Neste trabalho a detecção de novidade é tratada como o problema de identificação de conceitos emergentes em dados que podem ser apresentados em um fluxo contínuo. Considerando a relação intrínseca entre tempo e novidade e os desafios impostos por fluxos de dados, uma nova abordagem é proposta. OLINDDA (OnLIne Novelty and Drift Detection Algorithm) vai além da classficação com uma classe e concentra-se no aprendizado contínuo não-supervisionado de novos conceitos. Tendo aprendido uma descrição inicial de um conceito normal, prossegue à análise de novos dados, tratando-os como um fluxo contínuo em que novos conceitos podem aparecer a qualquer momento. Com o uso de técnicas de agrupamento, OLINDDA pode empregar diversos critérios de validação para avaliar grupos em termos de sua coesão e representatividade. Grupos considerados válidos produzem conceitos que podem sofrer fusão, e cujo conhecimento é continuamente incorporado. A técnica é avaliada experimentalmente com dados artificiais e reais. O módulo de classificação com uma classe é comparado a outras técnicas de detecção de novidade, e a abordagem como um todo é analisada sob vários aspectos por meio da evolução temporal de diversas métricas. Os resultados reforçam a importância da detecção contínua de novos conceitos, assim como as dificuldades e desafios do aprendizado não-supervisionado de novos conceitos em fluxos de dados / In this work novelty detection is treated as the problem of identifying emerging concepts in data that may be presented in a continuous ow. Considering the intrinsic relationship between time and novelty and the challenges imposed by data streams, a novel approach is proposed. OLINDDA, an OnLIne Novelty and Drift Detection Algorithm, goes beyond one-class classification and focuses on the unsupervised continuous learning of novel concepts. Having learned an initial description of a normal concept, it proceeds to the analysis of new data, treating them as a continuous ow where novel concepts may appear at any time. By the use of clustering techniques, OLINDDA may employ several validation criteria to evaluate clusters in terms of their cohesiveness and representativeness. Clusters considered valid produce concepts that may be merged, and whose knowledge is continuously incorporated. The technique is experimentally evaluated with artificial and real data. The one-class classification module is compared to other novelty detection techniques, and the whole approach is analyzed from various aspects through the temporal evolution of several metrics. Results reinforce the importance of continuous detection of novel concepts, as well as the dificulties and challenges of the unsupervised learning of novel concepts in data streams

O presente trabalho teve como objetivo o estudo do processo fermentativo de produção de retamicina, em biorreatores de bancada, utilizando-se a linhagem mutante Streptomyces olindensis So20, visando a obtenção de elevadas quantidades deste antibiótico, em processo descontínuo alimentado (fed-batch) e contínuo, bem como a implementação de técnicas de análise de imagens para a caracterização morfológica do microrganismo durante os cultivos. Os ensaios descontínuos alimentados visaram o controle da velocidade específica de crescimento durante a alimentação em três valores distintos (0,03 1/h, 0,10 1/h e 0,17 1/h), por meio do emprego de vazões exponenciais de alimentação. Foram realizados três conjuntos de ensaios descontínuos alimentados. No primeiro conjunto, foi verificada a influência da concentração de nutrientes utilizada na alimentação, mantendo-se a velocidade específica de crescimento em 0,03 1/h, durante a alimentação. De uma maneira geral, o aumento da concentração de nutrientes na alimentação, levou a um aumento na produção do antibiótico. No segundo conjunto de ensaios, foi estudada a influência da velocidade específica de crescimento sobre a produção de retamicina, empregando-se como alimentação o meio R5 modificado com apenas a concentração de glicose quadruplicada. Nesse conjunto de ensaios, ocorreu limitação de outros nutrientes, o que prejudicou o controle da velocidade específica de crescimento durante a alimentação. No entanto, essa limitação nutricional mostrou-se importante para a produção do antibiótico. No terceiro conjunto de ensaios, foi novamente estudada a influência da velocidade específica de crescimento sobre a produção de retamicina, empregando-se como alimentação o meio R5 modificado, agora com as concentrações de todos os nutrientes quadruplicadas, o que evitou limitações nutricionais e permitiu o controle da velocidade específica de crescimento durante a alimentação. Estes ensaios mostraram que o processo de produção de retamicina é favorecido pela manutenção de baixas velocidades específicas de crescimento, por ser este um metabólito secundário. A maior produção de retamicina ocorreu quando a velocidade específica de crescimento foi fixada em 0,03 1/h, durante a alimentação. Nos ensaios contínuos realizados, foi estudada a influência da vazão específica de alimentação (D) e, conseqüentemente, da velocidade específica de crescimento (µx) sobre a produção do antibiótico retamicina. Foram, realizados quatro ensaios contínuos, variando-se D entre 0,03 1/h e 0,30 1/h. A máxima produção de retamicina (tanto em termos de concentração, como em termos de produtividade e produção específica em retamicina total) ocorreu para D = 0,05 1/h. O aumento de D levou a uma diminuição da produção do antibiótico, a qual cessou para D = 0,30 1/h, mostrando um comportamento típico de um metabólito secundário. Foram utilizadas técnicas de análise de imagens na caracterização morfológica do microrganismo. O cisalhamento mostrou-se um importante fator no rompimento de pellets e na formação de clumps e hifas livres, principalmente nos ensaios contínuos. Em geral, a maior produção do antibiótico esteve associada a altas porcentagens de clumps no meio de cultivo. / The objective of the present work was to study retamycin production in fed-batch and continuous cultivations of Streptomyces olindensis So20, a mutant strain, in order to obtain high antibiotic concentrations and analyse microorganism morphology employing image analysis techniques. The fed-batch runs were performed in order to control the specific growth rate in three different values, during feed (0.03 1/h, 0.10 1/h, and 0.17 1/h), employing exponential feed rates. Three sets of fed-batch runs were carried-out. The first set, feed composition was varied, controlling the specific growth rate in a low value (0.03 1/h) during feed. In general, higher nutrient concentrations in the feed led to higher antibiotic production. In the second set of fed-batch runs, the control of the specific growth rate in three different values during feed was studied. The feed was composed by R5 Modified medium, with four-fold the glucose concentration only, which led to nutrient limitation during runs. This nutrient limitation prejudiced the specific growth rate control, but led to high antibiotic production. This fact showed that nutrient limitation is an important factor in retamycin production. In the third set of fed-batch runs, the control of the specific growth rate in three different values during feed was studied. In these runs, the feed was composed by R5 Modified medium, with four-fold all the nutrient concentrations, which avoided nutrient limitation, during runs. In these runs, the control of the specific growth rate during feed was possible. Results showed that retamycin production is favored by the maintenance of low specific growth rates, since it is a secondary metabolite. Higher antibiotic production was achieved controlling the specific growth rate in 0.03 1/h, during feed. In the continuous runs, the influence of the dilution rate (D), and consequently, of the specific growth rate (µx) on the retamycin production was studied. Four continuous runs were performed, varying D in the range from 0.03 1/h to 0.30 1/h. The highest antibiotic production (in terms of retamycin concentration, retamycin productivity and retamycin specific production) was obtained at D = 0.05 1/h. The increase in the dilution rate led to lower antibiotic production, which ceased at D = 0.30 1/h, showing a typical behavior of a secondary metabolite. Image analysis was used to assess the morphological characteristics of the microorganism. Shear showed to be an important factor in pellet disruption and in clump and free filaments formation, mainly in the continuous runs. In general, higher antibiotic production was obtained with the growth mainly in the form of clumps.

Recentemente, tornou-se acessível a análise filogenética com base em caracteres contínuos. Isso amplia a quantidade de caracteres que podem ser utilizados em análises filogenéticas baseadas em morfologia, mas não há ainda um consenso sobre como esse tipo de caráter deve ser codificado e analisado. Este trabalho analisa o uso de caracteres contínuos em filogenias com dois diferentes enfoques: simulações em computador e aplicação em uma análise com dados reais. As simulações realizadas indicam que de fato pode-se recuperar filogenias com base em caracteres contínuos, com alguns cuidados. O mais importante deles é o uso de pesagem implícita. Mesmo com esse cuidado, os ramos pouco suportados podem ser incorretos, provavelmente devido a um efeito de atração de ramos longos. Na análise do gênero Anchylorhynchus, utilizei caracteres discretos e contínuos, em separado e combinados. As árvores obtidas com as matrizes separadas são bastante diferentes, e a árvore da matriz combinada é semelhante àquela obtida somente com os caracteres discretos. O suporte dos ramos, contudo, cresce com a adição dos caracteres contínuos. Os caracteres contínuos, portanto, não devem ser vistos como uma alternativa, mas como um acréscimo às análises tradicionais. A revisão taxonômica de Anchylorhynchus resultou na descrição de nove espécies novas e reconhecimento de quatro sinônimos novos. O gênero resultou ser um grupo monofilético com um total de 24 espécies reconhecidas. Além disso, as informações sobre a biologia e a distribuição geográfica desses gorgulhos foi atualizada. Em conjunto com a filogenia obtida, essas informações basearam reconstruções biogeográficas e da associação histórica com as plantas hospedeiras. / Recently, phylogenetic analysis based on continuous characters was made accessible. This increases the pool of characters available for morphology-based phylogenetic analyses, but there is still no consensus on how this kind of characters should be coded and analyzed. In the present study, I assessed the use of continuous characters in phylogenies from two distinct perspectives: computer simulations and an application to real data. The simulations indicate that one can indeed recover phylogenies based on continuous characters, given some precautions. The most important of them is the use of implied weighting. Even when this is done, poorly supported branches may be incorrect, probably due to long-branch attraction. For the phylogenetic analysis of Anchylorhynchus, I used both continuous and discrete characters, separately or combined. Trees obtained with separate matrices were significantly different, and the combined matrix resulted in a tree very similar to the tree obtained with discrete characters alone. Branch supports, however, increased with the addition of continuous characters. Continuous characters, therefore, should not be considered an alternative to traditional analyses. Rather, they should be added to discrete-character matrices. The taxonomic revision of Anchylorhynchus resulted in nine new species described and four new synonyms recognized. The genus resulted to be a monophyletic group containing 24 recognized species. Moreover, the information on weevils\' biology and geographical distribution was updated. Together with the phylogeny this information embased reconstructions of host relationships and biogeography.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-09T17:18:23Z No. of bitstreams: 1 MICHEL BARROS SILVA - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2014..pdf: 335576 bytes, checksum: f2ee6b6d68cdefa6c32e300154d28756 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-09T17:18:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MICHEL BARROS SILVA - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2014..pdf: 335576 bytes, checksum: f2ee6b6d68cdefa6c32e300154d28756 (MD5) Previous issue date: 2014-02 / Capes / Para ler o reumo deste trabalho recomendamos o download do arquivo, pois o mesmo possui fórmulas e caracteres matemáticos que não foram possíveis transcreve-los. / To read the progress of this work we recommend downloading the file, as it has formulas and mathematical characters that could not be transcribed.

Submitted by Daniel Santos (danielbarbedo.teto@gmail.com) on 2018-02-05T17:19:02Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Daniel Barbedo versao final corrigida.pdf: 1964343 bytes, checksum: 65c0f4da238b8e1285dc35e992eb7432 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2018-02-06T10:18:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao Daniel Barbedo versao final corrigida.pdf: 1964343 bytes, checksum: 65c0f4da238b8e1285dc35e992eb7432 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-06T10:18:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Daniel Barbedo versao final corrigida.pdf: 1964343 bytes, checksum: 65c0f4da238b8e1285dc35e992eb7432 (MD5) / CAPES / Esta dissertação tem como objetivo apresentar um embasamento teórico sobre a formulação de problemas de contato mecânico com atrito para sólidos tridimensionais utilizando o método da superfície B-Spline para a suavização de superfície. Este é baseado na mecânica do contínuo. Inicialmente é apresentada uma breve descrição dos tensores da mecânica do contínuo necessários à formulação, bem como as suas relações entre si. Parte-se então para a definição da formulação da mecânica dos sólidos utilizando a forma fraca, conhecida como o Princípio dos Trabalhos Virtuais, onde a equação de equilíbrio é obtida pela equação do balanço dos momentos, utilizando-se do modelo de equação de energia de um material Neo-Hookiano, com propriedades hiperelásticas. Descreve-se o processo de linearização das funções, necessário para a obtenção da matriz de rigidez em elementos finitos, e prossegue-se para a discretização em elementos finitos utilizando os elementos hexaédricos de oito nós. Para a solução numérica do problema de contato (com e sem atrito) é apresentado o método do Lagrangiano Aumentado. Em seguida é apresentada a formulação para contato nó-superfície. É importante mencionar que nas formulações padrões do contato mecânico, as superfícies de contato são discretizadas por elementos planos, o que resulta na descontinuidade do vetor normal entre as superfícies adjacentes. Neste tipo de abordagem, para que seja possível o deslizamento do nó escravo entre uma superfície mestre e outra adjacente, existe a necessidade de utilizar três tipos de formulações para o contato mecânico, i.e., contato nó-superfície, nó-seguimento e nó-nó. O objetivo desta dissertação é utilizar uma superfície curva e suave, criada a partir da superfície mestre original, que represente as superfícies de contato. Com isto, a direção da normal passa a ser contínua, sendo necessária apenas a formulação do contato com atrito nó-superfície. As superfícies de contato são suavizadas pela superfície B-Spline. Por este motivo, é apresentada a descrição do método da construção da superfície B-Spline para tornar a superfície de contato uma superfície única e suave, eliminando assim, a necessidade da formulação do contato nó-aresta e nó-nó. Ao final do trabalho, são apresentados exemplos numéricos para evidenciar a eficiência e o desempenho da formulação proposta. / This dissertation has as objective to show theoretical background about contact mechanical problems with friction for tridimensional solids, using the B-Spline surface algorithm for surface smoothing. This is based on continuum mechanics. At first, a short descrition of continuum mechanics is presented, as it is the basis for the posterior solid element and contact B-Spline formulation. In a second moment, the virtual work principle in its weak form is shown, where the equilibrium equation is obtained through the balance of momentum, utilizing the energy density equation of a Neo-Hookean hyperelastic material. Afterwards, the linearization process is presented, which is necessary for obtaining the finite element stiffness matrix and, finally, the finite element discretization for the 8 node hexaedrical element is shown. At first a short description of continuum mechanics tensors necessary to the formulation is shown, as well as their relations between themselves. Then the definition for the weak form of solid mechanics, the virtual work principle is shown, where the equilibrium equation is obtained through the balance of momentum, utilizing the energy equation of a Neo-hookean material, with hiperelastic properties. The linearization process is presented, which is necessary for obtaining the finite element stiffness matrix, and then the finite element discretization for the 8 node hexaedrical element is shown. Regarding the numerical solution for the contact problem (with and without friction), the Augmented Lagrangean method is presented. Afterwards, the formulation for node-surface contact is shown. In the standard mechanical contact formulations, the contact surfaces are discretized by adjacent planes, resulting in discontinuity of the normal vector between adjacent surfaces. In the classical approach, to allow the sliding of a slave node over multiple master surfaces, three different contact mechanical formulations are needed, i.e., node-surfarce, node-segment and node-node contact. This work’s objective is to compose a curve and smooth surface to represent the master surface, utilizing the B-Spline surface algorithm. Achieving that, the normal vector direction is continuous, with only the node-surface contact formulation being necessary. The contact surfaces are discretized with a B-Spline surface, and for that reason, the B-Spline curve construction method is shown. At the end of the work, numerical examples are shown to evidence the efficiency and performance of the proposed solution.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Esse texto trata do problema de um fluido contaminado escoando por um meio poroso, tratando os componentes na mistura como meios contínuos. Na primeira parte, desenvolvemos a teoria de misturas de meios contínuos e discutimos equações da continuidade, momento linear e momento angular. A seguir, descrevemos o problema em detalhe e fazemos hipóteses para simplificar o escoamento. Aplicamos as equações encontradas anteriormente para encontrarmos um sistema de equações diferenciais parciais. Desse ponto em diante, o problema se torna quase puramente matemático. Discutimos o caso insaturado, e depois a saturação do meio poroso. Finalmente, adicionamos um contaminante à mistura e, em seguida, N contaminantes. / This text treats the problem of a contaminated fluid flowing through a porous medium, treating the components in the mixture as continuum media. In the first part, we develop the continuum mixture theory and discuss equations for continuity, linear momentum and angular momentum. Next, we describe the problem in detail and make hypotheses to simplify the flow. We apply the equations found previously to a system of partial diferential equations. From then on, the problem becomes almost purely mathematical. We discuss the unsaturated case, then the saturation of the porous medium. Finally, we add a contaminant to the mixture and, then, N contaminants.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Esse texto trata do problema de um fluido contaminado escoando por um meio poroso, tratando os componentes na mistura como meios contínuos. Na primeira parte, desenvolvemos a teoria de misturas de meios contínuos e discutimos equações da continuidade, momento linear e momento angular. A seguir, descrevemos o problema em detalhe e fazemos hipóteses para simplificar o escoamento. Aplicamos as equações encontradas anteriormente para encontrarmos um sistema de equações diferenciais parciais. Desse ponto em diante, o problema se torna quase puramente matemático. Discutimos o caso insaturado, e depois a saturação do meio poroso. Finalmente, adicionamos um contaminante à mistura e, em seguida, N contaminantes. / This text treats the problem of a contaminated fluid flowing through a porous medium, treating the components in the mixture as continuum media. In the first part, we develop the continuum mixture theory and discuss equations for continuity, linear momentum and angular momentum. Next, we describe the problem in detail and make hypotheses to simplify the flow. We apply the equations found previously to a system of partial diferential equations. From then on, the problem becomes almost purely mathematical. We discuss the unsaturated case, then the saturation of the porous medium. Finally, we add a contaminant to the mixture and, then, N contaminants.

O presente trabalho teve como objetivo o estudo do processo fermentativo de produção de retamicina, em biorreatores de bancada, utilizando-se a linhagem mutante Streptomyces olindensis So20, visando a obtenção de elevadas quantidades deste antibiótico, em processo descontínuo alimentado (fed-batch) e contínuo, bem como a implementação de técnicas de análise de imagens para a caracterização morfológica do microrganismo durante os cultivos. Os ensaios descontínuos alimentados visaram o controle da velocidade específica de crescimento durante a alimentação em três valores distintos (0,03 1/h, 0,10 1/h e 0,17 1/h), por meio do emprego de vazões exponenciais de alimentação. Foram realizados três conjuntos de ensaios descontínuos alimentados. No primeiro conjunto, foi verificada a influência da concentração de nutrientes utilizada na alimentação, mantendo-se a velocidade específica de crescimento em 0,03 1/h, durante a alimentação. De uma maneira geral, o aumento da concentração de nutrientes na alimentação, levou a um aumento na produção do antibiótico. No segundo conjunto de ensaios, foi estudada a influência da velocidade específica de crescimento sobre a produção de retamicina, empregando-se como alimentação o meio R5 modificado com apenas a concentração de glicose quadruplicada. Nesse conjunto de ensaios, ocorreu limitação de outros nutrientes, o que prejudicou o controle da velocidade específica de crescimento durante a alimentação. No entanto, essa limitação nutricional mostrou-se importante para a produção do antibiótico. No terceiro conjunto de ensaios, foi novamente estudada a influência da velocidade específica de crescimento sobre a produção de retamicina, empregando-se como alimentação o meio R5 modificado, agora com as concentrações de todos os nutrientes quadruplicadas, o que evitou limitações nutricionais e permitiu o controle da velocidade específica de crescimento durante a alimentação. Estes ensaios mostraram que o processo de produção de retamicina é favorecido pela manutenção de baixas velocidades específicas de crescimento, por ser este um metabólito secundário. A maior produção de retamicina ocorreu quando a velocidade específica de crescimento foi fixada em 0,03 1/h, durante a alimentação. Nos ensaios contínuos realizados, foi estudada a influência da vazão específica de alimentação (D) e, conseqüentemente, da velocidade específica de crescimento (µx) sobre a produção do antibiótico retamicina. Foram, realizados quatro ensaios contínuos, variando-se D entre 0,03 1/h e 0,30 1/h. A máxima produção de retamicina (tanto em termos de concentração, como em termos de produtividade e produção específica em retamicina total) ocorreu para D = 0,05 1/h. O aumento de D levou a uma diminuição da produção do antibiótico, a qual cessou para D = 0,30 1/h, mostrando um comportamento típico de um metabólito secundário. Foram utilizadas técnicas de análise de imagens na caracterização morfológica do microrganismo. O cisalhamento mostrou-se um importante fator no rompimento de pellets e na formação de clumps e hifas livres, principalmente nos ensaios contínuos. Em geral, a maior produção do antibiótico esteve associada a altas porcentagens de clumps no meio de cultivo. / The objective of the present work was to study retamycin production in fed-batch and continuous cultivations of Streptomyces olindensis So20, a mutant strain, in order to obtain high antibiotic concentrations and analyse microorganism morphology employing image analysis techniques. The fed-batch runs were performed in order to control the specific growth rate in three different values, during feed (0.03 1/h, 0.10 1/h, and 0.17 1/h), employing exponential feed rates. Three sets of fed-batch runs were carried-out. The first set, feed composition was varied, controlling the specific growth rate in a low value (0.03 1/h) during feed. In general, higher nutrient concentrations in the feed led to higher antibiotic production. In the second set of fed-batch runs, the control of the specific growth rate in three different values during feed was studied. The feed was composed by R5 Modified medium, with four-fold the glucose concentration only, which led to nutrient limitation during runs. This nutrient limitation prejudiced the specific growth rate control, but led to high antibiotic production. This fact showed that nutrient limitation is an important factor in retamycin production. In the third set of fed-batch runs, the control of the specific growth rate in three different values during feed was studied. In these runs, the feed was composed by R5 Modified medium, with four-fold all the nutrient concentrations, which avoided nutrient limitation, during runs. In these runs, the control of the specific growth rate during feed was possible. Results showed that retamycin production is favored by the maintenance of low specific growth rates, since it is a secondary metabolite. Higher antibiotic production was achieved controlling the specific growth rate in 0.03 1/h, during feed. In the continuous runs, the influence of the dilution rate (D), and consequently, of the specific growth rate (µx) on the retamycin production was studied. Four continuous runs were performed, varying D in the range from 0.03 1/h to 0.30 1/h. The highest antibiotic production (in terms of retamycin concentration, retamycin productivity and retamycin specific production) was obtained at D = 0.05 1/h. The increase in the dilution rate led to lower antibiotic production, which ceased at D = 0.30 1/h, showing a typical behavior of a secondary metabolite. Image analysis was used to assess the morphological characteristics of the microorganism. Shear showed to be an important factor in pellet disruption and in clump and free filaments formation, mainly in the continuous runs. In general, higher antibiotic production was obtained with the growth mainly in the form of clumps.

Recentemente, tornou-se acessível a análise filogenética com base em caracteres contínuos. Isso amplia a quantidade de caracteres que podem ser utilizados em análises filogenéticas baseadas em morfologia, mas não há ainda um consenso sobre como esse tipo de caráter deve ser codificado e analisado. Este trabalho analisa o uso de caracteres contínuos em filogenias com dois diferentes enfoques: simulações em computador e aplicação em uma análise com dados reais. As simulações realizadas indicam que de fato pode-se recuperar filogenias com base em caracteres contínuos, com alguns cuidados. O mais importante deles é o uso de pesagem implícita. Mesmo com esse cuidado, os ramos pouco suportados podem ser incorretos, provavelmente devido a um efeito de atração de ramos longos. Na análise do gênero Anchylorhynchus, utilizei caracteres discretos e contínuos, em separado e combinados. As árvores obtidas com as matrizes separadas são bastante diferentes, e a árvore da matriz combinada é semelhante àquela obtida somente com os caracteres discretos. O suporte dos ramos, contudo, cresce com a adição dos caracteres contínuos. Os caracteres contínuos, portanto, não devem ser vistos como uma alternativa, mas como um acréscimo às análises tradicionais. A revisão taxonômica de Anchylorhynchus resultou na descrição de nove espécies novas e reconhecimento de quatro sinônimos novos. O gênero resultou ser um grupo monofilético com um total de 24 espécies reconhecidas. Além disso, as informações sobre a biologia e a distribuição geográfica desses gorgulhos foi atualizada. Em conjunto com a filogenia obtida, essas informações basearam reconstruções biogeográficas e da associação histórica com as plantas hospedeiras. / Recently, phylogenetic analysis based on continuous characters was made accessible. This increases the pool of characters available for morphology-based phylogenetic analyses, but there is still no consensus on how this kind of characters should be coded and analyzed. In the present study, I assessed the use of continuous characters in phylogenies from two distinct perspectives: computer simulations and an application to real data. The simulations indicate that one can indeed recover phylogenies based on continuous characters, given some precautions. The most important of them is the use of implied weighting. Even when this is done, poorly supported branches may be incorrect, probably due to long-branch attraction. For the phylogenetic analysis of Anchylorhynchus, I used both continuous and discrete characters, separately or combined. Trees obtained with separate matrices were significantly different, and the combined matrix resulted in a tree very similar to the tree obtained with discrete characters alone. Branch supports, however, increased with the addition of continuous characters. Continuous characters, therefore, should not be considered an alternative to traditional analyses. Rather, they should be added to discrete-character matrices. The taxonomic revision of Anchylorhynchus resulted in nine new species described and four new synonyms recognized. The genus resulted to be a monophyletic group containing 24 recognized species. Moreover, the information on weevils\' biology and geographical distribution was updated. Together with the phylogeny this information embased reconstructions of host relationships and biogeography.

Orientador: José Mario De Martino / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-18T22:55:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_RodrigoMologniGoncalvesdos_M.pdf: 13617752 bytes, checksum: 7a0f3cc2f97bbc5f0bb170014d19861b (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Nas últimas décadas, o estudo dos fenômenos de propagação de ondas mecânicas e de suas conseqüências tem recebido crescente atenção de grupos de pesquisa de variados ramos da engenharia, sobretudo daqueles dedicados ao desenvolvimento de métodos computacionais para resolução de problemas complexos na área da Mecânica dos Meios Contínuos (MMC). Os métodos computacionais desenvolvidos por estes grupos geralmente são constituídos de modelagem matemática e simulação computacional de problemas físicos, que substituem a necessidade do uso de protótipos ou infraestrutura de laboratórios, mas que em contrapartida produzem uma volumosa quantidade de dados numéricos que pode dificultar ou inviabilizar uma análise mais eficiente dos resultados sem o suporte de técnicas específicas para o mapeamento destes dados em representações visuais. Esta dissertação apresenta um trabalho científico-tecnológico na área de Visualização Científica, cujas técnicas foram empregadas em MMC para a visualização dos fenômenos de propagação de ondas mecânicas, especificamente em meios materiais sólidos. Os objetivos principais do trabalho foram possibilitar que os especialistas pudessem validar mais rapidamente os seus métodos computacionais voltados ao estudo dos fenômenos de propagação de ondas mecânicas e, principalmente, que eles pudessem entender com mais facilidade os resultados gerados pela simulação computacional, ampliando assim a eficiência da análise de problemas complexos. Os estudos de casos realizados e apresentados no trabalho permitem afirmar que estes objetivos foram alcançados e os resultados foram satisfatórios. As principais contribuições deste trabalho são: identificação de um conjunto de informações derivadas dos dados brutos gerados pela simulação computacional que podem ser empregados para análise dos fenômenos de propagação de ondas mecânicas; metodologias e respectivas formulações matemáticas para cálculo destas informações; desenvolvimento de um protótipo de ambiente de visualização dos dados que descrevem o comportamento das ondas mecânicas; e estudo e definição de diretrizes de como as técnicas de visualização de dados escalares e vetoriais podem ser aplicadas para favorecer a análise das informações disponíveis. É importante observar que o trabalho é limitado à visualização de ondas mecânicas bi ou tridimensionais geradas sobre grades de dimensão bidimensional / Abstract: In recent decades, the study of the mechanical wave propagation phenomena and their consequences has been receiving increasing attention from research groups in engineering, principally those dedicated to the development of computational methods for solving complex problems in the area of Continuum Mechanics (CM). The computational methods developed by these groups usually consist of mathematical modeling and computer simulation of physical problems, which replace the need for prototypes or laboratory infrastructure. But in opposition, produces a large amount of numerical data that can hinder a more efficient analysis of the results without the support of specific techniques for mapping these data into visual representations. This master's dissertation presents a scientific-technological work in the area of Scientific Visualization, whose techniques were applied in the area of CM for visualization of the mechanical wave propagation phenomena, specifically in solid material media. The main objectives of the work were to allow MCM experts to validate more quickly their computational methods for the study of the mechanical wave propagation phenomena and, especially, that they could more easily understand the results generated by computer simulation, increasing the efficiency of analysis of complex problems. The case studies analyzed and presented in the dissertation allow to state that these objectives were attained and the results were satisfactory. The main contributions of the work are: identification of a set of implicit information, derived from raw data generated by computer simulation, that can be used to analyze the mechanical wave propagation phenomena; methodologies and their mathematical formulations to calculate these information; development of a visualization environment prototype of the data that describe the behavior of mechanical waves; and study and guideline definition of how to apply the visualization techniques of scalar and vector data for expand the analysis the available information. It is important to mention that the work is limited to visualization of two or three-dimensional mechanical waves generated on two-dimensional grids / Mestrado / Engenharia de Computação / Mestre em Engenharia Elétrica