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Détermination de la structure secondaire d'une région de l'ARN Xist nécessaire à l'inactivation du chromosome X, la région des A-repeats, et identification de ses partenaires protéiques ayant un rôle structural ou fonctionnel dans l'inactivation / 2D structure determination of a region from Xist RNA involved in X chromosome inactivation called the A-repeats region and identification of its protein partners having a structural or functional role in X inactivationMaenner, Sylvain 10 November 2009 (has links)
L’inactivation d’un des deux chromosomes X dans les cellules d’organismes femelles permet d’assurer un taux similaire des transcrits des gènes liés aux chromosomes X entre les deux sexes. L’ARN non codant Xist d’environ 17000 nts joue un rôle central dans ce processus. Il habille le futur chromosome X inactivé et induit la mise en place de modifications épigénétiques qui permettent d’éteindre l’expression des gènes. Une région d’approximativement 500 nts située à l’extrémité 5’ de l’ARN Xist est nécessaire à l’initiation de l’inactivation. Cette région appelée region des A-repeats contient 8 répétitions d’une séquence de 24 nucléotides. La délétion de cette région provoque un défaut d’inactivation, ce qui souligne son importance dans le processus. Etant donné que la fonction d’un ARN est bien souvent conditionnée par sa structure 2D, mon travail de thèse a consisté à réaliser l’étude expérimentale de la structure 2D de la région des A-repeats, ceci en utilisant des sondes de la structure secondaire des ARN en solution et une méthode de FRET. Nous avons montré que la région des A-repeats se structure selon 2 grandes structures tige-boucle irrégulières formées par l’appariement 2 à 2 des éléments répétés. Par purification des RNP et identification de leurs protéines, nous avons démontré que le complexe PRC2, impliqué dans la mise en place des marques épigénétiques du Xi, se lie à la région des A-repeats. Nous avons également identifié un grand nombre d’autres protéines pouvant avoir un rôle dans l’activité de la région des A-repeats (PTB, KSRP, Sam68, Vigiline, RHA, TIAR, DEK, H1, BRML1, Rod1, Lin28). Leurs implications dans l’inactivation du chromosome X est en cours de vérification. / Silencing of one X chromosome (XCI) in cells of mammalian female ensures sex chromosome dosage compensation between male and female. The 17kb Xist ncRNA plays an essential role in XCI. Its spread along the future inactivated X chromosome is associated with major modifications of the epigenetic status of this chromosome, including histone H3K27 methylations mediated by PRC2 complex. One key part of Xist necessary for XCI initiation is the phylogenetically conserved A region. It lies at the 5’ end of the Xist molecule and contains 8 of a 24-nucleotides motif. Female mouse embryos carrying a mutated Xist deleted for the A region are selectively lost during embryogenesis, which underlines the importance of this element. We performed the first experimental analysis of the structure of the entire A region in solution. By the use of chemical and enzymatic probes and FRET experiments, using oligonucleotides carrying fluorescent dyes, we established a 2D structure for the A region that contains two long stem-loop structures each including 4 repeats which interact together two by two. By immunoprecipitation assays and mass spectrometry analysis, we identified the protein partners of the A region. We demonstrated that the A region associate with PRC2 components which is responsible for the apposition of epigenetic modifications of X inactive chromosome. Others proteins which would have a role in A region function were also identified (PTB, KSRP, Sam68, Vigiline, RHA, TIAR, DEK, H1, BRML1, Rod1, Lin28).
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Expressão dos microRNAs miR-1 e miR-133b e dos genes ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL, BTC em meningiomas com e sem deleção do cromossomo 22q / Expression of microRNAs miR-1 and miR-133b and of genes ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL, BTC in meningiomas with and without deletion in the 22q chromosomeRenzi Junior, Irineu 03 June 2015 (has links)
Introdução: Dentre os tumores primários do SNC, o meningioma é o tipo mais frequentemente diagnosticado, sendo responsável por 35,5% dos casos, considerando-se todas as faixas etárias. A gênese dos meningiomas é um processo complexo que envolve o acúmulo de alterações genéticas, sendo o evento mais conhecido a deleção no braço longo do cromossomo 22. O entendimento da iniciação e do crescimento dos meningiomas em nível molecular pode ajudar a definir novos alvos de terapia e, neste contexto, tem se destacado na última década o estudo dos microRNAs (miRNAs). Os miRNAs são uma classe de pequenos RNAs não codificadores que regulam a expressão gênica e têm um papel crucial no desenvolvimento de vários tipos de câncer. O reconhecimento do papel destes RNAs na fisiopatologia dos tumores do SNC vem ganhando destaque. O objetivo deste estudo é compreender o envolvimento da deleção do cromossomo 22q no perfil de expressão de genes e de miRNAs nos meningiomas grau I e, com isso, possibilitar uma melhor compreensão da sua natureza que permita propor alvos potenciais para novas formas de terapia molecular no futuro. Pacientes e métodos: Em um estudo prévio de nosso grupo foi feita uma análise global da expressão gênica pela metodologia de microarrays. Inicialmente para determinação dos grupos foi feita uma análise pela técnica de FISH para identificar quais amostras tinham a deleção do cromossomo 22q e por análise dos microarrays foram selecionados microRNAs e genes para validação PCR em tempo real. Em nosso estudo atual foram utilizadas 15 amostras em cada grupo: um grupo de meningiomas com deleção do cromossomo 22q, um segundo grupo de meningiomas sem deleção do cromossomo 22q e um grupo controle de 15 amostras de aracnoide normal. Os genes selecionados foram o ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL e BTC e os miRNAs foram o miR-1 e miR-133b. Resultados e Conclusões: Os genes e microRNAs selecionados pela análise de microarray e validados por PCR em tempo real mostraram-se diferentemente expressos entre meningiomas com deleção do cromossomo 22q e meningiomas sem deleção do cromossomo 22q. Os genes ACVR1C, CCL18 e VGLL3 foram hipoexpressos em ambos os grupos de meningiomas, com deleção do cromossomo 22q e sem deleção do cromossomo 22q. O gene ASPN também foi hipoexpresso em meningiomas sem deleção do 22q quando comparado ao grupo controle. O gene OGDHL foi hiperexpresso em meningiomas sem a deleção do 22q quando comparado ao grupo controle. O gene BTC foi diferentemente expresso entre meningiomas com e sem deleção do 22q. Os microRNAs miR-1e miR-133b foram hipoexpressos em meningiomas com deleção do 22q e em mengiomas sem deleção do 22q. / Introduction: Among the primary tumors of the Nervous System, the meningioma is the most frequently diagnosed type, accounting for 35.5% of cases, considering all age groups. The genesis of meningiomas is a complex process that involves accumulation of genetic alterations, the most important event being the deletion in the long arm of chromosome 22. Understanding the initiation and growth of meningiomas at the molecular level can help developing new targets for therapy and, in this context, has been highlighted in the last decade the study of microRNAs (miRNAs). MiRNAs are a class of small non-coding RNAs which regulates gene expression and plays a crucial role in the development of many types of cancer. The recognition of their role in the pathophysiology of brain tumors has been coming into prominence. The aim of this study is to understand the involvement of chromosome 22q deletion in the expression profile of genes and miRNAs in meningiomas grade I and, with that, allow for a better understanding of its nature which may propose potential targets for new modalities of molecular therapy in the future. Patients and methods: In a previous study of our group, a global analysis by microarray methodology of genes and microRNAs was performed. Firstly, for group determination, a FISH technique analysis was done to identify which samples had the deletion of chromosome 22q and which had not and, by microarray analysis, were selected microRNAs and genes for validation by real-time PCR. In our present study 15 samples in each group were used: one group of meningiomas with deletion of chromosome 22q, a second one of meningiomas without deletion on chromosome 22q and a control group with 15 samples of normal arachnoid. The genes selected were ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL and BTC and the miRNAs were miR-1 and miR-133b. Results and Conclusions: The genes and microRNAs selected by microarray analysis and validated by real-time PCR were differently expressed between meningiomas with deletion of chromosome 22q and meningiomas without deletion of chromosome 22q. The genes ACVR1C, CCL18 and VGLL3 were downregulated in both groups of meningiomas, either with deletion of chromosome 22q and without chromosome 22q deletion. The ASPN gene was downregulated in meningiomas without deletion of 22q when compared to the control group. The OGDHL gene was upregulated in meningiomas without deletion of 22q when compared to the control group. BTC was differentially expressed between meningiomas with and without deletion of 22q. The microRNAs miR-1 and miR-133b were downregulated in meningiomas with deletion of 22q and in mengiomas without deletion of 22q.
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Cytogenetic of chromosomal synteny evaluation: bioinformatic applications towards screening of chromosomal aberrations/ genetic disorderUnknown Date (has links)
The research efforts refer to tracking homologus loci in the chromosomes of a pair of a species. The purpose is to infer the extent of maximum syntenic correlation when an exhaustive set of orthologs of the species are searched. Relevant bioinformatic analyses use comparative mapping of conserved synteny via Oxford grid. In medical diagnostic efforts, deducing such synteny correlation can help screening chromosomal aberration in genetic disorder pathology. Objectively, the present study addresses: (i) Cytogenetic framework of syntenic correlation and, (ii) applying information-theoretics to determine entropy-dictated synteny across an exhaustive set of orthologs of the test pairs of species. / Includes bibliography. / Thesis (M.S.)--Florida Atlantic University, 2014. / FAU Electronic Theses and Dissertations Collection
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Cytogenic bioinformatics of chromosomal aberrations and genetic disorders: data-mining of relevant biostatistical featuresUnknown Date (has links)
Cytogenetics is a study on the genetic considerations associated with structural and functional aspects of the cells with reference to chromosomal inclusions. Chromosomes are structures within the cells containing body's information in the form of strings of DNA. When atypical version or structural abnormality in one or more chromosomes prevails, it is defined as chromosomal aberrations (CA) depicting certain genetic pathogeny (known as genetic disorders). The present study assumes the presence of normal and abnormal chromosomal sets in varying proportions in the cytogenetic complex ; and, stochastical mixture theory is invoked to ascertain the information redundancy as a function of fractional abnormal chromosome population. This bioinformatic measure of redundancy is indicated as a track-parameter towards the progression of genetic disorder, for example, the growth of cancer. Lastly, using the results obtained, conclusions are enumerated, inferences are outlined and directions for future studies are considered. / by Jagadeshwari Karri. / Thesis (M.S.C.S.)--Florida Atlantic University, 2012. / Includes bibliography. / Mode of access: World Wide Web. / System requirements: Adobe Reader.
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Estimativa da taxa de mutação de marcadores STRs do cromossomo Y em uma amostra da população brasileira e sua importância no processo de identificação humana.Fernandes, Isabella Lacerda 31 March 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1
ISABELLA LACERDA FERNANDES.pdf: 1467834 bytes, checksum: 985b4aa7bf961993ef7672d3838bc086 (MD5)
Previous issue date: 2015-03-31 / Microsatellite markers are short sequences, repetitive, highly polymorphic and
hereditary present in the DNA, which follow the Mendelian pattern of segregation. Due
to its haplotype heritage has been used to trace the paternal line to be passed from
generation to generation without any changes, except in cases of mutation. The stepwise
mutation model is more acceptable to mutation in microsatellite markers, assuming
that each mutational event the length of a microsatellite changes by one or a few
repeating units due to slippage process, which occurs during replication DNA. This
study aimed to estimate the rates of change of microsatellite markers of the Y
chromosome in a sample of the population and its implications in human identification
process. It is a molecular study, which was conducted at Biocroma Laboratory in
partnership with LaGene and Replicon in Goiânia-Goiás. Samples of study were
selected from 80 cases of investigation of paternity by DNA analysis, undergo mutation
analysis in the Y chromosome haplotypes with molecular amplification system
PowerPlex® Y23 System - Promega Corporation. Were identified 15 records of
germline mutations in the Y chromosome between alleged parents and children related
to suspected samples. The results have identified 9 mutations gain and 6 mutations loss
of repetitions numbers. The DYS576 marker had the highest number of reported
mutations (20%), followed by DYS570, which identified two mutations (13.33%). The
markers DYS389 II, DYS391, DYS481, DYS549, DYS438, DYS439, DYS393,
DYS458, DYS385 a - b DYS456 showed only 1 (6.66%) mutation record each. In the
other markers, DYS389 I, DYS448, DYS19, DYS533, DYS437, DYS635, DYS390,
DYS392, DYS643 and Y-GATA-H4 mutations were not identified in the samples
analyzed in this study. Thus the identification of mutations increases the tools that are
used in genetic analysis link laboratories and can deliver a more reliable result
minimizing potential errors in the analyzes. / Os marcadores microssatélites são sequências curtas, repetitivas, altamente
polimórficas e hereditárias presentes no DNA, que seguem o padrão mendeliano de
segregação. Devido a sua herança haplotípica tem sido utilizado para rastrear a
linhagem paterna por ser passado de geração em geração sem nenhuma alteração,
exceto em casos de mutação. O modelo step-wise mutation é o mais aceito para mutação
nos marcadores microssatélites, admitindo-se que, a cada evento mutacional o
comprimento de um microssatélite altera por uma ou poucas unidades de repetição
devido ao processo de slippage, que ocorre durante a replicação do DNA. Este trabalho
teve como objetivo estimar as taxas de mutações dos marcadores microssatélites do
cromossomo Y em uma amostra da população brasileira e suas implicações no processo
de identificação humana. Trata-se de um estudo molecular, que foi conduzido no
Laboratório Biocroma em parceria com o LaGene e Replicon em Goiânia-Goiás. As
amostras de estudo foram selecionadas de 80 casos de investigação de paternidade pela
análise do DNA, submetidos a análise de mutações nos haplótipos do cromossomo Y
com o sistema de amplificação molecular PowerPlex® Y23 System Promega
Corporation. Foram identificados 15 registros de mutações germinativas no
cromossomo Y entre supostos pais e supostos filhos referentes às amostras analisadas.
Os resultados obtidos permitiram identificar 9 mutações de ganho e 6 mutações de
perda de números de repetições. O marcador DYS576 apresentou o maior número de
mutações registrados (20%), seguido pelo DYS570, que permitiu identificar 2 mutações
(13,33%). Os marcadores DYS389 II, DYS391, DYS481, DYS549, DYS438, DYS439,
DYS393, DYS458, DYS385 a-b e DYS456 apresentaram apenas 1 (6,66%) registro de
mutação cada. Nos demais marcadores, DYS389 I, DYS448, DYS19, DYS533,
DYS437, DYS635, DYS390, DYS392, DYS643 e Y-GATA-H4 não foram
identificadas mutações nas amostras analisadas neste estudo. Desta forma a
identificação das mutações aumenta as ferramentas que são utilizadas nos laboratórios
de análise de vínculo genético e que podem garantir um resultado mais confiável
minimizando possíveis erros nas análises.
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MICRODELEÇÕES DA REGIÃO AZF (YQ11) DE DESCENDENTES POR PATRILINHAGEM DE HOMENS INFÉRTEISRodovalho, Ricardo Goulart 27 March 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Ricardo Goulart Rodovalho.pdf: 490214 bytes, checksum: 86f31d10876ac161981506bf61d01362 (MD5)
Previous issue date: 2008-03-27 / Male infertility is under a difficult condition of treatment, because it is not a single entity,
but reflecting a variety of different pathological conditions, preventing a unique strategy of
treatment. Structural changes in Y chromosome have been responsible for male infertility. We
examined 26 family members of 13 patients with male infertility and had deletions in the AZF
region. In the family 01, a father and a brother did not present a microdeletion. However, one
son present a microdeletion in AZFa (sY84) and spermogram azoospermic but the another son
present a microdeletion in AZFa (sY84) and AZFb (sY127) and a normal spermogram. The father
of the family 02, a severe oligozoospermic man, presented a microdeletion in AZFa (sY84) and
his son, conceived by ICSI process, also presented the same microdeletion. In the other families,
only the men with changed spermogram had presented the microdeletion. Probably, in family 01,
the father and the brother without microdeletions can to present microdeletions of previous or
posterior regions to that one analyzed. The treatment with ICSI can lead to the vertical
transmission of microdeletions in AZF region and also it can cause in the expansion of the
mutation de novo . This result reinforces the need for an investigation of Y chromosome
microdeletion in individual candidates for assisted reproduction, as well as a tracking genetic
counseling. / A infertilidade masculina é considerada uma condição de difícil tratamento, o que ocorre
pelo fato dela não ser uma entidade única, mas refletir uma variedade de diferentes condições
patológicas, dificultando uma estratégia única de tratamento. Alterações estruturais no
cromossomo Y têm sido o principal responsável pela infertilidade masculina. Nós investigamos
26 familiares de 13 pacientes portadores de infertilidade masculina que apresentaram deleções na
região AZF. Na família 01, o pai e um irmão não apresentaram microdeleção. Entretanto um filho
apresentou microdeleção em AZFa (sY84) e espermograma azoospérmico, mas o outro filho
apresentou microdeleção em AZFa (sY84) e AZFb (sY127) e um espermograma normal. O pai
da família 02, oligozoospérmico severo, apresentou microdeleção na região AZFa (sY84) e seu
filho, gerado através da ICSI, também apresentou a mesma microdeleção. Nas outras famílias,
apenas os homens com espermograma alterado apresentaram a microdeleção. Provavelmente, na
família 01, o pai e o irmão sem microdeleção podem apresentar microdeleções em regiões
anteriores ou posteriores àquela analisada. O tratamento com ICSI pode levar à transmissão
vertical de microdeleções da região AZF e também pode ocasionar na expansão da mutação de
novo . Este resultado reforça a necessidade de uma investigação de microdeleção do
cromossomo Y em indivíduos candidatos a reprodução assistida, assim como um
acompanhamento e aconselhamento genético.
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Crescimento e aspectos reprodutivos do pimelodus maculatus triploidesBertolini, Rafaela Manchin January 2018 (has links)
Orientador: George Shigueki Yasui / Resumo: A triploidização é uma ferramenta interessante para produzir peixes estéreis. No Mandi amarelo, Pimelodus maculatus isso pode ser aplicada como uma ferramenta de reconstituição de espécies ameaçadas através de transplante de células germinativastronco. No capítulo I, objetivou-se estabelecer um protocolo eficiente para a triploidização da espécie P. maculatus empregando choques de térmicos. As temperaturas testadas foram de 37°C, 38°C e 39°C, 2 minutos pós-fertilização durante 2 minutos. Os embriões intactos serviram como grupo controle diplóide. A ploidia foi confirmada por citometria de fluxo, diâmetro nuclear dos eritrócitos e citogenética. Taxas de fertilização e sobrevivência foram verificadas nos principais estágios de desenvolvimento embrionário (clivagem, blástula, gástrula, segmentação e eclosão), assim como a porcentagem de larvas normais e anormais, e eficiência da triploidização. O choque térmico reduziu significativamente a sobrevivência no estágio de gástrula (P = 0,0178), somito (P = 0,0469) e incrementou o porcentual de larvas anormais (P = 0,0261). A menor sobrevivência foi observada para o tratamento a 39°C. Todos os tratamentos apresentaram altas porcentagens de indivíduos triploides, sendo o maior valor observado para o choque a 38°C (96,7%). Com base nos resultados acima, foi obtido um eficiente protocolo de triploidização em P. maculatus utilizado choque quente (38°C, 2 mpf e duração de 2 minutos). No capitulo II, foram avaliados aspectos relacionados ao... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Triploidization is an interesting tool to produce sterile fish. In the spotted catfish Pimelodus maculatus, this may be used as a tool for reconstitution of endangered species based on stem germ cell transplantation. In Chapter I, the study aimed to establish an efficient protocol for triploidization in the spotted catfish P. maculatus using temperature shock. The temperatures tested were 37°C, 38°C e 39°C, 2 min postfertilization during 2 minutes. Intact embryos served as diploid control. Ploidy status was confirmed by flow cytometry, nuclear diameter of erythrocytes and karyotyping. Fertilization and hatching rates were verified at the main embryo stages (cleavage, blastula, gastrula, somite stage and hatching), the percentage of normal and abnormal larvae and also the efficacy of triploidization. Heat shock decrease the survival at blastula stage (P= 0,0178), somite (P = 0,0469) and increased the percentage of abnormal larvae (P = 0,0261). The lowest survival was observed at 39 °C. All treatments presented high percentages of triploid individuals, and the highest values were observed for heat shock at 38°C (96,7%). Based on results above, it was obtained an efficient protocol for triploidization in P. maculatus using heat shock (38°C, 2 min postfertilization during 2 minutes). In Chapter II, aspects related to the growth and reproductive performance of diploid (2n) and triploid (3n) of P. maculatus were evaluated. The objective was to evaluate growth according with the plo... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Evolução cromossômica em roedores da tribo Oryzomyini (Rodentia: Cricetidae: Sigmodontinae) / Chromosomal evolution in Oryzomyini tribe (Rodentia: Cricetidae: Sygmodontinae)Moreira, Camila do Nascimento 31 January 2018 (has links)
A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin
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Caracterização fenotípica em indivíduos com microarranjos na região cromossômica 22q11 / Phenotypic characterization in individuals with microarrays in the 22q11 chromosomal regionEmpke, Stéfany Lopes Lucas 20 July 2015 (has links)
Objetivo: Descrever as manifestações clínicas de indivíduos com hipótese diagnostica da Sindrome de deleção 22q11 (SD22q11) confirmados por testes genéticos, na primeira avaliação e durante o acompanhamento dos mesmos em avaliações subsequentes para uma melhor definição do curso natural da doença. Local: Laboratório de Genética e Citogenética Humana do HRAC-USP Bauru/SP. Casuística e metodologia: O presente trabalho é retrospectivo e analisou os dados de prontuários de 72 indivíduos cadastrados no HRAC-USP, os quais receberam hipótese diagnóstica da SD22q11 e foram confirmadas por teste genético (MLPA ou FISH). A avaliação envolveu a analise dos dados relatados por todos os setores do HRAC-USP. Resultados e discussão: Foramanalisados 72prontuários deindivíduos com a SD22q11. Constatamos que a idade media dos indivíduos quando do cadastro no HRAC-USP foi de seis anos. Também constatamos que houve um longo período de tempo entre os retornos ao hospital e que, nesses retornos, nem todas as especialidades foram contempladas. Esses fatos prejudicaram a analise da historia natural da anomalia em questão. Com relação às características fenotipicas, observamos a presença de sinais clínicos típicos, como por exemplo: face alongada, lábios finos, hipoplasia alar, anormalidades menores na orelha, dígitos longos e fendas palpebrais, fissuras labiopalatinas, cardiopatias congenitas, dificuldade de aprendizagem, atraso de linguagem e distúrbios comportamentais. A fissura oral foi à manifestação otorrinolaringológica mais frequente, presente em 75% dos pacientes, onde as fissuras submucosas foram as mais frequentes (43%). As características cognitivas como, atraso de fala (87%), dificuldades de aprendizagem (95%) e distúrbios comportamentais (81%), tiveram um resultado significativo, descritas em quase todos os indivíduos. As cardiopatias congênitas estavam presentes em 47,2% dos prontuários analisados. De um modo geral, comparando a frequência dos sinais clínicos encontrados neste trabalho com dados da literatura, constatamos que as frequências encontram-se dentro do esperado. Conclusão: A maioria dos indivíduos cadastrados no HRAC-USP, pertencentes ao grupo de estudo, apresentou idade superior a 06 anos. Portanto, a observação do curso natural da historia da SD22q11 para avaliar características fenotípicas que surgissem ao longo da evolução clinica do indivíduo e que pudessem ajudar no diagnóstico, ficou prejudicada. Mesmo nos casos onde o indivíduo foi cadastrado no HRAC-USP com idade inferior a dois anos, o diagnóstico foi tardio devido a falta de uma ação multidisciplinar e interdisciplinar no hospital. Mesmo não sendo possível avaliar as características fenotípicas surgidas durante a historia natural da doença, constatamos que as manifestações clínicas relatadas nos prontuários cursam com as características da SD22q11 e em frequências que corroboram com as da literatura / To describe clinical manifestations observed in medical records of individuals registered in the hospital with a diagnostic hypothesis of 22q11.2DS confirmed by genetic tests (MLPA OR FISH), since the first assessment in the HRAC-USP and during the follow up of these individuals in subsequent assessments, in order to achieve a better definition to the natural courses of the disease. Local: Laboratory of Human Genetics and Cytogenetics (HRAC-USP Bauru/SP). Methods: This retrospective study analyzed 72 medical records of individuals registered at the HRAC-USP, who were diagnosed with 22q11DS and who had this diagnosis confirmed by a genetic test (MLPA OR FISH). The assessment concerned the analysis of reported data in all sectors of the HRAC-USP. Results and Discussion: 72 medical records of individuals with 22q11DS were analyzed. It was verified that the average age of individuals when registering at the HRAC-USP was six years old. It was also verified that it took a long period of time for these individuals to return to the hospital and, when they did, not all specialties were contemplated. These facts harmed the analysis of the natural history of the anomaly. About the phenotypic characteristics, some typical clinical signs were observed, such as: long face, thin lips, hypoplasia nasal alar, minor abnormalities in the ear, long digits and narrow palpebral fissures, palatal abnormalities, congenital heart defects, learning disabilities, delay speech and behavioral disorders. An oral cleft was the most frequent otorhinolaryngology manifestation, present in 75% of the patients; among which submucous cleft palate were the most frequent (43%). Cognitive features such as, delay speech (87%), learning disabilities (95%) and behavioral disorders (81%) had a significant result, described in almost all individuals. Congenital heart defects were observed at 4% to 48% of individuals with 22q11.2DS, in this study it was observed in 47.2%. In general, comparing the frequency of some clinical signs observed in this study with the literature data, it was verified that the frequencies were within expectations. Conclusion: Most of the individuals registered at the HRAC belonging to the study group were over 6 years old. Therefore, the observation of natural course of the history of 22q11DS to evaluate the phenotypic characteristics that would arise during the clinical evolution of the individual and that could help in the diagnosis was harmed. Even in cases when the individual was registered at the HRAC-USPunder the age of two, the diagnosis was delayed due to lack of a multidisciplinary and interdisciplinary action in the hospital. Even not being possible to measure the phenotypic characteristics that emerged during the natural history of the disease, it was verified that the clinical manifestations reported in the records occur with the 22q11DS characteristics and in frequencies that corroborate with the literature
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Análise citogenética comparada em mastocitomas: enfoque especial na raça Boxer / Compared cytogenetic analysis in mast cell tumors: a special focus on Boxer breedLima, Mirela Aline Real de 14 April 2009 (has links)
Atualmente muitas são as técnicas utilizadas na área de citogenética para que os desequilíbrios genéticos potencialmente hereditários sejam identificados ou evitados. Algumas das técnicas são utilizadas apenas para o diagnóstico de enfermidades em humanos, mas seria importante que fossem aplicadas também aos animais domésticos, com a finalidade de se associar uma causa genética ao aparecimento de algumas doenças, como por exemplo, os mastocitomas. Os mastocitomas são formações cutâneas neoplásicas originadas de mastócitos e se apresentam com frequência em cães. Algumas raças apresentam maior susceptibilidade ao aparecimento de mastocitoma, e o Boxer tem a maior incidência nesta espécie. Este trabalho objetivou avaliar comparativamente o cariótipo de cães da raça Boxer e buscar uma possível correlação com o desenvolvimento de mastocitoma. Foram utilizadas técnicas citogenéticas de bandamentos C, G e Ron além de análises em coloração convencional (Giemsa). Para tais análises utilizaram-se células cultivadas de linfócitos periféricos e de mastocitomas de Boxer. O material foi analisado e fotografado em microscópio de imersão da marca Zeiss®, em objetiva de 100x, com filtro verde, equipado com software de análise citogenética Ikaros®. Foram consideradas alterações numéricas e estruturais. Foram analisadas 828 metáfases mitóticas provenientes de linfócitos periféricos e células de mastocitomas. A análise das metáfases provenientes de cultura de células dos linfócitos periféricos não apresentou alterações estruturais e a análise numérica mostrou somente uma metáfase com 2n=77, dentre 476 metáfases analisadas. Na análise das metáfases de células tumorais, entre todas as colorações, observou-se que 70,9% apresentou 2n=78, 17,4% mostraram 2n=77; 9,8% 2n=76. Cinco metáfases (1,3%) apresentaram 2n=79 e duas células apresentaram 2n=75. Todas essas alterações numéricas estão relacionadas com alterações estruturais do tipo fusão cêntrica. Os resultados obtidos mostram que devido ao crescimento descontrolado, as células tumorais promovem rearranjos na tentativa de controlar a divisão celular. Ainda, o aprimoramento das técnicas diagnósticas em citogenética promove o conhecimento da biologia tumoral do mastocitoma canino, e consequentemente, possibilita o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. / Nowadays there are many techniques applyed in cytogenetics in order to identify or avoid potentially hereditary genetic imbalance. Some of the techniques are used only to diagnose human diseases, but it would be important to apply them also to domestic animals, with the purpose of associating a genetic cause with the appearance of some diseases like, for example, mastocytomas. The mastocytomas are neoplasics cutaneous formation originated from mastocitos and frequently appears in dogs. Some breeds show higher susceptibity to the appearance of mastocytoma, and the boxer breed has shown the highest incidence. The objective of this study is to comparatively evaluate the boxer breed chariotype and search for a possible correlation with the mastocytoma development. There has been utilized cytogenetics bandamentos C,G e Ron as well as conventional (Giemsa) coloring analysis. For those analysis there has been utilized cultivated cells from peripheral lynphocites and boxer´s mastocytomas. The material as been analyzed and photographed in a Zeiss immersion microscope, using a 100x objective with green filter, equipped with Ikaros cytogenetic analysis software. It has been considered numerical and structural alterations. There has been analyzed 828 mithotics metaphases from peripheral lynphocites and mastocytomas cells. The analysis of metaphases from the culture of peripheral lynphocites cells did not show structural alterations and the numerical analysis has shown only one metaphase 2n=77, among 476 analyzed metaphases. In the tumoral metaphase cells analysis, among all colorations, it has been observed that 70,9% presented 2n=78, 17,4% shown 2n=77 and 9,8% 2n=76. Five metaphases (1,3%) presented 2n=79 and two cell presented 2n=75. All these numerical alterations are related with structural alterations from the centric fusion type. The obtained results shows that due to the uncontrolled growth, the tumoral cells promote rearrangements in an attempt to control a cellular division. Yet, the improvement of diagnosis technique in cytogenetics promotes the knowledge of canine mastocytoma tumoral biology, and consequently allows the new therapeutic strategy development.
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