Cette thèse a pour but l'étude de l’interaction des impulsions laser brèves et ultra-intenses avec des cibles de petite taille. Nous nous intéressons surtout des phénomènes liés à l’accélération des ions aux granges énergies. L'outil principal de cette étude est notre code Particle-in-Cell (PIC) bidimensionnel, qui est capable d'effectuer le calcul du mouvement des particules et de l'évolution des champs en régime relativiste et sans collisions. Ce mémoire présente la théorie de l’accélération d’ions par laser, les simulations numériques des différents régimes d'accélération, ainsi que les algorithmes mis en œuvre dans notre code. Les nouveaux résultats obtenus dans le cadre de cette thèse concernent trois cas principaux: 1) l’interaction des impulsions laser intenses avec des cibles de la masse limitée; 2) l’accélération des protons par laser dans des gouttelettes fines d’eau vaporisé; 3) le transport latéral des électrons chauds dans une feuille mince et son effet sur l’accélération d’ions. Nos études théoriques et les simulations numériques sont appliquées pour l'interprétation des résultats des deux expériences récentes réalisées par les équipes de recherche en Allemagne et en France. Ces expériences montrent une accélération efficace d’ions dans les conditions prévues dans nos travaux théoriques. Le spectre énergétique et le nombre des protons accélérés dans les feuilles minces de la surface limitée et dans les gouttelettes d’eau se comportent conformément aux nos prévisions. Le modèle théorique développé dans cette thèse considère l'accélération des ions en deux étapes. Le champ du laser n'interagit pas directement avec les ions du plasma du à sa masse très élevée. Par contre, les électrons chauds, générés pendant l’interaction de l'impulsion laser avec une cible, produisent les champs électrostatiques importants qui accélèrent les ions aux hautes énergies. Ces champs peuvent être amplifiés si la masse de la cible est suffisamment petite. Nous considérons que la cible a une masse limitée, si toutes ses dimensions sont comparables avec la taille du faisceau laser dans la zone d'interaction. Ces cibles permettent de réduire la dispersion des électrons chauds, et donc d'améliorer la transformation de l'énergie cinétique d'électrons dans l’´energie des ions. Nos simulations numériques indiquent que la taille de cible transverse optimale est égale au diamètre du faisceau laser. Les expériences récentes avec des feuilles minces de la surface limitée ont confirmé que la transformation de l’énergie laser `a l’énergie des ions est plus efficace, l’énergie des ions est plus élevée, et la divergence du faisceau d’ions diminue avec la diminution de la surface de feuille. La physique de l’interaction d'un faisceau laser avec les gouttelettes d’eau est plus complexe, car il faut prendre en compte plusieurs facteurs tels que l'ionisation inhomogène des atomes de la gouttelette et la recombinaison, sa position dans le focus de laser, les collisions des électrons etc. Nous avons modélisé l’interaction de l’impulsion laser avec une gouttelette de diamètre de 100 nm. Dans un petit agrégat des atomes irradié par laser, les électrons sont expulsés par la force pondéromotrice et, pas conséquent, les ions sont accélérés par la force de Coulomb. Nous avons réussi d'expliquer la formation d'un pic dans la fonction de distribution des protons en énergie par l'effet de la répulsion mutuelle entre deux espèces des ions. Finalement, nous avons étudié le transport latéral des électrons dans le cas de l'incidence rasante du faisceau laser sur la cible mince plaine. Avec une série des simulations nous avons démontré qui le transport des électrons accélérés est réalisé par deux mécanismes complémentaires: par le guidage des électrons chauds sur la surface d’avant de la feuille par les champs quasi statiques électrique et magnétique et par la recirculation des électrons entre les faces l'arrière et l'avant de la cible. / The presented thesis is based on a theoretical study of the interaction of femtosecond laser pulses with small-size targets and related phenomena, mainly acceleration of ions. We have employed our relativistic collisionless two-dimensional particle-in-cell code to describe the interaction and subsequent ion acceleration. The theory of ion acceleration and related physics (for example, electron heating mechanisms) have been reviewed as well as computational algorithms used in our simulation code. In the thesis, our obtained results are organized into three main parts: 1) interaction of an intense laser pulse with mass-limited targets; 2) laser proton acceleration in a water spray target; 3) lateral hot electron transport and ion acceleration in thin foils. Our theoretical and numerical studies are accompanied with recent experimental results obtained by cooperating research groups on enhanced ion acceleration in thin foils of reduced surface and on proton acceleration in a cloud of water microdroplets. Since the field of nowadays operating lasers is not sufficient to accelerate directly ions to high energies due to their at least 1000 times larger mass-to-charge ratio compared with electrons, the ion acceleration is mediated by hot electrons creating strong electrostatic fields (a population of electrons heated by the laser wave) in targets of sizes higher or comparable with the laser wavelength or by Coulomb force between ions after electron expulsion in small clusters. Due to reduced target dimensions, the mass-limited targets, defined as the targets having all dimensions comparable with the laser spot size, limit the spread of hot electrons and, thus, the electron kinetic energy is transferred to ions more efficiently. We found via 2D PIC simulations that the optimum transverse target size is about the laser beam diameter. The enhancement of proton energy, laser-to-proton conversion efficiency, and narrower ion angular spread have been observed in recent experiments with thin foil sections and have confirmed our previous theoretical studies. The physics of the laser pulse interaction with water spray is rather complex and includes many phenomena (microdroplet ablation by laser prepulse, inhomogeneous droplet ionization, laser focal spot position in the spray, recombination and collisional effects in the surrounding target material, etc.). We have carried out numerical simulations of the laser pulse interaction with a water microdroplet of diameter of 100 nm, which gives an insight into the physics of ion acceleration in the spray. One can observe a pronounced peak in the proton energy spectra at the cutoff energy, which was explained by mutual interaction between protons and oxygen ions. Finally, we have studied two mechanisms of lateral electron transport in a thin foil - the first is due to hot electron guiding along the foil front surface by generated quasi-static electric and magnetic fields, and the second is caused by the hot electron recirculation (reversing of the normal component of electron velocity when the electron propagating through the foil starts to escape into vacuum, while the transverse velocity is largely unaltered). We found that only a small number of electrons can be guided along the foil surface for large incidence angles (60° and more) of the laser beam on the foil surface, whereas the majority of electrons is laterally transported towards foil edges due to the recirculation through the thin foil. However, electrons guided along the surface can be accelerated to several times higher energy than the recirculating electrons, which enhances the energy of accelerated ions from foil edges.

En réponse au nombre toujours élevé de décès provoqués par les accidents routiers, l'industrie automobile a fait de la sécurité un sujet majeur de son activité global. Les radars automobiles qui étaient de simples capteurs pour véhicule de confort, sont devenus des éléments essentiels de la norme de sécurité routière. Le domaine de l’automobile est un domaine très exigent en terme de sécurité et les radars automobiles doivent avoir des performances de détection très élevées et doivent répondre à des nombreuses contraintes telles que la facilité de production et/ou le faible coût. Cette thèse concerne le développement d’algorithmes pour la détection et la localisation de piétons et de cyclistes pour des radars automobiles de nouvelle génération. Nous avons proposé une architecture de réseau d'antennes non uniforme optimale et des méthodes d'estimation spectrale à haute résolution permettant d’estimer avec précision la position angulaire des objets à partir de la direction d'arrivée (DoA) de leur réponse. Ces techniques sont adaptées à l'architecture du réseau d'antennes proposé et les performances sont évaluées à l'aide de données radar automobiles simulées et réelles acquises dans le cadre de scénarios spécifiques. Nous avons également proposé un détecteur de cible de collision, basé sur la décomposition en sous-espaces Doppler, dont l'objectif principal est d'identifier des cibles latérales dont les caractéristiques de trajectoire représentent potentiellement un danger de collision. Une méthode de calcul d'attribut de cible est également développée et un algorithme de classification est proposé pour discriminer les piétons, cyclistes et véhicules. Les différents algorithmes sont évalués et validés à l'aide de données radar automobiles réelles sur plusieurs scenarios. / In response to the persistently high number of deaths provoked by road crashes, the automotive industry has promoted safety as a major topic in their global activity. Automotive radars have been transformed from being simple sensors for comfort vehicle, to becoming essential elements of safety standard. The design of new generations automotive radars has to face various constraints and generally proposes a compromise between reliability, robustness, manufacturability, high-performance and low cost. The main objective of this PhD thesis is to design algorithms for the detection and localization of pedestrians and cyclists using new generation automotive radars. We propose an optimal non-uniform antenna array architecture and some high resolution spectral estimation methods to accurately estimate the position of objects from the direction of arrival (DOA) of their responses to the radar. These techniques are adapted to the proposed antenna array architecture and the performance is evaluated using both simulated and real automotive radar data, acquired in the frame of specific scenarios. We propose a collision target detector, based on the orthogonality of angle-Doppler subspaces, whose main goal is to identify lateral targets, whose trajectory features represent potentially a danger of collision. A target attribute calculation method is also developed and classification algorithm is proposed to classify pedestrian, cyclists and vehicles. This classification algorithm is evaluated and validated using real automotive radar data with several scenarios.

Dans les systèmes de perception multicapteurs, un point central concerne le suivi d'objets multiples. Dans mes travaux de thèse, le capteur principal est un télémètre laser à balayage qui perçoit des cibles étendues. Le problème desuivi multi-objets se décompose généralement en plusieurs étapes (détection, association et suivi) réalisées de manière séquentielle ou conjointe. Mes travaux ont permis de proposer des alternatives à ces méthodes en adoptant une approche "track-before-detect" sur cibles distribuées qui permet d'éviter la succession des traitements en proposant un cadre global de résolution de ce problème d'estimation. Dans une première partie, nous proposons une méthode de détection travaillant directement en coordonnées naturelles (polaires) qui exploite les propriétés d'invariance géométrique des objets suivis. Cette solution est ensuite intégrée dans le cadre des approches JPDA et PHD de suivi multicibles résolues grâce aux méthodes de Monte-Carlo séquentielles. La seconde partie du manuscrit vise à s'affranchir du détecteur pour proposer une méthode dans laquelle le modèle d'objet est directement intégré au processus de suivi. C'est sur ce point clé que les avancées ont été les plus significatives permettant d'aboutir à une méthode conjointe de détection et de suivi. Un processus d'agrégation a été développé afin de permettre une formalisation des données qui évite tout prétraitement sous-optimal. Nous avons finalement proposé un formalisme général pour les systèmes multicapteurs (multilidar, centrale inertielle, GPS). D'un point de vue applicatif, ces travaux ont été validés dans le domaine du suivi de véhicules pour les systèmes d'aide à la conduite. / In multi-sensor perception systems, an active topic concerns the multiple object tracking methodes. In this work, the main sensor is a scanning laser rangefinder perceiving extended targets. Tracking methods are generally composed of a three-step scheme (detection, association and tracking) which is jointly or sequentially implemented. This work proposes alternative solutions by considering a track-before-detect approach on extended targets. It avoids the classic procedures by proposing a global framework to solve this estimation problem. Firstly, we propose a detection method dealing with measurements in natural coordinates (polar) which is founded on geometrical invariance properties of the tracked objects. This solution is then integrated in the JPDA and PHD multi-target tracking frameworks solved with the sequential Monte-Carlo methods. The second part of this thesis aims at avoiding the detection step to propose an approach where the object model is directly embedded in the tracking process. This lets to build a novel joint detection and tracking approach. An aggregation process was developed to construct a measurement modeling avoiding any suboptimal preprocessing. We finally proposed a general framework for multi-sensor systems ( multiple lidar, inertial sensor, GPS). Theses methods were applied in the area of multiple vehicle tracking for the Advanced Driver Assistance Systems.

Au sein des hémopathies myéloïdes malignes, les syndromes myélodysplasiques(SMD) et les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) représentent des pathologies complexes ethétérogènes résultant d’anomalies clonales des cellules souches médullaires. Elles sontcaractérisées par une hématopoïèse inefficace provoquant des cytopénies sanguines graves.Les connaissances sur les anomalies moléculaires des SMD et des LAM, notammentà caryotype normal, sont globalement pauvres et leur physiopathologie encore mal connue.Une meilleure définition moléculaire est nécessaire pour une évaluation pronostique plusprécise de ces hémopathies et pour optimiser secondairement les stratégies thérapeutiques.Cette thèse présente un panorama des classifications cytogénétiques et moléculairesactuelles des SMD et LAM ainsi que l’étude de certaines altérations moléculairesrencontrées dans ces maladies.Grâce à l’apport des techniques d’analyse génomique à grande échelle, notamment laCGH-array, notre laboratoire a identifié de nouvelles altérations génétiques, parmi lesquellesles mutations du gène ASXL1, ainsi que des altérations des gènes codant les protéines de laCohésine et des régulateurs de la protéine CBL. Nous avons analysé une combinaison demutations de gène et émis l’hypothèse d’un modèle de leucémogenèse à 4 classes demutations, afin d’apporter des pistes dans la compréhension de la physiopathologie des SMDet LAM. / Among myeloid malignancies, myelodysplastic syndromes (MDSs) represent a groupof complex diseases characterized by clonal abnormalities of bone marrow hematopoieticprecursor cells. They are defined by an ineffective hematopoiesis leading to peripheralcytopenias. About 40% of MDSs secondarily evolve to acute myeloid leukemia (AML).This risk of transformation is evaluated by several international prognostic scoringsystems like IPSS and WPSS. The WHO classification recognizes several classes of MDSsessentially based on morphology and cytogenetics features, some with a high progressionrisk, like refractory anemia with excess of blasts type 2, others with a low risk, likerefractory anemia with ringed sideroblasts. However, the classification of MDSs is stillunsatisfactory and relevant prognostic markers allowing earlier treatments for patients with ahigh risk of transformation are still lacking. The physiopathology of SMDs and AMLs withnormal karyotype remains unclear. Currently, the only potentially curative treatment isallogenic stem cell transplant, which is feasible for a restricted number of patients and candisplay side effects and failures.A better knowledge of the molecular biology of MDSs and AMLs is necessary for abetter understanding of these diseases and may provide new early prognosis indicators andbetter strategies of treatments.

Cette thèse, réalisée en partenariat avec Rockwell-Collins France, s'inscrit dans le cadre du développement d'un radar FMCW aéroporté de détection d'obstacles fonctionnant en bande X. Dans cette thèse, nous nous plaçons dans le contexte plus général de détection de cibles présentant un risque de collision avec le porteur radar dans du fouillis de sol. Les performances de détection des cibles d'intérêt diminuent grandement lorsqu'elles se retrouvent dans les zones de fouillis. Le principal objectif de cette thèse réside ainsi dans la conception de traitements en vue d'améliorer les capacités de détection et de reconnaissance de cibles présentant un risque de collision avec le porteur radar dans les zones de fouillis de sol. Dans un premier temps, nous effectuons une revue des traitements adaptés à la détection d'obstacles par un radar aéroporté FMCW: formation de faisceaux conventionnelle, compensation de migration distance, et création d'une cartographie distance-vitesse par double FFT. Dans un second temps, nous utilisons ensuite un traitement d'antennes adaptatif pour séparer en élévation le fouillis de sol et d'éventuels obstacles situés au-dessus du sol pouvant présenter un risque pour le porteur (câbles, pylônes, immeubles, ...). Dans la seconde partie de cette thèse, nous incluons une information supplémentaire sur le signal temporel d'une case distance avec un temps d'intégration plus long~: la variation de fréquence Doppler des cibles. Une cible de collision ou un câble ne changent pas de fréquence tandis qu'un élément au sol aura une variation connue dépendant de la vitesse du porteur et de son angle de vue. Cette information nous a tout d'abord permis de séparer le signal d'un pylône et d'un câble, pour ensuite séparer la cible de collision du fouillis de sol. Enfin, nous effectuons la détection adaptative d'une cible mobile de collision étendue en distance et noyée dans le fouillis de sol. Les algorithmes développés dans cette thèse ont été testés avec succès sur données expérimentales. / This thesis, in collaboration with Rockwell-Collins France, forms part of the development of an X-band FMCW airborne radar designed for obstacles detection and collision avoidance. More precisely, this thesis deals with the problem of detecting targets which exhibit a collision trajectory with the radar carrier, in presence of ground clutter. Target detection performances are highly degraded when the targets of interest fall into ground clutter. The main goal of this thesis is to develop signal processing methods to increase radar detection capacities and recognition for collision targets inside ground clutter. First, we give a brief review of signal processing methods for target detection using an airborne FMCW radar : conventional beamforming, range migration compensation, double-FFTs for Range-Doppler Map visualization. We then derive an adaptive antenna array processing to separate ground clutter and fixed hazardous obstacles above the ground (cables, pylons, buildings, ...) using their difference in elevation angle. In the second part of this thesis, we use a long integration time and include extra information on the time model of a range cell signal : Doppler frequency variation. A collision target does not exhibit Doppler frequency variation, whereas fixed obstacle or ground clutter exhibits a known variation depending on the carrier velocity and the aspect angle. We take advantage of this variation first to separate a cable from a pylon, and then separate collision target from ground clutter. We finally tackle the problem of adaptively detecting a collision mobile spread target in ground clutter region. The proposed algorithms in this thesis have been successively tested on experimental data.

Cette thèse s’intéresse à la gestion des résultats dans le cadre des entreprises innovantes. Elle est constituée de trois articles. Dans le premier, il s’agit d’examiner si les résultats des entreprises innovantes sont gérés et si le stade de développement des innovations influence cette gestion des résultats. Il apparaît que les résultats des entreprises innovantes sont gérés à la hausse. Cette gestion ne semble intervenir qu’au cours de l’activité d’innovation (c’est-à-dire lorsque les entreprises investissent en R&D) ; l’achèvement des innovations n’incitant pas les dirigeants à gérer les résultats. Partant de ce constat, nous nous demandons dans le deuxième article si (i) la comptabilisation des dépenses de R&D est utilisée comme une modalité de GR ou (ii) si l’activation de ces dépenses est une information comptable fiable. Nos résultats montrent que les dépenses de R&D sont activées pour gérer les résultats et plus précisément pour atteindre des résultats cibles. L’activation des dépenses de R&D est une information comptable fiable uniquement lorsque les dirigeants ne sont pas incités à atteindre des résultats cibles. Enfin, dans le troisième article, nous observons si les dirigeants des entreprises innovantes utilisent l’ajustement des dépenses de R&D en plus de leur activation pour atteindre les résultats cibles. Il apparaît que ces deux modalités de GR sont utilisées conjointement pour atteindre le bénéfice et les prévisions de résultat des analystes. En revanche, pour éviter une diminution du résultat, les dépenses de R&D sont soit ajustées soit activées. / This thesis deals with earnings management in the context of innovative companies. It consists in three articles. In the first, we examine whether the earnings of innovative firms are managed and if the stage of development of innovations influences this earnings management. Results show that the results of innovative firms are managed upward. This earnings management seems to occur only during innovative activity (i.e. when firms invest in R&D); the completion of innovations not incenting to manage earnings.Based on this observation, in the second article, we wonder whether (i) R&D expenditures are capitalized in order to manage earnings or (ii) whether the capitalization of these expenditures is reliable accounting information. Our results show that R&D expenses are capitalized in order to manage earnings and more precisely to meet earnings targets. R&D capitalization is reliable only when managers have no incentive to achieve earnings targets. Finally, in the third article, we examine whether managers use jointly the adjustment of R&D expenditures and their capitalization in order to beat earnings targets. Results show that managers use these two earnings management techniques to beat zero earnings and analysts earnings forecasts. However, R&D expenses are either capitalized or reduced to avoid a decrease of earnings.

Le staphylocoque doré (S. aureus) est un pathogène responsable d’infections diverses chez l’homme et l’animal. Il est responsable d’infections suppuratives (furoncles, endocardites, méningites…) ou non suppuratives (toxi-infections alimentaires…). L’émergence de souches bactériennes multi-résistantes aux antibiotiques augmente la gravité des infections et constitue un réel problème de santé publique. Depuis plusieurs années, les chercheurs tentent d’identifier des cibles pour de nouveaux antibiotiques. Parmi elles, les acides ribonucléiques (ARN) dits « régulateurs » constituent un modèle de choix. Environ 200 ARN régulateurs ont été identifiés chez S. aureus, mais jusqu'à maintenant, dans la plupart des cas, leurs fonctions ne sont pas connues. Pour identifier la fonction des ARN régulateurs chez S. aureus, nous avons utilisé une stratégie consistant à mettre en compétition 39 souches différentes dans chacune desquelles un ARN régulateur a été remplacé par une étiquette spécifique identifiable par séquençage. Cette expérience de compétition a été réalisée dans douze conditions de cultures différentes (conditions de stress différents) ainsi que chez un modèle souris. Les résultats de ces expériences ont été obtenus par analyse de séquençage massif haut débit. Un phénotype a été mis en évidence pour 11 des ARN régulateurs étudiés dans les conditions choisies. Nous avons aussi développé une méthode fiable pour identifier les cibles des ARN régulateurs. Cette méthode consistait à utiliser in vitro, ces ARN régulateurs comme appât pour piéger leurs cibles parmi un mélange d’ARN total. Les ARN cibles piégés ont ensuite été séquencés par ARN-seq haut débit. Cette stratégie a été appliquée pour déterminer les cibles de quatre ARN régulateurs chez S. aureus : RsaA, RsaE, RsaH et RNAIII. Plusieurs cibles putatives ont été identifiées et utilisées pour prédire le motif qui serait impliqué dans les interactions entre un ARN régulateur et sa cible. Le dernier chapitre de ce manuscrit concerne l’étude du mécanisme d’action des ARN régulateurs. En général, la liaison de l’ARN régulateur à son ARN messager cible va affecter la stabilité de ce dernier et engendrer sa dégradation par la ribonucléase III (RNase III). Chez S. aureus, RNase III est l’enzyme principalement impliquée dans la dégradation des complexes ARN régulateur-ARN messager (ARN double brin). RNase III a été décrite comme étant non essentielle chez S. aureus. Cependant, nous avons montré que cette ribonucléase est essentielle dans les souches de S. aureus contenant des prophages portant un système toxine/antitoxine (TA) de type I. Dans ces souches, la présence de RNase III est essentielle pour diminuer l’expression de ce système TA et contrer sa toxicité. / Staphylococcus aureus is an opportunistic Gram-positive pathogen bacterium and a leading cause of hospital- and community-acquired infections worldwide. In S. aureus, regulatory RNAs are key mediators in controlling bacterial virulence, viability and adaptability under various environmental conditions. About 200 regulatory RNAs were identified in S. aureus but up to date, their functions in most cases are unknown. To address the function of S. aureus regulatory RNAs, we used a strategy in which competitive fitness experiments were performed with mixed cultures comprising thirty-nine sRNA mutants. A bacterial population made of these mixed mutants was grown in twelve stress conditions and in a mouse model. The results were obtained by deep sequencing analysis. Eleven sRNA gene mutants were found to have an altered fitness in the tested conditions; three of them being requires for solely one studied condition, the others being modified by multiple stress conditions. The absence of sRNA genes generated negative fitness adaptation in all conditions, but one of the mutants had a strong growth defective phenotype at low-temperature. Current investigations indicate that the deleted sequence affects the 3’ end of a mRNA. This sequence is required for an optimum growth in cold conditions and contributes to the stability or translation of the associated mRNA. We also developed a robust procedure to identify reliably sRNA targets based on synthetic sRNAs that were used in vitro as bait to trap their corresponding targets which were subsequently identified by deep sequencing. Using this approach, we found new targets for RsaA, RsaE, RsaH and RNAIII. The binding of sRNAs to targeted mRNAs usually affect their stability by recruiting Ribonucleases (RNases). In S. aureus, RNase III encoded by rnc gene, is a major RNase involved in the degradation of sRNA-mRNA duplexes. RNase III was reported as nonessential in S. aureus. However, we report that the rnc gene is essential in some S. aureus strains due to the presence of prophages carrying type I toxin/antitoxin (TA) system. RNase III in these strains is essential to reduce the expression of TA systems to prevent their toxicity

Staphylococcus aureus est une bactérie pathogène opportuniste de l’Homme et de l’animal qui représente l’une des premières causes d’infections nosocomiales. A l’heure actuelle, la sévérité de ces infections est accentuée par l’augmentation des multi-résistances aux antibiotiques qui en font un problème majeur de santé public. La découverte et l’étude des ARN régulateurs (ARNrég) exprimés par le staphylocoque doré a permis de mettre en évidence leurs rôles de régulateurs de l’étape de colonisation et d’infection (quorum sensing, virulence, résistance aux antibiotique, adaptation environnementales). Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à l’étude de deux ARNrég, SprD impliqué dans la virulence de la bactérie sur modèle animal murin et SprX régulant la résistance aux glycopeptides. Dans le but de comprendre les bases moléculaires de leurs rôles dans la bactérie, nous avons souhaité identifier et valider l’ensemble des cibles directes à ces deux ARN. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à l’étude des nouvelles cibles de SprX. Pour cela, nous avons mis en place une approche in vivo de validation des cibles des ARNrég basée sur la technique des gènes rapporteurs. Nous avons ainsi pu valider deux nouvelles cibles de SprX, les ARNm ecb et purC impliqués respectivement dans l’évasion du système immunitaire et dans le métabolisme des purines. SprX interagit au niveau du site d’initiation de la traduction de ces deux ARNm, et inhibe leurs traductions. Par la suite, nous avons souhaité rechercher de nouvelles cibles pour SprD. Nous avons pu adapter à S. aureus une technique d’identification de nouvelles cibles des ARNrég. L’ensemble des résultats obtenus permettent de préciser les rôles déjà connus des deux ARNrég et offrent de nouvelles possibilités concernant l’étude et la validation des cibles potentielles. / Staphylococcus aureus is an opportunistic pathogen that causes a wide variety of nosocomial and community-acquired infections. Its adaptive capacities, multiple antibiotic resistances and high virulence makes it a major public health issue. The discovery and study of small regulatory RNAs (sRNAs) expressed by S. aureus showed their implication in the switch colonization to host infection. During my phD, I focused on the study of two sRNAs: (i) SprD, involved in staphylococcal virulence and (ii) SprX which regulates glycopeptides resistance. To understand the molecular basis of their roles in staphylococcal physiology, we searched for their direct targets using two different techniques. For SprX, we set up an in vivo technique to validate mRNA targets previously predicted using bioinformatics tools. This method based on the use of a fluorescent reporter gene allowed us to validate two novels SprX targets, the ecb and purC mRNAs involved in immune evasion system and purine metabolism, respectively. We further showed that SprX interacts at the ribosome binding sites preventing translation initiation. In another chapter of my phD project, we adapted the MAPS technique to S. aureus and applied it to the search of SprD direct partners by affinity purification of sRNA-mRNA duplexes. Overall, the results obtained during my thesis allowed us to precise the roles of SprD and SprX and will offer novel possibilities for the staphylococcal community to identify and/or validate of sRNA targets.

L’hormone anti-Müllerienne (AMH) est un membre de la famille TGF-β impliquée dans la différenciation du tractus reproductif mâle. Elle est aussi exprimée par les cellules de la granulosa de l’ovaire adulte. Cependant, son rôle physiologique chez la femelle n’a pas encore été entièrement établi. Mon projet de thèse a pour objectif d’élucider le(s) rôle(s) de l’AMH dans le tractus reproductif femelle. L’AMH transduit ses effets par l’intermédiaire de deux récepteurs transmembranaires sérine/thréonine kinase : un récepteur de type II qui lui est spécifique (AMHR-II) et un récepteur de type I (ActR-IA, BMPR-IA, BMPR-IB) qu’elle partage avec les BMPs. Après fixation de l’hormone sur le récepteur de type II, celui-ci recrute et phosphoryle le récepteur de type I. Ce dernier phosphoryle à son tour les Smads spécifiques (Smad1, 5 et 8) qui s’associent à la Smad commune, Smad4. L’ensemble transloque dans le noyau et en association avec des facteurs de transcription régule les gènes cibles de l’hormone. L'utilisation de souris KO conditionnelles pour les récepteurs Acvr1 et Bmpr1a et d'une technique de siRNA dirigés contre chacun des trois récepteurs de type I a permis de mettre en évidence que le récepteur BMPR-IA est un acteur essentiel de la voie de signalisation de l'AMH dans les cellules de la granulosa. Pour déterminer la ou les Smad(s) impliquées, une technique de gènes rapporteurs, Smad-Gal4/UAS-luciférase, a été utilisée. Nous avons pu montrer que les Smad1 et 5 sont importantes pour la transduction du signal de l'AMH dans les cellules de la granulosa. Récemment des corécepteurs aux BMPs, les Repulsive Guidance Molecule (RGMs), ont été mis en évidence. L’AMH partageant sa voie de signalisation avec les BMPs, nous avons cherché à déterminer si ces corécepteurs pouvaient également intervenir dans la voie de signalisation de l’AMH. Il existe 3 types de RGMs: RGMa, RGMb et RGMc. Nous avons montré en q-PCR que seul RGMb est exprimé dans les cellules de la granulosa alors que les 3 RGMs sont exprimés dans l’ovaire. L'utilisation de siRNA dirigés contre RGMb a permis de montrer que ce récepteur n'est pas nécessaire à la transduction du signal de l'AMH. Actuellement, seuls deux gènes cibles de l’AMH sont connus dans les cellules de la granulosa : l’aromatase et le récepteur LH. Nous avons réalisé des analyses de puces à ADN (ou micro-array) pour décrire de nouveaux gènes cibles de l'AMH. L'analyse des puces a permis de décrire de nouveaux gènes régulés par cette hormone tels qu’Ovgp1 ou Kcnj2. La dernière partie de mon projet visait à déterminer un rôle potentiel de l'AMH dans l'utérus. En effet, le récepteur de cette hormone est exprimé dans le myomètre utérin de souris permettant de supposer qu’elle peut agir sur cet organe. Nous avons pu mettre en évidence une expression faible du gène de l’Amh dans l’utérus. En revanche, l’expression et la localisation de la protéine restent encore à définir. Une expérience de PCR-array a permis de montrer que de nombreux gènes sont différentiellement exprimés entre l’utérus Wt et l’utérus KO Amh. Ceci indique que l’AMH jouerait un rôle sur la régulation de la fonction utérine qu’elle soit exprimée ou non dans cet organe. / Anti-Müllerian hormone (AMH) is a member of the TGF-ß superfamily. AMH is well known for its role in Müllerian duct regression in male fetuses. Postnatally, AMH is secreted by granulosa cells (GCs) of small growing follicles (preantral and small antral). However, despite the increasing interest of ovarian AMH in clinics, little is known on its mechanism of action and its role in female reproductive tract. My PhD project focuses on the identification of AMH function in the female reproductive tract.AMH signals through a type II transmembrane serine/threonine kinase receptor (AMHR-II) which forms a complex with a type I serine/threonine kinase receptor (ActR-IA, BMPR-IA, BMPR-IB). The type II receptor phosphorylates serine and threonine residues of type I receptor. Once activated, the type I receptor phosphorylates the receptor-regulated Smads (R-Smad1/5/8) which interact with a common partner Smad4. The Smad complex accumulates into the nucleus and regulates target gene expression. This canonical signalling pathway is regulated at different levels, in particular by co-receptors which amplify or antagonize TGF-ß family members action. The type I receptors and R-Smads involved in AMH effects on post-natal GCs remain unknown. In addition, to date, no co-receptor has been found for AMH. To define the involvement of the different type I receptors, we used siRNA technology to inactivate Acvr1, Bmpr1a and Bmpr1b in GC. In parallele, we analysed GC extracted from conditional mutant mice for Acvr1 and Bmpr1a. We found that BMPR-IA is the most important type I receptor for AMH to transduce its signal in GC. A Smad-Gal4/UAS-luciferase reporter gene technology allowed us to show that Smad1 and 5 are involved in AMH signaling pathway. Recently, new BMPs coreceptors were found, RGMs for Repulsive Guidance Molecules. There are three RGMs : RGMa, b and c. Because AMH shares with BMPs its type I receptors and R-Smad proteins, we hypothesized that they also share the same co-receptors, the RGM. We showed that RGMb was the only one expressed in GC and after siRNA transfection we demonstrated that this coreceptor is not essential for AMH to transduce its signal.To date, only few AMH target genes have been identified. Aromatase (Cyp19a1) and LH receptor (Lhcgr) are down-regulated by AMH in rat and porcine GCs. We used micro-array technology (Affymetrix) by comparing Wt and knockout immature ovaries to find new AMH target genes. This experiment evidenced that Ovgp1 and Kcnj2 are two new potential AMH target genes in the ovary.The last part of my project was to define a potential role of AMH in murine uterus. Only one study showed that AMHR-II is expressed in the mouse myometrium. We showed that Amh gene is slightly expressed in uterus but the results are not confirmed at the protein level. Using PCR-array, we found a lot of differentially expressed genes between Wt and Amh KO uterus. Therefore, AMH could regulate uterine function through the modulation of different genes located in the myometrium.

L'imagerie hyperspectrale (HSI) repose sur le fait que, pour un matériau donné, la quantité de rayonnement émis varie avec la longueur d'onde. Les capteurs HSI mesurent donc le rayonnement des matériaux au sein de chaque pixel pour un très grand nombre de bandes spectrales contiguës et fournissent des images contenant des informations à la fois spatiale et spectrale. Les méthodes classiques de détection adaptative supposent généralement que le fond est gaussien à vecteur moyenne nul ou connu. Cependant, quand le vecteur moyen est inconnu, comme c'est le cas pour l'image hyperspectrale, il doit être inclus dans le processus de détection. Nous proposons dans ce travail d'étendre les méthodes classiques de détection pour lesquelles la matrice de covariance et le vecteur de moyenne sont tous deux inconnus.Cependant, la distribution statistique multivariée des pixels de l'environnement peut s'éloigner de l'hypothèse gaussienne classiquement utilisée. La classe des distributions elliptiques a été déjà popularisée pour la caractérisation de fond pour l’HSI. Bien que ces modèles non gaussiens aient déjà été exploités dans la modélisation du fond et dans la conception de détecteurs, l'estimation des paramètres (matrice de covariance, vecteur moyenne) est encore généralement effectuée en utilisant des estimateurs conventionnels gaussiens. Dans ce contexte, nous analysons de méthodes d’estimation robuste plus appropriées à ces distributions non-gaussiennes : les M-estimateurs. Ces méthodes de détection couplées à ces nouveaux estimateurs permettent d'une part, d'améliorer les performances de détection dans un environment non-gaussien mais d'autre part de garder les mêmes performances que celles des détecteurs conventionnels dans un environnement gaussien. Elles fournissent ainsi un cadre unifié pour la détection de cibles et la détection d'anomalies pour la HSI. / Hyperspectral imaging (HSI) extends from the fact that for any given material, the amount of emitted radiation varies with wavelength. HSI sensors measure the radiance of the materials within each pixel area at a very large number of contiguous spectral bands and provide image data containing both spatial and spectral information. Classical adaptive detection schemes assume that the background is zero-mean Gaussian or with known mean vector that can be exploited. However, when the mean vector is unknown, as it is the case for hyperspectral imaging, it has to be included in the detection process. We propose in this work an extension of classical detection methods when both covariance matrix and mean vector are unknown.However, the actual multivariate distribution of the background pixels may differ from the generally used Gaussian hypothesis. The class of elliptical distributions has already been popularized for background characterization in HSI. Although these non-Gaussian models have been exploited for background modeling and detection schemes, the parameters estimation (covariance matrix, mean vector) is usually performed using classical Gaussian-based estimators. We analyze here some robust estimation procedures (M-estimators of location and scale) more suitable when non-Gaussian distributions are assumed. Jointly used with M-estimators, these new detectors allow to enhance the target detection performance in non-Gaussian environment while keeping the same performance than the classical detectors in Gaussian environment. Therefore, they provide a unified framework for target detection and anomaly detection in HSI.