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Séries de Dirichlet à deux variables et distribution des valeurs de fonctions arithmétiques / Dirichlet series with two variables and distribution of values of arithmetical functionsSaldana, Amandine 29 June 2009 (has links)
Nous traitons deux problèmes liés aux séries de Dirichlet. Nous étudions d'abord le prolongement analytique d'une certaine classe de séries de Dirichlet à deux variables: g(s_1,s_2,a,r) = somme_d=1 r(d) / a(d)s1ds2, où a(d) est une fonction multiplicative strictement positive et r(d) est une fonction multiplicative. Nous démontrons, sous certaines hypothèses, un théorème général qui permet d'approcher cette série de Dirichlet par une série connue, modulo une autre série pour laquelle nous obtenons des majorations très précises. Nous utilisons ensuite cet outil pour obtenir des résultats quantitatifs sur la distribution des valeurs de fonctions arithmétiques. Sous certaines hypothèses sur les fonctions a(d) et r(d), nous déterminons lim_x?8 1/X somme_d<x_a(d)<z r(d) (0<z=X) et mesurons la vitesse de convergence vers la loi limite. La classe de fonctions a(d) est beaucoup plus large que celle considérée jusqu'à maintenant. L'introduction de r(d) semble nouvelle. / We deal with two problems related to Dirichlet series. First we study the analytic continuation of a class of Dirichlet series with two variables: g(s_1,s_2,a,r) = sum_d=1 r(d) / a(d)s1ds2, where a(d) is a positive multiplicative function and r(d) is a multiplicative function. We prove, under suitable hypotheses, a general Theorem which allows us to approach this Dirichlet series by a known series, up to another series for which we get very precise upper bounds. Then we use this tool to get quantitative results on the distribution of values of arithmetical functions. Under suitable hypotheses on the functions a(d) and r(d), we determine lim_x?8 1/X sum_d<x_a(d)<z r(d) (0<z=X) and estimate the rate of convergence towards the limit distribution. The class of functions a(d) is much wider than that considered so far. The introduction of r(d) seems to be new.
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Améliorations de la multiplication et de la factorisation d'entier / Speeding up integer multiplication and factorizationKruppa, Alexander 28 January 2010 (has links)
Cette thèse propose des améliorations aux problèmes de la multiplication et de la factorisation d’entier.L’algorithme de Schönhage-Strassen pour la multiplication d’entier, publié en 1971, fut le premier à atteindre une complexité de O(n log(n) log(log(n))) pour multiplier deux entiers de n bits, et reste parmi les plus rapides en pratique. Il réduit la multiplication d’entier à celle de polynôme sur un anneau fini, en utilisant la transformée de Fourier rapide pour calculer le produit de convolution. Dans un travail commun avec Gaudry et Zimmermann, nous décrivons une implantation efficace de cet algorithme, basée sur la bibliothèque GNU MP; par rapport aux travaux antérieurs, nous améliorons l’utilisation de la mémoire cache, la sélection des parameters et la longueur de convolution, ce qui donne un gain d’un facteur 2 environ.Les algorithmes P–1 et P+1 trouvent un facteur p d’un entier composé rapidement si p-1, respectivement p+1, ne contient pas de grand facteur premier. Ces algorithmes comportent deux phases : la première phase calcule une grande puissance g1 d’un élément g0 d’un groupe fini défini sur Fp, respectivement Fp^2 , la seconde phase cherche une collision entre puissances de g1, qui est trouvée de manière efficace par évaluation-interpolation de polynômes. Dans un travail avec Peter Lawrence Montgomery, nous proposons une amélioration de la seconde phase de ces algorithmes, avec une construction plus rapide des polynômes requis, et une consommation mémoire optimale, ce qui permet d’augmenter la limite pratique pour le plus grand facteur premier de p-1, resp. p + 1, d’un facteur 100 environ par rapport aux implantations antérieures.Le crible algébrique (NFS) est le meilleur algorithme connu pour factoriser des entiers dont les facteurs n’ont aucune propriété permettant de les trouver rapidement. En particulier, le module du système RSA de chiffrement est choisi de telle sorte, et sa factorisation casse le système. De nombreux efforts ont ainsi été consentis pour améliorer NFS, de façon à établir précisément la sécurité de RSA. Nous donnons un bref aperçu de NFS et de son historique. Lors de la phase de crible de NFS, de nombreux petits entiers doivent être factorisés. Nous présentons en detail une implantation de P–1, P+1, et de la méthode ECM basée sur les courbes elliptiques, qui est optimisée pour de tels petits entiers. Finalement, nous montrons comment les paramètres de ces algorithmes peuvent être choisis finement, en tenant compte de la distribution des facteurs premiers dans les entiers produits par NFS, et de la probabilité de trouver des facteurs premiers d’une taille donnée / This thesis explores improvements to well-known algorithms for integer multiplication and factorization.The Schönhage-Strassen algorithm for integer multiplication, published in 1971, was the firstto achieve complexity O(n log(n) log(log(n))) for multiplication of n-bit numbers and is stillamong the fastest in practice. It reduces integer multiplication to multiplication of polynomials over finite rings which allow the use of the Fast Fourier Transform for computing the convolution product. In joint work with Gaudry and Zimmermann, we describe an efficient implementation of the algorithm based on the GNU Multiple Precision arithmetic library, improving cache utilization, parameter selection and convolution length for the polynomial multiplication over previous implementations, resulting in nearly 2-fold speedup.The P–1 and P+1 factoring algorithms find a prime factor p of a composite number quickly if p-1, respectively p+1, contains no large prime factors. They work in two stages: the first step computes a high power g1 of an element g0 of a finite group defined over Fp, respectively Fp^2 , the second stage looks for a collision of powers of g1 which can be performed efficiently via polynomial multi-point evaluation. In joint work with Peter Lawrence Montgomery, we present an improved stage 2 for these algorithms with faster construction of the required polynomial and very memory-efficient evaluation, increasing the practical search limit for the largest permissible prime in p-1, resp. p+1, approximately 100-fold over previous implementations.The Number Field Sieve (NFS) is the fastest known factoring algorithm for “hard” integers where the factors have no properties that would make them easy to find. In particular, the modulus of the RSA encryption system is chosen to be a hard composite integer, and its factorization breaks the encryption. Great efforts are therefore made to improve NFS in order to assess the security of RSA accurately. We give a brief overview of the NFS and its history. In the sieving phase of NFS, a great many smaller integers must be factored. We present in detail an implementation of the P–1, P+1, and Elliptic Curve methods of factorization optimized for high-throughput factorization of small integers. Finally, we show how parameters for these algorithms can be chosen accurately, taking into account the distribution of prime factors in integers produced by NFS to obtain an accurate estimate of finding a prime factor with given parameters
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Rôle de la protéine multifonctionnelle E4F1 et de la voie p53 dans l’homéostasie cutanées / identification of new signaling pathways involving the multifunctional protein E4F1 in stem cell homeostasisGoguet-Rubio, Perrine 19 December 2013 (has links)
La protéine E4F1 a été identifiée comme une cible cellulaire de l'onco-protéine virale E1A au cours de l'infection par l'adénovirus de type V. Bien que très peu étudiée jusqu'à présent, les travaux du laboratoire d'accueil indiquent cependant qu'E4F1 est une protéine multifonctionnelle ayant à la fois un rôle de facteur de transcription mais fonctionnant également comme une E3 ligase vis-à-vis d'autres régulateurs transcriptionnels tels que les membres de la famille p53. E4F1 se situe au carrefour de plusieurs voies de signalisation fréquemment altérées au cours de la progression tumorale, notamment les voies impliquant les suppresseurs de tumeurs Rb et p53. In vivo, E4F1 est impliqué dans l'homéostasie des cellules souches à travers différents mécanismes encore non élucidés. L'objectif de mon projet de thèse est d'identifier et de caractériser les voies de signalisation impliquant E4F1 dans l'homéostasie des cellules souches. Pour répondre à cette question, j'utilise diverses techniques : Histologie, IHC,FACS, QPCR et des tests clonogénique sur des cellules issues des épidermes de souris E4F1 WT et KO. / E4F1 protein has been first identified in the 80's as a cellular target of the adenoviral oncoprotein E1A. E4F1 is an atypical multifunctional protein with two different activities. In fact, it can acts as a transcriptional factor thanks to its DNA binding domain and exhibits either positive or negative transcriptional activities depending on the promoter context. In addition to its transcriptional activities, E4F1 is also an atypical E3-ligase for other transcription factors, including the p53 tumor suppressor. A growing body of evidence suggests that the multifunctional protein E4F1 is involved in signaling pathways that play essential roles during normal development and tumorigenesis. Moreover, we have shown that skin defect is one of the most striking phenotype of E4F1 conditional knockout mice. E4F1 inactivation in the entire skin or in the basal compartment of the epidermis (K5 specific knockout mice) induces skin homeostasis defects, as evidenced by transient hyperplasia in the interfollicular epithelium and alteration of keratinocyte differentiation, followed by loss of cellularity in the epidermis and severe skin ulcerations. E4F1 depletion alters clonogenic activity of epidermal stem cells (ESCs) ex vivo and ends in exhaustion of the ESC pool in vivo, indicating that the lesions observed in the E4F1 mutant skin result, at least in part, from cell-autonomous alterations in ESC maintenance. The clonogenic potential of E4F1 KO ESCs is partially rescued by Bmi1 overexpression, or by Ink4a/Arf overexpression or p53 depletion. In additions, in vivo, skin phenotype of E4F1 KO mice is also delayed in animals with Ink4a/Arf and E4F1 compound gene deficiencies. Taking together, our data show the essential role of E4F1 protein into Bmi1-Arf-p53 pathway to regulate ESC-dependent skin homeostasis.
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Améliorations de la multiplication et de la factorisation d'entierKruppa, Alexander 28 January 2010 (has links) (PDF)
Cette thèse propose des améliorations aux problèmes de la multiplication et de la factorisation d'entier. <p> L'algorithme de Schönhage-Strassen pour la multiplication d'entier, publié en 1971, fut le premier à atteindre une complexité de O(n log (n) log(log(n))) pour multiplier deux entiers de n bits, et reste parmi les plus rapides en pratique. Il réduit la multiplication d'entier à celle de polynôme sur un anneau fini, en utilisant la transformée de Fourier rapide pour calculer le produit de convolution. Dans un travail commun avec Gaudry et Zimmermann, nous décrivons une implantation efficace de cet algorithme, basée sur la bibliothèque GNU MP; par rapport aux travaux antérieurs, nous améliorons l'utilisation de la mémoire cache, la sélection des paramètres et la longueur de convolution, ce qui donne un gain d'un facteur 2 environ. <p> Les algorithmes P-1 et P+1 trouvent un facteur p d'un entier composé rapidement si p-1, respectivement p+1, ne contient pas de grand facteur premier. Ces algorithmes comportent deux phases: la première phase calcule une grande puissance g<sub>1</sub> d'un élément g<sub>0</sub> d'un groupe fini défini sur F<sub>p</sub>, respectivement F<sub>p^2</sub>, la seconde phase cherche une collision entre puissances de g<sub>1</sub>, qui est trouvée de manière efficace par évaluation-interpolation de polynômes. Dans un travail avec Peter Lawrence Montgomery, nous proposons une amélioration de la seconde phase de ces algorithmes, avec une construction plus rapide des polynômes requis, et une consommation mémoire optimale, ce qui permet d'augmenter la limite pratique pour le plus grand facteur premier de p-1, resp. p+1, d'un facteur 100 environ par rapport aux implantations antérieures. <p> Le crible algébrique (NFS) est le meilleur algorithme connu pour factoriser des entiers dont les facteurs n'ont aucune propriété permettant de les trouver rapidement. En particulier, le module du système RSA de chiffrement est choisi de telle sorte, et sa factorisation casse le système. De nombreux efforts ont ainsi été consentis pour améliorer NFS, de façon à établir précisément la sécurité de RSA. Nous donnons un bref aperçu de NFS et de son historique. Lors de la phase de crible de NFS, de nombreux petits entiers doivent être factorisés. Nous présentons en détail une implantation de P-1, P+1, et de la méthode ECM basée sur les courbes elliptiques, qui est optimisée pour de tels petits entiers. Finalement, nous montrons comment les paramétres de ces algorithmes peuvent étre choisis finement, en tenant compte de la distribution des facteurs premiers dans les entiers produits par NFS, et de la probabilité de trouver des facteurs premiers d'une taille donnée.
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Criblage par ARN interférence pour l'identification de nouveaux gènes impliqués dans la différenciation myogénique / A siRNA-based screen in C2C12 myoblasts identifies novel genes involved in myogenic differentiationAlwan, Rayan 23 June 2017 (has links)
La myogénèse est un processus multi-étapes hautement régulé impliquant la prolifération et la différenciation de myoblastes. Bien que la myogenèse ait été largement décrite, les mécanismes de régulation qui régissent ce processus complexe sont encore mal connus, notamment les réseaux de gènes et les interactions potentielles entre les voies de signalisation impliquées. Afin d'identifier de nouveaux gènes jouant un rôle dans la différenciation myogénique, j’ai mis en place un nouveau protocole in vitro, basé sur la lignée myoblastique C2C12, l’utilisation de l’ARN interférence et l'analyse quantitative d'images d'une grande quantité de myoblastes différenciés. J’ai pu inactiver une centaine de gènes et par une analyse quantitative de la densité cellulaire, de la quantité de myotubes, de la morphologie du myotube et de l'indice de fusion, j’ai pu montrer que six gènes parmi les 100 sont impliqués à la fois dans la prolifération et la différenciation des cellules C2C12 et 13 gènes jouant un rôle uniquement dans l’étape de différenciation. Nos résultats montrent que notre crible peut être un outil efficace pour détecter aussi bien les phénotypes subtils permettant l'identification de nouveaux régulateurs myogéniques chez les mammifères. / Myogenesis is a highly regulated multi-step process involving myoblast proliferation and differentiation. Although studies over the last decades have identified several factors governing these distinct major phases, many of them are not yet known. In order to identify novel genes, we took advantage of the C2C12 myoblastic line to establish a functional siRNA screen combined with quantitative-imaging analysis of a large amount of differentiated myoblasts. We knocked down 100 mouse-preselected genes without a previously characterized role in muscle. Using image analysis, we tracked gene-silencing phenotypes by quantitative assessment of cellular density, myotube quantity, myotube morphology and fusion index. Our results have revealed six genes involved in both stages of C1C12 myogenesis and 13 genes specific to the differentiation stage. These findings prove that our RNAi-based screen could be an efficient tool to detect clear and subtle phenotypes allowing the identification of new myogenic regulators in Mammals.
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Le piano xénakien. Des concepts au langage instrumental : enjeux pour l’interprétation / Performance issues regarding the xenakian piano : from concept to instrumental languageThomopoulos, Stephanos 17 December 2013 (has links)
Le piano de Xenakis, comme tous les langages instrumentaux du compositeur, reste un objet assez singulier dans la littérature de l’instrument. Encore aujourd’hui rarement abordé par les pianistes, il semble d’une difficulté vertigineuse, et les voies qui mènent à sa réalisation restent dissimulées. L’originalité du langage musical du compositeur génère une technique extrêmement détachée de la tradition pianistique, et un pianiste manque souvent de savoir-faire et d’outils pour parvenir à l’exécution. Dans cette recherche nous essaierons d’aborder ce lien entre les principaux concepts xénakiens (musique stochastique, musique symbolique, mouvement brownien et pans ondulatoires, arborescences, cribles) et son langage pianistique, afin de mieux identifier cette écriture instrumentale et envisager des chemins pouvant favoriser l’interprétation de cette musique. Nous étudions la totalité des œuvres avec piano, puis nous explorons chacun des grands concepts du compositeur, pour établir ensuite leur connexion avec le langage pianistique dans quatre œuvres majeures pour le piano : Herma, Synaphaï, Evryali, Mists. Pour chacune de ces œuvres nous effectuons une analyse, puis proposons une approche pianistique visant le travail, l’exécution et l’interprétation. / Xenakis’ piano, like all the composers’ instrumental languages, remains a rather peculiar issue in the literature of the instrument, still rarely approached by pianists, not only because of its obvious difficulty, but mostly because of the great number of question raised by it, questions related to its feasibility and execution. The originality of the composer’s musical language generates a technic extremely detached from piano tradition, and a pianist often lacks the savoir-faire and the tools to reach a convincing execution of these works. In this research we try to approach the link between the principal xenakian concepts (stochastic music, symbolic music, Brownian movement and wave-like sides, arborescences, sieves) and the pianistic language related to it, in order to identify Xebakis’ writing for the instrument and consider the ways that the performance of this music can take place. We study briefly the whole output of Xenakis’ piano works (solo, concerto, chamber music, piano in the orchestra), then we explore each of the composer’s main concepts, in order to establish their connection to the pianistic language in four major works for piano : Herma, Synaphaï, Evryali, Mists. For each one of these works, we first perform an analysis, then we propose a pianistic approach aiming at the preparation and the performance.
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Nombres presque premiers jumeaux sous une conjecture d'Elliott-Halberstam / Twin almost primes under a Elliott-Halberstam conjecture.Debouzy, Nathalie 28 June 2018 (has links)
Nous affinons le crible asymptotique de Bombieri afin d’obtenir un asymptotique en variables localisées. Comme conséquence, nous démontrons, sous la conjecture d’Elliott-Halberstam, qu’il existe une infinité de nombres presque premiers jumeaux, c’est à dire tels que pour tout ε > 0, p est premier et p−2 est soit premier, soit de la forme p1p2 où p1 < Xε, et nous en donnons un asymptotique. A ce travail s’ajoutent deux chapitres : d’un côté, une preuve montrant comment une méthode sans crible préliminaire donne un résultat plus faible en nécessitant une hypothèse plus forte, ce qui nous permettra de détailler plusieurs estimations et de souligner l’intérêt de notre approche. D’un autre côté une exposition pédagogique d’une méthode donnant un accès facile et explicite à plusieurs estimations de moyennes de fonctions multiplicatives. / We improve Bombieri’s asymptotic sieve to localise the variables. As a consequence, we prove, under a Elliott-Halberstam conjecture, that there exists an infinity of twins almost prime. Those are prime numbers p such that for all ε > 0, p −2 is either a prime number or can be written as p1p2 where p1 and p2 are prime and p1 < Xε, and we give the explicit asymptotic. In addition to this main work, there are two other chapters: the first one gives an asymptotic of prime numbers p such p−2is either a prime number or a product of three primes without using a preliminary sieve and so a stronger conjecture was needed. Hence this part shows the strength of the preliminary sieve and presents a few detailed sommations, most of them involving the Möbius fonction, that could be useful. The second one presents an easy and explicit method to calculate an average order of multiplicative functions.
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Genetic and chemical genomic dissection of the cell adhesion mechanisms in plants / Dissection génétique et chemogénomique des mécanismes d’adhésion cellulaire chez les plantesVerger, Stephane 03 October 2014 (has links)
L’adhésion cellulaire chez les plantes est permise par la présence de la paroi dont les composants sont réticulés afin de former un réseau de polysaccharides liant les cellules entre elles. Cependant, la paroi est un compartiment cellulaire dynamique qui participe à la croissance et au développement de la plante, notamment par son relâchement et sa réorganisation constante et nous ne savons pas exactement comment l'adhésion cellulaire est effectivement maintenue dans ces conditions. Afin d'obtenir une meilleure compréhension des mécanismes qui contrôlent l'adhésion cellulaire chez les plantes, nous avons utilisé une combinaison de crible génétique suppresseur et de crible chémogenomique suppresseur sur les mutants quasimodo1 et quasimodo2 présentant un défaut d'adhésion cellulaire accompagné d’une déficience de synthèse de pectine. Par ces approches nous avons pu isoler des mutants suppresseurs et des molécules chimiques impliquées dans l'adhésion cellulaire. Le crible génétique a conduit à l'identification et l'étude d'un suppresseur muté dans le gène ESMERALDA1, une O-fucosyltransférase putative non caractérisée. L'étude génétique du défaut d’adhésion cellulaire en incluant friable1, muté dans une autre O-fucosyltransférase putative, a montré que la mutation de ESMD1 était suffisante pour supprimer le défaut d'adhésion cellulaire de qua1, qua2 et frb1, ce qui en fait un acteur majeur de l’adhésion cellulaire. Le crible chemogenomic a montré l'implication du transport de l'auxine et de l'activité pectin méthylesterase dans le processus contrôlant l'adhésion cellulaire. Sur la base de ces nouvelles informations, nous avons établi un modèle qui explique la perte de l'adhésion cellulaire chez les mutants quasimodo et friable1, et à partir de ce modèle, nous avons pu déduire l'existence de mécanismes qui permettent le maintien de l'adhésion cellulaire de façon dynamique au cours de croissance et de développement chez les plantes. / Cell to cell adhesion in plants is mediated by the cell wall in which the components are cross-linked in order to create a continuum of polysaccharides linking the cells together. However the cell wall is a dynamic compartment that participates in growth and development through its constant loosening and remodeling and it is not very clear how cell adhesion is actually maintained in these conditions. In order to get a better understanding of the mechanisms that control cell adhesion in plants we used a combination of a forward genetic suppressor screen and a chemical genomic suppressor screen on the cell adhesion defective and pectin synthesis deficient mutants quasimodo1 and quasimodo2, and have isolated a number of suppressor mutants and molecules implicated in cell adhesion. The genetic screen led to the identification and study of a suppressor mutated in the gene ESMERALDA1, an uncharacterized putative O-fucosyltransferase. The genetic study of cell adhesion including another putative O-fucosyltransferase FRIABLE1 showed that the disruption of ESMD1 was sufficient to suppress the cell adhesion defect of qua1, qua2 and frb1, making it a major player of the pathway. The chemical genomic screen has revealed the implication of auxin transport and pectin methyl esterase activity in the process of cell adhesion. Based on these new information we have established a model explaining the loss of cell adhesion in the quasimodo and friable1 mutants, and from this model we have inferred the existence of the mechanisms that dynamically allow the maintenance of cell adhesion in plants during growth and development.
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Les microARNs régulateurs de l’expression génique du Glypican-3 dans le Carcinome Hépatocellulaire / MicroRNAs regulators of Glypican-3 gene expression in hepatocellular carcinomaMaurel, Marion 21 November 2012 (has links)
Le Glypican-3 (GPC3) est surexprimé dans 72% des carcinomes hépatocellulaire (CHC). C’est un co-récepteur membranaire du récepteur WNT, qui appartient à la famille des protéoglycanes à sulfates d'héparane. L'objectif général de ma thèse vise à étudier les mécanismes de régulation post-transcriptionnelle de l’expression du GPC3 dans le CHC. Pour cela, j’ai développé un test fonctionnel qui m’a permis de cribler une bibliothèque de 876 microARNs humains. Ceci a conduit à l’identification de 5 microARNs régulateurs de l’expression de l’ARNm codant pour le GPC3 via sa région 3’ non traduite (NT). Mon travail de thèse porte plus particulièrement sur le miR-1271 et le miR-1291 car ils sont dérégulés dans le CHC et sont respectivement inhibiteur et inducteur de l’expression du GPC3. Dans un premier projet, j’ai démontré que le miR-1271 cible directement la région 3’NT du GPC3 et diminue la stabilité de son ARNm. Ce microARN est sous-exprimé dans le CHC et son expression corrèle négativement avec celle de l'ARNm du GPC3 dans les CHC associés à une infection par le virus de l’hépatite B. Dans un deuxième projet, j’ai démontré que le miR-1291 régule positivement l’expression du GPC3 en inhibant un facteur intermédiaire. Une analyse in silico a permis d’identifier IRE1α comme candidat. IRE1α est une protéine transmembranaire du réticulum endoplasmique (RE) qui participe à « l’Unfolded Protein Response », une réponse adaptative activée lors de l’accumulation de protéines mal conformées dans le RE. J’ai démontré qu’IRE1α clive l’ARNm codant pour le GPC3 grâce à son activité endoribonucléase. D’autre part, le miR-1291 cible directement l’ARNm codant pour IRE1α dans sa région 5’NT ce qui inhibe son expression et induit une surexpression du GPC3. Le miR-1291 est surexprimé dans le CHC et son expression corrèle positivement avec celle de l’ARNm du GPC3. En conclusion, mon travail de thèse m’a permis de mettre en évidence et de caractériser deux nouveaux microARNs (miR-1271 et miR-1291) contrôlant l’expression du GPC3 par des mécanismes directs ou indirects. La pertinence physiopathologique de ces régulations dans le CHC est en accord avec les niveaux d’expression respectifs de ces microARNs, qui pourraient contribuer à la surexpression du GPC3 dans ces tumeurs. / Glypican-3 (GPC3) is overexpressed in 72% of hepatocellular carcinoma (HCC). It is a co-receptor for WNT receptor and belongs to the heparan sulfate proteoglycans family. The general objective of my PhD thesis was to study the mechanisms by which GPC3 is post-transcriptionnally regulated in HCC. To this end, I developed a functional test that allowed me to screen a library of 876 human microRNAs. This led me to identify 5 microRNAs that regulate the expression of GPC3 mRNA through its 3’Untranslated Region (UTR). The work presented in this thesis particulary focuses on miR-1271 and miR-1291 as both microRNAs present a deregulated expression in HCC and are respectively inhibitor and activator of GPC3 mRNA expression. In a first project, I demonstrated that miR-1271 directly binds to GPC3 mRNA 3’UTR and affects its stability. This microRNA is underexpressed in HCC and its expression negatively correlates with that of GPC3 mRNA in a subgroup of HCC corresponding to those associated with hepatitis B virus infection. In a second project, I demonstrated that miR-1291 postively regulates the expression of GPC3 mRNA by targeting an intermediate factor. An in silico analysis led to the identification of the Inositol Requiring Enzyme 1 alpha (IRE1α) as a potential candidate. IRE1α is an endoplasmic reticulum (ER) resident type I transmembrane protein and contributes to the signaling of the Unfolded Protein Response (UPR). The UPR is an adaptive response activated upon accumulation of improperly folded proteins in the ER. I showed that IRE1α cleaves GPC3 mRNA through its endoribonuclease activity. Moreover I demonstrated that miR-1291 directly targets IRE1α mRNA through its 5’UTR, thereby decreasing its expression and contributing to GPC3 mRNA overexpression. MiR-1291 is overexpressed in HCC and its expression positively correlates with that of GPC3 mRNA. In summary, the work carried out during my PhD allowed the identification and the characterization of two new microRNAs (miR-1271 and miR-1291) that control the expression of GPC3 mRNA through direct or indirect mechanisms. The pathophysiological relevance of these regulatory mechanisms is in agreement with the respective expression levels of these microRNAs in HCC, which could therefore contribute to the overexpression of GPC3 in those tumors.
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Mécanismes et fonctions de la voie d'ARN interférence induite par ARN double brin chez Paramecium tetraurelia / Mechanisms and functions of the dsRNA-inducible RNAi pathway in Paramecium tetraureliaCarradec, Quentin 29 September 2014 (has links)
Le cilié Paramecium tetraurelia est un modèle intéressant pour l'étude de la diversité et de l'évolution des voies d'ARN interférence (ARNi) chez les eucaryotes. L'une des voies d'ARNi végétatives peut être induite en nourrissant les paramécies de bactéries produisant un ARN double-brin (ARNdb) homologue à un gène donné, dont l'expression est inactivée de manière post-transcriptionnelle par la production de siARN de 23 nt. Un crible de mutagénèse a permis d'obtenir des mutants mendéliens déficients pour l'ARNi, dont les génomes ont été séquencés afin d'identifier sans a priori des gènes impliqués dans cette voie. 6 gènes ont été identifiés: un Dicer, deux ARN polymérases ARN-dépendantes (RDR1 et 2), une nucléotidyl-transférase (CID1) et deux gènes codant de nouvelles protéines (PDS1 et 2). Pour étudier leur rôle dans la biosynthèse ou l'action des siARN, ces derniers ont été séquencés à partir de cellules sauvages ou mutantes, nourries d'un ARNdb homologue à un gène non essentiel. L'analyse bio-informatique a montré que des siARN dits 'primaires' sont produits à partir de l'ARNdb bactérien, tandis que des siARN dits 'secondaires' sont produits à partir de la totalité de l'ARNm endogène ciblé, et sont majoritairement de polarité anti-sens. Alors que la production des siARN primaires dépend de tous les gènes étudiés, les résultats n'impliquent que RDR2 dans celle des siARN secondaires. Enfin, j'ai montré que certains clusters de siARN endogènes dépendent de RDR1 et de CID1, tandis que d'autres dépendent de RDR2. La paramécie produit également des siARN antisens aux ARN ribosomaux bactériens, suggérant de nouvelles hypothèses quant à la fonction naturelle de cette voie. / The ciliate Paramecium tetraurelia is an interesting model to study the diversity and evolution of RNA interference (RNAi) pathways. One of the vegetative RNAi pathways is induced by feeding cells with bacteria producing double-stranded RNA (dsRNA) homologous to a given gene, which is then post-transcriptionally silenced through the production of 23-nt siRNAs. A forward genetic screen allowed us to obtain Mendelian mutants deficient in dsRNA-induced RNAi, and mutated genes were identified by whole-genome resequencing. 6 genes were identified: one Dicer, two RNA-dependent RNA polymerases (RDR1 et 2), one nucleotidyl-transferase (CID1) and two genes encoding novel poteins (PDS1 and 2). To study their roles in siRNA biosynthesis or action, we sequenced small RNAs from wild-type or mutants cells fed with a dsRNA homologous to a non-essential endogenous gene. Bioinformatic analyses showed that 'primary' siRNAs are produced from the bacterial dsRNA trigger, while 'secondary' siRNAs, predominantly of antisense polarity, are produced from the whole length of the targeted endogenous mRNA. While primary siRNA production requires all of the genes studied, the results only implicate RDR2 in the production of secondary siRNAs. Finally, I showed that some clusters of endogenous siRNAs depend on RDR1 and CID1, whereas others depend on RDR2. Paramecium was also shown to produce siRNAs that are antisense to bacterial ribosomal RNAs, suggesting new hypotheses about the possible natural functions of this pathway.
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