Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-14T14:19:32Z No. of bitstreams: 2 Tese_CEfS_versão final.pdf: 2066725 bytes, checksum: 99e5eaff3b19590a9f535bb0d1280004 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-14T14:19:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_CEfS_versão final.pdf: 2066725 bytes, checksum: 99e5eaff3b19590a9f535bb0d1280004 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Currently, marsupials are the second largest mammals living family. The groups evolutionary history is linked to the geological history of the continent and in South America, they are represented mainly by Didelphidae family. This family is the only present in the Amazon and in the rest of Brazil. Marsupial cytogenetic characterization shows a conservation of diploid numbers ranging from 10 to 32 chromosomes, and in didelphids are known karyotypes 14, 18 and 22 chromosomes. In this context, molecular cytogenetic allows for new inferences about the chromosomal evolution, supplying additional characters to analyze, for example, mapping repetitive regions of the genome. In this paper we map repetitive elements in species didelphids collected in 13 new locations in the Amazon in unexplored regions, seeking to understand evolutionary patterns of karyotypes. In all were analyzed 194 individuals of 16 species featured in conventional staining, band C, Ag-RON and FISH with probes DNAr18S, telomeric and transposable element LINE-1. We observed variation on the X chromosome, the distribution of heterochromatin and mapping sequences of 18S ribosomal DNA and telomeric sequences. The main variation found in the position of the centromere was the X chromosome of C. lanatus and Marmosa murina. Geographically, the different types of X, both species showed a segregation between eastern and western Brazil, with contact in the central Amazon. For species Marmosops spp. two patterns of X were evidenced by the C-band technique, but less obvious geographical distribution. The nucleolar organizer regions were confirmed by 18S rRNA gene probe in all species except the marking of the Y chromosome Monodelphis brevicaudata. The distribution of this marker showed only variable in Marmosa genre. Considering RON simple as a character plesiomorphic conclude that the species of the genus Didelphis and Marmosa evolved independently for multiple system. Marsupials are considered chromosomally conservative, however, given the current state of knowledge to this group, inter variations and intraspecific are observed and this is due to the expansion of the sample and the application of more accurate techniques, suggesting the presence of chromosomal rearrangements in evolution this animal group. Regarding the telomeric sequences, 11 species were analyzed and compared the presence of interstitial telomeric sequences (ITSs) with the distribution of the C band and found that STIs are coincident with heterochromatin blocks. Of the 11 species examined, only 5 had STIs, all within the centromeric heterochromatin region. The presence of STIs was constant on the X chromosome of Marmosa individuals and murine variable in the other species. We believe that the variable presence of STIs is a particular characteristic of each lineage. Our results support the inference that such sequences can not always be interpreted as a consequence of chromosomal rearrangement. Finally, we map the LINE-1 retroelement to five species of copies: Caluromys philander, Gracilinanus emiliae, Marmosa murina, Marmosa demerarae and Didelphis marsupialis. The markings are shown scattered all chromosomes, with no preference for specific chromosome regions, or even the X chromosome, as reported in the literature for other marsupials. The most informative variations were in the morphology of the X chromosome, which verified the existence of geographic patterns and are possibly related to different species, showing that chromosomal variation has relation to the diversification of species. Markers of repetitive sequences (18S, telomere and L1) showed variations possibly be related to more recent events of speciation. / Os marsupiais sulamericanos estão representados principalmente pela família Didelphidae considerada conservada cariotipicamente. No presente trabalho mapeamos elementos repetitivos em 194 indivíduos, representando 16 espécies de didelfídeos, coletadas em 13 localidades ainda não exploradas, do ponto de vista científico, na Amazônia, para verificar possíveis padrões de evolução cariotípica. Para isso foram utilizados métodos citogenéticos clássicos e moleculares. Variações no cromossomo X, na distribuição da heterocromatina e no mapeamento de sequências de DNA ribossomal 18S e sequências teloméricas foram registradas. A principal variação foi na posição do centrômero do cromossomo X de Caluromys lanatus e de Marmosa murina. Os diferentes tipos de cromossomos X, de ambas espécies, mostraram uma separação em termos geográficos entre leste e oeste do Brasil, com contato na Amazônia central. Para as espécies de Marmosops spp., dois padrões de X foram evidenciados pelo método de banda C, porém não foram separados geográficamente. As regiões organizadoras de nucléolo foram confirmadas pelas sondas de DNAr 18S em todas as espécies, exceto a marcação do cromossomo Y de Monodelphis brevicaudata. A distribuição desse marcador se mostrou variável apenas no gênero Marmosa. Considerando a RON simples como um caráter plesiomórfico sugerimos que as espécies do gênero Marmosa e Didelphis marsupialis evoluíram independentemente para o sistema múltiplo. Em relação às sequências teloméricas, 11 espécies foram analisadas e cinco apresentaram ITSs, todas dentro da região de heterocromatina centromérica. A presença de ITS foi constante no cromossomo X de indivíduos de Marmosa murina e variável nas demais espécies. Acreditamos que a presença variável das ITSs seja uma característica particular de cada linhagem. O retroelemento LINE-1 foi mapeado em exemplares de cinco espécies: Caluromys philander, Gracilinanus emiliae, Marmosa murina, Marmosa demerarae e Didelphis marsupialis. As marcações se mostraram dispersas por todos os cromossomos, não havendo preferência por regiões específicas do cromossomo, nem mesmo pelo cromossomo X. A variação do cromossomo X e os padrões de distribuição dos elementos repetitivos podem ser reflexo dos eventos de especiação ocorridos nos didelfídeos.

Malformações congênitas ocorrem em aproximadamente 2% a 3% dos nascidos vivos, podendo compreender desde malformações discretas até graves defeitos que comprometem a sobrevida. Estima-se que cerca de 6% dos casos de defeitos congênitos ocorram devido à presença de anomalias cromossômicas. Essa prevalência é, provavelmente, subestimada, uma vez que malformações mais graves podem levar a perdas fetais antes que um diagnóstico seja possível e, algumas vezes, as alterações cromossômicas ou desequilíbrios genômicos associados às malformações congênitas não são identificados. Este estudo teve como objetivo geral identificar rearranjos cromossômicos e variação do número de cópias (CNVs) do genoma por meio da investigação de microdeleções e microduplicações em recém-nascidos com malformações congênitas de etiologia desconhecida. Este trabalho fez parte de um projeto de desenvolvimento tecnológico para o estabelecimento do método de análise comparativa de genomas em um hospital universitário público. Foi realizado um estudo retrospectivo em 35 amostras de DNA estocadas em biorrepositório por meio da análise total do genoma pela técnica de Hibridação Genômica Comparativa baseada em microarranjos (array-CGH). Todas as CNVs detectadas foram comparadas com as descritas em bancos públicos de dados genômicos, e sua significância clínica foi estimada. Treze alterações genômicas foram detectadas em 12/35 (34,3 %) das amostras. Em 4/35 (11.4%) dessas, os desequilíbrios genômicos puderam ser definidos como patogênicos e causalmente relacionados às anomalias congênitas; em 5/35 (14.3%) das amostras, CNVs de significado clínico incerto foram identificadas; e, em 4/35 (11.4%), variantes normais foram detectadas. Entre os 4 casos cujos resultados foram considerados causalmente relacionados com os achados clínicos, 2/4 (50%) tinham alterações patogênicas que estão reconhecidamente associados à síndromes de microdeleção definidas. Em 2/4 amostras (50%), os desequilíbrios cromossômicos encontrados, ainda que preditos como patogênicos, não haviam sido previamente associados à entidades clínicas reconhecidas. O uso de array-CGH indicou a presença na amostra estudada de rearranjos cromossômicos não identificados previamente, permitindo a identificação de regiões cromossômicas relacionadas à algumas anomalias congênitas. Além disso, ainda que a interpretação dos resultados deva ser refinada, os dados sugerem que a análise comparativa de genomas por array-CGH seja considerada como investigação de primeira linha no rastreamento seletivo para análise prospectiva/retrospectiva de amostras de DNA em programas de monitoramento de defeitos congênitos. / Congenital malformations occur in approximately 2% to 3% of live births and may comprise from mild to severe malformations defects that compromise survival. It is estimated that about 6% of the cases of birth defects occur due to the presence of chromosomal abnormalities. This prevalence is probably underestimated, since more severe malformations may lead to fetal loss before a diagnosis is possible, and sometimes, the chromosomal aberrations or genomic imbalances associated with congenital malformations are not identified. This study had as main objective to identify chromosomal rearrangements and copy number variations (CNVs) in the genome through the investigation of microdeletions and microduplications in newborns with congenital malformations of unknown etiology. This work was part of a technological development project for the establishment of the method of comparative analysis of genomes in a public university hospital. A retrospective study was performed on 35 DNA samples stored in a biorepository through whole-genome based microarrays Comparative Genomic Hybridization (array-CGH). All CNVs detected were compared with those described in public genome databases, and their clinical significance was estimated. Thirteen genomic alterations were detected in 12/35 (34.3%) of the samples. On 4/35 (11.4%) of these, the genomic imbalances were defined as pathogenic and causally related to congenital anomalies; in 5/35 (14.3%) samples CNVs of uncertain clinical significance were identified and in 4/35 (11.4%), normal variants were detected. Among the 4 cases whose results were considered causally related to clinical findings, 2/4 (50%) had pathogenic changes that are associated with well-known microdeletion syndromes. In 2/4 samples (50%), chromosomal imbalances found, although predicted as pathogenic, have not been previously associated with the recognized clinical entities. The use of array-CGH indicated the presence of chromosomal rearrangements not previously identified, allowing the identification of chromosomal regions related to some congenital anomalies. Moreover, although the interpretation of the results should be refined, the data suggest that comparative genome analysis by array-CGH must be considered as first-line investigation in selective screening for prospective/retrospective analysis of DNA samples in birth defects monitoring programs.

Orientador: José Mauricio Barbanti Duarte / Resumo: Mazama temama (Temamaçame) é o veado vermelho de menor tamanho da América central. Foi uma das primeiras espécies descritas para o gênero que devido à grande similaridade morfológica com Mazama americana foi considerada como sinônimo por muitos autores até final do século passado. Os estudos citogenéticos de animais em cativeiro mostraram cariótipos diferenciados que levaram ao reconhecimento como espécie única. Os estudos filogenéticos têm sustentado a monofilia da espécie, embora existam algumas incongruências devido à sua grande distribuição geográfica. Assim, o objetivo do trabalho foi propor um neótipo para M. temama a partir da caracterização de um topótipo de Veracruz e da mesma forma, caracterizar três parátipos da localidade de Campeche. Com isso, foi possível descrevê-los morfologicamente (medidas cranianas, coloração da pele e biometria corporal), obter cariótipos de animais de vida livre com origem conhecida para análises citogenéticas (banda C, banda G, coloração Ag-NOR e coloração convencional Giemsa) e realizar análises filogenéticas de genes mitocondriais. Os resultados morfológicos separaram a espécie de Mazama americana mas não conseguiram diferenciar M.temama dos outros pequenos Mazama. As árvores filogenéticas comprovaram a monofilia do grupo mostrando um resultado similar a outros autores. O cariótipo do neótipo é significativamente diferenciado do anteriormente descrito para à espécie, sendo que os parátipos de Campeche apresentam variantes cariotípicas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Malformações congênitas ocorrem em aproximadamente 2% a 3% dos nascidos vivos, podendo compreender desde malformações discretas até graves defeitos que comprometem a sobrevida. Estima-se que cerca de 6% dos casos de defeitos congênitos ocorram devido à presença de anomalias cromossômicas. Essa prevalência é, provavelmente, subestimada, uma vez que malformações mais graves podem levar a perdas fetais antes que um diagnóstico seja possível e, algumas vezes, as alterações cromossômicas ou desequilíbrios genômicos associados às malformações congênitas não são identificados. Este estudo teve como objetivo geral identificar rearranjos cromossômicos e variação do número de cópias (CNVs) do genoma por meio da investigação de microdeleções e microduplicações em recém-nascidos com malformações congênitas de etiologia desconhecida. Este trabalho fez parte de um projeto de desenvolvimento tecnológico para o estabelecimento do método de análise comparativa de genomas em um hospital universitário público. Foi realizado um estudo retrospectivo em 35 amostras de DNA estocadas em biorrepositório por meio da análise total do genoma pela técnica de Hibridação Genômica Comparativa baseada em microarranjos (array-CGH). Todas as CNVs detectadas foram comparadas com as descritas em bancos públicos de dados genômicos, e sua significância clínica foi estimada. Treze alterações genômicas foram detectadas em 12/35 (34,3 %) das amostras. Em 4/35 (11.4%) dessas, os desequilíbrios genômicos puderam ser definidos como patogênicos e causalmente relacionados às anomalias congênitas; em 5/35 (14.3%) das amostras, CNVs de significado clínico incerto foram identificadas; e, em 4/35 (11.4%), variantes normais foram detectadas. Entre os 4 casos cujos resultados foram considerados causalmente relacionados com os achados clínicos, 2/4 (50%) tinham alterações patogênicas que estão reconhecidamente associados à síndromes de microdeleção definidas. Em 2/4 amostras (50%), os desequilíbrios cromossômicos encontrados, ainda que preditos como patogênicos, não haviam sido previamente associados à entidades clínicas reconhecidas. O uso de array-CGH indicou a presença na amostra estudada de rearranjos cromossômicos não identificados previamente, permitindo a identificação de regiões cromossômicas relacionadas à algumas anomalias congênitas. Além disso, ainda que a interpretação dos resultados deva ser refinada, os dados sugerem que a análise comparativa de genomas por array-CGH seja considerada como investigação de primeira linha no rastreamento seletivo para análise prospectiva/retrospectiva de amostras de DNA em programas de monitoramento de defeitos congênitos. / Congenital malformations occur in approximately 2% to 3% of live births and may comprise from mild to severe malformations defects that compromise survival. It is estimated that about 6% of the cases of birth defects occur due to the presence of chromosomal abnormalities. This prevalence is probably underestimated, since more severe malformations may lead to fetal loss before a diagnosis is possible, and sometimes, the chromosomal aberrations or genomic imbalances associated with congenital malformations are not identified. This study had as main objective to identify chromosomal rearrangements and copy number variations (CNVs) in the genome through the investigation of microdeletions and microduplications in newborns with congenital malformations of unknown etiology. This work was part of a technological development project for the establishment of the method of comparative analysis of genomes in a public university hospital. A retrospective study was performed on 35 DNA samples stored in a biorepository through whole-genome based microarrays Comparative Genomic Hybridization (array-CGH). All CNVs detected were compared with those described in public genome databases, and their clinical significance was estimated. Thirteen genomic alterations were detected in 12/35 (34.3%) of the samples. On 4/35 (11.4%) of these, the genomic imbalances were defined as pathogenic and causally related to congenital anomalies; in 5/35 (14.3%) samples CNVs of uncertain clinical significance were identified and in 4/35 (11.4%), normal variants were detected. Among the 4 cases whose results were considered causally related to clinical findings, 2/4 (50%) had pathogenic changes that are associated with well-known microdeletion syndromes. In 2/4 samples (50%), chromosomal imbalances found, although predicted as pathogenic, have not been previously associated with the recognized clinical entities. The use of array-CGH indicated the presence of chromosomal rearrangements not previously identified, allowing the identification of chromosomal regions related to some congenital anomalies. Moreover, although the interpretation of the results should be refined, the data suggest that comparative genome analysis by array-CGH must be considered as first-line investigation in selective screening for prospective/retrospective analysis of DNA samples in birth defects monitoring programs.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-02T21:33:20Z No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T18:34:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T18:34:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_MiltonRegodePaulaJunior.pdf: 8442618 bytes, checksum: 6b582db99e5fe3171d556dff5616c008 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / A Mielofibrose (MF), conhecida também como Metaplasia Mielóide Agnogênica ou Mielofibrose Crônica Idiopática, é a menos frequente das neoplasias mieloproliferativas, sendo uma doença clonal ocasionada pela transformação neoplásica de célula hematopoiética pluripotente acompanhada de alterações reacionais intensas do estroma medular com fibrose colagênica, osteoesclrose e angiogênese. A MF é caracterizada por citopenias e/ou leucocitose, leucoeritroblastose, fibrose progressiva da medula óssea e hematopoiese extramedular com esplenomegalia. A patogênese molecular ainda é desconhecida e envolve várias alterações citogenéticas. O principal objetivo deste estudo foi investigar a presença de rearranjos cromossômicos em pacientes com MF. A análise cromossômica por microarranjos (CMA) permitiu ampliar o alcance e a sensibilidade na detecção de deleções e duplicações submicroscópicas para a compreensão de seus papéis que podem influenciar o diagnósitico, prognóstiico e evolução da MF e tem revelado alterações associadas à MF. Foram selecionados 16 pacientes, sendo 13 com mielofibrose primária e 3 pacientes com MF pós TE (MF pós trombocitemia Essencial). Em todos eles foi realizada uma investigação de alterações cromossômicas submicroscópicas por meio da CMA utilizando a plataforma Affymetrix CytoScan™750k (Affymetrix, EUA) e CytoScan HD. A citogenética convencional revelou anormalidades cromossômicas em 3 dos 16 casos (18,75%), enquanto que a análise de microarranjos cromossômicos detectou variações no número de cópias (CNV) ou segmentos de perda de heterozigose (LOH) em 10 de 16 (62,5%) pacientes. Estes incluíram 48 LOHs, 14 deleções, uma trissomia e uma duplicação. Dez pacientes apresentaram anormalidades cromossômicas múltiplas, variando de duas a treze CNVs ou LOHs. As alterações incluíam um total de 6196 genes, sendo 69 já associados com cânceres e 17 descritos em neoplasias hematológicas. Considerando que a maioria das CNV identificadas foram menores do que a resolução do cariotipo e a alta freqüência de LOHs em nosso estudo, propomos que as plataformas de microarranjo cromossômico que combinem oligos e polimorfismo de único nucleotídeo (SNP) devem ser investigadas como um teste genético de primeira linha para auxiliar o diagnóstico em pacientes com mielofibrose. / Myelofibrosis (PM), also known as Agnogenic Myeloid Metaplasia or Idiopathic Chronic Myelofibrosis, is the least frequent of myeloproliferative neoplasms. It is characterized by a clonal disease caused by the neoplastic transformation of pluripotent hematopoietic cells accompanied by intense reactional alterations of the medullary stroma with collagen fibrosis, osteosclerosis and angiogenesis. It is characterized by cytopenias and / or leukocytosis, leukoeritroblastosis, progressive fibrosis of the bone marrow and extramedullary hematopoiesis with splenomegaly. Molecular pathogenesis is still unknown and involves several cytogenetic changes. The main goal of this study was to investigate the presence of chromosomal rearrangements in patients with MF Chromosome Microarray Analysis (CMA) has allowed increasing the sensitivity in the detection of submicroscopic deletions and duplications and the understanding of their roles in the pathogenic processes and has revealed alterations associated with MF. Sixteen patients were selected, 13 of whom had primary myelofibrosis and 3 patients with myelofibrosis pos- ET. In all of them, an investigation of submicroscopic chromosomal alterations was performed using the Affymetrix CytoScan ™ 750k (Affymetrix, USA) and CytoScan HD platform. Conventional cytogenetics revealed chromosomal abnormalities in 3 of the 16 cases (18.7%), whereas the analysis of chromosomal microarrays detected variations in number of copies (CNV) or loss of heterozygosity change (LOH) in 10 of 16 (66,5%) patients. These included 48 LOHs, 14 deletions, one trisomy and one duplication. Ten patients had multiple chromosomal abnormalities, ranging from two to thirteen CNVs or LOHs. The alterations encompassed a total of 6196 genes, 69 asociated to cancers and 17 described in hematological malignancies. Considering that most of the CNVs identified were smaller than the resolution of the karyotype and the high frequency of LOHs in our study, we propose that chromosomal microarray platforms that combine oligos and single nucleotide polymorphism (SNP) should be used as a genetic test of the first line to aid the diagnosis in patients with myelofibrosis.

Malformações congênitas ocorrem em aproximadamente 2% a 3% dos nascidos vivos, podendo compreender desde malformações discretas até graves defeitos que comprometem a sobrevida. Estima-se que cerca de 6% dos casos de defeitos congênitos ocorram devido à presença de anomalias cromossômicas. Essa prevalência é, provavelmente, subestimada, uma vez que malformações mais graves podem levar a perdas fetais antes que um diagnóstico seja possível e, algumas vezes, as alterações cromossômicas ou desequilíbrios genômicos associados às malformações congênitas não são identificados. Este estudo teve como objetivo geral identificar rearranjos cromossômicos e variação do número de cópias (CNVs) do genoma por meio da investigação de microdeleções e microduplicações em recém-nascidos com malformações congênitas de etiologia desconhecida. Este trabalho fez parte de um projeto de desenvolvimento tecnológico para o estabelecimento do método de análise comparativa de genomas em um hospital universitário público. Foi realizado um estudo retrospectivo em 35 amostras de DNA estocadas em biorrepositório por meio da análise total do genoma pela técnica de Hibridação Genômica Comparativa baseada em microarranjos (array-CGH). Todas as CNVs detectadas foram comparadas com as descritas em bancos públicos de dados genômicos, e sua significância clínica foi estimada. Treze alterações genômicas foram detectadas em 12/35 (34,3 %) das amostras. Em 4/35 (11.4%) dessas, os desequilíbrios genômicos puderam ser definidos como patogênicos e causalmente relacionados às anomalias congênitas; em 5/35 (14.3%) das amostras, CNVs de significado clínico incerto foram identificadas; e, em 4/35 (11.4%), variantes normais foram detectadas. Entre os 4 casos cujos resultados foram considerados causalmente relacionados com os achados clínicos, 2/4 (50%) tinham alterações patogênicas que estão reconhecidamente associados à síndromes de microdeleção definidas. Em 2/4 amostras (50%), os desequilíbrios cromossômicos encontrados, ainda que preditos como patogênicos, não haviam sido previamente associados à entidades clínicas reconhecidas. O uso de array-CGH indicou a presença na amostra estudada de rearranjos cromossômicos não identificados previamente, permitindo a identificação de regiões cromossômicas relacionadas à algumas anomalias congênitas. Além disso, ainda que a interpretação dos resultados deva ser refinada, os dados sugerem que a análise comparativa de genomas por array-CGH seja considerada como investigação de primeira linha no rastreamento seletivo para análise prospectiva/retrospectiva de amostras de DNA em programas de monitoramento de defeitos congênitos. / Congenital malformations occur in approximately 2% to 3% of live births and may comprise from mild to severe malformations defects that compromise survival. It is estimated that about 6% of the cases of birth defects occur due to the presence of chromosomal abnormalities. This prevalence is probably underestimated, since more severe malformations may lead to fetal loss before a diagnosis is possible, and sometimes, the chromosomal aberrations or genomic imbalances associated with congenital malformations are not identified. This study had as main objective to identify chromosomal rearrangements and copy number variations (CNVs) in the genome through the investigation of microdeletions and microduplications in newborns with congenital malformations of unknown etiology. This work was part of a technological development project for the establishment of the method of comparative analysis of genomes in a public university hospital. A retrospective study was performed on 35 DNA samples stored in a biorepository through whole-genome based microarrays Comparative Genomic Hybridization (array-CGH). All CNVs detected were compared with those described in public genome databases, and their clinical significance was estimated. Thirteen genomic alterations were detected in 12/35 (34.3%) of the samples. On 4/35 (11.4%) of these, the genomic imbalances were defined as pathogenic and causally related to congenital anomalies; in 5/35 (14.3%) samples CNVs of uncertain clinical significance were identified and in 4/35 (11.4%), normal variants were detected. Among the 4 cases whose results were considered causally related to clinical findings, 2/4 (50%) had pathogenic changes that are associated with well-known microdeletion syndromes. In 2/4 samples (50%), chromosomal imbalances found, although predicted as pathogenic, have not been previously associated with the recognized clinical entities. The use of array-CGH indicated the presence of chromosomal rearrangements not previously identified, allowing the identification of chromosomal regions related to some congenital anomalies. Moreover, although the interpretation of the results should be refined, the data suggest that comparative genome analysis by array-CGH must be considered as first-line investigation in selective screening for prospective/retrospective analysis of DNA samples in birth defects monitoring programs.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-30Bitstream added on 2014-06-13T20:23:14Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_ia_dr_botib.pdf: 1030920 bytes, checksum: 87cbda0ccf1284061acf978c7de2a753 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A família Cichlidae tem despertado um grande interesse científico devido à rápida e extensa radiação adaptativa sofrida em alguns de seus grupos e por conter espécies com grande potencial para a aqüicultura, como a tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus. O mapeamento físico cromossômico mostra-se promissor como ferramenta para os estudos comparativos e evolutivos entre diferentes espécies. Diante disto, o presente trabalho teve como objetivo realizar mapeamento cromossômico comparativo em ciclídeos utilizando seqüências repetitivas de DNA como sondas. Elementos transponíveis, DNA satélite e seqüências repetidas inseridas em BACs foram utilizados como sondas, através da técnica de FISH, em espécies de ciclídeos africanos e sul-americanos. Os retrotransposons Rex localizaram-se principalmente nas regiões centroméricas de espécies africanas e sul-americanas, com exceção de O. niloticus que demonstrou um padrão de localização disperso destes elementos. O acúmulo de Rex nos centrômeros destas espécies é coincidente com as regiões heterocromáticas, que representam um refúgio para seqüências repetitivas, devido à baixa taxa de recombinação. O DNA satélite SATA hibridou nos centrômeros de todas as espécies analisadas. Esta conservação centromérica mostra um papel importante destas seqüências na organização estrutural e funcional destas regiões nas diferentes espécies. Além disto, em O. karongae, foram observados sinais intersticiais em três pares cromossômicos, corroborando a hipótese de fusões cromossômicas que levaram à redução do número diplóide nesta espécie. O elemento transponível ROn-1 localizou-se intersticialmente no braço longo do par maior de O. niloticus e em posição próxima ao telômero também no braço longo do par meta-submetacêntrico (m/sm) maior dos haplocromíneos e hemicromíneos... / The Cichlidae family is one of the most species-rich families of fishes. This family has attracted the attention of the evolutionary biologists due the rapid radiation occurred in some species. Moreover, some cichlid species are important for the world aquaculture, such as Nile tilapia, Oreochromis niloticus. The chromosome mapping is useful for comparative and evolutionary studies among different species. To further understand the mechanisms of chromosome evolution in cichlids, repeated sequences were used for the comparative chromosome mapping in cichlid species. Probes containing the transposable elements (TEs) Rex1, Rex3, Rex6 and ROn-1, the SATA satellite DNA, and a BAC-clone enriched of several types of repeated DNAs were used through FISH in the chromosomes of African and South-American cichlids. The TEs Rex were mainly distributed in the centromeric region of all chromosomes in all cichlids, with the exception of O. niloticus, that presented TEs distributed overall in the chromosome arms. The localization of TEs Rex are in coincidence with heterochromatic regions, which can represent an perfect environment for the accumulation of repeated sequences. The satellite DNA was mapped in the centromeres of all cichlid species. The maintenance and centromeric distribution of the SATA satellite DNA in African cichlids suggest that this sequence can play an important role in the organization and function of the centromere in these species. Moreover, in O. karongae, the SATA have shown interstitial signals in three chromosome pairs, corroborating that chromosome fusions were involved in the reduction of diploid number in this species. The transposable element ROn-1 was localized in just one cluster in the largest chromosome of African cichlids, but in different positions, suggesting that different chromosomal rearrangements could have occurred in the origin of the largest chromosomes... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T19:42:38Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_sg_dr_botib.pdf: 1717229 bytes, checksum: 221defc5454fc90c8f9145b9239ba321 (MD5) / O estudo de DNAs repetitivos tem se mostrado uma ferramenta esclarecedora para diversas questões, que incluem desde a organização molecular e o entendimento da estrutura cromossômica, à análises relacionadas à diversificação e evolução cariotípica. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a organização cromossômica e genômica dos DNAs repetitivos com ênfase em representantes da tribo Phanaeini (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae), visando a compreensão dos mecanismos evolutivos envolvidos na dinâmica dos DNAs repetitivos no genoma e suas implicações. Em representantes da tribo Phaneini, especialmente membros do gênero Coprophanaeus, foi observado que a expansão de DNA repetitivo ocorreu no início da diversificação do grupo; estando estas sequências envolvidas com a diversificação dos mecanismos sexuais de Coprophanaeus, e com a origem e evolução do cromossomo B observado em C. cyanescens. O isolamento e mapeamento de transposons Mariner revelou que estas sequências sofreram uma elevada diversificação durante a história evolutiva de Phanaeini, podendo também exercer alguma função na região pericentromérica dos cromossomos. Comparações entre sequências de famílias relacionadas do transposon Mariner mostrou que estas sequências podem estar envolvidas em um processo de transferência horizontal (HT) em diversos grupos animais não-relacionados, especialmente entre insetos e mamíferos; o que contribuiu para a ampla distribuição destes elementos transponíveis. Em relação às famílias multigênicas analisadas, observou-se uma grande variação para o DNAr 18S em contraste com o padrão conservado de DNAr 5S, sugerindo que as regiões genômicas que abrigam as classes de genes ribossomais são governadas por distintas forças evolutivas. Adicionado à isso, as análises das... / The study of repetitive DNAs has been explored as an important tool to answer various biological questions, including the molecular organization and understanding of chromosome structure, and the analysis of karyotype diversification and evolution. Thus, this study focused in the chromosomal and genomic organization of repetitive DNA with emphasis on representatives of the Phanaeini tribe (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae), with the aim in understanding the mechanisms involved in the evolutionary dynamics of repetitive DNAs in the genome and their implications. In Phaneini, especially members of Coprophanaeus genus, it was observed that the expansion of repetitive DNAs occurred early in the diversification of the group. Also, these sequences have being involved in the diversification of sex chromosomes of Coprophanaeus, and the origin and evolution of the B chromosome observed in C. cyanescens. Isolation and mapping of Mariner transposons revealed that these sequences had a high diversification during the evolutionary history of Phanaeini, and therefore may also play a role in the pericentromeric region of the chromosomes. Comparative analysis between sequences of related families of Mariner transposons showed that these sequences may have been involved in a process of horizontal transfer (HT) in several unrelated groups of animals, especially between insects and mammals, which contributed to the widespread distribution of transposable elements (TEs). Regarding to the chromosomal mapping of multigene families, there was a large variation for 18S rDNA in contrast to the conserved pattern of 5S rDNA, suggesting that distinct evolutionary forces govern the genomic regions that harbor both ribosomal. Furthermore, the chromosomal mapping of repetitive sequences is a useful tool in understanding the processes that govern ...(Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Rita de Cássia de Moura / Banca: Marie-Anne Van Sluys / Banca: Vera Lúcia da Silva Valente Gaiesky / Banca: Gustavo Campos e Silva Kuhn / Banca: Mara Cristina de Alemida Matiello / Resumo: O estudo de DNAs repetitivos tem se mostrado uma ferramenta esclarecedora para diversas questões, que incluem desde a organização molecular e o entendimento da estrutura cromossômica, à análises relacionadas à diversificação e evolução cariotípica. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a organização cromossômica e genômica dos DNAs repetitivos com ênfase em representantes da tribo Phanaeini (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae), visando a compreensão dos mecanismos evolutivos envolvidos na dinâmica dos DNAs repetitivos no genoma e suas implicações. Em representantes da tribo Phaneini, especialmente membros do gênero Coprophanaeus, foi observado que a expansão de DNA repetitivo ocorreu no início da diversificação do grupo; estando estas sequências envolvidas com a diversificação dos mecanismos sexuais de Coprophanaeus, e com a origem e evolução do cromossomo B observado em C. cyanescens. O isolamento e mapeamento de transposons Mariner revelou que estas sequências sofreram uma elevada diversificação durante a história evolutiva de Phanaeini, podendo também exercer alguma função na região pericentromérica dos cromossomos. Comparações entre sequências de famílias relacionadas do transposon Mariner mostrou que estas sequências podem estar envolvidas em um processo de transferência horizontal (HT) em diversos grupos animais não-relacionados, especialmente entre insetos e mamíferos; o que contribuiu para a ampla distribuição destes elementos transponíveis. Em relação às famílias multigênicas analisadas, observou-se uma grande variação para o DNAr 18S em contraste com o padrão conservado de DNAr 5S, sugerindo que as regiões genômicas que abrigam as classes de genes ribossomais são governadas por distintas forças evolutivas. Adicionado à isso, as análises das ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The study of repetitive DNAs has been explored as an important tool to answer various biological questions, including the molecular organization and understanding of chromosome structure, and the analysis of karyotype diversification and evolution. Thus, this study focused in the chromosomal and genomic organization of repetitive DNA with emphasis on representatives of the Phanaeini tribe (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae), with the aim in understanding the mechanisms involved in the evolutionary dynamics of repetitive DNAs in the genome and their implications. In Phaneini, especially members of Coprophanaeus genus, it was observed that the expansion of repetitive DNAs occurred early in the diversification of the group. Also, these sequences have being involved in the diversification of sex chromosomes of Coprophanaeus, and the origin and evolution of the B chromosome observed in C. cyanescens. Isolation and mapping of Mariner transposons revealed that these sequences had a high diversification during the evolutionary history of Phanaeini, and therefore may also play a role in the pericentromeric region of the chromosomes. Comparative analysis between sequences of related families of Mariner transposons showed that these sequences may have been involved in a process of horizontal transfer (HT) in several unrelated groups of animals, especially between insects and mammals, which contributed to the widespread distribution of transposable elements (TEs). Regarding to the chromosomal mapping of multigene families, there was a large variation for 18S rDNA in contrast to the conserved pattern of 5S rDNA, suggesting that distinct evolutionary forces govern the genomic regions that harbor both ribosomal. Furthermore, the chromosomal mapping of repetitive sequences is a useful tool in understanding the processes that govern ...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Cesar Martins / Banca: Luis Antonio Carlos Bertollo / Banca: Eliana Feldberg / Banca: Ligia Souza Lima Silveira da Mota / Banca: André Luis Laforga Vanzella / Resumo: A família Cichlidae tem despertado um grande interesse científico devido à rápida e extensa radiação adaptativa sofrida em alguns de seus grupos e por conter espécies com grande potencial para a aqüicultura, como a tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus. O mapeamento físico cromossômico mostra-se promissor como ferramenta para os estudos comparativos e evolutivos entre diferentes espécies. Diante disto, o presente trabalho teve como objetivo realizar mapeamento cromossômico comparativo em ciclídeos utilizando seqüências repetitivas de DNA como sondas. Elementos transponíveis, DNA satélite e seqüências repetidas inseridas em BACs foram utilizados como sondas, através da técnica de FISH, em espécies de ciclídeos africanos e sul-americanos. Os retrotransposons Rex localizaram-se principalmente nas regiões centroméricas de espécies africanas e sul-americanas, com exceção de O. niloticus que demonstrou um padrão de localização disperso destes elementos. O acúmulo de Rex nos centrômeros destas espécies é coincidente com as regiões heterocromáticas, que representam um refúgio para seqüências repetitivas, devido à baixa taxa de recombinação. O DNA satélite SATA hibridou nos centrômeros de todas as espécies analisadas. Esta conservação centromérica mostra um papel importante destas seqüências na organização estrutural e funcional destas regiões nas diferentes espécies. Além disto, em O. karongae, foram observados sinais intersticiais em três pares cromossômicos, corroborando a hipótese de fusões cromossômicas que levaram à redução do número diplóide nesta espécie. O elemento transponível ROn-1 localizou-se intersticialmente no braço longo do par maior de O. niloticus e em posição próxima ao telômero também no braço longo do par meta-submetacêntrico (m/sm) maior dos haplocromíneos e hemicromíneos... (resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Cichlidae family is one of the most species-rich families of fishes. This family has attracted the attention of the evolutionary biologists due the rapid radiation occurred in some species. Moreover, some cichlid species are important for the world aquaculture, such as Nile tilapia, Oreochromis niloticus. The chromosome mapping is useful for comparative and evolutionary studies among different species. To further understand the mechanisms of chromosome evolution in cichlids, repeated sequences were used for the comparative chromosome mapping in cichlid species. Probes containing the transposable elements (TEs) Rex1, Rex3, Rex6 and ROn-1, the SATA satellite DNA, and a BAC-clone enriched of several types of repeated DNAs were used through FISH in the chromosomes of African and South-American cichlids. The TEs Rex were mainly distributed in the centromeric region of all chromosomes in all cichlids, with the exception of O. niloticus, that presented TEs distributed overall in the chromosome arms. The localization of TEs Rex are in coincidence with heterochromatic regions, which can represent an perfect environment for the accumulation of repeated sequences. The satellite DNA was mapped in the centromeres of all cichlid species. The maintenance and centromeric distribution of the SATA satellite DNA in African cichlids suggest that this sequence can play an important role in the organization and function of the centromere in these species. Moreover, in O. karongae, the SATA have shown interstitial signals in three chromosome pairs, corroborating that chromosome fusions were involved in the reduction of diploid number in this species. The transposable element ROn-1 was localized in just one cluster in the largest chromosome of African cichlids, but in different positions, suggesting that different chromosomal rearrangements could have occurred in the origin of the largest chromosomes... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor