L'analyse de réseaux (représentés par des graphes) est une composante importante dans la compréhension de systèmes complexes issus de nombreuses disciplines telles que la biologie, la géographie ou la sociologie. Nous nous intéressons dans cette thèse aux décompositions de ces réseaux. Ces décompositions sont utiles pour la compression des données, la détection de communautés ou la visualisation de graphes. Une décomposition possible est un partitionnement hiérarchique des sommets du graphe. Nous traitons de l'évaluation de la qualité de telles structures (leur capacité à bien capturer la topologie du graphe) par le biais de mesures de qualité. Nous discutons ensuite l'utilisation de ces mesures en tant que fonctions objectives à maximiser dans le cadre d'algorithmes de partitionnement. Enfin, nous nous intéressons à la définition de métaphores visuelles efficaces permettant de représenter différentes décompositions de graphes. / Network analysis is an important step in the understanding of complex systems studied in various areas such as biology, geography or sociology. This thesis focuses on the problems related to the decomposition of those networks when they are modeled by graphs. Graph decomposition methods are useful for data compression, community detection or network visualisation. One possible decomposition is a hierarchical partition of the set of vertices. We propose a method to evaluate the quality of such structures using quality measures and algorithms to maximise those measures. We also discuss the design of effective visual metaphors to represent various graph decompositions.

Les données présentées dans ce manuscrit de thèse sont principalement basées sur l'analyse de séquences d'ADN extraites directement de l'environnement (et en particulier du sol) en les comparant aux données cumulées au fil des siècles sur les microorganismes cultivés en laboratoire. Les objectifs, difficultés, résultats et perspectives de cette approche, que l'on nomme « métagénomique », sont décrits. Un métagénome représente la diversité génétique d'un habitat défini (par exemple un sol du champ agricole) dans sa globalité. Ainsi, générer un métagénome a notamment pour but d’accéder à la diversité génétique de la majorité d'espèces récalcitrantes à la culture. Elle permet aussi d'estimer le potentiel fonctionnel d'un jeu de données métagénomiques représentant un écosystème, puis de le comparer à d'autres jeux de données, représentant quant à eux d'autres environnements. Enfin, un autre intérêt de cette approche est la possibilité, dans certains cas, d'assembler partiellement ou entièrement un métagénome, et ainsi de permettre la reconstruction de structures génétiques complexes, qu'elles représentent des plasmides ou des génomes, circulaires ou non. Ce manuscrit de thèse présente ces aspects de la métagénomique (extraction, séquençage, annotation, comparaison, assemblage) sur l'environnement sol, en se basant sur une prairie anglaise (Park Grass, Rothamsted Research) étudiée depuis plus de 150 ans. Les communautés microbiennes prédominantes ont été partiellement caractérisées, leur potentiel fonctionnel comparé à d'autre environnements majeurs de notre planète (océans, sédiments, neige, etc.). Parce que l'assemblage de ces données est très limité dû à une trop grande diversité, des expérimentations ont été faites en microcosmes afin de stimuler une partie de la communauté avant de générer de nouveaux jeux de données, hautement simplifiés. Cette approche a permis l'assemblage et l'étude structurelle de génomes correspondant à des espèces résistant à des conditions extrêmes (par exemple un apport considérable de mercure, ou de métaux lourds).Lorsque l'on regarde la métagénomique dans sa globalité, les perspectives apparaissent clairement : usant d'outils de plus en plus performants (séquençage, annotation, assemblage, etc.), les microbiologistes peuvent d'ores et déjà récolter le fruit de plus de trois milliards d'années d'évolution et d'adaptation microbienne. / Microbial ecology is beginning to interact with metagenomics and many microbiologists are attracted to metagenomics in the hope of discovering novel relationships between microorganisms and/or confirming that work done on isolates applies to the remaining uncultured members of the different ecosystems. With a growing number of available metagenomic datasets, metagenomes can be intensively mined by microbial ecologists in search of previously undetected correlations (both structural and functional). Here, we provide a preliminary exploration of 77 publically available metagenomes corresponding to DNA samples extracted from oceans, atoll corals, deep oceans, Antarctic aquatic environments, Arctic snows, terrestrial environments (sediments, soils, sludges, microbial fuel cell anode biofilms, acid mine drainage biofilms), polluted air, and animal and human microbiomes (human feces, mouse and chicken cecum, and cow rumen). Results show well-defined environmental specificities that emphasize microbial adaptation and evolution capabilities. Unexpected observations were also made for several ecosystems, thus providing new hypotheses about the life style of their microbial communities. Available metagenomes are a gold mine of underexploited information that could be used to explore specific microbial structural and functional relationships. The statistical analysis provided here depends in part on replicates from the different ecosystems. With the continued emphasis on metagenomic sequencing, future analyses should support rigorous statistical treatment. This preliminary metagenomic decryption could represent a pilot-scale test for a future Earth microbiome global comparison

Ce projet de recherche porte sur les stratégies d’adaptation chez les jeunes d’origine autochtone âgés entre 9 et 12 ans habitant une communauté innue au nord du Québec, selon qu’ils se soient ou non initiés à la cigarette, l’alcool ou le cannabis. La présente étude vise à décrire puis comparer les styles d’adaptation (productif, non-productif, référence aux autres) chez des préadolescents (9 - 12 ans) autochtones (innus), garçons et filles, selon qu’ils se soient ou non initiés précocement à l’un ou l’autre des psychotropes (cigarette, alcool, cannabis).

Le travail réalisé dans le cadre de cette thèse a pour but de fournir de nouvelles approches méthodologiques pour caractériser les communautés microbiennes en milieu océanique profond et de mesurer leurs activités. Dans le cadre de cette thèse, nous avons tout d'abord amélioré une technique d'hybridation in situ (CARD-FISH) pour dénombrer les groupes phylogénétiques majeurs en milieu marin profond. En Mer Tyrrhénienne, le pourcentage des Bacteria est toujours plus élevé que celui des Crenarchaea et des Euryarchaea. Alors que le pourcentage des Crenarchaea augmente avec la profondeur, celui des Euryarchaea est relativement homogène le long de la colonne d’eau. Dans le cadre d'une collaboration avec le Centre de Physique des Particules de Marseille sur le programme ANTARES (télescope sous-marin à neutrino), nous avons étudié quel pouvait être le rôle des bactéries luminescentes dans le bruit lumineux détecté quelquefois par le télescope. Une première étape a été de développer une approche quantitative par la méthode CARD-FISH sur les ARNm des gènes lux qui n'a été qu'en partie concluante mais donne des résultats préliminaires encourageants. Notre attention s'est portée sur l'identification puis la caractérisation d'une souche isolée à 2200 m de profondeur à proximité du site ANTARES (nommée Photobacterium phosphoreum ANT-2200). Pour mieux comprendre le rôle des bactéries bioluminescentes en milieu profond, nous avons développé un système hyperbare spécifique pour évaluer l’effet de la pression hydrostatique sur cette souche. Alors que cette souche a été caractérisée comme piezotolérante (croissance non sensible à des variations de pression), la lumière produite est plus élevée à la pression de 22 MPa (2200 m simulée) qu'à 0.1 MPa (pression atmosphérique). Enfin, une étude complémentaire m'a conduit à étudier l'effet de la pression hydrostatique sur une souche hydrocarbonoclaste Marinobacter aquaeolei #5. Là encore, nous montrons que la modification de la pression hydrostatique n’influence pas le taux de croissance (souche piezotolérante), mais peut fortement modifier les voies métaboliques, notamment la quantité et la nature des cires produites. Les cires intracellulaires s’accumulent sous formes de corps lipidiques avec une proportion moins importante à 35 MPa alors que le rapport d'insaturation des acides gras membranaires et la quantité de cires di-insaturées augmentent à la pression 35 MPa. Par ces études, nous suggérons que la pression hydrostatique joue un rôle important au niveau de la physiologie des bactéries marines et la distribution des procaryotes dans les écosystèmes marins profonds. / The purpose of this work is to provide new methodological approaches to characterize the microbial communities in deep-sea waters and to measure their activities. Within the framework of this thesis, first of all we improved the technique of in situ hybridization (CARD-FISH) to count the major phylogenetic groups in deep-sea zones. At the Tyrrhenian Sea, the percentage of Bacteria was always higher than Crenarchaea and Euryarchaea. Whereas the percentage of Crenarchaea increases with depth, while Euryarchaea is relatively homogeneous along the water column. A second step, within the framework of the ANTARES program in collaboration with the Centre de Physique des Particules de Marseille, we have studied the role of the luminescent bacteria in the luminous background detected sometimes by the telescope. We first developed a quantitative approach using CARD-FISH on mRNA of the Lux genes which was only partly conclusive but gave encouraging preliminary results. Then, we characterized a luminous strain isolated at 2200 m-depth close to the ANTARES site (named Photobacterium phosphoreum ANT-2200). For better understanding the role of the bioluminescent bacteria in deep-sea, we developed a specific hyperbaric system to evaluate the effect of the hydrostatic pressure on this strain. Whereas this strain was characterized as piezotolerante (growth non sensible to variations of pressure), bioluminescence was always higher at 22 MPa (2200 m simulated) than at 0.1 MPa (atmospheric pressure). Finally, a complementary study was done to study the effect of the hydrostatic pressure on a hydrocarbonoclastic bacteria Marinobacter aquaeolei #5. We have showed that the modification of the hydrostatic pressure does not influence growth rate (piezotolerante strain), but can strongly modify the metabolic ways, in particular the quantity and the nature of produced waxes. The intracellular waxes accumulated in the cells were proportionally less important at 35 MPa than at O.1 MPa. At the contrary, the unsaturation ratio of the membrane fatty acids and the quantity of diunsaturated waxes esters increased at 35 MPa. By these studies, we demonstrated that the hydrostatic pressure plays an important role on the physiological level of the marine bacteria and the distribution of the procaryotes in the deep sea ecosystems.

Les effets de la mobilité sur l’appartenance et l’engagement au sein des communautés francophones en situation minoritaire au Canada sont examinés grâce aux données de l’Enquête sur la vitalité des minorités de langue officielle. Ces phénomènes sont étudiés dans le contexte des communautés dans lesquelles habitent ces individus franco-mobiles en s’attardant à l’effet du milieu défini en fonction de la proportion de francophones vivant dans la municipalité. Ces données sont analysées à travers une série de tableaux croisés. Les analyses révèlent que l’incidence de la mobilité sur l’appartenance et l’engagement est moins grande que postulée. Toutefois, elle a des conséquences plus importantes au niveau de l’engagement que de l’appartenance. Le milieu tempère puisque les effets de la mobilité diffèrent de façon notable, selon le type de communauté. C’est dans les milieux où les francophones représentent moins de 10% de la population que s’observe l’influence la plus marquée de la mobilité.

Dans cette étude, nous avons cherché à comprendre pourquoi les lecteurs de romans, et plus particulièrement de romans pour jeunes adultes (tels que Twilight, Hunger Games, Divergent, etc.), décident de se joindre à des communautés virtuelles et d'y participer activement. Pour ce faire, nous nous sommes appuyés sur la théorie des usages et gratifications ainsi que sur les fan studies, c'est-à-dire le courant d'études réalisées sur des fans. Afin de répondre à notre question de recherche, nous avons effectué des entrevues qualitatives semi-dirigées. Les résultats de notre recherche indiquent que nos participantes ont joint les communautés virtuelles de fans pour répondre à des besoins non-comblés dans leur vie quotidienne, et y sont toujours actives car leurs interactions en ligne continuent de répondre à ce besoin ainsi qu'à d'autres encore.

La République de Chine et la République de Corée sont aujourd’hui des nations démocratiques prospères et pacifiques, mais il n’en a pas toujours été ainsi. Pendant la Guerre froide, ces États étaient en effet contrôlés par des régimes autoritaires où les forces armées jouaient un rôle prépondérant. La fin de ce grand conflit idéologique en 1990 a ouvert la voie à un assouplissement progressif de ces régimes autoritaires et à l’abolition du rôle politique des forces armées. Plusieurs explications ont été avancées pour expliquer ces phénomènes, notamment à travers l’hypothèse constructiviste d’un transfert de normes à partir d’une influence extérieure exercée par des entrepreneurs de normes comme l’hégémon et les institutions internationales. Cette thèse cherche plutôt à nuancer cette affirmation en examinant plutôt le rôle des communautés épistémiques dans la démocratisation progressive des régimes civilo-militaires taïwanais et sud-coréen.

Ce mémoire a pour objectif de comprendre comment l’expérience de travail collaboratif au cœur de communautés d’apprentissage professionnelles (CAP) est vécue par leurs membres. Plus précisément, il tente de répondre à la question suivante : « Quelles perceptions les participants ont-ils des bienfaits de leur participation et de leur implication à une CAP et quels défis identifient-ils dans leur parcours ? » Pour répondre à cette question, une partie des données collectées dans le cadre d’un projet financé par le Conseil de la recherche en sciences humaines du Canada (CRSH), dirigé par Yamina Bouchamma, a été utilisée. Il s’agit plus précisément des réponses à deux questions faisant partie d’entrevues semi-dirigées menées auprès de directeurs, directeurs adjoints, enseignants et professionnels, du primaire à l’université, membres de CAP (N=23). Ils font partie de douze communautés d’apprentissage professionnelles différentes des provinces du Québec et du Nouveau-Brunswick. Afin de circonscrire les représentations des participants, leur discours a été analysé en utilisant l’analyse thématique continue selon la description de Paillé et Mucchielli (2012). Une première liste de codes est composée des quatre composantes de la théorie de l’apprentissage proposée par Wenger (2009), à savoir l’identité, la communauté, la pratique et le sens. Les résultats issus de cette analyse brossent un portrait de l’expérience de professionnalisation des participants, via la CAP comme lieu d’élaboration de représentations professionnelles. Mots-clefs : communauté d’apprentissage professionnelle, identité professionnelle, représentations personnelles, expérience professionnelle, coopération, amélioration des résultats scolaires. / The goal of this master thesis is to understand how the collaborative work experience within professional learning communities is experienced by their members. More precisely, it attempts to give an answer to the following question: « What are the perceptions that participants have regarding the benefits of their engagement to a professional learning communities, and what are the challenges that they perceive during their involvement? » To answer this question, some of the data which was collected in the framework of a project funded by the « Conseil de la recherche en sciences humaines du Canada », headed by Yamina Bouchamma, was used. The precise data is made from the answers to two questions which are parts of semi-directed interviews performed with directors, adjunct directors, teachers and other professionals from institutions ranging from primary schools to universities (N=23). They are members from twelve learning communities in Québec and in New-Brunswick. To pinpoint the perception of participants, their discourse was analyzed using continuous thematic analysis, according to Paillé and Mucchielli (2012). A first list of codes is composed of the four components of the theory of learning, proposed by Wenger (2009). That is: the identity, the community, the practice and the meaning. The results from this analysis give a broad landscape of the professionalization experience of the participants, through the learning communities as a place to elaborate professional representations. Keywords: professional learning communities, professional identity, self-representation, professional experience, cooperation, improvement of school results.

La pratique de la philosophie en communauté de recherche a pour but d’amener ses participants à penser par et pour eux-mêmes. La présente recherche vise à examiner ce qui permet à la communauté de recherche philosophique (CRP) de favoriser le bien penser. En ce sens, la recherche propose une définition opérationnelle du bien penser pour y voir ses articulations principales, soit le processus de pensée, les habiletés de pensée, la pensée réflexive (métacognition, autocritique, autorégulation) et la pensée pluridimensionnelle, libre et responsable. De plus, elle présente trois composantes centrales de la CRP, soit le dialogue, la recherche et la philosophie, pour en faire ressortir les caractéristiques importantes. Ainsi, à son terme, la recherche montre l’incidence des composantes de la CRP sur les articulations du bien penser.

Titre de l'écran-titre (visionné le 27 septembre 2023) / Cette thèse s'inscrit à l'intersection entre la théologie systématique et la pastorale liturgique, comprenant, dans ces cas, l'ecclésiologie et la musique liturgique, respectivement, et est organisée en quatre chapitres. Tout d'abord, les principaux éléments ecclésiologiques du Concile Vatican II contenus dans les prières eucharistiques sont présentés. Ceux-ci sont analysés et interprétés à partir de la rhétorique présentée par les anaphores, en mettant l'accent sur la structure et les figures de style qu'elles utilisent. Ensuite, la structure que les prières eucharistiques ont au Brésil est prise en compte, notamment en ce qui concerne l'inclusion de nombreuses acclamations de l'assemblée, en plus de celles déjà prévues (le Sanctus, l'acclamation de l'anamnèse et le Amen de la doxologie). Les aspects positifs et négatifs de cette structure sont exposés. Sur la base de ces informations, une composition musicale est proposée pour la prière eucharistique V (exclusive du Missel romain pour l'Église au Brésil), dans le but de mettre en valeur son contenu, ainsi que de résoudre les aspects négatifs concernant la structure des prières eucharistiques au Brésil et présentés précédemment. À la fin, la validation de la proposition musicale en question, c'est-à-dire son utilisation dans une situation réelle de célébration liturgique, est également décrite et analysée, afin de vérifier si elle remplit les objectifs auxquels elle est proposée. / This thesis is situated at the intersection between systematic theology and liturgical pastoral, including, in these cases, ecclesiology and liturgical music, respectively, and is organized into four chapters. First, the main ecclesiological elements of the Second Vatican Council contained in the eucharistic prayers are presented. These are analyzed and interpreted from the rhetoric presented by the anaphora, emphasizing the structure and figures of speech they use. Next, the structure that the eucharistic prayers have in Brazil is taken into account, especially with regard to the inclusion of many acclamations of the assembly, in addition to those already foreseen (the Sanctus, the acclamation of the anamnesis and the Amen of the doxology). The positive and negative aspects of this structure are exposed. Based on this information, a musical composition is proposed for Eucharistic Prayer V (exclusive of the Roman Missal for the Church in Brazil), with the aim of enhancing its content, as well as resolving the negative aspects regarding the structure eucharistic prayers in Brazil and previously presented. At the end, the validation of the musical proposal in question, that is, its use in a real situation of liturgical celebration, is also described and analyzed, in order to verify whether it fulfills the objectives for which it is proposed. / Esta tesis se inscribe en la intersección entre la teología sistemática y la pastoral litúrgica, que comprenden, en estos casos, la eclesiología y la música litúrgica, respectivamente, y está organizada en cuatro capítulos. En primer lugar, se presentan los principales elementos eclesiológicos del Concilio Vaticano II contenidos en las plegarias eucarísticas. Estos son analizados e interpretados a partir de la retórica que presentan las anáforas, con énfasis en la estructura y las figuras de estilo que utilizan. En seguida, se tiene en cuenta la estructura que las plegarias eucarísticas tienen en Brasil, concretamente en lo que se refiere a la inclusión de numerosas aclamaciones de la asamblea, además de las ya previstas (el Sanctus, la aclamación de la anamnesis y el Amen de la doxología). A continuación se exponen los aspectos positivos y negativos de esta estructura. A partir de estas informaciones, se propone una composición musical para la Plegaria Eucarística V (exclusiva del Misal Romano para la Iglesia en Brasil), con el objetivo de resaltar su contenido, así como resolver los aspectos negativos relativos a la estructura de las plegarias eucarísticas en Brasil y presentados anteriormente. Por último, también se describe y se analiza la validación de la propuesta musical en cuestión, es decir, su utilización en una situación real de celebración litúrgica, con el fin de comprobar si ella cumple los objetivos para los que se propone.