8 répétitions d’une séquence de 24 nucléotides. La délétion de cette région provoque un défaut d’inactivation, ce qui souligne son importance dans le processus. Etant donné que la fonction d’un ARN est bien souvent conditionnée par sa structure 2D, mon travail de thèse a consisté à réaliser l’étude expérimentale de la structure 2D de la région des A-repeats, ceci en utilisant des sondes de la structure secondaire des ARN en solution et une méthode de FRET. Nous avons montré que la région des A-repeats se structure selon 2 grandes structures tige-boucle irrégulières formées par l’appariement 2 à 2 des éléments répétés. Par purification des RNP et identification de leurs protéines, nous avons démontré que le complexe PRC2, impliqué dans la mise en place des marques épigénétiques du Xi, se lie à la région des A-repeats. Nous avons également identifié un grand nombre d’autres protéines pouvant avoir un rôle dans l’activité de la région des A-repeats (PTB, KSRP, Sam68, Vigiline, RHA, TIAR, DEK, H1, BRML1, Rod1, Lin28). Leurs implications dans l’inactivation du chromosome X est en cours de vérification. / Silencing of one X chromosome (XCI) in cells of mammalian female ensures sex chromosome dosage compensation between male and female. The 17kb Xist ncRNA plays an essential role in XCI. Its spread along the future inactivated X chromosome is associated with major modifications of the epigenetic status of this chromosome, including histone H3K27 methylations mediated by PRC2 complex. One key part of Xist necessary for XCI initiation is the phylogenetically conserved A region. It lies at the 5’ end of the Xist molecule and contains 8 of a 24-nucleotides motif. Female mouse embryos carrying a mutated Xist deleted for the A region are selectively lost during embryogenesis, which underlines the importance of this element. We performed the first experimental analysis of the structure of the entire A region in solution. By the use of chemical and enzymatic probes and FRET experiments, using oligonucleotides carrying fluorescent dyes, we established a 2D structure for the A region that contains two long stem-loop structures each including 4 repeats which interact together two by two. By immunoprecipitation assays and mass spectrometry analysis, we identified the protein partners of the A region. We demonstrated that the A region associate with PRC2 components which is responsible for the apposition of epigenetic modifications of X inactive chromosome. Others proteins which would have a role in A region function were also identified (PTB, KSRP, Sam68, Vigiline, RHA, TIAR, DEK, H1, BRML1, Rod1, Lin28).

Introdução: Dentre os tumores primários do SNC, o meningioma é o tipo mais frequentemente diagnosticado, sendo responsável por 35,5% dos casos, considerando-se todas as faixas etárias. A gênese dos meningiomas é um processo complexo que envolve o acúmulo de alterações genéticas, sendo o evento mais conhecido a deleção no braço longo do cromossomo 22. O entendimento da iniciação e do crescimento dos meningiomas em nível molecular pode ajudar a definir novos alvos de terapia e, neste contexto, tem se destacado na última década o estudo dos microRNAs (miRNAs). Os miRNAs são uma classe de pequenos RNAs não codificadores que regulam a expressão gênica e têm um papel crucial no desenvolvimento de vários tipos de câncer. O reconhecimento do papel destes RNAs na fisiopatologia dos tumores do SNC vem ganhando destaque. O objetivo deste estudo é compreender o envolvimento da deleção do cromossomo 22q no perfil de expressão de genes e de miRNAs nos meningiomas grau I e, com isso, possibilitar uma melhor compreensão da sua natureza que permita propor alvos potenciais para novas formas de terapia molecular no futuro. Pacientes e métodos: Em um estudo prévio de nosso grupo foi feita uma análise global da expressão gênica pela metodologia de microarrays. Inicialmente para determinação dos grupos foi feita uma análise pela técnica de FISH para identificar quais amostras tinham a deleção do cromossomo 22q e por análise dos microarrays foram selecionados microRNAs e genes para validação PCR em tempo real. Em nosso estudo atual foram utilizadas 15 amostras em cada grupo: um grupo de meningiomas com deleção do cromossomo 22q, um segundo grupo de meningiomas sem deleção do cromossomo 22q e um grupo controle de 15 amostras de aracnoide normal. Os genes selecionados foram o ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL e BTC e os miRNAs foram o miR-1 e miR-133b. Resultados e Conclusões: Os genes e microRNAs selecionados pela análise de microarray e validados por PCR em tempo real mostraram-se diferentemente expressos entre meningiomas com deleção do cromossomo 22q e meningiomas sem deleção do cromossomo 22q. Os genes ACVR1C, CCL18 e VGLL3 foram hipoexpressos em ambos os grupos de meningiomas, com deleção do cromossomo 22q e sem deleção do cromossomo 22q. O gene ASPN também foi hipoexpresso em meningiomas sem deleção do 22q quando comparado ao grupo controle. O gene OGDHL foi hiperexpresso em meningiomas sem a deleção do 22q quando comparado ao grupo controle. O gene BTC foi diferentemente expresso entre meningiomas com e sem deleção do 22q. Os microRNAs miR-1e miR-133b foram hipoexpressos em meningiomas com deleção do 22q e em mengiomas sem deleção do 22q. / Introduction: Among the primary tumors of the Nervous System, the meningioma is the most frequently diagnosed type, accounting for 35.5% of cases, considering all age groups. The genesis of meningiomas is a complex process that involves accumulation of genetic alterations, the most important event being the deletion in the long arm of chromosome 22. Understanding the initiation and growth of meningiomas at the molecular level can help developing new targets for therapy and, in this context, has been highlighted in the last decade the study of microRNAs (miRNAs). MiRNAs are a class of small non-coding RNAs which regulates gene expression and plays a crucial role in the development of many types of cancer. The recognition of their role in the pathophysiology of brain tumors has been coming into prominence. The aim of this study is to understand the involvement of chromosome 22q deletion in the expression profile of genes and miRNAs in meningiomas grade I and, with that, allow for a better understanding of its nature which may propose potential targets for new modalities of molecular therapy in the future. Patients and methods: In a previous study of our group, a global analysis by microarray methodology of genes and microRNAs was performed. Firstly, for group determination, a FISH technique analysis was done to identify which samples had the deletion of chromosome 22q and which had not and, by microarray analysis, were selected microRNAs and genes for validation by real-time PCR. In our present study 15 samples in each group were used: one group of meningiomas with deletion of chromosome 22q, a second one of meningiomas without deletion on chromosome 22q and a control group with 15 samples of normal arachnoid. The genes selected were ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL and BTC and the miRNAs were miR-1 and miR-133b. Results and Conclusions: The genes and microRNAs selected by microarray analysis and validated by real-time PCR were differently expressed between meningiomas with deletion of chromosome 22q and meningiomas without deletion of chromosome 22q. The genes ACVR1C, CCL18 and VGLL3 were downregulated in both groups of meningiomas, either with deletion of chromosome 22q and without chromosome 22q deletion. The ASPN gene was downregulated in meningiomas without deletion of 22q when compared to the control group. The OGDHL gene was upregulated in meningiomas without deletion of 22q when compared to the control group. BTC was differentially expressed between meningiomas with and without deletion of 22q. The microRNAs miR-1 and miR-133b were downregulated in meningiomas with deletion of 22q and in mengiomas without deletion of 22q.

The research efforts refer to tracking homologus loci in the chromosomes of a pair of a species. The purpose is to infer the extent of maximum syntenic correlation when an exhaustive set of orthologs of the species are searched. Relevant bioinformatic analyses use comparative mapping of conserved synteny via Oxford grid. In medical diagnostic efforts, deducing such synteny correlation can help screening chromosomal aberration in genetic disorder pathology. Objectively, the present study addresses: (i) Cytogenetic framework of syntenic correlation and, (ii) applying information-theoretics to determine entropy-dictated synteny across an exhaustive set of orthologs of the test pairs of species. / Includes bibliography. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2014. / FAU Electronic Theses and Dissertations Collection

Cytogenetics is a study on the genetic considerations associated with structural and functional aspects of the cells with reference to chromosomal inclusions. Chromosomes are structures within the cells containing body's information in the form of strings of DNA. When atypical version or structural abnormality in one or more chromosomes prevails, it is defined as chromosomal aberrations (CA) depicting certain genetic pathogeny (known as genetic disorders). The present study assumes the presence of normal and abnormal chromosomal sets in varying proportions in the cytogenetic complex ; and, stochastical mixture theory is invoked to ascertain the information redundancy as a function of fractional abnormal chromosome population. This bioinformatic measure of redundancy is indicated as a track-parameter towards the progression of genetic disorder, for example, the growth of cancer. Lastly, using the results obtained, conclusions are enumerated, inferences are outlined and directions for future studies are considered. / by Jagadeshwari Karri. / Thesis (M.S.C.S.)--Florida Atlantic University, 2012. / Includes bibliography. / Mode of access: World Wide Web. / System requirements: Adobe Reader.