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A genomic association and prediction of principal components of growth traits and visual scores in Nellore cattle /Vargas, Giovana. January 2018 (has links)
Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Resumo: A análise de componentes principais (ACP) é uma técnica da estatística multivariada usada para avaliar as relações entre diferentes características a fim de eliminar a redundância resultante de suas correlações. No melhoramento genético animal, a ACP tem sido usada para explorar possíveis interpretações biológicas associadas aos componentes principais (CPs) que podem levar a caracterização de diferentes biotipos de animais. Os objetivos do presente estudo foram: i) avaliar as relações entre características de crescimento, escore visual e reprodutiva, por meio de ACP; ii) identificar, por meio de estudo de associação genômica ampla (GWAS), regiões genômicas que diferenciam os animais quanto aos diferentes componentes; e iii) avaliar a habilidade de predição de valores genéticos genômicos (GEBVs) obtidos para os CPs. Foram utilizados dados fenotípicos de 355.524 animais da raça Nelore provenientes da base de dados Aliança Nelore. Destes, foram genotipados 3.382 animais em painel lllumina® BovineHD (HD, ~777.000 SNPs) e 137 animais em painel GeneSeek Genomic Profiler Bovine HD (~76.000 SNPs). Os animais genotipados com o painel GGP-HD tiveram seus genótipos imputados para o painel mais denso (HD). Após o controle de qualidade, 3.519 animais com informações genotípicas de 471.880 SNPs permaneceram nas análises. A ACP foi realizada utilizando-se a matriz de (co)variância genética aditiva (AT) obtida a partir de análise multi-característica. As estimativas dos efeitos dos SNPs fora... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Principal component analysis (PCA) is a multivariate statistical technique that allows evaluating relationships among different traits in order to eliminate the redundancy resulting from their correlations. In animal breeding, PCA has been used to explore possible biological interpretations associated with the principal components (PCs) that can lead to the characterization of distinguished animal's biotype. The objectives of the present study were: i) to evaluate relationships among growth, visual scores, and reproductive traits by performing a PCA; ii) to identify genomic regions associated with PCs by performing a genome-wide association study (GWAS) on the main PCs; and iii) to evaluate the prediction ability of genomic breeding values (GEBVs) obtained for the PCs. Phenotypic data from 355,524 Nellore animals provided by the Alliance Nellore database, were used in this investigation. A total of 3,382 Nellore animals were genotyped using the lllumina® BovineHD chip (HD, ~777,000 SNPs) and 137 animals were genotyped using the GeneSeek Genomic Profiler Bovine HD chip (~76,000 SNPs). The GGP-HD genotypes were imputed to the HD genotypes. After genomic data quality control, 471,880 SNPs from 3,519 animals were available. The PCA was applied on the additive genetic (co)variance matrix (AT) obtained using multi-trait analysis. For GWAS, SNP effects were estimated using the weighted single-step GBLUP and the BayesC methods. The genes identified within the top-10 ranking windows that explained the highest proportion of variance were used for further functional analyses. For the genomic prediction study, the GEBVs were predicted using three distinguish response variables: EBV of the original traits, EBV of the PCs, and EBV of a selection index used by some Nellore cattle commercial breeding programs. The geno... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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[en] A MECHANISM OF COMPONENT SELECTION WITH THE NOTION OF RECONFIGURATION CONTRACTS / [pt] UM MECANISMO DE SELEÇÃO DE COMPONENTES PARA O MIDDLEWARE KALUANA USANDO A NOÇÃO DE CONTRATOS DE RECONFIGURAÇÃOALLAN ALVES VALERIANO 13 October 2011 (has links)
[pt] A computação móvel cria a necessidade de que as aplicações sejam
adaptáveis de acordo com o contexto do usuário. Demandas específicas do
usuário, assim como alterações no contexto computacional requerem que
aplicações móveis clientes devam ser capazes de se adaptar dinamicamente para
se adequar ao novo cenário de execução. Estas adaptações precisam ser
apropriadas e devem manter a qualidade de serviço evitando falhas ou degradação
do desempenho da aplicação. Este trabalho propõe uma extensão do middleware
de componentes Kaluana, que provê um mecanismo de seleção de componentes
para aplicações adaptáveis a partir de contratos de reconfiguração. Esta seleção é
feita com a noção de equivalência entre suas as interfaces públicas e considera as
restrições de execução dos componentes candidatos a serem usados na adaptação
de acordo com o contexto computacional do dispositivo para a avaliação dos
componentes candidatos a instanciação. Esta seleção visa manter a
compatibilidade dos novos componentes com os componentes já implantados bem
como com o contexto de execução, ou seja, o estado corrente dos recursos no
dispositivo. Com a noção de equivalência entre as interfaces de especificação de
componentes, a aplicação tem a possibilidade de selecionar componentes através
da interface do serviço requisitado sem a necessidade de conhecer seu nome ou
alguma característica específica, evitando assim que uma amarração seja criada
com uma determinada implementação. / [en] Mobile computing creates the need for applications to be adaptable
according to the user s context. Specific user demands as well as changes in the
computational context the mobile applications require clients to be able to adapt
dynamically to suit the new scenario of execution. These adjustments should be
appropriate and should maintain the quality of service avoiding failures or
preventing degradation of application performance. This thesis proposes an
extension of Kaluana middleware which provides a mechanism for selection of
components for adaptive applications based on the notion of reconfigurations
contracts. This selection is done also based on the notion of equivalence between
their public interfaces and should consider the execution restrictions of the
candidate components to be used in the adaptation in accord to the device s
execution context to be used to evaluate the candidate components to the
instantiation. This selection aims to maintain the compatibility of new
components with the components already used as well as the execution context,
i.e. the current status of the device s resources. Due to the notion of equivalence
between the interface specifications of components, the application should be able
to request a component through the interface of the requested service, avoiding the
need to know the component s name or any other specific feature that creates a tie
with the given implementation.
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[en] SOFTWARE COMPONENTS WITH SUPPORT FOR DATA STREAMS / [pt] COMPONENTES DE SOFTWARE COM SUPORTE A FLUXO DE DADOSVICTOR SA FREIRE FUSCO 18 January 2013 (has links)
[pt] O desenvolvimento baseado em componentes de um tópico que tem
atrasado bastante atençco nos últimos anos. Esta técnica permite a construção
de sistemas de software complexos de forma rápida e estruturada. Diversos
modelos de componentes já foram propostos pela indústria e pela academia.
Dentro destes, aqueles que oferecem suporte da comunicação distribuída
geralmente interagem através de Chamadas Remotas de Procedimentos.
Dos modelos pesquisados, apenas o CORBA Component Model possui uma
especificação em andamento para o suporte da comunicação através de
fluxos de dados. Esse suporte se mostra de grande relevância em sistemas que
precisam lidar com dados de sensores e com transmissão de áudio e vídeo.
O objetivo principal deste trabalho de apresentar uma arquitetura que permita
a implementação de aplicações com suporte ao fluxo de dados no middleware Software Component System (SCS). Para tal, o modelo de componentes do
SCS foi estendido para oferecer portas de fluxos de dados. Como avaliação,
este trabalho apresenta alguns resultados experimentais de desempenho e
escalabilidade, assim como uma aplicação que exercita as necessidades do
executor de fluxos de algoritmos do CSBase, um framework utilizado no
desenvolvimento de sistemas para computação em grade. / [en] Component-based software development is a topic that has attracted
attention in recent years. This technique allows the construction of complex
software systems in a quick and structured way. Several component models
have been proposed by the industry and the academy. The majority of
these component models adopt Remote Procedure Calls as their basic
communication mechanism. The CORBA Component Model is the only
one from the surveyed models that has a work in progress to support
communication over data streams. This support proves to be of great
importance in systems that must deal with data from sensors and systems
that deal with audio and video transmission. The main goal of this work is
to propose an architecture that enables the middleware Software Component
System (SCS) to support applications that require data streaming. To this
end, the SCS component model was extended to support stream ports. As
evaluation, this work presents some experimental results of performance and
scalability, as well as an application that exercises the needs of the CSBase s
algorithm
ow executor, a framework used to build systems for grid computing.
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Purificação e caracterização de peptídeos presentes no veneno do escorpião Tityus serrulatus / Purification and characterization of peptides present in the Tityus serrulatus scorpion venomDuzzi, Bruno 18 October 2018 (has links)
A cada dia os relatos sobre acidentes por escorpiões vêm aumentando no Brasil, com frequentes casos fatais. Dentre os escorpiões que compõem a fauna brasileira temos o Tityus serrulatus, considerado o mais perigoso por conta de sua facilidade adaptativa em centros urbanos e das manifestações clínicas severas em vítimas acidentadas, como febre, agitação psicomotora, hipertensão arterial seguida de hipotensão e edema pulmonar agudo. Dentre os componentes da peçonha se destacam os peptídeos estruturados por ligações dissulfeto, que são abundantemente relatados na literatura e atuam em canais de Na+ e K+. Ao contrário, os peptídeos lineares são pouco caracterizados. A partir desta premissa, nosso grupo identificou peptídeos lineares do veneno através de um screening empregando a enzima elastase. Esta enzima foi escolhida por estar envolvida em processos inflamatórios exacerbados, como em casos de edema pulmonar agudo, que é um dos principais sintomas do escorpionismo. Encontramos mais de 700 sequências peptídicas onde, através de um criterioso processo com o uso de bancos de dados de sequências depositadas e a literatura, selecionamos nove moléculas inéditas (TsP1 a TsP9) e duas já estudadas (hipotensinas I e II) para a síntese. Dentre estas moléculas, identificamos possíveis criptídeos advindos da Ts19 e moléculas com processamento diferenciado envolvendo a combinação de sequências peptídicas diferentes (peptídeos quiméricos), primeiramente relatadas e investigadas na peçonha do T. serrulatus neste trabalho. Além da elastase, utilizamos as enzimas de importância médica tripsina, ECA e NEP e os peptídeos sintéticos em nossos estudos, visando aumentar o conhecimento dos mecanismos moleculares envolvidos no escorpionismo e, também, com base no potencial biotecnológico de moléculas capazes de exercerem modulações das atividades destas peptidases. Destacaram-se peptídeos que podem ter ação em processos inflamatórios, uma vez que foram capazes de aumentar a atividade da elastase e tripsina, com destaque para o TsP5, que também apresentou citotoxidade intermediária. Alguns peptídeos aumentaram a atividade da ECA, sendo o peptídeo TsP2 capaz de potencializar a ação da bradicinina in vivo. A hipotensina I foi caracterizada como um inibidor não competitivo da NEP (Ki = 4,35 µM), podendo indicar a possível inibição desta metalopeptidase nos casos de hipotensão, onde a hipotensina I pode agir de forma sinérgica com o [des-Arg1]-Proctolin (Ki = 0,94 µM para a NEP), outro peptídeo linear do veneno caracterizado por nosso grupo. Os peptídeos não foram reconhecidos pelos soros antiescorpiônico e antiaracnídico produzidos pelo Instituto Butantan podendo indicar limitações na imunoterapia utilizada no tratamento das vítimas. Por fim, além dos novos peptídeos identificados, finalizamos a caracterização do FTR, um tripeptídeo que apresentou em nossos trabalhos anteriores propriedades antinociceptivas. No presente trabalho, demonstramos que este peptídeo é capaz de agir na via opioide, atuando em receptores delta de forma direta. Assim, com a identificação e caracterização destas moléculas conseguimos novos dados referentes a possíveis origens e processamento, ações tóxicas no envenenamento e potencial biotecnológico de alguns peptídeos lineares do T. serrulatus. / Reports of scorpions accidents with humans are increasing in Brazil, with some of the cases resulting in death. Among the scorpions from the Brazilian fauna, Tityus serrulatus is considered the most dangerous species, due to its easy adaptation in urban centers, and because it brings severe clinical manifestations in the victims, such as fever, psychomotor agitation, arterial hypertension followed by hypotension and acute pulmonary edema. Among the venom components that stand out are the peptides structured by disulfide bonds, which are richly reported in the literature and act on Na+ and K+ channels. In contrast, linear peptides are poorly characterized. From this evidence, our group identified linear peptides of the venom using the serine protease elastase screening. This enzyme was chosen because it is involved in inflammatory processes, such as cases of acute pulmonary edema, one of the main symptoms of scorpionism caused by T. serrulatus. More than 700 peptide sequences where found and, through a careful process using protein databases and the literature, from these all, we selected nine novel (TsP1 to TsP9) and two already characterized (hypotensins I and II) sequences for synthesis. Among these molecules, we identified possible cryptides derived from Ts19 and others molecules, with different processing involving combination of different peptide sequences (chimeric peptides), which are here firstly reported and investigated in the venom of T. serrulatus. In addition to elastase, we tested other enzymes of medical importance - trypsin, ACE and NEP - with the synthetic peptides, aiming to increase the knowledge of molecular mechanisms involved in scorpionism and also based on the biotechnological potential of peptidase-modulator molecules. Peptides that may have an action in inflammatory processes were highlighted, since they were able to increase the activity of elastase and trypsin, especially the TsP5, which also showed intermediate cytotoxicity. Some peptides increased the ACE activity, with the peptide TsP2 capable of potentializing the action of bradykinin in vivo. Hypotensin I was characterized as a noncompetitive inhibitor of NEP (Ki = 4.35 µM) and may indicate the possible inhibition of this metallopeptidase in cases of hypotension, where hypotensin I may act synergistically with [des-Arg1] - Proctolin (Kµ = 0.94 µM for NEP), a linear peptide present in the venom already characterized by our group. The peptides were not recognized by the antiscorpion and antiarachinid sera produced by the Butantan Institute and may indicate limitations in the immunotherapy. Finally, in addition to the new identified peptides, we concluded the in vivo characterization of FTR, a tripeptide that presented antinociceptive properties in our previous studies. In the present work, we demonstrate that this peptide is able to act in the opioid pathway, acting directly on delta receptors. Thus, with the identification and characterization of these molecules we obtained new data regarding possible origins and processing, toxic actions in the envenomation and biotechnological potential of some linear peptides of T. serrulatus venom.
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Mapeamento do comportamento multivariado das principais variáveis climáticas de interesse agrícola do estado de São Paulo /Cardim, Márcio. January 2001 (has links)
Orientador: Angelo Cataneo / Resumo: O presente trabalho teve como objetivo desenvolver um estudo do comportamento multivariado das principais variáveis climáticas de interesse agrícola do estado de São Paulo, mediante aplicação dos métodos de análise de agrupamento, análise dos componentes principais e geoestatísticos. Utilizou-se dados de 25 variáveis climáticas compreendendo a altitude, precipitações pluviométricas médias mensais e temperaturas do ar médias mensais, coletados em 117 postos meteorológicos distribuídos pelo estado de São Paulo, excluindo-se o litoral por apresentar características climáticas distintas do restante do estado. Sobre as variáveis climáticas, aplicou-se a análise de agrupamento com o objetivo de caracterizar e determinar regiões climáticas homogêneas, usando a distância euclidiana, entre as variáveis climáticas, como medida de similaridade. O dendograma identificou visualmente os possíveis agrupamentos climáticos homogêneos no estado de São Paulo de acordo com a medida de similaridade escolhida. Em seguida, as variáveis climáticas foram submetidas à análise dos componentes principais, aplicada sobre a matriz de correlação R . Dos componentes resultantes, foram retidos somente os que apresentavam autovalores maiores que a unidade, ou seja, os três primeiros componentes. Estas análises mostram que as 25 variáveis climáticas podem ser substituídas pelos três primeiros componentes, que explicaram respectivamente, 57,20%, 26,18% e 5,88% da variabilidade total dos dados. Sobre os três componentes retidos, foi aplicada a rotação ortogonal de fatores conhecida como Varimax, que fornece fatores ortogonais linearmente independentes. Os pesos dos fatores, após rotação ortogonal, com valor absoluto maior que 0,79, combinados com as variáveis correspondentes, foram usados para modelar três índices climáticos, chamados de índice térmico, índice... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: The purpose of this work was to develop a study on the multivaried behaviour of the main climatic variables of agricultural interest in the state of São Paulo, by applying the methods of grouping analysis, principal components and geostatistical analysis. Data from 25 climatic variables including altitude, mean-monthly pluviomatric precipitation and mean-monthly air temperature collected from 117 weather stations throught the state of São Paulo, excluding the coast, were used. The grouping analysis was applied on the climatic variables with the purpose of characterizing and determining homogeneous climatic regions by using the euclidean distance as a measure of similarity. The dendogram visually identified the possible homogeneous climatic groupings in the state of São Paulo according to the chosen measure of similarity. Afterwards, the climatic variables were submitted to the analysis of the principal components applied on the matrix of correlation R. From the resulting components, only the first three components that presented eigenvalue higher than the unit were kept. These analysis show that the 25 climatic variables may be replaced by the first three components which explained respectively, 57,20%, 26,18% and 5,88% of the total variability of the data. The orthogonal rotation, which provides linearly independent orthogonal factors and is known as Varimax, was applied on the three components that were kept. The influence of the factors, after orthogonal rotation and containing absolute value higher that 0,79, combined with the respective variables, were used to model three climatic indexes called thermic index, pluviometric index and pluviothermic index. The purpose of the rotation was to describe the relations among the variables that may be grouped by their correlations in which each group... (Complete abstract, click electronic address below). / Doutor
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Aplicativo computacional para utilização de componentes principais em experimentação agronômica /Silva, Nilza Regina da, 1950- January 2005 (has links)
Orientador: Carlos Roberto Padovani / Banca: Adalberto José Crocci / Banca: Luiz Gonzaga Manzine / Resumo: Os experimentos agronômicos, em geral, apresentam uma quantidade razoável de variáveis observadas e uma complexa estrutura de variação entre e dentro dessas variáveis. Essa estrutura de variação acarreta uma dificuldade para a utilização dos procedimentos requeridos pelo modelo estatístico, em virtude do difícil acesso a programas computacionais para a análise dos dados multivariados. Uma alternativa para redimensionar a quantidade de variáveis consiste na técnica dos componentes principais, que consegue descrever um conjunto com um número menor de variáveis não correlacionadas entre si, ordenadas de maneira decrescente pelas magnitudes das variâncias, de tal forma que a variância total do conjunto inicial seja preservada. Em síntese, a prática da análise de componentes principais é considerada sob o objetivo da redução do espaço paramétrico. Uma das dificuldades encontrada pelos pesquisadores no uso da técnica dos componentes principais, consiste na determinação do número de componentes que deve ser utilizado na redução do espaço paramétrico. Dentre alguns métodos exploratórios discutidos foram apresentados quatro critérios para a escolha do número de componentes principais os quais retem de forma qualificada, a informação contida nas variáveis originais. Neste sentido, foi proposto no presente estudo, a elaboração de um programa computacional, desenvolvido em linguagem MAPLE V.3 e CLIPPER 5.1, de fácil manuseio e acessível a todos os pesquisadores das áreas agronômicas. Visando a operacionalização do aplicativo e a utilização dos procedimentos de análise multivariada, finalizou-se o estudo apresentando dois exemplos envolvendo situações observadas na literatura agronômica, onde no primeiro faz-se uma abordagem pela metodologia univariada e pela utilização de componentes principais por processo gráfico, e no segundo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The agronomical experiments, in general, introduce a reasonable quantity of observed variables and a variation complex structure between and within these variables. This variation structure carries a difficulty for the utilization of the procedures required by the statistical model, in view of the difficult access for computational programs for the analysis of the multivariate data. An option for redimensionate the quantity of variable consists in the technique of the principal components, which manages to describe a set with a smaller number of variable not correlated to each other, ordenate of decreasing way by the magnitudes of the variances, of such a form that the total variance of the initial set be preserved. In synthesis, the practice of the analysis of principal components is considered under the objective of the reduction of the parametric space. One of the difficulties found by the researchers in the use of the technique of the principal components, it consists in the determination of the number of components that should be used in the reduction of the parametric space. Among some argued exploratory methods were introduced four criteria for the choice of the number of principal components the ones retain of form qualified, the information contained in the original variables. In this sense, it was proposed at study present, the elaboration of a computational program, developed in language MAPLE V.3 and CLIPPER 5.1, of easy handling and accessible to all the researchers of the agronomical areas. Aiming at operationalization of the application and the utilization of the multivariate analysis procedures, it was concluded the study introducing two examples involving situations observed in the agronomical literature, where in the first an approach is done by the univariate methodology and by the utilization of principal components for prosecute graph, and in the second... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Fronteira de eficiência econômica em condições de risco: análise de sistemas de produção familiares da região Centro-Sul do Paraná / not availableFasiaben, Maria do Carmo Ramos 18 July 2002 (has links)
É muito grande a diferença na renda recebida pelos produtores agropecuários no Brasil. Isto se observa mesmo quando se trata do universo da agricultura familiar. Na Região Sul, onde se desenvolveu este trabalho, 51,4 %dos agricultores familiares recebem renda anual inferior a R$ 3.000,00, enquanto 1,8 %têm renda superior a R$ 27.500,00. O presente trabalho foi conduzido no município de Boa Ventura de São Roque, na região Centro-Sul do Paraná. Para conhecer a diversidade dos sistemas de produção agropecuários praticados no município elaborou-se uma tipologia empregando-se a análise fatorial por componentes principais a uma amostra de 34 estabelecimentos agrícolas, que foi validada por agricultores e técnicos locais. A tipificação de produtores permitiu a descrição de quatro grupos de estabelecimentos na área de estudos e embasou a escolha de propriedades para análise do processo de tomada de decisão, em condições de risco, de dois tipos extremos de sistemas de produção (um minifundista e um grande produtor), ambos de natureza familiar e que, apesar da grande diferença de dotação de recursos produtivos, têm a soja como a principal atividade produtiva. A Programação Linear foi utilizada para modelar os sistemas de produção das unidades familiares consideradas na análise e o modelo MOTAD (Minimização do desvio absoluto total) foi empregado para a construção da fronteira eficiente, que representa o risco envolvido para a obtenção de determinados níveis de margem bruta. Contrariamente ao esperado, os resultados mostram que o pequeno produtor apresentou taxa de aversão ao risco menor que a do grande, dada a combinação de atividades de seu sistema atual de produção. Os resultados indicam que políticas públicas inerentes à melhoria da infraestrutura regional, assistência técnica, crédito rural, comercialização e geração de empregos são fundamentais para aumentar a rentabilidade das unidades produtoras familiares e possibilitar a permanência dos pequenos agricultores no meio rural. / not available
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Estresse térmico e a qualidade do leite em vacas da raça Holandesa: uma abordagem genômica / Heat stress and milk quality in Holtein cows: a genomic approachCarrara, Eula Regina 04 April 2018 (has links)
O estresse térmico causa prejuízos para a atividade leiteira. É possível selecionar animais para tolerância ao calor, uma vez que existe variação genética de características produtivas quando avaliadas em diferentes ambientes climáticos. Para uma correta avaliação genética em função de diferentes ambientes, a utilização de modelos que se ajustem aos dados é fundamental. Ao mesmo tempo, ferramentas genômicas podem auxiliar nos processos de avaliação e seleção genética para tolerância ao calor. Nesse contexto, foram desenvolvidos dois estudos. No primeiro, objetivou-se estudar as funções de variância de características de produção e qualidade do leite em relação a um índice de temperatura e umidade (THI), ajustadas por polinômios de Legendre de ordens dois a sete, avaliar qual função melhor se ajusta aos dados e compreender como os componentes de variância e os coeficientes de herdabilidade se comportam em função do THI. Para isso, foram utilizadas 74.470 informações de produção de leite (PROD, kg/dia), escore de células somáticas (ECS), porcentagens de gordura (GOR), proteína (PROT), lactose (LACT), caseína (CAS) e perfil de ácidos graxos (saturados - SAT; insaturados - INSAT; monoinsaturados - MONO; poli-insaturados - POLI; ácido palmítico - C16:0; ácido esteárico - C18:0; e ácido oléico - C18:1) de 5.224 vacas da raça Holandesa avaliadas por meio de modelos de regressão aleatória em 167 valores distintos do THI. À exceção de POLI, houve variação em todos os componentes de variância ao longo do THI para todas as características. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,07 a 0,43. Para PROD, GOR, LACT, ECS, SAT e C16:0, as estimativas de herdabilidade diminuíram com o aumento do THI e para CAS, MONO, INSAT e C18:1, aumentaram. Para PROT e C18:0 as estimativas de herdabilidade foram maiores em valores intermediários do THI e menores nos extremos. No segundo estudo, objetivou-se estimar o efeito de marcadores SNP (polimorfismos de nucleotídeo único) sobre as características PROD, CAS, ECS, SAT e INSAT e estimar o valor genético genômico (GEBV) considerando dois valores de THI, um representando o conforto térmico e outro o estresse térmico. Os valores genéticos dos animais para os dois ambientes foram usados como fenótipos nos estudos de associação genômica (GWAS). Foram utilizados genótipos de 1.157 vacas para 60.671 marcadores SNP. Para as análises genômicas, foram utilizadas somente vacas com fenótipo e genótipo. Foi utilizado o método GBLUP (melhor predição linear não-viesada genômica) sob abordagem bicaracterística para realizar o GWAS. Com objetivo de comparar os ambientes, foram considerados os 55 SNP de maior variância aditiva explicada para cada situação e 10% dos animais com maiores valores genéticos genômicos. Em geral, os SNP apresentaram poucas diferenças em suas variâncias aditivas explicadas quando comparados em ambiente de conforto e estresse térmico. Com relação aos valores genéticos genômicos, houve reclassificação dos animais para PROD (correlações 0,90 e 0,90), CAS (correlações 0,88 e 0,86), SAT (correlações 0,88 e 0,87) e INSAT (correlações 0,97 e 0,97). Para ECS, apenas um animal foi reclassificado entre os ambientes (correlações 1,00). O primeiro estudo permitiu avaliar os componentes de variância ao longo de todo o gradiente ambiental. Por sua vez, o segundo estudo permitiu avaliar a variância individual dos marcadores moleculares, complementando o estudo genético das características. Mesmo que pequenas, foi possível verificar diferenças genéticas entre os animais entre os ambientes considerados. / Heat stress causes damage to dairy farming activities. It is possible to select animals for heat tolerance, because there is genetic variation of productive traits when evaluated in different climatic environments. For a correct genetic evaluation according to different environments, the use of models that fit to the data is fundamental. At the same time, genomic tools can aid in the evaluation and genetic selection processes for heat tolerance. In this context, two studies were developed. In the first, the aim was to study the variance functions of milk production and quality traits in relation to a temperature and humidity index (THI), adjusted by Legendre polynomials of orders two to seven, to evaluate which function best fits the data and understand how the variance components and heritability coefficients behave as a function of THI. For this, records of milk yield (MY), somatic cell score (SCS), percentage of fat (FP), protein (PP), lactose (LP), casein (CP) and acid fatty acids (saturated - SAT, unsaturated - UNSAT, monounsaturated - MONO, polyunsaturated - POLY, palmitic acid - C16:0, stearic acid - C18:0; and oleic acid - C18:1) from 5,224 Holstein cows and evaluated using random regression models in 167 different levels of THI were used. With the exception of POLY, there was variation in all variance components along the THI for all traits. Estimates of heritability ranged from 0.07 to 0.43. For MY, FP, LP, SCS, SAT and C16:0, estimates of heritability decreased with increasing THI and for CP, MONO, UNSAT and C18:1 increased. For PP and C18:0, heritability estimates were higher in intermediate THI values and lower at the extremes. In the second study, the objective was to estimate the effect of SNP markers on traits MY, CP, SCS, SAT and UNSAT and to predict the genomic breeding values (GEBV) using these effects, considering two levels of THI: a thermal comfort and an heat stress. The breeding values of the animals for the two environments were used as phenotypes for the genomic wide association studies (GWAS). Genotypes of 1,157 cows to 60,671 SNP markers were used. The GBLUP method (genomic best linear unbiased prediction) was used under a bitrait approach to perform GWAS. With the aim of comparing the environments, the 55 SNP with the greater variance explained for each situation and the 10% animals with the greater GEBV were used. Differences were observed in the variance explained by SNP between the comfort and heat stress environment. There was a re-rankink of animals considering the GEBV for MY (correlations 0.90 and 0.90), CP (correlations 0.88 and 0.86), SAT (correlations 0.88 and 0.87) and UNSAT (correlations 0.97 and 0.97). For SCS, only one animal was reclassified between the environments (correlations 1.00). The first study allowed to evaluate the components of variance along the entire environmental gradient. In turn, the second study allowed to evaluate the individual variance of the molecular markers, complementing the genetic study of the traits. Although small, it was possible to verify genetic differences among the animals among the considered environments.
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Identificação de fontes de correntes harmônicas por redes neurais artificiais / Identification of harmonic current sources with artificial neural networksFernandes, Ricardo Augusto Souza 05 February 2009 (has links)
Este trabalho consiste em apresentar um método alternativo para a identificação de fontes de correntes harmônicas comumente encontradas em sistemas elétricos residenciais. Desta identificação, soluções viáveis poderão ser aplicadas com o intuito de mitigar os níveis de emissão das correntes harmônicas geradas, principalmente, por cargas com características não lineares. Para a identificação empregou-se redes neurais artificiais (RNAs), sendo esta técnica inteligente, apresentada como uma alternativa aos métodos convencionais. Os resultados reportados neste contexto procuram validar a proposta apresentada com dados experimentais obtidos em ensaios laboratoriais. / This work presents an alternative method for the identification of current harmonic sources commonly encountered in residential electrical systems. For this purpose, feasible solutions can be applied to minimize the levels of harmonic currents emission caused by nonlinear loads. Artificial neural networks are employed as alternative to conventional methods. The experimental results will be reported in order to validate the proposal presented with the experimental data obtained in laboratory.
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Associação genômica e parâmetros genéticos para características de perfil de ácidos graxos e qualidade de carne em ovinos da raça Santa Inês / Genome-wide association and genetic parameters for fatty acids profile and meat quality traits in Santa Inês sheepRovadoscki, Gregorí Alberto 07 February 2017 (has links)
No cenário brasileiro, a ovinocultura representa uma importante atividade econômica e social, entretanto, a atividade não se encontra bem estruturada, e o setor de compra e venda de carne é o mais afetado. Existe uma baixa oferta do produto no Brasil, existindo a necessidade de importação do produto para atender o mercado interno. Aliado a isso, o mercado nacional oferece animais de idade avançada, com péssimas características de carcaça, acarretando no surgimento de tabus alimentares, devido à baixa qualidade da carne ovina ofertada pelos produtores brasileiros. Contudo, nos últimos anos houve uma crescente preocupação pelo consumo de alimentos que sejam considerados benéficos a saúde humana. Diante desta condição, os consumidores de carne vermelha estão mais preocupados, exigentes e conscientes, sobretudo quanto a composição de ácidos graxos da carne. Apesar da importância das características de qualidade de carne e perfil de ácidos graxos, são escassos os trabalhos na literatura que envolvam as estimativas de parâmetros genéticos, principalmente em se tratando de ovinos. Estudos envolvendo informações genômicas nos últimos anos tem sido uma importante ferramenta para investigar a arquitetura genética de características complexas por meio da identificação de variantes associadas a genes ou elementos reguladores de grande efeito sobre variância fenotípica das características de interesse. Diante do exposto, o objetivo deste estudo foi estimar os parâmetros genéticos (herdabilidades e correlações genéticas), e identificar regiões genômicas e genes candidatos para as características de perfil de ácidos graxos e de qualidade de carne em ovinos da raça Santa Inês sob metodologia multicaracterística. Foram utilizadas informações genotípicas e fenotípicas de 396 indivíduos machos da raça de ovinos Santa Inês, criados sob confinamento. Para o estudo de associação genômica ampla (GWAS) e estimativas dos parâmetros genéticos foi utilizado o método GBLUP sob abordagem multicaracterística. A análise de associação genômica identificou 38 diferentes regiões genômicas (as quais explicaram > 0,30% da variância genética) e 28 diferentes genes candidatos relacionados às características de qualidade de carne e perfil de ácidos graxos em ovinos Santa Inês. Este estudo revelou a existência de variação genética importante em todas as características estudadas, com herdabilidades variando entre 0,26 e 0,45. Portanto, as características de perfil de ácidos graxos e qualidade de carne podem ser melhoradas, manipuladas ou modificadas por meio da seleção baseada no mérito genético dos indivíduos. No geral, as correlações genéticas entre as características avaliadas foram favoráveis, indicativo que pode haver seleção de indivíduos com intuito de melhorar múltiplas características simultaneamente. Desta forma, os resultados encontrados contribuem para um melhor entendimento do controle genético de características de qualidade da carne e podem ser aplicados em programas de seleção genética de animais com o objetivo de deixar a carne com o perfil de ácidos graxos mais saudável, e ao mesmo tempo, melhorando atributos de qualidade da carne em ovinos da raça Santa Inês. / In Brazil, sheep farming represents an important economic and social activity, however, it is not well structured, and the commercialization of meat products is the most affected sector. In addition, there is a low offer of the sheep meat in Brazil, and there is a need to import the product to supply the national market. Allied to this, the national market offers animals of old age, with low carcass traits, leading to a rejection of this kind of meat by the consumers, mostly because of the low quality of sheep meat produced in Brazil. Nevertheless, recently the concern about nutritional aspects of foods is growing, increasing the demand for foods that are considered beneficial to human health. In this sense, consumers of red meat are more worried and conscious, especially with the fatty acid composition of meat. Despite of the importance of meat quality traits and fatty acid profile, there are few studies in the literature that involve the estimation of genetic parameters in sheep. Studies involving genomic information have been an important tool for investigating the genetic architecture of complex traits, mainly through the identification of genetic variants associated with genes or regulatory elements of great effect on the phenotypic variance of traits of interest. Thus, the objective in this study was to estimate the genetic parameters (heritabilities and genetic correlations), and to identify genomic regions and candidate genes for fatty acids profile and meat quality traits in Santa Inês sheep under a multitrait methodology. Genotypic and phenotypic information of 396 male Santa Inês sheep raised under confinement were used. For the genomewide association studies and estimates of the genetic parameters, the GBLUP method was used under a multitrait approach. Genome-wide association analysis identified 38 different genomic regions (which explained > 0.30% of the additive genetic variance) and 28 different candidate genes related to meat quality and fatty acid profile traits in Santa Inês sheep. This study revealed the existence of significant genetic variation in all traits studied, with heritabilities varying between 0.26 and 0.45. Therefore, the fatty acid profile and meat quality traits can be improved, manipulated or modified through selection based on the genetic merit of individuals. In general, the genetic correlations among the traits evaluated were favorable, indicating that genetic progress in several traits can be achieved through the selection of individuals for multiple traits simultaneously. The results obtained in this study can contribute to a better understanding of the genetic control under the evaluated traits, and those can be applied in genetic selection programs in order to improve the fatty acids profile, making the meat healthier, and at the same time to improve the meat quality attributes in Santa Inês sheep.
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